TW200538152A

TW200538152A - Vaccine for periodontal disease

Info

Publication number: TW200538152A
Application number: TW094109998A
Authority: TW
Inventors: Kimberly Jean Dreier; John Morgan Hardham; John David Haworth; Kendall Wayne King; Rajendra Krishnan; David Ross Mcgavin
Original assignee: Pfizer Prod Inc
Priority date: 2004-05-21
Filing date: 2005-03-30
Publication date: 2005-12-01
Also published as: IL178971A0; AR048347A1; MXPA06013471A; WO2005112993A1; JP2008500379A; JP4099213B2; NZ550981A; ES2325737T3; DE602005014635D1; CA2565925A1; CA2565925C; EP1753454A1; BRPI0510148A; RU2364417C2; AU2005244663A1; US7378101B2; RU2006140984A; EP1753454B1; ATE432082T1; NO20065064L

Description

200538152 九、發明說明：【發明所屬之技術領域】發明領域本發明係關於可於伴侣動物（寵物）引發牙周病之以 5 16S rRNA 1:^八識別之新穎細菌單離株，其中所含之多核苷酸序列’藉此種多核苷酸序列編碼之多肽，以及包含此種已經去活化或已經減毒之細菌單離株、多核苷酸、或多肽之疫苗。也提供治療及預防牙周病之方法，以及檢測、治療及預防牙周病用之套件組。此外，提供評比疫苗用於動 10 物對抗牙周病之功效之方法。【先前技術3 發明背景大部分有關牙周病之實驗資料係基於對人類或由人類为泌出之細菌之研究。有關非人動物諸如伴侣動物，且特 15 別為犬及雜之牙周病之資訊相當少。牙周病包含一組涉及牙齒之支承組織之感染。牙周病之嚴重度由輕度可逆性牙齦（牙肉）發炎，至牙周組織（牙齦、牙周韌帶、及齒槽骨）之慢性破壞，最終牙齒脫落。由微生物學觀點，牙周病之若干特色令人感興趣。細 20菌病因複雜，有多種有機體造成人類牙周病的引發與進行。多種有機體（即使並非全部）也可能存在於牙周健康個體，且可能與宿主和諧共生存在。如此，疾病的發作可能是在細菌因素與宿主因素間之生態平衡產生遷移之後發生，結果例如某些有機體之絕對數目或相對數目改變、致 200538152 T潛力的改變、或特定宿主时之調整結果所造成。局部壞境對牙虹牙録面與牙齦下裂隙（牙根與牙赧間之通道隨著疾病的進行而深入牙周囊袋内）造成獨特限制。 “牙齒硬質組織的飼化與牙齦上皮細胞皆可用於形成菌 5落。此等組織曝露於宿主唾液分泌、與牙酿裂隙流體(血清渗液），兩種流體皆含有可直接與細菌交互作用而改變環境條件之分子。此外，已知於人體，牙齒及牙酿下區成功之移居者必須與多種(超過_種）已經棲息於該區之細菌物種共存。人類牙周病之病因研究由於顯微環境生態的錯綜複 10 雜而變複雜。人頭各種牙周病表徵之分類仍然持續改變，值得一提者有依據疾病嚴重度、進行速度、以及患齒數目分類；於乳牙長出後不同年齡群皆可能發生牙周病。病原因子之本質依據疾病實體、人類病人之差異或甚至同一病人的不同 15發病位置而有別。但通常，嚴重形式之牙周病係與多種革蘭氏陰性厭氧菌有關。此種革蘭氏陰性厭氧菌中於人體大部分之證據皆指向牙齦紫質單胞菌（户⑽似容哪⑽㈣(前稱擬桿菌也))之病原角色。存在有牙銀紫質單胞菌有機體可單獨作用或與其它細菌混合感染作 20用，且可能與不存在有其它益菌、以及宿主之某些免疫反應一致行動，顯然為發病所必需。於口腔形成菌落要求細菌首先進入口腔，然後定位且附著於某個表面。防止細菌形成群落之宿主因素包括舌頭移動連同唾液及牙齦裂隙流體流動的機械剪力。因此成功 200538152 的口腔移居細菌必須具有多物種性來克服宿主的保護機轉。隨後累積於口腔硬組織及軟組織上的附著牙菌斑生物膜是一種由多種微生物物種所組成之動態系統。於人體，牙酿紫質單胞菌通常係屬於口腔的晚期或二次移居菌私需 5 要有先驅有機體來形成必需的環境條件。牙酿紫質單胞菌進a人類口腔相信係由於感染個體的傳染所致。因而讓其它病媒發揮功能。研究指出無論移居位置或臨床狀態如何，個體係被單一（或至少主要)基因型所移居。相反地，不同個體存在有多種不同純株來源之品系。 10如此證貫牙齦紫質單胞菌主要是一種伺機性病原，其毒力並非限於特定型純株。人口腔提供多個牙齦紫質單胞菌可附著的表面。有礦物化之牙齒硬質組織，連同包括牙齦、面頰及舌頭等黏臈表面。 15 雖然對人類牙周病已知相當多資訊，如前文說明對伴 4呂動物之牙周病所知極少。pournier，D·等人，「喉紫質單胞菌⑽仍糾/從）sp· ηον·，得自多種動物宿主牙齦槽之厭氧性革蘭氏陰性球菌」，國際系統與演化微生物期刊（2001)，51，1179-1189描述宿主分離自多種動物宿主之 2〇口口糸包括疋名為入丁(^571〇〇之喉紫質單胞菌叩011〇乂.之品系。作者假設牙齦紫質單胞菌之動物生物種型表示一種 14牙is；艮务、貝卓胞囷不同的紫質單胞菌物種。但該文獻未曾述及可用於治療伴侣動物之牙周病之疫苗。Hirasawa及 Takada ’「分離自小獵犬之牙齦紫質單胞菌sp. nov.及犬裂隙 7 200538152 紫質單胞菌（Porphyromonas crevioricanis) sp· ηον·」，國際系統細菌學期刊，637-640頁（1994年），說明兩種單離自小獵犬牙槽裂隙流體之細菌。此等細菌說明於美國專利第 5,710,039及5,563,063號。但作者未曾提示使用此等菌種用 5於牙周病之治療用疫苗。國際申請案PCT/AU98/01023，公告號碼WO 99/29870描述多種牙齦紫質單胞菌多肽之核苷酸。但未提供任何可有效預防伴侣動物牙周病之疫苗之證只。即使有大里有關人牙周病之已知資訊，但對牙周病之預防或治療甚至於人類牙周病之治療及預防之成就極少。 10 健需要有安全而有效之疫苗可供治療及預防伴侣動物之牙周病。

Genco等人(微生物學趨勢6 : 44夂449，i998)描述一種研究牙齦紫質單胞菌媒介之牙周病之大鼠研究模型。 Grecca等人（牙髓學期刊27 : 61〇，2〇〇1)描述誘發牙根周圍 15牙周病之犬牙齒接受牙髓治療後，牙根周圍修復之放射性攝影評比。於本發明之前，並無任何動物研究模型可供以經過界定之定量方式評比對抗一或多種牙周病原菌之疫苗之功效。 20 【發明内容】發明概要本發明提供一種具有16S rRNA DNA序列之經單離之染色厭氧菌，該序列包含選自SEQIDN〇s : 86至94組成之群組之核苷酸序列，但該細菌並非定名為犬2〇B之牙齦紫質 200538152 單胞菌之品系。一具體例中，該細菌係選自由喉紫質單胞菌 (Porp/^r謂⑽仍以/似）B43、犬牙槽紫質單胞菌（ρ α冊也ζ·) Β46、牙周紫質单胞_ (P. Β52、喉紫質單胞 5菌Β69、牙周紫質單胞菌Β97、犬酿紫質單胞菌（户 ⑽以）Β98、唾液紫質單胞菌ρ•似//v〇^ m〇4、犬牙臭菌心;Β106、及牙髓紫質單胞菌（户 ⑼心也加Ws) B114組成之群組，但該細菌非為定名為犬2〇b 之牙齦紫質單胞菌。 10 另一具體例中，本發明提供一種經單離之染色厭氧菌，其於伴侣動物直接或結合其它病原因子而引發牙周病，其中該細菌可用於製備治療或預防伴侣動物牙周病之疫苗，其中該疫苗包含免疫上有效量之已經被去活化或減毒之至少一種細菌，但該細菌非為定名為ATCC 51700之喉 15紫質單胞菌sp· η〇ν•之品系。較佳該細菌具有16S rRNA DNA 序列與SEQ ID N0S ·· 86至94顯示之任何序列至少約㈣同系。更佳邊細菌具有16S rRNA DNA序列包含選自SEq m NOS : 86至94組成之群組之核苷酸序列。

另具體例中，本發明提供一種經單離之染色厭氧 20菌，其於伴伯動物直接或結合其它病原因子而引發牙周病，其中該細菌可用於製備治療或預防伴信動物牙周病之疫苗，其中該疫苗包含免疫學上可有作為預防或治療伴伯動物牙料之疫苗之經單離之多肽，其中該多狀係藉單離自該細菌之多核g酸分子編碼，但該細菌麵定名為A C C 200538152 51700之喉紫質單胞菌邛11〇^之品系。較佳該細菌具有168 rRNA DNA序列與SEQ ID NOS : 86至94顯示之任何序列至少約95%同系。更佳該細菌具有16S rRNADNA序列包含選自SEQIDNOS : 86至94組成之群組之核苷酸序列。 5 另一具體例中，本發明提供一種經單離之染色厭氧菌’其於伴侣動物直接或結合其它病原因子而引發牙周病，其中該細菌可用於製備治療或預防伴侣動物牙周病之疫田，其中該疫苗包含一種經單離之多核苷酸分子，其編碼免疫學上可有效作為預防或治療伴侣動物牙周病之疫苗 1〇之多肽，其中該多核苷酸分子係單離自細菌，但該細菌非為定名為ATCC 51700之喉紫質單胞菌sp· n〇v•之品系。較佳 5亥細菌具有16S rRNA DNA序列與SEQ ID NOS : 86至94顯

示之任何序列至少約95%同系。更佳該細菌具有16S rRNA A序列包含選自SEQ ID N〇s ··从至料組成之群組之核苷 15 酸序列。伴信動物較佳為犬或貓。於另一方面，本發明提供經單離之多核苷酸分子，其包含—單離自細菌之核苷酸序列，該細菌係選自具有喉紫質單胞菌B43、犬牙槽紫質單胞菌B46、牙周紫質單胞菌 20 B52、喉紫質單胞菌B69、牙周紫質單胞菌B97、犬齦紫質單胞菌B98、唾液紫質單胞菌B104、犬牙臭菌B1〇6、及牙鑛紫質單胞菌B114之識別特徵之細菌組成之群組，但該細菌非為定名為ATCC 51700之喉紫質單胞菌sp· n〇v之品系。一具體例中，經單離之多核苷酸係單離自細菌，其中 10 200538152 該細菌係選自由喉势暂 ⑽、牙射t。犬牙槽紫質單胞菌牙心貝早胞菌B52、喉紫質單胞菌B69 單胞菌B97、犬㈣暂置㈣务貝 I貝早胞囷B98、唾液紫質單犬牙臭菌B100、及牙0 及牙Ml早胞囷mu組成之群組。八體例中，經單離之多核答酸編碼多狀。 ^另-她种，經單離之多料酸編或轉移RNA。又另一具體例中，本發明提供一種經單離之多核菩酸分子，其包含選自由啊10刪：86至94及具有至少㈣相同性之同系物組成之群組，但該核苔酸序列非為得自定名為ATCC 51700之喉紫質單胞菌sp黯細菌之挪腿八 DNA。較佳經單離之多核苷酸分子包含選自由seq m NOS · 95至1〇2及11M19組成之群組之任一種核苷酸序列 15 (分別為fimA或0PrF)，該序列編碼免疫上可有效作為預防或治療伴但動物牙周病之疫苗之多肽或其補體。也車父仏為一種經早每隹之多核苔酸分子，包含seq id NOS : 95至1〇2及11M19顯示之任一種核苷酸、具有至少 95%相同性之同系物，該序列編碼免疫上可有效作為預防 20或治療伴侣動物牙周病之疫苗之多肽或其補體。又—具體例中，經單離之多核笞酸分子包含兕(^ ID NOS · 95至1〇2及111-119顯示之任一種核苷酸或其片段或其又異株，该序列編碼免疫上可有效作為預防或治療伴侣動物牙周病之疫苗之多肽或其補體。 11 200538152 又-具體例中，經單離之多核苔酸分子包含一核誓酸序列，其於高度嚴格條件下之雜交株SEQidn〇s:95至1〇2 及111-119所不之任_序列或其補體。較佳經單離之多核苔酸序列，其中該序列包含選自SEq ID N〇s : 95至1〇2所示 5任何序列、其片段或其變異株之fimA序列，該片段或變異株至少具有約95%、98%或99%序㈣目同性。也較佳為經單離之多核#酸分子，其中該序列包含選自SEQ ID N〇s :⑴ 至119所示任何序列、其片段或其變異株之oprF序列，該片段或變異株至少具有約95%、98%或99%序列相同性。 10 較佳，根據本發明之多核苗酸分子之片段或變異株至少約為98%相同性。另-具體例中，本發明提供一種經單離之多核答酸分子，包含於高度嚴格條件下可與fimA雜交之核答酸序列，該fimA係選自SEq ID娜：所示任何序列或其補 15 體。 ’、入刀本發明提供一種經單離之多核苷酸分子，包含於高度嚴格條件下可與〇prF雜交之核苷酸序列、，該fimA係選自SEQIDN〇s ··⑴至ιι9所示任何序二或其補體。 20 树明也提供—種包含約3 G核㈣之核#酸序列之爽早離之多核誓酸分子，該核苔酸序列於高度嚴格條件下雜交至-DNA分子，該DNA分子具有核苔酸序列編碼—種才夕月太，該多月太具有由SEQ ID N0S : 95至102及109至119之: 一核誓酸㈣編敎任何纽或其觀之至少10連續胺λ 12 200538152 酸序列。較佳該經單離酸，H刀子包含至少有90核苷 1核#TI^DNA分子’細A分子具 ⑽―種多肽’該多肽具有由SEQIDNOS: 直靜、及U1至Μ之任—核純序職碼擔何多肽或 ”補體之至少3〇連續胺基酸序列。 “於另方面’本發明提供根據本發明之經單離之多核甘酉夂工作式鍵聯至_非同系啟動基因。經單離之多核苔酸進-步包含於職細胞或真核細胞有雜之複製起點。 10 另方面，本發明提供一種重組表現載體，其包含選自由核誓酸序列SEQ ID NOS : 95至1〇2、及nl至119中之任一者’其片段或其變異株組成之群組之多核苷酸工作式鍵聯至一啟動基因序列。又另一方面，本發明提供一質體，其包含選自由核苷酸序列SEQ ID N0S : 95至1〇2、及U1至119中之任一者， 15其片段或其變異株組成之群組之多核苷酸工作式鍵聯至一啟動基因序列。又一方面，本發明提供一種包含根據本發明之經單離之多核苷酸序列、載體或質體之宿主細胞。較佳該宿主細胞為大腸桿菌（五c〇")BL2卜以及該多核 20 苷酸進一步包含表現載體pBAD/HisA或λ表現質體。又一方面，本發明提供一種製造選自SEq ID N〇s : 103 至110或120至128之任何序列或其片段或變異株之重組 FimA或OprF之方法，該方法包含（1)於其中可表現包含 FimA、OprF、或其片段或變異株之多肽之條件下，生長如 13 200538152 申請專利範圍第36項之細胞，以及(2)回收該多肽。該多肽可以可溶形式或不溶形式回收。於另一方面’本發明之經單離之多肽為免疫上可有效作為預防或治療伴侣動物牙周病之疫苗，以及包含Seqid 5 NOS : 103至110及120至128所述胺基酸序列。一具體例中，免疫上可有效作為預防或治療伴侣動物牙周病之疫苗之經單離之多肽包含SEQ ID NOS : 1〇3至及120至128所述胺基酸序列及具有至少95%、98%或99%序列相同性之同系物。 10 另一具體例中，免疫上可有效作為預防或治療伴侣動物牙周病之疫苗之經單離之多肽包含8]£(^ ID N〇s : 1〇3至 110及120至128所述胺基酸序列或其片段或變異株。又另一具體例中，免疫上可有效作為預防或治療伴侣動物牙周病之疫苗之經單離之多肽，其具有有一種dna* 15子所編碼之胺基酸序列，該DNA分子包含核菩酸序列，該核苔酸序列於高度嚴袼條件下可雜交至SEQ ID NOS : 95至 102、及111至119所示之任何序列。又另一具體例中，經單離之多肽免疫上可有效作為預防或治療伴彳呂動物牙周病之疫苗，該多肽包含至少約1〇個 2〇連縯胺基酸包含SEqIDn〇s:⑽至㈣及⑽至⑵之任何 #肽序列之片段’該多肽可單獨或鍵聯至載劑，於免疫上可有效作為預防或治療伴但動物牙周病之疫苗。較佳，經單離之多肽包含至少約25個胺基酸。較佳用以預防或治療伴侣動物牙周病之經單離之多肽 14 200538152 係由一DNA分子編碼，該DNA分子包含一包含fimA序列 (SEQIDNOS : 95至102)之核苷酸序列。也較佳用以預防或治療伴侶動物牙周病之經單離之多月大係由一 DNA为子編碼，该DNA分子包含'一包含oprF序列 5 (SEQ ID NOS ·· 111 至 119)之核 ^:酸序列。較佳具體例中，經單離之多肽為重組表現多肽，該多

肽係選自由FimA(SEQ ID N0S : 103至 110)及〇prF(SEQ ID NOS : 120至128)組成之群組。另一具體例中，重組表現之多肽係稠合至一載劑多 10肤。稠合夕肤較佳主要為多組胺酸序列或多蘇胺酸序列。又一方面，本發明提供一種治療或預防伴侣動物牙周病之疫苗，包含免疫有效量之至少一種根據本發明之去活化經染色之厭氧菌，及藥學上可接受之載劑。另一具體例中，本發明提供一種治療或預防伴侣動物 15牙周病之疫备，包含免疫有效量之至少一種去活化經染色之厭氧菌、至少另一種細菌或病毒，及藥學上可接受之載劑。較佳具體例中，該疫苗包含免疫上有效量之至少一種去活化經染色之厭氧菌、犬瘟熱病毒(CVD)、犬腺病毒_2 20 (CAV-2)、犬短小病毒(CPV)、犬副流行性感冒病毒(CPI)、或犬冠病毒（CCV)中之至少一者，以及藥學上可接受之載劑。另一方面，本發明提供一種治療或預防伴侣動物牙周病之疫苗，包含免疫有效量之至少一種根據本發明之多核 15 200538152 苷酸分子，及藥學上可接受之載劑。又另-方面，本發明提供一種治療或預防伴㈣物牙周病之疫苗，包含免疫有效量之至少—種根據本發明之多肽，及藥學上可接受之載劑。 5 10 15 20 較佳，治療或預防伴你動物牙周病之疫苗包含免疫上有效量之FimA及藥學上可接受之載劑。也較佳’治療或預防伴伯動物牙周病之疫苗包含免疫上有效量之OprF及藥學上可接受之載劑。又用於本發明之疫苗之細菌可選自由喉紫質單胞菌 B43、大牙槽紫質單胞菌⑽、牙周紫f單胞菌收、喉紫質單胞咖、牙周紫質單胞菌勝、犬齦紫質單胞菌_

垂液备、質早胞菌B104、犬牙臭菌B106、》2X XUB106、及牙髓紫質單 B114組成之群組。較佳具體例中，經染色之厭氧菌為喉”單胞菌⑽、唾液紫質單胞gB1Q4、及犬牙臭菌m〇6。物牙=4體例中’本發明提供一種治療或預防伴軸牙周病之疫苗組成物，包含免疫上有效量之至少據本發明之去活化經單離之經染色厭氧菌、藥學上可接总 H及選擇性之獅。 ^ ^具體财，树服供-種治療或預防伴但動 σ病之疫苗組成物，包含免疫上有效量之至少_種據本毛明之多核苔酸分子、藥學上可接受之載劑、及選擇性之輔劑。、擇又另—具體例中，本發明提供一種治療或預防伴但動 16 200538152 物牙周病之疫苗組成物，包含免疫上有效量之至小據本發明之多狀、藥學上可接受之載劑、及選擇性广之::方二本發明提供—種治療或預防伴信動物牙周病之方法，包含對有需要之伴軸物投予根苗組成物。月之焱 “於另-方面，本發明提供—種經由分析本發明之細困、多肽、或多核苔酸檢體而診斷伴但動物之 2，其中存在有該細菌、多肽、或多核㈣表示有病 10 ΓΓ步驟包括使_由咖、雜交、及抗體檢測組成之群組之方法分析檢體。 I又另-方面，本發明提供—種套件組，該套件組於至個谷㈣包含-種治療或肋伴㈣物牙周病之組成 2,該組成物包含有效量之至少—種本發明之去活化經單之、、、工木色之厭氧菌、多肽、或多核菩酸，以及藥學上可 =之載劑;其中該套件組又包含-組印刷指示，指示該套件組可用於治療或預防伴信動物牙周病。該套件組進一步包含配送該組成物之裝置。 20 ^又另一方面，本發明提供一種套件組，其於至少一個容器1含-經單離之DNA分子，該DNA分子包含一至少約連、戈核甘酸之核答酸序列，該序列係選自·· =至94、95至1〇2、及⑴至119之任一者，其於高度嚴格條牛下可雜交至㈣①刪：嶋料…至心及⑴至⑴ :，任何核«序列之補體；以及於_第二容器包含第二 π早離之NDA分子，該經單離之謝人分子包含—至少約15 17 200538152 連續核誓酸之核誓酸序列，該序列係選自seq m : % ΐΓ株95至1G2、及111至119之任—者之補體，其於高度嚴 “件下可雜交WEQIDN〇s :狀至如、％至搬、及⑴ 至119所示任何核㈣序列，其中該套件組進一步包含一組指示，，指示該套件組可用於檢測紫質單胞菌物種。此種方法通常可用於全部哺乳類包括人類。 10 20 入：又另-方面’本發明提供—種套件組，於一個容器包含一具有至少3〇連續胺基酸之胺基酸序列之蛋白質，該多肽係由SEQ ID N〇s : 95至1〇2、及⑴至ιΐ9之任何核菩酸序列編石馬，以及陳述指出該套件組可用於檢測紫質單胞菌物種。該套件組進—步包含—種第二多肽，其中該第二多肽為抗體’該抗體係輕合至催化比色反應之酶，或該酶較佳係選自由驗性磷酸梅或辣根過氧化峰组成之群会且“亥 15 劑套件組進-步包含比色檢定分析或化學發光檢定分析之試劑。又-方面’本發明提供—種雜交套件組，其於至少一個容器包含-經單離之職分子，其包含選自娜：86至94、95錢2、及⑴至119中之任連續核答酸之核苔酸序列，其中該雜交對 i貝早胞聽種具有特異性；以及其中該套件組進一步包含-組指^指示該套件M可用於檢測紫質單胞菌物種。幸父佳忒雜父係於高度嚴袼條件下進行。又另-方面，本發明提供評比於動物特別於犬對抗一或多種牙周病原_之疫苗之功效之方法。 18 200538152 又另一方面，本發明提供評比對抗一或多種牙周病原細用之疫田之功效之方法，其中於動物測定之臨床徵象包含於牙齦裂隙流體、牙菌斑、感染骨、或牙齦槽之一或多種病原菌濃度升高，或透過放射性攝影測量定量齒槽骨之 5 數量改變。本發明之細菌、多核苷酸、多肽、疫苗、疫苗組成物或套件組皆未包含述於下列參考文獻之任何細菌、多核苷酸、或多肽：Fournier, D·等人，「喉紫質單胞菌sp. n〇v•，得自多種動物宿主牙齦槽之厭氧性革蘭氏陰性球菌」，國際系 10統與演化微生物期刊（20〇1)，51，1179-1189，包括標示為八丁(^ 57100之喉紫質單胞菌邛{)11〇1品系；1^哪3\^及 Takada，「分離自小獵犬之牙齦紫質單胞菌sp. n〇v•及犬裂隙紫質單胞菌sp· nov·」，國際系統細菌學期刊，637-640頁 (1994年）；美國專利第5,71〇,〇39號或US 5,563,063或國際申 15 請案PCT/AU98/01〇23(公告號碼WO 99/29870)。圖式簡單說明第1圖為對得自擬桿菌屬之代表性菌株之鄰近接合系統發生樹。系統發生樹係使用CLUSTALX 181版及NJPk)^體程式 (一者皆係知自 ftp7Zftp--igbrnc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX/)產 20生。系統發生樹係發根於大腸桿菌16S rRNA基因序列（存取號碼J01695 ;資料未顯示）。使用1〇〇〇次重複進行啟動 (Bootstrap)分析。啟動值係以線圖方式呈現(#，>95〇 ;_， >850 ; 〇 ’ >7〇〇 ; □，>5〇〇 ;未標示符號，<5〇〇)。比例尺才干表示每個核笞酸位置〇〇1取代。箭頭指出犬牙臭B1〇6t2 19 200538152 位置。存取號碼牙齦紫質單胞菌ATCC 33277，J01695 ;喉紫質單胞菌B243, AF285874;犬溝紫質單胞菌VPB 4875， X76260 ;唾液紫質單胞菌NCTC 11632，L26103 ;牙髓紫質單胞菌 ATCC 35406，AY253728 ;福氏鞣皮菌 ATCC 43037， 5 AB035460 ;福氏擬桿菌 cf· 口腔菌株BU45，AF385565 ;莫

雷擬桿菌ATCC 43184T，X83954 ;迪氏擬桿菌ATCC 8503， M86695 ;馬糞菌 118dsl0 ’ AY212569 ; Dysgonomonas shahii strain CCUG 43457，AJ319867 ;未經培養之擬桿菌科菌株： Rs-P82，AB088919 ;未經培養之細菌 cadhufec 059h7， 10 AF530302 ;史班擬桿菌NCTC 10825，L16496 ;犬牙臭菌B 106τ，AY560020 ;擬桿菌屬口腔菌株FX069，AY134906 ; 未經培養之細菌 SHA-38，AJ249105 ; Alistipes putredinis ATCC 29800 5 L16497 ； Rikenella microfusus ATCC 29728 5 L16498 ;犬牙擬桿菌B78，AY549431 ;脆弱擬桿菌ATCC 15 25285T，X83935 ;隋氏擬桿菌菌株 17.4，AY319392 ;嗜酸擬桿菌菌株A37，AB021163 ;二路普雷沃氏菌ATCC 29303，L16475 ;變黑普雷沃氏菌 ATCC 25261，L16479 ; 中間普雷沃氏菌ATCC 25611，L16468 ;栖牙普雷沃氏菌 ATCC 35308，L16467 ;及頰普雷沃氏菌 ATCC 33690， 20 L16478 。第2圖為犬牙臭菌臨床單離株之鄰近接合系統發生樹。系統發生樹係如第1圖而產生。發生樹發根於牙酿紫質單胞菌ATCC 53977 16S rRNA基因序列（存取號碼L16492 ; 資料未顯示）。比例尺桿表示每個核誓酸位置〇·〇 1取代。存 20 200538152 取號碼：犬牙臭菌Bi〇6，AY560020 ;犬牙臭菌B113， AY560022 ;犬牙臭菌 B150，AY560027 ;犬牙臭菌 B155， AY560030 ;犬牙臭菌 B172，AY560033 ;犬牙臭菌 B183， AY560035 ;擬桿菌屬口腔菌株FX069，AY134906 ;未經培 5 養之細菌 cadhufec 〇59h7，AF530302 ;史班擬桿菌 NCTC 10825 ;及未經培養之擬桿菌科菌株：Rs-p82，ab〇88919。第3圖為得自牙齦紫質單胞菌FhnA蛋白質族群（類別 I-V)之代表性菌株之鄰近接合系統發生樹。系統發生樹係使用CLUSTALX 1.81版及NJPlot軟體程式產生。發生樹係發 10根於大腸桿菌CFT073細毛素（fimbdllin)蛋白質（存取號碼 NP—757241 ;資料未顯示）。使用1〇〇〇次重複進行啟動分析。啟動值係以線圖方式呈現（籲，>950 ;，>850 ;〇, >700 ; 口，>500 ;未標示符號，<5〇〇)。FimA存取號碼：犬牙臭菌 Β106τ ’ AY573801 ;牙齦紫質單胞菌HG1691，Q93R80 ;牙 I5 齦紫質單胞菌BH18/10，JN0915 ;牙齦紫質單胞菌ATCC 33277，P13793 ;牙齦紫質單胞菌〇MZ314，BAA04624 ;牙齦紫質單胞菌OMZ409，Q51822 ;牙齦紫質單胞菌6/26， Q51826 ;牙齦紫質單胞菌ATCC 49417，Q51825 ;牙酿紫質單胞菌W83，AAQ67087 ;牙齦紫質單胞菌HG564，Q51827 ; 20 及牙齦紫質單胞菌HNA-99，Q9S0W8。第4圖包含⑷喉紫質單胞菌B43及(b)犬牙犬臭菌Β106τ 之掃描電子顯微相片。比例尺桿表示1 〇〇〇奈米距離。第5圖為線圖，顯示識別可支援喉紫質單胞菌B43生長之「不含動物產品」之培養基之生長研究結果。試驗下列 21 200538152 培養基：ME-完全、ME-氣高鐵血紅素、ME-維生素K、ME-氣高鐵血紅素及維生素K、PYG-完全、PYG-氯高鐵血紅素、PYG-維生素K、PYG-氣高鐵血紅素及維生素κ及BHI。第6圖為線圖’顯示由超感染指示之細菌物種結果導致 5小鼠之平均骨質流失。小鼠經過炫攻毒或以指示之細菌攻毒。淨骨質流失表示高於或低於炫攻毒組觀察得之骨質流失。點線表示陽性對照組之淨骨質流失。指出標準差。第7圖為線圖，顯示由超感染指示之細菌物種結果導致小鼠之骨質流失百分比。小鼠經過炫攻毒或以指示之細菌 10攻毒。淨骨質流失表示高於或低於炫攻毒組觀察得之骨質流失。骨質流失百分比係基將陽性對照組之淨骨質流失設定為100%骨質流失。第^及8b圖為照片’第8a圖顯示使用anti-Xpress™抗原決定部位血清（印維多公司），^pBAI>HisA於大腸桿菌 15 BL21表現重組喉紫質單胞菌B43 FimA之SDS PAGE，以及第8b圖顯示西方墨點分析。縮寫：Std.(以kDa表示），標準； Ind，誘生；Sol，可溶部分；以及Ins〇1，不可溶部分。箭頭的頭端表示rFimA所在位置。第9圖為照片，顯示得自表現質體於大腸桿菌BL21細 20胞表現之重組後喉紫質單胞菌B43 oprF之DSD-PAGE。T表示培養由30。(：移至42t後之時間。分子量大小標準以kDa 表不。箭頭頭端指示rOprF所在位置。第10圖為線圖，顯示基於淨骨質流失進行同源疫苗功效研究結果。基於淨骨質流失之同源疫苗功效研究。小鼠 22 200538152 以下列疫苗抗原及RIBI MPL + TDM輔劑疫苗接種(c組除外，C組利用福朗德完全輔劑及不完全輔劑）：a、B及E只有PBS ; C及D，福馬林去活化之牙銀紫質單胞菌53977 ; F，福馬林去活化之喉紫質單胞菌B43 ; G，BEI去活化之喉紫 5 質單胞菌B43 ; Η，熱去活化之喉紫質單胞菌B43 ;以及I，通氧去活化喉紫質單胞菌Β43。小鼠係以炫攻毒(Α組）、以牙齦紫質單胞菌53977攻毒(條紋框）或喉紫質單胞菌Β43攻毒(實心框)於1%羧基曱基纖維素。指出標準差測量值。第11圖為線圖，顯示基於骨質流失百分比，牙齦紫質 10 單胞菌53977同源疫苗之功效研究。小鼠使用下列疫苗抗原及RIBIMPL + TDM輔劑疫苗接種(但C組除外，c組係利用福朗德完全輔劑及不完全輔劑）：Α及Β只有PBS ; C及D，福馬林去活化之牙齦紫質單胞菌53977。小鼠以A、PBS ; 或B-D、牙齦紫質單胞菌53977於1〇/〇羧基甲基纖維素攻毒。 15 弟12圖為線圖’顯示基於骨質流失百分比，喉紫質單胞菌B43同源疫苗之功效研究。小鼠使用下列疫苗抗原及 RIBI MPL + TDM輔劑疫苗接種：a-B只有PBS ; C，福馬林去活化之喉紫質單胞B43 ; D，BEI去活化之喉紫質單胞菌B43 ; E，熱去活化之喉紫質單胞菌B43 ;及？，通氧去活 20化之喉紫質單胞菌B43。小鼠使用a、PBS ;或B-F，喉紫質單胞菌B43於1%羧基甲基纖維素攻毒。第13圖為線圖，顯示基於淨骨質流失之非同源疫苗之功效研究結果。小鼠使用下列疫苗抗原及Rlm MPL + TDM 輔劑疫苗接種：Α-E只有PBS ; F-I，福馬林去活化之喉紫質 23 200538152 單胞菌B43 ; J，福馬林去活化之唾液紫質單胞菌Βι〇4及护馬林去活化之犬牙臭菌B106。小鼠以PBS(A)、喉紫質單胞菌B43 (B及F ;實心框）、喉紫質單胞菌B69 (c、G及J ;倏紋框）、唾液紫質單胞菌B104 (D及H;線條框）、或牙臭菌 5 B106(E&I;圓點框)於1%羧基曱基纖維素攻毒。指出標準差測量值。

第14圖為線圖，顯示基於骨質流失百分比非同源疫苗之功效研究對喉紫質單胞菌B43攻毒組之結果。小鼠使用下列疫苗抗原及RIBI MPL + TDM輔劑疫苗接種：A七只有 10 PBS; C，福馬林去活化之喉紫質單胞菌B43。小鼠使用A、 PBS;或B-C、喉紫質單胞菌B43於1%羧基甲基纖維素攻毒。第15圖為線圖，顯示基於骨質流失百分比，非同源疫苗之功效研究對喉紫質單胞菌B 6 9攻毒組之結果。小鼠使用下列疫苗抗原及RIBIMPL + TDM輔劑疫苗接種·· a_B只有 15 PBS ; C，福馬林去活化之喉紫質單胞菌B43 ;或D，福馬林去活化之唾液紫質單胞菌B104及福馬林去活化之犬牙臭菌

B106。小鼠使用a、PBS ;或B-D、喉紫質單胞菌B69於1% 羧基甲基纖維素攻毒。第16圖為線圖，顯示基於骨質流失百分比非同源疫苗 20 之功效研究對唾液紫質單胞菌B104攻毒組之結果。小鼠使用下列疫苗抗原及RIBIMPL + TDM輔劑疫苗接種：A-B只有PBS ; C，福馬林去活化之喉紫質單胞菌B43。小鼠使用A、 PBS ;或B_c、唾液紫質單胞菌B104於1%羧基曱基纖維素攻毒。 24 200538152 第17圖為線圖，顯示基於骨質流失百分比非同源疫苗之功效研究對犬牙臭菌B106攻毒組之結果。基於犬牙臭菌 B106感染組之骨質流失百分比之非同源疫苗功效研究。小鼠使用下列疫苗抗原及RIBI MPL + TDM輔劑疫苗接種： 5 A-B只有PBS ; C，福馬林去活化之喉紫質單胞菌B43。小鼠使用A、PBS ;或B-C、犬牙臭菌B106於1%羧基甲基纖維素攻毒。第18圖為線圖，顯示利用FimA特異性ELISA，以重組喉紫質單胞菌B43 FimA或食鹽水疫苗接種小鼠之血清學結 10 果。16頭小鼠各自以食鹽水(A)或rFimA/奎爾A/膽固醇(B) 疫苗接種。匯集之血清透過FimA特異性ELISA測試FimA特異性抗體。試驗之最低稀釋倍數為1 : 1〇〇。任何於此稀釋倍數可獲得陰性結果之樣本標示為力價50。第19圖為線圖，顯示利用〇prF特異性elisa，以重組 15喉紫質單胞菌B43 OprF或食鹽水疫苗接種小鼠之血清學結果。16頭小鼠各自以食鹽水(A)或r〇prF/奎爾A/膽固醇(B) 疫苗接種。匯集之血清透過OprF特異性ELISA測試〇prF特異性抗體。試驗之最低稀釋倍數為1 : 1〇〇。任何於此稀釋倍數可獲得陰性結果之樣本標示為力價5〇。 20 第20圖為線圖，顯示攻毒後0、6及12週之骨質流失。 T01 組係以犬3559424、3592669、3672859、3673375、及 3691926表示，T02組以犬3389600、3628884、3653552、 3657396、3690164表示。第21圖為線圖，T01組(疫苗接種且經攻毒，或Vx/Ch)、 25 200538152 Τ02(炫，疫苗接種且經攻毒，或Non-Vx/Ch)及Τ03(炫疫苗接種以及炫攻毒顯，或Non-Vx/Non-Ch)各組於攻毒後0、3、 6、9及12週之骨質反應性分數。也指出處理效果之統計上顯著。 5 第 22圖為線圖，顯示T01 (Vx/Ch)、T02 (Non-Vx/Ch) 及T03 (Non-Vx/Non-Ch)組於攻毒後0、3、6、9及12週之骨反應性分數。指出T01組與T02組間之統計上顯著。第23a_23d圖為得自T01 (Vx/Ch)組單一頭犬於攻毒後〇 (23a)、3 (23b)、6 (23c)、及9 (23d)週之放射性攝影相片。 10第23e_23h圖為得自t〇2 (Non_Vx/Ch)組之單一頭犬於攻毒後0 (23e)、3 (23f)、6 (23g)、及9 (23h)週之放射性攝影照片。第24a-24c圖為線圖，顯示T〇1(Vx/Ch)及τ〇2 (Non-Vx/Ch)組之平均系統性反應；分數係基於各組全部犬之肉體活性程度分級評比。第24d-24f圖為線圖，顯示T01 15 (Vx/Ch)&T02 (Non_Vx/Ch)組之平均局部反應；分數係基於對各組全部犬之注射部位呈現的腫脹程度做分級評比。【實方包方式】較佳實施例之詳細說明離株 20 a树明提供可引發伴_物牙周病及多種其它疾病及 l床表敛之、以其16S rRNADNA序列識別之經單離之厭氧菌。特別該細菌係選自紫質單胞菌屬。匕較佳本發明之單離菌株包括喉紫質單胞菌B43、犬牙槽冬、貝平胞囷B46、牙周紫質單胞菌B52、喉紫質單胞菌脚、 26 200538152 牙周紫質單胞菌B97、犬齦紫質單胞菌B98、唾液紫質單胞菌B104、犬牙臭菌B106、及牙魏紫質單胞菌B114，俱其它物種或品系也涵蓋於本發明之範圍。較佳具體例中，本發明之經單離之細菌可以SEQ ID NOS : 86至94顯示之16S 5 rRNA DNA序列識別。經由感染本發明細菌所引起之疾病包括（但非限制性) 伴侣動物牙周病、伴侣動物口臭（口臭）、牛足腐爛、犬冠心病、及犬系統性感染。屬於紫質單胞菌物種之細菌也關聯多種人類疾病’包括冠心病、腊腺炎、口臭、牙酿炎、牙 10 周病、中風、動脈粥狀硬化、局脂血症、細菌性陰道炎、子宮内生長遲滯(IUGR)、及早產生下出生時體重過輕嬰兒之發生率增高。本發明提供紫質單胞菌物種之經單離之多核答酸及經單離之多肽分子。特別本發明提供多核苷酸分子其具有紫 15質單胞菌物種fimA及oprF基因之核苷酸序列或其變性變異株、以及具有由此等基因所編碼之FimA及OprF蛋白質之胺基酸序列之經單離之多肽分子。本發明也提供使用任何已知之標準身分演繹法則測定，具有與SEQ ID NOS : 95至102、及111至119之任一者 20之序列身分至少約90°/°相同，較佳至少約95%相同，及最佳至少約99%相同之多核苷酸序列。此外，本發明提供於嚴格條件下可雜交至SEQ ID N0S ·· 95至102、及in至119所示之任何多核苔酸序列之補體之多核菩酸序列。另一特定具體例中，提供於高度嚴格條件下可雜交至 27 200538152 SEQ ID N0.86至102、及in至119所示之任一種多核苷酸序列或其補體之核苷酸。舉例言之而非限制性，使用此種高度嚴格條件用於超過90核苷酸雜交區之程序說明如後。含 DNA之過濾膜之預雜交係於65它於緩衝液進行8小時至隔 5 夜’緩衝器之組成為6X SSC、50mM Tris-HCl (pH 7.5)、1 mM EDTA、〇.〇2%PVP、〇·〇2% FicoU、0.02% BSA 及 500微克/1升變性鮭精子DNA。過濾膜於預雜交混合物於651雜交48小時，該預雜交混合物含有1〇〇微克/毫升變性鮭精子 DNA及5-20 X106 cpm 32P標記之探針。過濾膜之洗滌係於含 10 2X SSC、0·01% PVP、〇·01% Fic〇1卜及〇〇1% BSA之溶液於37°C進行1小時。接著於〇·1Χ ssa^5〇〇c洗滌45分鐘，隨後進行自動放射性攝影。其它可使用之高度嚴格條件係依據核酸性質（例如長度、GC含里荨）及雜父目的（檢測、擴增等）決定，且為技藝 15界眾所周知。舉例言之，於聚合酶連鎖反應(PCR)雜交至互補序列之長約15-40驗基之募核酸之嚴格雜交係於下述條件下進行：鹽濃度50 mM KC1，緩衝液濃度1〇 mM Tris-HCl ’ Mg濃度1.5 mM ’ pH 7-7.5，及煉合配對溫度 55-60〇C 0 20 較佳特定具體例中，雜交後，洗滌條件如後。各膜於 40 mM磷酸鈉，pH 7.2、5% SDS、1 mM EDTA、0.5%牛血清白蛋白，各別於45°C洗滌各30鐘兩次；接著於填酸納， pH 7·2、1% SDS、ImM EDTA各洗30分鐘四次。對於高度嚴格之雜交，過濾膜額外於4〇 m]VU粦酸鈉，pH 7.2、1% 28 200538152 SDS、1 mM EDTA於抑各洗滌财鐘西次；接著為於填酸納’ PH 7·2、1% SDS、1 mM EDTA於65°C 各洗條30分鐘四次。本發明進—步提供疫苗及疫苗調配物，其當以治療有 5效量投予伴侣動物時，可用於治療或預防（亦即職與抵抗力）伴侣動物之牙周病。具體例中’本發明提供-種疫苗，包含至少-種減毋（改性活毒）或去活化全細胞紫質單胞菌物種製劑（細菌素 (bacterin))。較佳具體例中，本發明提供一種疫苗含有至少 1〇三種紫質單胞菌物種之去活化全細胞製劑，該物種例如為喉紫質單胞菌B43、唾液紫質單胞菌職、及犬牙臭菌麵之組合。細菌細胞可使用多種作用劑例如福馬林、二元伸乙基亞胺(BEI)或㈣内§旨去活化。較佳福騎係用作為去活化劑。菌物種之亞單位部分。較佳具體例中，本發明之疫苗包含—或多個亞單位多肽或其片段或變異株，或包令_ 序列或其片段_株心個經分離之多核誓酸 20 早離之夕核甘酸可組合其成分例如組合可相容之辅劑、稀釋劑 ^配物定義輿縮窝 ^

ORF 」—詞指示「開放讀架」，亦即基因之編碼區。 29 200538152

核苷酸序列之多肽序列之「序列相同性百分比」係經由於一比較窗比較二最佳校準序列測定’其中最佳校準可提供最佳順序匹配，可導入核苷酸或胺基酸添加或導入測試序列或參考序列。相同性百分比係經由計算測試序列與參考 5 序列間與整個序列之各個位置相同之核苷酸百分比計算測定。優化序列校準及相同性百分比可以人為測定，或更佳藉電腦演繹法則測定，電腦演繹法則包括（但非限制性)TBLASTN、BLASTP、FASTA、TFASTA、GAP、BESTTIT 及CLUSTALW(Altschul等人，1990，J· Mol. Biol. 215(3): 10 403-10 ; Pearson及Lipman，1988，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85(8) : 2444-8 ; Thompson，等人，1994，核酸研究22(22): 4673-80 ; Devereux等人，1984，Nuc. Acids. Res. 12 : 387-395 ; Higgins，等人，1996，酶學方法266 : 383-402)。較佳設定於内設參數之NCBI Blast Server 15 (http://www.ncbi.nim.nih.gov)用於搏尋多個同系庠列之資料庫。「非同系」一詞用於此處表示衍生自不同細菌物種或品糸。「相同」、「同系」等詞用於此處表示多核苷酸序列或 20 多狀序列間之相同程度。「同糸」一 s司用於細菌物種時，表示相同細菌物種或品系。「宿主細胞」一詞用於表示帶有一質體之細菌或真核細胞、病毒或其它載體。 30 200538152 「經分離」一詞用於此處表示單獨或於非同系宿主細胞、或染色體或載體(例如質體、噬菌體）等而由其天然環境移出。「經單離之厭氧菌」、「經單離之細議」、「經單離之細 5 菌品系」等詞表示一種組成物其中細菌實質上不含其它微生物，例如細菌培養，諸如由天然環境分離細菌。「經單離之多核苷酸」一詞指示一種組成物其中經單離之多核苷酸係占組成物之至少50%重量比。更佳經單離之多核苷酸係占組成物之約95%重量比，及最佳99%重量 10 比。「經單離之多肽」一詞指示一種組成物其中經單離之多肽係占組成物之至少50%重量比。更佳經單離之多肽係占組成物之約95%重量比，及最佳99%重量比。「功能相當」一詞用於此處表示一種重組多肽，其可 15 由於伴侣動物引發牙周病之細菌產生之天然多肽之特異性抗體所辨識；或一種重組多肽其可提引出或造成實質上類似得自内生細菌之天然蛋白之免疫反應之相似免疫反應。如此，對功能相當多肽所產生之抗體，也可辨識由造成伴倍動物牙周病之細菌所產生之天然多肽。 20 「免疫原性」一詞表示蛋白質或多肽提引出針對引發伴倍動物牙周病之細菌之免疫反應。「抗原性」一詞表示蛋白質或多肽以免疫特異性由對抗該蛋白質或多肽提引出之抗體結合之能力。「抗體」一詞用於此處表示可結合至抗原之免疫球蛋 31 200538152 白分子。抗體可為多株抗體混合物或單株抗體。抗體可為衍生自天然來源或重組來源之完好免疫球蛋白，或抗體可為完好免疫球蛋白之免疫反應性部分。抗體可以多種形式存在包括例如Fv、Fab’、F(ab’)2，及以單鏈形式存在。 5 「伴估動物」一詞用於此處表示任一種被束缚且被視為寵物之非人動物。伴侣動物例如包括（但非限制性）犬類、貓類、馬類、羊類、兔類、猴類及齧齒類，齧齒類包括小鼠、大鼠、倉鼠、沙鼠及雪貂。「防護」、「保護」等詞就疫苗而言用於此處表示該疫 10苗可預防或減少因衍生得自該疫苗之抗原之該有機體所造成之疾病症狀。「防護」及「保護」等詞也表示疫苗可「治療」已經存在於該個體之疾病或一或多種疾病症狀。「治療有效量」一詞表示細菌數量、或其亞單位(例如多肽、多核苷酸序列）及其組合足夠於投藥個體提引出免疫 15 反應。免疫反應包含誘生細胞免疫力及/或體液免疫力（但非限制性）。「預防感染」一詞表示預防或抑制於伴侣動動引發牙周病之細菌之複製，或抑制細菌的傳播，或防止細菌於宿主體内壯大，或改善因感染造成之疾病症狀。若細菌負擔 20 也減少，則該處理被視為治療性。「藥學上可接受之載劑」一詞表示一種不會干擾活性成分之生物活性功效，且對投藥個體無毒之載劑介質。「治療劑」一詞表示可輔助治療細菌感染或由細菌感染所引發之疾病或病症之任何分子、化合物或處理，較佳 32 200538152 為抗菌分子或抗菌化合物。 5 10 15 /、諸或其㈣株」—縣錄據本發明甘面文序列或部分胺基酸序列。較佳本發明提供之刀核段或其變異株可於伴_物提引出體液免疫反應及二片胞免疫反應。抗原涵蓋於「其片段或變異株」1 =、、、田一或多項突變之突變株多㈣酸係由「其諸或變里被有一詞所涵蓋’該等突變包括核料殘基之刪除、插:」代。，位變異株係涵蓋於「其片段或變異株」—詞。取复質早菌物種之旱屬及特徵化本發明提供之細时使用已知之採樣、培養術獲得。例如’微生物檢體可得自呈現牙周病之伴伯動族啊諸如得自犬及1苗）。牙周病證據可使用多種已知測量值親察’諸如犬具有牙周囊袋大於3毫米，而财有牙周囊袋大於2毫米。已知之牙周病特徵化參數，諸如牙齒指數^ «數及牙周指數)及牙周囊袋深度可對伴侣動物之取樣群測定。個別檢體可得自特定動物之牙周囊袋，於厭氧條件下維持’且使用各種已知之培養基培養。 6m床單離株之使用已知技術例如多種生化試驗決定特徵，以及使用16SrRNADNA序列分析來測定其物種。個別 °單離株可移轉至孔板及抗生素旋(厭氧菌系統）可置於瓊脂表面上來測定各個單離株之抗生物抗藥性型樣。纯化後之菌株也可接受已知之吲哚測試及過氧化氫酶測試（厭氧系統）。對個別單離株也可測定脂肪酶及卵鱗脂酶的製造樣式。 200538152 單離株可基於其16S rRNADNA序列分成各種型別。個別經過良好單離之菌落可用作為使用例如引子D0056及 D0057 (Seq· IDNO.l及Seq. IDNO. 2 ;表1)，聚合酶連鎖反應(PCR)擴增i6S rRNA區之樣板。所得pCR產物可使用可得 5 pCR製備套件組(波美加(pr〇mega)公司；威斯康辛州，馬里森)純化以及匯集單離株。純化後之PCR產物隨後經脫鹽，接受DNA序列分析。所得DNA序列可用來搜尋可取得之 DNA資料庫。然後細菌單離株可基於由資料庫搜尋所識別之最接近之匹配而分各種型別。表1· DNA序列識別表。全部寡核苔酸引子皆係藉 Gibco-BRL(美國）或拉克(Lark)技術公司（美國）合成。

