ES2180416B1 - Procedimiento para la preparacion de mezclas de reaccion estabilizadas, total o parcialmente desecadas, que comprenden, al menos, una enzima, mezclas de reaccion y kits que las contienen. - Google Patents
Procedimiento para la preparacion de mezclas de reaccion estabilizadas, total o parcialmente desecadas, que comprenden, al menos, una enzima, mezclas de reaccion y kits que las contienen.Info
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Abstract
Procedimiento para la preparación de mezclas de reacción estabilizadas, total o parcialmente desecadas, que comprenden, al menos, una enzima, mezclas de reacción y kits que las contienen. El procedimiento comprende poner en contacto en un mismo contenedor una solución acuosa de una mezcla de reacción que comprende, al menos, una enzima, con una solución acuosa de una mezcla estabilizante compuesta por (i) al menos, un agente protector frente a la desecación, (ii) al menos, un inhibidor de la reacción de condensación entre grupos carbonilo o carboxilo y grupos amino o fosfato, y (iii) al menos, un polímero inerte capaz de generar una estructura en forma de malla que impide la movilidad de los reactivos desecados; y retirar la totalidad o parte del agua contenida en la solución acuosa resultante. De aplicación en la realización de reacciones enzimáticas, por ejemplo, amplificación, secuenciación y caracterización de ácidos nucleicos, ensayos de hibridación y análisis de restricción.
Description
Procedimiento para la preparación de mezclas de
reacción estabilizadas, total o parcialmente desecadas, que
comprenden, al menos, una enzima, mezclas de reacción y kits que las
contienen.
La invención se relaciona con la preparación de
mezclas de reacción estabilizadas, total o parcialmente desecadas,
que comprenden, al menos, una enzima, mediante la adición de una
mezcla estabilizante a una solución que contiene la mezcla de
reacción, y la posterior retirada de la totalidad o parte del agua
presente en la solución resultante, así como a las mezclas de
reacción resultantes y a kits que comprenden dichas mezclas de
reacción.
Los ácidos desoxirribonucleico (ADN) y
ribonucleico (ARN) son largas macromoléculas lineales responsables
del almacenamiento y transmisión de la información genética. Constan
de unidades monoméricas denominadas nucleótidos, cada uno de los
cuales está formado por una base nitrogenada, púrica o pirimidínica,
un azúcar simple (desoxirribosa en el caso del ADN y ribosa en el
caso de ARN), y un fosfato inorgánico. En un ácido nucleico, los
nucleótidos están unidos entre sí mediante enlaces fosfodiéster a
través del azúcar de nucleótidos adyacentes. Las bases nitrogenadas
están unidas covalentemente al esqueleto
azúcar-fosfato. Cada ácido nucleico posee
principalmente cuatro bases nitrogenadas distintas, dos pirimidinas
y dos purinas. Las bases purinas son iguales tanto para el ADN como
para el ARN, conteniendo ambos adenina (A) y guanina (G). Con
respecto a las bases pirimidínicas, ambos ácidos nucleicos contienen
citosina (C), siendo la timina (T) específica del ADN y el uracilo
(U) propio del ARN. La secuencia de estas bases nitrogenadas
determina la información genética que portan los ácidos nucleicos,
así como su conformación tridimensional. Mientras que el ARN
generalmente se presenta en la Naturaleza como una cadena
polinucleotídica simple, el ADN normalmente se presenta como una
doble cadena polinucleotídica en las que ambas cadenas de disponen
en sentido antiparalelo asociadas por puentes de hidrógeno formados
entre una base púrica y una pirimidínica complementarias entre
sí.
La amplificación de ácidos nucleicos es la
herramienta más ampliamente utilizada para la identificación precisa
de un ácido nucleico determinado, consistiendo en la multiplicación
exponencial de la cantidad inicial de un segmento específico o
característico del ácido nucleico. Ese segmento amplificado puede
ser utilizado en aplicaciones posteriores tales como el clonaje y el
análisis de restricción. La secuenciación de ácidos nucleicos
consiste en la determinación de la secuencia nucleotídica de un
fragmento de ácido nucleico determinado. La amplificación y
secuenciación de ácidos nucleicos, así como el análisis de
fragmentos de restricción, técnica que consiste en la identificación
o caracterización de un ácido nucleico en base a los tamaños
diferenciales que provocan en ellos unas enzimas endonucleasas
denominadas enzimas de restricción, son técnicas ampliamente
utilizadas en la investigación biomédica, en el diagnóstico médico y
veterinario de enfermedades contagiosas y hereditarias, en el
análisis genético humano y animal, en el análisis de alimentos, en
el control medioambiental, y en el análisis forense y
criminalístico, entre otros posibles usos.
Existen varios métodos para la síntesis y
amplificación in vitro de ácidos nucleicos. El más conocido y
utilizado es la reacción en cadena de la polimerasa, denominada
comúnmente por sus siglas inglesas PCR (Polymerase Chain Reaction)
(Saiki et al., Science, 230, 1350-1354 (1985),
Mullis et al., patentes norteamericanas US 4.683.195, US 4.683.202 y
US 4.800.159). En su forma más simple, la PCR consiste en un
procedimiento cíclico de amplificación de ADN por el cual una o más
secuencias de ADN específicas contenidas en un ácido nucleico o en
una mezcla de ácidos nucleicos es amplificada exponencialmente
utilizando para ello dos cebadores oligonucleotídicos que se unen de
forma específica, por complementariedad de bases, a dos regiones
enfrentadas del ADN problema que previamente ha sido desnaturalizado
por calor. Cada una de las cadenas de ADN problema a la que se ha
unido su correspondiente cebador puede ser copiada a la forma de ADN
complementario mediante la acción de una actividad ADN polimerasa,
utilizando el oligonucleótido como cebador de la reacción de
polimerización. La repetición de ciclos sucesivos de este proceso
consigue un enriquecimiento exponencial del fragmento de ADN
problema comprendido entre los puntos de hibridación de los
oligonucleótidos. La utilización de ADN polimerasas termoestables
permite realizar ciclos sucesivos de desnaturalización, anillamiento
del oligonucleótido al ADN substrato y elongación de la cadena, sin
adición de nueva actividad polimerasa en cada ciclo. En caso de
analizar la presencia de un ADN con una relativa abundancia este
proceso es suficiente para su identificación. Sin embargo, es
frecuente analizar muestras en las que la abundancia del ADN
problema se encuentra por debajo de los límites de una PCR simple.
Para el análisis de estas muestras se ha desarrollado la técnica de
amplificación anidada o nested-PCR. En este sistema
se realizan dos procesos de amplificación acoplados, el segundo de
los cuales utiliza como substrato el producto amplificado de una
primera PCR. Para incrementar la especificidad del proceso los
oligonucleótidos utilizados en la segunda reacción de amplificación
son diferentes a los utilizados en la primera e hibridan con zonas
internas del producto de la primera amplificación.
Dado que la reacción de amplificación utiliza
actividades ADN polimerasas que requieren como substrato moléculas
de ADN, el análisis directo de moléculas de ARN precisa un paso
previo de transcripción reversa (RT o reverse transcription)
mediante el cual se sintetiza una molécula de ADN copia (ADNc)
complementaria al ARN problema. A continuación el ADNc así obtenido
puede ser utilizado como substrato de una reacción de amplificación
(Mocharla et al., Gene 93:271-275 (1990)). El
sistema de amplificación utilizado podrá ser una reacción simple
(RT-PCR) o una amplificación anidada
(RT-nested PCR), dependiendo de la abundancia
relativa del ARN substrato original. El desarrollo de actividades
ADN polimerasas modificadas con actividad transcriptasa en reverso
permite la realización del proceso de
RT-amplificación utilizando una única actividad
enzimática en condiciones de alta astringencia.
Los métodos de amplificación cíclica de ácidos
nucleicos antes descritos utilizan enzimas polimerasas
termoestables, obtenidas a partir de diversos microorganismos
termófilos tales como Thermus aquaticus (Kaledin et al.,
Biokhimiya 45, 644-651(1980); Chien et al.,
J. Bacteriol. 127:1550-1557(1976); patente US
4.889.818), y Thermus thermophilus (Ruttimann et al. Eur. J.
Biochem. 149: 41-46 (1985)), entre otros. Varias de
estas enzimas ADN polimerasas termoestables, por ejemplo, la
procedente de T. aquaticus (Jones et al., Nucleic Acids
Research 17:8387-8388(1989)), al igual que
algunas enzimas ADN polimerasas mesófilas tales como la ADN
polimerasa I de Escherichia coli (Karkas et al., Proc. Natl.
Acad. Sci. USA 70: 3834-3838 (1973); Leob et al.,
Nature New Biol. 242: 66-69 (1973)) presentan una
doble actividad enzimática ADN polimerasa y transcriptasa en
reverso, dependiendo del cofactor presente en la mezcla de reacción,
de modo que en presencia de ión magnesio presenta actividad ADN
polimerasa, mientras que en presencia de ión manganeso presenta
actividad transcriptasa en reverso.
Las enzimas termoestables, en contraste con las
proteínas mesófilas, no se desnaturalizan frente al calor, es más,
requieren de altas temperaturas para llevar a cabo su actividad.
Ello se debe, principalmente, a las modificaciones en su secuencia
de aminoácidos, que se trasladan a su plegamiento global o
estructura terciaria. Estas modificaciones no son drásticas, sino
que la termoestabilidad surge como consecuencia de la suma de
pequeñas interacciones de tipo entálpico y entrópico que contribuyen
de forma sinérgica a obtener una estructura terciaria más rígida y
resistente al calor. Entre estas modificaciones destacan los cambios
de aminoácidos, que conducen a una estructura terciaria más rígida
(Menéndez-Arias y Argos, J.Mol.Biol.,
206:397-406 (1989)), o bien la eliminación de los
residuos que son sensibles a degradación por desamidación (Asn, Gln)
u oxidación (Met, Cys), especialmente en las zonas más sensibles de
la proteína, tales como los bucles o loops (Watanabe y col.,
J.Biol.Chem., 266:2428724294 (1991)). La formación de puentes de
hidrógeno y formación de redes extensas entre ellos, tanto entre
aminoácidos de la proteína como con moléculas de agua del medio
(Pace y col., FASEB J., 10:75-83 (1996)) es otra de
las modificaciones que conducen a la termoestabilidad, al igual que
la formación de puentes salinos entre residuos cargados de la
superficie, o como forma de neutralizar los residuos polares que
permanecen en el interior hidrofóbico de la proteína (Yip y col.,
Structure, 3:1147-1158 (1995)). Otras modificaciones
de este tipo son la formación de estructuras secundarias,
especialmente \alpha-hélices mediante la
estabilización de su dipolo interno (Rentier-Delrue
y col., J.Mol.Biol., 229:85-93)) y la formación de
puentes de hidrógeno (Warren y Petsko, Prot.Eng.,
8:905-913 (1995)), así como el aumento del
empaquetamiento en el interior hidrofóbico, es decir, hacer la
proteína más compacta (Matthews, FASEB J., 10:35-41
(1996)). Por todo lo anterior, resulta evidente que la preservación
de la estructura terciaria de las enzimas termoestables, y en
consecuencia su actividad y funcionalidad, pasa por la preservación
de la integridad de las interacciones de la proteína con las
moléculas acuosas que la rodean, incluso en mayor medida que las
enzimas mesófilas no termoestables.
Es bien conocido que productos tales como la
gelatina, la albúmina de suero bovino (BSA), el sulfato de amonio y
el Thesit, entre otros, estabilizan a las enzimas polimerasas y a
los dNTPs, y que surfactantes no iónicos tales como el NP40 y el
Tween 20 mejoran las reacciones de amplificación de ácidos nucleicos
(Saiki et al., Science, 239:487-491 (1988)).
Las enzimas de restricción son enzimas
endonucleasas que rompen los enlaces fosfodiéster dentro de la doble
cadena del ADN. Un tipo de estas enzimas de restricción, las
denominadas de tipo II, tienen la propiedad de reconocer una
determinada secuencia de nucleótidos del ADN, causando la ruptura de
los enlaces que unen los nucleótidos entre sí dentro de esa
determinada secuencia, cortando en consecuencia un mismo ADN en
fragmentos precisos y reproducibles, generando lo que se denomina un
mapa de restricción. Las enzimas de tipo II son ampliamente
utilizadas en diversas técnicas de biología molecular, tales como
clonaje, identificación de secuencias específicas y fragmentos de
ADN, y análisis de mapas de restricción, entre otras (Molecular
Cloning: a Laboratory Manual, J. Sambrock et al, 2^{nd} Ed.
1989).
Muy frecuentemente, la actividad de las enzimas y
de otras macromoléculas biológicas, incluyendo antígenos y
anticuerpos, depende principalmente de su conformación
tridimensional, denominada estructura terciaria, de manera que si
esta conformación tridimensional es modificada por cualquier factor,
la actividad o funcionalidad biológica de la macromolécula puede
disminuir o incluso desaparecer. El agua forma una envoltura
protectora alrededor de las macromoléculas biológicas, estabilizando
la estructura terciaria de las macromoléculas mediante interacciones
hidrofóbicas/hidrofílicas. Estas interacciones también bloquean los
grupos químicos reactivos que se pueden encontrar en la superficie
de las macromoléculas. Al quitar esta envoltura acuosa protectora,
lo que sucede por ejemplo en cualquier proceso de desecación, se
pueden producir distorsiones en la estructura terciaria de las
macromoléculas, quedando modificada, y también los grupos químicos
reactivos (grupos amino, fosfato, carboxilo, etc.) quedan libres
para reaccionar entre sí o con otros grupos reactivos de otras
macromoléculas próximas, pudiendo contribuir a la pérdida de la
estructura terciaria original e incluso a formar agregados entre
diversas macromoléculas iguales o diferentes entre sí, lo cual
también supone generalmente la disminución o incluso la pérdida de
la actividad o funcionalidad biológica de las macromoléculas, al
igual que las modificaciones de sus estructuras terciarias. Estas
reacciones entre grupos químicos reactivos periféricos pueden
producirse incluso una vez desecadas convenientemente las
macromoléculas, debido a la plasticidad de los medios en los que se
encuentran, razón por la cual puede observarse una disminución en la
actividad o funcionalidad biológica de las macromoléculas desecadas
con el paso del tiempo. En consecuencia, es de gran importancia la
sustitución de la envoltura acuosa que rodea a las macromoléculas
por agentes protectores que sustituyan eficazmente a las moléculas
de agua en su misión de mantenimiento de las estructuras terciarias
de las macromoléculas y en su misión de estabilización y protección
de los grupos reactivos superficiales.
El método habitual de conservación y transporte
de las enzimas ADN polimerasas y enzimas de restricción antes
mencionadas, así como de otras enzimas utilizadas en biología
molecular y para los usos antes citados, comprende su congelación a
-20ºC, estabilizándolas para soportar esas bajas temperaturas
mediante, principalmente, la adición de glicerol a su forma acuosa.
