RS58549B1

RS58549B1 - Kompozicije koje sadrže bakterijski soj blautia hydrogenotrophica za upotrebu u lečenju ili prevenciji dijareje ili konstipacije

Info

Publication number: RS58549B1
Application number: RS20190434A
Authority: RS
Inventors: Annick Bernalier-Donadille; Laureen Crouzet; Chloe Habouzit
Original assignee: 4D Pharma Plc
Priority date: 2016-07-13
Filing date: 2017-07-13
Publication date: 2019-05-31
Also published as: DK3313421T3; AU2017294652C1; AU2017294652B2; MD3313422T2; US10960031B2; MA42279A; MX2020009455A; CA3030600A1; CN109789170B; ME03424B; SG11201810571RA; ES2719837T3; RS58623B1; HRP20190659T1; MA42279B1; HUE043341T2; BR112018075833A2; IL276288A; JP6494859B2; CA3028903A1

Description

Opis

Oblast tehnike

[0001] Ovaj pronalazak je iz oblasti kompozicija koje sadrže bakterijski soj roda Blautia hydrogenotrophica koji ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95% identična sa SEQ ID NO:5, za upotrebu u postupku lečenja ili prevencije dijareje i/ili konstipacije.

STANJE TEHNIKE

[0002] Smatra se da je humano crevo sterilno in utero, ali ono je izloženo brojnim raznovrsnim majčinim i mikrobima iz spoljašnje sredine odmah nakon rođenja. Prema tome, dešava se dinamičan period mikrobijalne kolonizacije i sukcesije, na koji utiču faktori kao što su način isporuke, okruženje, ishrana i genotip domaćina, od kojih svi imaju uticaj na mikrobiom creva, posebno tokom ranog života. Zatim, mikrobiom se stabilizuje i postaje sličan kod odraslih [1]. Humani mikrobiom creva sadrži više od 1500 različitih filotipova pri čemu u obilju dominiraju nivoi dva velika razdela bakterija (phyla), Bacteroidetes i Firmicutes [2-3]. Uspešni simbiotski odnosi koji nastaju iz bakterijske kolonizacije humanog creva su doprineli raznim metaboličkim, strukturnim, zaštitnim i drugim korisnim funkcijama. Pojačane metaboličke aktivnosti kolonizovanog creva osiguravaju da komponente hrane koje se na drugi način ne mogu svariti budu degradirane sa oslobađanjem sporednih proizvoda koji obezbeđuju važan izvor nutrijenata za domaćina i dodatne zdravstene benefite. Slično, imunološki značaj mikrobioma creva je dobro prepoznat i predstavljen je primerima kod životinja koje se rađaju i gaje u sterilnom okruženju koje imaju narušen imunski sistem koji se funkcionalno rekonstituiše nakon uvođenja komensalnih bakterija [4-6].

[0003] Dokumentovane su dramatične promene u kompoziciji mikrobioma u gastrointestinalnim poremećajima kao što je zapaljenska bolest creva (IBD). Na primer, nivoi bakterija Clostridium cluster XIVa i Clostridium cluster XI (F. prausnitzii) su smanjeni kod IBD pacijenata dok su brojevi E. coli povećani, što ukazuje na primenu u ravnoteži imeđu simbionata i patobionata unutar creva [7-11].

[0004] U prepoznavanju potencijalnog pozitivnog efekta koji određeni bakterijski sojevi mogu da imaju na životinjsko crevo, različiti sojevi su predloženi za upotrebu u lečenju različitih bolesti (videti, na primer, [12-15]). Brojni sojevi, uključujući većinom Lactobacillus i Bifidobacterium sojeve, su predloženi za upotrebu u lečenju raznih poremećaja creva (videti [16] za pregled). Sojevi roda Blautia zsu takođe predloženi za upotrebu u modulisanju mikrobne ravnoteže digestivnog ekosistema kod IBS pacijenata (WO 01/85187). Međutim, odnos između različitih bakterisjkih sojeva i različitih bolesti, i tačni efekti određenih bakterisjkih sojeva na crevo i na sistemski nivo i na bilo koje određene tipove bolesti, nisu dobro karakterisani.

[0005] Postoji potreba da potencijalni efekti bakterija iz creva budu karakterisani tako da mogu da se razviju nove terapije koje koriste bakterije creva.

[0006] US 2010/0247489 opisuje upotrebu mineralnih nutrijenata da lečenje digestivnih poremećaja. US’789 opciono predlaže takođe upotrebu brojnih različitih rodova bakterija da se spreči širok spektar abdominalnih simptoma ali ne povezuje bilo koje bakterije sa bilo kojim bolestim ili simptomima.

[0007] WO 2016/086206 sugeriše da bakterije reda Clostridiales mogu da se koriste za lečenje ili prevenciju različitih stanja, ali ne povezuje bilo koje bakterije sa bilo kojm bolestima ili simptomima.

[0008] WO 2012/142605 predlaže da je moguće lečiti brojne različite bolesti sa kombinacijom mikroorganizama. WO’605 sugeriše veliki broj mogućih bakterisih vrsta koje mogu da se koriste, ali u WO’605 ne postoji učenje kako bilo koja od predložene bakterijske vrste može da se koristi za lečenje bilo kojih predloženih bolesti.

[0009] WO 02/07741 sugeriše na upotrebu različitih bakterija iz klase Clostridia za lečenje gastrointestinalnih poremećaja ali ne povezuje bilo koje bakterije sa bilo kojim poremećajima ili simptomima. WO 2016/086209 sugeriše upotrebu velikog broja mogućih bakterija u redu Clostridiales da se smanji sekrecija pro-inflamatornih citokina i/ili poveća sekrecija antiinflamatornih citokina, ali ne postoji učenje i o tome kako bilo koja od predloženih bakterijskih vrsta može da se koristi za lečenje bilo koje predložene bolesti.

SUŠTINA PRONALASKA

[0010] Pronalazači su razvili nove terapije za lečenje i prevenciju dijareje i/ili konstipacije. Posebno, pronalazači su identifikovali da bakterijski sojevi iz roda Blautia mogu da budu efikasni za smanjenje dijareje i/ili konstipacije. Kao što je opisano u primerima, oralna primena kompozicijia koje sadrže Blautia hydrogenotrophica može da smanji dijareju i/ili konstipaciju kod pacijenata koji imaju sindrom nervoznih creva (IBS). Prema tome, u prvom izvođenju, pronalazak obezbeđuje kompoziciju koja sadrži bakterijski soj roda Blautia hydrogenotrophica koji ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95% identična sa SEQ ID NO:5, za upotrebu u postupku lečenja ili prevencije dijareje i/ili konstipacije.

[0011] U poželjnim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje kompoziciju koja sadrži bakterijski soj roda Blautia hydrogenotrophica koji ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95% identična sa SEQ ID NO:5, za upotrebu u postupku lečenja ili prevencije dijareje i/ili konstipacije kod subjekta kome je dijagnostifikovana Kronova bolest, ulcerativni kolitis, ili, poželjnije, IBS. U nekim izvođenjima, subjekat kome je dijagnostifikovan IBS ima IBS i sa dijarejom i konstipacijom. U nekim izvođenjima, subjekat kome je dijagnostifikovan IBS ima IBS sa dijarejom ali bez konstipacije ili samo sa malom količinom konstipacije. U nekim izvođenjima, subjekat kome je dijagnostifikova IBS ima IBS sa konstipacijom ali bez dijareje ili samo sa malom količinom dijareje.

[0012] Bakterijski soj u kompoziciji je Blautia hydrogenotrophica, kao što je definisano u zahtevima. Srodniji sojevi mogu takođe da se koriste, kao što su bakterijski sojevi koji imaju 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5% ili 99.9% identična sa 16s rRNK sekvencom bakterijskog soja Blautia hydrogenotrophica. Poželjno, bakterijski soj ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5% ili 99.9% identična sa SEQ ID NO:5. Najpoželjnije, bakterijski soj u kompoziciji je Blautia hydrogenotrophica soj koji je deponovan pod pristupnim brojem DSM 10507/14294.

[0013] U određenim izvođenjima, kompozicija pronalaska je za oralno davanje. Oralno davanje sojeva iz pronalaska može da bude efikasno za lečenje dijareje i/ili konstipacije. Takođe, oralno davanje je pogodno za pacijente i ljude u praksi i omogućava isporuku i / ili parcijalnu ili ukupnu kolonizaciju creva.

[0014] U određenim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska obuhvata jedan ili više farmaceutski prihvatljivih ekscipijenasa ili nosača.

[0015] U određenim izvođenjima, kompozicija pronalaska sadrži bakterijski soj koji je bio liofilizovan. Liofilizacija je efikasan i pogodan postupak za pripremu stabilnih kompozicija koje omogućavaju isporuku bakterija, i u primerima je pokazano da obezbeđuju efikasne kompozicije.

[0016] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje hranljivi proizvod koji sadrži kompoziciju kao što se gore opisuje.

[0017] U poželjnim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje kompoziciju koja sadrži bakterijski soj roda Blautia hydrogenotrophica koji ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95% identična sa SEQ ID NO:5, za upotrebu u postupku lečenja ili prevencije bolesti koja je povezana sa Enterobacteriaceae infekcijom, kao što je E. coli infekcija. U određenim izvođenjima, kompozicije pronalaska su za upotrebu u lečenju ili prevenciji dijareje, gastroenteritisa, infekcije urinarnog trakta ili neonatalnog meningitisa.

[0018] U daljim poželjnim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u smanjenju nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu, poželjno nicoa E. coli, u lečenju ili prevenciji IBS, Kronove bolesti, ulcerativnog kolitisa, funkcionalne dispepsije, dijareje, gastroenteritisa, infekcije urinarnog trakta ili neonatalnog meningitisa.

