JPH09289900A - 核酸配列(β2.7)を利用したサイトメガロウイルス(CMV)の核酸増幅ならびに検出用試薬キット - Google Patents
核酸配列(β2.7)を利用したサイトメガロウイルス(CMV)の核酸増幅ならびに検出用試薬キットInfo
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- JPH09289900A JPH09289900A JP8107789A JP10778996A JPH09289900A JP H09289900 A JPH09289900 A JP H09289900A JP 8107789 A JP8107789 A JP 8107789A JP 10778996 A JP10778996 A JP 10778996A JP H09289900 A JPH09289900 A JP H09289900A
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- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
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- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2531/00—Reactions of nucleic acids characterised by
- C12Q2531/10—Reactions of nucleic acids characterised by the purpose being amplify/increase the copy number of target nucleic acid
- C12Q2531/143—Promoter based amplification, e.g. NASBA, 3SR, TAS
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Abstract
(57)【要約】
【解決手段】 配列番号1記載の核酸配列のうち、少な
くとも連続した15塩基からなる核酸配列およびプロモ
ーター配列を含む、DNA依存RNAポリメラーゼを用
いる核酸増幅反応法(NASBA)に適したサイトメガ
ロウイルス(CMV)核酸増幅用第1プライマー、配列
番号2、3または4記載の核酸配列のうち、少なくとも
連続した15塩基からなる核酸配列を含む増幅用第2プ
ライマーおよび配列番号5、6および/または7記載の
核酸配列のうち、少なくとも連続した15残基からなる
核酸配列および必要により標識物質で修飾されている検
出プローブ及び/又は捕捉プローブ。これらの試薬を含
むCMV検出用試薬キット。ならびに該試薬キットを使
用した核酸増幅反応法(NASBA)。 【効果】 簡便、迅速、特異的且つ高感度にCMVを検
出可能である。
くとも連続した15塩基からなる核酸配列およびプロモ
ーター配列を含む、DNA依存RNAポリメラーゼを用
いる核酸増幅反応法(NASBA)に適したサイトメガ
ロウイルス(CMV)核酸増幅用第1プライマー、配列
番号2、3または4記載の核酸配列のうち、少なくとも
連続した15塩基からなる核酸配列を含む増幅用第2プ
ライマーおよび配列番号5、6および/または7記載の
核酸配列のうち、少なくとも連続した15残基からなる
核酸配列および必要により標識物質で修飾されている検
出プローブ及び/又は捕捉プローブ。これらの試薬を含
むCMV検出用試薬キット。ならびに該試薬キットを使
用した核酸増幅反応法(NASBA)。 【効果】 簡便、迅速、特異的且つ高感度にCMVを検
出可能である。
Description
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、核酸配列(β2.
7)を利用したサイトメガロウイルス(CMV)核酸の
増幅ならびに検出用試薬キットおよびこれらの試薬を用
いてサイトメガロウイルス(CMV)を簡便かつ迅速に
増幅し、検出する方法に関する。
7)を利用したサイトメガロウイルス(CMV)核酸の
増幅ならびに検出用試薬キットおよびこれらの試薬を用
いてサイトメガロウイルス(CMV)を簡便かつ迅速に
増幅し、検出する方法に関する。
【0002】
【従来の技術】サイトメガロウイルス(以下、CMVと
略する)はヘルペス科に属するウイルスであり、宿主細
胞、増殖サイクル及び潜伏様式からβヘルペスウイルス
に属している。CMVは初感染後に生体内に終生にわた
り潜伏感染し、宿主の生理的変化によって潜伏感染状態
から活性化して感染ウイルスとなって、回帰発症を繰り
返すのが特徴である。また、癌患者、エイズ患者または
将来、増加すると見込まれている臓器移植患者にあって
は、免疫不全状態がCMVの再燃の起因となり、間質性
肺炎、肝炎、網膜炎、脳炎または腎炎などが発症して問
題となる。
略する)はヘルペス科に属するウイルスであり、宿主細
胞、増殖サイクル及び潜伏様式からβヘルペスウイルス
に属している。CMVは初感染後に生体内に終生にわた
り潜伏感染し、宿主の生理的変化によって潜伏感染状態
から活性化して感染ウイルスとなって、回帰発症を繰り
返すのが特徴である。また、癌患者、エイズ患者または
将来、増加すると見込まれている臓器移植患者にあって
は、免疫不全状態がCMVの再燃の起因となり、間質性
肺炎、肝炎、網膜炎、脳炎または腎炎などが発症して問
題となる。
【0003】このように、CMVの感染や回帰発症は現
代病として大きな問題であり、早期診断法の確立が早期
治療のために重要である。従来、CMV感染の診断法と
しては、患者からCMVを分離するウイルス分離法があ
るが、数週間の期間を要して迅速性に欠ける。また、患
者血清中に抗CMV抗体を検出する血清診断法では抗体
非特異反応が起きたり、高感度が得られないという問題
があるほか、抗体価が変化するためにウイルスの消長を
追跡するのが難しいという欠点がある。
代病として大きな問題であり、早期診断法の確立が早期
治療のために重要である。従来、CMV感染の診断法と
しては、患者からCMVを分離するウイルス分離法があ
るが、数週間の期間を要して迅速性に欠ける。また、患
者血清中に抗CMV抗体を検出する血清診断法では抗体
非特異反応が起きたり、高感度が得られないという問題
があるほか、抗体価が変化するためにウイルスの消長を
追跡するのが難しいという欠点がある。
【0004】近年の分子生物学の進歩により、in situ
DNAハイブリダイゼーション法やPCR法によるCM
VのDNAの検出が可能となってきた。前者はCMVに
特異的な相補的DNA断片に標識したDNAプローブを
用い、組織標本や培養細胞とDNAハイブリダイゼーシ
ョンを行ってウイルスDNAを検出する方法である。後
者のPCR(ポリメラーゼ連鎖反応)法は、CMVに特
異的なプライマーを用い、微量のウイルスDNAをポリ
メラーゼ反応により増幅する方法である。特にPCR法
はきわめて感度が高いことや迅速性に優れていることが
特徴である。しかし、CMVは様々な臓器にDNAの形
で潜伏感染するため、PCR法で単にCMVのDNAを
検出するだけでは回帰発症と潜伏感染とは区別がつかな
い。
DNAハイブリダイゼーション法やPCR法によるCM
VのDNAの検出が可能となってきた。前者はCMVに
特異的な相補的DNA断片に標識したDNAプローブを
用い、組織標本や培養細胞とDNAハイブリダイゼーシ
ョンを行ってウイルスDNAを検出する方法である。後
者のPCR(ポリメラーゼ連鎖反応)法は、CMVに特
異的なプライマーを用い、微量のウイルスDNAをポリ
メラーゼ反応により増幅する方法である。特にPCR法
はきわめて感度が高いことや迅速性に優れていることが
特徴である。しかし、CMVは様々な臓器にDNAの形
で潜伏感染するため、PCR法で単にCMVのDNAを
検出するだけでは回帰発症と潜伏感染とは区別がつかな
い。
【0005】そこでPCR法でセル・フリーである血清
からのCMVのDNAを検出する方法が考案されたが、
早期の診断には有用でない。また、ウイルスの増幅時に
存在するmRNAを検出する逆転写PCR法も検討され
ているが、PCR前に検体中に共存するDNAを完全に
除去する操作と、逆転写酵素反応でmRNAをDNAに
変換する操作が必要であり、煩雑である。しかも、少量
でもDNAが残存するとmRNAが存在しなくとも陽性
と判断される危険性がある。
からのCMVのDNAを検出する方法が考案されたが、
早期の診断には有用でない。また、ウイルスの増幅時に
存在するmRNAを検出する逆転写PCR法も検討され
ているが、PCR前に検体中に共存するDNAを完全に
除去する操作と、逆転写酵素反応でmRNAをDNAに
変換する操作が必要であり、煩雑である。しかも、少量
でもDNAが残存するとmRNAが存在しなくとも陽性
と判断される危険性がある。
【0006】一方、近年、RNAを特異的に増幅するR
NAポリメラーゼを用いる増幅法として、NASBA(N
ucleic Acid Sequence Based Amplification、特開平2-
5864号公報、特表平4-501057号公報参照)法が注目され
てきた。NASBA法は基本的に鋳型であるRNA
(+)のみからRNA(−)を増幅するので、潜伏状態
には転写されず、回帰発症時にのみ転写されるmRNA
を標的遺伝子として選択することにより、回帰発症時の
CMVを特異的に検出することが可能となる。DNAか
ら転写されたmRNAはゲノムDNAに比較して大量に
存在するので、より高感度な系の構築が期待できる。さ
らには、回帰発症時に将来的なmRNAの検出系はガン
シクロビル等による治療効果のモニタリングにも有用で
ある。
NAポリメラーゼを用いる増幅法として、NASBA(N
ucleic Acid Sequence Based Amplification、特開平2-
5864号公報、特表平4-501057号公報参照)法が注目され
てきた。NASBA法は基本的に鋳型であるRNA
(+)のみからRNA(−)を増幅するので、潜伏状態
には転写されず、回帰発症時にのみ転写されるmRNA
を標的遺伝子として選択することにより、回帰発症時の
CMVを特異的に検出することが可能となる。DNAか
ら転写されたmRNAはゲノムDNAに比較して大量に
存在するので、より高感度な系の構築が期待できる。さ
らには、回帰発症時に将来的なmRNAの検出系はガン
シクロビル等による治療効果のモニタリングにも有用で
ある。
【0007】
【発明が解決しようとする課題】本発明の目的は、NA
SBA法で簡便、迅速、特異的、かつ高感度にCMV核
酸を増幅、検出可能なオリゴヌクレオチドを提供するこ
とにある。詳細には、従来のCMVの臨床検査方法の問
題点を解決すべく、NASBA法に適した増幅用プライ
マーと、該プライマーにより得られる増幅産物の判定を
行うための捕捉プローブまたは検出プローブを提供する
ことにある。
SBA法で簡便、迅速、特異的、かつ高感度にCMV核
酸を増幅、検出可能なオリゴヌクレオチドを提供するこ
とにある。詳細には、従来のCMVの臨床検査方法の問
題点を解決すべく、NASBA法に適した増幅用プライ
マーと、該プライマーにより得られる増幅産物の判定を
行うための捕捉プローブまたは検出プローブを提供する
ことにある。
【0008】
【課題を解決するための手段】本発明者らはCMVの遺
伝子に関する種々の検討を重ねた結果、CMVのβ2・
7遺伝子のmRNAが潜伏状態では発現せず、回帰発症
時のみ、大量に発現することに着目し、かつ、NASB
A法によって、CMVのβ2.7遺伝子の転写物である
RNAから、簡便、迅速、特異的かつ高感度に増幅でき
る配列を有する増幅用プライマーおよび捕捉プローブお
よび/または検出プローブを用いた検出方法を確立し、
本発明を完成させるに至った。
伝子に関する種々の検討を重ねた結果、CMVのβ2・
7遺伝子のmRNAが潜伏状態では発現せず、回帰発症
時のみ、大量に発現することに着目し、かつ、NASB
A法によって、CMVのβ2.7遺伝子の転写物である
RNAから、簡便、迅速、特異的かつ高感度に増幅でき
る配列を有する増幅用プライマーおよび捕捉プローブお
よび/または検出プローブを用いた検出方法を確立し、
本発明を完成させるに至った。
【0009】すなわち、本発明は配列表・配列番号1記
載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15塩基から
なる核酸配列を含むことを特徴とする核酸配列(β2.
7)を利用したサイトメガロウイルス(CMV)核酸増
幅用オリゴヌクレオチドである。
載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15塩基から
なる核酸配列を含むことを特徴とする核酸配列(β2.