SEQ ID NO. 名稱目標 DNA序列 1 D0056 16S rRNA GGATTAGATACCCTGGTAGTC 2 D0057 16S rRNA CCCGGGAACGTATTCACCG 3 PFZ175-AP1 16S rRNA GGCTTAAGTGCCATAACGAG 4 PFZ175-AP2 16S rRNA CTGGCGTCTTACGACGGCTG 5 PFZ175-AP3 16S rRNA TGTCGTCAGCTCGTGCCGTG 6 D0067 fimA GCGCAGCAAGGCCACCCGG 7 D0068 fimA GAGCGAACCCCGCTCCCTGT 8 D0078 fimA GCGACGCTATATGCAAGACAATC 9 D0097 fimA ggcctcgagAACAAAGACAACGAAGCAGAACCC 10 D0098 fimA ggcaagcttACCAAATAACATTTTGTACAACACC 11 PFZ185-AP1 fimA TCATCCGACAATCCTGTGTG 12 PFZ185-AP2 fimA AGCAGCTGCTAAATCGGCTC 200538152

SEQ ID NO. 名稱目標 DNA序列 13 PFZ185-AP3 fimA TTGGCAAGACTCTTGCAGAG 14 PFZ185-AP4 fimA CTGCAGTCAGTTCAGTTGTC 15 PFZ186-AP1 fimA TACGTCAACAGGCTCTGCTG 16 PFZ186-AP2 fimA GACAACTGAACTAACTGCAG 17 PFZ186-AP3 fimA AACATAGAAACCTTGTGGAG 18 PFZ186-AP4 fimA TGTCGTCTGGTTGGGAAGAG 19 PFZ186-AP5 fimA AATCTGATTGCCTCCCTGAG 20 PFZ187-AP1 fimA GGGAACCGATTTAGCAGCAG 21 PFZ187-AP2 fimA CCAATACAGGGTAATAGGTC 22 PFZ187-AP3 fimA GTTGTCAATGCTTTTACCTC 23 PFZ187-AP4 fimA GATTGAGAATATCAAATGTG 24 PFZ187-AP5 fimA TTAGGCGTATAACCATTGTC 25 PFZ187-AP6 fimA ATTTAACGGTGCTTACACAC 26 PFZ187-AP7 fimA CCAATTGGCGGCCTGAGCTG 27 PFZ187-AP8 fimA TGGCATAGTTGGTAGGTGTG 28 PFZ187-AP9 fimA TGTAAGCACCGTTAAATGTG 29 PFZ187-AP11 fimA CTGACAGGTTCTTTGACCAC 30 PFZ187-AP12 fimA TGTTCCTTGGTTGAGCCGTG 31 PFZ187-AP13 fimA GTGGTCAAAGAACCTGTCAG 32 PFZ187-AP14 fimA CATAAACACACAGGATTGTC 33 PFZ187-AP15 fimA TTGCTTCTTTGCAATGAGAC 34 PFZ187-AP16 fimA AGCCATGCGAGCATGTACAC 35 PFZ187-AP17 fimA CTGTCATGATCAAACCTGTG 36 PFZ187-AP18 fimA ACCGTCTGCATTCACGAGTG 37 PFZ188-AP1 fimA GCCTTCCAATGATGCTCCAC 38 PFZ188-AP2 fimA GGACGTAGACCTGCATTCTG 39 PFZ188-AP3 fimA CGCAATACGGGCATGAACAC 40 PFZ188-AP4 fimA TTATGGTTATGATGGACCTC 41 PFZ188-AP5 fimA TGGTACTCCTTTGAGTTCTG 42 PFZ188-AP6 fimA CACACTTGCGCGGTAACCAC 43 D0086 oprFl ATGAAGGTAAAGTACTTAATGC 44 D0087 oprFl AGATGAATTACTTGGAGCGAACGAT 45 KWK-Pg-03 oprFl TTACTTGGAGCGAACGATTACAACACG 35 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 46 PFZ209-AP1 oprFl TTGGTGCAGCTCACTTCGAC 47 PFZ209-AP2 oprFl ACCACATCAAACATAAAGTC 48 PFZ209-AP3 oprFl ACATTCGGGGCATGATACAG 49 PFZ209-AP4 oprFl ATGCCATTGAGCCAATGGAC 50 PFZ210-AP1 oprFl TTGACTTCATGTTCGATGTG 51 PFZ210-AP2 oprFl TGCCAATGAATTTTATGCTG 52 PFZ210-AP3 oprFl CGCTTGGAGAGTTCTTCGAC 53 PFZ210-AP4 oprFl TATCAACGATCTGAATGGTC 54 PFZ211-AP1 oprFl AACTACTTCAAGCCCTACAG 55 PFZ211-AP2 oprFl CGTAACCCAAACCTACCCAC 56 PFZ211-AP3 oprFl ACGGGACGCTTGCTCAACTC 57 PFZ211-AP4 oprFl ATTGGGGCTTGGTAAATGAC 58 PFZ211-AP5 oprFl ATACGCTCTACACGAGGCTC 59 PFZ212-AP1 oprFl CCGCCATGGCTGGAGCTCAC 60 PFZ212-AP2 oprFl TTTGAAACCATATCCCACAC 61 PFZ212-AP3 oprFl AGTAACTTCAGGACATTCTG 62 PFZ212-AP4 oprFl ACGTCCAGTTTCTTGCCCAG 63 PFZ213-AP1 oprFl TTGACTTCATGTTCGATGTG 64 PFZ213-AP2 oprFl TTTGTGTTGGTAACCAACAC 65 PFZ213-AP3 oprFl ACAGGACGCTTAGAGAGCTC 66 PFZ213-AP4 oprFl ACGCGCTTATCAACGATCTG 67 PFZ213 - AP5 oprFl CTTCCCAAGGAACGTGTGTG 68 PFZ214-AP1 oprFl ACTTTATGTTTGATGTTGTG 69 PFZ214-AP2 oprFl CCAACACCGAACCAAGGCAC 70 PFZ214-AP3 oprFl TCTCAACTCAGTATTCTCAG 71 PFZ214-AP4 oprFl TAACCTTAATTTTGGTCGTG 72 PFZ215-AP1 oprFl CACACCTACAACACTGCCAC 73 PFZ215-AP2 oprFl TCAAACATGAAATCATAGTG 74 PFZ215-AP3 oprFl CTCGGGGCAGAAAGCAGGAC 75 PFZ215-AP4 oprFl GACTTGAACTCTCAGATCAG 76 KWK-Pg-06 oprFl atgCAGGAAAATACTGTACCGGCAACG 77 KWK-Pgu-14 oprFl gtgtgtcatatgCAGGAAAATACTGTACC 78 KWK-Pgu-15 oprFl gtgtgttctagattaTTACTTGGAGCGAACG 36 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 79 KWK-Ps-02 oprFl ACACCTGAGACTCAGACATTGC 80 KWK-Ps-03 oprFl CATGCGCGAGCCTCAAAAAGC 81 KWK-Ps-04b oprFl CCTGCCACTCAACAGAAATCATATCAGAAGGAACTC C 82 KWK-Ps-05b oprFl CTGCTCATAAGACGGCTTTTGACCGTTCTGCAGG 83 KWK-Ps-06b oprFl CTTTTGACCGTTCTGCAGGACATTGGTTCTTGACTCT CC 84 D122 fimA TGGCTAARYTGACYGTAATGGTYTA 85 D123 fimA AGTTYACYAATACAGGRTAATAGGT 86 喉紫質單胞菌 B43 16S rRNA 多核苷酸序列 NA CACGCAGTAAACGATGATTACTAGGAGTTTGCGAT ATACCGTCAAGCTTCCACAGCGAAAGCGTTAAGTA ATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAAC TCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAG AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAAC CTTACCCGGGATTGAAATGTAGACGACGGATGGTG AAAGCCGTCTTCCCTTCGGGGCGTCTATGTAGGTG CTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGT CGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCACATCG GTAGTTGCTAACAGGTTTAGCTGAGGACTCTACCG AGACTGCCGTCGTAAGGCGCGAGGAAGGTGTGGA TGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGC GACACACGTGTTACAATGGGAGGGACAAAGGGCA GCTACCGGGCGACCGGGTGCGAATCTCGAAACCC TTCCCCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTC CGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGC CATGGCGCGGTGAATAC 87 犬牙槽紫質單胞菌B46 16S rRNA多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGATTACTCGGAGTATGCGAT ATGAGTGTATGCTTCTTAGCGAAAGCGTTAAGTAAT CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA CCCGGGATTGAAATATAGATGACAGGCAGCGAGAG TTGTTATCCCTTCGGGGCATCTATGTAGGTGCTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGC TTAAGTGCCCTAACGAGCGCAACCCACATTATTAGT TACTAACAGGTTAAGCTGAGGACTCTAATAAGACTG 37 200538152

SEQ ID NO. 名稱目標 DNA序列 CCGGCGTAAGCCGTGAGGAAGGTGTGGATGACGT CAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACA CGTGTTACAATGGTAGGGACAAAGGGCAGCTACCG GGCGACCGGATGCGAATCTCCAAACCCTATCCCAG TTCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCTGTGAAGC TGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGC GGTGAATAC 88 牙周紫質單胞菌 B52 16S rRNA多核苷酸序列 NA CACGCTGTAAACGATGAATACTAGATTTTTGCGATA TACAGTAAGAGTCTAAGCGAAAGCGATAAGTATTCC ACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAA AGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAAC ATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTAC CTGGGATTGAAATTTAGGAGAACGATTTATGAAAGT AGATTTTCCCTTCGGGGCTCCTAAGTAGGTGCTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGC TTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCGCGTTGATAG TTACTAACAGATAAAGCTGAGGACTCTATCGAGACA GCCGTCGTAAGACGCGAGGAAGGGGCGGATGACG TCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCAGGGCGACAC ACGTGTTACAATGGCAAGGACAAAGGGAAGCCACA TAGCGATATGGAGCAGATCCTCAAACCTTGTCCCA GTTCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAG CTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCG CGGTGAATACC 89 喉紫質單胞菌 B69 16SrRNA 多核苷酸序列 ------ NA CACGCAGTAAACGATGATTACTAGGAGTTTGCGAT ATACCGATAAGCTTCCACAGCGAAAGCGTTAAGTA < ATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAAC TCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAG GAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAAC CTTACCCGGGATTGAAATGTAGATGACAGATGGTG AAAGCCGTCTTCCCTTCGGGGCGTCTATGTAGGTG CTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGT CGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCATATCG GTAGTTGCTAACAGGTCAAGCTGAGGACTCTACCG AGACTGCCGTCGTAAGGCGAGAGGAAGGTGTGGA TGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGC GACACACGTGTTACAATGGGAGGGACAAAGGGCA GCTACCGGGCGACCGGATGCGAATCTCGAAACCC TTCCCCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTC 38 200538152

SEQ ID NO. 名稱目標 DNA序列 CGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGC CATGGCGCGGTGAATACC 90 牙周紫質單胞菌 B97 16S rRNA多核苷酸序列 NA CACGCTGTAAACGATGAATACTAGATTTTTGCGATA TACAGTAAGAGTCTAAGCGAAAGCGATAAGTATTCC ACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAA AGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAAC ATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTAC CTGGGATTGAAATTTAGGAGAACGATTTATGAAAGT AGATTTTCCCTTCGGGGCTCCTAAGTAGGTGCTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGC TTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCGCGTCGATAG TTACTAACAGGTAATGCTGAGGACTCTATCGAGACA GCCGTCGTAAGACGAGAGGAAGGGGCGGATGACG TCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCAGGGCGACAC ACGTGTTACAATGGCAAGGACAAAGGGAAGCCAGA TAGCGATATGGAGCAGATCCTCAAACCTTGTCCCA GTTCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAG CTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCG CGGTGAATAC 91 犬齦紫質單胞菌 B98 16S rRNA多核苷酸序列 NA CAGTAAACGATGATTACTCGGAGTATGCGATATATG GTATGCTCCCAAGGGAAACCGATAAGTAATCCACC TGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGG AATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATG TGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCC GGGATTGAAATGTACATGACGGTTGGGCGAGAGCC TGACTTCCCTTCGGGGCATGTATGTAGGTGCTGCA TGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCT TAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCACATCGTCAGT TACTAACAGGTAGAGCTGAGGACTCTGACGAGACT GCCGTCGTAAGGCGCGAGGAAGGTGTGGATGACG TCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACAC ACGTGTTACAATGGTAGGGACAAAGGGCAGCTACC 丁 GGCGACAGGATGCGAATCTCCAAACCCTATCTCA GTTCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAG 39 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 CTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCG CGGTGAATACGTT 92 唾液紫質單胞菌 B104 16S rRNA多核苷酸序列 NA CAGTAAACGATGATAACTGGGCGTATGCGATATAC AGTATGCTCCTGAGCGAAAGCGTTAAGTTATCCAC CTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAG GAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACAT GTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACC CGGGATTGAAATTTAGCGGACTATGTATGAAAGTAC ATATCCTGTCACAAGGCCGCTAAGTAGGTGCTGCA TGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCT TAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCACGTTGTCAGT TACTATCGGGTAAAGCCGAGGACTCTGACAAGACT GCCGTCGTAAGGCGCGAGGAAGGTGTGGATGACG T 93 犬牙臭菌B106 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG GATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTGCGG TGAATAC 40 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 94 牙髓紫質單胞菌 B114 16S rRNA多核苷酸序列 NA CACCGCAGTAAACGATGAATACTAGATCTTTGCGAT ATACGGTAAGGGTCTAAGCGAAAGCGATAAGTATT CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA CCCGGGATTGAAATTTAGCGGGCGGGCTATGAGA GTAGCCTTTCCTACGGGACTGCTAAGTAGGTGCTG CATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTTGG CTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCACGTTGATA GTTACTAACAGTTAAAGCTGAGGACTCTATCGAGAC AGCCGGCGTAAGCCGTGAGGAAGGTGTGGATGAC GTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACA CACGTGTTACAATGGTGAGGACAGCGGGAAGCGG CCTGGTGACAGGTAGCAGATCCCCAAACCTCATCC CAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCTATGA AGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGG CGCGGTGAATAC 95 喉紫質單胞菌 B43 fimA多核苷酸序列 NA TCTAAATCGAAAAAGATCCTAATAAAACAATATTCAC TTTTAAAACAAAAACGAGATGAAAAAGACTAAGTTT TTCTTGTTGGGACTTGCTGCCCTTGCTATGACAGCT TGTAACAAAGACAACGAAGCAGAACCCGTTGTAGA AGGTAACGCTACCATTAGCGTAGTATTGAAGACCA GCAATCCGAATCGTGCTTTCGGGGTTGCAGATGAC GAAGCAAAAGTGGCTAAACTGACTGTAATGGTCTA CAAGGGTGAGCAGCAGGAAGCCATCAAATCAGCC GAAAATGCAATTAAGGTTGAGAACATCAAATGTGGT GCAGGCTCACGTACGCTGGTCGTAATGGCCAATAC GGGTGGAATGGAATTGGCTGGCAAGACTCTTGCAG AGGTAAAAGCATTGACAACTGAACTAACTGCAGAAA ACCAAGAGGCTACAGGTTTGATCATGACAGCAGAG CCTGTTGACGTAACACTTGTCGCCGGCAATAACTAT TATGGTTATGATGGAACTCAGGGAGGCAATCAGAT TTCGCAAGGTACTCCTCTTGAAATCAAACGTGTTCA TGCCCGTATTGCGTTCACCAAGATTGAAGTGAAGA TGAGCGAGTCTTATGTGAACAAATACAACTTTACCC CCGAAAACATCTATGCACTTGTGGCTAAGAAGAAG TTCTAATCTATTCGGTACTTCATTGGCAAATAGTGAT GATGCTTATTTGACCGGTTCTTTGACGACTTTCAAC GGTGCTTATACCCCTGCAAACTATACTCATGTCGTC 41 200538152

SEQID NO. --— 目標 DNA序列 • • TGGTTGGGAAGAGGCTACACAGCGCCTTCCAATGA TGCTCCACAAGGTTTCTATGTTTTGGAGAGTGCATA CGCTCAGAATGCAGGTCTACGTCCTACCATTCTAT GTGTAAAGGGTAAGCTGACAAAGCATGATG GTACT CCTTTGAGTTCTGAGGAAATGACAGCTGCATTCAAT GCCGGCTGGATTGTTGCAAACAATGATCCTACGAC CTATTATCCTGTATTAGTGAACTTTGAGAGC 96 牙周紫質單胞菌 B52fimA 多核苷酸序列 NA TAATGGAGAACAGCAGGAAGCCATCGAATCAGCCG AAAATGCGACTAAGATTGAGAATATCAAATGTGGTG CAGGCCAACGTACGCTGGTCGTAATGGCCAATACG GGTGGAATGGAATTGGCTGGCAAGACTCTTGCAGA GGTAAAAGCATTGACAACTGTACTGACTGAAGAAAA CCAAGAGGCCACAGGTTTGATCATGACAGCAGAGC CAAAAGCAATCGTTTTGAAGGCAGGCAAGAACTAT ATTGGATACGATGGAGCCGGAGAGGGCAACCACAT TGAGAATGCTCCTCTTGAAATCAAACGTGTACATGC TCGCATGGCTTTCACCGAAATTAAAGTACAGATGAG CGCAGCCTACGATAACATTTACACATTTACCCCTGA AAAGATTTATGGTCTCATTGCAAAGAAGCAATCTAA TTTGTTCGGGGCAACACTCGTGAATGCAGACGCTA ATTATCTGACAGGTTCTTTGACCACATTTAACGGTG CTTACACACCTACCAACTATGCCAATGTTCCTTGGT TGAGCCGTGATTACGTTGCACCTACCGCTGGTGCT CCTCAGGGCTTCTACGTATTAGAAAATGACTACTCA GCTAACAGTGGAACTATTCATCCGACAATCCTGTGT GTTTATGGCAAACTTCAGAAAAACGGAGCCGACCT GACGGGAACCGATTTAGCAGCAGCTCAGGCCGCC AATTGGGTGGATGCAGAAGGCAAG 42 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 97 喉紫質單胞菌 B69 f】mA多核苷酸序列 NA GGCGCAGCATAACCTCGACGAACTGCGACACTATA TGCAGGACAATCTCTAAATCGAATAAAGATTCTAAT AAAACAATATTCACTTTTAAAACAAAAACAAGATGAA AAAGACTAAGTTTTTCTTGTTGGGACTTGCTGCCCT TGCTATGACAGCTTGTAACAAAGACAACGAAGCAG AACCCGTTGTAGAAGGTAACGCTACCATTAGCGTA GTATTGAAGACCAGCAATCCGAATCGTGTTTTCGG GGTTGCAGATGACGAAGCAAAAGTGGCTAAGTTGA CCGTAATGGTTTATAATGGAGAACAGCAGGAAGCC ATCGAATCAGCCGAAAATGCGACTAAGATTGAGAA TATCAAATGTGGTGCAGGCCAACGTACGCTGGTCG TAATGGCCAATACGGGTGGAATGGAATTGGCTGGC AAGACTCTTGCAGAGGTAAAAGCATTGACAACTGTA CTGACTGAAGAAAACCAAGGGGCCACAGGTTTGAT CATGACAGCAGAGCCAAAAGCAATCGTTTTGAAGG CAGGCAAGAACTATATTGGATACGATGGAGCCGGA GAGGGCAACCACATTGAGAATGCTCCTCTTGAAAT CAAACGTGTACATGCTCGCATGGCTTTCACCGAAA TTAAAGTACAGATGAGCGCAGCCTACGATAACATTT ACACATTTACCCCTGAAAAGATTTATGGTCTCATTG CAAAGAAGCAATCTAATTTGTTCGGGGCAACACTC GTGAATGCAGACGCTAATTATCTGACAGGTTCTTTG ACCACATTTAACGGTGCTTACACACCTACCAACTAT GCCAATGTTCCTTGGTTGAGCCGTGATTACGTTGC ACCTACCGCTGGTGCTCCTCAGGGCTTCTACGTAT TAGAAAATGACTACTCAGCTAACAGTGGAACTATTC ATCCGACAATCCTGTGTGTTTATGGCAAACTTCAGA AAAACGGAGCCGACCTGACGGGAACCGATTTAGCA GCAGCTCAGGCCGCCAATTGGGTGGATGCAGAA 98 牙周紫質單胞菌 B97 fimA 多核苷酸序列 NA TAATGGAGAACAGCAGGAAGCCATCGAATCAGCCG AAAATGCGACTAAGATTGAGAATATCAAATGTGGTG CAGGCCAACGTACGCTGGTCGTAATGGCCAATACG GGTGGAATGGAATTGGCTGGCAAGACTCTTGCAGA GGTAAAAGCATTGACAACTGTACTGACTGAAGAAAA CCAAGAGGCCACAGGTTTGATCATGACAGCAGAGC CAAAAGCAATCGTTTTGAAGGCAGGCAAGAACTAT ATTGGATACGATGGAGCCGGAGAGGGCAACCACAT TGAGAATGCTCCTCTTGAAATCAAACGTGTACATGC TCGCATGGCTTTCACCGAAATTAAAGTACAGATGAG 43 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 CGCAGCCTACGATAACATTTACACATTTACCCCTGA AAAGATTTATGGTCTCATTGCAAAGAAGCAATCTAA TTTGTTCGGGGCAACACTCGTGAATGCAGACGCTA ATTATCTGACAGGTTCTTTGACCACATTTAACGGTG CTTACACACCTACCAACTATGCCAATGTTCCTTGGT TGAGCCGTGATTACGTTGCACCTACCGCTGGTGCT CCTCAGGGCTTCTACGTATTAGAAAATGACTACTCA GCTAACAGTGGAACTATTCATCCGACAATCCTGTGT GTTTATGGCAAACTTCAGAAAAACGGAGCCGACCT GACGGGAACCGATTTAGCAGCAGCTCAGGCCGCC AATTGGGTGGATGCAGAAGGCAAG 99 犬齦紫質單胞菌B98 fimA多核苷酸序列 NA ggcctcgagAACAAAGACAACGAAGCAGAACCCGTTGT AGAAGGTAACGCTACCATTAGCGTAGTATTGAAGA CCAGCAATCCGAATCGTGCTTTCGGGGTTGCAGAT GACGAAGCAAAAGTGGCTAAACTGACTGTAATGGT CTACAAGGGTGAGCAGCAGGAAGCCATCAAATCAG CCGAAAATGCAATTAAGGTTGAGAACATCAAATGTG GTGCAGGCTCACGTACGCTGGTCGTAATGGCCAAT ACGGGTGGAATGGAATTGGCTGGCAAGACTCTTGC AGAGGTAAAAGCATTGACAACTGAACTAACTGCAG AAAACCAAGAGGCTACAGGTTTGATCATGACAGCA GAGCCTGTTGACGTAACACTTGTCGCCGGCAATAA CTATTATGGTTATGATGGAACTCAGGGAGGCAATC AGATTTCGCAAGGTACTCCTCTTGAAATCAAACGTG TTCATGCCCGTATTGCGTTCACCAAGATTGAAGTGA AGATGAGCGAGTCTTATGTGAACAAATACAACTTTA CCCCCGAAAACATCTATGCACTTGTGGCTAAGAAG AAGTCTAATCTATTCGGTACTTCATTGGCAAATAGT GATGATGCTTATTTGACCGGTTCTTTGACGACTTTC AACGGTGCTTATACCCCTGCAAACTATACTCATGTC GTCTGGTTGGGAAGAGGCTACACAGCGCCTTCCAA TGATGCTCCACAAGGTTTCTATGTTTTGGAGAGTGC ATACGCTCAGAATGCAGGTCTACGTCCTACCATTCT ATGTGTAAAGGGTAAGCTGACAAAGCATGATGGTA CTCCTTTGAGTTCTGAGGAAATGACAGCTGCATTCA ATGCCGGCTGGATTGTTGCAAACAATGATCCTACG ACCTATTATCCTGTATTAGTGAACTTTGAGAGCAAT AATTACACCTACACAGGTGATGCTGTTGAGAAAGG GAAAATCGTTCGTAACCACAAGTTTGACATCAATCT

44 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 GACGATCACCGGTCCTGGTACGAATAATC 100 唾液紫質單胞菌 B104 fimA 多核苷酸序列 NA TGGCTAARTTGACTGTAATGGTTTATAATGGAGAAC AGCAGGAAGCCATCRAATCAGCCGAAAATGCGACT AAGRTTGARRAYATCAAATGTRGTGCAGGCCAACG TACGCTGGTCGTAATGGCCAATACGGGTGSAATGG AAYTGGYTGGCAAGACTCTTGCAGAGGTAAAAGCA TTGACAACTGWACTGACTGAGAAAACCAAGAGGC YRCAGGKTTGATCATGACAGCAGAGCCAAAARCAA TCGTTTTGAAGGCAGGCAAGAACTAYATTGGATAC RRTGGARCCGGAGAGGGYAAYCACATTGAGAATG MTCCTCTTRARATCAARCGTGTWCATGCTCGCATG GCTTTCACCGAAATTAAAGTRCARATGAGCGCAGC CTACGATAACATTTACACATTYRYCCCTGAAAAGAT TTATGGTCTCATTGCAAAGAAGCAATCTAATTTGTT CGGGGCAACACTCGTRAATGCAGACGCTAATTATC TGACAGGTTCTTTGACCACATTTAACGGTGCTTACA CACCTRCCAACTATGCCAATGTKCCTTGGYTGAGC CGTRATTACGTTGCACCTRCCGCYGRTGCTCCTCA GGGYTTCTACGTATTAGAAAATGACTACTCAGCTAA CRGTGGAACTATTCATCCGACAATCCTGTGTGTTTA TGGCAAACTTCAGAAAAACGGAGCCGACYTGRCGG GARCCGATTTAGCARCWGCTCAGGCCGCCAATTG GGTGGATGCAGAAGGCAAGACCTATTACCCTGTAT TRGTRAACT 45 200538152

SEQ ID NO. 名稱目標 DNA序列 101 犬牙臭菌B106 fimA多核苷酸序列 NA TAATGGAGAACAGCAGGAAGCCATCGAATCAGCCG AAAATGCGACTAAGATTGAGAATATCAAATGTGGTG CAGGCCAACGTACGCTGGTCGTAATGGCCAATACG GGTGGAATGGAATTGGCTGGCAAGACTCTTGCAGA GGTAAAAGCATTGACAACTGTACTGACTGAAGAAAA CCAAGAGGCCACAGGTTTGAATCATGACAGCAGAGC CAAAAGCAATCGTTTTGAAGGCAGGCAAGAACTAT ATTGGATACGATGGAGCCGGAGAGGGCAACCACAT TGAGAATGCTCCTCTTGAAATCAAACGTGTACATGC TCGCATGGCTTTCACCGAAATTAAAGTACAGATGAG CGCAGCCTACGATAACATTTACACATTTACCCCTGA AAAGATTTATGGTCTCATTGCAAAGAAGCAATCTAA TTTGTTCGGGGCAACACTCGTGAATGCAGACGCTA ATTATCTGACAGGTTCTTTGACCACATTTAACGGTG CTTACACACCTACCAACTATGCCAATGTTCCTTGGT TGAGCCGTGATTACGTTGCACCTACCGCTGGTGCT CCTCAGGGCTTCTACGTATTAGAAAATGACTACTCA GCTAACAGTGGAACTATTCATCCGACAATCCTGTGT GTTTATGGCAAACTTCAGAAAAACGGAGCCGACCT GACGGGAACCGATTTAGCAGCAGCTCAGGCCGCC AATTGGGTGGATGCAGAAGGCAAG 102 牙髓紫質單胞菌 B114 fimA 多核苷酸序列 NA CAAGGGTGAGCAGCAGGAAGCCATCAAATCAGCC GAAAATGCAATTAAGGTTGAGAACATCAAATGTGGT GCAGGCTCACGTACGCTGGTCGTAATGGCCAATAC GGGTGGAATGGAATTGGCTGGCAAGACTCTTGCAG AGGTAAAAGCATTGACAACTGAACTAACTGCAGAAA 丨 ACCAAGAGGCTACAGGTTTGATCATGACAGCAGAG CCTGTTGACGTAACACTTGTCGCCGGCAATAACTAT TATGGTTATGATGGAACTCAGGGAGGCAATCAGAT TTCGCAAGGTACTCCTCTTGAAATCAAACGTGTTCA TGCCCGTATTGCGTTCACCAAGATTGAAGTGAAGA TGAGCGAGTCTTATGTGAACAAATACAACTTTACCC CCGAAAACATCTATGCACTTGTGGCTAAGAAGAAG TCTAATCTATTCGGTACTTCATTGGCAAATAGTGAT GATGCTTATTTGACCGGTTCTTTGACGACTTTCAAC GGTGCTTATACCCCTGCAAACTATACTCATGTCGTC TGGTTGGGAAGAGGCTACACAGCGCCTTCCAATGA TGCTCCACAAGGTTTCTATGTTTTGGAGAGTGCATA CGCTCAGAATGCAGGTCTACGTCCTACCATTCTAT 46 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 GAGTAAAGGGTAAGCTGACAAAGCATGATGGTACT CCTTTGAGTTCTGAGGAAATGACAGCTGCATTCAAT GCCGGCTGGATTGTTGCAAACAATGATCCTACG 103 喉紫質單胞菌 B43 FimA 多肽序列 NA MKKTKFFLLGLAALAMTACNKDNEAEPVVEGNATISV VLKTSNPNRAFGVADDEAKVAKLTVMVYKGEQQEAIK SAENAIKVENIKCGAGSRTLVVMANTGGMELAGKTLA EVKALTTELTAENQEATGLIMTAEPVDVTLVAGNNYY GYDGTQGGNQISQGTPLEIKRVHARIAFTKIEVKMSES YVNKYNFTPENIYALVAKKKSNLFGTSLANSDDAYLT GSLTTFNGAYTPANYTHVVWLGRGYTAPSNDAPQGF YVLESAYAQNAGLRPTILCVKGKLTKHDGTPLSSEEM TAAFNAGWIVANNDPTTYYPVLVNFESNNYTYTGDAV EKGKIVRNHKFDINLTITGPGTNNPENPITESANLNVN CVVAAWKGVVQNVIW 104 牙周紫質單胞菌 B52FimA 多肽序列 NA NGEQQEAIESAENATKIENIKCGAGQRTLVVMANTGG MELAGKTLAEVKALTTVLTEENQEATGLIMTAEPKAIV LKAGKNYIGYDGAGEGNHIENAPLEIKRVHARMAFTEI KVQMSAAYDNIYTFTPEKIYGLIAKKQSNLFGATLVNA DANYLTGSLTTFNGAYTPTNYANVPWLSRDYVAPTA GAPQGFYVLENDYSANSGTIHPTILCVYGKLQKNGAD LTGTDLAAAQAANW VDAEG 105 喉紫質單胞菌 B69 FimA AA NA MKKTKFFLLGLAALAMTACNKDNEAEPVVEGNATISV VLKTSNPNRVFGVADDEAKVAKLTVMVYNGEC 〜QEAI ESAENATKIENIKCGAGG 〜RTLVVMANTGGMELAGKTL AEVKALTTVLTEENQGATGLIMTAEPKAIVLKAGKNYI GYDGAGEGNHIENAPLEIKRVHARMAFTEIKVQMSAA YDNIYTFTPEKIYGLIAKKQSNLFGATLVNADANYLTG SLTTFNGAYTPTNYANVPWLSRDYVAPTAGAPQGFY VLENDYSANSGTIHPTILCVYGKLQKNGADLTGTDLAA AQAANWVDAEGKTYYPVLVNFNSNNYTYDNGYTPKN KIERNHKYDIKLTITGPGTNNPENPITESAHLNVQCTV AEWVLVGQNATW 47 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 106 牙周紫質單胞菌 B97FimA 多月大序列 NA NGEQQEAIESAENATKIENIKCGAGQRTLVVMANTGG MELAGKTLAEVKALTTVLTEENQEATGLIMTAEPKAIV LKAGKNYIGYDGAGEGNHIENAPLEIKRVHARMAFTEI KVQMSAAYDNIYTFTPEKIYGLIAKKQSNLFGATLVNA DANYLTGSLTTFNGAYTPTNYANVPWLSRDYVAPTA GAPQGFYVLENDYSANSGTIHPTILCVYGKLQKNGAD LTGTDLAAAQAANW VDAEG 107 犬齦紫質單胞菌 B98 FimA AA NA VVEGNATISVVLKTSNPNRAFGVADDEAKVAKLTVMV YKGEQQEAIKSAENAIKVENIKCGAGSRTLVVMANTG GMELAGKTLAEVKALTTELTAENQEATGLIMTAEPVD VTLVAGNNYYGYDGTQGGNQISQGTPLEIKRVHARIA FTKIEVKMSESYVNKYNFTPENIYALVAKKKSNLFGTS LANSDDAYLTGSLTTFNGAYTPANYTHVVWLGRGYT APSNDAPQGFYVLESAYAQNAGLRPTILCVKGKLTKH DGTPLSSEEMTAAFNAGWIVANNDPTTYYPVLVNFES NNYTYTGDAVEKGKIVRNHKFDINLTITGPGTNNPENP ITESANLNVNCVVAAWK 108 唾液紫質單胞菌 B104FimA 多肽序列 NA AXLTVMVYNGEQQEAIXSAENATKXXXIKCXAGQRTL WMANTGXMEXXGKTLAEVKALTTXLTXENQEAXGLI MTAEPKXIVLKAGKNXIGYXGXGEGXHIENXPLXIXRV HARMAFTEIKVXMSAAYDNIYTXXPEKIYGLIAKKQSN LFGATLVNADANYLTGSLTTFNGAYTPXNYANVPWXS RXYVAPXAXAPQGFYVLENDYSANXGTIHPTILCVYG KLQKNGADXXGXDLAXAQAANWVDAEGKTYYPVXV N 109 犬牙臭菌B106 FimA多肽序列 NA NGEQQEAIESAENATKIENIKCGAGQRTLVVMANTGG MELAGKTLAEVKALTTVLTEENQEATGLIMTAEPKAIV LKAGKNYIGYDGAGEGNHIENAPLEIKRVHARMAFTEI KVQMSAAYDNIYTFTPEKIYGLIAKKQSNLFGATLVNA DANYLTGSLTTFNGAYTPTNYANVPWLSRDYVAPTA GAPQGFYVLENDYSANSGTIHPTILCVYGKLQKNGAD LTGTDLAAAQAANWVDAEG 110 牙髓紫質單胞菌 B114 FimA 多肽序列 NA KGEQQEAIKSAENAIKVENIKCGAGSRTLVVMANTGG MELAGKTLAEVKALTTELTAENQEATGLIMTAEPVDVT LVAGNNYYGYDGTQGGNQISQGTPLEIKRVHARIAFT KIEVKMSESYVNKYNFTPENIYALVAKKKSNLFGTSLA NSDDAYLTGSLTTFNGAYTPANYTHVVWLGRGYTAP SNDAPQGFYVLESAYAQNAGLRPTILCVKGKLTKHDG PLSSEEMTAAFNAGWIVANNDPT 48 200538152

〇Τ1Γ\ ΤΤΛ NO. Ill 名稱 B43 oprF 多核誓酸序列目標 DNA序列 • • NA ACATTCGTTGGAGCTATTGCACTGAATGCAAGTGC ACAGGAAAATACTGTACCGGCAACGGGTCAGTTAC CCGCCAAAAATGTTGCTTTCGCTCGCAACAAAGCA GGCAGCAATTGGTTCGTAACACTGCAGGGCGGTGT TGCAGCGCAGTTCCTCAATGACAACAACAACAAAG ATTTTGTAGACCGCTTGGGTGCTGCCGGCTCTATTT CAGTTGGAAAATATCACAATCCATTCTTTGCAACCC GTTTGCAAATTAACGGAGCTCAGGCACACACGTTC CTTGGAAAAAATGCGGAACAAGAAATTAAGACCAAT TTTGGCGCAGCTCACTTTGACTTCATGTTCGATGTG GTTAATTACTTTGCGCCATATCGCGAAAATCGTTTC TTCCATTTAATTCCATGGGTAGGTGTTGGTTACCAG CATAAATTCATTGGCAGCAAATGGAGTAAAGACAAT GTCGAGTCTCTGACTGCCAATCTGGGTGTTATGAT GGCTTTCAGATTAGGAAAACGTGTAGACTTTGTGAT CGAAGCACAAGCAGCACACTCCAATCTCAACTTAA GCCGTGCTTTCAATGCCAAGCCGACTCCTATTTTCC AGGATCAGGAAGGACGTTATTACAATGGATTCCAA GGAATGGCGACAGCAGGTCTTAACTTCCGCTTGGG TGCTGTAGGCTTCAATGCCATCGAGCCCATGGACT ACGCGCTTATCAACGATCTGAATGGTCAGATTAATC GCCTGCGCAGAGAAGTCGAAGAACTCTCCAAGCGT CCTGTATCATGTCCCGAATGCCCCGACGTTACACC CGTTACCAAGACAGAAAACAAGCTAACCGAGAAGG CTGTACTCTTCCGTTTCGACAGCTATGTTGTAGACA AAGACCAGCTTATCAATCTGTATGACGTAGCTCAGT TTGTAAAAGAAACCAACGAGCCGATTACTGTTGTAG GCTATGCTGATCCTACGGGTGACACTCAGTACAAC GAAAGATTGTCTGAGCGTCGCGCAAAAGCCG 49 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 112 犬牙槽紫質單胞菌 B46 oprF 多核苷酸序列 ΝΑ ACATTGGCCGGGGTTTACGCCCTTTCAGCCTCTGC TCAGCAGGAGAATATGCCACGAATGGGGCAGACTC CCGCCAAGAATACCGCTTACGCTCGCTCTGAAGCC GGTGACAATTGGTTTGTGACTTTGCAAGGAGGTGC TGCTATGCAGTTTGGGAAAGGTAACGAGGATGCCG ACTTCTTCGACCGCCAAACTGTTGCTCCCACTTTTG CCGTAGGTAAATGGCACAATCCTTTCTTCGGGACC AGATTGCAAATGGGCTTGGGGGTATCTCACGACTT CTCGAACAACGAAGCGAAATCCAAGTTGGAGATGA ACCACGCTCGCTATGCTAACGCACACTTTGACTTTA TGTTTGATGTGATTAACTACTTCAAGCCCTACAGTG AGGACCGCGTATTCCACCTTATTCCGTGGGTAGGT TTGGGTTACGATCACAAGTTTGAGAAAAACAGCAAC TTCAAGGTGGATGCTCTTACAGCCAACGCCGGTTT GATGTTTGCTTTCCGTGTGATGGAGCGTATGGACA TTGTGTTGGAAAGCCAGGTAATGTATTCTGACTTCA ACCTCAACACAGCTCTGCCCGAGCCTCGCTACACA GCTTGCTCCGGCATGCTCACTGCCGGTTTGAACTT CCGTATAGGAAATATCGGATGGAGCGAGATCCTAC CAATGGATTGGGGCTTGGTAAATGACCTGAACGGA CAAATCAACGCCATGCGTGCTAAGAACGCAGAGTT GAGCAAGCGTCCCGTTTCTTGCCCCGAATGCCCGG AAGTTGAGCCTCGTGTAGAGCGTATCAATATGCTTT CGGACAAGTCTGTTCTTTTCCGTGCCGGCAAGACA ACTGTAGACAGCGATCAAATGGTAACGATCTTCGA CGTAGCTCAGTTTGCAAAGAAGAATGGCACACAGA TCACCGTTACAGGCTATGCAGACAAGAAGGGCAAA GAAAGCGATCGCACCTCTGAACTTCGTGCAAAAGC CGTAGCCAAGATTCTCACCGACAAGTACGGTGTAC CTT 50 200538152

SEQ ID NO. 名稱目標 DNA序列 113 牙周紫質單胞菌 B52oprF 多核苷酸序列 NA TCTATAATGGGAGCTACAGCACTCTCCGCGAGTGC TCAACAATCTACGACACCTGAGACTCAAACTTTGCC AGCTCGCAAGACGGCTTTTGACCGTTCCGCGGGTC ACTGGTTCTTGACTCTACAGGGTGGTGTAAATGCA CAGTTTTTGGAAGAAAACGAGTCTCAAGACATCGTA AATCGTCTCCGTGTGATGCCAACTCTTTCTTTAGGA AAGTGGCACAATCCCTATTTTGCAACCCGTTTGCAA GTTTTTGGGGGGCCAACCCCTACTTACTACAAGGA GGTTTCTGGGGAGGTTAAGACCCTAAATACCGCCA TGGCTGGAGCTCACTTTGATTTTATGTTTGATGTAG TAAACTTCTATGCAAAGTATAATCCTAAACGAGTATT CCATTTGATTCCTTGGTTCGGTGTGGGATATGGTTT CAAATACTATAACGATTTTGCTGATTTAGCTGATAT GATTCAGTTTAATGAACCCTTCCGTCACTCAGCAAC TGCGAATGCTGGTTTGATGATGAGTTTTCGCTTGG CAAAACGTTTGGATTTGGTTCTGGAAGGGCAGGCT ATATATTCTAACTTGAATATTGTAAAGCAAGAGATA GATTATAAAG CCCCCATTATGCCCTATTCAAATATC TACAACGGATTGACAGGTGTCGTTACTGCAGGTCT CAACTTTAATCTCGGTCGTGTTGCTTGGGAGTCCG TAACTCCTATGGATATGGATCTTATTAATGACCTAA ACGGACAAATTAACCGTTTGCGTTCTGAGAATACAG AGTTGAGAAAACGTCCAGTTTCTTGCCCAGAATGTC CTGAAGTTACTGCAgAGACGGAAGTAGTTACTGAAA ACGTTTTAGGTGATAAGGCGATTGTTTTCAAGTTTA ATAGCGCAACTATTGACAAAGATCAACACATTGTTT TGCAGGATATCGCTGACTTTGTTAAAGATGGCAACA AAGCTATTGTTGTAATAGGCTTCGCAGATACAACAG GTGATATTAATTACAATATGCATT 51 200538152

SEQ ID NO. 名稱目標 DNA序列 114 喉紫質單胞菌 B69 oprF 多核苷酸序列 NA ACATTCGTTGGAGCTATTGCACTGAATGCAAGTGC ACAGGAAAATACTGTACCGGCAACGGGTCAGTTAC CCGCCAAAAATGTTGCTTTTGCCCGCAATAAAGCA GGCGGCAATTGGTTTGTAACACTGCAAGGTGGTGT TGCAGCACAGTTCCTTAATGACAACAACAACAAAGA TCTAGTAGACCGCTTAGGAGCTACCGGATCTATCT CCGTTGGAAAATATCACAATCCATTCTTTGCGACTC GTTTGCAAATTAACGGAGGTCAAGCACACACGTTC CTTGGGAAGAATGCGGAACAAGAAATTAACACCAA TTTTGGAGCAGCTCACTTTGACTTCATGTTCGATGT GGTTAACTACTTTGCGCCATATCGCGAAAACCGTTT CTTCCATTTAATTCCATGGGTAGGTGTTGGTTACCA ACACAAATTCATCGGTAGCGAATGGAGTAAAGACA ACGTCGAGTCGCTGACCGCAAACATGGGTGTTATG ATGGCTTTCAGATTAGGGAAGCGCGTGGACTTTGT GATCGAAGCACAAGCTGCTCACTCCAATCTTAATTT AAGTCGCGCATTCAATGCCAAGAAAACTCCTATTTT CCACGATCAAGAAGGTCGCTATTACAATGGATTCC AAGGAATGGCTACAGCGGGTCTTAACTTCCGCTTA GGTGCTGTTGGCTTCAATGCCATCGAGCCAATGGA CTACGCGCTTATCAACGATCTGAATGGTCAGATTAA CCGTTTGCGCAGAGAAGTTGAAGAGCTCTCTAAGC GTCCTGTATCATGCCCCGAATGTCCCGATGTAACA CCCGTTACTAAGACAGAAAACAAGCTAACCGAGAA GGCTGTACTCTTCCGCTTCGACAGCTATGTTGTAG ACAAAGACCAGCTGATCAATCTGTATGACGTTGCTC AGTTCGTAAAAGAAACTAACGAACCGATTACCGTTG TAGGTTATGCCGATCCTACGGGCAGCACTCAGTAC AACGAAAGATTGTCTGAGCGTCGCGCAAAAGCCG

52 200538152

SEQ ID NO. 名稱目標 DNA序列 115 牙周紫質單胞菌 B97oprF 多核苷酸序列 NA TCTGTTATGGGAGCTACAGCACTCACAGTTAGTGC TCAGCAACCTACTACACCTGAGACTCAGACATTGC CTGCTCATAAGACGGCTTTTGACCGTTCTGCAGGA CATTGGTTCTTGACTCTCCAAGGTGGAGTTAGTGCT CAATTTTTAGAAGAAAATGAAAGTCAAGAAATCTTG AATCGTCTTCATGTTATGCCTACAATCTCTTTAGGC AAGTGGCACAATCCTTATTTTGCAACTCGTTTGCAA G 丁 GTTCGGAGG 丁 CCTACTCCTACTTT 丁 TATAAGAAT GCTGCTGGTAAGGTGATGAAGGAAAATGCGGCTAT GGCTGGGGCTCACTTTGACTTTATGTTTGATGTTGT GAACTACTTTGGTAAGTATAATCCAAAGAGAGTCTT TCATCTTGTGCCTTGGTTCGGTGTTGGATATGGCTT TAAATACCATAATGATTTCGCCGAAATGAGTGATAT CATTAAGTTTAATGAGCCTTATCGCCATTCAGCAAC AGCGAATGCAGGGTTGATGATGAGTTTCCGCTTAG CAAAACGTCTTGATTTAGTGCTTGAAGGACAGGCTA TATATTCTAATTTGAATATTGTTAAGCAAGAAATTGA TTATAAAGCTCCTTCTACTCCTTATTCTCCAAATTAT AATGGGCTTTTGGGAGTTGTTACAGCAGGTCTTAA CTTTAATCTTGGTCGTGTTGCTTGGGAGACTGTTAC TCCCATGGATATGGATTTGATTAATGATCTTAATGG TCAAATCAATCGTTTGCGTTCTGAGAATACTGAGTT GAGAAAACGTCCTGTTTCTTGTCCTGAATGCCCAG AAGTTTCTAAAGAAACAACTGTAGTTACAGAAAATG TATTGGGAGACAAAG CTATTGTTTTCAAATTTAATA GTGCAACTATCAGCAAAGATCAACATATTGTTTTGC AAGACATTGCGGACTTTGTTAAGAATGGAAATAAGG GGGTTGCCGTGATAGGTTTCGCAGATGTAACAGGA GATGCCAATTACAATATGCAAC 53 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 116 犬齦紫質單胞菌 B98 oprF 多核苷酸序列 NA GGTGGAGTTAGTGCTCAATTTTTAGAAGAAAATGAA AGTCAAGAAATCTTGAATCGTCTTCATGTTATGCCT ACAATCTCTTTAGGCAAGTGGCACAATCCTTATTTT GCAACTCGTTTGCAAGTGTTCGGAGGTCCTACTCC TACTTTTTATAAGAATGCTGCTGGTAAGGTGATGAA GGAAAATGCGGCTATGGCTGGGGCTCACTTTGACT TTATGTTTGATGTTGTGAACTACTTTGGTAAGTATAA TCCAAAGAGAGTCTTTCATCTTGTGCCTTGGTTCGG TGTTGGATATGGCTTTAAATACCATAATGATTTCGC CGAAATGAGTGATATCATTAAGTTTAATGAGCCTTA TCGCCATTCAGCAACAGCGAATGCAGGGTTGATGA TGAGTTTCCGCTTAGCAAAACGTCTTGATTTAGTGC TTGAAGGACAGGCTATATATTCTAATTTGAATATTGT TAAGCAAGAAATTGATTATAAAGCTCCTTCTACTCC TTATTCTCCAAATTATAATGGGCTTTTGGGAGTTGT TACAGCAGGTCTTAACTTTAATCTTGGTCGTGTTGC TTGGGAGACTGTTACTCCCATGGATATGGATTTGAT TAATGATCTTAATGGTCAAATCAATCGTTTGCGTTC TGAGAATACTGAGTTGAGAAAACGTCCTGTTTCTTG TCCTGAATGCCCAGAAGTTTCTAAAGAAACAACTGT AGTTACAGAAAATGTATTGGGAGACAAAGCTATTGT TTTCAAATTTAATAGTGCAACTATCAGCAAAGATCA ACATATTGTTTTGCAAGACATTGCGGACTTTGTTAA GAATGGAAATAAGGGGGTTGCCGTGATAGGTTTCG CAGATGTAACAGGAGATGCCAATTACAATATGCAAC TTTCTGAACGTCGTGCTAAGGCTGTTGCGGAAGCT CTTGTGAATCAATTC 117 唾液紫質單胞鹵 B104 oprF 多核苷酸序列 NA CATTGGTTCTTGACTCTCCAAGGTGGAGTTAGTGCT CAATTTTTAGAAGAAAATGAAAGTCAAGAAATCTTG AATCGTCTTCATGTTATGCCTACAATCTCTTTAGGC AAGTGGCACAATCCTTATTTTGCAACTCGTTTGCAA GTGTTCGGAGGTCCTACTCCTACTTTTTATAAGAAT GCTGCTGGTAAGGTGATGAAGGAAAATGCGGCTAT GGCTGGGGCTCACTTTGACTTTATGTTTGATGTTGT GAACTACTTTGGTAAGTATAATCCAAAGAGAGTCTT TCATCTTGTGCCTTGGTTCGGTGTTGGATATGGCTT TAAATACCATAATGATTTCGCCGAAATGAGTGATAT CATTAAGTTTAATGAGCCTTATCGCCATTCAGCAAC AGCGAATGCAGGGTTGATGATGAGTTTCCGCTTAG