[0019] U posebno poželjnim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u postupku lečenja ili prevencije dijareje koja je povezana sa Enterobacteriaceae infekcijom, kao što je E. coli infekcija, ili su za upotrebu u smanjenju nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu, poželjno nivoa E. coli, u lečenju ili prevenciji dijareje.

KRATAK OPIS NACRTA

[0020]

Slika 1: Promene u simptomima kod pacijenta tokom perioda doziranja (dani 1-16) Faze I kliničkog ispitivanja.

Slika 2: Promene u simptomima kod pacijenta tokom perioda ispiranja Faze I kliničkog ispitivanja.

Slika 3: Cmaxrezultati testa disanja vodonika za dan 1, dan 2, dan 15 i dan 16 za IBS pacijente koji su tretirani sa Blautix (Slika 3a) i IBS pacijenti koji su tretirani sa Placebom (Slika 3b).

Slika 3c je grafik koji poredi procenta pacijenata koji su tretirani sa Blautix sa smanjenjem u vodoniku između srednje vrednosti dana 15 i 16 i srednje vrednosti dana 1 i 2 sa procentom pacijenata koji su tretirani sa placebom sa smanjenjem u vodoniku između ovih vremenskih tačaka.

Slika 4a: Podaci spareni za vodonik neispravljen i vodonik ispravljeni test disanja za dan 1 i dan 15 za Blautix treirane IBS pacijente; Slika 4b: grafik koji poredi rezultate nekorigovanog testa disanja vodonika za dan 1 i dan 15 za grupu koja je primila Blautix tretman; Slika 4c: grafik koji poredi srednju vrednost ispravljenog testa disanja vodonika za dan 1 i dan 15 za grupu koja je primila Blautix tretman.

Slika 5a: Upareni podaci nekorigovanih rezultata vodonika i korigovanih rezultata vodonika u testu disanja za dan 1 i dan 15 za IBS pacijente koji su tretirani sa placebom; Slika 5b: grafik koji poredi srednju vrednost nekorigovanog rezulata vodonika u testu disanja za dan 1 i dan 15 za grupu koja je tretirana sa placebom; Slika 5c: grafik koji poredi srednju vrednost korigovanog rezulata vodonika u testu disanja za dan 1 i dan 15 za grupu koja je tretirana sa placebom.

Slika 6: Grafici koji porede srednje vrednosti rezultata u testu disanja vodonika od dana 1 i dana 15 za grupu koja j primila Bautix tretman (Verum) i za grupu koja je tretirana sa placebom (Slika 6a: nekorigovani vodonik; Slika 6b: korigovani vodonik).

OPIS PRONALASKA

Bakterijski sojevi

[0021] Kompozicije pronalaska sadrže bakterijski soj roda Blautia hydrogenotrophica koji ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95% identična sa SEQ ID NO:5. Primeri pokazuju da su bakterije roda Blautia korisne za lečenje ili prevenciju dijareje i/ili konstipacije.

[0022] Primeri sojeva Blautia uključuju Blautia hydrogenotrophica, B. stercoris, B. faecis, B. coccoides, B. glucerasea, B. hansenii, B. luti, B. producta, B. schinkii i B. wexlerae. Blautia vrste imaju pozitivno bojenje po Gramu, nisu pokretne bakterije koje mogu da budu ili sfernog ili ovalnog oblika i svi su obligatni anaerobi koji proizvode sirćetnu kiselinu kao glavni krajnji proizvod fermentacije glukoze [17]. Blautia može da bude izolovana iz humanog creva, iako je B. producta izolovana iz uzorka sepse.

[0023] Blautia hydrogenotrophica (prethodno poznato kao Ruminococcus hydrogenotrophicus) je izolovana iz creva sisara, je strogo anaerobna, i metabolizuje H2/CO2do acetata, koji može da bude važan za humanu ishranu i smrt. Tip soja Blautia hydrogenotrophica je S5a33 = DSM 10507 = JCM 14656. GenBank pritupni broj za 16S rRNK gensku sekvencu Blautia hydrogenotrophica soja S5a36 je X95624.1 (ovde prikazano kao SEQ ID NO:5). Ovaj primer Blautia hydrogenotrophica soja je opisan u [17] i [18]. Soj S5a33 i S5a36 soj odgovara sa dva podklona soja izolovanog iz fekalnog uzorka zdravog subjekta. Oni pokazuju identičnu morfologiju, fiziologiju i metabolizam i imaju identične 16S rRNK sekvence.

[0024] Prema tome, u nekim izvođenjima, Blautia hydrogenotrophica za upotrebu u pronalasku ima 16S rRNK sekvencu SEQ ID NO:5.

[0025] Blautia hydrogenotrophica bakterija deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507 I takođe pod pristupnim brojem DSM 14294 je ispitana u Primerima i takođe je ovde navedena kao soj BH. Soj BH je deponovan pod Deutsche Sammlung von Mikroorganismen [German Microorganism Collection] (Mascheroder Weg 1b, 38124 Braunschweig, Germany) 26 januara 1996 kao "Ruminococcus hydrogenotrophicus" pod pristupni brojem DSM 10507 i takođe pod pristupnim brojem DSM 14294 kao "S5a33" 14 maja 2001. Deponent je bio INRA Laboratoire de Microbiologie CR de Clermont-Ferrand/Theix 63122 Saint Genes Champanelle, France. Vlasništvo nad depozitima je prenosom prava preneto na 4D Pharma Plc.

[0026] Očekuje se da su bakterijski sojevi koji su srodno povezani sa sojem koji se ispituje u Primerima takođe efikasni za lečenje ili prevenciju dijareje i/ili konstipacije. U određenim izvođenjima, bakterijski soj za upotrebu u pronalasku ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5% ili 99.9% identična sa 16s rRNK sekvencom bakterijskog soja Blautia hydrogenotrophica. Poželjno, bakterijski soj za upotrebu u pronalasku ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5% ili 99.9% identična sa SEQ ID NO:5.

[0027] Takođe se očekuje da su bakterijski sojevi koji su biotipovi bakterije koja je deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507/14294 efikasni za lečenje ili prevenciju dijareje i/ili konstipacije. Biotip je srodan soj koji ima iste ili veoma slične fiziološke i biohemijske karakteristike.

[0028] Sojevi koji su biotipovi bakterije koja je deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507/14294 I koji su pogodni za upotrebu mogu da budu identifikovani sekvenciranjem drugih nukleotidnih sekvenci bakterije deponovane pod pristupnim brojem DSM 10507/14294. Na primer, u suštini ceo genom može da se sekvencira i biotip soja pronalaska za upotrebu u pronalasku može da bude najmanje 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5% ili 99.9% identičan u sekvenci preko najmanje 80% njegovog ukupnog genoma (npr. preko najmanje 85%, 90%, 95% ili 99%, ili preko njegovog ukupnog genoma). Na primer, u nekim izvođenjima, biotip soja je najmanje 98% identičan u sekvenci kroz najmanje 98% njegovog genoma ili najmanje 99% identiteta u sekvenci kroz 99% njegovog genoma. Druge pogodne sekvence za upotrebu u identifikovanju biotipova sojeva mogu da uključe hsp60 ili ponavljajuće sekvence kao što su BOX, ERIC, (GTG)5, ili REP ili [20]. Sojevi biotipa mogu da imaju sekvence sa najmanje 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5% ili 99.9% identiteta u sekvenci sa odgovarajućom sekvencom bakterije koja je deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507/14294, NCIMB 42381 ili NCIMB 42486. U nekim izvođenjima, biotip soja ima sekvencu koja je najmanje 97%, 98%, 99%, 99.5% ili 99.9% identična u sekvenci sa odgovarajućom sekvencom soja Blautia hydrogenotrophica koji je deponovan kao DSM 10507/14294 i sadrži 16S rRNK sekvencu koja je najmanje 99% identična (npr. najmanje 99.5% ili najmanje 99.9% identična) sa SEQ ID NO:5. U nekim izvođenjima, biotip soja ima sekvencu koja je najmanje 97%, 98%, 99%, 99.5% ili 99.9% idenična u sekvenci sa odgovarajućom sekvencom Blautia hydrogenotrophica soja koji je deponovan pod DSM 10507/14294 i ima 16S rRNK sekvencu SEQ ID NO:5.

[0029] Alternativno, sojevi koji su biotipovi bakterije deponovane pod pristupnim brojem DSM 10507/14294 i koji su pogodni za uporebu u pronalasku mogu se identifikuju pomoću pristupnog broja DSM 10507/14294 depozita, i analizom restrikcionog fragmenta i/ili PCR analizom, na primer upotrebom fluorescentno obeležnih polimorfizama dužine ampliciranih fragmenata (FAFLP) i (rep)-PCR otiska ponavljajućeg elementa DNK, ili profilisanje proteina, ili parcijalno sekveciranje 16S ili 23s rDNK. U poželjnim izvođenjima, takvi postupci mogu da se koriste za identifikovanje drugih Blautia hydrogenotrophica sojeva.

[0030] U određenim izvođenjima, sojevi koji su biotipovi bakterije koja je deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507/14294 i koji su pogodni za upotrebu u pronalasku su sojevi koji obzbeđuju isti obrazac kao bakterija deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507/14294 kada je analizirana pomoću restrikcione analize umnožene ribozomalne DNK (ARDRA), na primer upotrebom Sau3AI restrikcionog enzima (za primere postupaka i uputstva videti, na primer, [21]). Alternativno, biotipovi sojeva u identifikovani kao sojevi koji imaju iste obrasce fermentacije ugljenih hidrata kao bakterija deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507/14294.

