JPS62300A - 僅かに1〜3個のヌクレオチドで異なつている2種の相補的なヌクレオチド配列の間を識別する方法、オリゴヌクレオチド信号発生複合体及び僅かに1個のヌクレオチドで異なつている2種の相補的なヌクレオチド配列の間を識別するための診断キツト - Google Patents

僅かに1〜3個のヌクレオチドで異なつている2種の相補的なヌクレオチド配列の間を識別する方法、オリゴヌクレオチド信号発生複合体及び僅かに1個のヌクレオチドで異なつている2種の相補的なヌクレオチド配列の間を識別するための診断キツト

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JPS62300A
JPS62300A JP61087245A JP8724586A JPS62300A JP S62300 A JPS62300 A JP S62300A JP 61087245 A JP61087245 A JP 61087245A JP 8724586 A JP8724586 A JP 8724586A JP S62300 A JPS62300 A JP S62300A
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JP61087245A
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フランシス・ジヨゼフ・カール
マイケル・デレク・エツジ
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 産業上の利用分野 、本発明は、僅かに1個の単一ヌクレオチドで異なって
いてよい2種の相補的なヌクレオチド配列の間を識別す
るtめに好適な方法、そのための核酸交雑試料(nuc
leie acidhybridlgatian pr
obea )及びこのような方法で使用する九めのキッ
トに関する。
従来の技術 標識され次ポリヌクレオチド試料の使用は、例えばレウ
イン(Lewin )によるサイエンス(5c1enc
* ) 221.1167(1983)及びタラウスナ
ー(Klausn@r )等によるビオ/チクノロシイ
(Bio / Teehnology ) 1.471
(1983)に記載のように広範囲の用途で公知である
。標識され次オリゴヌクレオチド9試料は、特に、臨床
又は研究の用途の診断材料として重要である。
慣用のラジオ標識された試料は、有効かつ敏感であるが
、例えば臨床実験室でのスクリーニングのための日常の
使用にとっては妨げとなるいくつかの問題と結びついて
いる。このようにラジオ標識された試料は、潜在的に危
険であル、廃棄の問題】と生じる。更に、ラジオ標識さ
れた試料は、屡々、不安定で、ラベルとして用いられる
放射性物質殊に52Pの比較的短かい半減時間の結果と
して、限られた貯蔵性(5helf −11fe)i有
する。更にオートラジオグラフィ検査は、時間がかかシ
、ラジオ標識された試料の取扱いは適切な安全訓練を受
は次人材を必要とする。
従って、非放射性の試料標識付は法全使用することが所
望されておシ、このようなある種の方法は、文献例えば
、ワード(DEC@ Ward )によるコロラド州、
キーストン(K@yston・。
Co1orado )で1981年6月15〜20日に
開催され7t19811α−UCLAシンポジウムで発
表され九デベロッグメンタル・パイオロジイ・ニーシン
グーに’ウリ7アイド拳グンズ(Devslopem@
ntal Biology Uslng Pur1fi
edG@n@s : Acad@m1* Pr@ss 
# Donald D@ Brown発行)1981.
双臥198164.7〜658頁及びマbコルム(AI
IDIIB@ Malaolm )等によるアブストラ
クツ・オプ・ザ・604 thバイオケンカル−ソサエ
ティ・ミーティング、ケンブリッジ、インク2ンド(A
bstracts of the 5Q4−th Bi
och@m1cal 5ociety Me・ting
 、Cambridge。
England 1983年7月1日開催)に記載され
ている。
ビオチンで標識された試料も広く文献に記載されている
発明が解決しようとする問題点 しかしながら、本発明は、特に、比較的少ないヌクレオ
チドで異なっている2種の相補的なヌクレオチド配列の
間を識別することを必要としている交雑分析(hybr
idisation analysig )で使用する
九めの非放射性標識された試料の使用に関する。相補的
な核酸配列を有するオリゴヌクレオチドのハイブリッド
の安定性は、ハイブリッド中の誤対合塩基対に対して敏
感であることは報告されている〔例えば、J、W、スジ
ストーク(5zostok )等による、メソッズΦイ
ン・エンツィモロジイ(Methods 1n Enz
ymology eAeademl@Press ) 
68巻、419〜428頁参照〕。これらの著者は、塩
基対中に1個の誤対合金有する大抵のオリゴヌクレオチ
ドハイブリッドは、正しい塩基対を有する同じオリゴヌ
クレオチドのハイブリッドよりも温度に対する安定性が
低いことを示してhる。このように、オリゴ9ヌクレオ
チド配列相補性の微妙な差異は、実際に、正対合及び誤
対合゛のオリゴヌクレオチドハイブリッドを水溶液中で
特定の温度でインキユベートすることによフ検出するこ
とのできるハイブリッド不安定化に微妙な差異を生じさ
せることができる。従って、本発明は、相補的配列と僅
かに1〜3個の非相補的なヌクレオチドを有する配列と
の間を識別するのに充分な選択性を有する非放射性標識
された試料に関することが認められる。オリゴヌクレオ
チド上の塩基対の誤対合の比較的小さい不安定化作用に
基づき、低分子量ラベルでのオリゴヌクレオチド試料の
標識付けは、試料の交雑特性を、試料の所望交雑選択性
が、2ペルの存在の結果として消失されるように変わる
ことが予期されていたはずである。最近、コレット(A
、 Choll@t )及びカワシマ(EmHa Ka
washima )は、ヌクレイックーアシズ・リサー
チ(Nuclelc AeidsR@5earch )
 13巻I65.1985で1.ビオチンで処理された
試料が単−A/C誤対合を検出する九めに使用でき、低
分子tSでも、ビオチンは、オリゴヌクレオチド試料の
交雑特性を変えることができることを示している。
低分子量ラベルをオリゴヌクレオチド試料に付けても、
相補的及び誤対合の配列を区別する能力に逆に作用しう
ると信じることは、この検出系が交雑の後にのみこの試
料に結合できるという実際的な欠点を包含する。従って
、この試料の観察者は、交雑の後に、時間を浪費し、経
費がかかシ、作業員のミスの管理全必要とする引続く反
応工程の管理に直面する。
問題点を解決するための手段 本発明は、高分子量種が、交雑の前に、試料の交雑選択
性をあまり変えることなしにオリゴヌクレオチド試料に
結合できることの意想外の発見に基づく。従って、例え
ば、高分子量検出系を、交雑の前にオリゴヌクレオチド
試料に結合させることができ、こうして、交雑後の一連
の反応工程の必要性を排除している。
従って、本発明の1実施態様によれば、1〜3個の僅か
なヌクレオチドで異なっている2種の相補的なヌクレオ
チド配列の間tm別するための方法が得られ、これは、
次の工程よりなる=6)2種の相補的なオリゴヌクレオ
チド鎖の交雑を促進するか又は助成する条件下で、同定
すべき又は測定すべきヌクレオチド配列(それが一本鎖
を生じるように適当な処理の後に)′@:、8〜30ヌ
クレオチドユニット長さの一本鎖オリゴ×クレオチドよ
りなり、立体的に認容しうる部位でそれに共有結合して
いる、少なくとも1o00ダルトンの分子fi!有し、
非ラジオアイソトープ性信号を生じることができる残分
を有するオリゴヌクレオチド信号発生複合体試料(この
オリゴヌクレオチド信号複合体中のオリゴヌクレオチド
は、同定すべき又は測定すべき配列に対して相補的であ
るが、二者択一的配列に対しては相補的でない特定の配
列を有する)と接触させ: (b)  試料:テスト核酸ハイブリッド全交雑されて
いない試料から分離しかつ (e)  この交雑されたオリゴヌクレオチド−信号発
生複合体から生じる信号を出させるか又は観察する。
非ラジオアイソトープ信号を出すことのできるこの残分
け、少なくとも5o00ダルトン、有利には少なくとも
20000ダルトンの分子量を有するのが有利である。
理論的考察と結びつけられることを望まないが、一般に
、約2000000ダルトンの高い分子量を有する残分
が、例えば有利に、本発明の方法で使用できることを確
認した。この残分は蛋白質性分子部分より成っているの
が有利である。
本発明の方法は、単に1個の僅かな単一ヌクレオチドで
異なっている281の相補的なヌクレオチド配列の間f
t識別するのに有効である。
本発明の方法は、殊に、遺伝子内の点突然変異の存在の
検査、特にこの点突然変異が特定の病的状態に対応して
いるか又はこれと関連している場合の検査のために有用
である。このような病的状態は、フェニルケトン尿、α
−アンチトリプシン不全、α−及びβ−地中海貧血及び
鎌状赤血球貧血である。更に、本発明の方法は、哺乳動
物ゲノム中の多形現象(これは屡々特定の病状と関連し
ている)の存在の検査に有用である。しかしながら、本
発明の方法は多くの他の分野でも有用である。例えばグ
ラスミド又はファージベクター内にクローン化された遺
伝子中のヌクレオチド配列の正確さを試験するために有
用である。
オリプヌクレオチド信号発生コンプレックスは、この相
補的配列中の1個(又はそれよシ多い)単一塩基変化が
ハイブリッド形成を減少するか又は妨げるような状況下
で相補的なテスト核酸配列とのハイブリッド金形成する
ことができる。
試料中に含有される核酸は、りざヌクレオチド又はデオ
キシリがヌクレオチド又はこれら2種の混合物であって
よい。
この一本鎖オリゴヌクレオチドは、試料が哨乳動物核酸
金有する場合、有利に、12〜25個のヌクレオチドユ
ニット、よシ有利には17〜20個のヌクレオチドユニ
ットよシなる。
