JPH11243997A - Dnaプローブアレー - Google Patents

Dnaプローブアレー

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JPH11243997A
JPH11243997A JP10053099A JP5309998A JPH11243997A JP H11243997 A JPH11243997 A JP H11243997A JP 10053099 A JP10053099 A JP 10053099A JP 5309998 A JP5309998 A JP 5309998A JP H11243997 A JPH11243997 A JP H11243997A
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particle
probes
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秀記 神原
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Abstract

(57)【要約】 【課題】 任意のDNAプローブを多種類固定した多種
類のDNA検出用のプローブアレーを提供する。 【解決手段】 種々のプローブ2を固定した粒子(プロ
ーブ粒子)1を一定の順序で整列させたプローブアレー
4を用いる。各プローブ粒子を充填した細管又は溝を複
数本並列に並べ、各細管又は溝から各々粒子の1個ずつ
を、他の細管又は溝に注入して、種々のプローブ粒子1
を常に一定の順序で整列させたプローブアレー4を作成
する。粒径の異なる粒子に多種のプローブを結合して、
多種類の蛍光標識DNAを同時計測する。 【効果】 多種類のDNAプローブを固定したアレーが
簡単に調製できる。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、検出対象をDN
A、RNA、及びタンパク質として種々の検査項目を1
度に検査するプローブアレーに関し、特に、最近注目を
集めているDNA検査用のDNAアレーに関する。
【0002】
【従来の技術】ゲノム計画の進展とともにDNAレベル
で生体を理解し、病気の診断や生命現象の理解をしよう
とする動きが活発化してきた。生命現象の理解や遺伝子
の働きを調べるには遺伝子の発現状況を調べることが有
効である。この遺伝子の発現状況を調べる有力な方法と
して、固体表面上に数多くのDNAプローブを種類毎に
区分けして固定したDNAプローブアレー、又はDNA
チップが用いられ始めている。このチップを作るには、
光化学反応と半導体工業で広く使用されるリソグラフィ
ーを用いて区画された多数のセルに、設計された配列の
オリゴマーを1塩基づつ合成して行く方法(Scien
ce 251、767−773(1991))、又はD
NAプローブを各区画に1つ1つ植え込んでいく方法等
がある。
【0003】
【発明が解決しようとする課題】従来技術では、DNA
プローブアレー、又はDNAチップの作成の何れの方法
も制作に手間と時間がかかり、製作費が高価になる難点
がある。特に、プローブアレー(プローブの配列)が高
密度であり微細な部分からできていると製作は一層手間
と時間のかかるという難点がある。また、使用者が簡単
に作れない不便さもある。プローブアレーが粗に配列す
る場合には、製作する上では楽になるが、全体として検
出反応に要する体積、従ってサンプル量が多くなり、計
測の面でも時間がかかったり、高感度が得られない等の
問題がある。
【0004】本発明は上記の難点を解決するためになさ
れたもので、本発明の目的は、簡単に望むDNAプロー
ブアレー(DNAプローブの配列)を密集した状態で作
ることができ、製造コストも安価な方法を提供すること
にある。
【0005】
【課題を解決するための手段】上記目的を達成するため
に本発明では、各プローブを保持した固体を移動できる
様に微粒子で構成し、微粒子をまばらに配列させた後に
移動させ、密集構造のプローブアレーを作製する。ま
ず、種々のDNAプローブを合成して用意する。これら
のDNAプローブをプローブの種類毎に微粒子の表面に
結合させる。固体表面へのDNAプローブの固定は、ビ
オチンとアビジンの結合を利用する方法、Au(金)表
面にSH基を介して固定する方法(Biophysic
al Journal 71、1079−1086(1
996)、ガラス表面に固定する方法(Analyti
cal Biochemistry 247、96−1
01(1997))、ガラス表面に塗布したアクリルア
ミドゲルのエレメントマトリックスに固定する方法(P
roc Natl.Acad.Sci.USA 93、
4913−4918(1996))等を利用して、簡単
に固体表面に多量のDNAプローブを固定できる。
【0006】DNAプローブを表面にそれぞれ保持した
種々の微粒子を、検査用のホルダーにDNAプローブの
種類毎に決められた順序で入れ、又は固体表面に種類毎
に一定の順序で配列させて固定してプローブアレーを構
成する。微粒子は球状でありサイズは用途にもよるが、
直径数μmから1mmである。微粒子は、用途によって
は、角形、円盤形等を使用しても良い。通常の検査には
直径0.1―0.2mmの球形の微粒子が使いやすい。
【0007】溶媒と共にプローブを保持した微粒子(以
下、プローブ微粒子とも言う)は1つづつプローブアレ
ー作成用の溝に供給される。検査用途に応じて、必要な
種類のプローブを簡単に溝の中に並べることができる。
各プローブを固定した微粒子の作製は安価にできるの
で、プローブアレー自身も安価に作ることができる。溝
に並べられたプローブ付きの微粒子は検査用の毛細管、
又は細い隙間のセルに入れられ、使用される。毛細管を
プローブアレーホルダーに使用したときには、検査しよ