[0031] Drugi Blautia sojevi koji u korisni u kompozicijama i postupcima pronalaska, kao što je definisano u zahtevima, kao što u biotipovi bakterije deponovane pod pristupnim brojem DSM 10507/14294, mogu da se identifikuju upotrebom bilo kog pogodnog postupka ili strategije, uključujući testove koji su opisani u primerima. Na primer, sojevi za upotrebu u pronalasku mogu da se identifikuju gajenjem bakterija u kulturi i davanjem pacovima za ispitivanje u testu distenzije. Posebno, u pronalasku mogu da budu korisni bakterijski sojevi koji imaju slične obrasce rasta, metabolički tip i/ili površinke antigene prema bakteriji deponovanoj pod pristupnim brojem DSM 10507/14294. Koristan soj će imati poredivu mikrobiomsku modulatonu aktivnost prema DSM 10507/14294 soju. Posebno, biotip soja će pokrenuti poredive efekte na dijareju i/ili konstipaciju prema efekima koji su prikazani u Primerima, koji mogu da budu identifikovani pomoću protokola za gajenje u kulturi i primene koja je opisana u Primerima.

[0032] Posebo poželjan soj pronalaska je Blautia hydrogenotrophica soj deponovan pod pristupnim brojem DSM 10507/14294. Ovo je primer BH soja koji je ispitan u primerima I pokauzano je da je efikasan za tretrianje bolesti. Prema tome, pronalazak obezbeđuje ćeliju, kao što je izolovana ćelija, Blautia hydrogenotrophica soja deponovanog pod pristupnim brojem DSM 10507/14294, ili njegovog derivata, za upotrebu u terapiji, posebno za bolesti koje se ovde opisuju.

[0033] Derivat soja deponovan pod pristupnim brojem DSM 10507/14294 može da bude ćerka soj (potomstvo) ili soj koji je se gaji u kulturi (podkloniran) od originala. Derivat soja pronalaska može da bude modifikovan, na primer na genetičkom nivou, bez ablacije biološke akivnosti.

[0034] Posebno, derivat soja iz pronalaska je terapeutski aktivan. Derivat soja će imati uporedivu mikrobiomsku modulatornu aktivnost prema originalnom DSM 10507/14294 soju. Posebno, derivat soja će pokrenuti poredive efekte na dijareju i/ili efekte konstipacije koji su prikazani u Primerima, koji mogu da se identifikuju pomoću protokola za gajenje u kulturi i primenu koji u opisani u Primerima. Derivat DSM 10507/14294 soja će generalno biti biotip DSM 10507/14294 soja.

[0035] Reference na ćelije Blautia hydrogenotrophica soja deponovane pod pristupnim brojem DSM 10507/14294 obuhvataju bilo koje ćelije koje imaju iste karaktersitike bezbedenosti i terapeutske efikasnosti kao sojevi koji su deponovani pod pristupnim brojem DSM 10507/14294, i takve ćelije su obuhvaćene pronalaskom.

[0036] U poželjim izvođenjima, bakterijski sojevi u kompozicijama pronalaska su vijabilni i mogu delom ili u celini da kolonizuju crevo.

Terapeutske upotrebe

[0037] U poželjnim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u lečenju dijareje i/ili konstipacije. U nekim izvođenjima kompozicija je za uporebu u lečenju pacijenta koji ima i dijareju i konstipaciju. U nekim izvođenjima kompozicija je za upotrebu u lečenju pacijenta koji ima dijareju bez konstipacije. U nekim izvođenjima kompozicija je za upotrebu u lečenju pacijenta koji ima konstipaciju bez dijareje. Pored toga što pacijenti često ispoljavaju ili dijareju ili konstipaciju, jedan pacijent može da ispolji oba stanja u različitim vremenima. Pacijenti koji imaju IBS i/ili zapaljenske bolesti creva često ispoljavaju dijareju i/ili konstipaciju. Prema tome, pronalazak obezbeđuje kompoziciju pronalaska za upotrebu u lečenju pacijenta kome je dijagnostifikovano ili za kog se razmatra da ima IBS ili zapaljensku bolest creva. Na primer, IBS pacijenti mogu da iskuse naizmenične cikluse dijareje i konstipacije ili IBS pacijent može da se karakteriše kao IBS pacijent sa dijarejom ili IBS pacijent sa konstipacijom. U nekim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska može da se koristi za lečenje pacijenta koji ima IBS, pacijenta koji ima IBS sa dijarejom ili pacijenta koji ima IBS sa konstipacijom. Na primer, u nekim izvođenjima, subjekat kome je dijagnostifikovan IBS ima IBS i sa dijarejom i sa konstipacijom. U nekim izvođenjima, subjekat kome je dijagnostigikovan IBS ima IBS sa dijarejom ali bez konstipacije ili sa samo malom količinom konstipacije. U nekim izvođenjima, subjekat kome je dijagnostifikovan IBS ima IBS sa konstipacijom ali bez dijareje ili samo sa malom količinom dijareje. U nekim izvođenjima, zapaljenska bolest je u tankom crevu, debelom crevu ili rektumu. Dijareja je simptom Kronove bolesti i ulcerativnog kolitisa. Prema tome, kompozicija iz pronalaska može da se koristi za tretiranje pacijenta koji ima Kronovu bolest ili ulcerativni kolitis.

[0038] Kao što je prikazano u Primerima, bakterijske kompozicije iz pronalaska mogu da budu efikasne a smanjenje dijareje i/ili konstipacije.

[0039] U poželjnim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u tretiranju ili prevenciji dijareje i/ili konstipacije koja je povezana sa Kronovom bolesti, ulcerativnog kolitisa ili, poželjnije, IBS. U poželjnim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u lečenju ili prevenciji dijareje i/ili konstipacije kod subjekta kome je dijagnostifikovana Kronova bolest, ulcerativni kolitis ili, poželjnije, IBS. U poželjnim izvođnjima kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u lečenju ili prevenciji dijareje i/ili konstipacije u lečenju Kronove bolesti, ulcerativnog kolitisa ili, poželjnije, IBS. U nekim izvođenjima, pacijent ima abdominalni bol i/ili krvarenje pored dijareje i/ili konstipacije. U takvim izvođenjima, pacijent može da ima bilo koju kombinaciju dva, tri sva četiri od ovih stanja. Na primer, pacijent može da ima dijareju, konstipaciju, abdominalni bol i krvarenje; dijareju, konstipaciju i abdominalni bol; dijareju, konstipaciju i krvarenje; dijareju, abdominalni bol i/ili krvarenje bez konstipacije; konstipaciju, abdominalni bol i/ili krvarenje bez dijareje.

[0040] U određenim izvođenjima, kompozicija može da bude u obliku bakterijske kulture. U nekim izvođenjima, kompozicija može poželjno da bude liofizilat.

[0041] U nekim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska je za upotrebu u lečenju dijareje i/ili kontipacije kod subjekta koji ima povećani nivo vodonika u njegovom dahu u poređenju sa dravim subjektom. U nekim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska je za upotrebu u smanjenju niova vodonika u dahu subjekta koji ima dijareju i/ili konstipaciju. Subjekt je poželjno subjekt kome je dijagnostifikovano da ima IBS i/ili zapaljensku bolest creva. U nekim izvođenjima, je u tankom crevu, debelom crevu ili rektumu. U nekim izvođenjima, subjektu je dijagnostifikovana Kronova bolest, ulcerativni kolitis ili, poželjnije, IBS, na primer jedan od tipova ovde opisanih IBS. Be želje za vezivanjem za teoriju, pretpostavlja se da povećani nivo vodonika nastaje iz mehanizama koji se nalaze u osnovi zapaljenja u crevu. Premri pokazuju da tretman sa kompozicijom iz pronalaska smanjuje nivo vodonika koji se detektuje u testovima disanja u kome se meri nivo vodonika. Prema tome, nivoi vodonika su poželjno procenjeni upotrebom testa disanja kojim se meri nivo vodonika. Test disanja u kome se meri nivo vodonika je dobro poznat u oblasti tehnike i stručnjak iz oblasti tehnike će znati kako da sprovede takav test. U nekim izvođenjima, pacijentu je data laktuloza kao supstrat za test.

[0042] Test disanja u kome se meri nivo vodonika je takođe korisno sredstvo za praćenje efikanosti ili moguće efikasnosti tretmana ili prevencije upotrebom kompozicije pronalaska. Na primer, smanjenje u nivou vodonika koji se uočava u dahu subjekta nakon tretmana ili prevencije kompozicijom iz pronalaska može da indikuje da tretman ima terapeutski ili preventivni efekat. Prema tome, u nekim izvođenjima postupci i upotrebe pronalaska dalje obuvataju praćenje nivoa vodonika u dahu subjekta tokom i/ili nakon tretmana ili prevencije sa kompozicijom iz pronalaska i prema tome ispitivanjem efikasnosti ili moguće efikasnosti tretmana ili prevencije.

[0043] Na primer, nivoi vodonika mogu da se prate na jednom ili više (npr.1, 2, 3, 4 ili više od 4) puta, na primer, uključujući bez tretmana, na početku tretmana, tokom tretmana, na kraju tretmana i/ili nakon tretmana, po potrebi. U nekim izvođenjima, nivo vodonika u dahu vodonika na kraju i/ili nakon perioda doziranja (tokom kojeg se kompoziija daje subjektu) se poredi sa niovoom na početku i/ili pre perioda doziranja i smanjenje u nivou indikuje efikasnost ili moguću efikanost za lečenje ili prevenciju. Na primer, u izvođenjima u kojim je priod doziranja 16 dana, može biti poželjno da se uzimaju merenja u danu 1 i danu 16, ili na primer u danu 1, danu 2, danu 15 i danu 16. U nekim izvođenjima, uzimaju se višestruka merenja i dobija se srednja vrednost tih merenja (na primer, srednja vrednost dana 1 i dana 2 i srednja vrednost dana15 i dana 16). U nekim izvođenjima, smanjenje najmanje 40 ppm u Cmax nivou vodonika ukazuje na to da je tretman ili prevencija efikasna ili verovatno moguća da bude efikasna. U nekim izvođenjima, nivo vodonika u dahu subjekta se meri samo jednom, na primer, na kraju ili nakon tretmana, i otkriće da je nivo na ili blizu pretodno određenog nivoa je indikativno da su tretman ili prevencija efikasni. Test disanja u kome se meri nivo vodonika je standardni test i tako unapred određeni nivoi su poznati u tehnici.