7)を利用したサイトメガロウイルス(CMV)核酸増
幅用オリゴヌクレオチドである。
【0010】また、本発明は配列表・配列番号2、3ま
たは4記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15
塩基からなる核酸配列を含むことを特徴とする核酸配列
(β2.7)を利用したサイトメガロウイルス(CM
V)核酸増幅用オリゴヌクレオチドである。
たは4記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15
塩基からなる核酸配列を含むことを特徴とする核酸配列
(β2.7)を利用したサイトメガロウイルス(CM
V)核酸増幅用オリゴヌクレオチドである。
【0011】さらに、本発明は上記サイトメガロウイル
ス(CMV)増幅用オリゴヌクレオチドの5’末端に、
DNA依存RNAポリメラーゼのプロモーター配列が結
合していることを特徴とする核酸配列(β2.7)を利
用したサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用オリ
ゴヌクレオチドである。
ス(CMV)増幅用オリゴヌクレオチドの5’末端に、
DNA依存RNAポリメラーゼのプロモーター配列が結
合していることを特徴とする核酸配列(β2.7)を利
用したサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用オリ
ゴヌクレオチドである。
【0012】本発明は、配列表・配列番号1記載の核酸
配列のうち、少なくとも連続した15塩基からなる核酸
配列を含むサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用
オリゴヌクレオチドおよび配列表・配列番号2、3また
は4記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15残
基からなる核酸配列を含むサイトメガロウイルス(CM
V)核酸増幅用オリゴヌクレオチドであって、少なくと
も1つの該オリゴヌクレオチドの5’末端に、DNA依
存RNAポリメラーゼのプロモーター配列が結合してい
ることを特徴とするサイトメガロウイルス(CMV)核
酸増幅用オリゴヌクレオチドである。
配列のうち、少なくとも連続した15塩基からなる核酸
配列を含むサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用
オリゴヌクレオチドおよび配列表・配列番号2、3また
は4記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15残
基からなる核酸配列を含むサイトメガロウイルス(CM
V)核酸増幅用オリゴヌクレオチドであって、少なくと
も1つの該オリゴヌクレオチドの5’末端に、DNA依
存RNAポリメラーゼのプロモーター配列が結合してい
ることを特徴とするサイトメガロウイルス(CMV)核
酸増幅用オリゴヌクレオチドである。
【0013】さらに、本発明はサイトメガロウイルス
(CMV)の核酸配列を増幅するための試薬キットであ
って、(a)配列表・配列番号1記載の核酸配列のう
ち、少なくとも連続した15塩基からなる核酸配列を含
み、かつ、その5’末端側にプロモーター配列を有する
サイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用第1プライ
マー、(b)配列表・配列番号2、3または4記載の核
酸配列のうち、少なくとも連続した15塩基からなる核
酸配列を含むサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅
用第2プライマー、(c)RNA依存DNAポリメラー
ゼ活性を有する物質、(d)リボヌクレアーゼH活性を
有する物質、(e)DNA依存DNAポリメラーゼ活性
を有する物質、(f)DNA依存RNAポリメラーゼ活
性を有する物質、(g)リボヌクレオシドトリホスフェ
ートおよび(h)デオキシリボヌクレオシドトリホスフ
ェートを含む試薬キットである。
(CMV)の核酸配列を増幅するための試薬キットであ
って、(a)配列表・配列番号1記載の核酸配列のう
ち、少なくとも連続した15塩基からなる核酸配列を含
み、かつ、その5’末端側にプロモーター配列を有する
サイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用第1プライ
マー、(b)配列表・配列番号2、3または4記載の核
酸配列のうち、少なくとも連続した15塩基からなる核
酸配列を含むサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅
用第2プライマー、(c)RNA依存DNAポリメラー
ゼ活性を有する物質、(d)リボヌクレアーゼH活性を
有する物質、(e)DNA依存DNAポリメラーゼ活性
を有する物質、(f)DNA依存RNAポリメラーゼ活
性を有する物質、(g)リボヌクレオシドトリホスフェ
ートおよび(h)デオキシリボヌクレオシドトリホスフ
ェートを含む試薬キットである。
【0014】また、本発明はサイトメガロウイルス(C
MV)の核酸配列を増幅するための試薬キットであっ
て、(a)配列表・配列番号2、3または4記載の核酸
配列のうち、少なくとも連続した15塩基からなる核酸
配列を含み、かつ、その5’末端側にプロモーター配列
を有するサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用第
1プライマー、(b)配列表・配列番号1記載の核酸配
列のうち、少なくとも連続した15塩基からなる核酸配
列を含むサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用第
2プライマー、(c)RNA依存DNAポリメラーゼ活
性を有する物質、(d)リボヌクレアーゼH活性を有す
る物質、(e)DNA依存DNAポリメラーゼ活性を有
する物質、(f)DNA依存RNAポリメラーゼ活性を
有する物質、(g)リボヌクレオシドトリホスフェート
および(h)デオキシリボヌクレオシドトリホスフェー
トを含む試薬キットである。
MV)の核酸配列を増幅するための試薬キットであっ
て、(a)配列表・配列番号2、3または4記載の核酸
配列のうち、少なくとも連続した15塩基からなる核酸
配列を含み、かつ、その5’末端側にプロモーター配列
を有するサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用第
1プライマー、(b)配列表・配列番号1記載の核酸配
列のうち、少なくとも連続した15塩基からなる核酸配
列を含むサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用第
2プライマー、(c)RNA依存DNAポリメラーゼ活
性を有する物質、(d)リボヌクレアーゼH活性を有す
る物質、(e)DNA依存DNAポリメラーゼ活性を有
する物質、(f)DNA依存RNAポリメラーゼ活性を
有する物質、(g)リボヌクレオシドトリホスフェート
および(h)デオキシリボヌクレオシドトリホスフェー
トを含む試薬キットである。
【0015】また、本発明はサイトメガロウイルス(C
MV)の核酸配列を増幅するための試薬キットであっ
て、(a)配列表・配列番号1記載の核酸配列のうち、
少なくとも連続した15塩基からなる核酸配列を含み、
かつ、その5’末端側にプロモーター配列を有するサイ
トメガロウイルス(CMV)核酸増幅用第1プライマ
ー、(b)配列表・配列番号2、3または4記載の核酸
配列のうち、少なくとも連続した15塩基からなる核酸
配列を含み、かつ、その5’末端側にプロモーター配列
を有するサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用第
2プライマー、(c)RNA依存DNAポリメラーゼ活
性を有する物質、(d)リボヌクレアーゼH活性を有す
る物質、(e)DNA依存DNAポリメラーゼ活性を有
する物質、(f)DNA依存RNAポリメラーゼ活性を
有する物質、(g)リボヌクレオシドトリホスフェート
および(h)デオキシリボヌクレオシドトリホスフェー
トを含む試薬キットである。
MV)の核酸配列を増幅するための試薬キットであっ
て、(a)配列表・配列番号1記載の核酸配列のうち、
少なくとも連続した15塩基からなる核酸配列を含み、
かつ、その5’末端側にプロモーター配列を有するサイ
トメガロウイルス(CMV)核酸増幅用第1プライマ
ー、(b)配列表・配列番号2、3または4記載の核酸
配列のうち、少なくとも連続した15塩基からなる核酸
配列を含み、かつ、その5’末端側にプロモーター配列
を有するサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用第
2プライマー、(c)RNA依存DNAポリメラーゼ活
性を有する物質、(d)リボヌクレアーゼH活性を有す
る物質、(e)DNA依存DNAポリメラーゼ活性を有
する物質、(f)DNA依存RNAポリメラーゼ活性を
有する物質、(g)リボヌクレオシドトリホスフェート
および(h)デオキシリボヌクレオシドトリホスフェー
トを含む試薬キットである。
【0016】本発明は、下記工程(1)〜(10)を含
むことを特徴とする核酸配列(β2.7)を利用したサ
イトメガロウイルス(CMV)核酸増幅方法である。 (1)検体から必要によりRNA(+)からなる標的核
酸の抽出操作を行い、 (2)RNA(+)を鋳型として、配列表・配列番号1
記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15塩基か
らなる核酸配列を含み、かつ、その5’末端側にプロモ
ーター配列を有するサイトメガロウイルス(CMV)核
酸増幅用第1プライマーをハイブリダイズさせ、RNA
依存DNAポリメラーゼにより伸長させて、RNA/D
NAハイブリッド伸長生成物を得る。 (3)RNA/DNAハイブリッド伸長生成物のRNA
のみを特異的に分解するリボヌクレアーゼHにより、R
NA/DNAハイブリッド伸長生成物からRNAを分解
して、1本鎖DNAを得る; (4)該1本鎖DNAを鋳型として、配列表・配列番号
2、3または4記載の核酸配列のうち、少なくとも連続
した15塩基からなる核酸配列を含むサイトメガロウイ
ルス(CMV)核酸増幅用第2プライマーをハイブリダ
イズさせ、DNA依存DNAポリメラーゼによりDNA
伸長反応を行って、5’末端上流に機能可能なプロモー
ター配列を有する2本鎖DNA中間体を生成させる; (5)該2本鎖DNA中間体から、前記プロモーター配
列を認識することができるDNA依存RNAポリメラー
ゼにより1本鎖RNA(−)のコピーを増加ささせる; (6)上記工程で得られた1本鎖RNA(−)を鋳型と
して、配列表・配列番号2、3または4記載の核酸配列
のうち、少なくとも連続した15残基からなる核酸配列
を含むサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用第2
プライマーをハイブリダイズさせ、RNA依存DNAポ
リメラーゼによりDNA伸長反応を行って、RNA/D
NAハイブリッド伸長生成物を得る; (7)RNA/DNAハイブリッド伸長生成物のRNA
のみを特異的に分解するリボヌクレアーゼHにより、R
NA/DNAハイブリッド伸長生成物からRNAを分解
して、1本鎖DNAを得る; (8)該1本鎖DNAを鋳型として配列表・配列番号1
記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15塩基か
らなる核酸配列を含み、かつ、その5’末端側にプロモ
ーター配列を有するサイトメガロウイルス(CMV)核
酸増幅用第1プライマーをハイブリダイズさせ、DNA
依存DNAポリメラーゼによりDNA伸長反応を行っ
て、5’末端上流に機能可能なプロモーター配列を有す
る2本鎖DNA中間体を生成させる; (9)該2本鎖DNA中間体から、前記プロモーター配
列を認識することができるDNA依存RNAポリメラー
ゼにより1本鎖RNA(−)のコピーを増加させる;そ
して (10)必要により、得られた1本鎖RNA(−)を鋳
型として、前記(6)〜(9)を繰り返す。
むことを特徴とする核酸配列(β2.7)を利用したサ
イトメガロウイルス(CMV)核酸増幅方法である。 (1)検体から必要によりRNA(+)からなる標的核
酸の抽出操作を行い、 (2)RNA(+)を鋳型として、配列表・配列番号1
記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15塩基か
らなる核酸配列を含み、かつ、その5’末端側にプロモ
ーター配列を有するサイトメガロウイルス(CMV)核
酸増幅用第1プライマーをハイブリダイズさせ、RNA
依存DNAポリメラーゼにより伸長させて、RNA/D
NAハイブリッド伸長生成物を得る。 (3)RNA/DNAハイブリッド伸長生成物のRNA
のみを特異的に分解するリボヌクレアーゼHにより、R
NA/DNAハイブリッド伸長生成物からRNAを分解
して、1本鎖DNAを得る; (4)該1本鎖DNAを鋳型として、配列表・配列番号
2、3または4記載の核酸配列のうち、少なくとも連続
した15塩基からなる核酸配列を含むサイトメガロウイ
ルス(CMV)核酸増幅用第2プライマーをハイブリダ
