JPH08508404A - ヒト・免疫不全ウイルス1型の検出 - Google Patents

ヒト・免疫不全ウイルス1型の検出

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Abstract

(57)【要約】 ヒト・免疫不全ウイルス1型を他のウイルスから識別する増幅オリゴヌクレオチドおよびハイブリダイゼーション検定プローブ。

Description

【発明の詳細な説明】 ヒト・免疫不全ウイルス1型の検出 本発明は、1989年7月11日出願の米国特許出願番号第07/379,5 01号(カシアンおよびフルツ(KacianおよびFultz)、発明の名称「核酸配列 増幅法」)および1990年7月10日出願の米国特許出願番号第07/550 ,837号(カシアンおよびフルツ、発明の名称「核酸配列増幅法」)の一部継 続出願であり、両出願を出典明示により本明細書の一部とする。発明の分野 本発明は、試験試料中の微生物の検出を可能とする、増幅オリゴヌクレオチド およびヒト・免疫不全ウイルス1型(HIV)に対するプローブの設計および構 築に関する。発明の背景 このセクションは関連領域の簡単な概略を提供する。関連分野において本願発 明の先行文献であると認められるものはない。ヒトにおけるヒト・免疫不全ウイ ルス1型の実験的診断は、一般に、血清中のウイルス性抗原(p24)または抗 HIV−1抗体の存在を測定することによりなされる。しかしながら、血清反応 陽性の母親より生まれた乳児のような、ある個体群においては、ウイルス性DN Aの直接的検出法がより有用な診断手段である。ウイルス性DNAの検出は、培 養法よりも迅速であり、危険性が少ない。直接ハイブリダイゼーション法は大部 分の患者において適当な感受性を欠いている(ショウ(Shaw)ら、サイエンス( Science)226:1165−1171、1984)。多くの文献は、ヒト免疫 不全ウイルスの検出において有用であると言われているオリゴヌクレオチドに言 及している。これら文献の多くはまた、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)の使用 に言及している。これらの文献は以下のものを包含する:クオック(Kwok)ら、 ジャーナル・オブ・ウイロロジー(J.Virol.)61:1690−1694、19 87;アジウス(Agius)ら、ジャーナル・オブ・ウイロロジカル・メッソズ(J .Virol.Meth.)30:141−150、1990;アルバートおよびフェンヨ( AlbertおよびFenyo)、ジャーナル・オブ・クリニカル・ミクロバイオロジー(J .Clin.Microbiol.)28:1560−1564、1990;ベルおよびラトナー (BellおよびRatner)、エイズ・リサーチ・アンド・ヒューマン・レトロウイル セス(AIDS Res.and Human Retroviruses)5:87−95、1989;ブルイ ステン(Bruisten)ら、フォン・サング(Von Sang)61:24−29、199 1;クラーク(Clarke)ら、エイズ(AIDS)4:1133−1136,ダーレン (Dahlen)ら、ジャーナル・オブ・クリニカル・ミクロバイオロジー29:79 8−804、1991;ダッジン(Dudding)ら、バイオケミカル・アンド・バ イオフィジカル・リサーチ・コミュニケーションズ(Biochem.Biophys.Res.Comm .)167:244−250、1990;フェルラー−レーコウアー(Ferrer-Le -Coeur)ら、トロンボシス・アンド・ヘモスタシス(Thrombosis and Haemostas is)65:478−482、1991;ゴスワミ(Goswami)ら、エイズ5:7 97−803、1991;グランクビスト(Grankvist)ら、エイズ5:575 −578、1991;グアテッリ(Guatelli)ら、ジャーナル・オブ・ウイロロ ジー64:4093−4098、1990;ハート(Hart)ら、ランセット(La ncet)2(8611):596−599、1988;ホーランド(Holland)ら 、プロシーディングス・オブ・ナショナル・アカデミー・オブ・サイエンシス・ ユー・エス・エイ(Proc.Natl.Acad.Sci.USA)88:7276−7280、19 91;ケラー(keller)ら、アナリティカル・バイオケミストリー(Anal.Bioch em.)177:27−32、1989;クマー(kumar)ら、エイズ・リサーチ・ アンド・ヒューマン・レトロウイルセス5:345−354、1989;リンス (Linz)ら、ジャーナール・オブ・クリニカル・ケミストリー・アンド・クリニ カル・バイオケミストリー(J.Clin.Chem.Clin.Biochem.)28:5−13、1 990;マノおよびチャーマン(ManoおよびChermann)、レス・ウイロール(Re s.Virol.)142:95−104、1991;マリオッチ (Mariotti)ら、エイズ4:633−637、1990;マリオッチら、トラン スフュージョン(Transfusion)30:704−706、1990;メイヤラン ス(Meyerhans)ら、セル(Cell)58:901−910、1989;ムーセッ ト(Mousset)ら、エイズ4:1225−1230、1990;オー(Ou)ら、 サイエンス239:295−297、1988;パン(Pang)ら、ネイチャー( Nature)343:85−89、1990;パターリニ(Paterlini)ら、ジャー ナル・オブ・メディカル・ウイロロジー(J.Med.Virol.)30:53−57、1 990;パーリン(Perrin)ら、ブラッド(Blood)76:641−645、1 990;プレストン(Preston)ら、ジャーナル・オブ・ウイロロジカル・メソ ッズ33:383−390、1991;プリッチャードおよびステファノ(Prit chardおよびStefano)、アンナレス・デ・バイオロジー・クリニク(Ann.Biol.C lin.)48:492−497、1990;ルジン(Rudin)ら、ヨーロピアン・ ジャーナル・オブ・クリニカル・ミクロバイオロジー・インフェクティブ・ディ シーズ(Eur.J.Clin.Microbiol.Infect.Dis.)10:146−156、1991 ;シューブリッジ(Shoebridge)ら、エイズ5:221−224、1991;ス チーブンソン(Stevenson)ら、ジャーナル・オブ・ウイロロジー64:379 2−3803、1990;トラッケンミラー(truckenmiller)ら、レス・イム ノール(Res.Immunol.)140:527−544、1989;ファン・デ・ペレ (Van de Perre)ら、ニュー・イングランド・ジャーナル・オブ・メディシン( New Eng.J.Med.)325:593−598、1991;ヴァラス(Varas)ら、 