ES2583377T3 - Marcadores de expresión génica de la resistencia tumoral al tratamiento con inhibidor de HER2 - Google Patents

Marcadores de expresión génica de la resistencia tumoral al tratamiento con inhibidor de HER2 Download PDF

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Abstract

Método de predicción de la probabilidad de respuesta de un paciente humano con cáncer de mama diagnosticado con un tumor de mama que expresa HER2 al tratamiento con un inhibidor de HER2, que comprende determinar, en una muestra de tumor obtenida de dicho sujeto, el nivel de expresión de transcritos de ARN o sus productos de expresión del gen de PTPN11, en el que un nivel inferior de la expresión en relación con el nivel de expresión de un gen presente en la misma célula, que se sabe que está regulado por descenso en los pacientes que muestran resistencia al tratamiento con inhibidor de HER2, o un nivel inferior de expresión en relación con el nivel de expresión del gen de PTPN11 en una célula normal del mismo tipo de célula, indica que el sujeto es probablemente resistente al tratamiento con el inhibidor de HER2.

Description

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[0114] Un anticuerpo “aislado” es aquel que se ha identificado y separado y/o recuperado a partir de un componente de su medio natural. Los componentes contaminantes de su medio natural son materiales que interferirían con las utilizaciones de diagnóstico y terapéuticas del anticuerpo, y pueden incluir enzimas, hormonas, y otros solutos proteináceos y no proteináceos. En realizaciones preferidas, el anticuerpo se purificará (1) hasta más de un 95% en peso de anticuerpo según se determina por el método de Lowry, y más preferiblemente más de un 99% en peso, (2) hasta un grado suficiente para obtener por lo menos 15 residuos de secuencia de aminoácidos N-terminal o interna mediante la utilización de un secuenciador de copa giratoria, o (3) hasta la homogeneidad mediante SDS-PAGE en condiciones reductoras o no reductoras utilizando azul de Coomassie o, preferiblemente, tinción con plata. El anticuerpo aislado incluye el anticuerpo in situ dentro de las células recombinantes ya que por lo menos un componente del medio natural del anticuerpo no estará presente. Normalmente, sin embargo, el anticuerpo aislado se preparará mediante por lo menos una etapa de purificación.
[0115] Un anticuerpo “madurado por afinidad” es aquel con una o más alteraciones en una o más regiones hipervariables del mismo que da lugar a una mejora en la afinidad del anticuerpo por el antígeno, en comparación con un anticuerpo parental que no posee estas alteraciones. Los anticuerpos madurados por afinidad preferidos tendrán afinidades nanomolares o incluso picomolares por el antígeno diana. Los anticuerpos madurados por afinidad se producen mediante procedimientos conocidos en la técnica. Marks et al. BiolTechnology 10:779-783 (1992) describe la maduración por afinidad mediante el barajado de dominios VH y VL. La mutagénesis aleatoria de residuos de CDR y/o estructural (“framework”) se describe por: Barbas et al. Proc Nat. Acad. Sci, USA 91:3809-3813 (1994); Schier et al. Gene 169:147-155 (1995); Yelton et. al. J. Immunol. 155:1994-2004 (1995); Jackson et al., J. Immunol. 154(7):3310-9 (1995); y Hawkins et al, J. Mol. Biol. 226:889-896 (1992).
[0116] El término “especie de anticuerpo principal” en el presente documento se refiere a la estructura de anticuerpo en una composición que es la molécula de anticuerpo cuantitativamente predominante en la composición. En una realización, la especie de anticuerpo principal es un anticuerpo HER2, tal como un anticuerpo que se une al Dominio II de HER2, anticuerpo que inhibe la dimerización de HER de manera más eficaz que el trastuzumab, y/o un anticuerpo que se une a un sitio de unión heterodimérica de HER2. La realización preferente en el presente documento de la especie de anticuerpo principal es aquel que comprende las secuencias de aminoácidos de cadena ligera variable y cadena pesada variable en las SEQ ID Nos. 3 y 4, y lo más preferiblemente, las secuencias de aminoácidos de cadena ligera y cadena pesada en las SEQ ID Nos. 11 y 12 (pertuzumab).