Este método preserva la actividad de las enzimas durante varios
meses sin apenas pérdida de actividad siempre y cuando la
temperatura de conservación no suba de -20ºC por lo que es de vital
importancia preservar la cadena de frío, registrándose importantes
pérdidas de actividad o inactivándose las enzimas si esta cadena de
frío queda interrumpida durante algunas horas. Incluso utilizando
este método de transporte y conservación mediante congelación a
-20ºC, es desaconsejable la expedición y conservación de todos los
componentes de la reacción en un mismo contenedor, vial o tubo,
puesto que pueden darse reacciones químicas o bioquímicas
indeseables entre los diversos componentes que pueden llegar a
provocar su inactivación o la generación de artefactos que pueden
interferir o enmascarar la interpretación de los resultados
experimentales. De lo anterior se deduce que sería de gran
conveniencia económica disponer de un sistema que posibilitara la
conservación y transporte de las macromoléculas citadas a
temperatura ambiente, pudiendo evitarse de esta manera la necesaria
preservación de la cadena de frío, máxime si este sistema de
conservación permitiera expedir al mercado en un único contenedor
todos los elementos necesarios (enzimas, cofactores, aditivos, etc.)
necesarios para realización de la reacción enzimática deseada.
En la amplificación de ácidos nucleicos mediante
las técnicas antes descritas, cada uno de los componentes que
intervienen en la reacción, es decir, la enzima ADN polimerasa, el
tampón de reacción conteniendo aditivos mejorantes de la reacción o
estabilizantes, el cloruro de magnesio, o cloruro de manganeso en
caso de RT, los oligonucleótidos utilizados como cebadores de la
reacción, los desoxirribonucleótidos (dATP, dCTP, dGTP y dTTP), y la
muestra conteniendo el ácido nucleico a amplificar, se encuentran
por separado, conservados mediante congelación como se ha explicado
anteriormente, y deben ser mezclados previamente a la realización de
la reacción, siendo necesario añadir y mezclar cantidades muy
pequeñas (microlitros) de cada uno de ellos, produciéndose
frecuentes errores en la administración y pipeteo de cada uno de los
reactivos citados, lo que acaba generando una incertidumbre acerca
de la reproducibilidad de los resultados obtenidos mediante la
aplicación de estas técnicas, incertidumbre especialmente
preocupante en el caso del diagnóstico humano. Esta variabilidad por
la posibilidad de error en el pipeteo de los diversos reactivos a
añadir a la reacción de amplificación también afecta a la
sensibilidad de la técnica, lo cual genera una nueva incertidumbre
acerca de la aplicación de estas técnicas en el diagnóstico humano
de enfermedades, y especialmente en la determinación de niveles de
infección y de niveles de expresión génica.
Además, durante el pipeteo y adición a la mezcla
de reacción de la muestra a analizar, se producen aerosoles que
frecuentemente producen contaminaciones cruzadas entre muestras a
analizar (Kwok, S. et al., Nature, 339:237 238 (1989)), generándose
resultados falsos positivos, de gran transcendencia también en el
caso del diagnóstico humano.
Diversas técnicas han sido descritas y utilizadas
para la preservación mediante desecación de macromoléculas
biológicas, y su utilidad y aplicabilidad vienen condicionadas por
su capacidad de preservación de las características funcionales del
producto sobre el que se aplica.
La liofilización es la principal de estas
técnicas de preservación mediante desecación descritas, y es un
método en el que se consigue la eliminación del agua mediante la
congelación del producto húmedo y la posterior sublimación del hielo
en condiciones de baja presión. Sublimación es el proceso por el
cual un sólido se evapora sin pasar por el estado líquido, por lo
que el término baja presión indicado anteriormente hace referencia a
un valor de presión de vapor inferior al punto triple del agua,
presión de vapor en el que el agua coexiste en los estados sólido,
líquido y vapor. Para la realización de la liofilización debe
procederse a la congelación completa de la disolución o del producto
a liofilizar, a una temperatura y velocidad que dependen del tipo de
material a liofilizar. Los equipamientos necesarios para liofilizar
son costosos, y el proceso de liofilización es relativamente lento,
por lo que muy a menudo estos factores económicos desaconsejan su
utilización. Otros sistemas de desecación son bien conocidos, tales
como desecado en lecho fluido, desecado a temperatura ambiente y
presión atmosférica, desecado a temperatura ambiente y presión
disminuida, desecado a alta temperatura y presión atmosférica,
desecado a alta temperatura y presión disminuida. La elección del
método de desecación a utilizar depende de su grado de eficiencia,
de su mayor o menor agresividad frente a la composición a preservar
mediante desecación, y de factores económicos.
Diversas soluciones se han propuesto para
preservar la integridad de las macromoléculas biológicas durante el
proceso de desecación, así como para estabilizar y preservar la
funcionalidad de los desecados durante el proceso de conservación y
almacenamiento.
Clegg et al. describen en Criobiology
19:306-316 (1982) el efecto protector del glicerol y
de la trehalosa sobre la respuesta celular a la desecación.
Crowe et al. describen en Cryobiology
20:346-356 (1983), en Archives Biochem. Biophysies
232:400-497 (1984) y en Biochimia & Biophysica
Acta 769:141-150 (1984), la acción de diversos
carbohidratos sobre la estabilización de membranas celulares,
indicando el efecto protector significativamente superior del
disacárido no reductor conocido como trehalosa
(\alpha-D-glucopiranosil-\alpha-D-glucopiranósido)
en la desecación de los organelos celulares.
Carpenter et al. (Cryobiology
24:455-464 (1987)) indican que los disacáridos
maltosa, sacarosa, lactosa y trehalosa incrementan la estabilidad de
la actividad de una preparación purificada de la enzima
fosfofructoquinasa tras su desecación.
La solicitud de patente europea EP 140489 de Wako
Pure Chemichal Industries describe un procedimiento para proteger
una proteína inmunoactiva (un anticuerpo) sobre un transportador
(por ejemplo, una perla de cristal) frente a la desecación a
temperatura ambiente mediante su inmersión en una solución
azucarada, opcionalmente junto a una proteína tal como albúmina de
suero bovino. Se menciona un considerable número de azúcares
(ribosa, glucosa, fructosa, manosa, galactosa, maltosa, sacarosa
(sucrosa), lactosa, así como otros oligosacáridos y polisacáridos),
siendo los preferidos en base a su mayor efecto protector la
lactosa, la sacarosa y las soluciones de dextrinas.
La patente norteamericana US 4.891.319, asignada
a Quadrant Bioresources Limited, describe el empleo de trehalosa
como agente protector frente a la desecación de proteínas,
anticuerpos, y otras macromoléculas biológicas.
O. Tooru et al. describen en Chemical Abstracts
95:517 (1981) el efecto protector de los azúcares y de los azúcares
alcohoxílicos frente a la desnaturalización y la desecación de
fibras musculares de los peces.
La solicitud de patente EP 91258 revela un método
de estabilización del factor de necrosis tumoral (TNF) mediante
almacenamiento o liofilización de la proteína TNF purificada en
presencia de una proteína estabilizante tal como la albúmina de
suero bovina o la gelatina.
La solicitud de patente WO 91/18091, de Quadrant
Holdings Cambridge Limited, describe un método de preservar
sustancias biológicas en un estado desecado mediante la utilización
de glicósidos no reductores procedentes de compuestos
polihidroxilados (preferentemente sorbitol o manitol), tales como el
maltitol, el lactitol y ambos isómeros del palatinitol, y un
oligosacárido no reductor tal como la rafinosa, la estaquiosa y la
melezitosa.
Igaki et al. en J. JPN. Diabetes Soc,
34:403-407 (1991) señala a la
L-lisina como un inhibidor de las reacciones de
condensación entre grupos amino y carbonilo situados en la periferia
de las macromoléculas biológicas.
La patente US 5.955.448, asignada a Quadrant
Holdings Cambridge Limited, reivindica un método de estabilización
de muestras y macromoléculas biológicas, incluyendo enzimas
endonucleasas de restricción, desecadas mediante la adición de
carbohidratos no reductores y un inhibidor de las reacciones de
condensación entre grupos amino y carbonilo periféricos. Se conoce,
además, la estabilización del \beta-interferón
recombinante mediante la utilización de un agente estabilizante tal
como un detergente o glicerol, pudiendo además contener otras
proteínas, sacarosa, trehalosa, y otros derivados polihidroxilados
de los carbohidratos, como agentes estabilizantes adicionales,
especialmente dextrosa.
Otras referencias acerca de métodos de desecación
y de preservación frente a la desecación de macromoléculas
biológicas pueden encontrarse en Pikal M.J., BioPharm
3:18-20, 22-23,
26-27 (1990), Carpenter et al., Cryobiology
25:459-470 (1988), Roser B., Biopharm 4:
47-53 (1991), Colaco et al, Bio/Technol. 10:
1007-1011 (1992), y Carpenter et al., Cryobiology
25:244-255 (1988).
Por otra parte, la patente US 5.861.251, asignada
a Bioneer Corporation, reivindica un proceso de preparación de un
reactivo listo para usar desecado mediante liofilización para la
amplificación de ADN mediante la adición como preservantes de
glucosa o sorbitol a una mezcla de reacción que contiene todos los
componentes necesarios para llevar a cabo la reacción, es decir, una
enzima ADN polimerasa termoestable, un tampón de reacción
conteniendo todos los componentes necesarios para llevar a cabo la
reacción, y los desoxinucleótidos trifosfato o didesoxinucleótidos
trifosfato necesarios como sustratos de la reacción de
polimerización, más un colorante soluble en agua, no citando la
adición de sondas ni cebadores oligonucleotídicos al reactivo listo
para usar.
La patente US 5. 614. 387, asignada a
Gen-Probe Incorporated, describe un reactivo listo
para usar desecado mediante liofilización para la amplificación de
ARN mediante la adición como preservantes de un disacárido no
reductor, preferentemente trehalosa o sacarosa, y/o
polivinilpirrolidona (PVP), a una mezcla de reacción que contiene
todos los reactivos necesarios para realizar la amplificación del
ácido nucleico, incluyendo una ARN polimerasa y/o una transcriptasa
en reverso, no citando en sus ejemplos ninguna enzima termoestable,
junto a un tampón de reacción conteniendo todos los componentes
necesarios para llevar a cabo la reacción, y los desoxinucleótidos
trifosfato o didesoxinucleótidos trifosfato necesarios como
sustratos de la reacción de polimerización, más un colorante soluble
en agua.
La patente US 5.935.834, asignada a Asahi Kasei
Kogyo Kabushiki Kaisha, reivindica un reactivo listo para usar
obtenible por desecación y preservación en presencia de trehalosa y
que contiene todos los elementos necesarios para realizar una
transcripción reversa del ARN procedente de un virus.
Aunque se han propuesto diversas soluciones para
preservar la integridad de las macromoléculas biológicas durante el
proceso de desecación, así como para estabilizar y preservar la
funcionalidad de los desecados durante el proceso de conservación y
almacenamiento, sigue existiendo la necesidad de desarrollar
soluciones alternativas que incrementen el potencial de medios para
satisfacer tales fines. La presente invención proporciona una
solución a dicha necesidad.
La invención proporciona un procedimiento para
preparar una mezcla de reacción estabilizada y desecada total o
parcialmente, comprendiendo dicha mezcla, al menos, una enzima, en
adelante procedimiento de la invención, que comprende:
a) poner en contacto en un único contenedor:
- i) una solución acuosa de una mezcla de reacción que comprende, al menos, una enzima; y
- ii) una solución acuosa de una mezcla estabilizante compuesta por
- -
- al menos, un agente protector frente a la desecación;
- -
- al menos, un inhibidor de la reacción de condensación entre grupos carbonilo o carboxilo y grupos amino o fosfato; y
- -
- al menos, un polímero inerte capaz de generar una estructura en forma de malla que impide la movilidad de los reactivos desecados;
para obtener una solución acuosa que comprende
dicha mezcla de reacción junto con dicha mezcla estabilizante;
y
b) retirar la totalidad o parte del agua
contenida en dicha solución acuosa obtenida en la etapa a), hasta
obtener una mezcla total o parcialmente desecada que comprende dicha
enzima y dicha mezcla estabilizante y tiene un grado de humedad
igual o inferior al 30%, para obtener una mezcla de reacción
estabilizada, total o parcialmente desecada, que comprende, al
menos, una enzima.
La mezcla de reacción comprende una o más enzimas
que intervienen en una o varias reacciones enzimáticas junto con la
totalidad o parte de los reactivos necesarios para la realización de
las reacciones enzimáticas en las que intervienen dichas enzimas. En
una realización particular, la mezcla de reacción contiene todos los
reactivos necesarios para la realización de la reacción o reacciones
en las que intervienen la(s) enzima(s) presentes en la
mezcla de reacción, mezclados en las cantidades convenientes en
dicho contenedor, tal como un tubo de reacción o un pocillo de una
placa multipocillo, en el que posteriormente, tras rehidratación y
adición del sustrato o muestra problema se llevará a cabo la
reacción enzimática a realizar.
La enzima o enzimas presentes en la mezcla de
reacción pueden ser cualquier enzima. En una realización particular,
dicha enzima se selecciona del grupo formado por enzimas de
amplificación de ácidos nucleicos, tanto termoestables como
termolábiles, de ácidos nucleicos, tanto ARN como ADN, enzimas de
restricción, enzimas que intervienen en las reacciones de
amplificación, secuenciación o caracterización de ácidos nucleicos,
y sus mezclas. Por tanto, en una realización particular, la mezcla
de reacción comprende una enzima seleccionada entre enzimas de
amplificación de ácidos nucleicos, enzimas de restricción, enzimas
que intervienen en las reacciones de amplificación, secuenciación y
caracterización de ácidos nucleicos, y sus mezclas, junto con todos
los reactivos necesarios para la realización de las reacciones en
las que intervienen las enzimas anteriores, y que incluyen
cofactores, sustratos de las enzimas y otros aditivos que mejoran
las reacciones enzimáticas, pudiendo asimismo incluir,
opcionalmente, sondas y cebadores oligonucleotídicos, marcados o sin
marcar, para la realización de una amplificación específica, por
ejemplo, la detección de un determinado patógeno o mutación genética
en una muestra.
La solución acuosa de la mezcla de reacción puede
prepararse fuera del contenedor y añadirse posteriormente al mismo
tal cual o bien puede formarse directamente en el contenedor
mediante la adición y mezcla de los distintos componentes de la
mezcla de reacción en el propio contenedor.