バイオテクニクス(Biotechniques)11:384−391、1991;ベルパ ンジ(Velpandi)ら、ジャーナル・オブ・ウイロロジー65:4847−485 2、1991;ウィリアムス(Williams)ら、エイズ4:393−398、19 90;ザチャー(Zachar)ら、ジャーナル・オブ・ウイロロジカル・メソッズ3 3:391−395、1991;ザック(Zack)ら、セル(Cell)61:213 −222、1990;フィンドレー(Findlay)らの、PCT/US90/00 452、発明の名称「所定の核酸を検出するための核酸試験製品およびその使用 」;ジンゲラス(Gingeras)らの、PCT/US87/01966、 発明の名称「核酸プローブ検定法および組成物」;ブラケルおよびスパドロ(Sp adoro)の、EPO出願番号90124738.7、公開番号0 435 150 A2、発明の名称「増幅捕捉検定」;モンカニーおよびモンタニアー(Moncany およびMontagnier)の、EPO出願番号90401520.3、公開番号0 40 3 333 A2、発明の名称「HIVI、HIV−2型およびSIVのレトロウ イルスのゲノムのヌクレオチド配列決定法、ならびに特にそれらレトロウイルス のゲノムを増幅するための、およびそれらウイルスの感染をin vitroにて診断す るためのそれらの適用」;ウルデア(Urdea)の、PCT/US91/0021 3、発明の名称「核酸ハイブリダイゼーション検定にてシグナルを増幅するため のレポーター分子としてのDNA依存性RNAポリメラーゼの写し」;ムッソ( Musso)らの、PCT/US88/03735、発明の名称「ランタニドキレー ト結合した核酸プローブ」;チャン(Chang)、EPO出願番号第853072 60.1号、公開番号0 185 444 A2、発明の名称「HTLV−III DN Aのクローニングおよび発現」;およびレベンソン(Levenson)の、EPO出願 番号第89311862.0号、公開番号0 370 694、発明の名称「核酸 を検出するための固相捕捉手段を用いる診断用キットおよび方法」;およびスニ ンスキー(Sninsky)らの、米国特許第5,008,182号。発明の要約 本発明は、新規な増幅オリゴヌクレオチドおよびヒト・免疫不全ウイルス1型 を検出するための検出プローブを開示する。該プローブはヒト・免疫不全ウイル ス1型とその公知の密接な系統発生的類似体を識別する能力を有する。該増幅オ リゴヌクレオチドおよびプローブは、ヒト免疫不全ウイルス核酸の検出および/ または定量に関する検定にて用いることができる。 検出しようとする核酸配列(「標的配列」)にハイブリダイズ可能な核酸配列 は、標的配列についてのプローブとして役立つことが知られている。該プローブ を検出可能な基、例えば放射性同位体、抗原または化学ルミネッセンスで標識化 し、標的配列の検出を容易としてもよい。ある核酸配列の検出操作として、核酸 ハイブリダイゼーションを使用する背景となる記載は、コーネ(Kohne)の米国 特許第4,851,330号、およびホーガン(Hogan)らのEPO特許出願番号 PCT/US87/03009、発明の名称「非ウイルス性微生物の検出および /または定量についての核酸プローブ」より得られる。 さらに、ハイブリダイゼーションが、DNA/DNA、DNA/RNAおよび RNA/RNAを包含する相補性核酸鎖の間で起こりうることも知られている。 ヌクレオチド(例、塩基、アデニン(A)、シトシン(C)、チミジン(T)、 グアニン(G)、ウラシル(U)またはイノシン(I))より形成される、デオ キシリボ(「DNA」)またはリボ(「RNA」)核酸の2本の1本鎖をハイブ リダイズさせ、2本の鎖が相補性塩基対の間の水素結合により一緒になって保持 される2本鎖構造を形成させる。一般に、AはTまたはUに水素結合し、一方で GはCに水素結合する。したがって、ハイブリダイズした鎖上いずれの点でも、 古典的塩基対ATまたはAU、TAまたはUA、GCまたはCGを見ることがで きる。かくして、第1の核酸の1本鎖が第2の1本鎖に対して十分に隣接する相 補性塩基を含有し、それら2本の鎖がそのハイブリダイゼーションを促進する条 件下にある場合、2本鎖の核酸が得られるであろう。適当な条件下、DNA/D NA、RNA/DNAまたはRNA/RNAのハイブリッドが形成されるかもし れない。本発明は糖基で異なるか、さもなければ化学的に修飾されたヌクレオチ ドを含有するプローブまたはプライマーを使用することからなり、それらは前記 したラインに沿って水素結合可能である。 かくして、第1の態様において、本発明は、ヒト・免疫不全ウイルス1型をヒ トの血液または組織中に見られる他のウイルスから識別しうるハイブリダイゼー ション検定プローブ、およびヒト免疫不全ウイルス核酸を選択的に増幅しうる増 幅オリゴヌクレオチドを特徴とする。詳しくは、該プローブは、HIV1型の塩 基763−793に対応するヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸領域、(HXB 2単離体、ジンバンク、寄託番号K03455)、または塩基1271−130 1、1358−1387、1464−1489、1501−1540、1813 −1845、2969−2999、3125−3161、4148−4170、 4804−4832、5950−5978、9496−9523、510−54 2および624−651にハイブリダイズするヌクレオチドポリマーである。好 ましくは、オリゴヌクレオチドは、以下の配列を必須としてなるか、または以下 の配列からなる(リーディング5'ないし3'): またはそのRNA等価物(SEQ.ID.Nos.67−80)、またはそれに対し て相補的なオリゴヌクレオチド(SEQ.ID.Nos.53−66)、またはこれ に相補的なオリゴヌクレオチドに対するRNA等価物(SEQ.ID.Nos.81 −94)からなる。 該オリゴヌクレオチドを後記するヘルパープローブと共にまたはなしで用いる 。ヘルパープローブ(例、SEQ.ID.Nos.15−18)ならびに該ヘルパー プローブに対する相補性オリゴヌクレオチド(例、SEQ.ID.Nos.95−9 8)およびこれのRNA等価物(例、SEQ.ID.Nos.132−140)の使 用は核酸ハイブリダイゼーションを強化する。 「必須としてなる」という語は、プローブが、緊縮ハイブリッド条件下、標的 配列とハイブリダイズし、他のウイルス核酸またはヒト核酸中に存在する他の関 連する標的配列とハイブリダイズしない、純粋な核酸として得られることを意味 する。このようなプローブはかかるハイブリダイゼーションを形成しない他の核 酸に結合するかもしれない。一般に、該プローブは大きさが15ないし100塩 基の間(最も好ましくは20と50の間)にあることが好ましい。しかし、それ はベクターにて提供されてもよい。 