うとする試料DNAの量を少なくすることができる利点
がある。また、溶液導入系との結合も簡単にできる利点
がある。
【0008】以下に本発明の構成の特徴の詳細を説明す
る。本発明の多項目検査を行なうプローブアレーの特徴
は、(1)異なる検査対象(DNA又は蛋白等)とそれ
ぞれ結合可能なプローブを固定した粒子を複数並べたこ
と、(1)に於いて、(2)各プローブを保持した粒子
が予め決められた順序でライン状に並べられ、この順序
又は並べられた位置と粒子に固定されたプローブの種類
が対応づけられていること、(3)各プローブを保持し
た粒子は、粒子の持つ特徴とプローブの種類が対応づけ
られていることに特徴があり、(1)又は(3)に於い
て、(4)各プローブを保持した粒子のサイズ又は形状
と、粒子の表面に固定されたプローブの種類が対応対応
づけられていること、(5)各プローブを保持した粒子
は、保持したプローブの種類に応じて異なる色素又は蛍
光体で標識されていること、(3)から(5)の何れか
に於いて、(6)プローブを2次元平面上に1層に並べ
たこと、(7)プローブを1次元に並べたこと、(8)
プローブを透明な窓を持つ容器内に保持したこと、
(1)から(5)の何れかに於いて、(9)プローブを
保持した粒子を、毛細管内に保持したこと、(10)プ
ローブを保持した粒子を、固体平面に形成された溝又は
2枚の平面の間に形成された溝に保持されること、(1
1)プローブを保持した粒子を複数の毛細管内に保持し
た複数の毛細管を複数個並べるか、又はプローブを保持
した粒子を平面に設けた溝に保持して、プローブを保持
した粒子を2次元に配列したこと、(12)(1)から
(7)の何れかに於いて、プローブを保持した粒子を、
アガロース等のゲル状物質の中に保持したこと、等に特
徴がある。本発明の多項目検査を行なうプローブアレー
の製造方法の特徴は、(13)粒子の表面にプローブを
固定する工程と、プローブが固定された複数の粒子を配
列する工程とを有すること、(14)粒子の表面にプロ
ーブを固定する工程と、プローブが固定された複数の粒
子を混合して平面上に配列する工程とを有し、粒子に固
定されたプローブの種類を粒子の形状、サイズ、又は粒
子を標識する蛍光体により識別すること、(15)(1
2)に於いて、粒子に固定されたプローブの種類によ
り、予め定められた順序で粒子を直線上に並べること、
(16)(14)に於いて、プローブを固定した粒子
を、プローブの種類毎に異なる粒子溜に保持し、毛細管
又は溝を通じて粒子を配列するための溝に1つづつ供給
して配列させ、該配列を保持してプローブアレーホルダ
ーに移送してプローブアレーを作成すること、(16)
において、粒子溜から粒子を配列するための溝、又はプ
ローブアレーホルダーへの移送を電気的な力により行な
うこと、(18)粒子溜から粒子を配列するための溝、
又はプローブアレーホルダーへの移送を溶液の流れを用
いて行なうこと、(19)(14)から(17)の何れ
かに於いて、プローブを固定した粒子を移送するための
毛細管又は溝を複数個用いて、異なるプローブがそれぞ
れ固定された複数の粒子を同時に粒子を配列するための
溝又はプルーブアレーホルダーに移送すること、に特徴
がある。
【0009】粒子の表面に保持されたプローブに結合す
る検査対象を検出する本発明の方法の特徴は、(20)
検査対象を蛍光体又は燐光物質で標識する工程と、粒子
に光(レーザー)を照射して発する蛍光又は燐光を光学
的に検出する工程とを有すること、(20)に於いて、
(21)粒子が配列した直線に沿って、光(レーザー)
を発する光源とアレーセンサーをスキャンして、粒子が
配列する位置毎に蛍光又は燐光を検出すること、(2
2)粒子が配列した直線に沿って、光(レーザー)を照
射して、粒子が配列する位置毎に蛍光又は燐光を検出
し、各プローブに結合した検査対象の量を求めること、
(23)光の照射により得られる各粒子による光の散乱
画像と、粒子に固定されたプローブに結合した検査対象
から発する蛍光とを検出し、粒子の形状又は粒子を標識
する蛍光体から発する蛍光と、検査対象から発する蛍光
又は燐光の強度の関係を検出し、各プローブに結合した
検査対象の量を求めること、(24)粒子をフローさせ
ながら検出すること、(25)粒子に固定されたプロー
ブに結合した検査対象を蛍光画像として計測すること、
(26)粒子を粒子画像として計測すること、等に特徴
がある。本発明のプローブアレーの製造方法は、(2
7)粒子の表面にプローブを固定する第1の工程と、プ
ローブが固定された複数の粒子を郡に分けて固体表面の
各区画に配列する第2の工程と、各位区画に於いて粒子
に固定されたプローブと検査対象とを反応させる第3の
工程と有し、第3の工程が行なわれる各区画での粒子の
分布状態と、第1の工程での粒子の分布状態が異なるこ
とに特徴がある。
【0010】本発明の代表例を要約すると以下の通りで
ある。本発明の代表例では、種々のプローブを固定した
粒子(プローブ粒子)を一定の順序でホルダーに整列さ
せたプローブアレーを用いる。各プローブ粒子を充填し
た細管又は溝を複数本並列に並べ、各細管又は溝から各
々粒子の1個ずつを、他の細管又は溝に注入して、種々
のプローブ粒子を常に一定の順序で整列させたプローブ
アレーを作成する。粒径の異なる粒子に多種のプローブ
を結合して、多種類の蛍光標識DNAを同時計測する。
本発明では、多種類のDNAプローブを固定したプロー
ブアレーが簡単に調製でき、任意のDNAプローブを多
種類固定した多種類のDNA検出用のプローブアレーを
提供する。
【0011】
【発明の実施の形態】以下、本発明の実施例を図を参照
して詳細に説明する。
【0012】(第1の実施例)図1は、本発明の第1の
実施例のDNAプローブアレーの製作手順、DNAプロ
ーブアレーを用いる検査装置を示す図である。アビジン
