ES2534139T3 - Métodos y ácidos nucleicos para el análisis de la expresión génica asociada con el pronóstico de trastornos proliferativos de células de próstata - Google Patents

Métodos y ácidos nucleicos para el análisis de la expresión génica asociada con el pronóstico de trastornos proliferativos de células de próstata Download PDF

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Abstract

Un método para proporcionar un pronóstico de un sujeto con un trastorno proliferativo de células de la próstata, que comprende las etapas de: a) determinar el estado de expresión del gen PITX2 en una muestra biológica obtenida de dicho sujeto; y b) determinar el pronóstico de dicho sujeto basado en dicha expresión, en donde la subexpresión es indicativo de un pronóstico negativo, en donde la expresión se determina mediante la medición del nivel de ARNm.

Description

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El alcance de la presente invención se define en las reivindicaciones anexas.
También se describen genes, secuencias genómicas y/o regiones reguladoras de los mismos de acuerdo con la Tabla 11 (o a uno o más de ellos), la expresión de los mismos es indicativa del pronóstico de los trastornos proliferativos de células de próstata o las características de los mismos. Se prefiere particularmente que dichos genes, secuencias genómicas y/o regiones reguladoras se seleccionen del grupo que consiste en PITX2, SEQ ID NO: 63, GPR7 y SEQ ID NO: 35. Adicionalmente se prefiere el gen PITX2. En una modalidad particularmente preferida, el estado de la metilación de las posiciones CpG de los genes, secuencias genómicas y/o regiones reguladoras de los mismos de acuerdo con la Tabla 11 (o a uno o más de ellos) es indicativo del pronóstico de los trastornos proliferativos de células de próstata o las características de los mismos. Se prefiere particularmente que dichos genes, secuencias genómicas y/o regiones reguladoras se seleccionen del grupo que consiste en PITX2, SEQ ID NO: 63, GPR7 y SEQ ID NO: 35. Adicionalmente se prefiere el gen PITX2. Se prefiere particularmente que dicho trastorno proliferativo de células de próstata sea un carcinoma de próstata o neoplasia de próstata.
Para permitir este análisis se describe un método para el análisis de muestras biológicas para la metilación genómica asociada con el desarrollo de trastornos proliferativos de células de próstata. Dicho método se caracteriza porque al menos un ácido nucleico, o un fragmento del mismo, del grupo que consiste en SEQ ID NO:1 a SEQ ID NO:64 y SEQ ID NO: 961 (preferentemente SEQ ID Nos: 35, 63, 19 y con la máxima preferencia SEQ ID NO: 961) se pone en contacto con un reactivo o una serie de reactivos capaz de distinguir entre dinucleótidos CpG metilados y no metilados dentro de la secuencia genómica, o secuencias de interés.
Se prefiere particularmente que el método y los ácidos nucleicos descritos en la presente descripción se utilicen para al menos uno de: pronóstico de; tratamiento de; monitoreo de; y tratamiento y monitoreo de trastornos proliferativos de células de próstata.
También se describe un método para determinar parámetros genéticos y/o epigenéticos del ADN genómico. El método tiene utilidad para mejorar la clasificación del pronóstico de trastornos proliferativos de células de próstata, más específicamente al permitir la mejor identificación de y diferenciación entre las formas agresivas y no agresivas de dicho trastorno. La presente descripción presenta varias mejoras sustanciales con respecto al estado de la técnica. Aunque se conocen algunos ensayos de metilación para la detección del cáncer, actualmente no existe un sistema de clasificación molecular para el pronóstico clasificación de tumores.
La fuente de ADN puede ser cualquier fuente adecuada. Preferentemente, la fuente de la muestra de ADN se selecciona del grupo que consiste en células o líneas celulares, portaobjetos histológicos, biopsias, tejido embebido en parafina, fluidos corporales, eyaculado, orina, sangre, y combinaciones de los mismos. Preferentemente, la fuente es biopsias, fluidos corporales, eyaculado, orina o sangre.
Específicamente, se describe un método para proporcionar un pronóstico de los trastornos proliferativos de células de próstata, dicho método comprende: obtener una muestra biológica que comprende ácido(s) nucleico(s) genómico (s); poner en contacto el(los) ácido(s) nucleico(s), o un fragmento de estos, con un reactivo o una pluralidad de reactivos suficiente para distinguir entre secuencias de dinucleótidos CpG metilados y no metilados dentro de una secuencia objetivo del ácido nucleico sujeto, en donde la secuencia objetivo comprende, o hibrida bajo condiciones rigurosas a, una secuencia que comprende al menos 16 nucleótidos contiguos de SEQ ID NO:1 a SEQ ID NO: 64 y SEQ ID NO: 961, (preferentemente SEQ ID Nos: 35, 63, 19 y con la máxima preferencia SEQ ID NO: 961) dichos nucleótidos contiguos comprenden al menos una secuencias de dinucleótidos CpG; y determinar, basado al menos en parte en dicha distinción, el estado de metilación de al menos una secuencias de dinucleótidos CpG objetivo, o un promedio, o un valor que refleja un estado de metilación promedio de una pluralidad de secuencias de dinucleótidos CpGs objetivo. Preferentemente, distinguir entre secuencias de dinucleótidos CpG metiladas y no metiladas dentro de la secuencia objetivo comprende la conversión o no conversión dependiente del estado de metilación de al menos una de dichas secuencias de dinucleótidos CpG a la secuencia de dinucleótido convertida o no convertida correspondiente dentro de la secuencia seleccionada del grupo que consiste en SEQ ID NO: 65 a SEQ ID NO:320 y SEQ ID NO: 962 a SEQ ID NO: 965, y regiones contiguas de las mismas correspondientes a la secuencia objetivo. Preferentemente dicha secuencia se selecciona del grupo que consiste en las SEQ ID Nos: 133,134,261,262, 189,190,317,318, 101,102,229,230 y con la máxima preferencia dicha Secuencia se selecciona del grupo que consiste en SEQ ID Nos: 962 – 965.
