RS58623B1

RS58623B1 - Kompozicije koje sadrže bakterijski soj blautia hydrogenotrophica za upotrebu u lečenju bakterijskih infekcija gastrointestinalnog trakta

Info

Publication number: RS58623B1
Application number: RS20190488A
Authority: RS
Inventors: Laureen Crouzet; Chloe Habouzit; Annick Bernalier-Donadille
Original assignee: 4D Pharma Plc
Priority date: 2016-07-13
Filing date: 2017-07-13
Publication date: 2019-05-31
Also published as: CN109789170A; MX394160B; SMT201900270T1; MA42279B1; MD3313421T2; SG10201913578QA; CY1121766T1; PE20190207A1; MX375041B; US20180207207A1; AU2019204812A1; CA3028903C; US20180200307A1; IL276288A; TWI802545B; CA3028903A1; HRP20190659T1; ME03424B; TW201821093A; US20210330716A1

Description

Opis

OBLAST TEHNIKE

[0001] Ovaj pronalazak je iz oblasti kompozicija koje sadrže bakterijske sojeve izolovane iz sisarskog digestivnog trakta i upotrebe takvih kompozicija u lečenju bolesti, kao što je definisano u patentnim zahtevima.

STANJE TEHNIKE PRONALASKA

[0002] Smatra se da je humano crevo sterilno in utero, ali ono je izloženo raznim majčinim i mikrobima iz spoljašnje sredine odmah posle rođenja. Prema tome, dešava se dinamičan period mikrobne kolonizacije i sukcesije, na koji utiču faktori kao što je način isporuke, okruženje, ishrana i genotip domaćina, od kojiih svi utiču na kompoziciju mikrobioma u crevima, posebno rano tokom života. Nakon toga, mikrobiom se stabilizuje i postaje sličan kao kod odraslog čoveka [i]. Mikrobiom humanog creva sadrži više od 1500 različitih filotipova pri čemu u nivoima zastupljenosti dominiraju dva velika bakterijska razdela (phyla), Bacteroidetes i Firmicutes [ii-iii]. Uspešne simbiotske veze koje nastaju iz bakterijske kolonizacije humanog creva su doprinele širokim metaboličkim, strukturalnim, zaštitnim i drugim korisnim funkcijma. Unapređene metaboličke aktivnosti kolonizovanog creva osiguravaju degradiranje hranljivih komponenti koje se na drugi način ne mogu svariti, pri čemu se oslobađaju sporedni proizvodi koji obezbeđuju važan izvor nutrijenata za domaćina i dodatne zdravstvene benefite. Slično, imunološki značaj mikrobioma u crevima je dobro prepoznat u predstavljen je primerima kod životinja koje su gajene u sterilnom okruženju koje imaju narušen imunski sistem koji se funkcionalno rekonstituiše nakon uvođenja komensalnih bakterija [iv-vi].

[0003] Dramatične promene u kompoziciji mikrobioma su dokumentovane kod gastrointestinalnih poremećaja kao što je zapaljenska bolest creva (IBD). Na primer, nivoi Clostridium cluster XIVa i Clostridium cluster XI (F. prausnitzii) bakterija su smanjeni kod IBD pacijenata dok su brojevi E. coli povećani, što sugeriše promenu u ravnoteži simbionata i patobionata unutar creva [vii-xi].

[0004] U prepoznavanju potencijalnog pozitivnog efekta koji određeni bakterijski sojevi mogu da imaju na životinjsko crevo, predloženi su različiti sojevi za upotrebu u lečenju različitih bolesti (videti, na primer, [xii-xv]). Brojni sojevi, uključujući uglavnom Lactobacillus i Bifidobacterium sojeve, su predloženi za upotrebu u lečenju raznih crevnih poremećaja (videti [xvi] za pregled). Sojevi roda Blautia su takođe predloženi za upotrebu u modulaciji mikrobne razvnoteže digestivnog ekosistema kod IBS pacijenata (WO 01/85187). Međutim, veza između različitih bakterijskih sojeva i različitih bolesti, kao i precizni efekti određenih bakterijskih sojeva na crevo i na sistemski nivo i na bilo koje posebne tipove bolesti, su slabo karakterisani.

[0005] Postoji potreba da potencijalni efekti bakterija iz creva budu karakterisani tako da mogu da se razviju nove terapije koje koriste bakterije iz creva.

[0006] US 2010/0247489 opisuje upotrebu mineralnih nutrijenata za lečenje digestivnih poremećaja. US’789 predlaže takođe po potrebi takođe upotrebu brojnih različitih rodova bakterija, uključujući Enterobacteriaceae, da bi se sprečilo i smanjilo obrazovanje gasova u debelom crevu, tako da ovaj dokument ukazuje da povećanje Enterobacteriaceae spp. u gastrointestinalnom traktu može da se koristi za lečenje određenih bolesti. US’789 ne razmatra bilo koje postupke za smanjenje Enterobacteriaceae spp.

[0007] WO 2016/086206 ukazuje da bakterije reda Clostridiales, uključujući Enterbacteriaceace spp., mogu da se koriste za lečenje ili prevenciju disbioze. Ne postoji sugestija u WO’206 da smanjenje nivoa Enterobacteriaceace spp. u gastrointestinalnom traktu može da se koristi za lečenje bolesti, niti bilo koja sugestija u odnosu na to kako može da se postigne smanjenje nivoa Enterbacteriaceace spp.

[0008] WO 2012/142605 predlaže da je moguće da se veliki broj različitih bolesti tretira sa kombinacijom mikroorganizama. WO’605 ukazuje da veliki broj mogućih bakterijskih vrsta koje mogu da se koriste, ali ne postoji učenje u WO’605 kako bilo koja od predloženih bakterijskih vrsta može da se koristi za lečenje bilo kojih predloženih bolesti.

SUŠTINA PRONALASKA

[0009] Pronalazači su razvili nove terapije za lečenje i prevenciju bolesti koje su povezane sa Enterobacteriaceae, posebno E. coli. Posebno, pronalazači su identifikovali da bakterijski sojevi iz roda Blautia mogu da budu efikasni za smanjenje nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu. Kao što je opisano u primerima, oralno davanje kompozicija koje obuhvataju Blautia hydrogenotrophica može da smanji nivo Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu, uključujući E. coli, i može da leči ili da spreči bolesti koje su povezane sa Enterobacteriaceae ili E. coli. Prema tome, u prvom izvođenju, pronalazak obezbeđuje kompoziciju koja obuhvata bakterijski soj iz roda Blautia hydrogenotrophica koji ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95% identična sa SEQ ID NO:5, za upotrebu u postupku smanjenja nivoa patogenih Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu.

[0010] U poželjnim izvođenjima svih aspekata pronalaska, Enterobacteriaceae je E. coli. Bakterijski soj je Blautia hydrogenotrophica kako je definisano u zahtevima i poželjno je bakterija koja je deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507/14294.

[0011] U poželjnim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje kompoziciju koja obuhvata bakterijski soj iz roda Blautia, za upotrebu u postupku lečenja ili prevencije bolesti koja je povezana sa infekcijom Enterobacteriaceae, kao što je E. coli infekcija, kako je definisano prema patentnim zahtevima. U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u lečenju ili prevenciji dijareje, gastroenteritisa, infekcije urinarnog trakta ili neonatalnog meningitisa. U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u lečenju ili prevenciji Enterobacteriaceae infekcije, kao što je infekcija sa E. coli.

[0012] U drugim poželjnim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska, kao što je definisano u patentnim zahtevima, su za upotrebu u smanjenju nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu, poželjno nivoa E. coli, u lečenju ili prevenciji IBS, Kronove bolesti, ulcerativnog kolitisa, funkcionalne dispepsije, dijareje, gastroenteritisa, infekcije urinarnog trakta ili neonatalnog meningitisa.

[0013] Pronalazači su razvili nove terapije za lečenje i prevenciju dijareje. Posebno, pronalazači su identifikovali da bakterijski sojevi iz roda Blautia mogu da budu efikasni za smanjenje dijareje. Kao što je opisano u primerima, oralno davanje kompozicija koje obuhvataju Blautia hydrogenotrophica mogu da smanje dijareju kod pacijenata koji imaju sindrom nervoznih creva (IBS).

[0014] Bakterijski soj u kompoziciji je Blautia hydrogenotrophica. Blisko povezani sojevi mogu takođe da se koriste, kao što su bakterijski sojevi koji imaju 16s rRNK koja je najmanje 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5% ili 99.9% identična sa 16s rRNK sekvencom iz bakterijskog soja Blautia hydrogenotrophica. Poželjno bakterijski soj ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5% ili 99.9% identična sa SEQ ID NO:5. Najpoželjnije, bakterijski soj u kompoziciji je Blautia hydrogenotrophica soj koji je deponovan pod pristupnim brojem DSM 10507/14294.

[0015] U određenim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska je za oralno davanje. Oralno davanje sojeva iz pronalaska može da bude efiksano za smanjenje nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu. Takođe, oralno davanje je pogodno za pacijente i ljude koji ih primenjuju u praksi i omogućava isporuku u i / ili parcijalnu ili ukupnu kolonizaciju creva.

[0016] U određenim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska obuhvata jedan ili više farmaceutski prihvatljivih ekscipijenata ili nosača.

[0017] U određenim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska obuhvata bakterijski soj koji je bio liofilizovan. Liofilizacija je efikasan i pogodan postupak za pripremu stabilnih kompozicija koje omogućavaju isporuku bakterija, i pokazano je da obezbeđuju efikasne kompozicije u primerima.

[0018] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje hranljivi proizvod koji obuhvata kompoziciju kao što je opisano u tekstu iznad.

[0019] Prikaz obezbeđuje kompoziciju vakcine koja obuhvata kompoziciju kao što se gore opisuje.

[0020] Dodatno, pronalazak obezbeđuje postupak za smanjenje nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu i prema tome lečenje ili prevenciju bolesti koje su povezane sa Enterobacteriaceae, koje obuhvataju davanje kompozicije koja obuhvata bakterijski soj iz roda Blautia, kao što je definisano prema patentnim zahtevima.

KRATAK OPIS SLIKA

[0021]

Slika 1: Merenje BH populacije pomoću qPCR, povećanje u BH u danima 14 i 28 za IBS HMI pacove koji primaju BH liofizilat.

Slika 2: Studija doziranja kod HIM pacova -RT-PCR kvantifikovanje B. hydrogenotrophica u uzorcima fecesa zdravih HIM pacova koji primaju različitu koncentraciju bakterijskih vrsta.

Slika 3: Vreme prolaska sadržaja B. hydrogenotrophica posle oralnog davanja (10<9>/danu) zdravim HIM pacovima.

Slika 4: Poređenje B. hydrogenotrophica nivoa koji su pronađeni u fekalnim i cekalnim uzorcima zdravih HIM pacova (kvantifikacija sa RTPCR) nakon 14 dana davanja -B. hydrogenotrophica koji je ordiniran u koncentraciji 10<10>/dan/pacovu.

Slika 5: Efekat davanja B. hydrogenotrophica na kompoziciju mikrobioma fecesa zdravog čoveka mikrobioma pridruženog pacovima. Davanje 10<10>B. hydrogenotrophica / danu tokom 14 dana (rezultati iz fecesa mikrobioma 2 zdrava čoveka (20 HIM pacovi)-qPCR analiza).

Slika 6: Uticaj davanja B. hydrogenotrophica na mikrobne populacije kod IBS-HIM pacova.

Slika 7a: Promena u nivoima mikrobima Blautia hydrogenotrophica kod pacijenta tokom i nakon Blautix tretmana.

Slika 7b: Promena u nivoima mikrobioma Enterobacteria kod pacijenta tokom i nakon Blautix tretmana.