70を表面に保持した球形のプラスチック粒子1(直径
0.2mm)を用意する。微粒子1の直径の精度は5%
である。ビオチン付きのプライマーを用いてPCR増幅
して得たDNAプローブを1本鎖とし、ビオチン71が
結合されたDNAプローブ2と、アビジンを保持した微
粒子(プローブ粒子)とを結合させる。このようにして
DNAプローブを種類毎に微粒子に捕獲し、複数のプロ
ーブが捕捉された微粒子3の群ができる。もちろんDN
Aプローブとして合成DNA鎖を用いても良く、この場
合、ビオチンーアビジン結合でなく固体(微粒子)表面
に直接DNAプローブを結合させる事もできる。固体表
面にDNAプローブを結合させる方法は、例えば、上記
した文献((Biophysical Journal
71、1079−1086 (1996)やAnal
ytical Biochemistry247、96
−101(1997))に記載がある。また、固体(微
粒子)表面に全て同じ特定の配列、例えばTTTTT…
……TT等を固定しておき、ポリA鎖を持ったDNAオ
リゴマーをハイブリダイズさせ、相補鎖合成により、D
NAオリゴマーを上記の特定の配列と結合させ固体(微
粒子)表面に導入しても良い。
【0013】このようにして作成したプローブが捕捉さ
れた微粒子を1つづつ透明なキャピラリー管(プローブ
アレーホルダー7)の中に並べてプローブアレー4とす
る。キャピラリー管(プローブアレーホルダー7)の中
に並べる順番から、並べられた何番目の微粒子がいかな
る種類のプローブを表面に持つかを知ることができるの
で、DNAプローブ2と蛍光標識8が結合された試料D
NAとをハイブリダイズした(9は相補鎖結合により微
粒子1に捕捉された試料DNA断片である)後、光を照
射して発する蛍光から検査体中のDNAの種類を知るこ
とができる。
【0014】プローブ1、2、…、nからなるプローブ
アレー4を持つキャピラリー管(プローブアレーホルダ
ー7)の試料注入口5の試料流入方向6から蛍光標識8
が結合された試料DNAを注入してDNAプローブ2と
蛍光標識8が結合された試料DNAとをハイブリダイズ
させてた後、プローブアレーホルダー7を検査装置の移
動台(図示せず)にセットして、レーザー光源11から
のレーザーをレンズ12で集光して移動するプローブア
レーホルダー7に照射する。5”は、試料出口である。
レーザーが照射された部位に存在する微粒子1に捕捉さ
れた蛍光標識8が結合された試料DNAから発する蛍光
はフイルター12により波長選択され、CCDカメラ1
3等の光検出器により、レーザーの照射方向とほぼ直交
する方向から検出される。検出された蛍光信号はモニタ
ー17にリアルタイムで表示されると共に、データ処理
装置15に入力され所定の信号処理(蛍光強度の変化曲
線の平滑化、ピークの位置及び強度の検出等)が施され
結果が表示装置16に出力される。モニター17に表示
される出力図形の横軸は、キャピラリー管(プローブア
レーホルダー7)の中に並べられた微粒子1の位置、従
ってプローブの種類に対応し、縦軸は各プローブと相補
鎖結合した試料DNA断片の存在を示す蛍光強度であ
る。なお、コントローラー14は、上記の移動台の移動
制御、CCDカメラ13からの信号取り込み制御、デー
タ処理装置15、及びモニター17への信号伝送を制御
する。モニター17、又は表示装置16での出力から、
試料DNA(断片)に検査目的の塩基配列が存在するか
否かが判定できる。
【0015】なお、上記の説明では、蛍光標識を試料D
NA(断片)に結合したが、プローブ1、2、…、nの
それぞれ異なる蛍光標識を結合しておき、試料DNA
(断片)に蛍光標識を結合しない構成としても良く、こ
の場合フイルター12は、複数の波長帯域を選択できる
多色フイルタの構成とするか、フイルター12の代わり
に、分光結晶、回折格子等を使用して蛍光の分光を行な
う構成とする。
【0016】次に、第1の実施例に於ける、微粒子をプ
ローブ固定媒体とするプローブアレーの作製方法につい
て説明する。
【0017】図2は、(a)微粒子をプローブ固定媒体
とするプローブアレー作製治具の部品である細溝を持つ
プレートの平面図、(b)プローブアレー作製治具の断
面図である。プローブ付き微粒子1は細溝を用いた微粒
子配列用の治具により並べることができる。図2(a)
の平面図に示す、微粒子配列用細溝治具の細溝を持つプ
レート18に、図2(b)の断面図に示す透明カバー2
3をつけて使用する。プレート18には、異なる種類の
プローブを保持する微粒子をそれぞれ異なる溝に並べる
複数の溝19と、溝19に交叉(直交)し、プローブを
保持した種々の微粒子を配列するための溝(プローブア
レー作製用細溝)20と、送液を排泄する送液出口用の
溝21とが形成されている。溝19、20の溝幅方向及
び溝深さの最大値は2つの微粒子が同じに入れない寸法
(即ち、微粒子の直径をRとする時最大値を2R未満と
する条件1を満たす)とし、溝21の溝幅方向及び溝深
さの最大値は微粒子が通過できない寸法(即ち、微粒子
の直径をRとする時最大値をR未満とする条件2を満た
す)とする。即ち、プレート18に形成される細溝1
9、20と透明カバー23により形成される細管の内部
を微粒子1は通過できる。なお、溝19、20、21の
断面形状、寸法は、上記条件1、2を満たすものであれ
ば、溝の断面形状は任意である。
【0018】細溝19の1つの溝には同一種類のプロー
ブを保持する微粒子が、ランダムな間隔で並んでいる。
細溝19の各細溝毎に異なるプローブを保持する微粒子
が区分けして保持される。例えば、細溝19の第1の溝
19−1にはプローブ1を保持する微粒子が、第2の溝
19−2にはプローブ2を保持する微粒子が、…、第n
の溝19−nにはプローブnを保持する微粒子が、それ
ぞれ並べられる。複数の溝19に直交して設けられた溝
20にはプローブを保持した種々の微粒子が配列され
