ES2556380T3

ES2556380T3 - Procedimientos para detectar una enfermedad inflamatoria del intestino

Info

Publication number: ES2556380T3
Application number: ES11194371.8T
Authority: ES
Inventors: Lauri Diehl; Kenneth Flanagan; Lian Mo
Original assignee: Genentech Inc
Current assignee: Genentech Inc
Priority date: 2007-02-22
Filing date: 2008-02-22
Publication date: 2016-01-15
Anticipated expiration: 2028-02-22
Also published as: CN101663407A; JP2010521655A; NZ578980A; US20130261025A1; ZA200905258B; MX2009008736A; CN101663407B; DK2436781T3; WO2008103962A3; ES2379413T3; KR20090117898A; EP2436781B1; EP2140021B1; BRPI0807635A2; JP5761915B2; US20090111102A1; DK2140021T3; RU2502806C2; US7875431B2; KR101508397B1

Abstract

Procedimiento de detección de la respuesta de un fármaco terapéutico en un mamífero tratado con un agente terapéutico para IBD, en el que el procedimiento comprende determinar y comparar los niveles de expresión de LY6 en una muestra de ensayo que comprende tejidos o células gastrointestinales de dicho mamífero antes y después del tratamiento con dicho agente terapéutico para IBD, en el que un nivel menor de la expresión de LY6 en la muestra de prueba después del tratamiento indica una respuesta del mamífero a dicho agente terapéutico.

Description

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de identidad de la secuencia de ácido nucleico de D y C. Como ejemplos de los cálculos del % de identidad de la secuencia de ácido nucleico, las Tablas 4 y 5, demuestran cómo calcular el % de identidad de la secuencia de ácido nucleico de la secuencia de ácido nucleico designada “ ADN de Comparación” con la secuencia de ácido nucleico designada “REF-DNA”, en la que “REF-DNA” representa una secuencia hipotética de ácido nucleico que codifica el 5 gen LY6 de interés, el “ADN de Comparación” representa la secuencia de nucleótidos de una molécula de ácido nucleico frente a la que la molécula de ácido nucleico “REF-DNA” de interés se está comparando, y “N”, “L” y “V” representan cada uno diferentes nucleótidos hipotéticos. A no ser que se establezca de manera específica de otra manera, todos los valores del porcentaje de identidad de la secuencia de ácido nucleico usados en la presente memoria descriptiva se obtuvieron tal como se describe en el párrafo inmediatamente anterior usando el programa

10 informático ALIGN-2.

[00032] En otras realizaciones, los polinucleótidos variantes del gen LY6 son moléculas de ácido nucleico que codifican el polipéptido de LY6, respectivamente, y que son capaces de hibridarse, preferiblemente con hibridación y condiciones de lavado rigurosas, a secuencias de nucleótidos que codifican un polipéptido de LY6 de longitud

15 completa, respectivamente, tal como se da a conocer en la presente memoria descriptiva. Dichas variantes de polipéptidos pueden ser aquellas que están codificadas por dichas variantes de polinucleótidos.

[00033] “Aislado”, cuando se usa para describir los diversos polipéptidos LY6 dados a conocer en la presente memoria descriptiva, significa un polipéptido que se ha identificado y separado y/o recuperado a partir de un 20 componente de su entorno natural los componentes contaminantes de su entorno natural son materiales que podrían interferir normalmente con los usos diagnósticos o terapéuticos del polipéptido y pueden incluir enzimas, hormonas, y otros solutos proteínicos o no proteínicos. En las realizaciones preferidas, dichos polipéptidos se purificarán (1) hasta un grado suficiente para obtener al menos 15 restos de la secuencia de aminoácidos interna o N terminal mediante el uso de un secuenciador de recipiente giratorio, o (2) hasta la homogeneidad mediante SDS

25 PAGE en condiciones no reductoras o reductoras usando azul de Coomasie o, preferiblemente, tinción de plata. Dichos polipéptidos aislados incluyen los polipéptidos correspondientes in situ en el interior de células recombinantes, debido a que al menos un componente del polipéptido de LY6 de su entorno natural no estará presente. Ordinariamente, sin embargo, dichos polipéptidos aislados se prepararán mediante al menos una etapa de purificación.

