ES2333108T3 - Utilizacion de chaperonas fkbp como herramienta de expresion. - Google Patents

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Abstract

Una molécula de DNA recombinante, que codifica una proteína de fusión, que comprende al menos una secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido diana, corriente arriba de la misma al menos una secuencia de nucleótido que codifica para una chaperona FKBP, y al menos otra secuencia de nucleótidos que codifica para una chaperona FKBP, que se caracteriza porque la chaperona FKBP se selecciona de entre el grupo que consiste en FkpA y SlyD.

Description

Utilización de chaperonas FKBP como herramienta de expresión.
La presente invención está relacionada con el clonaje y expresión de una proteína heteróloga o polipéptido en bacterias como Escherichia coli. En particular, esta invención está relacionada con herramientas de expresión que comprenden una peptidil prolil isomerasa de tipo FKBP seleccionadas de entre el grupo que consiste de FkpA y SlyD, a métodos de expresión de proteína recombinante, a los polipéptidos recombinantes así obtenidos así como al uso de tales polipéptidos.
Se han descrito una gran variedad de sistemas de expresión en las patentes así como en las literatura científica. No obstante, a pesar del hecho que las proteínas de fusión se han convertido en la piedra angular de la biología moderna, la obtención de una proteína diana en una forma soluble, biológicamente activa, así como en un alto rendimiento, continua siendo un gran reto (Kapust, R. B. y Waugh, D. S., Proteine Sci 8 (1999) 1668-74).
Ejemplos de parejas de fusión que han sido anunciados como agentes solubilizantes incluye tioredoxina (TRX), glutatión S-transferasa (GST), proteína de unión a maltosa (MBP), Proteína A, ubiquitina, y DsbA. Aunque es ampliamente reconocido y potencialmente de gran importancia, este efecto solubilizante sigue estando pobremente comprendido. No queda claro, por ejemplo, qué características a parte de la alta solubilidad intrínseca representa a un agente solubilizador efectivo. ¿Son todas las parejas de fusión solubles igualmente competentes en esta labor? o ¿algunas son consistentemente más efectivas que otras? De forma similar, no se conoce si la solubilidad de muchos polipéptidos diferentes puede mejorarse fusionándolos a una pareja altamente soluble o si esta aproximación sólo es efectiva en una pequeña parte de los casos.
US 6.207.420 está relacionada con los sistemas de proteínas de fusión diseñados para aumentar la expresión citoplasmática soluble de proteínas heterólogas en Escherichia coli.
El estado de la técnica en relación a los sistemas de expresión más potentes, se ha resumido recientemente por Kapust et al., supra. En su intento de producir proteínas de fusión solubles que comprenden varias proteínas diana, han analizado tres parejas de fusión candidatas diferentes y prominentes. La proteína de unión a Maltosa (MBP), la glutatión S-transferasa (GST), y la tioredoxina (TRX) se han analizado por su capacidad de inhibir la agregación de seis proteínas diferentes que normalmente se acumulan en una forma insoluble. Todos estos sistemas candidatos de expresión son conocidos por los expertos en la materia y están descritos en detalle en varios sitios (por ejemplo, PE 293 249 describe en detalle el uso de GST como una herramienta de expresión).
De forma remarcable, Kapust et al., supra, encontraron que la MBP es de lejos un agente más efectivo al solubilizar que las otras dos parejas de fusión que también se usan ampliamente en la técnica. Además, demostraron que sólo en algunos casos la fusión a MBP puede promover el plegamiento correcto de la proteína unida en su conformación biológicamente activa.
Es especialmente crítico que muchos polipéptidos que tienen tendencia a agregar se mantengan solubles al fusionarlos con una pareja apropiada, pero algunas parejas de fusión candidatas de una forma más o menos impredecible son mucho mejor agentes solubilizadores que otros.
Mientras se trabajaba en la expresión recombinante de varias glicoporteínas retrovirales de superficie (rsgps), se investigó la utilidad de muchas herramientas de expresión conocidas y recomendadas en la técnica, por ejemplo, por Kapust et al., supra. No obstante, se encontró que todos los sistemas de expresión ensayados sufrieron alguno o varios de los siguientes defectos: bajo rendimiento, polipéptido de fusión difícil de manipular, o insolubilidad de la proteína de fusión en condiciones de tampón fisiológicas.
Existe una gran demanda para proporcionar una alternativa, herramientas de expresión eficientes, que son especialmente apropiadas para la expresión recombinante de proteínas con tendencia a agregarse, por ejemplo, como las rsgps.
Existe una gran riqueza de bibliografía de patentes relacionadas con proteínas que se unen al inmunosupresor FK-506, las denominadas proteínas de unión a FK-506 o FKBP.
Estas proteínas se han estudiado ampliamente y se han diseñado aplicaciones comerciales centradas en la actividad de unión a FK-506 de estas proteínas. Por ejemplo, WO 93/25533 utiliza CTP:CMP-3-deoxi-D-mano-octulosonato citidil transferasa (=CKS) como herramienta de expresión. Se inserta un FKBP en un vector de expresión basado en CKS corriente abajo del gen CKS. La proteína de fusión obtenida se utiliza para mejorar las mediciones de FK-506 y otros inmunosupresores.
WO 00/28011 describe materiales y métodos para la regulación de eventos biológicos como la transcripción de genes diana y crecimiento, proliferación y diferenciación de células modificadas.
WO 97/10253 está relacionada con un ensayo de alto rendimiento para el cribado de compuestos capaces de unirse a una proteína de fusión que consta de una proteína diana y una proteína de unión a FK-506. Se describe la utilización de una proteína de fusión FKBP12 (SH2) por homología a Src en un ensayo de cribado de alto rendimiento. La proteína de fusión se produce en forma soluble en el periplasma bacteriano y se libera mediante tratamiento de congelación-descongelación estándar.
La tarea de la presente invención fue investigar si es posible desarrollar y proporcionar sistemas de expresión alternativos eficientes que puedan utilizarse para mejorar la expresión de una proteína recombinante que comprende una rsgp como proteína diana y que a la vez es también apropiado para proteínas diana menos críticas.
Para sorpresa nuestra fuimos capaces de identificar ciertos miembros modulares de la familia de tipo FKBP de las chaperonas de la peptidil prolil isomerasa (PPI o PPIasa) como herramientas de clonaje muy prometedoras. Encontramos que un sistema de expresión basado en una familia de tipo FKBP de la chaperona seleccionada del grupo que consiste en SlyD, FkpA, y factor disparador (trigger factor) es ideal para expresar proteínas críticas como una rsgp y a la vez pudimos demostrar también que estas chaperonas representan a su vez herramientas de clonaje extremadamente prometedoras para proteínas diana menos crítica.
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Resumen de la invención
La presente invención en una primera realización está relacionada con una molécula de DNA recombinante, que codifica una proteína de fusión, que comprende al menos una secuencia de nucleótido que codifica para un polipéptido diana y corriente arriba del mismo al menos una secuencia de nucleótidos que codifica para una chaperona FKBP y al menos otra secuencia de nucleótidos que codifica para una chaperona FKBP, que se caracteriza en que la chaperona FKBP se selecciona de entre el grupo que consiste en FkpA y SlyD.
También se describen las vías preferibles para diseñar dichas moléculas de DNA recombinante, así como su uso como parte de un vector de expresión, una célula huésped que comprende dicho vector de expresión, y en la producción de polipéptido de fusión.
Se ha encontrado además que los polipéptidos de fusión recombinantes por sí mismos presentan propiedades sorprendentes y ventajosas, por ejemplo, respecto a la solubilización, purificación y manejo. En otra realización, la presente invención está relacionada con una proteína de fusión producida de forma recombinante que comprende al menos dos secuencias de polipéptido que corresponden a una chaperona FKBP seleccionada de entre el grupo que consiste en FkpA y SlyD y al menos una secuencia de polipéptido que corresponde a un péptido diana.
Otra realización está relacionada con una proteína de fusión producida de forma recombinante que comprende al menos dos secuencias de polipéptido que corresponden a una chaperona FKBP seleccionada de entre el grupo que consiste en FkpA y SlyD, al menos una secuencia de polipéptido que corresponde a un polipéptido diana, y al menos una secuencia enlazante peptídica de 10 - 100 aminoácidos.