る。プローブ付き微粒子1は溶液の流れ、又は電界によ
り配列用の溝20に導かれる。溝19には横方向には2
つの微粒子はサイズの関係で入れないので、各種プロー
ブを保持した微粒子(プローブ粒子)が1つづつ複数の
細溝19のアレーとプローブ配列用溝20との交点に並
ぶ。この交点から先の溝21は細くなり粒子は先へ進め
ないようになっている。粒子の間隔はこの時点でまばら
(ランダム)である。溝20に並んだ微粒子は、溝19
と直行する方向、即ち配列用の溝20に沿って溶液流、
又は電界によりプローブアレー保持キャピラリー(プロ
ーブアレーほるだー7)(内径0.3mm)に送り込ま
れ隙間無く配列する。22は、微粒子配列用の治具(2
3、20)とプローブアレーホルダー7とを結合するプ
ローブアレーホルダーコネクターであり、5’はストッ
パーチューブである。細溝19の各溝に通じる粒子溜
(図9の38参照)には、用いようとするDNAプロー
ブを固定した粒子を供給しておく。このプローブを固定
した粒子を保持する粒子溜の配列順序が、溝20、プロ
ーブアレー保持キャピラリーに於けるプローブの配列順
序となる。プローブを固定する粒子の間にマーカーとな
る粒子を入れて順序をわかりやすくすることもできる。
【0019】次に、第1の実施例に於ける、キャピラリ
ー管中にプローブを保持するプローブアレーホルダー7
の例について説明する。
【0020】図3は、第1の実施例に於けるプローブア
レーホルダーの例を示す図である。プローブ付き微粒子
は試料注入口、及び排出口のついたプローブアレーホル
ダー7(キャピラリー)に保持されている。プローブア
レーホルダー7の両端には、微粒子1が流出しないよう
にストッパーチューブ5’、及びプローブアレーホルダ
ーコネクター22を介してキャピラリーホルダー用末端
アダプター24が取り付けられている。もちろんアダプ
ター24は微粒子をキャピラリー(プローブアレーホル
ダー7)に導入してから取り付ける。
【0021】検査しようとするDNA試料を蛍光標識
(ここでは、Cy−5(発光極大波長650nm)を用
いた)し、溶媒と共にプローブアレーを保持するキャピ
ラリー(プローブアレーホルダー7)中に導入し、ハイ
ブリダイゼーションをDNA試料とプローブとの間で起
こす。ハイブリダイゼーションにより目的DNAをプロ
ーブに結合した後、余剰のDNAサンプルを洗浄除去し
て蛍光検出をするが、ライン状のプローブアレーでは、
プローブアレーを保持するプローブアレーホルダー7の
機械的な走査が容易であり、試料の消耗が少ない利点が
ある。なお、標識蛍光体としてはテキサスレッド(発光
極大波長:615nm)、フルオレセインイソチオシア
ネート(発光波長:520nm)等があり、これら標識
蛍光体に加えて燐光を発する標識体を用いても良い。未
反応のDNAを洗浄除去し、計測装置に挿入する。計測
装置は励起用レーザー、及び蛍光検出器からなってい
る。キャピラリー管(プローブアレーホルダー)に沿っ
てレーザーをスキャンしたり、キャピラリー管の内側を
管に沿ってレーザーを照射し多数の微粒子を同時に光照
射し得られる蛍光画像を検出したりする。また、キャピ
ラリー管を動かし微粒子を順次照射部へ送り込んでも良
い。
【0022】次に、DNAプローブアレーを用いる検査
装置の例について説明する。
【0023】図4は、ライン状プローブアレーと光源と
を相対的にスキャンするDNAプローブアレーを用いる
検査装置の例を示す模式図である。図4では、図1に示
す構成と同様とし、レーザー照射位置と検出器13を相
対的に固定し、レーザー照射位置と検出器13とを固定
してプローブを保持したプローブアレーホルダー7を相
対的に移動させて照射するか、又はプローブアレーホル
ダー7を固定してレーザー照射位置と検出器13を相対
的に移動させて照射する方式とする。検出器13には光
電子増倍管やレンズ付き冷却CCDカメラが用いられ、
蛍光はレーザの照射方向とほぼ直交する方向から検出さ
れる。
【0024】図5は、レーザー光をライン状に配列した
微粒子に沿って照射するDNAプローブアレーを用いる
検査装置の例を示す模式図である。図5では、レーザー
光源11からのレーザーをプローブアレーホルダー7の
軸に沿って同軸方向に照射する例である。標識蛍光体か
ら発する蛍光を、レーザーの照射方向と交叉する方向か
らマイクロレンズアレー(セルホックレンズ)25で集
光し、フイルター26を介してラインセンサー27に結
像させる。図5に示すその他の構成要素は、図1に示す
構成と同様である。図5に示す構成は、効率の良い方法
であるが微粒子が透明な場合に限られる。
【0025】図6は、プローブアレーの存在する領域
(プローブの並ぶ照射領域)30の全体を全面照射する
DNAプローブアレーを用いる検査装置の例を示す模式
図である。図6に示す構成では、プローブアレーは1次
元に配列しているが2次元に配列した場合にも適用でき
るように、冷却CCDエリアセンサー等を蛍光の検出に
用いる。レーザー光源11からのレーザー光はミラー2
8で進行方向を変えてビームエクスパンダー29により
レーザー光の照射領域を1次元方向に拡大して、プロー
ブアレーホルダー7のうちプローブが並ぶ照射領域30
の全体を全面照射する。CCDエリアセンサー等の2次
元光検出器を使用する場合には、蛍光の2次元像が得ら
れ、発光点の位置からプローブの種類がわかる。図6に
示すその他の構成は基本的に図1と同様である。また、
図6に於いて、更に、コンフォーカル顕微鏡、及び類似
技術を用いても良い。例えば、ビームエクスパンダー2
9を使用せず、ミラー28を回転させてレーザーの進行
方向を変えてレーザースキャンを行ない、レーザーが照
射されるプローブアレーホルダー7の部位に存在する標
識蛍光体から発する蛍光を検出する構成とする。
【0026】図7は、微粒子型プローブアレーを使用す