La mezcla estabilizante está compuesta por (i) al
menos, un agente protector frente a la desecación, (ii) al menos, un
inhibidor de la reacción de condensación entre grupos carbonilo o
carboxilo y grupos amino o fosfato; y (iii) al menos, un polímero
inerte que, al desecarse, genera una estructura en forma de malla
que impide la movilidad de los reactivos desecados.
El agente protector frente a la desecación tiene
por misión principalmente estabilizar la estructura terciaria de las
enzimas y de los nucleótidos opcionalmente presentes en la mezcla de
reacción, durante el proceso de desecación, sustituyendo en esta
misión a las moléculas de agua que en solución acuosa forman la
envoltura protectora que ayuda a mantener la estructura
tridimensional de las macromoléculas, bloqueando además las
reacciones que pudieran producirse entre los grupos químicos
reactivos que pudieran encontrarse en la superficie de las
macromoléculas, con lo cual presentan también un efecto de
estabilización en la conservación a largo plazo de las mezclas
desecadas. El agente protector frente a la desecación puede ser un
carbohidrato no reductor adecuado, en particular, un disacárido o
trisacárido no reductor, o una mezcla de dichos compuestos. En una
realización particular, el agente protector frente a la desecación
se selecciona entre los disacáridos no reductores palatinitol
(6-\alpha-D-glucopiranosil-manitol)
y trehalosa, los trisacáridos no reductores rafinosa y melezitosa,
y sus mezclas. Otros carbohidratos no reductores, tales como la
sacarosa (sucrosa), se han mostrado efectivos en la desecación de
enzimas, pero no así en la desecación conjunta de las enzimas y
oligonucleótidos.
Se han ensayado diversos compuestos no
reductores, del grupo de los polialcoholes, como agentes protectores
frente a la desecación y estabilizantes de las mezclas desecadas
durante su almacenamiento, tales como el sorbitol y el glicerol.
Ambos se muestran relativamente efectivos en su utilización
independiente como agentes protectores de las enzimas durante el
proceso de desecación y en su posterior conservación, especialmente
el sorbitol. En el proceso de desecación conjunta de mezclas de
reacción conteniendo enzimas y oligonucleótidos junto con la mezcla
estabilizante conteniendo carbohidratos no reductores, inhibidores
de las reacciones de condensación y polímeros inertes, se aprecia
que mientras que el glicerol presenta un efecto protector
beneficioso en todos los casos en conjunción con los componentes de
la mezcla estabilizante, especialmente en conjunción con los
carbohidratos no reductores melezitosa, palatinitol, trehalosa y
sacarosa, el sorbitol no presenta ningún efecto beneficioso, sino
que, al contrario, llega a inhibir el efecto protector de los
elementos citados. La utilización de sorbitol como agente protector
frente a la desecación y estabilizante durante la conservación de
las mezclas de reacción es efectiva cuando en esas mezclas de
reacción no están presentes oligonucleótidos, no presentando ninguna
acción protectora ni estabilizante cuando en esas mezclas están
presentes cadenas oligonucleotídicas. Por tanto, además de uno o
varios carbohidratos no reductores, la mezcla estabilizante puede
contener, opcionalmente, glicerol como agente protector frente a la
desecación.
El inhibidor de las reacciones de condensación
tiene por misión inhibir las reacciones de condensación que pueden
producirse entre los grupos reactivos carboxilo, carbonilo, amino y
fosfato que se encuentran en la superficie de las macromoléculas
presentes en la mezcla de reacción a desecar, por lo que debe estar
presente en una cantidad suficiente como para ejercer este efecto
inhibidor. Los inhibidores de reacción a utilizar pueden ser
competitivos o no competitivos. Entre los inhibidores competitivos,
diversos aminoácidos se han mostrado como los más efectivos,
destacando la lisina, la arginina y el triptófano, y, entre ellos,
la lisina. Entre los no competitivos, la betaína y los derivados de
la aminoguanidina se han mostrado como los más eficaces. La elección
del inhibidor no competitivo depende del carbohidrato no reductor
utilizado, de modo que en presencia de rafinosa el inhibidor no
competitivo más efectivo es la betaína, mientras que en presencia de
otros carbohidratos son los derivados de la aminoguanidina los más
efectivos. Por tanto, en una realización particular, la mezcla
estabilizante contiene un inhibidor de la reacción de condensación
entre grupos carbonilo o carboxilo y grupos amino o fosfato
seleccionado del grupo formado por lisina, arginina, triptófano,
betaína, derivados de aminoguanidina, y sus mezclas.
El polímero inerte capaz de generar una
estructura en forma de malla que impida la movilidad de los
reactivos desecados al desecarse la solución acuosa en donde se
encuentra, tiene por misión principal el mejorar la estabilidad
frente al almacenamiento de la mezcla de reacción desecada al
generar una malla que impide la movilidad de los diferentes
reactivos que componen la mezcla de reacción, de manera que quedan
inmovilizados en mayor o menor medida en las celdillas que forma el
polímero y, en consecuencia, estos reactivos no pueden aproximarse
entre sí, evitándose la reacción química de sus grupos reactivos
superficiales. El polímero debe, por un lado, no reaccionar con
ninguno de los reactivos que componen la mezcla de reacción, y, por
otro lado, debe crear un entramado lo suficientemente fino y
moldeable como para atrapar en su malla macromoléculas
individualizadas sin distorsionar su estructura terciaria o
cuaternaria al desecarse. En una realización particular, dicho
polímero inerte se selecciona del grupo formado por
polivinilpirrolidona (PVP), polietilenglicol (PEG) de diversos
grados de polimerización, dextrano, almidón, el compuesto denominado
FICOLL (polímero no iónico sintetizado a partir de la sacarosa, de
Pharmacia), glucógeno, goma arábiga y sus mezclas. En general, el
glucógeno y la goma arábiga son los polímeros inertes que se han
mostrado más efectivos en su función protectora. Una misión
adicional de este polímero inerte es su utilización como
crioprotector de las macromoléculas presentes en la mezcla de
reacción a desecar mediante liofilización, al generar una malla
amorfa que impide la cristalización del agua durante el proceso
inicial de congelación característico de ese proceso de desecado. La
cantidad de polímero inerte a añadir a la mezcla de desecación debe
ser la suficiente como para asegurar la generación de una malla lo
suficientemente tupida que impida la movilidad de las
macromoléculas, sin que luego interfiera en la reacción enzimática a
producirse tras la rehidratación de la mezcla de reacción
desecada.
La actuación conjunta de los tres componentes de
la mezcla estabilizante (agente protector, inhibidor de las
reacciones de condensación y polímero inerte), provoca que las
mezclas de reacción citadas antes sean completamente funcionales
tras su desecación y almacenamiento prolongado. La adición de uno o
dos de los componentes citados, sin la presencia de los otros dos o
del restante componente, genera mezclas de reacción que o bien no
son activas tras la desecación o bien su actividad desaparece a los
pocos días de su desecación, presentando, en consecuencia, una
estabilidad muy reducida durante el almacenamiento. Los
carbohidratos no reductores (agentes protectores), en conjunción o
no con el inhibidor de las reacciones de condensación, pueden
proteger eficazmente frente a la desecación y estabilizar durante el
almacenamiento a las enzimas y a las mezclas de reacción que
contienen todos los reactivos necesarios para su realización excepto
las sondas o los cebadores oligonucleotídicos, pero no así a las
mezclas de reacción que contienen esos oligonucleótidos. Igualmente
sucede con el polialcohol no reductor sorbitol, el cual se muestra
por separado como un buen protector y estabilizante de la mezcla de
reacción que contiene todos los reactivos necesarios excepto los
oligonucleótidos, pero que deja de ejercer ese efecto protector
cuando en la mezcla de reacción están presentes oligonucleótidos. El
inhibidor de las reacciones de condensación, utilizado de manera
exclusiva en la desecación o en presencia del polímero inerte, es
capaz de proteger la mezcla de reacción sin oligonucleótidos durante
el proceso de desecación, apreciándose una caída en el rendimiento
de la reacción cuando la mezcla de reacción contiene
oligonucleótidos.
La solución acuosa de la mezcla estabilizante
puede preparase fuera del contenedor y añadirse posteriormente al
mismo tal cual o bien puede formarse directamente en el contenedor
mediante la adición y mezcla de los distintos componentes de la
mezcla estabilizante en el propio contenedor.
Tras la mezcla en el contenedor de la solución
acuosa de la mezcla de reacción con la mezcla estabilizante se forma
una solución acuosa que comprende la mezcla de reacción que
comprende, al menos, una enzima, junto con dicha mezcla
estabilizante. A continuación, se retira la totalidad o parte del
agua contenida en la solución acuosa resultante de la mezcla de
reacción con la mezcla estabilizante, hasta obtener una mezcla total
o parcialmente desecada que comprende la enzima o enzimas en
cuestión junto con dicha mezcla estabilizante y tiene un grado de
humedad igual o inferior al 30%, obteniéndose una mezcla de reacción
estabilizada, total o parcialmente desecada, que comprende, al
menos, una enzima.
La retirada de la totalidad o parte del agua
presente en la solución acuosa obtenida en el contenedor tras la
mezcla de la mezcla de reacción con la mezcla estabilizante puede
realizarse por cualquier método de desecación convencional,
incluyendo, por ejemplo, liofilización, desecado en lecho fluido,
desecado a temperatura ambiente y presión atmosférica, desecado a
temperatura ambiente y presión disminuida, desecado a alta
temperatura y presión atmosférica, desecado a alta temperatura y
presión disminuida. El método de desecación preferido es el desecado
a una temperatura comprendida entre 15ºC y 60ºC, y presión
disminuida inferior a la atmosférica. Otros métodos, como los
anteriormente nombrados, pueden ser aplicados en la desecación,
aunque su mayor coste o menor eficiencia o mayor agresividad frente
a los componentes de la mezcla de reacción a desecar desaconsejan su
utilización.
Las mezclas de reacción estabilizadas, desecadas,
proporcionadas por esta invención, tienen un grado de humedad igual
o inferior al 30%, preferentemente igual o inferior al 20%.
Las mezclas de reacción completamente desecadas,
es decir, con una presencia de agua residual igual o inferior al 1%,
tienden a tener una estabilidad durante el almacenamiento inferior a
aquellas que contienen un mayor porcentaje de agua, apreciándose en
las completamente desecadas una significativa disminución en los
rendimientos de la reacción tras rehidratación y adición del
sustrato de reacción. Por otra parte, en las mezclas desecadas que
contienen porcentajes de agua residual comprendidos entre el 1% y el
20%, las macromoléculas presentan una movilidad que puede provocar
reacciones químicas o enzimáticas indeseables, a pesar de la
presencia del polímero inerte que impide su movilidad completa, por
lo que si bien presentan una estabilidad de varias semanas a
temperatura ambiente (25ºC), deben almacenarse preferentemente a
temperaturas comprendidas entre 4ºC y 10ºC para asegurar su correcta
funcionalidad a lo largo del tiempo. El grado de desecación elegido
depende principalmente de factores económicos (coste del proceso,
tiempo necesario para alcanzar un determinado grado de desecación,
etc.) y de la relación existente entre el grado de desecación y la
estabilidad de la mezcla de reacción. Por ello, en una realización
particular, el porcentaje de humedad relativa remanente en la mezcla
de reacción estabilizada y desecada está comprendido entre el 1% y
el 20%.
Mediante el procedimiento de la invención se
obtienen mezclas de reacción estabilizadas, total o parcialmente
desecadas, que en un único tubo o pocillo de una placa contienen
todos los elementos necesarios (por ejemplo, enzimas, cofactores,
sustratos, cebadores oligonucleotídicos de reacción y otros aditivos
que mejoran o modulan la reacción enzimática) para que se pueda
llevar a cabo la reacción enzimática deseada tras su rehidratación y
adición del sustrato o muestra problema, evitándose de esta manera
la necesidad de preservar la cadena de frío en el transporte y
manipulación de estas mezclas de reacción desecadas, simplificando
la manipulación habitual necesaria para realizar la reacción
enzimática, por ejemplo, la amplificación de ácidos nucleicos, al no
ser necesario conservar y añadir cada componente de la reacción por
separado, previniéndose contaminaciones cruzadas y evitándose
errores de pipeteo, aumentándose, en consecuencia, la repetibilidad
y fiabilidad de los análisis. Las mezclas de reacción estabilizadas,
total o parcialmente desecadas mantienen su actividad, sin pérdidas
significativas de la misma, tras su transporte y conservación a
temperatura ambiente.
La invención también proporciona una mezcla de
reacción estabilizada y desecada total o parcialmente, con un grado
de humedad igual o inferior al 30%, preferentemente comprendido
entre 1% y 20%, que comprende al menos, una enzima, y una mezcla
estabilizante tal como la definida previamente que comprende (i) al
menos, un agente protector frente a la desecación, (ii) al menos, un
inhibidor de la reacción de condensación entre grupos carbonilo o
carboxilo y grupos amino o fosfato, y (iii) al menos, un polímero
inerte capaz de generar una estructura en forma de malla que impide
la movilidad de los reactivos desecados.
En una realización particular, dicha mezcla de
reacción estabilizada y total o parcialmente desecada contiene una
enzima seleccionada del grupo formado por enzimas de amplificación
de ácidos nucleicos, enzimas de restricción, enzimas que intervienen
en las reacciones de amplificación, secuenciación o caracterización
de ácidos nucleicos, y sus mezclas, junto con la totalidad o parte
de los reactivos necesarios para la realización de las reacciones
enzimáticas en las que intervienen dichas enzimas, preferentemente
con la totalidad de dichos reactivos, que incluyen cofactores,
sustratos de las enzimas y otros aditivos que mejoran las reacciones
enzimáticas, pudiendo asimismo incluir, opcionalmente, sondas y
cebadores oligonucleotídicos, marcados o sin marcar, para la
realización de una amplificación específica, por ejemplo, la
detección de un determinado patógeno o mutación genética en una
muestra. De este modo se obtienen mezclas de reacción estabilizadas,
total o parcialmente desecadas, que en un único tubo o pocillo de
una placa contienen todos los elementos necesarios (es decir,
enzimas, cofactores, sustratos, cebadores oligonucleotídicos de
reacción y otros aditivos que mejoran o modulan la reacción
enzimática) para que se pueda llevar a cabo la reacción deseada tras
su rehidratación y adición del sustrato o muestra problema.