Los polipéptidos de fusión recombinantes preferibles también se describen como el uso de dichos polipéptidos de fusión en varias solicitudes.
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Descripción de las figuras
Figura 1 Espectro UV de FkpA-gp41 a pH 2,5
Espectro UV del polipéptido de fusión FkpA-gp41 tras la diálisis en fosfato sódico 50 mM, pH 2,5; 50 mM NaCl. Sorprendentemente, la construcción de dos dominios permanece completamente soluble tras la eliminación del agente solubilizador caotrópico GuHCl. No hay evidencias de la existencia de agregados que desvíen la luz que se esperaría que provocasen una deriva en la línea basal y una absorción aparente significativa a longitudes de onda por encima de 300 nm.
Figura 2 Espectro UV DC cercano de FkpA-gp41 a pH 2,5.
El espectro se registró en un espectropolarímetro Jasco 720 en fosfato de sodio 20 mM, pH 2,5; 50 mM NaCl a 20ºC y se acumuló nueve veces para disminuir el ruido. La concentración de proteína fue de 22,5 \muM a una longitud de paso de 0,5 cm. La elipticidad aromática muestra la firma típica de gp41. A pH 2,5, FkpA está muy desestructurado y no contribuye nada a la señal de UV DC cercano.
Figura 3 Espectro UV DC lejano de FkpA-gp41 a pH 2,5.
El espectro se registró en un espectropolarímetro Jasco 720 en fosfato de sodio 20 mM pH 2,5; 50 mM NaCl a 20ºC y se acumuló nueve veces para mejorar la proporción señal-ruido. La concentración de proteína fue de 2,25 \muM a una longitud de paso de 0,2 cm. La mínima a 220 y 208 nm apuntan hacia una gran estructura helicoidal de gp41 en el contexto de la proteína de fusión. El ruido espectral por debajo de 197 nm se debe a la alta absorción de amida y no informa sobre cualquier característica estructural de la proteína de fusión. Sin embargo, se puede adivinar el típica máximo de hélice a 193 nm.
Figura 4 Espectro UV DC cercano de FkpA-gp41 bajo condiciones de tampón fisiológicas.
El espectro se registró en un espectropolarímetro Jas-co 720 en fosfato de sodio 20 mM, pH 7,4; NaCl 50 mM a 20ºC y se acumuló nueve veces para disminuir el ruido. La concentración de proteína fue de 15,5 \muM a una longitud de paso de 0,5 cm. Sorprendentemente, la elipticidad aromática de los dominios de proteína unidos covalentemente de g41 y FkpA (línea continua) se compone de la suma de las contribuciones de todas las hélices similares a la nativa de gp41 a pH 3,0 (línea inferior rayada) y de las contribuciones de FkpA a pH 7,4 (línea superior rayada). Esto indica que el transportador FkpA y la gp41 diana (es decir, dos unidades de plegamiento funcional distintas) se replegan de forma reversible y casi independientemente cuando se unen a un polipéptido de proteína de fusión.
Figura 5 Espectro UV DC lejano de FkpA-gp41 bajo condiciones de tampón fisiológicas.
El espectro se registró en un espectropolarímetro Jas-co 720 en fosfato de sodio 20 mM, pH 7,4; NaCl 50 mM a 20ºC y se acumuló nueve veces para mejorar la proporción señal-ruido. La concentración de proteína fue de 1,55 \muM a una longitud de paso de 0,2 cm. Las fuertes señales a 222 nm y 208 nm, respectivamente, apuntan hacia una gran estructura helicoidal de gp41 en el contexto de la construcción de fusión. El ruido por debajo de 198 nm se debe a la alta absorción de proteína y no reflejan ninguna propiedad estructural secundaria de FkpA-gp41.
Figura 6 El espectro UV DC cercano de scFkpA y scSlyD se asemejan entre ellos.
El espectro de DC se registró en un espectropolarímetro Jasco 720 en cubetas de 0,5 cm y se hizo la media para mejorar la proporción señal-ruido. Las condiciones de tampón fueron fosfato sódico 50 mM pH 7,8, cloruro sódico 100 mM a 20ºC. La concentración de proteína fue de 45 \muM para ambos scFkpA (línea superior a 280 nm) y scSlyD (línea inferior a 280 nm), respectivamente. La similitud estructural de ambas proteínas se evidencia por la firma similar en la "región huella".
Descripción detallada
La presente invención describe nuevos sistemas de expresión de polipéptidos. En una realización preferible está relacionada con una molécula de DNA recombinante, que codifica una proteína de fusión, que comprende al menos una secuencia de nucleótido que codifica para un polipéptido diana y corriente arriba del mismo al menos una secuencia de nucleótido que codifica para una chaperona FKBP y al menos otra secuencia de nucleótido que codifica para una chaperona FKBP, que se caracteriza en que la chaperona FKBP se selecciona de entre el grupo que consiste en FkpA y SlyD.
Como los expertos en la materia apreciarán, el término "al menos uno" se utiliza para indicar que una o más secuencias de nucleótido que codifican para un polipéptido diana, o para una chaperona FKBP, respectivamente, pueden utilizarse en la construcción de una molécula de DNA recombinante sin alejarse del alcance de la presente invención. Preferiblemente la construcción de DNA comprende una o dos secuencias que codifican para un polipéptido diana, siendo uno más preferible, y a la vez contendrá al menos uno y como máximo cuatro secuencias que codifican para una chaperona, siendo más preferibles una o dos.
El término "molécula de DNA recombinante" se refiere a una molécula de DNA que está hecha de la combinación de dos segmentes que de otra manera estarían separados de la Secuencia obtenida mediante la manipulación artificial de segmentos aislados de polinucleótidos mediante técnicas de ingeniería genética o mediante síntesis química. Así, se pueden juntar segmentos de polinucleótidos con funciones deseadas para generar una combinación de las funciones deseadas.
Se puede producir grandes cantidades del polinucleótido mediante la replicación en una célula huésped adecuada. Se pueden incorporar fragmentos de DNA naturales o sintéticos que codifican proteínas o fragmentos de las mismas en construcciones de polinucleótidos recombinantes, normalmente construcciones de DNA, capaces de la introducción y replicación en una célula procariota o eucariota.
Los polinucleótidos pueden también producirse mediante síntesis química, que incluye, pero no se limita a, el método fosforamidita descrito en Beaucage, S. L. y Caruthers, M. H., Tetrahedron Letters 22 (1981) 1859-1862 y el método triéster de acuerdo con Matteucci, M. D. y Caruthers, M. H., J. Am. Chem. Soc. 103 (1981) 3185-3191. Puede obtenerse un fragmento de doble cadena a partir del producto de cadena única de síntesis química mediante la síntesis de la cadena complementaria e hibridando las cadenas juntas bajo las condiciones apropiadas o mediante la adición de la cadena complementaria utilizando la polimerasa de DNA con una secuencia cebadora apropiada.
Se dice que un polinucleótido "codifica" un polipéptido si, en su estado nativo o cuando se manipula por métodos conocidos, el polinucleótido puede transcribirse y/o traducirse para producir el polipéptido o un fragmento del mismo.