非ラジオアイソトープ性信号を出すことのできる残分け
、オリゴヌクレオチドの塩基、糖又は[利にホスフェー
トに共有結合していてよい。
このような結合は、このオリゴヌクレオチドの3′−又
は5′−末端の末端塩基、糖又はホスフェート上に存在
するのが有利である。この結合がホスフェートを介して
いる場合、これは有利に5′−末端である。
共有結合がオリゴヌクレオチドの塩基上に存在する場合
、この結合は、立体的に許容しうる部位(これは、そこ
で、変性されたオリゴヌクレオチドが完全な相補的配列
と交雑する能力との干渉を起すことなしに塩基への置換
分の結合によシ変性を行なうことのできる塩基上の位置
である)に存在することが特に重要である。一般に、こ
の塩基の任意のへテロ原子(窒素又は散票)上の置換は
、あまり望ましくない。
あtシ望ましくない特定部位は、アデニンのN1及びN
4 (N1はN6よシ望ましくない)、グアニンのN1
 、N2及び06及びシトシンのN3及びN4である。
共有結合の有利な部位は、シトシン及びウラシルのC5
及びアデニン及びグアニンのC8である。
オリゴヌクレオチドの塩基中に共有結合した基を導入す
る方法は、例えば欧州特許公開第63879号(Yal
@University )及び同第97373号(K
nzo Bloehem、 )及びPOT特許公開WO
34103285号(Mol@cularBiosys
t@ms )明細書から公知である。
オリゴ9ヌクレオチドのホスフェート中への共有結合し
た基の導入法は、例えば欧州特許第97373号(En
zo )及び同第119448号(Wakunaga 
 S*1yaku  Kabuahlkl  Kmls
ha  )  qり測置及びケンベ(T、 K・mp・
)等による買クレイツク・アシド・リサーチ(Nuel
e量eAe1dlResearch ) l 985、
■、45頁から公知である。
オI)fヌクレオチドの糖残基中への共有結合基の導入
は、例えば次のようにして実施することができる。この
基は、例えば糠中のヒドロキシ基を介して、例えばエー
テル又はエステル結合で結合していてより、この反応は
、文献例えばスメル) (J、 Smrt )による、
コル、スゼチ。
タム。コムa (Ce11. Cs*oh++ Che
m、 Comma )1968.33,1462及びス
チェアート(A、 5tuart )等によるジャーナ
ル・オリ・アメリカン争ケミカル拳ソサエティ(J、A
m*r*Ch@m、 Soe ) 1063.85,2
346及びジャーナルψオブ・ビオロジカル・ケミスト
リイ(J、 Biol、 Ch@m、 ) l Q 6
4.239.3885に公知の任意の標準法で実施でき
る。糖がデオ命シリゲースである場合、遊離のヒドロキ
シ基は、この糖を有するヌクレオチドがオリゴマーの3
′−又はδ′−末端に存在する場合にのみ利用できる。
この糖がリボースである場合に、遊離ヒドロキシ基は、
2′位でも利用でき、この糖を有するヌクレオチドはオ
リがマー中の任意の位置を占めることができる。この基
は、オリゴヌクレオチドのすメース中のジオールの開裂
によン得たアルデヒド官能基釜介して結合していてもよ
い、このようなジオールは、リテースを有するヌクレオ
チドがオリがマーの3′末端を占める場合にのみ利用で
きる。このような反応は、ハウスケ(Fa Hauss
ke )及びクレマ−(F。
Cramer )によるメソッズ・イン・エンライそロ
ジイ(Methods In Enzymology 
)、1979.5Q、172〜1・81に記載されてい
る。
非ラジオアイソトープ性信号を出すことのできる残分は
、それ自体、信号発生することができるか又は自体公知
の方法により適当な試薬との反応により信号を出すこと
ができることは理解しうる。従りて、ここでこの残分け
、検出系に結合している1スペーサー原子団よシなると
定義され、この残分は少なくとも100oダルトンの分
子量を有する。この検出系は蛋白質性分子部分より成る
のが有利である。
この検出系は、単独の、又はスペーサー原子団に結合す
るための連鎖に結合し比信号発生分子部分よシなる。従
って、信号発生分子部分は、直接共有結合でスペーサー
原子団に直接結合していてよいか又は、1連鎖を介して
スペーサー原子団に結合していてよ論。
従って、例えば蛋白質性分子部分が存在する場合には、
これは検出系の信号発生分子部分中に存在し得るか又は
、連鎖が存在する場合には、信号発生分子部分とスペー
サー原子団との間の連鎖内に、又はこのような連鎖及び
信号発生分子部分の双方中に存在しうる。従って、スペ
ーサ・−原子団は、所望の場合には、直接共有結合で、
複合体の信号発生分子部分に結合されていてよく、この
場合、信号発生分子部分は、蛋白質性分子部分例えば、
酵素活性化された色変化を生じさせるための系よシなる
のが有利である。
もう1つの態様で、スペーサー原子団は、所望の場合に
は、特異的結合対を有する蛋白質性分子部分例えば蛋白
質リガンドで、又は抗原−抗体反応例えばアビジン−ピ
オチン又はジニトロフェニル−抗ジニトロフェニル抗体
反応で検出系の信号発生分子部分に結合されていてよい
所望によル、この信号発生分子部分は、例えば信号発生
部分との関連で先に定義されているような蛋白質性分子
部分より成りていてもよい。
もう1つの態様で、スペーサー原子団は、例えば、単純
に、特異的な結合対又はこのような対の蛋白質性成分を
有する蛋白質性分子部分に結合していてよい。
この残分の有利な信号発生部は、酵素的に活性化された
色変化を生じるための系全合体する。
有利な酵素系には、アルカリ性ホスファターゼ(AP)
、酸性ホスファターゼ、ベータガラクトシダーゼ、ルシ
フェラーゼ又は西洋ワさヒベルオキシダーゼが包含され
る。このような酵素系は、それら自体は信号発生できな
いが、適当な基質の存在で自体公知の方法で信号を出す
ことができる。共有結合した残分の信号発生部は、任意
の慣用法で、例えば発光又は螢光によ)又は色を用いて
操作することができる。
使用時には、一般に、核酸試料にとっては、完全な相補
的オリゴ9ヌクレオチド配列の微少素を検出することが
必要である。このような状況下では、試料内に、信号増
幅の手段全導入するのが有利である。この増幅は公知方
法で、例えば、欧州特許公開第27036号(ICI 
) 、同第49606号(ICI )、 セ判撃す、同第58539号(ICI )及び同第60
123号(ICI )明細書中に記載の1種以上の系を
用いて実施することができる。
信号を出すか又は観察するために使用される手段は、信
号発生メカニズムに依シ決まる◎従全供給することが必
要である。
本発明の方法の使用時に、一般に、点突然変異が配列の
中央又は中央付近で起こるヌクレオチド配列に対して相
補的な試料を使用するのが有利である。この方法で、正
常配列と異常に変化した配列との間の、差は最適の方向
に向かう。
当業者によれば、点突然変異がオリゴヌクレオチド試料
の末端と反対の領域の方向に向って起るヌクレオチド配
列の識別は、スジスターク(5zostak )等によ
るメソッズーイン・エンツィモロジイ(Methods
 1n Enzymology入ead@mla Pr
ess ) 55巻、419頁に説明されているように
、実際には、より困難であることは理解される。
blot )、ドツト・プロット(dot blot 
)又はサンドイッチ・ハイプリダイゼーシ覆ン(Sin
dwiah hybridi4ation )法を用い
て実施する。
本発明は、比較的値かなヌクレオチド配列で異なってい
る2種の相補的ヌクレオチド配列の間の識別のために特
に重要である交雑試料にも関する。
従って、本発明のもう1つの態様によれば、8〜30個
のヌクレオチドユニット長さの一本鎖オリゴヌクレオチ
ドよI■、これに立体的に許容しうる部位で、スペーサ
ー原子団金倉して、酵素ラベルを有していてもよい特異
的結合対よI■、分子最少なくとも1000ダルトンを
有する残分にもしくは1個の酵素ラベルがスペーサー原
子団を介してオリゴヌクレオチドに結合している場合に
はそのスペーサー原子団のオリゴヌクレオチドへの連結
が末端の塩基、糖又は有利にホスフェートを介している
条件で1個の酵素ラベルに共有結合しているオリゴヌク
レオチドイざ号発生複合体が得られる。
行な−)た実験に基づき、末端塩基、糖又はホスフェー
ト単独へのス(−サー原子団の連鎖は、オリゴヌクレオ
チド信号発生複合体の融解温度には無視しうる作用を有
するという結論を有する。これは、末端塩基、糖又はホ
スフェートのみ以外の位置での置換に関する文献に報告
されている融解温度の低下とは対照的である。
スペーサー原子団は、5′−末端でホスフェートを介し
てオリゴヌクレオチドに結合しているのが有利である。
酵素ラベルがスペーサー原子団を介してオリゴ0ヌクレ
オチドに直接結合している所では、このスペーサー原子
団は、有利にA式: 〔式中nは2〜16有利に6であ夛、aは0〜8であり
、bは0〜8であI、Rは直接結合又はシフnヘキシ−
4−イル、2−フェニレン、3−フェニレン又は養−フ
ェニレン基でアリ、これらは場合によシC1〜6−アル
コキシ例えばメトΦシ及びジ(C1〜6−アルキル)ア
ミノ例えばジメチルアミノよフ選んだ1〜3個の基で置
換されていてよい〕である。1が0で、bが0で、Rが
3−フェニレンの場合が有利である。
前記オリイヌクレオチド−信号発生複合体のオリゴ9ヌ
クレオチドは、有利に1病的状況又は相応する正常配列
と関連したヌクレオチド配列に対して相補的な配列を有
する。
この特異的な結合対は、例えば免疫学的対、有利に抗原
/抗体相互作用体(mntig@rn/antlbod
y Int@ractlon )例えばジニトロフェニ
ル−抗ジニトロフェニル抗体相互作用体は歿白質リガン
ド相互作用体有利にアビシン−ビオチンである。
ルー生じる系が前記の特異的結合対に共有結合している
。有利な酵素系には、アルカリ性ホスファターゼ、酸性
ホスファターゼ、ベーターガラクトシダーゼ、ルシフエ
ラーゼ又は西洋わさびペルオキシダーゼが包含される。
このような酵素系は、それら自体は信号を出さないが、
