KR20170132859A - 암 치료를 위한 ｆｇｆｒ/ｐｄ-1 조합 요법 - Google Patents

Abstract

본원에서는 암 치료를 위한 조합 요법을 제공한다. 특히, 개시된 방법은, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함하고, 여기서 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제는 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 경우에 투여하는 것인, 환자에서의 암 치료에 관한 것이다.

Description

암 치료를 위한 ＦＧＦＲ/ＰＤ-1 조합 요법

관련 출원에 대한 상호 참조

본 출원은 2015년 4월 3일 출원된 미국 가출원 번호 62/142,569를 우선권 주장하고, 상기 가출원의 개시내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.

서열 목록

본 출원은 ASCII 포맷으로 전자 제출된 서열 목록을 포함하고, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다. 2016년 3월 22일 작성된 상기 ASCII 사본의 명칭은 PRD3366USNP_SL.txt이고, 크기는 53,086 바이트이다.

기술분야

본원에서는 암 치료를 위한 조합 요법을 제공한다. 특히, 개시된 방법은 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 섬유모세포 성장 인자 수용체 (FGFR) 억제제를 투여하는 단계를 포함하는, 환자에서의 암 치료에 관한 것이다.

해당 암 유형을 위한 주요 치료적 옵션 (제1선 요법)에서 실패한 암 환자에 있어서, 특별한 유전적 이상이 확인되지 않고 특정 요법이 이용가능하지 않다면, 대개는 제2선 요법 및 그 다음의 차선 요법에 대하여 허용되는 표준 치료법이 존재하지 않는다. 섬유모세포 성장 인자 수용체 (FGFR)는 세포 생존, 증식, 이동 및 분화를 조절하는 데 관여하는 수용체 티로신 키나제 패밀리이다. FGFR 변경이 일부 암에서 관찰되었다. 현재까지는 FGFR이 변경된 환자에서 유효한 승인받은 요법이 존재하지 않는다.

본원에서는 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제를 포함하는 조합 요법을 사용하여 환자에서 암을 치료하는 방법을 개시한다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 환자에게 제약상 유효량의, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 제약상 유효량의 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함하고, 여기서 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제는 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 경우에 투여한다.

다른 실시양태에서, 환자에서 암을 치료하는 방법은 환자에게 제약상 유효량의, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체를 투여하는 단계; 항체의 효능을 모니터링하는 단계; 및 항체가 효능이 없는 경우에, 환자로부터의 생물학적 샘플을 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 대하여 평가하고, 하나 이상의 FGFR 변이체가 샘플 중에 존재하는 경우에 환자에게 제약상 유효량의 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.

또한, 본원에서는 암 치료를 위한, 특히 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 환자에서의 암 치료를 위한 의약의 제조를 위한 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제의 용도를 개시한다. 일부 실시양태에서, 의약은 제약상 유효량의, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 제약상 유효량의 FGFR 억제제를 함유하고, 여기서, 의약은 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 환자에서 사용된다.

본원에서는 또한 암 치료에 사용하기 위한, 특히 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 환자에서의 암 치료에 사용하기 위한 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제의 조합도 개시한다. 일부 실시양태에서, 조합은 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 환자에서의 암 치료에 사용하기 위한, 제약상 유효량의, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 제약상 유효량의 FGFR 억제제를 포함한다. 다른 실시양태에서, 암 치료를 위한 조합은 제약상 유효량의, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체를 투여하는 단계; 항체의 효능을 모니터링하는 단계; 및 항체가 효능이 없는 경우에, 환자로부터의 생물학적 샘플을 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 대하여 평가한 후, 이어서 하나 이상의 FGFR 변이체가 샘플 중에 존재하는 경우에 환자에게 제약상 유효량의 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.

상기 요약 뿐만 아니라, 하기의 상세한 설명은 첨부된 도면과 함께 읽을 때 추가로 이해된다. 개시된 방법을 예시하기 위한 목적으로 본 방법의 예시적인 실시양태는 도면으로 제시되지만; 본 방법이 개시된 구체적인 실시양태로 제한되는 것은 아니다. 본 도면에서:
도 1은 조직학적 성질 및 FGFR 돌연변이체 및 증폭 상태에 의해 120개의 폐암 샘플 세트에서의 PD-L1 발현을 도시한 것이다. PD-L1 H-점수 (Y-축)를 NSCLC 선암종 (좌측), 소세포 폐암 (가운데), 및 NSCLC 편평 (우측)에 대하여 플롯팅하였다. 120개의 샘플 각각에 대한 FGFR 돌연변이 및/또는 증폭 상태 대 PD-L1 염색이 제시되어 있다. 돌연변이 - FGFR 돌연변이는 확인되었지만, 어떠한 증폭 또는 융합도 검출되지 않은 것; FGFR 변경 없음 - 어떠한 돌연변이, 증폭, 또는 융합도 검출되지 않은 것; 증폭 - FGFR 유전자 증폭은 확인되었지만, 어떠한 FGFR 돌연변이 또는 융합도 검출되지 않은 것; 돌연변이 + Amp - 샘플이 FGFR 돌연변이 및 유전자 증폭, 둘 다에 대하여 양성이었으나, 어떠한 융합도 검출되지 않은 것; 시험되지 않은 것 - PD-L1에 대하여 IHC는 수행하였지만, 샘플을 파운데이션 메디슨 패널을 이용하여 시험하지 않은 것.
도 2는 조직학적 NSCLC 성질에 의한 FGFR 융합 상태에 의해 80개의 비소세포 폐 암종 (NSCLC) 샘플 세트에서의 PD-L1 발현을 도시한 것이다. PD-L1 H-점수 (Y-축)를 NSCLC 선암종 (좌측), 및 NSCLC 편평 (우측)에 대하여 플롯팅하였다. 80개의 샘플 각각에 대한 FGFR 융합 상태 대 PD-L1 염색이 제시되어 있다. 융합 양성 - FGFR 융합이 검출된 것; 융합 야생형 - 어떠한 FGFR 융합도 검출되지 않은 것; 시험되지 않은 것 - 시험하기에는 샘플이 불충분하거나, 또는 품질 관리 (QC)에서 실패한 것.
도 3은 JNJ42756493이 면역 세포 생존능에 미치는 효과를 도시한 것이다. 항-CD3 항체로 자극시키지 않은 또는 자극시킨 정상 기증자의 말초 혈액 단핵구 세포 (PBMC)를 JNJ42756493의 농도를 증가시키면서 (0.0000077, 0.000023, 0.000070, 0.00021, 0.00063, 0.00188, 0.00565, 0.01694, 0.051, 0.152, 0.457, 1.372, 4.115, 12.346, 37.037, 111.111, 333.333, 및 1,000 nM) 그를 사용하여 처리하였다. 플레이팅 후 1, 2, 5 및 6일째, 셀타이터-글로(CellTiter-Glo) (프로메가(Promega))에 의해 세포 생존능을 사정하였다.
도 4는 혼합 림프구 반응 (MLR) 검정법에서 JNJ42756493이 항-PD-1 항체에 의해 유도되는 IFN-γ 수준에 미치는 효과를 도시한 것이다. CD4⁺ T 및 동종 이계 수지상 세포의 배양물을 항-PD-1 항체 (좌측에서부터 우측으로의 농도 - 30, 10, 3.33, 1.11, 0.37, 0.12 nM)로 처리하였다. 100, 1, 또는 0.01 nM (좌측에서부터 우측으로의 농도)의 JNJ42756493을 단독으로, 항-PD-1 항체와 함께 (30, 10, 3.33, 1.11, 0.37, 또는 0.12 nM의 항-PD-1 항체와 함께 100, 1, 또는 0.01 nM의 JNJ42756493) 또는 이소타입 대조군 (IC)의 존재하에서 첨가하였다. 처리 후 5일째에 메조 스케일 디스커버리(Meso Scale Discovery: MSD)에 의해 상청액 중의 IFN-γ 수준을 측정하였다.
도 5는 거대세포바이러스 항원 검정법 (CMV) 검정법에서 JNJ42756493이 항-PD-1 항체에 의해 유도되는 IFN-γ 수준에 미치는 효과를 도시한 것이다. 말초 혈액 단핵구 세포 (PMBC)를 CMV 항원으로 자극시키고, 명시된 바와 같은 항-PD-1 항체 (좌측에서부터 우측으로의 농도 - 30, 10, 3.33, 1.11, 0.37, 0.12 nM)로 처리하였다. 100, 1, 또는 0.01 nM (좌측에서부터 우측으로의 농도)의 JNJ42756493을 단독으로, 항-PD-1 항체와 함께 (30, 10, 3.33, 1.11, 0.37, 또는 0.12 nM의 항-PD-1 항체와 함께 100, 1, 또는 0.01 nM의 JNJ42756493) 또는 이소타입 대조군 (IC)의 존재하에서 첨가하였다. 처리 후 6일째에 MSD에 의해 상청액 중의 IFN-γ 수준을 측정하였다.

개시된 방법은 본 개시내용의 일부를 형성하는 첨부된 도면과 관련하여 취해지는 하기의 상세한 설명을 참조로 하여 더욱 쉽게 이해될 수 있다. 개시된 방법은 본원에 기술되고/거나, 제시된 구체적인 방법으로 제한되는 것이 아니며, 본원에 사용된 용어는 단지 예로서 특정 실시양태를 기술하고자 하는 것이며, 청구되는 방법을 제한하는 것으로 의도되지 않음을 이해하여야 한다.

