STADIUL TEHNICII
Cromatina eucariotă este compusă din complexe macromoleculare denumite nucleozomi. Un nucleozom are 147 de perechi de baze de ADN spiralate în jurul unui octamer proteic având două subunităţi din fiecare dintre proteina histonică H2A, H2B, H3 şi H4. Proteinele histonice sunt supuse unor modificări post-translaţionale care, la rândul lor, afectează structura cromatinei şi expresia genelor. Un tip de modificare post-translaţională realizată asupra histonelor este metilarea reziduurilor de lizină şi arginină. Metilarea histonelor joacă un rol critic în reglarea expresiei genelor la eucariote. Metilarea afectează structura cromatinei şi a fost legată atât de activarea, cât şi de reprimarea transcripţiei (Zhang şi Reinberg, Genes Dev. 15:2343-2360, 2001). Enzimele care catalizează ataşarea şi îndepărtarea grupărilor metil din histone sunt implicate în silanţare genică, dezvoltarea embrionară, proliferarea celulară şi alte procese.
O clasă de histone metilaze este caracterizată prin prezenţa unui domeniu SET, care cuprinde aproximativ 130 de aminoacizi. EZH2 este un exemplu de domeniu SET uman care conţine metilază. EZH2 se asociază cu EED (Embryonic Ectoderm Development) şi SUZ12 (supresor al omologului zeste 12) pentru a forma un complex cunoscut sub numele de PRC2 (Polycomb Group Repressive Complex 2) având capacitatea de a trimetila histona H3 la lizina 27 (Cao şi Zhang, Mol. Cell 15:57-67, 2004). Complexele PRC2 pot include, de asemenea, subunităţi RBAP46 şi RBAP48. Un alt exemplu este metilaza asociată EZH1.
Activităţile oncogene ale EZH2 au fost demonstrate de o serie de studii în diferite tipuri de cancer. ~15-20% GCB-DLBCL conţin o mutaţie de creştere a funcţiei în EZH2 (reziduul Y641) şi aceste celule sunt hipersensibile la inhibarea EZH2 atât in vitro şi in vivo (McCabe şi colab., 2012; Bradley şi colab., 2014). În experimentele cu linii celulare, supraexprimarea EZH2 induce invazia celulară, creşterea în agar moale şi motilitatea, în timp ce distrugerea EZH2 inhibă proliferarea şi invazia celulară (Kleer şi colab., 2003, Proc. Nat. Acad. Sci. SUA 100:11606-11611; Varambally şi colab., (2002), "The polycomb group protein EZH2 is involved in progression of prostate cancer", Nature 419, 624-629). S-a demonstrat faptul că EZH2 reprimă expresia mai multor supresori tumorali, inclusiv E-caderină, DAB2IP şi RUNX3, printre altele. În modelele de xenogrefă, EZH2 redus prin tehnica knock-down inhibă creşterea tumorii şi metastaza. S-a demonstrat faptul că modularea în jos a EZH2 în modelele murine blochează metastaza cancerului de prostată (Min şi colab., "An oncogene-tumor suppressor cascade drives metastatic prostate cancer by coordinately activating Ras and nuclear factor- kappaB," Nat Med. martie 2010; 16(3):286-94). Recent, s-a demonstrat faptul că EZH2 este supraexprimat în tumorile neuroendocrine şi inhibarea EZH2 în tumorile de şoarece restabileşte dependenţa de androgeni (Ku şi colab., Science, 355, 2017). Supraexprimarea EZH2 este asociată cu agresivitatea anumitor tipuri de cancer, cum ar fi cancerul de sân (Kleer şi colab., Proc. Nat. Acad. Sci. SUA 100:11606-11611, 2003). Studii recente sugerează, de asemenea, faptul că gena de fuziune oncogenă specifică cancerului de prostată TMPRSS2-ERG induce programe epigenetice represive prin activarea directă a EZH2 (Yu şi colab., "An Integrated Network of Androgen Receptor, Polycomb, and TMPRSS2-ERG Gene Fusions in Prostate Cancer Progression", Cancer Cell. 2010 May 18;17(5):443-454). Publicaţia de cerere de brevet de invenţie US2017/0073335 A1 se referă la un compus cu efect inhibitor asupra activităţii EZH1 şi/sau EZH2.