自体公知の方法によシ適当な基質の存在で信号を出すこ
とができる。共有結合した残分の信号発生部は、任意の
慣用法により、例えば発光、螢光によシ、又(よ色素を
用いて、蛋白質性分子部分が検出系の1部として存在す
るような条件で、操作することができる。
試料中に、信号を増幅する手段を導入することは一般的
に有利である。このような増幅は、公知方法で、例えば
欧州特許公開第27036号、同第49606号、同第
58539号及び同第60123号明細書に記載の系1
種以上を用いて実施することができる。
本発明のオリゴヌクレオチド試料は、B式を有するのが
有利である。
〔式中人はアビノン又はアビジン−酵素分子部分を表わ
し、mは養又は5であシ、pはO〜16であシ、Xは直
接結合、−0−P(0)(OH)−0−1−8−、−o
−1−CONH−1−CONHCO−であるか又はN−
R8であシ、ここでR8は直鎖又は分枝鎖のC1〜、。
−アルキル基である〕。通例、Xが−CONH−又は−
CONHCO−であり、mが4である。
Xは直接結合又は−〇−P(0)(OH)−0−である
のが有利である。
所望の場合には、Aが7ビジン一酵素分子部分である場
合のAは付加的に酵素に関する基質を有していてよい。
特に、オリゴ9ヌクレオチド試料は、殊にB式の、(i
)xが直接結合、mが5及びpが0であるか又は(ii
)xが一〇−P(0)(OH)−0” 、 mが5及び
pが8である試料である。
本発明のもう1つの態様によれば、前記定義のようなオ
リゴヌクレオチド信号発生複合体(ここで、残分は場合
によル酵素ラベルを有していてよい特異的結合対よりな
り、この残分は少なくとも1000ダルトンの分子量金
有し、その特異的結合対は、有利に、スペーサー原子団
全弁して一本鎖オリゴヌクレオチドに共有結合している
)の製法が得られ、この方法は、酵素ラベル金有してい
てもよい前記の特異的結合対の1員を、8〜30個のヌ
クレオチドユニット長さの一本鎖オリゴヌクレオチドよ
りなシ、立体的に許容しうる部位で、これに、スペーサ
ー原子団を介して共有前記の特異的結合対の他の員を共
有結合して有するオリゴヌクレオチド複合体と反応させ
ることよシなシ、反応成分は、得られる複合体中の残分
が少なくとも1000ダルトンの分子量を有するように
選択されている。特異的結合対の少なくとも工員は、蛋
白質性分子部分より成っているのが有利である。
前記の特異的結合対の工員のみを有するオリゴヌクレオ
チド複合体は、有利に、8〜30個のヌクレオチドユニ
ットの保護されたオリゴヌクレオチドを前記の特異的結
合対の工員の他の方法で保護されたホスフェートの遊離
OH基と反応させ、かつこの際形成される生成物の保護
基を除去することによル製造される。
特異的結合対の工員のホスフェートは、有利に、核員の
1個の一〇H基と式R−0−P(0)RR(ここでRは
ホスフェートの保護基であり、R2及びRは同−又は異
なるもので6ってよく、除去しうる基である)のホスフ
ェートとを反応させることによシ製造され、この際、ホ
スフェートが1個の単一ホスフエート保S基を有する、
特異的結合対の1員のホスフェートが得られる。
殊に、まず、前記定義の式: R’ −0−P(0)(
R)2R3のホスフェートを用いて特異的結合対の1員
のみを有するオリゴ9ヌクレオチド複合体を製造し、次
いで、得られるこの複合体と酵素ラベルを有していても
よい特異的結合対の他の員と全反応させることによシ、
前記定義のようなオリゴヌクレオチド信号発生複合体(
ここでその残分け、酵素ラベルを有していてもよい1個
の特異的結合対よ)なる)を製造するのが有利である。
ホスフェート保護基金導入する(この際、2個のホスフ
ェート保護基を有する特異的結合対の1員のホスフェー
トを単離する)のに有効な薬剤の存在でこの反応全実施
するのが有利であり、引続き前記ホスフェート保護基の
1個全除去する。このような方法は、ホスホリル化法の
生成物の有利な精製法金提供する。
前記ホスフェートは、有利に、2−クロルフェニルジ(
1,2,4−トリアゾール)ホスフェートであシ、この
ホスフェート保護基は、有利に塩基例えばピリジンの存
在で導入される。
本発明のもう1つの態様によれば、酵素ラベルがA式の
スペーサー原子団を介して一本鎖オリゴヌクレオチドに
共有結合している前記定義の製法が得られ、これは、0
式: 〔式中Eは酵素例えばアルカリ性ホスファターゼ又は西
洋わさびペルオキシダーゼ全表わす〕の化合物と0式: %式%)) 〔式中2はオリゴヌクレオチドであn、nは前記のもの
である〕の化合物とを反応させることよシなる。
0式の化合物は、有利に、酵素のアミノ基と2式: 〔式中Yは活性化されたエステルであJ、R。
1及びbは前記のものである〕の化合物とを反応させる
ことによシ製造される。
Yは、有利に、0式: 〔式中87は水素又はスルホン酸塩有利にナトリウム塩
である〕の基である。式中のRが水素であシ、aFio
、bはO,Rは3−フェニレン基(m−フェニレン)で
あるF式の化合物を使用するのが有利である。式中のn
が前記のものであるD式の化合、物は、有利に、例えば
、E式:Ph”3C8(CH2)n−0−P−0−Z 
       (E19OH の相応する化合物の加水分解による保護基除去により製
造される。E式の化合物は、保護された形の、有利に、
ポリマーサポート上で保護されたオリゴヌクレオチドと
H式: 〔式中nは前記のものであシ 14及びR5は同−又は
異なるもので、C1〜、。−直鎖又は分枝鎖のアルキル
基有利にメチル又はイソプロピルであるか又はRとRは
これらの間の窒素原子と一緒になってモルホリンmt表
わし、Rはホスフェートに対して好適な保護基有利にメ
チル基金表わす〕の化合物との反応により製造される。
H式の化合物は、有利に、1式: ph3cms−(OH2)n−OH(J)〔式中nは前
記のものである〕の化合物とに式:〔式中R,R及びR
は前記のものであシ、Halはハロゲン原子有利に塩素
を表わす〕の化合物と全反応させることによシ製造され
る。K式の化合物は、有利に、クロルN、N−ジイソプ
ロピルアミノメトキシホスフィンである。
オリゴ9ヌクレオチドー信号発生複合体及び本発明の方
法全病的状態と関連している遺伝子中の点突然変異の検
査で使用する場合には、一般に、オリがヌグレオチドー
信号複合体を診断キット中に導入するのが有利であり、
従って、このキットは本発明のもう1つの態様と認めら
れる。
従ってt本発明のもう1つの態様によれば、僅かに1個
のヌクレオチドで異なっている2種の相補的なヌクレオ
チド配列(この配列の1つは病的状態と関連してお)、
この配列の他の1つは相応する正常配列である)の間を
識別する九めの診断キットが得られ、このキットは、そ
のオリゴヌクレオチドが病的状態と関連している配列又
は相応する正常配列に対して相補的な配列を有し、その
オリゴヌクレオチドが立体的に許容しつる部位で、これ
に、分子最少なくとも1000ダルトンを有し、非ラジ
オアイソトープ信号を出すことのできる残分を共有結合
して有する、8〜30個のヌクレオチドユニット長さの
一本鎖オリゴヌクレオチドよりなるオリゴヌクレオチド
−信号発生複合体試料少なくとも1個を有する。
このキットは、有利に1)病的状態に関連している配列
に対して相補的な配列を有する一本鎖オリゴヌクレオチ
ドよシなるオリコ9ヌクレオチ記病的状態を示さないヒ
トに存在しうる相応する正常配列に対して相補的な配列
を有する一本鎖オリコ0ヌクレオチドよシなるオリゴヌ
クレオチド信号発生複合体試料少なくとも1種を有する
この関係で、特定の病的状態は、ヒ) DNAダノゲノ
異なる領域中に現れる点突然変異で特徴的であることが
認められる。このような場合に、各々の関連する点突然
変異が存在するか又は不在であるかを検出することは重
要であり、従って、1種以上のオリゴ9ヌクレオチド信
号発生複合体試料、各々の点突然変異の存在又は不在を
検査するための1試料が使用される。このキット中に相
応する正常又は異常な配列に関する試料を包含するのも
有利である。
このキットは、適当な緩衝液及び/又は洗浄液を有して
いるのも有利°であシ、本発明の方法によるこのキット
の使用のための書かれたか又は印刷された指示をも有す
る。
添付図面において、第1図は、固定ぎメメpIF−25
α2DNAに関して観察された交雑信号〔列Bs 3μ
54(Bに近い)、1μFP(nからはなれている)〕
及び突然変異体PIF25−14α2プラスミ)’DN
Aに関する信号は認められなかった事実〔A列、3μP
(Bに近い欄)1μ(Bから遠い欄)〕を示している(
例7参照)。第2化 図は、固定メA、/EplF55α2プラスミドDNA
(A列)0300n5L(AK近い欄)及び30n) 
(Aからはなれた欄)とpIF’55−F4α2−誘導
グラスミドDNA (B列)との間のオリゴ9ヌクレオ
チドーアルカリ性ホスファターゼ複合体による識別を示
してl^る。、pIF55α2プラスミドDNA (C
列)及びその誘導pIF55−P6α2(D列)は、オ
リゴヌクレオチド−複合体なしでアルカリ性ホスファタ
ーゼで偽交雑した。C列及びD列の信号の不在は、アル
カリ性ホスファターゼの直接結合に依るアーチファクト (art@faets )の存在を除外している(例8
参照)。
第3図はpIF55α2(A列)の300 nf(人に
近い欄)及び3 Q nf (Aからはなれた欄)いる
。この試料によ夕得られる信号強度は、相同グラスミド
−F6α2に関してはよシ強い(例9参照)。
第4図は、この試料の相同プラスミド pIF25α2(A列)の300 +lF、30 n9
−及−び3n?(左から右)への交雑が!ラスミドpr
F25−44c!2 (B列)の300nfP130n
%及び3 nlFへの交雑よ勺もよシ強力であることを
示している(例10参照)。
第5図は、スーザンi y’>”;e〆2の後に、線状
化されたplF55−F6α2の300 nPが過剰の
と) DNAの存在(レーン1)又は不在(レーン5)
の双方で単−帯として検出されることを示DNAの存在
(レーン2)又は不在(レーン6)で検出できなかつた