달리 구체적으로 언급되지 않는 한, 가능한 작용 기전 또는 모드 또는 개선 이유에 관한 임의의 기술 내용은 단지 예시적인 것을 의미하며, 개시된 방법은 상기 제안된 작용 기전 또는 모드 또는 개선 이유의 정확성 또는 부정확성에 의해 제한되지 않아야 한다.

특정 수치에 관하여 언급하는 것은 문맥상 달리 명백하게 언급되지 않는 한, 적어도 상기 특정 값을 포함한다. 값이 범위로 표시된 경우, 또 다른 실시양태는 한 특정 값에서부터 및/또는 다른 특정 값까지를 포함한다. 추가로, 값이 범위로 언급된 것은 상기 범위 내의 각각의 모든 값을 포함한다. 모든 범위는 전체를 포함하며, 조합가능하다.

값이 "약"이라는 선행사의 사용에 의해 근사치로 표시된 경우, 특정 값은 또 다른 실시양태를 형성한다는 것을 이해할 것이다.

수치 범위, 컷오프, 또는 특정 값에 관하여 사용될 때 "약"이라는 용어는 언급된 값이 열거된 값으로부터 최대 10%만큼 달라질 수 있다는 것을 나타내기 위해 사용된다. 따라서, "약"이라는 용어는 언급된 값으로부터의 ± 10% 이하의 변동, ± 5% 이하의 변동, ± 1% 이하의 변동, ± 0.5% 이하의 변동, 또는 ± 0.1% 이하의 변동을 포괄하기 위해 사용된다.

본원에서 명료함을 위해 별개의 실시양태의 문맥에서 기술된 개시된 방법의 특정 특징은 또한 단일 실시양태에서 조합되어 제공될 수 있다는 것을 이해하여야 한다. 반대로, 간결함을 위해 단일 실시양태의 문맥에서 기술된 개시된 방법의 다양한 특징은 또한 별개로 또는 임의의 하위조합으로 제공될 수 있다.

본원에 사용된 단수 형태는 복수 형태의 것도 포함한다.

본 개시내용 전역에 걸쳐 하기 약어가 사용된다: FFPE (포르말린-고정된, 파라핀-포매된); NSCLC (비소세포 폐 암종); SCLC (소세포 폐암); FGFR (섬유모세포 성장 인자 수용체); PD-1 (프로그램화된 세포 사멸 1); PD-L1 (프로그램화된 사멸-리간드 1); FGFR3:TACC3 (FGFR3 및 형질전환 산성 코일드 코일 함유 단백질 3을 코딩하는 유전자들 사이의 융합); FGFR3:BAIAP2L1 (FGFR3 및 뇌 특이적 혈관신생 억제제 1-관련 단백질 2-유사 단백질 1을 코딩하는 유전자들 사이의 융합); FGFR2:AFF3 (FGFR2 및 AF4/FMR2 패밀리, 구성원 3을 코딩하는 유전자들 사이의 융합); FGFR2:BICC1 (FGFR2 및 비카우달(bicaudal) C 호몰로그 1을 코딩하는 유전자들 사이의 융합); FGFR2:CASP7 (FGFR2 및 카스파제 7을 코딩하는 유전자들 사이의 융합); FGFR2:CCDC6 (FGFR2 및 코일드 코일 도메인 함유 6을 코딩하는 유전자들 사이의 융합); FGFR2:OFD1 (FGFR2 및 입-얼굴-손가락-증후군 1을 코딩하는 유전자들 사이의 융합).

"항체"라는 용어는 (a) 모든 면역글로불린 이소타입 (IgG, IgA, IgE, IgM, IgD, 및 IgY), 부류 (예컨대, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1, IgA2), 하위부류, 및 각 이소타입의 각종 단량체 및 중합체 형태를 비롯한, 면역글로불린 폴리펩티드, 즉, 특정 항원 (예컨대, PD-1 또는 PD-L1)에 특이적으로 결합하는 항원 결합 부위를 함유하는 면역글로불린 패밀리의 폴리펩티드, 및 (b) 항원 (예컨대, PD-1 또는 PD-L1)에 면역특이적으로 결합하는 상기 면역글로불린 폴리펩티드의 보존적으로 치환된 변이체를 지칭한다. 항체는 일반적으로 예를 들어, 문헌 [Harlow & Lane, Antibodies: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1988)]에 기술되어 있다. 달리 문맥으로부터 자명해지지 않는 한, 항체에 관한 언급은 하기에서 더욱 상세하게 기술되는 항체 유도체를 또한 포함한다.

"항체 단편"은 전장의 항체의 일부분, 일반적으로 그의 항원 결합 영역 또는 가변 영역, 예컨대, Fab, Fab', F(ab')₂, 및 Fv 단편; 디아바디; 선형 항체; 단일 쇄 항체 분자; 및 항체 단편으로부터 형성된 다중특이적 항체를 포함한다. 항체의 단백질 분해 소화 및 숙주 세포에서의 재조합 생산을 비롯한 다양한 기술이 항체 단편 제조를 위해 개발되었지만; 그러나, 항체 단편 제조를 위한 다른 기술도 통상의 기술자에게 자명할 것이다. 일부 실시양태에서, 최상의 항체 단편은 단일 쇄 Fv 단편 (scFv)이다. "단일 쇄 Fv" 또는 "scFv" 항체 단편은 항체의 V_H 및 V_L 도메인을 포함하며, 여기서, 상기 도메인은 단일 폴리펩티드 쇄에 존재한다. 일반적으로, Fv 폴리펩티드는 V_H 및 V_L 도메인 사이에, scFv가 항원 결합을 위해 바람직한 구조를 형성할 수 있게 하는 폴리펩티드 링커를 추가로 포함한다. scFv 및 다른 항체 단편의 리뷰를 위해, 문헌 [James D. Marks, Antibody Engineering, Chapter 2, Oxford University Press (1995) (Carl K. Borrebaeck, Ed.)]를 참조한다.

"항체 유도체"란, 이종성 분자의 공유 부착에 의해, 예컨대, 이종성 폴리펩티드 (예컨대, 세포독소) 또는 치료제 (예컨대, 화학요법제)의 부착에 의해, 또는 보통은 항체와는 관련이 없는 글리코실화, 데글리코실화, 아세틸화 또는 인산화 등에 의해 변형된, 상기 정의된 바와 같은 항체를 의미한다.

"모노클로날 항체"라는 용어는 임의의 진핵 또는 원핵 세포 클론을 비롯한, 단일 세포 클론, 또는 파지 클론으로부터 유래된 항체를 지칭하며, 그의 제조 방법을 지칭하는 것은 아니다. 따라서, "모노클로날 항체"라는 용어는 하이브리도마 기술을 통해 제조된 항체로 제한되지 않는다.

"생물학적 샘플"이란, 암성 세포가 수득될 수 있고, 단백질 발현이 평가될 수 있고/거나, RNA가 단리될 수 있는 환자로부터의 임의의 샘플을 지칭한다. 적합한 생물학적 샘플은 혈액, 림프액, 골수, 객담, 고형 종양 샘플, 또는 그의 임의의 조합을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 포르말린-고정된 파라핀-포매된 조직 (FFPET)일 수 있다.

본원에 사용된 "~가(들이) 상호작용을 차단한다"는 것은 PD-L1의 PD-1에의 결합을 억제시키거나 또는 감소시킴으로써 PD-1을 통한 신호전달/작용을 폐기하거나 또는 감소시킬 수 있는 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체의 능력을 지칭한다.

본원에 사용된 "FGFR 변이체"란, FGFR 융합 유전자, FGFR 돌연변이, FGFR 증폭, 또는 그의 임의의 조합을 포함하나 이에 제한되지 않는, 야생형 FGFR 유전자의 변경을 지칭한다. "변이체" 및 "변경"이라는 용어는 본원에서 상호교환적으로 사용된다. "FGFR 융합" 또는 "FGFR 융합 유전자"란, 두 유전자 사이의 전좌에 의해 생성된, FGFR (예컨대, FGRF2 또는 FGFR3)의 일부분 및 본원에 개시된 융합 파트너 중 하나를 코딩하는 유전자를 지칭한다.

본원에 사용된 "환자"란, 임의의 동물, 특히, 포유동물을 의미하는 것으로 의도된다. 따라서, 본 방법은 비록 가장 바람직한 것은 인간이지만, 인간 및 비인간 동물에도 적용가능하다. "환자" 및 "대상체"는 본원에서 상호교환적으로 사용될 수 있다.

"제약상 유효량"이란, 환자를 치료하는, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체의 양 및 FGFR 억제제의 양을 지칭한다.

본원에 사용된 "제약상 허용되는 염"은 무기산 및 유기산, 예컨대, 염산, 질산, 황산, 인산 등과의 염을 포함한다. 제약상 허용되는 염의 예는 문헌 [Berge, et al. (1977) "Pharmaceuticall Acceptable Salts," J. Pharm. Sci., Vol. 66, pp. 1-19]에 논의되어 있다.

본원에 사용된 "치료하는"이라는 용어 및 유사 용어는 암 증상의 중증도 및/또는 빈도를 감소시키는 것, 암 증상 및/또는 상기 증상의 근본적인 원인을 제거하는 것, 암 증상 및/또는 그의 근본적인 원인의 빈도 또는 가능성을 감소시키는 것, 및 암에 의해 직접적으로 또는 간접적으로 유발된 손상을 개선시키거나, 또는 교정하는 것을 지칭한다.