関連する態様にて、本発明は、緊縮ハイブリッド条件下、本発明のプローブと 標的核酸とのハイブリダイゼーションにより形成される核酸ハイブリッドの形成 を特色とする。緊縮ハイブリッド条件は、60℃で、0.6M LiCl含有の0. 05Mコハク酸リチウム緩衝液の使用を包含する。該ハイブリッドはウイルス性 核酸の特異的検出を可能とするため、有用である。 もう一つ別の関連する態様において、本発明は、増幅検定においてヒト・免疫 不全ウイルス1型の特異的検出について有用な増幅オリゴヌクレオチドを特色と する。該増幅オリゴヌクレオチドは、HIVゲノム核酸の保存領域に対して相補 的であり、HIV−1 HXB2塩基682−705、800−822、130 7−1337、1306−1330、1315−1340、1395−1425 、1510−1535、1549−1572、1743−1771、1972− 1989、2868−2889、3008−3042、3092−3124、3 209−3235、4052−4079、4176−4209、4169−42 06、4394−4428、4756−4778、4835−4857、495 2−4969、5834−5860、5979−5999、9431−9457 、9529−9555、449−473、550−577、578−601、5 79−600、624−646および680−703に対応するHIVの核酸の 領域にハイブリダイズしうるヌクレオチドポリマーである。 特に、かかる増幅オリゴヌクレオチドは、(リーディング5'ないし3'): およびそのRNA等価物(SEQ.ID.Nos.99−131)から選択される配 列からなるか、または必須としてなる。(X)は不存在であるか、または限定さ れるものではないが、T7、T3またはSP6 RNAポリメラーゼについての プロモーター配列を包含する、酵素により認識される5'オリゴヌクレオチド配 列であり、それはRNAポリメラーゼによるRNA転写の開始または伸長を促進 する。Xの一例は、SEQ.ID.No.52: を包含する。 これらの増幅オリゴヌクレオチドは、ポリメラーゼ連鎖反応のような核酸増幅 検定またはRNAポリメラーゼ、DNAポリメラーゼおよびRNaseまたはカシ アンおよびフルツ(KasianおよびFultz)、前掲にて、スニンスキー(Sninsky) ら、米国特許第5,079,351号によって記載されている、その等価物を用い る増幅反応にて用いられる。 本発明の増幅オリゴヌクレオチドおよびプローブは、ヒト・免疫不全ウイルス 1型の菌株に独特な特異的配列の試料の、迅速かつ客観的な同定および定量方法 を提供する。 本発明の他の特色および利点は、以下の記載およびその具体例、ならびに請求 の範囲より明らかであろう。好ましい具体例の記載 本発明者らは、ヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸配列に対して相補的である 特に有用なDNAプローブを見いだした。さらには、本発明者らは、ヒト・免疫 不全ウイルス1型の検出についての特異的検定においてこれらプローブを用い、 それをヒトの血液または組織中に見られる公知かつたぶん最も密接に関連する分 類学または系統発生学上の類似体と識別することに成功した。 本発明者らはまた、ヒト・免疫不全ウイルス1型核酸に相補的である特に有用 な増幅オリゴヌクレオチドを同定し、これらオリゴヌクレオチドを、例えば、プ ライマーまたはプロモータープライマーの組み合わせ(すなわち、プロモーター 配列を有するプライマー)として用い、ヒト免疫不全ウイルスの核酸を増幅させ 、試料中におけるその直接検出を可能とした。 望ましい特性を有する増幅オリゴヌクレオチドおよびプローブを設計するため の有用なガイドラインが本明細書中に記載されている。増幅およびプローブを行 うことについての最適部位は、長さが約15個の塩基よりも大きな2つ、好まし くは3つの保存領域を、約350塩基、好ましくは150塩基の隣接配列の範囲 内に含有する。プライマーまたはプロモーター/プライマーで観察される増幅の 程度は、オリゴヌクレオチドをその相補性配列にハイブリダイズさせる能力およ び酵素的に伸長するその能力を含む、数種のファクターに依存する。ハイブリダ イゼーション反応の範囲および特異性は多くのファクターにより影響されるため 、これらファクターの操作が個々のオリゴヌクレオチドの正確な感受性および特 異性、すなわちその標的に完全に相補的であるかどうかを決定するであろう。種 々の検定条件の重要性および効果は、ホーガン(Hogan)らのEPO特許出願番 号PCT/US87/03009(発明の名称「ウイルス以外の微生物を検出お よび/または定量するための核酸プローブ」)、本願の譲受人に譲渡された、ミ リマン(Milliman)の米国特許出願番号07/690,788(1991年4月 25日出願)(発明の名称「ヘモフィラス・インフルエンザに対する核酸プロー ブ」)に記載されているように当業者にとって公知である。 標的核酸配列の長さ、結果的に、プローブ配列の長さが重要である。位置およ び長さが異なる、特定領域に由来する数種の配列がある場合、それらは所望のハ イブリダイゼーション特性を有するプローブを生成するであろう。別の場合にお いて、ある配列は単に一の塩基が異なるだけの別の配列よりも著しく優れている かもしれない。全く相補性でない核酸がハイブリダイズする可能性もあるが、完 全に相同性の塩基配列の最長の鎖が、通常、主としてハイブリッド安定性を決定 するであろう。異なる長さおよび塩基組成のオリゴヌクレオチドのプローブを用 いてもよいが、本発明において好ましいオリゴヌクレオチドプローブは、長さが 約10〜50塩基であり、標的核酸と十分に相同性であって、緊縮ハイブリッド 条件下でハイブリダイズする。本発明者らは、最適プライマーが、約65℃の、 標的に対する推定Tm(融解温度)を有する、18−38塩基の標的結合領域を 有することを見いだした。 増幅オリゴヌクレオチドまたはプローブは、オリゴマー:非標的(すなわち、 標的核酸に対して類似する配列を有する核酸)の核酸ハイブリッドの安定性を最 小とするように位置付けられなければならない。増幅オリゴマーおよび検出プロ ーブは標的および非標的配列を識別できることが好ましい。プローブを設計する において、これらTm値の差異は、できる限り大きくすべきである(例えば、少 なくとも2℃、好ましくは5℃である)。 ハイブリダイゼーションに対して阻害的な強い内部構造を形成することが知ら れている核酸の領域はあまり好ましくない。このような構造は、例えば、ヘアー ピンループを包含する。同様に、広範な自己相補性を有するプローブも避けるべ きである。 非特異的拡張の範囲(プライマー−ダイマーまたは非標的コピー)もまた増幅 効能を発揮でき、したがってプライマーは、特に配列の3'末端で、低い自己ま たは交差相補性を有するものが選択される。長いホモポリマー管およびGC高含 量を回避し、疑似プライマー拡張を減少させる。