Slika 8: Rezultati Cmax testa disanja kojim se meri nivo vodonika u danu 1, danu 2, danu 15 i danu 16 za IBS pacijente koji su tretirani sa Blautix (Slika 8a) i IBS pacijente koji su tretirani sa placebom (Slika 8b). Slika 8c je grafik koji poredi procenat pacijenata tretiranih sa Blautix sa smanjenjem u vodoniku između srednje vrednosti dana 15 i 16 i srednje vrednosti dana 1 i 2 do procenta pacijenata koji su tretirani sa placebom sa smanjenjem u vodoniku između ovih vremenskih tačaka.

Slika 9a: Upareni podaci nekorigovanog vodonika i korigovanog vodonika u testu disanja u danu 1 i danu 15 za Blautix tretirane IBS pacijete; Slika 9b: grafik kojim se poredi srednja vrednost rezultata nekorigovanog vodonika iz testa disanja za dan 1 i dan 15 za grupu koja prima Blautix tretman; Slika 9c: grafik kojim se poredi srednja vrednost rezultata korigovanog vodonika iz testa disanja za dan 1 i dan 15 za grupu koja prima Blautix tretman.

Slika 10a: Upareni podaci nekorigovanog vodonika i korigovanog vodonika u testu disanja u danu 1 i danu 15 za placebo tretirane IBS pacijente; Slika 10b: grafik kojim se poredi srednja vrednost rezultata nekorigovanog vodonika iz testa disanja za dan 1 i dan 15 za placebo grupu; Slika 10c: grafik kojim se poredi srednja vrednost rezultata korigovanog vodonika iz testa disanja za dan 1 i dan 15 za placebo grupu.

Slika 11: Grafici koji porede srednje vrednsoti rezultata testa disanja kojim se meri količina vodonika u dahu od dana 1 i dana 15 za grupu koja prima Bautix tretman (Verum) I placebo grupu (Slika 11a: nekorigovani vodonik; Slika 11b: korigovani vodonik).

Slika 12: qPCR evaluacija B. hydrogenotrophica populacije u uzrocima fecesa IBS-HMA pacova koji su tretirani ili nisu tretirani sa kompozicijom koja obuhvata B. hydrogenotrophica (BlautiX) tokom 28 dana.

Slika 13: Određivanje broja bakterija u uzorcima fecesa IBS HMA-pacova nakon ordiniranja B. hydrogenotrophica (BlautiX) u odnosu na kontrolni rastvor.

Slika 14: Promene u simptomima kod pacijenta tokom perioda doziranja (dani 1-16) Faze I kliničkog ispitivanja.

Slika 15: Promene u simptomima kod pacijenta tokom perioda ispiranja Faze I kliničkog ispitivanja.

PRIKAZ PRONALASKA

Bakterijski sojevi

[0022] Kompozicije iz pronalaska obuhvataju bakterijski soj iz roda Blautia hydrogenotrophica koji ima 16s rRNK koja je najmanje 95% identična sa SEQ ID NO:5. Primeri pokazuju da su bakterije ovih vrsta korisne za smanjenje nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu, posebno E. coli. Bakterijski sojevi su vrste Blautia hydrogenotrophica. Najpoželjnija je bakterija koja je deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507/14294.

[0023] Blautia vrste su pozitivne na reakciju po Gramu, ne-pokretljive bakterije koje mogu da budu ili oblika koka ili kružnog oblika i svi su obligatni anaerobi koji proizvode sirćetnu kiselinu kao glavni krajnji proizvod fermentacije glukoze [xvii]. Blautia mogu da se izoluju iz humanog creva, iako je B. producta izolovana iz septičkog uzorka.

[0024] Blautia hydrogenotrophica (prethodno poznata pod imenom Ruminococcus hydrogenotrophicus) koja je izolovana iz creva sisara, je strogo anaerobna, i metabolizuje H2/CO2do acetata, koji može da bude važan za ishranu i zdravlje čoveka. Top soja Blautia hydrogenotrophica je S5a33 = DSM 10507 = JCM 14656. The GenBank pristupni broj za 16S rRNK gensku sekvencu Blautia hydrogenotrophica soja S5a36 je X95624.1 (ovde prikazan kao SEQ ID NO:5). Ovaj primer Blautia hydrogenotrophica soja je opisan u [xvii] i [xviii]. Soj S5a33 i soj S5a36 odgovaraju dva podklona soja koji je izolovan iz uzorka fecesa zdravog subjekta. Oni pokazuju identičnu morfologiju, fiziologiju i metabolizam i imaju identične 16S rRNK sekvence. Prema tome, u nekim izvođenjima, Blautia hydrogenotrophica za upotrebu u pronalsku ima 16S rRNK sekvencu od SEQ ID NO:5.

[0025] Bakterija Blautia hydrogenotrophica koja je deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507 i takođe pod pristupnim brojem DSM 14294 se ispituje u primerima i ovde se takođe odnosi na soj BH. Soj BH je deponovan u Deutsche Sammlung von Mikroorganismen [German Microorganism Collection] (Mascheroder Weg 1b, 38124 Braunschweig, Germany) 26 januara 1996 pod imenom "Ruminococcus hydrogenotrophicus" pod pristupnim brojem DSM 10507 i takođe pod pristupnim brojem DSM 14294 kao "S5a33" 14 maja 2001. Depozitor je bio INRA Laboratoire de Microbiologie CR de Clermont-Ferrand/Theix 63122 Saint Genes Champanelle, France. Vlasništvo depozita je prenosom prava preneto na 4D Pharma Plc.

[0026] Očekuje se da bakterijski sojevi koji su blisko povezani sa sojem koji se ispituje u primerima budu efikasni za smanjenje nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu, posebno E. coli. U određenim izvođenjima, bakterijski soj za upotrebu u pronalasku ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5% ili 99.9% identična sa 16s rRNK sekvencom bakterijskog soja Blautia hydrogenotrophica. Poželjno, bakterijski soj za upotrebu u pronalasku ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5% ili 99.9% identična sa SEQ ID NO:5.

[0027] Takođe se očekuje da bakterijski sojevi koji su biotipovi bakterije deponovane pod pristupnim brojem DSM 10507/14294 budu efikasni za smanjenje nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu, posebno E. coli. Biotip je blisko srodan soj koji ima iste ili veoma slične fiziološke i biohemijske karakteristike.

[0028] Sojevi koji su biotipovi bakterije deponovane pod pristupnim brojem DSM 10507/14294 i koje su pogodne za upotrebu u pronalasku mogu da se identifikuju sekvenciranjem drugih nukleotidnih sekvenci za bakteriju deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507/14294. Na primer, u suštini ceo genom može da bude sekvenciran i biotip soja za upotrebu u pronalasku može da ima najmanje 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5% ili 99.9% identičnosti u sekvenci kroz najmanje 80% njegovog celog genoma (npr. kroz najmanje 85%, 90%, 95% ili 99%, ili kroz njegov celi genom). Na primer, u nekim izvođenjima, biotip soja je najmanje 98% identičan u sekvenci kroz najmanje 98% njegovog genoma ili je najmanje 99% identičan u sekvenci kroz 99% njegovog genoma. Druge pogodne sekvence za upotrebu u identifikovanju biotipa sojeva mogu da uključe hsp60 ili ponavljajuće sekvence kao što su BOX, ERIC, (GTG)5, ili REP ili [xx]. Biotip sojeva može da ima sekvence koje su najmanje 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5% ili 99.9% identične u sekvenci sa odgovarajućom sekvencom bakterije koja je deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507/14294. U nekim izvođenjima, biotip soja ima sekvencu koja je najmanje 97%, 98%, 99%, 99.5% ili 99.9% identična u sekvenci sa odgovarajućom sekvencom Blautia hydrogenotrophica soja koji je deponovan kao DSM 10507/14294 i sadrži 16S rRNK sekvencu koja je najmanje 99% identična (npr. najmanje 99.5% ili najmanje 99.9% identična) sa SEQ ID NO:5. U nekim izvođenjima, biotip soja ima sekvencu koja je najmanje 97%, 98%, 99%, 99.5% ili 99.9% identična u sekvenci sa odgovarajućom sekvencom Blautia hydrogenotrophica soja deponovanog pod DSM 10507/14294 i koji ima 16S rRNK sekvencu SEQ ID NO:5.

[0029] Alternativno, sojevi koji su biotipovi bakterije deponovane pod pristupnim brojem DSM 10507/14294 i koji su pogodni za upotrebu u pronalasku mogu da se identifikuju upotrebom pristupnog broja DSM 10507/14294 depozita i analizom restrikcionog fragmenta i/ili PCR analizom, na primer korišćenjem fluorescentno obeležnih polimorfizama dužine ampliciranih fragmenata (FAFLP) i (rep)-PCR otiska ponavljajućeg elementa DNK, ili profilisanje proteina, ili parcijalno sekvenciranje 16S ili 23s rDNK. U poželjnim izvođenjima, takvi postupci mogu da se koriste za identifikovanje drugih Blautia hydrogenotrophica sojeva.

[0030] U određenim izvođenjima, sojevi koji su biotipovi bakterije deponovane pod pristupnim brojem DSM 10507/14294 i koji su pogodni za upotrebu u pronalasku su sojevi koji obezbeđuju isti obrazac kao bakterija koja je deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507/14294 kada je analizirana pomoću restrikcione analize umnožene ribozomalne DNK (ARDRA), na primer upotrebom Sau3AI restrikcionog enzima (za primere postupaka i uputstva videti, na primer, [xxi]). Alternativno, biotipovi sojeva su identifikovani kao sojevi koji imaju iste obrasce fermentacije ugljenih hidrata kao bakterija deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507/14294.

[0031] Drugi Blautia sojevi koji su korisni u kompozicijama i postupcima iz pronalaska, kao što su biotipovi bakterija deponovani pod pristupnim brojem DSM 10507/14294, mogu da se identifikuju korišćenjem bilo kog pogodnog postupka ili strategije, uključujući testove koji su prikazani u primerima. Na primer, sojevi za upotrebu u pronalasku mogu da se identifikuju gajenjem bakterija u kulturi i njihovim ordiniranjem pacovima da bi se ispitali u testu distenzije. Posebno, u pronalasku mogu da budu korisni bakterijski sojevi koji imaju slične obrasce rasta, metabolički tip i/ili površinske antigene prema bakteriji koja je deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507/14294. Koristan soj će imati modulatornu aktivnost mikrobioma koji može da se poredi sa DSM 10507/14294 sojem. Posebno, biotip soja će pokrenuti poredive efekte na Enterobacteriaceae prema efekta koji su prikazani u Primerima, koji mogu da se identifikuju upotrebom protokola za gajenje u kulturi i ordiniranje koji se opisuju u Primerima.

[0032] Posebno poželjan soj iz pronalaska je Blautia hydrogenotrophica soj koji je deponovan pod pristupnim brojem DSM 10507/14294. Ovo je primer BH soja koji je se ispituje u primerima i pokazano je da je efikasan za smanjenje nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu, posebno E. coli. Prema tome, pronalazak obezbeđuje ćeliju, kao što je izolovana ćelija, soja Blautia hydrogenotrophica koji je deponovan pod pristupnim brojem DSM 10507/14294, ili njegovog derivata, za upotrebu u terapiji, posebno za bolesti koje su ovde opisane.

