JPH04503328A - 低電気浸透アガロース - Google Patents

低電気浸透アガロース

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JPH04503328A JP2512066A JP51206690A JPH04503328A JP H04503328 A JPH04503328 A JP H04503328A JP 2512066 A JP2512066 A JP 2512066A JP 51206690 A JP51206690 A JP 51206690A JP H04503328 A JPH04503328 A JP H04503328A
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 低電気浸透アガロース 技術分野 本発明は、電気泳動及び他の拡散法又は相互作用に朋いられる改良された性質特 に低電気浸透(EEO)を有するアガロース組成物に関する。本発明は、さらに それらの電気泳動的性質を改善するためにアガロースを精製する方法に関し、そ して電気泳動及び他の応用にアガロースを用いる方法に関する。
背景技術 生体分子例えば蛋白及び核酸の精製及び分離、遺伝子のマツピング及びDNA配 列に関する急速な進歩は、分離媒体としてのアガロースについて需要を増大させ ている。アガロースは、Po 1 s onのポリエチレングリコール法(米国 特許第3335127号L Barteling。
Cl1n、Chem、15.1002−1005 (1969)の水酸化アルミ ニウム吸着法並びに Blethenの第四級アンモニウム塩/硫酸化多糖類法 (米国特許第3281409号)により工業的に製造されている。これらの方法 のすべてにおいて、大きなしかも最低に電荷されたアガロース分子が、さらに高 く電荷されたアガロペクチン分子から分離される。
これらの方法により製造されたアガロースは、多くの電気泳動、免疫拡散及びク ロマトグラフィーの応用に満足できるが、大きなゲルの強さく低い濃度での使用 を可能にし、大きな孔が大きな分子の分離を可能にする)ばかりでなく、より速 いさらに信頼できしかも正確な分離を可能(′ニジそして材料の小さい量の検出 を可能にするアガロースが現在要求されている。
種々の精製技術が、Zabin(米国特許第3423396号)及びDuckw orth及びYaphe (米国特許第3753972号)のイオン交換法から 始まり、そしてアルカリ性膜イオウ法にアルコール沈殿及び水素化リチウムアル ミニウムによる還元に関するLaas及び協同研究者(J、Chroma、to gr、60 (+ 971)!67−177及び66 (1972)3476− 355.Anal、Biochem、72(1976)527−532)の方法 に続く、改良されたアガロースを製造する努力のために開発された。しかしなが ら、これらの方法は、信頼できる品質を有しないか又は高価及び/又は安全でな い方法を必要とする材料を生じさせる。アルカリによる徹底的な処理は、多くの サルフェートを除くが、又アガー及びアガロースのゲルの強さを劣化させる。
等電点電気泳動におけるような低い本質的に零のEEOが重要な用途に関するア ガロースの製造では、残存するEEOは、ガム例えば精製されたローカストビー ン又はグアーガムの添加により抑制されるか(Cook及びWittの米国特許 第4290911号)、又は正に電荷された基のアガロースへの導入により電荷 がバランスされる(Hansson及びKageda 1の米国特許第4312 739号)。しかし電気泳動に用いられたとき、これらの媒体は、加えられた材 料又は基のために、生体分子例えばDNAと結合(不動化)し勝ちである。媒体 は、又低いゲル強さを有し、そして修飾は、それらのゲル化及び融点に悪影響を 与える。