市販のコンピュータープログラ ムを利用し、この設計の態様を助成することができる。利用できるコンピュータ ープログラムはMacDNASIS(商標)2.0(ヒタチ・ソフトウェア・エン ジニアリング・アメリカン・リミテッド)およびOLIGO(登録商標)ver.4 .1(ナショナル・バイオサイエンス)を包含する。 ハイブリダイゼーションは、2本の1本鎖の相補性核酸の結合であって、水素 結合した2本鎖を形成する。2本のうち1本の鎖が全体的にまたは部分的にハイ ブリッドに関連しているならば、それは新たなハイブリッドの形成にほとんど関 連できないであろう。注目する配列の実質的部分が1本鎖であるようにプローブ を設計することにより、ハイブリダイゼーションの速度および範囲が、著しく増 加するかもしれない。標的が一体化したゲノム配列である場合、その場合、ポリ メラーゼ連鎖反応(PCR)の産生物のケースのように、それは2本鎖の形態に て天然に存在するであろう。これらの2本鎖の標的は、自然には、プローブによ るハイブリダイゼーションに対して阻害的であり、ハイブリダイゼーション工程 の前に変性を必要とする。最後に、十分な自己相補性があるならば、プローブ内 に分子内および分子間ハイブリッドを形成しうる。このような構造はプローブ設 計に注意して回避することができる。市販のコンピュータープログラムを利用し 、この型の相互作用を研究する。利用可能なコンピュータープログラムはMacD NASIS(商標)2.0(ヒタチ・ソフトウェア・エンジニアリング・アメリ カン・リミテッド)およびOLIGO(登録商標)ver.4.1(ナショナル・バ イオサイエンス)を包含する。 合成後に、選択されたオリゴヌクレオチドのプローブを数種の周知方法により 標識化してもよい。ジェイ・サムブロック、イー・エフ・フリッシュおよびティ ・マニスティス(J.Sambrook、E.F.FritschおよびT.Maniatis)、モレキュラー ・クローニング(Molecular Cloning)11(第2版、1989年)。有用な標 識は放射性同位体ならびに非放射活性レポート基を包含する。本発明者らは、一 般に、アクリジニウムエステルを用いる。 オリゴヌクレオチド/標的のハイブリッドの融解温度は、当業者に周知の同位 体法により測定できる。所定のハイブリッドについてのTmは、用いるハイブリ ダイゼーション方法に依存して変わることに注意すべきである。サムブロックら 、前掲。 ハイブリダイゼーションの速度は、Cot1/2を決定することにより測定しても よい。プローブがその標的とハイブリダイズする速度は、プローブ領域における 標的の2次構造の熱安定性の基準である。ハイブリダイゼーション速度の標準基 準は、1リットル当たりのヌクレオチドのモル数を、秒数倍して測定されるCot1/2 である。すなわち、プローブの濃度にその濃度で最大の50%のハイブリダ イゼーションが起こる時間を倍したものである。この値は、固定した時間につい て、可変量のプローブを一定量の標的にハイブリダイズさせることにより決定さ れる。Cot1/2は標準操作によりグラフからわかる。 以下の実施例は、標的微生物からの独特な核酸配列に対して相補的なオリゴヌ クレオチドプローブ、およびハイブリダイゼーション検定における使用を示すも のである。実施例: ヒト・免疫不全ウイルス1型に対して特異的なプローブを、確立されたジンバ ンクのデータベースより得られる配列と比較することにより同定した。SEQI D Nos.1−12はヒト・免疫不全ウイルス1型に対して特異的であると特徴 付けられ、かつ示されている。ヒト・免疫不全ウイルス2型、ヒト・T−細胞白 血病ウイルス1型およびヒト・T−細胞白血病ウイルス2型を含め、系統発生的 に類似するものをヒト・免疫不全ウイルス1型の配列と比較するために用いた。実施例1.HIVについてのプローブ ハイブリダイゼーション保護検定を用いてヒト・免疫不全ウイルス1型につい てのプローブの反応性および特異性を測定した。該プローブを、まず、非ヌクレ オチド・リンカーで合成し、ついで、出典明示により本明細書の一部とする、ア ーノルド(Arnold)らのPCT/US88/03361(発明の名称「ヌクレオ チド・プローブのアクリジニウムエステル標識化および精製」)の記載に従って 、化学ルミネッセンスのアクリジニウムエステル(AE)で標識化した。ハイブ リダイズされていないプローブに結合したアクリジニウムエステルは加水分解に 対して感受性であり、穏やかなアルカリ性条件下、非化学ルミネッセンスとされ る。しかし、ハイブリダイズされたプローブに結合したアクリジニウムエステル は加水分解に対して相対的に耐性である。かくして、アルカリ性緩衝液と一緒に インキュベートし、つづいてルミノメーターにて化学ルミネッセンスを検出する ことにより、アクリジニウムエステル標識化プローブのハイブリダイゼーション について検定することが可能である。結果を相対光単位(RLU)にて示し、標 識化プローブにより放射された光子の量をルミノメーターにより測定した。 以下の実験において、標的ウイルスの完全または部分的配列を含有するクロー ンから調製したDNAを検定した。クローンからDNAを調製する方法が、例え ば、サムブロックら、前掲に挙げられている。クローンについてのDNAの供給 源は以下のとおりであった;ヒト・免疫不全ウイルス1型、BH10(エル・ラ トナー(L.Ratner)ら、ネイチャー312:277−284、1985);ヒト ・免疫不全ウイルス2型NIHZ(ジェイ・エフ・ザグリー(J.F.Zagury)ら、 プロシーディングス・オブ・ナショナル・アカデミー・オブ・サイエンシス・ユ ー・エス・エイ85:5941−5945、1988)、ヒト・T−細胞白血病 ウイルス1型pMT−2(エム・クラーク(M.Clarke)ら、ネイチャー305: 60−62、1983);ヒト・T−細胞白血病ウイルス2型(ケイ・シモトモ (K.Shimotohmo)ら、プロシーディングス・オブ・ナショナル・アカデミー・オ ブ・サイエンシス・ユー・エス82:3101−3105、1985); およびヒト・B型肝炎ウイルス抗原型ADW(ATCC(#45020)より入 手)。10mM N−2−ヒドロキシエチルピペラジン−N'−2−エタンスルホ ン酸(HEPES)、10mMエチレンジアミンテトラ酢酸(EDTA)、1% ラウリル硫酸リチウム(pH7.4)の50μl中の標的を95℃で5分間変性さ せ、ウェットアイス上で冷却し、50μlの0.1Mコハク酸リチウム緩衝液、p H4.7、2%(w/v)ラウリル硫酸リチウム、1.2M塩化リチウム、10m M EDTAおよび20mMエチレングリコール−ビス−(ベーターアミノエチ ルエーテル)N,N,N',N'−テトラ酢酸(EGTA)中のプローブ(0.04ピ コモル)を加えた。