[0033] Derivat soja deponovanog pod brojem DSM 10507/14294 može da bude ćerka soj (potomstvo) ili soj koji se gaji u kulturi (subkloniran) iz originala. Derivat soja iz pronalaska može da se modifikuje, na primer na genskom nivou, bez ukidanja njegove biološke aktivnosti. Posebno, derivat soja iz pronalaska je terapeutski aktivnan. Derivat soja iz pronalaska može da ima poredivu modulatornu aktivnost mikrobioma sa originalnim DSM 10507/14294 sojem. Posebno, derivat soja će pokrenuti poredive efekte na Enterobacteriaceae prema efektima koji su prikazani u Primerima, koji mogu da se identifikuju upotrebom protokola za gajenje u kulturi i ordiniranje kako je opisano u Primerima. Derivat DSM 10507/14294 soja će generalno biti biotip soja DSM 10507/14294.

[0034] Reference prema ćelijama Blautia hydrogenotrophica soja deponovanog pod pristupnim brojem DSM 10507/14294 obuhvata bilo koje ćelije koje imaju istu bezbednost i karakteristike terapeutske efikasnosti kao sojevi koji su deponovani pod pristupnim brojem DSM 10507/14294, i takve ćelije su obuhvaćene pronalaskom.

[0035] U poželjnim izvođenjima, bakterijski sojevi u kompozicijama iz pronalaska su vijabilni i mogu da parcijalno ili u potpunosti kolonizuju crevo.

Terapeutske upotrebe

[0036] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u smanjenju nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu. Povećani nivoi Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu su povezani sa brojnim patološkim stanjima i bolestima, i primeri pokazuju da kompozicije iz pronalaska mogu da budu efikasne za smanjenje nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu.

[0037] U poželjnim izvođenjima svih aspekata iz pronalazaka, Enterobacteriaceae je E. coli. Prema tome, poželjno kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u smanjenju nivoa E. coli u gastrointestinalnom traktu.

[0038] U određenim izvođenjima, Enterobacteriaceae je patogeni soj, kao što je E. coli O157:H7, O104:H4, 0121, 026, 0103, O111, 0145, O104:H21, ili O104:H4.

[0039] U alternativnim izvođenjima, Enterobacteriaceae je komensalni ili soj koji nije patogen. Povećani nivoi takvih Enterobacteriaceae mogu da doprinesu stanjima kao što je IBS i Kronova bolest, i primeri pokazuju da kompozicije iz pronalaska mogu da imaju efekt koji deluje na smanjenje Enterobacteriaceae u kontekstu IBS.

[0040] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u lečenju ili prevenciji bolesti koja je povezana sa Enterobacteriaceae infekcijom, kao što je infekcija sa E. coli. U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u lečenju ili prevenciji dijareje, gastroenteritisa, infekcije urinarnog trakta ili neonatalnog meningitisa. U takvim izvođenjima Enterobacteriaceae može da bude patogeni soj.

[0041] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u lečenju ili prevenciji bolesti koja je povezana sa povećanim nivoima Enterobacteriaceae, kao što je E. coli. U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u lečenju ili prevenciji dijareje, gastroenteritisa, infekcije urinarnog trakta ili neonatalnog meningitisa. U takvim izvođenjima, Enterobacteriaceae može da bude komensalni ili soj koji nije patogen.

[0042] U nekim izvođenjima, patogeneza bolesti ili stanja pogađa crevo. U nekim izvođenjima, patogeneza bolesti ili stanja ne pogađa crevo. U nekim izvođenjima, patogeneza bolesti ili stanja nije lokalizovana u stanju. U nekim izvođenjima, lečenje ili prevencija se događa na mestu koje nije crevo. U nekim izvođenjima, lečenje ili prevencija se događa u crevu i takođe na drugom mestu koje nije crevo. U određenim izvođenjima, bolest ili stanje je sistemsko.

[0043] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u lečenju ili prevenciji infekcija sa Enterobacteriaceae, kao što je infekcija sa E. coli. U poželjnim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u lečenju ili prevenciji infekcije gastrointestinalnog trakta, i posebno cekuma. U takvim izvođenjima Enterobacteriaceae može da bude patogeni soj.

[0044] U nekim izvođenjima, nivo Enterobacteriaceae je smanjen u stolici subjekta. U nekim izvođenjima, nivo Enterobacteriaceae je smanjen u uzorku stolice od subjekta. U nekim izvođenjima, nivo Enterobacteriaceae je smanjen u distalnom delu creva subjekta. U nekim izvođenjima, nivo Enterobacteriaceae je smanjen u cekumu. U nekim izvođenjima, nivo Enterobacteriaceae je smanjen u debelom crevu. U nekim izvođenjima, nivo Enterobacteriaceae je smanjen u rektumu. U nekim izvođenjima, nivo Enterobacteriaceae je smanjen u tankom crevu.

[0045] U poželjnim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje kompoziciju koja obuhvata bakterijski soj roda Blautia hydrogenotrophica koji ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95% identična sa SEQ ID NO:5, za upotrebu u lečenju infekcija koje su prouzrokovane patogenim Enterobacteriaceae.

[0046] U poželjnim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje kompoziciju koja obuhvata bakterijski soj roda Blautia hydrogenotrophica koji ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95% identična sa SEQ ID NO:5, za upotrebu u lečenju infekcije koju izaziva E. coli.

[0047] U poželjnim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u smanjenju nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu, poželjno nivoa E. coli, u lečenju ili prevenciji bolesti koja je povezana sa povećanim nivoima Enterobacteriaceae, kao što je IBS, Kronova bolest, ulcerativni kolitis, funkcionalna dispepsija, dijareja, gastroenteritis, infekcija urinarnog trakta ili neonatalni meningitis. Enterobacteriaceae i posebno E. coli su poznati kao potencijalni okidači, ili je poznato da vrše egzacebaciju, Kronove bolesti i ulcerativnog kolitisa [xxii-xxiv], tako da efekat koji se prikazuje u primerima za kompozicije iz pronalaska može da bude od koristi u lečenju ovih stanja.

[0048] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u lečenju ili prevenciji IBS, Kronove bolesti, ulcerativnog kolitisa, funkcionalne dispepsije, dijareje, gastroenteritisa, infekcije urinarnog trakta ili neonatalnog meningitisa smanjenjem nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu.

[0049] U poželjnim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska obuhvataju bakteriju koja je deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507/14294 i koriste se za smanjenje nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu u lečenju Kronove bolesti, ulcerativnog kolitis, funkcionalne dispepsije, ili najpoželjnije IBS. U daljim poželjnim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska obuhvataju bakteriju koja je deponovana pod pristupnim brojem DSM 10507/14294 i koriste se u prevenciji ili lečenju Kronove bolesti, ulcerativnog kolitisa, funkcionalne dispepsije, ili najpoželjnije IBS smanjenjem nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu.

[0050] U određenim izvođenjima, kompozicija se ordinira kombinovano sa antibiotikom, kao što je fluorohinolon, azitromicin, ciprofloksacin ili rifaksimin. U određenim izvođenjima, kompozicija se ordinira kombinovano sa tretmanom dehidracije kao što je rastvor za oralnu rehidraciju. Kompozicija iz pronalaska može da se ordinira istovremeno sa antibiotskim ili tretmanom dehidracije, ili sekvencijalno sa antibiotskim ili tretmanom dehidracije.

[0051] U određenim izvođenjima, kompozicije su za upotrebu kod pacijenata koji ispoljavaju, ili se očekuje da ispolje, povećane nivoe Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu, na primer, kada se porede sa zdravim subjektom, ili populacijom zdravih subjekata.

[0052] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su za upotrebu u postupku lečenja, prevencije ili smanjenja kolonizovanja gastrointestinalnog trakta od strane Enterobacteriaceae.

[0053] U nekim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska je za upotrebu u postupku smanjenja nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu kod subjekta koji ima povećan nivo vodonika u njihovom dahu u odnosu na zdrave subjekte. U nekim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska je za upotrebu u smanjenju nivoa vodonika u dahu subjekta koji ispoljava ili za koga se očekuje da ispoljava povećani nivo Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu. Subjekat je poželjno subjekat kome je postavljena dijagnoza IBS, Kronove bolesti, ulcerativni kolitis, funkcionalne dispepsije, dijareje, gastroenteritisa, infekcije urinarnog trakta ili neonatalnog meningitisa i/ili infekcije koja je prouzrokovana infekcijom Enterobacteriaceae, na primer, E. coli. Primeri pokazuju da lečenje sa kompozicijom iz pronalaska smanjuje nivo vodonika koji se detektuje u testu disanja. Prema tome, nivoi vodonika se poželjno procenjuju korišćenjem, testa kojim se meri količina vodonika u dahu. Količina vodonika u testu disanja je dobro poznata u oblasti tehnike i tako da će stručnjak iz oblasti tehnike znati kako da izvede takav test. U nekim izvođenjima, pacijentu se ordinira laktuloza kao supstrat za test.

[0054] Test kojim se meri količina vodonika u testu je takođe korisno sredstvo za praćenje efikasnosti ili verovatne efikasnosti za smanjenje nivoa Enterobacteriaceae i lečenje ili prevenciju upotrebom kompozicije iz pronalaska. Na primer, smanjenje u nivou vodonika koje se detektuje u dahu subjekta nakon tretmana sa kompozicijom iz pronalaska može da ukazuje da tretman ima redukujući efekat, terapeutski ili preventivni efekat. Prema tome, u nekim izvođenjima postupci i upotrebe iz pronalaska dalje obuhvataju praćenje nivoa vodonika u dahu subjekta tokom i/ili nakon tretmana sa kompozicijom iz pronalaska i prema tome ispitivanjem efikasnosti ili moguće efikasnosti u smanjenju, tretmanu ili prevenciji. Na primer, nivoi vodonika mogu da se prate u jednoj ili više (npr. 1, 2, 3, 4 ili više od 4) vremenskih tačaka, na primer, uključujući pre tretmana, na početku tretmana, tokom tretmana, na kraju tretmana i/ili nakon tretmana, po potrebi. U nekim izvođenjima, nivo vodonika u dahu subjekta na kraju i/ili nakon perioda doziranja (tokom kojeg se kompozicija ordinira subjektu) se poredi sa nivoom na početku i/ili pre perioda doziranja i smanjenje u nivou ukazuje na efikasnost ili na moguću efikasnost smanjenja, lečenja ili prevencije. Na primer, u izvođenjima je dozni period obuhvata 16 dana, može da bude poželjno da se merenja uzmu u danu 1 i danu 16, ili na primer u danu 1, danu 2, danu 15 i danu 16. U nekim izvođenjima, uzimaju se brojna merenja i srednja vrednost tih dobijenih merenja (na primer, srednja vrednost dana 1 i dana 2 i srednja vrednost dana 15 i dana 16). U nekim izvođenjima, smanjenje od najmanje 40 ppm u Cmax nivou vodonika ukazuje na to da je smanjenje, lečenje ili prevencija efikasna ili je moguće da bude efikasna. U nekim izvođenjima, nivo vodonika u dahu subjekta se meri samo jednom, na primer, na kraju ili nakon tretmana, i pronalazak da se nivo nalazi na ili je blizu prethodno određenog nivoa je indikativno da je smanjenje, lečenje ili prevencija moguće bila efikasna. Test disanja kojim se meri nivo vodonika je standardni test tako da su u oblasti tehnike poznati prethodno određeni nivoi.

[0055] Tretman ili prevencija može da se odnosi na, na primer, ublažavanje ozbiljnosti simptoma ili smanjenja u učestalosti egzacerbacija ili opsega elicitatora koji predstavljaju problem za pacijenta.

[0056] NIvoi Enterobacteriaceae mogu da se detektuju u fecesu pacijenta, korišćenjem standardnih postupaka, kao što su postupci qPCR koji se koriste u primerima.