イズさせ、DNA依存DNAポリメラーゼによりDNA
伸長反応を行って、5’末端上流に機能可能なプロモー
ター配列を有する2本鎖DNA中間体を生成させる; (5)該2本鎖DNA中間体から、前記プロモーター配
列を認識することができるDNA依存RNAポリメラー
ゼにより1本鎖RNA(−)のコピーを増加ささせる; (6)上記工程で得られた1本鎖RNA(−)を鋳型と
して、配列表・配列番号2、3または4記載の核酸配列
のうち、少なくとも連続した15残基からなる核酸配列
を含むサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用第2
プライマーをハイブリダイズさせ、RNA依存DNAポ
リメラーゼによりDNA伸長反応を行って、RNA/D
NAハイブリッド伸長生成物を得る; (7)RNA/DNAハイブリッド伸長生成物のRNA
のみを特異的に分解するリボヌクレアーゼHにより、R
NA/DNAハイブリッド伸長生成物からRNAを分解
して、1本鎖DNAを得る; (8)該1本鎖DNAを鋳型として配列表・配列番号1
記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15塩基か
らなる核酸配列を含み、かつ、その5’末端側にプロモ
ーター配列を有するサイトメガロウイルス(CMV)核
酸増幅用第1プライマーをハイブリダイズさせ、DNA
依存DNAポリメラーゼによりDNA伸長反応を行っ
て、5’末端上流に機能可能なプロモーター配列を有す
る2本鎖DNA中間体を生成させる; (9)該2本鎖DNA中間体から、前記プロモーター配
列を認識することができるDNA依存RNAポリメラー
ゼにより1本鎖RNA(−)のコピーを増加させる;そ
して (10)必要により、得られた1本鎖RNA(−)を鋳
型として、前記(6)〜(9)を繰り返す。
【0017】本発明は、下記工程(1)〜(10)を含
むことを特徴とする核酸配列(β2.7)を利用したサ
イトメガロウイルス(CMV)核酸増幅方法である。 (1)検体から必要によりRNA(+)からなる標的核
酸の抽出操作を行い、 (2)RNA(+)を鋳型として、配列表・配列番号1
記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15塩基か
らなる核酸配列を含み、かつ、その5’末端側にプロモ
ーター配列を有するサイトメガロウイルス(CMV)核
酸増幅用第1プライマーをハイブリダイズさせ、RNA
依存DNAポリメラーゼにより伸長させて、RNA/D
NAハイブリッド伸長生成物を得る。 (3)RNA/DNAハイブリッド伸長生成物のRNA
のみを特異的に分解するリボヌクレアーゼHにより、R
NA/DNAハイブリッド伸長生成物からRNAを分解
して、1本鎖DNAを得る; (4)該1本鎖DNAを鋳型として、配列表・配列番号
2、3または4記載の核酸配列のうち、少なくとも連続
した15塩基からなる核酸配列を含み、かつ、その5’
末端側にプロモーター配列を有するサイトメガロウイル
ス(CMV)核酸増幅用第2プライマーをハイブリダイ
ズさせ、DNA依存DNAポリメラーゼによりDNA伸
長反応を行って、5’末端上流に機能可能なプロモータ
ー配列を有する2本鎖DNA中間体を生成させる;(こ
こで第1プライマーまたは第2プライマーの核酸配列は
標的核酸配列に対して十分に相補的または相同であり、
第1プライマーの3’末端は相補的鎖上の第2プライマ
ーの3’末端に向けられている) (5)該2本鎖DNA中間体から、前記プロモーター配
列を認識することができるDNA依存RNAポリメラー
ゼにより1本鎖RNA(−)のコピーを増加ささせる; (6)上記工程で得られた1本鎖RNA(−)を鋳型と
して、配列表・配列番号1記載の核酸配列のうち、少な
くとも連続した15塩基からなる核酸配列を含み、か
つ、その5’末端側にプロモーター配列を有するサイト
メガロウイルス(CMV)核酸増幅用第2プライマーを
ハイブリダイズさせ、RNA依存DNAポリメラーゼに
よりDNA伸長反応を行って、RNA/DNAハイブリ
ッド伸長生成物を得る; (7)RNA/DNAハイブリッド伸長生成物のRNA
のみを特異的に分解するリボヌクレアーゼHにより、R
NA/DNAハイブリッド伸長生成物からRNAを分解
して、1本鎖DNAを得る; (8)該1本鎖DNAを鋳型として、配列表・配列番号
2、3または4記載の核酸配列のうち、少なくとも連続
した15塩基からなる核酸配列を含み、かつ、その5’
末端側にプロモーター配列を有するサイトメガロウイル
ス(CMV)核酸増幅用第1プライマーをハイブリダイ
ズさせ、DNA依存DNAポリメラーゼによりDNA伸
長反応を行って、5’末端上流に機能可能なプロモータ
ー配列を有する2本鎖DNA中間体を生成させる; (9)該2本鎖DNA中間体から、前記プロモーター配
列を認識することができるDNA依存RNAポリメラー
ゼにより1本鎖RNA(−)のコピーを増加させる;そ
して (10)必要により、得られた1本鎖RNA(−)を鋳
型として、前記(6)〜(9)を繰り返す。
むことを特徴とする核酸配列(β2.7)を利用したサ
イトメガロウイルス(CMV)核酸増幅方法である。 (1)検体から必要によりRNA(+)からなる標的核
酸の抽出操作を行い、 (2)RNA(+)を鋳型として、配列表・配列番号1
記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15塩基か
らなる核酸配列を含み、かつ、その5’末端側にプロモ
ーター配列を有するサイトメガロウイルス(CMV)核
酸増幅用第1プライマーをハイブリダイズさせ、RNA
依存DNAポリメラーゼにより伸長させて、RNA/D
NAハイブリッド伸長生成物を得る。 (3)RNA/DNAハイブリッド伸長生成物のRNA
のみを特異的に分解するリボヌクレアーゼHにより、R
NA/DNAハイブリッド伸長生成物からRNAを分解
して、1本鎖DNAを得る; (4)該1本鎖DNAを鋳型として、配列表・配列番号
2、3または4記載の核酸配列のうち、少なくとも連続
した15塩基からなる核酸配列を含み、かつ、その5’
末端側にプロモーター配列を有するサイトメガロウイル
ス(CMV)核酸増幅用第2プライマーをハイブリダイ
ズさせ、DNA依存DNAポリメラーゼによりDNA伸
長反応を行って、5’末端上流に機能可能なプロモータ
ー配列を有する2本鎖DNA中間体を生成させる;(こ
こで第1プライマーまたは第2プライマーの核酸配列は
標的核酸配列に対して十分に相補的または相同であり、
第1プライマーの3’末端は相補的鎖上の第2プライマ
ーの3’末端に向けられている) (5)該2本鎖DNA中間体から、前記プロモーター配
列を認識することができるDNA依存RNAポリメラー
ゼにより1本鎖RNA(−)のコピーを増加ささせる; (6)上記工程で得られた1本鎖RNA(−)を鋳型と
して、配列表・配列番号1記載の核酸配列のうち、少な
くとも連続した15塩基からなる核酸配列を含み、か
つ、その5’末端側にプロモーター配列を有するサイト
メガロウイルス(CMV)核酸増幅用第2プライマーを
ハイブリダイズさせ、RNA依存DNAポリメラーゼに
よりDNA伸長反応を行って、RNA/DNAハイブリ
ッド伸長生成物を得る; (7)RNA/DNAハイブリッド伸長生成物のRNA
のみを特異的に分解するリボヌクレアーゼHにより、R
NA/DNAハイブリッド伸長生成物からRNAを分解
して、1本鎖DNAを得る; (8)該1本鎖DNAを鋳型として、配列表・配列番号
2、3または4記載の核酸配列のうち、少なくとも連続
した15塩基からなる核酸配列を含み、かつ、その5’
末端側にプロモーター配列を有するサイトメガロウイル
ス(CMV)核酸増幅用第1プライマーをハイブリダイ
ズさせ、DNA依存DNAポリメラーゼによりDNA伸
長反応を行って、5’末端上流に機能可能なプロモータ
ー配列を有する2本鎖DNA中間体を生成させる; (9)該2本鎖DNA中間体から、前記プロモーター配
列を認識することができるDNA依存RNAポリメラー
ゼにより1本鎖RNA(−)のコピーを増加させる;そ
して (10)必要により、得られた1本鎖RNA(−)を鋳
型として、前記(6)〜(9)を繰り返す。
【0018】本発明は、配列表・配列番号5、6および
/または7記載の核酸配列または相補的な核酸配列のう
ち、少なくとも連続した15塩基からなる核酸配列また
は該核酸配列が必要により修飾されていることを特徴と
するCMV核酸検出プローブおよび/または捕捉プロー
ブである。
/または7記載の核酸配列または相補的な核酸配列のう
ち、少なくとも連続した15塩基からなる核酸配列また
は該核酸配列が必要により修飾されていることを特徴と
するCMV核酸検出プローブおよび/または捕捉プロー
ブである。
【0019】また、本発明は上記サイトメガロウイルス
(CMV)の核酸配列を増幅するための試薬キットに、
さらに、配列表・配列番号5、6および/または7記載
の核酸配列または相補な核酸配列のうち、少なくとも連
続した15残基からなる核酸配列または該核酸配列が必
要により修飾されているCMV核酸検出プローブおよび
/または捕捉プローブを含むことを特徴とするサイトメ
ガロウイルス(CMV)の核酸配列を検出するための試
薬キットである。
(CMV)の核酸配列を増幅するための試薬キットに、
さらに、配列表・配列番号5、6および/または7記載
の核酸配列または相補な核酸配列のうち、少なくとも連
続した15残基からなる核酸配列または該核酸配列が必
要により修飾されているCMV核酸検出プローブおよび
/または捕捉プローブを含むことを特徴とするサイトメ
ガロウイルス(CMV)の核酸配列を検出するための試
薬キットである。
【0020】さらに、本発明は上記サイトメガロウイル
ス(CMV)増幅方法にて増幅されたRNA(−)のコ
ピーを、配列表・配列番号5、6および/または7記載
の核酸配列または相補的な核酸配列のうち、少なくとも
連続した15残基からなる核酸配列または該核酸配列が
標識で修飾されているCMV検出プローブおよび/また
は必要により修飾されている捕捉プローブを用いて検出
することを特徴とする核酸配列(β2.7)を利用した
サイトメガロウイルス(CMV)核酸の検出方法であ
る。
ス(CMV)増幅方法にて増幅されたRNA(−)のコ
ピーを、配列表・配列番号5、6および/または7記載
の核酸配列または相補的な核酸配列のうち、少なくとも
連続した15残基からなる核酸配列または該核酸配列が
標識で修飾されているCMV検出プローブおよび/また
は必要により修飾されている捕捉プローブを用いて検出
することを特徴とする核酸配列(β2.7)を利用した
サイトメガロウイルス(CMV)核酸の検出方法であ
る。
【0021】また、本発明は上記サイトメガロウイルス
(CMV)増幅方法にて増幅されたRNA(−)のコピ
ーを、固相担体に吸着または結合した、配列表・配列番
号5、6および/または7記載の核酸配列のうち、少な
くとも連続した15残基からなる核酸配列が必要により
修飾された捕捉プローブおよび配列表・配列番号5、6
および/または7記載の核酸配列のうち、少なくとも連
続した15残基からなる核酸配列が標識で修飾された検
出プローブをハイブリダイズさせ、未反応の検出プロー
ブを分離し、捕捉プローブ、RNA(−)のコピーおよ
び検出プローブの複合体の標識を測定することを特徴と
する核酸配列(β2.7)を利用したサイトメガロウイ
ルス(CMV)核酸の検出方法である。
(CMV)増幅方法にて増幅されたRNA(−)のコピ
ーを、固相担体に吸着または結合した、配列表・配列番
号5、6および/または7記載の核酸配列のうち、少な
くとも連続した15残基からなる核酸配列が必要により
修飾された捕捉プローブおよび配列表・配列番号5、6
および/または7記載の核酸配列のうち、少なくとも連
続した15残基からなる核酸配列が標識で修飾された検
出プローブをハイブリダイズさせ、未反応の検出プロー
ブを分離し、捕捉プローブ、RNA(−)のコピーおよ
び検出プローブの複合体の標識を測定することを特徴と
する核酸配列(β2.7)を利用したサイトメガロウイ
ルス(CMV)核酸の検出方法である。
【0022】以下に、本発明で使用される用語について
説明する。「プロモーター配列」とは、DNA依存RN
Aポリメラーゼが特異的に結合する核酸配列である。D
NA依存RNAポリメラーゼは該プロモーター配列に特
異的に結合し、プロモーター配列よりも下流のDNA配
列と相同なRNAを合成する。「DNA依存RNAポリ
メラーゼを用いる核酸増幅法」とは、標的核酸(DN
A)から2本鎖DNAを合成する際に用いるプライマー
に、DNA依存RNAポリメラーゼ配列のプロモーター
配列を含有させることにより、2本鎖DNA合成に引き
続き、合成された2本鎖DNAを鋳型とし、DNA依存
RNAポリメラーゼによって、標的核酸(DNA)に相
当するRNAを合成する。さらに、合成されたRNAか
らRNA依存性DNAポリメラーゼによってDNA/R
NAハイブリッド鎖を合成し、このハイブリッド鎖のR
NA鎖を分解し、1本鎖のDNAを得る。このようにし
て得た1本鎖DNAと上記プロモーター配列を含有する
プライマーによって、DNA依存RNAポリメラーゼの
プロモーター配列を含む2本鎖DNA合成を行い、RN
Aを合成するRNA転写反応を行う方法である。
説明する。「プロモーター配列」とは、DNA依存RN
Aポリメラーゼが特異的に結合する核酸配列である。D