En una realización particular, la invención
proporciona una mezcla de reacción estabilizada, total o
parcialmente desecada, útil para la amplificación de una o más
secuencias específicas de uno o varios ácidos nucleicos, ARN o ADN,
presentes en una muestra. Dicha mezcla de reacción comprende una
enzima ADN polimerasa o una enzima transcriptasa en reverso,
termoestable o no, desoxinucleótidos trifosfato, marcados o no por
cualquiera de los métodos conocidos, todos los cofactores necesarios
para la actividad enzimática y cualquier otro aditivo que mejora o
modula dicha actividad enzimática. La mezcla de reacción
estabilizada y desecada puede también contener los cebadores
oligonucleotídicos de reacción, marcados o sin marcar mediante
cualquiera de los métodos conocidos, necesarios para la
amplificación específica de la secuencia nucleotídica objetivo, y/o
las sondas oligonucleotídicas, marcadas o sin marcar por cualquiera
de los métodos conocidos, necesarias para la realización de un
ensayo de hibridación, así como cualquier aditivo o coadyuvante de
la reacción de hibridación. Esta mezcla de reacción estabilizada y
desecada se encuentra en un único contenedor, tal como un tubo de
reacción o un pocillo de una placa multipocillos, y para la
realización de la reacción deseada únicamente es necesaria la
rehidratación de la mezcla de reacción mediante la adición de agua
destilada y de la muestra a analizar. Preferiblemente, el método de
desecación es el anteriormente expuesto y contiene la mezcla
estabilizante descrita.
En otra realización particular, la invención
proporciona una mezcla de reacción estabilizada y total o
parcialmente desecada útil para la secuenciación de ácidos
nucleicos, en la que a la mezcla de reacción estabilizada y desecada
antes descrita se le añaden también didesoxirribonucleótidos
(ddNTPs), eliminándose el colorante soluble en agua.
Preferiblemente, el método de desecación es el anteriormente
expuesto y contiene la mezcla estabilizante descrita.
En otra realización particular, la invención
proporciona una mezcla de reacción estabilizada y total o
parcialmente desecada útil para la realización de análisis de
restricción en placa multipocillo, de manera que la muestra a
analizar se deposita sobre el pocillo que contiene desecados una
mezcla de reacción que contiene una determinada enzima de
restricción con la cual se desea tratar la muestra, así como todos
los cofactores y aditivos necesarios para la realización del
análisis de restricción, procediéndose posteriormente a la
incubación de la muestra junto a la mezcla de reacción rehidratada.
Preferiblemente, el método de desecación es el anteriormente
expuesto y contiene la mezcla estabilizante descrita.
En otra realización particular, la invención
proporciona una mezcla de reacción estabilizada y total o
parcialmente desecada para la realización de hibridaciones en placa
multipocillo, de manera que la muestra a hibridar es depositada
sobre el contenedor que contiene desecadas las sondas
oligonucleotídicas, marcadas o sin marcar por cualquiera de los
métodos conocidos, necesarias para la realización del ensayo de
hibridación, así como cualquier aditivo o coadyuvante de la reacción
de hibridación, procediéndose posteriormente a la realización de la
reacción de hibridación. Preferiblemente, el método de desecación es
el anteriormente expuesto y contiene la mezcla estabilizante
descrita.
Las mezclas de reacción estabilizadas, total o
parcialmente desecadas, proporcionadas por esta invención, son del
tipo ``listas para usar''
(ready-to-use) y presentan numerosas
aplicaciones, entre las que se encuentran el diagnóstico de
enfermedades, la determinación de la secuencia de ADN, o el análisis
de restricción de ácidos nucleicos, de acuerdo con los métodos que
se indican más adelante y se ilustran en los ejemplos que acompañan
a esta descripción.
La invención también proporciona un kit que
comprende una mezcla de reacción estabilizada y desecada total o
parcialmente, con un grado de humedad igual o inferior al 30%,
preferentemente comprendido entre 1% y 20%, proporcionada por esta
invención. En una realización particular, dicho kit es un kit
adecuado para la amplificación de una o más secuencias específicas
de uno o varios ácidos nucleicos, ARN o ADN, presentes en una
muestra, o para la realización de un ensayo de hibridación de ácidos
nucleicos, o para la secuenciación de ácidos nucleicos, o para la
realización de análisis de restricción en placa multipocillo, o para
la realización de hibridaciones en placa multipocillo. El kit de la
invención contiene, además de la mezcla de reacción estabilizada,
total o parcialmente desecada, que comprende al menos una enzima
implicada en una reacción enzimática, la totalidad o parte,
preferentemente, la totalidad de los reactivos, factores, aditivos
y/o secuencias oligonucleotídicas necesarios para la realización de
la reacción enzimática en cuestión.
Los siguientes ejemplos explican en mayor medida
la presente invención, y no deben ser interpretados como un límite
en el alcance de la invención.
La enzima ADN polimerasa termoestable usada en
este y en los siguientes ejemplos, salvo indicación en caso
contrario, es una ADN polimerasa recombinante de Thermus
thermophilus expresada en Escherichia coli, propiedad de
Biotools B&M Labs S.A., España, y purificada mediante un método
no cromatográfico desarrollado por la misma empresa (BIOTOOLS DNA
Polymerase). Tras su purificación, la enzima fue guardada a -20ºC en
un tampón de almacenamiento conteniendo Tris HCl 30 mM, pH 8,
glucosa 25 mM, KCl 25 mM, PMSF 0,5 mM, Tween 20 0,25% y NP40 0,25%.
Se preparó un tampón de reacción conteniendo Tris HCl, pH 8, 750 mM,
(NH_{4})_{2}SO_{4} 200 mM, Tween 20 0,1% y MgCl_{2} 20 mM.
A cada tubo de reacción de 0,2 ml utilizado en el
experimento se le añadió 1 microlitro de dicha enzima ADN polimerasa
(1 U/\mul) conservada en su tampón de almacenamiento, 5
microlitros del tampón de reacción, y 1 microlitro de una disolución
que contiene en proporción equimolar los cuatro
desoxirribonucleótidos (dNTPs) que intervienen en la reacción de
amplificación de ADN (dATP, dCTP, dGTP y dTTP). Se prepararon
diversos tubos de la forma antes descrita, y a cada uno de ellos se
le añadieron los volúmenes adecuados de cada una de las mezclas
estabilizantes que se recogen en la Tabla 1. Los tubos así
preparados se desecaron en un evaporador centrífugo marca Eppendorf
modelo 5301, a temperaturas comprendidas entre 10ºC y 60ºC, durante
un tiempo comprendido entre 30 y 120 minutos. Las temperaturas y los
tiempos antes citados varían según el volumen final de mezcla a
desecar.
Tras su desecación, los tubos fueron conservados
a las temperaturas y tiempos indicados en la Tabla 1. Al cumplirse
los tiempos indicados en la Tabla 1, fue ensayada su actividad
mediante la reacción de amplificación de una región específica del
citocromo b, de un tamaño de 359 pares de bases (pb), rehidratando
la mezcla desecada con 43 microlitos de agua bidestilada, añadiendo
1 microlitro de cada uno de los cebadores de reacción
I-1:
5'-CCATCCATCTCAGCATGATGAAA-3' (SEC.
ID. Nº: 1); y
I-2:
5'-GCCCCTCAGAATGATATTTGTCCTCA-3'
(SEC. ID. Nº: 2), y
500 ng de ADN hasta un volumen final de 50
microlitros. Se realizaron 35 ciclos de desnaturalización (94ºC, 10
segundos), anillamiento (55ºC, 30 segundos), y extensión (72ºC, 40
segundos), utilizando un termociclador marca Eppendorf modelo
Mastercycler. En paralelo, y para comprobar la evolución de la
actividad de los tubos desecados, se amplificaron muestras de ADN
utilizando una mezcla fresca, en las mismas condiciones de
amplificación.
El resultado de la reacción de amplificación se
analizó en todos los casos en gel de agarosa 2% (peso/volumen), y se
encontró en todos los casos en los que la amplificación fue positiva
una única banda de 359 pb. La actividad de las mezclas de reacción
desecadas y de las mezclas frescas fue medida mediante densiometría
de la banda resultante de la amplificación, utilizando para ello un
analizador de imágenes marca TDI modelo Gelprinter, usando el
programa informático Gelsuper desarrollado también por TDI. Los
resultados de la actividad de cada tubo desecado se expresan de
forma semicuantitativa en relación a los resultados obtenidos con
las mezclas frescas. Se consideró que las mezclas desecadas
tenían:
actividad máxima (+++ en la Tabla 1) cuando la
intensidad de la banda era un 90% \pm 10% con respecto a la mezcla
fresca;
actividad óptima (++ en la Tabla 1) cuando la
actividad oscilaba entre el 90% y el 50%,
actividad baja (+ en la Tabla 1) cuando era
inferior al 50%, y
ausencia de actividad (- en la Tabla 1) cuando el
resultado de la reacción de amplificación era negativo.
Los resultados de actividad obtenidos se pueden
observar en la columna ``actividad ejemplo I'' de la Tabla 1. Como
conclusión, si bien varias mezclas estabilizantes pueden
considerarse correctas al conservar una buena actividad tras la
desecación y posterior almacenamiento de la mezcla de reacción, son
aquellas que contienen melezitosa o palatinitol, en conjunción con
lisina y glucógeno o goma arábiga, o bien rafinosa con betaína y
glucógeno, las que conservan una mayor actividad.
La enzima transcriptasa en reverso termoestable
usada en este ejemplo fue una ADN polimerasa recombinante de
Thermus thermophilus con actividad transcriptasa en reverso
mejorada respecto a la enzima indicada en el Ejemplo I, expresada en
Escherichia coli, propiedad de Biotools B&M Labs S.A.
(España), y purificada mediante un método no cromatográfico
desarrollado por la misma empresa (RETROTOOLS cDNA/DNA Polymerase).
Tras su purificación, la enzima se guardó a -20ºC en un tampón de
almacenamiento conteniendo Tris ClH, 30 mM, pH 8, glucosa 25 mM,
PMSF 0,5 mM, Tween 20 0,25% y NP40 0,25%. Se preparó un tampón de
reacción para realizar la transcripción reversa conteniendo Tris HCl
75 mM, pH 8, (NH_{4})_{2}SO_{4} 200 mM, Tween 20 0,01%,
MnCl_{2} 1,5 mM, y 0,125 mM de cada dNTP (dATP, dGTP, dTTP,
dCTP).
A cada tubo de reacción de 0,2 mililitros
utilizado en este experimento se añadieron 1,5 microlitros de dicha
enzima (5 U/\mul) conservada en tampón de almacenamiento, 4
microlitros del tampón de reacción para la transcripción reversa, y
1 microlitro de una disolución conteniendo en proporción equimolar
dATP, dCTP, dGTP y dTTP. En otro tubo de 0,2 ml se añaden 6
microlitros del tampón de reacción que consta de Tris HCl 75 mM, pH
8, (NH_{4})_{2}SO_{4} 20 mM, Tween 20 0,01%, EGTA 0,75 mM y
MgCl_{2} 2 mM. Se prepararon diversos tubos de la forma antes
descrita, y a cada uno de ellos se les añadió una de las mezclas
estabilizantes que se recogen en la Tabla 1. Los tubos así
preparados se desecaron en un evaporador centrífugo marca Eppendorf
modelo 5301, a temperaturas comprendidas entre 10ºC y 60ºC, durante
un periodo de tiempo comprendido entre 30 y 120 minutos. Las
temperaturas y los tiempos antes citados varían según la mezcla
estabilizante utilizada. Tras su desecación, los tubos fueron
conservados a las temperaturas y tiempos indicados en la Tabla
1.
La actividad de las mezclas de reacción, y las de
las mezclas frescas no desecadas fue ensayada mediante la reacción
de amplificación de una región específica del gen CD8\alpha de
ratón, de un tamaño de 1.122 pb, rehidratando la mezcla desecada con
15 microlitos de agua bidestilada, añadiendo 1,25 microlitros de los
cebadores de reacción:
\newpage
II-1:
5'-CAAGGATGCTCTTGGCTCTT-3' (SEC. ID.
Nº: 3); y
II-2:
5'-GTGGTAGCAGATGAGAGTGA-3' SEC. ID.
Nº: 4), y
100 ng de ARN mensajero extraído de ratón hasta
un volumen final de 20 microlitros. La mezcla de transcripción
reversa así reconstituida se incubó a 60ºC durante 30 minutos para
sintetizar el ADNc. A continuación, los tubos desecados con la
mezcla de amplificación de ADN se rehidrataron con 30 \mul de
H_{2}O. El volumen completo de tampón de reacción rehidratado se
añadió a los tubos en los que se había realizado la reacción de
transcripción reversa. A continuación, se realizaron 40 ciclos de
desnaturalización (94ºC, 45 segundos), anillamiento (55ºC, 30
segundos) y extensión (72ºC, 1 minuto), utilizando un termociclador
marca Eppendorf modelo Mastercycler. El experimento se diseñó de
forma que los tubos utilizados para la reacción de transcripción
reversa y los tubos utilizados en la reacción de amplificación de
ADN subsiguiente hubieran sido desecados y almacenados en las mismas
condiciones. Los productos de amplificación se analizaron mediante
electroforesis en gel de agarosa 1% (peso/volumen), encontrándose en
todos los casos en que la amplificación fue positiva una única banda
de 1.122 pb. La intensidad de las bandas de amplificación de todas
las muestras fue medida mediante densiometría de la banda resultante
de la amplificación, utilizando para ello un analizador de imágenes
marca TDI modelo Gelprinter, usando el programa informático Gelsuper
desarrollado también por TDI. Los resultados de actividad de cada
tubo desecado se expresan de forma semicuantitativa en relación a
los resultados obtenidos con las mezclas frescas. Se consideró que
las mezclas desecadas
tenían:
actividad máxima (+++ en la Tabla 1) cuando la
intensidad de la banda era un 90% \pm 10% con respecto a la mezcla
fresca,
actividad óptima (++ en la Tabla 1) cuando la
actividad oscilaba entre el 90% y el 50%,
actividad baja (+ en la Tabla 1) cuando era
inferior al 50%, y
ausencia de actividad (- en la Tabla 1) cuando el
resultado de la reacción de amplificación era negativo.
Los resultados de actividad obtenidos se pueden
observar en la columna ``actividad ejemplo II'' de la Tabla 1. Como
conclusión, si bien varias mezclas estabilizantes pueden
considerarse correctas al conservar una buena actividad tras la
desecación y posterior almacenamiento de la mezcla de reacción,
nuevamente son aquellas que contienen melezitosa o palatinitol, en
conjunción con lisina y glucógeno o goma arábiga, o bien rafinosa
con betaína y glucógeno, las que conservan una mayor actividad.
Se colocaron en los tubos eppendorf de 1,5 ml
utilizados en este experimento 1 microlitro de la enzima de
restricción HindIII (1 U/\mul) comercializada por MBI Fermentas,
Lituania, junto con 1 microlitro del tampón 10X de corte
suministrado por el fabricante junto a la enzima. Se prepararon
diversos tubos de la forma antes descrita y, a cada uno de ellos, se
le añadió el volumen adecuado de cada una de las distintas mezclas
estabilizantes recogidas en la Tabla 1. Los tubos así preparados se
desecaron en un evaporador centrífugo marca Eppendorf modelo 5301, a
temperaturas comprendidas entre 10ºC y 60ºC, durante un periodo de
tiempo comprendido entre 30 y 120 minutos. Las temperaturas y los
tiempos antes citados varían según la mezcla estabilizante
utilizada.
