RU2012109893A - Зонд td и его применения - Google Patents

Зонд td и его применения Download PDF

Info

Publication number
RU2012109893A
RU2012109893A RU2012109893/10A RU2012109893A RU2012109893A RU 2012109893 A RU2012109893 A RU 2012109893A RU 2012109893/10 A RU2012109893/10 A RU 2012109893/10A RU 2012109893 A RU2012109893 A RU 2012109893A RU 2012109893 A RU2012109893 A RU 2012109893A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
nucleic acid
probe
terminal
hybridization
acid sequence
Prior art date
Application number
RU2012109893/10A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2542478C2 (ru
Inventor
Джон Йоон ЧУН
Ин Таэк ХВАН
Сан Кил ЛЕЭ
Original Assignee
Сиджен, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Сиджен, Инк. filed Critical Сиджен, Инк.
Publication of RU2012109893A publication Critical patent/RU2012109893A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2542478C2 publication Critical patent/RU2542478C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/34—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving hydrolase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C12Q1/6818—Hybridisation assays characterised by the detection means involving interaction of two or more labels, e.g. resonant energy transfer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C12Q1/6823—Release of bound markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6832—Enhancement of hybridisation reaction
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

1. Дискриминирующий мишень зонд (TD-зонд), имеющий структуру модифицированного олигонуклеотида с двойной специфичностью (mDSO), представленную следующей общей формулой I, позволяющий отличать (то есть дискриминировать) нуклеиновокислотную последовательность-мишень от нуклеиновокислотной последовательности, не являющейся мишенью:где Х'представляет собой 5'-концевой второй участок гибридизации, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; Y'представляет собой разделительный участок, содержащий по меньшей мере три универсальных основания; Z'представляет собой 3'-концевой первый участок гибридизации, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; р, q и r представляют количество нуклеотидов; и X', Y' и Z' представляют собой дезоксирибонуклеотиды или рибонуклеотиды; Т(температура плавления) 5'-концевого второго участка гибридизации ниже, чем у 3'-концевого первого участка гибридизации, и разделительный участок имеет самую низкую Тсреди этих трех участков Х', Y'и Z'; разделительный участок отделяет 5'-концевой второй участок гибридизации от 3'-концевого первого участка гибридизации с точки зрения событий гибридизации с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, в силу чего специфичность гибридизации TD-зонда определяется двойственно 5'-концевым вторым участком гибридизации и 3'-концевым первым участком гибридизации, так что общая специфичность гибридизации TD-зонда является повышенной; при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последователь�

Claims (40)