본원에서는 환자에게 제약상 유효량의, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 제약상 유효량의 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함하고, 여기서 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제는 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 경우에 투여하는 것인, 환자에서 암을 치료하는 방법을 개시한다.

PD-1은 CD4+ 및 CD8+ T 세포, B 세포, 및 골수양 세포의 표면 상에서 발현되는 세포 표면 수용체이다. PD-1의 리간드인 PD-L1 및 PD-L2는 면역 세포 상에서 발현되고; 추가로, PD-L1은 또한 암 세포 상에서도 발현된다. PD-1은 그의 리간드와 연관되면, T 세포 증식, 시토카인 생산 및 이펙터 기능을 감소시킴으로써 면역 반응을 하향조절한다. PD-1에 대한 항체 (항-PD-1 항체) 및/또는 PD-1의 리간드에 대한 항체 (예를 들어, 항-PD-L1 항체)는 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단함으로써 면역 반응의 하향조절을 억제시킬 수 있다. 개시된 방법은 환자에게 제약상 유효량의, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체를 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 환자에게 제약상 유효량의 항-PD-1 항체를 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 환자에게 제약상 유효량의 항-PD-L1 항체를 투여하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 환자에게 제약상 유효량의 항-PD-1 항체 및 항-PD-L1 항체를 투여하는 단계를 포함할 수 있다.

예시적인 항-PD-1 항체는 옵디보(OPDIVO)® (니볼루맙) (브리스톨-마이어스 스큅(Bristol-Myers Squibb)) 및 키트루다(KEYTRUDA)® (펨브롤리주맙) (머크(Merck))를 포함하나 이에 제한되지 않는다. 예시적인 항-PD-L1 항체는 MPDL3208A (로슈(Roche)) 및 MEDI4736 (아스트라제네카(AstraZeneca))을 포함하나 이에 제한되지 않는다.

예시적인 FGFR 억제제는 (본원에 참조로 포함된) 미국 공개 번호 2013/0072457 A1에 기술되어 있고, N-(3,5-디메톡시페닐)-N'-(1-메틸에틸)-N-[3-(1-메틸-1H-피라졸-4-일)퀴녹살린-6-일]에탄-1,2-디아민 (본원에서 "JNJ-42756493"으로 지칭됨)을 포함하며, 그의 임의의 호변이성질체 또는 입체화학적 이성질체 형태, 그의 N-옥시드, 그의 제약상 허용되는 염, 또는 그의 용매화물을 포함한다 (적합한 R 기는 또한 미국 공개 번호 2013/0072457 A1에 개시되어 있다). 또한, 일부 실시양태에서, FGFR 억제제는 하기 화학식 I의 화합물, 또는 그의 제약상 허용되는 염일 수 있다:

<화학식 I>

.

일부 측면에서, 제약상 허용되는 염은 HCl 염이다.

PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제는 단일 치료제로서 투여될 수 있거나, 또는 개별 작용제로서 공동 투여될 수 있다. 개별 작용제로서 투여될 때, 항체 및 FGFR 억제제는 동시에 또는 임의 순서로 순차적으로 투여될 수 있다. 일부 실시양태에서, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제는 동시에 투여될 수 있다. 일부 실시양태에서, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제는 순차적으로 투여될 수 있다. 일부 측면에서, 예를 들어, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체가 먼저 투여된 후, 이어서 FGFR 억제제가 투여될 수 있다. 다른 측면에서, FGFR 억제제가 먼저 투여된 후, 이어서 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체가 투여될 수 있다. 순차적으로 투여될 때, 항체 및 FGFR 억제제는 서로 수초, 수분, 수시간, 수일, 또는 수주 이내에 투여될 수 있다.

PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제의 제약상 유효량은 암의 병기 및 중증도 뿐만 아니라, 환자의 건강과 관련된 다른 인자를 포함하나 이에 제한되지 않는 여러 인자에 의존하게 될 것이다. 통상의 기술자는 제약상 유효량을 결정하는 방법을 알 것이다.

개시된 방법은 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 경우에 환자에서 암을 치료하는 데 적합하다. 일부 실시양태에서, FGFR 변이체는 하나 이상의 FGFR 융합 유전자일 수 있다. 일부 실시양태에서, FGFR 변이체는 하나 이상의 FGFR 돌연변이일 수 있다. 일부 실시양태에서, FGFR 변이체는 하나 이상의 FGFR 증폭일 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 FGFR 변이체의 조합이 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재할 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, FGFR 변이체는 하나 이상의 FGFR 융합 유전자 및 하나 이상의 FGFR 돌연변이일 수 있다. 일부 실시양태에서, FGFR 변이체는 하나 이상의 FGFR 융합 유전자 및 하나 이상의 FGFR 증폭일 수 있다. 일부 실시양태에서, FGFR 변이체는 하나 이상의 FGFR 돌연변이 및 하나 이상의 FGFR 증폭일 수 있다. 추가의 다른 실시양태에서, FGFR 변이체는 하나 이상의 FGFR 융합 유전자, 돌연변이, 및 증폭일 수 있다.

예시적인 FGFR 융합 유전자는 하기 표 1에 제공되어 있고, 이는 FGFR2:AFF3; FGFR2:BICC1; FGFR2:CASP7; FGFR2:CCDC6; FGFR2:OFD1: FGFR3:BAIAP2L1; FGFR3: TACC3-인트론; FGFR3:TACC3V1; FGFR3:TACC3V3; 또는 그의 조합을 포함하나 이에 제한되지 않는다. FGFR 융합 유전자의 서열은 하기 표 7에 개시되어 있다.

<표 1>

예시적인 FGFR 융합 유전자

FGFR 돌연변이는 FGFR 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)을 포함한다. "FGFR 단일 뉴클레오티드 다형성" (SNP)이란, 개체 간에 단일 뉴클레오티드 차이가 나는 FGFR2 또는 FGFR3 유전자를 지칭한다. 특히, FGFR 단일 뉴클레오티드 다형성" (SNP)이란, 개체 간에 단일 뉴클레오티드 차이가 나는 FGFR3 유전자를 지칭한다. 환자로부터의 생물학적 샘플 중 하기 FGFR SNP 중 하나 이상의 것의 존재 여부는 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 방법, 또는 미국 가특허 출원 번호 62/056,159, 미국 특허 공개 번호 US2016-0090633, 및 WO 2016/048833에 개시된 방법에 의해 측정될 수 있다: FGFR3 R248C, FGFR3 S249C, FGFR3 G370C, FGFR3 Y373C, 또는 그의 임의의 조합. FGFR SNP의 서열은 하기 표 2에서 제공된다.

<표 2>

서열은 FGFR3의 뉴클레오티드 920-1510에 상응한다 (진뱅크 ID 번호 NM_000142.4).

굵은 밑줄체로 표시된 뉴클레오티드는 SNP를 나타낸다.

*은 종종 문헌상에서 Y375C로 잘못 언급될 수 있다.

본 방법은 투여 단계 이전에 생물학적 샘플 중 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 대하여 평가하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 대하여 생물학적 샘플을 평가하는 데 적합한 방법은 본원 다른 곳에 개시되어 있다.

개시된 방법은 암에서의 PD-L1 발현에 의존할 수 있거나, 또는 암에서의 PD-L1 발현과 상관없이 수행될 수 있다. 일부 실시양태에서, 예를 들어, 본 방법은 환자에게 제약상 유효량의, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 제약상 유효량의 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함할 수 있고, 여기서 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제는 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하고, 환자로부터의 생물학적 샘플에서의 PD-L1 발현이 지정된 수준이거나 또는 지정된 범위 내에 있는 경우에 투여한다. 일부 측면에서, 예를 들어, 생물학적 샘플 중 PD-L1 발현이 높은 경우에 본 방법이 수행될 수 있다. 따라서, 일부 실시양태에서, 본 방법은 환자에게 제약상 유효량의, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 제약상 유효량의 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함할 수 있고, 여기서 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제는 PD-L1 발현이 높고 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 경우에 투여한다. 대안적으로, 생물학적 샘플 중 PD-L1 발현이 낮은 경우에 본 방법이 수행될 수 있다. 따라서, 본 방법은 환자에게 제약상 유효량의, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 제약상 유효량의 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함할 수 있고, 여기서 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제는 PD-L1 발현이 낮고 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 경우에 투여한다. PD-L1 발현이 중간 정도인 경우에 본 방법이 수행될 수 있다. 따라서, 본 방법은 환자에게 제약상 유효량의, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 제약상 유효량의 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함할 수 있고, 여기서 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제는 PD-L1 발현이 중간 정도이고 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 경우에 투여한다. 본원 다른 곳에서도 논의된 바와 같이, PD-L1 발현 수준은 수치 H-점수에 기초할 수 있거나 (낮은 것은 H-점수가 약 0 내지 약 99인 것을 포함하고; 중간 정도인 것은 H-점수가 약 100 내지 약 199인 것을 포함하고; 높은 것은 H-점수가 약 200 내지 약 300인 것을 포함한다), 참조 값과의 비교에 기초할 수 있다.