Tras su desecación, los tubos fueron conservados
a las temperaturas indicadas en la Tabla 1. Su actividad fue
ensayada una vez transcurrido el periodo de tiempo correspondiente
indicado en dicha Tabla 1 mediante la digestión a 37ºC durante 2
horas de 0,3 microgramos de ADN (150 ng/\mul) del fago lambda,
tras su rehidratación con 8 microlitros de agua bidestilada. Se
realizó una electroforesis del resultado de la reacción de digestión
en gel de agarosa 1% (peso/volumen), en paralelo con una digestión
con una preparación fresca de enzima realizada en las mismas
condiciones de tiempo y temperatura. La actividad de las enzimas
desecadas se dividió en tres categorías:
A) actividad óptima (``digestión'' en la Tabla 1)
cuando se obtenía la digestión completa del ADN, con un patrón de
restricción idéntico al obtenido al digerir con la enzima
fresca;
B) actividad media (``parcial'' en la Tabla 1)
cuando se obtuvo un patrón de restricción diferente al obtenido con
la enzima fresca, debido a la existencia de digestiones parciales;
y
C) inactiva (``no corte'' en la Tabla 1) cuando
se observó la ausencia completa de digestión.
Los resultados de la comparación de la actividad
de la enzima de restricción desecada junto a su tampón de corte
respecto a la actividad que presenta una digestión de iguales
características producida por una enzima fresca no desecada se
pueden observar en la columna ``actividad ejemplo III'' de la Tabla
1. Como conclusión, nuevamente son aquellas mezclas estabilizantes
que contienen melezitosa o palatinitol, en conjunción con lisina y
glucógeno o goma arábiga, o bien rafinosa con betaína y glucógeno,
las que generan digestiones completas en tiempos de conservación más
largos mientras que las otras mezclas ensayadas generan digestiones
parciales o bien no cortan.
Otras enzimas de restricción tales como Mbo, Bgl
II, Rsa I, Ava I, Ava II, y Acc I fueron igualmente ensayadas con
idénticos resultados.
Se preparó una mezcla de reacción conteniendo
además de todos los componentes especificados en el Ejemplo I, los
cebadores de reacción descritos en la solicitud de patente española
de invención co-pendiente nº ___ y que sirven para
la identificación en una única reacción de amplificación
multiplexada mediante un mecanismo de reacción semianidada en un
solo paso, de las 4 especies de Plasmodium causantes del
desarrollo de malaria en humanos, así como del ADN humano, el cual
sirve de control positivo de reacción. En este método se analizan
muestras de ADN humano extraído de sangre total mediante métodos
habituales.
La reacción de amplificación simultánea del ADN
de cada una de las 4 especies de Plasmodium y del control de
amplificación de ADN humano se realiza incluyendo en un tubo de
reacción separado (de 0,2 ml ó 0,5 ml) 25 \mul de una mezcla de
reacción con la siguiente composición: Trizma base 75 mM, sulfato
amónico 20 mM, 0,01% Tween 20, MgCl_{2} 5 mM, dATP 0,5 mM, dCTP
0,5 mM, dGTP 0,5 mM, dTTP 0,5 mM, cebador H1 (SEC. ID. Nº: 5) 0,04
\muM, cebador H_{2} (SEC. ID. Nº: 6) 0,04 \muM, cebador P1
(SEC. ID. Nº: 7) 2,25 \muM, cebador P2 (SEC. ID. Nº: 8) 0,01
\muM, cebador F (SEC. ID. Nº: 9) 0,6 mM, cebador M (SEC. ID. Nº:
10) 0,15 \muM, cebador O (SEC. ID. Nº: 11) 0,375 \muM, cebador V
(SEC. ID. Nº: 12) 0,15 \muM y 2 unidades de la ADN polimerasa
(BIOTOOLS DNA polymerase).
Se prepararon diversos tubos de la forma antes
descrita, y a cada uno de ellos se les añadió una de las mezclas
estabilizantes que se recogen en la Tabla 1, a diferentes
concentraciones de cada uno de los elementos integrantes de las
mezclas. Los tubos así preparados se desecaron en un evaporador
centrífugo marca Eppendorf modelo 5301, a temperaturas comprendidas
entre 10ºC y 60ºC, durante un periodo de tiempo comprendido entre 30
y 120 minutos. Las temperaturas y los tiempos antes citados varían
según la mezcla estabilizante utilizada.
Tras su desecación, los tubos fueron conservados
a las temperaturas indicadas en la Tabla 1. Tras los periodos de
conservación indicados en dicha Tabla 1, se ensayó su actividad tras
rehidratación de la mezcla desecada con 20 microlitos de agua
bidestilada y 50 ng de ADN procedente de pacientes infectados con
distintas especies de Plasmodium, hasta un volumen final de
25 microlitros. Asimismo, y como referencia de la actividad, se
incluyeron tubos con mezcla fresca no desecada en todos los
experimentos. Los ciclos de amplificación utilizados incluyen un
ciclo inicial de calentamiento a 85ºC durante 3 minutos seguido de
un paso de desnaturalización a 94ºC durante 7 minutos. A
continuación, se realiza la ronda de amplificación propiamente dicha
consistente en 40 ciclos repetidos cada uno de los cuales consta de
un paso de desnaturalización a 94ºC durante 45 segundos, un paso de
hibridación a 62ºC durante 45 segundos y un paso de elongación a
72ºC durante 1 minuto. Una vez finalizados los 40 ciclos de
amplificación se realiza un último paso de elongación a 72ºC durante
10 minutos. La reacción de amplificación se realizó en un
termociclador marca Eppendorf modelo Mastercycler. Se realizó una
electroforesis del resultado de la reacción de amplificación en gel
de agarosa 2% (peso/volumen), y se encontró en todos los casos en
los que la amplificación fue positiva 2 bandas de 395 pb y 231 pb
correspondientes a los productos de amplificación de P.
falciparum y ADN humano respectivamente. La actividad de la
mezcla de reacción desecada fue medida mediante densiometría de la
banda resultante de la amplificación, utilizando para ello un
analizador de imágenes marca TDI modelo Gelprinter, usando el
programa informático Gelsuper desarrollado también por TDI. Los
resultados de la actividad de cada tubo desecado se expresan de
forma semicuantitativa en relación a los resultados obtenidos con
las mezclas frescas. Se consideró que las mezclas desecadas
tenían:
actividad máxima (+++ en la Tabla 1) cuando la
intensidad de la banda era un 90% \pm 10% con respecto a la mezcla
fresca,
actividad óptima (++ en la Tabla 1) cuando la
actividad oscilaba entre el 90% y el 50%,
actividad baja (+ en la Tabla 1) cuando era
inferior al 50%, y
ausencia de actividad (- en la Tabla 1) cuando el
resultado de la reacción de amplificación era negativo.
Los resultados de actividad obtenidos se pueden
observar en la columna ``actividad ejemplo IV'' de la Tabla 1. Como
conclusión, si bien varias mezclas estabilizantes pueden
considerarse correctas al conservar una buena actividad tras la
desecación y posterior almacenamiento de la mezcla de reacción, son
aquellas que contienen melezitosa o palatinitol, en conjunción con
lisina y glucógeno o goma arábiga, o bien rafinosa con betaína y
glucógeno, las que conservan una mayor actividad.
Igual procedimiento analítico se siguió
depositando sobre cada pocillo de una placa multipocillo de
poliestireno marca Nunc la mezcla de reacción citada previamente
conteniendo los cebadores oligonucleotídicos, desecando la placa
mediante su introducción en un desecador y haciendo vacío mediante
una bomba. Se preparó una placa para cada punto de temperatura y
tiempo analizados posteriormente. Asimismo, se prepararon en cada
experimento pocillos frescos no desecados como referencia de
actividad. Los condiciones de amplificación y análisis de resultados
fueron iguales a los descritos anteriormente. Los resultados de la
medición de la actividad de la muestra desecada coinciden plenamente
con los obtenidos para el caso de los tubos antes citados.
Se preparó una mezcla de reacción conteniendo
además de todos los componentes especificados en el Ejemplo II, los
cebadores de reacción descritos en la solicitud de patente española
de invención co-pendiente nº ___ y que sirven para
la detección genérica del genoma de enterovirus mediante un sistema
acoplado de transcripción reversa seguido de una reacción de
amplificación semi-anidada en un único tubo o
pocillo.
Para la realización de la reacción de
transcripción reversa se preparan por cada reacción 20 microlitros
de una mezcla que contiene Tris HCl 75 mM, (NH_{4})_{2}SO_{4} 20
mM, Tween 20 0,01%, MnCl_{2} 1,5 mM, 0,125 mM de cada dNTP (dATP,
dCTP, dGTP, dTTP) y 10 picomoles del cebador EV1M:
5'-ACCCAAAGTAGTCGGTTCCGC-3' (SEC.
ID. Nº: 13) y 7,5 unidades de la enzima ADN polimerasa indicada en
el Ejemplo II.
Para la realización de la reacción de
amplificación de ADN se preparan por cada reacción 30 microlitros de
una mezcla que contiene Tris HCl 75 mM, pH 8, (NH_{4})_{2}SO_{4}
20 mM, Tween 20 0,01%, EGTA 0,75 mM, MgCl_{2} 2 mM, 10 picomoles
del cebador EV2P:
5'-CAAGCATTCTGTTTCCCC-3' (SEC. ID.
Nº: 14) y 0,5 picomoles del cebador EV1P:
5'-CGGTACCTTTGTRCGCCTGTT-3' (SEC.
ID. Nº: 15).
Se prepararon diversos tubos de la forma antes
descrita, y a cada uno de ellos se les añadió volúmenes distintos de
cada una de las mezclas estabilizantes que aparecen en la Tabla 1.
Los tubos así preparados se desecaron en un evaporador centrífugo
marca Eppendorf modelo 5301, a temperaturas comprendidas entre 10ºC
y 60ºC, durante un periodo de tiempo comprendido entre 30 y 120
minutos. Las temperaturas y los tiempos antes citados varían según
la mezcla estabilizante utilizada.
Tras su desecación, los tubos fueron conservados
a las temperaturas y tiempos indicados en la Tabla 1. Su actividad
fue ensayada en los tiempos indicados también en la Tabla 1, tras
rehidratación de la mezcla de transcripción reversa desecada con 15
microlitos de agua bidestilada, añadiendo 100 ng de ARN hasta un
volumen final de 20 microlitros. Se realizaron 4 ciclos de 48ºC/5
minutos y 60ºC/15 minutos. Se resuspendió en 30 microlitros de agua
bidestilada el tubo de 0,2 ml que se utilizó en la posterior
reacción de amplificación del ADN, el cual contiene la misma mezcla
estabilizante que su homólogo utilizado para la transcripción
reversa, y su volumen se añadió sobre el tubo de 0,2 ml que contiene
el producto de la transcripción reversa. Se realizaron 35 ciclos de
desnaturalización (94ºC, 1 minuto), anillamiento (48ºC, 1 minuto) y
extensión (72ºC, 1 minuto), utilizando un termociclador marca
Eppendorf modelo Mastercycler. Se realizó una electroforesis del
resultado de la reacción de amplificación en gel de agarosa 2%
(peso/volumen), y se encontró en todos los casos que la
amplificación fue positiva mostrando dos bandas de 390 y 489 pb. En
todos los experimentos se incluyeron tubos con mezcla fresca que
fueron utilizados como referencia de la actividad. La actividad de
las mezclas de reacción desecadas y frescas fue medida mediante
densiometría de la banda resultante de la amplificación, utilizando
para ello un analizador de imágenes marca TDI modelo Gelprinter,
usando el programa informático Gelsuper desarrollado también por
TDI. Se consideró que las mezclas desecadas tenían:
máxima actividad (+++ en la Tabla 1) cuando la
intensidad de la banda era un 90% \pm 10% con respecto a la mezcla
fresca,
actividad óptima (++ en la Tabla 1) cuando la
actividad oscilaba entre el 90% y el 50%,
actividad baja (+ en la Tabla 1) cuando era
inferior al 50%, y
ausencia de actividad (- en la Tabla 1) cuando el
resultado de la reacción de amplificación era negativo.
Los resultados de la actividad obtenidos se
pueden observar en la columna ``actividad ejemplo V'' de la Tabla 1.
Como conclusión, si bien varias mezclas estabilizantes pueden
considerarse correctas al conservar una buena actividad tras la
desecación y posterior almacenamiento de la mezcla de reacción, son
aquellas que contienen melezitosa o palatinitol, en conjunción con
lisina y glucógeno o goma arábiga, o bien rafinosa con betaína y
glucógeno, las que conservan una mayor actividad.
Igual procedimiento analítico se siguió
depositando sobre cada pocillo de una placa multipocillo de
poliestireno marca Nunc la mezcla de reacción citada conteniendo los
cebadores oligonucleotídicos, desecando la placa mediante su
introducción en un desecador y haciendo vacío mediante una bomba. Se
preparó una placa para cada punto de temperatura y tiempo analizados
posteriormente. Asimismo, se prepararon en cada experimento pocillos
frescos no desecados como referencia de la actividad. Los
condiciones de amplificación y análisis de resultados fueron iguales
a los descritos anteriormente. Los resultados de la medición de la
actividad de la muestra desecada coinciden plenamente con los
obtenidos para el caso de los tubos antes citados.
Este sistema fue ensayado utilizando un método de
identificación y tipado de papilomavirus. Dicho método consiste en
un primer paso de co-amplificación de dos regiones
del genoma viral: un fragmento de 450 pb de la región L1 conservada
en el genoma de todos los papilomavirus, y un fragmento de 250 pb de
la región E6-E7 que se encuentra presente únicamente
en los papilomavirus oncogénicos. La mezcla de amplificación
contiene Trizma base 75 mM, sulfato amónico 20 mM, 0,01% Tween 20,
MgCl_{2} 2 mM, dATP 0,2 mM, dCTP 0,2 mM, dGTP 0,2 mM, dTTP 0,2 mM,
2,5 pmol de los cebadores:
VI-1:
5'-GCMCAGGGWCATAAYAATGG-3' (SEC. ID.
Nº: 16), y
VI-2:
5'-CGTCCMARRGGAWACTGATC-3' (SEC. ID.
Nº: 17), 1,25 pmol de los cebadores:
VI-3:
5'-TGTCAAAAACCGTTGTGTCC-3' (SEC. ID.
Nº: 18), y
VI-4:
5'-GAGCTGTCGCTTAATTGCTC-3' (SEC. ID.