Lai、Birren及び協同研究者は、パルスされたフィールドゲル電気泳動 の種々の形を研究して、DNAは低いEEOのアガロースから製造されたゲル中 で最も早く移動し、それ故EEOに対する分離の速度に関することを明らかにし た(BioTechniques 7.No、1(1989)34−42.39 において)。この関係は、従って最新の電気泳動法に関するアガロースの有用性 の部分的な目安となっている。
発明の開示 本発明は、早い使用時間(時間で50%以上の縮少のオーダー)、非常に少量の 材料の検出、明確且つ信頼できる分離を促進するが又高いゲル強さを示す電気泳 動法の媒体への需要を満足させる一群のアガロースを提供する。これらの利点の 組合わせは、広い範囲のサイズの生体分子の電気泳動的精製及び分離に非常に有 用であると、これらのアガロースをする。
本発明の一つの態様では、急速な電気泳動に有用な水性ゲルを形成できる乾燥固 体組成物が提供される。アガロース組成物は、0. 2重量%より低いが零より 大きいサルフェート含量、0−0.1重量%のピルベート含量及びO−0,04 重量%のキエルダール窒素含量を有する精製されたアガロースより本質的になる 。アガロースから形成されたゲルは、少なくとも1200g/cm2 (1,0 重量%の濃度)のゲル強さ、0.07M以下のトリスアセテート緩衝液中のDN A結合の実質的な不存在並びに1、 011量%のアガロース濃度における0、 05以下のEEOを示す。
本発明の他の態様では、プレカーサーアガロースの精製による低EEOアガロー スの製造について種々の方法が提供され、それは、イオン交換、低分子量ポリオ ールによる分別、修飾したシリカ基体上のクロマトグラフィー分離、コントロー ルされた塩の条件下の低級(C,−C,)アルコールによる分別並びにこれらの 方法の任意の組合わせを含む他の技術を含む。
本発明は、さらに精製の方法により生成されるアガロースを含む。
本発明の他の態様において、分離/精製媒体が前記の改善された早く移動するア ガロースである分離及び精製の電気泳動法が提供される。
電気浸透(EEO)は、電気泳動中電極に向って水性ゲルを通る流体のドリフト として記述できる。電気的に中性又は殆ど中性の分子が、電気泳動されるべきサ ンプル中に存在しそしてゲル媒体が電荷を育するとき、ドリフトが生ずる。アガ ロースが媒体のとき、アニオン性残基例えばエステルサルフェート及びピルベー ト基が存在しそしてゲルに全陰電荷を与える。
ゲルそれ自体は陽極に移動できないが、その回りの水球は、結合したアニオンと 結合した水和されたカチオンにより陰極に向って引き出されるか又は乱される。
その結果、サンプル中の中性の分子は、水により次第に陰極に向って引かれる。
EEOは、相対的移動度(−mr)として数学的に表示され、そして0.05M %1)88. 6のバルビタール緩衝液中のアガロースの1重量%溶液を調製す ることにより測定される。3m】の溶液を清潔な顕微鏡スライドにそそぎそして 室温でゲルにする。皮下注射筒につけられた角をとったNo、I3の針を用いて 、ただ一つの孔が、ゲルの中心から吸引される。
標準のテスト溶液は調製され、それは0.05M、pH8,6のバルビタール緩 衝液中のl0mg/mlのDextran 500 (Phar−macia) 及び2mg/mlの結晶性(4X)ヒトアルブミンよりなる。
小さいボアドロッパーを用いて、吸引された孔を殆ど充たすのに十分な溶液を加 える。これらのスライドを次に紙芯を用いて電気泳動のための位置に置く。lO ボルト/ c mの電圧を一定の電圧装置を用いてかける。
電気泳動を3時間続け、次にスライドを取り出す。肉眼観察は、2段階で達成さ れる。スライドを先ず15分間変性(3A)エタノールに置き、次にデキストラ ンの位置を原点に関して測定する(OD=原点の位置からデキストランへ中心か ら中心の距離)。測定後、スライドを蛋白染色溶液(50mlの氷酢酸中の0. 5gのアミドブラックから調製し、次にエタノールにより500m1とする)に 移す。15分後、スライドをl:l酢酸(5%):エタノール溶液中で洗って過 剰の染色を除く。アルブミンの位置は通常15分後にめられるが、1時間あれば 十分である。スポットの中心から原点の中心の距離が測定される(OA=原点か らアルブミンへの距離)。電気浸透の度(−mr)は、式%式%) を用いて計算される。