ハイブリダイゼーションを60℃で10分間実施し、つづい て300μlの0.6Mホウ酸ナトリウム(pH8.5)、1%トリトンX−10 0を加え、次のインキュベートを60℃で6分間行い、ハイブリダイズされてい ないプローブ上のAEを加水分解した。試料を氷水中に1分間冷却し、室温でさ らに3分間放置し、ついで検出試薬I(0.1%過酸化水素および1mM硝酸を 含有)および検出試薬II(1N水酸化ナトリウムおよび界面活性剤成分を含有) の自動注入装置を備えたリーダー(LEADER)1ルミノメーターにて分析した。ハ イブリダイゼーション反応のうち幾つかの反応は、出典明示により本明細書の一 部とする、ホーガン(Hogan)ら、米国特許第5,030,557号(発明の名称 「核酸ハイブリダイゼーションを強化するための手段および方法」)に記載され ているように、4ピコモルの非標識化「ヘルパー・プローブ」の添加で強化され た。5,000RLUよりも大きなRLU値は結果が陽性であり;5,000RL Uに満たないものは結果が陰性であった。 以下のデータ(表1)は、プローブが、ヒトの血管または組織中に見られる密 接に関連するウイルス由来のウイルス性DNAと交差反応しないことを示す。試 料もまた、各標的に対して特異的なプローブで試験した場合の陽性シグナルを示 し、それにより、試料が適切であることを確かめた。 前記のデータは、本明細書中に開示し、特許請求する新規プローブが、ヒトの 血液中に見られるこれらウイルス由来のヒト・免疫不全ウイルス1型の識別能を 有することを確認するものである。実施例2.PCRによるHIVの増幅 ヒト・免疫不全ウイルス1型について、プライマーおよびプローブの反応性を 測定するため、以下の実験を行った。ヒト・免疫不全ウイルスDNAを含有する プラスミドDNAの、0、20または100のコピーを制限エンドヌクレアーゼ で直鎖状とし、50ピコモルの各プライマー、10mMトリスHCl(pH8)、 50mM KCl、1.25mM MgCl2、各0.25mMのdATP、dTTP、 dCTP、dGTPおよび2.5U Tag DNAポリメラーゼを含有する50 μlの増幅反応体に添加した。反応物を95℃で1−2分間インキュベートし、 ついで55℃で15秒間、72℃で30秒間、および90℃で20秒間、パーキ ン−エルマー(Perkin-Elmer)9600サーモサイクラーにて、または55℃で 30秒間、72℃で60秒間、および95℃で60秒間、パーキン−エルマー4 8ウェル・サーモサイクラーにて35回循環させた。循環後、反応物を72℃で 6−7分間インキュベートし、4℃で貯蔵した。10μlの生成物を、0.04 ピコモルの標識化プローブによるハイブリダイゼーション保護検定により分析し た。そのデータを表2に示す。7,000より大きなRLUは結果が陽性である と考えられる。 実施例3.患者の試料 この実施例において、HIV 1型に感染していることが知られている個体ま たはHIV 1型に感染していない個体(陰性対照)から200,000フィコー ル−ハイパキュー(Ficoll-Hypaque)で精製した白血球より調製した溶解産物含 有の患者試料を実施例2の記載に従って分析した。これらの細胞は、ライダーお よびカシアン(RyderおよびKacian)による米国特許出願第07/898,785 (1992年6月12日出願)(発明の名称「血液からの核酸調製」)の記載に 従って調製した。結果を表3に示す。 実施例4.非PCR増幅 増幅オリゴマーもまた増幅検定に基づく転写にて作用することを明らかにする ために、HIV 1型含有のプラスミドDNAの0、2,000または20,00 0コピーを制限エンドヌクレアーゼを用いて直鎖状とし、95℃に2分間加熱し 、37℃に1分間冷却した。800UのMMLV逆転写酵素を添加した後、反応 物 を37℃で12分間インキュベートし、95℃に2分間加熱し、37℃に1分間 冷却した。800UのMMLV逆転写酵素および400UのT7RNAポリメラ ーゼを加え、反応物を37℃で3時間インキュベートした。最終増幅条件は、1 00μl中に、70mMトリスHCl(pH8)、35mM KCl、15mM K OH(N−アセチル−システインで中和)、6mM rGTP、4mM rCTP 、4mM rATP、4mM rUTP、各1mMのdTTP、dATP、dCT PおよびdGTP、および22mM MgCl2であった。10μlの各反応物を4 0μlの水と混合し、ハイブリダイゼーション緩衝液が20mMアルドリチオー ルを含有することを除いて、表1と同様に検定した。RLUの結果を表4に示す 。 コピー数が増加するにつれて、RLUもまた増加した。すなわち、本発明のプ ライマーを用い、転写ベースの増幅検定に用いるHIV 1型標的配列を増幅さ せることができ、この増幅した標的配列は本発明のプローブを用いて検出できる 。実施例5 この実施例は、ヒト・免疫不全ウイルス1型についてのプローブの、転写ベー スの増幅検定にて産生される低濃度の標的オリゴマーの検出能を示す。HIV 1型配列を含有する0または10コピーのプラスミドDNAを制限エンドヌクレ アーゼを用いて直鎖状とし、1μgのヒトDNAの存在下、95℃に8分間加熱 し、ついで42℃に6分間冷却した。増幅を、800UのMMLV逆転写酵素お よび400UのT7 RNAポリメラーゼを用い、以下の反応混合物: 50mMトリスHCl(pH8)、17.5mM MgCl2、0.05mM酢酸亜鉛、 10%グリセロール、6.25mM rGTP、2.5mM rCTP、6.25mM rATP、2.5mM rUTP、0.2mM dTTP、0.2mM dATP、 0.2mM dCTPおよび0.2mM dGTPにおいて実施した。プライマーS EQ ID Nos.26、28および41を30ピコモルの濃度で用い、プライ マーSEQ ID No.39を15ピコモルの濃度で用いた。すべての反応体を 実施例1の記載に従って、ハイブリダイゼーション緩衝液(20mMアルドリチ オールを補充した)100μl中、0.04ピコモルのプローブによるハイブリ ダイゼーション保護検定を用いて分析した。プローブSEQ ID No.10を 、 2ピコモルの標識化されていないヘルパーSEQ ID No.17の存在下、ハ イブリダイズした。 他の具体例も以下に示す請求の範囲にある。 (1)一般情報: (i)出願人:シェロール・エッチ・マックドノー、トーマス・ビー・ライ ダー、イーシン・ヤン (ii)発明の名称:核酸増幅オリゴヌクレオチドおよびヒト・免疫不全ウイ ルス1型に対するプローブ (iii)配列の数:140 (iv)対応する住所: (A)受信人:ライオン&ライオン (B)通り名:ウエスト・シックスス・ストリート611番 (C)都市名:ロスアンデルス (D)州名:カリホルニア (E)国名:アメリカ合衆国 (F)郵便番号:90017 (v)コンピューター・レーダブル・フォーム (A)媒体型:3.5”ディスケット、1.44Mbストレージ (B)コンピューター:IBM PS/2モデル50Zまたは55SX (C)操作システム:IBM P.C.DOS(バージョン3.30) (D)ソフトウェア:ワードパーフェクト(バージョン5.0) (vi)最新出願データ: (A)出願番号: (B)出願日: (C)分類番号: (vii)先行出願データ (A)出願番号:米国特許出願第07/550,837号 (B)出願日:1990年10月7日 (A)出願番号:米国特許出願第07/379,501号 (B)出願日:1989年11月7日 (viii)代理人情報 (A)名称:ワーバーグ・リチャード・ジェイ (B)登録番号:32,327 (C)処理番号:196/189 (ix)電話電信情報 (A)電話番号:(213)489−1600 (B)テレファックス:(213)955−0440 (C)テレックス:67−3510 (2)SEQ ID NO:1に関する情報: (i)配列の特徴: (A)配列の長さ:31 (B)配列の型:核酸 (C)鎖の数:1本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の記載:SEQ ID NO:1: (3)SEQ ID NO:2に関する情報: (i)配列の特徴: (A)配列の長さ:31 (B)配列の型:核酸 (C)鎖の数:1本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の記載:SEQ ID NO:2: (4)SEQ ID NO:3に関する情報: (i)配列の特徴: (A)配列の長さ:30 (B)配列の型:核酸 (C)鎖の数:1本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の記載:SEQ ID NO:3: (5)SEQ ID NO:4に関する情報: (i)配列の特徴: (A)配列の長さ:26 (B)配列の型:核酸 (C)鎖の数:1本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の記載:SEQ ID NO:4: (6)SEQ ID NO:5に関する情報: (i)配列の特徴: (A)配列の長さ:37 (B)配列の型:核酸 (C)鎖の数:1本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の記載:SEQ ID NO:5: (7)SEQ ID NO:6に関する情報: (i)配列の特徴: 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───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (72)発明者 ヤン,イーシン アメリカ合衆国92130カリフォルニア州、 サンディエゴ、グレンクリフ・ウェイ 13569番

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1. および からなる群より選択される配列を必須としてなるオリゴヌクレオチド。 2.請求項1のオリゴヌクレオチドおよびこれに十分に相補的であり緊縮ハイ ブリッド条件下でハイブリダイゼーション可能なヌクレオチドポリマーの間に形 成される核酸ハイブリッド。 3.請求項1のオリゴヌクレオチドおよびヘルパープローブからなるプローブ 混合物。 ヌクレオチドである請求項3記載のプローブ混合物。 より選択される配列を有するオリゴヌクレオチドである請求項3記載のプローブ 混合物。 より選択される配列を有するオリゴヌクレオチドである請求項3記載のプローブ 混合物。 リゴヌクレオチドである請求項3記載のプローブ混合物。 8. および からなる群より選択される配列を必須としてなるオリゴヌクレオチド。 チド。 からなる群より選択されるヌクレオチド塩基配列を有するヌクレオチドポリマー に十分に相補的で、0.6M LiClを含有する0.05Mコハク酸リチウム緩 衝液中、60℃においてハイブリッドを形成する、10ないし100個の間のヌ クレオチドを必須としてなるオリゴヌクレオチド。 からなる群より選択されるヌクレオチド塩基配列を有するヌクレオチドポリマー に十分に相補的で、0.6M LiClを含有する0.05Mコハク酸リチウム緩 衝液中、60℃においてハイブリッドを形成する、10ないし100個の間のヌ クレオチドを必須としてなるオリゴヌクレオチド。 からなる群より選択されるヌクレオチド塩基配列を有するヌクレオチドポリマー に十分に相補的で、0.6M LiClを含有する0.05Mコハク酸リチウム緩 衝液中、60℃においてハイブリッドを形成する、10ないし100個の間のヌ クレオチドを必須としてなるオリゴヌクレオチド。 からなる群より選択されるヌクレオチド塩基配列を有するヌクレオチドポリマー に十分に相補的で、0.6M LiClを含有する0.05Mコハク酸リチウム緩 衝液中、60℃においてハイブリッドを形成する、10ないし100個の間のヌ クレオチドを必須としてなるオリゴヌクレオチド。 からなる群より選択されるヌクレオチド塩基配列を有するヌクレオチドポリマー に十分に相補的で、0.6M LiClを含有する0.05Mコハク酸リチウム緩 衝液中、60℃においてハイブリッドを形成する、10ないし100個の間のヌ クレオチドを必須としてなるオリゴヌクレオチド。 からなる群より選択されるヌクレオチド塩基配列を有するヌクレオチドポリマー に十分に相補的で、0.6M LiClを含有する0.05Mコハク酸リチウム緩 衝液中、60℃においてハイブリッドを形成する、10ないし100個の間のヌ クレオチドを必須としてなるオリゴヌクレオチド。 からなる群より選択されるヌクレオチド塩基配列を有するヌクレオチドポリマー に十分に相補的で、0.6M LiClを含有する0.05Mコハク酸リチウム緩 衝液中、60℃においてハイブリッドを形成する、10ないし100個の間のヌ クレオチドを必須としてなるオリゴヌクレオチド。 からなる群より選択されるヌクレオチド塩基配列を有するヌクレオチドポリマー に十分に相補的で、0.6M LiClを含有する0.05Mコハク酸リチウム緩 衝液中、60℃においてハイブリッドを形成する、10ないし100個の間のヌ クレオチドを必須としてなるオリゴヌクレオチド。 からなる群より選択されるヌクレオチド塩基配列を有するヌクレオチドポリマー に十分に相補的で、0.6M LiClを含有する0.05Mコハク酸リチウム緩 衝液中、60℃においてハイブリッドを形成する、10ないし100個の間のヌ クレオチドを必須としてなるオリゴヌクレオチド。 からなる群より選択されるヌクレオチド塩基配列を有するヌクレオチドポリマー に十分に相補的で、0.6M LiClを含有する0.05Mコハク酸リチウム緩 衝液中、60℃においてハイブリッドを形成する、10ないし100個の間のヌ クレオチドを必須としてなるオリゴヌクレオチド。 からなる群より選択されるヌクレオチド塩基配列を有するヌクレオチドポリマー に十分に相補的で、0.6M LiClを含有する0.05Mコハク酸リチウム緩 衝液中、60℃においてハイブリッドを形成する、10ないし100個の間のヌ クレオチドを必須としてなるオリゴヌクレオチド。 