Nº: 19), y
1 unidad de la enzima ADN polimerasa indicada en
el Ejemplo I. El análisis de los productos de esta amplificación
permite identificar la presencia de papilomavirus (banda de 450 pb)
así como determinar si existe alguna especie oncogénica (250 pb). A
continuación, la digestión con 5 enzimas de restricción (Rsa I, Acc
I, Ava I, Ava II y Bgl II) permite caracterizar la especie de
papiloma presente en cada muestra. Así, la banda amplificada de 250
pb (correspondiente a genoma oncogénico) de HPV 16, HPV 18 y HPV 33
es digerida únicamente por Ava II, rindiendo en cada caso un patrón
de restricción diferente fácilmente diferenciable en geles de
agarosa, la de HPV 31 es digerida por Rsa I, la de HPV 35 por Ava I,
la de HPV 52b por Bgl II y la de HPV 58 por Acc I. Asimismo es
posible tipificar los genotipos no oncogénicos por el patrón de
digestión de la banda de 450 pb con la actividad Rsa
I.
Se prepararon diversos tubos de la forma antes
descrita, y a cada uno de ellos se les añadieron distintos volúmenes
de las mezclas estabilizantes indicadas en Tabla 1. Asimismo se
prepararon tubos con cada una de las enzimas de restricción
anteriormente señaladas (1 unidad de cada enzima por tubo) y 1
microlitro de los tampones 10X de reacción respectivos. Todos los
tubos así preparados se desecaron en un evaporador centrífugo marca
Eppendorf modelo 5301, a temperaturas comprendidas entre 10ºC y
60ºC, durante un periodo de tiempo comprendido entre 30 y 120
minutos. Las temperaturas y los tiempos antes citados varían según
la mezcla estabilizante utilizada.
Tras su desecación, los tubos fueron conservados
a las temperaturas y tiempos indicados en la Tabla 1. Una vez
transcurridos los periodos de conservación indicados en dicha Tabla
1, se ensayó su actividad tras rehidratación de la mezcla desecada
con 45 microlitos de agua bidestilada y 25 ng de ADN extraído de un
paciente infectado con HPV 18, hasta un volumen final de 50
microlitros. Se realizaron 30 ciclos de desnaturalización (94ºC, 30
segundos), anillamiento (50ºC, 1 minuto) y extensión (72ºC, 1
minuto), usando un termociclador marca Eppendorf modelo
Mastercycler. Se realizó una electroforesis del resultado de la
reacción de amplificación en gel de agarosa 2% (peso/volumen), y se
encontró en todos los casos en los que la amplificación fue positiva
2 bandas de 250 y 450 pb respectivamente. La actividad de la mezcla
de reacción desecada fue medida mediante densiometría de la banda
resultante de la amplificación, utilizando para ello un analizador
de imágenes marca TDI modelo Gelprinter, usando el programa
informático Gelsuper desarrollado también por TDI. Se consideró que
las mezclas desecadas tenían:
actividad máxima (+++ en la Tabla 1) cuando la
intensidad de la banda era un 90% \pm 10% con respecto a la mezcla
fresca,
actividad óptima (++ en la Tabla 1) cuando la
actividad oscilaba entre el 90% y el 50%,
actividad baja (+ en la Tabla 1) cuando era
inferior al 50%, y
ausencia de actividad (- en la Tabla 1) cuando el
resultado de la reacción de amplificación era negativo.
A continuación, los tubos y pocillos desecados
con las enzimas de restricción fueron resuspendidos con 10
microlitros de las amplificaciones realizadas con la mezcla fresca.
Tras incubar las mezclas a 37ºC durante 30 minutos, los productos de
digestión se analizaron en agarosa al 1,5%. Se considera:
actividad óptima (``digestión'' en la Tabla 1) la
digestión completa de las bandas de 250 pares de bases (pb),
actividad media (``parcial'' en la Tabla 1) la
digestión parcial de las bandas, e
inactiva (``no corte'' en la Tabla 1) la ausencia
completa de digestión.
Los resultados densiométricos obtenidos tras la
realización de las reacciones de amplificación se pueden observar en
la columna ``actividad ejemplo VI'' de la Tabla 1. Como conclusión,
si bien varias mezclas estabilizantes pueden considerarse correctas
al conservar una buena actividad tras la desecación y posterior
almacenamiento de la mezcla de reacción, son aquellas que contienen
melezitosa o palatinitol, en conjunción con lisina y glucógeno o
goma arábiga, o bien rafinosa con betaína y glucógeno, las que
conservan una mayor actividad.
Con respecto a la actividad de las enzimas de
restricción se obtuvieron resultados óptimos con las cinco enzimas
utilizadas, en los casos en los que la mezcla utilizada en la
desecación de la enzima de restricción contiene melezitosa o
palatinitol, en conjunción con lisina y glucógeno o goma arábiga, o
bien rafinosa con betaína y glucógeno.
Igual procedimiento analítico se siguió
depositando sobre cada pocillo de una placa multipocillo de
poliestireno marca Nunc la mezcla de reacción citada conteniendo los
cebadores oligonucleotídicos, desecando la placa mediante su
introducción en un desecador y haciendo vacío mediante una bomba. Se
preparó una placa para cada punto de temperatura y tiempo analizados
posteriormente. Asimismo, se prepararon en cada experimento pocillos
frescos no desecados como referencia de actividad. Los condiciones
de amplificación y análisis de resultados fueron iguales a los
descritos anteriormente. Los resultados de la medición de la
actividad de la muestra desecada coinciden plenamente con los
obtenidos para el caso de los tubos antes citados.
Se utilizó este sistema para la amplificación e
identificación del ADN de Plasmodium de muestras clínicas.
Para ello se utilizaron placas multipocillo de poliestireno
(Covalink NH Microwells, Nunc). A cada uno de los pocillos de la
placa previamente se le había unido covalentemente el cebador
genérico de Plasmodium P1 indicado en el Ejemplo IV, a través
de su extremo 5', y que servirá como cebador en la reacción
posterior de amplificación. A cada pocillo de las placas se le
añadió la mezcla de reacción descrita en el Ejemplo IV así como los
diferentes mezclas estabilizantes según se describen el Ejemplo IV y
en la Tabla 1. Se prepararon tantas placas como puntos de
temperatura y tiempos de almacenamiento se iban posteriormente a
ensayar (Tabla 1). Una vez preparadas las placas, éstas se desecaron
mediante su introducción en un desecador y haciendo vacío mediante
una bomba.
Las muestras desecadas se rehidrataron con 20
microlitros de agua estéril, y se les añadió 5 microlitros de ADN
procedente de pacientes infectados con Plasmodium a una
concentración de 10 ng/\mul. Se procedió, a continuación, a
realizar la reacción de amplificación en las condiciones descritas
en el Ejemplo IV, utilizando un termociclador Eppendorf Gradient
para placas multipocillo. En todos los casos se realizó una
amplificación en las mismas condiciones utilizando una placa no
desecada, para ser utilizada como referencia de actividad.
Una vez finalizada la reacción se retiró de cada
pocillo la mezcla de reacción, de forma que en el pocillo quedó
únicamente unido el producto de amplificación de doble banda. Dado
que una de las bandas se ha sintetizado por elongación a partir del
cebador genérico P1, esta banda quedó unida covalentemente al
pocillo. Por el contrario la otra banda de ADN se encuentra unida a
la primera mediante apareamiento de bases complementarias. Dado que
para la subsiguiente reacción de hibridación es necesario utilizar
como substrato ADN de banda simple, se procedió a lavar las placas
con el objeto de eliminar la banda de ADN que no se encuentra
covalentemente unida al pocillo y dejar únicamente la banda
sintetizada a partir del oligonucleótido P1. Para ello se preparó un
tampón de reacción cuya composición era 50% formamida, 5X SSC y 0,1%
SDS. Se añadieron 50 microlitros de esta mezcla a cada pocillo y se
incubó durante 10 minutos a 80ºC. A continuación, se retiró la
mezcla y se repitió el proceso de lavado tres veces.
Las reacciones de hibridación se realizaron
utilizando un oligonucleótido biotinilado. Para ello se incubó cada
pocillo con 100 fmol de la sonda en tampón de reacción de
hibridación que contenía 4X SSC, 10X Denhart y 200 \mug/ml de ADN
de esperma de salmón, durante 2 horas a 60ºC. A continuación, se
retiró la mezcla de hibridación y cada pocillo se lavó 2 veces con
200 \mul de una dilución 0,1X SSC, seguido de un lavado en un
tampón de reacción ácido maleico 100 mM, pH 7,5, NaCl 150 mM y 0,3%
de Tween 20, y un último lavado en un tampón de reacción de bloqueo
ácido maleico 100 mM, pH 7,5, NaCl 150 mM y 0,1% BSA. Una vez
finalizados los bloqueos se añadió a cada pocillo 1:2000 en el
tampón de reacción de bloqueo anteriormente descrito, de
estreptoavidina conjugada con peroxidasa, y se incubó a 23ºC durante
45 minutos. Finalmente los pocillos se lavaron tres veces con 200
microlitros de tampón de reacción ácido maleico 100 mM, pH 7,5, NaCl
150 mM y 0,3% de Tween 20 y una vez con 200 microlitros de tampón de
reacción ácido maleico 100 mM, pH 7,5 y NaCl 150 mM. Finalmente se
añadió a cada pocillo 100 microlitros de TMB y se incubó 10 minutos
en la oscuridad. Tras parar la reacción, se determinó la absorbancia
a 450 nm, corrigiéndose todos los valores con el valor de
absorbancia del plástico a 655 nm.
Se consideró que las mezclas desecadas
tenían:
actividad máxima (+++ en la Tabla 1) cuando la
medida de absorbancia era un 90% \pm 10% con respecto a la mezcla
fresca,
actividad óptima (++ en la Tabla 1) cuando
oscilaba entre el 90% y el 50%,
actividad baja (+ en la Tabla 1) cuando era
inferior al 50%, y
ausencia de actividad (- en la Tabla 1) cuando la
medida de absorbancia era similar a la obtenida en pocillos que no
habían contenido ninguna mezcla de reacción.
Los resultados de actividad obtenidos se pueden
observar en la columna ``actividad ejemplo VII'' de la Tabla 1. Como
conclusión, si bien varias mezclas estabilizantes pueden
considerarse correctas al conservar una buena actividad tras la
desecación y posterior almacenamiento de la mezcla de reacción,
nuevamente son aquellas que contienen melezitosa o palatinitol, en
conjunción con lisina y glucógeno o goma arábiga, o bien rafinosa
con betaína y glucógeno, las que conservan una mayor actividad.