5.4 200538152

SEQ ID NO. 名稱 _ 目標 DNA序列 CAAAACGTCTTGATTTAGTGCTTGAAGGACAGGCTA TATATTCTAATTTGAATATTGTTAAGCAAGAAATTGA TTATAAAGCTCCTTCTACTCCTTATTCTCCAAATTAT AATGGGCTTTTGGGAGTTGTTACAGCAGGTCTTAA CTTTAATCTTGGTCGTGTTGCCTGGGAGACTATTAC TCCCATGGATATGGATTTGATTAATGATCTTAATGG TCAAATCAATCGTTTGCGTTCTGAGAATACTGAGTT GAGAAAACGTCCTGTTTCTTGTCCTGAATGCCCAG AAGTTTCTAAAGAAACAACTGTAGTTACAGAAAATG TATTGG GAGACAAAGCTATTGTTTTCAAATTTAATA GTGCAACTATCAGCAAAGATCAACATATTGTTTTGC AAGACATTGCGGACTTTGTTAAGAATGGAAATAAGG GGGTTGCCGTGATAGGTTTCGCAGATGTAACAGGA GATGCCAATTACAATATGCAACTTTCTGAACGTCGT GCTAAGGCTGTTGCGGAAGCTCTTGTGAATCAATT C 118 犬牙臭菌Β106 oprF多核苷酸序列 NA GCTCATAAGACGGCTTTTGACCGTTCTGCAGGACA TTGGTTCTTGACTCTCCAAGGTGGAGTTAGTGCTCA ATTTTTAGAAGAAAATGAAAGTCAAGAAATCTTGAA TCGTCTTCATGTTATGCCTACAATCTCTTTAGGCAA GTGGCACAATCCTTATTTTGCAACTCGTTTGCAAGT GTTCGGAGGTCCTACTCCTACTTTTTATAAGAATGC TGCTGGTAAGGTGATGAAGGAAAATGCGGCTATGG CTGGGGCTCACTTTGACTTTATGTTTGATGTTGTGA ACTACTTTGGTAAGTATAATCCAAAGAGAGTCTTTC ATCTTGTGCCTTGGTTCGGTGTTGGATATGGCTTTA AATACCATAATGATTTCGCCGAAATGAGTGATATCA TTAAGTTTAATGAGCCTTATCGCCATTCAGCAACAG CGAATGCAGGGTTGATGATGAGTTTCCGCTTAGCA AAACGTCTTGATTTAGTGCTTGAAGGACAGGCTATA TATTCTAATTTGAATATTGTTAAGCAAGAAATTGATT ATAAAGCTCCTTCTACTCCTTATTCTCCAAATTATAA TGGGCTTTTGGGAGTTGTTACAGCAGGTCTTAACTT TAATCTTGGTCGTGTTGCTTGGGAGACTGTTACTCC CATGGATATGGATTTGATTAATGATCTTAATGGTCA AATCAATCGTTTGCGTTCTGAGAATACTGAGTTGAG AAAACGTCCTGTTTCTTGTCCTGAATGCCCAGAAGT TTCTAAAGAAACAACTGTAGTTACAGAAAATGTATT GGGAGACAAAGCTATTGTTTTCAAATTTAATAGTGC 55 200538152

SEQ ID NO. 名稱目標 DNA序列 AACTATCAGCAAAGATCAACATATTGTTTTGCAAGA CATTGCGGACTTTGTTAAGAATGGAAATAAGGGGG TTGCCGTGATAGGTTTCGCAGATGTAACAGGAGAT GCCAATTACAATATGCAACTTTCTGAACGTCGTGCT AAGGCTGTTGCGGAAGCTCTTGTGAATCAATTCGG AGTTCCTTCTGATATGATTT 119 牙髓紫質單胞菌 B114oprF 多核苷酸序列 NA TCAGCACTGGGGGCTTTGGCACTTACAGCTAGTGC TCAACAAACTACGAAACCAGCGAATAGTATGCCCG CATTCAAGACTGCATTTGAACGCAGCGGCGGTCAT TGGTTTCTGACAATTCAGGGTGGCCTGAGTGCTCA ACTTTTGGGTGAAAATGAAAAGATGGACTTTGGCAA GCGTCTGCTACATGCTGCCAAGGCCAGTGACAACA CCCAAACAGAGGCTAGCTACCTACGCATCATGCCC ACGCTCTCTGTAGGTAAATGGCATAATCCCTACTTT GCTACTCGTGTACAGCTCTTCGGTGGTCTCACTCC TCTCTACAATACTGAGGGTGGCGTTAATGTACACAC CTACAACACTGCCACGATCGGTGCCCACTATGATT TCATGTTTGATGTAGTAAACTATTTCGCCAAGTACA ACCCCAAACGTTTCTTCCACGTAATTCCTTGGGTGG GTCTTGGTTACAACTTCAAGTATCATGATGTATTTG GATTCAAGGAGCCCTATCGTCACTCTGTCACAGGT AACGCAGGCATGGAGTTTGCTTTCCGCCTCGGTAA GCGTGTAGACCTTGTACTCGAAGCTCAGGTAGTGT ACAACAACCTGAACCTGATCAAGCAGGAAGTCGAC TACGATGTAGTCACTACTCCCTATGTACCTGCTGAT ACATACGCTGGTCTTATGACCATGTTTACTGCTGGT CTTAACTTCAATCTGGGCAAGGTTGAGTGGGAAAC TGTTGAGCCGATGGACTACCAGCTCATAAACGACT TGAACTCTCAGATCAGCCGTCTACGTAGCGAAAAC GCAGAGCTTTCCAAGCGTCCTGCTTTCTGCCCCGA GTGTCCCGAAGTAGAGGAAGTAGAAGATGTTGTTG TTGACCAGTATGTCCTCACCGACAAGGCTATCCTC1 TCGACTTTGACAAGAGCAACATCCGCAAGGACCAA 56 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 CAAGCTCAGCTTGGTATGATTGCTGAATTCGTGAA GAAGTACAATACGCCTATCGTGGTAGTAGGCTATG 120 喉紫質單胞菌 B43 0prF 多肽序列 NA TFVGAIALNASAQENTVPATGQLPAKNVAFARNKAGS NWFVTLQGGVAAQFLNDNNNKDFVDRLGAAGSISVG KYHNPFFATRLQINGAQAHTFLGKNAEQEIKTNFGAA HFDFMFDVVNYFAPYRENRFFHLIPWVGVGYQHKFIG SKWSKDNVESLTANLGVMMAFRLGKRVDFVIEAQAA HSNLNLSRAFNAKPTPIFQDQEGRYYNGFQGMATAG LNFRLGAVGFNAIEPMDYALINDLNGQINRLRREVEEL SKRPVSCPECPDVTPVTKTENKLTEKAVLFRFDSYVV DKDQLINLYDVAQFVKETNEPITVVGYADPTGDTQYN ERLSERRAKAVVDVLTGKYGVPSELISVEWKGDTTQP FNKKAWN 121 犬牙槽紫質單胞菌 B46 0prF 多肽序列 NA TLAGVYALSASAQQENMPRMGQTPAKNTAYARSEA GDNWFVTLQGGAAMQFGKGNEDADFFDRQTVAPTF AVGKWHNPFFGTRLQMGLGVSHDFSNNEAKSKLEM NHARYANAHFDFMFDVINYFKPYSEDRVFHLIPWVGL GYDHKFEKNSNFKVDALTANAGLMFAFRVMERMDIV LESQVMYSDFNLNTALPEPRYTACSGMLTAGLNFRIG NIGWSEILPMDWGLVNDLNGQINAMRAKNAELSKRP VSCPECPEVEPRVERINMLSDKSVLFRAGKTTVDSDQ MVTIFDVAQFAKKNGTQITVTGYADKKGKESDRTSEL RAKAVAKILTDKYGVPSDRISIEWKGVSEQVYDNRDW NRVV 122 牙周紫質單胞菌 B52 0prF 多肽序列 NA SIMGATALSASAQQSTTPETQTLPARKTAFDRSAGH WFLTLQGGVNAQFLEENESQDIVNRLRVMPTLSLGK WHNPYFATRLQVFGGPTPTYYKEVSGEVKTLNTAMA GAHFDFMFDVVNFYAKYNPKRVFHLIPWFGVGYGFK YYNDFADLADMIQFNEPFRHSATANAGLMMSFRLAK 57 200538152

SEQ ID NO. 名稱目標 DNA序列 RLDLVLEGQAIYSNLNIVKQEIDYKAPIMPYSNIYNGLT GVVTAGLNFNLGRVAWESVTPMDMDLINDLNGQINR LRSENTELRKRPVSCPECPEVTAETEVVTENVLGDKA IVFKFNSATIDKDQHIVLQDIADFVKDGNKAIVVIGFAD TTGDiNYNMHLSERRAKAVAEALVNKFGVSSDMISVE WQGETEQFNPRAWN 123 喉紫質單胞菌 B69 OprF 多肽序列 NA TFVGAIALNASAQENTVPATGG 〜LPAKNVAFARNKAGG NWFVTLQGGVAAQFLNDNNNKDLVDRLGATGSISVG KYHNPFFATRLQINGGQAHTFLGKNAEQEINTNFGAA HFDFMFDVVNYFAPYRENRFFHLIPWVGVGYQHKFIG SEWSKDNVESLTANMGVMMAFRLGKRVDFVIEAQAA HSNLNLSRAFNAKKTPIFHDC 〜EGRYYNGFQGMATAG LNFRLGAVGFNAIEPMDYALINDLNGQINRLRREVEEL SKRPVSCPECPDVTPVTKTENKLTEKAVLFRFDSYVV DKDQLINLYDVAQFVKETNEPITVVGYADPTGSTQYN ERLSERRAKAVVDVLTGKYGVPSELISVEWKGDSTQ PFNKKAWN 124 牙周紫質單胞菌 B97 0prF 多肽序列 NA SVMGATALTVSAQQPTTPETQTLPAHKTAFDRSAGH WFLTLQGGVSAQFLEENESQEILNRLHVMPTISLGKW HNPYFATRLQVFGGPTPTFYKNAAGKVMKENAAMAG AHFDFMFDVVNYFGKYNPKRVFHLVPWFGVGYGFKY HNDFAEMSDIIKFNEPYRHSATANAGLMMSFRLAKRL DLVLEGQAIYSNLNIVKQEIDYKAPSTPYSPNYNGLLG VVTAGLNFNLGRVAWETVTPMDMDLINDLNGQINRLR SENTELRKRPVSCPECPEVSKETTVVTENVLGDKAIV FKFNSATISKDQHIVLQDIADFVKNGNKGVAVIGFADV TGDANYNMQLSERRAKAVAEALVNQFGVPSDMISVE WQGETELFEARAWN 125 犬齦紫質單胞菌 B98 0prF 多肽序列 NA GGVSAQFLEENESQEILNRLHVMPTISLGKWHNPYFA TRLQVFGGPTPTFYKNAAGKVMKENAAMAGAHFDF MFDVVNYFGKYNPKRVFHLVPWFGVGYGFKYHNDF AEMSDIIKFNEPYRHSATANAGLMMSFRLAKRLDLVL EGQAIYSNLNIVKQEIDYKAPSTPYSPNYNGLLGVVTA GLNFNLGRVAWETVTPMDMDLINDLNGQINRLRSEN TELRKRPVSCPECPEVSKETTVVTENVLGDKAIVFKF NSATISKDQHIVLQDIADFVKNGNKGVAVIGFADVTGD ANYNMQLSERRAKAVAEALVNQF 58 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 126 唾液紫質單胞菌 B104OprF 多肽序列 NA HWFLTLQGGVSAQFLEENESGIEILNRLHVMPTISLGK WHNPYFATRLQVFGGPTPTFYKNAAGKVMKENAAM AGAHFDFMFDVVNYFGKYNPKRVFHLVPW FGVGYG FKYHNDFAEMSDIIKFNEPYRHSATANAGLMMSFRLA KRLDLVLEGQAIYSNLNIVKQEIDYKAPSTPYSPNYNG LLGVVTAGLNFNLGRVAWETITPMDMDLINDLNGQIN RLRSENTELRKRPVSCPECPEVSKETTVVTENVLG DK AIVFKFNSATISKDQHIVLQDIADFVKNGNKGVAVIGFA DVTGDANYNMQLSERRAKAVAEALVNQF 127 犬牙臭菌B106 OprF多肽序列 NA AHKTAFDRSAGHWFLTLQGGVSAQFLEENESQEILN RLHVMPTISLGKWHNPYFATRLQVFGGPTPTFYKNAA GKVMKENAAMAGAHFDFMFDVVNYFGKYNPKRVFH LVPWFGVGYGFKYHNDFAEMSDIIKFNEPYRHSATAN AGLMMSFRLAKRLDLVLEGQAIYSNLNIVKQEIDYKAP STPYSPNYNGLLGVVTAGLNFNLGRVAWETVTPMDM DLINDLNGQINRLRSENTELRKRPVSCPECPEVSKET TWTENVLGDKAIVFKFNSATISKDQfflVLQDIADFVKN GNKGVAVIGFADVTGDANYNMQLSERRAKAVAEALV NQFGVPSDMISVEWQGET 128 牙髓紫質單胞菌 B114 0prF 多肽序列 NA SALGALALTASAQQTTKPANSMPAFKTAFERSGGHW FLTIQGGLSAQLLGENEKMDFGKRLLHAAKASDNTQT EASYLRIMPTLSVGKWHNPYFATRVQLFGGLTPLYNT EGGVNVHTYNTATIGAHYDFMFDVVNYFAKYNPKRF FHVIPWVGLGYNFKYHDVFGFKEPYRHSVTGNAGME FAFRLGKRVDLVLEAQVVYNNLNLIKQEVDYDVVTTP YVPADTYAGLMTMFTAGLNFNLGKVEWETVEPMDYQ LINDLNSQISRLRSENAELSKRPAFCPECPEVEEVEDV VVDQYVLTDKAILFDFDKSNIRKDQQAQLGMIAEFVKK YNTPIVVVGYADPTGKSKYNMELSKRRAQAVVNELTN RHGVPADLITMEW EGATNKFTPPTAWN 129 喉紫質單胞菌 B43 FimA 多肽片段序列#1 NA ACNKDNEAEPVV 130 喉紫質單胞菌 B43 FimA 多肽 NA YPVLVNFESNNYTYTGDAVEK 59 200538152

SEQ ID NO. 名稱目標 DNA序列片段序列#2 131 喉紫質單胞菌 B43 FimA 多肽片段序列#3 NA TGPGTNNPENPITESA 132 喉紫質單胞菌 B43 0prF 多肽片段序列#1 NA NDNNNKDFVDRLGA 133 喉紫質單胞菌 B43 OprF 多肽片段序列#2 NA DLNGQINRLRREVEELSKRPVSCPECPDV 134 喉紫質單胞菌 B43 OprF多月太片段序列#3 NA ADPTGDTQYNERLSERRAKAV 135 pBAD-HisA 胺基酸多肽序列 NA MGGSHHHHHHMASMTGGQMGRDLYDDDDKDRW GSELEICSQYHMGI 136 pBAD-TOPO 胺基酸多肽序列 NA MGSGSGDDDDKLAM 137 I載體胺基酸多肽序列 NA MGTTTTTTSLHM 60 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 138 犬牙臭菌B107 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA CCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG GATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTGCGG TGAATAC 139 犬牙臭菌B113 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGA TAAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTC 140 犬牙臭菌B126 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT 61 200538152

SEQ ID NO. 名稱目標 DNA序列 GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG GATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTGCGG TGAATAC 141 犬牙臭菌B129 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG GATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTGCGG TGAATAC 142 犬牙臭菌B135 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC 62 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT CGGATTGGAGTCTGCAACTCCACTCCATGAAGTTG GATTCGCTAGTAATCGCACATCAACCATGGTGCGG TGAATACGTT 143 犬牙臭菌B140 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG GATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTGCGG TGAATAC 144 犬牙臭菌B150 16SrRNA 多核砮酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACGGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTC 63 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 145 犬牙臭菌B151 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACGGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTC 146 犬牙臭菌B152 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACGGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAAGCT TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAG TTGGATTCGCTAGTAATCGCACATCAA 147 犬牙臭菌B155 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGTGCTCTATGCGA TAAGACGGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA TGCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTANAAA TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG

64 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGAIIAG TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAG TTGGATTCGCTAGTAATCGCACATCAACCATGGTG CGGGT 148 犬牙臭菌B163 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG GATTCCCTAGTAATCGCACATCAACCATGGTGCGG TCAAT 149 犬牙臭菌B171 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATACGAAATAATTAAGTGA GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT TACCCGGGTTTAAATGTATGTNGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTNGGAACTGCATACAAGGTGCTGC ATGGTTGTCGTCAGCTNGTGCCGTGAGGTGTCNGG TTAAGTNCCATAACNAGCGCAACCCTTATGATTAGT TGCTAACGGTTCAAGCCNANCACTCTATTCACACT 150 犬牙臭菌B172 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCCCGGCTCTATGCGATA AGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA 65 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA CCCGGGTTTAAATGTATGTNGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCNGGTT AAGTNCCATAACNAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG CTAACGGTTCAAGCCNAGCACTCTATTCACACTGN CNCCGTAAGGTGCNAGGAANGAGGGGATGATGTN AAATCAGCACGGCCCTTATATNCGGGGCTACACAC TTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGNCTCAGT TCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTT GGATTCGCTAGTNATCGCACATNACCCATGGTGCN G NGAATAC 151 犬牙臭菌B174 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT CGGATTGGAGTCTGCAACTC 152 犬牙臭菌B183 l6SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATANGAAATAATTAAGTGA GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGGCCCNCACAAGCGGAGG AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT TACCCGGGTTTAAATGTATGTNGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTNGGAACTGCATACAAGGTGCTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCNTGCCGTGAGGTGNCGG GTTAAGTNCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG TTGCTAACGGTTCAAGCCNAGCACTCTATTCACACT

66 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 GTCNCCGTAAGGTGCNAGGAANGAGGGGATGATG TNAAATCAGCACGGCCCTTATATTCGGGGCTACAC ACNTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGNATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGNCTCA GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCNACTCCATGAAN GTTGGATTCCTAGTAATCGNACATNAACCATGGTG CGGTGAATAC 153 犬牙臭菌B264 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACCGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTAGGAGG TATCGACCCCTTCTGTGCCGTCGCAAACGCAATAN GTATTCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAA ACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAG TGGAGTATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGA ACCTTACCAGGGCTTGACATCCTCTGACCGGCTTA GAGATAAGCCTTCCCTTCGGGGCAGAGAGACAGGT GGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATG TTCGGTTAAGTCCGGCAACGAGCGCAACCCCTATG GTCTGTTACCAGCATTGAGTTGGGGACTNANACAA GACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGAC GACGTNAAATCATCATGCCCCTTATGTCCTGGGCT ACACACGTACTACAATGGCTACAACAGAGGGCAGC GACACCGCNAGGTGAAGCGAATCCCGAAATGTAAT CCCANTTCGGATTGCANGCTGCAACTNGNCTGCAT GAAGTCGGAATTGCTAGTAATGGCAGGTCANGCAT ACTGCCGTGAATAC 154 犬牙臭菌B265 16SrRNA 多核苷酸序列 NA ACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGATA AGACGGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG 67 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 GATTCGCTAGTAATCGCACATCAACCATGGTGCGG TGAATAC 155 犬牙臭菌B267 16S rRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACGGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAG TTGGATTCGCTAGTAATCGCACATCAACCATGGTG CGGTGAATA 156 犬牙臭菌B269 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACGGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAG TTGGATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTG CGGTGAATA 68 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 157 犬牙臭菌B363 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG GATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTGCGG TGAATAC 158 犬牙臭菌B365 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG GATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTGCGG TGAATAC 159 犬牙臭菌B366 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGAG CCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAA CATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTA 69 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 CCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAATA CGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGCAT GGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTT AAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAGTTG CTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACTGC CACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATGTC AAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACACAC GTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTTAC GTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCAGTT CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTTG GATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTGCGG TGAATAC 160 犬牙臭菌B368 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGAT AAGACGGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAG TTGGATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTG CGGTGAATAC 161 犬牙臭菌B456 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACCGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGA TAAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT

70 200538152

SEQ ID NO. 名稱目標 DNA序列 GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAG TTGGATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTG CGGTGAATAC 162 犬牙臭菌B457 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CACCGCCGTAAACGATGCTCACCGGCTCTATGCGA TAAGACAGTATGGGGCTAATAGAAATAATTAAGTGA GCCACCTGGGGAGTACGTCGGCAACGATGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG AACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCT TACCCGGGTTTAAATGTATGTTGCATTATGTAGAAA TACGTATTTTCTTCGGAACTGCATACAAGGTGCTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGG GTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCTTATGATTAG TTGCTAACGGTTCAAGCCGAGCACTCTATTCACACT GCCACCGTAAGGTGCGAGGAAGGAGGGGATGATG TCAAATCAGCACGGCCCTTATATCCGGGGCTACAC ACGTGTTACAATGGTCGGTACAGCGGGTTGCATTT ACGTGAGTAACAGCTAATCCCAAAAATCGGTCTCA GTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAG TTGGATTCGCTAGTAATCGCACATCAGCCATGGTG CGGTGAATA 163 犬牙臭菌B381 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CGCACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGAT ACACGGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATT CCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTC AAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGA ACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTT ACCCGGGCTTAAATTGCGCTGGCTTTTACCGGAAA CGGTATTTTCTTCGGACCAGCGTGAAGGTGCTGCA TGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCT TAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTT GCCATCAGGTTTTGCTGGGGACTCTAAAGAGACTG CCGTCGTAAGATGCGAGGAAGGTGGGGATGACGT CAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACA CGTGTTACAATGGGGAGCACAGCAGGTTGCTACAC GGCGACGTGATGCCAATCCGTAAAACTCCTCTCAG TTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGC 71 200538152

SEQ ID NO. 名稱目標 DNA序列 TGGATTCGCTAGTAATCGCGCAICAGGCACGGGGC GGTGAATA 164 犬牙臭菌B401 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CATGTAAACGANGAATACTNGCTGTTTGCGATACAC GGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCAC CTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAG GAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACAT GTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACC CGGGCTTAAATTGCGCTGGCTTTTACCGGAAACGG TATTTTCTTCGGACCAGCGTGAAGGTGCTGCATGG TTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAA GTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTGC CATCAGGTTTTGCTGGGGACTCTAAAGAGACTGCC GTCGTAAGATGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCA AATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACG TGTTACAATGGGGAGCACAGCAGGTTGCTACACGG CGACGTGATGCCAATCCGTAAAACTCCTCTCAGTT CGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTG GATTCGCTAGTAATCGCGCATNAGCCACGGCGCG GTGAATA 165 犬牙臭菌B417 16SrRNA 多核苷酸序列 NA ACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATACAC GGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCAC CTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAG GAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACAT GTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACC CGGGCTTAAATTGCGCTGGCTTTTACCGGAAACGG TATTTTCTTCGGACCAGCGTGAAGGTGCTGCATGG TTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAA GTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTGC CATCAGGTTTTGCTGGGGACTCTAAAGAGACTGCC GTCGTAAGATGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCA AATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACG TGTTACAATGGGGAGCACAGCAGGTTGCTACACGG CGACGTGATGCCAATCCGTAAAACTCCTCTCAGTT CGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTG GATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCG GTGAATA 72 200538152

SEQ ID NO. 名稱目標 DNA序列 166 犬牙臭菌B418 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CNCACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTT GCGATACACGGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAA GTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGA AACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCG GAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGG AACCTTACCCGGGCTTAAATTGCGCTGGCTTTTACC GGAAACGGTATTTTCTTCGGACCAGCGTGAAGGTG CTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGT CGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCT TTAGTTGCCATCAGGTTTTGCTGGGGACTCTAAAGA GACTGCCGTCGTAAGATGCGAGGAAGGTGGGGAT GACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCT ACACACGTGTTACAATGGGGAGCACAGCAGGTTGC TACACGGCGACGTGATGCCAATCCGTAAAACTCCT CTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGT GAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCAC GGCGCGGTGAATA 167 犬牙臭菌B421 16SrRNA 多核苷酸序列 NA CGCACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGAT ACACGGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATT CCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTC AAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGA ACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTT ACCCGGGCTTAAATTGCGCTGGCTTTTACCGGAAA CGGTATTTTCTTCGGACCAGCGTGAAGGTGCTGCA TGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCT TAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTT GCCATCAGGTTTTGCTGGGGACTCTAAAGAGACTG CCGTCGTAAGATGCGAGGAAGGTGGGGATGACGT CAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACA CGTGTTACAATGGGGAGCACAGCAGGTTGCTACAC GGCGACGTGATGCCAATCCGTAAAACTCCTCTCAG TTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGC TGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGC GGTGAATA 168 犬牙臭菌B422 16SrRNA 多核笞酸序列 NA ACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATACAC GGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCAC CTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAG GAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACAT 73 200538152

SEQID NO. 名稱目標 DNA序列 GTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACC CGGGCTTAAATTGCGCTGGCTTTTACCGGAAACGG TATTTTCTTCGGACCAGCGTGAAGGTGCTGCATGG TTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAA GTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTGC CATCAGGTTTTGCTGGGGACTCTAAAGAGACTGCC GTCGTAAGATGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCA AATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACG TGTTACAATGGGGAGCACAGCAGGTTGCTACACGG CGACGTGATGCCAATCCGTAAAACTCCTCTCAGTT CGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTG GATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGGGCG GTGAATAC 169 D0134 16S rRNA GAGTTTGATCCTGGCTCAGG 註：小寫核苷酸不存在於目標DNA序列。小寫核苷酸被添加至引子之5,區來輔助轉殖。NA，不適用下列伴侣動物牙周病單離株係於2001年8月9日寄存於 5 美國種型培養收集會(ATCC)，美國，維吉尼亞州，20110，馬納薩斯，大學大道10801號：喉紫質單胞菌Β43 (ΡΤΑ-3618)、犬牙槽紫質單胞菌Β46(ΡΤΑ-3619)、牙周紫質單胞菌Β52 (ΡΤΑ-3620)、喉紫質單胞菌Β69 (ΡΤΑ-3621)、牙周紫質單胞菌Β97(ΡΤΑ-3622)、犬齦紫質單胞菌Β98 1〇 (ΡΤΑ-3623)、唾液紫質單胞菌Β104(ΡΤΑ-3624)、犬牙臭菌 Β106 (ΡΤΑ-3625)及牙髓紫質單胞菌Β114 (ΡΤΑ-3626)。本發明之較佳具體例中，本發明之經單離之多核苔酸分子具有選自由SEQ ID NOS : 86至102、及111至119組成之群組之核苷酸序列。較佳本發明之多肽具有選自由SEQIDN〇S : 15 103至110及120至128組成之群組之胺基酸序列。 74 200538152 胞菌括誓酸序列之轉塞有數種已知方法或技術可用來轉殖本發明之紫質單胞菌核苷酸序列。例如序列可單離為限剪片段，且轉殖入轉殖載體或表現載體；序列可經PCR擴增，且轉殖入轉殖載 5 體及/或表現載體；或序列可經由兩種方法之組合而轉殖。業界已知但未特別說明之標準分子生物學技術通常係說明於：Sambrook等人，分子轉殖：實驗室手冊，冷泉港實驗室印刷所，紐約（1989年）；Ausubel等人，分子生物學現行協定，約翰威利父子公司，馬里蘭州，巴爾的摩（1989 10 年）；Perbal，分子轉殖之實用指南，約翰威利父子公司，紐約（1988年）；Watson等人，重組DNA，科學美國書報社，紐約；Birren等人(編輯），基因體分析：實驗室手冊系列，第1-4卷，冷泉港實驗室印刷所，紐約（1998年）；及美國專利第 4,666,828;4,683,202;4,801，531;5，192,659;及5,272,057 15號所述方法。聚合酶連鎖反應(PCR)通常係如PCR協定：方法與應用指南，學術出版社，加州，聖地牙哥（199〇年)所述。可用於轉殖與定序本發明之多核菩酸之方法範例提供於實施例。及經oprF-^|^多肽及|白質 20 树明涵盍原核及真核表現純之使用用途，原核及真核表現系統包括載體及宿主細胞其可用來表現截頭形式及全長（天然蛋白質）形式之藉本發明之核誓酸序列表現之重組多肽。本發明之較佳具體例中，本發明之經單離之多核苔酸 75 200538152

分子具有選自SEQ ID NOS : 95至l〇2、及ill至119之核苷酸之一或其退化變異株之核苷酸序列；以及編碼選自SEQ ID NOS : 103至110及120至128之胺基酸序列之對應多肽。多種宿主表現載體系統可用來表現本發明之多肽。此種宿主表現系統也表示感興趣之編碼序列可被轉殖且隨後被純化之媒介。本發明進一步提供宿主細胞，其當以適當載體或核㈣序列轉形或轉移感染時，可表現本發明之編碼夕肽基因產物。此種宿主細胞包括(但祕於)微生物例如 10 15 20 以重組嗟菌體DNA、質體眶或黏接質體腿表現載體其中含有編碼序列轉形之細_如大腸桿菌，枯草桿_. 仰祕ί))’以3有基因產物編碼序列之重組酵母表現載體轉形之酵母(例如釀母菌伽咖職㈣、比奇菌㈣㈣）；以3有柄序狀重_毒表現載體(例如桿病毒)感染之昆蟲細胞系；以麵病毒表現細(例如花«喊病毒、 CaMV，衫喊病毒，TMV)錢之植物細胞系，或以含 =碼t列之重組質體表現載體(例如Ώ質體)轉移感染之植物細H或具有重组表現構成體其中含之啟動基因(例如金屬硫因(⑽ 啟或衍生自魏類病毒(例如腺病毒牛癌病毒7观動_之編_細 BHK、293、3丁3)。較j土具體例中，表規糸炎 WW h ^ 錢。多種表現載體 K糸依據表現產物之期望使用用途而選定造大量此種多肽時，用於吝斗广W 田奴表用於產生疫苗組成物或用於提引出抗 76 200538152 體，例如希望有可直接表現高濃度融合蛋白質產物其方便純化之載體。較佳載體含有可直接誘生基因表現之啟動基因。適當載體包括（但非限制性）大腸桿菌ρΕΊΓ表現載體 (Studier及Moffatt，1986，J· Mol· Biol. 189 : 113 ; Rosenberg 5荨人，1987，基因56 · 125-135，諾瓦珍(Novagen)，威斯康辛州，馬里森），其中編碼序列可於架内稠合至編碼多個（例如6個）組胺酸殘基之序列；pBAD載體(Guzman等人，1995， J· Bact· 177 : 4121-4130)，由pBAD載體於阿拉伯糖可誘生之蛋白質之控制之下可表現非同系蛋白質；&pGEX載體 10 (法馬西亞(Pharmacia)生技公司，美國）用來表現非同系多肽呈與筵胱甘狀S-轉移酶(GST)之融合蛋白質。本發明之fimA 或oprF序列可轉殖入A表現載體，且於；r細菌品系表現。於較佳模式，細菌品系為大腸桿菌BL21 (Gibco-BRL， USA)。較佳有用之載體包括（但非限制性)pLEX表現載體 15 (LaVallie等人，1992，生物/技術 11 : 187-193 ; Mieschendahl 寺人’ 1986 ’生物/技術4 · 802-808 ;印維多（Invitrogen)及 PRIT2T表現載體(Nilsson等人，1985，EMBO 4: 1075 ; Zabeau 及Stanley，1982，EMBO 1 : 1217 ;法馬西亞生技公司）。其它載體及細菌品系可使用且為熟諳技藝人士所已知。 20 抗體之抗體可為單株抗體、多株抗體或重組抗體。方便地，抗體可對免疫原或其部分製備，例如對基於該序列之合成胜肽製備；或藉轉殖技術重組製備；或天然基因產物及/或其部分可經單離且用作為免疫原。免疫原可用來製造藉熟 77 200538152 諸技藝人士眾所周知之標準抗體製造技術之抗體，概略述於Harlow及Lane，抗生素：實驗室手冊，冷泉港實驗室，令泉港、、丑約，1988年，及Borrebaeck，抗生素工程處理_ 實用指南，W.H. Freeman and Co·，1992。抗體片段也可由 5抗體製備，抗體片段包括藉熟諳技藝人士已知方法製備之 Fab、F(ab’)AFv。抗體之製造中，預定抗體之篩選可藉業界已知之標準免疫方法達成。未特別描述之方法通常係遵循Stites等人(編輯）’基礎與床免疫學（第8版），Appiet〇n & Lange，康乃 10狄克州’諾華克（1994年）；以及Mishell及Shiigi(編輯），細胞免疫學之選用方法，W. H. Freeman and Co.，紐約（1980)。通常’以ELISA及西方墨點法為較佳免疫檢定分析類別。兩種檢定分析皆為熟諳技藝人士眾所周知。多株抗體及單株抗體皆可用於檢定分析。抗體可結合至固體撐體基材， 15或抗體可輛合可卸下之部分，或抗體可結合以及軛合二者，如熟諳技藝人士眾所周知（有關螢光部分或下述部分之幸厄合之概略討論可參考Johnstone & Thorpe，實用免疫化學，黑井科學出版公司，牛津，1982年）。抗體結合至固體撐體基材也為技藝界眾所周知（概略討論參考Harlow及 20 Lane抗生素：實驗室手冊，冷泉港實驗室出版社，紐約， 1988年，及Borrebaeck，抗生素工程處理-實用指南，W· H· Freeman and Co·，1992)。預期用於本發明之可拆卸部分包括（但非限制性）螢光標記、金屬標記、酶標記及放射性標記，例如生物素、金、鐵蛋白、鹼性磷酸酶、々半乳糖苷 78 200538152 酶、過氧化酶、尿素酶、螢光素、若丹明、氚、14c及碘化。若屬適當，如業界已知可使用諸如放射性免疫檢定分析(RIA)之其它免疫檢定分析。可使用之免疫檢定分析綜合討論於專利及科學參考文獻。例如參考美國專利案 5 3,791，932 ; 3,839，153 ; 3,850,752 ; 3,850,578 ; 3,853,987 ; 3,867,517 ; 3,879,262 ; 3,901，654 ; 3,935,074 ; 3,984,533 ; 3,996,345 ; 4,034,074 ; 4,098,876 ; 4,879,219 ; 5,011，771 ; 及5,281，521 ’及Sambrook等人’分子轉殖：實驗室手冊，冷泉港，紐約，1989年。 10

20 檢測、診斷及預防套件組本發明進一步提供紫質單胞菌物種之檢測用套件組。套件組包括分賴體衫存在有树明之”單胞菌有機體、多肽或紫質單胞菌核苷酸序列之試劑，其中存在有核苔酸序列，表示存在有錢體。此種方法有價值，原因^ 於可於症狀出現前做診斷，因此可於病人受到損宝之前防止疾病的發作。紫質單胞菌物種細菌、多耿或核㈣序列之存在可使用抗體、PCR、雜交及其它業界人士已知之檢測方法測定。 -具體财，套件組提供_抗”單胞菌抗體用之 =二干具體财’套件組包括—㈣刷指南或標藏指不豸套件組可用於檢測紫質單胞菌物種。至+ ^ 、一 =器包含一種蛋白質其具有包含SEQ ‘:=二〇至m之任肽之至少職連_基酸之胺基酸序列。-具體财，套件㈣-步包含人才几體。較佳具 79 200538152 胆例中，一次抗體係軛合至可檢測部分例應或化學發光反應之峰，諸如鹼性磷隹化比色反酶。又-具體例中，套件組包含進—3根過乳化發光駭分析之試劑。 β分析或化學 5 10 15 另：二，套件組提供檢測紫質單胞菌核酸用之试劑。一具體例中，套件組提供”單胞_酸之PCR檢測用試劑，於至少-個容器包含—第—經單離之臟分子’其包含至少約15、20、25或30核答酸片段，該片段於嚴格條件下可雜交至-職分子，該舰分子編碼一多狀包含啊①刪：⑽仙或⑶伯之任何多肽之至少卜 10、15、2G、25或3G連續胺基酸序列或完整胺基酸序列；以及第二經單離之DNA分子，其包含至少約15、如、25或 3〇核苔酸片段，該片段於嚴格條件下可雜交至一與— dna 分子互補之DNA分子，該前者01^八分子編碼一多肽包含 SEQIDNOS·· 103-110 或 120_128 之任何多肽之呈少 5、1〇、 15、20、25或30連續胺基酸序列或完整胺基酸序列，該第一 DNA分子及第二DNA分子特別可用於擴增編碼i6S rRNA之紫質單胞菌物種，該16S rRNA係藉選自SEQ ID NOS : 1-9之群組之DNA分子編碼。又一具體例，本發明提供一種套件組，其於至少一個容器包含一經單離之DNA分子，該DNA分子包含一至少約 15連續核苷酸之核苷酸序列，該序列係選自SEQIDNOS ·· 86至94、95至102、及111至119之任一者，其於高度嚴格條件下可雜交至SEQIDNOS : 86至94、95至102、及111至119 80 200538152 所^壬何核純序列之補體；以及於—第二容器包含第二經單離之NDA分子，該經單離之DNA分子包含—至少約15 連‘、核甘酸之核純序列’該序賴選自卿麗% 至94 95至1G2、及111至119之任__者之補體其於高度嚴袼條件下可雜交至SEq IDN〇s : 86至94、％至1〇2、及山至119所示任何核㈣序列，其中該套件組進—步包含一組指示’指示該套件組可料檢測紫質單胞菌物種。周配及措早方法本發明之疫苗可以有效量投予伴但動物，讓疫苗可治療性處理或提供抵抗力或肋伴彳5動物之牙周病。本發明之疫田可用於控制引發牙周病之細菌。本發明之疫苗特別可用於動物㈣領域來治療伴彳g動物，以及用於維持公共衛生，對抗此處所述已知會引發牙周病之細菌。本發明之疫苗具有價值可用於控制對人體或伴侶動物有害、或傳播或作為病媒之細菌，例如此處所述細菌。本發明之疫苗特別可用於控制存在於伴侣動物之細菌，為了達成該項目的，本發明之疫苗可使用任一種已知投予方法包括（但非限制性）經口、經腸道外、經鼻、經皮下或經局部投予。根據本發明之又一方面，提供一種組成物，包含本發明之疫苗混合可相容之輔劑、稀釋劑或載劑。較佳具體例中，本發明之疫苗調配物係由含有至少一種本發明之細菌及/或至少一亞單位蛋白質，較佳於生理PH緩衝，呈方便注射形式之水性懸浮液或水性溶液組成。另一較佳具體例 200538152 中，本發明之疫苗調配物係由至少三種紫質單胞菌物種例如喉紫質單胞菌B43、唾液紫質單胞菌B104、及犬牙臭菌 B106之去活化全細胞製劑組成。本發明又提供一種治療或預防細菌感染之方法，包含 5以有效量之本發明之疫苗或疫苗調配物處理。須了解述及處理包括預防及/或改善已經確立之細菌性感染症狀。本發明之疫苗及疫苗調配物可用於誘生反應，預防因牙周病引發菌所引發之牙周病之特徵性病理變化。於疫苗調配物中，免疫原量之細菌、經純化之蛋白質、核酸、或 10其組合希望混合適當習知疫苗輔劑及生理媒劑供哺乳類使用。一種用於預防伴侣動物牙周病之疫苗調配物可使用經單離且經純化之去活化細菌或減毒細菌、經純化之多肽(例如天然蛋白質、亞單位蛋白質或多肽）中之至少一種，以及 15 混合其中一或多種與可相容性輔劑、稀釋劑或載劑而製備。較佳多肽序列為選自包括FimA (SEQ ID NOS: 103至110) 及OprF (SEQ ID NOS : 120至128)之群組之亞單位蛋白質。可用於診斷用多肽或疫苗用製劑之FimA及OprF片段範例包括（但非限制性）ACNKDNEAEPVV 、 20 YPVLVNFESNNYTYTGDAVEK 、 TGPGTNNPENPITESA 、 NDNNNKDFVDRLGA" DLNGQINRLRREVEELSKRPVSCPECPDV 及ADPTGDTQYNERLSERRAKAV (SEQ ED NOS : 129-134)。亞單位蛋白質可單獨或稠合至另一多肽序列或蛋白質而以重組表現。其它多肽序列或蛋白質包括(但非限制性)p〇ly-His標 82 200538152 籤、MBP、含硫氧化還原素(thi〇red〇xin)或gst(舉例）。本發明也提供編碼前述亞單位蛋白f之多核㈣序列或基因。細囷之多核苷酸序列係選自fimA&〇prF或其片段或變異株，忒片段或變異株具有至少約9〇0/。、95%、或99%相同 5性，或選自於咼度嚴格條件下可雜交之互補多核苷酸序列、或二者之組合。較佳，本發明之多核苔酸序列可用於擴增本發明之fimA或oprFDNA分子，或可用於編碼胺基酸片#又，其可用來提引出抗FimA或〇prF之抗體。用於基於DNA之治療，可使用可輸送或移轉非同系核 10酸至宿主細胞之媒介。表現媒介可包括如技藝界已知，以細胞選擇性方式，控制核酸之鎖定目標、表現及轉錄之元素。表現媒介也包括控制非同系材料轉錄之啟動基因，且可為組成性啟動基因或可誘生性啟動基因來允許選擇性轉錄。選擇性含括促進基因，可能需要促進基因來獲得所需 15 轉錄程度。載體可藉技藝界已知之多種方法之任一種而導入細胞或組織。此等方法概略參考Sambrook等人，分子轉殖··實驗室手冊，冷泉港實驗室，紐約（1989年）；Ausubd等人，刀子生物學現行協定，約翰威利父子公司，馬里蘭州，巴 20爾的摩（1989年）；Chang等人，體基因治療，CRC出版社，密西根州，安亞伯（1995年）；Vega等人，基因鎖定目標， CRC出版社，密西根州，安亞伯（1995年）；R L R〇心^聰，載體··分子轉殖載體之研究及其使用，麻省，波士頓， Buttem〇rths，〇988年）以及包括穩定或一過性轉移感染、 83 200538152 月曰肪感染、電穿孔以及感染重組病毒載體。本發明進—步提供具有本發明之去活化細菌或減毒細菌、核苔酸序列或多肽序列組合一或多種其它免疫原性成分之組合疫苗。此種組合疫苗可於接受疫苗接種動物產生 5出乎意外之比各別成分分開投藥時之效果單純加總更高之效果。如此，組合疫苗可刺激動物體協同性製造抗體。較佳具體例中，本發明之組合疫苗係由至少三種紫質單胞菌物種例如喉紫質單胞iB43、唾液紫質單胞菌 B104、及犬牙臭菌謂6之去活化全細胞製劑組合一或多種 10其它細菌性或病毒性免疫原性成分組成。其它適合用於本發明之組合疫苗之免疫原性成分包括（但非限制性）犬痕熱病毒(CVD)、犬腺病毒_2 (CAV_2)、犬短小病毒(c間、犬田丨J 丨l行性感冒病毒(cpi)、及犬冠病毒(ccv)。本發明之疫苗可經由組合本發明之去活化病毒或減毒 15病毒、核苷酸序列或多肽序列中之至少一者，與藥學上可接受之載劑，且較佳為輔劑製備。本發明之疫苗之適當製劑包括注射劑、可為液體溶液劑或懸浮液劑。也可製備固體劑型，其適合於注射前於藥本上了接又之載劑溶解或懸浮成為液體。疫苗製劑可經乳 20化。活性免疫原性成分較佳混合藥學上可接受且與活性免疫原性成分相容之輔劑。適當輔劑包括(但非限制性”礦物凝膠如氯氧化結；表面活性物質如溶卵磷脂；糖苷類如皂素衍生物如奎爾（Quil)A或GPI-0100(美國專利第5,977,081 號），陽離子性界面活性劑如〇1)八、普隆尼克(plur〇nic)多元 84 200538152 醇類；多陰離子；非離子性嵌段聚合物例如普隆尼克 F-127(美國B.A.S.F.公司）；胜肽類；礦油類如蒙他奈 (Montanide)ISA-50(瑟皮克（Seppic)，法國，巴黎）、卡柏波 (carbopol)、安菲珍（Amphigen)(海多尼克（Hydronics)，美 5 國，内華達州，歐馬哈）、亞海多久(Alhydrogel)(速沛弗斯百瑟特（Superfos Biosectro)，Frederikssund，丹麥）油乳液’ 例如礦油乳液諸如貝歐兒F/亞拉瑟A(BayolF/Arlacel A)及水或植物油、水及乳化劑（如卵磷脂）之乳液；礬土、膽固醇、 rmLT、細胞激素及其組合。免疫原性成分也可摻混入微脂 10 粒，或軛合至多醣及/或其它聚合物供用於疫苗調配物。其它可使用可包括於本發明之產物之物質包括（但非限於）一或多種保藏劑如伸乙基二胺四乙酸(EDTA)之二鈉鹽或四鈉鹽、莫沙雷等(merthiolate)等。投予疫苗之個體較佳為伴侣動物，最佳為犬或貓。 15 較佳本發明之疫苗呈疫苗調配物時，係以單位劑型存在/用於本發明之目的，免疫原數量當投藥時包含1χ ιοΜχίο13去活化細菌細胞’G1微克·i毫克純化後之蛋白質或0.1微克-10毫克核酸。於含有多種成分之疫苗調配物通吊可採用與免疫原性數量等量或較小量。 2〇冑當治療有效劑量方便由熟諳技藝人士已知基於前述免疫原用量、欲治療之病症、及動物之生理特性決定。如 ^，疫苗製劑提料疫原用量之活性成分之無菌製劑劑量，此處活性成分為至少一種細菌、蛋白質、核酸、或盆任—種組合。於其它活性劑存在下，單位劑量方便由熟諳 85 200538152 技藝人士調整。首先用法用1涉及投予至少一劑期望之疫苗組成物，此處各刀里之抗原含量係如前文說明。有效量（最小量）之本發明之疫苗也可由衍生自實驗模型測試系統之劑量-反應 5曲線外推得知。本發明之疫苗之投藥模式可為任何適當輸运疫田至伟主之途徑。此等投藥途徑包括（但非限制性)經口、皮内、肌肉、腹内、皮下、鼻内途徑，以及經由劃開途雜彳如使时又針龍過皮膚頂層）。但疫苗較佳係藉皮下投予或肌肉注射投予。若有所需也可採用其它投予模 1。式，諸如皮内、靜脈、鼻内或扇桃腺内。、研九頌示對4述各種疫苗組成物而言，希望初次免疫接種幼年動物（8週齡之後），而於12週齡及16週種。推薦每年再度免疫接種。本發明之疫苗係根據優良醫學規範投予及使用劑量， I5考慮個別個體之臨床病情、投予位置及投予方法、投予時程、個體年齡、性觀體重、及其它執業醫師已知之因素。本备明進-步提供預防伴你動物牙周病之套件組。於、具體例中，該套件M提供—個容器包含治療有效量之組成物其可預防伴但動物之牙周病。也於相同容器或不同容 2〇器提供可用於該組成物之藥學上可接受之載劑。套件組可額外包括輔劑，輔劑可用來輔助形成本發明組成物之反 f。此外，套件組可包括配送器來配送組成物，較佳係口早位d型配达組成物。配送器例如包括金屬羯或塑膠箱例如泡胞罩板包裳。套件組可附有標鐵或印刷指示說明該組 200538152 =係技予伴但動物來冊牙周病。也可製備組成物，其 ◦έ本^明之疫苗組成物調配於藥學上可接受之載劑，置於適當容器内，及標示用以治療牙周病適應症。、、由本务明之疫苗及疫苗組成物所誘生之特定蛋白質機轉為於接受疫苗接種動物誘生抗體及/或細胞免疫反應，如後述活體内動物實驗指示。 0本發明之細菌、多核苔酸、多肽、疫苗及疫苗組成物可用於療或預防伴侣動物之牙周病、牛腳腐爛、冠心病 ίο (犬)或系統性感染⑻。此外，本發明組成物也可用於治療或預防伴信動物之某些對應於人類之類似疾病之疾病，諸如冠心病（或冠狀血管病或冠狀動脈病）、腮腺炎、口臭、牙齦炎、牙周病、中風、動脈粥狀硬化、高脂血症、早產生下出生時體重過輕嬰兒之發生率增高、細菌性陰道炎、及 15子宮内生長遲滯(IUGR)。於本發明之又一方面，提供於動物評比疫苗對抗一或多種牙周病原菌之功效之方法。本發明顯示抗一或多種牙周病原菌之疫苗可於小鼠或犬特別於犬等動物評比。根據本發明，抗多種病原菌之抗體可使用前文說明之 20方法評比，包括但非限於紫質單胞菌、擬桿菌、普雷沃氏菌、鞣皮菌⑽⑽⑽/⑷(福氏鞣皮菌（Γ己… /or辦心似以），前稱福氏擬桿菌⑺·如^、及密螺旋體(7>卬〇狀ma)，其係設計來治療或預防人類或伴侣動物因此等細菌所引發之牙周病。疫苗含有此等菌種之任 87 200538152 者之去活化細菌或減毒細菌、多肽、或多核誓酸。 $田+效果可藉將攻毒培養分開導人經過疫苗接種動物未工接種動物’比較兩種動物之臨床症狀來評比。攻毒 ^養可由與疫苗之相同牙周病原菌組成。但攻毒培養可含有”疫田不同細菌來評比疫苗對抗其它種細菌之交又效果。 ’、"曼據本t明，希望將攻毒培養導入動物牙根通道，由域去料根物質，接著填補來復原。攻毒培養典型含有 1〇約1，至約lxl〇n群落生成單位（cf切/攻毒劑量；較佳 1Xl〇7至約1X1011群落生成單位(CFU)/攻毒劑量；又更佳約 5 1〇至約5xl〇1G群落生成單位(CFU)/攻毒劑量。 ·』可砰比之疾病之臨床表徵包括一或多種病原菌於牙齦 ·、隙/瓜體牙菌斑、感染之齒槽骨、或牙齦槽之含量增高， 1或μ槽骨數量特別齒槽骨之根尖周圍區數量改變評比。骨 15熬變化例如可藉放射性攝影測定來評比。本發明進一步係以如下非限制性實施例及附圖說明。复施例1 物之裂隙洎體檢艚微生物檢體係由犬及貓於獸醫院做牙周治療時取得， 2〇或犬於輝瑞公司（Pfizer)特瑞豪特（Terre Haute)或輝瑞公司夾心設施接受正常檢查時取得。由牙周囊袋大於3毫米之犬及牙周囊袋大於2毫米之貓被含括於本研究。記錄牙齒指數 (牙齦指數及牙周指數)及牙周囊袋深度。個別粗吸收紙點 (亨利仙(Henry Schein);紐約，梅爾維)係以無菌方式插入 200538152 牙周囊袋内。取出時，紙點立刻插入含預先還原之厭氧無菌（PRAS)厭氧牙科轉運(ADT)培養基（厭氧系統公司；加州，摩根山）之小瓿内。小瓶移入貝克川（Bactron)IV厭氧艙内（雪東（Sheldon) 5製造公司，俄勒岡州，可尼利斯）及於90% N2，5% H2，5% C〇2處理。紙點以無菌方式置於50微升prami心浸液(BHI) 培養基(厭氧系統公司），翻轉30秒。於BHI培養基準備1 : 100及1 : 1000稀釋液。100微升之1 : 1〇〇及1 : 1000稀釋液展開於PRAS布瑟拉(Burcella)血瓊脂(BRU)平板（厭氧系統 10公司）。平板於37°C於厭氧艙内培養5日至7日。計算細菌菌落總數及黑色染色厭氧菌（BPAB)菌落數目。個別βραρ菌落移轉至新BRU板，再度如前文說明培養。岛床早離株之特徵化