ことは、α255オリゴヌクレオチド−AP複合体によ
る、PIFα2DNAとpIF 55− F4α2 D
NAとの間の識別を説明している。
次の実施例につき本発明全説明するが、本発明はこれの
みに限定されるものではない。例中で、特にことわりの
ないかぎシ、溶液は水溶液であシ、「チ」は「w/vチ
」である。
種々の試薬の構成は次のとおシである:PBS   1
50mMNaCt+10mM燐酸ナトリウム(pH7,
4)SSC0,15MNaC2+0.015Mクエン酸
ナトリウムデンハ戸ト試薬(Denhart’a re
ag@nt )0.021  BSA 0、02 %  フィニル(Fiaol) 40000
00、02 %  PVP 次の略字音用いる: M・OHメタノール EtOAc  酢酸エチル DMF   ジメチルホルムアミド tRNA   )ランスファリボ核戯 HRP   西洋すさびペルオキシダーゼPB8   
燐酸塩緩衝塩 SDS   ドデシル硫酸ナトリウム 2 x ssc  二倍濃度の5SC Q、5XS8C半分濃度の5SC BSA   牛血清アルブミン PvP   ポリビニルピロリドン HEPES  (N −2−ヒドロキシエチル−N −
2−エタンスルホン酸) Trlm   )!Jス(ヒドロキシメチルコアミノメ
タン AP    アルカリ性ホスファターゼフラクトシル(
Fraetosil )、トjトンーX/ニデy )P
2O(Nonid@tP40)、フイ3ル400000
 (Ficol 400000 )、ノ9ル?イシxl
O−8AX(Partisil 1O−8AX)、ネン
ソルプ(NENSORB) 、ミレックス(Mllle
x)、セントリコン(Centrlcon )、アン/
母ツク(Ampack )、コアーバッファ (Cor
e Buffer )、Cl8−usンダノJ?り(C
l8−uBondapak )、セフ 77’ yクス
G −25(8ephat@x G −25)、セファ
デックスG −50(5ephadex G −50)
例1 ビオチンの分子を、次の方法により(6)のヌクレオチ
ド配列を有する15塩基長のオリゴヌクレオチドα2−
55に結合させた。
d[A−A−G−A−A−A−T−A−C−A−G−C
−C−C−Gコ (6)製法1 ピリジン(3m)中の2−クロルフェニルホスホロジク
ロリゾ−)(0,327117)と1.2.4−トリア
ゾール(7oO■)から製造したホスホリル化剤の溶液
を、無水ピオチノールα)(2301n9)に加え、混
合物を20℃で30分攪拌した。
■ 次いで、2−ヒドロキシグロピオニトリル(0,68m
)を加え、攪拌をさらに1.5時間続けた。混合物を蒸
発させ、残留物をクロロホルム(201+1/)と食塩
水(201d)の間で分配させた。クロロホルム抽出物
を乾燥しくMg504)、蒸発させた。残留物をシリカ
ゲル(5(1)のカラムで、最初の溶離剤としてCHC
Ls : MeOH(I Q : l v/v : 1
00プ)を用い、次いでCuO2,:MsOH(9: 
1 v/v )によって分別した。
合した適当な両分(溶離剤としてCHCL3 :MeO
H4: 1 v/vをおよび検出のためヨウ素蒸気を用
いるシリカゲルでの薄層クロマトグラフィー分析によシ
指示されるような)から溶剤の蒸発後、こウシてビオチ
ニル2−クロルフェニル2−シアノエチルホスフェート
■(0,32g、67%)が油状物として得られた。
製法2 ピリジン(3d)、トリエチルアミン(1ml)および
水(0,5d)の混合物中のビオチニル2−クロルフェ
ニル2−シアノエチルホスフェート■(230rv)の
溶液を20℃で1時間放置し、次いで蒸発させた。残留
物をエーテル(6×20 ml )で抽出し、減圧で無
水ピリジンを用いる共沸蒸留によりて乾燥して、ビオチ
ニル2−クロルフェニルホスフェートのトリエチルアン
モニウム塩を得た。
製法3 ポリジメチルアクリルアミド樹脂に結合した、完全に保
護されたオリがデオキシリゾヌクレオチド配列〔エツジ
(M、 D、 Edge等)″′ヌクレイ。
クアシ、ズリサーチ(Nucleia Ac1ds R
6!1. )”−1983年第11巻、第6419頁〜
第6435頁)により記載されているインターフェロン
α2遺伝子合成において配列55として公知〕の試料(
loll)を、可変長のプランジャーおよびガラスウー
ルフリットを備えたガラスカラム(6,5X 50x 
) Cl’ イ) (M、J、Ga1t)等”シャぐカ ーナル・オプ・ケノ〆ル・ソサエティ(J、 Chem
Soc、 、Chem、 Commun、 + ) ’
 1982年、第37頁〜第40頁参照〕中で、DMF
′中で膨潤させた(20℃で15分)。カラムの頂部を
4リテトラフルオロエチレン管を介して、溶剤を選択し
かつ窒素(10pmt)下に2〜3 m//min ノ
流量でカラムを通過させることのできる六方浴回転弁に
接続した。カラムを順次にピリジン、CHCLs : 
MeOH(7: 3 v/v ) (それぞれ2分間)
、5′−ジメトキシトリチル基を除去するためCHCL
s : MeOH(7: 3φ)中の5チベンゼンスル
ホン酸(40秒)、DMF(2分)およびピリジン(2
分)で洗浄した。樹脂を、50℃でカラムに窒素気流を
通して乾燥した。
カラムを溶剤送出系から分離し、カラム頂部を取外した
後、上述した乾燥樹脂に、無水ピリジン(0,3m)中
の?オチニル2−クロルフェニルホスフェートトリエチ
ルアンモニウム塩(23■)および(1−メシチレン)
−3−ユニトロー1.2.4−トリアゾール(50〜)
の溶液を加えた。カラム頂部を再装着し、カラムを45
℃のオープン中に45分間装いた。(または、反応を2
0℃で1.5時間実施することができる)力2ムを溶剤
送出系に再接続し、次いで樹脂をピリジン(2分)、D
MF (2分)、cH,ct:MeoH(7: 3 v
/v ) (2分)、エーテル(2分)で洗浄し、最後
に窒素気流中で乾燥してIリゾメチルアクリルアミド樹
脂に結合しピ た/オチニル化され、完全に保護されたオリゴヌクレオ
チド配列(イ)を得た。
ビオチニル化オリゴヌクレオチド配列を固形支持体から
分離し、エツジ(M、 D、 Edge ) 等(“ネ
ーチャ−(Natur@)”、1981年、第292号
、第7562頁〜第762頁〕により記載されたような
標準法(ただし80clb酢酸での処理は必要でない)
により保護基を脱離し、次いでニュートン(C,R,N
ewton )等〔“アナライテヵA/−バイオケミス
トリー(Anal、 Bloehsm、 )”、198
3年、第129巻、第22頁〜第30頁〕にょシ記載さ
れたような2段高性能液体クロマトグラフィー(HPL
C)法によって精製して、ビオチニ1ル化オリゴデオキ
シリゾヌクレオチド配列(ハ)を得た。
(ハ) ノ4ルチシル(Partigil ) 10− SAX
イオン交換樹脂での最初のHPLC(ニュートン等から
の緩衝液系■または■使用)で、生成物ビオチニル化α
256オリゴヌクレオチド(0が、42分の保持時間で
最大保持ピークとして得られfc(緩衝液系■)。親オ
リゴヌクレオチド配列(α2−55) (6)d[A−
A−G−A−A−T−A−C−A−G−C−C−C−G
コ   (6)は、同じ条件下で分析した場合、38分
の保持時間を有していた。
ピオチン残基がオリゴヌクレオチド配列に結合している
ことを確認するために、生成物の水溶液(1x PH1
2種l中1.60. D、 268単位、0.1チツイ
ーン(Twsen) 20 )を、アビジン8.3単位
を含有する、アビジン・アガロース〔シグマケミカル社
(Sigma Chemical Company L
td )のカラム(0,25m)に加えた。カラムを1
×PBS、 0.1%ツ(−ンテ洗浄L、画分(111
Ll)32p標識オリゴヌクレオチド配列(α2−55
)の試料を同様のカラムに加えた場合、すべての放射能
が溶離剤の最初の2 mlでカラムを通過した。
アビジンおよびHRPの複合体を、ベクタステイア (
Veetastain ) ABCキット〔ベクターラ
ゲラトリーズ(Vector Laboratorie
s ) 、  パーリングスハイム、カリフォルニア9
4010、USA)を使用してビオチニル化オリゴヌク
レオチドに結合した。ベクタスティン試薬人の1滴を、
0.1チツイーン20(シグマケミカルカンノ臂二イ)
を含有するPBSld中のビオチニル化オリコ0ヌクレ
オチド2μIに加えた。混合した後、ベクタスティン試
薬Bの1滴を加え、混合し、混合物を室温で30分間放
置した。
分析用グラスミドは、オリゴヌクレオチドα2−55(
6)の配列と相同のインターフェロンα2遺伝子ヌクレ
オチド配列3’TTCTTTATGTCGGG(: 5
’〔工、ジ等、“ヌクレイックアシッズリサーチ(Nu
elela Ac1ds R*s、 ) ’ 1983
年、第11巻、第6419頁〕(このプラスミドを以下
pIF’55α2と呼称)か、またはオリゴヌクレオチ
ド中に末端の3つの塩基が非相同の誤対合区域(7/ダ
2インで示す)を有する配夕IJ3’TTCTTTAT
GTCGACG5’のいずれかを含有していた。
後者のシラスミド(以下pIF55−F6と呼称)は次
のようにして得られた: 遺伝子を、合成オリゴ9ヌクレオチドから大体において
エツジ等〔6ヌクレイツクアシツズリサ一チ11983
年、第11巻、第6419頁〜第6435頁〕によシイ
ンターフェロンα2遺伝子の合成に記載されたようにし
て製造したが、ただしオリゴヌクレオチドl、2 、5
5.56および57はそれぞれ配列l Taq * 2
 Taq 、55−F6 ’閃−F6および57−F6
により代えた:I Taq  5’ CGACGATG
TGTGAT2 Taq  5’ CGGCAGATC
ACACATCGT55−F65’AAGAAATAC
AGCTGC56−F6 5’CCGGCTTGGCA
GCTG57F6 5’ CAAGCCGGGCAGC
TG合成遺伝子は、標準法〔マニアテス(Maniat
is)等、1モレキユラークローニング(Molecu
larClonlng ) ’ 15 Nラトリイマニ