Načini davanja

[0057] Poželjno, kompozicije iz pronalaska su namenjene davanju u gastrointestinalni trakt da bi se omogućila isporuka u i / ili parcijalna ili ukupna kolonizacija creva sa bakterijskim sojem iz pronalaska. Generalno, kompozicije iz pronalaska se primenjuju oralno, ali mogu da se primenjuju rektalno, intranazalno, ili bukalnim ili podjezičnim načinom davanja.

[0058] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska mogu da se daju kao pena, kao sprej ili u obliku gela.

[0059] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska mogu da se ordiniraju u obliku supozitorija, kao što je rektalna supozitorija, na primer u obliku “theobroma” ulja (kakao buter), sintetičke čvrste masti (npr. “suppocire, witepsol”), glicero-želatina, polietilen glikola, ili kompozicije sapuna glicerina.

[0060] U određenim izvođenjima, kompozicija iz pronalaksa se ordinira u gastrointestinalni trakt preko cevi, kao što je nazogastrična cev, orogastrična cev, gastrična cev, cev za jejunostomiju (J cev), perkutana endoskopska gastrostomija (PEG), ili port, kao što je port kroz zid grudnog koša koji obezbeđuje pristup stomaku, jejunumu i drugim pogodnim pristupnim portovima.

[0061] Kompozicije iz pronalaska mogu da se daju jednom, ili mogu da se daje sekvencijalno kao deo režima lečenja. U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska su namenjene za dnevno davanje. Primeri pokazuju da dnevno davanje obezbeđuje uspešnu kolinizaciju i kliničku korist.

[0062] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska se oridniraju redovno, kao što je dnevno, svaka dva dana, ili nedeljno, ili u produženom vremenskom periodu, kao što je najmanje jedna nedelja, dve nedelje, jedan mesec, dva meseca, šest meseci, ili jedna godina. Primeri pokazuju da davanje BH može za rezultat da nema trajnu kolonizaciju creva, tako da pravilno davanje u produženim vremenskim periodima može da obezbedi veće terapeutske benefite.

[0063] U nekim izvođenjima kompozicije iz pronalaska se daju 7 dana, 14 dana, 16 dana, 21 dan ili 28 dana ili ne više od 7 dana, 14 dana, 16 dana, 21 dan ili 28 dana. Na primer, u nekim izvođenjima kompozicije iz pronalaska se daju 16 dana.

[0064] U određenim izvođenjima iz pronalaska, tretman prema pronalasku je povezan sa ispitivanjem mikrobioma creva pacijenta. Tretman može da se ponovi ukoliko se ne postigne isporuka i/ili parcijalna ili ukupna kolonizacija sa sojem pronalaska na način da efikasnost može da se uoči, ili tretman može da se prekine ukoliko je isporuka i / ili parcijalna ili ukupna kolonizacija uspešna i efikasnost se uočava.

[0065] U određenim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska može da se ordinira gravidnoj životinji, na primer sisaru kao što je čovek da bi se sprečilo razvijanje povišenih nivoa Enterobacteriaceae u njenom detetu in utero i / ili nakon rođenja.

[0066] Kompozicije iz pronalaska mogu da se daju pacijentu kome su utvrđeni povišeni nivoi Enterobacteriaceae ili bolest ili stanje je povezano sa povišenim nivoima Enterobacteriaceae, ili koji je identifikovan da se nalazi u riziku dobijanja povišenih nivoa Enterobacteriaceae. Kompozicije mogu takođe da se ordiniraju kao mera profilakse da bi se sprečilo razvijanje povišenih nivoa Enterobacteriaceae kod zdravog pacijenta.

[0067] Kompozicije iz pronalaska mogu da se ordiniraju pacijentu kome je u crevima identifikovana abnormalni mikrobiom. Na primer, pacijent može da ima smanjenu ili odsutnu kolonizaciju sa Blautia, i posebno Blautia hydrogenotrophica, Blautia stercoris ili Blautia wexlerae.

[0068] Kompozicije iz pronalaska mogu da se ordiniraju kao hranljivi proizvod, kao što je nutritivni suplement.

[0069] Generalno, kompozicije iz pronalaska su za lečenje ljudi, iako mogu da se koriste za lečenje životinja uključujući monogastrične životinje kao što su živina, svinje, mačke, psi, konji ili zečevi. Kompozicije iz pronalaska mogu da budu korisne za pojačanje rasta i performansi životinja. Ukoliko se ordiniraju životinjama, može da se koristi oralna gavaža.

[0070] U nekim izvođenjima, subjekat kome kompozicija treba da se ordinira je odrasli čovek. U nekim izvođenjima, subjekat kome kompozicija treba da se ordinira je dete čoveka.

Kompozicije

[0071] Generalno, kompozicija iz pronalaska obuhvata bakterije kako se definiše u patentnim zahtevima. U poželjnim izvođenjima pronalaska, kompozicija je formulisana u obliku koji je osušen zamrzavanjm. Na primer, kompozicija pronalaska može da obuhvata granule ili želatinske kapsule, na primer tvrde želatinske kapsule, koje sadrže bakterijski soj iz pronalaska.

[0072] Poželjno, kompozicija iz pronalaska obuhvata liofilizovane bakterije. Liofilizacija bakterija je dobro uspostavljeni postupak i relevantni vodič je dostupan u, na primer, referencama [xxv-xxvii]. Primeri pokazuju da su posebno efikasne kompozicije koje sadrže liofilizat.

[0073] Alternativno, kompozicija iz pronalaska može da sadrži živu, aktivnu bakterijsku kulturu. Primeri pokazuju da su kulture bakterija iz pronalaska terapeutski efikasne.

[0074] U nekim izvođenjima, bakterijski soj u kompoziciji pronalaska nije bio inaktivisan, na primer, nije bio inaktivisan toplotom. U nekim izvođenjima, bakterijski soj u kompoziciji nije bio ubijen, na primer, nije bio ubijen toplotom. U nekim izvođenjima, bakteriski soj u kompoziciji pronalaska nije bio atenuiran, na primer, nije bio ateniuran toplotom. Na primer, u nekim izvođenjima, bakterijski soj u kompoziciji pronalaska nije bio ubijen, inaktiviran i/ili atenuiran. Na primer, u nekim izvođenjima, bakterijski soj u kompoziciji iz pronalaska je živ. Na primer, u nekim izvođenjima, bakterijski soj u kompoziciji iz pronalaska je vijabilan. Na primer, u nekim izvođenjima, bakterijski soj u kompoziciji iz pronalaska može parcijalno ili u potpunosti izvrši kolonizaciju creva. Na primer, u nekim izvođenjima, bakterijski soj u kompoziciji iz pronalaska je vijabilan i može parcijalno ili u potpunosti da kolonizuje crevo.

[0075] U nekim izvođenjima, kompozicija obuhvata smešu živih bakterijskih sojeva i bakterijskih sojeva koji su ubijeni.

[0076] U poželjnim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska je inkapsulirana da omogući isporuku bakterijskog soja u crevo. Inkapsulacija štiti kompoziciju od degradacije sve do isporuke na ciljnom mestu preko, na primer, prekidanja sa hemijskim ili fizičkim stimulusom kao što je pritisak, enzimska aktivnost, ili fizička deintegracija, koja može da se pokrene promenama u pH. Može da se koristi bilo koji pogodan postupak inkapsulacije. Primeri postupaka inkapsulacije uključuju zarobljavanje unutar porozne matrice, vezivanje ili adsorpciju na čvrste površine nosača, samo nakupljanje flokulacijom ili sa sredstvima za unakrsno povezivanje, i mehaničkim zaustavljanjem iza mikroporozne membrane ili mikrokapsule. Uputstvo za inkapsulaciju koje može da bude korisno za pripremu kompozicija iz pronalaska je dostupno u, na primer, referencama [xxviii-xxix].

[0077] Kompozicija može da se primenjuje oralno i može da bude u obliku tablete, kapsule ili praha. Inkapsulirani proizvodi su poželjni zbog toga što su Blautia anaerobi. Drugi sastojci (kao što je vitamin C, na primer), mogu da budu uključeni kao apsorberi kiseonika i prebiotski supstrati da bi se poboljšala isporuka i / ili parcijalna ili ukupna kolonizacija i preživljavanje in vivo. Alternativno, probiotska kompozicija iz pronalaska može da se primenjuje oralno kao hranljivi ili nutritivni proizvod, kao što je mleko ili fermentisani mlečni proizvod na bazi surutke, ili kao farmaceutski proizvod.

[0078] Kompozicija može da bude formulisana kao probiotska.

[0079] Kompozicija iz pronalaska uključuje terapeutski efikasnu količinu bakterijskog soja iz pronalaska. Terapeutski efikasna količina bakterijskog soja je dovoljna da se kod pacijenta ispolji koristan efekat. Terapeutski efikasna količina bakterijskog soja može da bude dovoljna da dovede do isporuke i/ili parcijalne ili ukupne kolonizacije creva pacijenta.

[0080] Pogodna dnevna doza bakterija, na primer za odraslog čoveka, može da bude od oko 1 x 10<3>do oko 1 x 10<11>jedinica koje obrazuju koloniju (CFU); na primer, od oko 1 x 10<7>do oko 1 x 10<10>CFU; u drugom primeru od oko 1 x 10<6>do oko 1 x 10<10>CFU; u još drugom primeru od oko 1 x 10<7>do oko 1 x 10<11>CFU; u drugom primeru od oko 1 x 10<8>do oko 1 x 10<10>CFU; u još drugom primeru od oko 1 x 10<8>do oko 1 x 10<11>CFU.

[0081] U određenim izvođenjima, doza bakerija je najmanje 10<9>ćelija po danu, kao što je najmanje 10<10>, najmanje 10<11>, ili najmanje 10<12>ćelija po danu.

[0082] U određenim izvođenjima, kompozicija sadrži bakterijski soj u količini od oko 1 x 10<6>do oko 1 x 10<11>CFU/g, u odnosu na ukupnu masu kompozicije; na primer, od oko 1 x 10<8>do oko 1 x 10<10>CFU/g. Doza može da bude, na primer, 1 g, 3g, 5g, i 10g.

[0083] Obično, probiotik, kao što je kompozicija iz pronalaska, se po potrebi kombinuje sa najmanje jednim pogodnim prebiotskim jedinjenjem. Prebiotsko jedinjenje je obično ugljeni hidrat koji ne može da se svari kao što je oligo ili polisaharid, ili šećerni alkohol, koji nije degradiran ili apsorbovan u gornjem digestivnom traktu. Poznati prebiotici uključuju komercijalne proizvode kao što je inulin transgalakto-oligosaharide.

[0084] U određenim izvođenjima, probiotska kompozicija iz predmetog pronalaska uključuje probiotsko jedinjenje u količini od oko 1 do oko 30% u odnosu na masu, prema ukupnoj masi kompozcije, (npr. od 5 do 20% po masi). Ugljeni hidrati mogu da budu izabrani iz grupe koja se sastoji od: frukto-oligosaharida (ili FOS), fruko-oligosaharida kratkog lanca, inulina, izomalt-oligosaharida, pektina, ksilo-oligosaharida (ili XOS), hitozan-oligosaharida (ili COS), beta-glukana, arabika gume modifikovanih i otpornih skrobova, polidekstroze, D-tagatoze, akacija vlakana, rogača, ovsa, i vlakna citrusa. U jednom aspektu, prebioici su frukooligosaharidi kratkog lanca (radi jednostavnosti ovde prikazani kao FOSs-c.c); pomenti FOSs-c.c. nisu svarljivi ugljeni hidrati, generalno se dobijaju konverzijom šećerne repe i uključujući molekul saharoze za koga su vezana tri molekula glukoze.