各個6^床單離株使用引子D〇〇56及D0057(Seq_ ID No. 15 1及Seq· ID· No·2 ;表丨)接受多項生化分析及16S rRNA DNA 序列分析來測定細菌物種。個別單離株於BRU平板上畫線培養。康黴素（Kanamycin)、萬古黴素（Vanc〇mydn)及可力 >丁（Colistin)錠片（厭氧系統公司）置於瓊脂表面上來測定各單離株之KVC抗藥性。純化後之菌落也接受吲哚測試及過 2〇氧化氫酶測試(厭氧系統公司）。個別單離株移入卵黃瓊脂 (EYA)平板(厭氧系統公司），來測定脂肪酶及卵磷脂酶製造樣式。此等資料顯示於表2。 200538152 4 隹磁 m <

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種/¾依據〗6S rRNA序列涠 « 鉍 ψ 綑 « 典 Ψ 涠 W 扣 1 ^ i « f 蛛§ 桃g.: If η 1 Sw/ 5 Ps 2 ts ^ t s f s + :s. 0 1 1® 鉍 Μ 疼 UiU m 讲尊 Ψ 犬牙臭菌 {Odorib(icier denticanis) ¥ m 崔 6* ★ m 诬餐 m* 鉍 ψ 涠 # .鉍 • tM m w •Η·α m 硪 % M 钭 Μ m CL CL pu ά. ；z 芝 a,. a. CL, ；：〇. CJ > Z > > 2 >- > > > 之： % 迴 Z . Z '% > >- X Ζ：； > > ψ ψ 孓 %. :乙 iz ：z 乙. x. Ζ £L a. ；G- 0-i Μ U c< oi 尨. od cC CC V3 CO cC. at {Λ CO xn m Μ ⑺ ζ/5 〇<： C/2 00 CC 〇c a： £Λ cd 长 <η ；〇：：： Μ 塒 Όά aL cC C/} m οϋ {A c^. CO tr> CC cc 4 > > > > \ >- > >-: 2 . Ζ > > · ♦ ώ wi. wi 獲 w*；变i • <s Ψ m 8uli W\i m ；：班. W: .:考 rs Q Z Q Z Q Q 2：：D 2： ο ζ Ω Z i Q 之 Q ；z ‘D . Ζ Q a 2 a ζ § a Q‘ 2： § Q. 2 Q Z D 7： a z D Q 乙 Q 2 Q i Q Z m m m 呀寸计寸 ★ 寸令 I I CC I rr 1 s i i .j s 1 对 Σ a-· g 1 1 s I 1 s 2 5 2 s ς s S. 2 5 2 t D Q iz Q z Q z. a z Q Z Q Ω Z 受 Q Z: Q ；z a z Q ，:Z Q 之 S a a z Q Q 之 o X Q Z Q 石 a Q i Q Z Q Z Q a Q 2： | a a Q Q o D a a 〇 Q Q. b a Q Q Lu I i ί ί ω 1 :¾ H 1 i ω 1 X ca 1 1 H Q s r ί % fN Q 1 Η *^· I :教漏靈 1 » I 8 I 3 1 S 1 S 1 1 S § o § I 1 ro 1 93 200538152 _爾 16S_A 序^ 牙髓f質單胞菌唾液ff單胞菌短掩棵 6S(EwAacte/*/w/w 0rac%) 犬溝紫質萆胞菌犬溝紫質單胞菌牙M紫質箪胞菌瑕 # 评 $ Μ m φτ 養衣f質單胞菌牙髓紫f單胞菌犬牙4菌唾液紫質單胞菌犬牙臭菌 ••垂液紫質單跑菌 m * ®BC m w 嘈浪紫質單胞菌栅妹 Μ 咿：犬牙臭菌過氧化 m Μ cu i <ύ 0J ：〇. t a. 隹 CW Ο z cu CL CU > Z > > > > > > > :之 > z 脂肪晦 ζ > ::名之 > > ： :乙 X 2 :；Z ；2 > > 名 1 Ζ z :之 X :名 iz :萃. 名 :之. :名. Z CL έύ 可力汀 at tti os： cc τή α； ci PC 比.' OC j CO ά： C/3 m to：滅:¾ c4 Π oi CO ：oL c/y oi. m aC αί in 仏 c< οί 康擻素 U 〇C ai ϋί V) a： QC a： Qd α； αί οί os’: 鍵 > > Z 名 > Z > ：：Z.. > > > > > :.之 Z. > W € w f m wt Wf 淺褐 wi： ΦΙϊ M. m W： Ψ 球 Φ· 牙齦1 指教1 z Q Z. O 苳：. Q Q Q i a z d x Q i: i Ω Ζ Q z. :.Q :名 a z Q X WU %; a z a 2 Q Z a i Ο Q ；z Q :: a Q D Z Q a ζ Ω 2 ' Q z 〇 a 级靶寸臂对 rt1 寸 — ψ 寸牙齒1 取樣1 1 1 LMl S : i 1 i 5 αί i I RM1 i I PRM3 PRM3 PRM3 PRM3 Σ s s S s S s s s 2 s ί Q 〇 Q Z D z □ Q 名 Q .. 名 a z： · Q z g Q ；z § α : ζ Q Ο ' z a z a X .網 a τ. D. :z: Q 2： a 2： n 7i Q Z . Q 2 D ；z Q 2 .Q Q Q 箕 ο D Z ο z 1 ο z. 犬/貓 a D a 〇 a Q a Q 〇 Q. Q Q： Q o ο :D a TH2bA TH2bD TH2bE TH2bF TH2cB TH2cC TH2cD TH2cE TH2cF TH3aA TH3aC TH3aD % 目 TH3bA TH3bB :¾ m £ TH3bD B0114 __________J B0L17 BO 118 B0119 B0121 BO 122 B0123 B0124 BQI25 B0126 B0128 B0129 Β0131 BO 132 BO 133 1 一_1 BO 134 B015 94 200538152

種/屬依據16$i*RNA序列唾液紫質單胞菌犬牙臭菌 m 智 Ψ 短餘菌喉紫質單胞菌膽腸球菌 {Enter ococc Us gall in arum ) 犬溝紫質單胞菌犬牙臭菌犬牙溴菌犬牙臭菌饱1 &令 M S Ο 總g m « ψ 犬牙臭菌犬牙臭菌短優桿翁犬牙臭菌犬牙臭菌過氣化氩峰〇. CL f Ou t CU ； a- (X >- > 2： z Z. X z. > % >- 脂昉晦 > > > Z > >- > 之 Z > > 2： > > % 7L | 〇- :之 CU α. % 7L 2；〇4 Z %. a-. 之之 1可力汀 00 .仏 cxi Q Qd C/5 60 GO ζΠ XA m C/5 : c〇 to m C/3 C/D ni OC Q: Z： m ϋ〇 &L a： αί· u ai cc DC tc 00 pi DC：康祕 Q .2.: ⑺ at ώ: U cd 〇< c< Οί od oi 溶J&L 1 7： > > > 2 :乙 > > > > > > 2： > >- ♦ W W；吸 K* 银淺褐班 m Η ajr .笨 Mi 聲 ϋι,ΐί Ψίι fhl)#' ?Πς 牙齦指數 Q 忑 Q :·^ Ο 〇 2 a :之. § ο Q 2 Q Q z. a z a g g a : a x ο ；2 牙周指數 Q Z Q Q Q Z g i Q Q D Z a z： Q Q Q ：z 〇 a z o 7： Q 辑概寸寸寸 rt rr TT 卜牙齒取樣 PRM3 LM1 j LM1 L ,：：LM1 _ RMI RMI LM1 i -j LMl LMl LMl j LRM3 LRM3 PRM4 PRM4 性別 Σ 2 2 2 2 2 S 5 S 1 Q Q 2 Q Q Q 之 a 7： Q 7L 〇 z Q. Z D 乙 Q Q 7L a a z Q X Q Z Q 品種〇 a X 〇 2 Ω Z Q 〇 Q Q X a z Q a 7： a z Q Z a 〇 :g Q 2 犬/貓〇 a. Q :Ω a Q 〇 a Q Q Q Q a Ω a Q Q 來源 TH3bE TH^cC TH3cE | TH3cF 1 TH4aB TH4aC TH4aE TH4bA TH4bB TH4bC TH4hD TH4bE TH4bF TH5bB TH5bG TH6aD 丨 TH6aE B0136 BO 140 B0I42 BO 143 B0145 BO 146 B0I48 B0150 B0151 BO 152 BO 153 B0I54 B0】55 B0163 BO 164 B0171 BO 172 95 200538152 種/屬依據i6S rRNA序列犬牙臭裝犬牙臭菌牙雜紫質單跑菌 i m § ，>3 詩g m s D S & ο 齦溝祕菌 (Fusobacieri nm a toe is) 唾液紫質單胞笛洄鉍 ψ 瓶料辆. Μ 如嗦液紫質單胞菌喉紫質單胞繪 J .¾ ^ Μ :1 U 喉紫質單胞菌犬報紫質單胞菌犬溝紫質革胞菌喉紮質箪_ 犬溝紫質箪胞菌過氣化 1 m t \ό Μ >: CL· CL· U CL QU cu Q- .1 : tL, 卵磷脂梅 .;ζ z > Z 7： > > > Z 名：； Z : % 脂肪酶 z It > > > > >- Z > z > "Z > 呻哚 Cu 乙： X .:2 CW CL· G- % Z: 之 % :之：可力汀 ΪΛ m ai p< UL ..Di Ο： ϋΟ, ώ； ζΛ a； tc :名 •d 萬古 1鍛素 Dd' ；〇j Ρ< 00 Οί χ< .m tfi: V) C/3 C/3 oi :〇C· _康錄素 ;u oC ώ： oc Pi a： pc ta as： aC :鉍; Od at si 溶血 > > 'Ζ > > > > 'z > > >：： 2; > :名色素減 ..tali: ’ 零 m. Η Ψ M m 錢 m m 挑i # mtif flPl- a O Q Ζ ά Ί Q ：z a z. a a z a 乙 Q 之 Ο a 2 Q Z § a z O z a 2 Q Ο ζ a Q Z o z. Q ο ：Ζ D Q 2： a o Q § i d 之㈣ <> H 寸寸寸 τ〇 rt rr rt rn m rn 牙齒取樣 i RPM4 1 LMl 1 LMl i -j ! RM1 LPM3 LPM3 LPM3 LPM3 RPM3 RPM3 RPM3 PRM3 s S 5 s S 2 2 2 s S S S: 2 S * Ω . 1 Q 之 a 2 Q 7L a z ： a x Q ψ Q Z Q 2 Q 之 D Q ；z Q g Q 品種 Q. Z Q a ζ :: a 之 a X :a z o Ο ： D D 7： Q Q Z Q Q ' X. a 'Ά g 讎 Q: Q ； Q o a Q a Q P Q D :Q Q a. D Q 來源 TH6bA TH7aD THTbA THTbB THTbC THTbE TWbF TH8aD [舰 TH9aB TH9aD 1 TH9aF L_^: _ TH9bA TH9bB TH9bC TH9bD 1 mH BO 174 B0183 B0186 B0187 B0188 B0190 B0191 Β0195 B0198 B0199 B0201 B0203 B0204 B0205 B0206 B0207 96 200538152

種/屬依據16S rRNA序列犬齦紫質箪胞菌 | 生痰弩曲桿菌 | ..._____1 牙周紫貿單胞菌喉紫質單胞® 牙周紫質單胞菌棟鍵球菌屬 {Pepiostreptococcus sp.) D1 李雄狀桿餘 (Bacteraides levii) 李維擬禪菌欠口紫質單胞菌 m $ ^ b ^ 2 Ί® ·5 ^ Λ；銘$ ι』“ί ·Ό 唾液紫質單胞菌福氏擬桿菌唾液紫質單胞菌牙周紫質單胞i 過氧化 m CL· CU CU ..CL cu CL a, a, f II > > > X z, >- > > >- 脂_ :怎 Z :.：Z .: ：z > > Ζ· > >· :之 > >- 1 之. 2 X 又 z JZ： .之： CL·- cu CL 可力汀 Pi ΕΛ pi pc a： in .aC ；〇:： C〇 QC: κ：〇c ζ/1 ίί ,〇； άί oC ύ 〇0 ac a：. C/3 tn m ί± cC CO 康擻紊 XC OC U a： .尨：: 〇C cC QC 0^, a：; oc 溶血 2 X > X. > Z, ；z > >- Ζ > 粽褐不透明 W： w m 聲: Ψ : ·;^'Γ W m 嚤 φ 蛣孝 wi 〇 1 a z a α 之 i a z. a 乙 Q □ Q 2： Q 之 Q 2： Q Z.: 牙周指數 Q 7： a g Q ο Q 7i a Q Z § Q Q Q Z Q 2： Q ΓΠ 寸寸寸寸 rT CN <N 寸牙齒 RRM3 1 i i RMJ I i i LPM3 LPM3 LPM4 LPM4 RPM4 RPM4 2 2 2 tu - 仏 u.: m Uu iL· tw lU' Q Q Z Q Z § Ο Ζ Q Z a z. Q ： Z D :之 Q Z o z o z . ,Q a Q Ζ Q 之 Q Q : X α ζ Q Z a z Q Q 7： c z a z Q X Q a 犬/貓 a Q. 〇 Q Q Q a a a a Q 〇；D Q TH9bE THIOaA T_aB THlOaC THIGaD THIObC L_：_ THIIaA THIIaD I THIlbE L_ THIlbF TH12M THl2aB TH12aC TH12aE B0208 B0210 B0211 B0212 B02I3 B0218 B0222 B0225 B0232 B0233 s CQ B0235 B0236 B0238 97 200538152 食 i 雜. 嗜_桿菌嗜酸擬桿i 雎璉球菌屬Dl 牙魏紫質單胞菌唾液紫質單胞菌牙髓紫質單胞菌牙髓紫質單胞菌唾液紫質單胞菌犬牙臭菌犬牙臭菌棟鏈球菌屬D1 大牙臭菌犬牙臭菡喉紫質單胞菌鳴紫質單胞菌喉紫質單胞菌喵紫質單胞菌過氧化氪晦 ω 2 CL) Z： 4> A. Q. 工 :eu : Ο 1 差. CU CU； CL. ：<x. ：0. _意 Ζ, Z- >z：'： Z > >* ：之: : a > >- > 脂肪坶艺一；2. z. >* >- 孓' > :之 :：z Z i 1 CU Q- o. 2 2: 2 .之 Z V '^ CU :乙 z % :艺.: 可力汀 .od ίΛ ftl dL m CO m C/3 a X D 7^ OC. a：. 〇d :ai SS £Λ in m a； β m . 00 ζή a :：z LO f .Pi.： M , C/5 m 康薇素 ΧΛ 〇ά oo OC m 〇L OC aL ίΛ 〇c C/5 C^\ Ci： ai .；〇：溶血 ζ,： 2 2： > :z > Z % >- > > .?：： %: 一 > > > 也3 迎 % 命班 m « 搜 m wi ；Wi wi m m h Q Z a z Q 之 Q Q Q § § a z Q 之 Q Z Q 2 i a :z B Q Z Q a 2 Q 2 a x a z Q Z § § i a ：z Q 式 Q ；z Q Z Q a z a o Q τί- 对 ri ΛΤ) >n <N fM (N tN <N 勺· 寸寸牙齒 i取樣 i I I RPM4 RPM4 I I 1 ULCAN 謹 ULCAN ULCAN _ RIVU RMJ RM1 RM1 性別 u, u,: it. S S ：s s ：s s s S s 2 牟齡 Q: 2 B Q 2 Q Z o z D Z. a z. a ；z Q 名〇 Q a Q g Q 石 Q 名品種 D Q Z ! a Q Z Q Q 7 : a ;z 〇；£ Q Q a a a 2 Q . Z § Q Z D ；z 犬/貓 a Q： b Q d Ω a D Q C Q Q: D .〇 Q Q Q 來源 TH12bB THI2bD TH12bD 1 TH13aC !H13aF TO14aA TO14aB TH14aC TH14bA THI4bB TH14bC TH14bD THMbF TH15aA THISaB TH15aC THl5aD 珈w B024I B0242 B0243 B0248 B0251 B0258 B0259 B0260 B0264 B0265 B0266 B0267 B0269 B027Q B0271 B0272 BD273 98 200538152

種/屬依據16SrRNA序列喉紫質單胞菌牙髓紫質單胞菌犬溝t質單胞菌未經趙別之優桿鏟未經鑑別之優桿a 喉紫質單胞菌牙周紫質單胞菌牙周紫質單胞爵喉紫質單胞菌牙周紫質箪胞菌喉紫質單 1 未經侧之瘤胃菌；嗜酸擬样菡過氧化氫酶 CU CL Q-, ίΧ 差 1 £X α. 隹 CL α. a. o. tv 卵填脂晦 > ' X > 萆 z. > Ζ 2： >-； > 2:. Z 脂肪晦 > "X 2 7： Ζ Z Z z 之吲哚 X .名：z 么乙： Z Ζ D, 2： Z z flu 可力订 QC αί. cC χη ίΛ cd ai, pH cd oo m m ςΛ i/i V) C/3 C/5 in 〇〇 C/3 ζΛ to C/3 Ρύ 康黴素 DC c< QC \n ΕΛ <jy QC Cd, V3 %Α 溶血 > > Q Z a 名 Q Q :2- ο ：ζ a 7： g > :Ζ :: ♦ U溁祷 wn* $ m{ t&ll- w: * * 深褐 ¢4 wi 私 —异齦指數 a z Q Q Z Q z D Q Z α D Z Q 7- ΓΜ r〇 ΓΛ rn Q Z 〇 D Q 2： Q Q 2： g Q Z 〇 z <N rn ΓΛ rn <N 寸寸寸 fS tN 寸 v〇 ^Τί RMI s RMI RMI RMI _ RMI LPM4 LPM4 IJRCAN URCAN 1 URCAN URCAN i 一I 性別 S LL· u- u- u. u- Uu Ll« £i. iL·. iu s 年齡1 _ i D 之 Q 2： Q 2 Q 2 Q Z a Q Z a Z 〇 o ：〇 o o 品種| ‘ ___1 Q Z Q Z D 2 Q Z Q 乙 Ω x· a Q z. o z NSHA COLl COLI COLi CSOT 犬/貓 o Q Q Q Q a D a Q Q a Q Q 來振 TH15aE THI5bD TH16aB TH16aC THI6aD TH16abE TH16aF TH16bC TH16bD VHUP5F DAH6A DAH6B DAH6F VHUP6A 細i登錄號碼 B0274 B0279 B0283 B0284 B0285 B0286 B0287 B0290 B0291 B0323 B0336 B0337 B0341 B0342 99 200538152 翁晷依據16S rR^A序列 m Μ 密 1 Μ m 琳 :飄私 Bg；; 扣 m M ft 1 M .w η m f 镇 ΰ Ψ 堀鉍疼: U±ii :M 涵饱：破：如： m «： # m M » 1 嚴覺曲德莎球菌 {TeSsafacoccus betidigoniensis) § s 讲 m * 'ψ 堋 «fK :螭 1 cu CL·. α. 黨 £ a.'： :z & -i). Ζ 篆 X- Z： > ：ζ ::苳. >- ^ HL , ：z ； ;z > ^:· ζ 之：哲: ¢: > > :芄 p > Z：； z： m 名 > % ； T 'CL z Αή 7：. CU Qu tm ：〇, x a, :之乂 .¾ CU CX. fc 矣 ί^· u a m Cxi, Q. 7L 00 c/> ίΛ V3 m CO {/): 比. d Οί. 械:¾ :.〇〇 ;:； § 0 ：c^ § (Λ Pi 〇£. a: aC GO \A Q ；?: 试. Μ Μ % Q Z Di ΕΛ Q ...Ζ m Pi： oi tt :¾ Q Όί. 棘：: Z ,：z， % > > >- > > >. .% ：z Ζ. «3 ψ· m 确1 m 琳. 條 wi mi Mi H 啭家 Μ 讀 % 必 «劣 tN C4 CN CN rn cn rn: <"Π ΓΛ： fO a z (N m fN Γ0 mi ； rn — rsj m r^) rn cn ΓΛ rn CN § Η — — *ή Λ/> Ap 〇N NO ΛΟ rn ri rn m vp \D — 氧班 tk·蘇 1 S s § 1 I 1 i •j D 5 d 1 口.. I I Q Z 1 I D m s CL 弓 2 2 2 s s u- a- U- s: 2 s 2 U^; VO r< 二 ;〇S O' s o 〇二 - 卜 D；；z = rsj 離. :。°〇 .: 1 δ 冰 δ u OD u oc > S > :H 1 5 各 U § I 1 < S < S D Q: 2： X r s C/5 Q m :¾ a ο a Q a Q a a Q： D Q Q : a D Q ；Q CQ £ 〕 re > u E X > ω £ X > £: 〕： X > S X g . | ： X < a | X ao 工 <: Q 1 g Q 1 Q. .1 ίύ X < a DQ u y s Q C S U D < u： .p m s ㈣ m S 5 § rn S 00 1 s § 汔 ΓΛ S S ΓΛ § s 1 CD i8 S' δ 1 § i K g CQ Ϊ? 1 i jn S 00 i 100 200538152

種/厲依據】6SrRNA序列生痰彆曲桿菌牙周紫質單胞菌 I is Φ S 1 1 1 波恩沙門氏菌 {Salmonella bongori) 梭桿铪屬唾液紫質單胞菌喉紫質單胞菌犬牙臭菌喉紫質輩胞齡 m n :詩 m 鉍 Ψ 葛氏菌屬 (Globicatella sp.) 唾液紫質單胞菌唾滅絷質單胞錶海洋雪關聯菌犬牙臭諸犬牙矣菌 |過氣化 1鱗 (X 〇4· CL,: cu Cl Cu a-： 0u II Z 2： >- X Z z >： > 又. Z.: 腊肪酶 Z Z Z 7：名 Z z > > 7： X. 1 Cu 〇.· · Cu α, cu- Z ' .2： ο. Cl, z a. 〇4· CL· Cu CL· 可力汀 (Λ Q Z Ο Ζ c< oi '0£ :〇 ' z ai a： {Λ 00. ec a： oi 4〇如 n m u Q § g cn tn a: a ：z in C/3 C/3 C/3 C/3 U，康锨素j a 00 Q Q Q Z. u. pi·. Dd, Q 〇o XA GO in D Pi ai z > > Z 7： > > 名 % 2 > 笨雉： η m W m 班 m. •c 班班： M ' M 规 Μ m h 褐伽 m 議Μ (N 04 <N ΓΜ CN (N - — — - - r—· — 一 - 一 — 一一 r^j tN 囊袋深度一 V) ^Τ) 2 κη C5 Γ>ί <N ULPM3 ULPM3 ULPM3 ULPM3 ULPM3 ULPM3 ULPM3 謹圍 1 ULPM3 ULPM3 ULPM3 ULPM3 ULPM3 ULPM3 ±i U. tu >- Lu Us Ph： U- u. IX Pu tu u. IX t CS CS ΓΝ (Ν cs tN P4 ΓΜ <N ΓΜ yr\ g Q 激 DSHA DSI-IA DSHA DSHA DSHA DSHA DSHA DSHA DSHA DSHA DSHA DSHA DSHA DSHA DSHA DSHA ;犬/貓 U 〇 u U o U U U U U. U 1 u P U 〇 1 UF1E UF2C UF2D UF2E UF2F UBB UF3F UF4C UF4D UF4E UF7A UF7B UF7D UF7F UF9A UF9B 細菌登錄妮鵪 B0385 B0389 B0390 Β0391 B0392 B0394 B039S B040I B0402 B0403 B0411 B04I2 B04I4 B0416 B04I7 B04I8 101 200538152 蚨; < | m Μ t® •®k A< m ψ 涠：蚌. Ψ m. i^：餐 ψ· D i Q fN | 3 ^ x 1 # m 瓶 m .# _普雷沃氏菌 (Prevotella oulora) f 1 .，··》* %m ^ 祐.= 發1: j: 'W- 陳氏鍵球菌 (Strepiococcus suls) 二氧化碳噬纖維菌屬 (Capnocytophage sp.) # 4〇3 ，08 · U 麗 .软 ggj 扣：邇 Is eu CL· ：.0- a) Z a> Z Q 0> 2 CL fiu 0-, D., ；ζ : iz '2 :.:'；z z :Q 之： C3 :之 z Z * 璉 m 7： ' > ::z > ά ;z Q. 'Z i Z 2 ψ ψ Ph G- 名 Q- CU . :Q. :2 a. "ά. :CL ；0-. te t^... u 饺 P< D pc C/5 Q Z Q ίΛ a m 々.·. 书一 η Μ X3i Qi m ..〇 a： m D 名 Q 00 I in οό ΪΛ V} 淞 Μ 織 Qi CC CO I M \ m D D X in i Μ 公 d .αί . ；Z z .乙 > G ;2 a ζ. ：Z "Χ: 城後 Wv： i M：被 * Q ；z r 艘 W： w： m 逋編 fN fN (N (N <N 04 TS (N ra rS Η <N r4 CM 昵碱 <^j <N rs <N <N f<i (N (S rs (Ν (S <M 雜 <N fN ：<N <N rj a z :Q Z Q 2. a z Ρ d ;D g r〇 1 D i ^ ： D 漏 1 .D 1 s d d Σ d I -j 1 5 3 2 5 I a： -J 1 >-J u. u. u. u. u. u« u- Iju PL, LU S s s 1 a a X Q Z Q Z Q : rf rr TT <Ν <N <N <N 雜 Q x . s < i Q < Q 戔 CO Q、 9 c/> s 00 s 空 00 s N I C/) ώ . ：§ CQ S S S V2 Q < Q s 猓 ί: u u U 〇 U U u 〇 U u υ ϋ y u 嚤 4： ω ε u. S： < s. D f.1.1 2:. D Q. U D a u D a u P ω s u. s U： K o B 1 :α CQ ： E u r a s u p 洳穿涧铉 lit 1 I S s CQ' fS i 00 I K I 茺 i 1 o. i φ ΓΝ 墓 Ό I 卜證〇〇 1 CQ ON 1 102 200538152

種/屬依據l6SrRNA序列牙周紫質單胞菌涠 m 牙周紫貧單胞菌犬牙臭篇犬牙臭菌嗜酸擬桿® 觫鍵球菌屬嗜酸擬桿菌嗜酸擬桿諂嗜駿擬桿菌唾液紫質單胞菌唾液紫質單胞菌過氧化 m ： CU a. α. .2：：α, ^6： DU ψ进之 ^ : > 1 a z Q Z Q Z Q :之脂肪姆 Z X Z Ζ % Z Z 1 a z g §· Q τ Z CU Z : ζ CU Cl. Pn CU : O- a.: -CU" 可为汀 ,οί Pi .〇< m ζΠ OC C/3 C/D ai (¾ 4〇 ♦ ηΜ m m oq οά 〇> C/5 Q Z a： ai &: 康齡〇L α：试： (/} a： e： oS ac ：溶血 X ；Ζ ' z. % > > S S ffatiC ¢4 W：. m 嗦疝 m : W I牙齦指數 ΓΝ <N «Ν Q Q Z Q z a (N rsi <N ΓΜ (N 牙周指數 CNi rsj cs Q Q Z. § 一 (N fS CN <N 囊袋深度 Q Z Q Q :Q Ζ Q :Q Q ΓΛ m ΓΟ m cn η LRM1 LRM1 LRM1 URGAN II URCAN LLP4 URP4 URP4 URP4 URP4 URP4 性別 2 .u- tu 2 s s s 1 <N CN <N 00 oe 00 vC o o o o： o 1品種 DSHA _ DSHA POOD POOD POOD DLHA 讓 1 i I WHWT 犬/猫 U U u：：Q a Ω D a G Q a Q. 來祙 UCD6E 1____ UCD6G UCD6H Γ UCD7B i UCD7C UGD7D UCD8G UCDIOA UCD10B UGD10D UCDIOE UCD10F B0450 B0425 B0453 Β0456 B0457 B0458 B0463 B0473 B0474 BQ476 B0477 B0478 -^#iK:#^,di^*^“^-;>-“«it^vsiw-E4*cm:^?F^*VM:ll,u:^*Q:^^ 103 200538152 單離株係基於其16S rRNADNA序列決定種型。個別良好單離之菌落使用引子D0056及D0057 (Seq· IDNo.l及Seq· ID. Νο·2 ;表1)作為16S rRNA區之聚合酶連鎖反應(PCR)擴增之樣板，重複3次。PCR係於50微升反應量進行，其中含 5 有1XPCR緩衝液（生命技術公司；馬里蘭州，洛克維），1.〇 111]\4 1\^0：12’1.25//]^各種引子，300//]^各別去氧基-；^丁？，及2.5U鉑PfxDNA聚合酶（生命技術公司）。採用下列PCR週期條件··於94°C之2分鐘變性步驟；於94°C變性40秒，於60 °(：環化配對40秒，及於72°C伸長1分鐘共計30週期；於72t： 10 2分鐘之最終伸長步驟；及冷卻至4°C之最終冷卻步驟。基因擴增（GeneAmp)9700溫度循環器（柏金艾瑪(perkin Elmer) 應用生物系統公司；加州，福斯特城)用於全部PCR擴增反應。所得PCR產物使用PCR製備套件組（波美加公司；威斯康辛州，馬里森)純化且藉單離匯集。然後純化後之PCR產 15物使用〇·025微米硝基纖維素過濾膜（米里波(Millipore)公司；麻省，貝德福）對25毫升無菌水藉液滴分析脫鹽。純化後之脫鹽PCR產物使用染色去氧結束反應，於aBI自動化 DNA定序儀(德州基因核心設施大學，德州，休斯頓及雲雀技術公司，德州，休斯頓)接受DNA序列分析。合成寡核苔 20 酸引子 D0056、D0057、PFZ175-AP1、PFZ175-AP2、及 PFZ175-AP3 (Seq. ID. No· 1-5 ;表1)用來獲得雙股麗八序列。所得DNA序列使用得自美國國家生技資訊中心公開之 BLAST-N程式搜尋公開DNA資料庫。細菌單離株係基於資料庫搜尋識別出最接近的匹配來 104 200538152 决疋種型。B106單離株並無精確匹配，表示其可能代表新穎細菌物種（參見後文）。全部單離株之完整表列及其個別特性參考表2。最常分離之品系為下列單雜株：喉紫質單胞菌 B43(犬檢體4)、犬牙槽紫質單胞菌B46(犬檢體VHUP 1B)、 5牙周紫質單胞菌B52(貓檢體VHUP 2A)、喉紫質單胞菌 B69(貓檢體VHUP 3A)、牙周紫質單胞菌B97(犬檢體TH IbC)、犬齦紫質單胞菌B98(犬檢體TH laC)、唾液紫質單胞菌B104(犬檢體TH lbC)、犬牙臭菌B106(犬檢體TH IbE)及牙髓紫質單胞菌B114(犬檢體TH2bA)。 0 單離株之分佈情況顯示於表3。表3·經過識別帶有指示之細菌物種之犬及貓數目摘要。

單離株 #犬單離株 #犬 %陽彳生犬 #貓箪離株 #貓 %陽性喉紫質單胞菌 27 16 31 8 6 38 唾液紫質單胞菌 (馬卡給(macacae)) 27 17 33 3 2 13 犬牙臭菌 26 12 23 6 3 19 犬溝紫質單胞菌 12 8 15 0 0 0 牙髓紫質單胞菌 11 8 15 0 0 0 牙周紫質單胞菌 10 8 15 15 4 25 嗜酸擬桿菌 10 5 10 0 0 0 福氏擬桿菌 4 3 6 1 1 6 犬齦紫質單胞菌 3 2 4 0 0 0 李維擬桿菌 3 2 4 0 0 0 短優桿菌ATCC33089 3 3 6 0 0 0 鰊鏈球菌屬D1 3 4 8 1 1 6 未經識別之優桿菌 3 2 4 0 0 0 犬口紫質單胞菌 2 2 4 0 0 0 生痰彎曲桿菌 2 2 4 1 1 6 牙齦紫質單胞菌 1 1 2 0 0 0 脆弱擬桿菌 1 1 2 0 0 0 未經識別之細菌SHA-54 1 1 2 0 0 0 105 200538152

1 1 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 3 19 0 0 0 1 1 6 1 1 6 1 1 6 1 1 6 1 1 6 1 1 6 0 0 0

犬巴斯德菌牛鏈球菌JB1 膽腸球菌齦溝梭桿菌產氧克雷白氏菌未經識別之瘤胃菌未經識別之細菌AF132259 齦炎普雷沃氏菌彎曲德莎球菌瓦氏葡萄球菌波恩沙門氏菌梭桿菌屬葛氏菌屬海洋雪關聯細菌韋榮菌屬口腔菌株X042 齦溝乳桿菌隋氏鍵球菌前文列舉之單離株表示最常被識別最常存在於高百分比犬及雜之菌屬。以下伴侣動物牙周單離株係於2〇〇1年8月9曰寄存於美 5國種型培養收集會(ATCC)，美國，維吉尼亞州，2〇11〇，馬納薩斯，大學大道10801號：喉紫質單胞菌B43 (PTA-3618” 犬牙槽紫質單胞菌B46 (PTA-3619)、牙周紫質單胞菌B52 (PTA-3620)、喉紫質單胞菌B69(PTA-3621)、牙周紫質單胞菌B97(PTA-3622)、犬齦紫質單胞菌B98 (PTA-3623)、唾液 10 紫質單胞菌 B104(PTA-3624)、犬牙臭菌 B106 (PTA-3625)及牙髓紫質單胞菌B114(PTA-3626)。新穎屬/種（犬牙臭菌之識別） 106 200538152 本研究過程中，發明人識別出多種臨床單離株，其16S rRNA序列於資料庫中並無高度匹配之類似性，指示細菌表示新穎單離株。其中一組單離株顯然表示新穎物種。基於此處資料，發明人提示新穎物種可屬於定名為臭菌gen n〇v· 5之新穎物種。犬牙臭菌之品系品系B1〇6t(=ATCC PTA-3625t ; =CNCM 1-3225丁）。犬牙臭菌B106、S單離自未知年齡患有牙周病之成年混種雄犬。紙點檢體係得自顎第一臼齒，該臼齒由牙周囊袋深4毫米，及牙齦指數1。檢體係如前文說明處理。純化後之細胞使用RapID ANA II臨床試驗套件組（利梅(Remel) 公司，堪薩斯州，雷尼沙)及維特克(Vitek)厭氧菌識別(ANI) 卡系（拜歐米洛(BioMerieux)公司；北卡羅來納州，杜罕）接叉生化分析。簡言之，於布瑟拉血璦脂平板上生長至融合之細菌細胞再度懸浮於麥法蘭（McFarland)3號當量。懸浮液 15添加至RaPID ANA 11試驗孔或維特克ANI卡，於37°C培育4 小時。培育期後，記錄生化試驗結果。表4顯示犬牙臭菌Β106τ&6種相關細菌之RapID ANA II試驗結果。藉RapIDANAII套件組進行之18次試驗中，只有兩次（LGY及IND)對犬牙臭菌B106t呈陽性反應。比較 2〇上，牙齦紫質單胞菌ATCC 33277、中間普雷沃氏菌ATCC 256U、福氏鞣皮菌ATCC 43037、提塔擬桿菌认咖.〇__謂）ATCC 29148、脆弱擬桿菌ATCC乃挪及史班擬桿囷ATCC 29572分別獲得5、4、、12、9及8次陽性試驗。 107 25 200538152 c#MOJ)>^II VHV aids wf^s^^i90lPQs桃扣 ¥>^ itti-Ad >GS s< IVd SCI AlQAol ，od OVM os« J^ad pd 3ad £20 srm 3yp

0M a-cl N d Μ N Mcu> d d d N N z N N M H N K d d 名 M d d d d d dcud N d2:.sK'ruaLV 瑪蠢 M^. d N H d Μ N M.0-d d d-CLA d d K 之 M m6Gulvw&^^ ZM dCLd N2:-d <J d d K d dCLM M K 卜 setoux<;s§¥sr^if d M K dzK. M d d M 之 N H d N Μ Μ N T19.S-UUHV 涠^务 d Μ M d κ^κ d <ίcuΜ Νζ:Ν Ν Κ Μ Ν αρχαυχν 洄«ΐ 辆.^瀋扣 <1ζΚ Μ Ν'ζζ:d Μ ΝΖ'Ζ:.2:'·Ζ2:Μ Ν Μ -ss m^$ §* ^ o^ - . i - ^ I - - έ - ^ ^0,¾.so.5^^ 1.1 * us^ r^0^4d,i^f^ , ^αΰ , 30¾ - s^^,s^sf^ .PJOG - .^44¾^ . o^zo - ^ - ijm - - SD - 108 200538152 犬牙臭菌Β106τ、牙齦紫質單胞菌ATCC 53977及核梭桿菌 (Fusobacterium nucleatiim)亞種核ATCC 23736之生化反應係使用維特克ANI卡（表5)測定。犬牙臭菌Β106τ只獲得2次陽性反庞

(INDOL及TTZ)，牙齦紫質單胞菌ATCC 53977獲得5次陽性試给 5 (INDOL、P04、NAG、BANA及TTZ)。RapID-ANAII與維特克 ANI卡間共通的12種試驗全部皆獲得類似的結果。使用維特克供給之資料庫，犬牙臭菌Β106τ單離株被錯誤識別為核梭桿 ’信度為63 %(資料未顯示）。錯誤識別的原因可能是維特克資料庫中缺乏動物PAB單離株。 10 表5·犬牙臭菌Bl〇6T及相關品系之維特克ANI生化試驗。

生化試驗革蘭氏 INDOL P04 PHC ONPG AGAL BGLU AGLU BGUR BLAC ΑΜΑΝ AFUC BFUC BXLY AARA NAG BANA LEU PRO ALA LYS GGT 犬牙臭菌B106T +卞牙齦紫質單胞菌 ATCC 53977 + + 核梭桿 ATCC 23726_ + 109 200538152 ττζ + + + ADH - - . URE . - 讎 GLU . - - TRE - - - ARA - - - RAF - - 讎 XYL__一__._ *各試驗之反應成分：IND，色胺酸；P04，對-硝基苯基磷酸鹽；PHC，對-硝基苯基磷酸膽鹼；ONPG，鄰-硝基苯基-/S，D-半乳糖咄喃糖苷；AGAL，對-硝基苯基-a,D-半乳糖咄喃糖苷；BGLU，對·硝基苯基-/3，D-葡萄糖吡喃糖苷； AGLU，對-硝基苯基-a，D·葡萄糖吼喃糖誓；BGUR，對-琐基苯基-AD-葡萄糖 5 苷；BLAC，對-硝基苯基-/3，D-半乳糖苷；ΑΜΑΝ，對-硝基苯基-a，D-甘露糖吼喃糖苷；AFUC，對-硝基苯基-a，L-岩藻糖咄喃糖苷；BFUC，對-硝基苯基-yS，D-岩藻糖咄喃糖苷；BXYL，對-硝基苯基·石，D-木糖咄喃糖苷；AARA，對-硝基苯基-a，L-阿拉伯糖呋喃糖苷；NAG，對-硝基苯基-N-乙醯基葡萄糖醯胺； BANA ’ N-嶋基-DL-精胺酸對-硝基醯替苯胺；LEU ’ L-白胺酸對-确基醯替苯胺； 10 PR〇，L-脯胺酸對-硝基醯替苯胺；ALA，L-丙胺酸對-墙基醯替苯胺；LYS，L- 離胺酸對-硝基醯替苯胺；GGT，7-麩胺醯基對_硝基醯替苯胺；TTZ，三苯基四唑鑰；ADH，精胺酸；URE，尿素；GLU，葡萄糖；TRE，海藻糖；ARA，阿拉伯糖；RAF，棉子糖；XLY，木糖。卞縮寫：+，陽性；-，陰性。 15 得自犬牙臭菌B106Til6S rRNA基因係使用引子D134 (SEQ ID NO· 169)及D57 (SEQ ID N0.2)進行pCR擴增，重複 3次。PCR產物經過匯集、純化、脫鹽接受直接DNA序列分析。BLAST-N (Altschul等人，1990)使用犬牙臭菌 Bi〇6t i6S 20 rRNA基因序列，搜尋國家生技資訊中心之非冗餘核甘酸資料庫，指示犬牙臭菌61067單離株係與擬桿菌屬的成員有關。犬牙臭菌B106T16S rRNA基因序列與擬桿菌屬口腔菌株FX069(存取號AY 134906)之16S rRNA基因序列顯示 96.3%之相同性超過1，465 bp。擬桿菌屬口腔菌株FX〇6_ 25於研究中由患有壞死性潰瘍性牙周病（NUP)之人類病人單離，來定義於HIV陽性病人與NUP關聯之細菌物種[paster， B.J.’等人，「擬桿菌、普雷沃氏菌及紫質單胞菌屬及相關 110 200538152 細菌之品系發展史」，J Bacteriol. (1994)，176 ·· 725-732]。基於16S rRNA基因序列之品系發展史分析係使用 CLUSTAL X版本 1.81 軟體進行（Thompson，J.D.，等人，「CLUSTAL W :經由序列加權、正子特異性間隙處罰及權 5 值矩陣選擇改良進行性多重序列校準之敏感度」，核酸研究 (1994) 22 : 4673-4680)。品系發展樹係使用鄰近接合法產生 (Saitou，N. & Nei，M·「鄰近接合法：重組品系發展史之新穎方法。」Mol. Biol· Evol· (1987) 4 ·· 406-425)。啟動 (Bootstrap)值係使用1000次重複進行獲得。第1圖顯示犬牙 10 臭菌61067單離株之品系發展分析。主要物種（紫質單胞菌、擬桿菌、普雷沃氏菌、鞣皮菌等）之位置吻合先前公開之噬纖維菌-黃菌-擬桿菌（CFB)群[Paster等人，1994 ; Sakamoto，M·，等人，「福氏擬桿菌重新歸類（Tanner等人 1986)為福氏鞣皮菌 corrig，gen. nov·，comb· nov.」Int. J Syst. 15 Evol. Microbiol. (2002) 52 ： 841-849 ； Shah, H.N. & Collins, D.「非醣解擬桿菌⑽）、牙齦擬桿菌（如你ro/da gMgzVa/以）、及牙髓擬桿菌（仏攸 ⑼也办/7如/以）重新分類為新物種紫質單胞菌之提議。」 J Syst. Bacteriol· (1998) 38:128-131]。 2〇犬牙臭菌61067被分組為擬桿菌之外組，其包括史班擬桿菌[Werner，H·，等人，「新丁酸產生性擬桿菌屬：史班擬桿菌 n. sp·」Zentralbl. Bakteriol. (1975) 231 : 133-144]、若干口腔單離株及多種未經培養之品系。於犬牙臭菌b1〇6t 與史班擬桿菌之分支點之71.0%啟動信度值指示有中高程 111 200538152 度確定兩種有機體相關。但過去曾經討論有關史班擬桿菌於擬桿菌屬的定位(Paster等人，1994 ; Shah等人，1998)。 Paster等人提示史班擬桿菌表示新菌屬。shah等人指示史班擬杯la與紫質單胞菌屬的成員共享多種化學分類性質。發 5明人之資料吻合其假設，原因在於史班擬桿菌/犬牙臭菌 B106τ群分支較為接近紫質單胞菌屬而非擬桿菌屬（第丨圖）。得自25株額外犬牙臭菌犬臨床單離株之16S rRNA基因之約580-bp區（表1)使用前述D56及D57引子PCR擴增。PCR 產物經過純化及脫鹽。PCR產物之DNA序列經測定。得自 10犬牙臭菌單離株之部分16S rRNA序列（SEQ ID NO. 138-162)全部群集成為相同且高度保守序列群組，各組間之最大分歧於分析該區有97%相同性。第2圖顯示犬牙臭菌單離株部分16S rRNA基因序列之品系發展分析結果；相關序列各群組之代表性單離株選用於分析。基於觀察結果獲得 15 結論全部單離株皆為相同物種之不同品系。犬牙臭痛之床早離株也得自f苗（表1)。前述16S rRNA 基因同樣約580-bp區使用D56及D57引子藉PCR而由此等單離株擴增。得自純化後PCR產物之DNA序列（SEQ ID NO. 163-168)係與得自犬單離株序列校準。校準結果指示貓犬牙 2〇臭菌單離株為犬之相同物種之不同品系。