Având în vedere rolul lor în reglarea diverselor procese biologice, enzimele de modificare a metilului, în special EZH2 şi formele mutante ale acestuia, sunt ţinte atractive pentru modulare.
EXPUNEREA PE SCURT A INVENŢIEI
Invenţia revendicată este definită în revendicările anexate. În mod specific, ceea ce se revendică este un compus cu Formula IV sau VI:
sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care:
R1 este -SCH3 sau clor;
X este CH;
Ra este hidrogen, (C1-C4)alchil sau halo(C1-C4)alchil;
Rb este (C1-C4)alchil, halo(C1-C4)alchil sau heterociclil cu 4-7 membri, în care respectiva grupare heterociclil este opţional substituită cu 1 până la 3 grupări selectate dintre halo, (C1-C4)alchil, halo(C1-C4)alchil, (C1-C4)alcoxi şi halo(C1-C4)alcoxi; sau
Ra şi Rb împreună cu atomul de azot la care sunt ataşaţi formează un heterociclil cu 4-7 membri opţional substituit cu 1 până la 3 grupări selectate dintre halogen, (C1-C4)alchil, halo(C1-C4)alchil şi -ORc;
Rc este (C1-C4)alchil, halo(C1-C4)alchil sau (C3-C7)cicloalchil; şi
R6 este halo (C1-C4)alchil.
De asemenea, sunt revendicate compoziţiile farmaceutice care cuprind aceşti compuşi precum şi utilizarea compuşilor în tratamentul cancerului aşa cum este definit în revendicările anexate.
Inventatorii au descoperit faptul că aceşti şi alţi compuşi descrişi în conţinut, precum şi compoziţiile acceptabile farmaceutic ale acestora, modulează activitatea EZH2 (a se vedea, de exemplu, Tabelul 5). Astfel de compuşi îi includ pe cei cu Formula structurală I:
sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care fiecare dintre R1, R2, R3, R4, R5, şi X sunt definiţi în conţinut.
Într-un aspect, s-a găsit, de asemenea, că anumiţi compuşi descrişi în conţinut au timp de retenţie crescut (de exemplu, > 100 de ore) şi permeabilitate îmbunătăţită. S-a descoperit faptul că o creştere a timpului de retenţie (adică o rată mai lentă de oprire) şi/sau permeabilitate se corelează cu activitatea celulară îmbunătăţită.
Compuşii dezvăluiţi, sărurile acceptabile farmaceutic şi compoziţiile acceptabile farmaceutic sunt utili pentru tratarea unei varietăţi de stări asociate cu enzimele modificatoare de metil. Aceste afecţiuni includ, de exemplu, unul sau mai multe tipuri de cancer.
DESCRIERE DETALIATĂ
1. Descrierea Generală a Compuşilor
Sunt furnizaţi compuşi cu Formula I:
sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care:
R1 este halogen, -S(C1-C4)alchil, -S(C3-C7)cicloalchil sau -S[halo(C1-C4)alchil];
X este CH sau N;
R2 este hidrogen, halo, (C1-C4)alchil sau halo(C1-C4)alchil;
R3 este halogen, (C1-C4)alchil sau halo(C1-C4)alchil;
R4 este (C3-C7)cicloalchil sau heterociclil cu 4-7 membri, fiecare dintre acestea fiind opţional substituit cu 1 până la 3 grupări selectate dintre halo, (C1-C4)alchil, halo(C1-C4)alchil, (C1-C4)alcoxi, halo(C1-C4)alcoxi şi -NRaRb;
Ra este hidrogen, alchil (C1-C4) sau halo (C1-C4)alchil;
Rb este (C1-C4)alchil, halo(C1-C4)alchil sau heterociclil cu 4-7 membri, în care respectiva grupare heterociclil este opţional substituită cu 1 până la 3 grupări selectate dintre halogen, (C1-C4)alchil, halo(C1-C4)alchil, (C1-C4)alcoxi şi halo(C1-C4)alcoxi; sau
Ra şi Rb împreună cu atomul de azot la care sunt ataşaţi formează un ciclu heterociclil cu 4-7 membri opţional substituit cu 1 până la 3 grupări selectate dintre halogen, (C1-C4)alchil, halo(C1-C4)alchil şi -ORc;
Rc este (C1-C4)alchil, halo(C1-C4)alchil sau (C3-C7)cicloalchil; şi
R5 este halogen, (C1-C4)alchil sau halo(C1-C4)alchil.
