KR20200042902A - 올리고뉴클레오티드 화합물의 제조 방법 - Google Patents

올리고뉴클레오티드 화합물의 제조 방법 Download PDF

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앤소니 프랭크
케빈 클로퍼
도날드 조셉 제이알. 갤러거
랄레 자파푸르
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셀진 코포레이션
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Abstract

본 발명은 올리고뉴클레오티드, 구체적으로 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물, 그리고 이들을 제조하기 위한 방법에 관계한다.

Description

올리고뉴클레오티드 화합물을 제조하는 방법
관련된 출원에 대한 교차 참조
본 출원은 하기 문서에 우선권을 주장한다: 미국 가출원 번호 62/538,504 (2017년 7월 28일자 제출됨). 전술한 관련된 출원은 전체적으로, 본원에서 참조로서 편입된다.
도입
본 출원은 올리고뉴클레오티드, 구체적으로 Smad7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물, 그리고 이들을 제조하기 위한 방법에 관한 것이다관계한다.
올리고뉴클레오티드는 다양한 생물학적 및 생화학적 적용에서 이용될 수 있다. 가령, 올리고뉴클레오티드는 약물 발견과 개발에서, 진단 검사에서, 연구 작용제, 예를 들면, 중합효소 연쇄 반응 (PCR)에서 프라이머 또는 프로브로서, 표적 검증에서 안티센스 작용제로서, 전사 인자의 경쟁적 저해제로서, 리보자임으로서, 앱타머로서, 면역계의 자극기로서, 또는 질환을 치료하기 위한 치료적 생물학적 작용제로서 이용될 수 있다. 따라서, 올리고뉴클레오티드의 수요와 이용 증가는 증가하는 더욱 큰, 멀티-킬로그램 규모에서, 그리고 GMP 품질을 갖는 이들의 합성을 위한 신속하고, 저렴하고, 효율적인 방법에 대한 증가하는 요구를 야기하였다.
몽게르센 (이전에 GED-0301)은 인간 SMAD7 전령 RNA (mRNA)에 혼성화하는 21개-염기, 단일 가닥 포스포로티오에이트 올리고뉴클레오티드이다. Monteleone et al. 2015, NEJM 372:1104-1113. 2 단계 임상 연구에서, 몽게르센을 제공받은, 크론병을 앓는 참가자들은 위약을 제공받은 참가자들보다 훨씬 높은 비율의 관해와 임상적 반응을 보였다. Monteleone et al. 2015, NEJM 372:1104-1113. 몽게르센은 서열 5'-GTC GCC CCT TCT CCC CGC AGC-3'을 갖는 21개-염기 올리고뉴클레오티드이다. 포스포로티오에이트 화학은 각각의 뉴클레오티드간 연쇄에서 황 원자로 비결합 산소의 대체로 구성된다. 뉴클레오티드 위치 3과 16에서 시토신 잔기가 5-메틸화에 의해 변형된다.
자연발생 올리고뉴클레오티드, 그리고 변형된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 포스포로티오에이트 및 포스포로디티오에이트 올리고뉴클레오티드를 제조하는 현재 방법은 용액 및 고체상 합성 절차를 포함한다. 가령, 고체상 합성에서, 절차는 성장하는 올리고뉴클레오티드 사슬의 한쪽 단부에 뉴클레오티드의 순차적 부가에 의존한다. 생물학적 연구, 임상전과 임상 시험 및 상업적인 생산을 위해 종종 필요한, 단일 가닥 포스포로티오에이트 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 몽게르센의, GMP 품질을 갖는 큰, 멀티-킬로그램 양의 제조, 그리고 신속하고, 저렴하고, 효율적이고, 큰, 멀티-킬로그램 규모에서 및 GMP 또는 CGMP 품질을 갖는 최종 표적 올리고뉴클레오티드를 생산할 수 있는, 이들을 제조하기 위한 합성 방법이 여전히 요구된다.
한 양상에서, 하기를 포함하는 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물이 본원에서 제공되고: 적어도 700 mmol의 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물; 상기 올리고뉴클레오티드는 하기의 핵산 서열을 갖는다:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
다른 양상에서, 하기를 포함하는 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물이 본원에서 제공되고: 적어도 2 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물; 상기 올리고뉴클레오티드는 하기의 핵산 서열을 갖는다:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
다른 양상에서, 하기를 포함하는 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물이 본원에서 제공되고: 적어도 2 kg의 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물; 상기 올리고뉴클레오티드는 하기의 핵산 서열을 갖는다:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
다른 양상에서, 하기를 포함하는 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물이 본원에서 제공되고: 적어도 하나의 700 mmol 또는 그 이상의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼으로부터 적어도 50 mol%의 올리고뉴클레오티드 출력 및 기껏해야 25 중량% 물; 상기 올리고뉴클레오티드는 하기의 핵산 서열을 갖는다:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
다른 양상에서, 올리고뉴클레오티드의 실질적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물이 본원에서 제공되고, 여기서 5'-말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실 기가 보호되고; 상기 올리고뉴클레오티드는 하기의 핵산 서열을 갖는다:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
다른 양상에서, 기껏해야 25 중량% 물 및 하기 서열 번호를 갖는 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 적어도 700 mmol의 올리고뉴클레오티드 조성물이 본원에서 제공된다:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서:
1) X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타내고; 그리고
2) 상기 올리고뉴클레오티드는 하기를 포함하는 방법에 따라서 제조된다:
a) 고체 지지체에 부착되고, 보호된 히드록실 기를 포함하는 링커를 제공하는 단계;
b) 상기 링커의 보호된 히드록실 기를 탈보호한 후, 탈보호된 히드록실 기를 창출하는 단계;
c) 보호된 히드록실 기 및 보호된 포스포라미디트를 포함하는 뉴클레오시드 포스포라미디트를 독립적으로 제공하는 단계;
d) 상기 뉴클레오시드 포스포라미디트를, 반응 주기의 이전 반복으로부터 링커의 탈보호된 히드록실 기에, 또는 뉴클레오시드의 탈보호된 히드록실 기에 독립적으로 연계하고, 따라서 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드를 창출하는 단계;
e) 상기 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 티올화한 후, 따라서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 창출하는 단계;
f) 임의적으로, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계;
g) 임의적으로, 상기 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계;
h) 상기 제공하는 단계, 연계하는 단계, 티올화하는 단계, 캡핑하는 단계 및 탈보호 단계 (단계 c) 내지 g)를 미리 결정된 횟수로 반복하여 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하는 단계;
i) 상기 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 탈보호하는 단계;
j) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 개열하는 단계;
k) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 용리하는 단계;
l) 상기 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼을 이용하여 정제하는 단계; 및
m) 상기 올리고뉴클레오티드 화합물의 용액을 박막 증발로 농축하는 단계.
본원에서 개시된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법의 특정 구체예에서, 상기 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연쇄 중에서 적어도 하나는 O,O-연결된 포스포로티오에이트이다.
본원에서 개시된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법의 특정 구체예에서, 상기 올리고뉴클레오티드의 모든 뉴클레오티드간 연쇄는 O,O-연결된 포스포로티오에이트이다.
본원에서 개시된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법의 특정 구체예에서, 정제 단계 l)는 하기를 포함한다:
1) 용리 단계 k)로부터 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하하고;
2) 보호된 히드록실 기를 말단 뉴클레오시드로부터 탈보호하고; 그리고
3) 올리고뉴클레오티드를 염 구배를 이용하여 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리함.
본원에서 개시된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법의 특정 구체예에서, 정제 단계 l)는 하기를 포함한다:
1) 용리 단계 k)로부터 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하하고;
2) 보호된 히드록실 기를 말단 뉴클레오시드로부터 탈보호하고;
3) 올리고뉴클레오티드를 염 구배를 이용하여 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리하고; 그리고
4) 올리고뉴클레오티드 용출물을 한외여과 및/또는 정용여과를 통해 이온 교환 칼럼으로부터 탈염함.
본원에서 개시된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법의 특정 구체예에서, 농축 단계 m)는 상기 올리고뉴클레오티드 화합물의 탈염된 용액을 박막 증발로 농축하는 것을 포함한다.
본원에서 개시된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법의 특정 구체예에서, 부하된 올리고뉴클레오티드 용출물의 말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기는 양성자 산으로 탈보호된다.
본원에서 개시된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법의 특정 구체예에서, 5'-히드록실 보호된 기는 아세트산, 예를 들면, 80% 수성 아세트산으로 탈보호된다.
본원에서 개시된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법의 특정 구체예에서, 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드는 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 탈염된다.
본원에서 개시된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법의 특정 구체예에서, 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 용출물은 박막 증발로 농축된다.
본원에서 개시된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법의 특정 구체예에서, 박막 증발로부터 발생하는 농축된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드는 액체 조성물이고 동결건조 과정에 종속되지 않는다.
본원에서 개시된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법의 특정 구체예에서, 박막 증발로부터 발생하는 농축된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드는 동결건조 과정을 통해 더욱 농축된다.
본원에서 개시된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법의 특정 구체예에서, 상기 방법 단계는 이들이 언급되는 순서대로 수행된다.
다른 양상에서, 본원에서 개시된 바와 같은 단일 배치 조성물 또는 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물의 적어도 일부를 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 함께 포함하는 제약학적 조성물이 본원에서 제공된다.
제약학적 조성물의 특정 구체예에서, 제약학적 조성물은 경구 약형, 예를 들면, 정제 또는 코팅된 정제이다.
제약학적 조성물의 특정 구체예에서, 상기 제약학적 조성물은 하기 서열 번호를 갖는 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 10-500 mg 사이의 범위에서 포함하고:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
제약학적 조성물의 특정 구체예에서, 상기 제약학적 조성물은 하기 서열 번호를 갖는 핵산 서열을 갖는 약 40 mg 또는 약 160 mg의 올리고뉴클레오티드를 포함하고:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
다른 양상에서, 하기를 포함하는, 제약학적 조성물을 제조하는 방법이 본원에서 제공된다: 본원에서 개시된 바와 같은 단일 배치 조성물 또는 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물의 적어도 일부를 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 함께 조제하는 단계.
다른 양상에서, 하기를 포함하는, 제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법이 본원에서 제공된다: 본원에서 개시된 바와 같은 단일 배치 조성물 또는 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물을 경구 투약에 적합한 부분, 양, 또는 용량의 계열로 분할하고, 그리고 경구 투약에 적합한 부분 양, 또는 용량의 계열의, 경구 투약에 적합한 각 부분, 양, 또는 용량을 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 조합하는 단계.
제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법의 특정 구체예에서, 제약학적 조성물의 상기 계열은 적어도 100개의 제약학적 조성물이다.
제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법의 특정 구체예에서, 제약학적 조성물의 상기 계열은 100-1,000,000개 사이의 제약학적 조성물이다.
제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법의 특정 구체예에서, 경구 투약에 적합한 부분, 양, 또는 용량의 계열의, 경구 투약에 적합한 각 부분, 양, 또는 용량은 하기 서열 번호를 갖는 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 10-500 mg 사이의 범위에서 포함하고:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법의 특정 구체예에서, 경구 투약에 적합한 부분, 양, 또는 용량의 계열의, 경구 투약에 적합한 각 부분, 양, 또는 용량은 하기 서열 번호를 갖는 핵산 서열을 갖는 약 40 mg 또는 약 160 mg의 올리고뉴클레오티드를 포함하고:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법의 특정 구체예에서, 제약학적 조성물의 상기 계열은 정제의 계열이다.
제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법의 특정 구체예에서, 제약학적 조성물의 상기 계열은 코팅된 정제의 계열이다.
다른 양상에서, 하기를 포함하는 제약학적 조성물 배치가 본원에서 제공된다: 본원에서 개시된 바와 같은 단일 배치 조성물 또는 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물의 적어도 일부, 그리고 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제.
제약학적 조성물 배치의 특정 구체예에서, 상기 제약학적 조성물 배치는 적어도 10 중량%, 적어도 20 중량%, 적어도 30 중량%, 적어도 40 중량%, 적어도 50 중량%, 적어도 60 중량%, 적어도 70 중량%, 적어도 80 중량%, 적어도 90 중량%, 적어도 95 중량%, 또는 100 중량%의 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물을 포함한다.
제약학적 조성물 배치의 특정 구체예에서, 상기 제약학적 조성물 배치는 적어도 하나의 경구 약형, 예를 들면, 정제 또는 코팅된 정제를 포함한다.
제약학적 조성물 배치의 특정 구체예에서, 상기 제약학적 조성물 배치는 경구 약형의 계열, 예를 들면, 정제의 계열 또는 코팅된 정제의 계열을 포함한다.
본원에서 개시된 단일 배치 조성물, 제약학적 조성물 배치, 단일 배치 조성물을 제조하는 방법, 제약학적 조성물을 제조하는 방법, 또는 제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법의 특정 구체예에서, 단일 배치 조성물, 제약학적 조성물 배치, 단일 배치 조성물을 제조하는 방법, 제약학적 조성물을 제조하는 방법, 또는 제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법은 각각, 21 CFR 210.3(2) 및 21 CFR 210.3(10) 하에 규정된 바와 같은 용어 배치 또는 로트를 준수한다.
다른 양상에서, 염증성 장 질환 (IBD)을 앓는 환자에서 IBD를 치료하거나 또는 관리하는 방법이 본원에서 제공되고, 상기 방법은 본원에서 개시된 바와 같은 제약학적 조성물을 투여하는 것을 포함한다.
염증성 장 질환 (IBD)을 앓는 환자에서 IBD를 치료하거나 또는 관리하는 방법의 특정 구체예에서, 염증성 장 질환 (IBD)은 크론병 (CD)이다.
염증성 장 질환 (IBD)을 앓는 환자에서 IBD를 치료하거나 또는 관리하는 방법의 특정 구체예에서, 염증성 장 질환 (IBD)은 궤양성 대장염 (UC)이다.
하기의 도면은 개시된 과정의 양상을 예시하지만, 본원에서 개시된 과정 또는 실례의 범위를 제한하지 않는다.
도 1. 본원에서 이용된 바와 같은, 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물을 제조하는 일정한 구체예를 나타내는 계통도.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "항-SMAD7 ODN" 및 "항-SMAD7 올리고뉴클레오티드"는 SMAD7 유전자로부터 전사된 mRNA 분자에서 핵산 서열에 상보적인 핵산 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드 (ODN)를 지칭하는 것으로 이해된다. 더욱 특정하게는, 이런 올리고뉴클레오티드는 이런 mRNA의 코딩 영역에서 핵산 서열에 상보적일 수 있다. 특정 구체예에서, 항-SMAD7 ODN은 세포 (가령, 면역 세포, 예를 들면, PBMC, pDC, 또는 B-세포) 내로 도입될 때 SMAD7의 발현을 감소시킬 수 있다. 특정 구체예에서, 항-SMAD7 ODN은 상기 유전자로부터 전사된 mRNA의 발현을 감소시킬 수 있다. 특정 구체예에서, 항-SMAD7 ODN은 상기 유전자에 의해 인코딩된 단백질의 발현을 감소시킬 수 있다. 특정 구체예에서, 항-SMAD7 ODN은 항-SMAD7 ODN이 도입된 세포로부터 유전자에 의해 인코딩된 단백질의 분비를 감소시킬 수 있다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "올리고뉴클레오티드" 및 "ODN"은 적어도 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 적어도 30개 뉴클레오티드 길이이거나; 기껏해야 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 기껏해야 30개 뉴클레오티드 길이이거나; 또는 10 및 25, 15 및 30, 15 및 25, 또는 20 및 30개 뉴클레오티드 길이 사이에 있거나; 또는 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 또는 26개 뉴클레오티드 길이인 핵산 서열을 포함하는 핵산을 지칭하는 것으로 이해된다. 특정 구체예에서, ODN의 2개의 인접하는 뉴클레오시드 사이에 뉴클레오시드간 연쇄는 인산염 연쇄, 예를 들면, 일인산염 연쇄일 수 있거나, 또는 포스포로티오에이트 연쇄일 수 있다. 특정 구체예에서, ODN은 하나 또는 그 이상의 인산염 뉴클레오시드간 연쇄 및 하나 또는 그 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연쇄를 내포할 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, ODN의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30개 뉴클레오시드가 인산염 연쇄, 예를 들면, 일인산염 연쇄에 의해 연결된다. 가령, 특정 구체예에서, ODN의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30개 뉴클레오시드가 포스포로티오에이트 연쇄에 의해 연결된다. 특정 구체예에서, ODN의 올리고 (또는 당) 모이어티는 자연발생 당, 예를 들면, 푸라노오스 고리 시스템 (가령, 리보오스 또는 2'-데옥시리보오스 고리 시스템)이다. 가령, 특정 구체예에서, ODN은 데옥시리보뉴클레오티드이다 (다시 말하면, ODN의 올리고 (또는 당) 모이어티는 데옥시리보오스이다). 특정 구체예에서, ODN은 리보뉴클레오티드이다 (다시 말하면, ODN의 올리고 (또는 당) 모이어티는 리보오스이다). 가령, 특정 구체예에서, 원하는 ODN을 제조하는데 활용되는 뉴클레오시드(들)의 올리고 (또는 당) 모이어티는 데옥시리보오스이다. 특정 구체예에서, 원하는 ODN을 제조하는데 활용되는 뉴클레오시드(들)의 올리고 (또는 당) 모이어티는 리보오스이다. 특정 구체예에서, ODN의 하나 또는 그 이상의 염기는 화학적으로 변형된다, 예를 들면, 메틸화된다 (가령, 5-메틸-시토신, 6-O-메틸-구아닌, 또는 7-메틸-구아닌). ODN의 추가 예시적인 화학적 변형은 가령, 섹션 5.2에서 설명된다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "SMAD7" (CRCS3, FLJ16482, MADH7, MADH8, MAD (데카펜타플레직에 대한 모체, 초파리 (Drosophila)) 동족체 7, MAD 동족체 8, SMAD, DPP 동족체 7에 대한 모체, DPP 동족체 8에 대한 모체로서 또한 알려져 있음)은 Entrez GeneID 번호 4092에 의해 확인된 유전자에 의해 인코딩된 인간 단백질 또는 임의의 mRNA 전사체, 그리고 이들의 대립형질 변이체를 의미하는 것으로 이해된다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "단일 배치 조성물" 및 "단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물"은 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체 (가령, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체)를 갖는 적어도 하나의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼, 또는 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체를 갖는 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼에서 적어도 하나의 합성 실행으로부터 유래된 올리고뉴클레오티드 조성물을 지칭하는 것으로 이해된다. 가령, 특정 구체예에서, 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)은 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체 (가령, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체)를 갖는 복수의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들), 또는 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체를 갖는 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼에서 복수의 합성 실행(들)으로부터 유래된 올리고뉴클레오티드 조성물을 지칭한다. 가령, 특정 구체예에서, 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)은 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체를 갖는 기껏해야 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 또는 기껏해야 60개 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼, 또는 특정된 양의 부하 용량을 갖는 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들)에서 합성 실행 (가령, 병렬 칼럼 상에서 또는 서로 뒤이어 실행), 예를 들면, 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체를 갖는 1-60, 1-55, 1-50, 1-45, 1-40, 1-35, 1-30, 1-25, 1-20, 1-15, 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2, 3-10, 3-8, 3-5, 4-6, 5-10, 10-60, 10-50, 10-40, 10-30, 10-25, 10-20, 10-15, 20-50, 30-60, 또는 40-55 사이 이내의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼, 또는 특정된 양의 부하 용량을 갖는 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들)에서 합성 실행 (가령, 병렬 칼럼 상에서 또는 서로 뒤이어 실행)으로부터 유래된 올리고뉴클레오티드 조성물을 지칭한다. 가령, 특정 구체예에서, 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)은 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체 (가령, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체)를 갖는 적어도 하나의 또는 복수의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들), 또는 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체를 갖는 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼에서 적어도 하나의 또는 복수의 합성 실행(들)으로부터 유래된 올리고뉴클레오티드 조성물을 지칭하고; 여기서 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체를 갖는 적어도 하나의 또는 복수의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들) (또는 합성 실행(들))으로부터 올리고뉴클레오티드 합성 출력은 하기일 수 있다:(1) 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)을 액체 올리고뉴클레오티드 조성물 또는 고체 올리고뉴클레오티드 조성물로서 제공할 수 있거나; 또는 (2) 모아지거나 또는 조합되어 (결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물이 균일한 형질과 품질을 갖도록, 예를 들면, 물리적 및 화학적 성질이 상기 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물 전역에서 분포되도록) 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)을 액체 올리고뉴클레오티드 조성물 또는 고체 올리고뉴클레오티드 조성물로서 제공할 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)은 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체 (가령, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체)를 갖는 적어도 하나의 또는 복수의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들), 또는 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체를 갖는 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼에서 적어도 하나의 또는 복수의 합성 실행(들)으로부터 유래된 올리고뉴클레오티드 조성물을 지칭하고; 여기서 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체를 갖는 적어도 하나의 또는 복수의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들) (또는 합성 실행(들))으로부터 올리고뉴클레오티드 합성 출력은 하기일 수 있다:(1) 하기를 포함하는 적어도 하나의 추가 과정(들)에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리될 수 있거나: 올리고뉴클레오티드 화학적 변환 과정 (가령, 고체 지지체로부터 올리고뉴클레오티드 탈보호 또는 개열), 올리고뉴클레오티드 정제 과정 (가령, 이온 교환 크로마토그래피), 올리고뉴클레오티드 탈염 과정 (가령, 한외여과 및/또는 정용여과), 액체 조성물 농축 과정 (가령, 박막 증발), 또는 건조 과정 (가령, 동결건조), 또는 이들의 조합; (2) 모아지거나 또는 조합될 수 있거나 (결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물이 균일한 형질과 품질을 갖도록, 예를 들면, 물리적 및 화학적 성질이 상기 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물 전역에서 분포되도록):(a) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전; 또는 (b) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물을 더욱 작은 부분으로 분할하는 것이 뒤에 이어진; 또는 (3) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 더욱 작은 부분으로 분할될 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)은 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체 (가령, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체)를 갖는 적어도 하나의 또는 복수의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들), 또는 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체를 갖는 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼에서 적어도 하나의 또는 복수의 합성 실행(들)으로부터 유래된 올리고뉴클레오티드 조성물을 지칭하고; 여기서 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체를 갖는 적어도 하나의 또는 복수의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들) (또는 합성 실행(들))으로부터 올리고뉴클레오티드 합성 출력은 하기를 포함하는 적어도 하나의 추가 과정(들)에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리될 수 있고: 올리고뉴클레오티드 화학적 변환 과정 (가령, 고체 지지체로부터 올리고뉴클레오티드 탈보호 또는 개열), 올리고뉴클레오티드 정제 과정 (가령, 이온 교환 크로마토그래피), 올리고뉴클레오티드 탈염 과정 (가령, 한외여과 및/또는 정용여과), 액체 조성물 농축 과정 (가령, 박막 증발), 또는 건조 과정 (가령, 동결건조), 또는 이들의 조합; 여기서:(1) 올리고뉴클레오티드 합성 출력은 하기일 수 있고:(a) 모아지거나 또는 조합될 수 있거나 (결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물이 균일한 형질과 품질을 갖도록, 예를 들면, 물리적 및 화학적 성질이 상기 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물 전역에서 분포되도록):(i) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전; 또는 (ii) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물을 더욱 작은 부분으로 분할하는 것이 뒤에 이어진; 또는 (b) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 더욱 작은 부분으로 분할될 수 있고; 및/또는 (2) 적어도 하나의 추가 과정(들) 중에서 임의의 하나, 복수, 또는 각각으로부터 발생하는 상기 출력은 하기일 수 있다:(a) 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)을 액체 올리고뉴클레오티드 조성물 또는 고체 올리고뉴클레오티드 조성물로서 제공할 수 있거나; (b) 모아지거나 또는 조합될 수 있거나 (결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물이 균일한 형질과 품질을 갖도록, 예를 들면, 물리적 및 화학적 성질이 상기 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물 전역에서 분포되도록):(i) 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)을 액체 올리고뉴클레오티드 조성물 또는 고체 올리고뉴클레오티드 조성물로서 제공하기 위해; (ii) 두 번째, 그 다음, 또는 하류 (참조: 가령, 도 1)의 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전; 또는 (iii) 두 번째, 그 다음, 또는 하류 (참조: 가령, 도 1)의 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물을 더욱 작은 부분으로 분할하는 것이 뒤에 이어진; 또는 (c) 두 번째, 그 다음, 또는 하류 (참조: 가령, 도 1)의 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 더욱 작은 부분으로 분할될 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 모으거나 또는 조합하는 과정, 또는 특정 과정 (가령, 올리고뉴클레오티드 합성 과정, 화학적 변환 과정, 정제 과정, 탈염 과정, 액체 농축 과정 및/또는 건조 과정, 또는 이들의 조합)의 출력(들)을 모으거나 또는 조합하는 과정으로부터 유래된 결과의 올리고뉴클레오티드 조성물 (가령, 단일 배치 조성물 또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)은 미국 미국연방규정집의 표제 21, 섹션 210 및 211 (각각, "21 CFR 210" 및 "21 CFR 211") 하에 CGMP 요건에 부합하고, 이들은 본원에서 전체적으로 참조로서 편입된다. 가령, 특정 구체예에서, 특정 과정 (가령, 올리고뉴클레오티드 합성 과정, 화학적 변환 과정, 정제 과정, 탈염 과정, 액체 농축 과정 및/또는 건조 과정, 또는 이들의 조합)의 출력(들)을 모으거나 또는 조합하는 과정으로부터 유래된 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물) 및/또는 결과의 올리고뉴클레오티드 조성물은 21 CFR 210.3(2) 하에 규정된 바와 같은 용어 "배치"를 준수할 수 있다 ("'배치'는 특정된 한계 내에 균일한 형질과 품질을 갖는 것으로 의도되고, 그리고 제조의 동일한 주기 동안 단일 제조 순서에 따라서 생산되는 특정한 양의 약물 또는 다른 물질을 의미한다"). 가령, 특정 구체예에서, 특정 과정 (가령, 올리고뉴클레오티드 합성 과정, 화학적 변환 과정, 정제 과정, 탈염 과정, 액체 농축 과정 및/또는 건조 과정, 또는 이들의 조합)의 출력(들)을 모으거나 또는 조합하는 과정으로부터 유래된 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물) 및/또는 결과의 올리고뉴클레오티드 조성물은 21 CFR 210.3(10) 하에 규정된 바와 같은 용어 "로트"를 준수할 수 있다 ("'로트'는 특정된 한계 내에 균일한 형질과 품질을 갖는 배치, 또는 배치의 특정한 확인된 부분을 의미한다; 또는, 연속적 과정에 의해 생산된 약물 산물의 경우에, 이것은 상기 산물이 특정된 한계 내에 균일한 형질과 품질을 갖도록 확실하게 하는 방식으로, 시간 또는 양의 단위에서 생산되는 특정한 확인된 양이다"). 특정 구체예에서, 특정된 양은 적어도 100 mmol, 예를 들면, 적어도 150 mmol, 적어도 200 mmol, 적어도 250 mmol, 적어도 300 mmol, 적어도 500 mmol, 적어도 600 mmol, 적어도 700 mmol, 적어도 800 mmol, 적어도 900 mmol, 적어도 1,000 mmol, 적어도 1,200 mmol, 적어도 1,400 mmol, 적어도 1,600 mmol, 적어도 1,800 mmol, 적어도 2,000 mmol, 적어도 2,500 mmol, 적어도 3,000 mmol, 적어도 3,500 mmol, 적어도 4,000 mmol, 또는 적어도 5,000 mmol일 수 있다, 예를 들면, 특정된 양은 300-5,400 mmol 사이의 범위 안에, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,900 mmol, 700-1,800 mmol, 700-1,700 mmol, 700-1,600 mmol, 700-1,500 mmol, 700-1,400 mmol, 700-1,300 mmol, 700-1,200 mmol, 700-1,100 mmol, 700-1,000 mmol, 700-900 mmol, 800-1,200 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-1,800 mmol, 900-2,400 mmol, 900-2,700 mmol, 900-3,600 mmol, 1,800-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,500 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,000-1,500 mmol, 1,250-1,750 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위 안에 있을 수 있다. 특정 구체예에서, 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체를 갖는 적어도 하나의 또는 복수의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들) (또는 합성 실행(들))에 의해 합성되고 및/또는 상기 적어도 하나의 또는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들) (또는 합성 실행(들))으로부터 결과의 올리고뉴클레오티드 합성 출력에서 내포되는 올리고뉴클레오티드의 양은 상기 올리고뉴클레오티드의 특정된 양일 수 있다. 특정 구체예에서, 추가 과정 중에서 하나 또는 그 이상, 또는 각각의 추가 과정은 특정된 양의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물로 수행될 수 있다. 특정 구체예에서, 합성 과정으로부터 하류에 추가 과정 (가령, 올리고뉴클레오티드 화학적 변환 과정 (가령, 고체 지지체로부터 올리고뉴클레오티드 탈보호 또는 개열), 올리고뉴클레오티드 정제 과정 (가령, 이온 교환 크로마토그래피), 올리고뉴클레오티드 탈염 과정 (가령, 한외여과 및/또는 정용여과), 액체 조성물 농축 과정 (가령, 박막 증발) 및/또는 건조 과정 (가령, 동결건조))에 의해 처리되는 올리고뉴클레오티드의 양은 상기 올리고뉴클레오티드의 특정된 양일 수 있다. 가령, 합성 과정으로부터 하류에 추가 과정에 의해 처리되는 특정된 양의 올리고뉴클레오티드는 단일 반복에서 처리될 수 있고, 분할될 수 있고, 그리고 이후, 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되거나, 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님) 중에서 하나 또는 그 이상, 또는 각각에서 처리될 수 있다. 특정 구체예에서, 추가 과정 중에서 하나 또는 그 이상, 또는 각각의 추가 과정은 예로서, 특정된 양의 올리고뉴클레오티드를 수반하는 규모로 단일 반복에서 수행될 수 있다. 특정 구체예에서, 추가 과정 중에서 하나 또는 그 이상, 또는 각각의 추가 과정은 예로서, 특정된 양의 올리고뉴클레오티드를 수반하는 규모로 복수의 반복에서, 예를 들면, 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 수행될 수 있거나, 또는 동일한 설비 (가령, 합성 칼럼, 이온 교환 칼럼)를 연속으로 활용하여 수행된 복수의 반복에서 수행될 수 있거나, 또는 이들의 조합일 수 있다. 특정 구체예에서, 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)은 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 또는 기껏해야 60 이내의 병렬 반복, 예를 들면, 2-60, 2-55, 2-50, 2-45, 2-40, 2-35, 2-30, 2-25, 2-20, 2-15, 2-10, 2-9, 2-8, 2-7, 2-6, 2-5, 2-4, 2-3, 3-10, 3-8, 3-5, 4-6, 5-10, 10-60, 10-50, 10-40, 10-30, 10-25, 10-20, 10-15, 20-50, 30-60, 또는 40-55 사이 이내의 병렬 반복일 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드는 합성 출력 또는 추가 과정으로부터 발생하는 출력 (가령, 화학적으로 변환된 올리고뉴클레오티드 출력, 정제된 올리고뉴클레오티드 출력, 탈염된 올리고뉴클레오티드 출력, 농축된 올리고뉴클레오티드 액체 조성물 출력 및/또는 건조된 올리고뉴클레오티드 조성물 출력)은 상기 올리고뉴클레오티드의 특정된 양을 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드 합성 과정 또는 추가 과정 중에서 하나 또는 그 이상으로부터 발생하는 적어도 하나의 출력, 모아진 또는 조합된 출력, 또는 분할된 출력은 상기 올리고뉴클레오티드의 특정된 양일 수 있다 (또는 이것을 포함할 수 있다). 특정 구체예에서, 추가 과정(들)은 합성 과정으로부터 하류에서 하기 순서로 수행될 수 있다: 올리고뉴클레오티드 화학적 변환 과정 (가령, 고체 지지체로부터 올리고뉴클레오티드 탈보호 또는 개열), 올리고뉴클레오티드 정제 과정 (가령, 이온 교환 크로마토그래피), 올리고뉴클레오티드 탈염 과정 (가령, 한외여과 및/또는 정용여과), 액체 조성물 농축 과정 (가령, 박막 증발), 그리고 건조 과정 (가령, 동결건조). 특정 구체예에서, 추가 과정(들)은 합성 과정으로부터 하류에서 하기 순서로 수행될 수 있고: 올리고뉴클레오티드 화학적 변환 과정 (가령, 고체 지지체로부터 올리고뉴클레오티드 탈보호 또는 개열), 올리고뉴클레오티드 정제 과정 (가령, 이온 교환 크로마토그래피), 그리고 올리고뉴클레오티드 탈염 과정 (가령, 한외여과 및/또는 정용여과); 상기 순서는 액체 조성물 농축 과정 (가령, 박막 증발) 및/또는 건조 과정 (가령, 동결건조)이 이어질 수 있거나; 또는 상기 순서는 액체 조성물 농축 과정 (가령, 박막 증발) 및/또는 건조 과정 (가령, 동결건조)을 제외할 수 있다. 특정 구체예에서, 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)은 액체 올리고뉴클레오티드 조성물 (가령, 정제된, 액체 올리고뉴클레오티드 조성물, 탈염되고 정제된, 액체 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 농축된 올리고뉴클레오티드 액체 조성물)일 수 있다. 특정 구체예에서, 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)을 제조하는데 활용되는 방법은 건조 과정, 예를 들면, 동결건조 과정을 제외한다. 특정 구체예에서, 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)을 제조하는데 활용되는 방법은 액체 조성물 농축 과정, 예를 들면, 박막 증발 과정, 그리고 건조 과정, 예를 들면, 동결건조 과정을 제외한다. 특정 구체예에서, 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)은 고체 올리고뉴클레오티드 조성물일 수 있다. 특정 구체예에서, 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)을 제조하는데 활용되는 방법은 건조 과정, 예를 들면, 동결건조 과정을 포괄한다.
본 출원은 올리고뉴클레오티드 화합물을 산출하기 위해, 연계, 티올화 (또는 산화), (임의적으로) 캡핑, 그리고 (임의적으로) 탈보호, 고체 지지체로부터 미가공 보호된 올리고뉴클레오티드의 개열, 미가공 보호된 올리고뉴클레오티드를 예비 음이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하, 그 이후에 탈보호, 그리고 이후, 음이온 교환 크로마토그래피에 의한 정제, 한외여과/정용여과를 통한 탈염, 그리고 올리고뉴클레오티드 화합물 용액의 농축, 예를 들면, 박막 증발을 통한 농축의 반복적인 합성 주기를 수반하는 고체상 올리고뉴클레오티드 합성을 포함하는 다단계 과정에서 올리고뉴클레오티드 화합물, 예를 들면, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 포스포로티오에이트-연결된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법을 제공한다.
더욱 구체적으로, 반복적인 합성 과정은 올리고뉴클레오티드 서열을 조립하기 위해, 포스포라미디트 화학, 트리틸 보호 기, 예를 들면, 5'-(4,4'-디메톡시트리틸) (DMT) 보호 기, 그리고 고체 지지체, 예를 들면, 제어된 다공성 유리 또는 교차연결된 폴리스티렌 고체 지지체, 예를 들면, 링커가 자신에게 부착된 교차연결된 폴리스티렌 고체 지지체를 활용하는데, 여기서 반복적인 합성은 연계, 티올화 (또는 산화), (임의적으로) 캠핑, 및 (임의적으로) 5'-탈보호의 주기를 수반한다. 포스포라미디트 화학을 활용하는 연계 반응은 지지체-고정된 보호된 뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드의 유리 5'-히드록실 기로, 선별된 데옥시리보-아미디트, 반응의 활성화를 포함한다. 미리 결정된 숫자의 반복적인 합성 주기 후, 인산염-연쇄 또는 포스포로티오에이트-연쇄 상에서 보호 기, 예를 들면, 시아노에틸 보호 기가 제거되고, 그리고 이후, 결과의 미가공 올리고뉴클레오티드는 염기 처리에 의해 고체 지지체로부터 개열되는데, 상기 처리는 또한, 미가공 올리고뉴클레오티드 상에서 염기 보호 기를 탈보호한다. 말단 올리고뉴클레오시드 상에서 5'-히드록실 보호 기를 여전히 갖는 결과의 미가공 올리고뉴클레오티드는 예비 음이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하되고, 그리고 말단 5'-히드록실 보호 기는 양성자 산으로 탈보호된다. 탈보호된 올리고뉴클레오티드는 음이온 교환 크로마토그래피에 의해 정제되고, 한외여과/정용여과를 통해 탈염되고, 그리고 이후, 과잉 물을 제거하기 위해 농축되어, 예를 들면, 박막 증발을 통해 농축되어 올리고뉴클레오티드 화합물이 산출된다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 하기의 단계를 포함하거나 또는 이들로 구성될 수 있다:
a) 고체 지지체에 부착되고, 보호된 히드록실 기를 포함하는 링커를 제공하는 단계;
b) 상기 링커의 보호된 히드록실 기를 탈보호한 후, 탈보호된 히드록실 기를 창출하는 단계;
c) 보호된 히드록실 기 및 보호된 포스포라미디트를 포함하는 뉴클레오시드 포스포라미디트를 독립적으로 제공하는 단계;
d) 상기 뉴클레오시드 포스포라미디트를, 반응 주기의 이전 반복으로부터 링커의 탈보호된 히드록실 기에, 또는 뉴클레오시드의 탈보호된 히드록실 기에 독립적으로 연계하고, 따라서 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드를 창출하는 단계;
e) 상기 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 티올화한 후, 따라서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 창출하는 단계;
f) 임의적으로, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계;
g) 임의적으로, 상기 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계;
h) 상기 제공하는 단계, 연계하는 단계, 티올화하는 단계, 캡핑하는 단계 및 탈보호 단계 (단계 c) 내지 g))를 미리 결정된 횟수로 반복하여 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하는 단계;
i) 상기 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 탈보호하는 단계;
j) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 개열하는 단계;
k) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 용리하는 단계;
l) 상기 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼을 이용하여 정제하는 단계; 및
m) 상기 올리고뉴클레오티드 화합물의 용액을 박막 증발로 농축하는 단계.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계 및/또는 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계를 포함한다. 특정 구체예에서, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반복을 제외하고 (다시 말하면, 마지막 반복에서 수행되지 않음), 본원에서 설명된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 반응 주기의 각 반복에서 수행된다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 하기의 단계를 포함하거나 또는 이들로 구성될 수 있다:
a) 고체 지지체에 부착되고, 보호된 히드록실 기를 포함하는 링커를 제공하는 단계;
b) 상기 링커의 보호된 히드록실 기를 탈보호한 후, 탈보호된 히드록실 기를 창출하는 단계;
c) 보호된 히드록실 기 및 보호된 포스포라미디트를 포함하는 뉴클레오시드 포스포라미디트를 독립적으로 제공하는 단계;
d) 상기 뉴클레오시드 포스포라미디트를, 반응 주기의 이전 반복으로부터 링커의 탈보호된 히드록실 기에, 또는 뉴클레오시드의 탈보호된 히드록실 기에 독립적으로 연계하고, 따라서 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드를 창출하는 단계;
e) 상기 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 티올화한 후, 따라서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 창출하는 단계;
f) 임의적으로, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계;
g) 임의적으로, 상기 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계;
h) 상기 제공하는 단계, 연계하는 단계, 티올화하는 단계, 캡핑하는 단계 및 탈보호 단계 (단계 c) 내지 g))를 미리 결정된 횟수로 반복하여 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하는 단계;
i) 상기 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 탈보호하는 단계;
j) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 개열하는 단계;
k) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 용리하는 단계;
l) 상기 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼을 이용하여 정제하는 단계; 및
1) 용리 단계 k)로부터 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하하는 단계;
2) 보호된 히드록실 기를 말단 뉴클레오시드로부터 탈보호하는 단계; 및
3) 올리고뉴클레오티드를 염 구배를 이용하여 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리하는 단계; 및
m) 올리고뉴클레오티드 화합물의 용액을 농축하는 단계, 예를 들면, 박막 증발로 농축하는 단계.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계 및/또는 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계를 포함한다. 특정 구체예에서, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반복을 제외하고 (다시 말하면, 마지막 반복에서 수행되지 않음), 본원에서 설명된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 반응 주기의 각 반복에서 수행된다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 하기의 단계를 포함하거나 또는 이들로 구성될 수 있다:
a) 고체 지지체에 부착되고, 보호된 히드록실 기를 포함하는 링커를 제공하는 단계;
b) 상기 링커의 보호된 히드록실 기를 탈보호한 후, 탈보호된 히드록실 기를 창출하는 단계;
c) 보호된 히드록실 기 및 보호된 포스포라미디트를 포함하는 뉴클레오시드 포스포라미디트를 독립적으로 제공하는 단계;
d) 상기 뉴클레오시드 포스포라미디트를, 반응 주기의 이전 반복으로부터 링커의 탈보호된 히드록실 기에, 또는 뉴클레오시드의 탈보호된 히드록실 기에 독립적으로 연계하고, 따라서 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드를 창출하는 단계;
e) 상기 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 티올화한 후, 따라서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 창출하는 단계;
f) 임의적으로, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계;
g) 임의적으로, 상기 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계;
h) 상기 제공하는 단계, 연계하는 단계, 티올화하는 단계, 캡핑하는 단계 및 탈보호 단계 (단계 c) 내지 g))를 미리 결정된 횟수로 반복하여 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하는 단계;
i) 상기 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 탈보호하는 단계;
j) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 개열하는 단계;
k) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 용리하는 단계;
l) 상기 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼을 이용하여 정제하는 단계; 및
1) 용리 단계 k)로부터 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하하는 단계;
2) 보호된 히드록실 기를 말단 뉴클레오시드로부터 탈보호하는 단계;
3) 올리고뉴클레오티드를 염 구배를 이용하여 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리하는 단계; 및
4) 올리고뉴클레오티드 용출물을 한외여과 및/또는 정용여과를 통해 이온 교환 칼럼으로부터 탈염하는 단계; 및
m) 올리고뉴클레오티드 화합물의 탈염된 용액을 농축하는 단계, 예를 들면, 박막 증발로 농축하는 단계.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계 및/또는 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계를 포함한다. 특정 구체예에서, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반복을 제외하고 (다시 말하면, 마지막 반복에서 수행되지 않음), 본원에서 설명된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 반응 주기의 각 반복에서 수행된다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 하기의 단계를 포함하거나 또는 이들로 구성될 수 있다:
a) 고체 지지체에 부착되고, 보호된 히드록실 기를 포함하는 링커를 제공하는 단계;
b) 상기 링커의 보호된 히드록실 기를 탈보호한 후, 탈보호된 히드록실 기를 창출하는 단계;
c) 보호된 히드록실 기 및 보호된 포스포라미디트를 포함하는 뉴클레오시드 포스포라미디트를 독립적으로 제공하는 단계;
d) 상기 뉴클레오시드 포스포라미디트를, 반응 주기의 이전 반복으로부터 링커의 탈보호된 히드록실 기에, 또는 뉴클레오시드의 탈보호된 히드록실 기에 독립적으로 연계하고, 따라서 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드를 창출하는 단계;
e) 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 티올화하고, 따라서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 창출하거나, 또는 임의적으로, 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 산화시키고, 따라서 보호된 인산염 연쇄를 창출하는 단계;
f) 임의적으로, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계;
g) 임의적으로, 상기 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계;
h) 상기 제공하는 단계, 연계하는 단계, 티올화하는 단계, 캡핑하는 단계 및 탈보호 단계 (단계 c) 내지 g))를 미리 결정된 횟수로 반복하여 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하는 단계;
i) 상기 보호된 포스포로티오에이트 연쇄 및 임의적으로 보호된 인산염 연쇄를 탈보호하는 단계;
j) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 개열하는 단계;
k) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 용리하는 단계;
l) 상기 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼을 이용하여 정제하는 단계; 및
m) 올리고뉴클레오티드 화합물의 용액을 농축하는 단계, 예를 들면, 박막 증발로 농축하는 단계.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계 및/또는 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계를 포함한다. 특정 구체예에서, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반복을 제외하고 (다시 말하면, 마지막 반복에서 수행되지 않음), 본원에서 설명된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 반응 주기의 각 반복에서 수행된다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 하기의 단계를 포함하거나 또는 이들로 구성될 수 있다:
a) 고체 지지체에 부착되고, 보호된 히드록실 기를 포함하는 링커를 제공하는 단계;
b) 상기 링커의 보호된 히드록실 기를 탈보호한 후, 탈보호된 히드록실 기를 창출하는 단계;
c) 보호된 히드록실 기 및 보호된 포스포라미디트를 포함하는 뉴클레오시드 포스포라미디트를 독립적으로 제공하는 단계;
d) 상기 뉴클레오시드 포스포라미디트를, 반응 주기의 이전 반복으로부터 링커의 탈보호된 히드록실 기에, 또는 뉴클레오시드의 탈보호된 히드록실 기에 독립적으로 연계하고, 따라서 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드를 창출하는 단계;
e) 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 티올화하고, 따라서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 창출하거나, 또는 임의적으로, 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 산화시키고, 따라서 보호된 인산염 연쇄를 창출하는 단계;
f) 임의적으로, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계;
g) 임의적으로, 상기 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계;
h) 상기 제공하는 단계, 연계하는 단계, 티올화하는 단계, 캡핑하는 단계 및 탈보호 단계 (단계 c) 내지 g))를 미리 결정된 횟수로 반복하여 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하는 단계;
i) 보호된 포스포로티오에이트 연쇄 및 임의적으로 보호된 인산염 연쇄를 탈보호하는 단계;
j) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 개열하는 단계;
k) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 용리하는 단계;
l) 상기 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼을 이용하여 정제하는 단계;
1) 용리하는 단계 k)로부터 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하하는 단계;
2) 보호된 히드록실 기를 말단 뉴클레오시드로부터 탈보호하는 단계; 및
3) 올리고뉴클레오티드를 염 구배를 이용하여 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리하는 단계; 및
m) 올리고뉴클레오티드 화합물의 용액을 농축하는 단계, 예를 들면, 박막 증발로 농축하는 단계.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계 및/또는 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계를 포함한다. 특정 구체예에서, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반복을 제외하고 (다시 말하면, 마지막 반복에서 수행되지 않음), 본원에서 설명된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 반응 주기의 각 반복에서 수행된다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 하기의 단계를 포함하거나 또는 이들로 구성될 수 있다:
a) 고체 지지체에 부착되고, 보호된 히드록실 기를 포함하는 링커를 제공하는 단계;
b) 상기 링커의 보호된 히드록실 기를 탈보호한 후, 탈보호된 히드록실 기를 창출하는 단계;
c) 보호된 히드록실 기 및 보호된 포스포라미디트를 포함하는 뉴클레오시드 포스포라미디트를 독립적으로 제공하는 단계;
d) 상기 뉴클레오시드 포스포라미디트를, 반응 주기의 이전 반복으로부터 링커의 탈보호된 히드록실 기에, 또는 뉴클레오시드의 탈보호된 히드록실 기에 독립적으로 연계하고, 따라서 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드를 창출하는 단계;
e) 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 티올화하고, 따라서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 창출하거나, 또는 임의적으로, 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 산화시키고, 따라서 보호된 인산염 연쇄를 창출하는 단계;
f) 임의적으로, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계;
g) 임의적으로, 상기 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계;
h) 상기 제공하는 단계, 연계하는 단계, 티올화하는 단계, 캡핑하는 단계 및 탈보호 단계 (단계 c) 내지 g))를 미리 결정된 횟수로 반복하여 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하는 단계;
i) 상기 보호된 포스포로티오에이트 연쇄 및 임의선택적 보호된 인산염 연쇄를 탈보호하는 단계;
j) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 개열하는 단계;
k) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 용리하는 단계;
l) 상기 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼을 이용하여 정제하는 단계; 및
1) 용리 단계 k)로부터 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하하는 단계;
2) 보호된 히드록실 기를 말단 뉴클레오시드로부터 탈보호하는 단계;
3) 올리고뉴클레오티드를 염 구배를 이용하여 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리하는 단계; 및
4) 올리고뉴클레오티드 용출물을 한외여과 및/또는 정용여과를 통해 이온 교환 칼럼으로부터 탈염하는 단계; 및
m) 올리고뉴클레오티드 화합물의 탈염된 용액을 농축하는 단계, 예를 들면, 박막 증발로 농축하는 단계.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계 및/또는 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계를 포함한다. 특정 구체예에서, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반복을 제외하고 (다시 말하면, 마지막 반복에서 수행되지 않음), 본원에서 설명된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 반응 주기의 각 반복에서 수행된다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 하기의 단계를 포함하거나 또는 이들로 구성될 수 있다:a) 고체 지지체에 부착된 링커를 제공하고, 상기 링커는 보호된 히드록실 기를 포함하고; b) 링커의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하고, 따라서 탈보호된 히드록실 기를 창출하고; c) 뉴클레오시드 포스포라미디트를, 반응 주기의 이전 반복으로부터 링커의 탈보호된 히드록실 기에, 또는 뉴클레오시드의 탈보호된 히드록실 기에 독립적으로 연계하고, 따라서 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드를 창출하고; d) 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 티올화하고, 따라서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 창출하고 (또는 임의적으로, 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 산화시키고, 따라서 보호된 인산염 연쇄를 창출하고); e) 임의적으로, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캠핑하고; f) 임의적으로, 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하고; g) 연계, 티올화 (또는 임의선택적 산화), 캡핑 및 탈보호 단계 (단계 c) 내지 f))를 미리 결정된 횟수로 반복하여 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하고; h) 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 탈보호하고; i) 올리고뉴클레오티드를 고체 지지체로부터 개열하고; j) 올리고뉴클레오티드를 고체 지지체로부터 용리하고; k) 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼을 이용하여 정제하고; 그리고 l) 올리고뉴클레오티드 화합물의 용액을 이온 교환 칼럼으로부터 농축함, 예를 들면, 박막 증발로 농축함.특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계 및/또는 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계를 포함한다. 특정 구체예에서, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반복을 제외하고 (다시 말하면, 마지막 반복에서 수행되지 않음), 본원에서 설명된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 반응 주기의 각 반복에서 수행된다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 하기의 단계를 포함하거나 또는 이들로 구성될 수 있다: a) 고체 지지체에 부착된 링커를 제공하고, 상기 링커는 보호된 히드록실 기를 포함하고; b) 링커의 보호된 히드록실 기를 탈보호하고, 따라서 탈보호된 히드록실 기를 창출하고; c) 뉴클레오시드 포스포라미디트를 반응 주기의 이전 반복으로부터 링커의 탈보호된 히드록실 기에, 또는 뉴클레오시드의 탈보호된 히드록실 기에 독립적으로 연계하고, 따라서 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드를 창출하고; d) 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 티올화하고, 따라서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 창출하고 (또는 임의적으로, 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 산화시키고, 따라서 보호된 인산염 연쇄를 창출하고); e) 임의적으로, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캠핑하고; f) 임의적으로, 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하고; g) 연계, 티올화 (또는 임의선택적 산화), 캡핑 및 탈보호 단계 (단계 c) 내지 f))를 미리 결정된 횟수로 반복하여 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하고; h) 보호된 포스포로티오에이트 연쇄 (및 임의선택적 보호된 인산염 연쇄)를 탈보호하고; i) 올리고뉴클레오티드를 고체 지지체로부터 개열하고; j) 올리고뉴클레오티드를 고체 지지체로부터 용리하고; k) 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼을 이용하여 정제하고; 1) 용리 단계 j)로부터 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하하고; 2) 보호된 히드록실 기를 말단 뉴클레오시드로부터 탈보호하고; 그리고 3) 올리고뉴클레오티드를 염 구배를 이용하여 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리하고; 그리고 l) 이온 교환 칼럼으로부터 올리고뉴클레오티드 화합물의 용액을 농축함, 예를 들면, 박막 증발로 농축함.특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법의 정제 단계 k)는 하기를 포함할 수 있다: 1) 용리 단계 j)로부터 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하하고; 2) 보호된 히드록실 기를 말단 뉴클레오시드로부터 탈보호하고; 3) 올리고뉴클레오티드를 염 구배를 이용하여 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리하고; 그리고 4) 올리고뉴클레오티드 용출물을 한외여과 및/또는 정용여과를 통해 이온 교환 칼럼으로부터 탈염함.특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계 및/또는 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계를 포함한다. 특정 구체예에서, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반복을 제외하고 (다시 말하면, 마지막 반복에서 수행되지 않음), 본원에서 설명된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 반응 주기의 각 반복에서 수행된다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 하기의 단계를 포함하거나 또는 이들로 구성될 수 있다: a) 고체 지지체에 부착된 링커의 보호된 히드록실 기를 탈보호하고, 따라서 탈보호된 히드록실 기를 창출하고; b) 뉴클레오시드 포스포라미디트를 반응 주기의 이전 반복으로부터 링커의 탈보호된 히드록실 기에, 또는 뉴클레오시드의 탈보호된 히드록실 기에 독립적으로 연계하고, 따라서 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드를 창출하고; c) 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 티올화하고, 따라서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 창출하고 (또는 임의적으로, 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 산화시키고, 따라서 보호된 인산염 연쇄를 창출하고); d) 임의적으로, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캠핑하고; e) 임의적으로, 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하고; f) 연계, 티올화 (또는 임의선택적 산화), 캡핑 및 탈보호 단계 (단계 b) 내지 e))를 미리 결정된 횟수로 반복하여 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하고; g) 보호된 포스포로티오에이트 연쇄 (및 임의선택적 보호된 인산염 연쇄)를 탈보호하고; h) 올리고뉴클레오티드를 고체 지지체로부터 개열하고; i) 올리고뉴클레오티드를 고체 지지체로부터 용리하고; j) 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼을 이용하여 정제하고; 그리고 k) 올리고뉴클레오티드 화합물의 용액을 이온 교환 칼럼으로부터 농축함, 예를 들면, 박막 증발로 농축함.특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계 및/또는 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계를 포함한다. 특정 구체예에서, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반복을 제외하고 (다시 말하면, 마지막 반복에서 수행되지 않음), 본원에서 설명된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 반응 주기의 각 반복에서 수행된다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 하기의 단계를 포함하거나 또는 이들로 구성될 수 있다: a) 고체 지지체에 부착된 링커의 보호된 히드록실 기를 탈보호하고, 따라서 탈보호된 히드록실 기를 창출하고; b) 뉴클레오시드 포스포라미디트를 반응 주기의 이전 반복으로부터 링커의 탈보호된 히드록실 기에, 또는 뉴클레오시드의 탈보호된 히드록실 기에 독립적으로 연계하고, 따라서 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드를 창출하고; c) 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 티올화하고, 따라서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 창출하고 (또는 임의적으로, 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 산화시키고, 따라서 보호된 인산염 연쇄를 창출하고); d) 임의적으로, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캠핑하고; e) 임의적으로, 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하고; f) 연계, 티올화 (또는 임의선택적 산화), 캡핑 및 탈보호 단계 (단계 b) 내지 e))를 미리 결정된 횟수로 반복하여 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하고; g) 보호된 포스포로티오에이트 연쇄 (및 임의선택적 보호된 인산염 연쇄)를 탈보호하고; h) 올리고뉴클레오티드를 고체 지지체로부터 개열하고; i) 올리고뉴클레오티드를 고체 지지체로부터 용리하고; j) 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼을 이용하여 정제하고; 그리고 1) 용리 단계 i)로부터 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하하고; 2) 보호된 히드록실 기를 말단 뉴클레오시드로부터 탈보호하고; 그리고 3) 올리고뉴클레오티드를 염 구배를 이용하여 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리하고; 그리고 k) 올리고뉴클레오티드 화합물의 용액을 이온 교환 칼럼으로부터 농축함, 예를 들면, 박막 증발로 농축함.특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법의 정제 단계 j)는 하기를 포함할 수 있다: 1) 용리 단계 i)로부터 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하하고; 2) 보호된 히드록실 기를 말단 뉴클레오시드로부터 탈보호하고; 3) 올리고뉴클레오티드를 염 구배를 이용하여 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리하고; 그리고 4) 올리고뉴클레오티드 용출물을 한외여과 및/또는 정용여과를 통해 이온 교환 칼럼으로부터 탈염함.특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계 및/또는 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계를 포함한다. 특정 구체예에서, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반복을 제외하고 (다시 말하면, 마지막 반복에서 수행되지 않음), 본원에서 설명된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 반응 주기의 각 반복에서 수행된다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 상기 반복 중에서 적어도 하나에서 캡핑 단계 f) 및 탈보호 단계 g) 사이에 전팽윤 단계를 더욱 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법은 상기 반복 중에서 적어도 하나에서 상기 단계 중에서 하나 또는 그 이상 사이에, 지지체를 비양성자성 용매, 예를 들면, 아세토니트릴로 임의적으로 세척하는 것을 더욱 포함할 수 있다.