NA依存RNAポリメラーゼは該プロモーター配列に特
異的に結合し、プロモーター配列よりも下流のDNA配
列と相同なRNAを合成する。「DNA依存RNAポリ
メラーゼを用いる核酸増幅法」とは、標的核酸(DN
A)から2本鎖DNAを合成する際に用いるプライマー
に、DNA依存RNAポリメラーゼ配列のプロモーター
配列を含有させることにより、2本鎖DNA合成に引き
続き、合成された2本鎖DNAを鋳型とし、DNA依存
RNAポリメラーゼによって、標的核酸(DNA)に相
当するRNAを合成する。さらに、合成されたRNAか
らRNA依存性DNAポリメラーゼによってDNA/R
NAハイブリッド鎖を合成し、このハイブリッド鎖のR
NA鎖を分解し、1本鎖のDNAを得る。このようにし
て得た1本鎖DNAと上記プロモーター配列を含有する
プライマーによって、DNA依存RNAポリメラーゼの
プロモーター配列を含む2本鎖DNA合成を行い、RN
Aを合成するRNA転写反応を行う方法である。
【0023】「NASBA法」とは、標的核酸(RN
A)からDNA依存RNAポリメラーゼ配列のプロモー
ター配列を含有するプライマーにより、RNA/DNA
ハイブリッド鎖を合成し、このハイブリッド鎖のDNA
鎖をリボヌレアーゼHにより分解する。残ったRNAか
らプライマーおよびRNA依存性DNAポリメラーゼに
よってDNA/RNAハイブリッド鎖を合成し、このハ
イブリッド鎖のRNA鎖をリボヌクレアーゼHにより分
解し、1本鎖のDNAを得る。このようにして得た一本
鎖DNAと上記プロモーター配列を含有するプライマー
によって、DNA依存RNAポリメラーゼのプロモータ
ー配列を含む2本鎖DNA合成を行い、RNAを合成す
るRNA転写反応を行う方法である。この方法は標的核
酸(DNA)をRNAに転写してから、上記方法を実施
することも含む。このNASBA法は複製RNAベース
のDNAの分離の方法において、リボヌレアーゼHを用
いることを特徴とする。この方法によれば、DNA依存
RNAポリメラーゼにより、1分子の2本鎖核酸(DN
A)から数十から数千分子のRNAを転写でき、PCR
法に比べ、1サイクルあたりの核酸増幅効率が高い。ま
たリボヌクレアーゼHを用いることで、PCR法の際、
必要であった温度サイクルが不要であり、より簡便に核
酸(RNA)を増幅することが可能である。
A)からDNA依存RNAポリメラーゼ配列のプロモー
ター配列を含有するプライマーにより、RNA/DNA
ハイブリッド鎖を合成し、このハイブリッド鎖のDNA
鎖をリボヌレアーゼHにより分解する。残ったRNAか
らプライマーおよびRNA依存性DNAポリメラーゼに
よってDNA/RNAハイブリッド鎖を合成し、このハ
イブリッド鎖のRNA鎖をリボヌクレアーゼHにより分
解し、1本鎖のDNAを得る。このようにして得た一本
鎖DNAと上記プロモーター配列を含有するプライマー
によって、DNA依存RNAポリメラーゼのプロモータ
ー配列を含む2本鎖DNA合成を行い、RNAを合成す
るRNA転写反応を行う方法である。この方法は標的核
酸(DNA)をRNAに転写してから、上記方法を実施
することも含む。このNASBA法は複製RNAベース
のDNAの分離の方法において、リボヌレアーゼHを用
いることを特徴とする。この方法によれば、DNA依存
RNAポリメラーゼにより、1分子の2本鎖核酸(DN
A)から数十から数千分子のRNAを転写でき、PCR
法に比べ、1サイクルあたりの核酸増幅効率が高い。ま
たリボヌクレアーゼHを用いることで、PCR法の際、
必要であった温度サイクルが不要であり、より簡便に核
酸(RNA)を増幅することが可能である。
【0024】「修飾」とは、オリゴヌクレオチド中の少
なくとも1つのヌクレオチドに他のヌクレオチドを付加
または置換することを意味する。付加とはビオチン、リ
ンカーアーム、蛍光物質等を有するヌクレオチド、オリ
ゴdGTP、オリゴdATP、オリゴdTTP、オリゴ
dCTP等をオリゴヌクレオチド配列の5’末端または
3’末端に結合することである。置換とはビオチン、リ
ンカーアーム、蛍光物質等を有するヌクレオチドをオリ
ゴヌクレオチド中の少なくとも1つのヌクレオチドの替
わりに導入することである。また、オリゴヌクレオチド
の合成後に放射性物質や酵素、蛍光物質など公知の標識
を導入することも含まれる。「標識」とは、放射性物
質、酵素または蛍光物質など、それ自体で検出可能な物
質をいう。また、このような検出可能な物質を結合する
ことが可能な物質も包含される。
なくとも1つのヌクレオチドに他のヌクレオチドを付加
または置換することを意味する。付加とはビオチン、リ
ンカーアーム、蛍光物質等を有するヌクレオチド、オリ
ゴdGTP、オリゴdATP、オリゴdTTP、オリゴ
dCTP等をオリゴヌクレオチド配列の5’末端または
3’末端に結合することである。置換とはビオチン、リ
ンカーアーム、蛍光物質等を有するヌクレオチドをオリ
ゴヌクレオチド中の少なくとも1つのヌクレオチドの替
わりに導入することである。また、オリゴヌクレオチド
の合成後に放射性物質や酵素、蛍光物質など公知の標識
を導入することも含まれる。「標識」とは、放射性物
質、酵素または蛍光物質など、それ自体で検出可能な物
質をいう。また、このような検出可能な物質を結合する
ことが可能な物質も包含される。
【0025】
【発明の実施態様】本発明の検出しようとする標的核酸
は、DNAであってもRNAであってもよい。2本鎖の
場合や1本鎖であっても高次構造をとっているような場
合は、予め加熱、酸、アルカリ等の変性処理により1本
鎖として増幅反応に供する。また、標的核酸がタンパク
質、脂質や糖質等の混合物中または生体試料中に存在す
る場合、常法に従い、標的核酸を抽出後、本発明の増幅
および検出に利用できる。具体的な抽出方法としては、
試料にプロテイナーゼや界面活性剤等を含む溶液を加
え、約30分間インキュベート後、得られる溶液をフェ
ノールやクロロホルム等で抽出し、エタノール沈殿して
核酸を得ればよい。また、別の方法として、Boomらの方
法(J. Clin. Microbiol. 28:495-503)を用いても良
い。例えばCMV(AD 169株)感染細胞の培養細胞液を
トリトンX−100とグアニジウムチオシアネート(G
uSCN)を含む溶解用緩衝液中で処理後、シリカを添
加し、mRNAを吸着させる。次いでmRNA吸着シリ
カをGuSCNを含む洗浄用緩衝液で2〜3回洗浄後、
アセトンでGnSCNを除去し、乾燥させる。溶出はリ
ボヌクレアーゼ(RNase)やデオキシリボヌクレア
ーゼ(DNase)を含まない蒸留水で行う。溶出液
は、同蒸留水で段階希釈してもよい。
は、DNAであってもRNAであってもよい。2本鎖の
場合や1本鎖であっても高次構造をとっているような場
合は、予め加熱、酸、アルカリ等の変性処理により1本
鎖として増幅反応に供する。また、標的核酸がタンパク
質、脂質や糖質等の混合物中または生体試料中に存在す
る場合、常法に従い、標的核酸を抽出後、本発明の増幅
および検出に利用できる。具体的な抽出方法としては、
試料にプロテイナーゼや界面活性剤等を含む溶液を加
え、約30分間インキュベート後、得られる溶液をフェ
ノールやクロロホルム等で抽出し、エタノール沈殿して
核酸を得ればよい。また、別の方法として、Boomらの方
法(J. Clin. Microbiol. 28:495-503)を用いても良
い。例えばCMV(AD 169株)感染細胞の培養細胞液を
トリトンX−100とグアニジウムチオシアネート(G
uSCN)を含む溶解用緩衝液中で処理後、シリカを添
加し、mRNAを吸着させる。次いでmRNA吸着シリ
カをGuSCNを含む洗浄用緩衝液で2〜3回洗浄後、
アセトンでGnSCNを除去し、乾燥させる。溶出はリ
ボヌクレアーゼ(RNase)やデオキシリボヌクレア
ーゼ(DNase)を含まない蒸留水で行う。溶出液
は、同蒸留水で段階希釈してもよい。
【0026】本発明の増幅用プライマーは、配列表・配
列番号1記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した1
5塩基対からなる核酸配列または配列表・配列番号2、
3または4記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した
15塩基対からなる核酸配列を含む。本発明の捕捉プロ
ーブまたは検出プローブは、配列表・配列番号5、6ま
たは7記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15
塩基対からなる核酸配列または該核酸配列が必要により
修飾されている。図1に、標的核酸配列(CMV核酸の
β2.7遺伝子)と配列表・配列番号1〜7に記載され
る塩基配列の位置関係を示す。
列番号1記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した1
5塩基対からなる核酸配列または配列表・配列番号2、
3または4記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した
15塩基対からなる核酸配列を含む。本発明の捕捉プロ
ーブまたは検出プローブは、配列表・配列番号5、6ま
たは7記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15
塩基対からなる核酸配列または該核酸配列が必要により
修飾されている。図1に、標的核酸配列(CMV核酸の
β2.7遺伝子)と配列表・配列番号1〜7に記載され
る塩基配列の位置関係を示す。
【0027】本発明において使用するCMV増幅用第1
プライマーは、標的核酸配列に対して十分に相補的な核
酸配列およびその5’末端側にプロモーター配列を有す
る。また、CMV増幅用第2プライマーは標的核酸配列
に対して十分に相同な核酸配列であって、その3’末端
は、相補的鎖上の第1プライマーの3’末端に向けられ
ている。捕捉プローブまたは検出プローブは、CMV増
幅用第1プライマーと第2プライマーのいかなる組合せ
における増幅産物ともハイブリダイズできるように設定
されている。
プライマーは、標的核酸配列に対して十分に相補的な核
酸配列およびその5’末端側にプロモーター配列を有す
る。また、CMV増幅用第2プライマーは標的核酸配列
に対して十分に相同な核酸配列であって、その3’末端
は、相補的鎖上の第1プライマーの3’末端に向けられ
ている。捕捉プローブまたは検出プローブは、CMV増
幅用第1プライマーと第2プライマーのいかなる組合せ
における増幅産物ともハイブリダイズできるように設定
されている。
【0028】本発明のCMV増幅用プライマーは、デオ
キシリボ核酸(DNA)でよく、化学合成により調製で
きる。例えばパーキン・エルマー社のDNAシンセサイ
ザー391型を用いてホスホアミダイト法により合成で
きる。各種オリゴヌクレオチドの脱保護はアンモニア水
で実施する。精製はFPLCで逆相カラムにて実施して
も良い。他の合成方法としてリン酸トリエステル法、H
−ホスホネート法、チオホスファイト法等がある。ま
た、標的核酸配列に変異がある場合や他の増幅領域や他
の近縁ウイルスとの共通増幅を目的とする場合、プライ
マー中に欠失、挿入あるいは置換といった点突然変異が
あってもよい。本発明のプライマーは合成物であるか
ら、容易に、かつ大量に一定品質のオリゴヌクレオチド
を得ることが可能である。
キシリボ核酸(DNA)でよく、化学合成により調製で
きる。例えばパーキン・エルマー社のDNAシンセサイ
ザー391型を用いてホスホアミダイト法により合成で
きる。各種オリゴヌクレオチドの脱保護はアンモニア水
で実施する。精製はFPLCで逆相カラムにて実施して
も良い。他の合成方法としてリン酸トリエステル法、H
−ホスホネート法、チオホスファイト法等がある。ま
た、標的核酸配列に変異がある場合や他の増幅領域や他
の近縁ウイルスとの共通増幅を目的とする場合、プライ
マー中に欠失、挿入あるいは置換といった点突然変異が
あってもよい。本発明のプライマーは合成物であるか
ら、容易に、かつ大量に一定品質のオリゴヌクレオチド
を得ることが可能である。
【0029】本発明において使用するCMV増幅用第1
プライマーのプロモーター配列は特に制限はないが、D
NA依存RNAポリメラーゼが作用するように機能する
必要がある。このようなプロモーター配列として、例え
ば、T7RNAポリメラーゼならば、 5'-AAT TCT AAT ACG ACT CAC TAT AGG G-3' が知られている。また、プロモーター配列は、複製開始
点までのスペーサーを含んでいても良い。例えば、 5'-AGG A-3' などの配列を必要によりその一部分をプロモーター配列
の3’末端に結合しても良い。その他のプロモーター配
列としては、以下のものがある。T3RNAポリメラー
ゼならば、 5'-ATT AAC CCT CAC TAA AG-3' SP6RNAポリメラーゼならば、 5'-ATT TAG GTG ACA CTA TA-3'
プライマーのプロモーター配列は特に制限はないが、D
NA依存RNAポリメラーゼが作用するように機能する
必要がある。このようなプロモーター配列として、例え
ば、T7RNAポリメラーゼならば、 5'-AAT TCT AAT ACG ACT CAC TAT AGG G-3' が知られている。また、プロモーター配列は、複製開始
点までのスペーサーを含んでいても良い。例えば、 5'-AGG A-3' などの配列を必要によりその一部分をプロモーター配列