からなる群より選択されるヌクレオチド塩基配列を有するヌクレオチドポリマー に十分に相補的で、0.6M LiClを含有する0.05Mコハク酸リチウム緩 衝液中、60℃においてハイブリッドを形成する、10ないし100個の間のヌ クレオチドを必須としてなるオリゴヌクレオチド。 からなる群より選択されるヌクレオチド塩基配列を有するヌクレオチドポリマー に十分に相補的で、0.6M LiClを含有する0.05Mコハク酸リチウム緩 衝液中、60℃においてハイブリッドを形成する、10ないし100個の間のヌ クレオチドを必須としてなるオリゴヌクレオチド。 からなる群より選択されるヌクレオチド塩基配列を有するヌクレオチドポリマー に十分に相補的で、0.6M LiClを含有する0.05Mコハク酸リチウム緩 衝液中、60℃においてハイブリッドを形成する、10ないし100個の間のヌ クレオチドを必須としてなるオリゴヌクレオチド。 25.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 配列よりなるものである および からなる群より選択されるオリゴヌクレオチド。 26.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 配列よりなるものである および からなるオリゴヌクレオチドの群より選択されるオリゴヌクレオチド。 27.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 配列よりなるものである および からなる群より選択される2種のオリゴヌクレオチドからなるキット。 28.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 配列よりなるものである および からなる群より選択される2種のオリゴヌクレオチドからなるキット。 29.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 30.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 31.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 32.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 33.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド を有するオリゴヌクレオチドからなるキット。 34.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 配列よりなるものである以下の配列 35.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 36.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 配列よりなるものである以下の配列 37.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 38.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 配列よりなるものである以下の配列 39.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 40.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 41.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 42.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 43.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 44.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 45.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 46.(X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識され るかまたはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド 47.試料中のヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を選択的に増幅する方法で あって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかま たはRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列よ りなるものである および からなる群より選択される1種またはそれ以上のオリゴヌクレオチドを用いて該 核酸を増幅する工程からなる方法。 48.試料中のヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を選択的に増幅する方法で あって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかまた はRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列より なるものである および からなる群より選択される1種またはそれ以上のオリゴヌクレオチドを用いて該 核酸を増幅する工程からなる方法。 49.試料中のヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を検出する方法であって、 試料から直接得られるかまたは および からなる群より選択されるオリゴヌクレオチドを用いて該試料から増幅される核 酸をハイブリダイズさせる工程からなる方法。 50.試料から直接得られるかまたは および からなる群より選択されるオリゴヌクレオチドを用いて該試料から増幅される核 酸をハイブリダイズさせる工程からなる、試料中のヒト・免疫不全ウイルス1型 の核酸を検出する方法。 51.ヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を検出する方法であって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかまた はRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列より を用いて増幅されたヌクレオチドを検出する工程からなる方法。 