1. Дискриминирующий мишень зонд (TD-зонд), имеющий структуру модифицированного олигонуклеотида с двойной специфичностью (mDSO), представленную следующей общей формулой I, позволяющий отличать (то есть дискриминировать) нуклеиновокислотную последовательность-мишень от нуклеиновокислотной последовательности, не являющейся мишенью:
5 ' − X ' p − Y ' q − Z ' r − 3 ' ,           ( I )
Figure 00000001
где Х'р представляет собой 5'-концевой второй участок гибридизации, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; Y'q представляет собой разделительный участок, содержащий по меньшей мере три универсальных основания; Z'r представляет собой 3'-концевой первый участок гибридизации, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; р, q и r представляют количество нуклеотидов; и X', Y' и Z' представляют собой дезоксирибонуклеотиды или рибонуклеотиды; Тпл (температура плавления) 5'-концевого второго участка гибридизации ниже, чем у 3'-концевого первого участка гибридизации, и разделительный участок имеет самую низкую Тпл среди этих трех участков Х'р, Y'q и Z'r; разделительный участок отделяет 5'-концевой второй участок гибридизации от 3'-концевого первого участка гибридизации с точки зрения событий гибридизации с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, в силу чего специфичность гибридизации TD-зонда определяется двойственно 5'-концевым вторым участком гибридизации и 3'-концевым первым участком гибридизации, так что общая специфичность гибридизации TD-зонда является повышенной; при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, тогда и 5'-концевой второй участок гибридизации, и 3'-концевой первый участок гибридизации оба гибридизуются с данной нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью; при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью, не являющейся мишенью, тогда и 5'-концевой второй участок гибридизации, и разделительный участок оба образуют одиночную цепь, на основании чего TD-зонд позволяет отличать нуклеиновокислотную последовательность-мишень от нуклеиновокислотной последовательности, не являющейся мишенью.
2. TD-зонд по п.1, где зонд имеет метку или систему взаимодействующих меток, содержащую некоторое количество меток для генерирования детектируемого сигнала.
3. TD-зонд по п.1, где Тпл 3'-концевого первого участка гибридизации находится в диапазоне от 40°С до 80°С.
4. TD-зонд по п.1, где Тпл 5'-концевого второго участка гибридизации находится в диапазоне от 6°С до 40°С.
5. TD-зонд по п.1, где Тпл разделительного участка находится в диапазоне от 2°С до 15°С.
6. Способ детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени из ДНК или смеси нуклеиновых кислот с использованием дискриминирующего мишень зонда (TD-зонда), включающий стадии:
(а) гибридизации нуклеиновокислотной последовательности-мишени с TD-зондом, имеющим гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; где TD-зонд имеет структуру модифицированного олигонуклеотида с двойной специфичностью (mDSO), представленную следующей общей формулой I:
5 ' − X ' p − Y ' q − Z ' r − 3 ' ,           ( I )
Figure 00000001
где Х'р представляет собой 5'-концевой второй участок гибридизации, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; Y'q представляет собой разделительный участок, содержащий по меньшей мере три универсальных основания; Z'r представляет собой 3'-концевой первый участок гибридизации, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; TD-зонд содержит две метки - флуоресцентную репортерную молекулу и молекулу-гаситель, способную гасить флуоресценцию репортерной молекулы; по меньшей мере одна молекула из флуоресцентной репортерной молекулы и молекулы-гасителя, расположена на 5'-концевом втором участке гибридизации; р, q и r представляют количество нуклеотидов; и X', Y' и Z' представляют собой дезоксирибонуклеотиды или рибонуклеотиды; Тпл 5'-концевого второго участка гибридизации ниже, чем у 3'-концевого первого участка гибридизации, и разделительный участок имеет самую низкую Тпл среди этих трех участков Х'р, Y'q и Z'r; разделительный участок отделяет 5'-концевой второй участок гибридизации от 3'-концевого первого участка гибридизации с точки зрения событий гибридизации с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, в силу чего специфичность гибридизации TD-зонда определяется двойственно 5'-концевым вторым участком гибридизации и 3'-концевым первым участком гибридизации, так что общая специфичность гибридизации TD-зонда является повышенной;
при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, тогда и 5'-концевой второй участок гибридизации, и 3'-концевой первый участок гибридизации оба гибридизуются с данной нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, а 5'-концевой второй участок гибридизации переваривается ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активностью; при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью, не являющейся мишенью, тогда и 5'-концевой второй участок гибридизации, и разделительный участок оба образуют одиночную цепь, вследствие чего 5'-концевой второй участок гибридизации не переваривается ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активностью, на основании чего TD-зонд позволяет отличать нуклеиновокислотную последовательность-мишень от нуклеиновокислотной последовательности, не являющейся мишенью,
(b) приведения в контакт продукта со стадии (а) с ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активностью; при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, 5'-концевой второй участок гибридизации переваривается ферментом, обладающим 5'→-3'-экзонуклеазной активностью, с целью разъединения флуоресцентной репортерной молекулы и молекулы-гасителя на TD-зонде, в результате чего генерируется сигнал флуоресценции; при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью, не являющейся мишенью, 5'-концевой второй участок гибридизации не переваривается ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активностью, в результате чего сигнал флуоресценции будет отсутствовать; и
(c) детекции сигнала флуоресценции, так что сигнал флуоресценции, генерируемый в результате переваривания 5'-концевого второго участка гибридизации, является указанием на наличие нуклеиновокислотной последовательности-мишени.
7. Способ по п.6, где фермент, обладающий 5'→3'-экзонуклеазной активностью, представляет собой матричную полимеразу нуклеиновых кислот, обладающую 5'→3'-экзонуклеазной активностью.
8. Способ по п.6, где стадию (а) выполняют с использованием TD-зонда вместе с прямым праймером, подлежащим гибридизации с сайтом, расположенным "вниз по течению" относительно сайта гибридизации TD-зонда, и ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активностью, является матричная полимераза нуклеиновых кислот, обладающая 5'→3'-экзонуклеазной активностью, так что прямой праймер удлиняется под действием матричной полимеразы нуклеиновых кислот на стадии (b).
9. Способ по п.6, где стадию (а) выполняют с использованием TD-зонда вместе с обратным праймером, и ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активностью, является матричная полимераза нуклеиновых кислот, обладающая 5'→3'-экзонуклеазной активностью, так что на стадии (b) получают нуклеиновокислотную последовательность-мишень, гибридизуемую с TD-зондом благодаря реакции удлинения обратного праймера под действием матричной полимеразы нуклеиновых кислот.
10. Способ по п.6, где флуоресцентная репортерная молекула и молекула-гаситель обе расположены на 5'-концевом втором участке гибридизации, либо флуоресцентная репортерная молекула и молекула-гаситель каждая расположена каждый раз на своем участке, выбранном из 5'-концевого второго участка гибридизации и разделительного участка.
11. Способ по п.6, где флуоресцентная репортерная молекула и молекула-гаситель каждая расположена каждый раз на своем участке, выбранном из 5'-концевого второго участка гибридизации и 3'-концевого первого участка гибридизации.
12. Способ по п.6, дополнительно включающий повторение стадий (а)-(b) или (а)-(с) вместе со стадией денатурации между повторяющимися циклами.
13. Способ по п.6, где нуклеиновокислотная последовательность-мишень включает по меньшей мере два типа нуклеиновокислотных последовательностей, и TD-зонд включает по меньшей мере два типа зондов.