Un polipéptido diana de acuerdo con la presente invención puede ser cualquier polipéptido necesario en grandes cantidades y por lo tanto, difícil de aislar o purificar a partir de otras fuentes no recombinantes. Ejemplos de proteínas Diana producidas preferiblemente mediante los presentes métodos incluye productos génicos de mamíferos como enzimas, citocinas, factores de crecimiento, hormonas, vacunas, anticuerpos y similares. Más en particular, los productos génicos sobreexpresados preferibles de la presente invención incluye productos génicos como la ertropoyetina, insulina, somatotropina, factor de liberación de la hormona de crecimiento, factor de crecimiento derivado de las plaquetas, factor de crecimiento epidérmico, factor de crecimiento transformante a, factor de crecimiento transformante 13, factor de crecimiento epidérmico, factor de crecimiento de fibroblastos, factor de crecimiento de nervios, factor de crecimiento similar a la insulina I, factor de crecimiento similar a la insulina II, Factor VIII de coagulación, superóxido dismutasa, interferón \alpha, interferón \gamma, interleucina-1, interleucina-2, interleucina-3, interleucina-4, interleucina- 5, interleucina-6, factor estimulador de colonias de granulocitos, actividad estimuladora de colonias multilinaje, factor estimulador de granulocitos-macrófagos, factor estimulador de colonias de macrófagos, factor de crecimiento de células T, linfotoxina y similares. Los productos génicos sobreexpresados preferibles son productos génicos humanos. Además, los presentes métodos pueden adaptarse fácilmente para aumentar la secreción de cualquier producto génico sobreexpresado que puede utilizarse como vacuna. Los productos génicos sobreexpresados que pueden utilizarse como vacunas incluye cualquier producto génico estructural, asociado a membrana, unido a membrana o secretado de un patógeno de mamífero. Los patógenos de mamífero incluye virus, bacterias, parásitos unicelulares o multicelulares que pueden infectar o atacar a mamíferos. Por ejemplo, las vacunas víricas pueden incluir vacunas contra los virus como el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH), viruela, virus de la polio, adenovirus, gripe, hepatitis A, hepatitis B, dengue, encefalitis Japonesa B, Varicela zoster, citomegalovirus, hepatitis A, rotavirus, así como vacunas contra enfermedades virales como paperas, fiebre amarilla, sarampión, rabia, herpes, gripe, parainfluenza y similares. Las vacunas bacterianas puede incluir vacunas frente a bacterias como Vibrio cholerae, Salmonella typhi, Bordetella pertussis, Streptococcus pneumoniae, Hemophilus influenza, Clostridium tetani, Corynebacterium diphtheriae, Mycobacterium leprae, R. rickettsii, Shigella, Neisseria gonorrhoeae, Neisseria meningitidis, Coccidioides immitis, Borellia burgdorferi, y similares.
Preferiblemente, la proteína diana es un miembro de un grupo que consiste en gp41 de HIV-1, gp36 de HIV-2, gp21 de HTLV, p17 de HIV-1, SlyD, FkpA, y factor disparador.
Un polipéptido diana de acuerdo con la presente invención puede también comprender secuencias, por ejemplo, epítopos relevantes para diagnóstico, a partir de varias proteínas diferentes construidas para expresarse como un polipéptido recombinante único.
Los ayudantes de plegamiento denominados peptidil prolil isomerasas (PPI o PPIasa) se subdividen en tres familias, las parvulinas (Schmid, F. X., Molecular chaperones in the life cycle of proteins (1998) 361-389, Eds. A. L. Fink y Y. Goto, Marcel Decker In., New York), Rahfeld, J. U., et al., FEBS Lett 352 (1994) 180-4) las ciclofilinas (Fischer, G., et al., Nature 337 (1989) 476-8, y la familia FKBP (Lane, W. S., et al., J Protein Chem 10 (1991) 151-60). La familia FKBP presenta una característica bioquímica interesante ya que sus miembros se han identificado originariamente por su capacidad de unirse a macrólidos, por ejemplo, FK 506 y rapamicina (Kay, J. E., Biochem J 314 (1996) 361-85).
De acuerdo con la presente invención las PPIasas modulares preferibles son FkpA (Ramm, K. y Pluckthun, A., J Biol Chem 275 (2000) 17106-13), SlyD (Hottenrott, S., et al., J Biol Chem 272 (1997) 15697-701) y factor disparador (Scholz, C., et al., Embo J 16 (1997) 54-8), todos los miembros de la familia FKBP. Los más preferibles son las chaperonas FkpA y SlyD.
También se sabe que no es necesario utilizar siempre la secuencia completa de una chaperona molecular. También pueden utilizarse los fragmentos funcionales de las chaperonas (llamados módulos) que aún conservan las capacidades y funciones necesarias (véase WO 98/13496).
Por ejemplo, FkpA es una PPI periplásmica que se sintetiza como una molécula precursora inactiva en el citosol bacteriano y se transloca a través de la membrana citoplasmática. La forma activa de FkpA (FkpA madura o FkpA periplásmica) carece de la secuencia señal (aminoácidos 1 a 25) y así comprende los aminoácidos 26 a 270 de la molécula precursora. La información relevante de la secuencia relacionada con FkpA puede obtenerse fácilmente a partir de las bases de datos públicas, por ejemplo, a partir de "SWISS-PROT" bajo el número de acceso P 45523. La FkpA utilizada como herramienta de expresión de acuerdo con la presente invención carece de la secuencia señal N terminal.
Un pariente cercano de FkpA, denominado SlyD, contiene un dominio N-terminal estructurado responsable de las funciones catalíticas y de chaperona y de un gran C-terminal desestructurado que es excepcionalmente rico en residuos histidina y cisteína (Hottenrott, supra). Encontramos que una variante truncada de C-terminal de SlyD que comprende los aminoácidos 1-165 ejerce efectos excepcionalmente positivos en la expresión eficiente de proteínas diana. A diferencia del SlyD de tipo salvaje, el peligro de comprometer los puentes disulfuro se evita con éxito en la variante utilizada de SlyD truncada (1-165). Una molécula de DNA recombinante que comprende un SlyD truncado (1-165) representa una realización preferible de la presente invención.
En un modo preferible de diseño de una construcción de DNA de acuerdo con la presente invención no se incluyen péptidos señal. Los sistemas de expresión de acuerdo con la presente invención se han encontrado más ventajosos cuando se trabaja como sistema de expresión citosólico. Esta expresión citosólico resulta en la formación de cuerpos de inclusión. A diferencia de los grandes y bien conocidos problemas normalmente asociados a los cuerpos de inclusión, hemos encontrado que no solo se produce una cantidad excepcionalmente alta de proteína, sino que las proteínas recombinantes de acuerdo con la presente invención también son fáciles de manejar, por ejemplo, fáciles de solubilizar y de replegar. En una realización preferible la presente invención está relacionada con una molécula de DNA recombinante, que codifica una proteína de fusión, que comprende al menos una secuencia de nucleótido que codifica para un polipéptido diana y corriente arriba de la misma al menos una secuencia de nucleótido que codifica para una chaperona FKBP y al menos otra secuencia de nucleótido que codifica para una chaperona FKBP, en el que la chaperona FKBP se selecciona de entre el grupo que consiste en FkpA y SlyD que se caracteriza además que la construcción de DNA carece de péptido señal.
El término "carece de péptido señal" no debe entenderse como una limitación indebida. Como los expertos en la materia apreciarán fácilmente, la construcción puede carecer, de hecho, de la secuencia de péptido señal. Como alternativa, no obstante, la secuencia puede simplemente modificarse para carecer de la función del péptido señal.
Las variantes de las chaperonas anteriormente descritas, portadoras de una o varias sustituciones o deleciones de aminoácidos, pueden también utilizarse para obtener un DNA recombinante o un polipéptido de fusión de acuerdo con la presente invención. Los expertos en la materia pueden afirmar fácilmente si dichas variantes, por ejemplo,, fragmentos o mutantes de chaperonas o chaperonas de fuentes alternativas, son apropiadas para un método de la invención utilizando los procedimientos como se ha descrito en la sección de Ejemplos.
El término "recombinante" o "polipéptido de fusión" como se utiliza en la presente invención, se refiere a un polipéptido que comprende al menos un dominio de polipéptido que corresponde a la chaperona FKBP utilizada como herramienta de expresión y al menos un dominio de polipéptido que corresponde a la proteína diana. Opcionalmente dicha proteína de fusión puede comprender adicionalmente un polipéptido enlazante de 10 - 100 residuos de aminoácido. Como los expertos en la materia apreciarán dicho polipéptido enlazante está diseñado de la forma más apropiada para la aplicación que se pretende, especialmente en términos de longitud, flexibilidad, carga e hidrofili-
cidad.
Preferiblemente la construcción de DNA de la presente invención codifica una proteína de fusión que comprende un polipéptido enlazante entre la secuencia de polipéptido que corresponde a la chaperona FKBP y la secuencia de polipéptido que corresponde a la proteína diana. Dicha secuencia de DNA que codifica para un enlazante además de por ejemplo, proporcionar un sitio de escisión proteolítico, puede también servir como polienlazante, es decir, puede proporcionar múltiples sitios de restricción de DNA para facilitar la fusión de los fragmentos de DNA que codifican para una proteína diana y un dominio de chaperona.
La presente invención utiliza tecnología de DNA recombinante para poder construir moléculas de DNA apropiadas.