다른 실시양태에서, 본 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플 중의 PD-L1 발현과 상관없이 수행될 수 있고, PD-L1 발현을 고려하지 않으면서, 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 기초할 수 있다.

본 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플 중의 PD-L1 발현을 평가하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. PD-L1 발현을 평가하는 예시적인 방법은 본원 다른 곳에도 개시되어 있다. PD-L1 발현은 투여 단계 이전, 그 동안, 또는 그 이후에 평가될 수 있다.

일부 실시양태에서, 본 방법은 투여 단계 이전에 환자로부터의 생물학적 샘플 중 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재 및 PD-L1 발현을 평가하는 단계를 포함할 수 있다.

PD-L1 발현을 평가하는 데, 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재를 평가하는 데, 또는 PD-L1 발현 및 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재, 둘 다를 평가하는 데 적합한 생물학적 샘플은 혈액, 림프액, 골수, 고형 종양 샘플, 또는 그의 임의의 조합을 포함하나 이에 제한되지 않는다.

개시된 방법은 폐암, 방광암, 위암, 유방암, 난소암, 두경부암, 식도암, 교모세포종, 또는 그의 임의의 조합을 포함하나 이에 제한되지 않는, 다양한 암 유형을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 폐암을 치료하는 데 사용될 수 있다. 폐암은 비소세포 폐암 (NSCLC) 선암종, NSCLC 편평 세포 암종, 소세포 폐암, 또는 그의 임의의 조합일 수 있다. 따라서, 일부 측면에서, 본 방법은 NSCLC 선암종을 치료하는 데 사용될 수 있다. 다른 측면에서, 본 방법은 NSCLC 편평 세포 암종을 치료하는 데 사용될 수 있다. 추가의 다른 측면에서, 본 방법은 소세포 폐암을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 방광암을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 위암을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 유방암을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 난소암을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 두경부암을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 식도암을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 교모세포종을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 상기 암들의 임의의 조합을 치료하는 데 사용될 수 있다.

환자에게 제약상 유효량의, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체를 투여하는 단계; 항체의 효능을 모니터링하는 단계; 및 항체가 효능이 없는 경우에, 환자로부터의 생물학적 샘플을 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 대하여 평가하고, 하나 이상의 FGFR 변이체가 샘플 중에 존재하는 경우에 환자에게 제약상 유효량의 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함하는, 환자에서 암을 치료하는 방법을 또한 개시한다.

항체의 효능은 예를 들어, 암 진행에 대해 환자의 증상을 평가함으로써, 암 증상의 중증도를 평가함으로써, 암 증상의 빈도를 평가함으로써, 종양 크기를 측정함으로써, 또는 그의 임의의 조합에 의해 모니터링할 수 있다. 제한하고자 하지 않으면서, 암의 진행 또는 암의 진행을 감소시키지 못함, 암 증상의 중증도 증가 또는 암 증상의 중증도 변함없음, 암 증상의 빈도 증가 또는 암 증상의 빈도 변함없음, 종양 크기 증가 또는 종양 크기 변함없음, 또는 그의 임의의 조합이 항체가 효능이 없음을 나타내는 징후일 수 있다.

일부 실시양태에서, 본 방법은 환자에게 제약상 유효량의 항-PD-1 항체를 투여하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 환자에게 제약상 유효량의 항-PD-L1 항체를 투여하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 환자에게 제약상 유효량의 항-PD-1 항체 및 항-PD-L1 항체를 투여하는 단계를 포함할 수 있다. 예시적인 항-PD-1 항체는 옵디보® (니볼루맙) (브리스톨-마이어스 스큅) 및 키트루다® (펨브롤리주맙) (머크)를 포함하나 이에 제한되지 않는다. 예시적인 항-PD-L1 항체는 MPDL3208A (로슈) 및 MEDI4736 (아스트라제네카)을 포함하나 이에 제한되지 않는다.

예시적인 FGFR 억제제는 N-(3,5-디메톡시페닐)-N'-(1-메틸에틸)-N-[3-(1-메틸-1H-피라졸-4-일)퀴녹살린-6-일]에탄-1,2-디아민 (본원에서 "JNJ-42756493"으로 지칭됨)을 포함하며, 그의 임의의 호변이성질체 또는 입체화학적 이성질체 형태, 그의 N-옥시드, 그의 제약상 허용되는 염, 또는 그의 용매화물을 비롯한, 상기 개시된 것을 포함한다 (적합한 R 기는 또한 미국 공개 번호 2013/0072457 A1에 개시되어 있다). 일부 실시양태에서, FGFR 억제제는 하기 화학식 I의 화합물, 또는 그의 제약상 허용되는 염일 수 있다:

<화학식 I>

.

일부 측면에서, 제약상 허용되는 염은 HCl 염이다.

항체 및 FGFR 억제제의 제약상 유효량은 암의 병기 및 중증도 뿐만 아니라, 환자의 건강과 관련된 다른 인자를 포함하나 이에 제한되지 않는 여러 인자에 의존하게 될 것이다. 통상의 기술자는 제약상 유효량을 결정하는 방법을 알 것이다.

개시된 방법은 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 경우에 환자에서 암을 치료하는 데 적합하다. 일부 실시양태에서, FGFR 변이체는 하나 이상의 FGFR 융합 유전자일 수 있다. 일부 실시양태에서, FGFR 변이체는 하나 이상의 FGFR 돌연변이일 수 있다. 일부 실시양태에서, FGFR 변이체는 하나 이상의 FGFR 증폭일 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 FGFR 변이체의 조합이 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재할 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, FGFR 변이체는 하나 이상의 FGFR 융합 유전자 및 하나 이상의 FGFR 돌연변이일 수 있다. 일부 실시양태에서, FGFR 변이체는 하나 이상의 FGFR 융합 유전자 및 하나 이상의 FGFR 증폭일 수 있다. 일부 실시양태에서, FGFR 변이체는 하나 이상의 FGFR 돌연변이 및 하나 이상의 FGFR 증폭일 수 있다. 추가의 다른 실시양태에서, FGFR 변이체는 하나 이상의 FGFR 융합 유전자, 돌연변이, 및 증폭일 수 있다. 예시적인 FGFR 융합 유전자는 표 1에 제공되어 있고, 이는 FGFR2:AFF3; FGFR2:BICC1; FGFR2:CASP7; FGFR2:CCDC6; FGFR2:OFD1; FGFR3:BAIAP2L1; FGFR3:TACC3-인트론; FGFR3:TACC3V1; FGFR3:TACC3V3; 또는 그의 조합을 포함하나 이에 제한되지 않는다.

하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 대하여 생물학적 샘플을 평가하는 데 적합한 방법은 본원 다른 곳에 개시되어 있다.

개시된 방법은 생물학적 샘플 중에서의 PD-L1 발현에 의존할 수 있거나, 또는 암에서의 PD-L1 발현과 상관없이 수행될 수 있다. 일부 측면에서, 예를 들어, 항체가 효능이 없는 경우에, 본 방법은 생물학적 샘플 중 PD-L1의 발현 수준을 측정하는 단계, 및 PD-L1 발현이 지정된 수준이거나 또는 지정된 범위 내에 있는 경우에 환자에게 제약상 유효량의 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함할 수 있다. PD-L1 발현을 평가하는 방법은 본원 다른 곳에 개시되어 있다. 생물학적 샘플 중 PD-1 발현이 낮은 경우에 본 방법이 수행될 수 있다. 일부 실시양태에서, 예를 들어, 평가 단계는 생물학적 샘플 중 PD-L1의 발현 수준을 측정하는 단계를 추가로 포함할 수 있고, 제2 투여 단계는 PD-L1의 발현 수준이 낮은 경우에 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 측면에서, 환자에서 암을 치료하는 방법은 환자에게 제약상 유효량의, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체를 투여하는 단계; 항체의 효능을 모니터링하는 단계; 및 항체가 효능이 없는 경우에, 환자로부터의 생물학적 샘플을 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 대하여 평가하고, 생물학적 샘플 중 PD-L1의 발현 수준을 측정하는 단계, 및 하나 이상의 FGFR 변이체가 샘플 중에 존재하는 경우에 및 샘플 중 PD-L1의 발현 수준이 낮은 경우에 환자에게 제약상 유효량의 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.

생물학적 샘플 중 PD-1 발현이 중간 정도인 경우에 본 방법이 수행될 수 있다. 따라서, 평가 단계는 생물학적 샘플 중 PD-L1의 발현 수준을 측정하는 단계를 추가로 포함할 수 있고, 제2 투여 단계는 PD-L1의 발현 수준이 중간 정도인 경우에 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함할 수 있다. 생물학적 샘플 중 PD-1 발현이 높은 경우에 본 방법이 수행될 수 있다. 예를 들어, 평가 단계는 생물학적 샘플 중 PD-L1의 발현 수준을 측정하는 단계를 추가로 포함할 수 있고, 제2 투여 단계는 PD-L1의 발현 수준이 높은 경우에 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함할 수 있다.

본원 다른 곳에서도 논의된 바와 같이, PD-L1 발현 수준은 수치 H-점수에 기초할 수 있거나 (낮은 것은 H-점수가 약 0 내지 약 99인 것을 포함하고; 중간 정도인 것은 H-점수가 약 100 내지 약 199인 것을 포함하고; 높은 것은 H-점수가 약 200 내지 약 300인 것을 포함한다), 참조 값과의 비교에 기초할 수 있다.