る図6に示す構成により得られるモニター17に出力さ
れる結果の例を示す図である。図7に示す例では、蛍光
発光を伴う微粒子(ターゲットDNAを保持微粒子)3
1を黒く表示した丸印、蛍光発光を伴わない微粒子(タ
ーゲットDNAを保持しない微粒子)32を白く表示し
た丸印で示す。黒く表示された31のところが蛍光が強
く、DNAがプローブに捕獲されている事が分かる。図
6、図7に示す例では、蛍光体は1種類用いて試料DN
Aを標識したが、蛍光体を複数種用いて複数のDNAサ
ンプルを標識して、比較計測しても良い。
【0027】以上説明したように、粒子に保持したDN
Aプローブを毛細管の中に保持すると、サンプル供給が
容易で洗浄もやりやすい利点がある他、蛍光計測が簡単
にでき、必要とする好みのプローブアレーを簡単に作る
ことができる。廉い価格でプローブアレーを提供できる
等の利点がある。また、ハイブリダイゼーションに要す
る試料体積も小さくできる。なお、第1の実施例では、
複数のプローブの保持にキャピラリーを用いたが、透明
な平板に設けた溝を用いても良い。粒子を溝に並べる場
合、溝の底部にゲルを保持させておきプローブを保持し
た粒子を溝に配列後に、粒子をゲルに押し付けて固定し
ても良く、この場合、サンプル液を満たす空隙が小さく
なりサンプル消耗を押さえることができる。溝を形成し
た透明な平板によりプローブアレーを構成する場合に
も、図1、図4、図5、図6、図10(後述する)に示
す検査装置の例が適用でき、プローブの捕捉された試料
を蛍光により容易に検出が可能でることは言うまでもな
い。
【0028】(第2の実施例)第1の実施例ではプロー
ブアレーを直線上に配置したが、第2の実施例では、プ
ローブアレーを2次元的に配置する例を示す。第2の実
施例で用いる微粒子は第1の実施例と同じ直径0.2m
mの粒子であるが、直径が0.1mm、又は0.05m
mの粒子を用いる時は、以下に述べる溝のピッチ、深
さ、プローブアレーホルダーのサイズ等を変える必要が
ある。
【0029】プローブアレーを2次元的に配置する方法
には、プローブアレーを保持したキャピラリー管を並べ
プローブアレーホルダーとするか、平板に複数の溝を形
成し、透明カバーを取り付けプローブアレーホルダーと
して活用する。キャピラリー管を並べプローブアレーホ
ルダーとする場合の作製法は、第1の実施例と同じであ
り、単にキャピラリーを複数並べれば良い。但し、複数
キャピラリーを平行に保持し、サンプルを供給したり、
洗浄液を送り込むためのハウジングはマルチキャピラリ
ーであることに応じてかえる必要がある。また、レーザ
ーを複数キャピラリーに照射する際に、複数キャピラリ
ーの配列される平面に平行な方向からレーザービームを
照射し、各キャピラリー内で発する蛍光を2次元検出器
で検出するか、又は複数キャピラリーの配列される平面
に対して、ビームエクスパンダーにより2次元に広げら
れたレーザーを照射して、各キャピラリー内で発する蛍
光を2次元検出器で検出する構成とする。
【0030】以下の説明では、平板に複数の溝を形成し
たプローブアレーホルダーについて説明する。2次元プ
ローブアレーホルダー34は透明な2枚の平板で挟まれ
隙0.1mmを持つセルからなっており、下面の平
板には溝が設けられている。溝のピッチは0.3mm、
溝の幅0.25mm、溝の深さは0.15mmであり、
溝の幅、及び溝の深さは共に2個の粒子が通過するには
小さく、1個の粒子が通過するのに十分である値とす
る。各溝にプローブを固定した微粒子を並べる。微粒子
の直径サイズは0.2mmであり、微粒子は溝から溝へ
移動する事はできない。
【0031】図8は、(a)2次元プローブアレーホル
ダー34へ微粒子プローブを導入するための2次元プロ
ーブアレーを作製する治具33の平面図、(b)断面図
である。2次元プローブアレーホルダー34へ微粒子を
並べるには図8(a)、(b)に示す、ガイドのプロー
ブ供給用細溝36を利用する。溝36の開口部は透明カ
バー35で覆われている。図8(a)に示すように、溝
36は末広になっており、溝36の広がった部分にプロ
ーブ付き微粒子1を、保持したプローブの種類により定
められた順序で並べる。溝36のアレーに並べられたプ
ローブ付きの微粒子1を溶媒の流れ、又は電界によって
溝36の狭い部分(粒子保持部37)へ移動させて2次
元プローブアレーホルダー34へ移送する。溝36にま
ばらに配置されていたプローブ付き微粒子は、図8
(b)に示す断面図に見られるように、2次元プローブ
アレーホルダー34に密集した状態で保持される。プロ
ーブアレーホルダー34には、図示しない、試料液、又
は洗浄液を導入、及び排出できるように口が設けられて
いる。溝36にプローブ付きの微粒子を並べるのは第1
の実施例で用いたのと同様に、キャピラリーにまず微粒
子を配列させ、微粒子を溝36に移送することで行な
う。微粒子は溝36を超えて隣へ移動できないので、各
列(溝)に属するプローブ粒子はその属するグループ毎
に異なる列(溝)に配置される。各列(溝)のプローブ
の配列は第1の実施例と同様に定めることができる。次
いで、微粒子は溝36からプローブ付き微粒子配列用細
溝37に移送される。
【0032】蛍光を検出する検査装置は図6に示す装置
を一部改良して、2次元プローブアレーホルダー34に
図6に示すように1次元方向に拡大された線状のレーザ
ー光を照射し、拡大方向と直交する方向に線状のレーザ
ー光をスキャンすることで得られる2次元蛍光イメージ
を、2次元検出器(CCD等)を使用して検出する。も
ちろん、点状に絞ったレーザーを2次元方向に走査して
2次元蛍光画像を得ても良い。
【0033】(第3の実施例)本発明の方法では微粒子
を簡便に並べる手法が1つのキーポイントである。第3
の実施例では簡便に微粒子を並べプローブアレーを作製
する例を示す。プローブアレーではプローブを保持した