為了進一步分析犬牙臭Β106τ與紫質單胞菌物種間之關係，發明人使用變性PCR引子D122 (SEQ ID NO. 84)及 D123 (SEQ ID NO· 85)(印維多公司）進行fimA基因之PCR擴增（重複3次）。PCR產物經過純化、脫鹽、匯集、及接受DNA 112 200538152 序列分析。使用FimA胺基酸序列進行BLAST_p搜尋 (Ahschul等人，1990)國家生技資訊中心之非冗餘多肽資料庫，指示犬牙臭Bl〇6T FimA蛋白質係與得自紫質單胞菌物種成員之FimA蛋白質相關。第3圖顯示各種FimA蛋白質序 5列之品系發展史關係。犬牙臭61〇61蛋白質與紫質單胞菌屬 : 之數種第1型細毛素(fimbrillin)蛋白質間存在有極為強力關 .. 係(啟動值100%)。 X牙臭B1G6T及喉紫f單胞接受掃描電子顯微鏡 * 檢，來測定細胞形態。簡言之，於改性PYG培養基之36小 10時液體培養於1800X g離心。培養基以3% EM級戊二醛（聚合科學公司（Polyscienceslnc·)，賓州，華靈頓)於〇im雄酸

- 免緩衝液(阳7.3)替代，於代培養i小時。然後細胞於〇 1M 石舞酸鹽緩衝液(PH 7.3)洗2次，於室溫懸浮於經緩衝之1%四氧化锇(聚合科學公司.，賓州，華靈頓}1小時。樣本於分級 :15 6醇系舰水’浸没六甲基二秒錢⑽鐘進行脫水，接著風乾1小時。樣本安裝於銘知上，於波列龍(Polaron)SEM 自動塗覆單元(波列龍儀器公司，賓州，哈特菲爾）塗覆以細埃之金II。各樣本制⑸，购轉描電子賴鏡⑽公司’日本’東厅、）檢查。以奈倫(N〇ran) 4485數位光束控制 20界面（奈倫儀器公司，美國）拍攝影像。第㈣顯示喉紫質單胞菌B43及犬牙臭gBl〇6T之掃描電子顯微相片。喉紫質單胞菌B。43(第从圖）之短桿形形態（平均長⑵微米）屬於典型紫質早胞菌的成員。相反地，犬牙臭菌bi〇6t為有細長末端之才夂形’平均細胞長5·9微米（第犯圖）。犬牙臭菌㈣^之形 113 200538152 態於此等生長條件下係、類似福氏鞣皮菌之形態(Tanner等人’ 1986)“侯紫質單胞菌與犬牙臭菌間之形態差異，進一步證實犬牙臭菌係非屬紫質單胞菌屬。紫質單胞菌屬之焙基條件^ 5 目紫f單胞菌屬之標準生長培養基(心浸液(BHI)及砰肉崚水化合物（CMC)培養基)含有動物產品，動物產品不適合製造疫苗，故尋求不含此等成分之生長培養基。多種培養基組成物包括添加與未添加氣高鐵血紅素及維生素κ 之組成物測试其支援生長等於Bhi或CMC生長能力。PYG ίο完全培養基及me完全培養基二者支援喉紫質單胞菌B43 (PTA-3618)之生長至等於BHI之生長程度（第5圖）。ρ完全培養基由於發酵期間可獲得高密度培養，故選用作為喉紫質單胞菌B43 (PTA-3618)之生長培養基。此種培養基含有下列生長成分：3%植物腺（貝克頓狄金森(Becton Didkinson) 15 公司；馬里蘭州，蔻奇斯維爾），0.3%酵母萃取物（貝克頓狄金森），0.3%葡萄糖（西格瑪（Sigma)公司；蒙大拿州，聖路易），0.05%硫基乙醇酸鈉（貝克頓狄金森），0.5%氣化鈉（西格瑪公司），5微克/毫升氯高鐵血紅素（西格瑪公司）(於高壓蒸氣滅菌之後才添加），0.5微克/毫升黑素二酮 20 (menadione)(西格瑪公司）(於高壓蒸氣滅菌之後才添加），及 0.2%碳酸氫鈉（西格瑪公司），pH 7.0。喉紫質單胞菌（PTA-3618)於布瑟拉血液瓊脂板(厭氧系統）培養，或於完全PYG培養基或BHI，於37°C於貝克川 (Bactron)厭氧室（雪爾（Shel)實驗室，俄勒岡州，可尼利斯) 114 200538152 於90%氮氣，5%二氧化碳下培養3至5日（平板）或“至仆小時（液體培養）。對全細胞細菌素製劑，喉紫質單胞菌B43 (PTA-3618)於拜歐弗洛(BioFlo)3000生物反應器，使用5升 PYG完全培養基培養。容器内之培養基，於高壓蒸氣滅菌 5後即刻使用95-99.5%队及0.5-5% C〇2掃除來變成無氧。還原後之培養基播種0.02%喉紫質單胞菌Β43 (ρτΑ-3618)備料，以攪動速率100 rpm以及自動添加氫氧化鈉維持pHM 7.0，於37 C進行培養。培養期間，容器定期以氮氣及二氧化碳掃除。36至48小時後，於〇〇6〇(^2.〇至3·5收集細菌細 10 胞，此時細胞屬於對數生長期。臨床單離株於小鼠之病原性試驗 9單離株(喉紫質單胞菌Β43、犬牙槽紫質單胞菌β46、牙周紫質單胞菌Β52、喉紫質單胞菌Β69、牙周紫質單胞菌 Β97、犬牙齦紫質單胞菌Β98、唾液紫質單胞菌扪〇4、犬牙 15臭菌Β1〇6、及牙髓紫質單胞菌Β114)於小鼠牙周骨質流失研究模式试驗其病原性。估計體重14_15克之3週齡之年齡匹配雄Balb/c CyJ小鼠(傑克森(jackson)實驗室，緬因州，巴哈伯）用於本研究。動物圈養於正壓之隔開之籠單元。依據各小鼠種類之標準鼠食及飲水於整個實驗期間自由提供。使 2〇用之床材質為顆粒歐可柏床(Bed O’Cobbs)來減少對牙齦組織的衝擊。於接受用於研究後，全部動物先訓養$至7曰。為了減少競爭性口腔菌叢，動物置於沙法美沙佐 (sulfamathoxazole)及才美沙普林(trimethoprim)混合物（1 〇毫升飲水，分別約2宅克及0.4毫克/毫升）1 〇曰，接著為5曰的 115 200538152 洗淨期。由各小鼠之尾靜脈血取血漿樣本。動物藉胃管而感染0.5毫升約1 X l〇1G cfu/毫升適當細菌品系於丨％羧基甲基纖維素懸浮液。額外小滴置於口腔。此種感染又重複2次，共計感染3次（星期一、星期三、及星期五）。 5 10 實驗的第一天定義為初次感染後的星期二。全部動物

皆在弟2曰犧牲。收集感染後血清做為彳效生物樣本。各頭小鼠的下顎經過去肉、染色、及於顯微鏡下平分水平骨質流失情況。平分重複3次來減少操作員的誤差。平均骨質流失係以平均骨質流失、位置/下顎表示（單位毫米）。以Systat(第 9版）、SigmaStat(第 2版）及 Sigmapi〇t(第 2〇〇〇版)(得自 spss 科學公司，伊利諾州，之加哥)對所得結果進行統計分析。表6顯示頂上9株單離株之結果數據。表6.小氣牙周病病原試驗摘要單離株小鼠頭數炫(Sham) 32 牙齦紫質單胞菌53977 16 牙齦紫質單胞菌W50 16 牙齦紫質單胞菌B40A 16 牙齦紫質單胞菌B40B 16 喉紫質單胞菌B43 16 犬牙槽紫質單胞菌B46 16 牙周紫質單胞菌B52 16 喉紫質單胞菌B69 16 牙周紫質單胞菌B97 16 牙齦紫質單胞菌B98 16 唾液紫質單胞gB104 16 牙臭菌B106 16 牙髓紫質單胞菌B114 16 細菌來源平均骨質流失(毫米）標準差 N/A 0.0843 0.018 人 0.106 0.0139 人 0.0948 0.0116 犬 0.106 0.0138 犬 0.115 0.0114 犬 0.112 0.0163 犬 0.101 0.014 貓 0.0924 0.00836 薄苗 0.114 0.00129 犬 0.0855 0.0143 犬 0.111 0.0136 犬 0.102 0.0107 犬 0.124 0.0167 犬 0.0994 0.0223

SEM

0.002lT 0.00347 0.0029 0.00357 0.00284 0.00407 0.00362 0.00209 0.00322 0.00368 0.0034 0.00286 0.00417 0.00557 116 200538152 各別獲彳寸本研究模型之統計上顯著之骨質流失。第6圖以線圖顯示淨骨質流失。平均齒槽骨高度（牙骨貝砝瑯貝接合-齒槽骨脊）係於14個顎位置獲得（單位毫米）測疋各個骨之平均質。對各實驗組而言，各顎骨之平均 5貝加總，该組平均係由除以該組之動物總頭數算出。第7圖以線圖顯示淨骨質流失之比較。平均齒槽骨高度 (牙骨質琺螂質接合-齒槽骨脊）係於14個顎骨位置出求出 (單位耄米），測定各個顎骨之平均質。對各實驗組，將各顎月之平均貝加總’該組平均係經由除以該組之動物總頭數 10導出。淨骨質流失係由各實驗組中扣除炫感染平均值測定。資料係以占陽性對照組（牙齦紫質單胞菌53977，設定為100%)呈現。牙齦紫質單胞菌W5〇為不良化細毛品系，其於本動物研究模式之毒力較低。資料指出下列臨床單離株可於小鼠牙周病模式產生高 15度骨質流失··喉紫質單胞菌B43 (PTA-3618)、喉紫質單胞菌 B69(PTA-3621)、犬齦紫質單胞菌Β98(ΡΤΑ·3623)、犬牙臭菌Β106 (ΡΤΑ-3625)。下列臨床單離株於小鼠牙周病研究模式造成中等骨質流失：犬溝紫質單胞菌Β46 (ΡΤΑ-3619)、唾液紫質單胞菌Β104 (ΡΤΑ-3624)及牙髓紫質單胞菌Β114 20 (ΡΤΑ_3626)。下列臨床單離株於小鼠牙周病研究模式獲得最小骨質流失：牙周紫質單胞菌Β52 (ΡΤΑ-3620)及牙周紫質單胞菌Β97 (ΡΤΑ-3622)。雖然臨床單離株間觀察到不等量的骨質流失，但須注意，各種情況下觀察得之骨質流失遠高於炫感染小鼠之骨質流失。基於此等資料，獲得結論，頂9 117 200538152 株臨床單離株各別可單獨或與其它細菌協力造成牙周病。細菌細胞輿某因體DNAtf偌細菌物種於BHI或完全PYG，於37°C厭氧培養48小時。得自1-3毫升培養之細胞藉離心造粒，於等量厭氧洗一 5次，再度離心，再度懸浮於1/10體積比厭氧PBS。基因體DNA係純化至5毫升各種細菌培養，該培養係於 BHI或元全PYG於37 C培養48小時。威查（wizard)基因體 NDA萃取套件組(波美加公司）用於全部基因組DNA之製備。得自臨床單株之細毛基因之轉碚 10 fhnA基因係由頂1〇株臨床單離株分離之基因體£^八，使用下列PCR引子之組合進行PCr擴增·· D〇〇67(正向；叫. ID No· 6)、D0078(正向；Seq· ID No. 8)、D0097 (正向；Seq. ID No· 9)、D0068(反向；Seq· ID No· 7)及D0098(反向；Seq. ID No· 10)。PCR係於50微升反應容積進行，該反應亦含有 15 1外〇11緩衝液（生命技術公司），1.〇111]^]\^(：12，1.25//]^各引子，300 Μ各去氧-NTP，及2.5 U鉑Pfx DNA聚合酶(生命技術公司）。利用下述PCR循環條件··於94°C變性2分鐘之步驟，於94C變性40秒，於60°C配對煉合40秒，及於72°C延長1·5分鐘共30週期；最終於72°C延長5分鐘之步驟；以及 2〇最終冷卻至4°C之步驟。基因擴增(GeneAmp)9700熱循環儀 (柏金艾瑪應用生物系統公司；加州，福斯特城）用於全部 PCR擴增。擴增產品於ΐ·2°/〇Ε-凝膠（印維多；加州，卡爾斯貝）目測檢查。 PCR產品使用1〇單位KlenTaq聚合酶(Ab胜肽公司；蒙 118 200538152 大手川主路易）於72。〇經歷5分鐘進行A加尾。所得產品即刻使用衣&商之規範而丁加尾轉殖入載體（印維多公司），且轉形入大腸桿菌ToplOF，(諾瓦珍公司，威斯康辛州馬里林）。具有重組質體帶有正確插子dna之轉形 5株藉群落PCR、限另峰消化、及DNA序列分析識別，使用染料去氧基加終端反應於ABI自動化DNA定序儀（雲雀 (Lark)技術公司）使用染料去氧基加終端反應。合成寡核誓酸引子(Seq· ID· No· 6、7、8、u_42)用來獲得雙股刪八序列。嚷紫質單胞菌B43上jjnA基因轉殖入表規皙艚 10 為了達成高度蛋白質表現，喉紫質單胞菌B43 (PTA-3618) fimA基因轉殖入pBAD/HisA表現載體（印維多公司）。基因體DNA係使用基因體DNA萃取套件組（波美加公司）由5毫升喉紫質單胞菌B43之培養(於BHI培養基於37 °C厭氧培養2日）純化。fimA基因使用引子d〇〇97及D0098

15 (Seq· ID. No· 9及Seq ID. No.10)藉PCR擴增，重複3次。PCR 係於50微升反應容積進行，該反應亦含有1 X PCR緩衝液 (生命技術公司），50奈克喉紫質單胞菌B43基因體DNA，1.0 111]\4 1^(：12，1.25//1^各引子，300]\4各去氧-；^丁？，及2.5 1；鉑PfxDNA聚合酶（美國生命技術公司）。 20 利用下述PCR循環條件：於94°C變性2分鐘之步驟；於 94°C變性40秒，於58°C配對煉合40秒，及於72°C延長1.5分鐘5週期；於94°C變性40秒，於65°C配對煉合40秒，及於72 。(：延長1·5分鐘共30週期；最終於72°C延長5分鐘之步驟；以及最終冷卻至4°C之步驟。基因擴增9700熱循環儀（柏金 119 200538152 艾瑪應用生物系統公司）用於全部pCR擴增。擴增產品使用 PCR製備套件組（波美加公司）純化。純化後之pCR產品及 pBAD/HisA於37°C使用Hindlll及Xhol雙重消化3小時。消化的半路’添加5單位蝦鹼性磷酸酶（SAP)(安莫山法馬西亞 5 (Amersham Pharmacia)生科公司；紐澤西州，匹兹卡威）至載體消化。消化後之DNA使用DNA清潔套件組（波美加公司）純化。純化後之經過Hindlll/Xhol消化之PCR產物於1 X T4 DNA接合酶緩衝液存在下，於，經歷18小時，使用丁4 DNA接合酶（生命技術公司）接合至經過HindIII/Xho卜消化之 10經過SAP處理之pBAD/HisA。部分所得接合產物轉形入勝任大腸桿菌ToplOF’細胞（諾瓦珍公司）。發現重組質體pBAD : B43fimA4含有正確方向之fimA基因。所得重組FimA含有端基載體編碼序列 (MGGSHHHHHHGMASMTGGQMGRDLYDDDDKDR 15 WGSELEICSQYHMGI，SEQ ID NO·· 135)，接著為FimA成熟部分，始於天冬醯胺-20。此質體轉形入勝任大腸桿菌B21 細胞(諾瓦珍公司）接受進一步蛋白質表現分析。重組FimA蛋白質之表現邀純化大腸桿菌BL21/pBAD ·· B43fimA4之冷;東加工備料經過 20解/東，以1 ·· 5000稀釋倍數播種於含100微克/毫升安比西林之路利亞(Luria)營養肉汁（1 %胰蛋白腺、0.5%酵母萃取物、〇·5°/〇氯化納）’於37°C使用100 rpm攪動速率，於5升工作體積拜歐弗洛3000生物反應器（紐布朗斯維克(New Brunswick) 科學公司；紐澤西州，艾迪森）生長至a625為2·5-3·5為止。 120 200538152 然後以終濃度〇.1%添加]^阿拉伯糖至培養來誘生巧爪八表現。培養又培育3小時。藉SDS-PAGE及西方墨點分析使用抗表現血清（印維多公司）檢測重組FimA之表現（第8圖）。重組FimA蛋白質具有預測分子量45 kDa。 5 得自5升發酵之可表現重組FimA之大腸桿菌BL21轉形株濕細胞藉離心收穫且再度懸浮於磷酸鹽缓衝食鹽水。細胞經以機械方式溶解。離心後，拋棄丸粒部分。上清液通過Ni親和管柱，使用咪唑梯度溶離出。匯集含重組蛋白質之溶離分’經過滲析來去除咪唑，使用〇·2微米過濾膜過濾 10 滅菌。付自臨床單離株之oprF基因之轉殖基於牙齦紫質單胞菌品系W50 oprF同系物，基因 PG32(基因庫存取號碼AF175714)之序列，設計及合成（生命技術公司）寡核苷酸引子D0086 (SEQ ID No. 43)、D0087 15 (SEQ ID No. 44)及KWK-Pg-03 (SEQ ID NO. 45)。用於 PCR，引子D0086 (SEQ ID NO. 43)結合D0087 (SEQ ID NO· 44)或KWK-Pg-〇3 (SEQ ID NO· 45)用於1 X PC2緩衝液(抗體胜肽），200 # M各dNTP，7.5 U Klen Taql(抗體胜肽）及0.15 U轉殖後之Pfu(史翠基因公司；加州，拉荷拉）熱穩定聚合 20 酶於50微升樣本體積。反應係使用得自喉紫質單胞菌B43、犬牙槽紫質單胞菌B46、牙周紫質單胞菌B52、喉紫質單胞菌B69、牙周紫質單胞菌B97、犬牙齦紫質單胞菌B98、唾液紫質單胞菌B104、犬牙臭菌B106、及牙髓紫質單胞菌 B114之洗滌後細胞懸浮液或純化後基因體DNA作為樣板， 121 200538152 重複進行反應3次。擴增進行如後：變性(94°C，9分鐘）；變性(94°C，30秒）；配對煉合(55-60°C，30秒），及聚合(72°C， I·5分鐘)30-40週期；接著於72t最終延長7分鐘。用於得自由犬牙齦紫質單胞菌B98之oprF同系物進行 5 聚合酶連鎖擴增，使用引子KWKXPs-04b (SEQ ID No. 81) 結合KWK-Ps-06b (SEQ ID No· 83)。用於得自唾液紫質單胞菌B104之同系物之擴增，使用引子KWK-Ps-04b (SEQ ID No· 81)組合KWK-Ps-05b (SEQ ID No. 82)。用於擴增得自犬牙臭菌B106之基因，使用KWK-Ps-02 (SEQ ID No· 79)組合 10 KWK-Ps_03 (SEQ ID No· 80)。反應皆係使用得自犬牙齦紫質單胞菌B98、唾液紫質單胞菌B104、及犬牙臭菌B106之純化後之染色體D N A作為樣板而重複3次進行。擴增進行如後·變性(94°C，9分鐘）；變性(94°C，30秒）；配對煉合(61-72 C ’ 30秒），及聚合(72°C，1.5分鐘)30-35週期；接著於72 15 °0最終延長7分鐘。 PCR擴增基因產品經由於丨〇%瓊脂凝勝（西格瑪公司）刀離而目測觀察。PCR產物係使用QIA奎克(QIAquick)PCR 屯化套件組（快檢公司（Qigen);加州，瓦蘭西亞）純化，匯木各組重複3次之樣本。然後直接定序各片段，嘗試避免由 ;CR擴增步驟以及隨後之轉殖步驟期間因突變而導致序 J缺^。然後匯集後混合物於ABI自動化DNA定序器（雲雀司）使用染料去氧基加端基反應而接受直接序列分成I核苷酸引子(SEQ ID NO. 46-75)用來定序擴增後產物之DAN雙股。 200538152 得自喉紫質單胞菌B43、犬牙槽紫質單胞菌B46、牙周紫質單胞菌B52、喉紫質單胞菌B69、牙周紫質單胞菌刖？、犬牙齦紫質單胞菌B98、唾液紫質單胞菌B104、犬牙臭菌 B106、及牙髓紫質單胞菌B114i〇prF同系物之編碼核苷酸 5序列顯示於SEQ ID NO· 111至119。對應於用於各基因之 PCR擴增之5’引子及3’引子之序列被去除，原因在於其無法表示於個別品系之基因之實際序列。SEQIDN〇· UlsU9 編碼之ORF分別顯示於SEq Π3 No. 120至128。對各個編碼 ORF，即使排除由5,引子編碼，胺基端序列仍然維持原核細 10 胞U虎序列特徵(von Heijne，1985，J. Mol. Biol. 184 : 99-105 ; Nielsen，Η·，Engelbrecht，J·，Brunak，S·，及von

Heijne，G·，1977蛋白質工程，l〇 : 1-6)。各個〇RF使用基本局部校準搜尋工具(BLAST)程式對現有核苷酸資料庫及蛋白質資料庫做比對(Altschu卜S.F.，Gish，W.，Miller， 15 W.，Myers，E.W.，Lipman，D.J·，1990，J· Mol. Biol. 215 ·· 403-410)。其共享有最大同系性質之分路為得自牙齦紫質單胞菌之PG32 〇喉紫質單胞菌B43 〇DrF基因韓殖入表現皙艚用於重組蛋白質之表現目的，OprF編碼基因使用編碼 2〇其信號肽之序列轉殖。OprF使用募核苷酸引子KWK-Pg-〇6 (SEQ ID NO. 76)及KWK-Pg-03 (SEQ ID NO· 45)由喉紫質單胞菌B43擴增。用於聚合酶連鎖擴增，建立重複2次50微升反應，含有染色體DNA作樣板，含有1 X PC2緩衝液，200 //M各dNTP，50pMol各引子，7.5UKlenTaql及0.15 轉殖 123 200538152 後Pfu熱穩定聚合酶。擴增係進行如後：變性(94〇c，9分鐘）；變性(94°C，30秒），配對煉合(6〇°C，30秒），及聚合(72°c， 1·5分鐘)30週期，最終於72它延長7分鐘。擴增後，樣本經過純化(QIA奎克PCR純化套件組)及匯集。純化後之扣尺產 5物直接轉殖入pBAD-TOPO及dBAD/Thio-TOPO(印維多公司）之TA轉殖位置。配位子產物轉殖入有最大功效之大腸桿菌DH5a細胞。預測由pBAD-TOPO : OprF表現之編碼蛋白貝之胺基端序列係由載體編碼序列 MGSGSGDDDDKLALM (SEQ ID NO. 136)接著為始於 10 0PrF (SEQ ID No· 120)之麩胺-13之序列組成。識別含適當質體之純株，使用QIAprep旋轉迷你製備套件組(快檢公司）由小規模培養醪分離純化之質體。此質體轉形入大腸桿菌 BL21細胞(諾瓦珍公司），識別純株含有適當質體。由dB AD/Thio-ΙΌΡΟ : 0prF表現之編碼融合蛋白質之預 15測私基^序列係由硫氧化還原素(thioredoxin)蛋白質及14 胺基酸殘基聯結子，緊接著為始於〇prF (SEQ ID N〇. 12〇) 之麩胺-13之序列組成。含適當質體之純株經過識別，使用 QIAprep旋轉迷你製備套件組，由小規模培養醪分離純化之質體。此質體轉形入大腸桿菌BL21細胞，識別含有適當質 2〇體之純株。缺信號胜肽編碼序列之叩$基因也轉殖入2個不同入表現質體。二質體皆編碼溫度敏感之λ抑制基因“857，其抑制λ啟動基因於37°C之表現。於42。〇，抑制基因被去活化，因而可由λ啟動基因表現，獲得高度轉錄及轉譯。為 124 200538152 了轉殖入此等載體，〇PrF使用寡核苷酸引子KWK-Pgu-14 (SEQ ID NO. 77)及KWK-Pgu-15 (SEQ ID NO· 78)而由喉紫質單胞菌B43擴增。用於聚合酶連鎖擴增，建立重複2次50 微升反應，含有洗滌後之喉紫質單胞菌B43細胞作為樣板， 5 含有 1 XPC2緩衝液，200//M各dNTP，50pMol各引子，7.5 U Klen Taql及0.15轉殖後Pfu熱穩定聚合酶。擴增係進行如後：變性(94°C，9分鐘）；變性(94°C，30秒），配對煉合(55 °C，30秒），及聚合（72°C，1.5分鐘)45週期，最終於72°C延長7分鐘。擴增後，樣本經過匯集且以限剪酶消化，產生旁 10懸體，其可與質體相容，也已經使用相同酶而直線化。於限剪消化後，PCR片段之質體經純化（qIA奎克PCr純化套件組；快檢公司），接合，且轉形入大腸桿菌DH5a細胞(諾瓦珍公司）。預測胺基端係由載體編碼序列

MGTTTTTTSLHM (SEQ ID NO· 137)緊接著〇prF (SEQ ID 15 NO· 120)始於楚胺-13之序列組成。由第二質體表現之蛋白貝只有載體編碼Met ’接著為〇prF (SEQ ID NO : 120)之麵胺-13組成。含適當質體之純株經識別，質體係使用QIAprep 旋轉迷你製備套件組(快檢公司）而由規模培養醪分離。此等質體轉形入大腸桿菌BL21細胞，分離純株識別為含適當質體。 20重組OprF蛋白質之砉規，盥吨化可表現重組OprF(其N端融合至SEQ ID NO : 137)之大腸桿菌BL21細胞用於表現研究。冷凍備料經過解凍，以1 : 5_稀釋倍數播種於2 χ打含5〇微克/毫升康黴素硫酸鹽之培養基（1.6%胰蛋白鰊，1%酵母萃取物，〇·5%氣化鈉）， 125 200538152 於29C以100 rpm攪動速率，於5升工作體積拜歐弗洛3000 生物反應器（紐布朗斯維克科學公司；紐澤西州，艾迪森) 生長至Aw5為2.5-3.5為止。然後培養移至42^來誘發〇prF 表現。培養又孵育3小時時間。於不同時間點移出整份液 5體’離心’再懸浮於還原樣本緩衝液。全部樣本皆係於10% NuPAGE凝膠（印維多公司，美國）分析（第9圖）。由5升發酵可表現重組〇prF之大腸桿菌BL21轉形株之濕細胞係藉離心收穫，且再懸浮於磷酸鹽緩衝食鹽水。細胞以機械方式溶解。離心後，拋棄丸粒部分。上清液通過 10離子交換管柱，使用氣化鈉梯度溶離出。含重組蛋白質之溶離分經匯集，滲析去除氣化鈉，使用〇·2微米過濾膜過濾滅菌。全細胞菌素之製備一批5升喉紫質單胞菌Β43生長於如前述之發酵器内，分成每份1升。於各1升部分之細胞(4.4χ1012總喉紫質單胞 15 ®Β43細胞）藉下述處理去活化：曝露於23°C0.4°/〇福馬林24 小時，於37 °C曝露於pH 8.5之10 mM二元伸乙基亞胺 (BEI)48小時，連續2日加熱至60°C經歷30分鐘時間，及曝露於空氣經歷48小時。於BEI處理後，BEI使用50 mM硫代硫酸鈉處理去活化。藉離心收集細胞。所得細胞丸粒再懸 20 浮於220毫升PBS，獲得每毫升2 X 101G細胞終濃度。各7毫升之去活化後之細胞混合7毫升MPL + TDM輔劑（西格瑪公司），獲得終濃度1.0X 1010細胞/毫升。另外8株頂臨床單離株(犬牙槽紫質單胞菌B46、牙周紫質單胞菌B52、喉紫質單胞菌B69、牙周紫質單胞菌B97、 126 200538152 犬牙齦紫質單胞菌B98、唾液紫質單胞菌B104、犬牙臭菌 B106、及牙髓紫質單胞菌Bn4)之全細胞菌素製劑，或其它染色厭氧菌之全細胞菌素製劑可以相同方式製備。同源疫苗用於小^之功效

同源疫苗功效研究中，小鼠2次注射各〇.2毫升前述去活化喉紫質單胞菌B43細胞於MPL + TDM輔劑，2次注射間隔3週。小鼠於追加免疫接種之後2週如先前說明感染喉紫質單胞菌B43。感染後42日，犧牲小鼠且如前述處理。表7 顯示骨質流失測定之數值結果。

表7·小鼠同源疫苗功效研究結果群組免疫原攻毒平均骨質流失標準差 SEM 淨骨質流失 %骨質流失(a) %骨質流失ib) A PBS與RIBI MPL +TDM輔劑無 0.0686 0.00862 0.00216 0 NA(c) ΝΑ B PBS與RIBI MPL Pg 53977 0.122 0.0107 0.00266 0.0434 100 ΝΑ +TDM輔劑 C PBS與RIBI MPL Pg B43 0.093 0.0188 0.00471 0.0244 ΜΑ 100 +TDM輔劑 D 福馬林去活化之牙銀紫質單胞菌53977與 Pg 53977 0.098 0.0146 0.00364 0.0294 67.7 ΝΑ E 福朗德(Freunds)輔劑福馬林去活化之牙齦 Pg 53977 0.0932 0.0109 0.00271 0.0246 56.7 ΝΑ F 紫質單胞菌53977與 RDB1MPL+TDM 輔劑福馬林去活化之喉紫質單胞菌B43與RIBI 0.082 0.0128 0.00319 0.0134 Pg B43 ΝΑ 54.9 G MPL+TDM 輔劑 ΒΕΙ去活化之喉紫質 Pg B43 0.107 0.0151 0.0039 0.0384 ΝΑ 157.4 單胞菌Β43與RIBI Η MPL + TDM 輔劑熱去活化之喉紫質單胞菌B43與RIBI Pg B43 0.0845 0.0113 0.00281 0.0159 ΝΑ 65.2 I MPL+TDM 輔劑通氧去活化之喉紫質 Pg B43 0.0746 0.00691 0.00173 0.006 ΝΑ 24.6 單胞菌B43與RIBI MPL + TDM 輔劑 (a) 基於B組作為陽性對照組計算得之百分比。 (b) 基於C組作為陽性對照組計算得之百分比。 (c) NA=不適用。 127 200538152

第10、11及12圖圖解顯示此等結果。第11圖顯示對照實驗之骨質流失百分比。含經過福馬林去活化之牙齦紫質單胞菌53977以及福朗德完全/不完全輔劑或MPL + TDM輔劑之疫苗分別可降低因感染牙齦紫質單胞菌53977誘生骨 5質流失約32%及43%。第12圖顯示測試實驗之骨質流失百分比。含有經過福馬林、經過加熱、或經過空氣去活化之喉紫質單胞菌B43及MPL + TDM輔劑之疫苗’分別可減少因感染喉紫質單胞菌B43導致之骨質流失達約45°/〇、35%及 75%。基於此等資料，獲得結論，經過福馬林、經過加熱、 10 或經過空氣去活化之喉紫質單胞菌B43疫苗於超感染研究模式可有效降低誘生之骨質流失。將此資料外推至臨床設定，三種疫苗皆可能有效預防牙周病，且徹底證實可有效治療牙周病。並同源疫苗用於小鼠之功效研究 15 於非同源疫苗功效研究中，小鼠2次注射各〇·2毫升福

馬林去活化之喉紫質單胞菌Β43或福馬林去活化之唾液紫質單胞菌Β104、及犬牙臭菌Β106細胞於MPL + TDM輔劑， 2次注射間隔3週。小鼠於追加免疫接種之後2週如先前說明感染喉紫質單胞菌B43、喉紫質單胞菌B69、唾液紫質單胞 2〇菌BHM或犬牙臭、菌B1〇6。感染後42日，犧牲小鼠且如前述處理。表8顯示骨質流失測定之數值結果。 128 200538152 -_____表^#冋源疫苗功效研究結果組 ί 活化 —_ PBS B PBS C PBS D PBS E PBS F喉紫質單j 菌B43 G喉紫質單丨菌B43 Η喉紫質單〗菌B43 I喉紫質單J 菌B43 i —方法 Z21 ^準差 SEM 淨骨質％骨質％骨質％骨質。/〇骨質 A PRS~^ "― ---心失洎奂洎生a洎4b泊生e治生d NA 喉紫質單胞菌B43 0.088 0.101 0.0112 0.0103 0.00299 0.00266 0 0.013 0 100 0 NAe 0 ΝΑ 0 ΝΑ NA 喉紫質單胞菌B69 0.115 0.0112 0.00289 0.027 NA 100 ΝΑ ΝΑ NA 唾液紫質單胞菌 0.101 0.0132 0.00352 0.013 NA ΝΑ 100 ΝΑ B104 NA 犬牙臭菌 B106 0.0944 0.0135 0.0035 0.0114 NA ΝΑ ΝΑ 100 福馬林喉紫質單胞菌B43 0.0901 0.016 0.00412 0.0021 16.15 ΝΑ ΝΑ ΝΑ 福馬林喉紫質單胞菌B69 0.104 0.0166 0.00443 0.016 NA 59.26 ΝΑ ΝΑ 福馬林唾液紫質單胞菌 0.0926 0.0119 0.00319 0.0046 NA ΝΑ 35.38 ΝΑ B104 福馬林犬牙臭菌 B106 0.102 0.0124 0.00333 0.014 NA ΝΑ ΝΑ 122.8 福馬林喉紫質單胞菌B69 0.102 0.0124 0.00333 0.014 NA 51.85 ΝΑ ΝΑ

第13、14、15、16及Π圖圖解顯示此等結果。第9圖顯示實驗之淨骨質流失。第_顯示喉„單胞_3感染群 1〇組之骨質流失百分比。經福馬林去活化之喉紫質單胞菌B43 及MPL + TDM輔劑可減少因感染喉紫質單胞菌β43誘生之骨質流失達約84%。第15圖顯示喉紫質單胞菌B69感染群組之骨質流失百分比。經福馬林去活化之喉紫質單胞菌B43 及經福馬林去活化之唾液紫質單胞菌Bi〇4/犬牙臭菌則〇6 15疫苗含MPL + TDM輔劑，分別可降低因感染喉紫質單胞菌 B69誘生骨質流失達約40%及49%。第丨6圖顯示唾液紫^ ^ 胞菌B104感染群組之骨質流失百分比。經福馬林去活化之 129 200538152 喉紫質單胞菌B43及MPL + TDM輔劑可減少因唾液紫質單胞菌B104造成骨質流失達約65%。第17圖顯示犬牙臭菌 B106感染群組之骨質流失百分比。經福馬林去活化之喉紫質單胞菌B43加MPL + TDM輔劑無法交叉保護對抗犬牙臭 5菌B1〇6之攻毒。基於此等資料，獲得結論：經福馬林去活化之喉紫質單胞菌B43含MPL + TDM輔劑疫苗不僅可提供同源攻毒之保護，同時也可提供喉紫質單胞菌B69的非同源攻毒的保護效果。此外，因喉紫質單胞菌B43疫苗可保護對抗唾液紫質單胞菌B104之攻毒，故兩種紫質單胞菌種經觀 10察得交叉保護效果。將此資料外推至臨床設定，多價疫苗可有效預防牙周病，且徹底證實可有效治療牙周病。复組FimA及OprF/l、鼠血渣學方而研资於亞單元疫苗血清學研究中，小鼠兩次注射各〇·2毫升經過重組表現且經純化之喉紫質單胞菌B43 FimA或重組表 15現且經純化之喉紫質單胞菌B43 OprF於奎爾A/膽固醇輔劑進行免疫接種，兩次間隔3週。初次接種疫苗前以及追加疫田接種後2週將小鼠放血。表9顯示數值結果，而第18圖及第19圖顯示線圖結果。表9.小鼠亞單元疫苗血清學研究。 rFimA ELISA rOprF ELISA 群組免疫原疫苗接種前疫苗接種後疫苗接種前疫苗接種後 A 食鹽水 50 50 50 50 B rFimA+QAC 50 138889 ΝΑ ΝΑ C rFimA+QAC ΝΑ ΝΑ 50 118 130 20 200538152 實施例2 犬攻毒研究模型之牙周病原性 10頭長出成牙之小獵犬用於本研究。將動物麻醉，使用於仙亞提馬（Schein Ultima)2_牙用單元的梨形牙磨石 5 (中西牙科產品公司；伊利諾州，德斯普蘭），使用高速手工具（亨利仙(Henry Schein)公司；紐約州，梅維爾）鑽一通道接近麵㈣及第-_之牙根f。將牙洲_塞⑵毫 • 米’尺寸5號；羅點（Roydent)t科產品公司；田納西州；詹森城)通人管道内至約牙根管深度之深度，來證實接近牙根 1〇管。重複通過倒鉤鑿，來去除結締組織、血管、及神經組^ 織。微量出血；將無菌紙尖（亨利仙公司）置於牙根管内達成止血。重要地，此時須確保全部於鑽孔及掏孔牙根管期間可牙根笞之思外污染皆被去除。因此，以1〇%漂白水沖 2牙根官。為了形成適當表面來復原，人σ處周圍的綠鄉、吏用40/〇硫酸减膠（史考特繃（Sc〇tchb⑽d)蝕刻凝膠， • 。司，明尼蘇達州，聖保羅)蝕刻。為了防止因殘留漂白水 $酸性凝膠對攻毒物質之存活力造成影響，牙根管使用牙贿針(27號，丹史普利（Demsply)藥品公司；賓州，約克）以大里無菌食鹽水由内向外沖洗。入口區及牙根管以無菌 20紙尖乾燥。释攻毒物質之準備方式係將喉紫質單胞菌品系B69於布。血’夜瓊脂（厭氧系統公司，加州，摩根山）生長，於37 I厭氧％境(5% H2，5% C〇2，90°/。N2)培養。收穫細胞及么浮於無菌SSYG培養基。然後約7·5χ1〇8群落形成單位 131 200538152 (CFU)之攻毒劑量以牙髓針導入選定牙齒之曝露出之牙相管腔。5頭動物接受攻毒物質（T01)，另外5頭動物接受由無菌SSYG培養基組成之炫攻毒(τ〇2)。然後牙根管通〇使用玻璃離子交聯聚合物及光硬化牙科用複合恢復材料（_旋 5 (Revoluti〇n)3 ; 3M公司）之組合密封。基於牙齒周圍牙周骨密度變化，測定攻毒有機體之病原性。此項評比係經以使用席克（Schick)電腦牙科放射性攝影(CDR)感測器及軟體於第〇、3、6、9及12週研究期間拍攝之數位放射性照片，測量放射性照片之像素強度進行評 10比。各動物拍攝6至8顆牙之放射性照片。為了獲得基準線值，研究程序前即刻拍攝放射照片。攻毒後，每3週拍攝— 張放射性照片經歷攻毒後之12週。放射性照片係透過兩種不同方法分析。第-方法係由受過牙科放射性照片分析訓練之獸醫師以主觀評比放射性照片。簡言之，此種方法包 15含熟練的觀察者檢查放射性照片，找出異常，於視覺類比量尺上標記出各犬的異常程度。第二方法，攻毒後〇、6及 12週之放射性照片顯著叉影響的骨骼面積係使用附有放射性照片軟體之面積測ϊ工具測定。包含使用附有席克CDr 軟體之直線測量工具，測定放射性照片上目測可見病變之 20粗略直徑。由所得距離，測定約略病灶面積。加總各犬的病灶面積且列表。使用二方法分析放射性照片，提示T〇1組流失的牙周骨比T02組更多（第20圖）。由此研究獲得結論，已經發展出可行之攻毒模式。但由於基於二維測定（放射性照片）量化三維 132 200538152 區（牙周骨）發生的變化困難，故需要有改良之量化方法。實施例3 犬攻毋研九模式之三價疫苗效力評比

發展出研究模式後，對犬進行研究來測試三價疫苗製七J之效果一彳貝ii素含有經過福馬林去活化之喉紫質單胞菌（B43)、唾液紫質單胞菌（B104)及犬牙臭菌（B106)，且每刎輔助各50彳政克之奎爾a膽固醇。各菌素品系係以〖Η〇1〇 CFU/疫苗劑量之約略濃度組合。帶有成年牙齒之3組動物每組8頭用於本研究。第一組(T01)犬肌肉注射(IM)接種1毫升 10三價疫苗。第二組(丁〇2)及第三組(T03)係使用i毫升無菌食鹽水做炫疫苗接種。全部犬皆接受三次肌肉注射(叫疫苗注射，每次注射間間隔3週。末次注射後3週，犬如前述麻醉，將牙根物質清除之後，將攻毒物質導入韻前白齒及第一臼齒之牙根管内。T()1組及T〇2組之犬係以如實施州準備 15之lxlO10 CFU非同源喉紫質單胞菌品系（Β69)攻毒。丁〇3組之犬係使用錢培養基攻毒，試圖測定本實驗程序之影響。使用海利歐東（Heliodont)牙科放射性攝影機、席克 CDR(電腦化數位放射性攝影術)拍_統、及標準技術於攻毒後之3、6、9及12週拍攝放射性照片。用於本研究，一旦 20 拍攝付數位放射性⑼’各犬所得之—㈣影像使用插入即用之TurboReg附有量尺旋轉技術，經Imagej (νΐ μ , NIH;馬里蘭州，貝瑟達）登錄照片。然後登錄後之相片使用外部灰階附有第3度多項式函數校準。接受處理牙齒周圍骨路面積(牙齒及空氣除外)求出其外庵’記錄各影像二該區 133 200538152 平均在度。如此，各觀導出表示牙根周圍骨路「白度」之數值，此數值可供分析。輪值定名為「骨反應性分數」，表示平均骨密度。本研究結果顯砂第21W。攻毒後，τ難動物之平均 5骨分數降低，或變更白，直到攻毒後之12週，此時返回攻毒前之程度。™組及Τ〇3組之平均骨反應性分數最初也下降，然後顯_復至接近正常值，制攻毒後之12週，Λ : 時分歧。Τ03組之程序對照組變更白，而肌组之疫苗接種 : 動物維持類似攻毒前的平均值。如此，接受疫苗之犬比纟 # !〇接受疫苗犬，於面對牙髓攻毒時可更快速恢復骨密度。此外，分析各個觀察點收集得之血清，指出接受疫苗之動物對疫苗品系產生高抗體力價，對攻毒品系有較高抗體交叉反應性（資料未顯示）。攻毒後之放射性照片變更白，而非變更深，更明確指 15示骨骼感染。骨骼係以雙重方式對發炎及感染產生反應，包括喪失骨基質，以及周圍骨質增加來Γ隔開」散播當中的感染。混合溶解型-硬化型病灶屬於嚴重骨骼感染病灶，鲁但受下列因素影響：1)病原菌之毒力，2)動物年齡，3)動物基因，及4)發炎關聯的創傷量。本研究使用之動物年輕 20 (10-14月齡），由於攻毒過程牙齒及周圍骨骼出現顯著創知。此％因素連同已知有關骨路如何對感染與發炎之反應一起考量’可說明為何周圍骨質密度增高的緣故。實施例4 疫苗用於犬攻毒研究模式之功效 134 200538152 本疫苗功效研究之設計係類似實施例3之設計。各處理組含有ίο頭動物。T01組之犬經過疫苗接種且經過攻毒；τ〇2 組於攻毒前接受炫疫苗接種，τ陳接受炫疫苗接種及炫攻毒。各疫苗含有經過福馬林去活化之喉紫質單胞菌品系 5 Β43、垂/夜*質單胞菌品系Bl04、及犬牙臭菌品系Β106，濃度為每劑lx107CFl^個品系。疫苗接種計晝係與實施例 3之計畫相同。攻毒接種物為喉紫f單胞菌品系膽，係於第3次疫苗接種後3週投予。再度以3週間隔拍攝放射性照片，但只拍攝至攻毒後的9週，以實施例2之類似方式分析。 10第22圖指示骨反應性分析結果。本研究中，動物對攻毒過程之反應為平均骨反應性分數升高。如此表示放射性照片變更深，對應於骨密度的增加（第23圖）。雖然放射性照片指出T〇1組及τ〇2組有顯著病灶，但未接受疫苗動物的骨整體而言遠比疫苗接種組的骨 15密度遠較緊密。9週時，Τ02組之未經疫苗接種犬之平均骨反應性分數與疫苗接種組Τ02有顯著差異(ρ=〇·〇5)。本研究犬比實施例2之犬更均勻老化，操作員技巧顯著改良。推定此寺因素促成反應比骨感染關聯的反應更典型，換言之，骨密度降低。如此，犬牙周病之牙周研究模式為研究牙周 20病之新穎有用工具。不僅在於疫苗評比相關之疫苗接種/攻毒研究上有價值，同時也可用於抗微生物及局部治療研究。實施例5 對疫苗之系統反應性及局部反應性之評比對三價疫苗之系統組織反應及局部組織反應進行評比 135 200538152 且與其它投予犬之疫苗一起組合評比。共2組各5頭犬，研究之初年齡為6週齡，於6、9及12週齡時肌肉注射疫苗。各次接種疫苗前採集血樣。各次疫苗接種後1週時間每日檢查全部犬之系統性反應及局部反應。測定體溫，也記錄體溫。 5 TO 1組係使用三價菌素（如貫施例3及4所述）於濃度3 X1 〇8 CFU總抗原及以每劑各50微克奎爾a及膽固醇輔助且組合下列經過修改之活毒病毒成分及死毒病毒成分俾接種疫苗·犬瘟熱病毒(CDV)、犬腺病毒_2 (CAV-2)、犬短小病毒 (CPV)、犬副流行性感冒病毒(CPI)、及犬冠病毒(ccτ〇2 Η)組接受濃度3XW CFU之三㈣素以及病毒成分之相同組 =。第24圖結果顯示三價疫苗當添加至典型投予小狗之病母成刀的，、且口 4 ’不會造成試驗級之不良系統性反應部反應。 15

”中各專利文獻及科學公告文獻包括美國專利案皆1 =者及年份及專利細丨述。此等公開文獻及專利案之揭; =文以引用方式併入此處，意圖更完整描述本發: 技藝現況。

136 200538152 序列表 <110>Hardham/ John Μ.