다른 실시양태에서, 본 방법은 암에서의 PD-L1 발현과 상관없이 수행될 수 있고, PD-L1 발현을 고려하지 않으면서, 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 기초할 수 있다.

적합한 생물학적 샘플은 혈액, 림프액, 골수, 고형 종양 샘플, 또는 그의 임의의 조합을 포함하나 이에 제한되지 않는다.

개시된 방법은 폐암, 방광암, 위암, 유방암, 난소암, 두경부암, 식도암, 교모세포종, 또는 그의 임의의 조합을 포함하나 이에 제한되지 않는, 다양한 암 유형을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 폐암을 치료하는 데 사용될 수 있다. 폐암은 비소세포 폐암 (NSCLC) 선암종, NSCLC 편평 세포 암종, 소세포 폐암, 또는 그의 임의의 조합일 수 있다. 따라서, 일부 측면에서, 본 방법은 NSCLC 선암종을 치료하는 데 사용될 수 있다. 다른 측면에서, 본 방법은 NSCLC 편평 세포 암종을 치료하는 데 사용될 수 있다. 추가의 다른 측면에서, 본 방법은 소세포 폐암을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 방광암을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 위암을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 유방암을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 난소암을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 두경부암을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 식도암을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 교모세포종을 치료하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 상기 암들의 임의의 조합을 치료하는 데 사용될 수 있다.

또한, 본원에서는 암 치료를 위한, 특히 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 환자에서의 암 치료를 위한 의약의 제조를 위한 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제의 용도를 개시한다. 암 치료 방법 항에 기술된 각각의 상기 실시양태들이 암 치료를 위한, 특히 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 환자에서의 암 치료를 위한 의약의 제조를 위한 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제의 용도에서 사용될 수 있다.

본원에서는 또한 암 치료에 사용하기 위한, 특히 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 환자에서의 암 치료에 사용하기 위한 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제의 조합도 개시한다. 암 치료 방법 항에 기술된 각각의 상기 실시양태들이 암 치료에 사용하기 위한, 특히 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 환자에서의 암 치료에 사용하기 위한 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제의 조합과 함께 사용될 수 있다.

하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 대한 샘플 평가

하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 대하여 생물학적 샘플을 평가하는 하기 방법은 상기 개시된 치료 방법 중 임의의 것에도 동일하게 적용된다.

하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 대하여 생물학적 샘플을 평가하는 데 적합한 방법은 본원 방법 섹션 및 미국 가특허 출원 번호 62/056,159, 미국 특허 공개 번호 US2016-0090633, 및 WO 2016/048833 (상기 문헌은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다)에 기술되어 있다. 예를 들어, 및 제한하고자 하지 않으면서, 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 대하여 생물학적 샘플을 평가하는 단계는 하기 단계: 생물학적 샘플로부터 RNA를 단리시키는 단계; RNA로부터 cDNA를 합성하는 단계; 및 (미리 증폭된 또는 미리 증폭되지 않은) cDNA를 증폭시키는 단계의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 대하여 생물학적 샘플을 평가하는 단계는 하나 이상의 FGFR 변이체에 결합하여 그를 증폭시키는 한 쌍의 프라이머를 이용하여 환자로부터의 cDNA를 증폭시키는 단계; 및 하나 이상의 FGFR 변이체가 샘플 중에 존재하는지 여부를 측정하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 측면에서, cDNA는 미리 증폭된 것일 수 있다. 일부 측면에서, 평가 단계는 샘플로부터 RNA를 단리시키는 단계, 단리된 RNA로부터 cDNA를 합성하는 단계, 및 cDNA를 미리 증폭시키는 단계를 포함할 수 있다.

증폭 단계를 수행하는 데 적합한 프라이머 쌍은 하기 예시되는 바와 같은, 미국 가특허 출원 번호 62/056,159, 미국 특허 공개 번호 US2016-0090633, 및 WO 2016/048833에 개시된 것을 포함하나 이에 제한되지 않는다:

FGFR3TACC3 V1 정방향: GACCTGGACCGTGTCCTTACC (서열식별번호(SEQ ID NO): 1)

역방향: CTTCCCCAGTTCCAGGTTCTT (서열식별번호: 2)

FGFR3TACC3 V3 정방향: AGGACCTGGACCGTGTCCTT (서열식별번호: 3)

역방향: TATAGGTCCGGTGGACAGGG (서열식별번호: 4)

FGFR3TACC3 인트론 정방향: GGCCATCCTGCCCCC (서열식별번호: 5)

역방향: GAGCAGTCCAGGTCAGCCAG (서열식별번호: 6)

FGFR3BAIAP2L1 정방향: CTGGACCGTGTCCTTACCGT (서열식별번호: 7)

역방향: GCAGCCCAGGATTGAACTGT (서열식별번호: 8)

FGFR2BICC1 정방향: TGGATCGAATTCTCACTCTCACA (서열식별번호: 9)

역방향: GCCAAGCAATCTGCGTATTTG (서열식별번호: 10)

FGFR2AFF3 정방향: TGGTAGAAGACTTGGATCGAATTCT (서열식별번호: 11)

역방향: TCTCCCGGATTATTTCTTCAACA (서열식별번호: 12)

FGFR2CASP7 정방향: GCTCTTCAATACAGCCCTGATCA (서열식별번호: 13)

역방향: ACTTGGATCGAATTCTCACTCTCA (서열식별번호: 14)

FGFR2CCDC6 정방향: TGGATCGAATTCTCACTCTCACA (서열식별번호: 15)

역방향: GCAAAGCCTGAATTTTCTTGAATAA (서열식별번호: 16)

FGFR2OFD1 정방향: AGGGTGCATCAACTCATGAATTAG (서열식별번호: 17)

역방향: ACTTGGATCGAATTCTCACTCTCA (서열식별번호: 18).

하나 이상의 FGFR 변이체의 존재는 진단시, 종양 절제 이후, 제1선 요법 이후, 임상 치료 동안, 또는 그의 임의의 조합을 비롯한, 임의의 적합한 시점에 평가될 수 있다.

암에서의 PD-L1 발현 평가

생물학적 샘플 중에서의 PD-L1 발현을 평가하는 하기 방법은 상기 개시된 치료 방법 중 임의의 것에도 동일하게 적용된다.

일부 실시양태에서, 개시된 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플 중의 PD-L1 발현에 의존할 수 있다. 따라서, 환자에게 제약상 유효량의, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 제약상 유효량의 FGFR 억제제를 투여하는 것은 환자로부터의 생물학적 샘플 중의 PD-L1 발현 및 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 기초할 수 있다. 본 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플 중의 PD-L1 발현을 평가하는 단계를 포함할 수 있다. 평가되는 PD-L1 발현의 유래 기점이 되는 생물학적 샘플은 평가되는 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재의 유래 기점이 되는 생물학적 샘플과 동일한 것일 수 있거나, 또는 평가되는 PD-L1 발현의 유래 기점이 되는 생물학적 샘플은 평가되는 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재의 유래 기점이 되는 생물학적 샘플과 상이한 것일 수 있다. "동일한 생물학적 샘플"이란, 평가되는 PD-L1 발현 및 FGFR 변이체 둘 다의 유래 기점이 되는 것이 단일 샘플임을 지칭한다. "상이한 생물학적 샘플"은 상이한 시점에 채취된 동일한 샘플 공급원 (혈액, 림프액, 골수, 고형 종양 샘플 등) 또는 상이한 샘플 공급원을 포함한다. 예를 들어, 혈액 샘플을 환자로부터 수득하고, PD-L1 발현에 대해 또는 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 대하여 평가할 수 있고, 후속 시점에 또 다른 혈액 샘플을 환자로부터 수득하고, 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재 또는 PD-L1 발현에 대하여 평가할 수 있다. 반대로, 혈액 샘플을 환자로부터 수득하고, PD-L1 발현 및/또는 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 대하여 평가할 수 있고, 고형 종양 샘플을 환자로부터 수득하고, 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재 및/또는 PD-L1 발현에 대하여 평가할 수 있다.

일부 실시양태에서, PD-L1 발현 수준을 (본원 방법 섹션에 기술된 바와 같은) 수치 H-점수로 변환시킬 수 있다. PD-L1 발현 수준을 H-점수가 약 0 내지 약 99인 것을 포함하는 낮은 PD-L1 발현; H-점수가 약 100 내지 약 199인 것을 포함하는 중간 정도의 PD-L1 발현; 또는 H-점수가 약 200 내지 약 300인 것을 포함하는 높은 PD-L1 발현인 수치 H-점수로 변환시킬 수 있다. 환자를 치료하는 것은 상기 H-점수에 기초할 수 있다. 예를 들어, 치료 방법이 H-점수가 낮은 환자에 대해 수행된다면, 상기 환자는 H-점수가 약 0 내지 약 99인 것에 상응하는 PD-L1 발현을 보일 것이다. 치료 방법이 H-점수가 중간 정도인 환자에 대해 수행된다면, 상기 환자는 H-점수가 약 100 내지 약 199인 것에 상응하는 PD-L1 발현을 보일 것이다. 치료 방법이 H-점수가 높은 환자에 대해 수행된다면, 상기 환자는 H-점수가 약 200 내지 약 300인 것에 상응하는 PD-L1 발현을 보일 것이다.