固体(粒子)を密集して並べることが反応体積を小さく
し、計測を容易にする上で重要である。一方、プローブ
アレーを製作する観点からはプローブを保持する部位が
まばらな方が作りやすい。そこで、プローブを固定した
部位を移動可能な構造にし、プローブアレーを作製後に
密集構造とするというのが本発明のポイントである。即
ち、本発明のポイントは、プローブを固定した固体(粒
子)を移動させるにより、プローブを固定した固体(粒
子)が密集したプローブアレーを作製する点にある。
【0034】プローブを種類毎に固体表面に保持した微
粒子(プローブ粒子)を並べるには、微粒子を1つづつ
ピンセット等によりプローブアレーホルダーの溝に配列
させていく方法がある。この方法は、プローブを連続し
た固体表面に区画して付着させてプローブアレーを製作
する時に用いる方法に類似している。このいわゆるsp
ottingは、プローブの領域が細かくなるにつれて
困難になってくる。しかし、独立したプローブ付き微粒
子を細かく並べるのは容易に可能である。例えば、プロ
ーブを固定した固体(粒子)が密集したプローブアレー
を作製するには、図2に示す溝19、図8に示す溝36
に、プローブ付き粒子をピンセット等を用いてまばらに
まず置いてゆき、液流、又は電場等により粒子を移動さ
せ密集状態にして、プローブアレーホルダー(7、3
4)中に保持すれば良いのである。
【0035】図9は、微粒子溜からプローブを保持した
微粒子を配列用溝に導入する方法の1例を模式的に示す
図である。図9に示すプローブアレーの作成方法は同一
種類のプローブ付き微粒子を沢山保持した溜から微粒子
を1つづつ配列用の溝に供給する方法である。図9で
は、微粒子1の溜38から細溝(図1に示す19)を通
って配列用の溝(図1に示す20)へ微粒子を1つづつ
溶液流を用いて供給し、微粒子をプローブアレーホルダ
ー7に移送している。同様に、微粒子1の溜38から配
列用の細溝(図8に示す36)へ微粒子を1つづつ溶液
流を用いて供給し、微粒子をプローブアレーホルダー3
4に移送することもできる。なお、微粒子の溜38は溝
19又は36が形成される平面に垂直に於いても、平面
内に於いても良いが第3の実施例では平面に垂直とし、
各粒子溜38が脱着可能である様にすると使い良い。即
ち、目的に応じてプローブの種類をいくらでも変化でき
るからである。
【0036】(第4の実施例)第4の実施例はプローブ
付きの微粒子を予め配列させることなく用いる例であ
る。第1から第3の実施例では、微粒子に保持したプロ
ーブの種類を微粒子の保持されている位置により識別し
たが、第4の実施例では、観測している微粒子の位置で
はなく、微粒子それ自体の形状(例えば、粒径)、誘電
的性質、又は色によって識別する方法を開示する。即
ち、プローブ上に捕獲された蛍光標識試料からの信号を
得る際に、粒子の形状、色等を計測し表面のプローブの
種類を同時に調べる方法である。また、試料を標識した
蛍光体と異なる種類の蛍光体で粒子を標識しても良い。
【0037】第4の実施例では、試料を長寿命の蛍光
体、又は燐光を出す標識体で標識し、微粒子をそのサイ
ズと微粒子を標識する蛍光体からの蛍光の違いで識別す
る例を示す。各粒子を識別する蛍光体にはFITC、テ
キサスレッド、及びCy−5等の蛍光寿命の比較的短い
蛍光体を用いる。粒子を蛍光寿命の比較的短い蛍光体で
標識するのは、サンプルの標識に用いる蛍光寿命の長い
蛍光体からの蛍光と、粒子を標識する蛍光体からの蛍光
とを識別できるようにするためである。
【0038】図10は、2次元配列のプローブアレーを
用いて多色検出により試料を検出する検査(計測)装置
の構成を示す模式図である。図10では、複数のフィル
ターを用いた例を示した。最初にフラッシュライト40
により、試料と反応済みのプローブ付き微粒子1が2次
元配置されるプローブアレー39に光を照射して、プロ
ーブアレー39の透明な支持台を透過した光を、必要に
応じて光減衰フイルタを通してCCDカメラ13により
検出された信号をデータ処理装置15に入力し、プロー
ブアレー39では、各粒子は重なり合わないことを確認
し、粒子(ビーズ)の形状を計測する。
【0039】次いで、レーザ光源からのレーザー11
を、第1の方向にレーザー光の走査を行なう回転するミ
ーラー28と、第1の方向に直交する第2の方向にレー
ザー光の照射領域を拡大するビームエクスパンダー29
とにより、プローブアレー39に照射する。スライド式
又は回転式フィルターホルダー41に保持される複数の
蛍光波長選別フィルター42をスライドさせ透過波長を
変化させながら種々の波長の蛍光を選別した後、プロー
ブアレー39から発する蛍光は、CCDカメラ13によ
り検出される。コントローラー14は、カイテンミラー
の制御、フラッシュライト40の制御、CCDカメラ1
3からの信号取り込み制御、データ処理装置15、及び
モニター17への信号伝送を制御する。モニター17、
又は表示装置16での出力から、試料DNA(断片)に
検査目的の塩基配列が存在するか否かが判定できる。
【0040】第4の実施例では、2種類の蛍光体の混合
比率を変化させて微粒子の表面に固着し、この混合率を
変化させることで、2種類1組の蛍光体毎に微粒子を2
0個まで識別する。例えば、蛍光体F1、F2を使用
し、これら蛍光体F1、F2の混合率を(w1、w2)
とする時、混合率(w1、w2)を、(w1、w2)=
(0、0.05)、(005、0.95)、(0.1、
0.9)、(0.15、0.85)、(0.2、0.
8)、(0.25、0.75)、(0.3、0.7)、
(0.35、0.65)、(0.4、0.6)、(0.
45、0.55)、(0.5、0.5)、(0.55、
0.45)、(0.6、0.4)、(0.65、0.3
5)、(0.7、0.3)、(0.75、0.25)、
(0.8、0.2)、(0.85、0.15)、(0.