14. Способ по п.8, где нуклеиновокислотная последовательность-мишень включает по меньшей мере два типа нуклеиновокислотных последовательностей, TD-зонд включает по меньшей мере два типа зондов и прямой праймер включает по меньшей мере два типа праймеров или обратный праймер включает по меньшей мере два типа праймеров.
15. Способ по п.6, где вариабельность нуклеотидов в нуклеиновокислотной последовательности-мишени присутствует в сайте, расположенном напротив 5'-концевого второго участка гибридизации TD-зонда.
16. Способ по п.6, где в состав TD-зонда входит блокирующий сайт, содержащий в качестве молекулы-блокатора по меньшей мере один нуклеотид, устойчивый к расщеплению под действием фермента, обладающего 5'→3'-экзонуклеазной активностью, и блокирующий сайт расположен в 3'-концевом участке гибридизации TD-зонда.
17. Способ детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени из ДНК или смеси нуклеиновых кислот на твердой фазе с использованием дискриминирующего мишень зонда (TD-зонда), включающий стадии:
(а) гибридизации нуклеиновокислотной последовательности-мишени с TD-зондом, имеющим гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; где TD-зонд иммобилизован через свой 3'-конец на поверхности твердой подложки; где TD-зонд имеет структуру модифицированного олигонуклеотида с двойной специфичностью (mDSO), представленную следующей общей формулой I:
5 ' − X ' p − Y ' q − Z ' r − 3 ' ,           ( I )
Figure 00000002
где Х'р представляет собой 5'-концевой второй участок гибридизации, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; Y'q представляет собой разделительный участок, содержащий по меньшей мере три универсальных основания; Z'r представляет собой 3'-концевой первый участок гибридизации, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; TD-зонд имеет метку, генерирующую детектируемый сигнал, и эта метка расположена на 5'-концевом втором участке гибридизации TD-зонда; р, q и r представляют количество нуклеотидов; и X', Y' и Z' представляют собой дезоксирибонуклеотиды или рибонуклеотиды; Тпл 5'-концевого второго участка гибридизации ниже, чем у 3'-концевого первого участка гибридизации, и разделительный участок имеет самую низкую Тпл среди этих трех участков Х'р, Y'q и Z'r; разделительный участок отделяет 5'-концевой второй участок гибридизации от 3'-концевого первого участка гибридизации с точки зрения событий гибридизации с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, в силу чего специфичность гибридизации TD-зонда определяется двойственно 5'-концевым вторым участком гибридизации и 3'-концевым первым участком гибридизации, так что общая специфичность гибридизации TD-зонда является повышенной;
при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, тогда и 5'-концевой второй участок гибридизации, и 3'-концевой первый участок гибридизации оба гибридизуются с данной нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, а 5'-концевой второй участок гибридизации переваривается ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активностью; при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью, не являющейся мишенью, тогда и 5'-концевой второй участок гибридизации, и разделительный участок оба образуют одиночную цепь, вследствие чего 5'-концевой второй участок гибридизации не переваривается ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активностью, на основании чего TD-зонд позволяет отличать нуклеиновокислотную последовательность-мишень от нуклеиновокислотной последовательности, не являющейся мишенью;
(b) приведения в контакт продукта со стадии (а) с ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активностью; при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, его 5'-концевой второй участок гибридизации переваривается ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активностью, с высвобождением метки из TD-зонда, в результате чего изменяется сигнал от TD-зонда, иммобилизованного на твердой подложке; при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью, не являющейся мишенью, 5'-концевой второй участок гибридизации не переваривается ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активность, в результате чего не происходит никакого изменения сигнала на TD-зонде, иммобилизованном на твердой подложке, в силу чего изменение сигнала на твердой подложке детектируют для определения наличия нуклеиновокислотной последовательности-мишени; и
(c) детекции изменения сигнала на твердой подложке, так что изменение сигнала в результате переваривания на 5'-концевом втором участке гибридизации указывает на наличие нуклеиновокислотной последовательности-мишени.
18. Способ по п.17, где метка представляет собой флуоресцентную репортерную молекулу и изменение сигнала представляет собой уменьшение или исчезновение сигналов флуоресценции на твердой подложке.
19. Способ по п.17, где метка представляет собой систему взаимодействующих меток, содержащую пару, состоящую из флуоресцентной репортерной молекулы и молекулы-гасителя, и TD-зонд имеет одну из молекул, выбранную из репортерной молекулы и молекулы-гасителя, расположенную в сайте на 5'-концевом втором участке гибридизации, подлежащем перевариванию ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активностью, а другую - в сайте, не подлежащем перевариванию ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активностью.
20. Способ по п.19, где молекула-гаситель расположена в сайте на 5'-концевом втором участке гибридизации TD-зонда, подлежащем перевариванию ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активностью, а флуоресцентная репортерная молекула расположена в сайте, не подлежащем перевариванию ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активностью; при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, его 5'-концевой второй участок гибридизации переваривается ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активностью, с отделением флуоресцентной репортерной молекулы от молекулы-гасителя на TD-зонде, в результате чего генерируется сигнал флуоресценции; при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью, не являющейся мишенью, 5'-концевой второй участок гибридизации не переваривается ферментом, обладающим 5'→3'-экзонуклеазной активностью, в результате чего сигнал флуоресценции будет отсутствовать; тем самым осуществляется детекция сигнала флуоресценции на твердой подложке для определения наличия нуклеиновокислотной последовательности-мишени.
21. Способ по п.17, дополнительно включающий повторение стадий (а)-(b) или (а)-(с) вместе со стадией денатурации между повторяющимися циклами.
22. Способ по п.17, где нуклеиновокислотная последовательность-мишень включает по меньшей мере два типа нуклеиновокислотных последовательностей, и TD-зонд включает по меньшей мере два типа зондов.
23. Способ по п.17, где эта нуклеиновокислотная последовательность-мишень содержит вариабельность нуклеотидов и вариабельность нуклеотидов в нуклеиновокислотной последовательности-мишени присутствует в сайте, расположенном напротив 5'-концевого второго участка гибридизации TD-зонда.
24. Способ по п.17, где в состав TD-зонда входит блокирующий сайт, содержащий в качестве молекулы-блокатора по меньшей мере один нуклеотид, устойчивый к расщеплению под действием фермента, обладающего 5'→3'-экзонуклеазной активностью, и блокирующий сайт расположен в 3'-концевом участке гибридизации TD-зонда.
25. Способ детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени из ДНК или смеси нуклеиновых кислот с использованием дискриминирующего мишень зонда (TD-зонда) и полимеразной цепной реакции (ПЦР), включающий стадии:
(а) приготовления смеси для ПЦР, содержащей (1) нуклеиновокислотную последовательность-мишень, (2) TD-зонд, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, (3) пару праймеров, состоящую из двух праймеров в качестве прямого праймера и обратного праймера, каждый из которых имеет гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени, и (4) матричную полимеразу нуклеиновых кислот, обладающую 5→3'-экзонуклеазной активностью; где TD-зонд гибридизуется с сайтом, расположенным между двумя этими праймерами; где TD-зонд имеет структуру модифицированного олигонуклеотида с двойной специфичностью (mDSO), представленную следующей общей формулой I:
5 ' − X ' p − Y ' q − Z ' r − 3 ' ,           ( I )
