JPH08504327A - 糸状菌における異種タンパクの生産 - Google Patents

糸状菌における異種タンパクの生産

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JPH08504327A JP6513800A JP51380094A JPH08504327A JP H08504327 A JPH08504327 A JP H08504327A JP 6513800 A JP6513800 A JP 6513800A JP 51380094 A JP51380094 A JP 51380094A JP H08504327 A JPH08504327 A JP H08504327A
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Abstract

(57)【要約】 creA結合部位が機能的に破壊したプロモーター変異体を使用して、グルコースの存在下、糸状菌宿主中においてタンパクの発現が行われる。

Description

【発明の詳細な説明】 糸状菌における異種タンパクの生産 技術の分野 本発明は、組み替えDNAの技術の、微生物宿主、特にアスペルギルス属を含 む糸状菌における目的のタンパク生産への応用に関する。発明の背景 様々な遺伝子の発現システムの研究開発が、糸状菌宿主を使用して行われてき た。これらの中で、例えば、グルコース抑制プロモーターのような、炭素異化代 謝産物抑制プロモーターを利用したシステムが第一に挙げられる。というのは、 醗酵条件を適正化することにより、遺伝子の発現能力を簡単に、明確にコントロ ールすることができるからである。このタイプのあるシステムでは、アスペルギ ルスニードランス(Aspergillus nidulans)のalcA遺伝子のプロモーターを使用 しており、これはグルコースの存在により抑制され、エタノール、トレオニン又 はグルコース欠乏状態における関連した代謝産物により誘発される(Gwynne eta l., Biochem. Soc. Trans., 17:338参照)。この二重のコントロールは、醗酵に 対する魅力的な、段階的アプローチを与える。この醗酵において、宿主のアスペ ルギルス菌株を初めにグルコース存在下で培養して生物量を最大にし、次に、グ ルコース欠乏状態で誘発剤存在下に培養を行い、目的のタンパクの生産を誘導す る。同様に、調節システムもまた研究開発され、他のグルコース抑制プロモータ ーも使用している。その例として、例えば、アスペルギルスニードランスのaldA 遺伝子(Pickett et al., Gene(1987)51:217参照)、アスペルギルスニードラ ンスのamdS遺伝子(Scazzocchio et al., 1992参照)、アスペルギルスニガー( Aspergillus niger)のgla遺伝子(Fowler et al., Curr.Genet.(1990),18: 537)参照)、並びにアスペルギルスニードランス及びセファロスポリウムクリ ソゲナム(Cephalosporium chrysogenum)のacvA及びipnA遺伝子(Brakhage et al.(1992)174:3789参照)が挙げられる。 グルコース抑制プロモーターによる遺伝子発現に対するコントロールは、様々 な例において望ましいが、その使用は醗酵の生産段階を複雑化する。遺伝子生産 物を形成するために、宿主菌株は、グルコース欠乏状態のみではなく、より好ま しい基質であるグルコースに代わる炭素源を使用した培地でも培養されなければ ならない。従って、グルコース抑制機能を除去したプロモーターを開発すること が望ましい。 アスペルギルス及び他の糸状菌における、グルコース介在による炭素異化代謝 産物抑制の作用機作の研究は、主要なリプレッサーであるcreA遺伝子の生産物に 関連している。グルコースが存在するとき、creA遺伝子生産物は、エタノール及 びラクトースのような他の炭素基質の使用に関連する遺伝子の発現を抑制し、そ のため、グルコースが利用できる場合には、それらの他の経路の利用を抑制する ことが現在広く認められている(Scazzocchio, in Aspergillus; Biology and I ndustrial Applications, Butterworth-Heinemann, 1992, pp.44-63参照)。ア スペルギルスニードランスのcreAの分析とクローン化は、最近ダウザーとケリー により報告された(Dowzer & Kelly, Mol. Cell. Biol. (1991)11:5701)。