9、0.1)、(0.95、0.05)、(1.0、
0)から20個選ぶ。一方、100μmから7μm刻み
で198μmまでの15種類の粒子のサイズをもつ粒子
群を使用して、各粒子をサイズにより識別する。図10
に示す計測装置では、微粒子のサイズと蛍光を計測する
が、励起光はパルスで照射され、DNAを標識する標識
からの寿命の長い燐光と粒子を標識する標識からの蛍光
とは時間分解計測により区別して測定できる。この結
果、合計、20×15=300種類のDNAプローブ
(粒子)を測時に識別する。計測装置としては、レーザ
ースキャン型蛍光検出装置、又は受光波長選別型の冷却
CCD等が用いられる。波長選別器としては回折格子、
波長分散プリズム、又は複数のバンドパスフィルターか
ら構成する分光システムを用いることができる。
【0041】測定される蛍光の相対強度から粒子の種類
を識別するが、更に励起光(レーザ)の波長を変化させ
ることにより多くの同一粒径の粒子を識別できる。例え
ば、YAGレーザーで励起できる蛍光体Joe、Tam
uraを用いてこれら蛍光体の混合比を変化させて粒子
を標識すると、これら蛍光体からの蛍光の最適受光チャ
ンネルに合わせた2つのフィルターから得られる信号の
強度比を10段階に分類して、約10種の粒子の識別が
可能である。一方、Roxを更に使用して粒子を標識す
ると、(Joe、Tamura)の組合わせの混合比の
10通りに加えて、(Joe、Rox)の組合わせの混
合比の10通り、(TamuraとRox)の組合わせ
の混合比の10通りの全部で30通りの同一粒径の識別
が可能となる。更に、半導体レーザーで励起できる長波
長蛍光体を5種類を用いて試料を標識すると、150種
の試料を識別できる。更に、15種類の粒径の粒子を使
用するサイズ計測を組合せると、2250種のDNAプ
ローブを識別できる。各粒子は異なるDNAプローブを
表面に保持しており、2250種のDNAを識別検出で
きる。プローブを収納する容器を区分けしたり、上記で
説明した粒子群を保持する部位(区画)を複数持つ保持
チップを用いると、各区分け部分(区画)に異なるDN
Aプローブ群を保持した粒子を保持できるので、識別検
出できるDNAの種類は10000種以上に容易にする
ことができる。
【0042】以上の説明では、蛍光を用いて粒子を標識
したが色素を用いても良い。プローブの種類は目的に応
じて自由に変化させることができるので、種々の目的に
合ったた多プローブセンサー素子を得ることができる。
【0043】なお、上記のJoe、Tamura、Ro
xはパーキンエルマーABD社の商標、テキサスレッド
はmolecular probe社の商標、Cy−5
はアマシャムフルマシア社の商標である。
【0044】
【発明の効果】以上、説明したように本発明によれば、
任意のプローブアレーを簡単に、安価に作成することが
できる。また、キャピラリー内にプローブアレーを構築
することにより試薬量を低減し、試薬の注入、洗浄が容
易なプローブを提供できる。
【図面の簡単な説明】
【図1】本発明の第1の実施例のDNAプローブアレー
の製作手順、DNAプローブアレーを用いる検査装置を
示す図。
【図2】本発明の第1の実施例に於ける微粒子をプロー
ブ固定媒体とするプローブアレー作製治具の(a)部品
である細溝を持つプレートの平面図、(b)プローブア
レー作製治具の断面図。
【図3】本発明の第1の実施例に於けるプローブアレー
ホルダーの例を示す図。
【図4】本発明の第1の実施例に於ける、ライン状プロ
ーブアレーと光源とを相対的にスキャンするDNAプロ
ーブアレーを用いる検査装置の例を示す模式図。
【図5】本発明の第1の実施例に於ける、レーザー光を
ライン状に配列した微粒子に沿って照射するDNAプロ
ーブアレーを用いる検査装置の例を示す模式図。
【図6】本発明の第1の実施例に於ける、プローブアレ
ーの存在する領域全体を全面照射するDNAプローブア
レーを用いる検査装置の例を示す模式図。
【図7】本発明の第1の実施例に於ける、微粒子型プロ
ーブアレーを使用する図6に示す構成により得られるモ
ニターに出力される結果例を示す図。
【図8】本発明の第2の実施例に於ける、(a)2次元
プローブアレーホルダー34へ微粒子プローブを導入す
るための治具の平面図、(b)断面図。
【図9】本発明の第3の実施例に於ける、微粒子溜から
プローブを保持した微粒子を配列用溝に導入する方法の
1例を模式的に示す図。
【図10】本発明の第4の実施例に於ける、2次元配列
のプローブアレーを用いて多色検出により試料を検出す
る検査装置の構成を示す模式図。
【符号の説明】
1…微粒子、2…DNAプローブ、3…プローブ付き微
粒子、4…プローブアレー、5…試料注入口、5’…ス
トッパーチューブ、5”…試料出口、6…試料の流入方
向、7…プローブアレーホルダー、8…蛍光標識、9…
捕獲された試料DNA断片、10…レンズ、11…レー
ザー光源、12…フィルター、13…CCDカメラ、1
4…コントローラー、15…データー処理装置、16…
表示装置、17…モニター、18…微粒子配列用細溝治
具の細溝を持つプレート、19…微粒子ホールド用細
溝、20…プローブアレー作製用細溝、21…送液出口
用の溝、22…プローブアレーホルダーコネクター、2
3…透明カバー、24…キャピラリーホルダー用末端ア
ダプター、25…マイクロレンズアレー(セルホックレ
ンズ)、26…フィルター、27…ラインセンサー(C
CDラインセンサー)、28…ミラー、29…ビームエ
クスパンダー、30…プローブの並ぶ照射領域、31…
蛍光発光を伴う微粒子(ターゲットDNAを保持微粒
子)、32…蛍光発光を伴わない微粒子(ターゲットD
NAを保持しない微粒子)、33…2次元プローブアレ
ーを作製する治具、34…2次元プローブアレーホルダ
ー、35…透明カバー、36…プローブ供給用細溝、3
7…プローブ付き微粒子配列用細溝、38…プローブ付
き微粒子溜、39…プローブ付き微粒子を2次元配置し
たプローブアレー、40…ランプ、41…スライド式フ
ィルターホルダー、42…蛍光波長選別フィルター、7
0…アビジン、71…ビオチン。

Claims (27)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】異なる検査対象とそれぞれ結合可能なプロ
    ーブを固定した粒子を複数並べ多項目検査を行なうプロ
    ーブアレー。
  2. 【請求項2】請求項1に記載のプローブアレー於いて、
    前記各プローブを保持した前記粒子が予め決められた順
    序でライン状に並べられ、前記順序又は前記並べられた
    位置と前記粒子に固定された前記プローブの種類が対応
    づけられているプローブアレー。
  3. 【請求項3】請求項1に記載のプローブアレー於いて、
    前記各プローブを保持した前記粒子は、前記粒子の持つ
    特徴と前記プローブの種類が対応づけられていることを
    特徴とするプローブアレー。
  4. 【請求項4】請求項1又は請求項3に記載のプローブア
    レーに於いて、前記各プローブを保持した前記粒子のサ