2. Definiţii
Atunci când este utilizat în legătură cu descrierea unei grupări chimice care poate avea mai multe puncte de ataşare, o cratimă (-) desemnează punctul de ataşare al grupării respective la variabila la care este definită. De exemplu, -S(C3-C7)cicloalchil şi -S[halo(C1-C4)alchil] înseamnă faptul că locul de ataşare pentru această grupare are loc pe atomul de sulf.
Termenii "halo" şi "halogen" aşa cum sunt utilizaţi în conţinut se referă la un atom selectat dintre fluor (fluor, -F), clor (clor, -CI), brom (brom, -Br) şi iod (iod, -I).
Termenul "alchil", aşa cum este utilizat în conţinut, se referă la un radical hidrocarbură monovalent saturat, cu catenă liniară sau ramificată, având, dacă nu se specifică altfel, 1-10 atomi de carbon. Exemple de radicali alchil includ, dar nu sunt limitate la, metil, etil, n-propil, izopropil, n-butil, izo-butil, sec-butil, sec-pentil, izo-pentil, terţ-butil, n-pentil, neopentil, n-hexil, sec-hexil şi altele asemenea.
Termenul "haloalchil" include grupări mono, poli şi perhaloalchil în care halogenii sunt selectaţi în mod independent dintre fluor, clor, brom şi iod.
"Alcoxi" este o grupare alchil care este ataşată la un alt fragment prin intermediul unui linker de oxigen (-O(alchil)). Exemplele nelimitative includ metoxi, etoxi, propoxi şi butoxi.
"Haloalcoxi" este o grupare haloalchil care este ataşată la un alt fragment prin intermediul unui atom de oxigen, cum ar fi, de exemplu, dar nu se limitează la -OCHCF2 sau -OCF3.
Termenul "cicloalchil" se referă la un sistem ciclic hidrocarbonat monociclic, biciclic (de exemplu, un ciclu cu punte sau spirobiciclic) cu 3 până la 12 membri (de exemplu, 3 până la 7 membri) sau policiclic (de exemplu, triciclic), care este complet saturat. Grupările cicloalchil monociclice includ, fără limitare, ciclopropil, ciclobutil, ciclopentil, ciclohexil, cicloheptil şi ciclooctil. Grupările cicloalchil biciclice cu punte includ, fără limitare, biciclo[3.2.1]octan, biciclo[2.2.1]heptan, biciclo[3.1.0]hexan, biciclo[1.1.1]pentan şi altele asemenea. Grupările cicloalchil spirobiciclice includ, de exemplu, spiro[3.6]decan, spiro[4.5]decan şi altele asemenea. Ciclurile cicloalchil condensate includ, de exemplu, decahidronaftalenă, octahidropentalenă şi altele asemenea. Acolo unde este specificat faptul că sunt opţional substituiţi sau substituiţi, substituenţii pe un ciclu cicloalchil (de exemplu, în cazul unui cicloalchil opţional substituit) pot fi prezenţi în orice poziţie substituibilă şi, includ, de exemplu, poziţia la care gruparea cicloalchil este ataşată.