5.1 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드
특정 구체예에서, 본원에서 설명된 방법은 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 (때때로 항-SMAD7 ODN 또는 SMAD7 AON으로서 지칭됨)를 합성하는데 이용된다. 특정 구체예에서, 항-SMAD7 ODN은 화학적으로 변형된 SMAD7 ODN이다.
안티센스 올리고뉴클레오티드는 표적 단백질 (가령, SMAD7)을 인코딩하는, 전령 RNA (mRNA)에 상보적인 짧은 합성 올리고뉴클레오티드 서열이다. 이론에 한정됨 없이, 안티센스 올리고뉴클레오티드 서열은 mRNA 분자에서 상보성 영역에 혼성화하고, 따라서 이중 가닥 하이브리드를 생산할 수 있고, 이것은 DNA/RNA 하이브리드 가닥을 분해하는 편재성 촉매 효소, 예를 들면, RNaseH의 활성화를 야기하고, 따라서 단백질 번역을 예방할 수 있다. 이론에 한정됨 없이, 본원에서 제공된 안티센스 올리고뉴클레오티드는 RNA 또는 DNA로서 이의 표적 서열에 혼성화할 수 있다. 따라서, 비록 DNA 서열이 표적으로서 제공되긴 하지만, 상응하는 RNA 서열 (티민 대신에 우라실 포함)이 포함된다.
가령, 항-SMAD7 ODN는 세포 내로 도입되거나 또는 세포에 의해 흡수될 때, 세포에서 SMAD7 mRNA의 수준을 감소시킴으로써 또는 세포에서 SMAD7 단백질의 수준을 감소시킴으로써 세포에서 SMAD7 발현을 감소시킬 수 있다. 구체적으로, 항-SMAD7 ODN은 시험관내에서, 예를 들면, 배양된 세포에서, 또는 생체내에서, 예를 들면, 개체 (가령, 인간 환자 또는 동물 모형 생물체)에서 SMAD7 발현을 감소시킬 수 있다.
특정 구체예에서, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 화학적으로 변형될 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 음이온성 형태, 예를 들면, 나트륨 반대 이온 ("Na+")을 갖는 음이온성 형태일 수 있거나, 또는 양자화되어 산성 형태를 형성할 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 중추를 포함할 수 있는데, 이것은 완전하게 또는 부분적으로 양자화되어 산성 형태를 형성할 수 있다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 뉴클레오시드간 연쇄를 포함할 수 있는데, 이것은 인산염 연쇄, 예를 들면, 일인산염 연쇄이다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 뉴클레오시드간 연쇄를 포함할 수 있는데, 이것은 포스포로티오에이트 연쇄이다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개, 또는 그 이상의 포스포로티오에이트 연쇄를 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드간 연쇄 중에서 적어도 5%, 10%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%가 포스포로티오에이트 연쇄이다. 특정 구체예에서, 모든 뉴클레오시드간 연쇄는 포스포로티오에이트 연쇄이다.
5.2 올리고뉴클레오티드 변형
특정 구체예에서 본원에서 설명된 방법에 의해 합성된 올리고뉴클레오티드 (가령, 항-SMAD7 ODN)은 화학적으로 변형된다. 일정하고 특정한 구체예에서, 본원에서 설명된 바와 같은 SMAD7 ODN은 SMAD7 mRNA의 뉴클레오티드 서열에 상보적인 서열을 가질 수 있다 (다시 말하면, SMAD7 ODN은 안티센스 올리고뉴클레오티드일 수 있다).
본원에서 설명된 바와 같은 합성 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 예로서, 비자연발생 핵염기, 변형된 뉴클레오시드간 (중추) 연쇄, 당 변형 또는 변형된 5'- 또는 3'-단부를 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 비자연발생 서열 태그를 포함할 수 있다.
특정 구체예에서, 본원에서 설명된 바와 같은 합성 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드, 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 자연발생 핵염기, 당 및 공유 뉴클레오시드간 (중추) 연쇄뿐만 아니라 비자연발생 부분을 포함할 수 있다. 가령, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 예로서, 하나 또는 그 이상의 포스포로티오에이트 연쇄를 포함하는 혼합된-중추를 포함할 수 있다.
특정 구체예에서, 본원에서 설명된 바와 같은 합성 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드, 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 또한, 핵염기 변형 또는 치환을 포함할 수 있다. 본원에서 이용된 바와 같이, "변형되지 않은" 또는 "자연" 핵염기는 퓨린 염기 아데닌 (A) 및 구아닌 (G), 그리고 피리미딘 염기 티민 (T), 시토신 (C) 및 우라실 (U)을 포함한다. 화학적으로 변형된 SMAD7 ODNs는 예로서, 합성과 자연 핵염기, 예를 들면, 5-메틸시토신 (5-Me-C), 5-히드록시메틸 시토신, 크산틴, 히포크산틴, 2-아미노아데닌, 아데닌과 구아닌의 6-메틸 및 다른 알킬 유도체, 아데닌과 구아닌의 2-프로필 및 다른 알킬 유도체, 2-티오우라실, 2-티오티민 및 2-티오시토신, 5-할로우라실 및 시토신, 5-프로피닐 우라실 및 시토신, 6-아조 우라실, 시토신 및 티민, 5-우라실 (슈도우라실), 4-티오우라실, 8-할로, 8-아미노, 8-티올, 8-티오알킬, 8-히드록실 및 다른 8-치환된 아데닌과 구아닌, 5-할로, 특히 5-브로모, 5-트리플루오로메틸 및 다른 5-치환된 우라실과 시토신, 7-메틸구아닌과 7-메틸아데닌, 8-아자구아닌과 8-아자아데닌, 7-데아자구아닌과 7-데아자아데닌, 또는 3-데아자구아닌과 3-데아자아데닌을 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 핵염기, 예를 들면, 미국 특허번호 3,687,808에서 개시된 것들, ["The Concise Encyclopedia of Polymer Science And Engineering," 페이지 858-859, Kroschwitz, J. I., ed. John Wiley & Sons, 1990에서 개시된 것들, Englisch et al., Angewandte Chemie, International Edition, 1991, 30, 613에 의해 개시된 것들, 또는 Sanghvi, Y.S., Chapter 15, Antisense Research and Applications, pages 289-302, Crooke, S.T. and Lebleu, B., ed., CRC Press, 1993]에 의해 개시된 것들을 더욱 포함할 수 있고, 이들은 각각 본원에서 전체적으로 참조로서 편입된다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드는 화학적으로 변형된 SMAD7 ODN의 결합 친화성을 증가시킬 수 있는 핵염기를 포함할 수 있다. 이런 핵염기는 예로서, 2-아미노프로필아데닌, 5-프로피닐우라실 및 5-프로피닐시토신 5-메틸시토신 치환을 비롯하여, 5-치환된 피리미딘, 6-아자피리미딘, 그리고 N-2, N-6 및 O-6 치환된 퓨린을 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드는 2'-O-메톡시에틸 당 변형과 조합으로 전술한 변형된 핵염기 중에서 한 가지 또는 그 이상을 포함할 수 있다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 하나 또는 그 이상의 시토신 잔기가 5-메틸시토신에 의해 대체될 수 있다. 특정 구체예에서 하나 또는 그 이상의 시토신 잔기는 CpG 쌍의 일부를 형성한다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 인공 뉴클레오시드, 예를 들면, 데옥시시티딘 및/또는 5-메틸 2'-데옥시시티딘을 포함할 수 있거나, 또는 인공 뉴클레오티드, 예를 들면, 5-메틸-2'-데옥시시티딘 5'-일인산염 및/또는 5-메틸-2'-데옥시시티딘 5'-모노포스포로티오에이트를 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30개의 인공 뉴클레오시드를 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30개의 인공 뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 CG 디뉴클레오티드 서열을 포함한다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 GC 디뉴클레오티드 서열을 포함한다. 특정 구체예에서, CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열은 복수의 CG 디뉴클레오티드 서열 및/또는 복수의 GC 디뉴클레오티드 서열이다. 특정 구체예에서, 복수의 CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열은 2개 또는 그 이상, 3개 또는 그 이상, 4개 또는 그 이상, 5개 또는 그 이상, 또는 6개 또는 그 이상의 CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열이다. 특정 구체예에서, 복수의 CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열은 하나 또는 그 이상의 CG 디뉴클레오티드 서열 및 하나 또는 그 이상의 GC 디뉴클레오티드 서열을 포함한다. 특정 구체예에서, 복수의 CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열은 단지 CG 디뉴클레오티드 서열만 또는 단지 GC 디뉴클레오티드 서열만 포함한다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 메틸화된 염기 (가령, 5-메틸-시토신, 6-O-메틸-구아닌, 또는 7-메틸-구아닌)를 포함하는 적어도 하나의 CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열을 포함한다. 특정 구체예에서, CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열에서 시토신이 메틸화된다 (가령, 5-메틸-시토신). 특정 구체예에서, CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열에서 구아닌이 메틸화된다 (가령, 6-O-메틸-구아닌, 또는 7-메틸-구아닌). 특정 구체예에서, CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열에서 시토신 및 구아닌이 메틸화된다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 메틸화된 염기 (가령, 5-메틸-시토신, 6-O-메틸-구아닌, 또는 7-메틸-구아닌)를 포함하는 복수의 CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열을 포함한다. 특정 구체예에서, 메틸화된 염기 (가령, 5-메틸-시토신, 6-O-메틸-구아닌, 또는 7-메틸-구아닌)를 포함하는 복수의 CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열은 2개 또는 그 이상, 3개 또는 그 이상, 4개 또는 그 이상, 5개 또는 그 이상, 또는 6개 또는 그 이상의 CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열이다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드에서 CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열은 CG 또는 GC 인산염 디뉴클레오티드 서열이다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드에서 하나 또는 그 이상의 CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열은 비자연 뉴클레오시드간 연쇄 (가령, 포스포로티오에이트 연쇄)를 포함한다. 특정 구체예에서, CG 또는 GC 디뉴클레오티드는 CG 또는 GC 포스포로티오에이트 디뉴클레오티드 서열이다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드에서 2개 또는 그 이상의 CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열은 포스포로티오에이트 디뉴클레오티드 서열이다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드에서 모든 CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열은 포스포로티오에이트 디뉴클레오티드 서열이다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드에서 CG 또는 GC 포스포로티오에이트 디뉴클레오티드 서열 중에서 하나 또는 그 이상은 1개 또는 2개의 메틸화된 염기 (가령, 5-메틸-시토신, 6-O-메틸-구아닌, 또는 7-메틸-구아닌)를 포함한다. 특정 구체예에서, 메틸화된 염기를 포함하는 올리고뉴클레오티드에서 하나 또는 그 이상의 CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열은 포스포로티오에이트 디뉴클레오티드 서열이다. 특정 구체예에서, 메틸화된 염기를 포함하는 올리고뉴클레오티드에서 모든 CG 또는 GC 디뉴클레오티드 서열은 포스포로티오에이트 디뉴클레오티드 서열이다.
특정 구체예에서, 항-SMAD7 ODN은 화학적으로 변형된 항-SMAD7 ODN이다. 특정 구체예에서, 화학적으로 변형된 항-SMAD7 ODN은 예로서, 비자연발생 뉴클레오시드간 연쇄, 비자연발생 당 잔기, 비자연발생 염기, 표지 (가령, 형광 표지 또는 동위원소 표지, 예를 들면, 중수소 또는 삼중수소 표지), 또는 다른 변형을 포함한다.
특정 구체예에서, 본원에서 설명된 바와 같은 합성 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드는 임의의 포유류 생물체, 예를 들면 및 제한 없이, 영장류 (가령, 인간, 원숭이, 침팬지, 오랑우탄, 또는 고릴라), 고양이, 개, 토끼, 경작용 동물 (가령, 소, 말, 염소, 양, 돼지), 또는 설치류 (가령, 생쥐, 쥐, 햄스터, 또는 기니피그)로부터 뉴클레오티드 서열의 영역에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함할 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 본원에서 설명된 바와 같은 합성 방법에 따라서 제조된 항-SMAD7 ODN은 임의의 포유류 생물체, 예를 들면 및 제한 없이, 영장류 (가령, 인간, 원숭이, 침팬지, 오랑우탄, 또는 고릴라), 고양이, 개, 토끼, 경작용 동물 (가령, 소, 말, 염소, 양, 돼지), 또는 설치류 (가령, 생쥐, 쥐, 햄스터, 또는 기니피그)로부터 SMAD7 뉴클레오티드 서열의 영역에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함할 수 있다.
특정 구체예에서, 항-SMAD7 ODN은 인간 SMAD7에서 영역에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 특정 구체예에서, 항-SMAD7 ODN은 인간 SMAD7의 8 개 이상, 10 개 이상, 12 개 이상, 14 개 이상, 16 개 이상, 18 개 이상 또는 20 개 이상의 뉴클레오티드의 영역에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 특정 구체예에서, 항-SMAD7 ODN은 하기 서열 번호의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 인간 SMAD7 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열: 서열 번호:1, 또는 상응하는 RNA 서열을 포함한다.
서열 번호:1 (코딩 서열:NM_005904.3의 CDS (288-1568); 호모 사피엔스 (Homo sapiens) SMAD 패밀리 구성원 7 (SMAD7), 전사체 변이체 1, mRNA) (영역 108-128은 밑줄 표시됨):
ATG TTCAGGACCA AACGATCTGC GCTCGTCCGG CGTCTCTGGA GGAGCCGTGC GCCCGGCGGC GAGGACGAGG AGGAGGGCGC AGGGGGAGGT GGAGGAGGAG GCGA GCTGCG GGGAGAAGGG GCGAC GGACA GCCGAGCGCA TGGGGCCGGT GGCGGCGGCC CGGGCAGGGC TGGATGCTGC CTGGGCAAGG CGGTGCGAGG TGCCAAAGGT CACCACCATC CCCACCCGCC AGCCGCGGGC GCCGGCGCGG CCGGGGGCGC CGAGGCGGAT CTGAAGGCGC TCACGCACTC GGTGCTCAAG AAACTGAAGG AGCGGCAGCT GGAGCTGCTG CTCCAGGCCG TGGAGTCCCG CGGCGGGACG CGCACCGCGT GCCTCCTGCT GCCCGGCCGC CTGGACTGCA GGCTGGGCCC GGGGGCGCCC GCCGGCGCGC AGCCTGCGCA GCCGCCCTCG TCCTACTCGC TCCCCCTCCT GCTGTGCAAA GTGTTCAGGT GGCCGGATCT CAGGCATTCC TCGGAAGTCA AGAGGCTGTG TTGCTGTGAA TCTTACGGGA AGATCAACCC CGAGCTGGTG TGCTGCAACC CCCATCACCT TAGCCGACTC TGCGAACTAG AGTCTCCCCC CCCTCCTTAC TCCAGATACC CGATGGATTT TCTCAAACCA ACTGCAGACT GTCCAGATGC TGTGCCTTCC TCCGCTGAAA CAGGGGGAAC GAATTATCTG GCCCCTGGGG GGCTTTCAGA TTCCCAACTT CTTCTGGAGC CTGGGGATCG GTCACACTGG TGCGTGGTGG CATACTGGGA GGAGAAGACG AGAGTGGGGA GGCTCTACTG TGTCCAGGAG CCCTCTCTGG ATATCTTCTA TGATCTACCT CAGGGGAATG GCTTTTGCCT CGGACAGCTC AATTCGGACA ACAAGAGTCA GCTGGTGCAG AAGGTGCGGA GCAAAATCGG CTGCGGCATC CAGCTGACGC GGGAGGTGGA TGGTGTGTGG GTGTACAACC GCAGCAGTTA CCCCATCTTC ATCAAGTCCG CCACACTGGA CAACCCGGAC TCCAGGACGC TGTTGGTACA CAAGGTGTTC CCCGGTTTCT CCATCAAGGC TTTCGACTAC GAGAAGGCGT ACAGCCTGCA GCGGCCCAAT GACCACGAGT TTATGCAGCA GCCGTGGACG GGCTTTACCG TGCAGATCAG CTTTGTGAAG GGCTGGGGCC AGTGCTACAC CCGCCAGTTC ATCAGCAGCT GCCCGTGCTG GCTAGAGGTC ATCTTCAACA GCCGGTAG
특정 구체예에서, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성될 수 있는 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 서열 번호:1의 인간 SMAD7 서열의 부분 또는 영역에 상보적인 뉴클레오티드 서열, 또는 상응하는 RNA 서열을 포함한다.
특정 구체예에서, 본원에서 제공된 방법은 SMAD7 mRNA의 다형성 내포 영역에 혼성화하는 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드를 합성하는데 이용될 수 있다. 참조: 가령, 국제 출원 번호 PCT/EP2015/074066, 이것은 본원에서 전체적으로 참조로서 편입된다.
특정 구체예에서, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성될 수 있는 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 서열 번호:1의 인간 SMAD7 뉴클레오티드 서열의 영역 108-128에 상보적인 뉴클레오티드 서열, 또는 상응하는 RNA 서열을 포함한다.
특정 구체예에서, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성될 수 있는 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 서열 번호:1의 인간 SMAD7 뉴클레오티드 서열의 뉴클레오티드 403, 233, 294, 295, 296, 298, 299 또는 533을 포함하는 영역에 상보적인 뉴클레오티드 서열, 또는 상응하는 RNA 서열을 포함한다.
특정 구체예에서, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성될 수 있는 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 하기 핵산 서열의 적어도 10개 뉴클레오티드 (가령, 11개 또는 그 이상, 12개 또는 그 이상, 13개 또는 그 이상, 14개 또는 그 이상, 15개 또는 그 이상, 16개 또는 그 이상, 17개 또는 그 이상, 18개 또는 그 이상, 19개 또는 그 이상, 또는 20개 또는 그 이상의 뉴클레오티드)의 부분을 포함하거나, 하기 핵산 서열(서열 번호:2)로 구성되거나, 또는 핵산 서열(서열 번호:2)의 길이에서 21개까지의 뉴클레오티드를 포함한다:
5'-GTXYCCCCTTCTCCCXYCAGC-3'
여기서:
X는 시토신, 5-메틸시토신 및 2'-O-메틸시토신으로 구성된 군에서 선택되는 질소성 염기를 포함하는 뉴클레오티드를 독립적으로 나타내고, 그리고
Y는 구아닌, 5-메틸구아닌, 또는 2'-O-메틸구아닌으로 구성된 군에서 선택되는 질소성 염기를 포함하는 뉴클레오티드를 독립적으로 나타내고
단, 뉴클레오티드 X 또는 Y 중에서 적어도 하나는 메틸화된 질소성 염기; 또는 거기에 상보성 서열을 포함한다.
특정 구체예에서, 서열 번호:2를 포함하거나 또는 이것으로 구성되는 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드, 뉴클레오시드간 연쇄 중에서 적어도 하나는 포스포로티오에이트 연쇄 (다시 말하면, O,O-연결된 포스포로티오에이트)이다. 특정 구체예에서, 서열 번호:2를 포함하거나 또는 이것으로 구성되는 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드, 뉴클레오시드간 연쇄 중에서 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개는 O,O-연결된 포스포로티오에이트이다. 특정 구체예에서, 서열 번호:2를 포함하거나 또는 이것으로 구성되는 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드, 모든 뉴클레오시드간 연쇄는 O,O-연결된 포스포로티오에이트이다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 미국특허 9,279,126에서 설명된 바와 같은 서열을 갖고, 이것은 본원에서 전체적으로 참조로서 편입된다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 하기 서열(서열 번호:3) 또는 거기에 상보성 서열을 포함하거나 또는 이것으로 구성된다:
5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAGC-3',
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘 ("5-Me-dC")을 나타내고, 그리고 여기서 적어도 하나의 뉴클레오시드간 연쇄, 예를 들면, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개, 또는 모든 뉴클레오시드간 연쇄는 O,O-연결된 포스포로티오에이트 연쇄이다. 가령, 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드는 서열 번호:3을 포함하거나 또는 이것으로 구성되고, 또는 거기에 상보성 서열; 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘 ("5-Me-dC")을 나타내고, 그리고 여기서 20개 뉴클레오티드간 연쇄 각각은 O,O-연결된 포스포로티오에이트 연쇄이다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 하기 서열(서열 번호:4) 또는 거기에 상보성 서열을 포함하거나 또는 이것으로 구성된다:
5'-GTCGCCCCTTCTCCCCGCAG-3',
여기서 적어도 하나의 뉴클레오시드간 연쇄, 예를 들면, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개, 또는 모든 뉴클레오시드간 연쇄는 O,O-연결된 포스포로티오에이트 연쇄이다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 하기 서열(서열 번호:5)을 포함하거나 또는 이것으로 구성된다:
5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAG-3'
또는 거기에 상보성 서열;
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘 ("5-Me-dC")을 나타내고; 그리고 여기서 적어도 하나의 뉴클레오시드간 연쇄, 예를 들면, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개, 또는 모든 뉴클레오시드간 연쇄는 O,O-연결된 포스포로티오에이트 연쇄이다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 하기 서열(서열 번호:6) 또는 거기에 상보성 서열을 포함하거나 또는 이것으로 구성된다:
5'-GTTTGGTCCTGAACATGC-3',
여기서 적어도 하나의 뉴클레오시드간 연쇄, 예를 들면, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개, 또는 모든 뉴클레오시드간 연쇄는 O,O-연결된 포스포로티오에이트 연쇄이다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 하기 서열(서열 번호:7) 또는 거기에 상보성 서열을 포함하거나 또는 이것으로 구성된다:
5'-GTTTGGTCCTGAACAT-3',
여기서 적어도 하나의 뉴클레오시드간 연쇄, 예를 들면, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개, 또는 모든 뉴클레오시드간 연쇄는 O,O-연결된 포스포로티오에이트 연쇄이다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 하기 서열(서열 번호:8) 또는 거기에 상보성 서열을 포함하거나 또는 이것으로 구성되고: :
5'-GTTTGGTCCTGAACATG-3',
여기서 적어도 하나의 뉴클레오시드간 연쇄, 예를 들면, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개, 또는 모든 뉴클레오시드간 연쇄는 O,O-연결된 포스포로티오에이트 연쇄이다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 하기 서열(서열 번호:9) 또는 거기에 상보성 서열을 포함하거나 또는 이것으로 구성된다:
5'-AGCACCGAGTGCGTGAGC-3',
여기서 적어도 하나의 뉴클레오시드간 연쇄, 예를 들면, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개, 또는 모든 뉴클레오시드간 연쇄는 O,O-연결된 포스포로티오에이트 연쇄이다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 하기 서열(서열 번호:10) 또는 거기에 상보성 서열을 포함하거나 또는 이것으로 구성된다:
5'-CGAACATGACCTCCGCAC-3',
여기서 적어도 하나의 뉴클레오시드간 연쇄, 예를 들면, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개, 또는 모든 뉴클레오시드간 연쇄는 O,O-연결된 포스포로티오에이트 연쇄이다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 하기 서열(서열 번호:11) 또는 거기에 상보성 서열을 포함하거나 또는 이것으로 구성된다:
5'-GATCGTTTGGTCCTGAA-3',
여기서 적어도 하나의 뉴클레오시드간 연쇄, 예를 들면, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개, 또는 모든 뉴클레오시드간 연쇄는 O,O-연결된 포스포로티오에이트 연쇄이다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 하기 서열(서열 번호:12) 또는 거기에 상보성 서열을 포함하거나 또는 이것으로 구성되고: :
5'-ATCGTTTGGTCCTGAAC-3',
여기서 적어도 하나의 뉴클레오시드간 연쇄, 예를 들면, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개, 또는 모든 뉴클레오시드간 연쇄는 O,O-연결된 포스포로티오에이트 연쇄이다.
서열 번호 1-12 각각의 서열 목록은 또한, 표 7에서 제공된다.
본원에서 설명된 방법은 미국특허 9,279,126에서 설명된 바와 같이, 올리고뉴클레오티드를 합성하는데 이용될 수 있다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 비정상적인 뉴클레오시드, 예를 들면, 데옥시시티딘 및/또는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 비정상적인 뉴클레오티드, 예를 들면, 5-메틸-2'-데옥시시티딘-5'-일인산염 또는 5-메틸-2'-데옥시시티딘-5'-모노포스포로티오에이트를 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개, 또는 그 이상의 데옥시시티딘 및/또는 5-메틸 2'-데옥시시티딘을 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오티드 중에서 적어도 5%, 10%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%는 데옥시시티딘 및/또는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개, 또는 그 이상의 데옥시시티딘 및/또는 5-메틸 2'-데옥시시티딘을 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 또는 그 이상의 데옥시시티딘을 포함하고 5-메틸 2'-데옥시시티딘을 포함하지 않을 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 또는 그 이상의 5-메틸 2'-데옥시시티딘을 포함하고 데옥시시티딘을 포함하지 않을 수 있다.
특정 구체예에서, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 상기 올리고뉴클레오티드의 5'- 및/또는 3'-단부에서 배치되는 메틸포스포네이트 연쇄를 포함할 수 있다.
특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 제약학적으로 허용되는 염 또는 용매화합물을 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 용매화합물은 수화물이다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드는 알칼리 금속 염 (가령, 나트륨 염) 또는 알칼리성 토류 금속 염 (가령, 마그네슘 염), 예를 들면, 하기 서열 번호의 핵산 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함하거나 또는 그 자체이고: 서열 번호:3, 이것은 임의적으로, 1 내지 20개의 O,O-연결된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연쇄를 포함할 수 있다. 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드의 예기된 염은 완전히 중화되는 것들을 포함할 수 있다, 예를 들면, 각 포스포로티오에이트 연쇄가 알칼리 금속 이온, 예를 들면, Na+와 연관된다. 특정 구체예에서 올리고뉴클레오티드는 단지 부분적으로만 중화된다, 예를 들면, 전체 포스포로티오에이트 연쇄 중에서 일부만 알칼리 금속 이온 또는 알칼리성 토류 금속 이온과 연관된다 (가령, 99%보다 적게, 95%보다 적게, 90%보다 적게, 85%보다 적게, 80%보다 적게, 85%보다 적게, 80%보다 적게, 75%보다 적게, 70%보다 적게, 65%보다 적게, 60%보다 적게, 55%보다 적게, 50%보다 적게, 45%보다 적게, 40%보다 적게, 35%보다 적게, 30%보다 적게, 25%보다 적게, 20%보다 적게, 15%보다 적게, 10%보다 적게, 5%보다 적게, 3%보다 적게, 또는 1%보다 적게 중화된다).
5.3 고체 지지체 및 링커
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 적합한 고체 지지체는 교차연결된 폴리스티렌 또는 제어된 다공성 유리일 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 고체 지지체는 링커가 자신에게 부착된 교차연결된 폴리스티렌, 또는 링커가 자신에게 부착된 다공성, 다분산 디비닐 벤젠 교차연결된 폴리스티렌, 예를 들면, 보호된 히드록실 기를 포함하는 링커, 예를 들면, UNYLINKER이다. 특정 구체예에서, 예로서, 교차연결된 폴리스티렌 고체 지지체는 NITTOPHASE-HL, 예를 들면, NITTOPHASE UNYLINKER 350 또는 높은 부하된 NITTOPHASE UNYLINKER 350, 또는 뉴클레오티드, 예를 들면, 2'-데옥시시티딘으로 전부하된 NITTOPHASE 고체 지지체이다. 특정 구체예에서, 예로서, 다공성, 다분산 디비닐 벤젠 교차연결된 폴리스티렌 고체 지지체는 PRIMER SUPPORT 5G인데, 여기서 링커는 숙시닐 기 기초된 링커일 수 있다. 고체 지지체, 예를 들면, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체의 부하 용량 (또는 합성 규모)은 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 동등한 몰량의 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위해 반응에 가용한 고체 지지체, 예를 들면, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체의 몰량을 지칭한다. 가령, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체의 부하 용량과 동등한 제조된 올리고뉴클레오티드의 양은 이론적 양으로 고려된다. 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체를 활용하는 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드의 실제량은 이론적 양과 동일할 수 있거나, 또는 이론적 양보다 적을 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체를 활용하는 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드의 실제량은 이론적 양보다 적다, 예를 들면, 이론적 양의 95%, 예를 들면, 이론적 양의 90%, 85%, 80%, 75%, 70%, 65%, 60%, 55%, 또는 50%이거나, 또는 예로서, 이론적 양의 40-98%, 40-95%, 40-90%, 40-85%, 40-80%, 40-75%, 40-70%, 50-98%, 50-95%, 50-90%, 50-85%, 50-80%, 50-75%, 50-70%, 60-98%, 60-95%, 60-90%, 60-85%, 60-80%, 60-75%, 또는 60-70% 사이에 있다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에서 활용되는, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체는 300-5,400 mmol의 범위에서 양으로 올리고뉴클레오티드를 제조하는데 충분한, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,900 mmol, 700-1,800 mmol, 700-1,700 mmol, 700-1,600 mmol, 700-1,500 mmol, 700-1,400 mmol, 700-1,300 mmol, 700-1,200 mmol, 700-1,100 mmol, 700-1,000 mmol, 700-900 mmol, 800-1,200 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-1,800 mmol, 900-2,400 mmol, 900-2,700 mmol, 900-3,600 mmol, 1,800-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,500 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,000-1,500 mmol, 1,250-1,750 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol의 범위에서 양으로 올리고뉴클레오티드를 제조하는데 충분한 부하 용량을 갖는다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에서 활용되는, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체는 적어도 300 mmol의 양으로 올리고뉴클레오티드를 제조하는데 충분한, 예를 들면, 적어도 300 mmol, 예를 들면, 적어도 400 mmol, 적어도 500 mmol, 적어도 600 mmol, 적어도 700 mmol, 적어도 800 mmol, 적어도 900 mmol, 적어도 1,000 mmol, 적어도 1,100 mmol, 적어도 1,200 mmol, 적어도 1,300 mmol, 적어도 1,400 mmol, 적어도 1,600 mmol, 적어도 1,800 mmol, 적어도 2,400 mmol, 적어도 2,700 mmol, 적어도 3,000 mmol, 적어도 3,600 mmol, 또는 적어도 4,500 mmol의 양으로 올리고뉴클레오티드를 제조하는데 충분한 부하 용량을 갖는다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에서 활용되는, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체는 300 mmol, 400 mmol, 500 mmol, 600 mmol, 700 mmol, 800 mmol, 900 mmol, 1,000 mmol, 1,100 mmol, 1,200 mmol, 1,300 mmol, 1,400 mmol, 1,500 mmol, 1,600 mmol, 1,700 mmol, 1,800 mmol, 1,900 mmol, 2,000 mmol, 2,100 mmol, 2,200 mmol, 2,300 mmol, 2,400 mmol, 2,500 mmol, 2,600 mmol, 2,700 mmol, 2,800 mmol, 2,900 mmol, 3,000 mmol, 3,400 mmol, 3,600 mmol, 4,000 mmol, 4,200 mmol, 4,500 mmol, 5,000 mmol, 또는 5,400 mmol의 양으로 올리고뉴클레오티드를 제조하는데 충분한 부하 용량을 갖는다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 화합물의 합성 동안 활용되는 고체 지지체의 양에 비하여 고체 지지체에 부착된 링커의 양의 부하 밀도는 300-400 마이크로몰의 링커/그램의 고체 지지체의 범위 안에 있다, 예를 들면, 부하 밀도는 300-375 마이크로몰의 링커/그램의 고체 지지체의 범위, 예를 들면, 300-350, 300-350, 300-325, 325-400, 325-375, 350-400, 또는 350-375 마이크로몰의 링커/그램의 고체 지지체의 범위 안에 있다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 화합물의 합성 동안 활용되는 고체 지지체의 양에 비하여 고체 지지체에 부착된 링커의 양의 부하 밀도는 적어도 300 마이크로몰 링커/그램의 고체 지지체, 예를 들면, 적어도 320, 적어도 325, 적어도 330, 적어도 340, 적어도 350, 또는 적어도 360 마이크로몰 링커/그램의 고체 지지체이다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에서 활용되는, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체를 수용하는 칼럼은 35-100 cm 사이의 범위에서 칼럼 내부 직경, 예를 들면, 50-100 cm, 50-75 cm, 60-80 cm, 55-75 cm, 또는 75-100 cm 사이의 범위에서 내부 직경, 예를 들면, 35 cm, 40 cm, 50 cm, 60 cm, 70 cm, 80 cm, 90 cm, 또는 100 cm의 내부 직경을 갖는다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에서 활용되는, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체는 4-20 cm 사이의 범위에서 베드 높이, 예를 들면, 7-20 cm, 7-15 cm, 7-10 cm, 7.5-8.5, 8-20 cm, 8-15cm, 8-10 cm, 8-9 cm, 8-8.5 cm, 또는 8.5-9 cm 사이의 범위에서 베드 높이, 예를 들면, 4 cm, 5 cm, 6 cm, 7 cm, 7.25 cm, 7.34 cm, 7.5 cm, 7.66 cm, 7.75 cm, 8 cm, 8.25 cm, 8.34 cm, 8.5 cm, 8.66 cm, 8.75 cm, 9 cm, 9.25 cm, 9.34 cm, 9.5 cm, 9.66 cm, 9.75 cm, 10 cm, 10.25 cm, 10.34 cm, 10.5 cm, 10.66 cm, 10.75 cm, 또는 11 cm의 베드 높이를 갖는다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에서 활용되는, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체를 수용하는 칼럼은 35-100 cm 사이의 범위에서 내부 직경, 예를 들면, 35 cm, 40 cm, 50 cm, 60 cm, 70 cm, 80 cm, 90 cm, 또는 100 cm의 내부 직경, 그리고 4-20 cm 사이의 범위에서 베드 높이, 예를 들면, 7-20 cm 사이, 7-15 cm 사이, 7-10 cm 사이, 7.5-8.5 사이, 8-20 cm 사이, 8-15cm 사이, 8-10 cm 사이, 8-9 cm 사이, 8-8.5 cm 사이, 또는 8.5-9 cm 사이의 범위에서 베드 높이를 갖는다. 가령, 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에서 활용되는, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체를 수용하는 칼럼은 60 cm의 내부 직경을 갖고, 그리고 고체 지지체는 7 cm, 7.34 cm, 7.5 cm, 7.66 cm, 8 cm, 8.34 cm, 8.5 cm, 8.66 cm, 9 cm, 9.34 cm, 9.5 cm, 9.66 cm, 또는 10 cm의 베드 높이를 갖거나; 또는 고체 지지체를 수용하는 칼럼은 70 cm의 내부 직경을 갖고, 그리고 고체 지지체는 7 cm, 7.34 cm, 7.5 cm, 7.66 cm, 8 cm, 8.34 cm, 8.5 cm, 8.66 cm, 9 cm, 9.34 cm, 9.5 cm, 9.66 cm, 또는 10 cm의 베드 높이를 갖거나; 또는 고체 지지체를 수용하는 칼럼은 80 cm의 내부 직경을 갖고, 그리고 고체 지지체는 7 cm, 7.34 cm, 7.5 cm, 7.66 cm, 8 cm, 8.34 cm, 8.5 cm, 8.66 cm, 9 cm, 9.34 cm, 9.5 cm, 9.66 cm, 또는 10 cm의 베드 높이를 갖거나; 또는 고체 지지체를 수용하는 칼럼은 90 cm의 내부 직경을 갖고, 그리고 고체 지지체는 7 cm, 7.34 cm, 7.5 cm, 7.66 cm, 8 cm, 8.34 cm, 8.5 cm, 8.66 cm, 9 cm, 9.34 cm, 9.5 cm, 9.66 cm, 또는 10 cm의 베드 높이를 갖는다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에서 활용되는, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체를 수용하는 칼럼은 60 cm의 내부 직경을 갖고, 고체 지지체는 7 cm, 7.34 cm, 7.5 cm, 7.66 cm, 8 cm, 8.34 cm, 8.5 cm, 8.66 cm, 9 cm, 9.34 cm, 9.5 cm, 9.66 cm, 또는 10 cm의 베드 높이를 갖고, 그리고 고체 지지체는 적어도 600 mmol, 예를 들면, 적어도 700 mmol, 적어도 900 mmol, 적어도 1,600 mmol, 적어도 2,400 mmol, 적어도 2,700 mmol, 적어도 3,000 mmol, 적어도 3,600 mmol, 또는 적어도 4,500 mmol의 양으로 올리고뉴클레오티드를 제조하는데 충분한 부하 용량을 갖는다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에서 활용되는, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체를 수용하는 칼럼은 80 cm의 내부 직경을 갖고, 고체 지지체는 7 cm, 7.34 cm, 7.5 cm, 7.66 cm, 8 cm, 8.34 cm, 8.5 cm, 8.66 cm, 9 cm, 9.34 cm, 9.5 cm, 9.66 cm, 또는 10 cm의 베드 높이를 갖고, 그리고 고체 지지체는 적어도 600 mmol, 예를 들면, 적어도 700 mmol, 적어도 900 mmol, 적어도 1,600 mmol, 적어도 2,400 mmol, 적어도 2,700 mmol, 적어도 3,000 mmol, 적어도 3,600 mmol, 또는 적어도 4,500 mmol의 양으로 올리고뉴클레오티드를 제조하는데 충분한 부하 용량을 갖는다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에서 활용되는, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체를 수용하는 칼럼은 50-100 cm 사이의 범위에서 내부 직경, 예를 들면, 50 cm, 60 cm, 70 cm, 80 cm, 90 cm, 또는 100 cm의 내부 직경, 그리고 20-35 L 사이의 범위에서 칼럼 용적, 예를 들면, 20-25 L 사이, 23.5-30 L 사이, 25-30 L 사이, 30-35 L 사이, 또는 20-30 L 사이의 범위에서 칼럼 용적, 예를 들면, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 또는 35 L의 칼럼 용적을 갖는다.
특정 구체예에서, 본원에서 설명된 고체 지지체에 부착된 링커 상에서 히드록실 기의 히드록실 보호 기는 보호 기, 예를 들면, 아세틸, i-부티릴, t-부틸, t-부톡시메틸, 메톡시메틸, 테트라히드로피라닐, 1-에톡시에틸, 1-(2-클로로에톡실)에틸, p-클로로페닐, 2,4-디니트로페닐, 벤질, 2,6-디클로로벤질, 디페닐메틸, p-니트로벤질, 비스(2-아세톡시에톡시)메틸 (ACE), 2-트리메틸실릴에틸, 트리메틸실릴, 트리에틸실릴, t-부틸디메틸실릴, t-부틸디페닐실릴, 트리페닐실릴, [(트리이소프로필실릴)옥시]메틸 (TOM), 벤조일포르메이트, 클로로아세틸, 트리클로로아세틸, 트리플루오로아세틸, 피발로일, 벤조일, p-페닐벤조일, 9-플루오레닐메틸 탄산염, 메실레이트, 토실레이트, 트리페닐메틸 (트리틸), 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 (DMT), 트리메톡시트리틸, 1(2-플루오로페닐)-4-메톡시피페리딘-4-일 (FPMP), 9-페닐크산틴-9-일 (픽실) 및 9-(p-메톡시페닐)크산틴-9-일 (MOX)을 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 고체 지지체에 부착된 링커 상에서 히드록실 보호 기는 트리틸 및 디메톡시트리틸 (DMT)을 포함할 수 있다, 예를 들면, 히드록실 보호 기는 디메톡시트리틸 (DMT)이다.
5.4 탈보호 링커
특정 구체예에서, 링커의 보호된 히드록실 기는 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 탈보호되고, 따라서 탈보호된 히드록실 기를 창출한다. 가령, 특정 구체예에서, 링커의 보호된 히드록실 기는 양성자 산, 예를 들면, 디클로로아세트산, 예를 들면, 방향족 용매에서 디클로로아세트산, 예를 들면, 톨루엔에서 디클로로아세트산으로 탈보호된다. 특정 구체예에서, 링커의 보호된 히드록실 기는 방향족 용매에서 3-15 중량%의 디클로로아세트산 (v/v), 예를 들면, 방향족 용매에서 5 중량% 또는 10 중량%의 디클로로아세트산 (v/v), 예를 들면, 톨루엔에서 3-15 중량%의 디클로로아세트산 (v/v), 예를 들면, 톨루엔에서 5 중량% 또는 10 중량%의 디클로로아세트산 (v/v)으로 탈보호된다. 특정 구체예에서, 링커의 보호된 히드록실 기를 탈보호하는데 활용되는 양성자 산, 예를 들면, 톨루엔에서 5 중량% 또는 10 중량%의 디클로로아세트산 (v/v)의 용적은 1-10 사이의 칼럼 용적의 범위, 예를 들면, 1-7 사이의 칼럼 용적, 1-6 사이의 칼럼 용적, 1-5 사이의 칼럼 용적, 1-4 사이의 칼럼 용적, 1-3 사이의 칼럼 용적, 2-5 사이의 칼럼 용적, 2-4 사이의 칼럼 용적, 2-3 사이의 칼럼 용적, 3-5 사이의 칼럼 용적, 또는 3-4 사이의 칼럼 용적의 범위 안에 있다. 특정 구체예에서, 링커의 보호된 히드록실 기의 탈보호 이후에, 지지체-결합된 탈보호된 물질은 상기 방법의 다음 단계, 예를 들면, 고체 지지체 상에서 그 다음 반응에 대비하여 용매, 예를 들면, 아세토니트릴로 세척된다, 예를 들면, 지지체는 상기 방법의 다음 단계에 대비하여, 1-7 사이의 칼럼 용적, 1-5 사이의 칼럼 용적, 1-4 사이의 칼럼 용적, 1-3 사이의 칼럼 용적, 또는 2-4 사이의 칼럼 용적으로 세척될 수 있다.