ュアル(ALaboratory Manual ) 
:コールドスプリングハーパーラゲラトリイ、1982
年〕を使用し、シラスミドps’rp1 (クインダス
(Windasa )等1”ヌクレイックアシッズリサ
ーチ”、1982年、第10巻、第6639頁〜第66
57頁)〕のCL* 1部位と5atI部位との間でク
ローン化した。
プラスミドDNAの著しく希釈した試料(最大1μg)
をシュライヒヤーおよびシュエル(5ahleicha
r u 5ehuell 、キーン、二、−ハングシャ
ー、米国)によシ適用された装置および指示を使用して
ニトロセルロースのフィルター上へ“ドツト−プロ9 
) (daをblott@d ) ’または6スロ、ト
ープロット(5loをblotted ) l。
た。フィルターを回転し、真空中80℃で2時間ベーキ
ングした。次いで、フィルターを2×SSC中で湿らし
、5x8sc、5xデンハート試薬(Danhard(
greagent )、1esグリセリン、0、1 %
 SDS 、 50mM燐酸ナトリウム(p)17.0
)および変性ニシン精子DNA 100μルゼを含有す
る混合物中で68℃で2時間前交雑した。フイルターを
、(Non1dat ) P 40および250μI−
l tRNAを含有する混合物5 mlに加えたオリゴ
ヌクレオチドタンIIり質(アビモノ十)[RP )複
合体1プを使用し1,5 X SSC,0,5チノニデ
ツト室温で16時間交雑した。次いで、フィルターを、
6xSSC,0,06*ピロ燐酸ナトリウムおよび20
mM燐酸ナトリウム(−7,0)を含有する混合物中で
室温で5分間2回洗浄した。
さらに、フィルターを、6 X SSC,0,06チビ
ロ燐酸ナトリウムおよび20mM燐酸ナトリウム中で2
回37℃で2分間洗浄し、1回40℃で2分間洗浄した
が、この温度はプラスミドpIF55−F6α2に交雑
された3つの末端誤対合を有するオリゴヌクレオチドが
フィルターからpIF55α2DNAに交雑されたオリ
ゴヌクレオチドよシもはるかに多食洗浄された温度であ
る。
交雑されたオリゴヌクレオチドタンzJ?りヌク合体は
、次のようにして可視化された。フィルターを、2チB
SAおよび0.1%トライトン(Tr%ton)−X−
100を含有するPH8中で37℃で30分間、次イテ
PBs (0,1% ) 5 イトン20)10111
7中で37℃で30分間ソーキングした。次いで、フィ
ルターを室温で5分間3回およびそれぞれ次の各溶液中
で2回洗浄した: 溶液1 :   0.5 M   NaCjlomM 
   燐酸ナトリウム(pi(6,5)0、196  
  BSA 0.05チ   ツイーン20 溶液2 :   2 X 5Sc Q、 l % w/v  B 8A 0.05%   ツイーン20 ジアミノペンジデン5■を10mM)リス(pH7,5
)10dに溶かしてHRP基質を製造した。
l To CoCl2200 μtの溶液を加え、良く
混合シ、混合物を氷上で暗所に10分間放置した。引き
続きこの10分間インキュベージ、ンに続いて30 %
 H2O215μノを加えた。最後に、フィルターを基
質混合物に入れて、交雑されたオリゴヌクレオチドタン
・ぐりヌク合体を暗褐色析出物として可視的局在化する
。pIF55α2DNA最小300rgに相当する交雑
信号が検出されたが、オリゴヌクレオチドの一端におけ
る3つの塩基紙が相応する配列に対して非相対的である
PIF55−F6α2DNAの固定”ドツト”からの信
号は存在しなかった。この識別がオリゴヌクレオチド試
料に対し相同のヌクレオチド配列における交代を識別す
る試験に対する基礎を形成する。
アビジンとビオチニル化HRPの複合体を用いて検出さ
れたハイブリッドの分析は、こうして形成したオリゴヌ
クレオチド配列ノ9りヌク合体がビオチニル化I(RP
 3 Q分子までおよびアビジン10分子までを含有し
、約1880000ダルトンの最大全分子量を与えるこ
とを示す。例示したようなオリゴ9ヌクレオチド試料に
被結合したタンパク質の非常に大きい質量は、オリゴ3
ヌクレオチドタンパク質複合体の交雑選択性を妨げない
例2 例1に記載した方法に従うが、ただしビオチニル化オリ
ゴヌクレオチドを交雑のためアビジン単独と結合した。
このアビジン結合は、ペクタスティン試薬B (HRP
 )の添加を省略した点を除き、例1に記載したように
実施した。交雑および相同性ハイブリッドからの誤対合
を識別するための温度での洗浄に続き、フィルターをP
H1(2* BSA、  0.1 %ドライドyX−1
00)中で、例1に記載したように37℃で30分間、
次いでペクタスティン試薬82滴を含有するpus(0
,1%ツイーy20)10IILl中で37℃で30分
ソーキングした。次の洗浄およびHRP可視化は、例1
に記載したように実施した。結果は、pIF55α2D
NAだけに相当する交雑信号を有し例1で得られたもの
と同様であった。
例1および例2の試料の誤対合識別力を次の比較例Aに
よって強調する: 例A 例2に記載した方法を繰返したが、ただし交雑のため直
接にビオチニル化オリゴヌクレオチドを使用し、交雑前
のペクタスティン試薬の添加を省略した。交雑後、ベク
タスティン試薬A2 Wit psBlo、1% レイ
−:y 20.10m1に加え、次いで例2に記載した
ようにベクタスティン試薬Bの添加を行なった。このベ
クタスティン試薬Aと試薬Bの混合物を使用前に室温で
過間抜インキュベートし、アビジン(試薬人)とビオチ
ニル化HRP (試薬B)との間で橋かけ結合を形成さ
せた。pIFα2DNA 30 ngに相当するハイブ
リッド検出限界はN  pIF 55− F6DNA 
1μyと比較して得られた。
例3 ピオチン1分子を、次の方法により(1υのヌクレオチ
ド配列を有する15塩基長のオリゴヌクレオチドα22
5に結合した: d[G−A−A−A−T−G−A−T−T−C−A−A
−C−A−Gコ  (11)製法1 例1の製法1に記載したと同様の方法を使用するが、2
−ヒドロキシグロピオニ)lJylc代えオクタン−1
,8−ジオールを用いて、粗製ビyl−fニル2−クロ
ルフェニル8−ヒドロキシオクチルホスフェートを得た
。粗製混合物をEtOAe (100ral )で泥状
にし、濾過しテ過剰のオクタン−1,8−ジオールを除
去した。EtOAe抽出物を蒸発させ、残留物を再びE
tOAc (1001nl)で泥状KL、濾過した。溶
剤を除去した後、残留物を溶離剤としてEtOAc :
 EtOH(4: l v/v )を使用するフラッシ
ュシリカゲルクロマトグラフィー(メルクシリカf/L
/60ART 9385)Kより精製した。こうして、
適当な画分から溶剤を除去した後、ビオチニル2−クロ
ルフェニル8−ヒドロキシオクチルホスフェート■カ4
1チの全収率で得られた(分子イオン:M”549):
製法2 例1の製法1に記載したと同様の方法を使用するが、ピ
オチノールに代えて♂オチニル2−クロルフェニル8−
ヒドロキシオクチルホスフェ−)(0,611)を用い
て、化合物(8)の粗製試料を得た。
これを、製法1に記載したようなフラッシュクロマトグ
ラフィーによシ精製して、化合物の)を無色の油状物(
3001n9)として得た(分子イオン: (M+H)
”792 )。
製法3 ピリジン(3ゴ)およびトリエチルアミン(2d)中の
化合物(8) (280■)の溶液を、20℃で6時間
放置し、次いで蒸発させた。油状残留物をエーテル(5
X20m)で抽出し、残留物を減圧下で無水ピリノンを
用いる共沸蒸留によって乾燥して化合物(9)のトリエ
チルアンモニウム塩を得た。
製法養 例1の製法3に記載した方法を、α2−55に代えてオ
リゴデオキシリ−ヌクレオチド配列α2−26〔工、ゾ
等“ヌクレイ、クアシッズリサーチ″、1983年、第
11巻、第6419頁〜第6435頁)を用い、ビオチ
ニル2−クロルフェニルホスフェートのトリエチルアン
モニウム塩に代えて化合物(9)のトリエチルアンモニ
ウム塩を用いて繰返し、ビオチニル化オリビデオキシリ
?ヌクレオチド配列(10)を得た。
分析用グラスミドは、オリゴヌクレオチドの配列(11
) d [G−A−A−A−T−G−A−T−T−C−A−
A−C−A−G ] (ll)に相同のインターフェロ
ンα2遺伝子ヌクレオチド配列3’ CTTTACTA
AGTTGTC5’(エツジ等、“ヌクレイックアシッ
ズリサーチ”、1983年、第11巻、第6419頁〜
第6435頁〕またはアングラインした残基によって相
違する配列3’ CTTGACTAAGTTGTC5’
を有する誘導体を含有していた。この後者のプラスミド
は次のようKして得られた: 遺伝子を、合成オリゴヌクレオチドから、大体において
エツジ等(1ヌクレイツクアシツズリサーチ”、198
3年、第11巻、第6419頁〜第6435頁)によシ
インターフェロンα2遺伝子の合成につき記載されたよ
うにして、ただしオリゴヌクレオチド1 、2 、24
および25をそれぞれl Taq 、 2 Taq 1
24− I 4および25−I4に代えて製造した。
l Taq 5’ CGACGATGTGTGAT2 
Taq 5’ CGGCAGATCACAC^TCGT
24−I45’  人TCAGTTCGTGCAGT2
5− I45’ GAACTGATTCAACAG茨い
で、合成遺伝子を例IK記載した方法によシフローン化
した。オリゴヌクレオチド25−!養を含有するプラス
ミドを、以下pIF25−I4α2と呼称する。
プラスミドを例1に記載したように“ドツト−プロット
”した。
アビシン・アルカリホスファターゼ(AP )複合体を
、ビオチニル化ヌクレオチドに次のようKして結合した
AP・アビジンD複合体(ベクターラデラトリーズ)を
水を用いて1rlLlあたシ酵素20000単位に再構
成した。この溶液を10 mM HEPESlo、15
M NaC2(pH7,5)で5倍に希釈し、この混合
物l atをビオチニル化オリゴヌクレオチドα2−2
5(u)2μgとともに室温で30分間インキュベート
した。次いで、溶液を、あらかじめ5 x sscで平
衡化したアガロース・アビジンカラム(シグマ社)0.