Figure 00000002
где Х'р представляет собой 5'-концевой второй участок гибридизации, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; Y'q представляет собой разделительный участок, содержащий по меньшей мере три универсальных основания; Z'r представляет собой 3'-концевой первый участок гибридизации, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; TD-зонд содержит две метки - флуоресцентную репортерную молекулу и молекулу-гаситель, способную гасить флуоресценцию репортерной молекулы; флуоресцентная репортерная молекула и молекула-гаситель обе расположены на 5'-концевом втором участке гибридизации, или репортерная молекула и молекула-гаситель каждая расположена каждый раз на своем участке, выбранном из 5'-концевого второго участка гибридизации и разделительного участка; р, q и r представляют количество нуклеотидов; и X', Y' и Z' представляют собой дезоксирибонуклеотиды или рибонуклеотиды; Тпл 5'-концевого второго участка гибридизации ниже, чем у 3'-концевого первого участка гибридизации, и разделительный участок имеет самую низкую Тпл среди этих трех участков Х'р, Y'q и Z'r; разделительный участок отделяет 5'-концевой второй участок гибридизации от 3'-концевого первого участка гибридизации с точки зрения событий гибридизации с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, в силу чего специфичность гибридизации TD-зонда определяется двойственно 5'-концевым вторым участком гибридизации и 3'-концевым первым участком гибридизации, так что общая специфичность гибридизации TD-зонда является повышенной;
при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, тогда и 5'-концевой второй участок гибридизации, и 3'-концевой первый участок гибридизации оба гибридизуются с данной нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, и 5'-концевой второй участок гибридизации переваривается в результате проявления 5'→3'-экзонуклеазной активности матричной полимеразы нуклеиновых кислот; при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью, не являющейся мишенью, тогда и 5'-концевой второй участок гибридизации, и разделительный участок оба образуют одиночную цепь, вследствие чего 5'-концевой второй участок гибридизации не переваривается в результате проявления 5'→3'-экзонуклеазной активности матричной полимеразы нуклеиновых кислот, на основании чего TD-зонд позволяет отличать нуклеиновокислотную последовательность-мишень от нуклеиновокислотной последовательности, не являющейся мишенью,
(b) амплификации нуклеиновокислотной последовательности-мишени с использованием смеси для ПЦР посредством проведения по меньшей мере двух циклов отжига праймеров, удлинения праймеров и денатурации, при этом данные два праймера удлиняются под действием полимеразной активности матричной полимеразы нуклеиновых кислот для амплификации нуклеиновокислотной последовательности-мишени; при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, 5'-концевой второй участок гибридизации переваривается в результате проявления 5'→3'-экзонуклеазной активности матричной полимеразы нуклеиновых кислот с отделением флуоресцентной репортерной молекулы от молекулы-гасителя на TD-зонде, в результате чего генерируется сигнал флуоресценции; при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью, не являющейся мишенью, 5'-концевой второй участок гибридизации не переваривается в результате проявления 5'→3'-экзонуклеазной активности матричной полимеразы нуклеиновых кислот, так что флуоресцентная репортерная молекула не отделяется от молекулы-гасителя на TD-зонде, в результате чего сигнал флуоресценции будет отсутствовать; и
(c) детекции сигнала флуоресценции, так что генерируемый сигнал флуоресценции указывает на наличие нуклеиновокислотной последовательности-мишени.
26. Способ по п.25, где нуклеиновокислотная последовательность-мишень включает по меньшей мере два типа нуклеиновокислотных последовательностей, TD-зонд включает по меньшей мере два типа зондов, прямой праймер включает по меньшей мере два типа праймеров и обратный праймер включает по меньшей мере два типа праймеров.
27. Способ по п.25, где эта нуклеиновокислотная последовательность-мишень содержит вариабельность нуклеотидов и вариабельность нуклеотидов в нуклеиновокислотной последовательности-мишени присутствует в сайте, расположенном напротив 5'-концевого второго участка гибридизации TD-зонда.
28. Способ детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени из ДНК или смеси нуклеиновых кислот с использованием дискриминирующего мишень зонда (TD-зонда) с применением реакции лигирования, включающий стадии:
(а) гибридизации нуклеиновокислотной последовательности-мишени с первым зондом, имеющим гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную первому сайту нуклеиновокислотной последовательности-мишени, и вторым зондом, имеющим гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную второму сайту нуклеиновокислотной последовательности-мишени, который расположен "вверх по течению" относительно первого сайта; где по меньшей мере один зонд, выбранный из первого зонда или второго зонда, содержит метку для генерации детектируемого сигнала; где второй зонд представляет собой TD-зонд; где TD-зонд имеет структуру модифицированного олигонуклеотида с двойной специфичностью (mDSO), представленную следующей общей формулой I:
5 ' − X ' p − Y ' q − Z ' r − 3 ' ,           ( I )
Figure 00000002
где Х'р представляет собой 5'-концевой второй участок гибридизации, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; Y'q представляет собой разделительный участок, содержащий по меньшей мере три универсальных основания; Z'r представляет собой 3'-концевой первый участок гибридизации, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; р, q и r представляют количество нуклеотидов; и X', Y' и Z' представляют собой дезоксирибонуклеотиды или рибонуклеотиды; Тпл 5'-концевого второго участка гибридизации ниже, чем у 3'-концевого первого участка гибридизации, и разделительный участок имеет самую низкую Тпл среди этих трех участков Х'р, Y'q и Z'r; разделительный участок отделяет 5'-концевой второй участок гибридизации от 3'-концевого первого участка гибридизации с точки зрения событий гибридизации с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, в силу чего специфичность гибридизации TD-зонда определяется двойственно 5'-концевым вторым участком гибридизации и 3'-концевым первым участком гибридизации, так что общая специфичность гибридизации TD-зонда является повышенной;
при этом, когда второй зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, тогда и 5'-концевой второй участок гибридизации, и 3'-концевой первый участок гибридизации второго зонда оба гибридизуются с данной нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, что позволяет осуществлять лигирование первого зонда и второго зонда; при этом, когда второй зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью, не являющейся мишенью, тогда и 5'-концевой второй участок гибридизации, и разделительный участок второго зонда оба образуют одиночную цепь, так что первый зонд и второй зонд не подвергаются лигированию, на основании чего второй зонд позволяет отличать нуклеиновокислотную последовательность-мишень от нуклеиновокислотной последовательности, не являющейся мишенью;
(b) лигирования первого зонда и второго зонда, гибридизованных с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, с получением лигированного зонда;
(c) денатурации продукта со стадии (b);
(d) детекции сигнала от метки на лигированном зонде, так что сигнал указывает на наличие нуклеиновокислотной последовательности-мишени.
29. Способ по п.28, где метка представляет собой систему взаимодействующих меток, содержащую пару, состоящую из репортерной молекулы и молекулы-гасителя.
30. Способ по п.28, где первый зонд имеет структуру олигонуклеотида с двойной специфичностью (DSO), представленную следующей общей формулой II:
5 ' − X ' p − Y ' q − Z ' r − 3 ' ,           ( I )
Figure 00000002