[0044] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u prevenciji dijareje i/ili konstipaciji koji subjekta koji prima ili je primio ili treba da primi (na primer, kasnije tokom istog dana, sledeeg dana, ili tokom 2, 3, 4, 5, 6, 7, 10, 14 ili 21 dana) antibiotski tretman ili koji pati od ili je imao bakterijski gatroenteritis. Antibiotski tretman i bakterijski gastroenteritis su povezani sa promenama u mikrobiomu creva koje mogu da prethode dijareji i/ili konstipaciji i koje mogu da budu sprečeni kompozicijama iz pronalaska. Kompozicije iz pronalaska mogu da se daju istovremeno, zasebno ili sekvencijalno sa antibiotskim tretmanom. Na primer, kompozicije iz pronalaska mogu da se daju istovremeno sa tretmanom antibioticima.

[0045] U poželjnim izvođenjima, tretman sa kompozicijama iz pronalaska ima za rezultat smanjenje u dijareji i/ili konstipaciji.

[0046] Tretman ili prevencija dijareje i/ili konstipacije može da se odnosi na, na primer, ublažavanje ozbiljnosti simptoma ili smanjenja u učestalosti egzacerbacija ili opsega pokretača koji predstavljaju problem za pacijenta.

[0047] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u lečenju ili prevenciji bolesti koja j povezana sa Enterobacteriaceae infekcijom, kao što je E. coli infekcija. U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u lečenju ili prevenciji dijareje, gastroenteritisa, infekcije urinarnog trakta ili neonatalnog meningitisa. U takvim izvođenjima Enterobacteriaceae mogu da budu patogeni soj.

[0048] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u lečenju ili prevenciji bolesti koja je povezana sa povećanim nivoima Enterobacteriaceae, kao što je E. coli. U određenim izvođenjima, kompozicije izpronalaska su za upotrebu u lečenju ili prevenciji dijareje, gastroenteritisa, infekcije urinarnog trakta ili neonatalnog meningitisa. U takvim izvođenjima, Enterobacteriaceae može da bude komensalni ili soj koji nije patogen.

[0049] U poželjnim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u smanjenju nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu, poželjno nivoa E. coli, u lečenju ili prevenciji bolesti koja je povezana sa povećanim nivoima Enterobacteriaceae, kao što je IBS, Kronova bolest, ulcerativni kolitis, funkcionalna dispepsija, dijareja, gastroenteritis, infekcija urinalrnog trakta ili neonatalni meningitis. Poznato je da su Enterobacteriaceae i posebno E. coli potencijalni okidači za, ili je poznato da pogoršavaju, Kronovu bolest i ulcerativni kolitis [22-24], tako da efekat prikazan u primerima za kompozicije iz pronalaska može da bude koristan ui lečenju ovih stanja.

[0050] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska u za upotrebu u lečenju ili prevenciji IBS, Kronove bolesti, ulcerativnog kolitisa, funkcionalne dispepsije, dijareje, gastroenteritisa, infekcije urinarnog trakta ili neonatalnog meningitisa smanjenjem nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu.

Načini davanja

[0051] Poželjno, kompozicije iz pronalaska su namenjene za davanje u gastrointestinalnom traktu da bi se omogućila isporuka i / ili parcijalna ili ukupna kolonizacija creva sa bakterijskim sojem iz pronalaska. Generalno, kompoziije iz pronalaska su za oralno davanje, ali mogu da se daju rektalno, intranazalno, ili preko bukalnih ili podjezičnih načina davanja.

[0052] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska mogu da se daju kao pena, kao sprej ili gel.

[0053] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska mogu da se daju kao supozitorija, kao što je rektalna supozitorija, na primer u obliku ulja teobroma (kako-puter), sintetička čvrsta mast (npr. “suppocire, witepsol”), glicero-želatin, polietilen glikol, ili kompozicija sapuna od glicerina.

[0054] U određenim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska se daje u gastrointestinalni trakt preko sonde kao što je, nazogastrična sonda, orogastrična sonda, gastrična sonda, jejunostomska sonda (J sonda), perkutana endoskopska gastrostomija (PEG), ili porta, kao što je porta zida grudnog koša koji obezbeđuje pritup stomaku, jejunumu i drugi pogodni pristupni ulazi.

[0055] Kompozicije iz pronalaska mogu da se daju jednom, ili mogu da se daju sekvencijalno kao deo režima lečenja. U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su namenjene za dnevno davanje. Primeri pokazuju da davanje obezbeđuje uspešnu kolonizaciju i kliničke benefite u lečenju dijareje i/ili konstipacije.

[0056] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska se daju redovno, kao što je dnevno, svaka dva dana, ili nedeljno, u produženom vremenkom periodu, kao što je najmanje jedna nedelja, dve nedelje, jedan mesec, dva meseca, šest meseci, ili jedna godina. Primeri pokazuju da BH davanje ne mora da dovede do trajne kolonizacije creva, tako da redovno davanje u produženim vremenskim periodima može da obezbedi veće terapeutske benefite.

[0057] U nekim izvođenjima kompozicije iz pronalaska se daju 7 dana, 14 dana, 16 dana, 21 dan ili 28 dana ili ne više od 7 dana, 14 dana, 16 dana, 21 dan ili 28 dana. Na primer, u nekim izvođenjima kompozicije pronalaska se daju 16 dana.

[0058] U određenim izvođenjima pronalaska, tretman prema pronalasku je povećan sa procenom pacijentovog mikrobioma creva. Tretman može da se ponovi ukoliko isporuka i / ili parcijalna ili ukupna kolonizacija sa sojem iz pronalaska nije postignuta tako da se ne uočava efikasnost, ili tretman može da se prekine ukoliko isporuka i / ili parcijalna ili ukupna kolonizacija je upešna i uočava se efikasnost.

[0059] U određenim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska može da se daje gravidnoj životinji, na primer sisaru kao što je čovek da bi se sprečila dijareja i/ili konstipacija koja se razvija kod njenog detata in utero i / ili nakon njegovog rođenja.

[0060] Kompozicije iz pronalaska mogu da se daju pacijentu kome je dijagnostifikovana dijareja i/ili konstipacija ili bolest ili stanje koje je povezano sa dijarejom i/ili konstipacijom, ili je identifikovano da se nalazi u riziku od dobijanja dijareje i/ili konstipacije. Kompozicije mogu takođe da se daju kao profilaktička mera da se spreči razvijanje dijareje i/ili konstipacije kod zdravog pacijenta.

[0061] Kompozicije iz pronalaska mogu da se daju pacijentu kome je identifikovano da ima abnormalni mikrobiom koji je prisutan u crevima. Na primer, pacijent može da ima smanjenu ili odsutnu kolonizaciju Blautia, i posebno Blautia hydrogenotrophica, Blautia stercoris ili Blautia wexlerae.

[0062] Kompozicije iz pronalaska mogu da se daju kao hranljivi proizvod, kao što je nutritivni suplement.

[0063] Generalno, kompozicije iz pronalaska su za lečenje ljudi, iako mogu da se koriste za lečenje životinja uključujući sisare sa jednim želudcem kao što su živina, svinje, mačke, psi, konji ili zečevi. Kompozicije iz pronalaska mogu da budu korisne za pojačanje rasta i performansi kod životinja. Ukoliko se daje životinjama, može da se koristi oralna gavaža.

[0064] U neki izvođenjima, subjekat kome se kompoziija daje je odrasli čovek. U nekim izvođenjima, subjekat kome se kompozicija da je dete čoveka.

Kompozicije

[0065] Generalno, kompozicija iz pronalaska sadrži bakterije kao što je definisano u zahtevima. U poželjnim izvođenjima iz pronalaska, kompozicija je formulisana u zamrznutoisušenom obliku. Na primer, kompozicija iz pronalaska može da sadrži granule ili želatinske kapsule, na primer čvrste želatinske kapsule, koji obuhvata bakterijski soj iz pronalaska kao što je definisano u zahtevima.

[0066] Poželjno, kompozicija iz pronalaska obuhvata liofilizovane bakterije. Liofilizacija bakterija je dobro uspostavljeni postupak i relevantne smernice su dostupne u, na primer, referencama [25-27]. Liofilizati kompozicija mogu da budu posebno efikasni. U poželjnim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska obuhvataju liofilizovane bakterije i za lečenje dijareje i/ili konstipacije koja je udružena sa IBS.

[0067] Alternativno, kompozicija iz pronalaska može da sadrži živu, aktivnu bakterijsku kulturu. Primeri pokazuju da su kulture bakterija iz pronalaska terapeutski efikasne.

[0068] U nekim izvođenjima, bakterijski soj u kompoziciji iz pronalaska nije bio inaktivisan, na primer, nije bio toplotom inaktivisan. U nekim izvođenjima, bakterijski soj u kompoziciji iz pronalaska nije bio ubijen, na primer, nije bio toplotom ubijen. U nekim izvođenjima, bakterijski soj u kompoziciji iz pronalaska nije bio atenuiran, na primer, nije bio toploom atenuiran. Na primer, u nekim izvođnjima, bakterijski soj u kompoziciji iz pronalaska nije bio ubijen, inaktivisan i/ili atenuiran. Na primer, u nekim izvođenjima, bakterijski soj u kompoziciji iz pronalaska je živ. Na primer, u nekim izvođenjima, bakterijski soj u kompoziciji iz pronalaska je vijabilan. Na primer, u nekim izvođenjima, bakterijski soj u kompoziciji iz pronalaska može parcijalno ili u celini da kolonizuje crevo. Na primer, u nekim izvođenjima, bakterijki soj u kompoziciji iz pronalaska je vijabilan i može parcijalno ili u celini da kolonizuje crevo.