5111t/に通過させた。カラムを5×Sac 2 
mlで洗浄し、ためた溶離液を、アガa −ス・アビジ
ンクロマトグラフィーの2以上のサイクルにかけた。t
RNAを最終溶離液に加えて250μ9/rxlの濃度
にし、この溶液を交雑に使用した。フィルター製造およ
び交雑は例1に記載したように実施した。交雑後、フィ
ルターをa x ssc、 o、o eチ燐酸ナトリウ
ムおよび20城燐酸す) 17ウム(PH7・)を含有
する混合物中で2回、室温で5分間および1回40℃で
3分間洗浄した。次いでフィルターを0.1M)リス・
ucL(pH7,5)、0.1 M NaCt、 2 
mM MgCl2および0.05%トライトンX−10
0中で5分間3回洗浄した。最後に、フィルターを、0
.1M)リス(+I9.5)、0.1 M NaC2,
5mM MgCl2中で5分間2回洗浄した。交雑した
ビオチニル化オリゴヌクレオチド・AP複合体の可視化
のため、フィルターをレアリイ(Leary )等〔“
プロシーデングスオプデナショナルアカデミーオプサイ
エンセスエナイテッドステーツオプアメリカ(Proc
、NatlaAcad* Sal、USA )”、19
83年、第80巻、第40461頁〕に記載されたよう
にして製造したAP基質混合物中でインキユベートした
。得られる、交雑し九オリコ0ヌクレオチド・AP複合
体に局在化された青色析出物は、pIF25−I牛α2
に比べて固定化pIF25α2DNAに対して著しく強
力であった。この識別が、オリゴヌクレオチド試料に対
し相同のヌクレオチド配列における1つ以上の交代を有
するDNA配列を検出するための試験の基礎を形成する
飼養 例3に記載した方法を、繰返したが、ただしビオチニル
化オリゴヌクレオチPを例2に記載した方法と同様に、
交雑のためアビジン単独と結合した。交雑および相同ノ
・イゾリッドからの誤対合を識別するための温度におけ
る洗浄に続き、フィルターを洗浄緩衝液1(0,1M)
リスHCL (P[(7−5) 、0. l M Na
CL12 rnh/i Mgct2および0.05% 
) ライ)yX−100)中の3%BSA中で37℃で
20分間洗浄した。引き続き、ビオチニル化APを、ビ
オチニル化APポリマー〔ベセスダリサーチラゴラトリ
ーズ(BethsadaResearch Labor
atories : BRL ) 〕としてまたはビオ
チニル化AP(ベクターラデラトリーズ(Vector
 Laboratorte@) )として洗浄緩衝液1
中1μν寥の濃度で加えた。10分後、フィルターを、
例3に記載したようにAP基質混合物中でのインキュベ
ーションに先立ち、室温で洗浄緩衝液1中で2分間、2
回、次いで洗浄緩衝液2(0,IM)リス(pH9,5
)、0. I M NaCL12 rrMMgcL2)
中で2回洗浄した。得られる可視化結果物は、例3のも
のと比較可能であった。
例3および例4の試料の単−誤対合識別力は、次の比較
例Bによって強調される。
例B 飼養に記載した方法を繰返したが、ただしビオチニル化
オリゴヌクレオチドを、ストレプトアビジンの添加に先
立って交雑した。交雑および相同ハイブリッドからの誤
対合を識別するための温度における洗浄に引き続き、飼
養におけるように洗浄し、ストレプトアビジン(ペセス
ダリザーテラ?2トリーズ)中で洗浄緩衝液中2μm1
/Illの濃度で室温で10分間インキュベートした。
ストレプトアビジンでのインキュページ、ンに引き続き
、フィルターを、飼養に記載したように、ビオチニル化
APポリマー(BRL)の添加に先立ち、洗浄緩衝液1
中で2分間3回洗浄した。引き続く洗浄およびAPの検
出は、例養に記載したようにして実施した。得られる可
視化結果物は、例3および飼養のものと比較可能であっ
た。
例5 例〕、の製法5に記載した方法を、ビオチニル化2−ク
ロルフェニル−ホスフェートのトリエチルアンモニウム
塩の代りに(9)のトリエチルアンモニウム塩を使用し
て繰返して、ビオチニル化オリゴデオキシヌクレオチド
配列(12)を得た。
例1に記載した交雑法を、試料としてビオチニル化オリ
ゴデオキシリ?ヌクレオチド配列(12)を使用して繰
返したが、ただし標準インターフェロンα2遺伝子源と
してシラスミドpIF81101 (エツジ等“ヌクレ
イツクアシ、ズリサーチ”、第11巻(1983年)第
6419頁〕を使用した。例1に観察されたように、p
IFs1101DNA300 ngに相当する交雑信号
が得られたが、突然変異体pIF 55−F6α2プラ
スミドDNA iμgからの信号は存在しなかった。
例6 例2に記載した方法を、プラスミドpIFs1101お
よびpIF 55−F’6α2に交雑するためアビジン
単独と結合したビオチニル化オリゴデオキシリメヌクレ
オチド配列(12)を使用して繰返した。
この実験において、pIF55−F6DNA 1μ9か
らの信号ノ不存在で、pIFsllol DNA 1 
pfi 力検出可能であった。
例5および例6の試料の誤対合識別力は、次の比較例C
によって強調される: 例C 例Aに記載した方法を、シラスミドpIFs1101お
よびpIF55J’6α2への交雑のためビオチニル化
オリがデオキシリがヌクレオチド配列(12) を使用
して繰返したが、交雑はストレプトアビジンの添加に先
立って行なう。この方法によりて、pIF55−F6α
2DNA 300 nI O最小量と比較して、PIF
81101DNA 3 n、jilの最小量が検出され
た。
例7 例1の製法3に記載した方法を、α2−55のオリゴデ
オキシリボヌクレオチド配列(0の代シにα2−25の
オリがデオキシリ?ヌクレオチド配列(11) (エツ
ジ等、“ヌクレイックアシッズリサーチ’(1983年
)、第11巻、第6419頁〜第6435頁〕を使用し
て繰返し、ビオチニル化オリ♂デオキシリゲヌクレオチ
ド配列(13)を得た。
例3に記載した交雑法を、試料としてビオチニル化オリ
ゴデオキシヌクレオチド配列(13)を使用して繰返し
た。第1図に示したように、固定化pIF−25α2D
NAに対する交雑信号が観察された(B列、3および1
μg1左から右へ)が、突然変異pIF25−I養α2
プラスミドDNA (A列、3および1μg)からの信
号は存在しなかった。
例8 アルカリホスファターゼ1分子を、次の方法によ#)(
6)のヌクレオチド配列を有する15塩基長のオリゴヌ
クレオチドα2−55に共有結合した:製法1 クロルN、N−ジイソグロピルアミノメトキシホスフィ
ンを、S−トリチル−6−メルカデトヘキサノール(2
,0,1およびN−エチルイソグロビルアミン(4,2
9)の溶液に0℃で徐々ラム溶液(10081/)で抽
出し、次いで塩水(10011Li!りで抽出した。酢
酸エチル抽出物を乾fij、(MgSO4)、4.01
dK濃ML、シリカyル、IFF 、F ム(キーセル
ケル(Kiss*1gel) 60.125αX 5.
Q cm )に適用し、石油エーテル(沸点40〜60
℃)ニトリエチルアミン(9: l Vマ)を使用して
分別した。合した適当な両分から溶剤の蒸発後、N、N
−ジイソゾロピルアミノメトキクS−トリチル−6−メ
ルカデトヘキソキシホスフイン(14)が得られた。
製法2 完全に保護されたオリゴデオキシリボヌクレオチド配列
α2−55を、フラクトクルに3’−OHを介して結合
された5′−ジメトキシトリチル−N2−イソブチリル
−2′−デオキシグアノシンとスクシュルグリシルアミ
ノデロビルスペ−? −(BDHケミカル社)、または
5′−ジメトキシトリチル−N6−ペンゾイルー2′−
デオキシアデノシン、5′−ジメトキシトリチル−N4
−ベンゾイル−21−デオキシシチジン、6′−ジメト
キシトリチル−N−インブチリル−21−デオキシグア
ノシンおよび5′−ジメトキシトリチルチミジン(BD
Hケミカル社)からアゾライドバイオシステム(App
H*d Btosystems ) 380ADNAシ
ンセサイザー(5ynth@gimar )で製造した
。または、完全に保護されたオリゴ9デオキシリ?ヌク
レオチド配列は、アトキンソン(Atkinson )
および(O1igonucl@otid@5ynehe
sls + & PractlcalApproach
 ’ (1”イト編集、IRL7’レス、オックスフォ
ード、ワシントンDC,第35頁〜第81頁)に記載さ
れたマニュアルな方法によって製N、N’−ジイソグロ
ピルアミノメトキシ5−トリチル−6−メルカゾトヘキ
ンキシホスフイン(53,7ダ)を、無水アセトニトリ
ル(3×1ml )を用いる共沸蒸留によυ乾燥し、次
に1.2−ジクロルエタン:アセトニトリル(3: 2
 v/v)の無水混合物(1,δml)に溶かした。こ
の溶液を、普通のヌクレオシドホスホルアミシトの代り
に、アプライトノ々イ、オシステム33 Q A DN
Aシンセサイデーでの標準カッグリフグ反応において使
用し、上記の完全に保護されたオリカブオキシリがヌク
レオチド配列α2−55に加えた。
方法は、簡単には次のものからなる二01,2−ジクロ
ルエタン中の3チドリクロル酢酸を用いるジメトキシト
リチル基の除去;■テトラゾール活性化後のN、N−ジ
インプロピルアミノメトキシ8−)ジチル−6−メルカ
ゾトヘキソキシホスフイン(溶剤0.1511Z中a、
s7mp)のカッブリング;■中間体ホスファイトのホ
スフェートへのヨウ素酸化;(4)無水酢酸を用いるキ
ャッピング((lapPirtg )フラクトシル支持
体からのオリゴ9ヌクレオチド配列の部分的保護基脱離
お自 よび開裂は、DNAシンセサイデーで7動的に行なわれ
た。次いで、ホスフェート保護基を、チオフェルレート
での処理、次いで水酸化アンモニウム(比重0.88)
を用いる処理によシ除去したが、後者はまた支持体から
オリゴ0デオキシリゲヌクレオチド配列を分離する。水
酸化アンモニウム溶液を55℃で6時間加熱し、次いで
蒸発し、残留物をエタノール/水(3:7マ/マ1、5
 #!/ ’)に溶かした。トリチル保護された配列は
、最初に例1の方法3に記載されたよりなノ4ルチジル
(Partiail ) I O−8AXイオン交換樹
脂でのHPLCによシ精製した。次の精製は、ニュート
ン(C,R,N@vtton )等〔“アナライティカ
ルバイオケミストリイ(Anal、Bioch@m、 
)’ e1983年、第129巻、第22頁〜第30頁
〕により記載されたようなC18μゲンダパツク(Bo
ndapak )カラムでの逆相HPLCを用いて達成
されたが、ただし0.1M酢酸アンモニウム中のアセト
ニトリル5%−12チの勾配は0.1M酢酸アンモニウ
ム中のアセトニトリル5%から40分にわたり 0.1
 M酢酸アンモニウム中のアセトニトリル50チの勾配
に代えた。
製法3 化合物(15) (40pmol )を、製造業者によ
シ指示されたように3′−エンドラベリングキット(3
’ −end labelllng klt ) [ア
マーデムインターナシロナル社(Amersham I
nt@rnationalPLC)を使用して2’、3
’−ジデオキシアデノシン−5’−[α−32P] )
リホスフェートにより、ただしこの場合2’、3’−ジ
デオキシアデノシン−5′−トリホスフェートと[α−
32P]誘導体の混合物(4:1)を使用して P標識
付けした。この標識付けしたオリコ9デオキシリ?ヌク
レオチドを、製造業者により指示されたようにNEWS
ORB20カートリッジ(デュポン/ NENリサーチ
ゾロダクツ)で精製した。
水(1,251d)中の硝酸銀(61nmol )を、
水中の(15) (1,5nmol )および水(24
6μl)中の3′−エンド標識化合物(15) (0,
01nmol )の溶液に加えた。20℃で30分後、
水中のジチオトレイトール(63nmol)の溶液を加
えた。
さらに20℃で30分後、混合物をミレックス(Mil
l*x)−G Sフィルタユニット(0,22μm) 
    □を通してr過し、容積250μノに蒸発させ
て化金物(16) (1,5nmol )および p3
’ −z 7ド標識誘導体(0,01nmol )の溶
液を得た。
製法舎 ・ジメチルホルムアミド(DMFX 5.o pi )
中のm−マレイミドベンゾイル−N−ヒドロキシスクシ
ンイミドエステル(MBS) (0,12vui )の
溶液を、0.05M燐酸塩緩衝液pH7,0(0,74
)中の子牛の腸アルカリホスファターゼ(ペーリンガー
マンハイム567752)(3,0in?)の溶液に加
えた。混合物を20℃で30分間攪拌し、次いで0.1
M燐酸塩緩衝液pH5,6で平衡化した一1=77デ、
クス(S@phadex)G −25カラム(5X1.