    イズ又は形状と、前記粒子の表面に固定された前記プロ
    ーブの種類が対応対応づけられていることを特徴とする
    プローブアレー。
  5. 【請求項5】請求項1又は請求項3に記載のプローブア
    レーに於いて、前記各プローブを保持した前記粒子は、
    保持した前記プローブの種類に応じて異なる色素又は蛍
    光体で標識されていることを特徴とするプローブアレ
    ー。
  6. 【請求項6】請求項3から請求項5の何れかに記載のプ
    ローブアレーに於いて、前記プローブを2次元平面上に
    1層に並べたことを特徴とするプローブアレー。
  7. 【請求項7】請求項3から請求項5の何れかに記載のプ
    ローブアレーに於いて、前記プローブを1次元に並べた
    ことを特徴とするプローブアレー。
  8. 【請求項8】請求項3から請求項5の何れかに記載のプ
    ローブアレーに於いて、前記プローブを透明な窓を持つ
    容器内に保持したことを特長とするプローブアレー。
  9. 【請求項9】請求項1から請求項5の何れかに記載のプ
    ローブアレーに於いて、前記プローブを保持した前記粒
    子を、毛細管内に保持したことを特徴とするプローブア
    レー。
  10. 【請求項10】請求項1から請求項5の何れかに記載の
    プローブアレーに於いて、前記プローブを保持した前記
    粒子を、固体平面に形成された溝又は2枚の平面の間に
    形成された溝に保持されることを特徴とするプローブア
    レー。
  11. 【請求項11】請求項1から請求項5の何れかに記載の
    プローブアレーに於いて、前記プローブを保持した前記
    粒子を複数の毛細管内に保持した前記複数の毛細管を複
    数個並べるか、又は前記プローブを保持した前記粒子を
    平面に設けた溝に保持して、前記プローブを保持した前
    記粒子を2次元に配列したことを特徴とするプローブア
    レー。
  12. 【請求項12】請求項1から請求項7の何れかに記載の
    プローブアレーに於いて、前記プローブを保持した前記
    粒子をゲル状物質の中に保持したことを特徴とするプロ
    ーブアレー。
  13. 【請求項13】粒子の表面にプローブを固定する工程
    と、前記プローブが固定された複数の前記粒子を配列す
    る工程とを有するプローブアレーの製造方法。
  14. 【請求項14】粒子の表面にプローブを固定する工程
    と、前記プローブが固定された複数の前記粒子を混合し
    て平面上に配列する工程とを有し、前記粒子に固定され
    た前記プローブの種類を粒子の形状、サイズ、又は前記
    粒子を標識する蛍光体により識別することを特徴とする
    プローブアレーの製造方法。
  15. 【請求項15】請求項12に記載のプローブアレーの製
    造方法に於いて、前記粒子に固定された前記プローブの
    種類により、予め定められた順序で粒子を直線上に並べ
    ることを特徴とするプローブアレーの製造方法。
  16. 【請求項16】請求項14に記載のプローブアレーの製
    造方法に於いて、前記プローブを固定した前記粒子を、
    前記プローブの種類毎に異なる粒子溜に保持し、毛細管
    又は溝を通じて前記粒子を配列するための溝に1つづつ
    供給して配列させ、該配列を保持してプローブアレーホ
    ルダーに移送してプローブアレーを作成することを特徴
    とするプローブアレーの製造方法。
  17. 【請求項17】請求項16に記載のプローブアレーの製
    造方法に於いて、前記粒子溜から前記粒子を配列するた
    めの前記溝、又は前記プローブアレーホルダーへの移送
    を電気的な力により行なうことを特徴とするプローブア
    レーの製造方法。
  18. 【請求項18】請求項16に記載のプローブアレーの製
    造方法に於いて、前記粒子溜から前記粒子を配列するた
    めの前記溝、又は前記プローブアレーホルダーへの移送
    を溶液の流れを用いて行なうことを特徴とするプローブ
    アレーの製造方法。
  19. 【請求項19】請求項14から請求項17の何れかに記
    載のプローブアレーの製造方法に於いて、前記プローブ
    を固定した前記粒子を移送するための毛細管又は溝を複
    数個用いて、異なる前記プローブがそれぞれ固定された
    複数の前記粒子を同時に前記粒子を配列するための溝又
    はプルーブアレーホルダーに移送することを特徴とする
    プローブアレーの製造方法。
  20. 【請求項20】粒子の表面に保持されたプローブに結合
    する検査対象を検出する方法に於いて、前記検査対象を
    蛍光体又は燐光物質で標識する工程と、前記粒子に光を
    照射して発する蛍光又は燐光を光学的に検出する工程と
    を有することを特徴とする方法。
  21. 【請求項21】請求項20記載の方法に於いて、前記粒
    子が配列した直線に沿って、前記光を発する光源とアレ
    ーセンサーをスキャンして、前記粒子が配列する位置毎
    に前記蛍光又は燐光を検出することを特徴とする方法。
  22. 【請求項22】請求項20記載の方法に於いて、前記粒
    子が配列した直線に沿って、前記光を照射して、前記粒
    子が配列する位置毎に前記蛍光又は燐光を検出すること
    を特徴とする方法。
  23. 【請求項23】請求項20記載の方法に於いて、前記光
    の照射により得られる前記各粒子による光の散乱画像
    と、前記粒子に固定された前記プローブに結合した前記
    検査対象から発する蛍光とを検出し、前記粒子の形状又
    は前記粒子を標識する蛍光体から発する蛍光と、前記検
    査対象から発する蛍光又は燐光を検出し、前記各プロー
    ブに結合した前記検査対象の量を求めることを特徴とす
    る方法。
  24. 【請求項24】請求項20記載の方法に於いて、前記粒
    子をフローさせながら検出することを特徴とする方法。
  25. 【請求項25】請求項20記載の方法に於いて、前記粒
    子に固定された前記プローブに結合した前記検査対象を
    蛍光画像として計測することを特徴とする方法。
  26. 【請求項26】請求項20記載の方法に於いて、前記粒
    子を粒子画像として計測することを特徴とする方法。
  27. 【請求項27】粒子の表面にプローブを固定する第1の
    工程と、前記プローブが固定された複数の前記粒子を郡
    に分けて固体表面の各区画に配列する第2の工程と、前
    記各位区画に於いて前記粒子に固定された前記プローブ
    と検査対象とを反応させる第3の工程と有し、前記第3
    の工程が行なわれる前記各区画での前記粒子の分布状態
    と、前記第1の工程での前記粒子の分布状態が異なるこ
    とを特徴とするプローブアレーの製造方法。
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