[0069] U nekim izvođenjima, kompozicija obuhvata smešu živih bakterijskih sojeva i bakterijskih sojeva koji su ubijeni.

[0070] U poželjnim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska je inkapsulirana da omogući isporuku bakterijskog soja u crevo. Inkapsulacija štiti kompoziciju od degradacije sve do isporuke na ciljanu lokaciju kroz, na primer, pucanja sa hemijskim ili fizičkim stimulansom kao što je pritisak, enzimska aktivnost, ili fizička dezintegracija, koja može da bude pokrenuta sa promenama u pH vrednosti. Može da se koristi bilo koji pogodan postupak za inkapsulaciju. Primeri postupaka inkapsulacije uključuju zarobljavanje unutar porozne matrice, pričvršćivanje ili apsorpciju na površinama čvrstih nosača, samo-nakupljanje flokulacijom ili pomoću sredstava za unakrsno povezivanje, i mehaničko zadržavanje iza mikroporozne membrane ili mikrokapsule. Smernica za inkapsulaciju koje mogu da budu korisne za pripremu kompozicija iz pronalaska je dostupna u, na primer, referencama [28-29].

[0071] Kompozicija može da se daje oralno i može da bude u obliku tablete, kapsule ili praha. Inkapsulirani proizvodi su poželjni zbog toga što su Blautia anaerobi. Drugi sastojci (kao što je vitamin C, na primer), mogu da budu uključni kao sredstva za uklanjanje kiseonika i pobiotski supstrati da unaprede isporuku i / ili parcijalnu ili ukupnu kolonizaciju i in vivo preživljavanje. Alternativno, probiotska kompozicija iz pronalaska može da se daje oralno kao hranljivi ili nutritivni proizvod, kao što je mleko ili fermentisani mlečni proivod na bazi surutke, ili kao farmaceutski proizvod.

[0072] Kompozicija može da bude formulisana kao probiotik.

[0073] Kompozicija iz pronalaska uključuje terapeutski efikasnu količinu bakterijskog soja iz pronalaska. Terapeutski efikasna količina bakterijskog soja je dovoljna sa ispolji koristan efekat na pacijentu. Terapeutski efikasna količina bakterijskog soja može da bude dovoljna da dovede do isporuke u i / ili parcijalne ili ukupne kolonizacije pacijenovih creva.

[0074] Pogodna dnevna doza bakterija, na primer za odraslog čoveka, može da bude od oko 1 x 10<3>do oko 1 x 10<11>jedinica koje obrazuju kolonije (CFU); na primer, od oko 1 x 10<7>do oko 1 x 10<10>CFU; u drugom primeru od oko 1 x 10<6>do oko 1 x 10<10>CFU; u drugom primeru od oko 1 x 10<7>do oko 1 x 10<11>CFU; u drugom primeru od oko 1 x 10<8>do oko 1 x 10<10>CFU; u drugom primeru od oko 1 x 10<8>do oko 1 x 10<11>CFU.

[0075] U određenim izvođenjima, doza bakerija je najmanje 10<9>ćelija po danu, kao što je najmanje 10<10>, najmanje 10<11>, ili najmanje 10<12>ćelija po danu.

[0076] U određenim izvođenjima, kompozicija sadrži bakterijski soj u količini od oko 1 x 10<6>do oko 1 x 10<11>CFU/g, u odnosu na težinu kompozicije; na primer, od oko 1 x 10<8>do oko 1 x 10<10>CFU/g. Doza može da bude, na primer, 1 g, 3g, 5g, i 10g.

[0077] Obično, probiotik, kao što je kompozicija iz pronalaska, se po potrebi kombinuje sa najmanje jednim pogodnim prebiotskim jedinjenjem. Prebiotsko jedinjenje je obično nesvarljivi ugljeni hidrat kao što je oligo-ili polisaharid, ili šećerni alkohol, koji nije degradiran ili apsorbovan u gornjem digestivnom traktu. Poznati probiotici uključuju komercijalne proizvode kao što su inulin i transgalakto-oligosaharidi.

[0078] U određenim izvođenjima, probiotska kompozicija iu predmetnog pronalaska uključuje probiosko jedinjenje u količini od oko 1 do oko 30 mas% težine, u odnosu na ukupnu težinu kompozicije, (npr. od 5 do 20mas% težine). Ugljenihidrati mogu da se izaberu iz grupe koja se sastoji iz: frukto-oligosaharida (ili FOS), frukto-oligosaharida kratkog lanca, inulina, izomalt-oligosaharida, pektina, ksilo-oligosaharida (ili XOS), hitozan-oligosaharida (ili COS), beta-glukana, gume arabike modifikovane i otpornih skrobova, polidekstroze, D-tagatoze, akacija vlakana, rogača, ovsa, i citrusnih vlakana. U jednom aspektu, probiotici su fruktooligosaharidi kratkog lanca (radi jednostavnosti ovde ispod prikazani kao FOSs-c.c); pomenuti FOSs-c.c. nisu svarljivi uljenihidrati, uopšteno se dobijaju konverzijom šećera repe i uključujući molekul saharoze sa kojim su vezana tri šećera glukoze.

[0079] Kompozicije iz pronalaska mogu da sadrže farmaceutski prihvatljive ekscipijense ili nosače. Primeri takvih pogodnih ekscipijenasa mogu da se nađu u referenci [30]. Prihvatljivi nosači ili rastvarači za terapeutsku upotrebu su su dobro poznati u farmaceutskoj oblasti tehnike i opisani su, na primer, u referenci [31]. Primeri pogodnih nosača uključuju laktozu, skrob, glukozu, metil celulozu, magnezijum stearat, manitol, sorbitol i slično. Primeri pogodnih rastvarača uključuju etanol, glicerol i vodu. Izbor farmaceutskog nosača, ekscipijenta ili rastvarača može da se odbere u odnosu na namenjeni način davanja i standardnu farmaceutsku praksu. Farmaceutske kompozicije mogu da obihvataju, ili dodatno da imaju, nosač, ekscipijent ili rastvarač bilo kojeg pogodnog sredstv(a) za vezivanje, lubrikant(e), sredstv(a) za suspenziju, sredstv(a) za oblaganje, sredstv(a) za solubilizaciju. Primeri pogodnih sredstava za povezivanje uključuju skrob, želatin, prirodne šećere kao što je glukoza, anhidrovana laktoza, laktoza u slobodnom toku, beta-laktoza, kukuruzni zaslađivači, prirodne i sintetiček gume, kao što je akacija, tragakant ili natrijum alginat, karboksimetil celuloza i polietilen glikol. Primeri pogodnih lubrikanata uključuju natrijum oleat, natrijum stearat, magnezijum stearat, natrijum benzoat, natrijum acetat, natrijum hlorid i slično. Konzervansi, stabilizatori, boje i čak sredstva za davanje arome mogu da budu obezbeđena u farmaceutskoj kompoziciji. Primeri konzervanasa uključuju natrijum benzoat, sorbinsku kiselinu, cistein i estre p-hidroksibenzoeve kiseline, na primer, u nekin izvođenjima konzervans je odabran od natrijum benzoata, sorbinske kiseline i estara p-hidroksibenzoeve kiseline. Antioksidansi i sredstva za suspenziju mogu takođe da se koriste. Dalji primer pogodnog nosača je saharoza. Dalji primer konzervansa je cistein.

[0080] Kompozicije iz pronalaska mogu da budu formulisane kao hranljivi proizvod. Na primer, hranljivi proizvod može da obezbedi nutritivni benefit pored terapeutskog efekta u pronalasku, kao što je nutritivni suplement. Slično, hranljivi proizvod može da bude formulisan da se pojača ukus kompozicije iz pronalaska ili da se kompozicija napravi pristupačnijom za konzumiranje tako što će biti sličnija običnom prehrambenom proizvodu, pre nego farmaceutskoj kompoziciji. U određenim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska je formulisana kao proizvod koji je zasnovan na mleku. Termin "proizvod koji je zasnovan na mleku" označava bilo koji tečeni ili polu tvrdi mlečni ili-proizvod zasnovan na surutci koji ima promenljivi sadržaj masti. Proizvod koji ima mlečnu osnovu može da bude, npr., kravlje mleko, kozje mleko, ovčije mleko, obrano mleko, puno mleko, mleko rekombinovano iz mleka u prahu i surutka bez bilo kog obrađivanja, ili obrađeni proizvod, kao što je jogurt, curdled mleko, vurda, kiselo mleko, kiselo celo mleko, mlaćenica i drugi kiseli mlečni proizvodi. Druga važna grupa uključuje mlečne napitke, kao što su napici od surutke, fermentisana mleka, kondenzovana mleka, mleka za decu ili novorođenčad; mleka sa aromom, sladoled; hrana koja sadrži mleko kao što su slatkiši.

[0081] U nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska, kao što su definisana u zahtevima, obuhvataju jedan ili više bakterijskih sojeva roda Blautia i ne sadrže bakterije iz bilo kojeg drugog roda, ili koje sadrže samo de minimis ili biološki irelevantne količine bakterija iz drugog roda.

[0082] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska sadrže jedan bakterijski soj ili vrste i ne sadrži bilo koje druge bakterijske sojeve ili vrste. Takve kompozicije mogu da obuhvataju samo de minimis ili biološki irelevantne količine drugih bakterijskih sojeva ili vrsta. Takva kompozicija može da bude kultura koja je u suštini oslobođena od drugih vrsta organizama. U nekim izvođenjima, takve kompozicije mogu da budu liofilizat koji je u suštini oslobođen od drugih vrsta organizama.