다른 실시양태에서, PD-L1 발현 수준을 참조 PD-L1 발현 수준과 비교할 수 있다. 바람직한 실시양태에서, 참조 PD-L1 발현 수준은 미리 측정된 것일 수 있다. 예를 들어, 참조 데이터 세트는 낮은, 중간 정도, 및 높은 참조 PD-L1 발현 수준을 갖는 비관련 환자로부터의 샘플을 이용하여 확립될 수 있다. 상기 데이터 세트는 그에 의해 상대적인 PD-L1 발현 수준이 환자들 간에 비교되고/거나, H-점수 방법을 사용하여 정량화되는 것인 표준을 나타낼 수 있다. 일부 실시양태에서, 참조 PD-L1 발현 수준은 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체를 투여받은 환자 집단을 위약을 투여받은 환자 집단과 비교함으로써 측정될 수 있다. 각 집단 중의 각 환자에 대한 PD-L1 발현 수준은 본원에 기술된 방법에 따라 측정될 수 있다. 환자 집단에 대한 임상 결과 (예컨대, 무진행 생존 또는 전체 생존)를 모니터링할 수 있다. 이어서, 환자 집단에 대한 임상 결과를 PD-L1 발현 수준 대비로 비교할 수 있다. 참조 PD-L1 발현 수준은, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체를 투여받은 환자 집단이 위약을 투여받은 환자 집단과 비교하였을 때, 적어도 하나의 임상 결과가 통계학상 유의적으로 개선되었음을 입증하는 수준을 초과하는 PD-L1 발현 수준에 상응하는 것일 수 있다. 참조 PD-L1 발현 수준 미만인 환자 PD-L1 발현 수준, 특히, 환자 샘플 중 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재와 조합되었을 때의 환자 PD-L1 발현 수준은 환자가 FGFR 억제제와 조합된 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체를 이용하는 치료로부터 이익을 얻게 될 것이라는 것을 나타내는 것일 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 본 방법은 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함할 수 있고, 여기서 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제는 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하고 생물학적 샘플 중의 PD-L1 발현이 참조 PD-L1 발현 수준 미만인 경우에 투여하고, 여기서 참조 PD-L1 발현 수준은 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체를 단독으로 사용하는 치료가 유효할 가능성이 있는 수준을 초과하는 PD-L1 발현 수준에 상응하는 것이다.

PD-L1 발현을 측정하는 방법으로는 면역조직화학법 (IHC), 웨스턴 블롯팅, 현미경 검사법, 면역침전법, BCA 검정법, 분광광도법, 또는 그의 임의의 조합을 포함하나 이에 제한되지 않는다. PD-L1 발현을 평가하는 예시적인 방법은 본원 방법 섹션에 기술되어 있다.

PD-L1 발현은 진단시, 종양 절제 이후, 제1선 요법 이후, 임상 치료 동안, 또는 그의 임의의 조합을 비롯한, 임의의 적합한 시점에 평가될 수 있다.

하기 실시예는 본원에 개시된 실시양태 중 일부를 추가로 기술하기 위해 제공된다. 본 실시예는 개시된 실시예를 제한하는 것이 아니라, 예시하기 위한 것으로 의도된다.

실시예

방법

PD-L1 면역조직화학법

CRO (콸테크(QualTek: 미국 펜실베이니아주 뉴타운))에서 PD-L1 면역조직화학법 (IHC)을 수행하였다. 샘플을 CD274 PD-L1 (RUO) 검정법을 이용하여 염색하였다. CD274 PD-L1 (RUO) 검정법으로 염색된 슬라이드를 콸테크 임상 연구소(QualTek Clinical Laboratories) (CAP/CLIA 설비)의 병원장인, 위원회 승인을 받은 임상 병리의에 의해 무작위 순서로 및/또는 맹검 양식으로 조사하였다. 전체 조직 절편을 CD274 PD-L1에 대하여 평가하였다. 오직 생존가능한 조직만을 평가하였고; 조직 중 괴사 영역 또는 명백하게 충분히 고정되지 않은 조직 영역은 평가하지 않았다.

종양 H-점수를 4점 반정량적 척도의 (0: 세포막 염색이 없거나, 음성이거나, 또는 비특이적인 경우; 1+: 세포막 염색 강도가 낮거나, 또는 약한 경우; 2+: 세포막 염색 강도가 보통이거나 또는 중간 정도인 경우; 및 3+: 세포막 염색 강도가 높거나, 또는 강력한 경우) CD274 PD-L1 막 반응성 강도로부터, 및 각각의 개별 강도 값에 대한 CD274 PD-L1 양성 종양 세포 비율 추정치 (0 - 100%)로부터 산출하였다.

표준 H-점수 - 종양 H-점수 최소값 0 및 종양 H-점수 최대값 300에 의해 종양 CD274 PD-L1 막 반응성을 포착하였고: 종양 H-점수 = ([1+인 양성 세포 %]*1) + ([2+인 양성 세포 %]*2) + ([3+인 양성 세포 %]*3)이었다.

차세대 서열분석 ( NGS )

파운데이션원(FoundationOne) 패널 (http://www.foundationmedicine.com)을 사용하여 파운데이션 메디슨(Foundation Medicine: 미국 매사추세츠주 케임브리지)에 의해 FGFR 돌연변이 및 유전자 증폭에 대한 NGS를 수행하였다.

FGFR 융합

얀센 온콜로지 트랜스레이셔널 리서치(Janssen Oncology Translational Research)에 의해 개발된 전매 qRT-PCR 검정법을 사용하여 미국 가출원 번호: 62/056,159, 미국 특허 공개 번호 US2016-0090633, 및 WO 2016/048833에 기술된 바와 같이, FGFR 융합을 측정하였다.

결과

FGFR 융합 및 돌연변이가 있는 종양에서의 PD-L1 발현

FGFR 변경과 PD-L1 발현의 중복을 측정하기 위해, 인간 종양 조직 샘플 상에서 PD-L1에 대한 면역조직화학법 (IHC)을 수행한 후, 이어서, FGFR 변경에 대하여 사정하였다. 차세대 서열분석 (파운데이션 메디슨 패널, FMI)을 사용하여 FGFR 증폭 및 돌연변이를 확인하였다. 얀센에 의해 개발된 qRT-PCR 검정법을 사용하여 FGFR 융합에 대해 스크리닝하였다.

FGFR 돌연변이 및 증폭과 PD-L1의 상관관계

하기 폐 종양 조직 구조: 비소세포 폐 암종 (NSCLC) 선암종; NSCLC 편평 세포 암종; 및 소세포 폐암 (SCLC) 각각 40개씩으로 구성된 120개의 상업적으로 공급받은 폐 FFPE 종양 조직 세트에서 PD-L1 발현을 먼저 사정하였다. 파운데이션 메디슨 패널을 사용하여 FGFR 돌연변이 및 유전자 증폭을 검출하였다. 각 종양 유형에 대하여 PD-L1 염색 대 FGFR 상태를 플롯팅하였다 (도 1). FGFR 돌연변이 또는 증폭이 없는 경우 PD-L1 발현은 대개 종양으로 그대로 보존되어 나타났다. FGFR 돌연변이를 보인 9개의 샘플 중 7개의 샘플 (78%)에서는 어떠한 PD-L1 염색도 관찰되지 않았다. 9개의 샘플 중 2개는 각각 H-점수 20 및 70으로 매우 낮은 PD-L1 염색을 보였다. FGFR 유전자 증폭을 보인 4개의 샘플 중 1개의 샘플은 중간 정도 내지 높은 PD-L1 염색 (H-점수 = 140)을 보였으며, 3개는 거의 어떠한 염색도 보이지 않았다 (H-점수 = 4, n =1). FGFR 돌연변이 및 FGFR 유전자 증폭, 둘 다를 보유하는 한 종양 샘플에서는 어떠한 염색도 관찰되지 않았다. 24개의 종양 샘플에 대해서는 FGFR 돌연변이 및 증폭 상태가 알려지지 않았고, 그 중 9개는 55 내지 220 범위의 H-점수로 PD-L1 염색을 나타내었다.

방광 및 NSCLC에서의 FGFR 융합 및 PD-L1 발현

이어서, 120개의 폐 FFPE 종양 조직 세트를 (미국 가출원 번호 62/056,159, 미국 특허 공개 번호, US2016-0090633, 및 WO 2016/048833에 기술된 바와 같이) 얀센에 의해 개발된 qRT-PCR 검정법을 사용하여 FGFR 융합에 대해 스크리닝하여 9개의 융합을 검출하였다 (표 1). NSCLC 종양 샘플 (n=80)에 대한 FGFR 융합 상태에 의한 PD-L1 발현 결과는 도 2에 제시되어 있다. NSCLC 선암종 샘플 중 23% (7/31), 및 NSCLC 편평 세포 암종 종양 샘플 중 52% (13/25)가 FGFR 융합에 대하여 양성이었다. 융합 양성 선암종 샘플 모두 각각 6/7 (86%) 또는 1/7 (14%)로 PD-L1 발현을 보이지 않거나, 또는 낮은 PD-L1 발현을 보였다 (표 3). 융합- 음성 선암종 샘플은 발현을 보이지 않는 것 (12/31, 39%)에서부터, 낮은 PD-L1 (12/31, 39%), 중간 정도의 PD-L1 (4/31, 13%), 높은 PD-L1 (3/31, 10%)까지 다양한 PD-L1을 보였다 (표 3). 융합 양성 편평 세포 암종 샘플 PD-L1 H-점수는 비발현, 낮은, 중간 정도, 또는 높은 발현 카테고리에 걸쳐 (각각 4/31, 31%) 동등하게 분포하였다 (표 4). 융합 음성 편평 샘플 또한 비발현 (6/25, 24%)에서부터, 낮은 (11/25, 44%), 중간 정도 (5/25, 20%), 및 높은 발현 (3/25, 12%)까지 다양한 H-점수를 보였다 (표 4).