5.5 뉴클레오시드 포스포라미디트 연계
특정 구체예에서, 반응 주기의 이전 반복으로부터 링커의 탈보호된 히드록실 기, 또는 뉴클레오시드의 탈보호된 히드록실 기는 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 뉴클레오시드 포스포라미디트에 연계되고, 따라서 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드, 예를 들면, 보호된 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드를 창출한다. 특정 구체예에서, 연계는 뉴클레오시드 포스포라미디트를 고체 지지체에 제공하는 것을 수반하고, 여기서 반응 주기의 이전 반복으로부터 링커의 탈보호된 5'-히드록실 기 또는 뉴클레오시드의 탈보호된 5'-히드록실 기는 뉴클레오시드 포스포라미디트와 반응하거나, 또는 이것에 연계된다. 특정 구체예에서, 본원에서 설명된 방법의 연계 단계는 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드, 예를 들면, 보호된 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드, 예를 들면, 2-시아노에톡시-보호 기를 포함하는 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드, 예를 들면, 2-시아노에톡시-보호된 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드의 형성을 유발한다. 특정 구체예에서, 뉴클레오시드 포스포라미디트를 제공하기에 앞서, 상기 방법은 지지체를 임의적으로 전팽윤하는, 예를 들면, 지지체를 극성 비양성자성 용매, 예를 들면, 디메틸포름아미드 (DMF)로 임의적으로 전팽윤하는 것을 더욱 포함한다. 특정 구체예에서, 지지체는 뉴클레오시드 포스포라미디트를 제공하기에 앞서 전팽윤되지 않는다. 특정 구체예에서, 상기 방법은 연계 단계의 완결 시에 및 티올화 (또는 산화) 단계에 앞서, 지지체를 비양성자성 용매, 예를 들면, 아세토니트릴로 임의적으로 세척하는 것을 더욱 포함할 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 지지체는 연계 단계의 완결 시에 및 티올화 (또는 산화) 단계에 앞서, 1-10 사이의 칼럼 용적, 예를 들면, 1-7 사이의 칼럼 용적, 1-6 사이의 칼럼 용적, 1-5 사이의 칼럼 용적, 1-4 사이의 칼럼 용적, 1-3 사이의 칼럼 용적, 또는 2-4 사이의 칼럼 용적으로 세척될 수 있다.
특정 구체예에서, 연계는 활성인자와 함께 뉴클레오시드 포스포라미디트를 제공하는, 예를 들면, 예혼합된 용액으로서, 예를 들면, 뉴클레오시드 포스포라미디트 및 활성인자의 예혼합된 용액으로서 뉴클레오시드 포스포라미디트 및 활성인자를 제공하는 것을 포함하거나, 또는 예로서, 뉴클레오시드 포스포라미디트의 용액 및 활성인자의 용액을 별개로 제공하는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, 활성인자는 디시아노이미다졸 (DCI)이다. 특정 구체예에서, 뉴클레오시드 포스포라미디트 및 활성인자의 예혼합된 용액, 또는 뉴클레오시드 포스포라미디트 및 활성인자의 별개 용액 각각을 제조하는데 활용되는 용매는 비양성자성 용매, 예를 들면, 아세토니트릴이다. 특정 구체예에서, 상기 방법의 연계 단계 동안 제공된 활성인자의 양은 고체 지지체의 당량에 비하여 2-8 당량의 범위, 예를 들면, 고체 지지체의 당량에 비하여 3-8 당량, 4-8 당량, 5-8 당량, 6-8 당량, 6-7 당량, 또는 4-7 당량의 범위 안에 있다.
특정 구체예에서, 연계 단계는 과잉 양의 뉴클레오시드 포스포라미디트를 제공하는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, 뉴클레오시드 포스포라미디트는 보호된 뉴클레오시드 포스포라미디트, 예를 들면, 5'-히드록실 보호된 기 및 3'-히드록실 보호된 기를 포함하는 보호된 뉴클레오시드 포스포라미디트이다.
특정 구체예에서, 제공된 뉴클레오시드 포스포라미디트의 5'-히드록실 보호된 기는 보호 기, 예를 들면, 아세틸, i-부티릴, t-부틸, t-부톡시메틸, 메톡시메틸, 테트라히드로피라닐, 1-에톡시에틸, 1-(2-클로로에톡실)에틸, p-클로로페닐, 2,4-디니트로페닐, 벤질, 2,6-디클로로벤질, 디페닐메틸, p-니트로벤질, 비스(2-아세톡시에톡시)메틸 (ACE), 2-트리메틸실릴에틸, 트리메틸실릴, 트리에틸실릴, t-부틸디메틸실릴, t-부틸디페닐실릴, 트리페닐실릴, [(트리이소프로필실릴)옥시]메틸 (TOM), 벤조일포르메이트, 클로로아세틸, 트리클로로아세틸, 트리플루오로아세틸, 피발로일, 벤조일, p-페닐벤조일, 9-플루오레닐메틸 탄산염, 메실레이트, 토실레이트, 트리페닐메틸 (트리틸), 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 (DMT), 트리메톡시트리틸, 1(2-플루오로페닐)-4-메톡시피페리딘-4-일 (FPMP), 9-페닐크산틴-9-일 (픽실) 및 9-(p-메톡시페닐)크산틴-9-일 (MOX)을 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 히드록실 보호 기는 벤질, 2,6-디클로로벤질, t-부틸디메틸실릴, t-부틸디페닐실릴, 벤조일, 메실레이트, 토실레이트, 디메톡시트리틸 (DMT), 9-페닐크산틴-9-일 (픽실) 및 9-(p-메톡시페닐)크산틴-9-일 (MOX)을 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 히드록실 보호 기는 아세틸, i-부티릴 및 디메톡시트리틸 (DMT)을 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 히드록실 보호 기는 i-부티릴이다. 특정 구체예에서, 히드록실 보호 기는 디메톡시트리틸 (DMT)이다.
특정 구체예에서, 제공된 뉴클레오시드 포스포라미디트의 3'-히드록실 보호된 기는 포스포라미디트 기, 예를 들면, (2-시아노에틸)-N,N-디이소프로필-포스포라미디트 기이다.
가령, 특정 구체예에서, 연계 단계에서 제공되는 뉴클레오시드 포스포라미디트는 하기와 같이 구성된 군에서 선택될 수 있다:
3'-O-[(N,N-디이소프로필아미노)-2-시아노에톡시포스피닐]-5'-O-(4,4'-디메톡시트리틸)-N6-벤조일데옥시아데노신 (dA-(Bz) 또는 Bz-dA-포스파라미디트);
3'-O-[(N,N-디이소프로필아미노)-2-시아노에톡시포스피닐]-5'-O-(4,4'-디메톡시트리틸)-N4-벤조일데옥시시티딘 (dC-(Bz) 또는 Bz-dC-포스파라미디트);
3'-O-[(N,N-디이소프로필아미노)-2-시아노에톡시포스피닐]-5'-O-(4,4'-디메톡시트리틸)-N2-이소부티릴데옥시구아노신 (dG-(iBu) 또는 i-Bu-dG-포스파라미디트);
3'-O-[(N,N-디이소프로필아미노)-2-시아노에톡시포스피닐]-5'-O-(4,4'-디메톡시트리틸)-티미딘 (dT 또는 dT-포스파라미디트); 그리고
3'-O-[(N,N-디이소프로필아미노)-2-시아노에톡시포스피닐]-5'-O-(4,4'-디메톡시트리틸)-N4-벤조일-5-메틸데옥시시티딘 (d5MeC-(Bz) 또는 5-Me-dC- 포스파라미디트).
특정 구체예에서, 상기 방법의 연계 단계 동안 제공된 뉴클레오시드 포스포라미디트의 양은 고체 지지체의 당량에 비하여 과잉 양의 당량이다. 특정 구체예에서, 상기 방법의 연계 단계 동안 제공된 뉴클레오시드 포스포라미디트의 양은 고체 지지체의 당량에 비하여 1-8 당량의 범위 안에 있다, 예를 들면, 상기 방법의 연계 단계 동안 제공된 뉴클레오시드 포스포라미디트의 양은 고체 지지체의 당량에 비하여 1-7 당량의 범위, 예를 들면, 고체 지지체의 당량에 비하여 1-6 당량, 1-5 당량, 1-4 당량, 1-3 당량, 1-2 당량, 1.1-2 당량, 1.1-1.75 당량, 1.2-1.75 당량, 1.5-1.75 당량, 1.5-2 당량, 1.5-2.5 당량, 2-3 당량, 2-4 당량, 또는 2-5 당량의 범위 안에 있다. 특정 구체예에서, 상기 방법의 연계 단계 동안 제공된 뉴클레오시드 포스포라미디트의 양은 고체 지지체의 당량에 비하여 1-4 당량의 범위 안에 있다, 예를 들면, 상기 방법의 연계 단계 동안 제공된 뉴클레오시드 포스포라미디트의 양은 고체 지지체의 당량에 비하여 1 당량, 예를 들면, 고체 지지체의 당량에 비하여 1.1, 1.2, 1.25, 1.5, 1.75, 2, 2.25, 2.5, 2.75, 3, 3.5, 또는 4 당량이다. 특정 구체예에서, 상기 방법의 연계 단계 동안 제공된 뉴클레오시드 포스포라미디트의 양은 제공된 활성인자의 당량에 비하여 0.1-1 당량의 범위, 예를 들면, 제공된 활성인자의 당량에 비하여 0.1-0.9 당량, 0.1-0.8 당량, 0.1-0.7 당량, 0.1-0.6 당량, 0.1-0.5 당량, 0.1-0.4 당량, 0.1-0.3 당량, 0.1-0.2 당량, 0.25-0.9 당량, 0.25-0.75 당량, 0.25-0.5 당량, 0.3-0.8 당량, 0.3-0.75 당량, 또는 0.5-1 당량의 범위 안에 있다. 특정 구체예에서, 상기 방법의 연계 단계 동안 제공된 뉴클레오시드 포스포라미디트의 양은 제공된 활성인자의 당량에 비하여 0.05-1 당량의 범위 안에 있다, 예를 들면, 상기 방법의 연계 단계 동안 제공된 뉴클레오시드 포스포라미디트의 양은 제공된 활성인자의 당량에 비하여 0.1 당량, 예를 들면, 제공된 활성인자의 당량에 비하여 0.1, 0.2, 0.25, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.75, 0.8, 0.9, 또는 1 당량이다. 특정 구체예에서, 뉴클레오시드 포스포라미디트는 비양성자성 용액, 예를 들면, 아세토니트릴 용액으로서 제공되는데, 상기 뉴클레오시드 포스포라미디트는 하기와 같이 구성된 군에서 선택된다: dA-(Bz), dC-(Bz), dG-(iBu), dT, 그리고 d5MeC-(Bz).
특정 구체예에서, 연계는 활성인자 및 뉴클레오시드 포스포라미디트를 1-5:1의 몰 비율에서, 예를 들면, 2-5:1, 예를 들면, 3-5:1, 4:1, 또는 3.5:1의 몰 비율에서 제공하는 것을 포함한다.
5.6 티올화 또는 산화
특정 구체예에서, 반응 주기의 이전 반복으로부터 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄, 예를 들면, 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄는 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 티올화되고, 따라서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 창출한다. 특정 구체예에서, 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄, 예를 들면, 2-시아노에톡시-보호된 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드는 티올화 작용제로 티올화되고, 따라서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄, 예를 들면, 2-시아노에톡시-보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 형성한다. 특정 구체예에서, 티올화 작용제는 고체 지지체의 당량에 비하여 1-8 당량의 범위에서, 예를 들면, 고체 지지체의 당량에 비하여 2-8 당량, 3-8 당량, 4-8 당량, 5-8 당량, 5-7 당량, 5-6 당량, 1-5 당량, 또는 3-6 당량의 범위에서 양으로 제공된다. 특정 구체예에서, 티올화 작용제는 크산탄 수소화물 (XH), 예를 들면, 피리딘에서 크산탄 수소화물, 디설피드, 예를 들면, 페닐아세틸 디설피드 (또는 디(페닐아세틸) 디설피드) 또는 술폰산의 디설피드, 테트라에틸티우람 디설피드, 디벤조일 테트라설피드, 1,2,4-디티아졸린-5-온 (DtsNH), 3-에톡시-1,2,4-디티아졸린-5-온 (EDITH), 티오포스포러스 화합물, 뷰케이지(Beaucage) 시약, 또는 3-아릴-1,2,4-디티아졸린-5-온일 수 있다 (하기 문헌에서 개시된 바와 같음: 미국 특허 번호 6,500,944, 이것은 본원에서 전체적으로 참조로서 편입됨). 특정 구체예에서, 상기 방법은 티올화 단계의 완결 시에, 지지체를 비양성자성 용매, 예를 들면, 아세토니트릴로 임의적으로 세척하는 것을 더욱 포함할 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 지지체는 티올화 단계의 완결 시에, 1-10 사이의 칼럼 용적, 예를 들면, 1-7 사이의 칼럼 용적, 1-6 사이의 칼럼 용적, 1-5 사이의 칼럼 용적, 1-4 사이의 칼럼 용적, 1-3 사이의 칼럼 용적, 또는 2-4 사이의 칼럼 용적으로 세척될 수 있다.
특정 구체예에서, 반응 주기의 이전 반복으로부터 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄, 예를 들면, 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄는 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 산화되고, 따라서 보호된 인산염 연쇄를 창출한다. 특정 구체예에서, 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄, 예를 들면, 2-시아노에톡시-보호된 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드는 산화제로 산화되고, 따라서 보호된 인산염 연쇄, 예를 들면, 2-시아노에톡시-보호된 인산염 연쇄를 형성한다. 특정 구체예에서, 산화제는 고체 지지체의 당량에 비하여 1-8 당량의 범위에서 양으로 제공된다, 예를 들면, 고체 지지체의 당량에 비하여 2-8 당량의 범위에서, 예를 들면, 3-8 당량, 4-8 당량, 5-8 당량, 5-7 당량, 5-6 당량, 1-5 당량, 또는 3-6 당량의 범위에서 양으로 제공된다. 특정 구체예에서, 산화제는 요오드 또는 t-부틸 히드로과산화물일 수 있다. 특정 구체예에서, 상기 방법은 산화 단계의 완결 시에, 지지체를 비양성자성 용매, 예를 들면, 아세토니트릴로 임의적으로 세척하는 것을 더욱 포함할 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 지지체는 산화 단계의 완결 시에, 1-10 사이의 칼럼 용적, 예를 들면, 1-7 사이의 칼럼 용적, 1-6 사이의 칼럼 용적, 1-5 사이의 칼럼 용적, 1-4 사이의 칼럼 용적, 1-3 사이의 칼럼 용적, 또는 2-4 사이의 칼럼 용적으로 세척될 수 있다.
5.7 캡핑
특정 구체예에서, 반응 주기의 이전 반복으로부터 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)는 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 캡핑되고 (보호되고), 따라서 캡핑된 히드록실 기(들)를 창출한다. 특정 구체예에서, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)는 아실 기로 캡핑된다, 예를 들면, 알킬 아실 기로 캡핑된다. 특정 구체예에서, 알킬 아실 기는 이소부틸 아실 기이다. 특정 구체예에서, 반응 주기의 이전 반복으로부터 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)의 캡핑은 하기를 포함하는 제1 캡핑 용액 (캡 A): N-메틸이미다졸 (NMI), 피리딘 및 아세토니트릴을 제공하고, 그리고 하기를 포함하는 제2 캡핑 용액 (캡 B): 캡핑 작용제 및 아세토니트릴을 제공하는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, 반응 주기의 이전 반복으로부터 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)의 캡핑은 하기를 포함하는 제1 캡핑 용액 (캡 A): 10-30% N-메틸이미다졸 (NMI), 20-40% 피리딘 및 40-60% 아세토니트릴 (v/v/v), 예를 들면, 하기를 포함하는 제1 캡핑 용액 (캡 A): 20% N-메틸이미다졸 (NMI), 30% 피리딘 및 50% 아세토니트릴 (v/v/v)을 제공하고, 그리고 하기를 포함하는 제2 캡핑 용액 (캡 B): 아세토니트릴에서 10-30% 캠핑 작용제 (v/v), 예를 들면, 하기를 포함하는 제2 캡핑 용액 (캡 B): 아세토니트릴에서 20% 캠핑 작용제 (v/v)를 제공하는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, 제1 캡핑 용액 (캡 A) 및 제2 캡핑 용액 (캡 B)은 반응 주기의 이전 반복으로부터 반응되지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)를 캡핑하기 위해, 고체 지지체에 도입하기 전 예혼합된다. 특정 구체예에서, 단일 캡핑 용액이 반응 주기의 이전 반복으로부터 반응되지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)를 캡핑하기 위해 고체 지지체에 도입되는데, 상기 용액은 N-메틸이미다졸 (NMI), 피리딘, 캡핑 작용제 및 아세토니트릴을 포함한다. 특정 구체예에서, 캡핑 작용제는 알킬 에스테르 또는 알킬 무수물이다. 특정 구체예에서, 캡핑 작용제는 알킬 에스테르이다, 예를 들면, 캡핑 작용제는 알킬 메틸 에스테르, 예를 들면, 이소프로필 메틸 에스테르이다. 특정 구체예에서, 캡핑 작용제는 알킬 무수물이다, 예를 들면, 캡핑 작용제는 이소부티르산 무수물이다. 특정 구체예에서, 반응 주기의 이전 반복으로부터 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)의 캡핑에 앞서, 상기 방법은 지지체를 임의적으로 전팽윤하는, 예를 들면, 지지체를 극성 비양성자성 용매, 예를 들면, 디메틸포름아미드 (DMF)로 임의적으로 전팽윤하는 것을 더욱 포함한다. 특정 구체예에서, 지지체는 반응 주기의 이전 반복으로부터 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)의 캡핑에 앞서 전팽윤되지 않는다. 특정 구체예에서, 상기 방법은 캡핑 단계의 완결 시에, 지지체를 비양성자성 용매, 예를 들면, 아세토니트릴로 임의적으로 세척하는 것을 더욱 포함할 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 지지체는 캡핑 단계의 완결 시에, 1-10 사이의 칼럼 용적, 예를 들면, 1-7 사이의 칼럼 용적, 1-6 사이의 칼럼 용적, 1-5 사이의 칼럼 용적, 1-4 사이의 칼럼 용적, 1-3 사이의 칼럼 용적, 또는 2-4 사이의 칼럼 용적으로 세척될 수 있다.
5.8 5'-말단 뉴클레오시드 탈보호
특정 구체예에서, 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기, 예를 들면, 반응 주기의 이전 반복으로부터 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기는 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 탈보호되고, 따라서 탈보호된 히드록실 기를 창출한다. 가령, 특정 구체예에서, 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기, 예를 들면, 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기는 양성자 산, 예를 들면, 디클로로아세트산, 예를 들면, 방향족 용매에서 디클로로아세트산, 예를 들면, 톨루엔에서 또는 할로겐화된 용매, 예를 들면, 디클로로메탄에서 디클로로아세트산으로 탈보호된다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기는 2-15 중량%의 양성자 산으로 탈보호된다, 예를 들면, 2-10 중량% 3-10 중량%의 양성자 산, 예를 들면, 3-10 중량%, 5-10 중량%, 3-15 중량%, 10-15 중량%, 3-5중량%, 5-8 중량%, 또는 3-7 중량%의 양성자 산으로 탈보호된다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기는 방향족 용매에서 2-15 중량%의 디클로로아세트산 (v/v), 예를 들면, 방향족 용매에서 3-10 중량%, 예를 들면, 3 중량%의 디클로로아세트산 (v/v)으로 탈보호된다. 가령, 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기는 톨루엔에서 2-15 중량%의 디클로로아세트산 (v/v), 예를 들면, 톨루엔에서 3-10 중량%, 예를 들면, 3 중량%,5 중량%,7 중량%, 또는 10 중량%의 디클로로아세트산 (v/v)으로 탈보호된다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기를 탈보호하는데 활용되는 양성자 산, 예를 들면, 톨루엔에서 2-15 중량%의 디클로로아세트산 (v/v), 예를 들면, 톨루엔에서 3-10 중량%, 예를 들면, 5 중량% 또는 10 중량%의 디클로로아세트산 (v/v)의 용적은 1-10 사이의의 칼럼 용적의 범위, 예를 들면, 1-7 사이의 칼럼 용적, 1-6 사이의 칼럼 용적, 1-5 사이의 칼럼 용적, 1-4 사이의 칼럼 용적, 1-3 사이의 칼럼 용적, 2-5 사이의 칼럼 용적, 2-4 사이의 칼럼 용적, 2-3 사이의 칼럼 용적, 3-5 사이의 칼럼 용적, 또는 3-4 사이의 칼럼 용적의 범위 안에 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기를 탈보호하는데 활용되는 양성자 산의 용적은 표적 올리고뉴클레오티드를 제조하는데 있어서 합성 주기별로 변할 수 있다, 예를 들면, 상기 올리고뉴클레오티드를 제조하는 코스에 걸쳐 용적이 증가하거나 또는 용적이 감소할 수 있다. 가령, 예시로서, 21-mer 올리고뉴클레오티드를 제조하는데 있어서, 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기를 탈보호하는데 활용되는 양성자 산, 예를 들면, 톨루엔에서 2-15 중량%의 디클로로아세트산 (v/v), 예를 들면, 톨루엔에서 3-10 중량%, 예를 들면, 5 중량% 또는 10 중량%의 디클로로아세트산 (v/v)의 용적은 첫 번째 주기 동안 3-4 사이의 칼럼 용적의 범위, 주기 2-16 동안 2-3 사이의 칼럼 용적의 범위, 그리고 주기 17-21 동안 2-3 사이의 칼럼 용적의 범위 안에 있을 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기의 탈보호 이후에, 지지체-결합된 탈보호된 물질은 상기 방법의 다음 단계, 예를 들면, 고체 지지체 상에서 그 다음 반응에 대비하여 용매, 예를 들면, 아세토니트릴로 세척된다, 예를 들면, 지지체는 상기 방법의 다음 단계에 대비하여 1-10 사이의 칼럼 용적, 예를 들면, 1-7 사이의 칼럼 용적, 1-6 사이의 칼럼 용적, 1-5 사이의 칼럼 용적, 1-4 사이의 칼럼 용적, 1-3 사이의 칼럼 용적, 또는 2-4 사이의 칼럼 용적으로 세척될 수 있다.
5.9 반응 주기 반복
특정 구체예에서, 뉴클레오시드 포스포라미디트의 제공 및 연계, 형성된 아인산염 트리에스테르 연쇄의 티올화 (또는 산화), 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)의 임의적으로 캡핑, 그리고 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기의 임의적으로 탈보호의 단계는 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하기 위해, 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 미리 결정된 횟수로 반복된다 (반응 주기 반복). 특정 구체예에서, 뉴클레오시드 포스포라미디트의 연계, 형성된 아인산염 트리에스테르 연쇄의 티올화 (또는 산화), 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)의 임의적으로 캡핑, 그리고 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기의 임의적으로 탈보호의 단계는 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하기 위해, 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 미리 결정된 횟수로 반복된다 (반응 주기 반복). 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따른 미리 결정된 횟수 (반응 주기 반복)는 마지막 반응 주기 반복 동안 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)의 캡핑의 임의선택적 단계 및 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기의 탈보호의 임의선택적 단계를 수행하는 것을 제외한다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서, 미리 결정된 횟수의 주기 (반응 주기 반복) 중에서 하나 또는 그 이상은 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)를 캡핑하고 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기를 탈보호하는 단계를 수행하고, 그리고 마지막 반응 주기 반복 동안 캡핑 단계 및 탈보호 단계를 수행하는 것을 제외한다. 특정 구체예에서, 반복된 미리 결정된 단계 중에서 적어도 하나 이후에, 지지체-결합된 물질은 그 다음 반응에 대비하여 용매, 예를 들면, 아세토니트릴로 세척된다. 특정 구체예에서, 초기 반응 주기 반복 동안, 예를 들면, 첫 3-10회 반응 주기 반복까지, 예를 들면, 첫 7회 반응 주기 반복까지 각각의 반복된 미리 결정된 단계 이후에, 지지체-결합된 물질은 그 다음 반응에 대비하여 용매, 예를 들면, 아세토니트릴로 세척된다. 특정 구체예에서, 각각의 반복된 미리 결정된 단계 이후에, 지지체-결합된 물질은 그 다음 반응에 대비하여 용매, 예를 들면, 아세토니트릴로 세척된다.
특정 구체예에서, 뉴클레오시드 포스포라미디트의 제공 및 연계, 형성된 아인산염 트리에스테르 연쇄의 티올화 (또는 산화), 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)의 임의적으로 캡핑, 그리고 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기의 임의적으로 탈보호의 단계를 수행하는 반응 주기는 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하기 위해 9-99회 반복된다, 예를 들면, 9-89회, 예를 들면, 9-79회, 9-69회, 9-59회, 9-49회, 9-39회, 9-29회, 9-24회, 9-20회, 10-30회, 15-25회, 20-30회, 14-24회, 14-20회, 또는 10-24회 반복된다. 특정 구체예에서, 뉴클레오시드 포스포라미디트의 제공/연계, 형성된 아인산염 트리에스테르 연쇄의 티올화 (또는 산화), 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)의 임의적으로 캡핑, 그리고 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기의 임의적으로 탈보호의 단계를 수행하는 반응 주기는 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하기 위해 9-99회 반복되고, 여기서 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반응 주기 반복 동안 제외된다, 예를 들면, 9-89회, 예를 들면, 9-79회, 9-69회, 9-59회, 9-49회, 9-39회, 9-29회, 9-24회, 9-20회, 14-24회, 14-20회, 또는 10-24회 반복되고, 여기서 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반응 주기 반복 동안 제외된다. 특정 구체예에서, 뉴클레오시드 포스포라미디트의 제공/연계, 형성된 아인산염 트리에스테르 연쇄의 티올화 (또는 산화), 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)의 임의적으로 캡핑, 그리고 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기의 임의적으로 탈보호의 단계를 수행하는 반응 주기는 10-100개 단량체 아단위를 갖는, 예를 들면, 10-90개 단량체 아단위, 10-80개 단량체 아단위, 10-70개 단량체 아단위, 10-60개 단량체 아단위, 10-50개 단량체 아단위, 10-40개 단량체 아단위, 10-30개 단량체 아단위, 10-25개 단량체 아단위, 15-25개 단량체 아단위, 20-30개 단량체 아단위, 20-25개 단량체 아단위, 20-90개 단량체 아단위, 30-90개 단량체 아단위, 또는 40-70개 단량체 아단위를 갖는 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하기 위해 미리 결정된 횟수로 반복되고, 여기서 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반응 주기 반복 동안 제외된다. 특정 구체예에서, 뉴클레오시드 포스포라미디트의 제공/연계, 형성된 아인산염 트리에스테르 연쇄의 티올화 (또는 산화), 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)의 임의적으로 캡핑, 그리고 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기의 임의적으로 탈보호의 단계를 수행하는 반응 주기는 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하기 위해 14회 반복되고, 예를 들면, 15회, 예를 들면, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30회 반복되고, 여기서 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반응 주기 반복 동안 제외된다. 특정 구체예에서, 뉴클레오시드 포스포라미디트의 제공/연계, 형성된 아인산염 트리에스테르 연쇄의 티올화 (또는 산화), 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)의 임의적으로 캡핑, 그리고 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기의 임의적으로 탈보호의 단계를 수행하는 반응 주기는 15개 단량체 아단위를 갖는, 예를 들면, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30개 단량체 아단위를 갖는 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하기 위해 미리 결정된 횟수로 반복되고, 여기서 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반응 주기 반복 동안 제외된다.
특정 구체예에서, 뉴클레오시드 포스포라미디트의 제공/연계, 형성된 아인산염 트리에스테르 연쇄의 티올화 (또는 산화), 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)의 임의적으로 캡핑, 그리고 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기의 임의적으로 탈보호의 단계를 수행하는 반응 주기는 300 mmol 또는 그 이상의 양 (가령, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체의 합성 규모 또는 부하 용량에 근거된 이론적 양)으로, 예를 들면, 600 mmol 또는 그 이상, 700 mmol 또는 그 이상, 800 mmol 또는 그 이상, 900 mmol 또는 그 이상, 1,000 mmol 또는 그 이상, 1,100 mmol 또는 그 이상, 1,200 mmol 또는 그 이상, 1,300 mmol 또는 그 이상, 1,400 mmol 또는 그 이상, 1,500 mmol 또는 그 이상, 1,600 mmol 또는 그 이상, 1,700 mmol 또는 그 이상, 1,800 mmol 또는 그 이상, 1,900 mmol 또는 그 이상, 2,000 mmol 또는 그 이상, 2,100 mmol 또는 그 이상, 2,200 mmol 또는 그 이상, 2,300 mmol 또는 그 이상, 2,400 mmol 또는 그 이상, 2,500 mmol 또는 그 이상, 2,600 mmol 또는 그 이상, 2,700 mmol 또는 그 이상, 2,800 mmol 또는 그 이상, 2,900 mmol 또는 그 이상, 3,000 mmol 또는 그 이상, 3,200 mmol 또는 그 이상, 3,400 mmol 또는 그 이상, 3,600 mmol 또는 그 이상, 4,000 mmol 또는 그 이상, 4,200 mmol 또는 그 이상, 4,500 mmol 또는 그 이상, 5,000 mmol 또는 그 이상, 또는 5,400 mmol 또는 그 이상의 양으로, 또는 예로서, 300-5,400 mmol 사이, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-2,700 mmol,700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,900 mmol, 700-1,800 mmol, 700-1,700 mmol, 700-1,600 mmol, 700-1,500 mmol, 700-900 mmol, 800-1,200 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-1,800 mmol, 900-2,400 mmol, 900-2,700 mmol, 900-3,600 mmol, 1,800-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,500 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,000-1,500 mmol, 1,250-1,750 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위에서 양으로 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하기 위해 미리 결정된 횟수로 반복되고, 여기서 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반응 주기 반복 동안 제외된다. 특정 구체예에서, 뉴클레오시드 포스포라미디트의 제공/연계, 형성된 아인산염 트리에스테르 연쇄의 티올화 (또는 산화), 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)의 임의적으로 캡핑, 그리고 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기의 임의적으로 탈보호의 단계를 수행하는 반응 주기는 300 mmol, 400 mmol, 500 mmol, 600 mmol, 700 mmol, 800 mmol, 900 mmol, 1,000 mmol, 1,100 mmol, 1,200 mmol, 1,300 mmol, 1,400 mmol, 1,500 mmol, 1,600 mmol, 1,700 mmol, 1,800 mmol, 1,900 mmol, 2,000 mmol, 2,100 mmol, 2,200 mmol, 2,300 mmol, 2,400 mmol, 2,500 mmol, 2,600 mmol, 2,700 mmol, 2,800 mmol, 2,900 mmol, 3,000 mmol, 3,400 mmol, 3,600 mmol, 4,000 mmol, 4,200 mmol, 4,500 mmol, 5,000 mmol, 또는 5,400 mmol의 양 (가령, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체의 합성 규모 또는 부하 용량에 근거된 이론적 양)으로 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하기 위해 미리 결정된 횟수로 반복되고, 여기서 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반응 주기 반복 동안 제외된다.
5. 10 포스포로티오에이트 연쇄 탈보호
특정 구체예에서, 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드의 보호된 포스포로티오에이트 연쇄는 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 탈보호된다. 가령, 특정 구체예에서, 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드의 2-시아노에톡시-보호된 포스포로티오에이트 연쇄가 탈보호된다. 특정 구체예에서, 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드의 보호된 포스포로티오에이트 연쇄, 예를 들면, 2-시아노에톡시-보호된 포스포로티오에이트 연쇄는 아민으로 탈보호된다. 특정 구체예에서, 보호된 포스포로티오에이트 연쇄는 아민, 예를 들면, 트리에틸아민, 예를 들면, 비양성자성 용매에서 10-50% 트리에틸아민 (v/v)으로, 예를 들면, 비양성자성 용매에서 10-30% 트리에틸아민 (v/v)으로, 예를 들면, 아세토니트릴에서 20% 트리에틸아민 (v/v)으로 탈보호된다. 특정 구체예에서, 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 탈보호하는 단계는 포스포로티오에이트 연쇄, 예를 들면, 비보호된 포스포로티오에이트 연쇄 또는 포스포로티오에이트 연쇄의 아민 염 형태, 예를 들면, 포스포로티오에이트 연쇄의 트리에틸아민 염 형태를 형성한다. 특정 구체예에서, 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 탈보호하는 단계는 포스포로티오에이트 연쇄를 갖는 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 비보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 갖는 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 형성한다. 특정 구체예에서, 탈보호 단계 이후에, 지지체-결합된 탈보호된 물질은 그 다음 반응에 대비하여 용매, 예를 들면, 아세토니트릴로 세척된다, 예를 들면, 지지체는 상기 방법의 다음 단계에 대비하여 1-10 사이의 칼럼 용적, 예를 들면, 1-7 사이의 칼럼 용적, 1-6 사이의 칼럼 용적, 1-5 사이의 칼럼 용적, 1-4 사이의 칼럼 용적, 1-3 사이의 칼럼 용적, 또는 2-4 사이의 칼럼 용적으로 세척될 수 있다.
5.11 고체 지지체로부터 개열 및 용리
특정 구체예에서, 비보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 갖는 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드는 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 고체 지지체로부터 개열된다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법의 개열 단계는 상기 탈보호된 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 고체 지지체로부터 개열하기 위해, 수산화암모늄의 용액, 예를 들면, 수산화암모늄의 가열된 용액, 예를 들면, 40-70℃ 또는 40-60℃의 온도, 예를 들면, 40℃, 50℃, 60℃ 또는 65 ℃의 온도를 갖는 가열된 용액을 제공하고, 예를 들면, 가열된 수산화암모늄 용액을 제공하고, 그리고 가열된 수산화암모늄 용액을 칼럼 하우징을 통해 재순환하는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법의 개열 단계는 상기 탈보호된 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 고체 지지체로부터 개열하기 위해, 28-30% 암모니아 수성 용액 (w/w), 예를 들면, 가열된 28-30% 암모니아 수성 용액 (w/w), 예를 들면, 40-70℃ 또는 40-60℃의 온도, 예를 들면, 40℃, 50℃, 60℃ 또는 65 ℃의 온도를 갖는 가열된 용액을 제공하고, 예를 들면, 가열된 28-30% 암모니아 수성 용액 (w/w)을 제공하고, 그리고 가열된 암모니아 수성 용액을 칼럼 하우징을 통해 재순환하는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, 가열된 용액은 8-36 시간 동안, 예를 들면, 24 시간 동안 지지체를 통해 재순환된다. 특정 구체예에서, 가열된 용액은 8-36 시간, 예를 들면, 12-36 시간 동안, 예를 들면, 24 시간 동안 지지체를 통해 상기 지지체와 접촉하여 재순환된다.
특정 구체예에서, 상기 방법의 개열 단계는 비보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 갖는 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드, 비보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 갖는 개열된 올리고뉴클레오티드, 또는 둘 모두의 외향고리 아미노 보호 기를 더욱 탈보호한다. 특정 구체예에서, 외향고리 아미노 보호 기는 벤조일 및 이소부티릴 기를 포함한다. 특정 구체예에서, 개열 단계는 비보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 갖는 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드, 비보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 갖는 개열된 올리고뉴클레오티드, 또는 둘 모두의 벤조일- 및 이소부티릴-아미노 보호 기를 더욱 탈보호한다.
특정 구체예에서, 개열된 올리고뉴클레오티드는 5'-히드록실 보호된 기를 포함한다, 예를 들면, 개열된 올리고뉴클레오티드의 말단 뉴클레오시드는 5'-히드록실 보호된 기를 포함한다. 특정 구체예에서, 개열된 올리고뉴클레오티드의 5'-히드록실 보호된 기는 보호 기, 예를 들면, 아세틸, i-부티릴, t-부틸, t-부톡시메틸, 메톡시메틸, 테트라히드로피라닐, 1-에톡시에틸, 1-(2-클로로에톡실)에틸, p-클로로페닐, 2,4-디니트로페닐, 벤질, 2,6-디클로로벤질, 디페닐메틸, p-니트로벤질, 비스(2-아세톡시에톡시)메틸 (ACE), 2-트리메틸실릴에틸, 트리메틸실릴, 트리에틸실릴, t-부틸디메틸실릴, t-부틸디페닐실릴, 트리페닐실릴, [(트리이소프로필실릴)옥시]메틸 (TOM), 벤조일포르메이트, 클로로아세틸, 트리클로로아세틸, 트리플루오로아세틸, 피발로일, 벤조일, p-페닐벤조일, 9-플루오레닐메틸 탄산염, 메실레이트, 토실레이트, 트리페닐메틸 (트리틸), 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 (DMT), 트리메톡시트리틸, 1(2-플루오로페닐)-4-메톡시피페리딘-4-일 (FPMP), 9-페닐크산틴-9-일 (픽실) 및 9-(p-메톡시페닐)크산틴-9-일 (MOX)을 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 개열된 올리고뉴클레오티드의 히드록실 보호 기는 트리틸 또는 디메톡시트리틸 (DMT)을 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 개열된 올리고뉴클레오티드의 히드록실 보호 기는 디메톡시트리틸 (DMT)이다.
특정 구체예에서, 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드의 개열은 300 mmol 또는 그 이상의 양 (가령, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체의 합성 규모 또는 부하 용량에 근거된 이론적 양)으로, 예를 들면, 600 mmol 또는 그 이상, 700 mmol 또는 그 이상, 800 mmol 또는 그 이상, 900 mmol 또는 그 이상, 1,000 mmol 또는 그 이상, 1,100 mmol 또는 그 이상, 1,200 mmol 또는 그 이상, 1,300 mmol 또는 그 이상, 1,400 mmol 또는 그 이상, 1,500 mmol 또는 그 이상, 1,600 mmol 또는 그 이상, 1,700 mmol 또는 그 이상, 1,800 mmol 또는 그 이상, 1,900 mmol 또는 그 이상, 2,000 mmol 또는 그 이상, 2,100 mmol 또는 그 이상, 2,200 mmol 또는 그 이상, 2,300 mmol 또는 그 이상, 2,400 mmol 또는 그 이상, 2,500 mmol 또는 그 이상, 2,600 mmol 또는 그 이상, 2,700 mmol 또는 그 이상, 2,800 mmol 또는 그 이상, 2,900 mmol 또는 그 이상, 3,000 mmol 또는 그 이상, 3,200 mmol 또는 그 이상, 3,400 mmol 또는 그 이상, 3,600 mmol 또는 그 이상, 4,000 mmol 또는 그 이상, 4,200 mmol 또는 그 이상, 4,500 mmol 또는 그 이상, 5,000 mmol 또는 그 이상, 또는 5,400 mmol 또는 그 이상의 양으로, 또는 예로서, 300-5,400 mmol 사이, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,900 mmol, 700-1,800 mmol, 700-1,700 mmol, 700-1,600 mmol, 700-1,500 mmol, 700-900 mmol, 800-1,200 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-1,800 mmol, 900-2,400 mmol, 900-2,700 mmol, 900-3,600 mmol, 1,800-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,500 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,000-1,500 mmol, 1,250-1,750 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위에서 양으로, 개열된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 말단 뉴클레오시드 상에서 5'-히드록실 보호된 기를 포함하는 개열된 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 특정 구체예에서, 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드의 개열은 300 mmol, 400 mmol, 500 mmol, 600 mmol, 700 mmol, 800 mmol, 900 mmol, 1,000 mmol, 1,100 mmol, 1,200 mmol, 1,300 mmol, 1,400 mmol, 1,500 mmol, 1,600 mmol, 1,700 mmol, 1,800 mmol, 1,900 mmol, 2,000 mmol, 2,100 mmol, 2,200 mmol, 2,300 mmol, 2,400 mmol, 2,500 mmol, 2,600 mmol, 2,700 mmol, 2,800 mmol, 2,900 mmol, 3,000 mmol, 3,400 mmol, 3,600 mmol, 4,000 mmol, 4,200 mmol, 4,500 mmol, 5,000 mmol, 또는 5,400 mmol의 양 (가령, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체의 합성 규모 또는 부하 용량에 근거된 이론적 양)으로, 개열된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 말단 뉴클레오시드 상에서 5'-히드록실 보호된 기를 포함하는 개열된 올리고뉴클레오티드를 제공한다.
특정 구체예에서, 개열된 올리고뉴클레오티드는 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 고체 지지체로부터 용리된다. 특정 구체예에서, 고체 지지체로부터, 개열된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 말단 뉴클레오시드 상에서 5'-히드록실 보호된 기를 포함하는 개열된 올리고뉴클레오티드의 용리는 지지체를 물로, 예를 들면, 수성 용액 또는 완충된 수성 용액으로 세척하는 것을 포함한다.
특정 구체예에서, 고체 지지체로부터, 개열된 올리고뉴클레오티드의 용리는 300-5,400 mmol 사이, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,900 mmol, 700-1,800 mmol, 700-1,700 mmol, 700-1,600 mmol, 700-1,500 mmol, 700-900 mmol, 800-1,200 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-1,800 mmol, 900-2,400 mmol, 900-2,700 mmol, 900-3,600 mmol, 1,800-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,500 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,000-1,500 mmol, 1,250-1,750 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위에서 양 (가령, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체의 합성 규모 또는 부하 용량에 근거된 이론적 양)으로, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 말단 뉴클레오시드 상에서 5'-히드록실 보호된 기를 포함하는 개열된 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 특정 구체예에서, 고체 지지체로부터, 개열된 올리고뉴클레오티드의 용리는 300 mmol, 400 mmol, 500 mmol, 600 mmol, 700 mmol, 800 mmol, 900 mmol, 1,000 mmol, 1,100 mmol, 1,200 mmol, 1,300 mmol, 1,400 mmol, 1,500 mmol, 1,600 mmol, 1,700 mmol, 1,800 mmol, 1,900 mmol, 2,000 mmol, 2,100 mmol, 2,200 mmol, 2,300 mmol, 2,400 mmol, 2,500 mmol, 2,600 mmol, 2,700 mmol, 2,800 mmol, 2,900 mmol, 3,000 mmol, 3,400 mmol, 3,600 mmol, 4,000 mmol, 4,200 mmol, 4,500 mmol, 5,000 mmol, 또는 5,400 mmol의 양 (가령, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체의 합성 규모 또는 부하 용량에 근거된 이론적 양)으로, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 말단 뉴클레오시드 상에서 5'-히드록실 보호된 기를 포함하는 개열된 올리고뉴클레오티드를 제공한다.
5.12 이온 교환 정제
특정 구체예에서, 고체 지지체로부터, 개열된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 용출물은 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 이온 교환 크로마토그래피를 이용하여 정제된다. 본원에서 개시된 방법에 따라서 이온 교환 크로마토그래피에 의해 올리고뉴클레오티드를 정제하는데 활용되는 이온 교환 칼럼의 수용력 또는 정제 규모는 올리고뉴클레오티드를 정제하기 위해 이온 교환 칼럼에서 가용한 이온 교환 용량의 몰량을 지칭한다. 따라서, 활용된 이온 교환 칼럼의 수용력 또는 정제 규모와 동등한 정제된 올리고뉴클레오티드의 양은 이론적 양으로 고려된다. 이온 교환 칼럼을 활용하여 본원에서 개시된 방법에 따라서 정제된 올리고뉴클레오티드의 실제량은 이론적 양과 동일할 수 있거나, 또는 이론적 양보다 적을 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼을 활용하여 본원에서 개시된 방법에 따라서 정제된 올리고뉴클레오티드의 실제량은 이론적 양보다 적다, 예를 들면, 이론적 양의 95%, 예를 들면, 이론적 양의 90%, 85%, 80%, 75%, 70%, 65%, 60%, 55%, 또는 50%이거나, 또는 예로서, 이론적 양의 40-98%, 40-95%, 40-90%, 40-85%, 40-80%, 40-75%, 40-70%, 50-98%, 50-95%, 50-90%, 50-85%, 50-80%, 50-75%, 50-70%, 60-98%, 60-95%, 60-90%, 60-85%, 60-80%, 60-75%, 또는 60-70% 사이에 있다.
특정 구체예에서, 이온 교환 크로마토그래피, 예를 들면, 음이온 교환 크로마토그래피를 이용하여, 개열된 올리고뉴클레오티드 용출물, 예를 들면, 말단 뉴클레오시드 상에서 5'-히드록실 보호된 기를 포함하는 개열된 올리고뉴클레오티드 용출물의 정제는 염 구배, 예를 들면, 염화나트륨 구배를 활용하거나, 또는 염기성 염 구배, 예를 들면, 염기성 염화나트륨 구배를 활용하는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, 이온 교환 크로마토그래피를 통한 정제 단계는 개열된 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 직접적으로 부하하거나, 또는 대안으로, 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하하기에 앞서, 개열된 올리고뉴클레오티드 용출물을 수성 완충액으로 희석하는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, 정제되는 개열된 올리고뉴클레오티드 용출물 내에 내포된 개열된 올리고뉴클레오티드의 말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실 기는 이온 교환 칼럼 위에 부하 단계 동안 보호된 상태로 남아있다. 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼 위에 부하된 개열된 올리고뉴클레오티드 용출물 내에 내포된 개열된 올리고뉴클레오티드의 말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실 기는 상기 부하된 올리고뉴클레오티드 용출물 상에서 보호되는 유일한 기이다. 가령, 특정 구체예에서, 개열된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 이온 교환 칼럼 위에 부하된 개열된 올리고뉴클레오티드의 5'-히드록실 보호 기는 트리틸 또는 디메톡시트리틸 (DMT)을 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 개열된 올리고뉴클레오티드 또는 부하된, 개열된 올리고뉴클레오티드의 5'-히드록실 보호 기는 디메톡시트리틸 (DMT)이다.
특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼 위에 부하되는 개열된 올리고뉴클레오티드 용출물 내에 내포된 개열된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 말단 뉴클레오시드 상에서 5'-히드록실 보호된 기를 포함하는 개열된 올리고뉴클레오티드의 양은 300 mmol 또는 그 이상, 예를 들면, 600 mmol 또는 그 이상, 700 mmol 또는 그 이상, 800 mmol 또는 그 이상, 900 mmol 또는 그 이상, 1,000 mmol 또는 그 이상, 1,100 mmol 또는 그 이상, 1,200 mmol 또는 그 이상, 1,300 mmol 또는 그 이상, 1,400 mmol 또는 그 이상, 1,500 mmol 또는 그 이상, 1,600 mmol 또는 그 이상, 1,700 mmol 또는 그 이상, 1,800 mmol 또는 그 이상, 1,900 mmol 또는 그 이상, 2,000 mmol 또는 그 이상, 2,100 mmol 또는 그 이상, 2,200 mmol 또는 그 이상, 2,300 mmol 또는 그 이상, 2,400 mmol 또는 그 이상, 2,500 mmol 또는 그 이상, 2,600 mmol 또는 그 이상, 2,700 mmol 또는 그 이상, 2,800 mmol 또는 그 이상, 2,900 mmol 또는 그 이상, 3,000 mmol 또는 그 이상, 3,200 mmol 또는 그 이상, 3,400 mmol 또는 그 이상, 3,600 mmol 또는 그 이상, 4,000 mmol 또는 그 이상, 4,200 mmol 또는 그 이상, 4,500 mmol 또는 그 이상, 5,000 mmol 또는 그 이상, 또는 5,400 mmol 또는 그 이상의 양일 수 있거나, 또는 예로서, 300-5,400 mmol 사이 (가령, 정제 규모의 면에서), 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,900 mmol, 700-1,800 mmol, 700-1,700 mmol, 700-1,600 mmol, 700-1,500 mmol, 700-900 mmol, 800-1,200 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-1,800 mmol, 900-2,400 mmol, 900-2,700 mmol, 900-3,600 mmol, 1,800-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,500 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,000-1,500 mmol, 1,250-1,750 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위 안에 있을 수 있다. 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼 위에 부하되는 개열된 올리고뉴클레오티드 용출물 내에 내포된 개열된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 말단 뉴클레오시드 상에서 5'-히드록실 보호된 기를 포함하는 개열된 올리고뉴클레오티드의 양은 300 mmol (가령, 정제 규모의 면에서), 예를 들면, 400 mmol, 500 mmol, 600 mmol, 700 mmol, 800 mmol, 900 mmol, 1,000 mmol, 1,100 mmol, 1,200 mmol, 1,300 mmol, 1,400 mmol, 1,500 mmol, 1,600 mmol, 1,700 mmol, 1,800 mmol, 1,900 mmol, 2,000 mmol, 2,100 mmol, 2,200 mmol, 2,300 mmol, 2,400 mmol, 2,500 mmol, 2,600 mmol, 2,700 mmol, 2,800 mmol, 2,900 mmol, 3,000 mmol, 3,400 mmol, 3,600 mmol, 4,000 mmol, 4,200 mmol, 4,500 mmol, 5,000 mmol, 또는 5,400 mmol의 양일 수 있다.