5c1n)に適用し、ヰ℃で同じ緩衝液を用いて溶離し
た。両分を集め、280nmでUV吸光を検査して化合
物(17)を得た。
製法5 痕跡量の P3′−エンド標識誘導体(製法3から)を
含有する(16) (250μl)の溶液を、誘導され
たアルカリホスファターゼ(17) (製法生から)の
溶液に加えた。20℃で1時間後に溶液を、セフアデッ
クス(5ephadex ) G −50カラム(26
閏X 1. Oan ) (o、 1 M燐酸塩緩衝液
;pH5,6で平衡化)に適用し、0.9 ml/ml
 nで同じ緩衝液を用いて溶離した。両分(l ml 
)を集め、シンチレーション計数および280 nmに
おけるUV吸光によシ検査した。こうして、アルカリホ
スファターゼ(280nmにUV吸光)および52p放
射性標識の双方を含有する両分は、α2−55オリゴヌ
クレオチド・アルカリホスファターゼ複合体(18)を
含有する。
(坊)               0HA−A−A
−T−A−C−A−G−C−C−C−G]pH5,6の
0.1M燐酸ナトリウム緩衝液0.88d中のα2−5
5オリゴヌクレオチドアルカリホスファターゼ複合体(
18) 45 pmo 1を、次のように同じ緩衝液中
0.251dに濃縮した: BSA (画分V r M
lles )を1μg/IRIに加え、2つの等しい少
量の試料をセントリコン遠心微量濃縮器(Centri
con centrifugal m1aroeone
@ntrator:アミコン社(Am1aon Ltd
、 eスト−7ハウス英国)〕に負荷した。試料は、装
置をソルパk (Sorvall )8834中で10
0OGで30分回転することにょυ濃縮した。
例1に記載したように、著しく希釈したpIF55a2
’t fctd PIF55−F1a、グラ、x、ミド
(D試料を、ニトロセルロース上へ1ドツト−プロット
”した。前交雑も例1に記載したごとくであった。
交雑溶液は、緩衝液2.50μj中の5 x 5sc(
tRNA 250μVゴ含有)2d1 オリゴヌクレオ
チドアルカリホスファターゼ複合体(18) 45pm
olを含有していた。
室温で一夜の交雑に続き、フィルターを′2回、5 x
 Sac、 0.06 %ピロ燐酸ナトリウムおよび2
0mM燐酸ナトリウム(pH7,0)を含有する混合物
中で室温で5分間洗浄した。次いで、フィルターをさら
に、上述した緩衝液中で39℃で2分間洗浄し、3つの
末端誤対合を有するインターフェロンα2遺伝子配列に
交雑されたオリゴ9ヌクレオチド複合体をフィルターか
ら、インターフェロンα2遺伝子での完全なハイブリッ
ドが形成するよりもはるかに大きく洗浄した。さらにフ
ィルターを3回、0.1 M )リス・HCl (pH
7,5)、O,l M NhCL 、 2種M NaC
t2および0.05チトライトンX−100中で5分間
洗浄した。最後に、フィルターを2回、O,1Mトリス
()J(9,5)、0.1 M NaCt、 5 mM
 NaCt2中で5分間洗浄し、引き続き例3に記載し
たようなAP基質混合物とともに保温した。第2図はこ
の実験の結果を示し、固定pIF55α2fラスミドD
NA(A列)およびインターフェロンα2遺伝子からの
3つの塩基組偶奇を有するpIF 55−P6α2誘導
7’ラスミ)’DNA(例1参fi)(D列)0300
n9と30 n90間(左から右へ)におけるオリゴヌ
クレオチド・アルカリホスファターゼ複合体による識別
を指示する。pIF55α2プラスミドDNA (C列
)およびその誘導pIF55F6α2(D列)は、オリ
ゴヌクレオチド複合体なしであるが、上述したような交
雑緩衝液2 ml中に含有されているアルカリホスファ
ターゼ(ペーリンガー社、コード番号567’752 
)14℃molを用いて偽交雑(mock hybri
dised ) した。C列およびD列における固定D
NAと関連した明らかな信号は認められず、こうしてア
ルカリホスファターゼの直接結合によるアーチファク)
 (artefacts)は除外された。
例Q 1分子のアルカリホスファターゼを、例8の製法2.3
.4および5に記載した、次の変更を有する方法により
 (2D)のヌクレオチド配列を有する15塩基長の d[A−A−G−A−A−A−T−A−C−A−G−C
−T−G−C] (20)オリがデオキシリゲヌクレオ
チドα2−55F6に共有結合した: 1)製法2 完全に保護された、ヌクレオチド配列を有するオリがデ
オキシリIヌクレオチドα25δF 6 (2))を、
制御された多孔ガラス〔孔径500X:粒径125〜1
74ミクロン;負荷20〜501’mo17”ll s
クララシャンケミカル社(CruachanChemi
cal Co、 Ltd )製品〕に結合した5′−ジ
メトキシトリチル−N4−ベンゾイル−2′−デオキシ
シチジンから、アゲ2イドバイオシステム380 A 
DNAシンセサイデーで製造した。制御された多孔ガラ
スに結合した、部分的に保、護基を脱離したオリゴデオ
キシリ?ヌクレオチドに、テトラゾール活性化ホスフィ
ンの2つの付加反応(それぞれ100秒)によりで結合
した(工程2)。キャッビング工程(工程4)は省略し
た。支持体から開裂した後、オリコ9デオキシリ?ヌク
レオチドを含有する水酸化アンモニウム溶液を50℃で
4時間加熱した。
2)  M法3 硝酸銀およびジチオスレイトールの量を、それぞれ12
0 nmoLおよび122 nmotに増加した。
3)製法養 MBSの量を、DMF (3,4al )中0.08m
91C減少し、アルカリホスファターゼを0.05Mm
W&塩緩衝液(pH7,5: 0.23m/ )中2.
01n9に減少した。
4)製法5 反応を37℃で1時間実施し、カラムを−5、Oの0.
1M燐・酸塩緩衝液で平衡化した。
この方法を用いて、α2−55F、オリゴヌクレオチド
・アルカリホスファターゼ複合体(19)が得られた。
α2−55F6オリゴヌクレオチド・アルカリホスファ
ターゼ複合体を直接に交雑して1周知pIF55α2ま
たはpIF55−F6α2DNAの希釈物を得た。前交
雑、交雑および洗浄の条件は例8に記載し友ごとくであ
るが、ただし交雑は、O,1M燐酸ナトリfy A (
pH5,0) 0.91m中Oα2−55F6 オリf
ヌクレオチド・AP複合体(19) 120 pmol
 f含有する緩衝液IQd中で実施した。第3図はこの
実験の結果を示し、同様にpIF55α2(A列)およ
びplF55−F6α2(B列)の300ngと30n
gの間(左から右へ)のオリゴヌクレオチド・AP複合
体による識別を指示し、試料によシ生じる信号の強さは
相同プラスミドpIF55−F6α2に関してはより強
い。
例10 例9に記載された方法を、オリゴ0デオキシリゴヌクレ
オテド配列(20)に代えオリゴデオキシリがヌクレオ
チド配列(11) を用いて繰返した。
例9の製法2におけるオリがデオキシヌクレオチドを、
制御された多孔ガラスに結合した5′−ジメトキシトリ
チル−N2−インブチリル−2′−デオキシグアノシン
から製造した。製法3は、例8の製法3に記載したよう
にして実施し次。
例8に記載し念ようにplF25α2またはp I F
25−I4α2DNAのいずれかの著しく希釈された材
料を、ニトロセルロースフィルター上へ固定した。
このフィルターを次いで例9に記載し念ように前交雑し
、交雑し、洗浄したが、ただしこの場合交雑はO,1M
燐酸ナトリウム(PH5,6)1ゴ中のα2−25オリ
ゴヌクレオチド−AP複合体(21)170 pmol
を含有する緩衝g10ml中で実施した。
−T−G−A−T−T−C−A−A−C−A−G]第Φ
図は、この実験の結果を示し、オリゴヌクレオチド試料
に対し単一塩基非相対性を有するグラスミドpIF25
−14α2(B列) 300 nl 。
30 nj’および3 nIIよシも、相同グラスミド
pIF25α2(A列)300nJJ、30n1iおよ
び3n、9(左から右へ)に対する試料のはるかく強い
交雑を指示する。
例11 例8に記載した方法を繰返したが、ただしこの場合交雑
は緩(li液(0,025S BSA 、5XSSCお
よびtRNA250μI//d 、全量4d中)0.4
d中のα2−55オリゴヌクレオチド・アルカリホスフ
ァターゼ複合体(18) 45 pmolを含有してい
た。
交雑後、フィルターを例9におけ委、ように洗浄し九が
、友だしO,1M)リス(PH9,5)、0.1M N
aCLおよび5 mM MgCl2中での最後の8分間
洗浄をアムパック酵素拡大キッ) (Ampak@nz
ym@amp1%fiaation Kit; IQ(
Blo) Ltd、、ケンプリッゾ、英国)からの洗浄
液(作業濃度)中で室温での5分間洗浄に代え7’C,
0,1M)リス(pH9,5) 、0.I MN&Ct
および5 rrJ/i M1gCL2中で室温でのさら
に5分間の洗浄に、アムパック洗浄緩衝液<myx液)
中でそれぞれ5分の連続する5つの室温洗浄を続は友。
前後に、個々の固定DNA試料をフィルターから切り離
し、微量滴定皿の個々の凹み(24の凹み、ファルコン
3047 ’)に入れた。それぞれの試料に、再構成し
几アムノ4ツク基質混合物を加え、室温で20分インキ
為ベートした。再構成したアムノぐツクアンブリファイ
ヤー混合物200μlを加え、溶液を遅い発色のため1
0分間放置し、医いで凹み1つKつき5μノの停止液を
加えた。次いで、495 nmにおける吸光を読取った
。篩導体シラスミドpIF55−F6α2DNAに比べ
てp I F55α2プラスミドDNAに交雑されたオ
リゴヌクレオチド複合体の吸光に明瞭な増加が存在した
。たとえば、 pIF55α2 DNA 30 nj’
は、パックグラウンドの約0.7単位上のODA 95
を生じるが、pIF55−F6α2からの信号はパック
グラウンドの著しく上ではなかった。
例12 例9に記載したような、オリゴヌクレオチド(α2−5
5 )・アルカリホスファターゼ複合体(18)ヲ、ニ
トロセルロースへのスーデンプロット転写(South
ern blot transfsr )後、!ラスミ
ドDNA /ヒトDNAへの交雑に使用した。DNAを
、ヒトのドーデイ・バーキットリンパ腫(DaudlB
urkitt Lymphoma )細胞からプリン(
B11n)およびスタフオード(St畠ttora) 
(″′ヌクレイックアシッズリサーチ”、第3巻(19
76年)第2303頁)の方法により抽出し、l Om
M )リスHC1(pH8)、l mM EDTA中に
l m9 / Klで溶かした。
このDNA′M液200μtに、B20120μt。
10Xコア緩衝液(Core Buffer:ペセスダ
リサーチ2がラドリーズ(Bathsmda Re5e
archLaboratori@g ) ) 40 a
LおよびEcoRI Cケムブリッジバイオテクノロジ