[0083] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska, kako je definisano u zahtevima, obuhvataju jedan ili više bakterijskih sojeva roda Blautia, na primer, Blautia hydrogenotrophica, i ne sadrže bilo koji drugi rod bakterija, ili koji obuhvataju samo de minimis ili biološki irelevantne količine bakterija iz drugog roda. U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska obuhvataju Blautia hydrogenotrophica, kako je definisano u zahtevima, i ne obuhvataju bilo koje druge bakterijske vrste, ili sadrže samo de minimis ili biološki irelevantne količine bakterija iz drugih vrsta. U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska obuhvataju jedan soj Blautia hydrogenotrophica, kako je drfinisano u zahtevima, i ne sadrže bilo koje druge bakterijske sojeve ili vrste, ili koji sadrže samo de minimis ili biološki irelevanten količine bakterija iz drugog soja ili vrsta.

[0084] U nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska sadrže više od jednog bakterijskog soja ili vrste. Na primer, u nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska sadrže više od jednog soja iz okvira iste vrste (npr. više od 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40 ili 45 sojeva), i, opciono, ne sadrže bakterije iz bilo kojih drugih vrsta. U nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska sadrže manje od 50 sojeva iz okvira istih vrsta (npr. manje od 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 12, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4 ili 3 sojeva), i, opciono, ne sadrže bakterije iz bilo kojih drugih vrsta. U nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska sadrže 1-40, 1-30, 1-20, 1-19, 1-18, 1-15, 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2, 2-50, 2-40, 2-30, 2-20, 2-15, 2-10, 2-5, 6-30, 6-15, 16-25, ili 31-50 sojeva iz okvira istih vrsta i, opciono, ne sadrže bakterije iz bilo kojih drugih vrsta. U nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska sadrže više od jedne vrste iz istog roda (npr. više od 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 15, 17, 20, 23, 25, 30, 35 ili 40 vrsta), i, opciono, ne sadrže bakterije iz drugog roda. U nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska sadrže manje od 50 vrsta iz okvira istog roda (npr. manje od 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 12, 10, 8, 7, 6, 5, 4 ili 3 vrsta), i, opciono, ne sadrže bakterije iz bilo kog drugog roda. U nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska sadrže 1-50, 1-40, 1-30, 1-20, 1-15, 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2, 2-50, 2-40, 2-30, 2-20, 2-15, 2-10, 2-5, 6-30, 6-15, 16-25, ili 31-50 vrsta iz okvira istog roda i, opciono, ne sadrže bakterije iz bilo kog drugog roda. Pronalazak sadrži bilo koju kombinaciju gore navedenog.

[0085] U nekim izvođenjima, kompozicija sadrži mikrobijalni konzorcijum. Na primer, u nekim izvođenjima, kompozicija sadrži Blautia bakterijski soj, kao što je definisano u zahtevima, kao deo mikrobnog konzorcijuma. Na primer, u nekim izvođenjima, Blautia bakterijski soj se nalazi kombinovano sa jednim ili više (npr. najmanje 2, 3, 4, 5, 10, 15 ili 20) drugih bakterijskih sojeva iz drugog roda sa kojim može da živi simbiotski in vivo u crevu. Na primer, u nekim izvođenjima, kompozicija obuhvata bakterijski soj Blautia hydrogenotrophica kombinovano sa bakterijskim sojem iz drugog roda. U nekim izvođenjima, mikrobni konzorcijum obuhvata dva ili više bakterijska soja koja su dobijena iz uzorka fecesa od jednog organizma, npr. čoveka.

U nekim izvođenjima, mikrobni konzorcijum na može da se nađe zajedno u prirodi. Na primer, u nekim izvođenjima, mikrobni konzorcijum obuhvata bakterijske sojeve koji su dobijeni iz uzraka fecesa iz najmanje dva različita organizma. U nekim izvođenjima, dva različita organizma sui z istih vrsta, npr. dva različita čoveka. U nekim izvođenjima, dva različita organizma su dete čoveka i odraslog čoveka. U nekim izvođenjima, dva različita organizma su čovek i sisar koji nije čovek.

[0086] U nekim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska dodatno obuhvata bakterijski soj koji ima istu bezbednost i karakteristike terapeutske efikasnosti kao Blautia hydrogenotrophica soj koji je deponovan pod pristupnim brojem DSM 10507/14294, ali koji nije Blautia hydrogenotrophica soj koji je deponovan pod pristupnim brojem DSM 10507/14294, ili koji nije Blautia hydrogenotrophica ili koji nije Blautia.

[0087] U nekim izvođenjima u kojima kompozicija iz pronalaska obuhvata više od jednog bakterijskog soja, vrsta ili roda, zasebni bakterijski sojevi, vrste ili rodovi mogu da budu za odvojenu, istovremenu ili sekvencijalnu primenu. Na primer, kompozicija može da obuhvata sve od više od jednog bakterijskog soja, vrsta ili roda, ili bakterijski sojevi, vrste ili rodovi mogu odvojeno da budu skladišteni i mogu da se daju zasebno, istovremeno ili sekvencijalno. U nekim izvođenjima, više od jednog bakterijskog soja, vrsta ili roda su zasebno skladišteni ali se pomešaju zajedno pre upotrebe.

[0088] U nekim izvođenjima, bakterijski soj za upotrebu u pronalasku je dobijen iz fecesa odraslog čoveka. U nekim izvođenjima u kojima kompozicija iz pronalaska obuhvata više od jednog bakterijskog soja, svi od bakterijskih sojeva su dobijeni od fecesa odraslog čoveka ili ukoliko su prisutni drugi bakterijski sojevi oni se nalaze samo u de minimis količinama. Bakterije mogu da se gaje u kulturi posle dobijanja iz fecesa odraslog čoveka i korišćenja u kompoziciji iz pronalaska.

[0089] U nekim izvođenjima, jedan ili više Blautia bakterijskih sojava je/su jedino terapeutski aktivno sredstvo(a) u kompoziciji iz pronalaska kako je definisanou zahtevima. U nekim izvođenjima, bakterijski soj(evi) u kompoziciji je/su jedino terapeutski aktivno sredstvo(a) u kompoziciji iz pronalaska.

[0090] Kompozicije za upotrebu prema pronalasku mogu ili ne moraju da zahtevaju odobrenje tržišta.

[0091] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu je pomenuti bakterijski soj liofilizovan. U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu je pomenuti bakterijski soj isušen raspršivanjem. U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu je bakterijski soj liofilizovan ili isušen raspršivanjem i gde je živ. U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu je bakterijski soj liofilizovan ili je isušen raspršivanjem i gde je vijabilan. U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu je bakterijski soj liofilizovan ili isušen raspršivanjem i pri čemu je sposoban za parcijalno ili ukupno kolonizovanje creva. U određeniim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu je bakterijski soj liofilizovan ili isušen raspršivanjem i gde je vijabilan i sposoban za parcijalno ili ukupno kolonizovanje creva.

[0092] U nekim slučajevima, liofilizovani ili bakterijski soj koji je isušen raspršivanjem je rekonstituisan pre davanja. U nekim slučajevima, rekonstitucija se vrši upotrebom rastvarača koji je ovde opisan.

[0093] Kompozicije iz pronalaska mogu da sadrže farmaceutski prihvatljive ekscipijense, rastvarače ili nosače.

[0094] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje farmaceutsku kompoziciju koja obuhvata: bakterijski soj iz pronalaska; i farmaceutski prihvatljivi ekscipijens, nosač ili rastvarač; pri čemu je bakteriski soj u količini koja je dovoljna za lečenje poremećaja kada se daje subjektu kome je to potrebno; i pri čemu je poremećaj dijareja i/ili konstipacija, kao što je dijareja i/ili konstipacija koja je povezana sa Kronovom bolesti, ulcerativnim kolitisom ili, poželjnije, IBS.

[0095] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu je količina bakterijskog soja od oko 1310<3>do oko 1310<11>jedinica koje obrazuju kolonije po gramu u odnosu na težinu kompozicije.

[0096] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu se kompozicija daje u dozi od 1 g, 3 g, 5 g ili 10 g.

[0097] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu se kompozicija daje postupkom koji je odabran iz grupe koja obuhvata oralno, rektalno, subkutano, nazalno, bukalno, i podjezično.

[0098] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, koja obuhvata nosač koji je izabran iz grupe koja se sastoji od laktoze, skroba, glukoze, metil celuloze, magnezijum stearata, manitola i sorbitola.

[0099] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, koja obuhvata rastvarač koji je izabran iz grupe koja se sastoji iz etanola, glicerola i vode.

[0100] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, koja obuhvata ekscipijens koji je izabran iz grupe koja se sastoji iz skroba, želatina, glukoze, anhidrovane laktoze, laktoze u slobodnom toku, beta-laktoze, kukuruznog zaslađivača, akacije, tragakanta, natrijum alginata, karboksimetil celuloze, polietilen glikola, natrijum oleata, natrijum stearata, magnezijum stearata, natrijum benzoata, natrijum acetata i natrijum hlorida.

[0101] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, koja dalej obuhvata najmanje jedan od konzervansa, antioksidansa i stabilizatora.

[0102] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, koja obuhvata konzervans koji je izabran iz grupe koja se sastoji natrijum benzoata, sorbinske kiseline i estara p-hidroksibenzoinske kiseline.

[0103] U određenim izvođenjima, obezbeđena je farmaceutska kompozicija iz pronalaska, gde kompozicija ne obuhvata bilo koje minerale, ili specifičnije, ne obuhvata bilo koje metale sa atomskim brojem većim od 33, na primer, gde kompozicija ne obuhvata bilo koje minerale iz grupe koja se sastoji iz selenijuma, molibdena, volframa, jedinjenja selenijuma, jedinjenja molibdena i jedinjenja volframa.

[0104] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, gde pomenuti bakterijski soj je liofilizovan.