30 [00034] Un ácido nucleico que codifica un polipéptido de LY6 “aislado” es una molécula de ácido nucleico que se identifica y separa de al menos una molécula de ácido nucleico contaminante con la que está asociada normalmente en la fuente natural del ácido nucleico que codifica el polipéptido. Cualquiera de las moléculas de ácido nucleico aisladas anteriormente mencionadas es diferente en forma o configuración de las que se encuentran en la

35 naturaleza. Cualquiera de dichas moléculas de ácido nucleico se distinguen por tanto de la molécula de ácido nucleico que codifica el polipéptido específico como se encuentran en las células naturales.

[00035] El término “secuencias control” se refiere a las secuencias de AD necesarias para la expresión de una secuencia de codificación unida de manera operable en un organismo hospedador particular. Las secuencias control

40 que son adecuadas para procariotas, por ejemplo, incluyen un promotor, opcionalmente una secuencia operadora, y un sitio de unión al ribosoma. Se conocen células eucariotas que utilizan promotores, señales de poliadenilación, y potenciadores.

[00036] El ácido nucleico está “unido de manera operable” cuando se coloca en una relación funcional con otra

45 secuencia de ácido nucleico. Por ejemplo, el ADN de una presecuencia o líder secretora se une de manera operable con el ADN de un polipéptido si se expresa como una preproteína que participa en la secreción del polipéptido; un promotor o potenciador se une de manera operable a una secuencia de codificación si afecta a la transcripción de la secuencia; o un sitio de unión al ribosoma se une de manera operable a una secuencia de codificación si se sitúa de tal manera que facilita la traducción. Generalmente, “unido de manera operable” significa que las secuencias de

50 ADN que se están uniendo son contiguas, y, en el caso de la líder secretora, contiguas en la fase de lectura. Sin embargo, los potenciadores no tienen por qué ser contiguos. La unión se lleva a cabo mediante ligadura en sitios de restricción convenientes. Si dichos sitios no existen, se usan adaptadores o enlazadores de oligonucleótidos sintéticos de acuerdo con la práctica convencional.

55 [00037] Tal como se usa en la presente memoria descriptiva “expresión” como se aplica a expresión génica, se refiere a la transcripción de un gen que codifica una proteína para producir un ARNm así como la traducción del ARNm para producir la proteína codificada por el gen. De esta manera, la expresión creciente o decreciente se refiere a la transcripción creciente o decreciente de un gen y/o a la traducción creciente o decreciente del ARNm resultante de la transcripción.

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[00038] Una persona normalmente experta en la técnica determina con facilidad el “rigor” de las reacciones de hibridación, y generalmente es un cálculo empírico dependiente de la longitud de la sonda, la temperatura de lavado, y la concentración salina. En general, sondas más largas requieren mayores temperaturas para una hibridación 5 apropiada, mientras que sondas más cortas necesitan temperaturas más bajas. La hibridación depende generalmente de la capacidad del ADN desnaturalizado de volverse a hibridar cuando están presentes las cadenas complementarias en un entorno por debajo de la temperatura de fusión. Cuanto mayor sea el grado de homología deseada entre la sonda y la secuencia hibridable, mayor será la temperatura relativa que se puede usar. Como resultado, resulta que temperaturas relativas más altas tenderían a volver las condiciones de reacción más

10 rigurosas, mientras que temperaturas más bajas las disminuirían. Para detalles adicionales y una explicación del rigor de las reacciones de hibridación, véase Ausubel y col., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995).