King, Kendall W. Krishnan, Rajendra Dreir, Kimberly J. Haworth, John David <120〉牙周病之疫苗

<130>PC32761A <14〇> <141> <160>169 <17〇〉PatentIn Ver· 2.1

<21〇>1 <211>21 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：D0056 <4〇〇〉1 21 ggattagata ccctggtagt c <210>2 <211>19 <212>DNA <213>人造序列 <22〇〉 <223〉人造序列之說明：D〇〇57

<4〇〇〉2 cccgggaacg tattcaccg 19 <210>3 <211>2〇 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ175-AP1 <400>3 ggcttaagtg ccataacgag 20 <21〇〉4 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 137 <220> 200538152 <223〉人造序列之說明：PFZ175-AP2 <4〇0>4 ctggcgtctt acgacggctg <210>5 <211>2〇 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223>人造序歹J之說明：PFZ17 5 —AP3 <4〇0>5 tgtcgtcagc tcgtgccgtg <210>β <211>20 <212>DNA <213〉人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：D0067 <4〇〇>6 gcgcagcaag gccagcccgg <21〇>7 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：D00 68 <400>7 gagcgaaccc cgctccctgt <210>8 <211>23 <212>DNA <213〉人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明·· D007 8 <40〇>8 gagacgctat atgcaagaca ate <21〇〉9 <211>33 <212>DNA <213〉人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：D〇〇97 200538152 <4〇〇>9 ggcctcgaga acaaagacaa cgaagcagaa ccc 33 <210>10 <211>34 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：D0098 <400>10 ggcaagctta ccaaataaca ttttgtacaa cacc 34

<21〇〉11 <211>2〇 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ185-AP1 <4〇0〉11 teatccgaca atcctgtgtg 20 <21〇>12 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ185-AP2 <400>12 ageagetget aaatcggctc 20

<210>13 <211〉2〇 <212〉DNA <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：PFZ185-AP3 <400>13 ttggcaagac tettgeagag 20 <210>14 <211>20 <212>DNA <213〉人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：PFZ185-AP4 139 200538152 <4〇〇>14 ctgcagtcag ttcagttgtc <210>15 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序歹ij之說明：PFZ186-AP1 <400>15 tacgtcaaca ggctctgctg <210>1β <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序歹丨J之說明：PFZ186-AP2 <400>16 gacaactgaa ctaactgcag 序 DVIA造 7 ο N J 1 2 D Λ >>>> 0 12 3 -—_ -—_ -—_ -—_ 2 2 2 2 < V V < <220> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ186-AP3 <400>17 aacatagaaa ccttgtggag <21〇〉18 <211>20 <212>DNA <213〉人造序列 <220> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ186-AP4 <4〇〇>18 tgtcgtctgg ttgggaagag <21〇>19 <211>2〇 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：PFZ186-AP5 <400>19 200538152 aatctgattg cctccctgag 20 <210>20 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220〉 <223〉人造序列之說明：PFZ187-AP1 <4〇〇>2〇 gggaaccgat ttagcagcag 20

<210>21 <211>2〇 <212>DNA <213〉人造序列 <220〉 <223>人造序歹丨J之說明：PFZ187-AP2 <40〇>21 ccaatacagg gtaataggtc 20 <210>22 <211>2〇 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序歹丨J之說明：PFZ187-AP3 <400>22 gttgtcaatg cttttacctc 20

<21〇>23 <211>20 <212>DNA <213〉人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：PFZ187-AP4 <4〇〇>23 gattgagaat atcaaatgtg 20 <210>24 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220〉 <223〉人造序列之說明：PFZ18 7-AP5 <4〇〇>24 ttaggcgtat aaccattgtc 141 20 200538152 <210>25 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ187-AP6 <4〇〇>25 atttaacggt gcttacacac <210>26 <211>2〇 <212>DNA <213〉人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：PFZ187-AP7 <400>26 ccaattggcg gcctgagctg <210>27 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <22〇〉 <223〉人造序列之說明：PFZ187-AP8 <400>27 tggcatagtt ggtaggtgtg <210>28 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序歹之說明：PFZ187-AP9 <400>28 tgtaagcacc gttaaatgtg <210>29 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：PFZ187-AP11 <400>29 ctgacaggtt ctttgaccac 142 200538152 <210>30 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序歹^之說明：PFZ187—7\P12 <4〇〇>3〇 tgttccttgg ttgagccgtg 20

<21〇>31 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：PFZ187-AP13 <4〇〇>31 gtggtcaaag aacctgtcag 20 <21〇>32 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：PFZ18 7-AP14 <400>32 cataaacaca caggattgtc 20

<21〇〉33 <211>2〇 <212>DNA <213〉人造序列 <22〇〉 <223〉人造序列之說明：PFZ187-AP15 <400>33 ttgcttcttt gcaatgagac 20 <210>34 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：PFZ18 7-AP16 <400>34 agccatgcga gcatgtacac 143 20 200538152 <210>35 <211>2〇 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：PFZ187-AP17 <400>35 ctgtcatgat caaacctgtg <210>36 <211>2〇 <212>DNA <213>人造序列 <220〉 <223>人造序歹丨J之說明：PFZ187-AP18 <400>36 accgtctgca ttcacgagtg <21〇〉37 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ188-AP1 <400>37 gccttccaat gatgctccac <210>38 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：PFZ188-AP2 <400>38 ggacgtagac ctgcattctg <210>39 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：PFZ188-AP3 <400>39 cgcaatacgg gcatgaacac <210>4〇 144 200538152 <211>2〇 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：PFZ188-AP4 <400>40 ttatggttat gatggacctc 20 <21〇>41 <211〉2〇 <212>DNA <213〉人造序列 <220> <223〉人造序歹，J之說明：PFZ188-AP5

<4〇〇>41 tggtactcct ttgagttctg 20 <210>42 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：PFZ188-AP6 <4〇〇>42 20 22 cacacttgcg cggtaaccac <210>43 <211>22 <212>DNA <213>人造序列

<22〇〉 <223〉人造序列之說明：D0086 <400>43 atgaaggtaa agtacttaat gc <210>44 <211>25 <212>DNA <213〉人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：D0087 <400>44 agatgaatta cttggagcga acgat <210>45 <211>27 145 25 200538152 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：KWK-Pg-03 <4〇〇>45 ttacttggag cgaacgatta caacacg 27 <210>4β <211>2〇 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：PFZ209-AP1 <40〇>46 ttggtgcagc tcacttcgac 20 <210>47 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序歹之說明：PFZ2 0 9—AP2 <4〇〇>47 accacatcaa acataaagtc 20 <21〇>48 <211>20 <212>DNA <213〉人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：PFZ209-AP3 <4〇〇>48 acattcgggg catgatacag 20 <210>49 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：PFZ2 0 9-AP4 <4〇〇>49 atgccattga gccaatggac 20 <210>50 <211>20

<212>DNA 146 200538152 <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：PFZ210-AP1 <400>50 ttgacttcat gttcgatgtg 20 <21〇>51 <211>2〇 <212>DNA <213>人造序列 <22〇〉 <223〉人造序列之說明：PFZ210-AP2 <40〇〉51 tgccaatgaa ttttatgctg 20

<210>52 <211>20 <212>DNA <213〉人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：PFZ210-AP3 <400>52 20 20 cgcttggaga gttcttcgac <210>53 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <22〇〉 <223〉人造序列之說明：PFZ210-AP4 <400>53 tatcaacgat ctgaatggtc <21〇〉54 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：PFZ211-AP1 <400>54 aactacttca agccctacag <210>55 <211>20 <212>DNA <213〉人造序列 147 20 200538152 <220> <223〉人造序列之說明：PFZ211-AP2 <4〇0>55 cgtaacccaa acctacccac 20 <21〇〉56 <211〉2〇 <212>DNA <213>人造序列 <22〇〉 <223>人造序歹ij之說明：PFZ211-AP3 <400>56 20

20 acgggacgct tgctcaactc <210>57 <211>20 <212>DNA <213〉人造序列 <220> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ211-AP4 <400>57 attggggctt ggtaaatgac <210>58 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ211-AP5 <400>58 atacgctcta cacgaggctc 20

<210>59 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：PFZ212-AP1 <400>59 ccgccatggc tggagctcac <210>60 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 148 20 200538152 <22〇> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ212-AP2 <400>60 tttgaaacca tatcccacac 20 <210>61 <211>2〇 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ212-AP3 <400>61 20 20 agtaacttca ggacattctg

<210>62 <211>20 <212>DNA <213〉人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：PFZ212-AP4 <400>62 acgtccagtt tcttgcccag <21〇>63 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ213-AP1

<400>63 ttgacttcat gttcgatgtg 20 <210>64 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：PFZ213-AP2 <400>64 tttgtgttgg taaccaacac 20 <210>65 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> 149 200538152 <223〉人造序列之說明：PFZ213-AP3 <400>65 acaggacgct tagagagctc <210>ββ <211>2〇 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ213-AP4 <400>ββ acgcgcttat caacgatctg <210>67 <211>2〇 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ213-AP5 <400>67 cttcccaagg aacgtgtgtg <210>68 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：PFZ214-API <400>68 actttatgtt tgatgttgtg <210>69 <211>2〇 <212>DNA <213〉人造序列 <220〉 <223>人造序歹丨J之說明：PFZ214-AP2 <400>69 ccaacaccga accaaggcac <210>7〇 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <22〇〉 <223〉人造序列之說明：PFZ214-AP3 150 200538152 <4〇0>7〇 tctcaactca gtattctcag 20 <21〇>71 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ214-AP4 <40〇>71 taaccttaat tttggtcgtg 20

<210>72 <211>2〇 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ215-AP1 <400>72 cacacctaca acactgccac 20 <210>73 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223>人造序歹ij之說明：PFZ215-AP2 <400>73 tcaaacatga aatcatagtg 20

<21〇〉74 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220〉 <223〉人造序歹丨J之說明：PFZ215-AP3 <400>74 ctcggggcag aaagcaggac 20 <21〇>75 <211>20 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序歹丨J之說明：PFZ215-AP4 151 200538152 <4〇0>75 gacttgaact ctcagatcag 20 <210>76 <211>27 <212>DNA <213〉人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：KWK-Pg-06 <400>76 27 29 stgcsggasa stsctgtscc ggcaacg <21〇>77 <211>29 <212>DNA <213〉人造序列 <220> <223>人造序歹丨J之說明：KWK-Pgu-14 <400>77 gtgtgtcata tgcaggaaaa tactgtacc <21〇>78 <211>31 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序歹丨J之說明：KWK-Pgu-15 <4〇0>78 gtgtgtteta gattattact tggagcgaac g 31 <210>79 <211>22 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：KWK-Ps-02 <400>79 acacctgaga ctcagacatt gc 22 <21〇>8〇 <211>21 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：KWK-Ps-〇2 <4〇0〉80 152 200538152 catgcgcgag cctcaaaaag c 21 <210>81 <211>37 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：KWK-Ps-〇4b <4〇〇>81 cctgccactc aacagaaatc atatcagaag gaactcc 37

<210>82 <211>34 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序歹之說明：KWK — Ps —〇5b <400>82 ctgctcataa gacggctttt gaccgttctg cagg 34 <210>83 <211>39 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序歹丨J之說明：KWK-Ps-〇6b <400>83 cttttgaccg ttctgcagga cattggttct tgactctcc 39

<210>84 <211>25 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：D122 <4〇0>84 tggctaaryt gacygtaatg gtyta 25 <210>85 <211>25 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明·· D123 <400>85 agttyacyaa tacaggrtaa taggt 153 25 200538152 <210>8β <211>572 <212>DNA <213>人造序列 <220〉 <223〉人造序列之說明：喉紫質單胞菌（P. gu_Zae)B43 16S rRNA多核苷酸序列 <400>86

cacgcagtaa acgatgatta ctaggagttt gcgatatacc gtcaagcttc cacagcgaaa 60 gcgttaagta atccacctgg ggagtacgcc ggcaacggtg aaactcaaag gaattgacgg 120 gggcccgcac aagcggagga acatgtggtt taattcgatg atacgcgagg aaccttaccc 180 gggattgaaa tgtagacgac ggatggtgaa agccgtcttc ccttcggggc gtctatgtag 240 gtgctgcatg gttgtcgtca gctcgtgccg tgaggtgtcg gcttaagtgc cataacgagc 300 gcaacccaca tcggtagttg ctaacaggtt tagctgagga ctctaccgag actgccgtcg 360 taaggcgcga ggaaggtgtg gatgacgtca aatcagcacg gcccttacat ccggggcgac 420 acacgtgtta caatgggagg gacaaagggc agctaccggg cgaccgggtg cgaatctcga 480 aacccttccc cagttcggat cggagtctgc aactcgactc cgtgaagctg gattcgct.ag 540 taatcgcgca tcagccatgg cgcggtgaat ac 572 <210>87 <211>571 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序列之說明：犬溝紫質單胞菌（P. cansulci)B46 16S rRNA多核苷Sfe序列 <40〇>87

cacgccgtaa acgatgatta ctcggagtat gcgatatgag tgtatgcttc ttagcgaaag 60 cgttaagtaa tccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180 ggattgaaat atagatgaca ggcagcgaga gttgttatcc cttcggggca tctatgtagg 240 tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg cttaagtgcc ctaacgagcg 300 caacccacat tattagttac taacaggtta agctgaggac tctaataaga ctgccggcgt 360 aagccgtgag gaaggtgtgg atgacgtcaa atcagcacgg cccttacatc cggggcgaca 420 cacgtgttac aatggtaggg acaaagggca gctaccgggc gaccggatgc gaatctccaa 480 accctatccc agttcggatc ggagtctgca actcgactct gtgaagctgg attcgctagt 540 aatcgcgcat cagccatggc gcggtgaata c 571 <210>88 <211>573 . <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：牙周紫質單胞菌（P. circumdentaria) B52 16S rRNA多核苷酸序列 <400>88 cacgctgtaa acgatgaata ctagattttt gcgatataca gtaagagtct aagcgaaagc 60 gataagtatt ccacctgggg agtacgccgg caacggtgaa actcaaagga attgacgggg 120 gcccgcacaa gcggaggaac atgtggttta attcgatgat acgcgaggaa ccttacctgg 180 gattgaaatt taggagaacg atttatgaaa gtagattttc ccttcggggc tcctaagtag 240 154 200538152 gttgtcgtca gctcgtgccg tgaggtgtcg gcttaagtgc cataacgagc 300 ttgatagtta ctaacagata aagctgagga ctctatcgag acagccgtcg 360 ggaaggggcg gatgacgtca aatcagcacg gcccttacat ccagggcgac 420 caatggcaag gacaaaggga agccacatag cgatatggag cagatcctca 480 cagttcggat cggagtctgc aactcgactc cgtgaagctg gattcgctag 540 tcagccatgg cgcggtgaat acc 573 <210>89 <211>573 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：喉紫質單胞菌（P. gu_Zae)B69 16S rRNA多核苷酸序列 <4〇〇〉89

cacgcagtaa acgatgatta ctaggagttt gcgatatacc gataagcttc cacagcgaaa 60 gcgttaagta atccacctgg ggagtacgcc ggcaacggtg aaactcaaag gaattgacgg 120 gggcccgcac aagcggagga acatgtggtt taattcgatg atacgcgagg aaccttaccc 180 gggattgaaa tgtagatgac agatggtgaa agccgtcttc ccttcggggc gtctatgtag 240 gtgctgcatg gttgtcgtca gctcgtgccg tgaggtgtcg gcttaagtgc cataacgagc 300 gcaacccata tcggtagttg ctaacaggtc aagctgagga ctctaccgag actgccgtcg 360 taaggcgaga ggaaggtgtg gatgacgtca aatcagcacg gcccttacat ccggggcgac 420 acacgtgtta caatgggagg gacaaagggc agctaccggg cgaccggatg cgaatctcga 480 aacccttccc cagttcggat cggagtctgc aactcgactc cgtgaagctg gattcgctag 540 taatcgcgca tcagccatgg cgcggtgaat acc 573 <210>90 <211>572 <212>DNA <213〉人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：牙周紫質單胞菌（P. circumdentaria) B97 16S rRNA多核苷酸序列

gtgctgcatg gcaacccgcg taagacgcga acacgtgtta aaccttgtcc taatcgcgca <400>90 cacgctgtaa acgatgaata ctagattttt gcgatataca gtaagagtct aagcgaaagc 60 gataagtatt ccacctgggg agtacgccgg caacggtgaa actcaaagga attgacgggg 120 gcccgcacaa gcggaggaac atgtggttta attcgatgat acgcgaggaa ccttacctgg 180 gattgaaatt taggagaacg atttatgaaa gtagattttc ccttcggggc tcctaagtag 240 gtgctgcatg gttgtcgtca gctcgtgccg tgaggtgtcg gcttaagtgc cataacgagc 300 gcaacccgcg tcgatagtta ctaacaggta atgctgagga ctctatcgag acagccgtcg 360 taagacgaga ggaaggggcg gatgacgtca aatcagcacg gcccttacat ccagggcgac 420 acacgtgtta caatggcaag gacaaaggga agccacatag cgatatggag cagatcctca 480 aaccttgtcc cagttcggat cggagtctgc aactcgactc cgtgaagctg gattcgctag 540 taatcgcgca tcagccatgg cgcggtgaat ac 572 <21〇>91 <211>571 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223>人造序列之說明：犬牙齦紫質單胞菌（ρ· cangingivaiis) B98 16S rRNA 多核苷酸序列 155 200538152 <400>91 cagtaaacga tgattactcg gagtatgcga tatatggtat gctcccaagg gaaaccgata 60 agtaatccac ctggggagta cgccggcaac ggtgaaactc aaaggaattg acgggggccc 120 gcacaagcgg aggaacatgt ggtttaattc gatgatacgc gaggaacctt acccgggatt 180 gaaatgtaca tgacggttgg gcgagagcct gacttccctt cggggcatgt atgtaggtgc 240 tgcatggttg tcgtcagctc gtgccgtgag gtgtcggctt aagtgccata acgagcgcaa 300 cccacatcgt cagttactaa caggtagagc tgaggactct gacgagactg ccgtcgtaag 360 gcgcgaggaa ggtgtggatg acgtcaaatc agcacggccc ttacatccgg ggcgacacac 420 gtgttacaat ggtagggaca aagggcagct acctggcgac aggatgcgaa tctccaaacc 480 ctatctcagt tcggatcgga gtctgcaact cgactccgtg aagctggatt cgctagtaat 540 cgcgcatcag ccatggc.gcg gtgaatacgt t 571 <210>92 <211>384 <212>DNA <213>人造序列 <220>

<223〉人造序列之說明：唾液紫質單胞菌（P. saliv〇«sa)B104 16S rRNA多核苷酸序列 <400>92 cagtaaacga tgataactgg gcgtatgcga tatacagtat gctcctgagc gaaagcgtta 60 agttatccac ctggggagta cgccggcaac ggtgaaactc aaaggaattg acgggggccc 120 gcacaagcgg aggaacatgt ggtttaattc gatgatacgc gaggaacctt acccgggatt 180 gaaatttagc ggactatgta tgaaagtaca tatcctgtca caaggccgct aagtaggtgc 240 tgcatggttg tcgtcagctc gtgccgtgag gtgtcggctt aagtgccata acgagcgcaa 300 cccacgttgt cagttactat cgggtaaagc cgaggactct gacaagactg ccgtcgtaag 360 gcgcgaggaa ggtgtggatg acgt 384 <210>93 <211>571 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：犬牙紫質單胞菌（Ρ· dentica/iis) Β106 16S rRNA多核苷酸序列

<400>93 cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac agtatggggc taatagaaat 60 aattaagtga gccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180 ggtttaaatg tatgttgcat tatgtagaaa tacgtatttt cttcggaact gcatacaagg 240 tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg gttaagtccc ataacgagcg 300 caacccttat gattagttgc taacggttca agccgagcac tctattcaca ctgccaccgt 360 aaggtgcgag gaaggagggg atgatgtcaa atcagcacgg cccttatatc cggggctaca 420 cacgtgttac aatggtcggt acagcgggtt gcatttacgt gagtaacagc taatcccaaa 480 aatcggtctc agttcggatt ggagtctgca actcgactcc atgaagttgg attcgctagt 540 aatcgcacat cagccatggt gcggtgaata c 571 <210>94 <211>571 <212>DNA <213>人造序列 156 <220〉 200538152 <223〉人造序列之說明：牙髓紫質單胞菌（ρ· endodoiitaJis) B114 16S rRNA多核苷酸序列 <4〇〇>94 caccgcagta aacgatgaat actagatctt tgcgatatac ggtaagggtc taagcgaaag 60 cgataagtat tccacctggg, gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggsggaa catgtggttt 己dttcgatga tacgcgagga accttacccg 180 ggattgaaat ttagcgggcg ggctatgaga gtagcctttc ctacgggact gctaagtagg 240 tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgttgg cttaagtgcc ataacgagcg 300 caacccacgt tgatagttac taacagttaa agctgaggac tctatcgaga cagccggcgt 360 aagccgtgag gaaggtgtgg atgacgtcaa atcagcacgg cccttacatc cggggcgaca 420 cacgtgttac aatggtgagg acagcgggaa gcggcctggt gacaggtagc agatccccaa 480 acctcatccc agttcggatt ggagtctgca actcgactct atgaagctgg attcgctagt 540 aatcgcgcat cagccatggc gcggtgaata c 571

<210>95 <211〉1〇24 <212>DNA <213〉人造序列 <220> <223>人造序列之說明：喉紫質單胞菌B43 fimA多核苷酸序列 <400>95 tctaaatcga aaaagatcct aataaaacaa tattcacttt taaaacaaaa acgagatgaa 60 aaagactaag tttttcttgt tgggacttgc tgcccttgct atgacagctt gtaacaaaga 120 caacgaagca gaacccgttg tagaaggtaa cgctaccatt agcgtagtat tgaagaccag 180 caatccgaat cgtgctttcg gggttgcaga tgacgaagca aaagtggcta aactgactgt 240 aatggtctac aagggtgagc agcaggaagc catcaaatca gccgaaaatg caattaaggt 300 tgagaacatc aaatgtggtg caggctcacg tacgctggtc gtaatggcca atacgggtgg 360 aatggaattg gctggcaaga ctcttgcaga ggtaaaagca ttgacaactg aactaactgc 420 agaaaaccaa gaggctacag gtttgatcat gacagcagag cctgttgacg taacacttgt 480 cgccggcaat aactattatg gttatgatgg aactcaggga ggcaatcaga tttcgcaagg 540 tactcctctt gaaatcaaac gtgttcatgc ccgtattgcg ttcaccaaga ttgaagtgaa 600 gatgagcgag tcttatgtga acaaatacaa ctttaccccc gaaaacstct atgcacttgt 660 ggctaagaag aagtctaatc tattcggtac ttcattggca aatagtgatg atgcttattt 720 gaccggttct ttgacgactt tcaacggtgc ttatacccct gcaaactata ctcatgtcgt 780 ctggttggga agaggctaca cagcgccttc caatgatgct ccacaaggtt tctatgtttt 840 ggagagtgca tacgctcaga atgcaggtct acgtcctacc attctatgtg taaagggtaa 900 gctgacaaag catgatggta ctcctttgag ttctgaggaa atgacagctg cattcaatgc 960 cggctggatt gttgcaaaca atgatcctac gacctattat cctgtattag tgaactttga 1020 gage 1024 <210>96 <211>733 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：牙周紫質單胞菌B52 fimA多核笞酸序列 <400>96 taatggagaa caaatgtggt ggctggcaag agaggccaca gaactatatt cagcaggaag ccatcgaatc agccgaaaat gcgactaaga ttgagaatat 60 gcaggccaac gtacgctggt cgtaatggcc aatacgggtg gaatggaatt 120 actcttgcag aggtaaaagc attgacaact gtactgactg aagaaaacca 180 ggtttgatca tgacagcaga gccaaaagca atcgttttga aggeaggeaa 240 ggatacgatg gageeggaga gggcaaccac attgagaatg ctcctcttga 3〇0 157 200538152 aatcaaacgt gtacatgctc gcatggcttt caccgaaatt aaagtacaga tgagcgcagc 360 ctacgataac atttacacat ttacccctga aaagatttat ggtctcattg caaagaagca 420 atctaatttg ttcggggcaa cactcgtgaa tgcagacgct aattatctga caggttcttt 480 gaccacattt aacggtgctt acacacctac caactatgcc aatgttcctt ggttgagccg 540 tgattacgtt gcacctaccg ctggtgctcc tcagggcttc tacgtattag aaaatgacta 600 ctcagctaac agtggaacta ttcatccgac aatcctgtgt gtttatggca aacttcagaa 660 aaacggagcc gacctgacgg gaaccgattt agcagcagct caggccgcca attgggtgga 720 tgcagaaggc aag 733 <210>97 <211>1024 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：喉紫質單胞菌B69 fimA多核苷酸序列 <4〇〇>97

ggcgcagcat aacctcgacg aactgcgaca ctatatgcag gacaatctct aaatcgaata 60 aagattctaa taaaacaata ttcactttta aaacaaaaac aagatgaaaa agactaagtt 120 tttcttgttg ggacttgctg cccttgctat gacagcttgt aacaaagaca acgaagcaga 180 acccgttgta gaaggtaacg ctaccattag cgtagtattg aagaccagca atccgaatcg 240 tgttttcggg gttgcagatg acgaagcaaa agtggctaag ttgaccgtaa tggtttataa 300 tggagaacag caggaagcca tcgaatcagc cgaaaatgcg actaagattg agaatatcaa 360 atgtggtgca ggccaacgta cgctggtcgt aatggccaat acgggtggaa tggaattggc 420 tggcaagact cttgcagagg taaaagcatt gacaactgta ctgactgaag aaaaccaagg 480 ggccacaggt ttgatcatga cagcagagcc aaaagcaatc gttttgaagg caggcaagaa 540 ctatattgga tacgatggag ccggagaggg caaccacatt gagaatgctc ctcttgaaat 600 caaacgtgta catgctcgca tggctttcac cgaaattaaa gtacagatga gcgcagccta 660 cgataacatt tacacattta cccctgaaaa gatttatggt ctcattgcaa agaagcaatc 720 taatttgttc ggggcaacac tcgtgaatgc agacgctaat tatctgacag gttctttgac 780 cacatttaac ggtgcttaca cacctaccaa ctatgccaat gttccttggt tgagccgtga 840 ttacgttgca cctaccgctg gtgctcctca gggcttctac gtattagaaa atgactactc 900 agctaacagt ggaactattc atccgacaat cctgtgtgtt tatggcaaac ttcagaaaaa 960 cggagccgac ctgacgggaa ccgatttagc agcagctcag gccgccaatt gggtggatgc 1020 agaa 1024

<210>98 <211>733 <212>DNA <213〉人造序列 <220> <223>人造序列之說明：牙周紫質單胞菌B97 fimA多核苷酸序列 <400>98 taatggagaa caaatgtggt ggctggcaag agaggccaca gaactatatt aatcaaacgt ctacgataac atctaatttg gaccacattt tgattacgtt ctcagctaac cagcaggaag ccatcgaatc agccgaaaat gcgactaaga ttgagaatat 60 gcaggccaac gtacgctggt cgtaatggcc aatacgggtg gaatggaatt 120 actcttgcag aggtaaaagc attgacaact gtactgactg aagaaaacca 180 ggtttgatca tgacagcaga gccaaaagca atcgttttga aggcaggcaa 240 ggatacgatg gagccggaga gggcaaccac attgagaatg ctcctcttga 300 gtacatgctc gcatggcttt caccgaaatt aaagtacaga tgagcgcagc 360 atttacacat ttacccctga aaagatttat ggtctcattg caaagaagca 420 ttcggggcaa cactcgtgaa tgcagacgct aattatctga caggttcttt 480 aacggtgctt acacacctac caactatgcc aatgttcctt ggttgagccg 540 gcacctaccg ctggtgctcc tcagggcttc tacgtattag aaaatgacta 600 agtggaacta ttcatccgac aatcctgtgt gtttatggca aacttcagaa 660 158 200538152 aaacggagcc gacctgacgg gaaccgattt agcagcagct caggccgcca attgggtgga 720 tgcagaaggc aag 733 <210>99 <211>1024 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：犬牙齦紫質單胞菌B98 fimA多核苷酸序列 <400>99

ggcctcgaga acaaagacaa cgaagcagaa cccgttgtag aaggtaacgc taccattagc 60 gtagtattga agaccagcaa tccgaatcgt gctttcgggg ttgcagatga cgaagcaaaa 120 gtggctaaac tgactgtaat ggtctacaag ggtgagcagc aggaagccat caaatcagcc 180 gaaaatgcaa ttaaggttga gaacatcaaa tgtggtgcag gctcacgtac gctggtcgta 240 atggccaata cgggtggaat ggaattggct ggcaagactc ttgcagaggt aaaagcattg 300 acaactgaac taactgcaga aaaccaagag gctacaggtt tgatcatgac agcagagcct 360 gttgacgtaa cacttgtcgc cggcaataac tattatggtt atgatggaac tcagggaggc 420 aatcagattt cgcaaggtac tcctcttgaa atcaaacgtg ttcatgcccg tattgcgttc 480 accaagattg aagtgaagat gagcgagtct tatgtgaaca aatacaactt tacccccgaa 540 aacatctatg cacttgtggc taagaagaag tctaatctat tcggtacttc attggcaaat 600 agtgatgatg cttatttgac cggttctttg acgactttca acggtgctta tacccctgca 660 aactatactc atgtcgtctg gttgggaaga ggctacacag cgccttccaa tgatgctcca 720 caaggtttct atgttttgga gagtgcatac gctcagaatg caggtctacg tcctaccatt 780 ctatgtgtaa agggtaagct gacaaagcat gatggtactc ctttgagttc tgaggaaatg 840 acagctgcat tcaatgccgg ctggattgtt gcaaacaatg atcctacgac ctattatcct 900 gtattagtga actttgagag caataattac acctacacag gtgatgctgt tgagaaaggg 960 aaaatcgttc gtaaccacaa gtttgacatc aatctgacga tcaccggtcc tggtacgaat 1020 aatc 1024 <210>1〇〇 <211>783 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序列之說明：唾液紫質單胞菌Bl〇4 fimA多核苷酸序列 <400>100 tggctaartt aaaatgcgac tggccaatac caactgwact aarcaatcgt aycacattga aaattaaagt tttatggtct acgctaatta atgccaatgt gyttctacgt tgtgtgttta cwgctcaggc act gactgtaatg gtttataatg gagaacagca ggaagccatc raatcagccg 60 taagrttgar rayatcaaat gtrgtgcagg ccaacgtacg ctggtcgtaa 120 gggtgsaatg gaaytggytg gcaagactct tgcagaggta aaagcattga 180 gactgmagaa aaccaagagg cyrcaggktt gatcatgaca gcagagccaa 240 tttgaaggca ggcaagaact ayattggata crrtggarcc ggagagggya 300 gaatgmtcct cttraratca arcgtgtwca tgctcgcatg gctttcaccg 360 rcaratgagc gcagcctacg ataacattta cacattyryc cctgaaaaga 420 cattgcaaag aagcaatcta atttgttcgg ggcaacactc gtraatgcag 480 tctgacaggt tctttgacca catttaacgg tgcttacaca cctrccaact 540 kccttggytg agccgtratt acgttgcacc trccgcygrt gctcctcagg 600 attsgasaat gactactcag cta&crgtgg 3actsttcat ccgacsBtcc 660 tggcaaactt cagaaaaacg gagccgacyt grcgggarcc gatttagcar 720 cgccaattgg gtggatgcag aaggcaagac ctattaccct gtattrgtra 780 7 93 <210>101 159 200538152 <211>733 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：犬牙紫質單胞菌B106 fimA多核苷酸序列 <400>101

taatggagaa cagcaggaag ccatcgaatc agccgaaaat gcgactaaga ttgagaatat 60 caaatgtggt gcaggccaac gtacgctggt cgtaatggcc aatacgggtg gaatggaatt 120 ggctggcaag actcttgcag aggtaaaagc attgacaact gtactgactg aagaaaacca 180 agaggccaca ggtttgatca tgacagcaga gccaaaagca atcgttttga aggcaggcaa 240 gaactatatt ggatacgatg gagccggaga gggcaaccac attgagaatg ctcctcttga 300 aatcaaacgt gtacatgctc gcatggcttt caccgaaatt aaagtacaga tgagcgcagc 360 ctacgataac atttacacat ttacccctga aaagatttat ggtctcattg caaagaagca 420 atctaatttg ttcggggcaa cactcgtgaa tgcagacgct aattatctga caggttcttt 480 gaccacattt aacggtgctt acacacctac caactatgcc aatgttcctt ggttgagccg 540 tgattacgtt gcacctaccg ctggtgctcc tcagggcttc tacgtattag aaaatgacta 600 ctcagctaac agtggaacta ttcatccgac aatcctgtgt gtttatggca aacttcagaa 660 aaacggagcc gacctgacgg gaaccgattt agcagcagct caggccgcca attgggtgga 720 tgcagaaggc aag 733 <210>102 <211>742 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序列之說明：牙髓紫質單胞菌B114 fmA多核苷酸序列 <400>102

caagggtgag cagcaggaag ccatcaaatc agccgaaaat gcaattaagg ttgagaacat 60 caaatgtggt gcaggctcac gtacgctggt cgtaatggcc aatacgggtg gaatggaatt 120 ggctggcaag actcttgcag aggtaaaagc attgacaact gaactaactg cagaaaacca 180 agaggctaca ggtttgatca tgacagcaga gcctgttgac gtaacacttg tcgccggcaa 240 taactattat ggttatgatg gaactcaggg aggcaatcag atttcgcaag gtactcctct 300 tgaaatcaaa cgtgttcatg cccgtattgc gttcaccaag attgaagtga agatgagcga 360 gtcttatgtg aacaaataca actttacccc cgaaaacatc tatgcacttg tggctaagaa 420 gaagtctaat ctattcggta cttcattggc aaatagtgat gatgcttatt tgaccggttc 480 tttgacgact ttcaacggtg cttatacccc tgcaaactat actcatgtcg tctggttggg 540 aagaggctac acagcgcctt ccaatgatgc tccacaaggt ttctatgttt tggagagtgc 600 atacgctcag aatgcaggtc tacgtcctac cattctatgt gtaaagggta agctgacaaa 660 gcatgatggt actcctttga gttctgagga aatgacagct gcattcaatg ccggctggat 720 tgttgcaaac aatgatccta eg 742 <210>103 <211>281 <212>PRT <213〉人造序列 <220> <223>喉紫質單胞菌B43 FimA多肽序列 <400〉1〇3

Met Lys Lys Thr Lys Gly Ala Ala Ala Met Thr Ala Cys Asn Lys Asp 15 10 15 160 200538152

Asn Ala Val Val 20 Gly Asn Ala Thr Ser Val Val Lys Thr Ser Asn Asn 25 30 Arg Ala Gly Val 35 Ala Asp Asp Ala Lys Val Ala Lys Thr Val Met Val 40 45 Tyr Lys Gly Ala 50 Lys Ser Ala Asn Ala Lys Val Asn Lys Cys Gly Ala 55 60 Gly Ser Arg Thr : 65 Val Val Met Ala Asn Thr Gly Gly Met Ala Gly Lys 70 75 80 •參 _ Thr Ala Val Lys Ala Thr Thr Thr Ala Asn Ala Thr Gly Met Thr Ala 85 90 95 Val Asp Val Thr 100 Val Ala Gly Asn Asn Tyr Tyr Gly Tyr Asp Gly Thr 105 110 Gly Gly Asn Ser 115 Gly Thr Lys Arg Val His Ala Arg Ala Thr Lys Val 120 125 Lys Met Ser Ser 130 Tyr Val Asn Lys Tyr Asn Thr Asn Tyr Ala Val Ala 135 140 Lys Lys Lys Ser 145 Asn Gly Thr Ser Ala Asn Ser Asp Asp Ala Tyr Thr 150 155 160 Gly Ser Thr Thr ❿ Asn Gly Ala Tyr Thr Ala Asn Tyr Thr His Val Val 165 170 175 Trp Gly Arg Gly 180 Tyr Thr Ala Ser Asn Asp Ala Gly Tyr Val Ser Ala 185 190 Tyr Ala Asn Ala 195 Gly Arg Thr Cys Val Lys Gly Lys Thr Lys His Asp 200 205 Gly Thr Ser Ser 210 Met Thr Ala Ala Asn Ala Gly Trp Val Ala Asn Asn 215 220 Asp Thr Thr Tyr 225 Tyr Val Val Asn Ser Asn Asn Tyr Thr Tyr Thr Gly 230 235 240 Asp Ala Val Lys 245 Gly Lys Val Arg Asn His Lys Asp Asn Thr Thr Gly 250 255 161 200538152

Gly Thr Asn Asn Asn Thr Ser Ala Asn Asn Val Asn Cys Val Val Ala 260 265 270

Ala Trp Lys Gly Val Val Asn Val Trp 275 280 <210>104 <211>170 <212>PRT <213>人造序列 <220> <223>牙周紫質單胞菌B52 FimA多肽序列 <400>104

Asn Gly Ala Ser Ala Asn Ala Thr Lys Asn Lys Cys Gly Ala Gly Arg 15 10 15

Thr Val Val Met Ala Asn Thr Gly Gly Met Ala Gly Lys Thr Ala Val 20 25 30

Lys Ala Thr Thr Val Thr Asn Ala Thr Gly Met Thr Ala Lys Ala Val 35 40 45

Lys Ala Gly Lys Asn Tyr Gly Tyr Asp Gly Ala Gly Gly Asn His Asn 50 55 60

Ala Lys Arg Val His Ala Arg Met Ala Thr Lys Val Met Ser Ala Ala 65 70 75 80

Tyr Asp Asn Tyr Thr Thr Lys Tyr Gly Ala Lys Lys Ser Asn Gly Ala 85 90 95

Thr Val Asn Ala Asp Ala Asn Tyr Thr Gly Ser Thr Thr Asn Gly Ala 100 105 110

Tyr Thr Thr Asn Tyr Ala Asn Val Trp Ser Arg Asp Tyr Val Ala Thr 115 120 125

Ala Gly Ala Gly Tyr Val Asn Asp Tyr Ser Ala Asn Ser Gly Thr His 130 135 140

Thr Cys Val Tyr Gly Lys Lys Asn Gly Ala Asp Thr Gly Thr Asp Ala 145 150. 155 160

Ala Ala Ala Ala Asn Trp Val Asp Ala Gly 165 170 162 200538152 <210>1〇5 <211>275 <212>PRT <213>人造序列〈22〇> <223>喉紫質單胞菌B49 FimAAA <400>105

Met Lys Lys Thr Lys Gly Ala Ala Ala Met Thr Ala Cys Asn Lys Asp 15 10 15

Asn Ala Val Val Gly Asn Ala Thr Ser Val Val Lys Thr Ser Asn Asn 20 25 30

Arg Val Gly Val Ala Asp Asp Ala Lys Val Ala Lys Thr Val Met Val 35 40 45

Tyr Asn Gly Ala Ser Ala Asn Ala Thr Lys Asn Lys Cys Gly Ala Gly 50 55 60

Arg Thr Val Val Met Ala Asn Thr Gly Gly Met Ala Gly Lys Thr Ala 65 7 0 7 5 80

Val Lys Ala Thr Thr Val Thr Asn Gly Ala Thr Gly Met Thr Ala Lys 85 90 95

Ala Val Lys Ala Gly Lys Asn Tyr Gly Tyr Asp Gly Ala Gly Gly Asn 100 105 110

His Asn Ala Lys Arg Val His Ala Arg Met Ala Thr Lys Val Met Ser 115 120 125

Ala Ala Tyr Asp Asn Tyr Thr Thr Lys Tyr Gly Ala Lys Lys Ser Asn 130 135 140

Gly Ala Thr Val Asn Ala Asp Ala Asn Tyr Thr Gly Ser Thr Thr Asn 145 150 155 160

Gly Ala Tyr Thr Thr Asn Tyr Ala Asn Val Trp Ser Arg Asp Tyr Val 165 170 175

Ala Thr Ala Gly Ala Gly Tyr Val Asn Asp Tyr Ser Ala Asn Ser Gly 180 185 190

Thr His Thr Cys Val Tyr Gly Lys Lys Asn Gly Ala Asp Thr Gly Thr 163 200538152 195 200 205

Asp Ala Ala Ala Ala Ala Asn Trp Val Asp Ala Gly Lys Thr Tyr Tyr 210 215 220

Val Val Asn Asn Ser Asn Asn Tyr Thr Tyr Asp Asn Gly Tyr Thr Lys 225 230 235 240

Asn Lys Arg Asn His Lys Tyr Asp Lys Thr Thr Gly Gly Thr Asn Asn 245 250 255

Asn Thr Ser Ala His Asn Val Cys Thr Val Ala Trp Val Val Gly Asn 260 265 270

Ala Thr Trp 275 <210>106 <211>170 <212>PRT <213〉人造序列 <22〇> <223>牙周紫質單胞菌B97 FimA多肽序列 <400>106

Asn Gly Ala Ser Ala Asn Ala Thr Lys Asn Lys Cys Gly Ala Gly Arg 15 10 15

Thr Val Val Met Ala Asn Thr Gly Gly Met Ala Gly Lys Thr Ala Val 20 25 30

Lys Ala Thr Thr Val Thr Asn Ala Thr Gly Met Thr Ala Lys Ala Val 35 40 45

Lys Ala Gly Lys Asn Tyr Gly Tyr Asp Gly Ala Gly Gly Asn His Asn 50 55 60

Ala Lys Arg Val His Ala Arg Met Ala Thr Lys Val Met Ser Ala Ala 65 70 7 5 80

Tyr Asp Asn Tyr Thr Thr Lys Tyr Gly Ala Lys Lys Ser Asn Gly Ala 85 90 95

Thr Val Asn Ala Asp Ala Asn Tyr Thr Gly Ser Thr Thr Asn Gly Ala 100 105 110 164 200538152

Tyr Thr Thr Asn Tyr Ala Asn Val Trp Ser Arg Asp Tyr Val Ala Thr 115 120 125

Ala Gly Ala Gly Tyr Val Asn Asp Tyr Ser Ala Asn Ser Gly Thr His 130 135 140

Thr Cys Val Tyr Gly Lys Lys Asn Gly Ala Asp Thr Gly Thr Asp Ala 145 150 155 160

Ala Ala Ala Ala Asn Trp Val Asp Ala Gly 列序 7 7 Ti4> 0 5 R ^ 1 2 p/ >>>> 0 12 3 1111 2 2 2 2 < < < < <220> <223〉犬牙齦紫質單胞菌B98 FimA AA <400>107

Val Val Gly Asn Ala Thr Ser Val Val Lys Thr Ser Asn Asn Arg Ala 15 10 15

Gly Val Ala Asp Asp Ala Lys Val Ala Lys Thr Val Met Val Tyr Lys 20 25 30

Gly Ala Lys Ser Ala Asn Ala Lys Val Asn Lys Cys Gly Ala Gly Ser 35 40 45

Arg Thr Val Val Met Ala Asn Thr Gly Gly Met Ala Gly Lys Thr Ala 50 55 60

Val Lys Ala Thr Thr Thr Ala Asn Ala Thr Gly Met Thr Ala Val Asp 65 70 75 80

Val Thr Val Ala Gly Asn Asn Tyr Tyr Gly Tyr Asp Gly Thr Gly Gly 85 90 95

Asn Ser Gly Thr Lys Arg Val His Ala Arg Ala Thr Lys Val Lys Met 100 105 110

Ser Ser Tyr Val Asn Lys Tyr Asn Thr Asn Tyr Ala Val Ala Lys Lys 115 120 125

Lys Ser Asn Gly Thr Ser Ala Asn Ser Asp Asp Ala Tyr Thr Gly Ser 130 135 140 165 200538152

Thr Thr Asn Gly Ala Tyr Thr Ala Asn Tyr Thr His Val Val Trp Gly 145 150 155 160

Arg Gly Tyr Thr Ala Ser Asn Asp Ala Gly Tyr Val Ser Ala Tyr Ala 165 17〇 175

Asn Ala Gly Arg Thr Cys Val Lys Gly Lys Thr Lys His Asp Gly Thr 180 185 190

Ser Ser Met Thr Ala Ala Asn Ala Gly Trp Val Ala Asn Asn Asp Thr 195 200 205

Thr Tyr Tyr Val Val Asn Ser Asn Asn Tyr Thr Tyr Thr Gly Asp Ala 210 215 220

Val Lys Gly Lys Val Arg Asn His Lys Asp Asn Thr Thr Gly Gly Thr 225 230 235 240

Asn Asn Asn Thr Ser Ala Asn Asn Val Asn Cys Val Val Ala Ala Trp 245 250 255

Lys <210>108 <211>161 <212>PRT <213>人造序列 <22〇〉

<223>唾液紫質單胞菌B104 FimA多肽序列 <400>108

Ala Thr Val Met Val Tyr Asn Gly Ala Ser Ala Asn Ala Thr Lys Lys 1 5 10 15

Cys Ala Gly Arg Thr Val Val Met Ala Asn Thr Gly Met Gly Lys Thr 20 25 30

Ala Val Lys Ala Thr Thr Thr Asn Ala Gly Met Thr Ala Lys Val Lys 35 40 45

Ala Gly Lys Asn Gly Tyr Gly Gly Gly His Asn Arg Val His Ala Arg 50 55 60

Met Ala Thr Lys Val Met Ser Ala Ala Tyr Asp Asn Tyr Thr Lys Tyr 65 70 75 80 166 200538152

Gly Ala Lys Lys Ser Asn Gly Ala Thr Val Asn Ala Asp Ala Asn Tyr 85 90 95

Thr Gly Ser Thr Thr Asn Gly Ala Tyr Thr Asn Tyr Ala Asn Val Trp 100 105 110

Ser Arg Tyr Val Ala Ala Ala Gly Tyr Val Asn Asp Tyr Ser Ala Asn 115 120 125

Gly Thr His Thr Cys Val Tyr Gly Lys Lys Asn Gly Ala Asp Gly Asp 130 135 140

Ala Ala Ala Ala Asn Trp Val Asp Ala Gly Lys Thr Tyr Tyr Val Val 145 150 155 160

<21〇>109 <211>170 <212>PRT <213>人造序列 <220〉 <223〉犬牙紫質單胞菌B106 FimA多肽序列 <400〉1〇9

Asn Gly Ala Ser Ala Asn Ala Thr Lys Asn Lys Cys Gly Ala Gly Arg 15 10 15

Thr Val Val Met Ala Asn Thr Gly Gly Met Ala Gly Lys Thr Ala Val 20 25 30

Lys Ala Thr Thr Val Thr Asn Ala Thr Gly Met Thr Ala Lys Ala Val 35 40 45

Lys Ala Gly Lys Asn Tyr Gly Tyr Asp Gly Ala Gly Gly Asn His Asn 50 55 60

Ala Lys Arg Val His Ala Arg Met Ala Thr Lys Val Met Ser Ala Ala 65 7〇 75 80

Tyr Asp Asn Tyr Thr Thr Lys Tyr Gly Ala Lys Lys Ser Asn Gly Ala 85 90 95

Thr Val Asn Ala Asp Ala Asn Tyr Thr Gly Ser Thr Thr Asn Gly Ala 100 105 110 167 200538152

Tyr Thr Thr Asn Tyr Ala Asn Val Trp Ser Arg Asp Tyr Val Ala Thr 115 120 125

Ala Gly Ala Gly Tyr Val Asn Asp Tyr Ser Ala Asn Ser Gly Thr His 130 135 140 160

Thr Cys Val Tyr Gly Lys Lys Asn Gly Ala Asp Thr Gly Thr Asp Ala 145 150 155

Ala Ala Ala Ala Asn Trp Val Asp Ala Gly 165 170

<210>110 <211>177 <212>PRT <213>人造序列 <220> <223>牙髓紫質單胞菌B114 FimA多肽序列 <400>110

Lys Gly Ala Lys Ser Ala Asn Ala Lys Val Asn Lys Cys Gly Ala Gly 15 10 15

Ser Arg Thr Val Val Met Ala Asn Thr Gly Gly Met Ala Gly Lys Thr 20 25 30

Ala Val Lys Ala Thr Thr Thr Ala Asn Ala Thr Gly Met Thr Ala Val 35 40 45

Asp Val Thr Val Ala Gly Asn Asn Tyr Tyr Gly Tyr Asp Gly Thr Gly 50 55 60

Gly Asn Ser Gly Thr Lys Arg Val His Ala Arg Ala Thr Lys Val Lys 65 70 Ί5 80

Met Ser Ser Tyr Val Asn Lys Tyr Asn Thr Asn Tyr Ala Val Ala Lys 85 90 95

Lys Lys Ser Asn Gly Thr Ser Ala Asn Ser Asp Asp Ala Tyr Thr Gly 100 105 110

Ser Thr Thr Asn Gly Ala Tyr Thr Ala Asn Tyr Thr His Val Val Trp 115 120 125

Gly Arg Gly Tyr Thr Ala Ser Asn Asp Ala Gly Tyr Val Ser Ala Tyr 168 200538152 130 135 140