En otra realización preferible, la presente invención está relacionada con una molécula de DNA recombinante, que codifica una proteína de fusión, que comprende al menos una secuencia de nucleótidos unida de forma operativa que codifica para un polipéptido diana y corriente arriba de la misma al menos una secuencia de nucleótidos que codifica para una chaperona FKBP y al menos otra secuencia de nucleótidos que codifica para una chaperona FKBP, que se caracteriza en que la chaperona FKBP se selecciona de entre el grupo que consiste en FkpA y SlyD.
Las secuencias de polinucleótido están unidas de forma operativa cuando están situadas en una relación funcional con otra secuencia de polinucleótido. Por ejemplo, un promotor está unido de forma operativa a una secuencia codificante si el promotor afecta a la transcripción o expresión de la secuencia codificante. Generalmente, unida de forma operativa significa que las secuencias enlazadas son contiguas y, cuando es necesario unir dos regiones de proteínas codificantes, ambas contiguas y en marco de lectura. No obstante, se sabe bien que ciertos elementos genéticos, como potenciadores, pueden estar unidos de forma operativa aún en la distancia, es decir, aún si no están
contiguos.
Como los expertos en la materia apreciarán es a menudo ventajoso diseñar una secuencia de nucleótidos que codifique para una proteína de fusión en la que uno o unos cuantos, por ejemplo, hasta nueve, aminoácidos estén localizados entre los dos dominios de polipéptido de dicha proteína de fusión. Las proteínas de fusión así construidas, así como las moléculas de DNA que las codifican, también están dentro del alcance de la presente invención.
Las construcciones de DNA preparadas para la introducción en un huésped normalmente comprenden un sistema de replicación reconocido por el huésped, que incluye el fragmento de DNA pretendido que codifica el péptido de fusión diana deseado, e incluirá también preferiblemente las secuencias reguladoras de la transcripción e inicio de la traducción unidas de forma operativa al segmento que codifica el polipéptido. Los sistemas de expresión (vectores de expresión) pueden incluir, por ejemplo, un origen de replicación o secuencia de replicación autónoma (SRA) y secuencias de control de la expresión, un promotor, un potenciador y sitios de procesado de la información necesarios, como los sitios de unión a ribosomas, sitios de escisión del RNA, sitios de poliadenilación, secuencias terminadoras de la transcripción, y secuencias estabilizadoras de mRNA.
El promotor apropiado y otras secuencias de vector necesarias se seleccionan por su funcionalidad en el huésped. Ejemplos de combinaciones que puedan funcionar en líneas celulares y vectores de expresión incluyen pero no se limitan a aquellas descritas en Sambrook, J., et al., en "Molecular Cloning: A Laboratory Manual" (1989) -, Eds. J. Sambrook, E. F. Fritsch y T. Maniatis, Cold Spring Harbour Laboratory Press, Cold Spring Harbour, o Ausubel, F., et al., en "Current protocols in molecular biology" (1987 y actualizaciones periódicas), Eds. F. Ausubel, R Brent y K. R.E., Wiley & Sons Verlag, New York; y Metzger, D., et al., Nature 334 (1988) 31-6. Muchos vectores útiles para la expresión en bacterias, levaduras, mamíferos, insectos, plantas u otras células son conocidas en la material y pueden obtenerse a partir de proveedores que incluye pero no se limita a Stratagene, New England Biolabs, Promega Biotech, y otros. Además, la construcción puede unirse a un gen amplificable (por ejemplo, DHFE) por lo que se pueden obtener múltiples copias del gen.
Los vectores de expresión y clonaje contendrán probablemente un marcador de selección, un gen que codifica una proteína necesaria para la supervivencia o crecimiento de una célula huésped transformada con el vector, aunque dicho gen marcador puede estar en otra secuencia de polinucleótidos cointroducida en la célula huésped. Sólo aquellas células huésped que expresen el gen marcador sobrevivirán y/o crecerán bajo condiciones de selección. Los genes de selección típicos incluyen pero no se limitan a aquellos que codifican proteínas que (a) confieren resistencia a antibióticos u otras sustancias tóxicas, por ejemplo, ampicilina, tetraciclina, etc.; (b) complementar deficiencias auxotróficas; o (c) suministrar nutrientes críticos no disponibles en el medio complejo. La elección del marcador de selección adecuado dependerá de la célula huésped, y los marcadores adecuados para diferentes huéspedes son conocidos en la materia.
Los vectores que contienen los polinucleótidos de interés pueden introducirse en la célula huésped mediante cualquier método conocido en la materia. Estos métodos varían dependiendo del tipo de huésped celular, lo que incluye pero no se limita a la transfección que emplea cloruro de calcio, cloruro de rubidio, fosfato de calcio, DEAE-dextrano, otras sustancias, e infección por virus. Se pueden preparar grandes cantidades de polinucleótidos y polipéptidos de la presente invención mediante la expresión de polinucleótidos de la presente invención en vectores u otros vehículos de expresión en células huésped compatibles. Los huéspedes procariotas más comúnmente utilizados son cepas de Escherichia coli, aunque también se pueden utilizar otros procariotas, como Bacillus subtilis. La expresión en Escherichia coli representa un modo preferible de llevar a cabo la presente invención.
La construcción de un vector de acuerdo con la presente invención utiliza técnicas de ligación convencionales. Los plásmidos aislados o los fragmentos de DNA se escinden, se ajustan, y se religan en la forma deseada para generar los plásmidos necesarios. Si se desea, se realizan análisis para confirmar las secuencias correctas en los plásmidos construidos de forma conocida. Los métodos adecuados para construir vectores de expresión, preparación de transcritos in vitro, introducir el DNA en las células huésped, y realizar análisis para evaluar la expresión y la función, son conocidos por los expertos en la materia. La presencia del gen, amplificación y/o expresión puede medirse en una muestra directamente, por ejemplo, mediante Southern blotting convencional, Northern blotting para cuantificar la transcripción de mRNA, dot blotting (análisis de DNA o RNA), o hibridación in situ, utilizando una sonda marcada de forma apropiada que puede basarse en una secuencia proporcionada aquí. Los expertos en la materia se harán una idea fácilmente cómo estos métodos pueden modificarse si se desea.
Una proteína de fusión que comprende dos dominios de chaperona FKBP y un dominio de proteína diana también es muy ventajoso. En otra realización preferible, la molécula de DNA recombinante de acuerdo con la presente invención comprende dos secuencias que codifican para una chaperona FKBP y una secuencia que codifica para un polipéptido diana.
La molécula de DNA puede diseñarse para comprender ambas secuencias de DNA que codifican para la chaperona FKBP corriente arriba de la proteína diana. Alternativamente, los dos dominios FKBP pueden organizarse para enmarcar la proteína diana. La construcción que comprende ambos dominios FKBP corriente arriba de la proteína diana representa una realización preferible de acuerdo con la presente invención.
La construcción de DNA que comprende dos dominios de chaperona así como un dominio de polipéptido diana también contiene preferiblemente dos péptidos enlazantes entre estos dominios. Para poder permitir un clonaje sistemático, las secuencias de nucleótido que codifican estas dos secuencias de péptidos enlazantes preferiblemente son diferentes. Esta diferencia en la secuencia de nucleótidos no necesariamente debe resultar en una diferencia en la secuencia de aminoácidos de los péptidos enlazantes. En otra realización preferible las secuencias de aminoácidos de los dos péptidos enlazantes son idénticas. Dichas secuencias idénticas de péptidos enlazantes por ejemplo son ventajosas si la proteína de fusión que comprende dos dominios de chaperona FKBP así como su dominio de proteína diana es para usarse en un inmunoensayo.
En los casos en los que se desea liberar una o todas las chaperonas fuera de la proteína de fusión de acuerdo con la presente invención, el péptido enlazante se construye para que comprenda un sitio de escisión proteolítico. Una molécula de DNA recombinante que codifica una proteína de fusión que comprende al menos una secuencia de polipéptido que codifica para un polipéptido diana, corriente arriba de la misma, al menos una secuencia de nucleótido que codifica para una chaperona FKBP seleccionada de entre el grupo que consiste en FkpA y SlyD, y adicionalmente que comprenda una secuencia de ácido nucleico que codifica para un enlazante peptídico que comprende un sitio de escisión proteolítico, representa otra realización de esta invención.