где Хр представляет собой 5'-концевой первый участок гибридизации, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновой кислоте-мишени; Yq представляет собой разделительный участок, содержащий по меньшей мере три универсальных основания; Zr представляет собой 3'-концевой второй участок гибридизации, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновой кислоте-мишени; р, q и r представляют количество нуклеотидов, и X, Y и Z представляют собой дезоксирибонуклеотиды или рибонуклеотиды; Тпл 5'-концевого первого участка гибридизации выше, чем у 3'-концевого второго участка гибридизации, и разделительный участок имеет самую низкую Тпл среди этих трех участков; разделительный участок отделяет 5'-концевой первый участок гибридизации от 3'-концевого второго участка гибридизации с точки зрения событий гибридизации с нуклеиновой кислотой-мишенью, в силу чего специфичность гибридизации олигонуклеотида определяется двойственно 5'-концевым первым участком гибридизации и 3'-концевым вторым участком гибридизации, так что общая специфичность гибридизации олигонуклеотида является повышенной.
31. Способ по п.28, дополнительно включающий повторение стадий (а)-(с) или (a)-(d).
32. Способ по п.28, который осуществляют на твердой фазе; где первый зонд иммобилизован через свой 5'-конец на поверхности твердой подложки, а второй зонд не иммобилизован.
33. Способ по п.28, который выполняют на твердой фазе; где второй зонд иммобилизован через свой 3'-конец на поверхности твердой подложки, а первый зонд не иммобилизован.
34. Способ по п.28, где нуклеиновокислотная последовательность-мишень включает по меньшей мере два типа нуклеиновокислотных последовательностей, и первый зонд и второй зонд каждый включает по меньшей мере два типа зондов.
35. Способ по п.28, где эта нуклеиновокислотная последовательность-мишень содержит вариабельность нуклеотидов и вариабельность нуклеотидов в нуклеиновокислотной последовательности-мишени присутствует в сайте, расположенном напротив 5'-концевого второго участка гибридизации второго зонда.
36. Способ детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени из ДНК или смеси нуклеиновых кислот с использованием дискриминирующего мишень зонда (TD-зонда), включающий стадии:
(а) гибридизации нуклеиновокислотной последовательности-мишени с TD-зондом, имеющим гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; где TD-зонд имеет структуру модифицированного олигонуклеотида с двойной специфичностью (mDSO), представленную следующей общей формулой I:
5 ' − X ' p − Y ' q − Z ' r − 3 ' ,           ( I )
Figure 00000002
где Х'р представляет собой 5'-концевой второй участок гибридизации, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; Y'q представляет собой разделительный участок, содержащий по меньшей мере три универсальных основания; Z'r представляет собой 3'-концевой первый участок гибридизации, имеющий гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновокислотной последовательности-мишени; TD-зонд содержит в качестве метки флуоресцентную репортерную молекулу на 5'-концевом втором участке гибридизации; р, q и r представляют количество нуклеотидов; и X', Y' и Z' представляют собой дезоксирибонуклеотиды или рибонуклеотиды; Тпл 5'-концевого второго участка гибридизации ниже, чем у 3'-концевого первого участка гибридизации, и разделительный участок имеет самую низкую Тпл среди этих трех участков X'p, Y'q и Z'r; разделительный участок отделяет 5'-концевой второй участок гибридизации от 3'-концевого первого участка гибридизации с точки зрения событий гибридизации с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, в силу чего специфичность гибридизации TD-зонда определяется двойственно 5'-концевым вторым участком гибридизации и 3'-концевым первым участком гибридизации, так что общая специфичность гибридизации TD-зонда является повышенной;
при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, тогда и 5'-концевой второй участок гибридизации, и 3'-концевой первый участок гибридизации оба гибридизуются с данной нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, индуцируя изменение флуоресценции от флуоресцентной репортерной молекулы; при этом, когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью, не являющейся мишенью, тогда и 5'-концевой второй участок гибридизации, и разделительный участок оба образуют одиночную цепь, не индуцируя изменения флуоресценции от флуоресцентной репортерной молекулы, на основании чего TD-зонд позволяет отличать нуклеиновокислотную последовательность-мишень от нуклеиновокислотной последовательности, не являющейся мишенью; и
(b) детекции изменения флуоресценции, так что изменение флуоресценции указывает на наличие нуклеиновокислотной последовательности-мишени.
37. Способ по п.36, где стадию (а) выполняют с использованием TD-зонда вместе с обратным праймером и матричной полимеразой нуклеиновых кислот, так что образуется дополнительное количество нуклеиновокислотной последовательности-мишени, гибридизуемой с TD-зондом, что усиливает изменение флуоресценции, указывающее на наличие нуклеиновокислотной последовательности-мишени.
38. Способ по п.36, где стадию (а) выполняют с использованием TD-зонда вместе с парой праймеров, состоящей из двух праймеров в качестве прямого праймера и обратного праймера, и матричной полимеразой нуклеиновых кислот, так что нуклеиновокислотная последовательность-мишень, гибридизуемая с TD-зондом, амплифицируется в результате ПЦР, что усиливает изменение флуоресценции, указывающее на наличие нуклеиновокислотной последовательности-мишени.
39. Способ по п.36, где TD-зонд дополнительно метят молекулой-гасителем, способной гасить флуоресценцию репортерной молекулы.
40. Способ, позволяющий с помощью молекулы зонда отличать нуклеиновокислотную последовательность-мишень от нуклеиновокислотной последовательности, не являющейся мишенью, включающий стадии:
(a) выбора нуклеиновокислотной последовательности-мишени;
(b) конструирования последовательности молекулы зонда, содержащей (1) гибридизующуюся последовательность, комплементарную нуклеиновой кислоты-мишени, и (2) разделительный участок, содержащий по меньшей мере три универсальных основания, так что разделительный участок располагается посередине в гибридизующейся последовательности с образованием трех участков в молекуле зонда; и
(c) определения положения разделительного участка в молекуле зонда, позволяющего участку, расположенному в 5'-направлении от разделительного участка, иметь более низкую Тпл, чем участку расположенному в 3'-направлении от разделительного участка, и позволяющего разделительному участку иметь наиболее низкую Тпл среди этих трех участков, тем самым обеспечивая получение молекулы зонда, имеющей три разных участка с отличающимися друг от друга величинами Тпл, среди которых (1) 5'-концевой второй участок гибридизации молекулы зонда имеет гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновой кислоте-мишени, (2) 3'-концевой первый участок гибридизации молекулы зонда имеет гибридизующуюся нуклеотидную последовательность, комплементарную нуклеиновой кислоте-мишени; и (3) разделительный участок молекулы зонда, расположенный между 5'-концевым вторым участком гибридизации и 3'-концевым первым участком гибридизации, содержит по меньшей мере три универсальных основания; и Тпл 5'-концевого второго участка гибридизации ниже, чем у 3'-концевого первого участка гибридизации, и разделительный участок имеет самую низкую Тпл среди этих трех участков,
при этом, когда молекула зонда гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью, тогда и 5'-концевой второй участок гибридизации, и 3'-концевой первый участок гибридизации второго зонда оба гибридизуются с данной нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью; при этом, когда молекула зонда гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью, не являющейся мишенью, тогда и 5'-концевой второй участок гибридизации, и разделительный участок оба образуют одиночную цепь, на основании чего молекула зонда позволяет отличать нуклеиновокислотную последовательность-мишень от нуклеиновокислотной последовательности, не являющейся мишенью.
RU2012109893/10A 2009-09-03 2010-09-02 Дискриминирующий мишень зонд, способ его конструирования и способ детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени (варианты) RU2542478C2 (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR20090083196 2009-09-03
KR10-2009-0083196 2009-09-03
KRPCT/KR2010/004119 2010-06-24
PCT/KR2010/004119 WO2011027966A2 (en) 2009-09-03 2010-06-24 Td probe and its uses
PCT/KR2010/005971 WO2011028041A2 (en) 2009-09-03 2010-09-02 Td probe and its uses