Ala Asn Ala Gly Arg Thr Cys Val Lys Gly Lys Thr Lys His Asp Gly 145 150 155 160

Thr Ser

Ser Met Thr Ala 165

Ala Asn Ala Gly Trp Val Ala Asn Asn Asp 170 175

Thr <210>111 <211>1〇24 <212〉DNA <213>人造序列

<220> <223>人造序列之說明：喉紫質單胞菌B43 oprF多核苷酸序列 <4〇〇>111 acattcgttg gagctattgc actgaatgca agtgcacagg aaaatactgt accggcaacg 60 ggtcagttac ccgccaaaaa tgttgctttc gctcgcaaca aagcaggcag caattggttc 120 gtaacactgc agggcggtgt tgcagcgcag ttcctcaatg acaacaacaa caaagatttt 180 gtagaccgct tgggtgctgc cggctctatt tcagttggaa aatatcacaa tccattcttt 240 gcaacccgtt tgcaaattaa cggagctcag gcacacacgt tccttggaaa aaatgcggaa 300 caagaaatta agaccaattt tggcgcagct cactttgact tcatgttcga tgtggttaat 360 tactttgcgc catatcgcga aaatcgtttc ttccatttaa ttccatgggt aggtgttggt 420 taccagcata aattcattgg cagcaaatgg agtaaagaca atgtcgagtc tctgactgcc 480 aatctgggtg ttatgatggc tttcagatta ggaaaacgtg tagactttgt gatcgaagca 540 caagcagcac actccaatct caacttaagc cgtgctttca atgccaagcc gactcctatt 600 ttccaggatc aggaaggacg ttattacaat ggattccaag gaatggcgac agcaggtctt 660 aacttccgct tgggtgctgt aggcttcaat gccatcgagc ccatggacta cgcgcttatc 720 aacgatctga atggtcagat taatcgcctg cgcagagaag tcgaagaact ctccaagcgt 780 cctgtatcat gtcccgaatg ccccgacgtt acacccgtta ccaagacaga aaacaagcta 840 accgagaagg ctgtactctt ccgtttcgac agctatgttg tagacaaaga ccagcttatc 900 aatctgtatg acgtagctca gtttgtaaaa gaaaccaacg agccgattac tgttgtaggc 960 tatgctgatc ctacgggtga cactcagtac aacgaaagat tgtctgagcg tcgcgcaaaa 1020 gccg 1024 <210>112 <211>1024 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序列之說明：犬溝紫質單胞菌B46 oprF多核苷酸序列 <400>112 acattggccg gggtttacgc cctttcagcc tctgctcagc aggagaatat gccacgaatg 60 gggcagactc ccgccaagaa taccgcttac gctcgctctg aagccggtga caattggttt 120 gtgactttgc aaggaggtgc tgctatgcag tttgggaaag gtaacgagga tgccgacttc 180 ttcgaccgcc aaactgttgc tcccactttt gccgtaggta aatggcacaa tcctttcttc 240 gggaccagat tgcaaatggg cttgggggta tctcacgact tctcgaacaa cgaagcgaaa 300 tccaagttgg agatgaacca cgctcgctat gctaacgcac actttgactt tatgtttgat 360 gtgattaact acttcaagcc ctacagtgag gaccgcgtat tccaccttat tccgtgggta 420 169 200538152 ggtttgggtt acgatcacaa gtttgagaaa aacagcaact tcaaggtgga tgctcttaca 480 gccaacgccg gtttgatgtt tgctttccgt gtgatggagc gtatggacat tgtgttggaa 540 agccaggtaa tgtattctga cttcaacctc aacacagctc tgcccgagcc tcgctacaca 600 gcttgctccg gcatgctcac tgccggtttg aacttccgta taggaaatat cggatggagc 660 gagatcctac caatggattg gggcttggta aatgacctga acggacaaat caacgccatg 720 cgtgctaaga acgcagagtt gagcaagcgt cccgtttctt gccccgaatg cccggaagtt 78〇 gagcctcgtg tagagcgtat caatatgctt tcggacaagt ctgttctttt ccgtgccggc 840 aagacaactg tagacagcga tcaaatggta acgatcttcg acgtagctca gtttgcaaag 900 aagaatggca cacagatcac cgttacaggc tatgcagaca agaagggcaa agaaagcgat 960 cgcacctctg aacttcgtgc aaaagccgta gccaagattc tcaccgacaa gtacggtgta 1020 cctt 1024 <210>113 <211〉1024 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序列之說明：牙周紫質單胞菌B52 oprF多核苷酸序列 <400>113 tctataatgg gagctacagc actctccgcg agtgctcaac aatctacgac acctgagact 60 caaactttgc cagctcgcaa gacggctttt gaccgttccg cgggtcactg gttcttgact 120 ctacagggtg gtgtaaatgc acagtttttg gaagaaaacg agtctcaaga catcgtaaat 180 cgtctccgtg tgatgccaac tctttcttta ggaaagtggc acaatcccta ttttgcaacc 240 cgtttgcaag tttttggggg gccaacccct acttactaca aggaggtttc tggggaggtt 300 aagaccctaa ataccgccat ggctggagct cactttgatt ttatgtttga tgtagtaaac 360 ttctatgcaa agtataatcc taaacgagta ttccatttga ttccttggtt cggtgtggga 420 tatggtttca aatactataa cgattttgct gatttagctg atatgattca gtttaatgaa 480 cccttccgtc actcagcaac tgcgaatgct ggtttgatga tgagttttcg cttggcaaaa 540 cgtttggatt tggttctgga agggcaggct atatattcta acttgaatat tgtaaagcaa 600 gagatagatt ataaagcccc cattatgccc tattcaaata tctacaacgg attgacaggt 660 gtcgttactg caggtctcaa ctttaatctc ggtcgtgttg cttgggagtc cgtaactcct 720 atggatatgg atcttattaa tgacctaaac ggacaaatta accgtttgcg ttctgagaat 780 acagagttga gaaaacgtcc agtttcttgc ccagaatgtc ctgaagttac tgcagagacg 840 gaagtagtta ctgaaaacgt tttaggtgat aaggcgattg ttttcaagtt taatagcgca 900 actattgaca aagatcaaca cattgttttg caggatatcg ctgactttgt taaagatggc 960 aacaaagcta ttgttgtaat aggcttcgca gatacaacag gtgatattaa ttacaatatg 1020 catt 1024 <210>114 <211>1024 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223>人造序列之說明：喉紫質單胞菌B69 oprF多核苷酸序列 <400>114 acattcgttg gagctattgc actgaatgca agtgcacagg aaaatactgt accggcaacg 60 ggtcagttac ccgccaaaaa tgttgctttt gcccgcaata aagcaggcgg caattggttt 120 gtaacactgc aaggtggtgt tgcagcacag ttccttaatg acaacaacaa caaagatcta 180 gtagaccgct taggagctac cggatctatc tccgttggaa aatatcacaa tccattcttt 240 gcgactcgtt tgcaaattaa cggaggtcaa gcacacacgt tccttgggaa gaatgcggaa 300 caagaaatta acaccaattt tggagcagct cactttgact tcatgttcga tgtggttaac 360 tactttgcgc catatcgcga aaaccgtttc ttccatttaa ttccatgggt aggtgttggt 420 taccaacaca aattcatcgg tagcgaatgg agtaaagaca acgtcgagtc gctgaccgca 480

170 200538152 aacatgggtg ttatgatggc tttcagatta gggaagcgcg tggactttgt gatcgaagca 540 caagctgctc actccaatct taatttaagt cgcgcattca atgccaagaa aactcctatt 600 ttccacgatc aagaaggtcg ctattacaat ggattccaag gaatggctac agcgggtctt 660 aacttccgct taggtgctgt tggcttcaat gccatcgagc caatggacta cgcgcttatc 720 aacgatctga atggtcagat taaccgtttg cgcagagaag ttgaagagct ctctaagcgt 780 cctgtatcat gccccgaatg. tcccgatgta acacccgtta ctaagacaga aaacaagcta 840 accgagaagg ctgtactctt ccgcttcgac agctatgttg tagacaaaga ccagctgatc 900 aatctgtatg acgttgctca gttcgtaaaa gaaactaacg aaccgattac cgttgtaggt 960 tatgccgatc ctacgggcag cactcagtac aacgaaagat tgtctgagcg tcgcgcaaaa 1020 gccg 1024 <210>115 <211>1024 <212>DNA <213〉人造序列 <220〉

<223〉人造序列之說明：牙周紫質單胞菌B97 oprF多核笞酸序列 <4〇〇>115 tctgttatgg gagctacagc actcacagtt agtgctcagc aacctactac acctgagact 60 cagacattgc ctgctcataa gacggctttt gaccgttctg caggacattg gttcttgact 120 ctccaaggtg gagttagtgc tcaattttta gaagaaaatg aaagtcaaga aatcttgaat 180 cgtcttcatg ttatgcctac aatctcttta ggcaagtggc acaatcctta ttttgcaact 240 cgtttgcaag tgttcggagg tcctactcct actttttata agaatgctgc tggtaaggtg 300 atgaaggaaa atgcggctat ggctggggct cactttgact ttatgtttga tgttgtgaac 360 tactttggta agtataatcc aaagagagtc tttcatcttg tgccttggtt cggtgttgga 420 tatggcttta aataccataa tgatttcgcc gaaatgagtg atatcattaa gtttaatgag 480 ccttatcgcc attcagcaac agcgaatgca gggttgatga tgagtttccg cttagcaaaa 540 cgtcttgatt tagtgcttga aggacaggct atatattcta atttgaatat tgttaagcaa 600 gaaattgatt ataaagctcc ttctactcct tattctccaa attataatgg gcttttggga 660 gttgttacag caggtcttaa ctttaatctt ggtcgtgttg cttgggagac tgttactccc 720 atggatatgg atttgattaa tgatcttaat ggtcaaatca atcgtttgcg ttctgagaat 780 actgagttga gaaaacgtcc tgtttcttgt cctgaatgcc cagaagtttc taaagaaaca 840 actgtagtta cagaaaatgt attgggagac aaagctattg ttttcaaatt taatagtgca 900 actatcagca aagatcaaca tattgttttg caagacattg cggactttgt taagaatgga 960 aataaggggg ttgccgtgat aggtttcgca gatgtaacag gagatgccaa ttacaatatg 1020 <210>116 <211>948 <212>DNA <213〉人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：犬齦紫質單胞菌B98 oprF多核苷酸序列 <400>116 ggtggagtta catgttatgc caagtgttcg gaaaatgcgg ggtaagtata tttaaatacc cgccattcag gatttagtgc gattataaag gtgctcaatt ctacaatctc gaggtcctac ctatggctgg atccaaagag ataatgattt caacagcgaa ttgaaggaca ctccttctac tttagaagaa aatgaaagtc aagaaatctt gaatcgtctt 60 tttaggcaag tggcacaatc cttattttgc aactcgtttg 120 tcctactttt tataagaatg ctgctggtaa ggtgatgaag 180 ggctcacttt gactttatgt ttgatgttgt gaactacttt 240 agtctttcat cttgtgcctt ggttcggtgt tggatatggc 300 cgccgaaatg agtgatatca ttaagtttaa tgagccttat 360 tgcagggttg atgatgagtt tccgcttagc aaaacgtctt 420 ggctatatat tctaatttga atattgttaa gcaagaaatt 480 tccttattct ccaaattata atgggctttt gggagttgtt 540 171 200538152 acagcaggtc ttaactttaa tcttggtcgt gttgcttggg agactgttac tcccatggat 600 atggatttga ttaatgatct taatggtcaa atcaatcgtt tgcgttctga gaatactgag 660 ttgagaaaac gtcctgtttc ttgtcctgaa tgcccagaag tttctaaaga aacaactgta 720 gttacagaaa atgtattggg agacaaagct attgttttca aatttaatag tgcaactatc 780 agcaaagatc aacatattgt tttgcaagac attgcggact ttgttaagaa tggaaataag 840 ggggttgccg tgataggttt cgcagatgta acaggagatg ccaattacaa tatgcaactt 900 tctgaacgtc gtgctaaggc tgttgcggaa gctcttgtga atcaattc 948 <21〇>117 <211>969 <212>DNA <213>人造序列 <22〇> <223>人造序列之說明：唾液紫質單胞菌B104 oprF多核苷酸序列 <400>117

cattggttct tgactctcca aggtggagtt agtgctcaat ttttagaaga aaatgaaagt 60 caagaaatct tgaatcgtct tcatgttatg cctacaatct ctttaggcaa gtggcacaat 120 ccttattttg caactcgttt gcaagtgttc ggaggtccta ctcctacttt ttataagaat 180 gctgctggta aggtgatgaa ggaaaatgcg gctatggctg gggctcactt tgactttatg 240 tttgatgttg tgaactactt tggtaagtat aatccaaaga gagtctttca tcttgtgcct 300 tggttcggtg ttggatatgg ctttaaatac cataatgatt tcgccgaaat gagtgatatc 360 attaagttta atgagcctta tcgccattca gcaacagcga atgcagggtt gatgatgagt 420 ttccgcttag caaaacgtct tgatttagtg cttgaaggac aggctatata ttctaatttg 480 aatattgtta agcaagaaat tgattataaa gctccttcta ctccttattc tccaaattat 540 aatgggcttt tgggagttgt tacagcaggt cttaacttta atcttggtcg tgttgcctgg 600 gagactatta ctcccatgga tatggatttg attaatgatc ttaatggtca aatcaatcgt 660 ttgcgttctg agaatactga gttgagaaaa cgtcctgttt cttgtcctga atgcccagaa 720 gtttctaaag aaacaactgt agttacagaa aatgtattgg gagacaaagc tattgttttc 780 aaatttaata gtgcaactat cagcaaagat caacatattg ttttgcaaga cattgcggac 840 tttgttaaga atggaaataa gggggttgcc gtgataggtt tcgcagatgt aacaggagat 900 gccaattaca atatgcaact ttctgaacgt cgtgctaagg ctgttgcgga agctcttgtg 960 aatcaattc 969

<210>118 <211>1024 <212>DNA <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：犬牙紫質單胞菌B106 〇prF多核苷酸序列 <400>118 gctcataaga cggcttttga ccgttctgca ggacattggt tcttgactct ccaaggtgga 60 gttagtgctc aatttttaga agaaaatgaa agtcaagaaa tcttgaatcg tcttcatgtt 120 atgcctacaa tctctttagg caagtggcac aatccttatt ttgcaactcg tttgcaagtg 180 ttcggaggtc ctactcctac tttttataag aatgctgctg gtaaggtgat gaaggaaaat 240 gcggctatgg ctggggctca ctttgacttt atgtttgatg ttgtgaacta ctttggtaag 300 tataatccaa agagagtctt tcatcttgtg ccttggttcg gtgttggata tggctttaaa 360 taccataatg atttcgccga aatgagtgat atcattaagt ttaatgagcc ttatcgccat 420 tcagcaacag cgaatgcagg gttgatgatg agtttccgct tagcaaaacg tcttgattta 480 gtgcttgaag gacaggctat atattctaat ttgaatattg ttaagcaaga aattgattat 540 aaagctcctt ctactcctta ttctccaaat tataatgggc ttttgggagt tgttacagca 600 ggtcttaact ttaatcttgg tcgtgttgct tgggagactg ttactcccat ggatatggat 660 ttgattaatg atcttaatgg tcaaatcaat cgtttgcgtt ctgagaatac tgagttgaga 72〇 aaacgtcctg tttcttgtcc tgaatgccca gaagtttcta aagaaacaac tgtagttaca 780 172 200538152 tgggagacaa agctattgtt ttcaaattta atagtgcaac tatcagcaaa 840 ttgttttgca agacattgcg gactttgtta agaatggaaa taagggggtt 900 gtttcgcaga tgtaacagga gatgccaatt acaatatgca actttctgaa 960 aggctgttgc ggaagctctt gtgaatcaat tcggagttcc ttctgatatg 1020 1024 <21〇>119 <211>1024 <212>DNA <213>人造序列 <220〉 <223〉人造序列之說明：牙髓紫質單胞菌B114 oprF多核苷酸序列

gggctttggc acttacagct agtgctcaac aaactacgaa accagcgaat 60 cattcaagac tgcatttgaa cgcagcggcg gtcattggtt tctgacaatt 120 tgagtgctca acttttgggt gaaaatgaaa agatggactt tggcaagcgt 180 ctgccaaggc cagtgacaac acccaaacag aggctagcta cctacgcatc 240 tctctgtagg taaatggcat aatccctact ttgctactcg tgtacagctc 300 tcactcctct ctacaatact gagggtggcg ttaatgtaca cacctacaac 360 tcggtgccca ctatgatttc atgtttgatg tagtaaacta tttcgccaag 420 aacgtttctt ccacgtaatt ccttgggtgg gtcttggtta caacttcaag 480 tatttggatt caaggagccc tatcgtcact ctgtcacagg taacgcaggc 540 ctttccgcct cggtaagcgt gtagaccttg tactcgaagc tcaggtagtg 600 tgaacctgat caagcaggaa gtcgactacg atgtagtcac tactccctat 660 atacatacgc tggtcttatg accatgttta ctgctggtct taacttcaat 720 ttgagtggga aactgttgag ccgatggact accagctcat aaacgacttg 780 tcagccgtct acgtagcgaa aacgcagagc tttccaagcg tcctgctttc 840 gtcccgaagt agaggaagta gaagatgttg ttgttgacca gtatgtcctc 900 ctatcctctt cgactttgac aagagcaaca tccgcaagga ccaacaagct 960 tgattgctga attcgtgaag aagtacaata cgcctatcgt ggtagtaggc 1020 1024

gaaaatgtat gatcaacata gccgtgatag cgtcgtgcta attt <40〇〉119 tcagcactgg agtatgcccg cagggtggcc ctgctacatg atgcccacgc ttcggtggtc actgccacga tacaacccca tatcatgatg atggagtttg tacaacaacc gtacctgctg ctgggcaagg aactctcaga tgccccgagt accgacaagg cagcttggta tatg <210>120 <211>375 <212>PRT <213>人造序列 <220> <223>人造序列之說明：喉紫質單胞菌B43 oprF多肽序列 <400>120

Thr Phe Val Gly Ala lie Ala Leu Asn Ala Ser Ala Gin Glu Asn Thr 1 5 10 15 Val Pro Ala Thr Gly Gin Leu Pro Ala Lys Asn Val Ala Phe Ala Arg 20 25 30 Asn Lys Ala Gly Ser Asn Trp Phe Val Thr Leu Gin Gly Gly Val Ala 35 40 45 Ala Gin Phe Leu Asn Asp Asn Asn Asn Lys Asp Phe Val Asp Arg Leu 50 55 60 Gly Ala Ala Gly Ser lie Ser Val Gly Lys Tyr His Asn Pro Phe Phe 65 70 75 80 173 200538152

Ala Thr Arg

Lys Asn Ala

Asp Phe Met 115 Arg Phe Phe 130 Phe lie Gly 145 Asn Leu Gly

Leu Gin 工le Asn Gly Ala Gin Ala His Thr Phe Leu Gly 85 90 95 Glu Gin Glu lie Lys Thr Asn Phe Gly Ala Ala His Phe 100 105 110 Phe Asp Val Val Asn Tyr Phe Ala Pro Tyr Arg Glu Asn 120 125

Val lie Glu

Phe Asn Ala 195 Tyr Asn Gly 210 Gly Ala Val 225 Asn Asp Leu

Leu Ser Lys

Val Thr Lys 275 Phe Asp Ser 290 Val Ala Gin 305 Tyr Ala Asp

Arg Arg Ala

Pro Ser Glu 355 Phe Asn Lys 37 0 <210>121 <211>366

His Leu lie Pro Trp Val Gly Val Gly Tyr Gin His Lys 135 140 Ser Lys Trp Ser Lys Asp Asn Val Glu Ser Leu Thr Ala 150 155 160 Val Met Met Ala Phe Arg Leu Gly Lys Arg Val Asp Phe 165 170 175 Ala Gin Ala Ala His Ser Asn Leu Asn Leu Ser Arg Ala 180 185 190 Lys Pro Thr Pro lie Phe Gin Asp Gin Glu Gly Arg Tyr 200 205 Phe Gin Gly Met Ala Thr Ala Gly Leu Asn Phe Arg Leu 215 220 Gly Phe Asn Ala lie Glu Pro Met Asp Tyr Ala Leu lie 230 235 240 Asn Gly Gin lie Asn Arg Leu Arg Arg Glu Val Glu Glu 245 250 255 Arg Pro Val Ser Cys Pro Glu Cys Pro Asp Val Thr Pro 260 265 270 Thr Glu Asn Lys Leu Thr Glu Lys Ala Val Leu Phe Arg 280 285 Tyr Val Val Asp Lys Asp Gin Leu lie Asn Leu Tyr Asp 295 300 Phe Val Lys Glu Thr Asn Glu Pro lie Thr Val Val Gly 310 315 320 Pro Thr Gly Asp Thr Gin Tyr Asn Glu Arg Leu Ser Glu 325 330 335 Lys Ala Val Val Asp Val Leu Thr Gly Lys Tyr Gly Val 340 345 350 Leu lie Ser Val Glu Trp Lys Gly Asp Thr Thr Gin Pro 360 365 Lys Ala Trp Asn 37 5

174 200538152 <212>PRT <213>人造序列 <220〉 <223>人造序列之說明：犬溝紫質單胞菌B46 oprF多肽序列 <400>121 Thr Leu Ala Gly 1 Val Tyr Ala Leu Ser Ala Ser Ala Gin Gin Glu Asn 5 10 15 Met Pro Arg Met 20 Gly Gin Thr Pro Ala Lys Asn Thr Ala Tyr Ala Arg 25 30 Ser Glu Ala Gly 35 Asp Asn Trp Phe Val Thr Leu Gin Gly Gly Ala Ala 40 45 Met Gin Phe Gly 50 Lys Gly Asn Glu Asp Ala Asp Phe Phe Asp Arg Gin 55 60 Thr Val Ala Pro 65 Thr Phe Ala Val Gly Lys Trp His Asn Pro Phe Phe 70 75 80 Gly Thr Arg Leu Gin Met Gly Leu Gly Val Ser His Asp Phe Ser Asn 85 90 95 Asn Glu Ala Lys 100 Ser Lys Leu Glu Met Asn His Ala Arg Tyr Ala Asn 105 110 Ala His Phe Asp 115 Phe Met Phe Asp Val 工le Asn Tyr Phe Lys Pro Tyr 120 125 Ser Glu Asp Arg 130 Val Phe His Leu lie Pro Trp Val Gly Leu Gly Tyr 135 140 Asp His Lys Phe 145 Glu Lys Asn Ser Asn Phe Lys Val Asp Ala Leu Thr 150 155 160 Ala Asn Ala Gly Leu Met Phe Ala Phe Arg Val Met Glu Arg Met Asp 165 170 175 lie Val Leu Glu 180 Ser Gin Val Met Tyr Ser Asp Phe Asn Leu Asn Thr 185 190 Ala Leu Pro Glu 195 Pro Arg Tyr Thr Ala Cys Ser Gly Met Leu Thr Ala 200 205 Gly Leu Asn Phe 210 Arg lie Gly Asn lie Gly Trp Ser Glu lie Leu Pro 215 220 Met Asp Trp Gly 225 Leu Val Asn Asp Leu Asn Gly Gin lie Asn Ala Met 230 235 240 Arg Ala Lys Asn Ala Glu Leu Ser Lys Arg Pro Val Ser Cys Pro Glu 245 250 255

Cys Pro Glu Val 260 Glu Pro Arg Val Glu Arg lie Asn Met Leu Ser Asp 265 270 Lys Ser Val Leu 275 Phe Arg Ala Gly Lys Thr Thr Val Asp Ser Asp Gin 280 285 175 200538152

Met Val Thr lie Phe Asp Val Ala Gin Phe Ala Lys Lys Asn Gly Thr 290 295 300 Gin lie Thr Val Thr Gly Tyr Ala Asp Lys Lys Gly Lys Glu Ser Asp 305 310 315 320 Arg Thr Ser Glu Leu Arg Ala Lys Ala Val Ala Lys lie Leu Thr Asp 325 330 335 Lys Tyr Gly Val Pro Ser Asp Arg lie Ser lie Glu Trp Lys Gly Val 340 345 350 Ser Glu Gin Val Tyr Asp Asn Arg Asp Trp Asn Arg Val Val 355 360 365 <210>122 <211>382 <212>PRT <213〉人造序列 <220> <223>人造序列之說明：牙周紫質單胞菌B52 oprF多肽序列 <400>122 Ser lie Met Gly Ala Thr Ala Leu Ser Ala Ser Ala Gin Gin Ser Thr 1 5 10 15 Thr Pro Glu Thr Gin Thr Leu Pro Ala Arg Lys Thr Ala Phe Asp Arg 20 25 30 Ser Ala Gly His Trp Phe Leu Thr Leu Gin Gly Gly Val Asn Ala Gin 35 40 45 Phe Leu Glu Glu Asn Glu Ser Gin Asp lie Val Asn Arg Leu Arg Val 50 55 60 Met Pro Thr Leu Ser Leu Gly Lys Trp His Asn Pro Tyr Phe Ala Thr 65 70 7 5 80 Arg Leu Gin Val Phe Gly Gly Pro Thr Pro Thr Tyr Tyr Lys Glu Val 85 90 95 Ser Gly Glu Val Lys Thr Leu Asn Thr Ala Met Ala Gly Ala His Phe 100 105 110 Asp Phe Met Phe Asp Val Val Asn Phe Tyr Ala Lys Tyr Asn Pro Lys 115 120 125 Arg Val Phe His Leu lie Pro Trp Phe Gly Val Gly Tyr Gly Phe Lys 130 135 140 Tyr Tyr Asn Asp Phe Ala Asp Leu Ala Asp Met lie Gin Phe Asn Glu 145 150 155 160 Pro Phe Arg His Ser Ala Thr Ala Asn Ala Gly Leu Met Met Ser Phe 165 170 175 Arg Leu Ala Lys Arg Leu Asp Leu Val Leu Glu Gly Gin Ala lie Tyr

176 200538152 180 185 190

Ser Asn Leu Asn lie Val Lys Gin Glu lie Asp Tyr Lys Ala Pro lie 195 200 205

Met Pro Tyr Ser Asn lie Tyr Asn Gly Leu Thr Gly Val Val Thr Ala 210 215 220

Gly Leu Asn Phe Asn Leu Gly Arg Val Ala Trp Glu Ser Val Thr Pro 225 230 235 240

Met Asp Met Asp Leu lie Asn Asp Leu Asn Gly Gin lie Asn Arg Leu. 245 250 255

Arg Ser Glu Asn Thr Glu Leu Arg Lys Arg Pro Val Ser Cys Pro Glu 260 265 270

Cys Pro Glu Val Thr Ala Glu Thr Glu Val Val Thr Glu Asn Val Leu 275 280 285

Gly Asp Lys Ala lie Val Phe Lys Phe Asn Ser Ala Thr lie Asp Lys 290 295 300

Asp Gin His lie Val Leu Gin Asp 工le Ala Asp Phe Val Lys Asp Gly 305 310 315 320

Asn Lys Ala lie Val Val lie Gly Phe Ala Asp Thr Thr Gly Asp lie 325 330 335

Asn Tyr Asn Met His Leu Ser Glu Arg Arg Ala Lys Ala Val Ala Glu 340 345 350

Ala Leu Val Asn Lys Phe Gly Val Ser Ser Asp Met lie Ser Val Glu 355 360 365

Trp Gin Gly Glu Thr Glu Gin Phe Asn Pro Arg Ala Trp Asn 370 375 380 <210>123 <211>375 <212>PRT <213>人造序列 <220> <223>人造序列之說明：喉紫質單胞菌B69 〇prF多肽序列 <400>123

Thr Phe Val Gly Ala lie Ala Leu Asn Ala Ser Ala Gin Glu Asn Thr 15 10 15

Val Pro Ala Thr Gly Gin Leu Pro Ala Lys Asn Val Ala Phe Ala Arg 2〇 25 30

Asn Lys Ala Gly Gly Asn Trp Phe Val Thr Leu Gin Gly Gly Val Ala 35 40 45

Ala Gin Phe Leu Asn Asp Asn Asn Asn Lys Asp Leu Val Asp Arg Leu 50 55 60 177 200538152

Gly Ala Thr Gly Ser lie Ser Val Gly Lys Tyr His Asn Pro Phe Phe 65 70 75 80

Ala Thr Arg Leu Gin lie Asn Gly Gly Gin Ala His Thr Phe Leu Gly 85 90 95

Lys Asn Ala Glu Gin Glu 工le Asn Thr Asn Phe Gly Ala Ala His Phe 100 105 110

Asp Phe Met Phe Asp Val Val Asn Tyr Phe Ala Pro Tyr Arg Glu Asn 115 120 125

Arg Phe Phe His Leu lie Pro Trp Val Gly Val Gly Tyr Gin His Lys 130 135 140

Phe lie Gly Ser Glu Trp Ser Lys Asp Asn Val Glu Ser Leu Thr Ala 145 150 155 160

Asn Met Gly Val Met Met Ala Phe Arg Leu Gly Lys Arg Val Asp Phe 165 170 175

Val lie Glu Ala Gin Ala Ala His Ser Asn Leu Asn Leu Ser Arg Ala 180 185 190

Phe Asn Ala Lys Lys Thr Pro lie Phe His Asp Gin Glu Gly Arg Tyr 195 200 205

Tyr Asn Gly Phe Gin Gly Met Ala Thr Ala Gly Leu Asn Phe Arg Leu 210 215 220

Gly Ala Val Gly Phe Asn Ala lie Glu Pro Met Asp Tyr Ala Leu lie 225 230 235 240

Asn Asp Leu Asn Gly Gin lie Asn Arg Leu Arg Arg Glu Val Glu Glu 245 250 255

Leu Ser Lys Arg Pro Val Ser Cys Pro Glu Cys Pro Asp Val Thr Pro 260 265 270

Val Thr Lys Thr Glu Asn Lys Leu Thr Glu Lys Ala Val Leu Phe Arg 275 280 285

Phe Asp Ser Tyr Val Val Asp Lys Asp Gin Leu lie Asn Leu Tyr Asp 290 295 300

Val Ala Gin Phe Val Lys Glu Thr Asn Glu Pro lie Thr Val Val Gly 305 310 315 320

Tyr Ala Asp Pro Thr Gly Ser Thr Gin Tyr Asn Glu Arg Leu Ser Glu 325 330 335

Arg Arg Ala Lys Ala Val Val Asp Val Leu Thr Gly Lys Tyr Gly Val 340 345 350

Pro Ser Glu Leu lie Ser Val Glu Trp Lys Gly Asp Ser Thr Gin Pro 355 360 365

Phe Asn Lys Lys Ala Trp Asn 370 375 178 200538152 <210>124 <211>382 <212>PRT <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：牙周紫質單胞菌B97〇prF多肽序列 <400>124

Ser Val Met Gly Ala Thr Ala Leu Thr Val Ser Ala Gin Gin Pro Thr 1 5 l〇 15

Thr Pro Glu Thr Gin Thr Leu Pro Ala His Lys Thr Ala Phe Asp Arg 20 25 30

Ser Ala Gly His Trp Phe Leu Thr Leu Gin Gly Gly Val Ser Ala Gin 35 40 45

Phe Leu Glu Glu Asn Glu Ser Gin Glu lie Leu Asn Arg Leu His Val 50 55 60

Met Pro Thr lie Ser Leu Gly Lys Trp His Asn Pro Tyr Phe Ala Thr 65 70 75 80

Arg Leu Gin Val Phe Gly Gly Pro Thr Pro Thr Phe Tyr Lys Asn Ala 85 90 95

Ala Gly Lys Val Met Lys Glu Asn Ala Ala Met Ala Gly Ala His Phe 100 105 110

Asp Phe Met Phe Asp Val Val Asn Tyr Phe Gly Lys Tyr Asn Pro Lys 115 120 125

Arg Val Phe His Leu Val Pro Trp Phe Gly Val Gly Tyr Gly Phe Lys 130 135 140

Tyr His Asn Asp Phe Ala Glu Met Ser Asp lie lie Lys Phe Asn Glu 145 150 155 160

Pro Tyr Arg His Ser Ala Thr Ala Asn Ala Gly Leu Met Met Ser Phe 165 170 175

Arg Leu Ala Lys Arg Leu Asp Leu Val Leu Glu Gly Gin Ala lie Tyr 180 185 190

Ser Asn Leu Asn lie Val Lys Gin Glu 工le Asp Tyr Lys Ala Pro Ser 195 200 205

Thr Pro Tyr Ser Pro Asn Tyr Asn Gly Leu Leu Gly Val Val Thr Ala 210 215 220

Gly Leu Asn Phe Asn Leu Gly Arg Val Ala Trp Glu Thr Val Thr Pro 225 230 235 240

Met Asp Met Asp Leu lie Asn Asp Leu Asn Gly Gin lie Asn Arg Leu 245 250 255

Arg Ser Glu Asn Thr Glu Leu Arg Lys Arg Pro Val Ser Cys Pro Glu 260 265 270 179 200538152

Cys Pro Glu Val Ser Lys Glu Thr Thr Val Val Thr Glu Asn Val Leu 27 5 280 285 Gly Asp Lys Ala He Val Phe Lys Phe Asn Ser Ala Thr lie Ser Lys 290 295 300 Asp Gin His lie Val Leu Gin Asp lie Ala Asp Phe Val Lys Asn Gly 305 310 315 320 Asn Lys Gly Val Ala Val lie Gly Phe Ala Asp Val Thr Gly Asp Ala 325 330 335 Asn Tyr Asn Met Gin Leu Ser Glu Arg Arg Ala Lys Ala Val Ala Glu 340 345 350 Ala Leu Val Asn Gin Phe Gly Val Pro Ser Asp Met lie Ser Val Glu 355 360 365 Trp Gin Gly Glu Thr Glu Leu Phe Glu Ala Arg Ala Trp Asn 370 375 380 <210>125 <211>316 <212>PRT <213>人造序列 <220> <223>人造序列之說明：犬齦紫質單胞菌B98 oprF多肽序列 <400>125 Gly Gly Val Ser Ala Gin Phe Leu Glu Glu Asn Glu Ser Gin Glu lie 1 5 10 15 Leu Asn Arg Leu His Val Met Pro Thr lie Ser Leu Gly Lys Trp His 20 25 30 Asn Pro Tyr Phe Ala Thr Arg Leu Gin Val Phe Gly Gly Pro Thr Pro 35 40 45 Thr Phe Tyr Lys Asn Ala Ala Gly Lys Val Met Lys Glu Asn Ala Ala 50 55 60 Met Ala Gly Ala His Phe Asp Phe Met Phe Asp Val Val Asn Tyr Phe 65 70 7 5 80 Gly Lys Tyr Asn Pro Lys Arg Val Phe His Leu Val Pro Trp Phe Gly 85 90 95 Val Gly Tyr Gly Phe Lys Tyr His Asn Asp Phe Ala Glu Met Ser Asp 100 105 110 lie lie Lys Phe Asn Glu Pro Tyr Arg His Ser Ala Thr Ala Asn Ala 115 120 125 Gly Leu Met Met Ser Phe Arg Leu Ala Lys Arg Leu Asp Leu Val Leu 130 135 140 Glu Gly Gin Ala lie Tyr Ser Asn Leu Asn lie Val Lys Gin Glu lie 145 150 155 160

180 200538152

Asp Tyr Lys Ala Pro Ser Thr Pro Tyr Ser Pro Asn Tyr Asn Gly Leu 165 170 175

Leu Gly Val Val Thr Ala Gly Leu Asn Phe Asn Leu Gly Arg Val Ala 180 185 190

Trp Glu Thr Val Thr Pro Met Asp Met Asp Leu lie Asn Asp Leu Asn 195 200 205

Gly Gin 工le Asn Arg Leu Arg Ser Glu Asn Thr Glu Leu Arg Lys Arg 210 215 220

Pro Val Ser Cys Pro Glu Cys Pro Glu Val Ser Lys Glu Thr Thr Val 225 230 235 240

Val Thr Glu Asn Val Leu Gly Asp Lys Ala lie Val Phe Lys Phe Asn 245 250 255

Ser Ala Thr lie Ser Lys Asp Gin His lie Val Leu Gin Asp lie Ala 260 265 270

Asp Phe Val Lys Asn Gly Asn Lys Gly Val Ala Val lie Gly Phe Ala 275 280 285

Asp Val Thr Gly Asp Ala Asn Tyr Asn Met Gin Leu Ser Glu Arg Arg 290 295 300

Ala Lys Ala Val Ala Glu Ala Leu Val Asn Gin Phe 305 310 315 <210>126 <211>323 <212〉PRT <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：唾液紫質單胞菌B104 oprF多肽序列 <400>126

His Trp Phe Leu Thr Leu Gin Gly Gly Val Ser Ala Gin Phe Leu Glu 15 10 15

Glu Asn Glu Ser Gin Glu lie Leu Asn Arg Leu His Val Met Pro Thr 20 25 30 lie Ser Leu Gly Lys Trp His Asn Pro Tyr Phe Ala Thr Arg Leu Gin 35 40 45

Val Phe Gly Gly Pro Thr Pro Thr Phe Tyr Lys Asn Ala Ala Gly Lys 50 55 60

Val Met Lys Glu Asn Ala Ala Met Ala Gly Ala His Phe Asp Phe Met 65 70 75 80

Phe Asp Val Val Asn Tyr Phe Gly Lys Tyr Asn Pro Lys Arg Val Phe 85 90 95

His Leu Val Pro Trp Phe Gly Val Gly Tyr Gly Phe Lys Tyr His Asn 181 200538152 100 105 110

Asp Phe Ala Glu Met Ser Asp lie lie Lys Phe Asn Glu Pro Tyr Arg 115 120 125

His Ser Ala Thr Ala Asn Ala Gly Leu Met Met Ser Phe Arg Leu Ala 130 135 140

Lys Arg Leu Asp Leu Val Leu Glu Gly Gin Ala lie Tyr Ser Asn Leu 145 150 155 160

Asn lie Val Lys Gin Glu lie Asp Tyr Lys Ala Pro Ser Thr Pro Tyr 165 170 175

Ser Pro Asn Tyr Asn Gly Leu Leu Gly Val Val Thr Ala Gly Leu Asn 180 185 190

Phe Asn Leu Gly Arg Val Ala Trp Glu Thr lie Thr Pro Met Asp Met 195 200 205

Asp Leu lie Asn Asp Leu Asn Gly Gin lie Asn Arg Leu Arg Ser Glu 210 215 220

Asn Thr Glu Leu Arg Lys Arg Pro Val Ser Cys Pro Glu Cys Pro Glu 225 230 235 240

Val Ser Lys Glu Thr Thr Val Val Thr Glu Asn Val Leu Gly Asp Lys 245 250 255

Ala lie Val Phe Lys Phe Asn Ser Ala Thr lie Ser Lys Asp Gin His 260 265 270 lie Val Leu Gin Asp lie Ala Asp Phe Val Lys Asn Gly Asn Lys Gly 275 280 285

Val Ala Val lie Gly Phe Ala Asp Val Thr Gly Asp Ala Asn Tyr Asn 290 295 300

Met Gin Leu Ser Glu Arg Arg Ala Lys Ala Val Ala Glu Ala Leu Val 305 310 315 320

Asn Gin Phe <210>127 <211>349 <212>PRT <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：犬牙紫質單胞菌B106 oprF多肽序列 <400>127

Ala His Lys Thr Ala Phe Asp Arg Ser Ala Gly His Trp Phe Leu Thr ! 5 10 15

Leu Gin Gly Gly Val Ser Ala Gin Phe Leu Glu Glu Asn Glu Ser Gin 20 25 30 182 200538152

Glu lie Leu Asn Arg Leu His Val Met Pro Thr lie Ser Leu Gly Lys 35 40 45 Trp His Asn Pro 50 Tyr Phe Ala Thr Arg Leu Gin Val Phe Gly Gly Pro 55 60 Thr Pro Thr Phe 65 Tyr Lys Asn Ala Ala Gly Lys Val Met Lys Glu Asn 70 75 80 Ala Ala Met Ala Gly Ala His Phe Asp Phe Met Phe Asp Val Val Asn 85 90 95 Tyr Phe Gly Lys 100 Tyr Asn Pro Lys Arg Val Phe His Leu Val Pro Trp 105 110 Phe Gly Val Gly 115 Tyr Gly Phe Lys Tyr His Asn Asp Phe Ala Glu Met 120 125 Ser Asp lie lie 130 Lys Phe Asn Glu Pro Tyr Arg His Ser Ala Thr Ala 135 140 Asn Ala Gly Leu 145 Met Met Ser Phe Arg Leu Ala Lys Arg Leu Asp Leu 150 155 160 Val Leu Glu Gly Gin Ala lie Tyr Ser Asn Leu Asn 工le Val Lys Gin 165 170 175 Glu 工le Asp Tyr 180 Lys Ala Pro Ser Thr Pro Tyr Ser Pro Asn Tyr Asn 185 190 Gly Leu Leu Gly 195 Val Val Thr Ala Gly Leu Asn Phe Asn Leu Gly Arg 200 205 Val Ala Trp Glu 210 Thr Val Thr Pro Met Asp Met Asp Leu 工le Asn Asp 215 220 Leu Asn Gly Gin 225 lie Asn Arg Leu Arg Ser Glu Asn Thr Glu Leu Arg 230 235 240 Lys Arg Pro Val Ser Cys Pro Glu Cys Pro Glu Val Ser Lys Glu Thr 245 250 255 Thr Val Val Thr 260 Glu Asn Val Leu Gly Asp Lys Ala lie Val Phe Lys 265 270 Phe Asn Ser Ala 275 Thr lie Ser Lys Asp Gin His lie Val Leu Gin Asp 280 285 工le Ala Asp Phe 290 Val Lys Asn Gly Asn Lys Gly Val Ala Val lie Gly 295 300 Phe Ala Asp Val 305 Thr Gly Asp Ala Asn Tyr Asn Met Gin Leu Ser Glu 310 315 320

Arg Arg Ala Lys Ala Val Ala Glu Ala Leu Val Asn Gin Phe Gly Val 325 330 335

Pro Ser Asp Met lie Ser Val Glu Trp Gin Gly Glu Thr 340 345 183 200538152 <210>128 <211>395 <212>PRT <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：牙髓質單胞菌B114 oprF多肽序列 <400>128 Ser Ala Leu Gly Ala Leu Ala 1 5 Leu Thr Ala Ser Ala Gin Gin Thr Thr 10 15 Lys Pro Ala Asn Ser Met Pro 20 Ala Phe Lys Thr Ala Phe Glu Arg Ser 25 30 Gly Gly His Trp Phe Leu Thr 35 lie Gin Gly Gly Leu Ser Ala Gin Leu 40 45 Leu Gly Glu Asn Glu Lys Met 50 55 Asp Phe Gly Lys Arg Leu Leu His Ala 60 Ala Lys Ala Ser Asp Asn Thr 65 70 Gin Thr Glu Ala Ser Tyr Leu Arg lie Ί5 80 Met Pro Thr Leu Ser Val Gly 85 Lys Trp His Asn Pro Tyr Phe Ala Thr 90 95 Arg Val Gin Leu Phe Gly Gly 100 Leu Thr Pro Leu Tyr Asn Thr Glu Gly 105 110 Gly Val Asn Val His Thr Tyr 115 Asn Thr Ala Thr lie Gly Ala His Tyr 120 125 Asp Phe Met Phe Asp Val Val 130 135 Asn Tyr Phe Ala Lys Tyr Asn Pro Lys 140 Arg Phe Phe His Val lie Pro 145 150 Trp Val Gly Leu Gly Tyr Asn Phe Lys 155 160 Tyr His Asp Val Phe Gly Phe 165 Lys Glu Pro Tyr Arg His Ser Val Thr 17〇 175 Gly Asn Ala Gly Met Glu Phe 180 Ala Phe Arg Leu Gly Lys Arg Val Asp 185 190 Leu Val Leu Glu Ala Gin Val 195 200 Val Tyr Asn Asn Leu Asn Leu lie Lys 205 Gin Glu Val Asp Tyr Asp Val 210 215 Val Thr Thr Pro Tyr Val Pro Ala Asp 220 Thr Tyr Ala Gly Leu Met Thr 225 230 Met Phe Thr Ala Gly Leu Asn Phe Asn 235 240 Leu Gly Lys Val Glu Trp Glu 245 Thr Val Glu Pro Met Asp Tyr Gin Leu 250 255 lie Asn Asp Leu Asn Ser Gin 260 lie Ser Arg Leu Arg Ser Glu Asn Ala 265 270 184 200538152

Glu Leu Ser Lys Arg Pro Ala Phe Cys Pro Glu Cys Pro Glu Val Glu 275 280 285

Glu Val Glu Asp Val Val Val Asp Gin Tyr Val Leu Thr Asp Lys Ala 290 295 300 lie Leu Phe Asp Phe Asp Lys Ser Asn 工le Arg Lys Asp Gin Gin Ala 305 310 315 320

Gin Leu Gly Met lie Ala Glu Phe Val Lys Lys Tyr Asn Thr Pro lie 325 330 335

Val Val Val Gly Tyr Ala Asp Pro Thr Gly Lys Ser Lys Tyr Asn Met 340 345 350

Glu Leu Ser Lys Arg Arg Ala Gin Ala Val Val Asn Glu Leu Thr Asn 355 360 365

Arg His Gly Val Pro Ala Asp Leu lie Thr Met Glu Trp Glu Gly Ala 370 375 380

Thr Asn Lys Phe Thr Pro Pro Thr Ala Trp Asn 385 390 395 <210>129 <211>12 <212>PRT <213〉人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：喉紫質單胞菌B43 FimA多肽片段序列#1 <400>129

Ala Cys Asn Lys Asp Asn Glu Ala Glu Pro Val Val 15 10 <210>130 <211>21 <212>PRT <213>人造序列 <220〉 <223〉人造序列之說明：喉紫質單胞菌3 FimA多肽片段序列#2 <400>130

Tyr Pro Val Leu Val Asn Phe Glu Ser Asn Asn Tyr Thr Tyr Thr Gly 1 5 10 15

Asp Ala Val Glu Lys 20 <21〇>131 <211>16 <212>PRT <213〉人造序列 185 200538152 <220> <22 3>人造序列之說明：喉紫質單胞菌B43 FimA多肽片段序列#3 <4〇〇>131

Thr Gly Pro Gly Thr Asn Asn Pro Glu Asn Pro lie Tyr Glu Ser Ala 15 10 15 <210>132 <211>14 <212>PRT <213>人造序列 <220〉 <223〉人造序列之說明：喉紫質單胞菌B43 FimA多肽片段序列#1 <400>132

Asn Asp Asn Asn Asn Lys Asp Phe Val Asp Arg Leu Gly Ala 1 5 10 <210>133 <211>29 <212>PRT <213>人造序列 <220> <223>人造序列之說明：喉紫質單胞菌B43 FimA多肽片段序列#2 <400>133

Asp Leu Asn Gly Gin lie Asn Arg Leu Arg Arg Glu Val Glu Glu Leu 1 5 10 15

Ser Lys Arg Pro Val Ser Cys Pro Glu Cys Pro Asp Val 20 25 <21〇〉134 <211>21 <212>PRT <213〉人造序列 <22〇> <223〉人造序列之說明：喉紫質單胞菌B43 FimA多肽片段序列#3 <400>134

Ala Asp Pro Thr Gly Asp Thr Gin Tyr Asn Glu Arg Leu Ser Glu Arg 15 10 15

Arg Ala Lys Ala Val 20 <21〇〉135 <211>47 <212>PRT <213〉人造序列 186 200538152 <220> <223〉人造序列之說明：pBAD-HisA胺基端多肽序列 <400>135

Met Gly Gly Ser His His His His His His Gly Met Ala Ser Met Thr 1 5 10 15

Gly Gly Gin Met Gly Arg Asp Leu Tyr Asp Asp Asp Asp Lys Asp Arg 20 25 30

Trp Gly Ser Glu Leu Glu lie Cys Ser Gin Tyr His Met Gly lie 35 40 45

<210>136 <211>15 <212>PRT <213>人造序列 <220> <223〉人造序列之說明：pBAD-T〇P〇胺基端多肽序列 <400>136

Met Gly Ser Gly Ser Gly Asp Asp Asp Asp Lys Leu Ala Leu Met 15 10 15 <210>137 <211>12 <212>PRT <213>人造序列 <220> <223>人造序列之說明：1載體胺基端多肽序列 <400>137

Met Gly Thr Thr Thr Thr Thr Thr Ser Leu His Met 15 10 <210>138 <211>571 <212>DNA <213>人造 <220> <223>人造序列之說明：犬牙臭菌B107 16S rRNA多核苷酸序列 <400>138 cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac agtatggggc taatagaaat 60 aattaagtga gccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180 187 200538152 ggtttaaatg tatgttgcat tatgtagaaa tacgtatttt cttcggaact gcatacaagg 240 tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg gttaagtccc ataacgagcg 300 caacccttat gattagttgc taacggttca agccgagcac tctattcaca ctgccaccgt 360 aaggtgcgag gaaggagggg atgatgtcaa atcagcacgg cccttatatc cggggctaca 42〇 cacgtgttac aatggtcggt acagcgggtt gcatttacgt gagtaacagc taatcccaaa 480 aatcggtctc agttcggatt ggagtctgca actcgactcc atgaagttgg attcgctagt 540 aatcgcacat cagccatggt gcggtgaata c 571 <210>139 <211>515 <212>DNA <213>人造 <220> <223>人造序列之說明··犬牙臭菌B113 16S rRNA多核苷酸序列 <400>139 cacgccgtta aacgatgctc accggctcta tgcgataaga cagtatgggg ctaatagaaa 60 taattaagtg agccacctgg ggagtacgtc ggcaacgatg aaactcaaag gaattgacgg 120 gggcccgcac aagcggagga acatgtggtt taattcgatg atacgcgagg aaccttaccc 180 gggtttaaat gtatgttgca ttatgtagaa atacgtattt tcttcggaac tgcatacaag 240 gtgctgcatg gttgtcgtca gctcgtgccg tgaggtgtcg ggttaagtcc cataacgagc 300 gcaaccctta tgattagttg ctaacggttc aagccgagca ctctattcac actgccaccg 360 taaggtgcga ggaaggaggg gatgatgtca aatcagcacg gcccttatat ccggggctac 420 acacgtgtta caatggtcgg tacagcgggt tgcatttacg tgagtaacag ctaatcccaa 480 aaatcggtct cagttcggat tggagtctgc aactc 515 <210>140 <211>571 <212>DNA <213>人造 <220> <223>人造序列之說明：犬牙臭菌B126 16S rRNA多核苷酸序列 <400>140 cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac agtatggggc taatagaaat 60 aattaagtga gccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180

188 200538152 ggtttaaatg tatgttgcat tatgtagaaa tacgtatttt cttcggaact gcatacaagg 240 tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg gttaagtccc ataacgagcg 300 caacccttat gattagttgc taacggttca agccgagcac tctattcaca ctgccaccgt 360 aaggtgcgag gaaggagggg atgatgtcaa atcagcacgg cccttatatc cggggctaca 420 cacgtgttac aatggtcggt acagcgggtt gcatttacgt gagtaacagc taatcccaaa 480 aatcggtctc agttcggatt ggagtctgca actcgactcc atgaagttgg attcgctagt 540 aatcgcacat cagccatggt gcggtgaata c 571 <210>141 <211>571 <212>DNA <213〉人造

<220> <223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B129 16S rRNA多核苷酸序列 <400>141 cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac agtatggggc taatagaaat 60 aattaagtga gccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180 ggtttaaatg tatgttgcat tatgtagaaa tacgtatttt cttcggaact gcatacaagg 240 tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg gttaagtccc ataacgagcg 300 caacccttat gattagttgc taacggttca agccgagcac tctattcaca ctgccaccgt 360 aaggtgcgag gaaggagggg atgatgtcaa atcagcacgg cccttatatc cggggctaca 420 cacgtgttac aatggtcggt acagcgggtt gcatttacgt gagtaacagc taatcccaaa 480 atcggtctc agttcggatt ggagtctgca actcgactcc atgaagttgg attcgctagt 540 aatcgcacat cagccatggt gcggtgaata c 571 <210〉142 <211>574