Un vector de expresión que comprende una molécula de DNA recombinante unida de forma operativa de acuerdo con la presente invención, es decir, una molécula de DNA recombinante que codifica una proteína de fusión que comprende al menos una secuencia de polinucleótido que codifica para un polipéptido diana y corriente arriba de la misma, al menos una secuencia de nucleótidos que codifica para una chaperona FKBP y al menos otra secuencia de nucleótidos que codifica para una chaperona FKBP, en la que la chaperona FKBP se selecciona de entre FkpA y SlyD, se ha probado que es muy ventajoso.
El vector de expresión que comprende un DNA recombinante de acuerdo con la presente invención, puede utilizarse para expresar la proteína de fusión en un sistema de traducción libre de células o puede utilizarse para transformar una célula huésped. En una realización preferible, la presente invención está relacionada con una célula huésped transformada con un vector de expresión de acuerdo con la presente invención.
En otra realización preferible, la presente invención está relacionada con un método para producir una proteína de fusión. Dicho método comprende los pasos de cultivar una célula huésped transformada con un vector de expresión de acuerdo con la presente invención, la expresión de esta proteína de fusión en la correspondiente célula huésped y la purificación de dicha proteína de fusión.
Como se ha discutido antes, el dominio de la chaperona FKBP de FkpA y SlyD, respectivamente, se construye de forma natural o artificial para proporcionar un polipéptido de fusión de expresión citosólico. La proteína de fusión así producida se obtiene en forma de cuerpos de inclusión. Mientras que se han realizado esfuerzos enormes en la técnica para obtener cualquier proteína recombinante deseada o la proteína de fusión directamente en una forma soluble, hemos encontrado que la proteína de fusión de acuerdo con la presente invención se obtiene fácilmente en forma soluble a partir de los cuerpos de inclusión. En otra realización preferible, la presente invención por lo tanto, está relacionada con un método para producir una proteína de fusión de acuerdo con los pasos descritos anteriormente, en la que dicha proteína de fusión se purifica a partir de cuerpos de inclusión.
La purificación de la proteína de fusión a partir de cuerpos de inclusión se logra fácilmente y se realiza de acuerdo con procesos estándar conocidos por los expertos en la materia, como la solubilización caotrópica y varias formas de replegamiento.
El aislamiento y purificación de la proteína de fusión comienza a partir de condiciones de tampón solubilizadoras, es decir, a partir de un tampón en que los cuerpos de inclusión, es decir, la proteína de fusión se solubiliza. Un tampón apropiado, que puede denominarse "no fisiológico" o tampón "solubilizador" debe reunir el requisito que ambas proteína diana y la chaperona FKBP no se desnaturalicen de forma irreversible. Comenzando a partir de dichas condiciones de tampón, la chaperona está muy cerca de la proteína diana, y es posible un cambio en las condiciones del tampón desde las condiciones no fisiológicas a las condiciones fisiológicas sin precipitar la proteína de
fusión.
Un tampón apropiado (no fisiológico), es decir, un tampón en el que ambas proteínas diana que es esencialmente insoluble y la chaperona PPI son solubles utiliza tanto un pH bajo como alto, o de una concentración de sal caotrópica o de una combinación de las mismas. El tampón solubilizador preferiblemente es un tampón con una alta concentración de sal caotrópica, por ejemplo, cloruro de guanidinio 6,0 M a un pH de 6 aproximadamente. Tras la renaturalización, ambas proteína Diana y la chaperona asumen su estructura similar a la nativa y la chaperona ejerce su efecto solubilizador positivo.
En el contexto de esta invención, las condiciones de tampón fisiológicas se definen por un valor de pH entre 5,0 y 8,5 y una concentración total de sal por debajo de 500 mM, sin tener en cuenta los otros ingredientes no salinos que opcionalmente pueden estar presentes en el tampón (por ejemplo, azúcares, alcoholes, detergentes) así como aditivos que no impidan la solubilidad de la proteína de fusión que comprende la proteína diana y la chaperona.
Una serie de proteínas diana, se han expresado en grandes cantidades.
El sistema de expresión de acuerdo con la presente invención, por ejemplo, ha demostrado trabajar extremadamente bien con proteínas diana bastante diferentes bioquímicamente, por ejemplo, SlyD, FkpA (proteínas que son fácilmente solubles), p17 de HIV-1 (una proteína que es difícil de expresar en grandes cantidades utilizando sistemas de expresión convencionales), gp21 de HTLV (una proteína que tiende a agregar), y gp41 de HIV-1, así como gp36 de HIV-2 (ambas proteínas tienden extremadamente a la agregación y son esencialmente insolubles bajo condiciones de tampón fisiológicas). Como puede fácilmente recogerse del Ejemplo 4 relacionado específicamente con estas proteínas, los sistemas de expresión eficientes de acuerdo con la presente invención trabajan y resultan en altos niveles de proteína de fusión producida. Se han realizado hallazgos positivos similares con una variedad de otras proteínas diana expresadas como una proteína de fusión de acuerdo con la presente invención.
A partir de la lista de ejemplos positivos, parece obvio que el nuevo sistema de expresión descrito en la presente invención, proporciona sistemas de expresión universales extremadamente atractivos.
Los sistemas de expresión descritos aquí, también se han comparado con los sistemas de expresión estándar utilizando proteínas transportadoras como se recomienda en la materia, como MBP. Se ha encontrado que los nuevos sistemas con los polipéptidos diana analizados son bastante ventajosos. El rendimiento relativo de proteína de fusión producida de acuerdo con la presente invención fue al menos tan bueno y en la mayoría de casos aún superior si se compara al rendimiento relativo utilizando la expresión basada en MBP. La eficacia de la expresión puede analizarse en términos de rendimiento de proteína de fusión, por ejemplo, por g de masa celular de E. coli o en términos molares, comparando las concentraciones de una proteína diana comprendida en diferentes proteínas de fusión.
La presente invención en una realización preferible está relacionada con una proteína de fusión producida de forma recombinante que comprende al menos dos secuencias de polipéptido que corresponden a una chaperona FKBP seleccionada de entre el grupo que consiste en FkpA y SlyD y al menos una secuencia de polipéptido que corresponden a un péptido diana.
Se ha encontrado que las proteínas de fusión de acuerdo con la presente invención presentan propiedades ventajosas, así por ejemplo, facilitando la producción, manejo y uso de proteínas que de otra manera son críticas. Esto resulta muy obvio a partir de la descripción de los resultados positivos obtenidos con una proteína de fusión que comprende gp41 de HIV-1. Mientras que la gp41 producida de forma recombinante es esencialmente insoluble por sí misma, ésta se solubiliza fácilmente si está presente como parte de un proteína de fusión de acuerdo con la presente invención.
En general una proteína se considera "esencialmente insoluble" si en un tampón que consiste en fosfato sódico 20 mM pH 7,4, NaCl 150 mM es soluble en una concentración de 50 nM o inferior. Una proteína de fusión de acuerdo con la presente invención que comprende una chaperona FKBP y una proteína diana se considera "soluble" si bajo condiciones de tampón fisiológicas, por ejemplo, en un tampón que consiste en fosfato sódico 20 mM pH 7,4, NaCl 150 mM la proteína diana comprendida en el complejo de chaperona PPI es soluble a una concentración de 100 nM o más.
Se ha descubierto que la proteína de fusión obtenida de forma recombinante de acuerdo con la presente invención puede obtenerse fácilmente a partir de cuerpos de inclusión en forma soluble, incluso si la proteína diana es una proteína con tendencia a la agregación como la gp41 del HIV-1. Una característica sorprendente de la gp41 comprendida en un en una FkpA-gp41 obtenida de forma recombinante es su excepcional solubilidad en condiciones de tampón fisiológicas comparado con el ectodominio gp41 sin chaperona.
Además, ha sido posible demostrar que la proteína diana comprendida en una proteína de fusión de acuerdo con la presente invención puede obtenerse fácilmente con una estructura similar a la nativa. Tal estructura similar a la nativa, por ejemplo, de la gp41 del HIV-1 se ha confirmado mediante DC en el UV cercano o por su inmmunoreactividad. El análisis de DC en el UV cercano ha demostrado la típica firma de gp41 que reconocen los expertos en la materia.