[00039] “Condiciones rigurosas” o “condiciones de elevado rigor” tal como se define en la presente memoria

15 descriptiva, se pueden identificar por aquellas que: (1) emplean baja fuerza iónica y elevada temperatura de lavado, por ejemplo, cloruro de sodio 0,015 M/citrato de sodio 0,0015 M/dodecil sulfato de sodio al 0,1 % en 50EC, (2) emplean durante la hibridación un agente desnaturalizante, tal como formamida, por ejemplo, formamida al 50 % (v/v) con albúmina de suero bovino al 0,1 %/ Ficoll al 0,1 %/polivinilpirrolidona al 0,1 %/tampón fosfato de sodio 50 mM a pH 6,5 con cloruro de sodio 750 mM, citrato de sodio 75 mM en 42EC; o (3) hibridación durante la noche en

20 una disolución que emplea formamida al 50 %, 5 x SSC (NaCl 0,75 M, citrato de sodio 0,075 M), fosfato de sodio 50 mM (pH 6,8), pirofosfato de sodio al 0,1 %, 5 x disolución de Denhardt, ADN de esperma de salmón sonicado (50 µg/ml), SDS al 0,1 %, y sulfato de dextrano al 10 % en 42EC, con un lavado de 10 minutos en 42EC en 0,2 x SSC (cloruro de sodio/citrato de sodio) seguido por un lavado con rigor elevado de 10 minutos consistente en 0,1 x SSC que contiene EDTA en 55EC.

25 [00040] Se pueden identificar “condiciones moderadamente rigurosas” tal como se describe en Sambrook y col., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Nueva York: Cold Spring Harbor Press, 1989, e incluyen el uso de una disolución de lavado y condiciones de hibridación (por ejemplo, temperatura, fuerza iónica y % de SDS) menos rigurosas tales como las descritas anteriormente. Un ejemplo de condiciones moderadamente rigurosas es la

30 incubación durante la noche a 37EC en una disolución que comprende: formamida al 20 %, 5 x SSC (NaCl 150 mM, citrato trisódico 15 mM), fosfato de sodio 50 mM (pH 7,6), 5 x disolución de Denhardt, sulfato de dextrano al 10 %, y 20 mg/ml de ADN de esperma de salmón cizallado desnaturalizado, seguido por el lavado de los filtros en 1 x SSC en aproximadamente 37-50EC. La persona normalmente experta en la técnica reconocerá cómo ajustar la temperatura, la fuerza iónica, etc., a medida que sea necesario para acomodar factores tales como la longitud de la

35 sonda y similares.

[00041] El término “epítope etiquetado”, cuando se usa en la presente memoria descriptiva se refiere a un polipéptido quimérico que comprende un polipéptido de LY6, o un agente de unión a un polipéptido de LY6 fusionado a un “polipéptido etiqueta”. El polipéptido etiqueta tiene suficientes restos para proporcionar un epítopo 40 frente al cual se puede formar un anticuerpo, que sea todavía lo suficientemente corto de tal manera que no interfiera con la actividad del polipéptido al cual se fusiona. El polipéptido etiqueta es también lo suficientemente único de tal manera que el anticuerpo no reacciona sustancialmente de manera cruzada con otros epítopos. Los polipéptidos etiqueta adecuados tienen generalmente al menos seis restos de aminoácidos y usualmente entre aproximadamente 8 y 50 restos de aminoácidos (preferiblemente, entre aproximadamente 10 y 20 restos de

45 aminoácidos).

[00042] “Activo” o “actividad”, para los objetivos de la presente memoria descriptiva se refiere a la(s) forma(s) de polipéptidos que retienen una actividad biológica y/o inmunológica de un polipéptido nativo que se produce naturalmente, en el que la actividad “biológica” se refiere a una función biológica (tanto inhibidora como 50 estimuladora) producida por un polipéptido nativo que se produce naturalmente diferente de la capacidad de inducir la producción de un anticuerpo frente a un epítopo antigénico poseída por un polipéptido nativo que se produce naturalmente, y una actividad “inmunológica” se refiere a la capacidad de inducir la producción de un anticuerpo frente a un epítope antigénico poseída por un polipéptido nativo que se produce naturalmente. Un polipéptido activo, tal como se usa en la presente memoria descriptiva, es un antígeno que se expresa diferencialmente tanto desde

55 una perspectiva cualitativa como cuantitativa, en un tejido IBD, con respecto a su expresión en un tejido similar que no está afectado con IBD.