発明の要約 creA遺伝子生産物が、グルコース抑制糸状菌遺伝子のプロモーター領域内で結 合するドメインが同定された。本発明は、この発見を利用して、グルコース抑制 プロモーター内のcreA結合ドメインを破壊し、これにより、グルコース存在下に おいて、発現を調節できるプロモーターの変異体を提供する。 また特に、本発明の一つの実施態様では、糸状菌宿主中でタンパクをコードす るDNAの発現を達成するのに有用な組み換えDNA発現カセット、タンパクを コードするDNAを含むカセット、及びそれらと機能的に連結した、破壊され、 グルコース存在下で、タンパクをコードするDNAの発現を行わせるcreA結合部 位を有するプロモーター変異体が提供される。 本発明の実施態様において、プロモーター変異体は、アスペルギルスニードラ ンスの例えばalcA、aldA及びalcR遺伝子から選択された、エタノールの代謝に関 与するアスペルギルス遺伝子のプロモーターから誘導される。 本発明のもう一つの実施態様は、異種DNA及びこれと機能的に連結した、破 壊されたcreA結合部位を有するプロモーター変異体を含む組み換えDNA発現カ セットを組み込んだ糸状菌株を提供する。 本発明の他の実施態様は、目的のタンパクをコードするDNAを含む組み換え DNA発現カセットと、これと機能的に連結した、破壊され、空間的に保存され たcreA結合部位を有するプロモーター変異体を組み入れた糸状菌株を、グルコー ス存在下において培養する工程を含む、目的のタンパクを生産する方法を提供す る。 本発明とその好ましい実施態様について、添付図面を参照し、詳しく説明する 。図面の簡単な説明 図1は、アスペルギルスニードランスのalcAプロモーターの領域のヌクレオチ ド配列を示している。配列表の配列番号:3参照。 図2は、alcAプロモーター変異体の構造を図式的に示したものである。詳細な説明及び好ましい実施態様 本発明は、プロモーター変異体と機能的に連結した、タンパクをコードするD NAの発現をグルコース存在下で可能とするようなプロモーター変異体を供与す るため、通常はグルコース抑制される糸状菌遺伝子のプロモーターを変化させる 方法を提供する。これは、グルコース抑制プロモーター内のcreA結合部位を、削 除又はより望ましくはヌクレオチド置換により除去することにより達成される。 ここで使用されている、“プロモーター変異体”という用語は、通常存在するcr eA結合部位が破壊されたグルコース抑制プロモーターを意味しており、このプロ モーター変異体は、与えられた糸状菌株の成長を維持するのに十分な濃度のグル コース存在下において、機能することができる。 本発明の目的において、プロモーター変異体は、プロモーター配列内にcreA結 合ドメインを含む、グルコース抑制糸状菌遺伝子のプロモーターから主に誘導さ れる。creA結合ドメインはGCが豊富な単位であることを特徴とし、また特に、 隣接する10個のヌクレオチド鎖内に、少なくとも6個のG又はC残基が含まれ ているヌクレオチド領域として同定される。creA結合ドメインの特定の配列は、 このパラメータ内で広く変化することができ、また、例えば、GCGGGGCの ような完全に連続したG/C残基からなっていてもよく、あるいはG/C残基に 少なくとも一個のA及びT残基が挿入されていてもよい。 プロモーター内のcreA結合ドメインは、翻訳及び転写開始部位のような、各々 の必要な調節成分の上流に、通常位置している。既に報告された配列を有するグ ルコース抑制糸状菌遺伝子については、プロモーター内のcreA結合ドメインを同 定するのは、配列内のGC豊富な配列を探すという当然単純な作業である。クロ ーン化されているが、配列が全く知られていない遺伝子については、creA結合ド メインは、この技術分野において確立されている手法を用いて、遺伝子の5’ー 非翻訳領域の配列分析を行うことにより配置させることができる。他のグルコー ス抑制遺伝子についても、5’-非翻訳領域のクローニング及び配列分析は必要 ではあるが、分子生物学の技術分野で確立された方法に従って達成することがで きる。 creA結合ドメインを組み入れたグルコース抑制プロモーターから、creA結合ド メインを破壊することにより、グルコース存在下において機能的なプロモーター 変異体を得ることができる。creA結合ドメイン及び5’領域を完全に除去するか 、プロモーター内からcreA結合ドメイン又はその機能部位を選択的に除去するか 、或いはより好ましくは、creA結合ドメイン内の一つ又は複数のG/C残基を置 換することにより、破壊を行うことができる。