Termenul "heterociclil" semnifică faptul că un ciclu heterociclic saturat sau parţial nesaturat cu 3-12 membri (de exemplu, 4-, 5-, 6- şi 7 membri) care conţine 1 până la 4 heteroatomi selectaţi independent dintre N, O şi S poate fi mononciclic, biciclic (de exemplu, un ciclu biciclic cu punte, fuzionat sau spiro) sau triciclic. Termenii "heterociclu", "heterociclil", "ciclu heterociclil", "grupare heterociclică", "fragment heterociclic" şi "radical heterociclic", sunt utilizaţi în mod interschimbabil în conţinut. Un ciclu heterociclil poate fi ataşat la grupul său pendant la orice heteroatom sau atom de carbon care are ca rezultat o structură stabilă. Exemple de astfel de radicali heterociclici saturaţi sau parţial nesaturaţi includ, fără limitare, tetrahidrofuranil, tetrahidrotienil, tetrahidropiranil, pirolidinil, piridinonil, pirolidonil, piperidinil, oxazolidinil, piperazinil, dioxanil, dioxolanil, dihidrofuranil, dihidropiranil, dihidropiridinil, tetrahidropiridinil, dihidropirimidinil, oxetanil, azetidinil şi tetrahidropirimidinil. O grupare heterociclil poate fi mono- sau biciclică. Termenul "heterociclil" include de asemenea, de exemplu, radicali heterociclici nesaturaţi condensaţi la un alt radical heterociclic nesaturat sau inel arii sau heteroaril, cum ar fi, de exemplu, tetrahidronaftiridină, indolinonă, dihidropirolotriazol, imidazopirimidină, chinolinonă, dioxaspirodecan. Acolo unde se specifică ca fiind substituiţi sau substituiţi opţional, substituenţii pe un heterociclil (de exemplu, în cazul unui heterociclil opţional substituit) pot fi prezenţi în orice poziţie substituibilă şi, includ, e.g., poziţia la care este ataşată gruparea heterociclil.
Termenul "spiro" se referă la două cicluri care au în comun un atom din ciclu (de exemplu, carbon).
Termenul "condensat" se referă la două cicluri care împart doi atomi adiacenţi unul cu celălalt.
Termenul "punte" se referă la două inele care au în comun trei sau mai mulţi atomi de inel unul cu celălalt.
Aşa cum este utilizat în conţinut, "izomer geometric" se referă la izomeri care diferă în orientarea atomilor substituenţi în relaţie cu un ciclu cicloalchil, adică izomeri cis sau trans. Când un compus dezvăluit este denumit sau descris după structură fără a indica o anumită formă de izomer geometric cis sau trans, trebuie înţeles că denumirea sau structura cuprinde un izomer geometric fără alţi izomeri geometrici, amestecuri de izomeri geometrici sau amestecuri îmbogăţite într-un izomer geometric în raport cu izomerul său geometric corespunzător.
Dacă nu se specifică altfel, atunci când stereochimia unui compus dezvăluit este denumită sau descrisă prin structură, stereoizomerul denumit sau reprezentat este cel puţin 60%, 70%, 80%, 90%, 99% sau 99,9% în greutate optic pur faţă de toate ceilalţi stereoizomeri. Când un singur enantiomer este denumit sau descris după structură, enantiomerul descris sau denumit este cel puţin 60%, 70%, 80%, 90%, 99% sau 99,9% în greutate optic pur. Puritatea optică procentuală în greutate este raportul dintre greutatea enantiomerului şi greutatea enantiomerului plus greutatea izomerului său optic. Enantiomerii pot fi separaţi prin metode cunoscute specialiştilor în domeniu, de exemplu prin formarea de săruri diastereoizomerice care pot fi separate, de exemplu, prin cristalizare; formarea derivaţilor sau complecşilor diastereoizomerici care pot fi separaţi, de exemplu, prin cristalizare, cromatografie în fluid sau lichid supercritic; reacţia selectivă a unui enantiomer cu un reactiv specific enantiomerului, de exemplu esterificarea enzimatică; sau cromatografie în fluid sau lichid supercritic într-un mediu chiral, de exemplu pe un suport chiral de exemplu silice cu un ligand chiral legat sau în prezenţa unui solvent chiral. Enantiomerii specifici pot fi, de asemenea, sintetizaţi prin sinteză asimetrică utilizând reactivi, substraturi, catalizatori sau solvenţi optic activi, sau prin conversia unui enantiomer în altul prin transformare asimetrică.