ここで用いられるゲルの強さく又「破壊強さ」として知られている)は、Fos terらの米国特許第3342612号(1967年9月19日)に記載された 方法及び装置を用いることにより測定でき、その記述はここに参考として引用さ れ、さらに16.83cm/分の一定速度でプランジャーを進める自動ドライブ を設けることにより測定できる。ゲル化は、2時間lO℃で水浴中で溶液を冷却 することにより、テストの目的について達成される。ゲルは、次に水浴から取り 出され、そして1 am”の面積を育する円形のプランジャーを用いてゲルの強 さが測定される。
本発明のアガロースの特徴であるDNA結合化の実質的な不存在は、二、三のや り方で測定可能であるが、一般に0.01M以下のトリスアセテート緩衝液によ り緩衝された1、0重量%のアガロースゲル中の4V/cmの電圧勾配及び22 ℃の2.03kb DNAの移動の測定可能な遅れが実質的にないことを特徴と する。好ましいトリスアセテート緩衝液の濃度は、0.062Mである。「トリ スアセテート緩衝液」は、代表的にはそれぞれ0.04M、0.02M及び0. 002Mの濃度の、pH7,8に調節された、トリス(ヒドロキシメチル)アミ ノメタン、酢酸ナトリウム及びナトリウムEDTA (エチレンジアミン四酢酸 (ナトリウム塩)〕の混合物である。
本発明のアガロースを調製するのに好適なアガー源は、好ましくは必要なレベル にサルフェート及びピルベートを低下させるのに要求される処理が少ないように 、サルフェート及びピルベート(カルボキシレート)含量の低いものである。従 って、好ましいアガーは、Gelidium。
Gracflaria及びPterOCIadiaの藻の種又はこれらの任意の 混合物から誘導されたものであるが、もし要求されるサルフェート及びピルベー ト含量への処理が経済的であるならば、他のものも有用である。
本発明の方法は、アガーばかりでなく、アルカリ処理アガー、本発明の組成物を 規定する性質が不当に高いアガロースについて実施できる。
本発明の組成物は、上記で規定された範囲の性質により規定されたものを含むが 、好ましい組成物は、サルフェート含量がO−0,15重量%であり、ピルベー ト含量が0−0.1重量%であり、キエルダール窒素含量が0.001−0.0 2重量%であり、ゲルの強さが少なくとも1600g/am”であるものであり 、そして組成物は、1重量%のアガロース濃度で0.04以下のEEOを示す。
その上、アガロースは、藻の種からの処理中水素化ホウ素ナトリウム処理に付随 して生ずる還元されたアルデヒド残基を除いて、人工的な置換基又は他の化学的 修飾を実質的に含まないだろう。好ましくは、精製されたアガロースは、灰残基 を含まないが、しかし約0.5重量%の灰分(さらに好ましくは0.3重量%ま で)は認めることができる。
組成物は、微細な粒状物又は他の存用な形の乾燥した状態であるが、又は水和さ れた形のアガロースを電気泳動的に有効な量(例えば全ゲル重量に基づいて約0 .03−約10重量%のアガロース(乾燥))含む水性ゲルとして何れかのアガ ロースよりなる。
結合化の不存在及びEEOのパラメーターは、実施例に説明された改良された実 施時間をもたらすアガロースを予言するのに信頼できることが分かったので、種 々の精製法が、アガロースを得るのに適用できる。それ故、アニオン交換樹脂が 用いられ、樹脂による生成物の汚染を避けるために注意を払う。好適なイオン交 換樹脂法は、文献並びにZabinの米国特許第3423396号及びDuck worth及びYapheの米国特許第3753972号に記述されている。他 の方法は、1989年2月22日に公開されたR、B、Provencheeの ヨーロッパ特許出願第304024号に記載された低分子量ポリオールによる分 別、Gold−bergの米国特許第3862030号及びGoldberg及 びChenの米国特許第4689302号に記載された修飾シリカ支持体上の分 離、コントロールされた塩濃度の条件下のアルコールによる分別並びに方法の組 合わせを含む。前記の文献、特許及び特許出願は、ここに参考として引用される 。