[0085] Kompozicije iz pronalaska mogu da sadrže farmaceutski prihvatljive ekscipijense ili nosače. Primeri takvih pogodnih ekscipijenasa mogu da se pronađu u referenci [xxx]. Prihvatljivi nosači ili rastvarači za terapeutsku upotrebu u dobro poznati u farmaceutskoj oblasti tehnike i opisuju se, na primer, u referenci [xxxi]. Primeri pogodnih nosača uključuju laktozu, skrob, glukozu, metil celulozu, magnezijum stearat, manitol, sorbitol i slično. Primeri pogodnih rastvarača uključuju etanol, glicerol I vodu. Izbor farmaceutskog nosača, ekscipijensa ili rastvarača može da se izabere u odosu na namenjeni način davanja i standardnu farmaceutsku praksu. Farmaceutske kompozicije mogu da sadrže, ili dodatno, nosač, ekscipijens ili rastvarač bilo koje pogodno sredstvo(a) za povezivanje, lubrikant(e), sredstvo(a) za suspenziju, sredstvo(a) za oblaganje, sredstvo(a) za solubilizaciju. Primeri pogodnih sredstava za povezivanje uključuju skrob, želatin, prirodne šećere kao što je glukoza, anhidrovana laktoza, laktoza u slobodnom toku, beta-laktoza, kukuruzni zaslađivači, prirodne i sintetičke gume, kao što je akacija, tragakant ili natrijum alginat, karboksimetil celuloza i polietilen glikol. Primeri pogodnih lubrikanata uključuju natrijum oleat, natrijum stearat, magnezijum stearat, natrijum benzoat, natrijum acetat, natrijum hlorid i slično. Konzervansi, stabilizatori, boje i čak sredstva za davanje arome mogu da budu obezbeđena u farmaceutskoj kompoziciji. Primeri konzervanasa uključuju natrijum benzoat, sorbinsku kiselinu, cistein i estre p-hidroksibenzoeve kiseline, na primer, u nekim izvođenjima konzervans je odabran od natrijum benzoata, sorbinske kiseline i estara p-hidroksibenzoeve kiseline. Antioksidansi i sredstva za suspenziju mogu takođe da se koriste. Dalji primer pogodnog nosača je saharoza. Dalji primer konzervansa je cistein.

[0086] Kompozicije iz pronalaska mogu da budu formulisane kao hranljivi proizvod. Na primer, hranljivi proizvod može da obezbedi nutritivni benefit pored terapeutskog efekta u pronalasku, kao što je nutritivni suplement. Slično, hranljivi proizvod može da bude formulisan da se pojača ukus kompozicije iz pronalaska ili da se kompozicija napravi pristupačnijom za konzumiranje tako što će biti sličnija običnom prehrambenom proizvodu, pre nego farmaceutskoj kompoziciji. U određenim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska je formulisana kao proizvod koji je zasnovan na mleku. Termin "proizvod koji je zasnovan na mleku" označava bilo koji tečeni ili polu tvrdi mlečni ili-proizvod zasnovan na surutci koji ima promenljivi sadržaj masti. Proizvod koji ima mlečnu osnovu može da bude, npr., kravlje mleko, kozje mleko, ovčije mleko, obrano mleko, puno mleko, mleko rekombinovano iz mleka u prahu i surutka bez bilo kog obrađivanja, ili obrađeni proizvod, kao što je jogurt, prokislo mleko, vurda, kiselo mleko, kiselo celo mleko, mlaćenica i drugi kiseli mlečni proizvodi. Druga važna grupa uključuje mlečne napitke, kao što su napici od surutke, fermentisana mleka, kondenzovana mleka, mleka za decu ili novorođenčad; mleka sa aromom, sladoled; hrana koja sadrži mleko kao što su slatkiši.

[0087] U nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska, kao što su definisana u zahtevima, obuhvataju jedan ili više bakterijskih sojeva roda Blautia i ne sadrže bakterije iz bilo kojeg drugog roda, ili koje sadrže samo de minimis ili biološki irelevantne količine bakterija iz drugog roda.

[0088] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska, kao što je definisano u zahtevima, sadrže jedan bakterijski soj ili vrste i ne sadrži bilo koje druge bakterijske sojeve ili vrste. Takve kompozicije mogu da obuhvataju samo de minimis ili biološki irelevantne količine drugih bakterijskih sojeva ili vrsta. Takva kompozicija može da bude kultura koja je u suštini oslobođena od drugih vrsta organizama. U nekim izvođenjima, takve kompozicije mogu da budu liofilizat koji je u suštini oslobođen od drugih vrsta organizama.

[0089] U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska, kako je definisano u zahtevima, obuhvataju jedan ili više bakterijskih sojeva roda Blautia, na primer, Blautia hydrogenotrophica, i ne sadrže bilo koji drugi rod bakterija, ili koji obuhvataju samo de minimis ili biološki irelevantne količine bakterija iz drugog roda. U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska obuhvataju Blautia hydrogenotrophica, kako je definisano u zahtevima, i ne obuhvataju bilo koje druge bakterijske vrste, ili sadrže samo de minimis ili biološki irelevantne količine bakterija iz drugih vrsta. U određenim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska obuhvataju jedan soj Blautia hydrogenotrophica, kako je definisano u zahtevima, i ne sadrže bilo koje druge bakterijske sojeve ili vrste, ili koji sadrže samo de minimis ili biološki irelevantne količine bakterija iz drugog soja ili vrsta.

[0090] U nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska sadrže više od jednog bakterijskog soja ili vrste. Na primer, u nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska sadrže više od jednog soja iz okvira iste vrste (npr. više od 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40 ili 45 sojeva), i, opciono, ne sadrže bakterije iz bilo kojih drugih vrsta. U nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska sadrže manje od 50 sojeva iz okvira istih vrsta (npr. manje od 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 12, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4 ili 3 sojeva), i, opciono, ne sadrže bakterije iz bilo kojih drugih vrsta. U nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska sadrže 1-40, 1-30, 1-20, 119, 1-18, 1-15, 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2, 2-50, 2-40, 2-30, 2-20, 2-15, 2-10, 25, 6-30, 6-15, 16-25, ili 31-50 sojeva iz okvira istih vrsta i, opciono, ne sadrže bakterije iz bilo kojih drugih vrsta. U nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska sadrže više od jedne vrste iz istog roda (npr. više od 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 15, 17, 20, 23, 25, 30, 35 ili 40 vrsta), i, opciono, ne sadrže bakterije iz drugog roda. U nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska sadrže manje od 50 vrsta iz okvira istog roda (npr. manje od 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 12, 10, 8, 7, 6, 5, 4 ili 3 vrsta), i, opciono, ne sadrže bakterije iz bilo kog drugog roda. U nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska sadrže 1-50, 1-40, 1-30, 1-20, 1-15, 1-10, 1-9, 1-8, 1-7, 1-6, 1-5, 1-4, 1-3, 1-2, 2-50, 2-40, 2-30, 2-20, 2-15, 2-10, 2-5, 6-30, 6-15, 16-25, ili 31-50 vrsta iz okvira istog roda i, opciono, ne sadrže bakterije iz bilo kog drugog roda. Pronalazak sadrži bilo koju kombinaciju gore navedenog.

[0091] U nekim izvođenjima, kompozicija sadrži mikrobijalni konzorcijum. Na primer, u nekim izvođenjima, kompozicija sadrži Blautia bakterijski soj, kao što je definisano u zahtevima, kao deo mikrobnog konzorcijuma. Na primer, u nekim izvođenjima, Blautia hydrogenotrophica bakterijski soj se nalazi kombinovano sa jednim ili više (npr. najmanje 2, 3, 4, 5, 10, 15 ili 20) drugih bakterijskih sojeva iz drugog roda sa kojim može da živi simbiotski in vivo u crevu. Na primer, u nekim izvođenjima, kompozicija obuhvata bakterijski soj Blautia hydrogenotrophica kombinovano sa bakterijskim sojem iz drugog roda. U nekim izvođenjima, mikrobni konzorcijum obuhvata dva ili više bakterijska soja koja su dobijena iz uzorka fecesa od jednog organizma, npr. čoveka. U nekim izvođenjima, mikrobni konzorcijum na može da se nađe zajedno u prirodi. Na primer, u nekim izvođenjima, mikrobni konzorcijum obuhvata bakterijske sojeve koji su dobijeni iz uzraka fecesa iz najmanje dva različita organizma. U nekim izvođenjima, dva različita organizma su iz istih vrsta, npr. dva različita čoveka. U nekim izvođenjima, dva različita organizma su dete čoveka i odraslog čoveka. U nekim izvođenjima, dva različita organizma su čovek i sisar koji nije čovek.

[0092] U nekim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska dodatno obuhvata bakterijski soj koji ima istu bezbednost i karakteristike terapeutske efikasnosti kao Blautia hydrogenotrophica soj koji je deponovan pod pristupnim brojem DSM 10507/14294, ali koji nije Blautia hydrogenotrophica soj koji je deponovan pod pristupnim brojem DSM 10507/14294, ili koji nije Blautia hydrogenotrophica ili koji nije Blautia.

[0093] U nekim izvođenjima u kojima kompozicija iz pronalaska obuhvata više od jednog bakterijskog soja, vrsta ili roda, zasebni bakterijski sojevi, vrste ili rodovi mogu da budu za odvojenu, istovremenu ili sekvencijalnu primenu. Na primer, kompozicija može da obuhvata sve od više od jednog bakterijskog soja, vrsta ili roda, ili bakterijski sojevi, vrste ili rodovi mogu odvojeno da budu skladišteni i mogu da se daju zasebno, istovremeno ili sekvencijalno. U nekim izvođenjima, više od jednog bakterijskog soja, vrsta ili roda su zasebno skladišteni ali se pomešaju zajedno pre upotrebe.

[0094] U nekim izvođenjima, bakterijski soj za upotrebu u pronalasku je dobijen iz fecesa odraslog čoveka. U nekim izvođenjima u kojima kompozicija iz pronalaska obuhvata više od jednog bakterijskog soja, svi od bakterijskih sojeva su dobijeni od fecesa odraslog čoveka ili ukoliko su prisutni drugi bakterijski sojevi oni se nalaze samo u de minimis količinama. Bakterije mogu da se gaje u kulturi posle dobijanja iz fecesa odraslog čoveka i korišćenja u kompoziciji iz pronalaska.

[0095] U nekim izvođenjima, jedan ili više Blautia bakterijskih sojeva je/su jedino terapeutski aktivno sredstvo(a) u kompoziciji iz pronalaska. U nekim izvođenjima, bakterijski soj(evi) u kompoziciji je/su jedino terapeutski aktivno sredstvo(a) u kompoziciji iz pronalaska.

[0096] Kompozicije za upotrebu prema pronalasku mogu ili ne moraju da zahtevaju odobrenje tržišta.

[0097] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu je pomenuti bakterijski soj liofilizovan. U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu je pomenuti bakterijski soj isušen raspršivanjem. U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu je bakterijski soj liofilizovan ili isušen raspršivanjem i gde je živ. U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu je bakterijski soj liofilizovan ili je isušen raspršivanjem i gde je vijabilan. U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu je bakterijski soj liofilizovan ili isušen raspršivanjem i pri čemu je sposoban za parcijalno ili ukupno kolonizovanje creva. U određeniim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu je bakterijski soj liofilizovan ili isušen raspršivanjem i gde je vijabilan i sposoban za parcijalno ili ukupno kolonizovanje creva.

[0098] U nekim slučajevima, liofilizovani ili bakterijski soj koji je isušen raspršivanjem je rekonstituisan pre davanja. U nekim slučajevima, rekonstitucija se vrši upotrebom rastvarača koji je ovde opisan.

[0099] Kompozicije iz pronalaska mogu da sadrže farmaceutski prihvatljive ekscipijense, rastvarače ili nosače.