[0117] Un anticuerpo "variante en la secuencia de aminoácidos" en el presente documento es un anticuerpo con una secuencia de aminoácidos que difiere de una especie de anticuerpo principal. Normalmente, las variantes en la secuencia de aminoácidos poseerán por lo menos aproximadamente el 70% de homología con la especie de anticuerpo principal, y preferiblemente, tendrán por lo menos aproximadamente el 80%, más preferiblemente por lo menos el 90% de homología con la especie de anticuerpo principal. Las variantes en las secuencias de aminoácidos poseen sustituciones, deleciones y/o adicionales en ciertas posiciones en o adyacentes a la secuencia de aminoácidos de la especie de anticuerpo principal. Ejemplos de variantes en la secuencia de aminoácidos en el presente documento incluyen una variante ácida (por ejemplo, variante de anticuerpo desamidada), una variante básica, un anticuerpo con una extensión de secuencia líder amino-terminal (por ejemplo, VHS-) en una dos cadenas ligeras del mismo, un anticuerpo con un residuo de lisina C-terminal en una o dos cadenas pesadas del mismo, etc., e incluye combinaciones de variaciones en las secuencias de aminoácidos de las cadenas pesadas y/o ligeras. La variante de anticuerpo contra particular interés en el presente documento es el anticuerpo que comprende una extensión de la secuencia líder amino terminal en una o dos cadenas ligeras del mismo, opcionalmente que comprende además otras diferencias en la secuencias de aminoácidos y/o glicosilación en relación con la especie de anticuerpo principal.
[0118] Un anticuerpo "variante por glicosilación" en el presente documento es un anticuerpo con uno o más grupos carbohidratos unidos al mismo que difieren de uno o más grupos carbohidratos unidos a una especie de anticuerpo principal. Ejemplos de variantes por glicosilación en el presente documento incluyen el anticuerpo con una estructura de oligosacárido G1 o G2, en lugar de la estructura de oligosacárido G0, unida a una región Fc del mismo, el anticuerpo con uno o dos grupos carbohidrato unidos a una o dos cadenas ligeras del mismo, el anticuerpo sin carbohidrato unido a una o dos cadenas pesadas del anticuerpo, etc., y combinaciones de las alteraciones de glicosilación.
[0119] Cuando el anticuerpo tiene una región Fc, se puede unir una estructura de oligosacárido a una o dos cadenas pesadas del anticuerpo, por ejemplo, en el residuo 299 (298, numeración de residuos EU). Para pertuzumab, G0 era la estructura de oligosacárido predominante, estando otras estructuras de oligosacáridos, tales como G0-F, G-1, Man5, Man6, G1-1, G1(1-6), G1(1-3) y G2 en menores cantidades en la composición de pertuzumab.
[0120] A menos que se indique lo contrario, una “estructura de oligosacárido G1” en el presente documento incluye las estructuras G-1, G1-1, G1(1-6) y G1(1-3).
[0121] Una "extensión de la secuencia líder" en el presente documento se refiere a uno o más residuos de aminoácido de la secuencia líder amino-terminal que están presentes en el extremo amino de una o más cadenas
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antiestrógenos puros sin propiedades agonistas, tales como EM800 (dichos agentes pueden bloquear la dimerización de receptores de estrógeno (ER), inhibir la unión a ADN, incrementar el recambio de ER y/o suprimir los niveles de ER); inhibidores de aromatasa, incluyendo inhibidores de aromatasa estereoidales, tales como formestano y exemestano (AROMASIN®), e inhibidores de aromatasa no estereoidales, tales como anastrazol (ARIMIDEX®), letrozol (FEMARA®) y aminoglutetimida, y otros inhibidores de aromatasa incluyen vorozol (RIVISOR®), actato de megestrol (MEGASE®), fadrozol, y 4(5)-imidazoles; agonistas de la hormona luteinizante liberadora de hormonas, incluyendo leuprolide (LUPRON® y ELIGARD®), goserelina, buserelina, y tripterelina; esteroides sexuales, incluyendo progestinas, tales como acetato de megestrol y acetato de medroxiprogesterona, estrógenos, tales como dietilestilbestrol y premarina, y andrógenos/retinoides, tales como fluoximesterona, todos los ácidos transretinoico y fenretinida; onapristona; anti-progesteronas; reguladores por descensode receptores de estrógeno (ERDs); antiandrógenos, tales como flutamida, nilutamida y bicalutamida.