\nobreak\vskip.5\baselineskip\centering\small\begin{tabular}{|l|c|c|c|c|c|c|c|c|c|}\hline
Mezcla \+ temperatu- \+ tiempo de \+ actividad \+ actividad \+
actividad \+ actividad \+ actividad \+ actividad \+ actividad
\\ de \+ ra de con- \+ conserva- \+ ejemplo \+ ejemplo \+
ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \\
reacción \+ servación \+ ción (días) \+ I \+ II \+ III \+ IV
\+ V \+ VI \+ VII \\\hline Sucrosa \+ 37ºC \+ 1 \+ + \+ + \+
Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 50ºC \+ 1 \+ -
\+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC
\+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline
\+ 37ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+
- \\\hline \+ 50ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ -
\+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+
- \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ - \+ - \+
No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 37ºC \+ 15
\+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+
4ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ -
\+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 60 \+ - \+ - \+ No corta \+
- \+ - \+ - \+ - \\\hline Rafinosa \+ 37ºC \+ 1 \+ +
\+ + \+ Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 50ºC \+
1 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 25ºC \+ 8 \+ + \+ + \+ Parciales \+ +
\+ - \+ + \+ + \\\hline \+ 37ºC \+ 8 \+ - \+ -
\+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 50ºC \+
8 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 4ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+ -
\+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ - \+ -
\+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 37ºC \+
15 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 4ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ -
\+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 30 \+ - \+ -
\+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+
60 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline Palatinitol \+ 37ºC \+ 1 \+ + \+ + \+ Corta \+ + \+
+ \+ + \+ + \\\hline \+ 50ºC \+ 1 \+ + \+ + \+
Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 25ºC \+
8 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 37ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+ -
\+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 50ºC \+ 8 \+ - \+ -
\+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC
\+ 15 \+ - \+ - \+ Parciales \+ - \+ - \+ -
\+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta
\+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 37ºC \+ 15 \+ -
\+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline
\+ 4ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ -
\+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+
No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+
60 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline Melezitosa \+ 37ºC \+ 1 \+ + \+ + \+ Corta \+
++ \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 50ºC \+ 1 \+ + \+ +
\+ Corta \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 25ºC \+
8 \+ - \+ - \+ Parciales \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 37ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+ -
\+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 50ºC \+ 8 \+ - \+ -
\+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC
\+ 15 \+ - \+ - \+ Parciales \+ - \+ - \+ -
\+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta
\+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 37ºC \+ 15 \+ -
\+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline
\+ 4ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ -
\+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 60
\+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline\end{tabular}\par\vskip.5\baselineskip
(Continuación)
\nobreak\vskip.5\baselineskip\centering\small\begin{tabular}{|l|c|c|c|c|c|c|c|c|c|}\hline
Mezcla \+ temperatu- \+ tiempo de \+ actividad \+ actividad \+
actividad \+ actividad \+ actividad \+ actividad \+ actividad
\\ de \+ ra de con- \+ conserva- \+ ejemplo \+ ejemplo \+
ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \\
reacción \+ servación \+ ción (días) \+ I \+ II \+ III \+ IV
\+ V \+ VI \+ VII \\\hline Glicerol \+ 37ºC \+ 1 \+ ++ \+
++ \+ Corta \+ ++ \+ ++ \+ ++ \+ ++ \\\hline \+ 50ºC \+
1 \+ + \+ + \+ Corta \+ + + \+ + \+ + \+
\\\hline \+ 25ºC \+ 8 \+ + \+ + \+ Parciales \+
+ \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 37ºC \+ 8 \+ + \+
- \+ Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+
50ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+
- \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 15 \+ + \+ + \+
Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 25ºC \+
15 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 37ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+
- \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 30 \+ - \+
- \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+
25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+
- \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 60 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline Lisina \+ 37ºC
\+ 1 \+ ++ \+ ++ \+ Corta \+ ++ \+ + \+ ++ \+
+ \\\hline \+ 50ºC \+ 1 \+ - \+ - \+ No corta \+
- \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 8 \+ - \+
- \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+
37ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+
- \+ - \\\hline \+ 50ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 15
\+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+
- \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 37ºC \+ 15 \+ - \+
- \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC
\+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ -
\+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta
\+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 60 \+ -
\+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline
Glucógeno \+ 37ºC \+ 1 \+ ++ \+ ++ \+ Corta \+ ++
\+ ++ \+ ++ \+ ++ \\\hline \+ 50ºC \+ 1 \+ + \+
+ \+ Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+
25ºC \+ 8 \+ + \+ + \+ Parciales \+ + \+ + \+
+ \+ + \\\hline \+ 37ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 50ºC \+ 8
\+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 4ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ Parciales \+
- \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ - \+
- \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+
37ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ -
\+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 30
\+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 4ºC \+ 60 \+ - \+ - \+ No corta \+ -
\+ - \+ - \+ - \\\hline Trehalosa+Lisina \+ 37ºC \+ 1
\+ +++ \+ +++ \+ Corta \+ +++ \+ +++ \+ +++ \+ +++ \\\hline
\+ 50ºC \+ 1 \+ ++ \+ ++ \+ Corta \+ ++ \+ ++
\+ ++ \+ ++ \\\hline \+ 25ºC \+ 8 \+ ++ \+ ++
\+ Corta \+ ++ \+ ++ \+ ++ \+ ++ \\\hline \+ 37ºC \+
8 \+ + \+ + \+ Parciales \+ + \+ + \+ + \+
+ \\\hline \+ 50ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+
- \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 15 \+ + \+
++ \+ Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+
25ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+
- \+ - \\\hline \+ 37ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 30
\+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+
- \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 60 \+ - \+
- \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline\end{tabular}\par\vskip.5\baselineskip
(Continuación)
\nobreak\vskip.5\baselineskip\centering\small\begin{tabular}{|l|c|c|c|c|c|c|c|c|c|}\hline
Mezcla \+ temperatu- \+ tiempo de \+ actividad \+ actividad \+
actividad \+ actividad \+ actividad \+ actividad \+ actividad
\\ de \+ ra de con- \+ conserva- \+ ejemplo \+ ejemplo \+
ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \\
reacción \+ servación \+ ción (días) \+ I \+ II \+ III \+ IV
\+ V \+ VI \+ VII \\\hline Trehalosa+PVP \+ 37ºC \+ 1 \+
+ \+ + \+ Corta \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 50ºC \+
1 \+ - \+ - \+ Parciales \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 25ºC \+ 3 \+ - \+ - \+ No corta \+ -
\+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 37ºC \+ 8 \+ - \+ -
\+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 50ºC
\+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ -
\+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta
\+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ -
\+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline
\+ 37ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ -
\+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 30
\+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 4ºC \+ 60 \+ - \+ - \+ No corta \+ -
\+ - \+ - \+ - \\\hline Sorbitol+PEG \+ 37ºC \+ 1 \+
++ \+ ++ \+ Corta \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+
50ºC \+ 1 \+ + \+ + \+ Parciales \+ + \+ + \+
+ \+ + \\\hline \+ 25ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 37ºC \+ 8
\+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 50ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+ -
\+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 15 \+ - \+ -
\+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC
\+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ -
\+ - \\\hline \+ 37ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta
\+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 30 \+ -
\+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline
\+ 25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ -
\+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 60 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline Rafinosa+betaína
\+ 37ºC \+ 1 \+ ++ \+ ++ \+ Corta \+ ++ \+ ++ \+ ++ \+
++ \\\hline \+ 50ºC \+ 1 \+ + \+ + \+ Parciales \+
+ \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 25ºC \+ 8 \+ + \+
+ \+ Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+
37ºC \+ 8 \+ + \+ - \+ No corta \+ + \+ - \+
+ \+ + \\\hline \+ 50ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 15
\+ + \+ + \+ Parciales \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+
- \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 37ºC \+ 15 \+ - \+
- \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC
\+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ -
\+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta
\+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 60 \+ -
\+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline
Melezitosa+Lisina \+ 37ºC \+ 1 \+ ++ \+ ++ \+ Corta \+ ++ \+
++ \+ ++ \+ ++ \\\hline \+ 50ºC \+ 1 \+ + \+ + \+
Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 25ºC \+
8 \+ + \+ + \+ Parciales \+ + \+ + \+ + \+ +
\\\hline \+ 37ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+ -
\+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 50ºC \+ 8 \+ - \+ -
\+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC
\+ 15 \+ + \+ - \+ Parciales \+ + \+ - \+ -
\+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta
\+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 37ºC \+ 15 \+ -
\+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline
\+ 4ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ -
\+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+
No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+
60 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline\end{tabular}\par\vskip.5\baselineskip
(Continuación)
\nobreak\vskip.5\baselineskip\centering\small\begin{tabular}{|l|c|c|c|c|c|c|c|c|c|}\hline
Mezcla \+ temperatu- \+ tiempo de \+ actividad \+ actividad \+
actividad \+ actividad \+ actividad \+ actividad \+ actividad
\\ de \+ ra de con- \+ conserva- \+ ejemplo \+ ejemplo \+
ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \\
reacción \+ servación \+ ción (días) \+ I \+ II \+ III \+ IV
\+ V \+ VI \+ VII \\\hline Melezitosa+ \+ 37ºC \+ 1 \+ + \+
+ \+ Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\ glucógeno \+ \+ \+ \+
\+ \+ \+ \+ \+ \\\hline \+ 50ºC \+ 1 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 8
\+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 37ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+ -
\+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 50ºC \+ 8 \+ - \+ -
\+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC
\+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ -
\+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta
\+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 37ºC \+ 15 \+ -
\+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline
\+ 4ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ -
\+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 60
\+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline Lisina+glucógeno \+ 37ºC \+ 1 \+ ++ \+ ++ \+ Corta
\+ ++ \+ ++ \+ ++ \+ ++ \\\hline \+ 50ºC \+ 1 \+ + \+
+ \+ Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+
25ºC \+ 8 \+ + \+ + \+ Parciales \+ + \+ + \+
+ \+ + \\\hline \+ 37ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 50ºC \+ 8
\+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 4ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+ -
\+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ - \+ -
\+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 37ºC
\+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ -
\+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta
\+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 30 \+ -
\+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline
\+ 4ºC \+ 60 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ -
\+ - \+ - \\\hline Melezitosa+lisina \+ 37ºC \+ 1 \+ ++ \+
++ \+ Corta \+ ++ \+ ++ \+ ++ \+ ++ \\ +PEG \+ \+ \+ \+ \+ \+
\+ \+ \+ \\\hline \+ 50ºC \+ 1 \+ + \+ + \+
Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 25ºC \+
8 \+ + \+ + \+ Parciales \+ + \+ + \+ + \+ +
\\\hline \+ 37ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ Parciales \+
- \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 50ºC \+ 8 \+ - \+
- \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC
\+ 15 \+ + \+ + \+ Parciales \+ + \+ + \+ -
\+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta
\+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 37ºC \+ 15 \+ -
\+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline
\+ 4ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ -
\+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 60
\+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline Melezitosa+lisina \+ 37ºC \+ 1 \+ + \+ + \+ Corta \+
+ \+ + \+ + \+ + \\ +PVP \+ \+ \+ \+ \+ \+ \+ \+ \+ \\\hline
\+ 50ºC \+ 1 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ -
\+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 37ºC \+ 8
\+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 50ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+ -
\+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 15 \+ + \+ +
\+ Parciales \+ + \+ + \+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC
\+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ -
\+ - \\\hline \+ 37ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta
\+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 30 \+ -
\+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline
\+ 25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ -
\+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 60 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline\end{tabular}\par\vskip.5\baselineskip
(Continuación)
\nobreak\vskip.5\baselineskip\centering\small\begin{tabular}{|l|c|c|c|c|c|c|c|c|c|}\hline
Mezcla \+ temperatu- \+ tiempo de \+ actividad \+ actividad \+
actividad \+ actividad \+ actividad \+ actividad \+ actividad
\\ de \+ ra de con- \+ conserva- \+ ejemplo \+ ejemplo \+
ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \\
reacción \+ servación \+ ción (días) \+ I \+ II \+ III \+ IV
\+ V \+ VI \+ VII \\\hline Melezitosa+lisina \+ 37ºC \+ 1 \+ -
\+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\ +dextrano \+ \+
\+ \+ \+ \+ \+ \+ \+ \\\hline \+ 50ºC \+ 1 \+ - \+ -
\+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+
8 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 37ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+ -
\+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 50ºC \+ 8 \+ - \+ -
\+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC
\+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ -
\+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta
\+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 37ºC \+ 15 \+ -
\+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline
\+ 4ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ -
\+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 60
\+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline Melezitosa+lisina \+ 37ºC \+ 1 \+ +++ \+ +++ \+ Corta
\+ +++ \+ +++ \+ +++ \+ +++ \\ +glucógeno \+ \+ \+ \+ \+ \+
\+ \+ \+ \\\hline \+ 50ºC \+ 1 \+ ++ \+ ++ \+ Corta
\+ ++ \+ ++ \+ +++ \+ +++ \\\hline \+ 25ºC \+ 8
\+ ++ \+ ++ \+ Corta \+ ++ \+ ++ \+ ++ \+ ++
\\\hline \+ 37ºC \+ 8 \+ + \+ + \+ Parciales \+
+ \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 50ºC \+ 8 \+ - \+
- \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC
\+ 15 \+ ++ \+ ++ \+ Corta \+ ++ \+ ++ \+
+++ \+ +++ \\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ + \+ + \+
Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 37ºC \+
15 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 4ºC \+ 30 \+ ++ \+ ++ \+ Corta \+ ++
\+ ++ \+ ++ \+ ++ \\\hline \+ 25ºC \+ 30 \+ - \+
- \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+
4ºC \+ 60 \+ ++ \+ ++ \+ Corta \+ ++ \+ ++ \+
++ \+ ++ \\\hline Melezitosa+lisina \+ 37ºC \+ 1 \+ +++ \+
+++ \+ Corta \+ +++ \+ +++ \+ +++ \+ +++ \\ +goma arábiga \+
\+ \+ \+ \+ \+ \+ \+ \+ \\\hline \+ 50ºC \+ 1 \+ ++ \+
++ \+ Corta \+ ++ \+ ++ \+ ++ \+ ++ \\\hline \+
25ºC \+ 8 \+ ++ \+ ++ \+ Corta \+ ++ \+ ++ \+
++ \+ ++ \\\hline \+ 37ºC \+ 8 \+ + \+ + \+
Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 50ºC \+
8 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 4ºC \+ 15 \+ ++ \+ ++ \+ Corta \+ ++
\+ ++ \+ + \+ + \\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ - \+
- \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+
37ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+
- \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 30 \+ + \+ + \+
Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 25ºC \+
30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 4ºC \+ 60 \+ + \+ + \+ Parciales \+ +
\+ + \+ + \+ + \\\hline Melezitosa+betaína \+ 37ºC \+ 1
\+ +++ \+ +++ \+ Corta \+ +++ \+ +++ \+ +++ \+ +++ \\
+glucógeno \+ \+ \+ \+ \+ \+ \+ \+ \+ \\\hline \+ 50ºC \+ 1
\+ + \+ + \+ Parciales \+ ++ \+ ++ \+ + \+ +
\\\hline \+ 25ºC \+ 8 \+ + \+ + \+ Parciales \+
+ \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 37ºC \+ 8 \+ - \+
- \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+
50ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+
- \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 15 \+ + \+ + \+
Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 25ºC \+
15 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 37ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+
- \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 30 \+ + \+
+ \+ Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+
25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+
- \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 60 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline\end{tabular}\par\vskip.5\baselineskip
(Continuación)
\nobreak\vskip.5\baselineskip\centering\small\begin{tabular}{|l|c|c|c|c|c|c|c|c|c|}\hline
Mezcla \+ temperatu- \+ tiempo de \+ actividad \+ actividad \+
actividad \+ actividad \+ actividad \+ actividad \+ actividad
\\ de \+ ra de con- \+ conserva- \+ ejemplo \+ ejemplo \+
ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \+ ejemplo \\
reacción \+ servación \+ ción (días) \+ I \+ II \+ III \+ IV
\+ V \+ VI \+ VII \\\hline Rafinosa+betaína \+ 37ºC \+ 1 \+
+++ \+ +++ \+ Corta \+ +++ \+ +++ \+ +++ \+ +++ \\
+glucógeno \+ \+ \+ \+ \+ \+ \+ \+ \+ \\\hline \+ 50ºC \+ 1
\+ + \+ + \+ Parciales \+ + \+ + \+ + \+ +
\\\hline \+ 25ºC \+ 8 \+ ++ \+ ++ \+ Corta \+ ++
\+ ++ \+ + \+ ++ \\\hline \+ 37ºC \+ 8 \+ - \+
- \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+
50ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+
- \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 15 \+ + \+ + \+
Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 25ºC \+
15 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline \+ 37ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta \+
- \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 30 \+ + \+
+ \+ Parciales \+ - \+ - \+ + \+ + \\\hline \+
25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+
- \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 60 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline Trehalosa \+ 37ºC
\+ 1 \+ +++ \+ +++ \+ Corta \+ +++ \+ +++ \+ +++ \+
+++ \\\hline \+ 50ºC \+ 1 \+ ++ \+ ++ \+ Corta \+
+ \+ ++ \+ ++ \+ ++ \\\hline \+ 25ºC \+ 8 \+ +
\+ + \+ Parciales \+ + \+ + \+ + \+ + \\\hline
\+ 37ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ -
\+ - \+ - \\\hline \+ 50ºC \+ 8 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 15
\+ ++ \+ ++ \+ Corta \+ ++ \+ ++ \+ + \+ +
\\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ + \+ + \+ Parciales \+
+ \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 37ºC \+ 15 \+ - \+
- \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC
\+ 30 \+ + \+ + \+ Parciales \+ + \+ + \+ +
\+ + \\\hline \+ 25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta
\+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 60 \+ +
\+ + \+ Parciales \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline
Sorbitol \+ 37ºC \+ 1 \+ ++ \+ ++ \+ Corta \+ ++ \+ + \+ ++
\+ ++ \\\hline \+ 50ºC \+ 1 \+ ++ \+ ++ \+
Parciales \+ + \+ + \+ ++ \+ ++ \\\hline \+ 25ºC \+
8 \+ + \+ + \+ Parciales \+ + \+ + \+ + \+
+ \\\hline \+ 37ºC \+ 8 \+ + \+ + \+ Parciales \+
+ \+ + \+ + \+ + \\\hline \+ 50ºC \+ 8 \+ - \+
- \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC
\+ 15 \+ + \+ + \+ Parciales \+ + \+ + \+ +
\+ + \\\hline \+ 25ºC \+ 15 \+ - \+ - \+ No corta
\+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 37ºC \+ 15 \+ -
\+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline
\+ 4ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ -
\+ - \+ - \\\hline \+ 25ºC \+ 30 \+ - \+ - \+ No
corta \+ - \+ - \+ - \+ - \\\hline \+ 4ºC \+ 60
\+ - \+ - \+ No corta \+ - \+ - \+ - \+ -
\\\hline\end{tabular}\par\vskip.5\baselineskip
(1) INFORMACIÓN GENERAL:
\vskip0.666000\baselineskip
- (i)
- SOLICITANTE:
\vskip0.333000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE: BIOTOOLS BIOTECHNOLOGICAL & MEDICAL LABORATORIES, S.A.