[0100] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje farmaceutsku kompoziciju koja obuhvata: bakterijski soj kao što se definiše u zahtevima; i farmaceutski prihvatljivi ekscipijens, nosač ili rastvarač; pri čemu je bakterijski soj u količini koja je dovoljna za smanjenje nivoa Enterobacteriaceae i/ili lečnje poremećaja koji je povezan sa povećanim nivoima Enterobacteriaceae kada se daje subjektu kome je potrebno; i gde je poremećaj koji je povezan sa povećanim nivoima Enterobacteriaceae, kao što je Kronova bolest, ulcerativni kolitis, funckionalna dipepsija ili, poželjnije, IBS, ili dijareja, gastroenteritis, infekcija urinarnog trakta ili neonatalni meningitis.

[0101] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutku kompoziciju, gde je količina bakterijkog soja od oko 1 X 10<3>do oko 1 X 10<11>jedinica koje obrazuju koloniju po gramu u odnosu na ukupnu masu kompozicije.

[0102] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, gde se kompozicija daje u dozi od 1 g, 3 g, 5 g ili 10 g.

[0103] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu se kompozicija daje postupkom koji je izabran iz grupe koja se sastoji od oralnog, rektalnog, subuktanog, nazalnog, bukalnog, i pod-jezičnog načina davanja.

[0104] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, koja obuhvata nosač izabran iz grupe koja obuhvata laktozu, skrob, glukozu, metil celulozu, magnezijum stearat, manitol i sorbitol.

[0105] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, koja obuhvata rastvarač koji je izabran iz grupe koja se sastoji iz etanola, glicerola i vode.

[0106] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, koja obuhvata ekscipijens koji je izabran iz grupe koja se sastoji iz skroba, želatina, glukoze, anhidrovane laktoze, laktoze u slobodnom toku, beta-laktoze, kukuruznog zaslađivača, akacije, tragakanta, natrijum alginata, karboksimetil celuloze, polietilen glikola, natrijum oleata, natrijum stearata, magnezijum stearata, natrijum benzoata, natrijum acetata i natrijum hlorida.

[0107] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, koja dalje obuhvata najmanje jedan od konzervansa, antioksidansa i stabilizatora.

[0108] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, koja obuhvata konzervans koji je izabran iz grupe koja se sastoji natrijum benzoata, sorbinske kiseline i estara p-hidroksibenzoinske kiseline.

[0109] U određenim izvođenjima, obezbeđena je farmaceutska kompozicija iz pronalaska, gde kompozicija ne obuhvata bilo koje minerale, ili specifičnije, ne obuhvata bilo koje metale sa atomskim brojem većim od 33, na primer, gde kompozicija ne obuhvata bilo koje minerale iz grupe koja se sastoji iz selenijuma, molibdena, volframa, jedinjenja selenijuma, jedinjenja molibdena i jedinjenja volframa.

[0110] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, gde pomenuti bakterijski soj je liofilizovan.

[0111] U određenim izvođenjima, pronalazak obezbeđuje gore navedenu farmaceutsku kompoziciju, pri čemu kada kompozicija je skladištena u zatvorenom kontejneru na oko 4°C ili oko 25°C i kontejner je postavljen u atmosferi koja ima 50% relativnu vlažnost, najmanje 80% bakterijskog soja kao što je mereno u jedinicama koje obrazuju kolonije, ostaje nakon perioda od najmanje oko: 1 meseca, 3 meseca, 6 meseci, 1 godinu, 1,5 godine, 2 godine, 2,5 godine ili 3 godine.

[0112] U nekim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska je obezbeđena u zatvorenom kontejneru koji obuhvata kompoziciju kako je ovde opisano. U nekim izvođenjima, zatvoreni kontejner je kesica ili boca. U nekim izvođenjima, kompozicija iz pronalaska je obezbeđena u špricu koji obuhvata kompoziciju kako je ovde opisano.

[0113] Kompozicija iz predmetnog pronalaska može, u nekim izvođenjima, da bude obezbeđena kao farmaceutska formulacija. Na primer, kompozicija može da bude obezbeđena kao tableta ili kapsula. U nekim izvođenjima, kapsula je želatinska kapsula ("gelkap").

[0114] U nekim izvođenjima, kompozicije iz pronalaska se daju oralno. Oralno davanje može da uključi gutanje, tako da jedinjenje ulazi u gastrointestinalni trakt, i/ili bukalno, lingvalno, ili podjezično davanje pomoću kojeg jedinjenje ulazi u krvotok direktno iz usta.

[0115] Farmaceutske formulacije pogodne za oralno davanje uključuju čvrste čepove, čvrste mikročestice, polu-čvrste i tečne (uključujući višefazne ili dispergovane sisteme) kao što su tablete; meke ili tvrde kapsule koje sadrže multi ili nano čestice, tečnosti (npr. rastvora u vodi), emulzija ili praškova; lozenge (uključujući punjene tečnostima); žvakaće; gelovi; brzo disperzivni dozni oblici; filmovi; ovule; sprejevi; i bukalni/mukoadhezivni flasteri.

[0116] U nekim izvođenjima farmaceutska formulacija je enterična formulacija, tj. a gastrorezistentna formulacija (na primer, otporna na pH u želucu) koja je pogodna za isporuku kompozicije iz pronalaska u crevo pomoću oralnog davanja. Enterične formulacije mogu posebno da budu korisne kada je bakterija ili druga komponenta kompozicije je osetljiva na kiselinu, npr. podložna degradaciji pod uslovima u želucu.

[0117] U nekim izvođenjima, enterična formulacija obuhvata enterično oblaganje. U nekim izvođenjima, formulacija je enterično obložen dozni oblik. Na primer, formulacija može da bude enterično-obložena tableta ili enteričnoobložena kapsula, ili slično. Enterično oblaganje može da bude konvencijalno enterično oblaganje, na primer, konvencionalno oblaganje za tabletu, kapsulu, ili slično za oralnu isporuku. Formulacija može da obrazuje film oblaganje, na primer, na primer tanak sloj filma enteričnog polimera, npr. polimer koji je nerastvorljiv u kiselinama.

[0118] U nekim izvođenjima, enterična formulacija je intrinzično enterična, na primer, gastrorezistentna bez potrebe za enteričnim oblaganjem. Prema tome, u nekim izvođenjima, formulacija je enterična formulacija koja ne sadrži enterično oblaganje. U nekim izvođenjima, formulacija je kapsula koja je napravljena od matrijala za termoželiranje. U nekim izvođenjima, materijal za termoželiranje je celulozni materijal, kao što je metilceluloza, hidroksimetilceluloza ili hidroksipropilmetilceluloza (HPMC). U nekim izvođenjima, kapsula obuhvata školjku koja ne sadrži polimer koji obrazuje film. U nekim izvođenjima, kapsula obuhvata školjku i školjka se sastoji iz hidroksipropilmetilceluloze i ne sadrži bilo koji film koji obrazuje polimer (npr. videti [xxxii]). U nekim izvođenjima, formulacija je intrizično enterična kapsula (na primer, Vcaps® od Capsugel).

[0119] U nekim izvođenjima, formulacija je meka kapsula. Meke kapsule su kapsule koje mogu, zahvaljujući dodacima omekšivača, kao što su, na primer, glicerol, sorbitol, maltitol i polietilen glikoli, koji se nalaze u kapsuli školjke, da imaju određenu elastičnost i mekoću. Meke kapsule mogu da se proizvedu, na primer, na osnovi želatina ili skroba. Meke kapsule na osnovi želatina su komercijalno dostupne od različitih dobavljača. U zavisnosti od postupka davanja, kao što je, na primer, oralno ili rektalno, meke kapsule mogu da budu različitog oblika, one mogu da budu, na primer, okrugle, ovalne, duguljastog ili torpedo-oblikovane. Meke kapsule mogu da budu proizvedene konvencionalnim postupcima, kao što su, na primer, pomoću Šererovog postupka, Akogelovog postupka ili postupkom kapanja ili uduvavanja.

Postupci za gajenje kultura

[0120] Bakterijski sojevi za upotrebu u predmetnom pronalasku mogu da se gaje u kulturi korišćenjem standardnih mikrobioloških postupaka kao što je detaljno navedeno u, na primer, referencama [xxxiiixxxv].

[0121] Čvrsti ili tečni medijum koji je korišćen za kulturu može na primer da bude YCFA agar ili YCFA medijum. YCFA medijum može da uključi (po 100ml, približne vrednosti): Casitone (1.0 g), ekstrakt kvasca (0.25 g), NaHCO3 (0.4 g), cistein (0.1 g), K2HPO4(0.045 g), KH2PO4(0.045 g), NaCl (0.09 g), (NH4)2SO4(0.09 g), MgSO4· 7H2O (0.009 g), CaCl2(0.009 g), resazurin (0.1 mg), hemin (1 mg), biotin (1 µg), kobalamin (1 µg), p-aminobenzoevu kiselinu (3 µg), folnu kiselinu (5 µg), i piridoksamin (15 µg).

Opšte

[0122] Praksa iz predmetnog pronalaska će koristiti, osim ukoliko nije drugačije naznačeno, konvencionalne postupke iz hemije, biohemije, molekularne biologije, imunologije i farmakologije, u okviru struke iz oblasti tehnike. Takvi postupci su u potpunosti objašnjeni u literaturi. Videti, npr., reference [xxxvi-xliii], itd.

[0123] Termin "koji sadrži" obuhvata "uključujući" kao i "koji se sastoji" npr. kompozicija "obuhvata" X može da se sastoji isključivo od X ili može da uključuje nešto dodatno npr. X Y.

[0124] Termin "oko" u odnosu na numeričku vrednost x je opcioni i označava, na primer, x±10%.

[0125] Reč "u suštini" ne isključuje "u potpunosti" npr. kompozicija koja je "u suštini slobodna" od Y može da bude u potpunosti slobodna od Y. Gde je potrebno, reč "u suštini" može da bude izostavljena iz definicije pronalaska.

[0126] Reference na procenat identičnosti sekvence između dve nukleotidne sekvence označava da, kada se poravnaju, procenat nukleotida je isti u poređenju dve sekvence. Ovo poravnanje i procenat homologije ili identičnosti sekvence može da se odredi upotrebom softverskih programa koji su poznati u oblasti tehnike, na primer oni koji su opisani u odeljku 7.7.18 ref. [xliv]. Poželjno poravnanje je određeno pomoću Smit-Watermanovog algoritma za pretragu homologije upotrebom “affine gap search” sa “gap open penalty” od 12 i “gap extension penalty” od 2, BLOSUM matrice od 62. Smit-Watermanov algoritam za pretragu homologije je prikazan u ref. [xlv]

[0127] Osim ukoliko nije specifično navedeno, proces ili postupak koji obuhvata brojne korake može da sadrži dodatne korake na početku ili kraju koraka, ili može da sadrži dodatne korake intervencije. Takođe, koraci mogu da se kombinuju, izostave ili da se izvedu u alternativnom redu, ukoliko je potrebno.

[0128] Ovde su opisana različita izvođenja pronalaska. Jasno je da karakteristike koje su specifikovane u svakom izvođenju mogu da se kombinuju sa drugim specifikovanim karakteristikama, da bi se obezbedila dalja izvođenja. Posebno, izvođenja koja su ovde naznačena kao pogodna, tipična ili poželjna mogu da se kombinuju sa drugim (osim kada su međusobno isključena).

NAČINI ZA IZVOĐENJE PRONALASKA

Primer 1 –Davanje bakterijskog inokuluma pacovima koji nose IBS crevni mikrobiom

Suština

[0129] Pacovi su inokulisani sa fekalnim mikrobiomom iz humanog IBS subjekta. Pacovima su nakon toga ordinirane kompozicije koje sadrže bakterijske sojeve prema postupku i analizirana je kolonizacija od strane Blautia hydrogenotrophica.