Dacă nu se specifică altfel, atunci când un compus dezvăluit este denumit sau descris după structură fără a indica stereochimia şi compusul are cel puţin un centru chiral sau cel puţin un izomer geometric sau ambele, numele sau structura cuprinde un enantiomer sau izomer geometric al compus fără izomerul optic sau izomerul geometric corespunzător, un amestec racemic de compus şi amestecuri îmbogăţite într-un enantiomer sau izomer geometric în raport cu izomerul optic sau izomerul geometric corespunzător.
Dacă nu se specifică altfel, atunci când doar unii dintre centrii stereochimici dintr-un compus dezvăluit sunt reprezentaţi sau denumiţi după structură, configuraţia denumită sau reprezentată este îmbogăţită în raport cu configuraţiile rămase, de exemplu, cu un exces molar de cel puţin 60%, 70%, 80%, 90%, 99% sau 99,9%. De exemplu, substructura:
înseamnă faptul că configuraţia despre carbonul chiral este îmbogăţită stereochimic ca R (de exemplu, printr-un exces molar de cel puţin 60%, 70%, 80%, 90%, 99% sau 99,9%) şi că geometria despre ciclohexil poate fi cis sau trans sau un amestec al acestora.
În anumite cazuri, un compus dezvăluit este descris prin structură fără a indica stereochimia, dar este identificat ca fiind îmbogăţit stereochimic (de exemplu, "un singur enantiomer; izomer geometric unic" sau "un singur enantiomer" în cazurile în care izomerii geometrici nu sunt posibili). De exemplu, dacă nu se specifică altfel,
Exemplul 1 (un singur enantiomer; izomer geometric unic), înseamnă faptul că configuraţia despre atomul de carbon dioxolanil chiral este îmbogăţită stereochimic ca R (de exemplu, printr-un exces molar de cel puţin 60%, 70%, 80%, 90%, 99% sau 99,9%) sau este îmbogăţit stereochimic ca S (de exemplu, printr-un exces molar de cel puţin 60%, 70%, 80%, 90%, 99% sau 99,9%) şi că configuraţia geometrică despre ciclul ciclohexil este îmbogăţită sub forma cis (de ex., printr-un exces molar de cel puţin 60%, 70%, 80%, 90%, 99% sau 99,9%) sau este îmbogăţit sub forma trans (de exemplu, cu un exces molar de cel puţin 60%, 70%, 80%, 90%, 99% sau 99,9%).
Termenul "pacient", aşa cum este utilizat în conţinut, înseamnă un animal, cum ar fi un mamifer, şi cum ar fi un om. Termenii "subiect» şi "pacient» pot fi folosiţi interschimbabil.
Termenul "purtător acceptabil farmaceutic" se referă la un purtător, adjuvant sau vehicul netoxic care nu distruge activitatea farmacologică a compusului cu care este formulat. Purtătorii, adjuvanţii sau vehiculele acceptabile farmaceutic care pot fi utilizaţi în compoziţiile descrise în conţinut includ, dar nu se limitează la, schimbători de ioni, alumină, stearat de aluminiu, lecitină, proteine serice, cum ar fi albumina serică umană, substanţe tampon cum ar fi fosfaţii, glicina, acid sorbic, sorbat de potasiu, amestecuri parţiale de gliceride de acizi graşi vegetali saturaţi, apă, săruri sau electroliţi, cum ar fi sulfat de protamină, fosfat acid disodic, fosfat acid de potasiu, clorură de sodiu, săruri de zinc, silice coloidal, trisilicat de magneziu, polivinil pirolidonă, substanţe pe bază de celuloză, polietilen glicol, carboximetilceluloză de sodiu, poliacrilaţi, ceară, polimeri bloc de polietilen-polioxipropilenă, polietilen glicol şi grăsime de lână.