置換残基は、アデニン及びチミン が望ましい。完全除去及び選択的除去と比較して、G/C置換は、プロモーター 変異体の他の調節ドメインの空間的関係と機能を保持するという利点がある。当 然、この場合特に重要なのは、発現調節領域がプロモーター内のcreA結合部位の 上流に存在することである。 幾つかのケースにおいて、プロモーターは一つ以上のcreA結合部位を含んでい てもよく、また、そのグルコース抑制を除去するために、プロモーター内の各々 のcreA結合部位を破壊することが望ましい。このことは既に述べたように、これ らの部位を除去するか、これらの部位内の残基を置換するか、又はこれらの破壊 技術の組み合わせを使用することにより達成される。 本発明の特別な実施態様によると、プロモーター変異体は、下記の同定された アスペルギルスニードランスプロモーターの変異体であり、プロモーター内の下 記のcreA結合部位が、ヌクレオチド置換により破壊されている。 グルコース存在下で機能するプロモーター変異体の創製は、従来の遺伝子操作 技術を適用することにより、これらの又はその他のプロモーターを使用して行う ことができる。例えば、creA結合部位を含む選択されたプロモーターの領域は、 フランキング制限部位を用いて除去することができ、増幅と次の遺伝子操作に適 するベクターに組み込まれる。部位特異的突然変異化の技術は、次に、目的のcr eA結合部位の破壊に適用することができる。creA結合部位及びその5’の配列を 除去するには、例えば、望ましい制限部位をcreA部位の3’に導入するオリゴヌ クレオチドを使用して除去を行う。同様の技術を利用して、望ましい配置には不 適合であるが、しかし、破壊を目的とした領域と相補的でかつハイブリダイズす るオリゴヌクレオチドを使用して、creA結合部位内のヌクレオチド置換を導入す ることができる。ポリメラーゼ鎖反応(polymerase chain reaction)(PCR )の簡便な技術も、部位特異的アプローチと組み合わせて応用することができ、 突然変異を起こして、次にプロモーター全体又はその選択された領域のどちらか を増幅する。目的のプロモーター変異体は、現在の遺伝子合成技術の基本的な方 法を用いて新たに合成してもよい。簡単にいうと、これは、自動合成機中で適正 に保護したヌクレオチド試薬のカップリングによる連続した3’から5’の構築 と、脱保護したポリヌクレオチドのゲル精製による回収を必要とする。例として 、Wosnick et al. Gene(1989)76:153に記載されているブロック連結反応によ る方法を用いてもよく、それにより約80までの長さのオリゴヌクレオチド対 の“ブロック”が合成され、相補的に突き出した部分を連結する方法で(by ove rhang complementary)正しく連続して連結される。代わりのアプローチとして 、全く異なる方法で目的のDNAを合成し、次に、例えばBarnett et al.,Nucl .Acids Res.(1990)18:3094に記載されている方法を用いてPCR技術により 増幅することができる。 一度得られたならば、プロモーター変異体を、既に糸状菌用に別に確立された 技術に従って、糸状菌宿主中で目的のタンパクをコードするDNAの発現を行う のに利用してもよい(Ballance,Yeast(1986)2:229参照)。この目的において 、本発明は組み換えDNA構築物を提供し、この構築物においてプロモーター変 異体はタンパクをコードするDNAと機能的に連結している。“機能的に連結し ている(linked operably)”という用語は、プロモーターがタンパクをコード するDNAと、糸状菌宿主中でその発現を可能とするように連結していることを 意味する。本明細書の目的において、タンパクをコードするDNAは、翻訳開始 コドンと翻訳終止コドンを有すると考えられ、かつ、その他に、目的のタンパク 最終生産物それ自身;アスペルギルスニガーのグルコアミラーゼのようなキャリ アンパクと切断可能な組み合わせで、最初目的のタンパクが生産される融合タン パク;或いは、目的のタンパク最終生産物が、グルコアミラーゼや又は他の同等 な機能を有するもの等のアスペルギルスタンパクと通常会合しているシグナルペ プチドのような、切断可能なシグナルペプチドと結合している、分泌可能なプレ カーサーをコードする。 