특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼 위에 부하되는 개열된 올리고뉴클레오티드 용출물 내에 내포된 개열된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 말단 뉴클레오시드 상에서 5'-히드록실 보호된 기를 포함하는 개열된 올리고뉴클레오티드의 양은 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼 (또는 하나 또는 그 이상의 합성 칼럼을 활용하는 합성 실행)으로부터 모아지는 양이거나, 또는 예로서, 1-10개 사이의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼 (또는 하나 또는 그 이상의 합성 칼럼을 활용하는 합성 실행), 예를 들면, 1-8개 사이, 2-10개 사이, 3-9개 사이, 4-7개 사이, 4-6개 사이, 6-10개 사이, 또는 8-10개 사이의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼 (또는 하나 또는 그 이상의 합성 칼럼을 활용하는 합성 실행)으로부터 모아지는 양이다. 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼 위에 부하하거나 또는 이온 교환 칼럼을 통해 정제하기에 앞서 모아지는, 단일, 복수, 또는 각각의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들) (또는 하나 또는 그 이상의 합성 칼럼(들)을 활용하는 합성 실행(들))으로부터 발생하는 개열된 올리고뉴클레오티드의 독립된 양은 개열된 올리고뉴클레오티드의 300 mmol 또는 그 이상의 양일 수 있거나, 예를 들면, 개열된 올리고뉴클레오티드의 600 mmol 또는 그 이상, 700 mmol 또는 그 이상, 800 mmol 또는 그 이상, 900 mmol 또는 그 이상, 1,000 mmol 또는 그 이상, 1,100 mmol 또는 그 이상, 1,200 mmol 또는 그 이상, 1,300 mmol 또는 그 이상, 1,400 mmol 또는 그 이상, 1,500 mmol 또는 그 이상, 1,600 mmol 또는 그 이상, 1,700 mmol 또는 그 이상, 1,800 mmol 또는 그 이상, 1,900 mmol 또는 그 이상, 2,000 mmol 또는 그 이상, 2,100 mmol 또는 그 이상, 2,200 mmol 또는 그 이상, 2,300 mmol 또는 그 이상, 2,400 mmol 또는 그 이상, 2,500 mmol 또는 그 이상, 2,600 mmol 또는 그 이상, 2,700 mmol 또는 그 이상, 2,800 mmol 또는 그 이상, 2,900 mmol 또는 그 이상, 3,000 mmol 또는 그 이상, 3,200 mmol 또는 그 이상, 3,400 mmol 또는 그 이상, 3,600 mmol 또는 그 이상, 4,000 mmol 또는 그 이상, 4,200 mmol 또는 그 이상, 4,500 mmol 또는 그 이상, 5,000 mmol 또는 그 이상, 또는 5,400 mmol 또는 그 이상의 양일 수 있거나, 또는 예로서, 개열된 올리고뉴클레오티드의 300-5,400 mmol 사이의 범위, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-3,000 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,500 mmol, 700-1,000 mmol, 700-900 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-2,400 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-3,000 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,000-2,500 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,600-2,800 mmol, 2,700-3,000 mmol, 900-2,000 mmol, 900-2,500 mmol, 900-2,700 mmol, 900-3,600 mmol, 1,000-4,000 mmol, 1,500-3,500 mmol, 1,800-3,600 mmol, 2,000-4,000 mmol, 2,500-3,500 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위 안에 있을 수 있다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에서 활용되는 단일, 복수, 또는 각각의 이온 교환 칼럼(들)은 300-5,400 mmol의 범위에서 양으로, 정제되고 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,900 mmol, 700-1,800 mmol, 700-1,700 mmol, 700-1,600 mmol, 700-1,500 mmol, 700-1,400 mmol, 700-1,300 mmol, 700-1,200 mmol, 700-1,100 mmol, 700-1,000 mmol, 700-900 mmol, 800-1,200 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-1,800 mmol, 900-2,400 mmol, 900-2,700 mmol, 900-3,600 mmol, 1,800-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,500 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,000-1,500 mmol, 1,250-1,750 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol의 범위에서 양으로, 정제되고 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한 부하 용량 (또는 이온 교환 용량)을 갖는다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에서 활용되는 단일, 복수, 또는 각각의 이온 교환 칼럼(들)은 적어도 300 mmol의 양으로, 정제되고 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한, 예를 들면, 적어도 300 mmol, 예를 들면, 적어도 400 mmol, 적어도 500 mmol, 적어도 600 mmol, 적어도 700 mmol, 적어도 800 mmol, 적어도 900 mmol, 적어도 1,000 mmol, 적어도 1,100 mmol, 적어도 1,200 mmol, 적어도 1,300 mmol, 적어도 1,400 mmol, 적어도 1,600 mmol, 적어도 1,800 mmol, 적어도 2,400 mmol, 적어도 2,700 mmol, 적어도 3,000 mmol, 적어도 3,600 mmol, 또는 적어도 4,500 mmol의 양으로, 정제되고 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한 부하 용량을 갖는다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에서 활용되는 단일, 복수, 또는 각각의 이온 교환 칼럼(들)은 300 mmol, 예를 들면, 400 mmol, 500 mmol, 600 mmol, 700 mmol, 800 mmol, 900 mmol, 1,000 mmol, 1,100 mmol, 1,200 mmol, 1,300 mmol, 1,400 mmol, 1,500 mmol, 1,600 mmol, 1,700 mmol, 1,800 mmol, 1,900 mmol, 2,000 mmol, 2,100 mmol, 2,200 mmol, 2,300 mmol, 2,400 mmol, 2,500 mmol, 2,600 mmol, 2,700 mmol, 2,800 mmol, 2,900 mmol, 3,000 mmol, 3,100 mmol, 3,200 mmol, 3,300 mmol, 3,400 mmol, 3,500 mmol, 3,600 mmol, 4,000 mmol, 4,200 mmol, 4,500 mmol, 5,000 mmol, 또는 5,400 mmol의 양으로, 정제되고 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한 부하 용량 (또는 이온 교환 용량)을 갖는다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 이온 교환 크로마토그래피를 이용하는 정제 단계는 음이온 교환 크로마토그래피이고, 그리고 염 구배, 예를 들면, 염화나트륨 구배를 활용하는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, 이온 교환 크로마토그래피 칼럼은 Q 세파로오스 FF를 지지체 매체를 이용하는 것을 포함한다.
특정 구체예에서, 개열된 올리고뉴클레오티드 용출물은 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하되고, 그리고 이후, 이온 교환 칼럼 위에 부하 단계를 완결하기 위해, 처음에 염기성 용액으로 세척된다, 예를 들면, 처음에 수산화나트륨 용액으로 세척된다.
특정 구체예에서, 개열된 올리고뉴클레오티드 용출물은 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하되고, 그 이후에 이온 교환 칼럼 위에 부하 단계를 완결하기 위해, 개열된 올리고뉴클레오티드-부하된 칼럼을 세척하는, 예를 들면, 개열된 올리고뉴클레오티드-부하된 칼럼을 염기성 용액으로 세척하는 것이 뒤이어진다, 예를 들면, 개열된 올리고뉴클레오티드-부하된 칼럼을 먼저 수산화나트륨 용액으로 세척하고, 그리고 이후, 개열된 올리고뉴클레오티드-부하된 칼럼을 염 구배, 예를 들면, 염기성 염 구배, 예를 들면, 변하는 양의 염화나트륨 용액 및 수산화나트륨 용액을 포함하는 구배로 차후 세척하는 것이 뒤이어진다.
특정 구체예에서, 개열된 올리고뉴클레오티드 용출물은 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하되고, 그 이후에 이온 교환 칼럼 위에 부하 단계를 완결하기 위해, 개열된 올리고뉴클레오티드-부하된 칼럼을 세척하는, 예를 들면, 개열된 올리고뉴클레오티드-부하된 칼럼을 염기성 용액으로 세척하는 것이 뒤이어진다, 예를 들면, 개열된 올리고뉴클레오티드-부하된 칼럼을 먼저 수산화나트륨 용액으로 세척하고, 개열된 올리고뉴클레오티드-부하된 칼럼을 염 구배, 예를 들면, 염기성 염 구배, 예를 들면, 변하는 양의 염화나트륨 용액 및 수산화나트륨 용액을 포함하는 구배로 차후 세척하고, 그리고 이후, 개열된 올리고뉴클레오티드-부하된 칼럼을 염기성 용액으로 더욱 세척하는, 예를 들면, 개열된 올리고뉴클레오티드-부하된 칼럼을 수산화나트륨 용액으로 더욱 세척하는 것이 뒤이어진다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서, 이온 교환 칼럼 위에 부하된 개열된 올리고뉴클레오티드의 말단 뉴클레오시드 상에서 보호 히드록실 기가 탈보호되고, 예를 들면, 음이온 교환 칼럼 위에 부하된 개열된 올리고뉴클레오티드의 말단 뉴클레오시드 상에서 5'-히드록실 보호된 기가 탈보호되고, 그리고 이후, 차후 세척된다. 가령, 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼 위에 부하된 개열된 올리고뉴클레오티드의 말단 뉴클레오시드로부터 5'-히드록실 보호된 기의 탈보호는 양성자 산, 예를 들면, 아세트산 용액, 예를 들면, 80% 수성 아세트산 용액을 이온 교환 칼럼에 도입함으로써 달성될 수 있다. 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼 위에 부하된 개열된 올리고뉴클레오티드의 말단 뉴클레오시드로부터 5'-히드록실 보호된 기의 탈보호는 이온 교환 칼럼 위에 부하된 개열된 올리고뉴클레오티드의 말단 뉴클레오시드로부터 5'-히드록실 보호된 기의 탈보호를 완결하기 위해, 양성자 산 용액, 예를 들면, 아세트산 용액, 예를 들면, 80% 수성 아세트산 용액을 이온 교환 칼럼에 제공하고, 일정한 기간 동안 양성자 산 용액의 유동을 억제하고, 그리고 이후, 이온 교환 칼럼을 통해 상기 용액의 유동을 재개함으로서 달성될 수 있다. 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼 위에 부하된 개열된 올리고뉴클레오티드의 말단 뉴클레오시드로부터 5'-히드록실 보호된 기를 탈보호하는데 활용되는 양성자 산의 용적은 적어도 10 L, 예를 들면, 10-40 L, 예를 들면, 20-40 L, 10-30 L, 25-35 L, 또는 15-25 L 사이의 범위일 수 있다. 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼 위에 부하된 개열된 올리고뉴클레오티드의 말단 뉴클레오시드로부터 5'-히드록실 보호된 기를 탈보호하는데 활용되는 양성자 산의 용적은 적어도 1 칼럼 용적, 예를 들면, 1-5 칼럼 용적, 예를 들면, 1-3, 2-4, 3-5, 또는 1-4 칼럼 용적 사이의 범위일 수 있다. 특정 구체예에서, 탈보호되는, 이온 교환 칼럼 위에 부하된 개열된 올리고뉴클레오티드의 5'-히드록실 보호 기는 트리틸 또는 디메톡시트리틸 (DMT)이다. 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼 상에 남아있는 결과의 탈보호된 올리고뉴클레오티드는 보호 기를 결여한다.
특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼 상에서 부하되고 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드는 염 구배로 이온 교환 칼럼으로부터 용리에 앞서, 염기성 용액으로, 예를 들면, 25-200 mM 수산화나트륨 용액으로, 예를 들면, 0.1 M 수산화나트륨 용액으로 먼저 중화된다.
특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼, 예를 들면, 음이온 교환 칼럼 상에 남아있는 결과의 탈보호된 올리고뉴클레오티드는 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서, 염 구배를 이용하여 칼럼으로부터 용리된다. 가령, 특정 구체예에서, 결과의 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 이온 교환 칼럼으로부터 용리하는데 활용되는 염 구배는 염화나트륨 구배, 예를 들면, 염기성 염 구배, 예를 들면, 변하는 양의 염화나트륨 용액 및 수산화나트륨 용액을 포함하는 구배일 수 있다. 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼 상에 남아있는 결과의 탈보호된 올리고뉴클레오티드는 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서, 먼저 물로 세척되고, 이후 염 구배를 이용하여 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리된다. 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼 상에 남아있는 결과의 탈보호된 올리고뉴클레오티드는 첫 번째로 물로 세척되고, 두 번째로, 칼럼의 pH를 조정하기 위해 염기성 용액, 예를 들면, 수성 수산화나트륨 용액으로 세척되고, 그리고 세 번째로, 염 구배, 예를 들면, 염화나트륨 구배 또는 염기성 염 구배, 예를 들면, 변하는 양의 염화나트륨 용액 및 수산화나트륨 용액을 포함하는 구배를 이용하여 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리되고, 따라서 이온 교환 칼럼으로부터 결과의 탈보호된 올리고뉴클레오티드의 용리가 완결된다. 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼으로부터 결과의 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 용리하는데 활용되는 염 구배는 수성 염 용액, 예를 들면, 염기성 수성 염 용액의 0.1 내지 2 M의 범위에서 변한다, 예를 들면, 염 구배는 염화나트륨을 포함하는 수성 염기성 용액의 0.1 내지 2 M의 범위에서 변한다, 예를 들면, 염 구배는 수성 염기성 용액에서 0.2 내지 1.8 M 염화나트륨의 범위에서 변한다. 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼으로부터 결과의 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 용리하는데 활용되는 염 구배는 10-50 nM 수성 수산화나트륨 용액에서 0.1 내지 2 M 염화나트륨의 범위에서 변한다, 예를 들면, 염 구배는 10-50 nM 수성 수산화나트륨 용액에서 0.2 내지 1.8 M 염화나트륨의 범위에서 변한다. 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼으로부터 용리된 결과의 올리고뉴클레오티드는 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드이다.
특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼으로부터 용리된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드의 양은 300-5,400 mmol 사이의 범위, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,900 mmol, 700-1,800 mmol, 700-1,700 mmol, 700-1,600 mmol, 700-1,500 mmol, 700-900 mmol, 800-1,200 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-1,800 mmol, 900-2,400 mmol, 900-2,700 mmol, 900-3,600 mmol, 1,800-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol,1,000-3,000 mmol, 1,000-2,500 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,000-1,500 mmol, 1,250-1,750 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위 안에 있을 수 있다. 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼으로부터 용리된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드의 양은 300 mmol, 예를 들면, 400 mmol, 500 mmol, 600 mmol, 700 mmol, 800 mmol, 900 mmol, 1,000 mmol, 1,100 mmol, 1,200 mmol, 1,300 mmol, 1,400 mmol, 1,500 mmol, 1,600 mmol, 1,700 mmol, 1,800 mmol, 1,900 mmol, 2,000 mmol, 2,100 mmol, 2,200 mmol, 2,300 mmol, 2,400 mmol, 2,500 mmol, 2,600 mmol, 2,700 mmol, 2,800 mmol, 2,900 mmol, 3,000 mmol, 3,400 mmol, 3,600 mmol, 4,000 mmol, 4,200 mmol, 4,500 mmol, 5,000 mmol, 또는 5,400 mmol의 양일 수 있다.
특정 구체예에서, 이온 교환 크로마토그래피를 이용하는 정제 단계로부터 수집된 올리고뉴클레오티드를 통한 합성으로부터 시작하여, 본원에서 개시된 방법에 따라서 올리고뉴클레오티드를 제조하는 총괄 수율은 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 때 적어도 50%, 예를 들면, 260 nm에서 파장에서 OD/mL에 의해 결정될 때 55-100% 사이, 예를 들면, 55-95%, 55-90%, 55-85%, 55-80%, 55-75%, 60-100%, 60-90%, 60-80%, 50-75%, 70-100%, 80-90%, 85-95%, 90-100%, 또는 95-100% 사이의 범위이다. 특정 구체예에서, 이온 교환 크로마토그래피를 이용하는 정제 단계로부터 수집된 올리고뉴클레오티드를 통한 합성으로부터 시작하여, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드의 순도는 RP-HPLC에 의해 결정될 때 적어도 50%이다, 예를 들면, 순도는 50-100% 사이, 예를 들면, 50-95%, 50-85%, 50-75%, 60-90%, 60-80%, 80-100%, 90-100%, 85-95%, 또는 95-100% 사이의 범위 안에 있다.
5.13 한외여과 및/또는 정용여과 (UFDF) 과정
특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼으로부터 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 용출물은 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서, 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 탈염된다. 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼으로부터 발생하는 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 용출물은 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서, 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 탈염하기에 앞서, pH를 중성 (가령, 6-8, 예를 들면, 6.5-7.5의 범위에서 pH)으로 조정하기 위해, 묽은 염기성 용액, 예를 들면, 묽은 수산화나트륨 용액으로, 또는 묽은 산 용액, 예를 들면, 묽은 염화수소산 용액으로, 또는 이들 각각의 조합으로 임의적으로 중화된다. 가령, 이온 교환 칼럼으로부터 발생하는 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 용출물은 pH를 중성 (가령, 6-8, 예를 들면, 6.5-7.5의 범위에서 pH)으로 조정하기 위해, 묽은 염기성 용액, 예를 들면, 묽은 수산화나트륨 용액 (가령, 0.1-1 M 수산화나트륨)으로, 또는 묽은 산 용액, 예를 들면, 묽은 염화수소산 용액 (가령, 0.1-1 M 염화수소산)으로, 또는 이들 각각의 조합으로 임의적으로 중화될 수 있다. 특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼으로부터 발생하는 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 용출물 (이것은 임의적으로 중화될 수 있다)은 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서, 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 탈염되고, 그 이후에 결과의 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액을 농축하는, 예를 들면, 박막 증발에 의해 농축하는 것이 뒤이어지거나, 또는 박막 증발, 그 이후 동결건조에 의해 농축된다.
특정 구체예에서, 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 탈염하는 과정, 예를 들면, 농축 (가령, 예를 들면, 박막 증발에 의한 농축)에 앞서 탈염하는 과정은 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액을 제공하기 위해 5-8의 범위 내에 pH에서 물 용액을 활용한다, 예를 들면, 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액을 제공하기 위해 5.5-8, 예를 들면, 6-8, 6.5-8, 6.8-8, 5.5-7.5, 6-7.5, 6.5-7.5, 6.8-7.5, 5.5-7, 6-7, 6.5-7, 6.8-8, 6.8-7.5, 또는 6.8-7.3의 범위에서 pH에서 물 용액을 활용한다. 특정 구체예에서, 탈염 단계는 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액을 제공하기 위해, 6.8-7.3의 범위에서 pH에서 물 용액을 활용함으로써 시작되고, 그리고 6.5-7.5의 범위에서 pH에서 물 용액을 활용함으로써 종결된다. 특정 구체예에서, 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 탈염하는 과정은 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액을 제공하기 위해, 증류수, 또는 증류된 탈이온수를 활용한다.
특정 구체예에서, 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 용출물을 탈염하는 과정, 예를 들면, 농축 (가령, 예를 들면, 박막 증발에 의한 농축)에 앞서 탈염하는 과정은 탈염 과정을 달성하기 위한 재생된 셀룰로오스 막, 예를 들면, 1,000-3,000 Da 분자량 컷오프를 갖는 재생된 셀룰로오스 막을 활용한다.
특정 구체예에서, 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 용출물을 탈염하는 유용성은 결과의 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액의 염 농도를 결정하는 수단으로서, 결과의 투과액 (다시 말하면, 한외여과 및/또는 정용여과 과정으로부터 여과액)의 전도도 계측에 의해 결정된다. 가령, 특정 구체예에서, 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 용출물을 탈염하는 것으로부터 결과의 투과액 (때때로 정용여과물로서 지칭됨)의 전도도는 900 uS/cm보다 적다, 예를 들면, 800 uS/cm보다 적거나, 700 uS/cm보다 적거나, 600 uS/cm보다 적거나, 500 uS/cm보다 적거나, 400 uS/cm보다 적거나, 300 uS/cm보다 적거나, 200 uS/cm보다 적거나, 100 uS/cm보다 적거나, 또는 75 uS/cm보다 적다. 특정 구체예에서, 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 용출물을 탈염하는 것으로부터 결과의 투과액의 전도도는 40-900 uS/cm 사이, 예를 들면, 40-850 uS/cm, 40-750 uS/cm, 40-650 uS/cm, 40-550 uS/cm, 40-450 uS/cm, 40-350 uS/cm, 40-250 uS/cm, 40-150 uS/cm, 40-100 uS/cm, 또는 40-75 uS/cm 사이의 범위 안에 있다. 특정 구체예에서, 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 용출물을 탈염하는 유용성은 결과의 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액의 나트륨 함량을 하기 범위의 수준까지 끌어내린다: 6-8 중량% 사이, 예를 들면, 6-7 중량%, 7-8 중량%, 또는 6.5-7.5 중량% 사이.
특정 구체예에서, 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 탈염되는, 예를 들면, 농축 (가령, 예를 들면, 박막 증발에 의한 농축)에 앞서 탈염되는, 이온 교환 칼럼으로부터 용출물 내에 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드의 양은 300-5,400 mmol 사이의 범위, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,900 mmol, 700-1,800 mmol, 700-1,700 mmol, 700-1,600 mmol, 700-1,500 mmol, 700-900 mmol, 800-1,200 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-1,800 mmol, 900-2,400 mmol, 900-2,700 mmol, 900-3,600 mmol, 1,800-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,500 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,000-1,500 mmol, 1,250-1,750 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,600-2,400 mmol, 1,500-2,000 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위 안에 있을 수 있다. 특정 구체예에서, 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 탈염되는, 예를 들면, 농축 (가령, 예를 들면, 박막 증발에 의한 농축)에 앞서 탈염되는, 이온 교환 칼럼으로부터 용출물 내에 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드의 양은 300 mmol, 400 mmol, 500 mmol, 600 mmol, 700 mmol, 800 mmol, 900 mmol, 1,000 mmol, 1,100 mmol, 1,200 mmol, 1,300 mmol, 1,400 mmol, 1,500 mmol, 1,600 mmol, 1,700 mmol, 1,800 mmol, 1,900 mmol, 2,000 mmol, 2,100 mmol, 2,200 mmol, 2,300 mmol, 2,400 mmol, 2,500 mmol, 2,600 mmol, 2,700 mmol, 2,800 mmol, 2,900 mmol, 3,000 mmol, 3,400 mmol, 3,600 mmol, 4,000 mmol, 4,200 mmol, 4,500 mmol, 5,000 mmol, 또는 5,400 mmol의 양일 수 있다.
특정 구체예에서, 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통한 탈염에 종속되는, 예를 들면, 농축 (가령, 예를 들면, 박막 증발에 의한 농축)에 앞서 탈염에 종속되는, 이온 교환 크로마토그래피를 통한 정제 이후에 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드의 양은 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 하나 또는 그 이상의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼을 활용하는 정제 실행)으로부터 모아지는 양이거나, 또는 예로서, 1-10개 사이의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 하나 또는 그 이상의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼을 활용하는 정제 실행), 예를 들면, 1-8개 사이, 2-10개 사이, 3-9개 사이, 4-7개 사이, 4-6개 사이, 6-10개 사이, 또는 8-10개 사이의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 하나 또는 그 이상의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼을 활용하는 정제 실행)으로부터 모아지는 양이다. 특정 구체예에서, 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통한 탈염에 앞서 모아지는, 단일, 복수, 또는 각각의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼(들) (또는 하나 또는 그 이상의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼(들)을 활용하는 정제 실행(들))으로부터 발생하는 완전히 탈보호되고 정제된 올리고뉴클레오티드의 독립된 양은 완전히 탈보호되고 정제된 올리고뉴클레오티드의 700 mmol 또는 그 이상의 양일 수 있다, 예를 들면, 완전히 탈보호되고 정제된 올리고뉴클레오티드의 800 mmol 또는 그 이상, 900 mmol 또는 그 이상, 1,000 mmol 또는 그 이상, 1,100 mmol 또는 그 이상, 1,200 mmol 또는 그 이상, 1,300 mmol 또는 그 이상, 1,400 mmol 또는 그 이상, 1,500 mmol 또는 그 이상, 1,600 mmol 또는 그 이상, 1,700 mmol 또는 그 이상, 1,800 mmol 또는 그 이상, 1,900 mmol 또는 그 이상, 2,000 mmol 또는 그 이상, 2,100 mmol 또는 그 이상, 2,200 mmol 또는 그 이상, 2,300 mmol 또는 그 이상, 2,400 mmol 또는 그 이상, 2,500 mmol 또는 그 이상, 2,600 mmol 또는 그 이상, 2,700 mmol 또는 그 이상, 2,800 mmol 또는 그 이상, 2,900 mmol 또는 그 이상, 3,000 mmol 또는 그 이상, 3,200 mmol 또는 그 이상, 3,400 mmol 또는 그 이상, 3,600 mmol 또는 그 이상, 4,000 mmol 또는 그 이상, 4,200 mmol 또는 그 이상, 4,500 mmol 또는 그 이상, 5,000 mmol 또는 그 이상, 또는 5,400 mmol 또는 그 이상의 양일 수 있거나, 또는 예로서, 완전히 탈보호되고 정제된 올리고뉴클레오티드의 700-5,400 mmol 사이, 예를 들면, 700-4,500 mmol, 700-4,000 mmol, 800-4,000 mmol, 900-4,000 mmol, 900-3,000 mmol, 900-3,600 mmol, 900-3,000 mmol, 900-2,700 mmol, 900-2,500 mmol, 900-2,400 mmol, 900-2,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-1,500 mmol, 900-1,000 mmol, 700-1,000 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 1,500-2,700 mmol, 1,500-3,000 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,000-2,500 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,600-2,800 mmol, 2,700-3,000 mmol, 2,700-3,600 mmol, 1,000-4,000 mmol, 1,500-3,500 mmol, 2,000-4,000 mmol, 2,500-3,500 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위에서 양일 수 있다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에서 활용되는 한외여과 및/또는 정용여과 과정은 300-5,400 mmol의 범위에서 양으로, 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,900 mmol, 700-1,800 mmol, 700-1,700 mmol, 700-1,600 mmol, 700-1,500 mmol, 700-1,400 mmol, 700-1,300 mmol, 700-1,200 mmol, 700-1,100 mmol, 700-1,000 mmol, 700-900 mmol, 800-1,200 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-1,800 mmol, 900-2,400 mmol, 900-2,700 mmol, 900-3,600 mmol, 1,800-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,500 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,000-1,500 mmol, 1,250-1,750 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol의 범위에서 양으로, 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한 부하 용량을 갖는다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에서 활용되는 한외여과 및/또는 정용여과 과정은 적어도 300 mmol의 양으로, 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한, 예를 들면, 적어도 300 mmol, 예를 들면, 적어도 400 mmol, 적어도 500 mmol, 적어도 600 mmol, 적어도 700 mmol, 적어도 800 mmol, 적어도 900 mmol, 적어도 1,000 mmol, 적어도 1,100 mmol, 적어도 1,200 mmol, 적어도 1,300 mmol, 적어도 1,400 mmol, 적어도 1,600 mmol, 적어도 1,800 mmol, 적어도 2,400 mmol, 적어도 2,700 mmol, 적어도 3,000 mmol, 적어도 3,600 mmol, 또는 적어도 4,500 mmol의 양으로, 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한 부하 용량을 갖는다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에서 활용되는 한외여과 및/또는 정용여과 과정은 300 mmol, 400 mmol, 500 mmol, 600 mmol, 700 mmol, 800 mmol, 900 mmol, 1,000 mmol, 1,100 mmol, 1,200 mmol, 1,300 mmol, 1,400 mmol, 1,500 mmol, 1,600 mmol, 1,700 mmol, 1,800 mmol, 1,900 mmol, 2,000 mmol, 2,100 mmol, 2,200 mmol, 2,300 mmol, 2,400 mmol, 2,500 mmol, 2,600 mmol, 2,700 mmol, 2,800 mmol, 2,900 mmol, 3,000 mmol, 3,100 mmol, 3,200 mmol, 3,300 mmol, 3,400 mmol, 3,500 mmol, 3,600 mmol, 4,000 mmol, 4,200 mmol, 4,500 mmol, 5,000 mmol, 또는 5,400 mmol의 양으로, 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한 부하 용량을 갖는다.
5.14 액체 조성물 농축 과정
특정 구체예에서, 이온 교환 칼럼으로부터 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 용출물은 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 농축된다, 예를 들면, 박막 증발 (TFE) 과정으로 농축된다. 특정 구체예에서, 한외여과 및/또는 정용여과 과정으로부터 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액은 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서 농축된다, 예를 들면, 박막 증발 과정으로 농축된다.
특정 구체예에서, 예로서, 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 용출물의 농축, 또는 한외여과 및/또는 정용여과 과정으로부터 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액의 농축은 30o 또는 그 이상, 예를 들면, 30-95℃의 범위에서, 예를 들면, 30-90℃, 60-90℃, 60-85℃, 60-80℃, 60-75℃, 65-90℃, 65-85℃, 65-80℃, 65-75℃, 70-90℃, 70-85℃, 70-80℃, 또는 85-95℃의 범위에서, 예를 들면, 30℃, 40℃, 50℃, 60℃, 65℃, 70℃, 75℃, 80℃, 85℃, 90℃, 또는 95℃의 온도에서 박막 증발 재킷 온도를 활용하는 박막 증발에 의한다. 특정 구체예에서, 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 용출물의 농축, 또는 한외여과 및/또는 정용여과 과정으로부터 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액의 농축은 5-100 토르의 범위에서, 예를 들면, 20-80 토르, 20-75 토르, 20-70 토르, 20-60 토르, 20-50 토르, 30-100 토르, 30-80 토르, 30-75 토르, 30-65 토르, 30-55 토르, 30-50 토르, 또는 40-50 토르의 범위에서 압력에서, 예를 들면, 5 토르, 10 토르, 15 토르, 20 토르, 25 토르, 30 토르, 35 토르, 40 토르, 45 토르, 50 토르, 55 토르, 60 토르, 65 토르, 70 토르, 75 토르, 80 토르, 85 토르, 90 토르, 95 토르, 또는 100 토르의 압력에서 박막 증발에 의한다. 특정 구체예에서, 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 용출물의 농축, 또는 한외여과 및/또는 정용여과 과정으로부터 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액의 농축은 60-90℃의 범위에서 박막 증발 재킷 온도 및 20-80 토르의 범위에서 압력을 활용하는 박막 증발에 의한다.
특정 구체예에서, 예로서, 농축되는, 예를 들면, 박막 증발에 의해 농축되는, 이온 교환 정제로부터 용출물에서 내포된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드의 양, 또는 한외여과 및/또는 정용여과 과정으로부터 농축물 용액에서 내포된 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드의 양은 300 mmol 또는 그 이상의 양일 수 있다, 예를 들면, 600 mmol 또는 그 이상, 700 mmol 또는 그 이상, 800 mmol 또는 그 이상, 900 mmol 또는 그 이상, 1,000 mmol 또는 그 이상, 1,100 mmol 또는 그 이상, 1,200 mmol 또는 그 이상, 1,300 mmol 또는 그 이상, 1,400 mmol 또는 그 이상, 1,500 mmol 또는 그 이상, 1,600 mmol 또는 그 이상, 1,700 mmol 또는 그 이상, 1,800 mmol 또는 그 이상, 1,900 mmol 또는 그 이상, 2,000 mmol 또는 그 이상, 2,100 mmol 또는 그 이상, 2,200 mmol 또는 그 이상, 2,300 mmol 또는 그 이상, 2,400 mmol 또는 그 이상, 2,500 mmol 또는 그 이상, 2,600 mmol 또는 그 이상, 2,700 mmol 또는 그 이상, 2,800 mmol 또는 그 이상, 2,900 mmol 또는 그 이상, 3,000 mmol 또는 그 이상, 3,200 mmol 또는 그 이상, 3,400 mmol 또는 그 이상, 3,600 mmol 또는 그 이상, 4,000 mmol 또는 그 이상, 4,200 mmol 또는 그 이상, 4,500 mmol 또는 그 이상, 5,000 mmol 또는 그 이상, 또는 5,400 mmol 또는 그 이상의 양일 수 있거나, 또는 예로서, 300-5,400 mmol 사이의 범위, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,900 mmol, 700-1,800 mmol, 700-1,700 mmol, 700-1,600 mmol, 700-1,500 mmol, 700-900 mmol, 800-1,200 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-1,800 mmol, 900-2,400 mmol, 900-2,700 mmol, 900-3,600 mmol, 1,800-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,500 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,000-1,500 mmol, 1,250-1,750 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위 안에 있을 수 있다. 특정 구체예에서, 농축되는, 예를 들면, 박막 증발에 의해 농축되는, 이온 교환 정제로부터 용출물에서 내포된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드의 양, 또는 한외여과 및/또는 정용여과 과정으로부터 농축물 용액에서 내포된 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드의 양은 300 mmol, 400 mmol, 500 mmol, 600 mmol, 700 mmol, 800 mmol, 900 mmol, 1,000 mmol, 1,100 mmol, 1,200 mmol, 1,300 mmol, 1,400 mmol, 1,500 mmol, 1,600 mmol, 1,700 mmol, 1,800 mmol, 1,900 mmol, 2,000 mmol, 2,100 mmol, 2,200 mmol, 2,300 mmol, 2,400 mmol, 2,500 mmol, 2,600 mmol, 2,700 mmol, 2,800 mmol, 2,900 mmol, 3,000 mmol, 3,400 mmol, 3,600 mmol, 4,000 mmol, 4,200 mmol, 4,500 mmol, 5,000 mmol, 또는 5,400 mmol의 양일 수 있다.
특정 구체예에서, 예로서, 농축되는, 예를 들면, 박막 증발에 의해 농축되는, 이온 교환 정제로부터 용출물에서 내포된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드의 양, 또는 한외여과 및/또는 정용여과 과정으로부터 농축물 용액에서 내포된 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드의 양은 260 nm의 파장에서 800-7,000 OD/mL 사이, 예를 들면, 260 nm의 파장에서 800-6,500 OD/mL, 800-6,000 OD/mL, 800-6,500 OD/mL, 800-6,000 OD/mL, 800-5,500 OD/mL, 800-5,000 OD/mL, 800-4,500 OD/mL, 800-4,000 OD/mL, 800-3,500 OD/mL, 800-3,000 OD/mL, 800-2,500 OD/mL, 800-2,000 OD/mL, 800-1,500 OD/mL, 800-1,000 OD/mL, 1,000-7,000 OD/mL, 1,000-6,500 OD/mL, 1,000-6,000 OD/mL, 1,000-5,500 OD/mL, 1,000-5,000 OD/mL, 1,000-4,500 OD/mL, 1,000-4,000 OD/mL, 1,000-3,500 OD/mL, 1,000-3,000 OD/mL, 2,000-6,000 OD/mL, 3,000-7,000 OD/mL, 4,000-6,500 OD/mL, 또는 5,000-7,000 OD/mL 사이의 범위 안에 있을 수 있다. 특정 구체예에서, 농축되는, 예를 들면, 박막 증발에 의해 농축되는, 이온 교환 정제로부터 용출물에서 내포된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드의 양, 또는 한외여과 및/또는 정용여과 과정으로부터 농축물 용액에서 내포된 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드의 양은 260 nm의 파장에서 800 OD/mL의 양, 예를 들면, 260 nm의 파장에서 900 OD/mL, 1,000 OD/mL, 1,500 OD/mL, 2,000 OD/mL, 2,500 OD/mL, 3,000 OD/mL, 3,500 OD/mL, 4,000 OD/mL, 4,500 OD/mL, 5,000 OD/mL, 5,500 OD/mL, 6,000 OD/mL, 6,500 OD/mL, 또는 7,000 OD/mL의 양일 수 있다.
특정 구체예에서, 예로서, 농축되는, 예를 들면, 박막 증발에 의해 농축되는, 한외여과 및/또는 정용여과 과정으로부터 결과의 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 용액은 기껏해야 25 중량% 물의 수분 함량, 예를 들면, 기껏해야 20 중량% 물, 예를 들면, 기껏해야 15 중량% 물, 기껏해야 10 중량% 물, 또는 기껏해야 5 중량% 물의 수분 함량, 또는 예로서, 25-5 중량% 사이의 물, 예를 들면, 25-10 중량% 사이의 물, 25-15 중량% 사이의 물, 25-20 중량% 사이의 물, 20-15 중량% 사이의 물, 또는 20-10 중량% 사이의 물의 범위에서 수분 함량을 가질 수 있다.
5.15 동결건조 과정
특정 구체예에서, 농축된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 박막 증발 과정으로부터 발생하는 농축된 올리고뉴클레오티드는 본원에서 개시된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법에 따라서, 동결건조 과정에 더욱 종속된다.
특정 구체예에서, 농축된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 박막 증발 과정으로부터 발생하는 농축된 올리고뉴클레오티드는 동결건조 과정에 더욱 종속되고, 여기서 동결건조 과정은 1-500 밀리토르 사이의 범위에서, 예를 들면, 1-450 밀리토르, 1-400 밀리토르, 1-350 밀리토르, 1-300 밀리토르, 1-250 밀리토르, 1-200 밀리토르, 1-150 밀리토르, 1-100 밀리토르, 1-50 밀리토르, 100-500 밀리토르, 100-400 밀리토르, 50-300 밀리토르, 또는 25-250 밀리토르 사이의 범위에서 진공, 그리고 -50 내지 35℃ 사이의 범위에서, 예를 들면, -50 내지 -30℃, -45 내지 30℃, -45 내지 20℃, -45 내지 15℃, -45 내지 10℃, -45 내지 5℃, -45 내지 0℃, -45 내지 -5℃, -45 내지 -20℃, -40 내지 20℃, -40 내지 15℃, -40 내지 10℃, -40 내지 5℃, -40 내지 0℃, -40 내지 -5℃, -35 내지 20℃, -35 내지 15℃, -35 내지 10℃, -35 내지 5℃, -35 내지 0℃, -10 내지 20℃, 15-25℃, 또는 -35 내지 -5℃의 범위에서 온도를 활용한다.
특정 구체예에서, 동결건조 과정에 더욱 종속되는 농축된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 박막 증발 과정으로부터 발생하는 농축된 올리고뉴클레오티드의 양은 300-5,400 mmol 사이, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,900 mmol, 700-1,800 mmol, 700-1,700 mmol, 700-1,600 mmol, 700-1,500 mmol, 700-900 mmol, 800-1,200 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-1,800 mmol, 900-2,400 mmol, 900-2,700 mmol, 900-3,600 mmol, 1,800-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,500 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,000-1,500 mmol, 1,250-1,750 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위 안에 있을 수 있다. 특정 구체예에서, 동결건조 과정에 더욱 종속되는 농축된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 박막 증발 과정으로부터 발생하는 농축된 올리고뉴클레오티드의 양은 300 mmol, 400 mmol, 500 mmol, 600 mmol, 700 mmol, 800 mmol, 900 mmol, 1,000 mmol, 1,100 mmol, 1,200 mmol, 1,300 mmol, 1,400 mmol, 1,500 mmol, 1,600 mmol, 1,700 mmol, 1,800 mmol, 1,900 mmol, 2,000 mmol, 2,100 mmol, 2,200 mmol, 2,300 mmol, 2,400 mmol, 2,500 mmol, 2,600 mmol, 2,700 mmol, 2,800 mmol, 2,900 mmol, 3,000 mmol, 3,400 mmol, 3,600 mmol, 4,000 mmol, 4,200 mmol, 4,500 mmol, 5,000 mmol, 또는 5,400 mmol일 수 있다.
특정 구체예에서, 동결건조 과정에 더욱 종속되는 농축된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 박막 증발 과정으로부터 발생하는 농축된 올리고뉴클레오티드의 양은 260 nm의 파장에서 800-7,000 OD/mL 사이, 예를 들면, 260 nm의 파장에서 800-6,500 OD/mL, 800-6,000 OD/mL, 800-6,500 OD/mL, 800-6,000 OD/mL, 800-5,500 OD/mL, 800-5,000 OD/mL, 800-4,500 OD/mL, 800-4,000 OD/mL, 800-3,500 OD/mL, 800-3,000 OD/mL, 800-2,500 OD/mL, 800-2,000 OD/mL, 800-1,500 OD/mL, 800-1,000 OD/mL, 1,000-7,000 OD/mL, 1,000-6,500 OD/mL, 1,000-6,000 OD/mL, 1,000-5,500 OD/mL, 1,000-5,000 OD/mL, 1,000-4,500 OD/mL, 1,000-4,000 OD/mL, 1,000-3,500 OD/mL, 1,000-3,000 OD/mL, 2,000-6,000 OD/mL, 3,000-7,000 OD/mL, 4,000-6,500 OD/mL, 또는 5,000-7,000 OD/mL 사이의 범위 안에 있을 수 있다. 특정 구체예에서, 동결건조 과정에 더욱 종속되는 농축된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 박막 증발 과정으로부터 발생하는 농축된 올리고뉴클레오티드의 양은 260 nm의 파장에서 800-7,000 OD/mL의 범위 안에, 예를 들면, 260 nm의 파장에서 800 OD/mL, 900 OD/mL, 1,000 OD/mL, 1,500 OD/mL, 2,000 OD/mL, 2,500 OD/mL, 3,000 OD/mL, 3,500 OD/mL, 4,000 OD/mL, 4,500 OD/mL, 5,000 OD/mL, 5,500 OD/mL, 6,000 OD/mL, 6,500 OD/mL, 또는 7,000 OD/mL의 양으로 있을 수 있다.
특정 구체예에서, 동결건조 과정으로부터 발생하는 농축된 올리고뉴클레오티드의 양은 300-5,400 mmol 사이, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,900 mmol, 700-1,800 mmol, 700-1,700 mmol, 700-1,600 mmol, 700-1,500 mmol, 700-900 mmol, 800-1,200 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-1,800 mmol, 900-2,400 mmol, 900-2,700 mmol, 900-3,600 mmol, 1,800-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,500 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,000-1,500 mmol, 1,250-1,750 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위 안에 있을 수 있다. 특정 구체예에서, 동결건조 과정으로부터 발생하는 농축된 올리고뉴클레오티드의 양은 300 mmol, 400 mmol, 500 mmol, 600 mmol, 700 mmol, 800 mmol, 900 mmol, 1,000 mmol, 1,100 mmol, 1,200 mmol, 1,300 mmol, 1,400 mmol, 1,500 mmol, 1,600 mmol, 1,700 mmol, 1,800 mmol, 1,900 mmol, 2,000 mmol, 2,100 mmol, 2,200 mmol, 2,300 mmol, 2,400 mmol, 2,500 mmol, 2,600 mmol, 2,700 mmol, 2,800 mmol, 2,900 mmol, 3,000 mmol, 3,400 mmol, 3,600 mmol, 4,000 mmol, 4,200 mmol, 4,500 mmol, 5,000 mmol, 또는 5,400 mmol일 수 있다.
특정 구체예에서, 동결건조 과정으로부터 발생하는 농축된 올리고뉴클레오티드는 기껏해야 25 중량% 물의 수분 함량, 예를 들면, 기껏해야 20 중량% 물, 예를 들면, 기껏해야 15 중량% 물, 기껏해야 10 중량% 물, 또는 기껏해야 5 중량% 물의 수분 함량, 또는 예로서, 25-5 중량% 사이의 물, 예를 들면, 25-10 중량% 사이의 물, 25-15 중량% 사이의 물, 25-20 중량% 사이의 물, 20-15 중량% 사이의 물, 20-10 중량% 사이의 물, 10-5 중량% 사이의 물, 또는 6-8 중량% 사이의 물의 범위에서 수분 함량을 가질 수 있다.