コントロールされた塩/アルコール分別法において、原料アガロースは、蒸留水 にスラリイーとされ、伝導性の測定が、塩の含量が経済的に好適な低いレベル例 えばNaC1として約3mM以下に相当するレベルに低下したことを示すまで、 繰返し濾過及び再懸濁される。得られた懸濁物は、次に煮沸してアガロースを溶 解させ、約70−75℃に冷却し、低級(C。
−04)アルコール例えばイソプロピルアルコール(約40℃に加熱)により沈 殿させ、沈殿を洗い、乾燥しそして砕く(もし所望ならば)。アルコールの量及 び沈殿の他の条件(温度、pH,アガロース及びアルコールの混合方法)は、得 られるアガロースのイオン強度及び物理的性質をコントロールし、従って変化で きる。例えば、pH6,5以下では、アガロースは一般に細い塊として沈殿し、 pH7,5より高いと、それはひも状になり勝ちであり取扱いが難しくなる。従 って、約6−8のpHが沈殿段階では好ましく、さらに好ましくは約7.2であ る。その上、もしアガロースが、その逆よりむしろ、アガロースゾル(水性相) にアルコールを加えることにより沈殿するならば、さらに高い塩含量も許容でき る。しかし、一般に、水性相の塩含量は、NaC1として2.0mMを超えては ならない。好ましい塩の濃度は、同じ基礎で0. 003−0. 8mM、さら に好ましくは0.4mMを超えないことである。
生成アガロースは、アガロース媒体が従来通りに用いられる多くの電気泳動的又 は拡散法の任意のものに用いられ、そして周知のプロトコールに従って用いられ る。例えば、電気泳動に加えて、アガロースは、等電点泳動、クロマトグラフィ ー分離並びに分離、アッセイ、支持、変換(培養、クリーニング、クローニング など)又は生物学的材料の処理に関する他の方法に有用である。
発明を実施するための最良の形態 以下の実施例は、本発明をさらに説明する。
実施例1 Gelidium海草から誘導されたアガロース(3eakem(商標)LEア ガロース、FMCBioProducts)20gを、室温で蒸留水ll中で攪 拌した。15分後、スラリーの伝導度を測定し、50.0μモーであることが分 り、それは先に調製した標準曲線に基づいて0.427mM即ち約0.025g の塩化ナトリウムに相当する。アガロースは、グツフナ−漏斗上のワットマンN o、54ペーパーを通る濾過により液体から分離し、86.3gのウェットケー トを得た。これは、933.7mlの蒸留水に再懸濁し、前記のように攪拌した 。伝導度の平衡値は、34μモーであり、それは3μM即ち約0.18mg/l の塩化ナトリウム濃度に相当する。
アガロースをさらに濾過し、次に水に再懸濁して全重量を1000gとし、煮沸 により溶解し、2%溶液を形成した。それを74℃に冷却し、再方の液体を同時 に第三の容器に注いで均一な混合を最大にすることにより、42°Cに加熱した 共沸イソプロピルアルコール(IPA)(87,7重量%のIPA)21と混合 した。混合物を32℃に冷却し、そして得られた沈殿は、全混合物を120メツ シユのスクリーンを通して注ぐことにより白濁した上澄液から分離した。沈殿を スクイズ瓶からの60%IPAの流れによりスクリーン上で2回洗い、次にゴム スパチュラにより押し、55℃で通風オープン中で乾燥した。
乾燥した生成物を、実験室用破砕ミル(Wile)’ミル)中で20メツシユ( US)スクリーンを通して砕き、次に分析しそしてテストした。ピルベート分析 は、Duckworth及びYapheの方法(乳酸脱水素酵素)、Chem、 Ind、747−748 (1970)によった。ゲル強さは、1.0重量%の サンプルについて測定された。窒素は、キエルダール法によった。原料アガロー スとの比較の結果は、表1に示される。