[00043] El término “antagonista” se usa en el sentido más amplio, e incluye cualquier molécula que bloquea, inhibe, o neutraliza parcial o completamente una actividad biológica de un polipéptido natural dado a conocer en la

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polivalentes que comprenden 2-5 de las unidades básicas de 4 cadenas junto con la cadena J). En el caso de las IgG, la unidad de 4 cadenas es generalmente de aproximadamente 150.000 daltons. Cada cadena L está unida a una cadena H mediante un enlace disulfuro covalente, mientras que las dos cadenas H están unidas entre sí mediante uno o más enlaces disulfuro dependiendo del isotipo de la cadena H. Cada cadena H y L tiene también 5 puentes disulfuro intracadena separados regularmente. Cada cadena H tiene en el extremo N, un dominio variable (VH) seguido por tres dominios constantes (CH) para cada una de las cadenas α y γ y cuatro dominios CH para los isotipos µ y ε. Cada cadena L tiene en el extremo N, un dominio variable (VL) seguido por un dominio constante (CL) en su otro extremo. El VL está alineado con el VH y el CL está alineado con el primer dominio constante de la cadena pesada (CH1). Se cree que los restos de aminoácidos particulares forman una interfase entre los dominios variables

10 de la cadena ligera y de la cadena pesada. El emparejamiento de un VH y un VL juntos forma un único sitio de unión a antígeno. Para la estructura y las propiedades de los diferentes tipos de anticuerpos, véase, por ejemplo, Basic and Clinical Immunology, 8ª edición, Daniel P. Stites, Abba I. Terr y Tristram G. Parslow (eds.), Appleton & Lange, Norwalk, CT, 1994, página 71 y Capítulo 6.

15 [00061] Se puede asignar la cadena L de cualquier especie de vertebrado a uno o dos tipos claramente distintos, denominados kappa y lambda, basándose en las secuencias de aminoácidos de sus dominios constantes. Dependiendo de la secuencia de aminoácidos del dominio constante de sus cadenas pesadas (CH), se pueden asignar inmunoglobulinas a diferentes tipos o isotipos. Existen cinco tipos de inmunoglobulinas: IgA, IgD, IgE, IgG, e IgM, que tienen cadenas pesadas designadas α, δ, ε, γ y µ, respectivamente. Los tipos γ y α se dividen

20 adicionalmente en subtipos sobre la base de diferencias relativamente menores en la secuencia y la función de CH, por ejemplo, los seres humanos expresan los siguientes subtipos. IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1, e IgA2.

[00062] El término “variable” se refiere al hecho de que algunos segmentos de los dominios variables difieren extensamente en la secuencia entre los anticuerpos. El dominio V media en la unión del antígeno y define la 25 especificidad de un anticuerpo concreto por su antígeno particular. Sin embargo, la variabilidad no está uniformemente distribuida a lo largo de aproximadamente un tramo de 110 aminoácidos de los dominios variables. En vez de esto, las regiones V consisten en tramos relativamente invariantes denominados regiones marco (FR) de 15-30 aminoácidos separados por regiones más cortas de extrema variabilidad denominadas “regiones hipervariables” que son cada una de 9-12 aminoácidos de longitud. Los dominios variables de las cadenas pesada y 30 ligera naturales comprenden cada uno cuatro FR, que adoptan en gran parte una configuración en lámina β, que adoptan en gran parte una configuración en lámina β, conectada por tres regiones hipervariables, que forman bucles que se conectan, y en algunos casos forman parte de, la estructura de la lámina β. Las regiones hipervariables en cada cadena se mantienen juntas en estrecha proximidad mediante las FR y, con las regiones hipervariables procedentes de la otra cadena, contribuyen a la formación del sitio de unión al antígeno de los anticuerpos (véase,

35 Kabat y col., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5ª Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)). Los dominios constantes no están implicados directamente en la unión de un anticuerpo a un antígeno, pero presentan diversas funciones efectoras, tales como la participación del anticuerpo en la citotoxicidad celular dependiente de anticuerpo (ADCC).