[0105] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu kada kompozicija je skladištena u zatvorenom kontejneru na oko 4°C ili oko 25°C i kontejner je postavljen u atmosferi koja ima 50% relativnu vlažnost, najmanje 80% bakterijskog soja kao što je mereno u jedinicama koje obrazuju kolonije, ostaje nakon perioda od najmanje oko: 1 meseca, 3 meseca, 6 meseci, 1 godinu, 1,5 godine, 2 godine, 2,5 godine ili 3 godine.

[0106] U nekim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska je obezbeđena u zatvorenom kontejneru koji obuhvata kompoziciju kako je ovde opisano. U nekim izvođenjima, zatvoreni kontejner je kesica ili boca. U nekim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska je obezbeđena u špricu koji obuhvata kompoziciju kako je ovde opisano.

[0107] Kompozicija iz predmetnog pronalaska može, u nekim izvođenjima, da bude obezbeđena kao farmaceutska formulacija. Na primer, kompozicija može da bude obezbeđena kao tableta u kapsula. U nekim izvođenjima, kapsula je želatinska kapsula ("gelkap").

[0108] U nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska se daju oralno. Oralno davanje može da uključi gutanje, tako da jedinjenje ulazi u gastrointestinalni trakt, i/ili bukalno, lingvalno, ili podjezično davanje pomoću kojeg jedinjenje ulazi u krvotok direktno iz usta.

[0109] Farmaceutske formulacije pogodne za oralno davanje uključuju čvrste čepove, čvrste mikročestice, polu-čvrste i tečne (uključujući višefazne ili dispergovane sisteme) kao što su tablete; meke ili tvrde kapsule koje sadrže multi ili nano čestice, tečnosti (npr. rastvora u vodi), emulzija ili praškova; lozenge (uključujući punjene tečnostima); žvakaće; gelovi; brzo disperzivni dozni oblici; filmovi; ovule; sprejovi; i bukalni/mukaodhezivni flasteri.

[0110] U nekim izvođenjima farmaceutska formulacija je enterična formulacija, tj. a gastrorezistentna formulacija (na primer, otporna na pH u želucu) koja je pogodna za isporuku kompozicije iz pronalaska u crevo pomoću oralnog davanja. Enterične formulacije mogu posebno da budu korisne kada je bakterija ili druga komponenta kompozicije je osetljiva na kiselinu, npr. podložna degradaciji pod uslovima u želucu.

[0111] U nekim izvođenjima, enterična formulacija obuhvata enterično oblaganje. U nekim izvođenjima, formulacija enterično obloženi dozni oblici. Na primer, formulacija može da bude enterično-obložena tableta ili enteričnoobložena kapsula, ili slično. Enterično oblaganje može da bude konvencijalno enterično oblaganje, na primer, konvencionalno oblaganje za tabletu, kapsulu, ili slično za oralnu isporuku. Formulacija može da obrazuje film oblaganje, na primer, na primer tanak sloj filma enteričnog polimera, npr. polimer koji je nerastvorljiv u kiselinama.

[0112] U nekim izvođenjima, enterična formulacija je intrinzično enterična, na primer, gastrorezistentna bez potrebe za enteričnim oblaganjem. Prema tome, u nekim izvođenjima, formulacija je enterična formulacija koja ne sadrži enterično oblaganje. U nekim izvođenjima, formulacija je kapsula koja je napravljena od matrijala za termoželiranje. U nekim izvođenjima, materijal za termoželiranje je celulozni materijal, kao što je metilceluloza, hidroksimetilceluloza ili hidroksipropilmetilceluloza (HPMC). U nekim izvođenjima, kapsula obuhvata školjku koja ne sadrži polimer koji obrazuje film. U nekim izvođenjima, kapsula obuhvata školjku i školjka se sastoji iz hidroksipropilmetilceluloze i ne sadrži bilo koji film koji obrazuje polimer (npr. videti [32]). U nekim izvođenjima, formulacija je intrizično enterična kapsula (na primer, Vcaps® od Capsugel).

[0113] U nekim izvođenjima, formulacija je meka kapsula. Meke kapsule su kapsule koje mogu, zahvaljujući dodacima omekšivača, kao što su, na primer, glicerol, sorbitol, maltitol i polietilen glikoli, koji se nalaze u kapsuli školjke, da imaju određenu elastičnost i mekoću. Meke capsule mogu da se proizvedu, na primer, na osnovi želatina ili skroba. Meke kapsule na osnovi želatina su komercijalno dostupne od različitih dobavljača. U zavisnosti od postupka davanja, kao što je, na primer, oralno ili rektalno, meke capsule mogu da budu različitog oblika, one mogu da budu, na primer, okrugle, ovalne, duguljastog ili torpedo-oblikovane. Meke kapsule mogu da budu proizvedene konvencionalnim postupcima, kao što su, na primer, pomoću Šererovog postupka, Akogelovog postupka ili postupkom kapanja ili uduvavanja.

Postupci za gajenje kultura

[0114] Bakterijski sojevi za upotrebu u predmetnom pronalasku mogu da se gaje u kulturi korišćenjem standardnih mikrobioloških postupaka kao što je detaljno navedeno u, na primer, referencama [33-35].

[0115] Čvrsti ili tečni medijum koji je korišćen za kulturu može na primer da bude YCFA agar ili YCFA medijum. YCFA medijum može da uključi (po 100ml, približne vrednosti): Casitone (1.0 g), ekstrakt kvasca (0.25 g), NaHCO3(0.4 g), cistein (0.1 g), K2HPO4(0.045 g), KH2PO4(0.045 g), NaCl (0.09 g), (NH4)2SO4(0.09 g), MgSO4· 7H2O (0.009 g), CaCl2(0.009 g), resazurin (0.1 mg), hemin (1 mg), biotin (1 µg), kobalamin (1 µg), p-aminobenzoevu kiselinu (3 µg), folnu kiselinu (5 µg), i piridoksamin (15 µg).

Opšte

[0116] Praksa iz predmetnog pronalaska će koristiti, osim ukoliko nije drugačije naznačeno, konvencionalne postupke iz hemije, biohemije, molekularne biologije, imunologije i farmakologije, u okviru struke iz oblasti tehnike. Takvi postupci su u potpunosti objašnjeni u literaturi. Videti, npr., reference [36-43], itd.

[0117] Termin "koji sadrži" obuhvata "uključujući" kao i "koji se sastoji" npr. kompozicija "obuhvata" X može da se sastoji isključivo od X ili može da uključuje nešto dodatno npr. X Y.

[0118] Termin "oko" u odnosu na numeričku vrednost x je opcioni i označava, na primer, x±10%.

[0119] Reč "u suštini" ne isključuje "u potpunosti" npr. kompozicija koja je "u suštini slobodna" od Y može da bude u potpunosti slobodna od Y. Gde je potrebno, reč "u suštini" može da bude izostavljena iz definicije pronalaska.

[0120] Reference na procenat identičnosti sekvence između dve nukleotidne sekvence označava da, kada se poravnaju, procenat nukleotida je isti u poređenju dve sekvence. Ovo poravnanje i procenat homologije ili identičnosti sekvence može da se odredi upotrebom softverskih programa koji su poznati u oblasti tehnike, na primer oni koji su opisani u odeljku 7.7.18 ref. [44]. Poželjno poravnanje je određeno pomoću Smit-Watermanovog algoritma za pretragu homologije upotrebom “affine gap search” sa “gap open penalty” od 12 i “gap extension penalty” od 2, BLOSUM matrice od 62. Smit-Watermanov algoritam za pretragu homologije je prikazan u ref. [45].

[0121] Osim ukoliko nije specifično navedeno, proces ili postupak koji obuhvata brojne korake može da sadrži dodatne korake na početku ili kraju koraka, ili može da sadrži dodatne korake intervencije. Takođe, koraci mogu da se kombinuju, izostave ili da se izvedu u alternativnom redu, ukoliko je potrebno.

[0122] Ovde su opisana različita izvođenja pronalaska. Jasno je da karakteristike koje su specifikovane u svakom izvođenju mogu da se kombinuju sa drugim specifikovanim karakteristikama, da bi se obezbedila dalja izvođenja. Posebno, izvođenja koja su ovde naznačena kao pogodna, tipična ili poželjna mogu da se kombinuju sa drugim (osim kada su međusobno isključena).

NAČINI ZA IZVOĐENJE PRONALASKA

Primer 1 -Promene u simptomima kod pacijenta tokom Faze I kliničkog ispitivanja

[0123] Sprovedena je Faza I kliničkog ispitivanja gde je Blautia hydrogenotrophica ("Blautix", soj deponovan pod pristupnim brojem DSM 10507 i takođe pod pristupnim brojem DSM 14294) i daje se humanim pacijentima koji imaju sindrom nervoznih creva (IBS). Pacijentima se daje Blautix tokom perioda doziranja (dani 1-16) sa periodom ispiranja koji je bio tokom dana 19-23. Pronađeno je da je Blautix i bezbedan i da se dobro podnosi. Praćena su četiri simptoma, od kojih su dva bili dijareja i konstipacija. Istraživanje je zabeležilo da li su pacijenti imali poboljšanje, bez promene u ili pogoršanja u svakom od ovih simptoma. Rezultati od pacijenata koji su dobijali Blautix su poređeni sa onima koji su dobijeni upotrebom pacijenata koji su dobijali placebo. Simptomi su praćeni u tri vremenske tačke: dan 1, dan 15/16 i na kraju ispitivanja. Rezultati su prikazani na Slikama 1 i 2.

[0124] Kada su prijavljeni rezultati pacijenta u danu 16 su poređeni sa osnovom u danu 1, 82% od 17 IBS pacijenata koji primaju Blautix prijavljuju poboljšanje u simptomima (Slika 1). Poboljšanje u simptomima, dva od kojih su dijareja i konstipacija, podržavaju upotrebu Blautix za lečenje ili prevenciju dijareje i/ili konstipacije.