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2012109893A true RU2012109893A (ru) 2013-10-10
RU2542478C2 RU2542478C2 (ru) 2015-02-20

Family

ID=43649738

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2012109893/10A RU2542478C2 (ru) 2009-09-03 2010-09-02 Дискриминирующий мишень зонд, способ его конструирования и способ детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени (варианты)

Country Status (16)

Country Link
US (2) US20120220468A1 (ru)
EP (1) EP2473634B1 (ru)
JP (1) JP5653437B2 (ru)
KR (1) KR101481004B1 (ru)
CN (2) CN106434857A (ru)
AU (1) AU2010290277B2 (ru)
BR (1) BR112012008102B1 (ru)
CA (1) CA2770588C (ru)
IL (1) IL218406A (ru)
MX (1) MX2012002609A (ru)
MY (1) MY157531A (ru)
NZ (1) NZ598821A (ru)
RU (1) RU2542478C2 (ru)
SG (2) SG10201405412RA (ru)
WO (2) WO2011027966A2 (ru)
ZA (1) ZA201201733B (ru)

Families Citing this family (39)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9447457B2 (en) * 2009-09-24 2016-09-20 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences by cyclic exonucleolytic reactions
KR20110050327A (ko) * 2009-11-07 2011-05-13 주식회사 씨젠 Ｔｈｄ 프라이머 타겟 검출
WO2012039529A1 (en) * 2010-09-20 2012-03-29 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences by exonucleolytic activity using single-labeled immobilized probes on solid phase
KR20120042100A (ko) 2010-10-22 2012-05-03 주식회사 씨젠 이중표지 고정화 프로브를 이용한 고상에서의 타겟 핵산서열 검출
MX352460B (es) 2011-01-11 2017-11-24 Seegene Inc Detección de secuencias de ácido nucleico objetivo mediante ensayo de escisión y extensión del pto.
JP5852222B2 (ja) 2011-03-29 2016-02-03 シージーン アイエヌシー Ｐｔｏ切断及び延長−依存的切断によるターゲット核酸配列の検出
MX342067B (es) 2011-05-04 2016-09-09 Seegene Inc Detección de secuencias de ácido nucleico objetivo por desdoblamiento e hibridización de oligonucleótido de sonda.
KR20210056458A (ko) * 2011-05-04 2021-05-18 바이오셉트 인코포레이티드 핵산 서열 변이체를 검출하는 방법
MX355453B (es) * 2011-08-24 2018-04-18 Grifols Therapeutics Inc Composiciones, métodos y kits para la hibridación de ácidos nucleicos.
GB201116131D0 (en) 2011-09-19 2011-11-02 Epistem Ltd Probe
KR20130101952A (ko) * 2012-02-02 2013-09-16 주식회사 씨젠 Ｐｔｏ 절단과 연장-의존적 혼성화를 이용한 타겟 핵산서열의 검출
EP2823061B1 (en) 2012-03-05 2018-02-14 Seegene, Inc. Detection of nucleotide variation on target nucleic acid sequence by pto cleavage and extension assay
WO2013157821A1 (en) 2012-04-19 2013-10-24 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequence by pto cleavage and extension-dependent signaling oligonucleotide cleavage
RU2015103777A (ru) * 2012-07-17 2016-09-10 Дна Лоджикс, Инк. Кооперативные праймеры, зонды и их применения
US20140038182A1 (en) 2012-07-17 2014-02-06 Dna Logix, Inc. Cooperative primers, probes, and applications thereof
KR102351434B1 (ko) 2013-02-07 2022-01-17 러트거즈,더스테이트유니버시티오브뉴저지 고도로 선택적인 핵산 증폭 프라이머
AU2014200958B2 (en) 2013-02-25 2016-01-14 Seegene, Inc. Detection of nucleotide variation on target nucleic acid sequence
JP6050555B2 (ja) 2013-07-15 2016-12-21 シージーン アイエヌシー Ｐｔｏの切断及び延長−依存的固定化オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションを用いたターゲット核酸配列の検出
KR102126031B1 (ko) * 2013-07-23 2020-07-08 삼성전자주식회사 유전적 변이를 함유하는 핵산 검출 방법
KR101757473B1 (ko) * 2013-10-18 2017-07-13 주식회사 씨젠 ｈＣＴＯ를 이용하는 ＰＴＯ 절단 및 연장 분석에 의한 고상에서의 타겟 핵산 서열 검출
WO2015071552A1 (en) 2013-11-18 2015-05-21 Teknologian Tutkimuskeskus Vtt Multi-unit probes with high specificity and a method of designing the same
US9297033B2 (en) * 2013-12-13 2016-03-29 Roche Molecular Systems, Inc. Detecting single nucleotide polymorphism using hydrolysis probes with 3′ hairpin structure
GB201415674D0 (en) * 2014-09-04 2014-10-22 Moorlodge Biotech Ventures Ltd Nucleic acid analysis
WO2016098595A1 (ja) * 2014-12-19 2016-06-23 栄研化学株式会社 一塩基多型検出用オリゴヌクレオチドプローブ及び一塩基多型検出方法
WO2016137031A1 (ko) * 2015-02-25 2016-09-01 (주)다이오진 덤벨 구조 올리고뉴클레오티드, 이를 포함한 핵산 증폭용 프라이머 및 이를 이용한 핵산 증폭 방법
CN105368943B (zh) * 2015-11-21 2018-10-16 中国人民解放军第三〇九医院 一种用于鉴定分枝杆菌菌种的试剂盒及方法
EP3548634B1 (en) * 2016-12-02 2021-02-24 CONGEN Biotechnologie GmbH Probe for detection of snps
RU2665631C2 (ru) * 2017-01-25 2018-09-03 Общество с ограниченной ответственностью "Секвойя Дженетикс" Способ специфической идентификации последовательностей днк
KR102345601B1 (ko) 2017-09-29 2021-12-30 주식회사 씨젠 Pto 절단 및 연장-의존적 연장 분석에 의한 타겟 핵산 서열의 검출
CN109652501B (zh) * 2017-10-12 2022-06-07 深圳华大智造科技股份有限公司 一种检测核酸酶对特定碱基3′-5′外切活性的方法和试剂盒
EP3856931B1 (en) 2018-09-25 2023-10-11 Co-Diagnostics, Inc. Allele-specific design of cooperative primers for improved nucleic acid variant genotyping
JP7035972B2 (ja) * 2018-11-09 2022-03-15 横河電機株式会社 核酸配列計測用デバイス
EP4017978A4 (en) * 2019-08-20 2023-09-13 DOTS Technology Corp. NUCLEIC ACID PROBES OPTIMIZED FOR ANALYTE DETECTION
CN113913497B (zh) * 2021-02-03 2024-05-28 山东舜丰生物科技有限公司 利用碱基修饰的单链核酸进行靶核酸检测的方法
KR102923217B1 (ko) * 2021-12-09 2026-02-09 포항공과대학교 산학협력단 단일가닥 생성 방법 및 이를 이용한 변이 검출 방법
KR20240028084A (ko) 2022-08-24 2024-03-05 주식회사 멀티렉스 표지자가 결합된 태그 프로브 및 이의 용도
WO2025023659A1 (ko) 2023-07-25 2025-01-30 주식회사 씨젠 타겟 핵산 서열에 대한 올리고뉴클레오타이드 서열의 얼라인먼트 정보를 제공하는 컴퓨터-구현 방법
KR20250171522A (ko) * 2024-05-29 2025-12-09 포항공과대학교 산학협력단 유전자 변이 현장 검출을 위한 등온 단일 반응 프로브 세트 및 이의 용도
CN118308506B (zh) * 2024-06-11 2025-02-14 国科大杭州高等研究院 一种检测鸡白痢沙门菌的引物和探针、试剂盒