Soj

[0130] Blautia hydrogenotrophica (BH) soj DSM 10507/14294.

Kompozicije i davanje

[0131] BH liofilizat –davanje oralnom gavažom

Kontrolni rastvor davanje oralnom gavažom

Pacovi

[0132] Inokulisani sa mikrobiomom poreklom iz humanih creva iz IBS subjekta.

Dizajn ispitivanja

[0133] Dan -14 –pacovi su inokulisani sa mikrobiomom poreklom iz humanih creva iz IBS subjekta Dani 0 do 28 – dnevna doza BH liofilizata, ili kontrolni rastvor

Dani 0, 14 i 28 -qPCR BH populacije u uzorcima fecesa

Rezultati

[0134] Slika 1 predstavlja rezultate qPCR analize BH populacije u uzorcima fecesa od pacova kojima je ordiniran kontrolni rastvor (IBS) ili BH liofizilat (IBS+BH). Povećanje u BH populaciji se uočava u danima 14 i 28 od pacova koji su primili BH liofizilat, što potvrđuje uspešnu kolonizaciju.

Zaključci

[0135] Davanje kompozicija koje obuhvataju Blautia hydrogenotrophica vodi do uspešne kolonizacije.

Primer 2 –Davanje bakterijkog liofilizata zdravim pacovima i efekat na Enterobacteriaceae [0136] Ispitivani su efekti davanja liofilizata Blautia hydrogenotrophica (BH) soja DSM 10507/14294 na zdrave HIM pacove i rezultati su prikazani na Slikama 2-5. Dalji detalji koji se odnose na eksperimente su obezbeđeni gore u tekstu u opisima slika. Slika 2 pokazuje da odgovarajuća doza za BH kod pacova je 10<9>ćelija po danu ili više. lika 3 pokazuje da u ovim eksperimentima BH nije trajno kolonizovao digestivni trakt pacova. Slika 4 pokazuje da se BH primarno nalazi u cekumu. Upadljivo, Slika 5 pokazuje da davanje BH indukuje statistički značajno smanjenje u Enterobacteriaceae u fecesu pacova koje je detektovano pomoću qPCR.

Primer 3 –Davanje bakterijskog liofilizata u IBS modelu kod pacova

[0137] Dalje su ispitani efekti davanja liofilizata Blautia hydrogenotrophica (BH) soja DSM 10507/14294 na modelu IBS kod pacova. Pacovi koji su gajeni u sterilnoj sredini su inokulisani sa urocima fecesa iz C-IBS (sa konstipacijom) ili U-IBS (nije deo podtipa) pacijenata. Rezultati su prikazani na Slici 6 i dalji detalji u vezi sa eksperimentima su obezbeđeni gore u tekstu u opisima slika. Slika 6 potvrđuje da ordiniranje BH liofilizata uzrokuje statistički značajno smanjenje u Enterobacteriaceae, što je uglavnom E. coli. Kao što je očekvano, takođe je uočeno povećanje u BH.

Primer 4 –Poređenje mikrobioma Blautia hydrogenotrophica pacijenata

[0138] Sprovedena je Faza I kliničkog ispitivanja gde je Blautia hydrogenotrophica ("Blautix", soj deponovan pod pristupnim brojem DSM 10507/14294) ordiniran humanim pacijentima koji imaju sindrom nervozni creva (IBS). Pacijentima je ordiniran Blautix tokom perioda doziranja (dan 1-16) sa periodom ispiranja u danima 19-23. Pronađeno je da je Blautix bezbedan i da se dobro toleriše. Mikrobiom Blautia hydrogenotrophica (Blautix) kod pacijenta je izmerena u danu 1, danu 16 i na kraju ispitivanja (EOS) sa rezultatima koji slede:

Tabela 1:

[0139] Analiza pokazuje trendove u Blautia hydrogenotropica nivoima u uzorcima stolice pacijenta (videti Sliku 7a). Učesnici koji su primili Blautix imaju povećane nivoe bakterija u njihovim uzorcima stolice nakon perioda doziranja (dan 16). Ovo pokazuje uspešnu isporuku Blautix u crevo. Nivoi se vraćaju na normalu nakon perioda ispiranja (Kraj ispitivanja; EOS). Prema tome, Blautix ne kolonizuje trajno crevo jednom kada doziranje prestane. Oba zapažanja su u skladu sa predkliničkim modelom.

Primer 5 –Poređenje mikrobioma Enterobacteria kod pacijenata.

[0140] Mikrobiomi Enterobacteria pacijenata su takođe mereni tokom Faze I kliničkog ispitivanja u danu 1, danu 16 i na kraju ispitivanja sa rezultatima koji slede:

[0141] Analiza pokazuje tredove u Enterobacteria nivoima u uzorcima stolice kod pacijenata (videti Sliku 7b). IBS pacijenti koji su tretirani sa Blautix su imali smanjenje u Enterobacteria. Ovo je u skladiu sa zapažanjima iz predkliničkog modela.

Primer 6 –Rezultati testa disanja vodonika

[0142] Nivoi vodonika u dahu predstavljaju biomarker Blautix aktivnosti -MoA uključuje metabolizam endogenog H2da bi se proizveo acetat. Humanim subjektima je ordinirana laktuloza i nivoi vodonika (H2) (Cmax) su uzorkovani u četiri vremenske tačke: dan 1, dan 2, dan 15 i dan 16. Nekorigovani rezultati vodonika u konvertovani u korigovane rezultate vodonika.

[0143] Neki pacijenti su isključeni iz analize. Postoje tri razloga zašto subjekat nije uključen u analizu testa ispitivanja vodonika u dahu: 1) Oni su proizveli CMAX rezultat u testu kojim se meri količina vodonika u dahu <20 u jednom od četiri dana uzorkovanja i prema tome se smatra da nisu odgovorili na test; 2) Oni su proizvodili metan (uzima se kao proizvodnja više metana u odnosu na vodonik u testu disanja), ovo utiče na odgovor vodonika i/ili 3) postojala je aberantna vrednost koja je dobijena u testu disanja kojim se meri količina vodonika (232 ppm). Subjekti 3.12 (Blautix), 3.24 (Blautix), 4.07 (Blautix) su isključeni kao ne-responderi. Subjekti 3.03 (Blautix) i 3.08 (Placebo) su isključeni kao proizvođači metana (4.07, pomenuti kao isključen gore u tekstu, takođe su bili proizvođači metana). Subjekat 4.09 (Placebo) je isključen zbog aberantne vrednosti.

[0144] Rezultati ispravljene analize vodonika iz kraja perioda doziranja (dan 15/16) su poređeni sa rezultatima iz osnovnog nivoa (dan 1/2). 10 od 12 pacijenata (83%) koji su primali Blautix su tokom ovog perioda imali smanjene količine vodonika (Slika 8a i 8c). Suprotno, 3 od 6 (50%) p pacijenata koji su primili lažni tretman (placebo) su imali smanjene nivoe vodonika (Slika 8b i 8c).

[0145] Slika 9 pokazuje nekorigovane I korigovane rezultate vodonika za grupu koja je primila Blautix (Verum) tretman zajedno sa statističkom analizom rezultata. Pronađeno je da se srednje vrednosti za oba nekorigovani i korigovani H2razlikuju između dana 1 dana 15. Posle 13.5 dana tretmana, statistički značajno (p < 0.05) smanjenje H2u Cmax testu disanja je uočeno nakon stimulacije laktulozom. Suprotno, za placebo grupu, pronađeno je da je srednja vrednost ekvivalentna za dan 1 i dan 15 (p > 0.05) (Slika 10). Prema tome, srednja vrednost za grupu koja je primila tretman (takođe, koja je ovde nazvana VERUM grupa), se smanjuje između dana 1 i dana 15 dok je srednja vrednost za placebo grupu ekvivalentna između dana 1 i dana 15 za oba, nekorigovane rezultate vodonika i korigovane rezultate vodonika (Slika 11).

Primer 7 –Ispitivanje stabilnosti

[0146] Kompozicija koja je ovde opisana koja obuhvata najmanje jedan bakterijski soj koji je ovde opisan je skladištena u zatvorenom kontejneru na 25°C ili 4°C i kontejner je postavljen u atmosferu koja ima 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 90% or 95% relativne vlažnosti. Posle 1 meseca, 2 meseca, 3 meseca, 6 meseci, 1 godine, 1.5 godine, 2 godine, 2.5 godine ili 3 godine, najmanje 50%, 60%, 70%, 80% ili 90% bakterijskog soja će ostati kao što je izmereno u jedinicama koje obrazuju kolonije određeno standarnim protokolima.

Primer 8 -Sposobnost B. hydrogenotrophica da izmeni mikrobiom kod modela pacova koji je povezan sa humanim mikrobiomom (HMA pacov)

Kratak pregled

[0147] Grupe 16 pacova koji su gajeni u sterilnom okruženju (koji obuhvataju 8 pacova u kontrolnoij grupi i 8 pacova u grupi koja prima tretman) su inokulisani mikrobiomom iz fecesa iz humanog IBS subjekta (IBS-HMA pacovi). Izvršena su tri uzatopna eksperimeta upotrebom fekalnih uzoraka iz 3 različita IBS pacijenta. Dve druge grupe pacova (n = 10) su inokulisane sa fekalnim uzorcima zdravog subjekta (n=2 subjekta; 2 grupe zdravih-HMA pacova) kao kontrole. Prema tome, postoji 24 pacova koji su povezani sa IBSmikrobiomom (kontrola), 24 pacova koji su povezani sa IBS mikrobiomom koji su treirani sa Blautix i 20 pacova koji su povezani sa zdravim mikrobiomom. Polovini IBS-HMA pacova je zatim ordinirano okom 28 dana sa kompozicijom koja obuhvata bakterijski soj B. hydrogenotrophica prema pronalasku, dok je druga polovina životinja primila kontrolni rastvor. U danu 28 nakon davanja, analiirani su nivoi mikroorganizama iz fekalnog mikrobioma, za koje je ranije utvrđeno da su pogođeni kod IBS pacijenata.

Soj

[0148] Blautia hydrogenotrophica (BH) soj DSM 10507<T>/14294.

Kompozicija i davanje

[0149] BH liofizilat je suspendovan u sterilnom mineralnom rastvoru do koncentracije koja iznosi 10<10>bakterija po ml. Dva ml iz ove suspenzije je dnevno ordinirano po IBS-HMA pacovu, oralnom gavažom, za 28 dnevni period.

[0150] Kontrolni rastvor je sterilni mineralni rastvor koji je dnevno ordiniran (2 ml po pacovu) oralnom gavažom u kontrolnoj grupi IBS-HMA pacova.

Pacovi

[0151] Fisher pacovi muškog pola koji su gajeni u sterilnoj sredini (starosti 10 nedelja) su inokulisani sa humanim fekalnim mikrobiomom iz IBS subjekta (IBS-HMA pacovi). Šesnaest pacova je inokulisano sa sa istim inokulumom iz humanog fecesa. Tri sukcesivna eksperimenta su sprovedena sa fekalnim uzrocima iz tri različita IBS subjekta. Dve druge grupe pacova često su inokulisane sa fekalnim uzorkom iz 2 zdrava subjekta (kontrolne grupe za normo-osetljivost).

Dizajn studije

[0152] Dan -14 – Inokulacija pacova koji u gajeni u sterilnom okruženju sa normalnim fekalnim mikrobiomom.