<표 3>

NSCLC 선암종 - FGFR 융합 상태에 의한 PD-L1 H-점수

<표 4>

NSCLC 편평 세포 암종 - FGFR 융합 상태에 의한 PD-L1 H-점수

45개의 상업적으로 공급받은 방광 종양을 파운데이션 메디슨 패널 (FMI)에 의해 돌연변이에 대해 서열분석하고, PD-L1 발현에 대해 염색하고, 얀센 qRT-PCR 검정법을 사용하여 FGFR 유전자 융합에 대하여 스크리닝하였다. 45개의 샘플 중 42개 (93%)가 FGFR 융합에 대하여 양성이었다. 5개의 샘플 (11%)은 FGFR 돌연변이 (FGFR3-R248C 또는 FGFR3-S249C)에 대하여 양성이었고, 이들은 모두 FGFR 융합에 대해서도 또한 양성이었다. FGFR 변경과 함께 샘플에 대한 PD-L1 염색 H-점수가 하기 5에 요약되어 있고, 표 6에 열거되어 있다. FGFR 융합 양성 샘플의 경우, 22/37 (59%)이 PD-L1 염색에 대하여 음성이었다. 10개의 FGFR 융합 양성 샘플 (27%)은 낮은 수준의 PD-L1을 발현하였고, 5개의 샘플 (14%)은 높은 PD-L1 발현을 보였다. 동일한 종양 샘플 (n=5)에서 FGFR 돌연변이 및 FGFR 융합 둘 다를 보인 샘플 모두 PD-L1 염색에 대하여 음성이었다. 전반적으로, FGFR 변경을 보인 방광 샘플 중 64% (27/42)에서는 PD-L1 염색을 보이지 않았으며, 상기 샘플 세트에서 거의 모든 종양이 FGFR 융합에 대하여 양성이었다는 것에 주목한다.

FGFR 돌연변이 및 PD-L1 발현 데이터는 FGFR 융합을 보인 7개의 상업적으로 공급받은 전이성 NSCLC 샘플 (얀센)에 대하여 이용가능하였다. 샘플 중 4/7 (57%)에서는 어떠한 PD-L1 염색도 관찰되지 않았다. 2개의 샘플은 H-점수 4 및 15로 매우 낮은 PD-L1 염색을 보였다. 한 샘플은 H-점수 160으로 중간 정도의 PD-L1을 보였다. 흥미롭게도, 중간 정도의 PD-L1 염색을 보인 FGFR 융합 양성 샘플은, 티로신 키나제 억제제에 대한 내성을 부여하는 잠재성을 가진 FGFR 게이트키퍼 잔기 돌연변이인 FGFR4 V550I 돌연변이를 보유하였다.

전반적으로, 상기 데이터는 FGFR 변경을 보유하는 상업적으로 이용가능한 종양 샘플 대다수가 PD-L1을 거의 발현하지 않거나, 또는 그를 발현하지 않는다는 것을 나타낸다.

<표 5>

FGFR 융합 양성 방광 샘플에서의 PD-L1 염색

<표 6>

시판용 방광 및 NSCLC 종양 샘플에서의 PD-L1 발현, FGFR 융합 및 돌연변이 상태

FGFR 시험관내 실험

시험관내에서 JNJ427564493이 면역 세포 생존능에 미치는 효과를 측정하기 위해, JNJ42756493의 농도를 증가시키면서 그의 존재하에서 정상 기증자로부터의 말초 혈액 단핵구 세포 (PBMC)를 항-CD3 항체로 자극하여 T 세포를 활성화시켰다. JNJ42756493이 활성화되지 않은 면역 집단에도 영향을 주었는지 여부를 측정하기 위해 자극시키지 않은 PBMC 또한 포함시켰다. 6일 동안에 걸쳐 4개의 상이한 시점에 세포 생존능을 사정하였다. 도 3에는 처리 후 1, 2, 5 및 6일째에 JNJ42756493의 농도를 증가시키면서 그의 존재하에서의 (최대 1 μM) 세포 생존능 척도로서의 발광 신호가 제시되어 있다. 자극받은 군 및 자극을 받지 않은 군 둘 다의 경우, 시험된 모든 시점에서 세포 생존능은 화합물 농도 증가에 따라 일정하게 유지되었다. 본 데이터는 JNJ42756493 첨가가 면역 세포 생존능을 손상시키지 않는다는 것을 제안한다.

이어서, 2개의 시험관내 기능 검정법: 혼합 림프구 반응 (MLR); 및 거대세포바이러스 항원 검정법 (CMV)에서 JNJ42756493을 시험하여 항-PD-1 항체의 활성에 미치는 영향에 대하여 분석하였다. MLR 검정법을 위해, CD4⁺ T 세포를 동종 이계 수지상 세포로 자극하여 T 세포 활성화 및 IFN-γ 분비를 유도하였다. 본 검정법에서, 항-PD-1 항체는 용량에 의존하는 방식으로 IFN-γ 수준을 증가시켰다 (도 4, PD-1 단독). T 세포 및 DC를 0.01, 1 또는 100 nM의 JNJ42756493으로 처리하였을 때, IFN-γ 수준은 비처리된 샘플에서 관찰된 것과 유사하였고 (도 4, JNJ-493 단독 대 대조군), 이는 FGFR 억제가 T 세포 활성화에 영향을 주지 않는다는 것을 제안한다. 추가로, 항-PD-1 항체와 JNJ42756493의 조합이 항-PD-1 단독 처리시에 관찰된 것과 유사한 IFN-γ 분비를 일으켰다 (도 4, PD-1 단독 대비 JNJ-493+ 항-PD-1). 본 결과는 MLR 검정법에서 JNJ42756493이 항-PD-1 항체의 기능성 활성을 손상시키지 않는다는 것을 제안한다.

CMV 검정법에서, CMV 반응성 기증자로부터의 PBMC를 CMV 항원을 첨가하여 자극시켰다. CMV 반응성 T 세포는 활성이고, 확장되고, 염증유발성 시토카인, 예컨대, IFN-γ를 분비한다. 항-PD-1 항체 존재하에서, CMV 자극시, 유의적으로 더 높은 수준의 IFN-γ가 분비되었다 (도 5, PD-1 단독). 그에 반해, JNJ42756493 단독인 것은 시토카인 수준에 어떠한 영향도 주지 않았다 (도 5, JNJ-493 단독). 유사하게, 항-PD-1 항체와 JNJ42756493의 조합은 항-PD-1 단독인 경우에 관찰된 것과 유사하게 IFN-γ를 증가시켰다 (도 5, PD-1 단독 대비 JNJ42756493 + 항-PD-1). 본 데이터는 CMV 검정법에서 JNJ42756493이 항-PD-1 항체의 활성에 어떠한 영향도 미치지 않는다는 것을 보여주는 것이다.

통상의 기술자는 바람직한 실시양태에 대하여 다수의 변형 및 수정이 이루어질 수 있고, 그러한 변형 및 수정은 본 발명의 정신으로부터 벗어남 없이 진행될 수 있다는 것을 이해할 것이다. 그러므로, 첨부된 특허청구범위는 상기의 모든 등가물 및 변형을 본 발명의 참된 정신 및 범주 내에 포함되는 것으로서 포괄한다는 것으로 의도된다.

본 명세서에서 인용되거나, 또는 기술된 각 특허, 특허 출원, 및 공개문헌의 개시내용은 그의 전문이 본원에 참조로 포함된다.

FGFR 융합 유전자의 뉴클레오티드 서열

FGFR 융합 cDNA에 대한 뉴클레오티드 서열은 표 7에서 제공한다. 밑줄 표시된 서열은 FGFR3 또는 FGFR2에 상응하고, 검은색으로 표시된 서열은 융합 파트너를 나타내고, 이탤릭체로 표시된 서열은 FGFR3 유전자의 인트론 서열을 나타낸다.