5.16 합성 규모, 수분 함량, 그리고 분자량 특질
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 하기를 포함하거나 또는 하기로 구성될 수 있다: 적어도 300 mmol의 올리고뉴클레오티드 (가령, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드; 예를 들면, 서열 번호: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 서열을 갖는 적어도 10개 뉴클레오티드의 부분을 포함하거나, 상기 서열로 구성되거나, 또는 상기 서열의 길이에서 21개까지의 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드), 그리고 기껏해야 25 중량% 물.가령, 특정 구체예에서, 조성물은 하기를 포함하거나 또는 하기로 구성될 수 있다: 적어도 400 mmol의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 적어도 500 mmol, 적어도 600 mmol, 적어도 700 mmol, 적어도 800 적어도 900 mmol, 적어도 1,000 mmol, 적어도 1,100 mmol, 적어도 1,200 mmol, 적어도 1,300 mmol, 적어도 1,400 mmol, 적어도 1,500 mmol, 적어도 1,600 mmol, 적어도 1,700 mmol, 적어도 1,800 mmol, 적어도 1,900 mmol, 적어도 2,000 mmol, 적어도 2,100 mmol, 적어도 2,200 mmol, 적어도 2,300 mmol, 적어도 2,400 mmol, 적어도 2,500 mmol, 적어도 2,600 mmol, 적어도 2,700 mmol, 적어도 2,800 mmol, 적어도 2,900 mmol, 적어도 3,000 mmol, 적어도 3,600 mmol, 또는 적어도 4,500 mmol의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 300-5,400 mmol 사이의 범위에서 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-3,000 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,500 mmol, 700-1,000 mmol, 700-900 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-2,400 mmol, 1,000-3,000 mmol, 900-3,600 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,800-3,600 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,000-2,500 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,600-2,800 mmol, 2,700-3,000 mmol, 900-2,000 mmol, 900-2,500 mmol, 900-2,700 mmol, 1,000-4,000 mmol, 1,500-3,500 mmol, 2,000-4,000 mmol, 2,500-3,500 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위에서 올리고뉴클레오티드, 그리고 기껏해야 25 중량% 물, 예를 들면, 기껏해야 24 중량%, 기껏해야 23 중량%, 기껏해야 22 중량%, 기껏해야 21 중량%, 기껏해야 20 중량%, 기껏해야 19 중량%, 기껏해야 18 중량%, 기껏해야 17 중량%, 기껏해야 16 중량%, 기껏해야 15 중량%, 기껏해야 10 중량%, 기껏해야 9 중량%, 기껏해야 8 중량%, 기껏해야 7 중량%, 기껏해야 6 중량%, 기껏해야 5 중량% 물, 또는 25-5 중량% 사이의 범위에서 물, 예를 들면, 25-20 중량% 사이의 범위에서 물, 예를 들면, 20-15 중량%, 20-10 중량%, 15-10 중량%, 15-5 중량%, 또는 10-5 중량% 사이에 물.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 하기를 포함하거나 또는 하기로 구성될 수 있고: 적어도 300 mmol, 예를 들면, 적어도 700 mmol의 올리고뉴클레오티드 (가령, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드; 예를 들면, 서열 번호: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 서열을 갖는 적어도 10개 뉴클레오티드의 부분을 포함하거나, 상기 서열로 구성되거나, 또는 상기 서열의 길이에서 21개까지의 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드) 및 기껏해야 25 중량% 물, 상기 올리고뉴클레오티드는 적어도 3,000 Da의 분자량을 갖고, 상기 분자량은 양자화된 분자량, 알칼리 금속 분자량, 예를 들면, 나트륨 염 형태 분자량, 또는 알칼리성 금속 분자량, 예를 들면, 마그네슘 염 형태 분자량이다. 가령, 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드의 조성물은 하기를 포함하거나 또는 하기로 구성될 수 있고: 적어도 300 mmol, 예를 들면, 적어도 700 mmol의 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물, 상기 올리고뉴클레오티드는 적어도 3,500 Da의 분자량, 예를 들면, 적어도 4,000 Da, 적어도 4,500 Da, 적어도 5,000 Da, 적어도 5,500 Da, 적어도 6,000 Da, 적어도 6,500 Da, 적어도 7,000 Da, 적어도 7,500 Da, 적어도 8,000 Da, 적어도 8,500 Da, 적어도 9,000 Da, 적어도 9,500 Da, 또는 적어도 10,000 Da의 분자량, 예를 들면, 3,000-20,000 Da 사이의 범위에서 분자량, 예를 들면, 3,000-17,000 Da, 3,000-15,000 Da, 3,000-12,000 Da, 3,000-10,000 Da, 3,000-8,000 Da, 3,000-5,000 Da, 5,000-20,000 Da, 5,000-15,000 Da, 5,000-13,000 Da, 5,000-10,000 Da, 5,000-9,000 Da, 5,000-7,000 Da, 6,000-20,000 Da, 6,000-16,000 Da, 6,000-11,000 Da, 6,000-9,000 Da, 6,500-7,500 Da, 10,000-20,000 Da, 10,000-15,000 Da, 12,000-18,000 Da, 또는 15,000-20,000 Da 사이의 범위에서 분자량을 갖고, 상기 분자량은 양자화된 분자량, 알칼리 금속 분자량, 예를 들면, 나트륨 염 형태 분자량, 또는 알칼리성 금속 분자량, 예를 들면, 마그네슘 염 형태 분자량이다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법은 하기 수율에서 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하고: 적어도 2 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모 (가령, 합성되는 적어도 700 mmol의 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한 부하 용량을 갖는 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼)의 올리고뉴클레오티드 (가령, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드; 예를 들면, 서열 번호:2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 서열을 갖는 적어도 10개 뉴클레오티드의 부분을 포함하거나, 상기 서열로 구성되거나, 또는 상기 서열의 길이에서 21개까지의 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드) 및 기껏해야 25 중량% 물, 여기서 수율은 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 수 있거나, 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법 에 따라서 제조된 조성물의 수율은 하기일 수 있다: 적어도 2.25 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드 (여기서 수율은 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 수 있거나, 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 수 있다), 예를 들면, 적어도 2.5 g/mmol, 적어도 2.75 g/mmol, 적어도 3 g/mmol, 적어도 3.25 g/mmol, 적어도 3.3 g/mmol, 적어도 3.4 g/mmol, 적어도 3.5 g/mmol, 적어도 3.6 g/mmol, 적어도 3.7 g/mmol, 적어도 3.75 g/mmol, 적어도 3.8 g/mmol, 적어도 3.9 g/mmol, 적어도 4 g/mmol, 적어도 4.25 g/mmol, 적어도 4.5 g/mmol, 적어도 4.75 g/mmol, 적어도 5 g/mmol, 적어도 5.5 g/mmol, 적어도 6 g/mmol, 적어도 6.5 g/mmol, 적어도 7 g/mmol, 적어도 7.5 g/mmol, 적어도 8 g/mmol, 적어도 8.5 g/mmol, 적어도 9 g/mmol, 적어도 9.5 g/mmol, 적어도 10 g/mmol, 적어도 10.5 g/mmol, 적어도 11 g/mmol, 적어도 11.5 g/mmol, 적어도 12 g/mmol, 적어도 12.5 g/mmol, 적어도 13 g/mmol, 적어도 13.5 g/mmol, 적어도 14 g/mmol, 적어도 14.5 g/mmol, 또는 적어도 15 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 2-25 g/mmol 사이의 범위에서 합성 규모의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 2-20 g/mmol 사이, 2-15 g/mmol 사이, 2-12.5 g/mmol 사이, 2-10 g/mmol, 2-8 g/mmol, 2-6 g/mmol, 2-5.5 g/mmol, 2-5 g/mmol, 2-4.5 g/mmol, 2-4.25 g/mmol, 2-4 g/mmol, 3.5-4.5 g/mmol, 3.5-4.25 g/mmol, 3.5-4 g/mmol, 5-20 g/mmol 사이, 5-15 g/mmol 사이, 5-12.5 g/mmol 사이, 5-10 g/mmol, 5-7.5 g/mmol, 6-8 g/mmol, 6-10 g/mmol, 6-15 g/mmol, 6-20 g/mmol, 7-10 g/mmol, 8-12 g/mmol, 10-15 g/mmol, 10-20 g/mmol, 20-30 g/mmol, 또는 15-25 g/mmol의 범위에서 적어도 700 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드 (여기서 수율은 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 수 있거나, 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 수 있다), 그리고 기껏해야 25 중량% 물, 예를 들면, 기껏해야 24 중량%, 기껏해야 23 중량%, 기껏해야 22 중량%, 기껏해야 21 중량%, 기껏해야 20 중량%, 기껏해야 19 중량%, 기껏해야 18 중량%, 기껏해야 17 중량%, 기껏해야 16 중량%, 기껏해야 15 중량%, 기껏해야 10 중량%, 기껏해야 9 중량%, 기껏해야 8 중량%, 기껏해야 7 중량%, 기껏해야 6 중량%, 기껏해야 5 중량% 물, 또는 25-5 중량% 사이의 범위에서 물, 예를 들면, 25-20 중량% 사이의 범위에서 물, 예를 들면, 20-15 중량%,20-10 중량%,15-10 중량%,15-5 중량%, 또는 10-5 중량% 사이에 물.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법은 하기 수율에서 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하고: 적어도 2 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모 (가령, 합성되는 적어도 700 mmol의 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한 부하 용량을 갖는 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼)의 올리고뉴클레오티드 (가령, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드; 예를 들면, 서열 번호:2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 서열을 갖는 적어도 10개 뉴클레오티드의 부분을 포함하거나, 상기 서열로 구성되거나, 또는 상기 서열의 길이에서 21개까지의 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드) 및 기껏해야 25 중량% 물, 상기 올리고뉴클레오티드는 적어도 3,000 Da의 분자량을 갖고, 상기 분자량은 양자화된 분자량, 알칼리 금속 분자량, 예를 들면, 나트륨 염 형태 분자량, 또는 알칼리성 금속 분자량, 예를 들면, 마그네슘 염 형태 분자량이고, 여기서 수율은 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 수 있거나, 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 조성물의 수율은 적어도 2 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물일 수 있고, 여기서 수율은 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 수 있거나, 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 수 있고, 상기 올리고뉴클레오티드는 적어도 3,500 Da의 분자량, 예를 들면, 적어도 4,000 Da, 적어도 4,500 Da, 적어도 5,000 Da, 적어도 5,500 Da, 적어도 6,000 Da, 적어도 6,500 Da, 적어도 7,000 Da, 적어도 7,500 Da, 적어도 8,000 Da, 적어도 8,500 Da, 적어도 9,000 Da, 적어도 9,500 Da, 또는 적어도 10,000 Da의 분자량, 예를 들면, 3,000-20,000 Da 사이의 범위에서 분자량, 예를 들면, 3,000-17,000 Da, 3,000-15,000 Da, 3,000-12,000 Da, 3,000-10,000 Da, 3,000-8,000 Da, 3,000-5,000 Da, 5,000-20,000 Da, 5,000-15,000 Da, 5,000-13,000 Da, 5,000-10,000 Da, 5,000-9,000 Da, 5,000-7,000 Da, 6,000-20,000 Da, 6,000-16,000 Da, 6,000-11,000 Da, 6,000-9,000 Da, 6,500-7,500 Da, 10,000-20,000 Da, 10,000-15,000 Da, 12,000-18,000 Da, 또는 15,000-20,000 Da 사이의 범위에서 분자량을 갖고, 그리고 상기 분자량은 양자화된 분자량, 알칼리 금속 분자량, 예를 들면, 나트륨 염 형태 분자량, 또는 알칼리성 금속 분자량, 예를 들면, 마그네슘 염 형태 분자량이다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법은 하기 수율에서 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하고: 적어도 2.0 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모 (가령, 합성되는 적어도 700 mmol의 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한 부하 용량을 갖는 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼), 또는 2개 또는 그 이상의 모아진 적어도 700 mmol 합성 규모 제조물의 올리고뉴클레오티드 (가령, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드; 예를 들면, 서열 번호: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 서열을 갖는 적어도 10개 뉴클레오티드의 부분을 포함하거나, 상기 서열로 구성되거나, 또는 상기 서열의 길이에서 21개까지의 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드) 및 기껏해야 25 중량% 물, 여기서 수율은 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 수 있거나, 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 조성물의 수율은 하기일 수 있다: 적어도 2.0 g/mmol, 예를 들면, 적어도 2.25, 2.5, 2.75, 3.0, 3.25, 3.3, 3.4, 3.5, 3.6, 3.7, 3.8, 3.9, 또는 적어도 4.0 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모, 또는 2개 또는 그 이상의 모아진 적어도 700 mmol 합성 규모 제조물, 예를 들면, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 또는 그 이상의 모아진 적어도 700 mmol 합성 규모 제조물의 올리고뉴클레오티드 (여기서 수율은 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 수 있거나, 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 수 있다), 예를 들면, 2.0-25 g/mmol 사이의 범위에서 합성 규모의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 2-25, 2-20, 2-15, 2-12.5, 2-10, 2-8, 2-6, 2-5.5, 2-5, 2-4.5, 2-4.25, 2-4, 3.5-4.5, 3.5-4.25, 3.5-4, 5-20, 5-15, 5-12.5, 5-10, 5-7.5, 6-8, 6-10, 6-15, 6-20, 7-10, 8-12, 10-15, 10-20, 20-30, 또는 15-25 g/mmol 사이의 범위에서 합성 규모의 올리고뉴클레오티드 (여기서 수율은 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 수 있거나, 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 수 있다), 그리고 기껏해야 25 중량% 물, 예를 들면, 기껏해야 20 중량%, 기껏해야 15 중량%, 기껏해야 10 중량%, 기껏해야 9 중량%, 기껏해야 8 중량%, 기껏해야 7 중량%, 기껏해야 6 중량%, 또는 기껏해야 5 중량% 물, 또는 25-5 중량% 사이의 범위에서 물, 예를 들면, 20-5 중량% 사이의 범위에서 물, 15-5 중량% 사이에 물, 10-5 중량% 사이에 물, 9-5 중량% 사이에 물, 예를 들면, 8-5 중량%,7-5 중량%,6-5 중량%,9-6 중량%, 또는 8-7 중량% 사이에 물.특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 조성물의 수율은 하기일 수 있다: 적어도 2.0 g/mmol, 예를 들면, 적어도 2.25, 2.5, 2.75, 3.0, 3.25, 3.3, 3.4, 3.5, 3.6, 3.7, 3.8, 3.9, 또는 적어도 4.0 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모, 또는 함께 모아진 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 적어도 700 mmol 올리고뉴클레오티드 합성 규모 제조물, 예를 들면, 함께 모아진 1-10개 사이의 적어도 700 mmol 올리고뉴클레오티드 합성 규모 제조물, 예를 들면, 함께 모아진 1-8, 2-10, 3-9, 4-7, 4-6, 6-10, 또는 8-10개 사이의 적어도 700 mmol 올리고뉴클레오티드 합성 규모 제조물, 예를 들면, 적어도 800 mmol, 적어도 900 mmol, 적어도 1,000 mmol, 적어도 1,100 mmol, 적어도 1,200 mmol, 적어도 1,300 mmol, 적어도 1,400 mmol, 적어도 1,600 mmol, 적어도 1,800 mmol, 적어도 2,400 mmol, 적어도 2,700 mmol, 적어도 3,000 mmol, 적어도 3,600 mmol, 또는 적어도 4,500 mmol의 올리고뉴클레오티드 합성 규모 제조물, 또는 300-5,400 mmol 사이의 범위에서, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-3,000 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,500 mmol, 700-1,000 mmol, 700-900 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-2,400 mmol, 900-3,600 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,800-3,600 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,000-2,500 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,600-2,800 mmol, 2,700-3,000 mmol, 900-2,000 mmol, 900-2,500 mmol, 900-2,700 mmol, 1,000-4,000 mmol, 1,500-3,500 mmol, 2,000-4,000 mmol, 2,500-3,500 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위에서 올리고뉴클레오티드 합성 규모 제조물.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법은 하기 수율에서 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하고: 적어도 2.0 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모 (가령, 합성되는 적어도 700 mmol의 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한 부하 용량을 갖는 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼), 또는 2개 또는 그 이상의 모아진 적어도 700 mmol 합성 규모 제조물의 올리고뉴클레오티드 (가령, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드; 예를 들면, 서열 번호: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12중에서 한 가지의 서열을 갖는 적어도 10개 뉴클레오티드의 부분을 포함하거나, 상기 서열로 구성되거나, 또는 상기 서열의 길이에서 21개까지의 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드) 및 기껏해야 25 중량% 물, 상기 올리고뉴클레오티드는 적어도 3,000 Da의 분자량을 갖고, 상기 분자량은 양자화된 분자량, 알칼리 금속 분자량, 예를 들면, 나트륨 염 형태 분자량, 또는 알칼리성 금속 분자량, 예를 들면, 마그네슘 염 형태 분자량이고, 여기서 수율은 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 수 있거나, 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 조성물의 수율은 하기일 수 있고: 적어도 2.0 g/mmol, 예를 들면, 적어도 2.25, 2.5, 2.75, 3.0, 3.25, 3.3, 3.4, 3.5, 3.6, 3.7, 3.8, 3.9, 또는 적어도 4.0 g/mmol, 예를 들면, 2.0-25 g/mmol 사이의 범위에서 합성 규모의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 2-25, 2-20, 2-15, 2-12.5, 2-10, 2-8, 2-6, 2-5.5, 2-5, 2-4.5, 2-4.25, 2-4, 3.5-4.5, 3.5-4.25, 3.5-4, 5-20, 5-15, 5-12.5, 5-10, 5-7.5, 6-8, 6-10, 6-15, 6-20, 7-10, 8-12, 10-15, 10-20, 20-30, 또는 15-25 g/mmol 사이의 범위에서 적어도 700 mmol 합성 규모, 또는 함께 모아진 2개 또는 그 이상의 적어도 700 mmol 올리고뉴클레오티드 합성 규모 제조물, 예를 들면, 함께 모아진 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 또는 그 이상의 적어도 700 mmol 올리고뉴클레오티드 합성 규모 제조물, 예를 들면, 적어도 800 mmol, 적어도 900 mmol, 적어도 1,000 mmol, 적어도 1,100 mmol, 적어도 1,200 mmol, 적어도 1,300 mmol, 적어도 1,400 mmol, 적어도 1,600 mmol, 적어도 1,800 mmol, 적어도 2,400 mmol, 적어도 2,700 mmol, 적어도 3,000 mmol, 적어도 3,600 mmol, 또는 적어도 4,500 mmol의 올리고뉴클레오티드 합성 규모 제조물, 또는 300-5,400 mmol 사이의 범위에서, 예를 들면, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-3,000 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,500 mmol, 700-1,000 mmol, 700-900 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-2,400 mmol, 900-3,600 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,800-3,600 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,000-2,500 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,600-2,800 mmol, 2,700-3,000 mmol, 900-2,000 mmol, 900-2,500 mmol, 900-2,700 mmol, 1,000-4,000 mmol, 1,500-3,500 mmol, 2,000-4,000 mmol, 2,500-3,500 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위에서 올리고뉴클레오티드 합성 규모 제조물, 그리고 기껏해야 25 중량% 물, 여기서 수율은 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 수 있거나, 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 수 있고, 상기 올리고뉴클레오티드는 적어도 3,500 Da의 분자량, 예를 들면, 적어도 4,000 Da, 적어도 4,500 Da, 적어도 5,000 Da, 적어도 5,500 Da, 적어도 6,000 Da, 적어도 6,500 Da, 적어도 7,000 Da, 적어도 7,500 Da, 적어도 8,000 Da, 적어도 8,500 Da, 적어도 9,000 Da, 적어도 9,500 Da, 또는 적어도 10,000 Da의 분자량, 예를 들면, 3,000-20,000 Da 사이의 범위에서 분자량, 예를 들면, 3,000-17,000 Da, 3,000-15,000 Da, 3,000-12,000 Da, 3,000-10,000 Da, 3,000-8,000 Da, 3,000-5,000 Da, 5,000-20,000 Da, 5,000-15,000 Da, 5,000-13,000 Da, 5,000-10,000 Da, 5,000-9,000 Da, 5,000-7,000 Da, 6,000-20,000 Da, 6,000-16,000 Da, 6,000-11,000 Da, 6,000-9,000 Da, 6,500-7,500 Da, 10,000-20,000 Da, 10,000-15,000 Da, 12,000-18,000 Da, 또는 15,000-20,000 Da 사이의 범위에서 분자량을 갖고, 그리고 상기 분자량은 양자화된 분자량, 알칼리 금속 분자량, 예를 들면, 나트륨 염 형태 분자량, 또는 알칼리성 금속 분자량, 예를 들면, 마그네슘 염 형태 분자량이다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 하기를 포함하거나 또는 하기로 구성될 수 있고: 적어도 2 kg의 올리고뉴클레오티드 (가령, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드; 예를 들면, 서열 번호:2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 서열을 갖는 적어도 10개 뉴클레오티드의 부분을 포함하거나, 상기 서열로 구성되거나, 또는 상기 서열의 길이에서 21개까지의 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드) 및 기껏해야 25 중량% 물.가령, 특정 구체예에서, 조성물은 하기를 포함하거나 또는 하기로 구성될 수 있다: 적어도 2.5 kg의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 적어도 3 kg, 적어도 3.5 kg, 적어도 4 kg, 적어도 4.5 kg, 적어도 5 kg, 적어도 5.5 kg, 적어도 6 kg, 적어도 6.5 kg, 적어도 7 kg, 적어도 7.5 kg, 적어도 8 kg, 적어도 8.5 kg, 적어도 9 kg, 적어도 9.5 kg, 적어도 10 kg, 적어도 11 kg, 적어도 12 kg, 적어도 13 kg, 적어도 14 kg, 또는 적어도 15 kg의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 2-15 kg 사이의 범위에서 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 2-12.5 kg, 2-10 kg, 2-7.5 kg, 2-5 kg, 3-15 kg, 3-12.5 kg, 3-10 kg, 3-8 kg, 3-6 kg, 5-15 kg, 5-13 kg, 5-10 kg, 5-7.5 kg, 6-15 kg, 6-10 kg, 8-15 kg, 8-12 kg, 또는 10-15 kg 사이의 범위에서 올리고뉴클레오티드, 그리고 기껏해야 25 중량% 물, 예를 들면, 기껏해야 24 중량%, 기껏해야 23 중량%, 기껏해야 22 중량%, 기껏해야 21 중량%, 기껏해야 20 중량%, 기껏해야 19 중량%, 기껏해야 18 중량%, 기껏해야 17 중량%, 기껏해야 16 중량%, 기껏해야 15 중량%, 기껏해야 10 중량%, 기껏해야 9 중량%, 기껏해야 8 중량%, 기껏해야 7 중량%, 기껏해야 6 중량%, 기껏해야 5 중량% 물, 또는 25-5 중량% 사이의 범위에서 물, 예를 들면, 25-20 중량% 사이의 범위에서 물, 예를 들면, 20-15 중량%, 20-10 중량%, 15-10 중량%, 15-5 중량%, 또는 10-5 중량% 사이에 물.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 하기를 포함하거나 또는 하기로 구성될 수 있고: 적어도 2 kg의 올리고뉴클레오티드 (가령, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드; 예를 들면, 서열 번호:2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 서열을 갖는 적어도 10개 뉴클레오티드의 부분을 포함하거나, 상기 서열로 구성되거나, 또는 상기 서열의 길이에서 21개까지의 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드) 및 기껏해야 25 중량% 물, 상기 올리고뉴클레오티드는 적어도 3,000 Da의 분자량을 갖고, 상기 분자량은 양자화된 분자량, 알칼리 금속 분자량, 예를 들면, 나트륨 염 형태 분자량, 또는 알칼리성 금속 분자량, 예를 들면, 마그네슘 염 형태 분자량이다. 가령, 특정 구체예에서, 조성물은 하기를 포함하거나 또는 하기로 구성될 수 있고: 적어도 2 kg의 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물, 상기 올리고뉴클레오티드는 적어도 3,500 Da의 분자량, 예를 들면, 적어도 4,000 Da, 적어도 4,500 Da, 적어도 5,000 Da, 적어도 5,500 Da, 적어도 6,000 Da, 적어도 6,500 Da, 적어도 7,000 Da, 적어도 7,500 Da, 적어도 8,000 Da, 적어도 8,500 Da, 적어도 9,000 Da, 적어도 9,500 Da, 또는 적어도 10,000 Da의 분자량, 예를 들면, 3,000-20,000 Da 사이의 범위에서 분자량, 예를 들면, 3,000-17,000 Da, 3,000-15,000 Da, 3,000-12,000 Da, 3,000-10,000 Da, 3,000-8,000 Da, 3,000-5,000 Da, 5,000-20,000 Da, 5,000-15,000 Da, 5,000-13,000 Da, 5,000-10,000 Da, 5,000-9,000 Da, 5,000-7,000 Da, 6,000-20,000 Da, 6,000-16,000 Da, 6,000-11,000 Da, 6,000-9,000 Da, 6,500-7,500 Da, 10,000-20,000 Da, 10,000-15,000 Da, 12,000-18,000 Da, 또는 15,000-20,000 Da 사이의 범위에서 분자량을 갖고, 상기 분자량은 양자화된 분자량, 알칼리 금속 분자량, 예를 들면, 나트륨 염 형태 분자량, 또는 알칼리성 금속 분자량, 예를 들면, 마그네슘 염 형태 분자량이다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 하기를 포함하거나 또는 하기로 구성될 수 있고: 적어도 하나의 300 mmol 또는 그 이상의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼 (다시 말하면, 합성되는 적어도 하나의 300 mmol 또는 그 이상의 올리고뉴클레오티드를 제공하는 부하 용량을 갖는 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼)으로부터, 예를 들면, 적어도 하나의 700 mmol 또는 그 이상의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼으로부터 적어도 50 mol%의 올리고뉴클레오티드 출력, 그리고 기껏해야 25 중량% 물, 상기 올리고뉴클레오티드는 본원에서 개시된 바와 같고, 예를 들면, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드; 예를 들면, 서열 번호: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 서열을 갖는 적어도 10개 뉴클레오티드의 부분을 포함하거나, 상기 서열로 구성되거나, 또는 상기 서열의 길이에서 21개까지의 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드이고, 상기 출력은 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정되거나, 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 수 있다. 특정 구체예에서, 조성물은 하기를 포함하거나 또는 하기로 구성될 수 있다: 적어도 하나의 300 mmol 또는 그 이상의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼, 예를 들면, 적어도 하나의 700 mmol 또는 그 이상의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼으로부터 적어도 50 mol%의 올리고뉴클레오티드 출력 (흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정되거나 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 때), 예를 들면, 적어도 55 mol%, 적어도 60 mol%, 적어도 65 mol%, 적어도 70 mol%, 적어도 75 mol%, 적어도 80 mol%, 적어도 85 mol%, 적어도 90 mol%, 적어도 95 mol%, 적어도 97 mol%, 적어도 98 mol%, 또는 적어도 99 mol%의 올리고뉴클레오티드 출력, 예를 들면, 50-99 mol%, 60-99 mol%, 70-99 mol%, 80-99 mol%, 90-99 mol%, 95-99 mol%, 75-95 mol%, 80-97 mol%, 85-95 mol%, 또는 70-90 mol% 사이의 범위에서 올리고뉴클레오티드 출력, 그리고 기껏해야 25 중량% 물.특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드는 출력은 하기로부터 모아진다: 300 mmol 또는 그 이상의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼, 예를 들면, 300 mmol 또는 그 이상의 1-10개 사이의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼, 예를 들면, 300 mmol 또는 그 이상의 1-8, 2-10, 3-9, 4-7, 4-6, 6-10, 또는 8-10개 사이의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼, 예를 들면, 600 mmol 또는 그 이상, 700 mmol 또는 그 이상, 800 mmol 또는 그 이상, 900 mmol 또는 그 이상, 1,000 mmol 또는 그 이상, 1,100 mmol 또는 그 이상, 1,200 mmol 또는 그 이상, 1,300 mmol 또는 그 이상, 1,400 mmol 또는 그 이상, 1,500 mmol 또는 그 이상, 1,600 mmol 또는 그 이상, 1,700 mmol 또는 그 이상, 1,800 mmol 또는 그 이상, 1,900 mmol 또는 그 이상, 2,000 mmol 또는 그 이상, 2,100 mmol 또는 그 이상, 2,200 mmol 또는 그 이상, 2,300 mmol 또는 그 이상, 2,400 mmol 또는 그 이상, 2,500 mmol 또는 그 이상, 2,600 mmol 또는 그 이상, 2,700 mmol 또는 그 이상, 2,800 mmol 또는 그 이상, 2,900 mmol 또는 그 이상, 3,000 mmol 또는 그 이상, 3,200 mmol 또는 그 이상, 3,400 mmol 또는 그 이상, 3,600 mmol 또는 그 이상, 4,000 mmol 또는 그 이상, 4,200 mmol 또는 그 이상, 4,500 mmol 또는 그 이상, 5,000 mmol 또는 그 이상, 또는 5,400 mmol 또는 그 이상의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼, 또는 300-5,400 mmol 사이의 범위에서, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-3,000 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,500 mmol, 700-1,000 mmol, 700-900 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-2,400 mmol, 900-3,600 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,800-3,600 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,000-2,500 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,600-2,800 mmol, 2,700-3,000 mmol, 900-2,000 mmol, 900-2,500 mmol, 900-2,700 mmol, 1,000-4,000 mmol, 1,500-3,500 mmol, 2,000-4,000 mmol, 2,500-3,500 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위에서 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼, 그리고 기껏해야 25 중량% 물.특정 구체예에서, 조성물은 하기를 포함하거나 또는 하기로 구성될 수 있고: 300 mmol 또는 그 이상의 적어도 하나의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼 (흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정되거나 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 때), 예를 들면, 적어도 하나의 700 mmol 또는 그 이상의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼, 예를 들면, 300 mmol 또는 그 이상의 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개, 또는 1-10, 1-8, 2-10, 3-9, 4-7, 4-6, 6-10, 또는 8-10개 사이의 범위에서 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼, 예를 들면, 적어도 하나의 700 mmol 또는 그 이상의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼으로부터 적어도 50 mol%의 올리고뉴클레오티드 출력, 그리고 기껏해야 25 중량% 물, 예를 들면, 그리고 기껏해야 25 중량% 물, 예를 들면, 기껏해야 24 중량%, 기껏해야 23 중량%, 기껏해야 22 중량%, 기껏해야 21 중량%, 기껏해야 20 중량%, 기껏해야 19 중량%, 기껏해야 18 중량%, 기껏해야 17 중량%, 기껏해야 16 중량%, 기껏해야 15 중량%, 기껏해야 10 중량%, 기껏해야 9 중량%, 기껏해야 8 중량%, 기껏해야 7 중량%, 기껏해야 6 중량%, 기껏해야 5 중량% 물, 또는 25-5 중량% 사이의 범위에서 물, 예를 들면, 25-20 중량% 사이의 범위에서 물, 예를 들면, 20-15 중량%,20-10 중량%,15-10 중량%,15-5 중량%, 또는 10-5 중량% 사이에 물, 상기 올리고뉴클레오티드는 적어도 3,000 Da의 분자량, 예를 들면, 적어도 3,500 Da의 분자량, 예를 들면, 적어도 4,000 Da, 적어도 4,500 Da, 적어도 5,000 Da, 적어도 5,500 Da, 적어도 6,000 Da, 적어도 6,500 Da, 적어도 7,000 Da, 적어도 7,500 Da, 적어도 8,000 Da, 적어도 8,500 Da, 적어도 9,000 Da, 적어도 9,500 Da, 또는 적어도 10,000 Da의 분자량, 예를 들면, 3,000-20,000 Da 사이의 범위에서 분자량, 예를 들면, 3,000-17,000 Da, 3,000-15,000 Da, 3,000-12,000 Da, 3,000-10,000 Da, 3,000-8,000 Da, 3,000-5,000 Da, 5,000-20,000 Da, 5,000-15,000 Da, 5,000-13,000 Da, 5,000-10,000 Da, 5,000-9,000 Da, 5,000-7,000 Da, 6,000-20,000 Da, 6,000-16,000 Da, 6,000-11,000 Da, 6,000-9,000 6,500-7,500 Da, Da, 10,000-20,000 Da, 10,000-15,000 Da, 12,000-18,000 Da, 또는 15,000-20,000 Da 사이의 범위에서 분자량을 갖고, 상기 분자량은 양자화된 분자량, 알칼리 금속 분자량, 예를 들면, 나트륨 염 형태 분자량, 또는 알칼리성 금속 분자량, 예를 들면, 마그네슘 염 형태 분자량이다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물(상기 조성물은 올리고뉴클레오티드 (가령, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드; 예를 들면, 서열 번호: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 서열을 갖는 적어도 10개 뉴클레오티드의 부분을 포함하거나, 상기 서열로 구성되거나, 또는 상기 서열의 길이에서 21개까지의 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드)를 포함하거나 또는 이것으로 구성된다)의 순도는 60% 또는 그 이상 (가령, RP-HPLC에 의해 결정될 때), 예를 들면, 65% 또는 그 이상, 70% 또는 그 이상, 75% 또는 그 이상, 80% 또는 그 이상, 85% 또는 그 이상, 90% 또는 그 이상, 95% 또는 그 이상, 97% 또는 그 이상, 또는 99% 또는 그 이상의 순도, 예를 들면, 50-99% 사이, 예를 들면, 60-99%, 70-99%, 80-99%, 90-99%, 95-99%, 75-95%, 80-97%, 85-95%, 또는 70-90% 사이의 범위에서 순도 (가령, RP-HPLC에 의해 결정될 때)일 수 있고, 상기 조성물에서 올리고뉴클레오티드의 분자량은 적어도 3,000 Da, 예를 들면, 적어도 3,500 Da, 적어도 4,000 Da, 적어도 4,500 Da, 적어도 5,000 Da, 적어도 5,500 Da, 적어도 6,000 Da, 적어도 6,500 Da, 적어도 7,000 Da, 적어도 7,500 Da, 적어도 8,000 Da, 적어도 8,500 Da, 적어도 9,000 Da, 적어도 9,500 Da, 또는 적어도 10,000 Da의 분자량, 예를 들면, 3,000-20,000 Da 사이의 범위에서 분자량, 예를 들면, 3,000-17,000 Da, 3,000-15,000 Da, 3,000-12,000 Da, 3,000-10,000 Da, 3,000-8,000 Da, 3,000-5,000 Da, 5,000-20,000 Da, 5,000-15,000 Da, 5,000-13,000 Da, 5,000-10,000 Da, 5,000-9,000 Da, 5,000-7,000 Da, 6,000-20,000 Da, 6,000-16,000 Da, 6,000-11,000 Da, 6,000-9,000 Da, 6,500-7,500 Da, 10,000-20,000 Da, 10,000-15,000 Da, 12,000-18,000 Da, 또는 15,000-20,000 Da 사이의 범위에서 분자량이고, 상기 분자량은 양자화된 분자량, 알칼리 금속 분자량, 예를 들면, 나트륨 염 형태 분자량, 또는 알칼리성 금속 분자량, 예를 들면, 마그네슘 염 형태 분자량이다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물 (상기 조성물은 올리고뉴클레오티드 (가령, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드; 예를 들면, 서열 번호:2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 서열을 갖는 적어도 10개 뉴클레오티드의 부분을 포함하거나, 상기 서열로 구성되거나, 또는 상기 서열의 길이에서 21개까지의 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드)를 포함하고, 상기 올리고뉴클레오티드는 미리 결정된 숫자의 뉴클레오티드 (N)를 갖도록 설계된다)은 상기 조성물의 중량에 비하여 4 중량% 이내의 양으로 (N+1) 뉴클레오티드의 숫자를 갖는 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 상기 조성물의 중량에 비하여 3.5 중량% 이내의 양으로, 예를 들면, 미리 결정된 숫자의 뉴클레오티드 (N)를 갖도록 설계된 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물의 중량에 비하여 3.0 중량% 이내, 2.5 중량% 이내, 2.0 중량% 이내, 1.5 중량% 이내, 1.0 중량% 이내, 또는 0.5 중량% 이내의 양으로 (N+1) 뉴클레오티드의 숫자를 갖는 올리고뉴클레오티드를 내포할 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 미리 결정된 숫자의 뉴클레오티드 (N=21) 를 갖도록 설계된 올리고뉴클레오티드의 조성물은 미리 결정된 숫자의 뉴클레오티드를 갖도록 설계된 올리고뉴클레오티드 (N=21, 또는 21-mer)의 조성물의 중량에 비하여 4 중량% 이내의 양으로 (N+1) 뉴클레오티드의 숫자를 갖는 올리고뉴클레오티드 (다시 말하면, N+1 =22, 또는 22-mer)를 내포할 수 있다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 하기를 포함하거나 또는 하기로 구성될 수 있다: 5'-말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실 기가 보호되는 올리고뉴클레오티드 (가령, 본원에서 설명된 바와 같은 방법을 이용하여 합성된 보호된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드; 예를 들면, 서열 번호:2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 서열을 갖는 적어도 10개 뉴클레오티드의 부분을 포함하거나, 상기 서열로 구성되거나, 또는 상기 서열의 길이에서 21개까지의 뉴클레오티드를 포함하는 보호된 올리고뉴클레오티드). 가령, 특정 구체예에서, 조성물은 하기를 포함하거나 또는 하기로 구성될 수 있다: 5'-말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실 기만 보호되는 보호된 올리고뉴클레오티드.특정 구체예에서, 조성물은 하기를 포함하거나 또는 하기로 구성될 수 있다: 합성 칼럼으로부터 개열 및 용리 후 획득된 보호된 올리고뉴클레오티드, 여기서 5'-말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실 기가 보호된다. 특정 구체예에서, 5'-말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실 기가 보호되는 보호된 올리고뉴클레오티드를 포함하거나 또는 이것으로 구성되는 조성물의 순도는 60% 또는 그 이상 (가령, RP-HPLC에 의해 결정될 때), 예를 들면, 65% 또는 그 이상, 70% 또는 그 이상, 75% 또는 그 이상, 80% 또는 그 이상, 85% 또는 그 이상, 90% 또는 그 이상, 95% 또는 그 이상, 97% 또는 그 이상, 또는 99% 또는 그 이상의 순도, 예를 들면, 50-99%, 60-99%, 70-99%, 80-99%, 90-99%, 95-99%, 75-95%, 80-97%, 85-95%, 또는 70-90% (가령, RP-HPLC에 의해 결정될 때) 사이의 범위에서 순도이고, 여기서 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물에서 5'-말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실 기가 보호되는 보호된 올리고뉴클레오티드의 분자량은 적어도 3,000 Da, 예를 들면, 적어도 3,500 Da, 적어도 4,000 Da, 적어도 4,500 Da, 적어도 5,000 Da, 적어도 5,500 Da, 적어도 6,000 Da, 적어도 6,500 Da, 적어도 7,000 Da, 적어도 7,500 Da, 적어도 8,000 Da, 적어도 8,500 Da, 적어도 9,000 Da, 적어도 9,500 Da, 또는 적어도 10,000 Da의 분자량, 예를 들면, 3,000-20,000 Da 사이의 범위에서 분자량, 예를 들면, 3,000-17,000 Da, 3,000-15,000 Da, 3,000-12,000 Da, 3,000-10,000 Da, 3,000-8,000 Da, 3,000-5,000 Da, 5,000-20,000 Da, 5,000-15,000 Da, 5,000-13,000 Da, 5,000-10,000 Da, 5,000-9,000 Da, 5,000-7,000 Da, 6,000-20,000 Da, 6,000-16,000 Da, 6,000-11,000 Da, 6,000-9,000 Da, 6,500-7,500 Da, 10,000-20,000 Da, 10,000-15,000 Da, 12,000-18,000 Da, 또는 15,000-20,000 Da 사이의 범위에서 분자량이고, 상기 분자량은 양자화된 분자량, 알칼리 금속 분자량, 예를 들면, 나트륨 염 형태 분자량, 또는 알칼리성 금속 분자량, 예를 들면, 마그네슘 염 형태 분자량이다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체를 갖는 적어도 하나의 또는 복수의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들) (또는 합성 실행(들))으로부터 올리고뉴클레오티드 합성 출력으로부터 유래될 수 있고, 상기 올리고뉴클레오티드 합성 출력은 하기일 수 있다:(1) 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)을 액체 올리고뉴클레오티드 조성물 또는 고체 올리고뉴클레오티드 조성물로서 제공할 수 있거나; 또는 (2) 모아지거나 또는 조합되어 (결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물이 균일한 형질과 품질을 갖도록, 예를 들면, 물리적 및 화학적 성질이 상기 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물 전역에서 분포되도록) 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)을 액체 올리고뉴클레오티드 조성물 또는 고체 올리고뉴클레오티드 조성물로서 제공할 수 있다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체를 갖는 적어도 하나의 또는 복수의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들) (또는 합성 실행(들))으로부터 올리고뉴클레오티드 합성 출력으로부터 유래될 수 있고, 상기 올리고뉴클레오티드 합성 출력은 하기일 수 있다:(1) 하기를 포함하는 적어도 하나의 추가 과정(들)에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리될 수 있거나: 올리고뉴클레오티드 화학적 변환 과정 (가령, 고체 지지체로부터 올리고뉴클레오티드 탈보호 또는 개열), 올리고뉴클레오티드 정제 과정 (가령, 이온 교환 크로마토그래피), 올리고뉴클레오티드 탈염 과정 (가령, 한외여과 및/또는 정용여과), 액체 조성물 농축 과정 (가령, 박막 증발), 또는 건조 과정 (가령, 동결건조), 또는 이들의 조합; (2) 모아지거나 또는 조합될 수 있거나 (결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물이 균일한 형질과 품질을 갖도록, 예를 들면, 물리적 및 화학적 성질이 상기 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물 전역에서 분포되도록):(a) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전; 또는 (b) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물을 더욱 작은 부분으로 분할하는 것이 뒤에 이어진; 또는 (3) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 더욱 작은 부분으로 분할될 수 있다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체를 갖는 적어도 하나의 또는 복수의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들) (또는 합성 실행(들))으로부터 올리고뉴클레오티드 합성 출력으로부터 유래될 수 있고, 상기 올리고뉴클레오티드 합성 출력은 하기를 포함하는 적어도 하나의 추가 과정(들)에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리될 수 있고: 올리고뉴클레오티드 화학적 변환 과정 (가령, 고체 지지체로부터 올리고뉴클레오티드 탈보호 또는 개열), 올리고뉴클레오티드 정제 과정 (가령, 이온 교환 크로마토그래피), 올리고뉴클레오티드 탈염 과정 (가령, 한외여과 및/또는 정용여과), 액체 조성물 농축 과정 (가령, 박막 증발), 또는 건조 과정 (가령, 동결건조), 또는 이들의 조합; 여기서:(1) 올리고뉴클레오티드 합성 출력은 하기일 수 있고:(a) 모아지거나 또는 조합될 수 있거나 (결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물이 균일한 형질과 품질을 갖도록, 예를 들면, 물리적 및 화학적 성질이 상기 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물 전역에서 분포되도록):(i) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전; 또는 (ii) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물을 더욱 작은 부분으로 분할하는 것이 뒤에 이어진; 또는 (b) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 더욱 작은 부분으로 분할될 수 있고; 및/또는 (2) 적어도 하나의 추가 과정(들) 중에서 임의의 하나, 복수, 또는 각각으로부터 발생하는 상기 출력은 하기일 수 있다:(a) 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)을 액체 올리고뉴클레오티드 조성물 또는 고체 올리고뉴클레오티드 조성물로서 제공할 수 있거나; (b) 모아지거나 또는 조합될 수 있거나 (결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물이 균일한 형질과 품질을 갖도록, 예를 들면, 물리적 및 화학적 성질이 상기 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물 전역에서 분포되도록):(i) 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)을 액체 올리고뉴클레오티드 조성물 또는 고체 올리고뉴클레오티드 조성물로서 제공하기 위해; (ii) 두 번째, 그 다음, 또는 하류 (참조: 가령, 도 1)의 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전; 또는 (iii) 두 번째, 그 다음, 또는 하류 (참조: 가령, 도 1)의 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물을 더욱 작은 부분으로 분할하는 것이 뒤에 이어진; 또는 (c) 두 번째, 그 다음, 또는 하류 (참조: 가령, 도 1)의 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 더욱 작은 부분으로 분할될 수 있다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 올리고뉴클레오티드 합성 출력 (가령, 적어도 하나, 복수, 분할된, 또는 모아진 (또는 조합된), 올리고뉴클레오티드 합성 출력)을 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 올리고뉴클레오티드 화학적 변환 과정 (가령, 고체 지지체로부터 올리고뉴클레오티드 탈보호 또는 개열)에 종속시키는 것으로부터 유래 (또는 종속시킴으로써 제조)될 수 있고, 그리고 여기서 단일 또는 복수의 병렬 반복으로부터 화학적으로 변환된 올리고뉴클레오티드 출력은 하기일 수 있다:(1) 모아지거나 또는 조합될 수 있거나 (결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물이 균일한 형질과 품질을 갖도록, 예를 들면, 물리적 및 화학적 성질이 상기 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물 전역에서 분포되도록):(a) 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)을 액체 올리고뉴클레오티드 조성물로서 제공하기 위해; (b) 하기를 포함하는 적어도 하나의 추가 과정(들)에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전: 올리고뉴클레오티드 정제, 올리고뉴클레오티드 탈염 과정, 액체 조성물 농축 과정, 또는 건조 과정, 또는 이들의 조합; 또는 (c) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물을 더욱 작은 부분으로 분할하는 것이 뒤에 이어진; (2) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 더욱 처리될 수 있거나; 또는 (3) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 더욱 작은 부분으로 분할될 수 있다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 화학적으로 변환된 올리고뉴클레오티드 출력 (가령, 적어도 하나, 복수, 분할된, 또는 모아진 (또는 조합된), 화학적으로 변환된 올리고뉴클레오티드 출력)을 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 올리고뉴클레오티드 정제 과정 (가령, 이온 교환 크로마토그래피)에 종속시키는 것으로부터 유래 (또는 종속시킴으로써 제조)될 수 있고, 그리고 여기서 단일 또는 복수의 병렬 반복으로부터 정제된 올리고뉴클레오티드 출력은 하기일 수 있다:(1) 모아지거나 또는 조합될 수 있거나 (결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물이 균일한 형질과 품질을 갖도록, 예를 들면, 물리적 및 화학적 성질이 상기 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물 전역에서 분포되도록):(a) 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)을 액체 올리고뉴클레오티드 조성물로서 제공하기 위해; (b) 하기를 포함하는 적어도 하나의 추가 과정(들)에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전: 올리고뉴클레오티드 탈염 과정, 액체 조성물 농축 과정, 또는 건조 과정, 또는 이들의 조합; 또는 (c) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물을 더욱 작은 부분으로 분할하는 것이 뒤에 이어진; (2) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 더욱 처리될 수 있거나; 또는 (3) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 더욱 작은 부분으로 분할될 수 있다. 특정 구체예에서, 올리고뉴클레오티드 정제 과정 (가령, 이온 교환 크로마토그래피)은 예로서, 특정된 양을 정제하는데 충분한 이온 교환 용량을 갖는 단일 이온 교환 칼럼을 활용하는 단일 반복에서 수행될 수 있거나, 또는 예로서, 복수의 이온 교환 칼럼을 활용하거나 또는 특정된 양을 정제하는데 충분한 이온 교환 용량을 갖는 하나 또는 그 이상의 병렬 칼럼 상에서 또는 서로 뒤이어 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님) 복수의 실행을 수행하는 복수의 병렬 반복에서 수행될 수 있다, 예를 들면, 특정된 양을 정제하는데 충분한 이온 교환 용량을 갖는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 또는 60개 이온 교환 칼럼(들) 또는 특정된 양을 정제하는데 충분한 이온 교환 용량을 갖는 이온 교환 칼럼(들) 상에서 정제 실행 (가령, 병렬 칼럼 상에서 또는 서로 뒤이어 실행), 예를 들면, 특정된 양을 정제하는데 충분한 이온 교환 용량을 갖는 1-60, 1-55, 1-50, 1-45, 1-40, 1-35, 1-30, 1-25, 1-20, 1-15, 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2, 3-10, 3-8, 3-5, 4-6, 5-10, 10-60, 10-50, 10-40, 10-30, 10-25, 10-20, 10-15, 20-50, 30-60, 또는 40-55개 사이 이내의 이온 교환 칼럼(들) 또는 특정된 양을 정제하는데 충분한 이온 교환 용량을 갖는 이온 교환 칼럼(들) 상에서 정제 실행 (가령, 병렬 칼럼 상에서 또는 서로 뒤이어 실행)을 활용하여 수행될 수 있다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 정제된 올리고뉴클레오티드 출력 (가령, 적어도 하나, 복수, 분할된, 또는 모아진 (또는 조합된), 정제된 올리고뉴클레오티드 출력)을 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 올리고뉴클레오티드 탈염 과정 (가령, 한외여과 및/또는 정용여과)에 종속시키는 것으로부터 유래 (또는 종속시킴으로써 제조)될 수 있고, 그리고 여기서 단일 또는 복수의 병렬 반복으로부터 탈염된 올리고뉴클레오티드 출력은 하기일 수 있다:(1) 모아지거나 또는 조합될 수 있거나 (결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물이 균일한 형질과 품질을 갖도록, 예를 들면, 물리적 및 화학적 성질이 상기 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물 전역에서 분포되도록):(a) 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)을 액체 올리고뉴클레오티드 조성물로서 제공하기 위해; (b) 하기를 포함하는 적어도 하나의 추가 과정(들)에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전: 액체 조성물 농축 과정, 또는 건조 과정, 또는 이들의 조합; 또는 (c) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물을 더욱 작은 부분으로 분할하는 것이 뒤에 이어진; (2) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 더욱 처리될 수 있거나; 또는 (3) 적어도 하나의 추가 과정(들) (또는 이들의 조합)에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 더욱 작은 부분으로 분할될 수 있다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 탈염된 올리고뉴클레오티드 출력 (가령, 적어도 하나, 복수, 분할된, 또는 모아진 (또는 조합된), 탈염된 올리고뉴클레오티드 출력)을 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 액체 조성물 농축 과정 (가령, 박막 증발)에 종속시키는 것으로부터 유래 (또는 종속시킴으로써 제조)될 수 있고, 그리고 여기서 단일 또는 복수의 병렬 반복으로부터 농축된 올리고뉴클레오티드 액체 조성물 출력은 하기일 수 있다:(1) 모아지거나 또는 조합될 수 있거나 (결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물이 균일한 형질과 품질을 갖도록, 예를 들면, 물리적 및 화학적 성질이 상기 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물 전역에서 분포되도록):(a) 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)을 액체 올리고뉴클레오티드 조성물로서 제공하기 위해; (b) 건조 과정에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전; 또는 (c) 건조 과정에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물을 더욱 작은 부분으로 분할하는 것이 뒤에 이어진; (2) 건조 과정에 의해 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 더욱 처리될 수 있거나; 또는 (3) 건조 과정에 의해 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 처리되기 전, 더욱 작은 부분으로 분할될 수 있다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 농축된 올리고뉴클레오티드 액체 조성물 출력 (가령, 적어도 하나, 복수, 분할된, 또는 모아진 (또는 조합된), 농축된 올리고뉴클레오티드 액체 조성물 출력)을 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 건조 과정 (가령, 동결건조)에 종속시키는 것으로부터 유래 (또는 종속시킴으로써 제조)될 수 있고, 그리고 여기서 단일 또는 복수의 병렬 반복으로부터 건조된 올리고뉴클레오티드 고체 조성물 출력은 단일 배치 조성물 (또는 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물)을 고체 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하기 위해, 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물이 균일한 형질과 품질을 갖도록, 예를 들면, 물리적 및 화학적 성질이 상기 결과의 모아진/조합된 올리고뉴클레오티드 조성물 전역에서 분포되도록 모아질 수 있다 (또는 조합될 수 있다).
특정 구체예에서, 출력 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 올리고뉴클레오티드 합성 출력 또는 추가 과정 중에서 하나 또는 그 이상으로부터 출력 (가령, 화학적으로 변환된 올리고뉴클레오티드 출력, 정제된 올리고뉴클레오티드 출력, 탈염된 올리고뉴클레오티드 출력, 농축된 올리고뉴클레오티드 액체 조성물 출력 및/또는 건조된 올리고뉴클레오티드 조성물 출력) 내에 내포된 올리고뉴클레오티드의 양은 특정된 양일 수 있다. 특정 구체예에서, 출력 올리고뉴클레오티드 조성물 (가령, 올리고뉴클레오티드 합성 출력 또는 추가 과정 중에서 하나 또는 그 이상으로부터 출력)은 적어도 하나의 출력, 모아진 또는 조합된 출력, 또는 분할된 출력일 수 있다. 특정 구체예에서, 특정된 양은 적어도 100 mmol, 예를 들면, 적어도 150 mmol, 적어도 200 mmol, 적어도 250 mmol, 적어도 300 mmol, 적어도 500 mmol, 적어도 600 mmol, 적어도 700 mmol, 적어도 800 mmol, 적어도 900 mmol, 적어도 1,000 mmol, 적어도 1,200 mmol, 적어도 1,400 mmol, 적어도 1,600 mmol, 적어도 1,800 mmol, 적어도 2,000 mmol, 적어도 2,500 mmol, 적어도 3,000 mmol, 적어도 3,500 mmol, 적어도 4,000 mmol, 또는 적어도 5,000 mmol일 수 있다, 예를 들면, 특정된 양은 300-5,400 mmol 사이의 범위, 예를 들면, 300-4,500 mmol, 300-4,000 mmol, 300-3,600 mmol, 300-3,000 mmol, 600-3,000 mmol, 700-3,600 mmol, 700-2,700 mmol, 700-2,500 mmol, 700-2,400 mmol, 700-2,000 mmol, 700-1,900 mmol, 700-1,800 mmol, 700-1,700 mmol, 700-1,600 mmol, 700-1,500 mmol, 700-1,400 mmol, 700-1,300 mmol, 700-1,200 mmol, 700-1,100 mmol, 700-1,000 mmol, 700-900 mmol, 800-1,200 mmol, 800-1,000 mmol, 900-1,600 mmol, 900-1,800 mmol, 900-2,400 mmol, 900-2,700 mmol, 900-3,600 mmol, 1,800-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol, 1,000-3,000 mmol, 1,000-2,500 mmol, 1,000-2,000 mmol, 1,000-1,500 mmol, 1,250-1,750 mmol, 1,500-3,000 mmol, 1,500-2,500 mmol, 1,500-2,000 mmol, 1,600-2,400 mmol, 2,000-3,000 mmol, 2,500-3,000 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위 안에 있을 수 있다.