実験結果は、翻訳ターミネーターは構築物の必須の成分ではないことが経験的 に判明しているが、プロモーター及びタンパクをコードするDNAに加えて、本 発明の構築物には、タンパクをコードするDNAの3’位にこのような翻訳ター ミネーターを含んでいてもよい。このような翻訳ターミネーターは、アスペルギ ルス遺伝子、例えばアスペルギルスニガーのグルコアミラーゼ遺伝子の3’非コ ーディング領域の0.5−1.0kbフラグメントとして得ることができる。 一度この構築物が得られたならば、線状の形態で、或いはpUC-ベースの又は他 のベクターのようなプラスミドの形態で、DNA媒介形質転換、電気穿孔法、粒 子銃衝撃、原形質融合、等の技術を用いて、糸状菌宿主に導入することが可能で ある。得られた形質転換体の選択を可能にするため、形質転換は、発現カセット と共に、同じベクター上に、又はコトランスフォーメーションにより、遺伝子マ ーカーが選択可能である宿主菌株中に導入された選択可能な遺伝子マーカーを通 常含む。アスペルギルスニードランスの栄養要求株と共に使用するためのpyrG、 argB及びniaD遺伝子;アスペルギルスオリザエ(Aspergillus oryzae)の栄養要 求株用のpyrG及びargB遺伝子;ペニシリウムクリソゲナムの栄養要求株用のpyrG 、trpC及びniaD遺伝子;及びトリコダーマレセイ(Tricoderma ressei)の栄養 要求株用のargB遺伝子を含む様々なマーカー/宿主システムが利用できる。amdS 、oliC、hyg及びpheloを含む主要な選択可能なマーカーもまた以下に挙げる糸状 菌と共に使用するために入手可能である。A.ニガー、A.オリザエ、A.フィク ム(ficuum),P.クリソゲナム、セファロスポリウムアクレモニウム(Cephalos poriumacremonium)、コクリオボラスヘテロストロファス(Cochliobolus heter ostrophus)、グロメレラシングラータ(Glomerella cingulata)、フルビアフ ルバ(Fulviafulva)、及びレプトスファエリアマクランス(Leptosphaeria mac ulans)、(Ward,Modern Microbial Genetics, 1991, Wiley-Liss, Inc., 455- 495頁参照)。 形質転換から得られる糸状菌株を、本発明の他の実施態様に従い、成育維持濃 度のグルコース存在下において、目的のタンパク生産物を得るために培養する。 目的の遺伝子生産物の発現を可能とするプロモーター変異体は、グルコースの存 在下で機能的に抑制されないため、グルコース欠乏成育条件を確立する必要無し にこの株の培養を行うことができる。それらのプロモーターはそれ以外にはその 機能が調節されていないので、目的のタンパクの生産は培養期間を通して行うこ とができる。また、グルコース抑制以外のメカニズムにより調節されるプロモー ター変異体を用いて、段階的生産を行うことも可能である。以下、例示するよう に、培養期間内でタンパクの生産をある範囲に制限する誘発剤を使用して、creA 結合部位の破壊後においてもalcAプロモーターを機能的に調節することができる 。実施例1 alcAプロモーター変異体の調製 アスペルギルスニードランスalcA遺伝子のプロモーターを、creA遺伝子生産物 及びグルコースの組み合わせにより抑制する;また、グルコース欠乏状態下、al cR遺伝子生産物とエタノールのような誘発剤の組み合わせにより誘発する。アス ペルギルスの成育を維持するのに十分な濃度のグルコース存在下で機能するalcA プロモーター変異体を構築するために、Gwynne et al., Bio/Technology(1987 )5:713に報告されている方法、及び下記に述べる方法によりalcAプロモーター を得た。 二つのcreA結合部位と推定された部位(両方ともGCGGGGC)を最初に配 列分析により同定した。図1に示すように、alcA遺伝子のATG開始コドンの上 流の−302及び−167の位置にこれらの部位は存在し、好都合なことにかつ どちらも、プロモーターのSphI/SplI領域内にある。ヌクレオチド置換 によるこれらの部位におけるalcAプロモーターの破壊を起こすために、プロモー ターの160bpフラグメントを、下記に示した末端を欠落させたプライマー(taile d primers)を使用して増幅した。 Scharfらにより1990年に報告されている方法(“PCR Protocols:A Guide to Methods and Applications”.M.A. Innis et al.(Eds.),Academic Pr ess.)