イラ・?ラトールス(Cambrldge Blot@
chnology Laboratorss) 、ケム
ブリッジ英国;20μ/μt]40μtf:加えた。こ
の溶液f、37℃で3時間保温し、次いでフェノール/
クロロホルム(1:1)で1回、クロロホルムで1回、
エーテルで3回抽出した。
次いでDNAを、酢酸ナトリウム(0,3M)およびエ
タノール2容を加えて沈殿させた。イレット化DNAを
7o%エタノール中で洗浄し、H2O200μtに再溶
解した。
インターフェロンα2遺伝子(prF、55α2)また
はオリゴヌクレオチドα2−55を含有するその誘導体
(p I F55− F5α2)のいずれかを含有する
プラスミド1.5μlIを、pIF55α2に対し20
単位、p IF55−F5α2に対し40単位をそれぞ
れ10μtおよび2oμjの童で使用しEcoRIで同
様に消化した。DNAを浴剤抽出し、上記のようにエタ
ノール沈殿させ、最後にH2Ol 5μlに浴かした。
ドーデイ(Daudi)細胞DNAの試料10μyをp
IF55α2iたはPIF’55−Fe12 DNA 
300 nlおよび3On、!i’と混合し、マニアチ
ス(Manlatim)等〔1モレキユラークローニン
グ(Moleaular−CIoning)” :アー
ラゴラトリイマニ、アル(ALaboratory M
anual ) :コールドスプリングハーー望−ラR
ラトリイ、1982年〕Kより記載されたように1チア
ガロースrル中で電気泳動した。次いで、DNAをマニ
アチス等(上記参照)K記載されたように、スーデン転
写法を使用してニトロセルロースに転写した。フィルタ
ーを風乾し、真空中80℃で2時間ベーキングした。前
交雑、交雑およびフィルター洗浄条件は例8に記載され
友ごとくである力X % 7’2+だし交1ard 9
5 pmolα2−55オリゴヌクレオチド・アルカI
J * スフ 7 p −セ、5 x SSC、250
al/metRNA 、 0.05%BSAおよびQ、
6mM燐酸ナトリウム(p145.6)の混合物8v中
で実施した。第5図は、この分析の結果を示し、まっす
ぐにしたプラスミドp I F55α2300 nJF
は過剰のヒトDNAの存在(レーンl)tたけ不在(レ
ーン5)のいずれかで単一バンドとして検出でき九こと
を指示する。同じ条件下で、まっすぐKしたpF I 
55− Fe12 DNA 300 nJi’は、r−
ディDNAの存在(レーン2)または不在(レーン6)
で検出できず、スーデン転写法に続< pIF55α2
と、IF55−Fe12の同じのα255オリゴヌクレ
オチド・AP複合体(18)による識別を表わす。
例13 例1oに記載されたようなオリゴヌクレオチドα225
−AP複合体(21)を、ニトロセルロースへのスーデ
ンプロット転写後、プラスミドDNA/ヒ) DNA混
合物への交雑に使用した。実験において使用したプラス
ミドDNAは、例12にpIF55α2およびpIF2
5−Fe12につきそれぞれ記載され次ようにして消化
したpr′F55α2および、lF25−I4α2であ
った。EcoRI消化の、プラス・ミドDNAの試料を
、EcoRI消化のドーデイ細胞DNAと混合し、例1
2におけるように電気泳動にかけた。前交雑、交雑、洗
浄およびオリゴヌクレオチド・AP検出条件は例1oに
おけるごとくであった。例12につき観察されたように
、試料に対し相同のp I F25α2プラスミドDN
Aの少量は、ドーデイ細胞DNAの存在または不在′で
単一バンドとして同程度に検出することかで゛きた。
これらの同じ条件下で、ドーデイ細胞DNAの存在かま
たは不在のいずれかにおいてプラスミ「PIF25−I
4α2に相当する信号は検出できず、スーザン転写に続
く、相同プラスミド、pIF25α2と、試料に対し非
補完的な単一塩基を有するプラスミドp lF25− 
I 4α2との間でα225オリゴヌクレオチド−AP
試料(21)による識別を表わす。
下記式において、2は、オリゴヌクレオチドを表わし、
APはアルカリホスファターゼを表わす。明細書を通じ
て、オリゴヌクレオチドの末端ホスフェートは、オリゴ
ヌクレオチrの部分であると考えられているが、図面で
は末端ホスフェートは別個に、このホスフェート部分に
おいて生起する反応を説明するために示されている。
C−A−A−C−A 員                   −G〕突然
変異体PIF−25−I養α2デ2スばドDNム(A列
)に関する交雑信号を示す図であり、第2図tf 固定
Z X Ie p fF 55(12テ9 x t P
 DNA CA 列)及びplF55−F4 m導プラ
スイドDN人(B列)のオリプヌクレオチドーアルカリ
性ホスファp −ゼ複合体による識別状態を、オリジヌ
クレオチド複合体なしの場合(0列、D列)と対比して
示し北回であす、 $3図UpIF’55(X2(A列
)300 ng及び30 ngとplF’55−’Aα
2(B列)との間のオリゴヌクレオチド−AP−複合体
による識別状態を示す図であり、第4図は、相同プラス
イドpIF25α2(A列)とプラスミド1)IP”2
5−I養α2は不存在下における線状化され7’t p
IF5δ−F′6α2DNムとplF55−α2DNム
との間のα255オリ!ヌクレオチド−AP複合体によ
る識別を説明してhる図である。
A@l”。
−            −炉 筒5図 区  く■

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1、僅かに1〜3個のヌクレオチドで異なっている2種
    の相補的なヌクレオチド配列の間を識別するために、 (a)2個の相補的なオリゴヌクレオチド鎖の間の交雑
    を促進するか又は助成する条件下で、同定すべき又は測
    定すべきヌクレオチド配列(一本鎖を生じるように適宜
    処理の後)を、8〜30のヌクレオチドユニット長さの
    一本鎖オリゴヌクレオチドよりなり、これに、立体的に
    認容性の位置で、共有結合している、分子量最低100
    0ダルトンを有し、非ラジオアイソトープ信号を出すこ
    とのできる残分を有するオリゴヌクレオチド信号発生複
    合体試料(このオリゴヌクレオチド信号複合体中のオリ
    ゴヌクレオチドは、同定すべき又は測定すべき配列に対
    して相補的であるが、二者択一的配列に対しては相補的
    ではない特定の配列を有する)と接触させ、 (b)試料:テスト核酸ハイブリットを交雑されていな
    い試料から分離し、 (c)交雑されたオリゴヌクレオチド−信号発生複合体
    から生じる信号を出させるか又は僅かに 観察することを特徴とする、僅かに1〜3個のヌクレオ
    チドで異なっている2種の相補的なヌクレオチド配列の
    間を識別する方法。 2、残分は少なくとも5000ダルトンの分子量を有す
    る、特許請求の範囲第1項記載の方法。 3、残分は少なくとも20000ダルトンの分子量を有
    する、特許請求の範囲第2項記載の方法。 4、僅かに1個の単一ヌクレオチドで異なっている2種
    の相補的なヌクレオチド配列の間を識別するために有効
    な、特許請求の範囲第1項から第3項のいずれか1項に
    記載の方法。 5、非ラジオアイソトープ信号を出すことのできる残分
    は、蛋白質性分子部分よりなる、特許請求の範囲第1項
    から第4項までのいずれか1項記載の方法。 6、オリゴヌクレオチド信号発生複合体試料がスペーサ
    ー原子団を介して、それに共有結合している検出系を有
    する一本鎖オリゴヌクレオチド配列よりなり、前記検出
    系は、酵素的に活性化された色変化を形成するための系
    よりなり、この系は直接的な共有結合で又は特異的な結
    合対によりスペーサー原子団に結合している、特許請求
    の範囲第1項から第5項までのいずれか1項記載の方法
    。 7、立体的に認容性の位置でスペーサー原子団を介して
    共有結合している、場合により酵素ラベルを有する特異
    的結合対よりなり、少なくとも1000ダルトンの分子
    量を有する残分又は酵素ラベルがスペーサー原子団を介
    してオリゴヌクレオチドに結合していて、このスペーサ
    ー原子団のオリゴヌクレオチドへの結合は、末端の塩基
    、糖又はホスフェートを介していることを条件として1
    個の酵素ラベルを有する残分を有する、8〜30個のヌ
    クレオチドユニット長さの一本鎖オリゴヌクレオチドよ
    りなることを特徴とするオリゴヌクレオチド信号発生複
    合体。 8、オリゴヌクレオチドは病的状態又は相応する正常配
    列と関連しているヌクレオチド配列に対して相補的な配
    列を有する、特許請求の範囲第7項記載のオリゴヌクレ
    オチド信号発生複合体。 9、一方の病的状態と関連している配列及び他方の相応
    する正常な配列よりなる、僅かに1個の単一ヌクレオチ
    ドで異なっている2種の相補的なヌクレオチド配列を識
    別するための診断キットにおいて、このキットは、8〜
    30個のヌクレオチドユニット長さの一本鎖オリゴヌク
    レオチド(このオリゴヌクレオチドは、病的状態に関連
    している配列又は相応する正常配列に対して相補的な配
    列を有し、このオリゴヌクレオチドは、立体的に許容し
    うる部位でこれに共有結合している、少なくとも 1000ダルトンの分子量を有し、非ラジオアイソトー
    プ信号を出すことのできる残分を有する)よりなるオリ
    ゴヌクレオチド信号発生複合体少なくとも1種を有する
    ことを特徴とする、僅かに1個の単一ヌクレオチドで異
    なっている2種の相補的なヌクレオチド配列の間を識別
    するための診断キット。 10、1)病的状態と関連している配列に相補的な配列
    を有する一本鎖オリゴヌクレオチドよりなるオリゴヌク
    レオチド信号発生複合体試料少なくとも1種及び2)ヒ
    ト中に存在しうる前記の病的状態を示さない相応する正
    常配列に対して相補的な配列を有する一本鎖オリゴヌク
    レオチドよりなるオリゴヌクレオチド信号発生複合体試
    料少なくとも1種を有する、特許請求の範囲第9項記載
    の診断キット。
JP61087245A 1985-04-17 1986-04-17 僅かに1〜3個のヌクレオチドで異なつている2種の相補的なヌクレオチド配列の間を識別する方法、オリゴヌクレオチド信号発生複合体及び僅かに1個のヌクレオチドで異なつている2種の相補的なヌクレオチド配列の間を識別するための診断キツト Pending JPS62300A (ja)

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