の3’末端に結合しても良い。その他のプロモーター配
列としては、以下のものがある。T3RNAポリメラー
ゼならば、 5'-ATT AAC CCT CAC TAA AG-3' SP6RNAポリメラーゼならば、 5'-ATT TAG GTG ACA CTA TA-3'
【0030】また、本発明におけるCMV増幅用第2プ
ライマーは、第1プライマー伸長物の核酸配列に対して
相補的な核酸配列を有し、標的核酸配列に対して十分に
相同である。第2プライマーは第1プライマー伸長物の
核酸配列に対して相補的な核酸配列に加えて、必要によ
りその5’末端側にプロモーター配列を有していても良
い。第2プライマーがプロモーター配列を有している場
合、第1プライマーのプロモーター配列と異なっていて
も同一であっても良い。異なる場合には、それぞれのプ
ロモーターに作用するDNA依存性RNAポリメラーゼ
を必要により複数用いる。たとえば、第2プライマーの
プロモーター配列にT7プロモーターを用いる場合には
T7RNAポリメラーゼを、T3プロモーターを用いる
場合にはT3RNAポリメラーゼを、SP6プロモータ
ーを用いる場合にはSP6RNAポリメラーゼを用い
る。
ライマーは、第1プライマー伸長物の核酸配列に対して
相補的な核酸配列を有し、標的核酸配列に対して十分に
相同である。第2プライマーは第1プライマー伸長物の
核酸配列に対して相補的な核酸配列に加えて、必要によ
りその5’末端側にプロモーター配列を有していても良
い。第2プライマーがプロモーター配列を有している場
合、第1プライマーのプロモーター配列と異なっていて
も同一であっても良い。異なる場合には、それぞれのプ
ロモーターに作用するDNA依存性RNAポリメラーゼ
を必要により複数用いる。たとえば、第2プライマーの
プロモーター配列にT7プロモーターを用いる場合には
T7RNAポリメラーゼを、T3プロモーターを用いる
場合にはT3RNAポリメラーゼを、SP6プロモータ
ーを用いる場合にはSP6RNAポリメラーゼを用い
る。
【0031】用いるDNA依存RNAポリメラーゼと付
随するプロモーター配列は上記の三種が好ましいが、こ
れらに限定されない。特に好ましくは、T7RNAポリ
メラーゼとそのプロモーター配列を使用するのが好まし
い。さらに好ましくは、第2プライマーがプロモーター
配列を有している場合、第1プライマーも第2プライマ
ーもT7RNAポリメラーゼのプロモーター配列を結合
せしめ、T7RNAポリメラーゼを用いてコピー数を増
加させるのがよい。
随するプロモーター配列は上記の三種が好ましいが、こ
れらに限定されない。特に好ましくは、T7RNAポリ
メラーゼとそのプロモーター配列を使用するのが好まし
い。さらに好ましくは、第2プライマーがプロモーター
配列を有している場合、第1プライマーも第2プライマ
ーもT7RNAポリメラーゼのプロモーター配列を結合
せしめ、T7RNAポリメラーゼを用いてコピー数を増
加させるのがよい。
【0032】第1プライマーと第2プライマーの標的核
酸配列、相補配列またはそれぞれのプライマーの伸長物
とハイブリダイズする領域は、配列表の各配列の連続し
た少なくとも15塩基からなる核酸配列が必要である。
Fahyらの報告によれば(PCR methods and Applications
1991;1:p25-33)、NASBA法と同等の技術である3
SR法では15塩基から30塩基が好ましいとの報告が
ある。従って、標的核酸配列の調製法やRNAポリメラ
ーゼを用いる増幅法の実施条件により、15塩基から3
0塩基の間で最適配列および最適配列長を選択すればよ
い。好ましくは、3’末端側の配列が、配列表に示す配
列の連続した少なくとも15塩基からなる核酸配列であ
ることが望ましい。ハイブリダイズする領域の理想的な
長さは、15塩基から配列表に示した全配列長が好まし
く、さらに好ましくは全配列長である。
酸配列、相補配列またはそれぞれのプライマーの伸長物
とハイブリダイズする領域は、配列表の各配列の連続し
た少なくとも15塩基からなる核酸配列が必要である。
Fahyらの報告によれば(PCR methods and Applications
1991;1:p25-33)、NASBA法と同等の技術である3
SR法では15塩基から30塩基が好ましいとの報告が
ある。従って、標的核酸配列の調製法やRNAポリメラ
ーゼを用いる増幅法の実施条件により、15塩基から3
0塩基の間で最適配列および最適配列長を選択すればよ
い。好ましくは、3’末端側の配列が、配列表に示す配
列の連続した少なくとも15塩基からなる核酸配列であ
ることが望ましい。ハイブリダイズする領域の理想的な
長さは、15塩基から配列表に示した全配列長が好まし
く、さらに好ましくは全配列長である。
【0033】本発明において、増幅用プライマーとして
は、下記の組み合わせがある。
は、下記の組み合わせがある。
【0034】
【表1】
【0035】本発明において使用するRNA依存DNA
ポリメラーゼ(逆転写酵素)は、オリゴデオキシリボヌ
クレオチド・プライマーおよびRNA鋳型からDNAを
合成しうる酵素をいう。さらに、この酵素はDNA依存
DNAポリメラーゼ(DNAポリメラーゼ)およびリボ
ヌクレアーゼH(RNaseH)活性を含み得る。この
ような酵素としては、トリ筋芽細胞ウイルスポリメラー
ゼ(AMV逆転写酵素)、Maloneyネズミ白血病
ウイルスのような別のレトロウイルス由来のものがあ
る。また、耐熱性RNA依存DNAポリメラーゼ(逆転
写酵素)としては、サーマス・サーモフィラース(Therm
us thermophilus)、サーマス・アクアティカス(Thermus
aquaticus) 由来のDNA依存DNAポリメラーゼにも
該酵素活性があることが知られている。
ポリメラーゼ(逆転写酵素)は、オリゴデオキシリボヌ
クレオチド・プライマーおよびRNA鋳型からDNAを
合成しうる酵素をいう。さらに、この酵素はDNA依存
DNAポリメラーゼ(DNAポリメラーゼ)およびリボ
ヌクレアーゼH(RNaseH)活性を含み得る。この
ような酵素としては、トリ筋芽細胞ウイルスポリメラー
ゼ(AMV逆転写酵素)、Maloneyネズミ白血病
ウイルスのような別のレトロウイルス由来のものがあ
る。また、耐熱性RNA依存DNAポリメラーゼ(逆転
写酵素)としては、サーマス・サーモフィラース(Therm
us thermophilus)、サーマス・アクアティカス(Thermus
aquaticus) 由来のDNA依存DNAポリメラーゼにも
該酵素活性があることが知られている。
【0036】本発明において使用するリボヌクレアーゼ
H(RNaseH)は相補的なDNAにアニーリングさ
れているRNAを加水分解し得る酵素をいう。この酵素
は1本鎖または2本鎖RNAまたは全てのDNAを加水
分解し得るべきではない。好ましい酵素としては、大腸
菌由来のRNaseH、ウシ胸腺由来のRNaseHな
どが挙げられる。また、耐熱性RNaseHとしては、
サーマス・サーモフィラス(Thermus thermophilus)由来
のRNaseHなどが挙げられる。さらに、サーマス・
サーモフィラス(Thermus thermophilus)由来のDNA依
存DNAポリメラーゼにもRNaseH活性があること
が見いだされ、該酵素を使用することにより、耐熱性R
NA依存DNAポリメラーゼ(逆転写酵素)と耐熱性R
NaseHに代えて、1種の物質(酵素)でもって、3
種の酵素活性を利用することが可能となる。
H(RNaseH)は相補的なDNAにアニーリングさ
れているRNAを加水分解し得る酵素をいう。この酵素
は1本鎖または2本鎖RNAまたは全てのDNAを加水
分解し得るべきではない。好ましい酵素としては、大腸
菌由来のRNaseH、ウシ胸腺由来のRNaseHな
どが挙げられる。また、耐熱性RNaseHとしては、
サーマス・サーモフィラス(Thermus thermophilus)由来
のRNaseHなどが挙げられる。さらに、サーマス・
サーモフィラス(Thermus thermophilus)由来のDNA依
存DNAポリメラーゼにもRNaseH活性があること
が見いだされ、該酵素を使用することにより、耐熱性R
NA依存DNAポリメラーゼ(逆転写酵素)と耐熱性R
NaseHに代えて、1種の物質(酵素)でもって、3
種の酵素活性を利用することが可能となる。
【0037】本発明において使用するDNA依存DNA
ポリメラーゼ(DNAポリメラーゼ)は、オリゴデオキ
シリボヌクレオチド・プライマーおよびDNA鋳型から
DNAを合成しうる酵素をいう。このような酵素として
は、例えばAMV逆転写酵素、ウシ胸腺のような哺乳動
物組織から単離されたDNAポリメラーゼ、大腸菌由来
のDNAポリメラーゼIのクレノウ断片、バクテリオフ
ァージT7由来のDNAポリメラーゼなどがある。ま
た、サーマス・サーモフィラス(Thermus thermophilu
s)、サーマス・アクアティカス(Thermus aquaticus) 、
ピロコッカス・フリオサス(Pyrococcus furiosus) 、サ
ーモコッカス・リトラリス(Thermococcus litoralis)由
来のDNAポリメラーゼなどが挙げられる。
ポリメラーゼ(DNAポリメラーゼ)は、オリゴデオキ
シリボヌクレオチド・プライマーおよびDNA鋳型から
DNAを合成しうる酵素をいう。このような酵素として
は、例えばAMV逆転写酵素、ウシ胸腺のような哺乳動
物組織から単離されたDNAポリメラーゼ、大腸菌由来
のDNAポリメラーゼIのクレノウ断片、バクテリオフ
ァージT7由来のDNAポリメラーゼなどがある。ま
た、サーマス・サーモフィラス(Thermus thermophilu
s)、サーマス・アクアティカス(Thermus aquaticus) 、
ピロコッカス・フリオサス(Pyrococcus furiosus) 、サ
ーモコッカス・リトラリス(Thermococcus litoralis)由
来のDNAポリメラーゼなどが挙げられる。
【0038】本発明において使用するDNA依存RNA
ポリメラーゼ(RNAポリメラーゼ)としては、プロモ
ーター配列に結合し、このプロモーター配列の近傍に規
定されている開始部位において、RNAの合成を特異的
に開始し得る酵素である。該酵素は鋳型に機能的なコピ
ー1つ当たりいくつかのRNAコピーを適度な時間内に
合成し得る。好ましい酵素としては、バクテリオファー
ジT7 RNAポリメラーゼ、ファージT3、ファージ
XII、サルモネラファージsp6またはシュードモナ
ス(Pseudomonas) ファージgh−1のような他のバクテ
リオファージRNAポリメラーゼなどを挙げることがで
きる。また、他の原核細胞または真核細胞由来のRNA
ポリメラーゼを使用することもできる。例えばサーマス
・サーモフィラス(Thermus thermophilus)、サーマス・
アクアティカス(Thermus aquaticus) 由来のDNAポリ
メラーゼにはRNAポリメラーゼ活性が存在することが
知られており、両活性をもつ1種のDNAポリメラーゼ
を共通に用いることも可能である。
ポリメラーゼ(RNAポリメラーゼ)としては、プロモ
ーター配列に結合し、このプロモーター配列の近傍に規
定されている開始部位において、RNAの合成を特異的
に開始し得る酵素である。該酵素は鋳型に機能的なコピ
ー1つ当たりいくつかのRNAコピーを適度な時間内に
合成し得る。好ましい酵素としては、バクテリオファー
ジT7 RNAポリメラーゼ、ファージT3、ファージ
XII、サルモネラファージsp6またはシュードモナ
ス(Pseudomonas) ファージgh−1のような他のバクテ
リオファージRNAポリメラーゼなどを挙げることがで
きる。また、他の原核細胞または真核細胞由来のRNA
ポリメラーゼを使用することもできる。例えばサーマス
・サーモフィラス(Thermus thermophilus)、サーマス・
アクアティカス(Thermus aquaticus) 由来のDNAポリ
メラーゼにはRNAポリメラーゼ活性が存在することが
知られており、両活性をもつ1種のDNAポリメラーゼ
を共通に用いることも可能である。
【0039】本発明を用いてNASBA法を行う場合
は、文献(J. Virol. Methods 35:273-286)等を参考に
実施すればよい。例えば、25μlの反応系において酵
素添加後の終濃度が40mM Tris(pH8.
5);20mM MgCl2 ;40mM KCl;5m
M DTT;15% DMSO; 1mM dNTP;
4.1mM rTNP;0.2μM 第1プライマー;
0.2μM 第2プライマーになるよう設定し、抽出さ
れたRNAと混ぜて、65℃で5分間加熱する。続い
て、2.5μgBSA、12U RNA Guard、
20U T7RNAポリメラーゼ、4U AMV逆転写
酵素、0.2U大腸菌由来リボヌクレアーゼH(RNa
seH)を添加し、25μlとし、3時間インキュベー
トすればよい。この増幅条件において、標的核酸配列の
抽出方法や抽出時の条件等により、プライマーの配列を
変更する必要が生じる場合がある。その場合には、上記
条件中、DMSO濃度やrNTP濃度等を最適化すれば
よい。
は、文献(J. Virol. Methods 35:273-286)等を参考に
実施すればよい。例えば、25μlの反応系において酵
素添加後の終濃度が40mM Tris(pH8.