に従い、PCR増幅を25回行った。HindIII/EcoRI−末端増幅の生産 物はPTZ18R維持ベクター内へサブクローン化し、正確な、様々な配列をDNA配 列分析により決定した。次に、維持ベクター及びalcA遺伝子の全鎖(pUC8バック グラウンド)を、それぞれSphI及びSpIIで制限した。次に、選択的に連結させて 、野性型alcAプロモーターのSphI/SpII領域を、二つの推定上のcreA結合部位の 突然変異を含む様々な領域で置換したプラスミドpalcAvar-2EBを形成した。この 方法により、alcAプロモーター内のヌクレオチドの空間的な配置もまた保持され た。 alcAプロモーター変異体の発現は、creA媒介メカニズムによりグルコース抑制 されるalcR遺伝子の生産物による誘導が必要であるため、成分としてalcRを生産 するアスペルギルスニードランス菌株を、変異プロモーターからのalcA遺伝子の 発現に利用した。選択された宿主株は、選択可能なマーカーであるアスペルギル スニードランスargB遺伝子と、発現カセットの両方を保持するプラスミドで形質 転換することにより、グラスゴー(Glasgow)二重栄養要求株FGSC4(argB-;ura- )から構築された。発現カセット内のalcR生産物をコードするDNA(Felenbok etal., Gene(1989)73:385)は、アスペルギルスニードランスのグリセルアル デヒド−3−ホスフェートデヒドロゲナーゼ遺伝子(Punt et al., Gene(1988 )69:49参照)の成分プロモーターの発現コントロール下に置かれた。alcAプロ モーター変異体を保持するカセットの複数コピーを調製するため、成分であるal cR遺伝子の複数コピーを保持する株が選択され、これをT2625(ura,multi ple alcRc)と名づけた。 プラスミドpalcAvar-2EBを次に、選択された宿主アスペルギルスニードランス 菌株へ、ニューロスポーラクラッサ(Neurospora crassa)のpyr4遺伝子を保持 するマーカープラスミドpFB94と共に導入した(Buxton and Radford, Mol.Gen .Genet.(1983)190:403参照)。Royer et al., Mol.Gen. Genet. (1991)2 25:168に報告された方法に従い、PEG/CaCl2を媒介とした技術を用いて形質転換 を行った。pFB94成分を含む、推定上の形質転換体を、最小培地上で、ウリジン 無しに最初に選択した。シングルプレート上のほぼ80ura+形質転換体から集めた 混合した胞子を(3mmコロニー)、50mlの選択した培地(0.4% 2-デオキ シグルコース(2−DOG)、1.0%エタノール、0.67%酵母栄養ブロス)に接 種した。カルチャーを3日間30℃で、攪拌(200 rpm)しながら培養した。羊 毛状のコロニーを液体状の培養物から集め、単一胞子から誘導された単離物を、 さらに分析するために、2−DOG耐性コロニーからそれぞれ調製した。 宿主株及び形質転換体は次に、成育における炭素源の効果を調べるために、4 8時間30℃で、選択された様々な添加物を含んだ液体培地中で培養した。結果 を表1に示す。 胞子懸濁液は50mlの液体培地に接種した。この培地には、0.67%酵母窒素ベ ース(YNB)、1mMウリジンが添加されており、その他に、エタノール(1.0%) 、 グルコース(0.4%)又は非代謝性類似物である2-デオキシグルコース(2-DOG )(0.4%)が含まれていてもよい。 表が示すように、宿主菌株は、エタノール又はグルコースどちらか、或いは両 混合物の存在下において成育することが可能であった。非代謝性グルコース類似 物の2−DOGのみが存在する場合、成育することができず、又2−DOG存在 下においてエタノールを利用することができなかった。明らかに、2−DOGは 効果的に野性型のalcA遺伝子からの、エタノールの使用が要求される生産物の発 現を抑制した。一方、グルコースと共にエタノールを使用した場合、又はエタノ ールが単一の炭素源である場合、palcAvar-2EB形質転換体は、(例えグルコース 又は2−DOGが等量存在しても)成育することが可能であり、エタノールの利 用が要求されるalcA遺伝子生産物の発現は、alcAプロモーター変異体により媒介 されていることを決定的に示している。 