Termenii "tratament", "tratare" şi "a trata" se referă la inversarea, atenuarea sau inhibarea progresului unei boli sau tulburări sau la unul sau mai multe simptome ale acesteia, aşa cum este descris în conţinut. De asemenea, tratamentul poate fi continuat după ce simptomele s-au rezolvat, de exemplu pentru a întârzia recurenţa.
Boala, tulburarea şi starea sunt folosite în conţinut în mod interschimbabil.
Termenul "cantitate eficientă" sau "cantitate eficientă terapeutic" se referă la o cantitate dintr-un compus descris în conţinut care va provoca un răspuns biologic sau medical al unui subiect, de exemplu, o doză cuprinsă între 0,01 - 100 mg/kg greutate corporală/zi. termenii "subiect» şi "pacient» pot fi folosiţi interschimbabil şi înseamnă un mamifer care are nevoie de tratament, de ex., animale de companie (de ex., câini, pisici şi altele asemenea), animale fermă (de ex., vaci, porci, cai, oi, capre şi altele asemenea) şi animale de laborator (de ex., şobolani, şoareci, cobai şi altele asemenea). De obicei, subiectul este un om care are nevoie de tratament.
Termenul "inhibare", "a inhiba" sau "inhibiţie" include o scădere a activităţii de bază a unei activităţi sau proces biologic.
Compuşii descrişi în conţinut pot fi prezenţi sub formă de săruri acceptabile farmaceutic. Pentru utilizare în medicamente, sărurile compuşilor descrişi în conţinut se referă la "săruri acceptabile farmaceutic" netoxice. Formele de sare acceptabile farmaceutic includ săruri acide/anionice sau bazice/cationice acceptabile farmaceutic. Sărurile de adiţie acidă adecvate acceptabile farmaceutic ale compuşilor descrişi în conţinut includ, de exemplu, sărurile acizilor anorganici (cum ar fi acidul clorhidric, acid bromhidric, fosforic, azotic şi sulfuric) şi ale acizilor organici (cum ar fi acidul acetic, benzensulfonic, benzoic, metansulfonic). şi acizi p-toluensulfonici).
3. Descrierea Compuşilor Exemplari
Într-un prim exemplu, prezenta dezvăluire furnizează un compus cu Formula I:
sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care variabilele sunt ca mai sus pentru Formula I.
Într-un al doilea exemplu, în compuşii cu Formula I,
R1 este halogen sau -S(C1-C4)alchil;
R2 este halogen;
R3 este (C1-C4)alchil;
R4 este (C3-C7)cicloalchil sau (C4-C7)heterociclil, fiecare dintre acestea fiind opţional substituit cu 1 până la 2 grupări selectate dintre halo(C1-C4)alchil şi -NRaRb;
Ra este hidrogen sau (C1-C4)alchil;
Rb este (C1-C4)alchil sau (C4-C7)heterociclil, în care respectiva grupare heterociclil este opţional substituită cu halo(C1-C4)alchil; sau
Ra şi Rb împreună cu atomul de azot la care sunt ataşaţi formează un ciclu heterociclil cu 4-7 membri care conţine azot opţional substituit cu 1 până la 3 grupări selectate dintre halogen şi -ORc;
Rc este (C1-C4)alchil, halo(C1-C4)alchil sau (C3-C7)cicloalchil; şi
R5 este halogen sau (C1-C4)alchil.
Într-un al treilea exemplu, compusul cu Formula I este de Formula II:
sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care variabilele rămase sunt cele descrise mai sus pentru Formula I sau al doilea exemplu.
Într-un al patrulea exemplu, R1 în compusul cu Formula I sau Formula II este clor, în care variabilele rămase sunt cele descrise mai sus pentru Formula I sau al doilea exemplu.
Într-un al cincilea exemplu, R1 în compusul cu Formula I sau Formula II este -SCH3, în care variabilele rămase sunt cele descrise mai sus pentru Formula I sau al doilea exemplu.
Într-un al şaselea exemplu, R4 în compusul cu Formula I sau Formula II este ciclohexil sau piperidinil, fiecare dintre acestea fiind opţional substituit cu 1 până la 2 grupări selectate dintre halo(C1-C4)alchil şi -NRaRb, în care variabilele rămase sunt cele descrise mai sus pentru Formula I sau al doilea, al patrulea sau al cincilea exemplu.