5);20mM MgCl2 ;40mM KCl;5m
M DTT;15% DMSO; 1mM dNTP;
4.1mM rTNP;0.2μM 第1プライマー;
0.2μM 第2プライマーになるよう設定し、抽出さ
れたRNAと混ぜて、65℃で5分間加熱する。続い
て、2.5μgBSA、12U RNA Guard、
20U T7RNAポリメラーゼ、4U AMV逆転写
酵素、0.2U大腸菌由来リボヌクレアーゼH(RNa
seH)を添加し、25μlとし、3時間インキュベー
トすればよい。この増幅条件において、標的核酸配列の
抽出方法や抽出時の条件等により、プライマーの配列を
変更する必要が生じる場合がある。その場合には、上記
条件中、DMSO濃度やrNTP濃度等を最適化すれば
よい。
【0040】本発明で使用する検出プローブまたは捕捉
プローブは、配列表の配列番号5、6または7に示す核
酸配列の連続した少なくとも18塩基からなる核酸配列
が必要がある。検出プローブまたは捕捉プローブは、増
幅用プライマーと同じくデオキシリボ核酸(DNA)で
よく、化学合成により調製できる。例えばパーキン・エ
ルマー社のDNAシンセサイザー391型を用いてホス
ホアミダイト法により合成できる。脱保護はアンモニア
水で実施する。精製はFPLCでMONO−Qカラムや
逆相カラムにて実施しても良い。他の合成方法としてリ
ン酸トリエステル法、H−ホスホネート法、チオホスフ
ァイト法等がある。
プローブは、配列表の配列番号5、6または7に示す核
酸配列の連続した少なくとも18塩基からなる核酸配列
が必要がある。検出プローブまたは捕捉プローブは、増
幅用プライマーと同じくデオキシリボ核酸(DNA)で
よく、化学合成により調製できる。例えばパーキン・エ
ルマー社のDNAシンセサイザー391型を用いてホス
ホアミダイト法により合成できる。脱保護はアンモニア
水で実施する。精製はFPLCでMONO−Qカラムや
逆相カラムにて実施しても良い。他の合成方法としてリ
ン酸トリエステル法、H−ホスホネート法、チオホスフ
ァイト法等がある。
【0041】また、オリゴヌクレオチドの合成時にビオ
チン、リンカーアーム、蛍光物質等を有するヌクレオチ
ドまたはオリゴdGTP、オリゴdATP、オリゴdT
TPまたはオリゴdCTP等を5’末端または3’末端
に付加しても良い。または、ビオチン、リンカーアー
ム、蛍光物質等を有するヌクレオチドをオリゴヌクレオ
チド中のヌクレオチドの替わりに置換して合成しても良
い。さらに、合成したヌクレオチドに、後から放射性物
質や酵素、蛍光物質など公知の標識を導入しても良い。
このような標識化の例としては、オリゴヌクレオチドを
酵素標識する場合、リンカーアームを有するヌクレオチ
ドをデオキシウリジンから化学合成し、オリゴヌクレオ
チドの一員として置換または付加し(特開昭60-500717
号公報)、アルカリホスファターゼやパーオキシダーゼ
をリンカーに結合させればよい(Nucleic Acids Resear
ch; 14巻6115頁1986年)。また、標的核酸配列や増幅産
物に変異がある場合、プローブ中に欠失、挿入あるいは
置換などの点突然変異があってもよい。
チン、リンカーアーム、蛍光物質等を有するヌクレオチ
ドまたはオリゴdGTP、オリゴdATP、オリゴdT
TPまたはオリゴdCTP等を5’末端または3’末端
に付加しても良い。または、ビオチン、リンカーアー
ム、蛍光物質等を有するヌクレオチドをオリゴヌクレオ
チド中のヌクレオチドの替わりに置換して合成しても良
い。さらに、合成したヌクレオチドに、後から放射性物
質や酵素、蛍光物質など公知の標識を導入しても良い。
このような標識化の例としては、オリゴヌクレオチドを
酵素標識する場合、リンカーアームを有するヌクレオチ
ドをデオキシウリジンから化学合成し、オリゴヌクレオ
チドの一員として置換または付加し(特開昭60-500717
号公報)、アルカリホスファターゼやパーオキシダーゼ
をリンカーに結合させればよい(Nucleic Acids Resear
ch; 14巻6115頁1986年)。また、標的核酸配列や増幅産
物に変異がある場合、プローブ中に欠失、挿入あるいは
置換などの点突然変異があってもよい。
【0042】本発明の検出プローブは、前記の方法で酵
素、ビオチン、蛍光物質、放射性物質等の標識または該
標識を結合しうる物質により修飾を受けている必要があ
る。そして、それぞれの標識の特性を利用して検出操作
を実施すればよい。1つの検出法では、CMV由来の標
的核酸配列からの増幅産物をアガロースゲル電気泳動
後、サザンブロット法により核酸を膜に固定し、標識で
修飾された検出プローブとハイブリダイゼーションを行
い、標識の性質に応じた検出操作を行えば良い。また、
増幅産物を膜上にそのまま固定し、アルカリ変性後、上
記の方法で検出操作を行っても良い。
素、ビオチン、蛍光物質、放射性物質等の標識または該
標識を結合しうる物質により修飾を受けている必要があ
る。そして、それぞれの標識の特性を利用して検出操作
を実施すればよい。1つの検出法では、CMV由来の標
的核酸配列からの増幅産物をアガロースゲル電気泳動
後、サザンブロット法により核酸を膜に固定し、標識で
修飾された検出プローブとハイブリダイゼーションを行
い、標識の性質に応じた検出操作を行えば良い。また、
増幅産物を膜上にそのまま固定し、アルカリ変性後、上
記の方法で検出操作を行っても良い。
【0043】また、別の検出法として、検出プローブと
捕捉プローブを使用したサンドイッチ検出法がある。検
出プローブは前述のように酵素、ビオチン、蛍光物質、
放射性物質等の標識または該標識を結合し得る物質によ
り修飾を受けている必要がある。そして、捕捉プローブ
は、担体に吸着されれば、未修飾のままでも構わない
が、担体の性質に合わせてビオチン、リンカーアーム、
蛍光物質等を有するヌクレオチドを付加または置換、あ
るいはオリゴdGTP、オリゴdATP、オリゴdTT
P、オリゴdCTP等を付加すればよい。実際的な方法
としては、液相で標的核酸、検出プローブおよび担体に
捕捉が可能な修飾を施した捕捉プローブを反応させた
後、担体に結合した捕捉剤で、この修飾された捕捉プロ
ーブを捕捉する液相サンドイッチ法(特開昭61-195699
号公報、同61-274699 号公報、同62-229068 号公報、特
開平1-104200号公報、同1-501399号公報等);担体に直
接結合した捕捉プローブと標識または標識と結合しうる
物質で修飾した検出プローブを用いる固相サンドイッチ
法(特開昭60-188100号公報、同60-188397 号公報、同6
1-264240 号公報、同62-81564号公報等)等を用いても
よい。特に好ましくは、リンカーアームを含有した捕捉
プローブを固相に固定化し(特開平6-329694号公報)、
増幅産物と検出プローブをハイブリダイゼーションさせ
ることで検出をおこなえばよい。
捕捉プローブを使用したサンドイッチ検出法がある。検
出プローブは前述のように酵素、ビオチン、蛍光物質、
放射性物質等の標識または該標識を結合し得る物質によ
り修飾を受けている必要がある。そして、捕捉プローブ
は、担体に吸着されれば、未修飾のままでも構わない
が、担体の性質に合わせてビオチン、リンカーアーム、
蛍光物質等を有するヌクレオチドを付加または置換、あ
るいはオリゴdGTP、オリゴdATP、オリゴdTT
P、オリゴdCTP等を付加すればよい。実際的な方法
としては、液相で標的核酸、検出プローブおよび担体に
捕捉が可能な修飾を施した捕捉プローブを反応させた
後、担体に結合した捕捉剤で、この修飾された捕捉プロ
ーブを捕捉する液相サンドイッチ法(特開昭61-195699
号公報、同61-274699 号公報、同62-229068 号公報、特
開平1-104200号公報、同1-501399号公報等);担体に直
接結合した捕捉プローブと標識または標識と結合しうる
物質で修飾した検出プローブを用いる固相サンドイッチ
法(特開昭60-188100号公報、同60-188397 号公報、同6
1-264240 号公報、同62-81564号公報等)等を用いても
よい。特に好ましくは、リンカーアームを含有した捕捉
プローブを固相に固定化し(特開平6-329694号公報)、
増幅産物と検出プローブをハイブリダイゼーションさせ
ることで検出をおこなえばよい。
【0044】
【発明の効果】本発明のNASBA法に適した増幅用プ
ライマーと、該プライマーにより得られる増幅産物の判
定を行うための捕捉プローブおよび検出プローブを用い
れば、従来のCMVの臨床検査方法の問題点を解決で
き、簡便、迅速、特異的且つ高感度にCMVを検出可能
である。
ライマーと、該プライマーにより得られる増幅産物の判
定を行うための捕捉プローブおよび検出プローブを用い
れば、従来のCMVの臨床検査方法の問題点を解決で
き、簡便、迅速、特異的且つ高感度にCMVを検出可能
である。
【0045】
【実施例】以下、本発明を実施例を用いて説明する。実施例1 (プライマーの合成)ABI社DNAシンセサイザー 3
91型を用いて、ホスホアミダイト法にて配列表に示され
る配列、すなわち、T7RNAポリメラーゼのプロモー
ター配列を5’末端に結合したサイトメガロウイルスの
mRNAに相補的な配列を有する第1プライマー(配列
番号1)およびサイトメガロウイルスのmRNAに相同
な配列を有する第2プライマー(配列番号2、3、4)
を合成した。具体的な手法は、ABI社マニュアルに従
い、0.2Mスケールで実施した。各種オリゴヌクレオ
チドの脱保護はアンモニア水で55℃で一夜実施した。
精製はファルマシア社製FPLCで逆相カラムにて実施
した。
91型を用いて、ホスホアミダイト法にて配列表に示され
る配列、すなわち、T7RNAポリメラーゼのプロモー
ター配列を5’末端に結合したサイトメガロウイルスの
mRNAに相補的な配列を有する第1プライマー(配列
番号1)およびサイトメガロウイルスのmRNAに相同
な配列を有する第2プライマー(配列番号2、3、4)
を合成した。具体的な手法は、ABI社マニュアルに従
い、0.2Mスケールで実施した。各種オリゴヌクレオ
チドの脱保護はアンモニア水で55℃で一夜実施した。
精製はファルマシア社製FPLCで逆相カラムにて実施
した。
【0046】(CMV培養液からRNAの調製)Boomら
の手法(J. Clin. Microbiol. 28:495-503)に基づき、
CMV(AD 169株)感染細胞からRNAを調製した。す
なわち、培養細胞液をトリトンX−100とグアニジウ
ムチオシアネート(GuSCN)を含む溶解用緩衝液中
で処理後、シリカを添加し、mRNAを吸着させた。m
RNA吸着シリカをGuSCNを含む洗浄用緩衝液で2
〜3回洗浄後、アセトンでGnSCNを除去し、乾燥さ
せた。溶出はリボヌクレアーゼ(RNase)やデオキ
シリボヌクレアーゼ(DNase)を含まない蒸留水で
行った。溶出液は、同蒸留水で段階希釈した。
の手法(J. Clin. Microbiol. 28:495-503)に基づき、
CMV(AD 169株)感染細胞からRNAを調製した。す
なわち、培養細胞液をトリトンX−100とグアニジウ
ムチオシアネート(GuSCN)を含む溶解用緩衝液中
で処理後、シリカを添加し、mRNAを吸着させた。m
RNA吸着シリカをGuSCNを含む洗浄用緩衝液で2
〜3回洗浄後、アセトンでGnSCNを除去し、乾燥さ
せた。溶出はリボヌクレアーゼ(RNase)やデオキ
シリボヌクレアーゼ(DNase)を含まない蒸留水で
行った。溶出液は、同蒸留水で段階希釈した。
【0047】(検出用プローブの調製) (1)リンカーアームを有するCMV検出オリゴヌクレ
オチドの合成 ABI社DNAシンセサイザー 391型を用いて、ホスホ
アミダイト法にて配列表に示される核酸配列、すなわ
ち、検出プローブ(配列番号5、6、7)を合成した。
この際、特表昭60-500717号公報に掲載された合成法に
より、デオキシウリジンから化学合成した5位にリンカ
ーアームを有するウリジンを上記オリゴヌクレオチドに
導入した。このウリジンはオリゴヌクレオチド内に任意
のTと置換しうるが、この実施例においては5’末端に
結合した。合成されたリンカーオリゴヌクレオチドの脱
保護はアンモニア水で55℃で一夜実施した。精製はフ
ァルマシア社製FPLCで逆相カラムにて実施した。
オチドの合成 ABI社DNAシンセサイザー 391型を用いて、ホスホ
アミダイト法にて配列表に示される核酸配列、すなわ
ち、検出プローブ(配列番号5、6、7)を合成した。
この際、特表昭60-500717号公報に掲載された合成法に
より、デオキシウリジンから化学合成した5位にリンカ
ーアームを有するウリジンを上記オリゴヌクレオチドに
導入した。このウリジンはオリゴヌクレオチド内に任意
のTと置換しうるが、この実施例においては5’末端に
結合した。合成されたリンカーオリゴヌクレオチドの脱
保護はアンモニア水で55℃で一夜実施した。精製はフ
ァルマシア社製FPLCで逆相カラムにて実施した。
【0048】(2)リンカーオリゴヌクレオチドのアル
カリホスファターゼによる標識化 上記リンカーオリゴヌクレオチドのリンカー部位を介し
て、アルカリホスファターゼを文献(Nucleic Acids Re
search, vol.14, p.6114, 1986)に従って結合した。リ
ンカーオリゴヌクレオチド1.5A260 を0.2M N
aHC03 12.5μlに溶解し、ここへ10mgスベ
リン酸スクシニミジル(DSS)25μlを加えて、室
温で2分間反応させた。反応液を1mM CH3 COO
Na(pH5.0)で平衡化したセファデックスG−2
5カラムでゲル濾過して過剰のDSSを除去した。
カリホスファターゼによる標識化 上記リンカーオリゴヌクレオチドのリンカー部位を介し
て、アルカリホスファターゼを文献(Nucleic Acids Re
search, vol.14, p.6114, 1986)に従って結合した。リ
ンカーオリゴヌクレオチド1.5A260 を0.2M N
aHC03 12.5μlに溶解し、ここへ10mgスベ
リン酸スクシニミジル(DSS)25μlを加えて、室
温で2分間反応させた。反応液を1mM CH3 COO
Na(pH5.0)で平衡化したセファデックスG−2
5カラムでゲル濾過して過剰のDSSを除去した。
【0049】末端のアミノ基が活性化されたリンカーオ
リゴヌクレオチドを、さらにモル比で2倍量のアルカリ
ホスファターゼ (100mM NaHCO3, 3M HClに溶解したも
の)と室温で16時間反応させることにより、アルカリ
ホスファターゼ標識プローブを得た。得られた標識プロ
ーブはファルマシア製FPLCで陰イオン交換カラムを
用いて精製した標識プローブを含む画分を集め、セント
リコン30K(アミコン社)を用いて限外濾過法により
濃縮した。
リゴヌクレオチドを、さらにモル比で2倍量のアルカリ
ホスファターゼ (100mM NaHCO3, 3M HClに溶解したも
の)と室温で16時間反応させることにより、アルカリ
ホスファターゼ標識プローブを得た。得られた標識プロ
ーブはファルマシア製FPLCで陰イオン交換カラムを
用いて精製した標識プローブを含む画分を集め、セント
リコン30K(アミコン社)を用いて限外濾過法により
濃縮した。
【0050】(増幅反応)増幅反応は文献(J. Virol.