특정 구체예에서, 복수의 병렬 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님), 예를 들면, 올리고뉴클레오티드 화학적 변환 과정 (가령, 고체 지지체로부터 올리고뉴클레오티드 탈보호 또는 개열), 올리고뉴클레오티드 정제 과정 (가령, 이온 교환 크로마토그래피), 올리고뉴클레오티드 탈염 과정 (가령, 한외여과 및/또는 정용여과), 액체 조성물 농축 과정 (가령, 박막 증발), 또는 건조 과정 (가령, 동결건조)을 수반하는 복수의 병렬 반복은 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 또는 기껏해야 60 이내의 병렬 반복, 예를 들면, 2-60, 2-55, 2-50, 2-45, 2-40, 2-35, 2-30, 2-25, 2-20, 2-15, 2-10, 2-9, 2-8, 2-7, 2-6, 2-5, 2-4, 2-3, 3-10, 3-8, 3-5, 4-6, 5-10, 10-60, 10-50, 10-40, 10-30, 10-25, 10-20, 10-15, 20-50, 30-60, 또는 40-55 사이 이내의 병렬 반복일 수 있다. 특정 구체예에서, 추가 과정(들)은 합성 과정으로부터 하류에서 하기 순서로 수행될 수 있다: 올리고뉴클레오티드 화학적 변환 과정 (가령, 고체 지지체로부터 올리고뉴클레오티드 탈보호 또는 개열), 올리고뉴클레오티드 정제 과정 (가령, 이온 교환 크로마토그래피), 올리고뉴클레오티드 탈염 과정 (가령, 한외여과 및/또는 정용여과), 액체 조성물 농축 과정 (가령, 박막 증발), 그리고 건조 과정 (가령, 동결건조). 특정 구체예에서, 추가 과정(들)은 합성 과정으로부터 하류에서 하기 순서로 수행될 수 있고: 올리고뉴클레오티드 화학적 변환 과정 (가령, 고체 지지체로부터 올리고뉴클레오티드 탈보호 또는 개열), 올리고뉴클레오티드 정제 과정 (가령, 이온 교환 크로마토그래피), 그리고 올리고뉴클레오티드 탈염 과정 (가령, 한외여과 및/또는 정용여과); 상기 순서는 액체 조성물 농축 과정 (가령, 박막 증발) 및/또는 건조 과정 (가령, 동결건조)이 이어질 수 있거나; 또는 상기 순서는 액체 조성물 농축 과정 (가령, 박막 증발) 및/또는 건조 과정 (가령, 동결건조)을 제외할 수 있다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 단일 배치 조성물은 이러한 단일 배치 조성물을 고체 조성물로서 제공하기 위해, 하기 순서의 과정 (각각은 단일 반복, 병렬적으로 수행된 복수의 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님), 또는 이들의 조합에서 수행됨)으로부터 유래될 수 있다: 올리고뉴클레오티드 합성 과정, 합성된 올리고뉴클레오티드의 정제 과정, 정제된 올리고뉴클레오티드의 탈염 과정, 탈염된 올리고뉴클레오티드의 액체 농축 과정, 그리고 농축된 올리고뉴클레오티드의 건조 과정.특정 구체예에서, 본원에서 개시된 단일 배치 조성물은 그 다음 제법 단계 (만약 있으면)로 진행하기에 앞서 특정 제법 단계의 복수의 반복 (또는 실행)의 출력을 모으는 것을 수반할 수 있다, 예를 들면, 그 다음 제법 단계로 진행하기에 앞서 복수의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들) (또는 합성 실행(들)), 합성된 올리고뉴클레오티드의 복수의 이온 교환 정제 칼럼(들) (또는 정제 실행(들)), 한외여과 및/또는 정용여과 과정(들)을 통한 정제된 올리고뉴클레오티드의 복수의 탈염 및/또는 탈염된 올리고뉴클레오티드의 복수의 액체 농축 (가령, 복수의 박막 증발 과정(들)을 통한)의 출력을 모으는 것을 수반할 수 있다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 단일 배치 조성물은 액체 농축된, 탈염된, 올리고뉴클레오티드의 복수의 건조 (가령, 복수의 동결건조 과정(들)을 통한)의 출력을 모으는 것으로부터 유래된 고체 조성물일 수 있다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 단일 배치 조성물은 액체 조성물, 예를 들면, 농축된 액체 조성물일 수 있고, 이러한 사례에서 단일 배치 조성물은 건조 과정을 제외하고 유래된다 (가령, 동결건조 과정 제외).
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 단일 배치 조성물은 복수의 병렬 반복 (또는 실행, 반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 수행되는 그 다음 제법 단계 (만약 있으면)로 진행하기에 앞서 특정 제법 단계의 출력을 분할하는 것을 수반할 수 있다, 예를 들면, 복수의 병렬 반복 (또는 실행, 반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 수행되는 그 다음 제법 단계 (만약 있으면)로 진행하기에 앞서 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들) (또는 합성 실행(들)), 합성된 올리고뉴클레오티드의 이온 교환 정제 칼럼(들) (또는 정제 실행(들)), 한외여과 및/또는 정용여과 과정(들)을 통한 정제된 올리고뉴클레오티드의 탈염 및/또는 탈염된 올리고뉴클레오티드의 액체 농축 (가령, 복수의 박막 증발 과정(들)을 통한)의 출력을 분할하는 것을 수반할 수 있다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 단일 배치 조성물은 액체 농축된, 탈염된, 올리고뉴클레오티드의 복수의 건조 (가령, 복수의 동결건조 과정(들)을 통한)의 출력을 분할하는 것으로부터 유래된 고체 조성물일 수 있다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 단일 배치 조성물은 액체 조성물, 예를 들면, 농축된 액체 조성물일 수 있고, 이러한 사례에서 단일 배치 조성물은 건조 과정을 제외하고 유래된다 (가령, 동결건조 과정 제외).
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 단일 배치 조성물은 특정 제법 단계로부터 출력을 모으거나 또는 분할하는 것을 제외하고, 그 다음 제법 단계 (만약 있으면)에서 특정 제법 단계의 출력을 처리하는 것으로 직접적으로 진행하는 것을 수반할 수 있고, 여기서 그 다음 제법 단계는 특정 제법 단계로부터 단일 출력만을 처리하는 것을 수반할 수 있거나 또는 일련의 병렬 반복 (또는 실행, 반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 특정 단계로부터 복수의 출력을 처리하는 것을 수반할 수 있고, 예를 들면, 단일 반복에서 또는 복수의 병렬 반복 (또는 실행, 반드시 동시에 수행되는 것은 아님)에서 수행될 수 있는 그 다음 제법 단계 (만약 있으면)에서 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들) (또는 합성 실행(들)), 합성된 올리고뉴클레오티드의 이온 교환 정제 칼럼(들) (또는 정제 실행(들)), 한외여과 및/또는 정용여과 과정(들)을 통한 정제된 올리고뉴클레오티드의 탈염 및/또는 탈염된 올리고뉴클레오티드의 액체 농축 (가령, 복수의 박막 증발 과정(들)을 통한)의 출력을 처리하는 것으로 직접적으로 진행하는 것을 수반할 수 있다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 단일 배치 조성물은 액체 농축된, 탈염된, 올리고뉴클레오티드의 단일 출력 또는 복수의 출력을 건조 (가령, 단일 또는 복수의 동결건조 과정(들)을 통해)시키는 것으로 직접적으로 진행하는 것으로부터 유래된 고체 조성물일 수 있다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 단일 배치 조성물은 단일 배치 조성물을 고체 조성물로서 제공하기 위해, 하기 순서의 과정 (각각은 단일 반복, 병렬적으로 수행된 복수의 반복 (반드시 동시에 수행되는 것은 아님), 또는 이들의 조합에서 수행됨)으로부터 유래될 수 있고: 올리고뉴클레오티드 합성 과정, 합성된 올리고뉴클레오티드의 정제 과정, 정제된 올리고뉴클레오티드의 탈염 과정, 탈염된 올리고뉴클레오티드의 액체 농축 과정, 그리고 농축된 올리고뉴클레오티드의 건조 과정; 상기 순서에서 특정 단계의 출력은 그 다음 제법 단계 (만약 있으면)로 진행하기에 앞서 모아질 수 있거나, 그 다음 제법 단계 (만약 있으면)로 진행하기에 앞서 분할될 수 있거나, 또는 특정 제법 단계으로부터 출력을 모으거나 또는 분할하는 것을 제외하고 그 다음 제법 단계 (만약 있으면)에서 직접적으로 처리될 수 있거나, 또는 이들의 조합일 수 있다 (가령, 일부 제법 단계는 모으는 것을 수반할 수 있고, 반면 다른 제법 단계는 모으거나 또는 분할하는 것을 제외하고, 이전 단계의 출력을 직접적으로 처리한다).
본원에서 이용된 바와 같이, 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물을 제조함에 있어서 일정한 구체예의 계략적 표시는 도 1에서 제공된다. 가령, 도 1의 왼쪽에 상자의 칼럼은 단일 배치 조성물을 고체 조성물로서 제조하는데 활용되는 일련의 일반적인 제법 단계 및 특정 순서를 도해하는데, 여기서 수행되는 일련의 일반적인 제법 단계는 하기와 같다: 올리고뉴클레오티드 합성 과정, 합성된 올리고뉴클레오티드의 정제 과정, 정제된 올리고뉴클레오티드의 탈염 과정, 탈염된 올리고뉴클레오티드의 액체 농축 과정, 그리고 농축된 올리고뉴클레오티드의 건조 과정.도 1의 왼쪽으로부터 상자의 두 번째 칼럼은 특정한 일반적인 제법 단계를 달성하는데 활용될 수 있는 과정의 한 가지 특정 유형을 도해한다 (가령, 올리고뉴클레오티드 합성 과정은 특정된 양의 부하 용량을 갖는 고체 지지체를 갖는 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼을 활용하여 달성될 수 있고; 정제 과정은 이온 교환 크로마토그래피 칼럼을 활용하여 달성될 수 있고; 탈염 과정은 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 활용하여 달성될 수 있고; 액체 농축 과정은 박막 증발 과정을 활용하여 달성될 수 있고; 그리고 건조 과정은 동결건조 과정을 활용하여 달성될 수 있다). 도 1의 오른쪽에 상자의 나머지 칼럼은 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물의 3 x 900 mmol, 4 x 900 mmol 및 5 x 900 mmol 규모 제조물을 도해한다 (가령, 도 1에서 도해된 특정한 구체예의 경우에: 합성 단계: 3 x 900 mmol, 4 x 900 mmol 및 5 x 900 mmol 규모 합성을 달성하기 위해, 900 mmol 부하 용량을 갖는 고체 지지체를 갖는 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들)이 활용되고, 여기서 3, 4 또는 5개의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼이 병렬적으로 또는 3, 4 또는 5회 연속적으로 단일 칼럼 실행으로서, 또는 이들의 조합으로 실행될 수 있다; 정제 단계: 3 x 900 mmol, 4 x 900 mmol 및 5 x 900 mmol 규모 정제를 달성하기 위해, 900 mmol의 올리고뉴클레오티드를 내포하는 올리고뉴클레오티드 조성물을 정제하는 이온 교환 용량을 갖는 이온 교환 크로마토그래피 칼럼(들)이 활용되고, 여기서 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들)으로부터 (가령, 3, 4 또는 5개의 칼럼으로부터) 올리고뉴클레오티드 합성 출력은 정제 단계 (합성 출력을 모으거나 또는 분할하는 것을 제외)로 직접적으로 진행하였고, 그리고 여기서 3, 4 또는 5개의 이온 교환 크로마토그래피 칼럼은 병렬적으로 또는 3, 4 또는 5회 연속적으로 단일 칼럼 실행으로서, 또는 이들의 조합으로 실행될 수 있다; 탈염 단계: 3 x 900 mmol, 4 x 900 mmol 및 5 x 900 mmol 규모 탈염을 달성하기 위해, 2,700 mmol, 3,600 mmol, 또는 4,500 mmol의 올리고뉴클레오티드를 내포하는 모아진 올리고뉴클레오티드 조성물을 탈염하는 능력을 갖는 한외여과 및/또는 정용여과 과정이 활용되고, 여기서 모아진 올리고뉴클레오티드 조성물은 각각, 탈염 과정으로 진행하기에 앞서, 3, 4 또는 5개의 이온 교환 크로마토그래피 칼럼(들) (병렬적으로 또는 연속적으로 실행)으로부터 출력을 모음으로써 제공되었다; 액체 농축 단계: 3 x 900 mmol, 4 x 900 mmol 및 5 x 900 mmol 규모 액체 농축을 달성하기 위해, 2,700 mmol, 3,600 mmol, 또는 4,500 mmol의 올리고뉴클레오티드를 내포하는 탈염된, 액체 올리고뉴클레오티드 조성물을 농축하는 능력을 갖는 박막 증발 과정이 활용되고, 여기서 UF/DF 과정으로부터 탈염 출력은 액체 농축 단계 (탈염 출력을 모으거나 또는 분할하는 것을 제외)로 직접적으로 진행하였다; 그리고 건조 단계: 3 x 900 mmol, 4 x 900 mmol 및 5 x 900 mmol 규모 건조를 달성하기 위해, 2,700 mmol, 3,600 mmol, 또는 4,500 mmol의 올리고뉴클레오티드를 내포하는 농축된 액체 조성물을 건조시키는 능력을 갖는 동결건조 과정이 활용되고, 여기서 TFE 과정으로부터 액체 농축 출력은 건조 단계 (액체 농축된 출력을 모으거나 또는 분할하는 것을 제외)로 직접적으로 진행하였다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 올리고뉴클레오티드 합성 과정, 올리고뉴클레오티드 정제 과정, 올리고뉴클레오티드 탈염 과정 및 올리고뉴클레오티드 액체 조성물 농축 과정, 그리고 임의적으로 올리고뉴클레오티드 건조 과정을 포함하는 과정의 계열로부터 유래될 수 있는데, 상기 계열에서 적어도 하나의 과정은 단지 하나의 단일 반복에서만 수행되고, 그리고 상기 계열에서 모든 나머지 하류 과정 (만약 있으면)은 단지 하나의 단일 반복에서만 수행되어, 상기 적어도 하나의 과정으로부터 단일 출력이 창출되고, 그리고 따라서, 정제된, 탈염된 및 농축된 (그리고 임의적으로 건조된) 올리고뉴클레오티드 조성물이 제공된다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 과정의 계열로부터 유래될 수 있는데, 상기 계열에서 과정 중에서 하나 또는 그 이상은 복수의 반복에서 수행될 수 있고, 그리고 복수의 반복에서 수행된 상기 과정으로부터 하류에 상기 계열에서 적어도 하나의 과정은 단지 하나의 단일 반복에서만 수행되고 복수의 반복에서 수행된 이전 과정의 모든 출력을 조합하여 (또는 모아), 적어도 하나의 하류 과정으로부터 단일 출력이 창출되고, 그리고 따라서, 정제된, 탈염된 및 농축된 (그리고 임의적으로 건조된) 올리고뉴클레오티드 조성물이 제공된다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 올리고뉴클레오티드 합성 과정의 단일 반복, 올리고뉴클레오티드 정제 과정의 단일 반복, 올리고뉴클레오티드 탈염 과정의 단일 반복 및 올리고뉴클레오티드 액체 조성물 농축 과정의 단일 반복, 그리고 임의적으로, 올리고뉴클레오티드 건조 과정의 단일 반복을 포함하는 과정의 계열로부터 유래될 수 있고, 그리고 따라서, 정제된, 탈염된 및 농축된 (그리고 임의적으로 건조된) 올리고뉴클레오티드 조성물이 제공된다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 올리고뉴클레오티드 합성 과정의 복수의 반복, 올리고뉴클레오티드 정제 과정의 복수의 반복, 올리고뉴클레오티드 정제 과정의 복수의 반복으로부터 조합된 또는 모아진 출력을 탈염함으로써 수행된 올리고뉴클레오티드 탈염 과정의 단일 반복 및 올리고뉴클레오티드 액체 조성물 농축 과정의 단일 반복, 그리고 임의적으로, 올리고뉴클레오티드 건조 과정의 단일 반복을 포함하는 과정의 계열로부터 유래될 수 있고, 그리고 따라서, 정제된, 탈염된 및 농축된 (그리고 임의적으로 건조된) 올리고뉴클레오티드 조성물이 제공된다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 단일 올리고뉴클레오티드 정제 과정이 뒤따르는 단일 올리고뉴클레오티드 합성 과정의 복수의 반복, 단일 올리고뉴클레오티드 정제 과정이 뒤따르는 단일 올리고뉴클레오티드 합성 과정의 복수의 반복으로부터 조합된 또는 모아진 출력을 탈염함으로써 수행된 올리고뉴클레오티드 탈염 과정의 단일 반복 및 올리고뉴클레오티드 액체 조성물 농축 과정의 단일 반복, 그리고 임의적으로, 올리고뉴클레오티드 건조 과정의 단일 반복을 포함하는 과정의 계열로부터 유래될 수 있고, 그리고 따라서, 정제된, 탈염된 및 농축된 (그리고 임의적으로 건조된) 올리고뉴클레오티드 조성물이 제공된다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 액체 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하기 위해, 임의선택적 올리고뉴클레오티드 건조 과정을 제외하는 과정의 계열로부터 유래될 수 있다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 고체 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하기 위해, 임의선택적 올리고뉴클레오티드 건조 과정을 포괄하는 과정의 계열로부터 유래될 수 있다.
특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 하기를 포함하거나 또는 하기로 구성될 수 있고: 적어도 65%, 예를 들면, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 균질도, 예를 들면, 65-99%, 70-99%, 75-99%, 80-99%, 85-99%, 90-99%, 95-99%, 65-95%, 70-95%, 75-95%, 80-97%, 또는 85-95% 사이의 범위에서 균질도에서 올리고뉴클레오티드, 상기 올리고뉴클레오티드는 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 서열 번호: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12의 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드, 또는 거기에 상보성 서열, 예를 들면, 몽게르센 (이전에 GED-0301)일 수 있다. 특정 구체예에서, 균질도는 RP-HPLC에 의해 결정될 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들면, 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 하기를 포함하거나 또는 하기로 구성될 수 있고: 하기 균질도에서 적어도 700 mmol, 또는 적어도 2 kg의 올리고뉴클레오티드: 적어도 65%, 예를 들면, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 균질도, 예를 들면, 65-99%, 70-99%, 75-99%, 80-99%, 85-99%, 90-99%, 95-99%, 65-95%, 70-95%, 75-95%, 80-97%, 또는 85-95% 사이의 범위에서 균질도, 상기 올리고뉴클레오티드는 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 하기 서열 번호의 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드: 서열 번호:2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12, 또는 거기에 상보성 서열, 예를 들면, 몽게르센 (이전에 GED-0301)일 수 있다.
5.17 올리고뉴클레오티드의 제제 및 용도
본원에서 제공된 방법에 따라서 합성된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 올리고뉴클레오티드 (참조: 가령, 섹션 5-5.16에서 설명된 바와 같음)는 제약학적 조성물로 조제될 수 있다 (참조: 가령, 섹션 5.18, 그리고 본원에서 전체적으로 참조로서 편입되는 공개된 국제 공개 WO 2016/105516에서 설명된 바와 같음). 가령, 제약학적 조성물로 조제될 수 있는 올리고뉴클레오티드는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 서열 번호:2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 핵산 서열을 갖는 적어도 10개 뉴클레오티드의 부분을 포함하거나, 상기 서열로 구성되거나, 또는 상기 서열의 길이에서 21개까지의 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드, 바람직하게는 하기의 핵산 서열을 갖는다: 서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'), 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타내고, 또는 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 올리고뉴클레오티드일 수 있다. 이들 올리고뉴클레오티드 및 제약학적 조성물은 치료가 필요한 환자에서 징후, 예를 들면, 염증성 징후, 예를 들면, 염증성 장 질환 (IBD) (가령, 크론병 (CD) 또는 궤양성 대장염 (UC))의 치료에서 이용될 수 있다 (참조: 가령, 섹션 5.18-5.19 및 공개된 국제 공개 WO 2016/105516에서 설명된 바와 같음).
5.18 제약학적 조성물
본 섹션에서 설명된 제약학적 조성물은 본원에서 제공된 이용 방법에서 이용될 수 있다. 참조: 가령, 섹션 5.19에서 설명된 바와 같음. 특정 구체예에서, 제약학적 조성물, 예를 들면, 경구 약형은 본원에서 제공된 방법에 따라서 합성된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 올리고뉴클레오티드, 그리고 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제를 포함한다. 특정 구체예에서, 제약학적 조성물은 경구 제약학적 조성물이다. 특정 구체예에서, 제약학적 조성물은 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물의 올리고뉴클레오티드를 IBD 환자의 말단 회장 및/또는 오른쪽 결장에 국소 전달하기 위한 장용 코팅을 포함한다. 특정 구체예에서, 제약학적 조성물은 위저항성 과립 제제이다.
예기된 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 SMAD7에 대항하여 행동하고 경구 투여될 수 있는 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 개시된 요법은 염증성 장 질환 (IBD)으로 고통받는 개체에게 경구 투여될 때, SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 효과량을 환자의 장관 시스템에 전달할 수 있다, 예를 들면, SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 효과량을 환자의 말단 회장 및/또는 오른쪽 결장에 전달할 수 있다.
본원에서 제공된 IBD를 치료하는 방법의 특정 구체예에서, 항-SMAD7 요법 (가령, SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함하는 요법)은 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 경구 전달, 예를 들면, 장용 코팅, 예를 들면, 위저항성 코팅을 포함하는 정제에 적합할 수 있고, 따라서 이들 조성물은 안티센스 화합물을 예로서, 환자의 말단 회장 및 오른쪽 결장에 전달할 수 있다. 가령, 이런 투여는 국소 효과를 유발하고, 개체의 장의 영향을 받은 부분에 직접적으로 안티센스 화합물을 실제적으로 국소 적용할 수 있다. 이런 투여는 특정 구체예에서, 안티센스 화합물의 원치 않는 전신 흡수를 실제적으로 방지할 수 있다.
가령, 경구 투여를 위한 정제는 개시된 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 제약학적으로 허용되는 부형제를 포함하는 과립을 포함할 수 있다 (가령, 적어도 부분적으로 과립으로부터 형성된다). 이런 정제는 장용 코팅으로 코팅될 수 있다. 예기된 정제는 제약학적으로 허용되는 부형제, 예를 들면, 충전제, 결합제, 붕괴제 및/또는 윤활제뿐만 아니라 착색제, 방출 작용제, 코팅제, 감미제, 풍미제, 예를 들면, 노루발풀, 오렌지, 자일리톨, 소르비톨, 프룩토오스 및 말토덱스트린, 그리고 방향제, 보존제 및/또는 항산화제를 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 제약학적 조성물, 예를 들면, 경구 약형 (가령, 본원에서 개시된 바와 같은 정제 또는 코팅된 정제)은 개시된 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 본원에서 제공된 방법에 따라서 합성된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 단일 배치 조성물의 부분을 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 함께 조제하는 (가령, 조합하는, 혼합하는, 또는 블렌딩하는) 것을 포함한다. 가령, 특정 구체예에서, SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열 번호: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 핵산 서열, 바람직하게는 하기의 핵산 서열을 갖는다: 서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'), 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
특정 구체예에서, 예기된 제약학적 제제는 예기된 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 또는 제약학적으로 허용되는 염 및 제약학적으로 허용되는 충전제를 포함하는 과립내 상을 포함한다. 가령, 올리고뉴클레오티드는 본원에서 제공된 방법에 따라서 합성된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 또는 화학적으로 변형된 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 올리고뉴클레오티드; 예를 들면, 서열 번호:2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 핵산 서열을 갖는 적어도 10개 뉴클레오티드의 부분을 포함하거나, 상기 서열로 구성되거나, 또는 상기 서열의 길이에서 21개까지의 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드, 바람직하게는 하기의 핵산 서열을 갖는다: 서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'), 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타내고, 그리고 충전제가 임의적으로 다른 부형제와 함께 혼합되고 과립으로 형성될 수 있다. 특정 구체예에서, 과립내 상은 습식 제립화를 이용하여 형성될 수 있다, 예를 들면, 액체 (가령, 물)가 혼합된 안티센스 화합물 및 충전제에 첨가되고, 그리고 이후, 조합이 건조되고, 제분되고 및/또는 체질되어 과립이 생산된다. 당업자는 다른 과정이 과립내 상을 달성하는데 이용될 수 있다는 것을 이해할 것이다.
특정 구체예에서, 예기된 제제는 과립외 상을 포함하는데, 이것은 한 가지 또는 그 이상의 제약학적으로 허용되는 부형제를 포함할 수 있고, 그리고 과립내 상과 혼합되어 개시된 제제를 형성할 수 있다.
항-SMAD7 요법 제제는 충전제를 포함하는 과립내 상을 포함할 수 있다. 예시적인 충전제는 셀룰로오스, 젤라틴, 인산칼슘, 락토오스, 수크로오스, 글루코오스, 만니톨, 소르비톨, 미정질 셀룰로오스, 펙틴, 폴리아크릴레이트, 덱스트로스, 셀룰로오스 아세트산염, 히드록시프로필메틸 셀룰로오스, 부분적으로 전호화된 전분, 탄산칼슘, 그리고 이들의 조합을 비롯한 다른 것들을 포함하지만 이들에 한정되지 않는다.
특정 구체예에서, 항-SMAD7 요법 제제는 결합제를 포함하는 과립내 상 및/또는 과립외 상을 포함할 수 있는데, 이것은 일반적으로, 제약학적 제제의 성분을 함께 유지하는 기능을 할 수 있다. 예시적인 결합제는 예로서, 하기를 포함한다: 전분, 당, 셀룰로오스 또는 변형된 셀룰로오스, 예를 들면, 히드록시프로필 셀룰로오스, 락토오스, 전호화된 옥수수 전분, 폴리비닐 피롤리돈, 히드록시프로필 셀룰로오스, 히드록시프로필메틸 셀룰로오스, 저치환도 히드록시프로필 셀룰로오스, 나트륨 카르복시메틸 셀룰로오스, 메틸 셀룰로오스, 에틸 셀룰로오스, 당 알코올, 그리고 이들의 조합을 비롯한 다른 것들.
가령, 과립내 상 및/또는 과립외 상을 포함하는 예기된 항-SMAD7 요법 제제는 붕괴제, 예를 들면, 하지만 제한 없이, 전분, 셀룰로오스, 교차연결된 폴리비닐 피롤리돈, 나트륨 전분 글리콜산염, 나트륨 카르복시메틸 셀룰로오스, 알긴산염, 옥수수 전분, 크로스멜로스 나트륨, 교차연결된 카르복시메틸 셀룰로오스, 저치환도 히드록시프로필 셀룰로오스, 아카시아, 그리고 이들의 조합을 비롯한 다른 것들을 포함할 수 있다. 가령, 과립내 상 및/또는 과립외 상이 붕괴제를 포함할 수 있다.
특정 구체예에서, 예기된 항-SMAD7 요법 제제는 개시된 안티센스 화합물 및 하기에서 선택되는 부형제를 포함하는 과립내 상:만니톨, 미정질 셀룰로오스, 히드록시프로필메틸 셀룰로오스, 그리고 나트륨 전분 글리콜산염, 또는 이들의 조합, 그리고 하기 중에서 한 가지 또는 그 이상을 포함하는 과립외 상: 미정질 셀룰로오스, 나트륨 전분 글리콜산염, 그리고 스테아르산마그네슘, 또는 이들의 혼합물을 포함한다.
특정 구체예에서, 예기된 항-SMAD7 요법 제제는 윤활제를 포함할 수 있다, 예를 들면, 과립외 상이 윤활제를 내포할 수 있다. 윤활제는 하기를 포함하지만 이들에 한정되지 않는다: 활석, 실리카, 지방, 스테아린, 스테아르산마그네슘, 인산칼슘, 이산화실리콘, 규산칼슘, 인산칼슘, 콜로이드성 이산화실리콘, 금속성 스테아르산염, 수소첨가된 식물성 오일, 옥수수 전분, 벤조산나트륨, 폴리에틸렌 글리콜, 아세트산나트륨, 스테아르산칼슘, 나트륨 라우릴 황산염, 염화나트륨, 마그네슘 라우릴 황산염, 활석, 그리고 스테아르산.
특정 구체예에서, 제약학적 제제는 장용 코팅을 포함한다. 일반적으로, 장용 코팅은 약물이 소화관을 따라서 흡수되는 위치를 제어하는, 경구 약제에 대한 장벽을 창출한다. 장용 코팅은 pH에 따라서 상이한 비율로 붕괴하는 중합체를 포함할 수 있다. 장용 코팅은 예로서, 셀룰로오스 아세트산염 프탈산염, 메틸 아크릴레이트-메타크릴산 공중합체, 셀룰로오스 아세트산염 숙신산염, 히드록실프로필메틸 셀룰로오스 프탈산염, 메틸 메타크릴레이트-메타크릴산 공중합체, 에틸아크릴레이트-메타크릴산 공중합체, 메타크릴산 공중합체 유형 C, 폴리비닐 아세트산염-프탈산염, 그리고 셀룰로오스 아세트산염 프탈산염을 포함할 수 있다.
특정 구체예에서, 장용 코팅은 메타크릴산, 메타크릴산/아크릴산 에스테르 또는 이들의 유도체에 기초된 음이온성, 양이온성 또는 중성 공중합체를 포함한다. 특정 구체예에서, 장용 코팅은 에틸아크릴레이트-메타크릴산 공중합체를 포함한다. 상업적으로 가용한 장용 코팅은 Opadry® AMB, Acryl-EZE®, Eudragit®를 포함한다. 특정 구체예에서, 장용 코팅은 중량으로 예기된 정제의 약 5% 내지 약 10%, 약 5% 내지 약 20%, 약 8% 내지 약 15%, 약 8% 내지 약 18%, 약 10% 내지 약 12%, 또는 약 12% 내지 약 16%를 구성한다.
가령, SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약학적으로 허용되는 염의 중량으로 약 0.5% 내지 약 70%, 예를 들면, 약 0.5% 내지 약 10%, 또는 약 1% 내지 약 20%를 포함하거나 또는 이것으로 본질적으로 구성되는, 정제의 형태에서 항-SMAD7 요법이 제공된다. 이런 정제는 예로서, 중량으로 약 0.5% 내지 약 60%의 만니톨, 예를 들면, 중량으로 약 30% 내지 약 50% 만니톨, 예를 들면, 중량으로 약 40% 만니톨; 및/또는 중량으로 약 20% 내지 약 40%의 미정질 셀룰로오스, 또는 중량으로 약 10% 내지 약 30%의 미정질 셀룰로오스를 포함할 수 있다. 가령, 예기된 정제는 중량으로 약 30% 내지 약 60%, 예를 들면, 약 45% 내지 약 65%, 또는 대안으로, 중량으로 약 5 내지 약 10%의 본원에서 제공된 방법에 따라서 합성된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 올리고뉴클레오티드 (상기 올리고뉴클레오티드는 서열 번호: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 핵산 서열, 바람직하게는 하기의 핵산 서열을 갖는다:서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3')을 갖고, 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다), 중량으로 약 30% 내지 약 50%, 또는 대안으로, 약 5% 내지 약 15% 만니톨, 약 5% 내지 약 15% 미정질 셀룰로오스, 약 0% 내지 약 4%, 또는 약 1% 내지 약 7% 히드록시프로필메틸 셀룰로오스, 그리고 중량으로 약 0% 내지 약 4%, 예를 들면, 약 2% 내지 약 4% 나트륨 전분 글리콜산염을 포함하는 과립내 상을 포함할 수 있다.
예시적인 항-SMAD7 요법 제제는 약 10 mg 내지 약 500mg의 본원에서 제공된 방법에 따라서 합성된, 예를 들면, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 (상기 올리고뉴클레오티드는 하기 서열 번호의 핵산 서열: 서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3')을 갖고, 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다)를 포함하거나 또는 이것으로 본질적으로 구성되는 약형을 포함한다, 예를 들면, 약 30 mg 및 약 310 mg 사이, 약 50 mg 및 약 290 mg 사이, 약 70 mg 및 약 270 mg 사이, 약 70 mg 및 약 250 mg 사이, 약 90 mg 및 약 230 mg 사이, 약 110 mg 및 약 210 mg 사이, 또는 130 mg 및 약 190 mg 사이, 또는 150 mg 및 약 170 mg 사이의 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함하는 정제가 본원에서 예기된다. 특정 구체예에서, 정제는 약 5 mg 및 약 90 mg 사이, 약 10 mg 및 약 70 mg 사이, 또는 약 30 mg 및 약 50 mg 사이의 본원에서 제공된 방법에 따라서 합성된, 예를 들면, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 상기 올리고뉴클레오티드는 하기 서열 번호의 핵산 서열: 서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'), 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다. 특정 구체예에서, 정제는 약 20 mg, 약 40 mg, 약 60 mg, 약 80 mg, 약 100 mg, 약 120 mg, 약 140 mg, 약 160 mg, 약 180 mg, 약 200 mg, 약 220 mg, 약 240 mg, 약 260 mg, 약 280 mg, 또는 약 300 mg의 본원에서 제공된 방법에 따라서 합성된, 예를 들면, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 상기 올리고뉴클레오티드는 하기 서열 번호의 핵산 서열: 서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'), 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
한 구체예에서, 항-SMAD7 요법은 하기를 포함하는 경구 이용을 위한 정제일 수 있다: 중량으로 약 0.5% 내지 약 10%의 본원에서 제공된 방법에 따라서 합성된, 예를 들면, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 (상기 올리고뉴클레오티드는 하기 서열 번호의 핵산 서열: 서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3')을 갖고, 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다), 또는 이의 제약학적으로 허용되는 염; 중량으로 약 30% 내지 약 50% 만니톨; 그리고 중량으로 약 10% 내지 약 30% 미정질 셀룰로오스.
본 발명의 한 예시적인 구체예에서, 하기를 포함하는 경구 투여를 위한 제약학적으로 허용되는 정제가 제공된다: 본원에서 제공된 방법에 따라서 합성된, 예를 들면, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 (상기 올리고뉴클레오티드는 하기 서열 번호의 핵산 서열: 서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'), 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다)의 약 50% 중량으로 포함할 수 있는 과립내 상, (또는 이의 염), 중량으로 약 11.5% 만니톨, 중량으로 약 10% 미정질 셀룰로오스, 중량으로 약 3% 히드록시프로필메틸 셀룰로오스 및 중량으로 약 2.5% 나트륨 전분 글리콜산염; 그리고 중량으로 약 20% 미정질 셀룰로오스, 중량으로 약 2.5% 나트륨 전분 글리콜산염 및 중량으로 약 0.5% 스테아르산마그네슘을 포함하는 과립외 상. 정제는 또한, 장용 코팅을 포함할 수 있다.
다른 예시적인 구체예에서, 하기를 포함하거나 또는 하기로 본질적으로 구성되는, 경구 투여를 위한 제약학적으로 허용되는 정제가 제공된다: 하기를 포함하거나 또는 하기로 본질적으로 구성될 수 있는 과립내 상: 중량으로 약 5% 내지 약 10%, 예를 들면, 약 8%의 본원에서 제공된 방법에 따라서 합성된, 예를 들면, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 (상기 올리고뉴클레오티드는 하기 서열 번호의 핵산 서열: 서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3')을 갖고, 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다), 중량으로 약 40% 만니톨, 중량으로 약 8% 미정질 셀룰로오스, 중량으로 약 5% 히드록시프로필메틸 셀룰로오스 및 중량으로 약 2% 나트륨 전분 글리콜산염; 그리고 하기를 포함할 수 있는 과립외 상: 중량으로 약 17% 미정질 셀룰로오스, 중량으로 약 2% 나트륨 전분 글리콜산염 및 중량으로 약 0.4% 스테아르산마그네슘.
예기된 정제는 또한, 장용 코팅을 포함할 수 있다, 예를 들면, 개시된 정제는 중량으로 약 10%, 약 11%, 약 12%, 약 13%, 약 14%, 약 15%, 약 16%, 약 17%, 또는 약 18%의 장용 코팅, 예를 들면, 에틸아크릴레이트-메타크릴산 공중합체 (가령, AcyrlEZE®)를 포함할 수 있다.
특정 구체예에서, 정제는 코팅된 정제이고, 그리고 상기 코팅된 정제는 중량으로 약 11%의 장용 코팅, 예를 들면, 에틸아크릴레이트-메타크릴산 공중합체 (가령, AcyrlEZE®) 및 약 40 mg 또는 160 mg의 본원에서 제공된 방법에 따라서 합성된, 예를 들면, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 상기 올리고뉴클레오티드는 서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3')의 핵산 서열을 갖으며, 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다. 가령, 항-SMAD7 요법은 과립내 상 및 과립외 상을 포함하는, 경구 이용을 위한 제약학적으로 허용되는 정제의 형태일 수 있고, 여기서 예로서, 과립내 상은 하기를 포함하고: 중량으로 약 5% 내지 약 10% (가령, 중량으로 약 8%)의 본원에서 제공된 방법에 따라서 합성된, 예를 들면, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 (상기 올리고뉴클레오티드는 하기 서열 번호의 핵산 서열: 서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3')을 갖고, 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다), 또는 이의 제약학적으로 허용되는 염, 중량으로 약 40% 만니톨, 중량으로 약 8% 미정질 셀룰로오스, 중량으로 약 5% 히드록시프로필메틸 셀룰로오스 및 중량으로 약 2% 나트륨 전분 글리콜산염, 그리고 예로서, 과립외 상은 하기를 포함하고: 중량으로 약 17% 미정질 셀룰로오스, 중량으로 약 2% 나트륨 전분 글리콜산염 및 중량으로 약 0.4% 스테아르산마그네슘, 상기 정제는 장용 코팅을 더욱 포함할 수 있다.
특정 구체예에서, 본원에서 제공된 방법에 따라서 합성된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 올리고뉴클레오티드 (참조: 가령, 섹션 5-5.16에서 설명된 바와 같음)는 본원에서 개시된 방법에 따라서, 제약학적 조성물, 예를 들면, 경구 약형 (가령, 본원에서 설명된 바와 같은 정제 또는 코팅된 정제)의 계열로 조제될 수 있다. 가령, 특정 구체예에서, 정제 (가령, 코팅된 정제)의 계열을 제조하는 방법은 적어도 700 mmol의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 적어도 700 mmol의 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물을 경구 투약에 적합한 부분으로 분할하고, 그리고 상기 부분을 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 조합하는 것을 포함하고; 상기 올리고뉴클레오티드는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드이고, 예를 들면, 상기 올리고뉴클레오티드는 서열 번호: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 핵산 서열, 바람직하게는 하기의 핵산 서열을 갖는다:서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'), 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다. 가령, 특정 구체예에서, 정제 (가령, 코팅된 정제)의 계열을 제조하는 방법은 적어도 2 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 적어도 2 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물을 경구 투약에 적합한 하나 또는 그 이상의 부분으로 분할하고, 그리고 하나 또는 그 이상의 부분 중에서 적어도 하나 또는 각각을 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 조합하는 것을 포함하고; 상기 올리고뉴클레오티드는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드이고, 예를 들면, 상기 올리고뉴클레오티드는 서열 번호: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 핵산 서열, 바람직하게는 하기의 핵산 서열을 갖는다:서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'), 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다. 가령, 특정 구체예에서, 정제 (가령, 코팅된 정제)의 계열을 제조하는 방법은 적어도 2 kg의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 예를 들면, 적어도 2 kg의 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물을 경구 투약에 적합한 하나 또는 그 이상의 부분으로 분할하고, 그리고 하나 또는 그 이상의 부분 중에서 적어도 하나 또는 각각을 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 조합하는 것을 포함하고; 상기 올리고뉴클레오티드는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드이고, 예를 들면, 상기 올리고뉴클레오티드는 서열 번호: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 핵산 서열, 바람직하게는 하기의 핵산 서열을 갖는다:서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'), 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다. 가령, 특정 구체예에서, 정제 (가령, 코팅된 정제)의 계열을 제조하는 방법은 적어도 하나의 700 mmol 또는 그 이상의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼으로부터 적어도 50 mol%의 올리고뉴클레오티드 출력을 포함하는, 예를 들면, 적어도 하나의 700 mmol 또는 그 이상의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼으로부터 적어도 50 mol%의 올리고뉴클레오티드 출력 및 기껏해야 25 중량% 물을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물을 경구 투약에 적합한 하나 또는 그 이상의 부분으로 분할하고, 그리고 이들 부분 중에서 적어도 하나 또는 각각을 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 조합하는 것을 포함하고; 상기 올리고뉴클레오티드는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드이고, 예를 들면, 상기 올리고뉴클레오티드는 서열 번호: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 핵산 서열, 바람직하게는 하기의 핵산 서열을 갖는다:서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'), 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다. 특정 구체예에서, 정제 (가령, 코팅된 정제)의 계열은 적어도 100개의 정제 (또는 코팅된 정제), 예를 들면, 적어도 500개, 예를 들면, 적어도 1,000개, 적어도 2,000개, 적어도 5,000개, 적어도 10,000개, 적어도 20,000개, 적어도 50,000개, 적어도 100,000개, 또는 적어도 200,000개의 정제 (또는 코팅된 정제), 예를 들면, 100-1,000,000개 사이의 정제 (또는 코팅된 정제), 예를 들면, 1,000-1,000,000개 사이, 10,000-1,000,000개 사이, 50,000-1,000,000개 사이, 100,000-1,000,000개 사이, 또는 500-1,000,000개 사이의 정제 (또는 코팅된 정제)이다. 특정 구체예에서, 정제의 계열을 제조하는 방법에서 활용되는 단일 배치 조성물은 각각, 21 CFR 210.3(2) 및 21 CFR 210.3(10) 하에 규정된 바와 같은 용어 배치 또는 로트를 준수한다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 하나 또는 그 이상, 예를 들면, 복수의 단일 배치 조성물, 예를 들면, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 단일 배치 조성물이 정제의 계열을 제조하는 방법에서 활용된다.
특정 구체예에서, 하기를 포함하는 제약학적 조성물 배치가 제공된다: 본원에서 개시된 바와 같은 단일 배치 조성물 또는 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물 (참조: 가령, 섹션 5-5.16에서 설명된 바와 같음)의 적어도 일부, 그리고 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제.가령, 특정 구체예에서, 제약학적 조성물 배치는 적어도 10 중량%, 적어도 20 중량%, 적어도 30 중량%, 적어도 40 중량%, 적어도 50 중량%, 적어도 60 중량%, 적어도 70 중량%, 적어도 80 중량%, 적어도 90 중량%, 적어도 95 중량%, 또는 100 중량%의 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물을 포함한다. 특정 구체예에서, 예를 들면, 제약학적 조성물 배치는 적어도 하나의 경구 약형 (가령, 본원에서 설명된 바와 같은 정제 또는 코팅된 정제), 예를 들면, 경구 약형의 계열, 예를 들면, 정제의 계열 또는 코팅된 정제의 계열을 포함한다. 특정 구체예에서, 제약학적 조성물 배치는 본원에서 개시된 바와 같은 단일 배치 조성물 또는 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물 (참조: 가령, 섹션 5-5.16에서 설명된 바와 같음)의 적어도 일부를 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제로 조제 (또는 조합)함으로써 제조된다. 특정 구체예에서, 예로서, 제약학적 조성물 배치는 하기를 포함하고: 적어도 700 mmol의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 적어도 700 mmol의 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물의 적어도 일부, 그리고 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제; 상기 올리고뉴클레오티드는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드이고, 예를 들면, 상기 올리고뉴클레오티드는 서열 번호:2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 핵산 서열, 바람직하게는 하기의 핵산 서열을 갖는다:서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'), 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다. 가령, 특정 구체예에서, 제약학적 조성물 배치는 하기를 포함하고: 적어도 2 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 적어도 2 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물의 적어도 일부, 그리고 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제; 상기 올리고뉴클레오티드는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드이고, 예를 들면, 상기 올리고뉴클레오티드는 서열 번호: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 핵산 서열, 바람직하게는 하기의 핵산 서열을 갖는다:서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'), 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다. 가령, 특정 구체예에서, 제약학적 조성물 배치는 하기를 포함하고: 적어도 2 kg의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 예를 들면, 적어도 2 kg의 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물의 적어도 일부, 그리고 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제; 상기 올리고뉴클레오티드는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드이고, 예를 들면, 상기 올리고뉴클레오티드는 하기 서열 번호 중에서 한 가지의 핵산 서열: 서열 번호:2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12, 바람직하게는 하기의 핵산 서열을 갖는다:서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'), 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다. 가령, 특정 구체예에서, 제약학적 조성물 배치는 하기를 포함하고: 적어도 하나의 700 mmol 또는 그 이상의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼으로부터 적어도 50 mol%의 올리고뉴클레오티드 출력을 포함하는, 예를 들면, 적어도 하나의 700 mmol 또는 그 이상의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼으로부터 적어도 50 mol%의 올리고뉴클레오티드 출력 및 기껏해야 25 중량% 물을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물의 적어도 일부, 그리고 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제; 상기 올리고뉴클레오티드는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드이고, 예를 들면, 상기 올리고뉴클레오티드는 하기 서열 번호 중에서 한 가지의 핵산 서열: 서열 번호:2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12, 바람직하게는 하기의 핵산 서열을 갖는다:서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'), 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다. 특정 구체예에서, 제약학적 조성물 배치는 경구 약형 (가령, 정제 또는 코팅된 정제)의 계열을 포함하거나 또는 이러한 계열이다. 가령, 특정 구체예에서, 제약학적 조성물 배치는 적어도 100개의 정제 (또는 코팅된 정제), 예를 들면, 적어도 500개, 예를 들면, 적어도 1,000개, 적어도 2,000개, 적어도 5,000개, 적어도 10,000개, 적어도 20,000개, 적어도 50,000개, 적어도 100,000개, 또는 적어도 200,000개의 정제 (또는 코팅된 정제), 예를 들면, 100-1,000,000개 사이의 정제 (또는 코팅된 정제), 예를 들면, 1,000-1,000,000개 사이, 10,000-1,000,000개 사이, 50,000-1,000,000개 사이, 100,000-1,000,000개 사이, 또는 500-1,000,000개 사이의 정제 (또는 코팅된 정제)의 계열을 포함하거나 또는 이러한 계열이다. 특정 구체예에서, 제약학적 조성물 배치, 또는 제약학적 조성물 배치에서 내포되거나 또는 제약학적 조성물 배치를 제조하는데 활용되는 단일 배치 조성물은 각각, 21 CFR 210.3(2) 및 21 CFR 210.3(10) 하에 규정된 바와 같은 용어 배치 또는 로트를 준수한다. 특정 구체예에서, 본원에서 개시된 방법에 따라서 제조된 하나 또는 그 이상, 예를 들면, 복수의 단일 배치 조성물, 예를 들면, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 단일 배치 조성물은 제약학적 조성물 배치 내에 내포되거나, 또는 제약학적 조성물 배치를 제조하는데 활용된다.
예기된 제제, 예를 들면, 정제 또는 코팅된 정제는 특정 구체예에서, 환자에게 경구 투여될 때 환자에서 올리고뉴클레오티드의 최소 혈장 농도를 유발할 수 있다. 다른 구체예에서, 예기된 제제는 환자에게 경구 투여될 때, 환자의 말단 회장 및/또는 오른쪽 결장에, 예를 들면, 환자의 영향을 받은 또는 병든 장관 부위에 국소 전달된다.
5.19 치료 섭생
5.19.1 투여 섭생
한 양상에서, 염증성 장 질환 (IBD)을 앓는 환자에서 IBD를 치료하거나 또는 관리하기 위한 방법이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 (a) 첫 번째 치료 기간 동안 첫 번째 용량에서 SMAD7 안티센스-올리고뉴클레오티드를 환자에게 투여하고; 그리고 (b) 두 번째 치료 기간 동안 두 번째 용량에서 상기 SMAD7 안티센스-올리고뉴클레오티드를 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
특정 구체예에서, 첫 번째 치료 기간 동안 투여되는 항-SMAD7 요법의 용량은 두 번째 치료 기간 동안 투여되는 용량보다 높다.
첫 번째와 두 번째 치료 기간은 각각, 수 주, 수개월, 또는 수년의 지속 기간을 가질 수 있다. 첫 번째와 두 번째 기간의 길이는 예로서, IBD 환자가 항-SMAD7 요법에 반응하는 지, 환자가 얼마나 강하게 반응하는 지 (가령, 임상적 반응의 정도 또는 관해의 발생), 또는 항-SMAD7 요법에 이전에 반응했던 환자가 재발하는 지에 따라서 조정될 수 있다.
특정 구체예에서, 염증성 장 질환 (IBD)은 크론병 (CD)이다. 특정 구체예에서, 염증성 장 질환 (IBD)은 궤양성 대장염 (UC)이다.
5.19.2 IBD 치료와 관리
본 섹션에서 언급된 방법은 예로서, 임상적 활성 파라미터 또는 생물마커 수준에 의해 결정될 때, 예로서 경등도, 중등도, 또는 중증 형태의 IBD (가령, 경등도, 중등도, 또는 중증 형태의 크론병 (CD) 또는 궤양성 대장염 (UC))을 비롯한 IBD를 앓는 환자 또는 개체에서 IBD를 치료하거나 또는 관리하는데 유용하다. 특정 구체예에서, 상기 방법은 예로서, IBD가 발달할 위험에 처해있는 환자에서, 예로서 당해 분야에서 공지된 환자에서 일정한 위험 인자 (가령, 유전적, 환경적, 또는 생활양식 인자)의 존재에 의해 결정될 때 IBD를 예방하는데 유용하다. 특정 구체예에서, 본원에서 제공된 방법은 실패하는 IBD 치료 (가령, 아미노살리실레이트 치료 또는 스테로이드 치료)를 이전에 제공받았던 환자에서, 또는 임상적 증상이 거의 또는 전혀 없는 만성 질환을 경험하고 있는 치료 미경험 환자에서 IBD의 재발을 예방하는데 유용하다.