収率、重量% 53.9 ゲル強さ、g/cm” 1406 1814灰分、重量% 0.62 0.18 サルフエート、重量% 0.14 0.07EEO(−mr) O,l 1 0 ..05窒素、重量% 0.01 0.01 ピルベート、重量% 0. 185 0. 072さらに、DNAが、以下の条 件下でpH7,8でトリスアセテート緩衝液中で1.0重量%の精製アガロース 中で電気泳動したとき、結合は観測されなかった。
DNAニラムダファージのHin dllI分解物、172ng。
緩衝液:40mM)リス(ヒドロキシメチル)アミノメタン20mM酢酸ナトリ ウム 2mMナトリウムEDTA 電気泳動:22℃で3時間4ボルト/cm勾配非結合のための標準:第6番バン ド 20分間1mg/Iでエチジウムプロミドにより染色しそして少なくとも5cm 移動したとき、(2,03kb DNA)が認められる。
実施例2 Pterocladtaアガーから単離されたアガロース20gを蒸留水11で スラリー化し、数滴の希水酸化ナトリウム溶液を加えてpHを7.2に上げた。
スラリーを加熱して煮沸し、次に54°Cに冷却し、それに54°Cで21の共 沸イソプロピルアルコールを加えた。得られた沈殿を実施例1におけるように処 理し、分析した。実施例1におけるように測定した結果は、表2に示される。精 製アガロースは、実施例1におけるようにテストしたとき、DNAに対して非結 合性であった。
収率、重量% 44.4 ゲル強さ、g/cm” +046 ’ +420灰分、重量% 0.64 0. 11 サルフエート、重量% 0.1!、 0.07EEO(−mr) O,I 0  0. 04窒素、重量% 0.01 0.0+ ピルベ一ト重量% 0. 008 0. 003実施例3 実施例2を、高い灰分を存するGelidiumアガロースを用いて繰返した。
表3が示すように、回収アガロースのEEOは、本発明のアガロースを規定する 性質を存しなかった。データは、実施例1におけるように得られた。(rNAJ は、アッセイされなかったことを意味する。)表 3 収率、重量% 37.9 ゲル強さ、g/cm’ +020 1500灰分、重量% 0.74 NA サルフェート、重量% 0.14 0.16EEO(−mr) O,+ 3 0 . 07窒素、重量% NA NA ピルベート、重量% 0.147 0.090実施例4 Gelidiumアガロース30gをプロピレングリコール10100O及び水 50m1の混合物に分散し、135℃に加熱することにより溶、解した。冷却し て、沈殿が形成し、それを集めイソプロピルアルコールにより洗った。分別した アガロースの性質は、実施例1におけるように測定して、表4に示される。精製 したアガロースは、実施例1におけるようにテストされたとき、DNAと結合し なかった。
ゲル強さ、g/cm” 1440 1680灰分、重量% 0. 37 0.  02サルフエート、重量% 0. 03 0. 03EEO(−mr) 0.1 0 0.04窒素、重量% 0. 01 0. 004ピルベート、重量% 0 .187 0.069実施例5 Grac i jar iaアガロースをGelidiumアガロースの代りに した以外は、実施例4をすべての本質的な点で繰返した。性質を表51;示す。
精製したアガロースは、実施例1におけるようにテストされたとき、DNAを結 合しなかった。
ゲル強さ、g/am2 1034 15+4灰分、重量% 0. 52 0.  20サルフエート、重量% 0.13 0.10EEO(−mr) 0.09  0.05窒素、重量% 0. 0+3 0. 007ピルベート、重量% 0.  01 0. 003実施例6 アガロースは、Bartering (C1inical Chemi−str y、15.1002−1005 (1969))の水酸化アルミニウム吸着法に よりGracilaria海草から製造し、実施例1におけるように分析した。