配列リスト (1)一般的情報 (i)出願人 (A)名称:ギスト・ブロカデス N.V. (B)通り:P.O.BOX 1 (C)市:デルフト (E)国:オランダ (F)郵便コード(ZIP):NL−2600 MA (G)電話番号:31−15−799111 (H)FAX番号:31−15−793957 (ii)発明の名称:糸状菌における異種タンパクの生産 (iii)配列数:3 (iv)コンピューターによる読み取り可能な形式: (A)媒体:フロッピーディスク (B)コンピューター:IBM PC compatible (C)オペレーティングシステム:PC−DOS/MS−DOS (D)ソフトウェア:PatentIn Release ♯1.0,Version ♯1.25(EPO) (vi)先行出願データ: (A)出願番号:US 07/988,778 (B)出願日:10−DEC−1992 (2)配列番号:1: (i)配列の特徴: (A)長さ:51塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:cDNA (iii)ハイポセティカル配列:YES (xi)配列:配列番号:1: (2)配列番号:2: (i)配列の特徴: (A)長さ:50塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:cDNA (iii)ハイポセティカル配列:YES (xi)配列:配列番号:2: (2)配列番号:3: (i)配列の特徴: (A)長さ:360塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:二本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:DNA(genomic) (iii)ハイポセティカル配列:NO (vi)起源: (A)生物名:アスペルギルスニードランス (xi)配列:配列番号:3:
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 庁内整理番号 FI C12R 1:66) C12R 1:66) (81)指定国 EP(AT,BE,CH,DE, DK,ES,FR,GB,GR,IE,IT,LU,M C,NL,PT,SE),OA(BF,BJ,CF,CG ,CI,CM,GA,GN,ML,MR,NE,SN, TD,TG),AU,BB,BG,BR,BY,CA, CZ,FI,HU,JP,KP,KR,KZ,LK,M G,MN,MW,NO,NZ,PL,RO,RU,SD ,SK,UA,VN (72)発明者 ラゴスキー ピーター エイ カナダ オンタリオ エム4シー 1エス 3 トロント ウォールパーリー ブール ヴァード 225

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.タンパクをコードするDNAが、破壊したcreA結合部位を有する糸状菌プロ モーター変異体と機能的に結合し、該プロモーター変異体が、グルコースの存在 下、該タンパクをコードするDNAの発現を媒介する、組み換えDNA構築物。 2.creA結合部位が破壊され、かつこの部位において、ヌクレオチド残基の置換 により、空間的に保持されている請求の範囲1記載の組み換えDNA構築物。 3.ヌクレオチド置換がA及びTから選択される請求の範囲2記載の組み換えD NA構築物。 4.プロモーター変異体がアスペルギルスプロモーターの変異体である請求の範 囲1記載の組み換えDNA構築物。 5.プロモーター変異体が、alcA、aldA及びalcRから選択されるアスペルギルス プロモーターの変異体である請求の範囲4記載の組み換えDNA構築物。 6.請求の範囲1記載の組み換えDNA構築物を組み入れた糸状菌株。 7.アスペルギルス属である請求の範囲5記載の糸状菌株。 8.アスペルギルスニードランス種である請求の範囲6記載の糸状菌株。 9.グルコースの存在下、請求の範囲5記載の糸状菌株を培養する工程を含む、 目的のタンパクを生産する方法。 10.グルコースの存在下、alcR遺伝子生産物を発現し、タンパクをコードするD NAが、全てのcreA結合部位が機能的に破壊しているalcAプロモーターの変異体 と機能的に結合している組み換えDNAを組み入れてあり、該タンパクをコード するDNAは、該菌株がグルコース及び誘発剤の存在下で培養されるとき発現す る、アスペルギルスニードランス菌株。 11.請求の範囲9記載のアスペルギルスニードランス菌株を、グルコース及び誘 発剤の存在下で培養する工程を含む、目的のタンパクを生産する方法。
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