La proteína de fusión de acuerdo con la presente invención también es muy fácil de manipular, por ejemplo, tal proteína de fusión es bastante fácil de renaturalizar. Es interesante que el "material caotrópico" (es decir FkpA-gp41 en GuHCl 6,0-7,0 M) puede replegarse de diferentes formas, toda ellas resultantes en una forma similar a la nativa termodinámicamente estable y soluble. El replegamiento se consigue con un rendimiento elevado tanto mediante diálisis como por dilución rápida, así como mediante cromatografía de exclusión por tamaño renaturalizante o por replegamiento asistido por matriz. Estos hallazgos sugieren que es una forma unida covalentemente, el polipéptido de fusión gp41-FkpA es una proteína termodinámicamente estable en lugar de una proteína metaestable.
Algunas de las chaperonas FKBP (por ejemplo, FkpA) ejercen su función chaperona en forma de oligómeros, es decir, en un complejo que comprende dos o más polipéptidos FKBP asociados no covalentemente. Se ha descubierto que sorprendentemente es posible diseñar y producir tal dímero FKBP activo como una única proteína de fusión en un mismo polipéptido. Se han denominado estas construcciones PPI de cadena sencilla o FKBP de cadena sencilla. La PPI de cadena sencilla que comprende dos dominios SlyD se denomina por lo tanto scSlyD y la PPI de cadena sencilla que comprende dos dominios FkpA se denominan por lo tanto scFkpA. Una peptidil-prolil-isomerasa de cadena sencilla, es decir una proteína de fusión que comprende dos dominios PPI representa una realización muy ventajosa y por lo tanto preferible de la presente invención. La PPIcs de acuerdo con la presente invención puede ser una parvulina, una ciclofilina o una FKBP. Son preferibles las PPIcs seleccionadas de entre la familia FKBP de chaperonas. Las más preferibles son SlyD cs y FkpA cs, respectivamente.
Una proteína de fusión obtenida de forma recombinante que comprende al menos una secuencia de polipéptido que corresponde a una chaperona FKBP seleccionada de entre el grupo que consiste en FkpA y SlyD, al menos una secuencia de polipéptido que corresponde a un polipéptido diana, y al menos una secuencia peptídica enlazante de 10 - 100 aminoácidos representa otra realización preferible de la presente invención.
Como podrán apreciar los expertos en la materia, el enlazante peptídico puede construirse de forma que contenga los aminoácidos que sean más apropiados para la aplicación requerida. Por ejemplo, en el caso de una proteína diana hidrofóbica el polipéptido enlazante preferiblemente contendrá un número apropiado de aminoácidos hidrofílicos. La presente invención también está específicamente relacionada con las proteína de fusión que comprenden el polipéptido diana y una o dos chaperonas FKBP o dominios chaperona y secuencias de un enlazante peptídico adecuado entre dominios. Para tales aplicaciones en las que la proteína diana se necesita en forma libre, se utiliza un péptido enlazante o péptidos enlazantes, que contienen un punto de corte proteolítico adecuado. Las secuencias peptídicas adecuadas para la escisión proteolítica son bien conocidas por los expertos en la materia y comprenden entre otras, por ejemplo, Ile-Glu-Gly-Arg, escindida en el lado carboxilo del residuo de arginina por el factor de coagulación Xa, o Gly-Leu Pro-Arg-Gly- Ser, un lugar de escisión de la trombina, etc.
Como se ha mencionado anteriormente las proteínas de fusión de acuerdo con la presente invención pueden obtenerse fácilmente a partir de cuerpos de inclusión siguiendo un protocolo sencillo de replegamiento. Éstas ya son solubles y los polipéptidos diana comprendidos en tales proteínas de fusión pueden obtenerse fácilmente en una conformación similar a la nativa. Esto es bastante ventajoso para los polipéptidos derivados de un organismo infeccioso ya que tales polipéptidos similares al nativo son los más ventajosos en las aplicaciones diagnósticas así como en las terapéuticas. En una realización preferible, la proteína de fusión de acuerdo con la presente invención se caracteriza además porque una proteína diana es un polipéptido de interés como el de un organismo infeccioso. Los organismos infecciosos preferibles de acuerdo con la presente invención son HIV, HTLV y HCV.
En la literatura científica así como en las patentes se describen las secuencias peptídicas que contienen epítopos relevantes para el diagnóstico. Para los expertos en la materia, actualmente no es un problema la identificación de tales epítopos relevantes. En otra realización preferible, la proteína diana que corresponde a un polipéptido derivado de un organismo infeccioso contiene al menos un epítopo relevante para el diagnóstico.
Debido a sus propiedades ventajosas, las proteínas de fusión obtenidas de forma recombinante de acuerdo con la presente invención, en otra realización se utilizan preferiblemente para la inmunización de animales de laboratorio, en la producción de vacunas o en inmunoensayos, respectivamente.
En el caso de que se pretenda llevar a cabo una aplicación terapéutica de las nuevas proteínas de fusión, preferiblemente se formulará una composición que comprenda una proteína de fusión obtenida de forma recombinante de acuerdo con la presente invención y un excipiente farmacéuticamente aceptable.
Los siguientes ejemplos, referencias, listado de secuencias y Figuras se proporcionan como un apoyo para mayor entendimiento de la presente invención, cuyo verdadero alcance se detalla en las reivindicaciones anexas.
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Ejemplos
Ejemplo 1
Producción recombinante de la gp41 del HIV-1 utilizando un sistema de expresión basado en FkpA 1.1 Construcción de un plásmido de expresión que comprende FkpA y gp41
La FkpA salvaje se clonó, expresó y purificó de acuerdo con Bothmann y Plückthun, J Biol Chem 275 (2000) 17106-17113, con algunas modificaciones menores. Para su almacenamiento, la solución de proteína se dializó frente a NaH_{2}PO_{4} 20 mM /NaOH (pH 6.0), NaCl 100 mM y se concentró hasta 26 mg/ml (1 mM).
Para la expresión en el citosol, la secuencia codificante de FkpA del anterior vector de expresión se modificó para que careciera de la parte de la secuencia que codifica el péptido señal y comprendiera en su lugar sólo la región codificante de la FkpA madura.
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En el primer paso, la diana de restricción BamHI en la región codificante de la FkpA madura de E. coli se delecionó utilizando el equipo QuikChange de mutagénesis dirigida de Stratagene (La Jolla, CA; USA) con los cebadores:
1
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La construcción se denominó EcFkpA(\DeltaBamHI) [GGGS]3.
Se clonó y expresó la gp41(535-681)-His6 del HIV-1 en un sistema de expresión basado en el promotor del T7. El fragmento génico que codifican los aminoácidos 535-681 de la proteína de cubierta del HIV-1 se amplificó mediante PCR a partir del vector de expresión basado en T7 utilizando los cebadores:
2
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El fragmento se insertó en EcFkpA(\DeltaBamHI)[GGGS]3 utilizando las dianas de restricción BamHI y XhoI.
Los codones de un enlazante rico en glicina-serina [GGGS]3 se insertaron entre FkpA y e-gp41 con el cebador reverso del clonaje de FkpA y con el cebador directo del clonaje de e-gp41.
La construcción resultante se secuenció y se comprobó que codificaba para la proteína deseada. También se han generado variantes de esta proteína mediante mutagénesis dirigida de acuerdo con procedimientos estándar. Una variante de gp41 que comprende cuatro sustituciones de aminoácido comparado con la secuencia salvaje, por ejemplo, está codificado por las construcciones de DNA de Id. de Sec. Nº 5 y 6, utilizando como sistema de expresión FkpA o SlyD, respectivamente.
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1.2 Purificación de la proteína de fusión FkpA-gp41 a partir de células de E. coli
Las células de E. coli BL21 que son portadoras del plásmido de expresión se hicieron crecer hasta una DO600 de 0,7, y se indujo la sobreexpresión citosólica mediante la adición de IPTG 1 mM a una temperatura de crecimiento de 37ºC. Cuatro horas tras la inducción, las células se recogieron mediante centrifugación (20 min a 5000 g). El botón de bacterias se resuspendió en fosfato sódico 50 mM pH 7,8, GuHCl 6,0 M (cloruro de guanidinio), imidazol 5 mM y se agitó a temperatura ambiente (10 min) para completar la lisis. Tras repetidas centrifugaciones (Sorvall SS34, 20000 rpm, 4ºC), se filtró el sobrenadante (0,8/0,2 \mum) y se aplicó a una columna de Ni-NTA (NTA: Nitrilotriacetato; Qiagen; Germantown, MD), preequilibrada en tampón de lisis. Las proteínas unidas no especificamente se eliminaron en un paso de lavado aplicando 10 volúmenes de columna de tampón de lisis. Finalmente, la proteína unida se eluyó con fosfato de sodio 50 mM, pH 2,5, GuHCl 6,0 M, y se recogió en fracciones de 4 ml. La absorbancia se registró a 280 nm.