특정 구체예에서, IBD를 치료하거나 또는 관리하는 것은 IBD의 한 가지 또는 그 이상의 임상적 증상을 감소시키는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, IBD를 치료하거나 또는 관리하는 것은 CD의 증상, 예를 들면, 배 통증 (가령, 경련, 만지면 쓰라림, 끊임없는 아픔 포함), 설사 (가령, 혈변 포함), 식욕 상실, 열병, 체중 감소, 빈혈, 장관 염증, 또는 감염 (가령, 농양), 항문 열창, 관절 통증, 눈 문제, 피부 발진, 또는 간 질환을 감소시키는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, IBD를 치료하거나 또는 관리하는 것은 UC의 한 가지 또는 그 이상의 증상, 예를 들면, 장관 팽화, 장관 염증, 대장의 내층 (결장)에서 아픔, 설사, 배 통증, 또는 직장으로부터 출혈을 감소시키는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, IBD를 치료하거나 또는 관리하는 것은 상기 질환의 만성기 동안 한 가지 또는 그 이상의 IBD 증상을 감소시키는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, IBD를 치료하거나 또는 관리하는 것은 상기 질환의 급성기 동안 (가령, 질환 "격앙" 동안) 한 가지 또는 그 이상의 IBD 증상을 감소시키는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, IBD를 치료하거나 또는 관리하는 것은 IBD 치료, 예를 들면, 항-SMAD7 요법 (가령, SMAD7 안티센스-올리고뉴클레오티드)에 반응했던 IBD 환자에서 재발까지 시간을 증가시키는 것을 포함한다.
특정 구체예에서, IBD를 치료하거나 또는 관리하는 것은 질환 격앙의 강도를 감소시키는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, IBD를 치료하거나 또는 관리하는 것은 IBD 환자에서 격앙이 발생하는 빈도를 감소시키는 것을 포함한다.
특정 구체예에서, IBD를 치료하거나 또는 관리하는 것은 예로서, IBD 환자에서 통증을 감소시킴으로써, IBD 환자에서 식욕을 향상시킴으로써, 또는 IBD 환자의 수면 (가령, 중단되지 않은 수면의 길이)을 향상시킴으로써 IBD 환자의 삶의 질을 향상시키는 것을 포함한다 (가령, 환자 조사에 의해 결정될 때).
5.19.3 예방
특정 구체예에서, IBD를 예방하거나 또는 IBD의 재발을 예방하는 것은 IBD의 한 가지 또는 그 이상의 임상적 증상의 발생 또는 재발을 부분적으로 또는 완전하게 예방하는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, IBD를 예방하거나 또는 IBD의 재발을 예방하는 것은 CD의 증상, 예를 들면, 배 통증 (가령, 경련, 만지면 쓰라림, 끊임없는 아픔 포함), 설사 (가령, 혈변 포함), 식욕 상실, 열병, 체중 감소, 빈혈, 장관 염증, 또는 감염 (가령, 농양), 항문 열창, 관절 통증, 눈 문제, 피부 발진, 또는 간 질환의 발생 또는 재발을 예방하는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, IBD를 예방하거나 또는 IBD의 재발을 예방하는 것은 UC의 한 가지 또는 그 이상의 증상, 예를 들면, 장관 팽화, 장관 염증, 대장의 내층 (결장)에서 아픔, 설사, 배 통증, 또는 직장으로부터 출혈의 발생 또는 재발을 예방하는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, IBD를 예방하거나 또는 IBD의 재발을 예방하는 것은 상기 질환의 만성기 동안 한 가지 또는 그 이상의 IBD 증상을 예방하는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, IBD를 예방하거나 또는 IBD의 재발을 예방하는 것은 상기 질환의 급성기 동안 (가령, 질환 "격앙" 동안) 한 가지 또는 그 이상의 IBD 증상을 감소시키는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, IBD의 재발을 예방하는 것은 IBD 치료, 예를 들면, 항-SMAD7 요법 (가령, SMAD7 안티센스-올리고뉴클레오티드)에 반응했던 IBD 환자에서 재발까지 시간을 증가시키는 것을 포함한다.
특정 구체예에서, IBD를 예방하거나 또는 IBD의 재발을 예방하는 것은 질환 격앙 또는 일정한 강도의 질환 격앙의 발생 또는 재발을 예방하는 것을 포함한다. 특정 구체예에서, IBD를 예방하거나 또는 IBD의 재발을 예방하는 것은 일정한 빈도에서 (가령, IBD 치료 섭생의 투여 직전에 IBD를 앓는 환자에서 관찰되는 빈도에서 또는 치료되지 않은 IBD 환자의 대조군에서 관찰되는 빈도 (가령, 중앙, 평균 또는 평균 빈도)에서 격앙의 발생 또는 재발을 예방하는 것을 포함한다.
특정 구체예에서, IBD를 예방하거나 또는 IBD의 재발을 예방하는 것은 예로서, IBD 환자에서 통증에서 증가를 예방함으로써, IBD 환자에서 식욕의 (추가) 상실을 예방함으로써, 또는 IBD 환자에서 불면증의 악화를 예방함으로써, IBD 환자의 삶의 질에서 (추가) 악화를 예방하는 것을 포함한다 (가령, 환자 조사에 의해 결정될 때),
5.19.4 환자 개체군
특정 구체예에서, 본원에서 제공된 방법으로 치료되는 IBD 환자는 UC 환자 또는 CD 환자이다. 특정 구체예에서, IBD를 앓는 환자는 초기 선별검사 기간 또는 첫 번째 치료 기간보다 적어도 3 개월 앞서 CD 또는 UC로 진단되었다. 특정 구체예에서, IBD를 앓는 환자는 선별검사 기간 또는 첫 번째 치료 기간에 앞서 2 년 이내에, 예로서 내시경, 방사선투과 또는 다른 영상화 방법 (가령, 자기 공명 영상법 [MRI], 전산화 단층촬영술 [CT] 스캔)에 의해 결정될 때, 회장염 또는 회결장염으로 진단되었다. 특정 구체예에서, 환자는 원위 내지 중간 횡행 결장을 침범하는 IBD를 앓는다. 특정 구체예에서, 환자는 광범위한 대장염을 앓는다.
본원에서 변수의 임의의 정의에서 요소의 목록의 열거는 임의의 단일 요소로서 또는 열거된 요소의 조합 (또는 하위조합)으로서 상기 변수의 정의를 포함한다. 본원에서 구체예의 열거는 임의의 단일 구체예로서 또는 임의의 다른 구체예 또는 이들의 부분과 조합으로 상기 구체예를 포함한다.
본 명세서에서 언급된 모든 특허와 간행물은 마치 각 독립된 특허와 간행물이 전체적으로 참조로서 편입되는 것으로 구체적으로 및 개별적으로 지시되는 것과 동일한 정도로, 본원에서 전체적으로 참조로서 편입된다.
하기 실시예는 제한이 아닌 예시로서 제공된다.
실시예
실시예 1 - 핵산 서열 3을 갖는 21-mer 올리고뉴클레오티드 제조
제조된 올리고뉴클레오티드: 하기 핵산 서열을 갖는 데옥시리보뉴클레오티드:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타내고, 그리고 여기서 모든 뉴클레오티드간 연쇄는 O,O-연결된 포스포로티오에이트이다.
규모: 표적화된 21-mer 올리고뉴클레오티드의 3 x 900 mmol 규모 및 5 x 900 mmol 규모 제조가 수행되었다. 구체적으로, 올리고뉴클레오티드의 합성 및 이온 교환 정제는 각각, 900 mmol의 표적화된 21-mer 올리고뉴클레오티드를 생산하기 위한 규모에서 수행되었고, 그리고 합성 및 이온 교환 정제 과정은 전체적으로, 900 mmol 규모에서 추가로 2-4회 반복되었다 (다시 말하면, 각 합성 칼럼의 부하 용량, 그리고 별개로, 각 이온 교환 정제 칼럼의 이온 교환 용량은 각각 900 mmol이었고, 따라서 표적화된 21-mer 올리고뉴클레오티드를 생산할 수 있는 이론적 양은 각각, 2,700-4,500 mmol이다). 이온 교환 정제 과정으로부터 결과의 올리고뉴클레오티드 산물은 이후, 탈염하기 전 한외여과/정용여과 과정을 통해 모아졌는데, 상기 과정은 각각, 2,700-4,500 mmol 규모에서 수행되었다. 물을 제거하고, 따라서 최종 올리고뉴클레오티드 산물의 용액을 농축하기 위한 박막 증발 과정은 각각, 2,700-4,500 mmol 규모에서 수행되었다. 최종적으로, 물을 제거하고 최종 21-mer 올리고뉴클레오티드 산물을 농축하여 고체 산물을 형성하기 위한 동결건조 과정은 2,700-4,500 mmol 규모에서 수행되었다. 3 x 900 mmol 규모 및 5 x 900 mmol 규모 제조는 아래에 상술된 바와 같이, 도 1에서 개략적으로 표시되는데, 여기서 임의선택적 건조 단계가 표적화된 21-mer 올리고뉴클레오티드의 고체 단일 배치 조성물을 제공하기 위해 수행되었다.
합성장치 및 칼럼: 서열 번호:3의 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드의 합성은 탈보호될 때 표적화된 올리고뉴클레오티드의 조립을 개시하는데 가용한, 4,4'-디메톡시트리틸 기 (DMT)로 보호된 히드록실 기를 내포하는 링커 (가령, UNYLINKER)가 자신에게 부착된 900 mmol의 교차연결된 폴리스티렌 고체 지지체 (가령, NITTOPHASE-HL 또는 프라이머 지지체(PRIMER SUPPORT) 5G)로 부하된, 50-80 cm의 내부 직경을 갖는 합성 칼럼을 이용하여 1454 합성장치로 수행되었다. 합성 칼럼 내로 900 mmol의 링커-결합된 지지체의 부하 용량을 달성하기 위해, 2000-3000 g 사이의 링커-결합된 지지체 (보호된 뉴클레오시드 포스포라미디트와 반응하여 표적화된 올리고뉴클레오티드를 조립하는데 가용한 330 - 370 마이크로몰/g의 고체 링커-결합된 지지체를 가짐)가 8-11 mL/g (0.08-0.15 g/ml)의 충전 밀도, 7-10 cm의 베드 높이 및 22-25 L의 칼럼 용적까지 합성 칼럼 내로 부하되었다.
합성 절차:하기의 합성 절차는 서열 번호: 3를 갖는 서열을 갖는 21-mer 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위해 포스포라미디트 화학을 활용하였다:
A) 탈트리틸화: 합성의 시작 시점에, 톨루엔에서 10% DCA의 용액을 고체 링커-결합된 지지체에 도입함으로써, 높은 부하된 NITTOPHASE UNYLINKER 350이 UNYLINKER의 5'-히드록실 기로부터 4,4'-디메톡시트리틸 (DMT) 보호 기의 산 촉매된 제거에 종속되었다 (440 nm에서 UV에 의해 모니터링). 탈트리틸화된 고체 링커-결합된 지지체는 1-2 칼럼 용적의 아세토니트릴로 세척되었다. 합성의 나머지 부분의 경우에, 각 반응 주기 반복 후, 새로운 반응 주기 반복이 톨루엔에서 3% DCA를 활용하는, 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드의 5'-산소 원자로부터 상응하는 DMT 보호 기의 제거로 시작되었다 (약 6-7 칼럼 용적 활용 및 440 nm에서 UV 모니터링). 탈트리틸화된 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드는 1-2 칼럼 용적의 아세토니트릴로 세척되었다.
B) 연계: 올리고뉴클레오티드는 탈트리틸화된 고체 지지체 (첫 번째 연계의 경우) 또는 탈트리틸화된 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드의 5'-히드록실 기 (첫 번째 이후 연계의 경우)를 활성인자의 존재에서, 보호된 뉴클레오시드 포스포라미디트의 과잉의 용액과 반응시키는 것을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬을 연장함으로써 3'로부터 5' 말단으로 조립되었다.
구체적으로, 탈트리틸화된 고체 링커-결합된 지지체 (첫 번째 연계의 경우) 또는 탈트리틸화된 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드의 5'-히드록실 기 (첫 번째 이후 연계의 경우)에 보호된 뉴클레오시드 포스포라미디트의 과잉의 아세토니트릴 용액 (1.1-2 당량의 하기 중에서 한 가지: 0.2 M dA-(Bz), 0.2 M dC-(Bz), 0.2 M dG-(iBu), 0.2 M dT, 또는 0.2 M d5MeC-(Bz))이 900 mmol의 링커-결합된 지지체에 비하여 5-8 당량의 활성인자 (아세토니트릴에서 0.5-1 M 디시아노이미다졸 (DCI))의 존재에서 도입되었고, 따라서 3-5:1의 활성인자: 아미디트 몰 비율이 제공되었다. 제공된 연계 용액의 총 용적은 14-17 L 사이에 있었다. 각 단계에 필요한 특정한 보호된 뉴클레오시드 포스포라미디트는 하기 서열 번호를 갖는 올리고뉴클레오티드 서열에 의해 결정되었다: 서열 번호:3.연계 반응이 완결되고, 따라서 아인산염 트리에스테르 뉴클레오티드간 연쇄가 형성되도록 충분한 시간을 허용한 후, 과잉의 포스포라미디트 및 활성인자는 1-2 칼럼 용적의 아세토니트릴로 칼럼으로부터 헹굼되었다.
C) 티올화: 산화 또는 침화 용액을 고체 지지체에 전달한다;
연계 단계 동안 형성된 아인산염 트리에스테르 뉴클레오티드간 연쇄는 이후, 피리딘에서 0.2M 크산탄 수소화물의 도입 (약 16-20 L, 900 mmol의 링커-결합된 지지체에 비하여 2-6 당량 XH를 제공)으로 티올화되어, 상응하는 포스포로티오에이트 연쇄를 형성하였다. 티올화가 완결된 후, 지지체를 1-2 칼럼 용적의 아세토니트릴로 헹굼으로써 과잉 시약이 칼럼으로부터 제거되었다.
D) 캡핑: 소정의 반응 주기 반복 동안, 활성화된 포스포라미디트와 연계하는데 실패한 임의의 5'-히드록실 기가 임의의 차후 반응 주기에서 반응하는데 가용하게 되는 것을 예방하기 위해, 이들 반응하지 않은 5'-히드록실 기는 하기와 같이 아실 기로 차단되었다 (또는 캡핑되었다): 캡핑 시약 캡 A 및 캡 B의 1:1 혼합물 (캡 A:10-30% N-메틸이미다졸, 20-40% 피리딘, 40-60% 아세토니트릴 (v/v/v); 그리고 캡 B:아세토니트릴 (v/v)에서 10-30% 이소부티르산 무수물)을, 포스포로티오에이트 연쇄를 갖는 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드에 도입하여 5'-O-이소부틸화된 ("캡핑된") 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드 서열을 형성함.캡핑 시약 캡 A 및 캡 B의 혼합물의 총 용적은 0.5-2 칼럼 용적 사이에 있었다. 캡핑이 완결된 후, 지지체를 1-2 칼럼 용적의 아세토니트릴로 헹굼으로써 과잉 시약이 칼럼으로부터 제거되었다.
E) 보호된 포스포로티오에이트 연쇄의 탈보호: 서열 번호:3를 갖는 서열을 갖는 21-mer 올리고뉴클레오티드를 형성하기 위한 미리 결정된 숫자의 반응 주기 반복 동안 연계, 티올화, 캡핑 및 탈트리틸화의 완결 시에(캡핑 및 탈트리틸화 단계가 마지막 반응 주기 반복 동안 수행되지 않았다는 것을 제외하고), 고체 지지체에 결합된 미가공 올리고뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 연쇄 상에서 시아노에틸 보호 기를 제거하기 위해 아세토니트릴에서 10-30% 트리에틸아민 (약 3-5 칼럼 용적)으로 세척되었다. 탈보호가 완결된 후, 지지체를 3-5 칼럼 용적의 아세토니트릴로 헹굼으로써 과잉 시약이 칼럼으로부터 제거되었다.
F) 고체 지지체로부터 미가공 올리고뉴클레오티드의 개열: 고체 지지체에 결합된 미가공 올리고뉴클레오티드에 가열된 수산화암모늄 용액 (28-30% 암모니아, 약 40-60 ℃로 가열됨, 약 2-5 칼럼 용적)이 약 16-40 시간 동안 도입되었다 (그리고 이를 통해 재순환되었다). 이것은 미가공 올리고뉴클레오티드를 고체 지지체로부터 개열하고, 그리고 이와 동시에, 미가공 올리고뉴클레오티드 상에서 외향고리 아미노 기 (벤조일 및 이소부티릴)를 탈보호하는 것을 유발하였다. 최종 반응 혼합물이 여과에 의해 합성 칼럼으로부터 제거되었고, 그리고 고체 지지체가 물로 세척되어, 4,4'-디메톡시트리틸 (DMT) 보호 기로 보호된 말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실 기만을 갖는 미가공 올리고뉴클레오티드가 제공되었다.
서열 번호:3을 갖는 서열을 갖는 표적 21-mer 올리고뉴클레오티드의 3 x 900 mmol (1A, 1B 및 1C) 및 5 x 900 mmol (2A, 2B, 2C, 2D 및 2E) 규모 합성에 대한 결과는 각각, 표 1 및 표 2에서 제공된다.
합성 칼럼으로부터 개열되고 여과액에서 수집된 미가공 산물의 양 ("총 미가공 OD")은 파장 260 nm에서 흡광도 (OD)를 통해 계측되었다.
합성 칼럼으로부터 개열되고 수집된 산물의 미가공 수율 ("미가공 수율 (OD/umol)")은 하기와 같이 결정되었다:[총 미가공 OD/900 mmol 규모]/(1000 umol/mmol).
합성 칼럼으로부터 개열되고 수집된 산물의 미가공 수율 ("미가공 수율 (g/mmol)")은 서열 번호:3을 갖는 서열을 갖는 표적 21-mer 올리고뉴클레오티드에 대한 변환 계수 (다시 말하면, 21856.3 OD/g)를 이용하여 하기와 같이 결정되었다:[총 미가공 OD/(변환 계수 (OD/g))]/(900 mmol 규모).
변환 계수는 서열 번호:3을 갖는 서열을 갖는 표적 21-mer 올리고뉴클레오티드에 대해 특이적이다(다시 말하면, 21856.3 OD/g). 따라서, 과정의 합성 시기에서 이러한 특정한 변환 계수는 합성 칼럼으로부터 개열되고 수집된 DMT-보호된 표적 올리고뉴클레오티드의 양을 추정하거나 또는 근사하기 위한 수단으로서 이용된다. 변환 계수는 하기와 같이 제공되었다:[(파장 260 nm에서 표적 올리고뉴클레오티드의 흡광 계수 (L*mol-1*cm-1))/(하기 서열 번호를 갖는 서열을 갖는 표적 21-mer 올리고뉴클레오티드의 나트륨 염의 분자량 (g/mol): 서열 번호:3)] x 1000; 여기서 서열 번호:3을 갖는 서열을 갖는 표적 21-mer 올리고뉴클레오티드는 7044.05 g/mol의 분자량 (나트륨 염으로서) 및 파장 260 nm에서 153957 L*mol-1*cm-1의 흡광 계수를 갖는다.
모든 회수된 올리고뉴클레오티드 산물(들)에 대한 단계 수율 (mol.%), 다시 말하면, 이러한 과정의 합성 부분에 대한 미가공 수율은 하기와 같이 결정되었다:[(총 미가공 OD)/[(900 mmol 규모) x (파장 260 nm에서 표적 올리고뉴클레오티드의 흡광 계수 (L*mol-1*cm-1))]] x 100; 상기 흡광 계수는 파장 260 nm에서 153957 L*mol-1*cm-1이다.
전장 산물 퍼센트 ("%FLP (mol.%)")로서 지칭되는, 합성 칼럼으로부터 회수된 미가공 산물에서 내포된 특정한 DMT-보호된 표적 올리고뉴클레오티드의 몰 퍼센트 값은 역상 이온-쌍 HPLC ("RPIP-HPLC")를 통해 결정되었다.
전장 산물 수율 ("FLP 수율 (mol.%)")로서 지칭되는, 합성 칼럼으로부터 생산된 특정한 DMT-보호된 표적 올리고뉴클레오티드의 수율 퍼센트는 하기와 같이 결정되었다:[(단계 수율 mol.%) x (%FLP mol.%)]/ 100.
표 1
Figure pct00001
표 2
Figure pct00002
정제 절차: 4,4'-디메톡시트리틸 (DMT) 보호 기로 보호된 말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실 기만을 갖는 미가공, 개열된 올리고뉴클레오티드의 미가공 수율은 약 1000-1200 OD/mL의 칼럼 부하를 달성하기 위해 1-4 칼럼 용적의 25 mM 수산화나트륨 용액을 이용하여 음이온 교환 칼럼 (Q 세파로오스 FF 칼럼 매체, 60-100 cm의 내부 직경, 약 17-25 cm의 베드 높이, 그리고 약 100-120 L의 칼럼 용적을 가짐) 위에 부하되었다. 활용된 정화장치는 AktaProcess이었다. 미가공 올리고뉴클레오티드는 일단 음이온 교환 칼럼 위에 부하되면, 1-3 칼럼 용적의 25 mM 수산화나트륨 용액 및 2 M 염화나트륨 용액의 혼합물로 세척되고, 그리고 이후, 1-3 칼럼 용적의 25 mM 수산화나트륨 용액으로 세척되었다.
말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실로부터 4,4'-디메톡시트리틸 (DMT) 보호 기를 제거하기 위해, 결과의 용리액이 약 2 또는 그 이하의 pH를 가질 때까지 80% 수성 아세트산 (1,000-1,200 L/시에서 약 1 칼럼 용적)을 도입함으로써, 부하된, 미가공 올리고뉴클레오티드가 탈트리틸화되고, 따라서 음이온 교환 칼럼 위에 현재 부하되는 완전히 탈보호된, 미가공 올리고뉴클레오티드가 형성되었다. 염기성 염 구배 (20-30 mM 수산화나트륨 및 1-3 M 염화나트륨을 내포하는 수성 용액의 5%-95%의 구배를 이용; 약 10-20 칼럼 용적의 경사 기울기에서, 그리고 1,200 L/시 이내의 유속을 이용; 수성 25 nM 수산화나트륨 용액에서 0.2 내지 1.8 M 염화나트륨의 염 구배)로 정제가 시작되기 전, 음이온 교환 칼럼의 pH가 0.025-0.20 N 수산화나트륨 용액 (1,000-1,200 L/hr에서)으로 약 10 또는 그 이상의 pH로 재조정되었다. 정제된 올리고뉴클레오티드 산물을 회수하기 위한 최종 세척은 20-50 mM 수산화나트륨 및 2-4M 염화나트륨을 내포하는 적어도 3 칼럼 용적의 수성 용액으로 완결되었다.
서열 번호:3을 갖는 서열을 갖는 표적 21-mer 올리고뉴클레오티드의 3 x 900 mmol (1A, 1B 및 1C) 및 5 x 900 mmol (2A, 2B, 2C, 2D 및 2E) 규모 합성에 대한 정제 결과는 각각, 표 3 및 표 4에서 제공된다.
("칼럼 위에 부하된 OD")로서 보고된, 음이온 교환 칼럼 위에 부하된 미가공, 개열된 DMT-보호된 표적 올리고뉴클레오티드의 양은 파장 260 nm에서 흡광도 (OD)를 통해 계측되었다.
("칼럼으로부터 회수된 총 OD")로서 보고된, 음이온 교환 칼럼으로부터 회수된 정제된 표적 올리고뉴클레오티드 산물의 양은 파장 260 nm에서 흡광도 (OD)를 통해 계측되었다.
"OD 회수 % (단계 수율 mol.%)"로서 지칭되는, 음이온 교환 칼럼으로부터 회수된 정제된 표적 올리고뉴클레오티드 산물의 백분율은 하기와 같이 결정되었다:[(칼럼으로부터 회수된 총 OD)/(칼럼 위에 부하된 OD)] x 100.
"표적 올리고뉴클레오티드의 예상된 질량(g)"으로서 지칭되는, 음이온 교환 칼럼으로부터 회수된 정제된 표적 올리고뉴클레오티드 산물의 질량은 하기와 같이 결정되었다:[(칼럼으로부터 회수된 총 OD)/(변환 계수 (OD/g))]; 상기 변환 계수는 서열 번호:3을 갖는 서열을 갖는 표적 21-mer 올리고뉴클레오티드에 대해 특이적이다 (다시 말하면, 21856.3 OD/g).
전장 산물 퍼센트 ("%FLP (mol.%)")로서 지칭되는, 음이온 교환 칼럼으로부터 회수된 정제된 표적 올리고뉴클레오티드 산물의 몰 퍼센트 값은 역상 이온-쌍 HPLC ("RPIP-HPLC")를 통해 결정되었다.
전장 산물 수율 ("FLP 수율 (mol.%)")로서 지칭되는, 음이온 교환 칼럼으로부터 회수된 정제된 표적 올리고뉴클레오티드 산물의 수율 퍼센트는 하기와 같이 결정되었다:[(OD 회수 % (단계 수율 mol.%)) x (%FLP mol.%)]/ 100.
표 3
Figure pct00003
표 4
Figure pct00004
한외여과/정용여과 절차: 3-4 합성/정제 실행 (각각, 900 mmol 규모에서)으로부터 정제된 올리고뉴클레오티드 용출물은 함께 모아지고, 그리고 재생된 셀룰로오스의 카세트 (3,000 DA 분자량 컷오프; 카세트 면적 20-25 m2 (다시 말하면, 8-10 X 2.5 m2을 가짐)를 갖는 CUF-1 시스템을 이용한 한외여과/정용여과 과정을 통해 탈염되었다. 약 650-750 OD/mL의 초기 농도에서 부하되고 약 5-6 L/분/m2의 직교류 속도를 갖는 모아진, 정제된 올리고뉴클레오티드 용출물은 약 6.5-7.5의 pH로 중화함으로써 (pH 6.5-7.5를 달성하기 위해 0.5-2 M HCl 및 0.05-0.25 M HCl을 이용; 필요하면, 0.05-0.25 N NaOH 용액으로 조정) 탈염되고, 그리고 이후, 투과액 (정용여과물)의 전도도가 50 μS/cm보다 적을 때까지 적어도 7회 교환 동안 물로 정용여과되었고, 그리고 농축물 용액에서 탈염된 올리고뉴클레오티드의 결과의 농도는 적어도 1,000 OD/mL이었다.
하기 서열 번호를 갖는 서열을 갖는 표적 21-mer 올리고뉴클레오티드의 3 x 900 mmol 규모 합성에 대한 한외여과/정용여과 과정 결과 ("1 (A-C)", 다시 말하면, 모아진 1A, 1B 및 1C의 한외여과/정용여과) 및 5 x 900 mmol 규모 합성에 대한 한외여과/정용여과 과정 결과 ("2 (A-E)", 다시 말하면, 모아진 2A, 2B, 2C, 2D 및 2E의 한외여과/정용여과): 서열 번호:3은 표 5에서 제공된다.
("부하된 총 OD")로서 보고된, 한외여과/정용여과 과정을 통해 탈염된 정제된 표적 올리고뉴클레오티드 산물의 양은 파장 260 nm에서 흡광도 (OD)를 통해 계측되었다.
("최종 농축물에서 총 OD")로서 보고된, 농축물 용액에서 내포된 탈염된, 정제된 표적 올리고뉴클레오티드 산물의 양은 파장 260 nm에서 흡광도 (OD)를 통해 계측되었다.
"OD 회수 % (단계 수율 mol.%)"로서 지칭되는, 한외여과/정용여과 과정을 통해 농축물에서 내포된 탈염된, 정제된 표적 올리고뉴클레오티드 산물의 백분율은 하기와 같이 결정되었다:[(최종 농축물에서 총 OD)/(부하된 총 OD)] x 100.
한외여과/정용여과 과정의 종결 시점에서 투과액 (정용여과물)의 전도도 ("최종 투과액 전도도 (uS/cm)")는 최종 투과액 여과액으로부터 직접적으로 계측되었다.
표 5
Figure pct00005
박막 증발 및 동결건조 과정을 통한 농축:결과의 탈염된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액은 처음에, 2700 mmol 규모의 경우에 적어도 3000 OD/mL 및 3600 mmol 규모의 경우에 적어도 4000 OD/mL의 최종 농도를 달성하기 위해, 약 60-80 ℃에서 재킷 온도, 약 30-100 토르에서 진공 압력을 이용하여, TFE-280 시스템에서 박막 증발을 통해 농축되었다.
박막 증발로부터 발생하는 농축된, 탈염된 올리고뉴클레오티드는 서열 번호:3의 핵산 서열을 갖는 표적 올리고뉴클레오티드의 고체 최종 산물을 달성하기 위해, Boc-Edwards 동결건조기 또는 KTS 동결건조기에서 동결건조 과정, 15-25 ℃의 온도에서 부하, -50 내지 -30 ℃의 온도에서 동결, -50 내지 -30 ℃ 및 100-500 밀리토르에서 배출, 그리고 -10 내지 20 ℃의 온도 및 100-500 내지 1 밀리토르의 압력에서 건조를 통해, 더욱 농축되고 건조되었다.
서열 번호:3을 갖는 서열을 갖는 표적 21-mer 올리고뉴클레오티드의 3 x 900 mmol ("1 (A-C)") 및 5 x 900 mmol ("2 (A-E)") 규모 합성에 대한 박막 증발 및 동결건조 과정 결과는 표 6에서 제공된다.
("총 시작 OD")로서 보고된, 박막 증발 과정을 통해 농축된 탈염된 표적 올리고뉴클레오티드 산물의 양은 파장 260 nm에서 흡광도 (OD)를 통해 계측되었다.
동결건조 과정으로부터 회수된 고체, 농축된 표적 올리고뉴클레오티드 산물의 양 (("총량:수확된 고체 (g)"로서 보고됨)은 중량 치수이다.
수분 함량에 대해 교정되는, 동결건조 과정으로부터 회수된 고체, 농축된 표적 올리고뉴클레오티드 산물의 양 (("총량: 수분에 대해 교정된 수확된 고체 (g)"로서 보고됨)은 수분 함량 분석, 예를 들면, 카알 피셔 적정에 의해 결정되었다.
흡광도의 면에서 보고된, 수분 함량에 대해 교정되는, 동결건조 과정으로부터 회수된 고체, 농축된 표적 올리고뉴클레오티드 산물의 양 ("총량:등가 OD 값 (OD)")은 하기와 같이 결정되었다:[(총량:수분에 대해 교정된 수확된 고체 (g)) x (변환 계수 (OD/g))]; 상기 변환 계수는 서열 번호:3을 갖는 서열을 갖는 표적 21-mer 올리고뉴클레오티드에 대해 특이적이다 (다시 말하면, 21856.3 OD/g).
mmol의 면에서 보고된, 수분 함량에 대해 교정되는, 동결건조 과정으로부터 회수된 고체, 농축된 표적 올리고뉴클레오티드 산물의 양 ("총량: mmol")은 하기와 같이 결정되었다:[(총량:수분에 대해 교정된 수확된 고체 (g))/(하기 서열 번호를 갖는 서열을 갖는 표적 21-mer 올리고뉴클레오티드의 나트륨 염의 분자량 (g/mol): 서열 번호:3)] x 1000; 여기서 서열 번호:3을 갖는 서열을 갖는 표적 21-mer 올리고뉴클레오티드는 7044.05 g/mol의 분자량을 갖는다 (나트륨 염으로서).
수분 함량에 대해 교정되는, 동결건조 과정으로부터 회수된 고체, 농축된 표적 올리고뉴클레오티드 산물을 제공하기 위한 박막 증발 및 동결건조 과정에 대한 수분에 대해 교정된 단계 수율 (mol.%)은 하기와 같이 결정되었다:[(총량:등가 OD 값 (OD))/(총 시작 OD)] x 100.
"수분에 대해 교정된 총괄 수율 (단리된 g/ 시작 mmol)"로서 보고된, 수분 함량에 대해 교정되는, 동결건조 과정으로부터 회수된 고체, 농축된 표적 올리고뉴클레오티드 산물을 제공하기 위한 전체 과정 (다시 말하면, 합성, 정제, 탈염부터, 그리고 농축 과정 (박막 증발 및 동결건조 과정)까지)에 대한 수분에 대해 교정된 총괄 수율 (g/mmol)은 하기와 같이 결정되었다: [(총량:수분에 대해 교정된 수확된 고체 (g))/[(900 mmol) x (모아진 반복의 숫자)]]; 여기서 "모아진 반복의 숫자"는 "1 (A-C)"의 경우에 3 및 "2 (A-E)"의 경우에 5이다.
"총괄 수율 (mol.%)"로서 보고된, 수분 함량에 대해 교정되는, 동결건조 과정으로부터 회수된 고체, 농축된 표적 올리고뉴클레오티드 산물을 제공하기 위한 전체 과정 (다시 말하면, 합성, 정제, 탈염부터, 그리고 농축 과정 (박막 증발 및 동결건조 과정)까지)에 대한 수분에 대해 교정된 총괄 수율 (mol.%)은 하기와 같이 결정되었다:[(총량: mmol)/[(900 mmol) x (모아진 반복의 숫자)]] x 100; 여기서 "모아진 반복의 숫자"는 "1 (A-C)"의 경우에 3 및 "2 (A-E)"의 경우에 5이다.
"표적 올리고뉴클레오티드 (건성 중량%)"로서 지칭되는, 수분 함량에 대해 교정되는, 전체 과정으로부터 회수된 농축된, 정제된 표적 올리고뉴클레오티드 산물의 양은 역상 이온-쌍 HPLC ("RPIP-HPLC")를 통해 계측되었다.
"나트륨 함량 (mol.%)"으로서 지칭되는, 전체 과정으로부터 회수된 농축된, 정제된 표적 올리고뉴클레오티드 산물의 나트륨 함량은 유도 결합 플라즈마 (ICP)를 통해 계측되었다.
표 6
Figure pct00006
예시적인 구체예
구체예에서, 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물은 적어도 700 mmol의 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물을 포함한다.
구체예에서, 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물은 적어도 2 kg의 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물을 포함한다.
구체예에서, 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물은 적어도 하나의 700 mmol 또는 그 이상의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼으로부터 적어도 50 mol%의 올리고뉴클레오티드 출력 및 기껏해야 25 중량% 물을 포함한다.
구체예에서, 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물은 적어도 700 mmol의 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 상기 단일 배치 조성물은 액체 조성물이다.
구체예에서, 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물은 적어도 2 kg의 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 상기 단일 배치 조성물은 액체 조성물이다.
구체예에서, 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물은 적어도 하나의 700 mmol 또는 그 이상의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼으로부터 적어도 50 mol%의 올리고뉴클레오티드 출력을 포함하고, 상기 단일 배치 조성물은 액체 조성물이다.
구체예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드의 적어도 700 mmol 규모 단일 배치 합성 제조물을 포함하고, 상기 올리고뉴클레오티드 조성물은 기껏해야 25 중량% 물을 갖는다.
구체예에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드의 적어도 700 mmol 규모 단일 배치 합성 제조물을 포함하고, 상기 단일 배치 조성물은 액체 조성물이다.
구체예에서, 올리고뉴클레오티드의 실질적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 여기서 5'-말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실 기가 보호된다.
구체예에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 방법, 상기 방법은 하기를 포함한다:
a) 고체 지지체에 부착되고, 보호된 히드록실 기를 포함하는 링커를 제공하는 단계;
b) 상기 링커의 보호된 히드록실 기를 탈보호한 후, 탈보호된 히드록실 기를 창출하는 단계;
c) 보호된 히드록실 기 및 보호된 포스포라미디트를 포함하는 뉴클레오시드 포스포라미디트를 독립적으로 제공하는 단계;
d) 상기 뉴클레오시드 포스포라미디트를, 반응 주기의 이전 반복으로부터 링커의 탈보호된 히드록실 기에, 또는 뉴클레오시드의 탈보호된 히드록실 기에 독립적으로 연계하고, 따라서 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드를 창출하는 단계;
e) 상기 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 티올화한 후, 따라서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 창출하는 단계;
f) 임의적으로, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계;
g) 임의적으로, 상기 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계;
h) 상기 제공하는 단계, 연계하는 단계, 티올화하는 단계, 캡핑하는 단계 및 탈보호 단계 (단계 c) 내지 g))를 미리 결정된 횟수로 반복하여 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하는 단계;
i) 상기 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 탈보호하는 단계;
j) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 개열하는 단계;
k) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 용리하는 단계;
l) 상기 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼을 이용하여 정제하는 단계; 및
m) 올리고뉴클레오티드 화합물의 용액을 농축하는 단계, 예를 들면, 박막 증발로 농축하는 단계.
구체예에서, 기껏해야 25 중량% 물 및 하기의 핵산 서열을 갖는 적어도 700 mmol의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서:
1) X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타내고; 그리고
2) 상기 올리고뉴클레오티드는 하기를 포함하는 방법에 따라서 제조된다:
a) 고체 지지체에 부착되고, 보호된 히드록실 기를 포함하는 링커를 제공하는 단계;
b) 상기 링커의 보호된 히드록실 기를 탈보호한 후, 탈보호된 히드록실 기를 창출하는 단계;
c) 보호된 히드록실 기 및 보호된 포스포라미디트를 포함하는 뉴클레오시드 포스포라미디트를 독립적으로 제공하는 단계;
d) 상기 뉴클레오시드 포스포라미디트를, 반응 주기의 이전 반복으로부터 링커의 탈보호된 히드록실 기에, 또는 뉴클레오시드의 탈보호된 히드록실 기에 독립적으로 연계하고, 따라서 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드를 창출하는 단계;
e) 상기 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 티올화한 후, 따라서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 창출하는 단계;
f) 임의적으로, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계;
g) 임의적으로, 상기 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계;
h) 상기 제공하는 단계, 연계하는 단계, 티올화하는 단계, 캡핑하는 단계 및 탈보호 단계 (단계 c) 내지 g))를 미리 결정된 횟수로 반복하여 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하는 단계;
i) 상기 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 탈보호하는 단계;
j) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 개열하는 단계;
k) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 용리하는 단계;
l) 상기 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼을 이용하여 정제하는 단계; 및
m) 올리고뉴클레오티드 화합물의 용액을 농축하는 단계, 예를 들면, 박막 증발로 농축하는 단계.
특정 구체예에서, 하기의 추가 구체예 중에서 하나 또는 하나 이상 (예로서 모두 포함)은 각각의 다른 구체예 또는 이들의 부분을 포함할 수 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 정제 단계l)는 하기를 포함한다:
1) 용리 단계 k)로부터 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하하는 단계;
2) 보호된 히드록실 기를 말단 뉴클레오시드로부터 탈보호하는 단계; 및
3) 올리고뉴클레오티드를 염 구배를 이용하여 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리하는 단계.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 정제 단계l)는 하기를 포함한다:
1) 용리 단계 k)로부터 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하하는 단계;
2) 보호된 히드록실 기를 말단 뉴클레오시드로부터 탈보호하는 단계;
3) 올리고뉴클레오티드를 염 구배를 이용하여 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리하는 단계; 및
4) 올리고뉴클레오티드 용출물을 한외여과 및/또는 정용여과를 통해 이온 교환 칼럼으로부터 탈염하는 단계.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 농축 단계m)는 올리고뉴클레오티드 화합물의 탈염된 용액을 농축하는, 예를 들면, 박막 증발로 농축하는 것을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 농축 단계m)는 올리고뉴클레오티드 화합물의 탈염된 용액을 농축하고, 예를 들면, 박막 증발로 농축하고, 그리고 상기 용액을 동결건조 과정으로 더욱 농축하는 것을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 방법은 반응 주기 반복의 하나 또는 그 이상의 단계 사이에, 지지체를 비양성자성 용매, 예를 들면, 아세토니트릴로 독립적으로 세척하는, 예를 들면, 반응 주기 반복의 하나 또는 그 이상의 단계 사이에, 지지체를 1-10 사이의 칼럼 용적, 예를 들면, 1-7 사이의 칼럼 용적 또는 1-5 사이의 칼럼 용적, 예를 들면, 2-4 사이의 칼럼 용적으로 세척하는 것을 더욱 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 조성물은 적어도 900 mmol의 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 적어도 2 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드의 수율에서, 또는 단일 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼 (또는 합성 실행)을 통한 적어도 700 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드 합성, 그리고 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물의 단일 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 정제 실행)을 통한 적어도 700 mmol 정제 규모의 합성된 올리고뉴클레오티드의 정제의 모아진 복수의 연속 조합의 수율에서 본원에서 개시된 방법에 의해 제공되고, 여기서 수율은 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 수 있거나, 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 수 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 적어도 3 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드의 수율에서, 또는 단일 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼 (또는 합성 실행)을 통한 적어도 700 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드 합성, 그리고 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물의 단일 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 정제 실행)을 통한 적어도 700 mmol 정제 규모의 합성된 올리고뉴클레오티드의 정제의 모아진 복수의 연속 조합의 수율에서 본원에서 개시된 방법에 의해 제공되고, 여기서 수율은 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 수 있거나, 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 수 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 적어도 3.5 g/mmol의 적어도 900 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드의 수율에서, 또는 단일 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼 (또는 합성 실행)을 통한 적어도 900 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드 합성, 그리고 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물의 단일 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 정제 실행)을 통한 적어도 900 mmol 정제 규모의 합성된 올리고뉴클레오티드의 정제의 모아진 복수의 연속 조합의 수율에서 본원에서 개시된 방법에 의해 제공되고, 여기서 수율은 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 수 있거나, 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 수 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 적어도 3.5 g/mmol의 적어도 900 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드의 수율에서, 또는 단일 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼 (또는 합성 실행)을 통한 적어도 900 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드 합성, 그리고 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 10 중량% 물의 단일 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 정제 실행)을 통한 적어도 900 mmol 정제 규모의 합성된 올리고뉴클레오티드의 정제의 모아진 복수의 연속 조합의 수율에서 본원에서 개시된 방법에 의해 제공되고, 여기서 수율은 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 수 있거나, 또는 올리고뉴클레오티드를 제조하기 위한 합성 규모에 비하여 수분 함량에 대해 교정된 올리고뉴클레오티드 조성물의 건조 중량에 의해 결정될 수 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 조성물은 적어도 3 kg의 올리고뉴클레오티드 및 기껏해야 25 중량% 물을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 조성물은 적어도 300 mmol 또는 그 이상, 예를 들면, 적어도 700 mmol, 적어도 800 mmol 또는 적어도 900 mmol 또는 그 이상의 합성되는 올리고뉴클레오티드를 제공하는 능력을 갖는 적어도 하나의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼으로부터 적어도 50 mol%, 예를 들면, 70-99 mol% 사이의 올리고뉴클레오티드 출력, 그리고 기껏해야 25 중량% 물을 포함하고, 상기 출력은 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 조성물은 적어도 300 mmol 또는 그 이상, 예를 들면, 적어도 700 mmol, 적어도 800 mmol 또는 적어도 900 mmol 또는 그 이상의 합성되는 올리고뉴클레오티드를 제공하는 능력을 갖는 4-10개 사이의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼으로부터 적어도 50 mol%, 예를 들면, 70-99 mol% 사이의 올리고뉴클레오티드 출력 (흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 때), 그리고 기껏해야 25 중량% 물을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 올리고뉴클레오티드는 적어도 3,000 Da의 분자량, 예를 들면, 3,000-20,000 Da 사이의 범위에서 분자량을 갖는다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 올리고뉴클레오티드는 10-100개의 단량체 아단위, 예를 들면, 15-25개의 단량체 아단위, 예를 들면, 20, 21 또는 22개의 단량체 아단위를 갖는다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 올리고뉴클레오티드는 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 뉴클레오티드 서열은 서열 번호:2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12의 핵산 서열, 또는 거기에 상보성 서열을 갖는다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 뉴클레오티드 서열은 하기의 핵산 서열:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3')을 갖고;
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연쇄 중에서 적어도 하나는 O,O-연결된 포스포로티오에이트이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 올리고뉴클레오티드의 모든 뉴클레오티드간 연쇄는 O,O-연결된 포스포로티오에이트이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 분자량은 양자화된 분자량이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 분자량은 알칼리 금속 분자량, 예를 들면, 나트륨 염 형태 분자량이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 분자량은 알칼리성 금속 분자량, 예를 들면, 마그네슘 염 형태 분자량이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 올리고뉴클레오티드 조성물은 기껏해야 20 중량% 물, 기껏해야 15 중량% 물, 또는 기껏해야 10 중량% 물을 포함한다, 예를 들면, 5-10 중량% 사이의 범위에서 물, 예를 들면, 6-8 중량% 사이의 범위에서 물을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 5'-말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실 기만 보호된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 보호된 올리고뉴클레오티드는 합성 칼럼으로부터 개열 및 용리 후 획득된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물의 순도는 60% 또는 그 이상이다 (가령, RP-HPLC에 의해 결정될 때).
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 보호된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물의 순도는 60% 또는 그 이상이다 (가령, RP-HPLC에 의해 결정될 때).
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 보호된 올리고뉴클레오티드는 적어도 3,000 Da의 분자량, 예를 들면, 3,000-20,000 Da 사이의 범위에서 분자량을 갖는다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체는 제어된 다공성 유리이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체는 교차연결된 폴리스티렌이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 고체 지지체는 300-3,000 mmol의 범위에서 양으로 올리고뉴클레오티드를 제조하는데 충분한, 예를 들면, 700-3,000 mmol의 범위에서 양으로 올리고뉴클레오티드를 제조하는데 충분한, 예를 들면, 적어도 600 mmol, 적어도 700 mmol, 적어도 900 mmol, 적어도 1,600 mmol, 또는 적어도 2,400 mmol의 양으로 올리고뉴클레오티드를 제조하는데 충분한 부하 용량을 갖는다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 고체 지지체의 부하 밀도는 적어도 300 마이크로몰 링커/그램의 고체 지지체, 예를 들면, 325-375 마이크로몰 링커/그램의 고체 지지체이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 고체 지지체를 수용하는 칼럼은 35-100 cm 사이, 예를 들면, 50-100 cm 사이의 범위에서 칼럼 내부 직경, 예를 들면, 35 cm, 40 cm, 50 cm, 60 cm, 70 cm, 80 cm, 90 cm, 또는 100 cm의 내부 직경을 갖는다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 고체 지지체는 4-20 cm 사이, 예를 들면, 7-20 cm 사이의 범위에서 베드 높이를 갖는다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 고체 지지체는 적어도 20 L의 칼럼 용적, 예를 들면, 20-35 L 사이의 범위에서 칼럼 용적을 갖는다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체는 NITTOPHASE UNYLINKER 350이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 링커는 말단 히드록실 기를 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 링커는 뉴클레오시드 포스포라미디트와 반응성인 말단 히드록실 기를 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 링커는 탈보호될 때, 뉴클레오시드 포스포라미디트와 반응성인 보호된 말단 히드록실 기를 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 링커는 UNYLINKER이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 링커 상에서 히드록실 보호 기는 디메톡시트리틸 (DMT) 기이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 링커의 보호된 히드록실 기는 양성자 산, 예를 들면, 톨루엔에서 3-15 중량%의 디클로로아세트산 (v/v), 예를 들면, 톨루엔에서 2-10 중량%의 디클로로아세트산 (v/v), 예를 들면, 톨루엔에서 10 중량%의 디클로로아세트산 (v/v)으로 탈보호된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 연계는 뉴클레오시드 포스포라미디트를 제공하는, 예를 들면, 고체 지지체의 당량에 비하여 과잉 양의 뉴클레오시드 포스포라미디트, 예를 들면, 1-8 당량의 뉴클레오시드 포스포라미디트를 제공하는 것을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 연계는 뉴클레오시드 포스포라미디트에 활성인자, 예를 들면, 디시아노이미다졸 (DCI)을 제공하는 것을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 연계는 제공된 활성인자의 당량에 비하여 0.1-1 당량의 뉴클레오시드 포스포라미디트를 제공하는 것을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 연계는 활성인자 및 뉴클레오시드 포스포라미디트를 2-5:1의 몰 비율에서 제공하는 것을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 뉴클레오시드 포스포라미디트는 보호된 뉴클레오시드 포스포라미디트, 예를 들면, 5'-히드록실 보호된 기 및 3'-히드록실 보호된 기를 포함하는 보호된 뉴클레오시드 포스포라미디트이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 보호된 뉴클레오시드 포스포라미디트의 5'-히드록실 보호 기는 디메톡시트리틸 (DMT) 기이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 보호된 뉴클레오시드 포스포라미디트의 3'-히드록실 보호 기는 포스포라미디트 기, 예를 들면, (2-시아노에틸)-N,N-디이소프로필-포스포라미디트 기이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 티올화 작용제로, 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄의 티올화는 보호된 포스포로티오에이트 연쇄, 예를 들면, 2-시아노에톡시-보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 형성한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 티올화 작용제는 크산탄 수소화물 (XH), 예를 들면, 피리딘에서 크산탄 수소화물 (XH)이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 고체 지지체의 당량에 비하여 1-8 당량, 예를 들면, 5-8 당량의 크산탄 수소화물 (XH)이 제공된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기는 아실 기, 예를 들면, 알킬 아실 기로 캡핑된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기의 캡핑은 하기를 첨가하는 것을 포함한다:
a) N-메틸이미다졸 (NMI), 피리딘 및 아세토니트릴을 포함하는 제1 캡핑 용액 (캡 A); 그리고
b) 캡핑 작용제 및 아세토니트릴을 포함하는 두 번째 캡핑 용액 (캡 B).
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기의 캡핑은 하기의 예혼합된 혼합물을 첨가하는 것을 포함한다:
a) N-메틸이미다졸 (NMI), 피리딘 및 아세토니트릴을 포함하는 제1 캡핑 용액 (캡 A); 그리고
b) 캡핑 작용제 및 아세토니트릴을 포함하는 두 번째 캡핑 용액 (캡 B).