<표 7>

SEQUENCE LISTING <110> KARKERA, JAYAPRAKASH PLATERO, SUSO JESUS VERONA, RALUCA LORENZI, MATTHEW V. <120> FGFR/PD-1 COMBINATION THERAPY FOR THE TREATMENT OF CANCER <130> PRD3366USNP <140> <141> <150> 62/142,569 <151> 2015-04-03 <160> 27 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 1 gacctggacc gtgtccttac c 21 <210> 2 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 2 cttccccagt tccaggttct t 21 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 3 aggacctgga ccgtgtcctt 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 4 tataggtccg gtggacaggg 20 <210> 5 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 5 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<220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 12 tctcccggat tatttcttca aca 23 <210> 13 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 13 gctcttcaat acagccctga tca 23 <210> 14 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 14 acttggatcg aattctcact ctca 24 <210> 15 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 15 tggatcgaat tctcactctc aca 23 <210> 16 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 16 gcaaagcctg aattttcttg aataa 25 <210> 17 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 17 agggtgcatc aactcatgaa ttag 24 <210> 18 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 18 acttggatcg aattctcact ctca 24 <210> 19 <211> 2850 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 19 atgggcgccc ctgcctgcgc cctcgcgctc tgcgtggccg tggccatcgt ggccggcgcc 60 tcctcggagt ccttggggac ggagcagcgc gtcgtggggc gagcggcaga agtcccgggc 120 ccagagcccg gccagcagga gcagttggtc ttcggcagcg gggatgctgt ggagctgagc 180 tgtcccccgc ccgggggtgg tcccatgggg cccactgtct gggtcaagga tggcacaggg 240 ctggtgccct cggagcgtgt cctggtgggg ccccagcggc tgcaggtgct gaatgcctcc 300 cacgaggact ccggggccta cagctgccgg cagcggctca cgcagcgcgt actgtgccac 360 ttcagtgtgc gggtgacaga cgctccatcc tcgggagatg acgaagacgg ggaggacgag 420 gctgaggaca caggtgtgga cacaggggcc ccttactgga cacggcccga gcggatggac 480 aagaagctgc tggccgtgcc ggccgccaac accgtccgct tccgctgccc agccgctggc 540 aaccccactc cctccatctc ctggctgaag aacggcaggg agttccgcgg cgagcaccgc 600 attggaggca tcaagctgcg gcatcagcag tggagcctgg tcatggaaag cgtggtgccc 660 tcggaccgcg gcaactacac ctgcgtcgtg 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cttcttcatt caggcttgcc gagggaccga gcttgatgat 2880 ggcatccagg ccgactcggg gcccatcaat gacacagatg ctaatcctcg atacaagatc 2940 ccagtggaag ctgacttcct cttcgcctat tccacggttc caggctatta ctcgtggagg 3000 agcccaggaa gaggctcctg gtttgtgcaa gccctctgct ccatcctgga ggagcacgga 3060 aaagacctgg aaatcatgca gatcctcacc agggtgaatg acagagttgc caggcacttt 3120 gagtctcagt ctgatgaccc acacttccat gagaagaagc agatcccctg tgtggtctcc 3180 atgctcacca aggaactcta cttcagtcaa tag 3213 <210> 26 <211> 3423 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 26 atggtcagct ggggtcgttt catctgcctg gtcgtggtca ccatggcaac cttgtccctg 60 gcccggccct ccttcagttt agttgaggat accacattag agccagaaga gccaccaacc 120 aaataccaaa tctctcaacc agaagtgtac gtggctgcgc caggggagtc gctagaggtg 180 cgctgcctgt tgaaagatgc cgccgtgatc agttggacta aggatggggt gcacttgggg 240 cccaacaata ggacagtgct tattggggag tacttgcaga taaagggcgc cacgcctaga 300 gactccggcc tctatgcttg tactgccagt aggactgtag acagtgaaac ttggtacttc 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tattgggata tcctttcact ctgcatggtt gacagttctg 1080 ccagcgcctg gaagagaaaa ggagattaca gcttccccag actacctgga gatagccatt 1140 tactgcatag gggtcttctt aatcgcctgt atggtggtaa cagtcatcct gtgccgaatg 1200 aagaacacga ccaagaagcc agacttcagc agccagccgg ctgtgcacaa gctgaccaaa 1260 cgtatccccc tgcggagaca ggtaacagtt tcggctgagt ccagctcctc catgaactcc 1320 aacaccccgc tggtgaggat aacaacacgc ctctcttcaa cggcagacac ccccatgctg 1380 gcaggggtct ccgagtatga acttccagag gacccaaaat gggagtttcc aagagataag 1440 ctgacactgg gcaagcccct gggagaaggt tgctttgggc aagtggtcat ggcggaagca 1500 gtgggaattg acaaagacaa gcccaaggag gcggtcaccg tggccgtgaa gatgttgaaa 1560 gatgatgcca cagagaaaga cctttctgat ctggtgtcag agatggagat gatgaagatg 1620 attgggaaac acaagaatat cataaatctt cttggagcct gcacacagga tgggcctctc 1680 tatgtcatag ttgagtatgc ctctaaaggc aacctccgag aatacctccg agcccggagg 1740 ccacccggga tggagtactc ctatgacatt aaccgtgttc ctgaggagca gatgaccttc 1800 aaggacttgg tgtcatgcac ctaccagctg gccagaggca tggagtactt ggcttcccaa 1860 aaatgtattc atcgagattt 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Claims (24)

1. 환자에게 제약상 유효량의, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 제약상 유효량의 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함하고, 여기서 PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체 및 FGFR 억제제는 하나 이상의 FGFR 변이체가 환자로부터의 생물학적 샘플 중에 존재하는 경우에 투여하는 것인, 환자에서 암을 치료하는 방법.
2. 제1항에 있어서, 투여 단계 이전에 생물학적 샘플 중 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 대하여 평가하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 생물학적 샘플 중 PD-L1 발현을 평가하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
4. 제3항에 있어서, 하나 이상의 FGFR 변이체 및 PD-L1에 대한 생물학적 샘플이 동일한 생물학적 샘플인 방법.
5. 제3항에 있어서, 하나 이상의 FGFR 변이체에 대한 생물학적 샘플이 PD-L1 발현에 대한 생물학적 샘플과 상이한 것인 방법.
6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 생물학적 샘플이 혈액, 림프액, 골수, 고형 종양 샘플, 또는 그의 임의의 조합인 방법.
7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 투여 단계가 PD-L1 발현이 생물학적 샘플 중에서 낮은 경우에 수행되는 것인 방법.
8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 폐암, 방광암, 위암, 유방암, 난소암, 두경부암, 식도암, 교모세포종, 또는 그의 임의의 조합인 방법.
9. 제8항에 있어서, 폐암이 비소세포 폐암 (NSCLC) 선암종, NSCLC 편평 세포 암종, 소세포 폐암, 또는 그의 임의의 조합인 방법.
10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 FGFR 변이체가 FGFR 돌연변이, FGFR 증폭, FGFR 융합 유전자, 또는 그의 조합을 포함하는 것인 방법.
11. 제10항에 있어서, FGFR 융합 유전자가 FGFR2:AFF3; FGFR2:BICC1; FGFR2:CASP7; FGFR2:CCDC6; FGFR2:OFD1; FGFR3:BAIAP2L1; FGFR3:TACC3-인트론; FGFR3:TACC3V1; FGFR3:TACC3V3; 또는 그의 조합인 방법.
12. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체가 항-PD-1 항체, 항-PD-L1 항체, 또는 그의 조합인 방법.
13. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, FGFR 억제제가 하기 화학식 I의 화합물, 또는 그의 제약상 허용되는 염인 방법.
    <화학식 I>
    

    
14. 환자에게 제약상 유효량의, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체를 투여하는 단계;
    항체의 효능을 모니터링하는 단계; 및
    항체가 효능이 없는 경우에,
    환자로부터의 생물학적 샘플을 하나 이상의 FGFR 변이체의 존재에 대하여 평가하고;
    하나 이상의 FGFR 변이체가 샘플 중에 존재하는 경우에 환자에게 제약상 유효량의 FGFR 억제제를 투여하는 단계
    를 포함하는, 환자에서 암을 치료하는 방법.
15. 제14항에 있어서, 평가 단계가 생물학적 샘플 중 PD-L1의 발현 수준을 측정하는 단계를 추가로 포함하고, 제2 투여 단계가 PD-L1의 발현 수준이 낮은 경우에 FGFR 억제제를 투여하는 단계를 포함하는 것인 방법.
16. 제15항에 있어서, 하나 이상의 FGFR 변이체 및 PD-L1에 대한 생물학적 샘플이 동일한 생물학적 샘플인 방법.
17. 제15항에 있어서, 하나 이상의 FGFR 변이체에 대한 생물학적 샘플이 PD-L1 발현에 대한 생물학적 샘플과 상이한 것인 방법.
18. 제16항 또는 제17항에 있어서, 생물학적 샘플이 혈액, 림프액, 골수, 고형 종양 샘플, 또는 그의 임의의 조합인 방법.
19. 제16항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 폐암, 방광암, 위암, 유방암, 난소암, 두경부암, 식도암, 교모세포종, 또는 그의 임의의 조합인 방법.
20. 제19항에 있어서, 폐암이 비소세포 폐암 (NSCLC) 선암종, NSCLC 편평 세포 암종, 소세포 폐암, 또는 그의 임의의 조합인 방법.
21. 제16항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 FGFR 변이체가 FGFR 돌연변이, FGFR 증폭, FGFR 융합 유전자, 또는 그의 조합을 포함하는 것인 방법.
22. 제21항에 있어서, FGFR 융합 유전자가 FGFR2:AFF3; FGFR2:BICC1; FGFR2:CASP7; FGFR2:CCDC6; FGFR2:OFD1; FGFR3:BAIAP2L1: FGFR3:TACC3-인트론; FGFR3:TACC3V1; FGFR3:TACC3V3; 또는 그의 조합인 방법.
23. 제16항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, PD-1과 PD-L1 사이의 상호작용을 차단하는 항체가 항-PD-1 항체, 항-PD-L1 항체, 또는 그의 조합인 방법.
24. 제16항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, FGFR 억제제가 하기 화학식 I의 화합물, 또는 그의 제약상 허용되는 염인 방법.
    <화학식 I>
    

    

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