La solución acídica y caotrópica resultante puede almacenarse a 4ºC para posteriores pasos de purificación o experimentos de replegamiento in vitro.
A partir de este material no plegado, puede utilizarse diferentes métodos de replegamiento, como la diálisis, dilución rápida, cromatografia de exclusión por tamaño de renaturalización o replegamiento asistido por matriz y llevarse a cabo con éxito, dando lugar todos ellos a una proteína con un plegamiento virtualmente idéntico al de la nativa y soluble.
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1.3 Renaturalización mediante diálisis y dilución rápida
El material, solubilizado como se ha descrito anteriormente, se transfiere a un tampón con condiciones fisiológicas mediante diálisis. El valor de punto de corte escogido del tubo de diálisis fue de 4000 - 6000 Daltons.
Para inducir el replegamiento del ectodominio (la parte de gp41 del HIV-1 de la proteína de fusión), se eliminó el GuHCl a partir de la proteína eluída mediante diálisis frente a fosfato de sodio 50 mM, pH 2,5, NaCl 50 mM (cloruro de sodio). Es bien conocido que el ectodominio aislado es totalmente helicoidal y forma contactos terciarios a este pH extremo. Cuando se analizó la FkpA obtenida de forma recombinante mediante DC en el UV cercano, se detectó que FkpA se encuentra esencialmente sin estructura bajo las mismas condiciones. Es sorprendente que el replegamiento de gp41-FkpA mediante diálisis resulte en un complejo de proteínas fácilmente soluble que comprende los dominios de proteína gp41 y FkpA unidos covalentemente. El espectro de UV (Figura 1) carece de luz difusa, es decir, de absorción aparente por encima de 300 nm. La luz difusa sería indicativa de agregados, por lo tanto el espectro que se muestra en la Figura 1 implica que el material replegado no contiene cantidades significativas de agregados.
La espectroscopia de dicroismo circular (DC) es el método de elección para valorar tanto la estructura secundaria como la terciaria en las proteínas. La elipticidad en la región aromática (260-320 nm) informa sobre los contactos terciarios dentro de una proteína (es decir, la estructura globular de una proteína plegada normalmente), mientras que la elipticidad en la región amida refleja elementos repetitivos regulares en el esqueleto de la proteína, es decir, la estructura secundaria.
El espectro de DC en el UV cercano que se muestra en la Figura 2 proporciona una evidencia convincente de que el ectodominio (en el contexto de la proteína de fusión) muestra unos contactos terciarios similares a los nativos a pH 2,5. El espectro de los dominios de proteína gp41/FkpA covalentemente unidos casi coincide con el espectro del ectodominio aislado bajo condiciones idénticas (los datos no se muestran). Se encontró la típica firma de gp41: un máximo de elipticidad a 290 nm, un hombro característico a 285 nm y otro máximo a 260 nm lo que refleja un puente disulfuro ópticamente activo. Es importante hacer notar que FkpA no contribuye en absoluto a la señal en el UV cercano bajo las respectivas condiciones. De hecho, la elipticidad aromática de FkpA a pH 2,5 es virtualmente igual a la línea de base (los datos no se muestran).
De acuerdo con los resultados de la región del UV cercano, el DC en el UV lejano de la construcción de fusión a pH 2,5 apunta hacia una molécula gp41 muy estructurada. Aparecen dos máximos a 220 nm y 208 nm, y se corresponden con la típica firma de un ectodominio totalmente helicoidal (Figura 3). A partir de las condiciones indicadas (fosfato de sodio 50 mM, pH 2,5, NaCl 50 mM), el polipéptido de fusión FkpA-gp41 puede transferirse fácilmente a unas condiciones de tampón fisiológicas mediante dilución rápida. En conclusión, tanto el DC en el UV cercano como lejano indican que se encuentra disponible la gp41 de estructura similar a la nativa (en el contexto de la proteína de fusión que también contiene FkpA) de forma muy cómoda.
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1.4 Renaturalización mediante cromatografía de exclusión por tamaño (CET)
El polipéptido gp41-FkpA no plegado (disuelto en fosfato de sodio 50 mM, pH 7,8, GuHCl 7,0 M) se aplicó en una columna de filtración en gel Superdex 200 equilibrada con fosfato de sodio 20 mM, pH 7,4, NaCl 50 mM, EDTA 1 mM. FkpA-gp41 se eluye esencialmente en tres fracciones principales: como un asociado de elevado peso molecular, como una especie aparente de hexámero y como una especie aparente de trímero. La fracción aparente de trímero se concentró y se valoró se estructura terciaria en una medida de DC en el UV (Figura 4).
El gráfico resultante es virtualmente una curva sumatorio a la que tanto la proteína transportadora FkpA como la proteína diana gp41 contribuyen en una proporción 1:1. Afortunadamente, gp41 muestra una estructura terciaria a pH neutro y está evidentemente solubilizada por la chaperona unida covalentemente. En otras palabras, la chaperona FkpA parece aceptar el ectodominio gp41 con una estructura similar a la nativa como un sustrato y solubiliza esta proteína difícil de plegar a un pH neutro de trabajo. Por lo tanto, se consigue un requerimiento crucial para producir elevadas cantidades de antígeno gp41 soluble con propósito diagnóstico.
El DC en UV lejano de FkpA-gp41 a pH 7,4 (Figura 5) confirma los resultados de DC en el UV cercano en tanto que muestran la aditividad de las contribuciones de señal de FkpA y gp41, respectivamente. Como se esperaba, el espectro está dominado por el ectodominio gp41 altamente helicoidal (elipticidad máxima a 220 nm y 208 nm, respectivamente).
Los datos obtenidos con los dominios de la proteína gp41/FkpA covalentemente unidos solubilizados a pH 7,4 bajo las condiciones mencionadas anteriormente indican que FkpA y gp41 se comportan como unidades de plegamiento independientes dentro de la construcción de polipéptido.
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Ejemplo 2
Utilización de un vector de expresión basado en SlyD
La chaperona SlyD se ha aislado mediante procedimentos de clonaje rutinarios a partir de E. coli. Para la expresión recombinante se ha preparado una construcción de DNA que codifica los aminoácidos de 1 a 165 de SlyD. Se ha obtenido un vector de expresión que comprende SlyD(1-165) como pareja de fusión y la gp41 del HIV-1 como proteína diana (véase el Id. de Sec. Nº 6). La proteína de fusión se expresó y se purificó con éxito como se ha descrito para FkpA-gp41 anteriormente. De forma interesante, se ha encontrado que un polipéptido de fusión similar al nativo de tipo SlyD(1-165)-gp41 puede obtenerse de forma muy cómoda mediante diálisis del material caotrópico (disuelto, por ejemplo, en GuHCl 7,0 M) frente a fosfato sódico 50 mM pH 7,4, NaCl 150 mM a temperatura
ambiente.
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Ejemplo 3
Purificación de scFkpA y scSlyD
Las PPI de cadena sencilla scSlyD (Id. de Sec. Nº 7) y scFkpA (Id. de Sec. Nº 8), respectivamente, se obtuvieron a partir de un E. coli sobreproductor de acuerdo con un protocolo de purificación virtualmente idéntico al descrito en el Ejemplo 1. En breve: las células inducidas se recogieron, se lavaron en PBS y se lisaron en fosfato sódico 50 mM pH 7,8, cloruro sódico 100 mM, GuHCl 7,0 M a temperatura ambiente. Las proteínas diana no plegadas se unieron a una columna de Ni-NTA a través de su cola de hexa-His en C-teminal y se replegaron en fosfato sódico 50 mM pH 7,8, cloruro sódio 100 mM. Tras este procedimiento de replegamiento asistido por matriz, las proteínas se eluyeron en un gradiente de imidazol y se sometieron a una filtración en gel en una columna Superdex 200®.