40 [00063] El término “región hipervariable” cuando se usa en la presente memoria descriptiva, se refiere a los restos de aminoácidos de un anticuerpo que son responsables de la unión al antígeno. La región hipervariable comprende generalmente restos de aminoácidos de una “región determinante de la complementariedad” o “CDR” (por ejemplo, en torno a aproximadamente los restos 24-34 de Kabat (L1), 50-56 (L2) y 89-97 (L3) en la VL, y en torno a aproximadamente los restos 31-35B de Kabat (H1), 50-65 (H2) y 95-102 (H3) en la VH (Kabat y col.,

45 Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5ª Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)) y/o los restos de un “bucle hipervariable” (por ejemplo, en torno a aproximadamente los restos 26-32 de Chothia (L1), 50-52 (L2) y 91-96 (L3) en la VL, y 26-32 (H1), 52A-55 (H2) y 96-101 (H3) en la VH (Chothia y Lesk J. Mol. Biol. 196: 901-917 (1987)).

50 [00064] El término “anticuerpo monoclonal” tal como se usa en la presente memoria descriptiva se refiere a un anticuerpo de una población de anticuerpos sustancialmente homólogos, es decir, los anticuerpos individuales que comprenden la población son idénticos y/o se unen al(a los) mismo(s) epítopo(s), excepto por posibles variantes que pueden surgir durante la producción del anticuerpo monoclonal, estando presentes generalmente dichas variantes en cantidades menores Dicho anticuerpo monoclonal incluye normalmente un anticuerpo que comprende una

55 secuencia polipeptídica que se une a una diana, en la que la secuencia polipéptidica que se une a la diana se obtuvo mediante un procedimiento que incluye la selección de una única secuencia polipeptídica diana entre una pluralidad de secuencias polipeptídicas. Por ejemplo, el procedimiento de selección puede ser la selección de un único clon entre una pluralidad de clones, tales como un combinado de clones de hibridoma, clones de fago, o clones de ADN recombinante. Debe entenderse que la secuencia de unión diana seleccionada se puede alterar adicionalmente, por

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Ejemplo 2; Zapata y col., Protein Eng. 8(10): 1057-1062 [1995]); moléculas de anticuerpo monocatenario; y anticuerpos multiespecíficos formados a partir de fragmentos de anticuerpo.

[068] La digestión con papaína de los anticuerpos produce dos fragmentos de unión a antígeno idénticos,

5 denominados fragmentos “Fab”, y un fragmento “Fc” residual, una designación que refleja la capacidad de cristalizar fácilmente. El Fragmento Fab consiste en una cadena L completa junto con el dominio de la región variable de la cadena H (VH), y el primer dominio constante de una cadena pesada (CH1). Cada fragmento Fab es monovalente con respecto a la unión al antígeno, es decir, tiene un único sitio de unión a antígeno. El tratamiento con pepsina de un anticuerpo da como resultado un único fragmento grande F(ab’)2 que corresponde de manera grosera a dos

10 fragmentos Fab unidos por enlace disulfuro que tienen una actividad de unión a antígeno divalente y son todavía capaces de la reticulación del antígeno. Los fragmentos Fab’ difieren de los fragmentos Fab porque tienen unos pocos restos adicionales en el extremo carboxilo del dominio CH1 que incluyen una o más cisteínas que proceden de la región de bisagra del anticuerpo. Fab’-SH es la designación en la presente memoria descriptiva de Fab’ en que el(los) resto(s) de cisteína de los dominios constantes soporta un grupo tiol libre. Los fragmentos de anticuerpo

15 F(ab’)2 se produjeron originalmente como parejas de fragmentos Fab’ que tienen cisteínas bisagra entre ellos. Se conocen también otros acoplamientos químicos de los fragmentos de anticuerpo.