Într-un al şaptelea exemplu, compusul cu Formula I sau Formula II este descris de Formula III:
sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care R6 este halo (C1-C4)alchil, şi în care variabilele rămase sunt cele descrise mai sus pentru Formula I sau al doilea, al patrulea sau al cincilea exemplu.
Într-un al optulea exemplu, compusul cu Formula I, Formula II, sau Formula III este de Formula IV:
sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care variabilele rămase sunt cele descrise mai sus pentru Formula I sau al doilea, al patrulea, al cincilea sau al şaptelea exemplu.
Într-un al nouălea exemplu, compusul cu Formula I sau Formula II este de Formula V:
sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care variabilele rămase sunt cele descrise mai sus pentru Formula I sau al doilea, al patrulea sau al cincilea exemplu.
Într-un al zecelea exemplu, compusul cu Formula I, Formulă II, sau Formula V este descris de Formula VI sau VII:
sau
sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, în care variabilele şi caracteristicile rămase sunt cele descrise mai sus pentru Formula I sau al doilea, al patrulea sau al cincilea exemplu.
Într-un al unsprezecelea exemplu, Rb în compuşii cu Formula I, Formula II, Formula V, Formula VI, şi Formula VII este (C1-C4)alchil sau oxatanil, în care respectiva grupare oxetanil menţionat este opţional substituită cu halo(C1-C4)alchil; sau Ra şi Rb împreună cu atomul de azot de care sunt ataşaţi formează o grupare azetidinil opţional substituită cu halo sau -ORc, în care variabilele şi caracteristicile rămase sunt cele descrise mai sus pentru Formula I sau al doilea, al patrulea sau al cincilea exemplu.
Într-un al doisprezecelea exemplu, Ra în compuşii cu Formula I, Formula II, Formula V, Formula VI, şi Formula VII este hidrogen sau metil; şi Rb este gruparea metil sau oxatanil, în care respectiva grupare oxetanil este opţional substituită cu -CH2F sau -CF3, în care variabilele şi caracteristicile rămase sunt cele descrise mai sus pentru Formula I sau al doilea, al patrulea, al cincilea sau al unsprezecelea exemplu.
Într-un al treisprezecelea exemplu, Ra şi Rb în compuşii cu Formula I, Formula II, Formula V, Formula VI, şi Formula VII împreună cu atomul de azot de care sunt ataşaţi formează o grupare azetidinil opţional substituită cu 1 până la 2 atomi de fluor sau -ORc; şi Rc este -CH3, -CHF2, sau ciclopropil, în care variabilele şi caracteristicile rămase sunt cele descrise mai sus pentru Formula I sau al doilea, al patrulea, al cincilea sau al unsprezecelea exemplu.
Într-un al paisprezecelea exemplu, configuraţia grupării 1,3-dioxolanil şi a NRaRb în oricare dintre Formulele I, II, V, VI, şi VII sunt orientate în poziţia trans în jurul grupării ciclohexil, în care caracteristicile rămase sunt cele descrise mai sus pentru Formula I sau al doilea, al patrulea, al cincilea, al şaselea, al unsprezecelea, al doisprezecelea sau al treisprezecelea exemplu. Alternativ, configuraţia grupării 1,3-dioxolanil şi a grupării NRaRb din Formulele I, II, V, VI, şi VII, sunt orientate în poziţia cis în jurul grupării ciclohexil, în care caracteristicile rămase sunt cele descrise mai sus pentru Formula I sau al doilea, al patrulea, al cincilea, al şaselea, al unsprezecelea, al doisprezecelea sau al treisprezecelea exemplu.