Family Cites Families (50)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3016A (en) * 1843-03-21 Burning bricks
US3996345A (en) 1974-08-12 1976-12-07 Syva Company Fluorescence quenching with immunological pairs in immunoassays
US4351760A (en) 1979-09-07 1982-09-28 Syva Company Novel alkyl substituted fluorescent compounds and polyamino acid conjugates
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US4800159A (en) 1986-02-07 1989-01-24 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences
US5449602A (en) 1988-01-13 1995-09-12 Amoco Corporation Template-directed photoligation
US6004826A (en) 1988-07-20 1999-12-21 David Segev Repair-mediated process for amplifying and detecting nucleic acid sequences
ATE118824T1 (de) 1989-03-10 1995-03-15 Amoco Corp Immobilisierte oligonukleotidsonden und ihre verwendungen.
WO1994008047A1 (en) * 1992-09-25 1994-04-14 Abbott Laboratories Ligase chain reaction method for detecting small mutations
US6077668A (en) 1993-04-15 2000-06-20 University Of Rochester Highly sensitive multimeric nucleic acid probes
DE69519783T2 (de) * 1994-04-29 2001-06-07 Perkin-Elmer Corp., Foster City Verfahren und vorrichtung zur echtzeiterfassung der produkte von nukleinsäureamplifikation
US5508168A (en) * 1994-05-16 1996-04-16 Hoffmann-La Roche Inc. Methods and reagents for the detection of herpes simplex virus, treponema pallidum, and haemophilus ducreyi
DE69528706T2 (de) 1994-08-19 2003-06-12 Pe Corp. (Ny), Foster City Gekoppeltes ampflikation- und ligationverfahren
US5885813A (en) 1995-05-31 1999-03-23 Amersham Life Science, Inc. Thermostable DNA polymerases
SE506700C2 (sv) 1996-05-31 1998-02-02 Mikael Kubista Sond och förfaranden för analys av nukleinsyra
US6309824B1 (en) 1997-01-16 2001-10-30 Hyseq, Inc. Methods for analyzing a target nucleic acid using immobilized heterogeneous mixtures of oligonucleotide probes
US20030165888A1 (en) * 2001-07-18 2003-09-04 Brown Bob D. Oligonucleotide probes and primers comprising universal bases for diagnostic purposes
US6013449A (en) 1997-11-26 2000-01-11 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Probe-based analysis of heterozygous mutations using two-color labelling
US6140054A (en) 1998-09-30 2000-10-31 University Of Utah Research Foundation Multiplex genotyping using fluorescent hybridization probes
WO2000079009A2 (en) 1999-06-22 2000-12-28 Invitrogen Corporation Improved primers and methods for the detection and discrimination of nucleic acids
EP1278889B1 (en) 2000-03-29 2006-07-26 LGC Limited Hybridisation beacon and method of rapid sequence detection and discrimination
US6350580B1 (en) 2000-10-11 2002-02-26 Stratagene Methods for detection of a target nucleic acid using a probe comprising secondary structure
GB0026604D0 (en) * 2000-10-31 2000-12-13 Roslin Inst Edinburgh Diagnostic method
US6743905B2 (en) * 2001-04-16 2004-06-01 Applera Corporation Mobility-modified nucleobase polymers and methods of using same
US6558907B2 (en) * 2001-05-16 2003-05-06 Corning Incorporated Methods and compositions for arraying nucleic acids onto a solid support
GB2378245A (en) * 2001-08-03 2003-02-05 Mats Nilsson Nucleic acid amplification method
RU2206615C1 (ru) * 2001-10-22 2003-06-20 Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН Способ частичного секвенирования днк для определения мутаций в коротких фрагментах одноцепочечной днк с использованием микрочипа
US20030175749A1 (en) * 2001-12-08 2003-09-18 Jong-Yoon Chun Annealing control primer and its uses
US7399590B2 (en) * 2002-02-21 2008-07-15 Asm Scientific, Inc. Recombinase polymerase amplification
WO2003095666A2 (en) * 2002-05-13 2003-11-20 Nanocytometry Corporation Oligonucleotide probes for in vitro, in vivo and intracellular detection
WO2005078122A2 (en) * 2004-02-17 2005-08-25 Nuevolution A/S Method for enrichment involving elimination by mismatch hybridisation
EP1756307A1 (en) * 2004-05-20 2007-02-28 Trillion Genomics Limited Use of mass labelled probes to detect target nucleic acids using mass spectrometry
WO2006061994A1 (ja) * 2004-12-08 2006-06-15 Takeshi Yamamoto 遺伝子配列検査法
US8192938B2 (en) * 2005-02-24 2012-06-05 The Ohio State University Methods for quantifying microRNA precursors
WO2006095941A1 (en) * 2005-03-05 2006-09-14 Seegene, Inc. Processes using dual specificity oligonucleotide and dual specificity oligonucleotide
RU2400538C2 (ru) 2005-03-05 2010-09-27 Сиджен, Инк. Олигонуклеотид с двойственной специфичностью и способы, в которых он используется
KR20070052890A (ko) * 2005-11-18 2007-05-23 주식회사 씨젠 호흡기 바이러스 핵산 검출용 올리고뉴클레오타이드
WO2007115242A2 (en) * 2006-03-31 2007-10-11 Columbia University Binary probes for fluorescent analysis of nucleic acids
EP2079754B1 (en) * 2006-10-04 2017-03-15 Third Wave Technologies, Inc. Snap-back primers and detectable hairpin structures
KR20080037128A (ko) * 2006-10-25 2008-04-30 주식회사 씨젠 뉴클레오타이드 변이 검출 방법
KR100881924B1 (ko) * 2007-03-14 2009-02-04 주식회사 씨젠 레이블링된 프라이머를 이용한 뉴클레오타이드 변이 검출방법
EP2201136B1 (en) * 2007-10-01 2017-12-06 Nabsys 2.0 LLC Nanopore sequencing by hybridization of probes to form ternary complexes and variable range alignment
ES2686677T3 (es) * 2007-12-21 2018-10-19 Biomerieux Sa Detección de Staphylococcus aureus resistente a meticilina
US9000142B2 (en) * 2008-07-07 2015-04-07 Syntrix Biosystems, Inc. Photocleavable sense-antisense complex
MX2012000969A (es) * 2009-07-22 2012-02-28 Du Pont Secuencias y su uso para deteccion y caracterizacion de o157:h7 de e.coli.
US9447457B2 (en) * 2009-09-24 2016-09-20 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences by cyclic exonucleolytic reactions
KR20110050327A (ko) * 2009-11-07 2011-05-13 주식회사 씨젠 Ｔｈｄ 프라이머 타겟 검출
US9650629B2 (en) * 2010-07-07 2017-05-16 Roche Molecular Systems, Inc. Clonal pre-amplification in emulsion
KR20120042100A (ko) * 2010-10-22 2012-05-03 주식회사 씨젠 이중표지 고정화 프로브를 이용한 고상에서의 타겟 핵산서열 검출