[069] El fragmento Fc comprende las porciones carboxiterminales de ambas cadenas H mantenidas juntas mediante disulfuros. Las funciones efectoras de los anticuerpos se determinan por las secuencias en la región Fc,

20 cuya región es también la parte reconocida por los receptores Fc (FcR) que se encuentran en algunos tipos de células.

[070] El fragmento “Fv” es el fragmento mínimo de anticuerpo que contiene un sitio de reconocimiento y un sitio de unión a antígeno completos. Este fragmento consiste en un dímero de un dominio variable de la cadena 25 pesada y un dominio variable de la cadena ligera en estrecha asociación no covalente. Del plegado de estos dos dominios emanan seis bucles hipervariables (3 bucles cada uno de la cadena H y la cadena L) que contribuyen a los restos de aminoácidos de la unión al antígeno y confieren especificidad de unión al antígeno para el anticuerpo. Sin embargo, incluso un único dominio variable (o la mitad de u Fv que comprende únicamente 3 CDR específicas de un antígeno) tiene la capacidad de reconocer y unirse al antígeno aunque con una afinidad inferior que el sitio de unión

30 completo.

[071] “Fv monocatenario”, abreviado también como “sFv” o “scFv” son fragmentos de anticuerpo que comprenden los dominios VH y VL del anticuerpo conectados en una única cadena polipeptídica. Preferiblemente, el polipéptido sFv comprende además un polipéptido enlazador entre los dominios VH y VL que permite que el sFv forme la estructura deseada para la unión del antígeno. Para una revisión de sFv, véanse Pluckthun en The

35 Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., Springer-Verlag, Nueva York, pp. 269-315 (1994); Borrebaeck 1995, más abajo.

[072] Tal como se usa en la presente memoria descriptiva “polipéptidos de unión a LY6” es un oligopéptido que se une, preferiblemente de manera específica, a un polipéptido, ligando o componente de señalización de LY6, 40 respectivamente, o a una porción de unión de LY6 o uno de sus fragmentos. Dichos oligopéptidos pueden sintetizarse químicamente usando metodología de síntesis de oligopéptidos conocida o se pueden preparar y purificarse usando tecnología recombinante. Dichos oligopéptidos tienen normalmente al menos aproximadamente 5 aminoácidos de longitud, alternativamente al menos aproximadamente 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 45 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, o 100 aminoácidos de longitud o más. Dichos oligopéptidos se pueden identificar sin experimentación innecesaria usando técnicas bien conocidas. A este respecto, es de señalar que las técnicas para el cribado de oligopéptidos para oligopéptidos que son capaces de unirse específicamente a un polipéptido diana son bien conocidas en la técnica (véanse, por ejemplo, Patentes de 50 los Estados Unidos Nos 5.556.762, 5.750.373, 4.708.871, 4.833.092, 5.223.409, 5.403.484, 5.571.689, 5.663.143; Publicaciones PCT Nos WO 84/03506 y WO84/03564; Geysen y col., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 81: 3998-4002 (1984); Geysen y col., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 82: 178-182 (1985); Geysen y col., en Synthetic Peptides as Antigens, 130-149 (1986); Geysen y col., J. Immunol. Meth., 102: 259-274 (1987); Schoofs y col., J. Immunol., 140: 611-616 (1988), Cwirla, S. E. y col. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87: 6378 (1990); Lowman, H.B. y col. Biochemistry,

55 30: 10832 (1991); Clackson, T. y col. Nature, 352: 624 (1991); Marks, J. D. y col., J. Mol. Biol., 222: 581 (1991); Kang, A.S. y col. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88: 8363 (1991), y Smith, G. P., Current Opin. Biotechnol., 2: 668 (1991).

[073] Un antagonista de LY6 (por ejemplo, anticuerpo, polipéptido, oligopéptido o molécula pequeña) “que se

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Am J Pathol 155: 331-336; Z’Graggen, K. y col. (1997) Gastroenterology 113: 808-816; Singh, J.C. y col. (2005) Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol 288: G514-524), lo que sugiere que el modelo de expresión génica obtenido es estas micromatrices es una reflexión precisa de la biología de las IEC en colitis.