Dani 0 do 28 – Dnevna doza BH liofilizata (testirana grupa), ili kontrolni rastvor (kontrolna grupa) oralnom gavažom

Dani 0, 14 i 28 – Sakupljanje fekalnih uzoraka za mikrobnu analizu: qPCR za ispitivanje BH populacije i drugih komensalnih grupa mikroorganizama i određivanje broja funkcionalnih grupa mikroorganizama upotrebom selektivnog medijuma i strogo anaerobnog postupka.

Rezultati

[0153] Slika 12 predstavlja rezultate qPCR analize B. hydrogenotrophica populacije u fekalnim uzorcima iz IBS-HMA pacova koji primaju kontrolni rastvor ili BH liofizilat. Značajno povećanje u BH populaciji je uočeno na kraju perioda davanja (D 28) kod pacova koji primaju BH liofizilat, što potvrđuje uspešnu isporuku BH u debelom crevu.

[0154] Slika 13 prijavljuje efekat davanja B.hydrogenotrophica na određene mikroorganizme u fekalnom mikrobiomu, za koje je prethodno pronađeno da su pogođeni kod IBS pacijenata. Nivo Enterobacteriaceae vrsta opada nakon davanja B. hydrogenotrophica.

Zaključci

[0155] Davanje Blautia hydrogenotrophica je dovelo do smanjenja u Enterobacteriaceae.

Primer 9 – Promene u simpomima kod pacijenta tokom Faze I kliničkog ispitivanja

[0156] Sprovedena je Faza I kliničkog ispitivanja gde je Blautia hydrogenotrophica ("Blautix", soj deponovan pod pristupnim brojem DSM 10507 i takođe pod pristupnim brojem DSM 14294) je ordiniran humanim pacijentima koji imaju sindrom nervoznih creva (IBS). Pacijentima je ordiniran Blautix tokom perioda doziranja (dani 1-16) sa periodom ispiranja u danima 19-23. Pronađeno je da je Blautix i bezbedan kao i da se dobro podnosi. Praćena su četiri simptoma, od kojih je jedan dijareja. Studija je pokazala da li su pacijenti imali poboljšanje, nema promene ili pogoršanja u svakom od ovih simptoma. Rezultati iz pacijenata kojima je ordiniran Blautix se porede sa onima koji su dobijeni uporebom pacijenata koji su dobijali placebo. Simptomi su praćeni u tri vremeske tačke: danu 1, danu 15/16 i na kraju ispitivanja. Rezultati su prikazani na Slikama 14 i 15.

[0157] Prijavljeni simptomi pacijenta u danu 16 su poređeni sa osnovnim nivoom iz dana 1, 82% od 17 IBS pacijenata koji su primili Blautix su prijavili poboljšanje u simptomima (Slika 14). Poboljšanje u simptomima, od kojih je jedno dijareja, podržava upotrebu Blautix za lečenje ili prevenciju dijareje.

[0158] 50% pacijenata koji su primili placebo u prijavili poboljšanje u simptomoma (Slika 14). Visoke stope odgovora na placebo je uspostavljeni fenomen u kliničkim ispitivanjima IBS. Xifaxan je nedavno odobren za lečenje IBS na osnovu mnogo manjih poboljšanja u odnosu na placebo (videti: http://www.accessdata.fda.gov/spl/data/5ab6fceb-4d22-4480-81fc8bc28c16770d/5ab6fceb-4d22-4480-81fc-8bc28c16770d.xml).

[0159] Pogoršanje simptoma po završetku studije (dan 19-23) u poređenju sa simptomima koji su prisutni po završetku doziranja (dan 16) je očekivano na osnovu ovde predstavljenog učenja. Ovo pogoršanje u simptomima je uočeno u Fazi I kliničkog ispitivanja: 41% IBS pacijenata su prijavili pogoršanje u simptomima koje sledi nakon prestanka doziranja Blautix (Slika 15). Pogoršanje simptoma, od kojih je jedan dijareja, nakon prestanka doziranja Blautix prema tome takođe podržava upotrebu Blautix u lečenju ili prevenciji dijareje.

Sekvence [0160]

SEQ ID NO:2 (Blautia wexlerae soj WAL 1450716S ribozomalni RNK gen, parcijalna sekvenca -

SEQ ID NO:3 (konsenzusna 16S rRNK sekvenca za Blautia stercoris soj 830)

SEQ ID NO:4 (konenzusna 16S rRNK sekvenca za Blautia wexlerae soj MRX008) Ċ

SEQ ID NO:5 (Blautia hydrogenotrophica soj S5a3616S ribozomalni RNK gen, parcijalna sekvenca -

X95624.1)

REFERENCE

[0161]

[i] Spor et al. (2011) Nat Rev Microbiol.9(4):279-90.

[ii] Eckburg et al. (2005) Science.10;308(5728):1635-8.

[iii] Tap et al. (2009), Environ Microbiol, 11(10):2574-84.

[iv] Macpherson et al. (2001) Microbes Infect.3(12):1021-35

[v] Macpherson et al. (2002) Cell Mol Life Sci.59(12):2088-96.

[vi] Mazmanian et al. (2005) Cell 15;122(1):107-18.

[vii] Frank et al. (2007) PNAS 104(34):13780-5.

[viii] Scanlan et al. (2006) J Clin Microbiol.44(11):3980-8.

[ix] Kang et al. (2010) Inflamm Bowel Dis.16(12):2034-42.

[x] Machiels et al. (2013) Gut.63(8):1275-83.

[xi] Lopetuso et al. (2013), Gut Pathogens, 5: 23

[xii] WO 2013/050792

[xiii] WO 03/046580

[xiv] WO 2013/008039

[xv] WO 2014/167338

[xvi] Lee and Lee (2014) World J Gastroenterol.20(27): 8886-8897.

[xvii] Liu et al. (2008) Int J Syst Evol Microbiol 58, 1896-1902.

[xviii] Bernalier et al. (1996) Arch. Microbiol.166 (3), 176-183.

[xx] Masco et al. (2003) Systematic and Applied Microbiology, 26:557-563.

[xxi] Srutková et al. (2011) J. Microbiol. Methods, 87(1):10-6.

[xxii] Darfeuille-Michaud et al. (2004) Gastroenterology 127(2):412-21.

[xxiii] Strus et al. (2015) Cent Eur J Immunol.40(4):420-30.

[xxiv] Petersen et al. (2015) Scand J Gastroenterol.;50(10):1199-207.

[xxv] Miyamoto-Shinohara et al. (2008) J. Gen. Appl. Microbiol., 54, 9-24.

[xxvi] Cryopreservation and Freeze-Drying Protocols, ed. by Day and McLellan, Humana Press. [xxvii] Leslie et al. (1995) Appl. Environ. Microbiol.61, 3592-3597.

[xxviii] Mitropoulou et al. (2013) JNutr Metab. (2013) 716861.

[xxix] Kailasapathy et al. (2002) Curr Issues Intest Microbiol.3(2):39-48.

[xxx] Handbook of Pharmaceutical Excipients, 2nd Edition, (1994), Edited by A Wade and PJ Weller [xxxi] Remington’s Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co. (A. R. Gennaro edit.1985) [xxxii] US 2016/0067188

[xxxiii] Handbook of Microbiological Media, Fourth Edition (2010) Ronald Atlas, CRC Press.

[xxxiv] Maintaining Cultures for Biotechnology and Industry (1996) Jennie C. Hunter-Cevera, Academic Press

[xxxv] Strobel (2009) Methods Mol Biol.581:247-61.

[xxxvi] Gennaro (2000) Remington: The Science and Practice of Pharmacy. 20th edition, ISBN: 0683306472.

[xxxvii] Molecular Biology Techniques: An Intensive Laboratory Course, (Ream et al., eds., 1998, Academic Press).

[xxxviii] Methods In Enzymology (S. Colowick and N. Kaplan, eds., Academic Press, Inc.) [xxxix] Handbook of Experimental Immunology, Vols. I-IV (D.M. Weir and C.C. Blackwell, eds, 1986, Blackwell Scientific Publications)

[xl] Sambrook et al. (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd edition (Cold Spring Harbor Laboratory Press).

[xli] Handbook of Surface and Colloidal Chemistry (Birdi, K.S. ed., CRC Press, 1997)

[xlii] Ausubel et al. (eds) (2002) Short protocols in molecular biology, 5th edition (Current Protocols).

[xliii] PCR (Introduction to Biotechniques Series), 2nd ed. (Newton & Graham eds., 1997, Springer Verlag)

[xliv] Current Protocols in Molecular Biology (F.M. Ausubel et al., eds., 1987) Supplement 30 [xlv] Smith & Waterman (1981) Adv. Appl. Math.2: 482-489.

LISTA SEKVENCI

[0162]

Claims

Patentni zahtevi

1. Kompozicija koja obuhvata bakterijski soj roda Blautia hydrogenotrophica koji ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95% identična sa SEQ ID NO:5, za upotrebu u postupku smanjenja nivoa patogenih Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu.

2. Kompozicija za upotrebu prema zahtevu 1, pri čemu je Enterobacteriaceae E. coli.

3. Kompozicija za upotrebu prema zahtevu 1 ili zahtevu 2, pri čemu je kompozicija za upotrebu u postupku smanjenja nivoa Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu u lečenju ili prevenciji IBS, Kronove bolesti, ulcerativnog kolitisa, funkcionalne dispepsije, dijareje, gastroenteritisa, infekcije urinarnog trakta ili neonatalnog meningitisa.

4. Kompozicija za upotrebu prema zahtevu 1 ili zahtevu 2, gde je kompozicija za upotrebu u lečenju ili prevenciji dijareje, gastroenteritisa, infekcije urinarnog trakta ili neonatalnog meningitisa.

5. Kompozicija koja obuhvata bakterijski soj roda Blautia hydrogenotrophica koji ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95% identična sa SEQ ID NO:5, za upotrebu u lečenju infekcija koje su prouzrokovane patogenim Enterobacteriaceae u gastrointestinalnom traktu.

6. Kompozicija za upotrebu prema zahtevu 5, pri čemu je infekcija prouzrokovana patogenim Enterobacteriaceae E. coli infekcija.

7. Kompozicija za upotrebu prema bilo kom prethodnom zahtevu, gde bakterijski soj ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 97%, 98%, 99%, 99.5% or 99.9% idenična sa SEQID NO:5 ili koja ima 16s rRNK sekvencu SEQ ID NO:5.

8. Kompozicija za upotrebu prema zahtevu 1, gde kompozicija obuhvata bakterijski soj vrsta Blautia hydrogenotrophica koji ima 16s rRNK sekvencu koja je najmanje 95% identična sa SEQ ID NO:5, za upotrebu u postupku smanjenja nivoa patogenih Enterobacteriaceae u gastrointetinalnom traktu subjekta kome je dijagnostikovan IBS.

9. Kompozicija za upotrebu prema bilo kom prethodnom zahtevu, pri čemu je kompozicija za oralno davanje.

10. Kompozicija za upotrebu prema bilo kom prethodnom zahtevu, pri čemu kompoziija obuhvata jedan ili više farmaceutski prihvatljivih ekscipijenasa ili nosača.

11. Kompozicija za upotrebu prema bilo kom prethodnom zahtevu, gde je bakterijski soj liofilizovan.

12. Kompozicija za upotrebu prema bilo kom prethodnom zahtevu, gde je bakterijski soj vijabilan.

13. Kompozicija za upotrebu prema bilo kom prethodnom zahtevu, gde kompozicija obuhvata jedan soj.

14. Kompozicija za upotrebu prema bilo kom prethodnom zahtevu, koji obuhvata Blautia hydrogenotrophica bakterijski soj kao deo mikrobnog konzorcijuma.

15. Hranljivi proizvod koji obuhvata kompoziciju prema bilo kom prethodnom zahtevu, za upotrebu prema bilo kom prethodnom zahtevu.