Also Published As

Publication number Publication date
KR20120046780A (ko) 2012-05-10
US20120220468A1 (en) 2012-08-30
US12371736B2 (en) 2025-07-29
EP2473634B1 (en) 2019-05-01
IL218406A0 (en) 2012-04-30
MX2012002609A (es) 2012-04-02
BR112012008102B1 (pt) 2021-05-04
AU2010290277B2 (en) 2015-01-22
AU2010290277A1 (en) 2012-03-08
CN102770556A (zh) 2012-11-07
NZ598821A (en) 2014-09-26
JP2013503627A (ja) 2013-02-04
RU2542478C2 (ru) 2015-02-20
MY157531A (en) 2016-06-15
CN102770556B (zh) 2016-09-14
KR101481004B1 (ko) 2015-01-22
CA2770588A1 (en) 2011-03-10
CN106434857A (zh) 2017-02-22
WO2011028041A3 (en) 2011-09-15
WO2011027966A2 (en) 2011-03-10
WO2011027966A3 (en) 2011-05-19
JP5653437B2 (ja) 2015-01-14
ZA201201733B (en) 2013-05-29
EP2473634A2 (en) 2012-07-11
CA2770588C (en) 2018-07-10
IL218406A (en) 2017-10-31
SG178350A1 (en) 2012-03-29
US20170260576A1 (en) 2017-09-14
BR112012008102A2 (pt) 2020-10-27
WO2011028041A2 (en) 2011-03-10
EP2473634A4 (en) 2013-07-17
SG10201405412RA (en) 2014-10-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2012109893A (ru) Зонд td и его применения
US12077811B2 (en) Compositions of toehold primer duplexes and methods of use
JP7221199B2 (ja) マルチプレックスｐｃｒの実施方法
EP1896617B1 (en) Multiplex amplification of short nucleic acids
JP3999653B2 (ja) 核酸の同種内検出用の特異的二本鎖プローブおよびその適用方法
EP2534263B1 (en) Methods and compositions for universal detection of nucleic acids
DK2817421T3 (en) DETECTION OF NUCLEIC ACIDS
US20080194416A1 (en) Detection of mature small rna molecules
AU2007275762B2 (en) Specialized oligonucleotides and their use in nucleic acid amplification and detection
RU2012142160A (ru) Детекция нуклеиновокислотных последовательностей-мишеней в анализе с расщеплением и удлинением рто
JP2019528726A5 (ru)
RU2012129362A (ru) Обнаружение мишени tsg праймером
JP2013509871A5 (ru)
RU2015130335A (ru) Детекция нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с отсутствием гибридизации, зависящим от расщепления и удлинения зондирующего и метящего олигонуклеотида (рто)
JP6144623B2 (ja) 核酸測定用の核酸プローブ
US20090068643A1 (en) Dual Function Primers for Amplifying DNA and Methods of Use
CA2768391C (en) Methods and compositions for quantitative detection of nucleic acid sequences over an extended dynamic range
CN106574304B (zh) 基于链侵入的dna扩增方法
EP2619317B1 (en) Detection of target nucleic acid sequences by exonucleolytic activity using single-labeled immobilized probes on solid phase
US20220145284A1 (en) Method of detecting multiple targets based on single detection probe using tag sequence snp
EP2964789A1 (en) Isothermal amplification of nuleic acid, and library preparation and clone generation in sequencing
Yang et al. An amplification-free detection method of nucleic acids by a molecular beacon probe based on endonuclease activity
JP2022501073A5 (ru)
CN108642165A (zh) 一种用于实时荧光pcr的探针及其使用方法
ES2911458T3 (es) Procedimiento para la detección de secuencias de ácido nucleico específicas