Tabla 7

Migración celular: Cambio de veces (valor p): Modelo IL10-/- Modelo CD45RBhi

CXCL1: + 3,89 (<0,0001) + 2,09 (0,00066)

CXCL5: + 21,82 (<0,0001) + 23,34 (<0,0001)

CXCL13: + 3,01 (<0,0001) + 2,85 (<0,0001)

CCL6: -3,47 (<0,0001) -2,5 (<0,0001)

CCL7: + 4,2 (<0,0001) + 5,54 (0,00026)

CCL11: -3,43 (<0,0001) -3,6 (0,00607)

Señalización de TRL

TLR2: + 2,15 (<0,0001) + 2,68 (<0,0001)

Fos: + 3,64 (<0,0001) + 2,03 (<0,0001)

LBP: + 2,34 (<0,0001) + 2,57(<0,0001)

NFKBIA: + 2,37 (<0,0001) + 2,15 (<0,0001)

Presentación del antígeno

H2-D1: + 2,77 (<0,0001) + 2,23 (<0,0001)

HLA-A: + 2,83 (<0,0001) + 2,40 (<0,0001)

HLA-B: + 2,71 (<0,0001) + 2,44 (<0,0001)

HLA-E: + 2,3 (<0,0001) + 2,34 (<0,0001)

ICAM-1: + 2,51 (<0,0001) + 2,587 (<0,0001)

PSMB8: + 8,10 (<0,0001) + 3,09 (<0,0001)

PSMB9: + 6,61 (<0,0001) + 2,72 (<0,0001)

TAP 1: + 4,05 (<0,0001) + 4,10 (<0,0001)

TAP2: + 2,08 (<0,0001) + 2,18 (<0,0001)

[0235] Las IEC pueden funcionar como APC no profesionales (Snoeck, V. y col., (2005) Microbes Infect 7: 997-1004; y Shao, L y col., (2005) Immunol Rev 206: 160-176), y el modelo de expresión génica obtenido en estas micromatrices indica que estas funciones están potenciadas durante la colitis mediante la regulación en exceso en

10 los genes asociados con el procesamiento del antígeno, tales como LMP7 y TAP1, así como en los genes MHC de clase i y II que servirían para potenciar la presentación de antígenos en la superficie de las IEC.

[0236] Los datos de la micromatriz apoyan el concepto de que las IEC atraen las células inmunes del colon mediante la expresión alterada de la quimiocina, y pueden presentar el antígeno a los linfocitos T infiltradores

15 regulando en exceso la expresión de los genes asociados con la presentación del antígeno.

Ejemplo 4. La expresión de los miembros de la familia LY6 está fuertemente regulada en exceso en la superficie de las IEC colíticas

20 [0237] Los miembros de la familia de moléculas de LY6 de ratón se sobrerrepresentaron en el número así como en el grado de regulación en exceso en el modelo de colitis por transferencia en ratón y en el modelo IL10-/de ratón (Figuras 23A y 23B). Estos resultados se confirmaron mediante la RT-PCR cuantitativa en tiempo real del ARN de IEC combinado y amplificado en el modelo de colitis por transferencia (no se muestran los datos). La expresión de los miembros de la familia LY6 fue única para el estado de enfermedad, de tal manera que no se

25 expresaron de niveles apreciables de ratones sanos de cualquiera de estos miembros de la familia LY6.

[0238] Aunque se conoce la expresión de moléculas LY6 de murino en la superficie de las células de origen hematopoyético, no se ha descrito anteriormente la expresión en las IEC (Bamezai, A. (2004) Arch Immunol Ther Exp (Warsz) 52: 255-266; y Rock, K.L. y col. (1989) Immunol Rev 111: 195-224). La expresión de LY6A y LY6C de 30 murino es detectable en muchas células no epiteliales presentes en el interior del colon, tales como los linfocitos T y los granulocitos. Se llevó a cabo la tinción inmunofluorescente de LY6A y LY6C de murino en cólones sanos y

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Claims

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