<212>DNA <213>人造 <220> <223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B135 16S rRNA多核苷酸序列 <400>142 cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac agtatggggc taatagaaat 60 aattaagtga gccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180 189 200538152 ggtttaaatg tatgttgcat tatgtagaaa tacgtatttt cttcggaact gcatacaagg 240 tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg gttaagtccc ataacgagcg 300 caacccttat gattagttgc taacggttca agccgagcac tctattcaca ctgccaccgt 360 aaggtgcgag gaaggagggg atgatgtcaa atcagcacgg cccttatatc cggggctaca 420 cacgtgttac aatggtcggt acagcgggtt gcatttacgt gagtaacagc taatcccaaa 480 aatcggtctc agttcggatt ggagtctgca actccactcc atgaagttgg attcgctagt 540 aatcgcacat caaccatggt gcggtgaata cgtt 574 <210>143 <211>571 <212>DNA <213>人造

<220〉 <223>人造序列之說明：犬牙臭菌B140 16S rRNA多核苷酸序列 <400>143

cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac agtatggggc taatagaaat 60 aattaagtga gccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180 ggtttaaatg tatgttgcat tatgtagaaa tacgtatttt cttcggaact gcatacaagg 240 tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg gttaagtccc ataacgagcg 300 caacccttat gattagttgc taacggttca agccgagcac tctattcaca ctgccaccgt 360 aaggtgcgag gaaggagggg atgatgtcaa atcagcacgg cccttatatc cggggctaca 420 cacgtgttac aatggtcggt acagcgggtt gcatttacgt gagtaacagc taatcccaaa 480 aatcggtctc agttcggatt ggagtctgca actcgactcc atgaagttgg attcgctagt 540 aatcgcacat cagccatggt gcggtgaata c 571 <210>144 <211>514 <212>DNA <213>人造 <220> <223>人造序列之說明：犬牙臭菌B15〇16S rRNA多核苷酸序列 <400>144 cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac ggtatggggc taatagaaat 60 aattaagtga gccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 190 200538152 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180 ggtttaaatg tatgttgcat tatgtagaaa tacgtatttt cttcggaact gcatacaagg 240 tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg gttaagtccc ataacgagcg 3〇〇 caacccttat gattagttgc taacggttca agccgagcac tctattcaca ctgccaccgt 360 aaggtgcgag gaaggagggg atgatgtcaa atcagcacgg cccttatatc cggggctaca 420 cacgtgttac aatggtcggt acagcgggtt gcatttacgt gagtaacagc taatcccaaa 480 aatcggtctc agttcggatt ggagtctgca actc 514 <21〇>145 <211>514 <212>DNA <213〉人造

<220> <223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B151 16S rRNA多核苷酸序列 <400>145 cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac ggtatggggc taatagaaat 60 aattaagtga gccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180 ggtttaaatg tatgttgcat tatgtagaaa tacgtatttt cttcggaact gcatacaagg 240 tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg gttaagtccc ataacgagcg 300 caacccttat gattagttgc taacggttca agccgagcac tctattcaca ctgccaccgt 360 aaggtgcgag gaaggagggg atgatgtcaa atcagcacgg cccttatatc cggggctaca 420 cacgtgttac aatggtcggt acagcgggtt gcatttacgt gagtaacagc taatcccaaa 480 aatcggtctc agttcggatt ggagtctgca actc 514 <210>146 <211>553 <212>DNA <213〉人造 <22 0〉 <223>人造序列之說明：犬牙臭菌B152 16S rRNA多核苷酸序列 <400>146 cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac ggtatggggc taatagaaat 60 aattaagtga gccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180 ggtttaaatg tatgttgcat tatgtagaaa tacgtatttt cttcggaact gcatacaagg 240 191 200538152 tgctgcatgg ttgtcgtCag ctcgtgccgt gaggtgtcgg gttaagtccc ataacgagcg 300 caacccttat gattagttgc taacggttca agccgagcac tctattcaca ctgccaccgt 360 aaggtgcgag gaaggagggg atgatgtcaa atcagcacgg cccttatatc cggggctaca 420 cacgtgttac aatggtcggt acagcgggtt gcatttacgt gagtaacagc taatcccaaa 480 aatcggtctc agttcggatt ggagtctgca actcgactcc atgaagttgg attcgctagt 540 aatcgcacat caa 553 <21〇〉147 <211>568 <212>DNA <213>人造 <220>

<223>人造序列之說明：犬牙臭菌B155 16S rRNA多核苷酸序列 <220〉 <221>misc一featrue <222>(209Τ··(209) <223>n 為 a、c、g 或 t <400>147

cacgccgtaa acgatgctca ccgtgctcta tgcgataaga cggtatgggg ctaatagaaa 60 taattaagtg atgccacctg gggagtacgt cggcaacgat gaaactcaaa ggaattgacg 120 ggggcccgca caagcggagg aacatgtggt ttaattcgat gatacgcgag gaaccttacc 180 cgggtttaaa tgtatgttgc attatgtana aatacgtatt ttcttcggaa ctgcatacaa 240 ggtgctgcat ggttgtcgtc agctcgtgcc gtgaggtgtc gggttaagtc ccataacgag 300 cgcaaccctt atgattagtt gctaacggtt caagccgagc actctattca cactgccacc 360 gtaaggtgcg aggaaggagg ggatgatgtc aaatcagcac ggcccttata tccggggcta 420 cacacgtgtt acaatggtcg gtacagcggg ttgcatttac gtgagtaaca gctaatccca 480 aaaatcggtc tcagttcgga ttggagtctg caactcgact ccatgaagtt ggattcgcta 540 gtaatcgcac atcaaccatg gtgcgggt 568 <210>148 <211>569 <212>DNA <213〉人造 <220〉 <223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B163 16S rRNA多核苷酸序列 <400>148 192 200538152 cacgccgtaa aattaagtga ggcccgcaca ggtttaaatg tgctgcatgg caacccttat aaggtgcgag cacgtgttac aatcggtctc aatcgcacat acgatgctca gccacctggg agcggaggaa tatgttgcat ttgtcgtcag gattagttgc gaaggagggg aatggtcggt agttcggatt caaccatggt ccggctctat gcgataagac gagtacgtcg gcaacgatga catgtggttt aattcgatga tatgtagaaa tacgtatttt ctcgtgccgt gaggtgtcgg taacggttca agccgagcac atgatgtcaa atcagcacgg acagcgggtt gcatttacgt ggagtctgca actcgactcc gcggtcaat agtatggggc taatagaaat 60 aactcaaagg aattgacggg 120 tacgcgagga accttacccg 180 cttcggaact gcatacaagg 240 gttaagtccc ataacgagcg 300 tctattcaca ctgccaccgt 360 cccttatatc cggggctaca 420 gagtaacagc taatcccaaa 480 atgaagttgg attccctagt 540 569 <210>149 <211>353 <212>DNA <213>人造 <220> <223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B171 16S rRNA多核苷酸序列 <220> <221>misc__f eatrue <222>(197Y..(197) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221〉misc—featrue <222>(2257..(225) <223>n 為 a、c、g 或 t

<22〇> <221>misc一featrue <222>(264T..(264) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(28〇T.·(280) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <22l>misc_featrue <222>(2897..(289) <223〉n 為 a、c、g 或 t <220〉 <221>misc_featrue <222〉(297了··（297) <223>n 為 a、c、g 或 t 193 200538152 <220> <22l〉misc_featrue <222>(23βΤ..(236) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <22l>misc_featrue <222>(23δΥ..(238) <223>n 為 a、c、g 或 t <4〇〇>149 cacgccgtaa acgatgctca taattaagtg agccacctgg gggcccgcac aagcggagga gggtttaaat gtatgtngca gtgctgcatg gttgtcgtca gcaaccctta tgattagttg ccggctctat gcgataagac agtatggggc taatacgaaa 60 ggagtacgtc ggcaacgatg aaactcaaag gaattgacgg 120 acatgtggtt taattcgatg atacgcgagg aaccttaccc 180 ttatgtagaa atacgtattt tcttnggaac tgcatacaag 240 gctngtgccg tgaggtgtcn ggttaagtnc cataacnagc 300 ctaacggttc aagccnanca ctctattcac act 353 <21〇>150 <211>570 <212>DNA <213〉人造 <220> <223>人造序列之說明：犬牙臭菌B172 16S rRNA多核苷酸序列 <220> <22l>misc_featrue <222>(1957..(195) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(278"Γ. . (278) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(2SlJ..(287) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <22l>misc_featrue <222>(295i..(295) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(334T..(334) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc featrue 194 200538152 <222〉（353) ·· (353) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(3557..(355) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(367^.·(367) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(313). . (373) <223>n 為 a、c、g 或 t <220>

<221>misc_featrue <222>(387Y..(387) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(4097..(409) <223>n 為 a、c、g 或 t <220〉 <221>misc_featrue <222>(48βΤ·.(486) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(54〇Y..(540) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <22l>misc_featrue <222>(55〇T..(550) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(562Y..(562) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <22l>misc_featrue <222>(564T..(564) <223>n 為 a、c、g 或 t <400>150 cacgccgtaa acgatgctcc cggctctatg cgataagaca gtatggggct aatagaaata 60 attaagtgag ccacctgggg agtacgtcgg caacgatgaa actcaaagga attgacgggg 120 gcccgcacaa gcggaggaac atgtggttta attcgatgat acgcgaggaa ccttacccgg 180 gtttaaatgt atgtngcatt atgtagaaat acgtattttc ttcggaactg catacaaggt 240 195 200538152 gctgcatggt tgtcgtcagc tcgtgccgtg aggtgtcngg ttaagtncca taacnagcgc 300 aacccttatg attagttgct aacggttcaa gccnagcact ctattcacac tgncnccgta 360 aggtgcnagg aangagggga tgatgtnaaa tcagcacggc cctt.atatnc ggggctacac 420 acttgttaca atggtcggta cagcgggttg catttacgtg agtaacagct aatcccaaaa 480 atcggnctca gttcggattg gagtctgcaa ctcgactcca tgaagttgga ttcgctagtn 540 atcgcacatn acccatggtg cngngaatac 570 <210>151 <211>514 <212>DNA <213>人造 <220>

<223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B174 16S rRNA多核苷酸序列 <400>151

cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac agtatggggc taatagaaat 60 aattaagtga gccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180 ggtttaaatg tatgttgcat tatgtagaaa tacgtatttt cttcggaact gcatacaagg 240 tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg gttaagtccc ataacgagcg 300 caacccttat gattagttgc taacggttca agccgagcac tctattcaca ctgccaccgt 360 aaggtgcgag gaaggagggg atgatgtcaa atcagcacgg cccttatatc cggggctaca 420 cacgtgttac aatggtcggt acagcgggtt gcatttacgt gagtaacagc taatcccaaa 480 aatcggtctc agttcggatt ggagtctgca actc 514 <210>152 <211>572 <212>DNA <213〉人造 <220> <223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B183 16S rRNA多核苷酸序列 <220> <221>misc_featrue <222>(56)7.(56) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(127Υ..(127) 196 200538152 <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(197Y..(197) <223>n 為 a、c、g 或 t <22〇> <22l>misc_featrue <222>(225T..(225) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(265Y..(265) <223>n 為 a、c、g 或 t <220>

<221>misc_featrue <222>(2787..(278) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <22l>misc_featrue <222>(2897..(289) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(336)..(336) <223>n 為 a、c、g 或 t <220〉 <221>misc_featrue <222X3577. . (357) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <22l>misc_featrue <222>(369Y..(369) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(375~..(375) <223>n 為 a、c、g 或 t <22〇> <221>misc_featrue <222X3897. . (389) <223〉n 為 a、c、g 或 t <22〇> <221>misc_featrue <222>(4257..(425) <223>n 為 a、c、g 或 t <22〇> <22l>misc_featrue <222>(4537..(453) <223>n 為 a、c、g 或 t 197 200538152 <220> <221>misc一featrue <222> (488*Γ. . (488) <223>n 為 a、c、g 或t <220> <221>misc_featrue <222〉（516^·.(516) <223>n 為a、c、g或t <220〉 <22l>misc_featrue <222>(527T..(527) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222> (547j\ · (54 7) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <22l>misc_featrue <222>(552~..(552) <223>n 為 a、c、g 或 t <400>152 cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac agtatggggc taatangaaa 60 taattaagtg agccacctgg ggagtacgtc ggcaacgatg aaactcaaag gaattgacgg 120 gggcccncac aagcggagga acatgtggtt taattcgatg atacgcgagg aaccttaccc 180 gggtttaaat gtatgtngca ttatgtagaa atacgtattt tcttnggaac tgcatacaag 240 gtgctgcatg gttgtcgtca gctcntgccg tgaggtgncg ggttaagtnc cataacgagc 300 gcaaccctta tgattagttg ctaacggttc aagccnagca ctctattcac actgtcnccg 360 taaggtgcna ggaangaggg gatgatgtna aatcagcacg gcccttatat tcggggctac 420 acacntgtta caatggtcgg tacagcgggt tgnatttacg tgagtaacag ctaatcccaa 480 aaatcggnct cagttcggat tggagtctgc aactcnactc catgaangtt ggattcctag 540 taatcgnaca tnaaccatgg tgcggtgaat ac 572 <210>153 <211>572 <212>DNA <213>人造 <220> <223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B264 16S rRNA多核Ϊ酸序列 <220> <221>misc_featrue <222>(70)7.(70) 198 200538152 <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(3437..(343) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> 〈2 21>mi sc—featrue <222>(3457..(345) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(3897..(389) <223>n 為 a、c、g 或 t <220>

<221>misc_featrue <222>(4627..(462) <223>n 為 a、c、g 或 t <22〇> <221>misc一featrue <222〉（493*7· · (493) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <22l>misc_featrue <222>(505~..(505) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(5157..(515) <223>n 為 a、c、g 或 t <220〉 <22l>misc_featrue <222>(517Y..(517) <223>n 為 a、c、g 或 t <220> <221>misc_featrue <222>(554T.. ¢554) <223>n 為 a、c、g 或 t <400>153 caccgccgta aacgatgaat actaggtgta ggaggtatcg accccttctg tgccgtcgca 60 aacgcaatan gtattccacc tggggagtac ggccgcaagg ttgaaactca aaggaattga 120 cgggggcccg cacaagcagt ggagtatgtg gtttaattcg acgcaacgcg aagaacctta 180 cagggcttg acatcctctg accggcttag agataagcct tcccttcggg gcagagagac 240 aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tcggttaagt ccggcaacga 300 gcgcaacccc tatggtctgt taccagcatt gagttgggga ctnanacaag actgccgttg 360 acaaaacgga ggaaggtggg gacgacgtna aatcatcatg ccccttatgt cctgggctac 420 199 200538152 acacgtacta caatggctac aacagagggc agcgacaccg cnaggtgaag cgaatcccga 480 aatgtaatcc canttcggat tgcangctgc aactngnctg catgaagtcg gaattgctag 540 taatggcagg tcangcatac tgccgtgaat ac 572 <21〇〉154 <211>570 <212>DNA <213>人造 <220> <223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B265 16S rRNA多核苷酸序列 <400>154

acgccgtaaa cgatgctcac cggctctatg cgataagacg gtatggggct aatagaaata 60 attaagtgag ccacctgggg agtacgtcgg caacgatgaa actcaaagga attgacgggg 120 gcccgcacaa gcggaggaac atgtggttta attcgatgat acgcgaggaa ccttacccgg 180 gtttaaatgt atgttgcatt atgtagaaat acgtattttc ttcggaactg catacaaggt 240 gctgcatggt tgtcgtcagc tcgtgccgtg aggtgtcggg ttaagtccca taacgagcgc 300 aacccttatg attagttgct aacggttcaa gccgagcact ctattcacac tgccaccgta 360 aggtgcgagg aaggagggga tgatgtcaaa tcagcacggc ccttatatcc ggggctacac 420 acgtgttaca atggtcggta cagcgggttg catttacgtg agtaacagct aatcccaaaa 480 atcggtctca gttcggattg gagtctgcaa ctcgactcca tgaagttgga ttcgctagta 540 atcgcacatc aaccatggtg cggtgaatac 570

<210>155 <211>570 <212>DNA <213〉人造 <220> <223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B267 16S rRNA多核苷酸序列 <400>155 cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac ggtatggggc taatagaaat 60 aattaagtga gccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180 ggtttaaatg tatgttgcat tatgtagaaa tacgtatttt cttcggaact gcatacaagg 240 gctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg gttaagtccc ataacgagcg 300 caacccttat gattagttgc taacggttca agccgagcac tctattcaca ctgccaccgt 360 200 200538152 gaaggagggg atgatgtcaa atcagcacgg cccttatatc cggggctaca 420 aatggtcggt acagcgggtt gcatttacgt gagtaacagc taatcccaaa 480 agttcggatt ggagtctgca actcgactcc atgaagttgg attcgctagt 540 caaccatggt gcggtgaata 570 <210>156 <211>570 <212>DNA <213〉人造 <220> <223>人造序列之說明：犬牙臭菌B269 16S rRNA多核苷酸序列 <400>156

cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac ggtatggggc taatagaaat 60 aattaagtga gccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180 ggtttaaatg tatgttgcat tatgtagaaa tacgtatttt cttcggaact gcatacaagg 240 tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg gttaagtccc ataacgagcg 300 caacccttat gattagttgc taacggttca agccgagcac tctattcaca ctgccaccgt 360 aaggtgcgag gaaggagggg atgatgtcaa atcagcacgg cccttatatc cggggctaca 420 acgtgttac aatggtcggt acagcgggtt gcatttacgt gagtaacagc taatcccaaa 480 aatcggtctc agttcggatt ggagtctgca actcgactcc atgaagttgg attcgctagt 540 aatcgcacat cagccatggt gcggtgaata 570

aaggtgcgag cacgtgttac aatcggtctc aatcgcacat <210>157 <211>571 <212>DNA <213>人造 <220〉 <223>人造序列之說明：犬牙臭菌B363 16S rRNA多核苷酸序列 <400>157 cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac agtatggggc taatagaaat 60 aattaagtga gccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180 ggtttaaatg tatgttgcat tatgtagaaa tacgtatttt cttcggaact gcatacaagg 240 tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg gttaagtccc ataacgagcg 300 caacccttat gattagttgc taacggttca agccgagcac tctattcaca ctgccaccgt 360 201 200538152 aaggtgcgag gaaggagggg atgatgtcaa atcagcacgg cccttatatc cggggctaca 42〇 cacgtgttac aatggtcggt acagcgggtt gcatttacgt gagtaacagc taatcccaaa 480 aatcggtctc agttcggatt, ggagtctgca actcgactcc atgaagttgg attcgctagt 540 aatcgcacat cagccatggt gcggtgaata c 571 <210>158 <211>571 <212>DNA <213>人造 <220> <223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B365 16S rRNA多核Ϊ酸序列 <400>158

cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac agtatggggc taatagaaat 60 aattaagtga gccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180 ggtttaaatg tatgttgcat tatgtagaaa tacgtatttt cttcggaact gcatacaagg 240 tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg gttaagtccc ataacgagcg 300 caacccttat gattagttgc taacggttca agccgagcac tctattcaca ctgccaccgt 360 aaggtgcgag gaaggagggg atgatgtcaa atcagcacgg cccttatatc cggggctaca 420 cacgtgttac aatggtcggt acagcgggtt gcatttacgt gagtaacagc taatcccaaa 480 aatcggtctc agttcggatt ggagtctgca actcgactcc atgaagttgg attcgctagt 540 aatcgcacat cagccatggt gcggtgaata c 571

<210>159 <211>571 <212〉DNA <213〉人造 <220> <223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B366 16S rRNA多核苷酸序列 <400>159 cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac agtatggggc taatagaaat 60 aattaagtga gccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180 ggtttaaatg tatgttgcat tatgtagaaa tacgtatttt cttcggaact gcatacaagg 240 tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg gttaagtccc ataacgagcg 300 202 200538152 taacggttca agccgagcac tctattcaca ctgccaccgt 360 atgatgtcaa atcagcacgg cccttatatc cggggctaca 420 acagcgggtt gcatttacgt gagtaacagc taatcccaaa 480 ggagtctgca actcgactcc atgaagttgg attcgctagt 540 gcggtgaata c 571 <210>160 <211>571 <212>DNA <213>人造 <220>

<223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B368 16S rRNA多核苷酸序列 <40〇>160

gattagttgc gaaggagggg aatggtcggt agttcggatt cagccatggt caacccttat aaggtgcgag cacgtgttac aatcggtctc aatcgcacat cacgccgtaa acgatgctca ccggctctat gcgataagac ggtatggggc taatagaaat 60 aattaagtga gccacctggg gagtacgtcg gcaacgatga aactcaaagg aattgacggg 120 ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg 180 ggtttaaatg tatgttgcat tatgtagaaa tacgtatttt cttcggaact gcatacaagg 240 tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg gttaagtccc ataacgagcg 300 caacccttat gattagttgc taacggttca agccgagcac tctattcaca ctgccaccgt 360 aaggtgcgag gaaggagggg atgatgtcaa atcagcacgg cccttatatc cggggctaca 420 cacgtgttac aatggtcggt acagcgggtt gcatttacgt gagtaacagc taatcccaaa 480 aatcggtctc agttcggatt ggagtctgca actcgactcc atgaagttgg attcgctagt 540 aatcgcacat cagccatggt gcggtgaata c 571 <21〇>161 <211>572 <212>DNA <213>人造 <22〇> <223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B456 16S rRNA多核苷酸序列 <400>161 caccgccgta aacgatgctc accggctcta tgcgataaga cagtatgggg ctaatagaaa 60 taattaagtg agccacctgg ggagtacgtc ggcaacgatg aaactcaaag gaattgacgg 120 gggcccgcac aagcggagga acatgtggtt taattcgatg atacgcgagg aaccttaccc 180 gggtttaaat gtatgttgca ttatgtagaa atacgtattt tcttcggaac tgcatacaag 240 gtgctgcatg gttgtcgtca gctcgtgccg tgaggtgtcg ggttaagtcc cataacgagc 3〇〇 203 200538152 gcaaccctta taaggtgcga acacgtgtta aaatcggtct taatcgcaca tgattagttg ctaacggttc aagccgagca ctctattcac actgccaccg 360 ggaaggaggg gatgatgtca aatcagcacg gcccttatat ccggggctac 420 caatggtcgg,tacagcgggt tgcatttacg tgagtaacag ctaatcccaa 480 cagttcggat tggagtctgc aactcgactc catgaagttg gattcgctag 540 tcagccatgg tgcggtgaat ac 572 <210>162 <211>571 <212>DNA <213〉人造 <22〇>

<223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B457 16S rRNA多核苷酸序列 <400>162

caccgccgta aacgatgctc accggctcta tgcgataaga cagtatgggg ctaatagaaa 60 taattaagtg agccacctgg ggagtacgtc ggcaacgatg aaactcaaag gaattgacgg 120 gggcccgcac aagcggagga acatgtggtt taattcgatg atacgcgagg aaccttaccc 180 gggtttaaat gtatgttgca ttatgtagaa atacgtattt tcttcggaac tgcatacaag 240 gtgctgcatg gttgtcgtca gctcgtgccg tgaggtgtcg ggttaagtcc cataacgagc 300 gcaaccctta tgattagttg ctaacggttc aagccgagca ctctattcac actgccaccg 360 taaggtgcga ggaaggaggg gatgatgtca aatcagcacg gcccttatat ccggggctac 420 acacgtgtta caatggtcgg tacagcgggt tgcatttacg tgagtaacag ctaatcccaa 480 aaatcggtct cagttcggat tggagtctgc aactcgactc catgaagttg gattcgctag 540 taatcgcaca tcagccatgg tgcggtgaat a 571 <210>163 <211>567 <212>DNA <213〉人造 <220〉 <223>人造序列之說明：犬牙臭菌B381 16S rRNA多核苷酸序列 <400>163 cgcacagtaa acgatgaata ctcgctgttt gcgatacacg gtaagcggcc aagcgaaagc 60 gttaagtatt ccacctgggg agtacgccgg caacggtgaa actcaaagga attgacgggg 120 gcccgcacaa gcggaggaac atgtggttta attcgatgat acgcgaggaa ccttacccgg 180 gcttaaattg cgctggcttt taccggaaac ggtattttct tcggaccagc gtgaaggtgc 240 204 200538152 tgcatggttg tcgtcagctc gtgccgtgag gtgtcggctt aagtgccata acgagcgcaa 300 cccttatctt tagttgccat caggttttgc tggggactct aaagagactg ccgtcgtaag 360 atgcgaggaa ggtggggatg acgtcaaatc agcacggccc ttacgtccgg ggctacacac 420 gtgttacaat ggggagcaca gcaggttgct acacggcgac gtgatgccaa tccgtaaaac 480 tcctctcagt tcggatcgaa gtctgcaacc cgacttcgtg aagctggatt cgctagtaat 540 cgcgcatcag ccacggcgcg gtgaata 567 <210>164 <211>564 <212>DNA <213>人造 <220〉

<223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B401 16S rRNA多核苷酸序列 <22〇> <221>misc_featrue <222>(12)7.(12) <223>n 為 a、c、g 或 t <22〇〉 <221>misc___f eatrue <222〉（20):·(20) <223>n 為 a、c、g 或 t <220〉 <221>misc__f eatrue <222>(545T*. . (545) <223>n 為 a、c、g 或 t <400>164 catgtaaacg angaatactn gctgtttgcg atacacggta agcggccaag cgaaagcgtt 60 aagtattcca cctggggagt acgccggcaa cggtgaaact caaaggaatt gacgggggcc 120 cgcacaagcg gaggaacatg tggtttaatt cgatgatacg cgaggaacct tacccgggct 180 taaattgcgc tggcttttac cggaaacggt attttcttcg gaccagcgtg aaggtgctgc 240 atggttgtcg tcagctcgtg ccgtgaggtg tcggcttaag tgccataacg agcgcaaccc 300 ttatctttag ttgccatcag gttttgctgg ggactctaaa gagactgccg tcgtaagatg 360 cgaggaaggt ggggatgacg tcaaatcagc acggccctta cgtccggggc tacacacgtg 420 ttacaatggg gagcacagca ggttgctaca cggcgacgtg atgccaatcc gtaaaactcc 480 tctcagttcg gatcgaagtc tgcaacccga cttcgtgaag ctggattcgc tagtaatcgc 540 gcatnagcca cggcgcggtg aata 564 <210>165 205 200538152 <211>564 <212>DNA <213>人造 <22〇> <223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B417 16S rRNA多核苷酸序列 <400>165

acagtaaacg atgaatactc gctgtttgcg atacacggta agcggccaag cgaaagcgtt 60 aagtattcca cctggggagt acgccggcaa cggtgaaact caaaggaatt gacgggggcc 120 cgcacaagcg gaggaacatg tggtttaatt cgatgatacg cgaggaacct tacccgggct 180 taaattgcgc tggcttttac cggaaacggt attttcttcg gaccagcgtg aaggtgctgc 240 atggttgtcg tcagctcgtg ccgtgaggtg tcggcttaag tgccataacg agcgcaaccc 300 ttatctttag ttgccatcag gttttgctgg ggactctaaa gagactgccg tcgtaagatg 360 cgaggaaggt ggggatgacg tcaaatcagc acggccctta cgtccggggc tacacacgtg 420 ttacaatggg gagcacagca ggttgctaca cggcgacgtg atgccaatcc gtaaaactcc 480 tctcagttcg gatcgaagtc tgcaacccga cttcgtgaag ctggattcgc tagtaatcgc 540 gcatcagcca cggcgcggtg aata 564 <210>166 <211>567 <212>DNA <213>人造 <220> <223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B418 16S rRNA多核苷酸序列 <220>

<221>misc_featrue <222>(2).7(2) <223〉n 為 a、c、g 或 t <400>166 cncacagtaa acgatgaata ctcgctgttt gcgatacacg gtaagcggcc aagcgaaagc 60 gttaagtatt ccacctgggg agtacgccgg caacggtgaa actcaaagga attgacgggg 120 gcccgcacaa gcggaggaac atgtggttta attcgatgat acgcgaggaa ccttacccgg 180 gcttaaattg cgctggcttt taccggaaac ggtattttct tcggaccagc gtgaaggtgc 240 tgcatggttg tcgtcagctc gtgccgtgag gtgtcggctt aagtgccata acgagcgcaa 300 cccttatctt tagttgccat caggttttgc tggggactct aaagagactg ccgtcgtaag 360 atgcgaggaa ggtggggatg acgtcaaatc agcacggccc ttacgtccgg ggctacacac 420 gtgttacaat ggggagcaca gcaggttgct acacggcgac gtgatgccaa tccgtaaaac 480 206 200538152 tcctctcagt tcggatcgaa gtctgcaacc cgacttcgtg aagctggatt cgctagtaat 540 cgcgcatcag ccacggcgcg gtgaata 567 <210>167 <211>567 <212>DNA <213>人造 <22〇> <223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B421 16S rRNA多核苷酸序列 <400>167

cgcacagtaa acgatgaata ctcgctgttt gcgatacacg gtaagcggcc aagcgaaagc 60 gttaagtatt ccacctgggg agtacgccgg caacggtgaa actcaaagga attgacgggg 120 gcccgcacaa gcggaggaac atgtggttta attcgatgat acgcgaggaa ccttacccgg 180 gcttaaattg cgctggcttt taccggaaac ggtattttct tcggaccagc gtgaaggtgc 240 tgcatggttg tcgtcagctc gtgccgtgag gtgtcggctt aagtgccata acgagcgcaa 300 cccttatctt tagttgccat caggttttgc tggggactct aaagagactg ccgtcgtaag 360 atgcgaggaa ggtggggatg acgtcaaatc agcacggccc ttacgtccgg ggctacacac 420 gtgttacaat ggggagcaca gcaggttgct acacggcgac gtgatgccaa tccgtaaaac 480 tcctctcagt tcggatcgaa gtctgcaacc cgacttcgtg aagctggatt cgctagtaat 540 cgcgcatcag ccacggcgcg gtgaata <210>168 <211>565 <212>DNA <213〉人造 <22〇> <223〉人造序列之說明：犬牙臭菌B422 16S rRNA多核苷酸序列 <400>168 acagtaaacg atgaatactc gctgtttgcg atacacggta agcggccaag cgaaagcgtt 60 aagtattcca cctggggagt acgccggcaa cggtgaaact caaaggaatt gacgggggcc 120 cgcacaagcg gaggaacatg tggtttaatt cgatgatacg cgaggaacct tacccgggct 180 taaattgcgc tggcttttac cggaaacggt attttcttcg gaccagcgtg aaggtgctgc 240 atggttgtcg tcagctcgtg ccgtgaggtg tcggcttaag tgccataacg agcgcaaccc 300 ttatctttag ttgccatcag gttttgctgg ggactctaaa gagactgccg tcgtaagatg 360 cgaggaaggt ggggatgacg tcaaatcagc acggccctta cgtccggggc tacacacgtg 420 207 200538152 ttacaatggg gagcacagca ggttgctaca cggcgacgtg atgccaatcc gtaaaactcc 480 tctcagttcg gatcgaagtc tgcaacccga cttcgtgaag ctggattcgc tagtaatcgc 540 gcatcagcca cggggcggtg aatac 565 <210>169 <211>20 <212>DNA <213>人造 <220> <223〉引子 <400>169 gagtttgatc ctggctcagg 20

208 200538152 【圖式簡單說^明】

第1圖為對得自擬桿菌屬之代表性菌株之鄰近接合系統發生樹。系統發生樹係使用CLUSTALX丨以版及见卩丨以軟體程式 (二者皆係得自 fLmZZtedfibmc.iutn^hp.fr/mib/ClustalX/)產 5生。系統發生樹係發根於大腸桿菌16S rRNA基因序列(存取说碼J01695 ;資料未顯示）。使用1〇〇〇次重複進行啟動 (Bootstrap)分析。啟動值係以線圖方式呈現(#，>95〇 ;， >850 ; 〇，>700 ; □，>500 ;未標示符號，<5〇〇)。比例尺桿表示每個核苷酸位置〇·(Π取代。箭頭指出犬牙臭Bl〇6Ti 10位置。存取號碼牙齦紫質單胞菌ATCC 33277，J01695 ;喉紫質單胞菌B243，AF285874;犬溝紫質單胞菌VPB 4875， X76260 ;唾液紫質單胞菌NCTC 11632，L26103 ;牙髓紫質單胞菌 ATCC 35406，AY253728 ;福氏鞣皮菌 ATCC 43037， AB035460 ;福氏擬桿菌cf· 口腔菌株BU45，AF385565 ;莫 15 雷擬桿菌 ATCC 43184T，X83954 ;迪氏擬桿菌 ATCC 8503， M86695，馬糞邊 118dsl0，AY212569 ; Dysgonomonas shahii strain CCUG 43457，AJ319867 ;未經培養之擬桿菌科菌株： Rs-P82，AB088919 ;未經培養之細菌 cadhufec 059h7， AF530302 ;史班擬桿菌NCTC 10825，L16496 ;犬牙臭菌B 2〇 l〇6T，AY560020 ;擬桿菌屬口腔菌株FX069，AY134906 ; 未經培養之細菌 SHA-38，AJ249105 ; Alistipes putredinis ATCC 29800，L16497 ; Rikenella microfusus ATCC 29728， L16498 ;犬牙擬桿菌B78，AY549431 ;脆弱擬桿菌ATCC 25285T，X83935 ;隋氏擬桿菌菌株17.4，AY319392 ;嗜酸 25 擬桿菌菌株A37，AB021163 ;二路普雷沃氏菌ATCC 209 200538152 29303，L16475 ;變黑普雷沃氏菌 ATCC 2526 卜 L16479 ; 中間普雷沃氏菌ATCC 25611，L16468 ;柄牙普雷沃氏菌 ATCC 35308，L16467 ;及頰普雷沃氏菌 ATCC 33690， L16478 。 5 第2圖為犬牙臭菌臨床單離株之鄰近接合系統發生樹。系統發生樹係如第1圖而產生。發生樹發根於牙齦紫質單胞菌ATCC 53977 16S rRNA基因序列（存取號碼L16492 ; 資料未顯示）。比例尺桿表示每個核苷酸位置〇.〇丨取代。存取號碼：犬牙臭菌B106，AY560020 ;犬牙臭菌B113， 10 AY560022 ;犬牙臭菌 B150，AY560027 ;犬牙臭菌 B155， AY560030 ;犬牙臭菌 B172，AY560033 ;犬牙臭菌 B183， AY5600；35 ;擬桿菌屬口腔菌株FX069，AY134906 ;未經培養之細菌cadhufec 059h7，AF530302 ;史班擬桿菌NCTC 10825 ;及未經培養之擬桿菌科菌株：Rs_p82，AB088919。 15 第3圖為得自牙齦紫質單胞菌FimA蛋白質族群（類別 Ι-V)之代表性菌株之鄰近接合系統發生樹。系統發生樹係使用CLUSTAL X 1.81版及NJ Plot軟體程式產生。發生樹係發根於大腸桿菌CFT073細毛素（fimbrillin)蛋白質（存取號碼 NP一757241 ;資料未顯示）。使用1〇〇〇次重複進行啟動分析。 2〇啟動值係以線圖方式呈現（·，>950 ; ，>850 ; 〇，>700 ; 口，>500 ;未標示符號，<500)。FimA存取號碼：犬牙臭菌 Β106τ，AY573801 ;牙齦紫質單胞菌HG1691，Q93R80 ;牙齦紫質單胞菌BH18/10，JN0915 ;牙齦紫質單胞菌ATCC 33277，P13793 ;牙齦紫質單胞菌 OMZ314，BAA04624 ;牙 210 200538152 酿紫質單胞菌OMZ409，Q51822 ;牙齦紫質單胞菌6/26， Q51826;牙齦紫質單胞菌ATCC 49417，q51825;牙齦紫質單胞菌W83，AAQ67087 ;牙齦紫質單胞菌HG564，Q51827 ; 及牙齦紫質單胞菌HNA-99，Q9S0W8。 5 第4圖包含⑷喉紫質單胞菌B43及(b)犬牙犬臭菌B106丁之掃描電子顯微相片。比例尺桿表示1000奈米距離。第5圖為線圖，顯示識別可支援喉紫質單胞菌B43生長少「不含動物產品」之培養基之生長研究結果。試驗下列口養基· ME·元全、ME-氯南鐵血紅素、ME-維生素K、ME_ 1〇氯高鐵血紅素及維生素K、PYG-完全、PYG-氣高鐵血紅素、PYG-維生素K、PYG-氣高鐵血紅素及維生素K及BHI。第6圖為線圖，顯示由超感染指示之細菌物種結果導致小鼠之平均骨質流失。小鼠經過炫攻毒或以指示之細菌攻毒。淨骨質流失表示高於或低於炫攻毒組觀察得之骨質流 15 朱天。點線表示陽性對照組之淨骨質流失。指出標準差。第7圖為線圖，顯示由超感染指示之細菌物種結果導致 J w之骨質流失百分比。小鼠經過炫攻毒或以指示之細菌攻毒。淨骨質流失表示高於或低於炫攻毒組觀察得之骨質流失。骨質流失百分比係基將陽性對照組之淨骨質流失設 20定為wo。/。骨質流失。弟8a及8b圖為照片，第8a圖顯示使用anti_XpressTM抗原 ^定部位血清（印維多公司），由pBAI>HisA於大腸桿菌 BL21表現重組喉紫質單胞菌B43 FimA之SDS PAGE，以及第8b圖顯示西方墨點分析。縮寫：Std.(以kDa表示），標準； 211 200538152

Ind ’誘生；s〇1，可溶部分；以及Ins〇1，不可溶部分。箭頭的頭端表示rFimA所在位置。第9圖為照片，顯示得自表現質體於大腸桿菌BL21細胞表現之重組後喉紫質單胞菌B43 oprF之DSD-PAGE。T表 5示培養由30°C移至42°C後之時間。分子量大小標準以kDa 表示。箭頭頭端指示r〇prF所在位置。第圖為線圖，顯示基於淨骨質流失進行同源疫苗功效研究結果。基於淨骨質流失之同源疫苗功效研究。小鼠以下列疫苗抗原及RIBI MPL + TDM輔劑疫苗接種(c組除 10外，C組利用福朗德完全輔劑及不完全輔劑）·· a、b及e只有PBS; C及D，福馬林去活化之牙齦紫質單胞菌53977; F，福馬林去活化之喉紫質單胞菌B43 ; G，BEI去活化之喉紫質單胞菌B43 ; Η，熱去活化之喉紫質單胞菌B43 ;以及I，通氧去活化喉紫質單胞菌Β43。小鼠係以炫攻毒(Α組）、以 15牙齦紫質單胞菌5 3 9 7 7攻毒(條紋框）或喉紫質單胞菌β 4 3攻毒(實心框)於1%羧基甲基纖維素。指出標準差測量值。第11圖為線圖，顯示基於骨質流失百分比，牙齦紫質單胞菌53977同源疫苗之功效研究。小鼠使用下列疫苗抗原及RIBIMPL + TDM輔劑疫苗接種(但C組除外，C組係利用 20 福朗德完全輔劑及不完全輔劑）·· Α及Β只有PBS ; C及D，福馬林去活化之牙齦紫質單胞菌53977。小鼠以A、PBS ; 或B-D、牙齦紫質單胞菌53977於1%羧基甲基纖維素攻毒。第12圖為線圖，顯示基於骨質流失百分比，喉紫質單胞菌B43同源疫苗之功效研究。小鼠使用下列疫苗抗原及 212 200538152 RIBIMPL + TDM辅劑疫苗接種：a-B只有PBS ; C，福馬林去活化之喉备、貝早胞囷B43 ; D，ΒΕΙ去活化之喉紫質單胞菌Β43 ; Ε，熱去活化之喉紫質單胞菌Β43 ;及F，通氧去活化之喉紫質單胞菌Β43。小鼠使用a、PBS ;或B-F，喉紫質 5 單胞菌B43於1%羧基曱基纖維素攻毒。第13圖為線圖，顯示基於淨骨質流失之非同源疫苗之功效研究結果。小鼠使用下列疫苗抗原及RIBI MPL + TDM 輔劑疫苗接種：A-E只有PBS ; F-I，福馬林去活化之喉紫質單胞菌B43 ; J，福馬林去活化之唾液紫質單胞菌bi〇4及福 10 馬林去活化之犬牙臭菌B106。小鼠以PBS(A)、喉紫質單胞菌B43 (B及F ;實心框）、喉紫質單胞菌B69 (C、G及J ;條紋框）、唾液紫質單胞菌B104 (D及Η ;線條框）、或牙臭菌 Β106(Ε及I ;圓點框)於1%羧基甲基纖維素攻毒。指出標準差測量值。 15 第14圖為線圖，顯示基於骨質流失百分比非同源疫苗之功效研究對喉紫質單胞菌Β43攻毒組之結果。小鼠使用下列疫苗抗原及RIBI MPL + TDM輔劑疫苗接種：Α-Β只有 PBS，C ’福馬林去活化之喉紫質早胞菌Β43。小鼠使用A、 PBS ;或B-C、喉紫質單胞菌B43於1 %羧基甲基纖維素攻毒。 2〇第15圖為線圖’顯不基於骨質流失百分比，非同源疫苗之功效研究對喉紫質單胞菌B69攻毒組之結果。小鼠使用下列疫苗抗原及RIBIMPL + TDM輔劑疫苗接種：A-B只有 PBS ; C，福馬林去活化之喉紫質單胞菌B43 ;或D，福馬林去活化之唾液紫質單胞菌B104及福馬林去活化之犬牙臭菌 213 200538152 B106。小鼠使用A、PBS ;或B-D、喉紫質單胞菌b69於1% 魏基甲基纖維素攻毒。第16圖為線圖，顯示基於骨質流失百分比非同源疫苗之功效研究對唾液紫質單胞菌B104攻毒組之結果。小鼠使 5 用下列疫苗抗原及RIBIMPL + TDM輔劑疫苗接種：a-B只有PBS;C，福馬林去活化之喉紫質單胞菌B43。小鼠使用A、 PBS ;或B-C、唾液紫質單胞菌B104於1%羧基甲基纖維素攻毒。第17圖為線圖’顯示基於骨質流失百分比非同源疫苗 10 之功效研究對犬牙臭菌B106攻毒組之結果。基於犬牙臭菌 B106感染組之骨質流失百分比之非同源疫苗功效研究。小鼠使用下列疫苗抗原及RIBI MPL + TDM輔劑疫苗接種： A-B只有PBS ; C ’福馬林去活化之喉紫質單胞菌。小鼠使用A、PBS ;或B-C、犬牙臭菌B106於1%羧基甲基纖維素 15 攻毒。第18圖為線圖，顯示利用FimA特異性ELISA，以重組喉紫質單胞菌B43 FimA或食鹽水疫苗接種小鼠之血清學結果。16頭小鼠各自以食鹽水(八丨或作化八/奎爾A/膽固醇(B) 疫苗接種。匯集之血清透過FimA特異性ELISA測試FimA特 20異性抗體。試驗之最低稀釋倍數為1 : 100。任何於此稀釋倍數可獲得陰性結果之樣本標示為力價5〇。第19圖為線圖，顯示利用〇prF特異性ELISA，以重組喉紫質單胞菌B43 OprF或食鹽水疫苗接種小鼠之血清學結果。16頭小鼠各自以食鹽水(A)或r〇prF/奎爾A/膽固醇(B) 214 200538152 疫苗接種。匯集之血清透過〇prF特異性ELISA測試OprF特異性抗體。試驗之最低稀釋倍數為1 ·· 1〇〇。任何於此稀釋倍數可獲得陰性結果之樣本標示為力價50。第20圖為線圖，顯示攻毒後〇、6及12週之骨質流失。 5 T01 組係以犬3559424、3592669、3672859、3673375、及 3691926表示；T02組以犬3389600、3628884、3653552、 3657396、3690164表示。第21圖為線圖，T01組(疫苗接種且經攻毒，或vx/ch)、 T02(炫，疫苗接種且經攻毒，或N〇n-Vx/Ch)及T03(炫疫苗 10 接種以及炫攻毒顯，或Non-Vx/Non-Ch)各組於攻毒後〇、3、 6、9及12週之骨質反應性分數。也指出處理效果之統計上顯著。第 22圖為線圖，顯示TO 1 (Vx/Ch)、T02 (Non-Vx/Ch) 及T03 (Non-Vx/Non-Ch)組於攻毒後0、3、6、9及12週之骨 15 反應性分數。指出T01組與T02組間之統計上顯著。第23 a-23d圖為得自TO 1 (Vx/Ch)組單一頭犬於攻毒後〇 (23a)、3 (23b)、6 (23c)、及9 (23d)週之放射性攝影相片。第23e-23h圖為得自T02 (Non-Vx/Ch)組之單一頭犬於攻毒後0 (23e)、3 (23f)、6 (23g)、及9 (23h)週之放射性攝影照片。 2〇第24a-24c圖為線圖’顯示T01(Vx/Ch)及T02 (Non-Vx/Ch)組之平均系統性反應；分數係基於各組全部犬之肉體活性程度分級評比。第24d-24f圖為線圖，顯示T〇1 (Vx/Ch)及T02 (Non-Vx/Ch)組之平均局部反應；分數係基於對各組全部犬之注射部位呈現的腫脹程度做分級評比。 25 【主要元件符號說明】 (無） 215

Claims

200538152 十、申請專利範圍： 1. 一種用以治療或預防伴侣動物之牙周病的疫苗，包含喉紫質單胞菌〇P· gw/ae)B43、唾液紫質單胞菌（P. B104、犬牙臭菌（(9. ⑼ί/〔(^/5·)Β106之去活化全細胞製 5 劑及藥學上可接受之載劑。 2. 如申請專利範圍第1項之疫苗，其中該細菌係藉福馬林去活化。 3. 如申請專利範圍第1項之疫苗，進一步包含犬瘟熱病毒 (CVD)、犬腺病毒·2 (CAV-2)、犬短小病毒(CPV)、犬畐丨J 10 流行性感冒病毒(CPI)或犬冠病毒(CCV)中之至少一者。 4. 一種使用如申請專利範圍第1-3項中任一項之疫苗來製造一用於治療或預防伴侣動物之牙周病的藥劑之用途。 5. —種套件組，包含，於至少一個容器，一用以治療或預防伴侣動物之牙周病之組成物，包含藥學上可接受之載 15 劑及喉紫質單胞菌Β43、唾液紫質單胞菌Β104、犬牙臭菌Β106之去活化全細胞製劑；其中該套件組進一步包含一組印刷品指令，指示該套件組可用於治療或預防伴侣動物之牙周病。 6. —種評比一疫苗對抗一或多種牙周病原菌之方法，包 20 含： a. 將一包含一或多種去活化或減毒牙周病原菌之疫苗投予一第一動物； b. 以有效量之含一或多種牙周病原菌之攻毒培養來攻毒該動物； 216 200538152 C.以等量攻毒培養來攻毒一第二未經疫苗接種之動物其中5玄弟二動物係屬於第一動物之相同物種； d·特定由牙周病原菌引發之疾病之臨床徵象；以及 e ·比較於疫苗接種動物呈現之疾病g品床徵象與未經疫苗接種動物呈現之疾病臨床徵象，藉此測定該疫苗之功效。

10 15

20 7·如申請專利範圍第6項之方法，其中該疫苗包含紫質單胞菌CPorp/2j；r〇wc>肌^)、擬桿菌⑦沉仏刚Wes)、普雷沃氏囷CPrevoie//(3) '鞣皮菌（7b?7狀re//a)或螺旋體（7>印〇狀所α) 中之至少一減毒菌或活菌物種。 8·如申請專利範圍第6項之方法，其中該攻毒培養被導入牙根物質已經被掏空的牙根管，接著讓其復原。 9·如申請專利範圍第6項之方法，其中該第一動物及第二動物為伴侣動物。 10·如申請專利範圍第6項之方法，其中該攻毒培養包含每劑攻毒劑量約1 X102至約1 X 1〇12群落形成單位(CFU)。 11·如申請專利範圍第6項之方法，其中該攻毒培養包含每劑攻毒劑量約1 X105至約1X1011群落形成單位(CFU)。 12·如申請專利範圍第6項之方法，其中該攻毒培養包含每劑攻毒劑量約5X107至約5X101G群落形成單位(CFU)。 13.如申請專利範圍第6項之方法，其中該等臨床徵象包含於牙酿裂隙流體、牙菌斑、感染骨、或牙齦溝之一或多種牙周病原菌之含量增而，或齒槽骨數量之變化。 14·如申請專利範圍第6項之方法，其中該骨質變化為齒槽 217 200538152 骨之根尖周圍區。 15.如申請專利範圍第6項之方法，其中該骨質變化係透過放射性攝影測量定量。

218