[0125] 50% pacijenata koji primaju placebo lažni tretman prijavljuju poboljšanje u simptomima (Slika 1). Visoke stope odgovora na lažni stepen su uspostavljeni fenomen kod IBS kliničkih ispitivanja. Xifaxan je nedavno odobren za lečenje IBS na osnovu mnogo manjih poboljšanja u odnosu na lažni tretman (videti: http://www.accessdata.fda.gov/spl/data/5ab6fceb-4d22-4480-81fc-8bc28c16770d/5ab6fceb-4d22-4480-81fc-8bc28c16770d.xml).

[0126] Pogoršanje simptoma po završetku ispitivanja (dan 19-23) u poređenju sa simptomima koji su prisutni po završetku doziranja (dan 16) je očekivano na osnovu ovde prikazanog učenja. Ovo pogoršanje u simptomima je uočeno u Fazi I kliničkog ispitivanja: 41% IBS pacijenata su prijavili pogoršanje u simptomima nakon prestanka doziranja sa Blautix (Slika 2). Pogoršanje u simptomima, od kojih su dva dijareja i konstipacija, nakon prestanka Blautix doziranja prema tome takođe podržava upotrebu Blautix u lečenju ili prevenciji dijareje i/ili konstipacije.

Primer 2 –Rezultati testa disanja kojim se meri količina vodonika

[0127] Nivoi vodonika u testu disanja predstavljaju biomarker Blautix aktivnosti–MoA uključuje metabolizam endogenog H2da bi se proizveo acetat. Humanim subjektima se daje laktuloza u četiri vremenske tačke se uzorkuju nivoi vodonika (H2) (Cmax): danu 1, danu 2, danu 15 i danu 16. Nekorigovani rezultati vodonika u konvertovani u korigovane rezultate vodonika.

[0128] Neki pacijenti su isključeni iz analize. Postoji tri razloga zbog čega subjekat nije uključen u analizu za ispitivanje količine vodonika u testu disanja: 1) Oni su proizveli CMAX vrednost rezultata testa disanja kojim se meri količina vodonika koja iznosi <20 u jednom od četiri dana uzorkovanja prema tome se smatralo da nisu odgovorili na test; 2) Oni su proizvodili metan (uzima se kao proizvodnja više metana u odnosu na vodonik u testu disanja), ovo utiče na odgovor vodonika; i/ili 3) postojala je aberantna vrednost koja je dobijena u testu disanja kojim se meri količina vodonika (232 ppm). Subjekti 3.12 (Blautix), 3.24 (Blautix), 4.07 (Blautix) su isključeni kao ne-responderi. Subjekti 3.03 (Blautix) i 3.08 (Placebo) su isključeni kao proizođač metana (4.07, pomenuti kao isključen gore u tekstu, takođe je bio proizvođač metana). Subjekat 4.09 (Placebo) je isključen zbog aberantne vrednosti.

[0129] Rezultati ispravljene analize vodonika iz kraja perioda doziranja (dan 15/16) su poređeni sa rezultatima iz osnovnog nivoa (dan 1/2).10 od 12 pacijenata (83%) koji su primali Blautix su tokom ovog perioda imali smanjenje količine vodonika (Slika 3a i 3c). Suprotno, 3 od 6 (50%) pacijenata koji su primili lažni tretman (placebo) su imali smanjene nivoe vodonika (Slika 3b i 3c). Ovi procenti su slični sa procentima pacijenata koji ispoljavaju poboljšanje u simptomima nakon tretmanima sa Blautix ili davanja placeba.

[0130] Slika 4 prikazuje nekorigovane i korigovane rezultate vodonika za Blautix (Verum) grupu koja je primila tretman zajedno sa statističkom analizom rezultata. Pronađeno je da se srednje vrednosti za oba nekorigovani i korigovani H2razlikuju između dana 1 i dana 15. Posle 13.5 dana tretmana, statistički značajno (p < 0.05) smanjenje H2u Cmax testu disanja je uočeno posle stimulacije laktulozom. Suprotno, za placebo grupu, pronađeno je da je srednja vrednost ekvivalentna za dan 1 i dan 15 (p > 0.05) (Slika 5). Prema tome, srednja vrednost za grupu koja je primila tretman (takođe, koja je ovde nazvana VERUM grupa), se smanjuje između dana 1 i dana 15 dok je srednja vrednost za placebo grupu ekvivalentna između dana 1 i dana 15 za oba, nekorigovane rezultate vodonika i korigovane rezultate vodonika (Slika 6).

Primer 3 – Ispitivanje stabilnosti

[0131] Kompozicija koja je ovde opisana koja obuhvata najmanje jedan bakterijski soj koji je ovde opisan je skladištena u zatvorenom kontejneru na 25°C ili 4°C i kontejner je postavljen u atmosferu koja ima 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 90% ili 95% relativne vlažnosti. Posle 1 meseca, 2 meseca, 3 meseca, 6 meseci, 1 godine, 1.5 godine, 2 godine, 2.5 godine ili 3 godine, najmanje 50%, 60%, 70%, 80% ili 90% bakterijskog soja će ostati kao što je izmereno u jedinicama koje obrazuju kolonije određeno standarnim protokolima.

Sekvence

[0132]

SEQ ID NO:1 (Blautia stercoris soj GAM6-116S ribozomalni RNK gen, parcijalna sekvenca -

HM626177)

SEQ ID NO:2 (Blautia wexlerae soj WAL 1450716S ribozomalni RNK gen, parcijalna sekvenca -EF036467) SEQ ID NO:3 (konsenzusna 16S rRNK sekvenca za Blautia stercoris soj 830)

SEQ ID NO:3 (konsenzusna 16S rRNK sekvenca za Blautia stercoris soj 830)

SEQ ID NO:4 (konsenzusna 16S rRNK sekvenca za Blautia wexlerae soj MRX008)

SEQ ID NO:5 (Blautia hydrogenotrophica soj S5a3616S ribozomalni RNK gen, parcijalna sekvenca - X95624.1)

REFERENCE

[0133]

Claims

Patentni zahtevi

1. Kompozicija koja obuhvata bakterijski soj iz roda Blautia hydrogenotrophica koji ima sekvencu 16s rRNK koja je najmanje 95% identična sa SEQ ID NO:5, za upotrebu u postupku lečenja ili prevencije dijareje i/ili konstipacije.

2. Kompozicija za upotrebu prema zahtevu 1, pri čemu je dijareja i/ili konstipacija povezana sa IBS i/ili zapaljenskom bolesti creva.

3. Kompozicija za upotrebu prema zahtevu 2, gde je zapaljenska bolest tankog creva, debelog creva ili rektuma.

4. Kompozicija za upotrebu prema bilo kom prethodnom zahtevu, pri čemu dijareja i/ili konstipacija je povezana sa IBS, Kronovom bolesti ili ulcerativnim kolitisom.

5. Kompozicija za upotrebu prema bilo kom od zahteva 1 do 3, pri čemu je kompozicija za upotrebu

(a) u lečenju ili prevenciji dijareje i/ili konstipacije kod subjekta kome je dijagnoziran IBS, Kronova bolest ili ulcerativni kolitis; i/ili

(b) u postupku lečenja dijareje pri čemu subjekat ima dijareju bez konstipacije; i/ili

(c) u postupku lečenja konstipacije pri čemu subjekat ima konstipaciju bez dijareje

6. Kompozicija za upotrebu prema bilo kom prethodnom zahtevu, gde subjekat dodatno ima abdominalni bol i/ili krvarenje i/ili gde subjekat ima povećan nivo vodonika u njegovom dahu u odnosu na zdravi subjekat.

7. Kompozicija za upotrebu prema bilo kom prethodnom zahtevu, pri čemu upotreba dalje obuhvata smanjenje nivoa vodonika u dahu subjekta.

8. Kompozicija za upotrebu prema bilo kom prethodnom zahtevu, pri čemu upotreba dalje obuhvata praćenje nivoa vodonika u dahu subjekta tokom i/ili posle tretmana ili prevencije i time se procenjuje verovatna efikasnost lečenja ili prevencije.

9. Kompozicija koja obuhvata bakterijski soj iz roda Blautia hydrogenotrophica koji ima sekvencu 16s rRNK koja je najmanje 95% identična sa SEQ ID NO:5, za upotrebu u postupku smanjenja Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu u tretmanu ili prevenciji dijareje.

10. Kompozicija za upotrebu prema zahtevu 1 pri čemu je dijareja povezana sa infekcijom Enterobacteriaceae.

11. Kompozicija za upotrebu prema zahtevu 12 ili 13, pri čemu Enterobacteriaceae je E. coli.

12. Kompozicija za upotrebu prema bilo kom prethodnom zahtevu, pri čemu bakterijski soj ima sekvencu 16s rRNK koja je najmanje 97%, 98%, 99%, 99.5% or 99.9% identična sa SEQID NO:5 ili koja ima sekvencu 16s rRNK prema SEQ ID NO:5.

13. Kompozicija za upotrebu prema zahtevu 1, za upotrebu u postupku lečenja ili prevencije dijareje i/ili konstipacije kod subjekta kome je dijagnozirana IBS.

14. Kompozicija za upotrebu prema bilo kom prethodnom zahtevu, pri čemu

(a) kompozicija je za oralno davanje; i/ili

(b) kompozicija obuhvata jedan ili više farmaceutski prihvatljivih ekscipijenata ili nosača; i/ili (c) bakterijski soj je liofilizovan; i/ili

(d) bakterijski soj je vijabilan; i/ili

(e) kompozicija obuhvata jedan soj iz roda Blautia; i/ili

(f) kompozicija obuhvata Blautia bakterijki soj kao deo mikrobnog konzorcijuma.

15. Prehrambeni proizvod koji obuhvata kompoziciju prema bilo kom pretodnom zahtevu, za upotrebu bilo kog prethodnog zahteva.