Alternativamente, scSlyD y scFkpA pueden dializarse tras la elución para eliminar la concentración residual de imidazol. Ambas proteínas resultaron ser altamente solubles. ScSlyD, por ejemplo, no tiende a la agregación a concentraciones de hasta 25 mg/ml. Para elucidar la estructura terciaria del las scPPI replegadas, se monitorizó el espectro de DC en la región de UV cercano. Las firmas tanto de scSlyD como de scFkpA son parecidas entre ellas y por lo tanto reflejan la fuerte relación y la homología estructural de las dos FKBP. No obstante, debido al bajo contenido en residuos aromáticos, la intensidad de señal de scSlyD (Fig. 6), es significativamente inferior que la de
scFkpA.
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Ejemplo 4
Expresión mejorada de las proteínas diana
Las proteínas diana bioquímicamente bastante diferentes gp41 del HIV-1, gp36 del HIV-2, p17 del HIV-1 y gp21 del HTLV se han expresado utiizando el sistema de expresión pET/BL21 sin pareja de fusión (gp41, gp36, p17, gp21) o bien utilizando el mismo sistema de expresión estándar pero con una construcción de DNA que codifica para una proteína de fusión de acuerdo con la presente invención (SlyD-gp41, FkpA-gp41, FkpA-p17, SlyD-gp36, FkpA-gp21). La eficiencia de estos sistemas se ha comparado en términos de rendimiento de la proteína recombinante por unidad de masa celular de E. coli [mg/g]. Como fácilmente se hace obvio a partir de la Tabla 1, los nuevos sistemas de expresión dan lugar a una mejora significativa en todas las proteínas testadas.
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TABLA 1
3
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<120> Utilización de chaperonas FKBP como herramienta de expresión
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<130> 21306WO
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<160> 8
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<170> PatentIn Ver. 2.1
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<210> 1
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<211> 29
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: cebador 1
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<400> 1
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\hskip-.1em\dddseqskip
gcgggtgttc cgggtatccc accgaattc
\hfill
29
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<210> 2
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<211> 29
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: cebador 2
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<400> 2
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\hskip-.1em\dddseqskip
gaattcggtg ggatacccgg aacacccgc
\hfill
29
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<210> 3
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<211> 61
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Descripción de la Secuencia Artificial: cebador 3
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<400> 3
\hskip1cm
5
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<210> 4
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<211> 30
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: cebador 4
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<400> 4
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\hskip-.1em\dddseqskip
ccgctcgagg taccacagcc aatttgttat
\hfill
30
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<210> 5
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<211> 1269
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: codifica para una proteína de fusión FkpA-gp41
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<400> 5
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6
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<210> 6
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<211> 1026
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<212> DNA
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: codifica para una proteína de fusión SlyD-gp41
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<400> 6
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7
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<210> 7
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<211> 367
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<212> PRT
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: SlyD de cadena sencilla
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<400> 7
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8
9
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<210> 8
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<211> 537
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<212> PRT
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<213> Secuencia Artificial
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: FkpA de cadena sencilla
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<400> 8
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11
12

Claims (26)

1. Una molécula de DNA recombinante, que codifica una proteína de fusión, que comprende al menos una secuencia de nucleótidos que codifica un polipéptido diana, corriente arriba de la misma al menos una secuencia de nucleótido que codifica para una chaperona FKBP, y al menos otra secuencia de nucleótidos que codifica para una chaperona FKBP, que se caracteriza porque la chaperona FKBP se selecciona de entre el grupo que consiste en FkpA y SlyD.
2. La molécula de DNA recombinante de acuerdo con la reivindicación 1 que además se caracteriza porque comprende al menos una secuencia de nucleótidos que codifica un enlazante peptídico de 10 - 100 aminoácidos localizados entre dicha secuencia de nucleótidos que codifica el polipéptido diana y al menos una secuencia de nucleótidos que codifica una chaperona FKBP.
3. Una molécula de DNA recombinante de acuerdo con la reivindicación 1 o 2, que comprende dos secuencias de nucleótidos que codifican para dicha chaperona FKBP.
4. Una molécula de DNA recombinante de acuerdo con la reivindicación 1 o 2, que comprende dos secuencias de nucleótido que codifican para SlyD.
5. La molécula de DNA recombinante de la reivindicación 3 que además se caracteriza porque las dos secuencias que codifican para una chaperona FKBP se localizan corriente arriba de la secuencia que codifica para el polipéptido diana.
6. La molécula de DNA recombinante de la reivindicación 3 que además se caracteriza porque una secuencia que codifica para una chaperona FKBP se localiza corriente arriba de la secuencia que codifica para el polipéptido diana y la otra secuencia que codifica para una chaperona FKBP se localiza corriente abajo de la secuencia que codifica para el péptido diana.
7. La molécula de DNA recombinante de acuerdo con las reivindicaciones de 3 a 6, que además se caracteriza porque, comprende dos secuencias de ácido nucleico que codifican para un polipéptido enlazante de 10 - 100 aminoácidos.
8. La molécula de DNA recombinante de acuerdo con la reivindicación 7, en la que las dos secuencias de ácido nucleico que codifican para un enlazante de 10 - 100 aminoácidos son diferentes.
9. La molécula de DNA recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones de 2 a 8, en la que al menos una de dichas secuencias enlazantes codifica para un polipéptido enlazante que comprende un lugar de escisión proteolítica.
10. Un vector de expresión que comprende una molécula de DNA recombinante ligada de forma operativa de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1-9.
11. Una célula huésped transformada con un vector de expresión de acuerdo con la reivindicación 10.
12. Un método para producir una proteína de fusión, en el que dicho método comprende los pasos de a) cultivar las células huésped de acuerdo con la reivindicación 11, b) expresar dicha proteína de fusión y c) purificar dicha proteína de fusión.
13. Una proteína de fusión obtenida de forma recombinante que comprende al menos dos secuencias de polipéptido que corresponden a una chaperona FKBP seleccionada de entre el grupo que consiste en FkpA y SlyD y al menos una secuencia de polipéptido que corresponde a un péptido diana.
14. Una proteína de fusión obtenida de forma recombinante que comprende al menos dos secuencias de polipéptido que corresponde a una chaperona FKBP seleccionada de entre el grupo que consiste en FkpA y SlyD, al menos una secuencia de polipéptido que corresponde a un polipéptido diana, y al menos una secuencia enlazante peptídico de 10 - 100 aminoácidos.
15. La proteína de fusión de acuerdo con las reivindicaciones 13 o 14, que además se caracteriza porque, comprende dos secuencias de polipéptido que corresponden a dicha chaperona FKBP.
16. La proteína de fusión de acuerdo con las reivindicaciones 13 o 14, que además se caracteriza porque, comprende dos secuencias de polipéptido que corresponde a SlyD.
17. La proteína de fusión de acuerdo con la reivindicación 15, que además se caracteriza porque, dichas dos chaperonas FKBP se localizan en posición N-terminal respecto al polipéptido diana.
\newpage
18. La proteína de fusión de acuerdo con la reivindicación 15, que además se caracteriza porque, una de dichas dos chaperonas FKBP se localizan en posición N-terminal y una de dichas chaperonas FKBP se localiza en posición C-terminal respecto al polipéptido diana.
19. Una proteína de fusión obtenida de forma recombinante que comprende al menos un polipéptido diana, dos secuencias que corresponden a las chaperonas FKBP seleccionadas de entre el grupo que consiste en FkpA y SlyD, y dos secuencias enlazantes peptídicos de 10 - 100 aminoácidos.
20. La proteína de fusión de acuerdo con la reivindicación 19, en la que al menos una de dichas secuencias enlazantes peptídicos comprende un lugar de escisión proteolítico.
21. La proteína de fusión de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones de 13 a 20, en la que dicha proteína diana comprende un polipéptido de un organismo infeccioso.
22. La proteína de fusión de acuerdo con la reivindicación 21, que además se caracteriza porque dicho polipéptido comprende al menos un epítopo relevante a nivel diagnóstico de un organismo infeccioso.
23. La utilización de una proteína de fusión obtenida de forma recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 13 - 22 en la producción de un inmunógeno.
24. La utilización de una proteína de fusión obtenida de forma recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 13 - 22, en la producción de una vacuna.
25. La utilización de una proteína de fusión obtenida de forma recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 13-22, en un inmunoensayo.
26. Una composición que comprende una proteína de fusión obtenida de forma recombinante de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 13-22, y un excipiente farmacéuticamente aceptable.
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