Methods 35:273-286)に基づき実施した。すなわち、2
5μlの反応系において酵素添加後の終濃度が40mM
Tris (pH8.5);20mM MgCl2 ;40mM
KCl;5mM DTT;15% DMSO;1mM
dNTP;4.1mM rNTP;0.2μM 第1
プライマー;0.2μM 第2プライマーになるよう設
定し、抽出したRNAと混ぜて、65℃で5分間加熱し
た。2.5μgBSA、12U RNA Guard、
20U T7RNAポリメラーゼ、4U AMV逆転写
酵素、0.2U リボヌクレアーゼH(RNaseH)
を添加して25μlとし、3時間インキュベートした。
Methods 35:273-286)に基づき実施した。すなわち、2
5μlの反応系において酵素添加後の終濃度が40mM
Tris (pH8.5);20mM MgCl2 ;40mM
KCl;5mM DTT;15% DMSO;1mM
dNTP;4.1mM rNTP;0.2μM 第1
プライマー;0.2μM 第2プライマーになるよう設
定し、抽出したRNAと混ぜて、65℃で5分間加熱し
た。2.5μgBSA、12U RNA Guard、
20U T7RNAポリメラーゼ、4U AMV逆転写
酵素、0.2U リボヌクレアーゼH(RNaseH)
を添加して25μlとし、3時間インキュベートした。
【0051】(検出)反応溶液1μlをナイロン膜に滴
下後、アルカリ性条件下で核酸を固定した。この膜を中
和後、アルカリ性条件下で固定した。この膜を中和後、
ハイブリダイゼーションバックに移し、上記アルカリフ
ォスファターゼ標識核酸プローブを含むハイブリダイゼ
ーションバッファー(5×SSC, 0.5%BSA, 0.5%PVP, 1%SD
S) を加えて、50℃で15分間ハイブリダイゼーショ
ンを行った。ナイロン膜をポリバックから取り出し、洗
浄液1(1×SSC, 1%SDS) で50℃、10分間浸透洗浄し
た。さらに洗浄液2(1×SSC)で室温10分間浸透洗浄し
た。膜を新しいハイブリダイゼーションバックに移し、
基質液 (0.1M Tris, 0.1M NaCl, 0.1M MgCl2, 0.3MMgCl
2, ニトロブルーテトラゾリウム、0.3mg/mlブロムクロ
ロフェニルホスフェート、pH7.5)を入れ、シール後、3
7℃で30分間インキュベートした。
下後、アルカリ性条件下で核酸を固定した。この膜を中
和後、アルカリ性条件下で固定した。この膜を中和後、
ハイブリダイゼーションバックに移し、上記アルカリフ
ォスファターゼ標識核酸プローブを含むハイブリダイゼ
ーションバッファー(5×SSC, 0.5%BSA, 0.5%PVP, 1%SD
S) を加えて、50℃で15分間ハイブリダイゼーショ
ンを行った。ナイロン膜をポリバックから取り出し、洗
浄液1(1×SSC, 1%SDS) で50℃、10分間浸透洗浄し
た。さらに洗浄液2(1×SSC)で室温10分間浸透洗浄し
た。膜を新しいハイブリダイゼーションバックに移し、
基質液 (0.1M Tris, 0.1M NaCl, 0.1M MgCl2, 0.3MMgCl
2, ニトロブルーテトラゾリウム、0.3mg/mlブロムクロ
ロフェニルホスフェート、pH7.5)を入れ、シール後、3
7℃で30分間インキュベートした。
【0052】(結果)各プライマーとプローブの組合せ
を検討した結果を図2に示す。第1プライマーとして配
列表・配列番号1の配列を用いて、第2プライマーとし
て配列表・配列番号3、4の配列を用いたときが、検出
感度が最も高かった。第2プライマーとして配列番号2
の配列を用いるときは検出感度は低いが、CMVの検出
においては病態との関連もあり、低感度が好ましい場合
がある。従って、必要な検出感度に合わせて、最適な組
合せを選択すればよい。
を検討した結果を図2に示す。第1プライマーとして配
列表・配列番号1の配列を用いて、第2プライマーとし
て配列表・配列番号3、4の配列を用いたときが、検出
感度が最も高かった。第2プライマーとして配列番号2
の配列を用いるときは検出感度は低いが、CMVの検出
においては病態との関連もあり、低感度が好ましい場合
がある。従って、必要な検出感度に合わせて、最適な組
合せを選択すればよい。
【0053】実施例2 (プライマーの合成)ABI社DNAシンセサイザー 3
91型を用いて、ホスホアミダイト法にて配列表に示され
る配列、すなわち、T7RNAポリメラーゼのプロモー
ター配列(AAT TCT AAT ACG ACT CAC TAT AGG GAG GA
)を5’末端に結合したサイトメガロウイルスのmR
NAに相補的な配列を有する第1プライマー(配列番号
1)とサイトメガロウイルスのmRNAに相同な配列を
有する第2プライマー(配列番号4)を合成した。具体
的な手法はABI社マニュアルに従い、0.2Mスケー
ルで実施した。各種オリゴヌクレオチドの脱保護はアン
モニア水で55℃で一夜実施した。精製はファルマシア
社製FPLCで逆相カラムにて実施した。
91型を用いて、ホスホアミダイト法にて配列表に示され
る配列、すなわち、T7RNAポリメラーゼのプロモー
ター配列(AAT TCT AAT ACG ACT CAC TAT AGG GAG GA
)を5’末端に結合したサイトメガロウイルスのmR
NAに相補的な配列を有する第1プライマー(配列番号
1)とサイトメガロウイルスのmRNAに相同な配列を
有する第2プライマー(配列番号4)を合成した。具体
的な手法はABI社マニュアルに従い、0.2Mスケー
ルで実施した。各種オリゴヌクレオチドの脱保護はアン
モニア水で55℃で一夜実施した。精製はファルマシア
社製FPLCで逆相カラムにて実施した。
【0054】(捕捉用プローブの合成)ABI社DNA
シンセサイザー 391型を用いて、ホスホアミダイト法に
て配列表に示される配列、すなわち、捕捉用プローブ
(配列番号5、6、7)を合成した。この際、特表昭60
-500717 号公報に掲載された合成法により、デオキシウ
リジンから化学合成した5位にリンカーアームを有する
ウリジンを上記オリゴヌクレオチドに導入した。このウ
リジンはオリゴヌクレオチド内に任意のTと置換しうる
が、この実施例においては5’末端に結合した。合成さ
れたリンカーオリゴヌクレオチドの脱保護はアンモニア
水で55℃で一夜実施した。精製はファルマシア社製F
PLCで逆相カラムにて実施した。
シンセサイザー 391型を用いて、ホスホアミダイト法に
て配列表に示される配列、すなわち、捕捉用プローブ
(配列番号5、6、7)を合成した。この際、特表昭60
-500717 号公報に掲載された合成法により、デオキシウ
リジンから化学合成した5位にリンカーアームを有する
ウリジンを上記オリゴヌクレオチドに導入した。このウ
リジンはオリゴヌクレオチド内に任意のTと置換しうる
が、この実施例においては5’末端に結合した。合成さ
れたリンカーオリゴヌクレオチドの脱保護はアンモニア
水で55℃で一夜実施した。精製はファルマシア社製F
PLCで逆相カラムにて実施した。
【0055】(捕捉プローブの固相担体への結合)固相
担体として、ポリスチレン製のマイクロタイタープレー
ト(マイクロライト2、ダイナテック社)を用いた。捕
捉プローブを50mMホウ酸緩衝液で10pmole/
mlに希釈した。その溶液をマイクロタイタープレート
のウェルの100μlずつ分注し、室温で一夜インキュ
ベートした。得られたプレートから捕捉プローブ溶液を
アスピレーターで除き、非特異的結合を避けるためにブ
ロックバッファーを150μlずつ分注し、室温で2時
間放置しブロックした。
担体として、ポリスチレン製のマイクロタイタープレー
ト(マイクロライト2、ダイナテック社)を用いた。捕
捉プローブを50mMホウ酸緩衝液で10pmole/
mlに希釈した。その溶液をマイクロタイタープレート
のウェルの100μlずつ分注し、室温で一夜インキュ
ベートした。得られたプレートから捕捉プローブ溶液を
アスピレーターで除き、非特異的結合を避けるためにブ
ロックバッファーを150μlずつ分注し、室温で2時
間放置しブロックした。
【0056】(増幅反応)標的核酸は、実施例1で用い
た核酸段階希釈液の1/1000希釈液を使用した。標
的核酸は実施例1と同じ方法を用いて増幅反応を行っ
た。
た核酸段階希釈液の1/1000希釈液を使用した。標
的核酸は実施例1と同じ方法を用いて増幅反応を行っ
た。
【0057】(サンドイッチハイブリダイゼーション法
による検出)得られた増幅産物を等量の0.6N Na
OHを加え、室温で1分間変性させた。捕捉プローブ結
合プレートよりブロックバッファーを除き、変性させた
試料10μlを添加した。次にハイブリダイゼーション
緩衝液を100μl加え、50℃で60分間ハイブリダ
イゼーションを行った。溶液をウェルからから除き、洗
浄液1(2×SSC, 1% ラウリル硫酸ナトリウム)を200
μl加えて、50℃で5分間洗浄した。続いて洗浄液1
を除き、200μlの1×SSCでウェル内をすすぎ、
アルカリ性ホスファターゼ標識プローブ溶液100μl
を加え、50℃で60分間ハイブリダイゼーションを行
った。プローブ溶液をウェルから除き、洗浄液1を20
0μl加えて、50℃で10分間洗浄し、次に洗浄液2
(1×SSC,0.5% Triton X-100)を200μl加え、室温
で10分間洗浄した。最後に1×SSCを200μl加
えて、ウェル内をすすいだ後、アルカリ性フォスファタ
ーゼの基質である化学発光物質、Lumiphos 480(和光純
薬社)を100μl加え、37℃、暗所で15分間発光
反応を行った。発光量は、マイクロライト1000(ダ
イナテック社)で測定した。
による検出)得られた増幅産物を等量の0.6N Na
OHを加え、室温で1分間変性させた。捕捉プローブ結
合プレートよりブロックバッファーを除き、変性させた
試料10μlを添加した。次にハイブリダイゼーション
緩衝液を100μl加え、50℃で60分間ハイブリダ
イゼーションを行った。溶液をウェルからから除き、洗
浄液1(2×SSC, 1% ラウリル硫酸ナトリウム)を200
μl加えて、50℃で5分間洗浄した。続いて洗浄液1
を除き、200μlの1×SSCでウェル内をすすぎ、
アルカリ性ホスファターゼ標識プローブ溶液100μl
を加え、50℃で60分間ハイブリダイゼーションを行
った。プローブ溶液をウェルから除き、洗浄液1を20
0μl加えて、50℃で10分間洗浄し、次に洗浄液2
(1×SSC,0.5% Triton X-100)を200μl加え、室温
で10分間洗浄した。最後に1×SSCを200μl加
えて、ウェル内をすすいだ後、アルカリ性フォスファタ
ーゼの基質である化学発光物質、Lumiphos 480(和光純
薬社)を100μl加え、37℃、暗所で15分間発光
反応を行った。発光量は、マイクロライト1000(ダ
イナテック社)で測定した。
【0058】(効果)各検出プローブと捕捉プローブの
組合せを検討した(表2)。各組合わせにより検出量に
差はあるものの、全ての組合せで増幅産物が検出でき
た。最も高い検出感度を示したのは、配列番号5を捕捉
プローブとし、配列番号7を検出プローブにした場合で
あった。低検出値を必要とする検出系では、検出値の低
い組合せを用いればよい。つまり、必要な検出感度に合
わせて、最適な組合せを選択すればよい。
組合せを検討した(表2)。各組合わせにより検出量に
差はあるものの、全ての組合せで増幅産物が検出でき
た。最も高い検出感度を示したのは、配列番号5を捕捉
プローブとし、配列番号7を検出プローブにした場合で
あった。低検出値を必要とする検出系では、検出値の低
い組合せを用いればよい。つまり、必要な検出感度に合
わせて、最適な組合せを選択すればよい。
【0059】
【表2】
【0060】
配列番号:1 配列の長さ:27 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 配列の特徴:サイトメガロウイルスのmRNAに相補的
な配列を有する。 配列: GGGAATCGTC GACTTTGAAT TCTTCGA 27
な配列を有する。 配列: GGGAATCGTC GACTTTGAAT TCTTCGA 27
【0061】配列番号:2 配列の長さ:25 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 配列の特徴:サイトメガロウイルスのmRNAに相同な
配列を有する。 配列: GTCCCGACTA CCATCAGCAG TACCA 25
配列を有する。 配列: GTCCCGACTA CCATCAGCAG TACCA 25
【0062】配列番号:3 配列の長さ:24 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 配列の特徴:サイトメガロウイルスのmRNAに相同な
配列を有する。 配列: GGCCGGTCGG CTTCTGTTTT ATTA 24
配列を有する。 配列: GGCCGGTCGG CTTCTGTTTT ATTA 24
【0063】配列番号:4 配列の長さ:25 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 配列の特徴:サイトメガロウイルスのmRNAに相同な
配列を有する。 配列: TCCTTTCCTT AATCTCGGAT TATCA 25
配列を有する。 配列: TCCTTTCCTT AATCTCGGAT TATCA 25
【0064】配列番号:5 配列の長さ:23 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 配列の特徴:サイトメガロウイルスのmRNAに相同な
配列を有する。 配列: TTCCCTCTCC TACCTACCAC GAA 23
配列を有する。 配列: TTCCCTCTCC TACCTACCAC GAA 23
【0065】配列番号:6 配列の長さ:24 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 配列の特徴:サイトメガロウイルスのmRNAに相同な
配列を有する。 配列: CGCAGATGAT AAACAAGAGG GTAA 24
配列を有する。 配列: CGCAGATGAT AAACAAGAGG GTAA 24
【0066】配列番号:7 配列の長さ:24 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 配列の特徴:サイトメガロウイルスのmRNAに相同な
配列を有する。 配列: ACAGACATTT GGGTACCTCA GCTT 24
配列を有する。 配列: ACAGACATTT GGGTACCTCA GCTT 24
【図1】増幅用第1プライマー、増幅用第2プライマ
ー、検出プローブおよび捕捉プローブの位置関係を示す
図である。
ー、検出プローブおよび捕捉プローブの位置関係を示す
図である。
【図2】各プライマーと各プローブの組合せの検討結果
を示す図である。