\vskip0.333000\baselineskip
- (B)
- CALLE: Valle de Tobalina, 52; nave 43
\vskip0.333000\baselineskip
- (C)
- CIUDAD: Madrid
\vskip0.333000\baselineskip
- (D)
- PROVINCIA: Madrid
\vskip0.333000\baselineskip
- (E)
- PAÍS: España
\vskip0.333000\baselineskip
- (F)
- CÓDIGO POSTAL: 28021
\vskip0.333000\baselineskip
- (G)
- TELÉFONO: 91 796 13 00
\vskip0.333000\baselineskip
- (H)
- TELEFAX: 91 505 31 18
\vskip0.666000\baselineskip
- (ii)
- TÍTULO DE LA INVENCIÓN: PROCEDIMIENTO PARA LA PREPARACIÓN DE MEZCLAS DE REACCIÓN ESTABILIZADAS, TOTAL O PARCIALMENTE DESECADAS, QUE COMPRENDEN, AL MENOS, UNA ENZIMA, MEZCLAS DE REACCIÓN Y KITS QUE LAS CONTIENEN
\vskip0.666000\baselineskip
- (iii)
- NÚMERO DE SECUENCIAS: 19
\vskip0.666000\baselineskip
- (iv)
- FORMA LEGIBLE POR ORDENADOR:
\vskip0.333000\baselineskip
- (A)
- TIPO DE SOPORTE: Floppy disk
\vskip0.333000\baselineskip
- (B)
- ORDENADOR: IBM PC compatible
\vskip0.333000\baselineskip
- (C)
- SISTEMA OPERATIVO: PC-DOS/MS-DOS
\vskip0.333000\baselineskip
- (D)
- SOFTWARE: PatentIn Release #1.0, Version #1.30 (OEP)
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 1
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 23 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 1:
CCATCCATCT CAGCATGATG AAA
hfill23
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 2
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 26 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 2:
GCCCCTCAGA ATGATATTTG
TCCTCA
\hfill26
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 3
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 20 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 3:
CAAGGATGCT CTTGGCTCTT
\hfill20
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 4
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 20 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 4:
GTGGTAGCAG ATGAGAGTGA
\hfill20
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 5
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 22 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 5:
GCATAAGGAA TGCAAAGAAC AG
\hfill22
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 6
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 19 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 6:
AGGACTTCCA AGCCGAAGC
\hfill19
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 7
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 22 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 7:
AGTGTGTATC CAATCGAGTT TC
\hfill22
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 8
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 21 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 8:
CGCAGTTGCT TGTCTCCAGA A
\hfill21
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 9
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 18 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 9:
GAGCCGCCTG GATACCGC
\hfill18
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 10
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 21 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 10:
CGCTCTGGTC CGTCTTGCGC C
\hfill21
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 11
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 21 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 11:
AGTTCCCCTA GAATAGTTAC A
\hfill21
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 12
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 19 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 12:
GCCCTCCAAT TGCCTTCTG
\hfill19
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 13
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 21 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 13:
ACCCAAAGTA GTCGGTTCCG C
\hfill21
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 14
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 19 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 14:
CAAGCACTTC TGTTTCCCC
\hfill19
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 15
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 21 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 15:
CGGTACCTTT GTRCGCCTGT T
\hfill21
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 16
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 20 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 16:
GCMCAGGGWC ATAAYAATGG
\hfill20
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 17
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 20 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 17:
CGTCCMARRG GAWACTGATC
\hfill20
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 18
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 20 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 18:
TGTCAAAAAC CGTTGTGTCC
\hfill20
\vskip0.666000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN PARA LA SEC. ID. N°: 19
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
- LONGITUD: 20 bases
- TIPO: Nucleótido
- NÚMERO DE HEBRAS: Hebra sencilla
- TIPO DE MOLÉCULA: Otro ácido nucleico (oligo-desoxinucleótido)
- HIPOTÉTICA: No
- ANTI-SENTIDO: No
- FUENTE DE ORIGEN: De no aplicación
SEC. ID. N°: 19:
GAGCTGTCGC TTAATTGCTC
\hfill20
Claims (37)
1. Un procedimiento para preparar una mezcla de
reacción estabilizada y desecada total o parcialmente, comprendiendo
dicha mezcla, al menos, una enzima, que comprende:
a) poner en contacto en un único contenedor:
- i) una solución acuosa de una mezcla de reacción que comprende, al menos, una enzima; y
- ii) una solución acuosa de una mezcla estabilizante compuesta por
- -
- al menos, un agente protector frente a la desecación;
- -
- al menos, un inhibidor de la reacción del condensación entre grupos carbonilo o carboxilo y grupos amino o fosfato; y
- -
- al menos, un polímero inerte capaz de generar una estructura en forma de malla que impide la movilidad de los reactivos desecados;
para obtener una solución acuosa que comprende
dicha mezcla de reacción junto con dicha mezcla estabilizante;
y
b) retirar la totalidad o parte del agua
contenida en dicha solución acuosa obtenida en la etapa a), hasta
obtener una mezcla total o parcialmente desecada que comprende dicha
enzima y dicha mezcla estabilizante y tiene un grado de humedad
igual o inferior al 30%, para obtener una mezcla de reacción
estabilizada, total o parcialmente desecada, que comprende, al
menos, una enzima.
2. Procedimiento según la reivindicación 1, en el
que dicha mezcla de reacción comprende, al menos, una enzima que
interviene en una reacción enzimática, junto con la totalidad o
parte de los reactivos necesarios para la realización de dicha
reacción enzimática en la que interviene dicha enzima.
3. Procedimiento según la reivindicación 2, en el
que dicha mezcla de reacción comprende, al menos, una enzima que
interviene en una reacción enzimática, junto con la totalidad de los
reactivos necesarios para la realización de dicha reacción
enzimática en la que interviene dicha enzima.
4. Procedimiento según la reivindicación 1, en el
que dicha enzima se selecciona del grupo formado por enzimas de
amplificación de ácidos nucleicos, tanto termoestables como
termolábiles, de ácidos nucleicos, tanto ARN como ADN, enzimas de
restricción, enzimas que intervienen en las reacciones de
amplificación, secuenciación o caracterización de ácidos nucleicos,
y sus mezclas.
5. Procedimiento según la reivindicación 1, en el
que dicha mezcla de reacción comprende una enzima seleccionada del
grupo formado por enzimas de amplificación de ácidos nucleicos,
tanto termoestables como termolábiles, de ácidos nucleicos, tanto
ARN como ADN, enzimas de restricción, enzimas que intervienen en las
reacciones de amplificación, secuenciación o caracterización de
ácidos nucleicos, y sus mezclas, junto con todos los reactivos
necesarios para la realización de la reacción enzimática en la que
interviene dicha enzima.
6. Procedimiento según la reivindicación 1, en el
que dicho contenedor es un tubo de reacción o un pocillo de una
placa multipocillos.
7. Procedimiento según la reivindicación 1, en el
que dicho agente protector frente a la desecación es un carbohidrato
no reductor.
8. Procedimiento según la reivindicación 7, en el
que dicho agente protector frente a la desecación se selecciona del
grupo formado por un disacárido no reductor, un trisacárido no
reductor, y sus mezclas.
9. Procedimiento según la reivindicación 8, en el
que dicho agente protector frente a la desecación se selecciona del
grupo formado por palatinitol
(6-\alpha-D-glucopiranosil-manitol),
trehalosa, rafinosa, melezitosa, y sus mezclas.
10. Procedimiento según la reivindicación 7, en
el que dicha mezcla estabilizante comprende, además, de un
carbohidrato no reductor como agente protector frente a la
desecación, glicerol.
11. Procedimiento según la reivindicación 1, en
el que dicho inhibidor de las reacciones de condensación entre
grupos carbonilo o carboxilo y grupos amino o fosfato es un
inhibidor competitivo o un inhibidor no competitivo.
12. Procedimiento según la reivindicación 11, en
el que dicho inhibidor de las reacciones de condensación entre
grupos carbonilo o carboxilo y grupos amino o fosfato se selecciona
del grupo formado por lisina, arginina, triptófano, betaína,
derivados de aminoguanidina y sus mezclas.
\newpage
13. Procedimiento según la reivindicación 1, en
el que dicho polímero inerte capaz de generar una estructura en
forma de malla que impida la movilidad de los reactivos desecados se
selecciona del grupo formado por polivinilpirrolidona (PVP),
polietilenglicol (PEG), dextrano, almidón, el compuesto denominado
FICOLL, glucógeno, goma arábiga y sus mezclas.
14. Procedimiento según la reivindicación 1, en
el que la retirada de la totalidad o parte del agua presente en la
solución acuosa obtenida en la etapa a) se realiza por cualquier
método de desecación convencional.
15. Procedimiento según la reivindicación 14, en
el que dicho método de desecación se selecciona entre liofilización,
desecado en lecho fluido, desecado a temperatura ambiente y presión
atmosférica, desecado a temperatura ambiente y presión disminuida,
desecado a alta temperatura y presión atmosférica, y desecado a alta
temperatura y presión disminuida.
16. Procedimiento según la reivindicación 15, en
el que dicho método de desecación es el método de desecado a una
temperatura comprendida entre 15ºC y 60ºC, y presión disminuida
inferior a la atmosférica.
17. Procedimiento según la reivindicación 1, en
el que la mezcla de reacción estabilizada, total o parcialmente
desecada, obtenida tiene un grado de humedad igual o inferior al
30%.
18. Procedimiento según la reivindicación 1, en
el que la mezcla de reacción estabilizada, total o parcialmente
desecada, obtenida tiene un grado de humedad comprendido entre el 1%
y el 20%.
19. Una mezcla de reacción estabilizada y
desecada total o parcialmente, que comprende al menos, una enzima, y
una mezcla estabilizante que comprende (i) al menos, un agente
protector frente a la desecación, (ii) al menos, un inhibidor de la
reacción de condensación entre grupos carbonilo o carboxilo y grupos
amino o fosfato, y (iii) al menos, un polímero inerte capaz de
generar una estructura en forma de malla que impide la movilidad de
los reactivos desecados.
20. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total o parcialmente según la reivindicación 19, que tiene un grado
de humedad igual o inferior al 30%.
21. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total o parcialmente, según la reivindicación 19, que tiene un
grado de humedad comprendido entre 1% y 20%.
22. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total o parcialmente, según la reivindicación 19, en el que dicha
enzima se selecciona del grupo formado por enzimas de amplificación
de ácidos nucleicos, enzimas de restricción, enzimas que
intervienen en las reacciones de amplificación, secuenciación o
caracterización de ácidos nucleicos, y sus mezclas.
23. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total o parcialmente, según la reivindicación 19, que comprende una
enzima seleccionada del grupo formado por enzimas de amplificación
de ácidos nucleicos, enzimas de restricción, enzimas que
intervienen en las reacciones de amplificación, secuenciación o
caracterización de ácidos nucleicos, y sus mezclas, junto con la
totalidad o parte de los reactivos necesarios para la realización
de la reacción enzimática en la que interviene dicha enzima.
24. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total o parcialmente, según la reivindicación 23, en la que dichos
reactivos necesarios para la realización de la reacción enzimática
en la que interviene dicha enzima se seleccionan del grupo formado
por cofactores; sustratos de las enzimas; aditivos que mejoran o
modulan las reacciones enzimáticas; dNTPs; ddNTPS; sondas y
cebadores oligonucleotidicos, opcionalmente marcados; y sus
mezclas.
25. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total o parcialmente, según la reivindicación 19, que comprende una
enzima ADN polimerasa o una enzima transcriptasa en reverso,
termoestable o no, desoxinucleótidos trifosfato, opcionalmente
marcados, los cofactores necesarios para la actividad enzimática y,
opcionalmente, aditivos que mejoran o modulan dicha actividad
enzimática.
26. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total o parcialmente, según la reivindicación 25, que comprende,
además, los cebadores oligonucleotídicos de reacción, opcionalmente
marcados, necesarios para la amplificación específica de una
secuencia nucleotídica objetivo, y/o sondas oligonucleotidicas,
opcionalmente marcadas, necesarias para la realización de un ensayo
de hibridación, junto con, opcionalmente, cualquier aditivo o
coadyuvante de la reacción de hibridación.
27. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total o parcialmente, según la reivindicación 19, que comprende,
además, didesoxirribonucleótidos (ddNTPs).
28. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total o parcialmente, según la reivindicación 19', que comprende
una enzima de restricción, junto con, opcionalmente, todos los
cofactores y aditivos necesarios para la realización de un análisis
de restricción.
29. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total o parcialmente, según la reivindicación 19, presentada en una
forma de presentación "lista para usar"
(ready-to-use).
30. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total o parcialmente, según la reivindicación 19, en la que dicho
agente protector frente a la desecación es un carbohidrato no
reductor.
31. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total o parcialmente, según la reivindicación 30, en la que dicho
agente protector frente a la desecación se selecciona del grupo
formado por un disacárido no reductor, un trisacárido no reductor,
y sus mezclas.
32. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total o parcialmente, según la reivindicación 30, en el que dicho
agente protector frente a la desecación se selecciona del grupo
formado por palatinitol
(6-\alpha-D-glucopiranosil-manitol),
trehalosa, rafinosa, melezitosa, y sus mezclas.
33. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total o parcialmente, según la reivindicación 19, en la que dicha
mezcla estabilizante comprende, además, de un carbohidrato no
reductor como agente protector frente a la desecación,
glicerol.
34. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total. o parcialmente, según la reivindicación 19, en la que dicho
inhibidor de las reacciones de condensación entre grupos carbonilo
o carboxilo y grupos amino o fosfato es un inhibidor competitivo o
un inhibidor no competitivo.
35. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total o parcialmente, según la reivindicación 34, en la que dicho
inhibidor de las reacciones de condensación entre grupos carbonilo
o carboxilo y grupos amino o fosfato se selecciona del grupo
formado por lisina, arginina, triptófano, betaína, derivados de
aminoguanidina y sus mezclas.
36. Mezcla de reacción estabilizada y desecada
total o parcialmente, según la reivindicación 19, en la que dicho
polímero inerte capaz de generar una estructura en forma de malla
que impida la movilidad de los reactivos desecados se selecciona
del grupo formado por polivinilpirroldona (PVP), polietilenglicol
(PEG), dextrano, almidón, el compuesto denominado FICOLL,
glucógeno, goma arábiga y sus mezclas.
37. Un kit que comprende una mezcla de reacción
estabilizada y desecada total o parcialmente, según cualquiera de
las reivindicaciones 19 a 36.
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