También se describe un método para proporcionar un pronóstico de los trastornos proliferativos de células de próstata, que comprende: obtener una muestra biológica que tiene el ADN genómico sujeto; extraer el ADN genómico; tratar el ADN genómico, o un fragmento del mismo, con uno o más reactivos para convertir las bases citosina no metiladas en la posición
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La Figura 104 muestra el amplificado detectado tanto en muestras congeladas y PET en comparaciones de recaída bioquímica temprana vs. sin recaída bioquímica usando el ensayo de la SEQ ID NO: 35 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 105 muestra el amplificado detectado tanto en muestras congeladas y PET en comparaciones de recaída bioquímica temprana vs. sin recaída bioquímica usando el ensayo de la SEQ ID NO: 37 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 106 muestra el amplificado detectado en muestras de PET solamente en comparaciones de recaída bioquímica temprana vs. sin recaída bioquímica usando el ensayo de la SEQ ID NO: 19 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 107 muestra el amplificado detectado en muestras de PET solamente en comparaciones de recaída bioquímica temprana vs. sin recaída bioquímica usando el ensayo de la SEQ ID NO: 63 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 108 muestra el amplificado detectado en muestras de PET solamente en comparaciones de recaída bioquímica temprana vs. sin recaída bioquímica usando el ensayo de la SEQ ID NO: 35 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 109 muestra el amplificado detectado en muestras de PET solamente en comparaciones de recaída bioquímica temprana vs. sin recaída bioquímica usando el ensayo de la SEQ ID NO: 37 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 110 muestra el amplificado detectado en muestras congeladas solamente en comparaciones de recaída bioquímica temprana vs. sin recaída bioquímica usando el ensayo de la SEQ ID NO: 19 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 111 muestra el amplificado detectado en muestras congeladas solamente en comparaciones de recaída bioquímica temprana vs. sin recaída bioquímica usando el ensayo de la SEQ ID NO: 63 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 112 muestra el amplificado detectado en muestras congeladas solamente en comparaciones de recaída bioquímica temprana vs. sin recaída bioquímica usando el ensayo de la SEQ ID NO: 35 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 113 muestra el amplificado detectado en muestras congeladas solamente en comparaciones de recaída bioquímica temprana vs. sin recaída bioquímica usando el ensayo de la SEQ ID NO: 37 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 114 muestra el amplificado detectado tanto en muestras congeladas y PET en comparaciones de Gleason alta vs. Gleason baja usando el ensayo de la SEQ ID NO:19 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 115 muestra el amplificado detectado tanto en muestras congeladas y PET en comparaciones de Gleason alta vs. Gleason baja usando el ensayo de la SEQ ID NO:63 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 116 muestra el amplificado detectado tanto en muestras congeladas y PET en comparaciones de Gleason alta vs. Gleason baja usando el ensayo de la SEQ ID NO:35 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 117 muestra el amplificado detectado tanto en muestras congeladas y PET en comparaciones de Gleason alta vs. Gleason baja usando el ensayo de la SEQ ID NO:37 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 118 muestra el amplificado detectado en muestras de PET solamente en comparaciones de Gleason alta vs. Gleason baja usando el ensayo de la SEQ ID NO:19 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 119 muestra el amplificado detectado en muestras de PET solamente en comparaciones de Gleason alta vs. Gleason baja usando el ensayo de la SEQ ID NO:63 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 120 muestra el amplificado detectado en muestras de PET solamente en comparaciones de Gleason alta vs. Gleason baja usando el ensayo de la SEQ ID NO:35 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 121 muestra el amplificado detectado en muestras de PET solamente en comparaciones de Gleason alta vs. Gleason baja usando el ensayo de la SEQ ID NO:37 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 122 muestra el amplificado detectado en muestras congeladas solamente en comparaciones de Gleason alta vs. Gleason baja usando el ensayo de la SEQ ID NO:19 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 123 muestra el amplificado detectado en muestras congeladas solamente en comparaciones de Gleason alta vs. Gleason baja usando el ensayo de la SEQ ID NO:63 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 124 muestra el amplificado detectado en muestras congeladas solamente en comparaciones de Gleason alta vs. Gleason baja usando el ensayo de la SEQ ID NO:35 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6. La Figura 125 muestra el amplificado detectado en muestras congeladas solamente en comparaciones de Gleason alta vs. Gleason baja usando el ensayo de la SEQ ID NO:37 que se muestra en la Tabla 12 según se detalla en el Ejemplo 6.
Descripción detallada de la invención
Definiciones:
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