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기의 캡핑은 N-메틸이미다졸 (NMI), 피리딘, 캡핑 작용제 및 아세토니트릴을 포함하는 캡핑 용액을 첨가하는 것을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 캡핑 작용제는 이소부티르산 무수물이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기는 양성자 산, 예를 들면, 디클로로아세트산, 예를 들면, 톨루엔에서 3-10 중량%의 디클로로아세트산 (v/v)으로 탈보호된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 뉴클레오시드 포스포라미디트를 제공/연계하고, 형성된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 티올화 (또는 산화)시키고, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)를 임의적으로 캡핑하고, 그리고 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기를 임의적으로 탈보호하는 단계는 각각, 미리 결정된 숫자의 단량체 아단위를 갖는, 예를 들면, 10-100개의 단량체 아단위를 갖는, 15-25개의 단량체 아단위, 예를 들면, 20, 21 또는 22개의 단량체 아단위를 갖는 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하기 위해, 미리 결정된 횟수로 반복된다, 예를 들면, 9-99회, 14-24회, 예를 들면, 19, 20, 또는 21회 반복된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 뉴클레오시드 포스포라미디트를 제공/연계하고, 형성된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 티올화 (또는 산화)시키고, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)를 임의적으로 캡핑하고, 그리고 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기를 임의적으로 탈보호하는 단계는 300-3,000 mmol 사이, 예를 들면, 700-3,000 mmol 사이의 범위에서 양으로 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하기 위해, 미리 결정된 횟수로 반복된다, 예를 들면, 9-99회, 14-24회, 예를 들면, 19, 20, 또는 21회 반복된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드의 보호된 포스포로티오에이트 연쇄, 예를 들면, 2-시아노에톡시-보호 기는 아민, 예를 들면, 트리에틸아민으로 탈보호된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄, 예를 들면, 2-시아노에톡시-보호된 포스포로티오에이트 연쇄의 탈보호는 비보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 형성한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄, 예를 들면, 2-시아노에톡시-보호된 포스포로티오에이트 연쇄의 탈보호는 포스포로티오에이트 연쇄의 아민 염 형태를 형성한다, 예를 들면, 포스포로티오에이트 연쇄의 트리에틸아민 염 형태를 형성한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 탈보호된 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드의 개열은 수산화암모늄의 용액을 제공하고, 예를 들면, 수산화암모늄의 가열된 용액을 제공하고, 예를 들면, 가열된 수산화암모늄 용액을 제공하고, 그리고 가열된 수산화암모늄 용액을, 상기 탈보호된 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 수용하는 칼럼을 통해 재순환시키는 것을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 외향고리 아미노 보호 기는 벤조일 및 이소부티릴 기를 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 가열된 수산화암모늄 용액의 제공 및/또는 재순환은 비보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 갖는 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드의 벤조일- 및 이소부티릴-아미노 보호 기를 더욱 탈보호한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 제공된 및/또는 재순환된 가열된 수산화암모늄 용액은 28-30% 암모니아 수성 용액 (w/w)이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 제공된 및/또는 재순환된 가열된 수산화암모늄 용액의 온도는 40-70℃ 또는 40-60℃, 예를 들면, 40℃, 50℃, 60℃, 또는 65℃의 온도이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 가열된 수산화암모늄 용액은 8-36 시간, 예를 들면, 12-36 시간, 예를 들면, 24 시간 동안 지지체를 통해 재순환된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 개열된 올리고뉴클레오티드는 5'-히드록실 보호된 기, 예를 들면, 디메톡시트리틸 (DMT) 기를 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 지지체로부터, 개열되고 탈보호된 올리고뉴클레오티드의 용리는 지지체를 수성 용액으로 세척하는 것을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 고체 지지체로부터 용리된 말단 뉴클레오시드 상에서 5'-히드록실 보호된 기를 포함하는 개열된 올리고뉴클레오티드의 양은 300-3,000 mmol 사이, 예를 들면, 600-3,000 mmol, 700-3,000 mmol, 또는 1,000-3,000 mmol 사이의 범위 안에 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하된 올리고뉴클레오티드 용출물의 양은 300-3,000 mmol 사이, 예를 들면, 600-3,000 mmol, 700-3,000 mmol, 또는 1,000-3,000 mmol 사이의 범위 안에 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 올리고뉴클레오티드 용출물의 부하에 앞서, 올리고뉴클레오티드 용출물은 수성 완충액으로 희석된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 부하된 올리고뉴클레오티드 용출물의 말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실 기는 부하 단계 동안 보호된 상태로 남아있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 부하된 올리고뉴클레오티드 용출물의 말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실 기, 예를 들면, 디메톡시트리틸 (DMT) 기는 상기 부하된 올리고뉴클레오티드 용출물 상에서 보호된 유일한 기이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 이온 교환 크로마토그래피는 음이온 교환 크로마토그래피이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 이온 교환 크로마토그래피 칼럼은 Q 세파로오스 FF를 지지체 매체로서 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 올리고뉴클레오티드 용출물은 염기성 수성 용액과 함께 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하된다, 예를 들면, 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하되고 염기성 수성 용액으로 세척된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 올리고뉴클레오티드 용출물은 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하되고 염기성 수성 용액 및 수성 염 용액의 혼합물로 세척된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 부하된 올리고뉴클레오티드 용출물의 말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기, 예를 들면, 5'-히드록실 보호 기는 디메톡시트리틸 (DMT) 기이고, 양성자 산으로, 예를 들면, 아세트산, 예를 들면, 80% 수성 아세트산으로 탈보호된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하되고 탈보호된 올리고뉴클레오티드는 보호 기를 결여한다, 다시 말하면, 상기 올리고뉴클레오티드는 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드는 염 구배, 예를 들면, 염기성 염 구배, 예를 들면, 염기성 염화나트륨 구배로 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 염기성 염 구배는 변하는 양의 염기성 수성 용액 및 수성 염 용액을 혼합함으로써 형성된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 염기성 수성 용액은 수산화나트륨 용액이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 수성 염 용액은 염화나트륨 용액이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 염 구배는 염화나트륨을 포함하는 수성 염기성 용액의 5% 내지 95%의 범위에서 변한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리된 올리고뉴클레오티드는 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 이온 교환 크로마토그래피를 이용한 정제 단계로부터 수집된 올리고뉴클레오티드를 통한 합성으로부터 시작하여, 상기 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드의 총괄 수율은 260 nm에서 파장에서 OD/mL에 의해 결정될 때, 적어도 50%이며, 예를 들면, 260 nm에서 파장에서 OD/mL에 의해 결정될 때, 55-100% 사이의 범위 안에 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 이온 교환 크로마토그래피를 이용한 정제 단계로부터 수집된 올리고뉴클레오티드를 통한 합성으로부터 시작하여, 상기 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드의 총괄 수율은 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 때, 적어도 50%이다, 예를 들면, 260 nm에서 파장에서 흡광도/mL (OD/mL)에 의해 결정될 때, 50-95% 사이의 범위 안에 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 이온 교환 크로마토그래피를 이용한 정제 단계로부터 수집된 올리고뉴클레오티드를 통한 합성으로부터 시작하여, 상기 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드의 순도는 RP-HPLC에 의해 결정될 때, 적어도 50%이다, 예를 들면, RP-HPLC에 의해 결정될 때, 50-95% 사이의 범위 안에 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드는 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 탈염된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 한외여과 및/또는 정용여과 과정은 재생된 셀룰로오스, 예를 들면, 1,000-3,000 Da 분자량 컷오프를 갖는 재생된 셀룰로오스를 활용한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 한외여과 및/또는 정용여과 과정은 5-8의 범위에서 pH에서 물, 예를 들면, 6.5-7.5의 범위에서 pH에서 물, 예를 들면, 6.8-7.3의 범위에서 pH에서 물을 활용한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 용출물의 양은 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 하나 또는 그 이상의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼을 활용하는 정제 실행)의 출력으로부터 모아진 양이다, 예를 들면, 1-10개 사이의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 하나 또는 그 이상의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼을 활용하는 정제 실행), 예를 들면, 1-8개 사이, 2-10개 사이, 3-9개 사이, 4-7개 사이, 4-6개 사이, 6-10개 사이, 또는 8-10개 사이의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 하나 또는 그 이상의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼을 활용하는 정제 실행)의 출력으로부터 모아진 양이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 용출물은 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 하나 또는 그 이상의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼을 활용하는 정제 실행)의 출력으로부터, 예를 들면, 1-10개 사이의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 하나 또는 그 이상의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼을 활용하는 정제 실행)의 출력으로부터 모아지고, 그리고 여기서 단일, 복수, 또는 각각의 이온 교환 정제 칼럼(들)은 700 mmol 또는 그 이상의 정제되고 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한 부하 용량을 갖는다, 예를 들면, 700-5,400 mmol 사이의 범위에서 합성되는 정제된 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한 부하 용량을 갖는다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 용출물의 양은 단일 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼 (또는 합성 실행)을 통한 올리고뉴클레오티드 합성 및 단일 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 정제 실행)을 통한 합성된 올리고뉴클레오티드의 정제의 복수의 연속 조합의 출력으로부터 모아진 양, 예를 들면, 단일 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼 (또는 합성 실행)을 통한 올리고뉴클레오티드 합성 및 단일 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 정제 실행)을 통한 합성된 올리고뉴클레오티드의 정제의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 연속 조합, 예를 들면, 1-8개 사이, 2-10개 사이, 3-9개 사이, 4-7개 사이, 4-6개 사이, 6-10개 사이, 또는 8-10개 사이의 연속 조합의 출력의 모음이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 용출물의 양은 단일 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼 (또는 합성 실행)을 통한 올리고뉴클레오티드 합성 및 단일 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 정제 실행)을 통한 합성된 올리고뉴클레오티드의 정제의 복수의 연속 조합의 출력으로부터 모아진 양, 예를 들면, 단일 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼 (또는 합성 실행)을 통한 올리고뉴클레오티드 합성 및 단일 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 정제 실행)을 통한 합성된 올리고뉴클레오티드의 정제의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 연속 조합의 출력의 모음이고, 그리고 여기서 단일, 복수, 또는 각각의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼(들) 및/또는 이온 교환 정제 칼럼(들)은 700 mmol 또는 그 이상의 정제되고 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한 부하 용량을 갖는다, 예를 들면, 700-5,400 mmol 사이의 범위에서 합성되는 정제된 올리고뉴클레오티드를 제공하는데 충분한 부하 용량을 갖는다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통한 탈염에 앞서 모아지는, 단일, 복수, 또는 각각의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼(들) (또는 하나 또는 그 이상의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼(들)을 활용하는 정제 실행(들))로부터 발생하는 완전히 탈보호되고 정제된 올리고뉴클레오티드는 700 mmol 또는 그 이상, 예를 들면, 900 mmol 또는 그 이상, 1,600 mmol 또는 그 이상, 2,700 mmol 또는 그 이상, 3,600 mmol 또는 그 이상, 4,000 mmol 또는 그 이상, 4,500 mmol 또는 그 이상, 5,000 mmol 또는 그 이상, 또는 5,400 mmol 또는 그 이상의 완전히 탈보호되고 정제된 올리고뉴클레오티드의 독립된 양이거나, 또는 700-5,400 mmol 사이, 예를 들면, 700-4,500 mmol, 700-3,600 mmol, 900-1,600 mmol, 900-3,000 mmol, 900-2,700 mmol, 1,600-2,700 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위에서 완전히 탈보호되고 정제된 올리고뉴클레오티드의 독립된 양일 수 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 탈염된 완전히 탈보호되고 정제된 올리고뉴클레오티드 용출물의 양은 적어도 900 mmol, 예를 들면, 적어도 1,600 mmol, 적어도 2,400 mmol, 적어도 2,700 mmol, 적어도 3,000 mmol, 적어도 3,600 mmol, 또는 적어도 4,500 mmol이거나, 또는 900-5,400 mmol 사이, 예를 들면, 900-4,500 mmol, 900-3,600 mmol, 900-3,000 mmol, 900-2,700 mmol, 1,600-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol, 1,600-2,700 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위 안에 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 용출물의 양은 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 하나 또는 그 이상의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼을 활용하는 정제 실행)으로부터 적어도 700 mmol의 모아진 양, 예를 들면, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼 (또는 하나 또는 그 이상의 이온 교환 크로마토그래피 정제 칼럼을 활용하는 정제 실행)으로부터 적어도 900 mmol, 적어도 1,600 mmol, 적어도 2,400 mmol, 적어도 2,700 mmol, 적어도 3,600 mmol, 또는 적어도 4,500 mmol의 모아진 양, 또는 700-4,000 mmol 사이, 예를 들면, 900-1,600 mmol, 900-3,000 mmol, 900-2,700 mmol, 1,600-2,700 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위에서 모아진 양이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 한외여과 및/또는 정용여과 과정은 결과의 투과액 (정용여과물)이 900 uS/cm보다 적은 전도도를 갖도록, 예를 들면, 40-900 uS/cm 사이, 예를 들면, 40-150 uS/cm 사이, 40-100 uS/cm 사이, 또는 40-75 uS/cm 사이의 범위에서 전도도를 갖도록, 완전히 탈보호되고 정제된 올리고뉴클레오티드 용출물을 효과적으로 탈염한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 한외여과 및/또는 정용여과 과정은 결과의 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액이 6-8 중량% 사이, 예를 들면, 6-7 중량% 사이, 7-8 중량% 사이, 또는 6.5-7.5 중량% 사이의 범위에서 나트륨 함량을 갖도록, 완전히 탈보호되고 정제된 올리고뉴클레오티드 용출물을 효과적으로 탈염한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액은 농축된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액은 농축된다, 예를 들면, 박막 증발로 농축된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 박막 증발 재킷 온도는 30℃ 또는 그 이상이다, 예를 들면, 30-95℃ 또는 60-90℃의 범위 안에 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 박막 증발 압력은 5-100 토르, 예를 들면, 30-100 토르 또는 20-80 토르이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 농축되는, 예를 들면, 박막 증발에 의해 농축되는, 한외여과 및/또는 정용여과 과정으로부터 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액의 양은 적어도 900 mmol, 예를 들면, 적어도 1,600 mmol, 적어도 2,400 mmol, 적어도 2,700 mmol, 적어도 3,600 mmol, 또는 적어도 4,500 mmol이거나, 또는 900-5,400 mmol 사이, 예를 들면, 900-4,500 mmol, 900-4,000 mmol, 900-3,600 mmol, 900-3,000 mmol, 900-2,700 mmol, 1,600-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위 안에 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 농축되는, 예를 들면, 박막 증발에 의해 농축되는, 한외여과 및/또는 정용여과 과정으로부터 탈염된 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 농축물 용액의 양은 260 nm의 파장에서 적어도 800 OD/mL이다, 예를 들면, 260 nm의 파장에서 800-7,000 OD/mL 사이의 범위 안에 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 액체 조성물이거나, 또는 상기 제조 방법은 액체 조성물의 제조를 유발한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 동결건조 과정을 제외하고 유래되거나, 또는 상기 제조 방법은 동결건조 과정을 제외한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 농축된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 박막 증발된 올리고뉴클레오티드는 동결건조 과정에 종속된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 고체 조성물이거나, 또는 상기 제조 방법은 고체 조성물의 제조를 유발한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 동결건조 과정은 1-500 밀리토르, 예를 들면, 1-300 밀리토르 또는 100-500 밀리토르의 범위에서 진공을 활용한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 동결건조 과정은 -50 내지 35℃, 예를 들면, -50 내지 -30℃, 15-25℃, -10 내지 20℃, 또는 -45 내지 20℃의 범위에서 온도를 활용한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 동결건조 과정에 의해 더욱 농축되고 및/또는 건조되는, 농축된 올리고뉴클레오티드 용액의 양, 예를 들면, 박막 증발 과정으로부터 농축된 올리고뉴클레오티드 용액의 양은 적어도 900 mmol, 예를 들면, 적어도 1,600 mmol, 적어도 2,400 mmol, 적어도 2,700 mmol, 적어도 3,600 mmol, 또는 적어도 4,500 mmol이거나, 또는 900-5,400 mmol 사이, 예를 들면, 900-4,500 mmol, 900-4,000 mmol, 900-3,600 mmol, 900-3,000 mmol, 900-2,700 mmol, 1,600-2,700 mmol, 1,800-3,600 mmol, 2,700-3,600 mmol, 2,700-4,500 mmol, 3,000-4,000 mmol, 3,600-4,500 mmol, 또는 3,600-5,400 mmol 사이의 범위 안에 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 동결건조 과정에 의해 더욱 농축되고 및/또는 건조되는, 농축된 올리고뉴클레오티드 용액의 양, 예를 들면, 박막 증발 과정으로부터 농축된 올리고뉴클레오티드 용액의 양은 260 nm의 파장에서 적어도 800 OD/mL이다, 예를 들면, 260 nm의 파장에서 800-7,000 OD/mL 사이의 범위 안에 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 방법은 적어도 하나의 반응 주기 반복 동안 뉴클레오시드 포스포라미디트를 제공하기에 앞서, 지지체를 독립적으로 전팽윤하는 것을 더욱 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 동결건조 과정으로부터 발생하는 농축된 올리고뉴클레오티드는 기껏해야 25 중량% 물의 수분 함량, 예를 들면, 기껏해야 20 중량% 물, 기껏해야 15 중량% 물, 기껏해야 10 중량% 물, 또는 기껏해야 5 중량% 물의 수분 함량, 또는 예로서, 25-5 중량% 사이의 물, 예를 들면, 25-10 중량% 사이의 물, 15-5 중량% 사이의 물, 10-5 중량% 사이의 물, 또는 6-8 중량% 사이의 물의 범위에서 수분 함량을 가질 수 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 올리고뉴클레오티드는 데옥시리보뉴클레오티드이다, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 서열 번호: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12의 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드, 또는 거기에 상보성 서열은 데옥시리보뉴클레오티드이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 올리고뉴클레오티드는 리보뉴클레오티드이다, 예를 들면, 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 서열 번호:2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12의 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드, 또는 거기에 상보성 서열은 데옥시리보뉴클레오티드이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 올리고뉴클레오티드의 균질도는 적어도 90%, 예를 들면, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%이고, 그리고 상기 올리고뉴클레오티드는 항-SMAD7 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 서열 번호:2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12의 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드, 또는 거기에 상보성 서열, 예를 들면, 몽게르센 (이전에 GED-0301)일 수 있다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 방법 고체 지지체는 적어도 하나의 반응 주기 반복 동안 뉴클레오시드 포스포라미디트를 제공하기에 앞서 지지체를 전팽윤하는 것을 제외한다, 예를 들면, 각 반응 주기 반복 동안 뉴클레오시드 포스포라미디트를 제공하기에 앞서 지지체를 전팽윤하는 것을 제외한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 전팽윤 단계는 전팽윤 작용제, 예를 들면, 톨루엔 또는 디메틸포름아미드를 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 방법 단계는 이들이 언급되는 순서로 수행된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반응 주기 반복 동안 제외된다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 여기서 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기(들)를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드의 보호된 5'-히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반복을 제외하고 반응 주기의 각 반복에서 수행된다 (다시 말하면, 마지막 반복에서 수행되지 않음).
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 올리고뉴클레오티드 조성물, 제조 방법에 따라서 제조된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 제조 방법, 상기 올리고뉴클레오티드 조성물은 본원에서 개시된 바와 같은 방법에 의해 획득된다.
구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의, 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 올리고뉴클레오티드, 상기 올리고뉴클레오티드는 염증성 장 질환 (IBD)을 앓는 환자에서 IBD를 치료하거나 또는 관리하기 위해, 본원에서 설명된 방법에 따라서 투여된다.
구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의, 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 올리고뉴클레오티드, 상기 올리고뉴클레오티드는 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 조합으로, 본원에서 설명된 제약학적 조성물로서 조제된다.
구체예에서, 제약학적 조성물은 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의, 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 올리고뉴클레오티드를 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 함께 포함한다.
구체예에서, 제약학적 조성물은 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의, 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물의 적어도 일부를 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 함께 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물, 상기 제약학적 조성물은 경구 약형, 예를 들면, 정제 또는 코팅된 정제이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물, 여기서 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물의 적어도 일부는 10-500 mg 사이의 범위에서 하기의 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함한다:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물, 여기서 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물의 적어도 일부는 약 40 mg 또는 약 160 mg의 하기의 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하고:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물을 제조하는 방법, 상기 방법은 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물로부터 획득된 올리고뉴클레오티드를 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 함께 조제하는 것을 포함한다.
구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물을 제조하는 방법, 상기 방법은 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물의 적어도 일부를 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 함께 조제하는 것을 포함한다.
구체예에서, 제약학적 조성물 (가령, 본원에서 설명된 바와 같은 경구 약형, 정제, 또는 코팅된 정제)의 계열을 제조하는 방법, 상기 방법은 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물을 경구 투약에 적합한 부분, 양, 또는 용량의 계열로 분할하고, 그리고 경구 투약에 적합한 부분, 양, 또는 용량의 계열의, 경구 투약에 적합한 각 부분, 양, 또는 용량을 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 조합하는 것을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법, 여기서 제약학적 조성물의 상기 계열은 적어도 100개의 제약학적 조성물이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 정제의 계열을 제조하는 방법, 여기서 제약학적 조성물의 상기 계열은 100-1,000,000개 사이의 제약학적 조성물이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법, 여기서 경구 투약에 적합한 부분, 양, 또는 용량의 계열의, 경구 투약에 적합한 각 부분, 양, 또는 용량은 10-500 mg 사이의 범위에서 하기의 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하고:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법, 여기서 경구 투약에 적합한 부분, 양, 또는 용량의 계열의, 경구 투약에 적합한 각 부분, 양, 또는 용량은 약 40 mg 또는 약 160 mg의 하기의 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하고:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법, 여기서 제약학적 조성물의 상기 계열은 정제의 계열이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법, 여기서 제약학적 조성물의 상기 계열은 정제의 계열이고, 여기서 정제의 계열은 적어도 100개의 정제, 적어도 500개의 정제, 적어도 1,000개의 정제, 적어도 2,000개의 정제, 적어도 5,000개의 정제, 적어도 10,000개의 정제, 적어도 20,000개의 정제, 적어도 50,000개의 정제, 적어도 100,000개의 정제, 또는 적어도 200,000개의 정제이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법, 여기서 제약학적 조성물의 상기 계열은 정제의 계열이고, 여기서 정제의 계열은 100-1,000,000개 사이의 정제, 1,000-1,000,000개 사이의 정제, 10,000-1,000,000개 사이의 정제, 50,000-1,000,000개 사이의 정제, 100,000-1,000,000개 사이의 정제, 또는 500-1,000,000개 사이의 정제이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법, 여기서 제약학적 조성물의 상기 계열은 코팅된 정제의 계열이다.
구체예에서, 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물의 적어도 일부, 그리고 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제를 포함하는 제약학적 조성물 배치.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물 배치, 상기 제약학적 조성물 배치는 적어도 10 중량%, 적어도 20 중량%, 적어도 30 중량%, 적어도 40 중량%, 적어도 50 중량%, 적어도 60 중량%, 적어도 70 중량%, 적어도 80 중량%, 적어도 90 중량%, 적어도 95 중량%, 또는 100 중량%의 본원에서 개시된 바와 같은 제조 방법에 따라서 제조된 단일 배치 조성물, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드 조성물을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물 배치, 상기 제약학적 조성물 배치는 적어도 하나의 경구 약형을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물 배치, 여기서 적어도 하나의 경구 약형은 정제이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물 배치, 상기 제약학적 조성물 배치는 경구 약형의 계열을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물 배치, 여기서 경구 약형의 계열은 정제의 계열이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물 배치, 여기서 정제의 계열은 적어도 100개의 정제이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물 배치, 여기서 정제의 계열은 100-1,000,000개 사이의 정제이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물 배치, 상기 제약학적 조성물 배치는 정제를 포함하고, 상기 정제는 코팅된 정제이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물 배치, 여기서 정제의 계열은 코팅된 정제의 계열이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물 배치, 여기서 적어도 하나의 경구 약형, 적어도 하나의 정제, 적어도 하나의 코팅된 정제, 경구 약형의 각 계열, 정제의 각 계열, 또는 코팅된 정제의 각 계열은 10-500 mg 사이의 범위에서 하기의 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하고:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물 배치, 여기서 적어도 하나의 경구 약형, 적어도 하나의 정제, 적어도 하나의 코팅된 정제, 경구 약형의 각 계열, 정제의 각 계열, 또는 코팅된 정제의 각 계열은 약 40 mg 또는 160 mg의 하기의 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하고:
서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 제약학적 조성물 배치, 단일 배치 조성물을 제조하는 방법, 제약학적 조성물을 제조하는 방법, 또는 제약학적 조성물의 계열을 제조하는 방법은 각각, 21 CFR 210.3(2) 및 21 CFR 210.3(10) 하에 규정된 바와 같은 용어 배치 또는 로트를 준수한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 제약학적 조성물 배치, 제약학적 조성물, 정제의 계열을 제조하는 방법, 또는 치료 방법, 여기서 올리고뉴클레오티드는 서열 번호:2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 중에서 한 가지의 핵산 서열을 갖는다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 단일 배치 조성물, 제약학적 조성물 배치, 제약학적 조성물, 정제의 계열을 제조하는 방법, 또는 치료 방법, 여기서 올리고뉴클레오티드는 서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3')의 핵산 서열을 갖고, 여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다.
구체예에서, 염증성 장 질환 (IBD)을 앓는 환자에서 IBD를 치료하거나 또는 관리하는 방법, 상기 방법은 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의 제약학적 조성물을 투여하는 것을 포함한다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의, 염증성 장 질환 (IBD)을 앓는 환자에서 IBD를 치료하거나 또는 관리하는 방법, 여기서 염증성 장 질환 (IBD)은 크론병 (CD)이다.
추가 구체예에서, 본원에서 상기 구체예 중에서 한 가지 그리고 추가 구체예 중에서 한 가지 또는 그 이상의, 염증성 장 질환 (IBD)을 앓는 환자에서 IBD를 치료하거나 또는 관리하는 방법, 여기서 염증성 장 질환 (IBD)은 궤양성 대장염 (UC)이다.
본 발명의 바람직한 구체예가 본원에서 도시되고 설명되긴 했지만, 이런 구체예가 단지 실례로서 제공된다는 것은 당업자에게 명백할 것이다. 하기 청구항이 발명의 범위를 규정하고, 그리고 이들 청구항 및 이들의 등가물의 범위 내에 방법과 구조가 그것에 의해 커버되는 것으로 의도된다.
표 7: 서열 목록
Figure pct00007
Figure pct00008
Figure pct00009
NAI-1504010341
SEQUENCE LISTING <110> CELGENE CORPORATION <120> METHOD OF PREPARING OLIGONUCLEOTIDE COMPOUNDS <130> 14247-109-228 <140> PCT/US2018/043867 <141> 2018-07-26 <150> US 62/538,504 <151> 2017-07-28 <160> 12 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 1281 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <223> human SMAD family member 7 (SMAD7) <400> 1 atgttcagga ccaaacgatc tgcgctcgtc cggcgtctct ggaggagccg tgcgcccggc 60 ggcgaggacg aggaggaggg cgcaggggga ggtggaggag gaggcgagct gcggggagaa 120 ggggcgacgg acagccgagc gcatggggcc ggtggcggcg gcccgggcag ggctggatgc 180 tgcctgggca aggcggtgcg aggtgccaaa ggtcaccacc atccccaccc gccagccgcg 240 ggcgccggcg cggccggggg cgccgaggcg gatctgaagg cgctcacgca ctcggtgctc 300 aagaaactga aggagcggca gctggagctg ctgctccagg ccgtggagtc ccgcggcggg 360 acgcgcaccg cgtgcctcct gctgcccggc cgcctggact gcaggctggg cccgggggcg 420 cccgccggcg cgcagcctgc gcagccgccc tcgtcctact cgctccccct cctgctgtgc 480 aaagtgttca ggtggccgga tctcaggcat tcctcggaag tcaagaggct gtgttgctgt 540 gaatcttacg ggaagatcaa ccccgagctg gtgtgctgca acccccatca ccttagccga 600 ctctgcgaac tagagtctcc cccccctcct tactccagat acccgatgga ttttctcaaa 660 ccaactgcag actgtccaga tgctgtgcct tcctccgctg aaacaggggg aacgaattat 720 ctggcccctg gggggctttc agattcccaa cttcttctgg agcctgggga tcggtcacac 780 tggtgcgtgg tggcatactg ggaggagaag acgagagtgg ggaggctcta ctgtgtccag 840 gagccctctc tggatatctt ctatgatcta cctcagggga atggcttttg cctcggacag 900 ctcaattcgg acaacaagag tcagctggtg cagaaggtgc ggagcaaaat cggctgcggc 960 atccagctga cgcgggaggt ggatggtgtg tgggtgtaca accgcagcag ttaccccatc 1020 ttcatcaagt ccgccacact ggacaacccg gactccagga cgctgttggt acacaaggtg 1080 ttccccggtt tctccatcaa ggctttcgac tacgagaagg cgtacagcct gcagcggccc 1140 aatgaccacg agtttatgca gcagccgtgg acgggcttta ccgtgcagat cagctttgtg 1200 aagggctggg gccagtgcta cacccgccag ttcatcagca gctgcccgtg ctggctagag 1260 gtcatcttca acagccggta g 1281 <210> 2 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> anti-SMAD7 oligonucleotide or a chemically modified anti-SMAD7 oligonucleotide <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> n represents a nucleotide comprising a nitrogenous base selected from the group consisting of cytosine, 5-methylcytosine and 2'-O-methylcytosine <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> n represents a nucleotide comprising a nitrogenous base selected from the group consisting of guanine, 5-methylguanine, or 2'-O-methylguanine <220> <221> misc_feature <222> (16)..(16) <223> n represents a nucleotide comprising a nitrogenous base selected from the group consisting of cytosine, 5-methylcytosine and 2'-O-methylcytosine <220> <221> misc_feature <222> (17)..(17) <223> n represents a nucleotide comprising a nitrogenous base selected from the group consisting of guanine, 5-methylguanine, or 2'-O-methylguanine <400> 2 gtnncccctt ctcccnncag c 21 <210> 3 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> anti-SMAD7 oligonucleotide or a chemically modified anti-SMAD7 oligonucleotide <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> represents 5-methyl-2'-deoxycytidine (5-Me-dC) <220> <221> misc_feature <222> (16)..(16) <223> represents 5-methyl-2'-deoxycytidine (5-Me-dC) <400> 3 gtngcccctt ctcccngcag c 21 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> anti-SMAD7 oligonucleotide or a chemically modified anti-SMAD7 oligonucleotide <400> 4 gtcgcccctt ctccccgcag 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> anti-SMAD7 oligonucleotide or a chemically modified anti-SMAD7 oligonucleotide <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> represents 5-methyl-2'-deoxycytidine (5-Me-dC) <220> <221> misc_feature <222> (16)..(16) <223> represents 5-methyl-2'-deoxycytidine (5-Me-dC) <400> 5 gtngcccctt ctcccngcag 20 <210> 6 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> anti-SMAD7 oligonucleotide or a chemically modified anti-SMAD7 oligonucleotide <400> 6 gtttggtcct gaacatgc 18 <210> 7 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> anti-SMAD7 oligonucleotide or a chemically modified anti-SMAD7 oligonucleotide <400> 7 gtttggtcct gaacat 16 <210> 8 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> anti-SMAD7 oligonucleotide or a chemically modified anti-SMAD7 oligonucleotide <400> 8 gtttggtcct gaacatg 17 <210> 9 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> anti-SMAD7 oligonucleotide or a chemically modified anti-SMAD7 oligonucleotide <400> 9 agcaccgagt gcgtgagc 18 <210> 10 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> anti-SMAD7 oligonucleotide or a chemically modified anti-SMAD7 oligonucleotide <400> 10 cgaacatgac ctccgcac 18 <210> 11 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> anti-SMAD7 oligonucleotide or a chemically modified anti-SMAD7 oligonucleotide <400> 11 gatcgtttgg tcctgaa 17 <210> 12 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> anti-SMAD7 oligonucleotide or a chemically modified anti-SMAD7 oligonucleotide <400> 12 atcgtttggt cctgaac 17

Claims (55)

  1. 적어도 700 mmol의 올리고뉴클레오티드 및 25 중량% 이하의 물을 포함하되,
    상기 올리고뉴클레오티드는 하기의 핵산 서열을 갖는, 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물:
    서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3')
    (식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘임).
  2. 적어도 2 g/mmol의 적어도 700 mmol 합성 규모의 올리고뉴클레오티드 및 25 중량% 이하의 물을 포함하되, 상기 올리고뉴클레오티드는 하기의 핵산 서열을 갖는, 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물:
    서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
    (식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘임).
  3. 적어도 2 kg의 올리고뉴클레오티드 및 25 중량% 이하의 물을 포함하되, 상기 올리고뉴클레오티드는 하기의 핵산 서열을 갖는, 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물:
    서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
    (식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘임).
  4. 적어도 하나의 700 mmol 이상의 올리고뉴클레오티드 합성 칼럼으로부터 적어도 50 mol%의 올리고뉴클레오티드 출력 및 25 중량% 이하의 물을 포함하되, 상기 올리고뉴클레오티드는 하기의 핵산 서열을 갖는, 올리고뉴클레오티드의 단일 배치 조성물:
    서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
    (식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘임).
  5. 청구항 1 내지 4 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연쇄 중 적어도 하나는 O,O-연결된 포스포로티오에이트인, 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물.
  6. 청구항 1 내지 5 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고뉴클레오티드의 모든 뉴클레오티드간 연쇄는 O,O-연결된 포스포로티오에이트인, 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물.
  7. 올리고뉴클레오티드의 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물로서, 상기 5'-말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실 기가 보호되고; 상기 올리고뉴클레오티드는 하기의 핵산 서열을 갖는, 조성물:
    서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
    (식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘임).
  8. 청구항 7에 있어서, 단지 상기 5'-말단 뉴클레오시드의 5'-히드록실 기만 보호되는, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물.
  9. 청구항 8에 있어서, 상기 보호된 올리고뉴클레오티드는 합성 칼럼으로부터 개열 및 용리 후 획득되는, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물.
  10. 청구항 7 내지 9 중 어느 한 항에 있어서, 상기 조성물의 순도는 60% 또는 그 이상인, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물.
  11. 청구항 7 내지 10 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연쇄 중 적어도 하나는 O,O-연결된 포스포로티오에이트인, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물.
  12. 청구항 7 내지 11 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고뉴클레오티드의 모든 뉴클레오티드간 연쇄는 O,O-연결된 포스포로티오에이트인, 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물.
  13. 청구항 1 내지 6 중 어느 한 항의 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물 또는 청구항 7 내지 12 중에서 어느 한 항의 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물로서, 상기 올리고뉴클레오티드는 하기를 포함하는 방법에 따라서 제조되는, 조성물:
    a) 고체 지지체에 부착되고, 보호된 히드록실 기를 포함하는 링커를 제공하는 단계;
    b) 상기 링커의 보호된 히드록실 기를 탈보호한 후, 탈보호된 히드록실 기를 창출하는 단계;
    c) 보호된 히드록실 기 및 보호된 포스포라미디트를 포함하는 뉴클레오시드 포스포라미디트를 독립적으로 제공하는 단계;
    d) 상기 뉴클레오시드 포스포라미디트를, 반응 주기의 이전 반복으로부터 링커의 탈보호된 히드록실 기에, 또는 뉴클레오시드의 탈보호된 히드록실 기에 독립적으로 연계하고, 따라서 아인산염 트리에스테르 연결된 뉴클레오시드를 창출하는 단계;
    e) 상기 보호된 아인산염 트리에스테르 연쇄를 독립적으로 티올화한 후, 따라서 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 창출하는 단계;
    f) 임의적으로, 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 독립적으로 캡핑하는 단계;
    g) 임의적으로, 상기 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 독립적으로 탈보호하는 단계;
    h) 상기 제공하는 단계, 연계하는 단계, 티올화하는 단계, 캡핑하는 단계 및 탈보호 단계 (단계 c) 내지 g))를 미리 결정된 횟수로 반복하여 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드를 제공하는 단계;
    i) 상기 보호된 포스포로티오에이트 연쇄를 탈보호하는 단계;
    j) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 개열하는 단계;
    k) 상기 올리고뉴클레오티드를 상기 고체 지지체로부터 용리하는 단계;
    l) 상기 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼을 이용하여 정제하는 단계; 및
    m) 상기 올리고뉴클레오티드 화합물의 용액을 박막 증발로 농축하는 단계.
  14. 청구항 13에 있어서, 상기 정제 단계 l)는 하기를 포함하는, 올리고뉴클레오티드 조성물:
    1) 용리 단계 k)로부터 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하하는 단계;
    2) 보호된 히드록실 기를 말단 뉴클레오시드로부터 탈보호하는 단계; 및
    3) 올리고뉴클레오티드를 염 구배를 이용하여 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리하는 단계.
  15. 청구항 13에 있어서, 정제 단계l)는 하기를 포함하는, 올리고뉴클레오티드 조성물:
    1) 용리 단계 k)로부터 올리고뉴클레오티드 용출물을 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하하는 단계;
    2) 보호된 히드록실 기를 말단 뉴클레오시드로부터 탈보호하는 단계;
    3) 올리고뉴클레오티드를 염 구배를 이용하여 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리하는 단계; 및
    4) 올리고뉴클레오티드 용출물을 한외여과 및/또는 정용여과를 통해 이온 교환 칼럼으로부터 탈염하는 단계.
  16. 청구항 13 내지 15 중 어느 한 항에 있어서, 링커가 자신에게 부착된 고체 지지체는 교차연결된 폴리스티렌인, 올리고뉴클레오티드 조성물.
  17. 청구항 13 내지 16 중 어느 한 항에 있어서, 상기 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기는 아실 기로 캡핑되는, 올리고뉴클레오티드 조성물.
  18. 청구항 13 내지 17 중 어느 한 항에 있어서, 상기 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기의 캡핑은 하기를 첨가하는 것을 포함하는, 올리고뉴클레오티드 조성물:
    a) N-메틸이미다졸 (NMI), 피리딘 및 아세토니트릴을 포함하는 제1 캡핑 용액 (캡 A); 그리고
    b) 캡핑 작용제 및 아세토니트릴을 포함하는 제2 캡핑 용액 (캡 B).
  19. 청구항 18에 있어서, 상기 캡핑 작용제는 이소부티르산 무수물인, 올리고뉴클레오티드 조성물.
  20. 청구항 13 내지 19 중 어느 한 항에 있어서, 상기 티올화 작용제는 크산탄 수소화물 (XH)인, 올리고뉴클레오티드 조성물.
  21. 청구항 13 내지 20 중 어느 한 항에 있어서, 상기 탈보호된 고체 지지체-결합된 올리고뉴클레오티드의 개열은 수산화암모늄의 용액을 제공하는 것을 포함하는, 올리고뉴클레오티드 조성물.
  22. 청구항 13 내지 21 중 어느 한 항에 있어서, 상기 이온 교환 크로마토그래피는 음이온 교환 크로마토그래피인, 올리고뉴클레오티드 조성물.
  23. 청구항 13 내지 22 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고뉴클레오티드 용출물은 염기성 수성 용액을 갖는 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 위에 부하되는, 올리고뉴클레오티드 조성물.
  24. 청구항 13 내지 23 중 어느 한 항에 있어서, 상기 이온 교환 크로마토그래피 칼럼 상에서 부하된 올리고뉴클레오티드 용출물의 5'-히드록실 보호된 기는 80% 수성 아세트산으로 탈보호되는, 올리고뉴클레오티드 조성물.
  25. 청구항 13 내지 24 중 어느 한 항에 있어서, 상기 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드는 염기성 염 구배를 갖는 이온 교환 크로마토그래피 칼럼으로부터 용리되는, 올리고뉴클레오티드 조성물.
  26. 청구항 13 내지 25 중 어느 한 항에 있어서, 상기 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드는 한외여과 및/또는 정용여과 과정을 통해 탈염되는, 올리고뉴클레오티드 조성물.
  27. 청구항 13 내지 26 중 어느 한 항에 있어서, 상기 한외여과 및/또는 정용여과 과정은 5-8의 범위 내에 pH에서 물을 활용하는, 올리고뉴클레오티드 조성물.
  28. 청구항 13 내지 27 중 어느 한 항에 있어서, 상기 완전히 탈보호된 올리고뉴클레오티드 용출물은 박막 증발로 농축되는, 올리고뉴클레오티드 조성물.
  29. 청구항 13 내지 28 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법 단계는 이들이 언급되는 순서대로 수행되는, 올리고뉴클레오티드 조성물.
  30. 청구항 13 내지 29 중 어느 한 항에 있어서, 상기 반응하지 않은 탈보호된 히드록실 기를 캡핑하는 임의선택적 단계 및 뉴클레오시드의 보호된 히드록실 기를 탈보호하는 임의선택적 단계는 마지막 반복을 제외하고, 반응 주기의 각 반복에서 수행되는, 올리고뉴클레오티드 조성물.
  31. 청구항 1 내지 6 중에서 어느 한 항의 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물, 청구항 7 내지 12 중에서 어느 한 항의 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 청구항 13 내지 30 중에서 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 조성물의 적어도 일부를 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 함께 포함하는 제약학적 조성물.
  32. 청구항 31에 있어서, 상기 제약학적 조성물은 경구 약형인, 제약학적 조성물.
  33. 청구항 32에 있어서, 상기 제약학적 조성물의 경구 약형은 정제인, 제약학적 조성물.
  34. 청구항 33에 있어서, 상기 정제는 코팅된 정제인, 제약학적 조성물.
  35. 청구항 31 내지 34 중 어느 한 항에 있어서, 청구항 1 내지 6 중에서 어느 한 항의 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물, 청구항 7 내지 12 중에서 어느 한 항의 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 청구항 13 내지 30 중에서 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 조성물의 적어도 일부는 하기의 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 10-500 mg 사이의 범위에서 포함하며:
    서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
    여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타내는, 제약학적 배치 조성물.
  36. 청구항 31 내지 35 중 어느 한 항에 있어서, 청구항 1 내지 6 중에서 어느 한 항의 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물, 청구항 7 내지 12 중에서 어느 한 항의 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 청구항 13 내지 30 중에서 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 조성물의 적어도 일부는 하기의 핵산 서열을 갖는 약 40 mg 또는 약 160 mg의 올리고뉴클레오티드를 포함하며:
    서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
    여기서 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타내는, 제약학적 배치 조성물.
  37. 염증성 장 질환 (IBD)을 앓는 환자에서 IBD를 치료하거나 또는 관리하는 방법에 있어서, 청구항 31 내지 36 중에서 어느 한 항의 제약학적 조성물을 투여하는 것을 포함하는, 방법.
  38. 청구항 37에 있어서, 상기 염증성 장 질환 (IBD)은 크론병 (CD)인, 방법.
  39. 청구항 37에 있어서, 상기 염증성 장 질환 (IBD)은 궤양성 대장염 (UC)인, 방법.
  40. 청구항 31 내지 36 중에서 어느 한 항의 제약학적 조성물을 제조하는 방법에 있어서, 청구항 1 내지 6 중에서 어느 한 항의 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물, 청구항 7 내지 12 중에서 어느 한 항의 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 청구항 13 내지 30 중에서 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 조성물의 적어도 일부를 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 함께 조제하는 단계를 포함하는, 방법.
  41. 정제의 계열을 제조하는 방법에 있어서, 청구항 1 내지 6 중에서 어느 한 항의 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물, 청구항 7 내지 12 중에서 어느 한 항의 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 청구항 13 내지 30 중에서 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 조성물을 경구 투약에 적합한 부분, 양, 또는 용량의 계열 내로 분할하고, 그리고 경구 투약에 적합한 부분, 양, 또는 용량의 계열의, 경구 투약에 적합한 각 부분, 양, 또는 용량을 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제와 조합하는 단계를 포함하는, 방법.
  42. 청구항 41에 있어서, 상기 정제의 계열은 적어도 100개의 정제인, 방법.
  43. 청구항 41에 있어서, 상기 정제의 계열은 100-1,000,000개 사이의 정제인, 방법.
  44. 청구항 41 내지 43 중 어느 한 항에 있어서, 상기 정제의 계열은 코팅된 정제의 계열인, 방법.
  45. 청구항 41 내지 44 중 어느 한 항에 있어서, 경구 투약에 적합한 부분, 양, 또는 용량의 계열의, 경구 투약에 적합한 각 부분, 양, 또는 용량은 하기의 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 10-500 mg 사이의 범위에서 포함하는, 방법:
    서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
    (식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘임).
  46. 청구항 41 내지 45 중 어느 한 항에 있어서, 경구 투약에 적합한 부분, 양, 또는 용량의 계열의, 경구 투약에 적합한 각 부분, 양 또는 용량은 하기의 핵산 서열을 갖는 약 40 mg 또는 약 160 mg의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 방법:
    서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
    (식 중,X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘임).
  47. 청구항 1 내지 6 중에서 어느 한 항의 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물, 청구항 7 내지 12 중에서 어느 한 항의 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 청구항 13 내지 30 중에서 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 조성물의 적어도 일부, 그리고 제약학적으로 허용되는 어쥬번트 및/또는 부형제를 포함하는, 제약학적 조성물 배치.
  48. 청구항 47에 있어서, 상기 제약학적 조성물 배치는 적어도 10 중량%, 적어도 20 중량%, 적어도 30 중량%, 적어도 40 중량%, 적어도 50 중량%, 적어도 60 중량%, 적어도 70 중량%, 적어도 80 중량%, 적어도 90 중량%, 적어도 95 중량%, 또는 100 중량%의 청구항 1 내지 6 중에서 어느 한 항의 단일 배치 올리고뉴클레오티드 조성물, 청구항 7 내지 12 중에서 어느 한 항의 실제적으로 순수한 올리고뉴클레오티드 조성물, 또는 청구항 13 내지 30 중에서 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 조성물을 포함하는, 제약학적 배치 조성물.
  49. 청구항 48 또는 48에 있어서, 상기 제약학적 조성물 배치는 적어도 하나의 정제 또는 적어도 하나의 코팅된 정제를 포함하는, 제약학적 배치 조성물.
  50. 청구항 48 또는 48에 있어서, 상기 제약학적 조성물 배치는 정제의 계열을 포함하는, 제약학적 배치 조성물.
  51. 청구항 50에 있어서, 상기 정제의 계열은 적어도 100개의 정제인, 제약학적 배치 조성물.
  52. 청구항 50에 있어서, 상기 정제의 계열은 100-1,000,000개 사이의 정제인, 제약학적 배치 조성물.
  53. 청구항 50 내지 52 중 어느 한 항에 있어서, 상기 정제의 계열은 코팅된 정제의 계열인, 제약학적 배치 조성물.
  54. 청구항 47 내지 53 중 어느 한 항에 있어서, 상기 적어도 하나의 정제, 적어도 하나의 코팅된 정제, 정제의 각 계열, 또는 코팅된 정제의 각 계열은 하기의 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 10-500 mg 사이의 범위에서 포함하는, 제약학적 배치 조성물:
    서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
    (식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘임).
  55. 청구항 47 내지 54 중 어느 한 항에 있어서, 상기 적어도 하나의 정제, 적어도 하나의 코팅된 정제, 정제의 각 계열, 또는 코팅된 정제의 각 계열은 하기 서열 번호를 갖는 핵산 서열을 갖는 약 40 mg 또는 160 mg의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 제약학적 배치 조성물:
    서열 번호:3:(5'-GTX GCC CCT TCT CCC XGC AGC-3'),
    (식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘임).
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3420082A4 (en) 2016-02-23 2019-10-16 Celgene Alpine Investment Company II, LLC METHOD FOR THE TREATMENT OF DARM FIBROSIS USING SMAD7 INHIBITION
JP7503072B2 (ja) * 2019-02-26 2024-06-19 ロシュ イノベーション センター コペンハーゲン エーエス オリゴヌクレオチドの製剤化方法
JP7311642B2 (ja) * 2019-07-09 2023-07-19 エフ． ホフマン－ラ ロシュ アーゲー オリゴヌクレオチドを脱保護するための方法
CN110468171B (zh) * 2019-09-20 2021-10-29 凯莱英医药集团（天津）股份有限公司 核酸的合成方法
JP2023515485A (ja) * 2020-02-21 2023-04-13 バイオジェン・エムエイ・インコーポレイテッド 限外濾過／透析濾過を用いたオリゴヌクレオチド組成物の調製方法
WO2024138152A1 (en) * 2022-12-23 2024-06-27 Asahi Kasei Bioprocess America, Inc. System for performing cleavage, deprotection, ultrafiltration, and diafiltration operations
CN117143165B (zh) * 2023-08-30 2026-02-03 上海奥锐特生物科技有限公司 一种寡核苷酸的纯化方法

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2007050789A2 (en) * 2005-10-25 2007-05-03 Nëdken Corporation Glycosyl-oligonucleotide conjugates and methods
DK2951191T3 (en) * 2013-01-31 2019-01-14 Ionis Pharmaceuticals Inc PROCEDURE FOR MANUFACTURING OLIGOMERIC COMPOUNDS USING MODIFIED CLUTCH PROTOCOLS
AU2015257589A1 (en) * 2014-05-09 2016-11-24 Nogra Pharma Limited Methods for treating inflammatory bowel disease
EP3207135A2 (en) * 2014-10-17 2017-08-23 Celgene Alpine Investment Company II, LLC Isotopologues of smad7 antisense oligonucleotides
CA3000569A1 (en) * 2015-09-30 2017-04-06 Nogra Pharma Limited Methods of using smad7 antisense oligonucleotides based on biomarker expression

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