生成物は、以下の性質を有した。
表 6 ゲル強さ、g/cm” +340 サルフエート、重量% 0,12 EEOC−mr’) 0.05 窒素及びピルベートの分析は、行われなかった。窒素については、含窒素置換基 は導入されず、ピルベートについては、Gracilariaアガーはピルベー トを含まないからである。生成物の伝導度は、40μモーであることが分り、そ れは0.336mMの塩濃度(NaC]として)に相当する。
国際調査報告

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.精製したアガロースの急速電気泳動に有用な水性ゲルを形成できる乾燥固体 組成物において、0.2重量%より少ないが零より多いサルフェート含量、0− 0.1重量%のピルベート含量並びに0−0.02重量%の窒素含量を特徴とし 、該ゲルは1.0重量%の濃度で少なくとも1200g/cm2のゲル強さ、0 .07M以下のトリスアセテート緩衝液中のDNA結合化の実質的な不存在並び に1.0重量%濃度で0.05以下の電気浸透を特徴とする組成物。 2.アガロースが、Gelidium、Gracilaria又はPteroc ladiaアガー、又はその2種以上の混合物から誘導される請求項1の組成物 。 3.サルフェート含量が0.15重量%以下であり、窒素含量が0.001−0 .02重量%であり、そしてゲル強さが少なくとも1600g/cm2である請 求項1の組成物。 4.電気浸透が約0.04以下である請求項1の組成物。 5.DNA結合化の不存在が、0.07M以下の濃度のトリスアセテートにより 緩衝された1.0重量%のゲル中で4V/cmの電圧勾配並びに22℃で2.0 3kbDNAの移動度の遅れが実質的にないことを特徴とする請求項1の組成物 。 6.アガロースが、Gelidium、Gracilaria又はPteroc ladiaアガー、又はこれらの2種以上の混合物から誘導され、サルフェート 含量が0.15重量%以下であり、窒素含量が0.001−0.02重量%であ り、そしてゲル強さが少なくとも1600g/cm2である請求項1の組成物。 7.粒状の形である請求項1の組成物。 8.請求項1の組成物の水中のゲル化した溶液を特徴とする水性ゲル。 9.組成物が、ゲルの全重量に基づいて約0.1−5.0重量%の量で存在する 請求項8の水性ゲル。 10.請求項2の組成物の水中のゲル化した溶液を特徴とする水性ゲル。 11.請求項3の組成物の水中のゲル化した溶液を特徴とする水性ゲル。 12.請求項5の組成物の水中のゲル化した溶液を特徴とする水性ゲル。 13.請求項6の組成物の水中のゲル化した溶液を特徴とする水性ゲル。 14.請求項1の組成物を提供するためにアガロースを精製する方法において、 6.8−8.0のpHに緩衝されそして塩化物として2.0mM以下の塩を含む 水性媒体中にアガロース又はアルカリ修飾アガーを溶解し、さらに低級アルカノ ールとの接触によりアガロースを沈殿することを特徴とする方法。 15.低級アルカノールがイソプロパノールである請求項14の方法。 16.pHが7.2であり、塩含量が0.003−0.8mMの範囲にある請求 項14の方法。 17.低級アルカノールがイソプロパノールであり、pHが7.2であり、塩含 量が0.003−0.4mMの範囲にある請求項14の方法。 18.アルカノールが水性媒体に加えられる請求項14の方法。 19.請求項14の方法により製造される精製アガロース。 20.請求項15の方法により製造される精製アガロース。 21.請求項17の方法により製造される精製アガロース。 22.請求項18の方法により製造される精製アガロース。 23.分離媒体中で生物学的材料を電気泳動的に分離する方法において、請求項 8の水性ゲルを分離媒体として用いることを特徴とする方法。
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