[0154] Un "agente quimioterapéutico antimetabolito" es un agente que es estructuralmente similar a un metabolito, pero no se puede utilizar por el organismo de una manera productiva. Muchos agentes quimioterapéuticos antimetabolitos interfieren con la producción de los ácidos nucleicos, ARN y ADN. Los ejemplos de agentes quimioterapéuticos antimetabolitos incluyen gemcitabina (GEMZAR®), fluorouracilo (5-FU), capecitabina (XELODAJ), 6-mercaptopurina, metotrexato, 6-tioguanina, pemetrexed, raltitrexed, arabinosilcitosina ARA-C citarabina (CYTOSAR-U®), dacarbazina (DTIC-DOME®), azocitosina, desoxicitosina, piridmideno, fludarabina (FLUDARA®), cladrabina, 2-desoxi-D-glucosa etc. El agente quimioterapéutico antimetabolito es gemcitabina.
[0155] "Gemcitabina" o "monoclorhidrato de 2’-desoxi-2’,2’-difluorocitidina (isómero b)" es un análogo de nucleósido que muestra actividad antitumoral. La fórmula empírica para el clorhidrato de gemcitabina es C19H11F2N3O4 A1 HCl. El clorhidrato de gemcitabina es comercializado por Eli Lilly bajo el nombre comercial GEMZAR®.
[0156] Un "agente quimioterapéutico de base platino" comprende un compuesto orgánico que contiene platino como una parte integral de la molécula. Entre los ejemplos de agentes quimioterapéuticos de base platino se incluyen carboplatino, cisplatino, y oxaliplatino.
[0157] Por "quimioterapia de base platino” se entiende terapia con uno o más agentes quimioterapéuticos de base platino, opcionalmente en combinación con uno o más agentes quimioterapéuticos.
[0158] Por un cáncer "resistente a la quimioterapia" se entiende que el paciente con cáncer ha progresado mientras recibe una pauta de quimioterapia (es decir, el paciente es “refractario a la quimioterapia”) o el paciente ha progresado en 12 meses (por ejemplo, en 6 meses) después de completar la pauta de quimioterapia.
[0159] Por cáncer "resistente a platino" se entiende que el paciente con cáncer ha progresado mientras recibe quimioterapia basada en platino (es decir, el paciente es “refractario al platino”), o el paciente ha progresado antes de 12 meses (por ejemplo, en 6 meses) después de completar una pauta de quimioterapia basada en platino.
[0160] Un "agente anti-angiogénico" se refiere a un compuesto que bloquea, o interfiere con, hasta cierto grado, el desarrollo de vasos sanguíneos. El factor anti-angiogénico puede ser, por ejemplo, una molécula pequeña o un anticuerpo que se unen a un factor de crecimiento o receptor de un factor de crecimiento implicados en la inducción de la angiogénesis. El factor anti-angiogénico preferido de la presente invención es un anticuerpo que se une al Factor de Crecimiento Endotelial Vascular (VEGF), tal como bevacizumab (AVASTIN®) (véase la patente de Estados Unidos No. 6,884,879B1).
[0161] El término “citoquina” es un término genérico para proteínas liberadas por una población de células que actúan sobre otra célula como mediadores intercelulares. Algunos ejemplos de dichas citoquinas son linfoquinas, monoquinas, y hormonas polipeptídicas tradicionales. Entre las citoquinas se incluyen hormonas del crecimiento, tales como hormona del crecimiento humano, hormona del crecimiento humano N-metionilo, y hormona de crecimiento bovino; hormona paratiroidal; tiroxina; insulina; proinsulina; relaxina; prorelaxina; hormonas de glicoproteínas, tales como hormona estimulante del folículo (FSH), hormona estimulante de la tiroides (TSH), y hormona luteinizante (LH); factor de crecimiento hepático; factor de crecimiento de fibroblastos; prolactina; lactógeno placentario; factor α y β de necrosis tumoral; sustancia inhibidora mulleriana; péptido asociado a gonadotropina de ratón; inhibina; activina; factor de crecimiento endotelial vascular; integrina; trombopoyetina (TPO); factores de crecimiento nervioso, tales como NGF-β; factor de crecimiento plaquetario; factores de crecimiento transformante (TGFs), tales como TGF-α y TGF-β, factor de crecimiento I y II de tipo insulina; eritropoyetina (EPO); factores osteoinductivos; interferones, tales como interferón-α, β,y γ; factores estimulantes de colonias (CSFs), tales como macrófago-CSF (M-CSF); granulocito-macrófago-CSF (GM-CSF); y granulocito-CSF (G-CSF); interleuquinas (ILs), tales como IL-1, IL-1α, IL-2 (por ejemplo, PROLEUKIN®), IL-3, IL-4, IL-5 IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, IL-11, IL-12; un factor de necrosis tumoral, tal como TNF-α o TNF-β, y otros factores de polipéptidos que incluyen LIF y ligando kit (LK). Tal y como se utiliza en la presente invención, el término citoquina incluye proteínas de fuentes naturales o de cultivos de células recombinantes y equivalentes biológicamente activos de las citoquinas de secuencia nativa.
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