52.ヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を検出する方法であって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかまた はRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列より なるものであるヌクレオチドポリマー を用いて増幅されたヌクレオチドを検出する工程からなる方法。 53.ヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を検出する方法であって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかまた はRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列より を用いて増幅されたヌクレオチドを検出する工程からなる方法。 54.ヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を検出する方法であって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかまた はRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列より を用いて増幅されたヌクレオチドを検出する工程からなる方法。 55.ヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を検出する方法であって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかまた はRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列より を用いて増幅されたヌクレオチドを検出する工程からなる方法。 56.ヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を検出する方法であって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかまた はRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列より を用いて増幅されたヌクレオチドを検出する工程からなる方法。 57.ヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を検出する方法であって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかまた はRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列より を用いて増幅されたヌクレオチドを検出する工程からなる方法。 58.ヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を検出する方法であって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかまた はRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列より なるものであるヌクレオチドポリマー を用いて増幅されたヌクレオチドを検出する工程からなる方法。 59.ヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を検出する方法であって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかまた はRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列より を用いて増幅されたヌクレオチドを検出する工程からなる方法。 60.ヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を検出する方法であって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかまた はRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列より を用いて増幅されたヌクレオチドを検出する工程からなる方法。 61.ヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を検出する方法であって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかまた はRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列より を用いて増幅されたヌクレオチドを検出する工程からなる方法。 62.ヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を検出する方法であって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかまた はRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列より を用いて増幅されたヌクレオチドを検出する工程からなる方法。 63.ヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を検出する方法であって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかまた はRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列より なるものであるヌクレオチドポリマー れたヌクレオチドを検出する工程からなる方法。 64.ヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を検出する方法であって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかまた はRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列より および もしくは からなるオリゴヌクレオチドを用いて増幅された核酸を検出することからなる方 法。 65.ヒト・免疫不全ウイルス1型の核酸を検出する方法であって、 (X)が不存在であるか、あるいはRNAポリメラーゼにより認識されるかまた はRNAポリメラーゼによる開始もしくは伸長を促進するヌクレオチド配列より を用いて増幅されたヌクレオチドを検出する工程からなる方法。
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