を示す図である。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (72)発明者 山西 弘一 大阪府豊能郡豊能町光風台2−1−21 (72)発明者 近藤 一博 大阪市平野区平野宮町1−8−3−164 (72)発明者 多屋 馨子 吹田市山田東1−1−31−205
Claims (13)
- 【請求項1】 配列表・配列番号1記載の核酸配列のう
ち、少なくとも連続した15塩基からなる核酸配列を含
むことを特徴とする核酸配列(β2.7)を利用したサ
イトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用オリゴヌクレ
オチド。 - 【請求項2】 配列表・配列番号2、3または4記載の
核酸配列のうち、少なくとも連続した15塩基からなる
核酸配列を含むことを特徴とする核酸配列(β2.7)
を利用したサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用
オリゴヌクレオチド。 - 【請求項3】 請求項1または2記載のサイトメガロウ
イルス(CMV)増幅用オリゴヌクレオチドの5’末端
に、DNA依存RNAポリメラーゼのプロモーター配列
が結合していることを特徴とする核酸配列(β2.7)
を利用したサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用
オリゴヌクレオチド。 - 【請求項4】 配列表・配列番号1記載の核酸配列のう
ち、少なくとも連続した15塩基からなる核酸配列を含
むサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用オリゴヌ
クレオチドおよび配列表・配列番号2、3または4記載
の核酸配列のうち、少なくとも連続した15塩基からな
る核酸配列を含むサイトメガロウイルス(CMV)核酸
増幅用オリゴヌクレオチドであって、少なくとも1つの
該オリゴヌクレオチドの5’末端に、DNA依存RNA
ポリメラーゼのプロモーター配列が結合していることを
特徴とするサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用
オリゴヌクレオチド。 - 【請求項5】 サイトメガロウイルス(CMV)の核酸
配列を増幅するための試薬キットであって、(a)配列
表・配列番号1記載の核酸配列のうち、少なくとも連続
した15塩基からなる核酸配列を含み、かつ、その5’
末端側にプロモーター配列を有するサイトメガロウイル
ス(CMV)核酸増幅用第1プライマー、(b)配列表
・配列番号2、3または4記載の核酸配列のうち、少な
くとも連続した15塩基からなる核酸配列を含むサイト
メガロウイルス(CMV)核酸増幅用第2プライマー、
(c)RNA依存DNAポリメラーゼ活性を有する物
質、(d)リボヌクレアーゼH活性を有する物質、
(e)DNA依存DNAポリメラーゼ活性を有する物
質、(f)DNA依存RNAポリメラーゼ活性を有する
物質、(g)リボヌクレオシドトリホスフェートおよび
(h)デオキシリボヌクレオシドトリホスフェートを含
む試薬キット。 - 【請求項6】 サイトメガロウイルス(CMV)の核酸
配列を増幅するための試薬キットであって、(a)配列
表・配列番号2、3または4記載の核酸配列のうち、少
なくとも連続した15塩基からなる核酸配列を含み、か
つ、その5’末端側にプロモーター配列を有するサイト
メガロウイルス(CMV)核酸増幅用第1プライマー、
(b)配列表・配列番号1記載の核酸配列のうち、少な
くとも連続した15塩基からなる核酸配列を含むサイト
メガロウイルス(CMV)核酸増幅用第2プライマー、
(c)RNA依存DNAポリメラーゼ活性を有する物
質、(d)リボヌクレアーゼH活性を有する物質、
(e)DNA依存DNAポリメラーゼ活性を有する物
質、(f)DNA依存RNAポリメラーゼ活性を有する
物質、(g)リボヌクレオシドトリホスフェートおよび
(h)デオキシリボヌクレオシドトリホスフェートを含
む試薬キット。 - 【請求項7】 サイトメガロウイルス(CMV)の核酸
配列を増幅するための試薬キットであって、(a)配列
表・配列番号1記載の核酸配列のうち、少なくとも連続
した15塩基からなる核酸配列を含み、かつ、その5’
末端側にプロモーター配列を有するサイトメガロウイル
ス(CMV)核酸増幅用第1プライマー、(b)配列表
・配列番号2、3または4記載の核酸配列のうち、少な
くとも連続した15塩基からなる核酸配列を含み、か
つ、その5’末端側にプロモーター配列を有するサイト
メガロウイルス(CMV)核酸増幅用第2プライマー、
(c)RNA依存DNAポリメラーゼ活性を有する物
質、(d)リボヌクレアーゼH活性を有する物質、
(e)DNA依存DNAポリメラーゼ活性を有する物
質、(f)DNA依存RNAポリメラーゼ活性を有する
物質、(g)リボヌクレオシドトリホスフェートおよび
(h)デオキシリボヌクレオシドトリホスフェートを含
む試薬キット。 - 【請求項8】 下記工程(1)〜(10)を含むことを
特徴とする核酸配列(β2.7)を利用したサイトメガ
ロウイルス(CMV)核酸増幅方法。 (1)検体から必要によりRNA(+)からなる標的核
酸の抽出操作を行い、 (2)RNA(+)を鋳型として、配列表・配列番号1
記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15塩基か
らなる核酸配列を含み、かつ、その5’末端側にプロモ
ーター配列を有するサイトメガロウイルス(CMV)核
酸増幅用第1プライマーをハイブリダイズさせ、RNA
依存DNAポリメラーゼにより伸長させて、RNA/D
NAハイブリッド伸長生成物を得る。 (3)RNA/DNAハイブリッド伸長生成物のRNA
のみを特異的に分解するリボヌクレアーゼHにより、R
NA/DNAハイブリッド伸長生成物からRNAを分解
して、1本鎖DNAを得る; (4)該1本鎖DNAを鋳型として、配列表・配列番号
2、3または4記載の核酸配列のうち、少なくとも連続
した15塩基からなる核酸配列を含むサイトメガロウイ
ルス(CMV)核酸増幅用第2プライマーをハイブリダ
イズさせ、DNA依存DNAポリメラーゼによりDNA
伸長反応を行って、5’末端上流に機能可能なプロモー
ター配列を有する2本鎖DNA中間体を生成させる; (5)該2本鎖DNA中間体から、前記プロモーター配
列を認識することができるDNA依存RNAポリメラー
ゼにより1本鎖RNA(−)のコピーを増加ささせる; (6)上記工程で得られた1本鎖RNA(−)を鋳型と
して、配列表・配列番号2、3または4記載の核酸配列
のうち、少なくとも連続した15残基からなる核酸配列
を含むサイトメガロウイルス(CMV)核酸増幅用第2
プライマーをハイブリダイズさせ、RNA依存DNAポ
リメラーゼによりDNA伸長反応を行って、RNA/D
NAハイブリッド伸長生成物を得る; (7)RNA/DNAハイブリッド伸長生成物のRNA
のみを特異的に分解するリボヌクレアーゼHにより、R
NA/DNAハイブリッド伸長生成物からRNAを分解
して、1本鎖DNAを得る; (8)該1本鎖DNAを鋳型として配列表・配列番号1
記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15塩基か
らなる核酸配列を含み、かつ、その5’末端側にプロモ
ーター配列を有するサイトメガロウイルス(CMV)核
酸増幅用第1プライマーをハイブリダイズさせ、DNA
依存DNAポリメラーゼによりDNA伸長反応を行っ
て、5’末端上流に機能可能なプロモーター配列を有す
る2本鎖DNA中間体を生成させる; (9)該2本鎖DNA中間体から、前記プロモーター配
列を認識することができるDNA依存RNAポリメラー
ゼにより1本鎖RNA(−)のコピーを増加させる;そ
して (10)必要により、得られた1本鎖RNA(−)を鋳
型として、前記(6)〜(9)を繰り返す。 - 【請求項9】 下記工程(1)〜(10)を含むことを
特徴とする核酸配列(β2.7)を利用したサイトメガ
ロウイルス(CMV)核酸増幅方法。 (1)検体から必要によりRNA(+)からなる標的核
酸の抽出操作を行い、 (2)RNA(+)を鋳型として、配列表・配列番号1
記載の核酸配列のうち、少なくとも連続した15塩基か
らなる核酸配列を含み、かつ、その5’末端側にプロモ
ーター配列を有するサイトメガロウイルス(CMV)核
酸増幅用第1プライマーをハイブリダイズさせ、RNA
依存DNAポリメラーゼにより伸長させて、RNA/D
NAハイブリッド伸長生成物を得る。 (3)RNA/DNAハイブリッド伸長生成物のRNA
のみを特異的に分解するリボヌクレアーゼHにより、R
NA/DNAハイブリッド伸長生成物からRNAを分解
して、1本鎖DNAを得る; (4)該1本鎖DNAを鋳型として、配列表・配列番号
2、3または4記載の核酸配列のうち、少なくとも連続
した15塩基からなる核酸配列を含み、かつ、その5’
末端側にプロモーター配列を有するサイトメガロウイル
ス(CMV)核酸増幅用第2プライマーをハイブリダイ
ズさせ、DNA依存DNAポリメラーゼによりDNA伸
長反応を行って、5’末端上流に機能可能なプロモータ
ー配列を有する2本鎖DNA中間体を生成させる;(こ
こで第1プライマーまたは第2プライマーの核酸配列は
標的核酸配列に対して十分に相補的または相同であり、
第1プライマーの3’末端は相補的鎖上の第2プライマ
ーの3’末端に向けられている) (5)該2本鎖DNA中間体から、前記プロモーター配
列を認識することができるDNA依存RNAポリメラー
ゼにより1本鎖RNA(−)のコピーを増加ささせる; (6)上記工程で得られた1本鎖RNA(−)を鋳型と
して、配列表・配列番号1記載の核酸配列のうち、少な
くとも連続した15塩基からなる核酸配列を含み、か
つ、その5’末端側にプロモーター配列を有するサイト
メガロウイルス(CMV)核酸増幅用第2プライマーを
ハイブリダイズさせ、RNA依存DNAポリメラーゼに
よりDNA伸長反応を行って、RNA/DNAハイブリ
ッド伸長生成物を得る; (7)RNA/DNAハイブリッド伸長生成物のRNA
のみを特異的に分解するリボヌクレアーゼHにより、R
NA/DNAハイブリッド伸長生成物からRNAを分解
して、1本鎖DNAを得る; (8)該1本鎖DNAを鋳型として、配列表・配列番号
2、3または4記載の核酸配列のうち、少なくとも連続
した15塩基からなる核酸配列を含み、かつ、その5’
末端側にプロモーター配列を有するサイトメガロウイル
ス(CMV)核酸増幅用第1プライマーをハイブリダイ
ズさせ、DNA依存DNAポリメラーゼによりDNA伸
長反応を行って、5’末端上流に機能可能なプロモータ
ー配列を有する2本鎖DNA中間体を生成させる; (9)該2本鎖DNA中間体から、前記プロモーター配
列を認識することができるDNA依存RNAポリメラー
ゼにより1本鎖RNA(−)のコピーを増加させる;そ
して (10)必要により、得られた1本鎖RNA(−)を鋳
型として、前記(6)〜(9)を繰り返す。 - 【請求項10】 配列表・配列番号5、6および/また
は7記載の核酸配列または相補的な核酸配列のうち、少
なくとも連続した15塩基からなる核酸配列または該核
酸配列が必要により修飾されていることを特徴とするC
MV核酸検出プローブおよび/または捕捉プローブ。 - 【請求項11】 請求項5〜7記載のサイトメガロウイ
ルス(CMV)の核酸配列を増幅するための試薬キット
に、さらに、配列表・配列番号5、6および/または7
記載の核酸配列または相補的な核酸配列のうち、少なく
とも連続した15塩基からなる核酸配列または該核酸配
列が必要により修飾されているCMV核酸検出プローブ
および/または捕捉プローブを含むことを特徴とするサ
イトメガロウイルス(CMV)の核酸配列を検出するた
めの試薬キット。 - 【請求項12】 請求項8〜9のいずれか1項記載のサ
イトメガロウイルス(CMV)増幅方法にて増幅された
RNA(−)のコピーを、配列表・配列番号5、6およ
び/または7記載の核酸配列のうち、少なくとも連続し
た15塩基からなる核酸配列または該核酸配列が標識で
修飾されているCMV検出プローブ及び/又は必要によ
り修飾されている捕捉プローブを用いて検出することを
特徴とする核酸配列(β2.7)を利用したサイトメガ
ロウイルス(CMV)核酸の検出方法。 - 【請求項13】 請求項8〜9のいずれか1項記載のサ
イロメガロウイルス(CMV)増幅方法にて増幅された
RNA(−)のコピーを、固相担体に吸着または結合し
た、配列表・配列番号5、6および/または7記載の核
酸配列のうち、少なくとも連続した15塩基からなる核
酸配列が必要により修飾された捕捉プローブおよび配列
表・配列番号5、6および/または7記載の核酸配列の
うち、少なくとも連続した15塩基からなる核酸配列
が、標識で修飾された検出プローブをハイブリダイズさ
せ、未反応の検出プローブを分離し、捕捉プローブ、R
NA(−)のコピーおよび検出プローブの複合体の標識
を測定することを特徴とする核酸配列(β2.7)を利
用したサイトメガロウイルス(CMV)核酸の検出方
法。
Priority Applications (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP8107789A JPH09289900A (ja) | 1996-04-26 | 1996-04-26 | 核酸配列(β2.7)を利用したサイトメガロウイルス(CMV)の核酸増幅ならびに検出用試薬キット |
| EP97106495A EP0803578B1 (en) | 1996-04-26 | 1997-04-18 | Kit for amplification and detection of nucleic acid of cytomegalovirus (cmv) utilizing a nucleic acid sequence (ss2.7) |
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Applications Claiming Priority (1)
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|---|---|---|---|
| JP8107789A JPH09289900A (ja) | 1996-04-26 | 1996-04-26 | 核酸配列(β2.7)を利用したサイトメガロウイルス(CMV)の核酸増幅ならびに検出用試薬キット |
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Family
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Cited By (1)
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