Într-un al cincisprezecelea exemplu, configuraţia stereochimică a centrului chiral al grupării 1,3-dioxolanil în oricare dintre Formulele I, II, III, IV, V, VI, şi VII este R, în care caracteristicile rămase sunt cele descrise mai sus pentru Formula I sau al doilea, al patrulea, al cincilea, al şaselea, al unsprezecelea, al doisprezecelea, al treisprezecelea sau al paisprezecelea exemplu. Alternativ, configuraţia stereochimică a centrului chiral al grupării 1,3-dioxolanil în oricare dintre Formulele I, II, III, IV, V, VI, şi VII este S, în care caracteristicile rămase sunt cele descrise mai sus pentru Formula I sau al doilea, al patrulea, al cincilea, al şaselea, al unsprezecelea, al doisprezecelea, al treisprezecelea sau al paisprezecelea exemplu.
Exemple specifice de compuşi sunt furnizate în secţiunea EXEMPLIFICARE şi sunt incluse ca parte a unui al paisprezecelea exemplu din conţinut. Sunt incluse, de asemenea, sărurile acceptabile farmaceutic, precum şi formele neutre ale acestor compuşi. Într-un aspect, prezenta dezvăluire include forme racemice ale oricărui compus descris în conţinut.
4. Utilizări, Formulare şi Administrare
În unele variante de realizare, prezenta dezvăluire furnizează o compoziţie care cuprinde un compus descris în conţinut sau un derivat acceptabil farmaceutic al acestuia şi un purtător acceptabil farmaceutic. Cantitatea de compus dintr-o compoziţie furnizată este astfel încât este eficientă pentru a modula în mod măsurabil o enzimă de modificare a metil histonelor sau un mutant al acesteia, într-o probă biologică sau la un pacient.
În anumite variante de realizare, o compoziţie descrisă în conţinut este formulată pentru administrare la un pacient care are nevoie de o astfel de compoziţie. Compoziţiile descrise în conţinut pot fi administrate pe cale orală, parenterală, prin pulverizare prin inhalare, topic, rectal, nazal, bucal, vaginal sau printr-un rezervor implantat. Termenul "parenteral" aşa cum este utilizat în conţinut include tehnici de injectare sau perfuzie subcutanată, intravenoasă, intramusculară, intra-articulară, intra-sinovială, intrasternală, intratecală, intrahepatică, intralezională şi intracraniană. În unele variante de realizare, compoziţiile sunt administrate oral, intraperitoneal sau intravenos. Formele injectabile sterile ale compoziţiilor descrise în conţinut pot fi suspensii apoase sau oleaginoase. Aceste suspensii pot fi formulate conform tehnicilor cunoscute în domeniu utilizând agenţi de dispersie sau umectare şi agenţi de suspendare adecvaţi.
În unele variante de realizare, compoziţiile sunt administrate oral.
O doză specifică şi un regim de tratament pentru orice pacient anume va depinde de o varietate de factori, inclusiv de activitatea compusului specific utilizat, vârsta, greutatea corporală, starea generală de sănătate, sexul, dieta, timpul de administrare, rata de excreţie, combinaţia de medicamente, şi judecata medicului curant şi severitatea bolii particulare care este tratată. Cantitatea de compus descrisă în conţinut în compoziţie va depinde de asemenea de compusul particular din compoziţie.
Compuşii şi compoziţiile descrise în conţinut sunt în general utili pentru modularea activităţii uneia sau mai multor enzime implicate în reglarea epigenetică şi în special EZH1 şi EZH2 şi, chiar mai specific EZH2 şi formele mutante ale acestora. În unele variante de realizare, compuşii descrişi în conţinut reduc sau suprimă activitatea EZH2. În unele realizări, compuşii descrişi în conţinut sunt antagonişti ai activităţii EZH2. În unele variante de realizare, compuşii descrişi în conţinut reduc sau suprimă activitatea EZH1. În unele realizări, compuşii descrişi în conţinut sunt antagonişti ai activităţii EZH1.
În unele variante de realizare, compuşii şi compoziţiile descrise în conţinut sunt utili în tratarea bolilor şi/sau tulburărilor asociate cu supraexprimarea EZH1 sau EZH2 şi/sau expresia unei forme mutante a EZH2, cum ar fi acele forme mutante care modifică activitatea substratului EZH2. Studiul deleţiilor EZH2, al mutaţiilor de tip aberant şi schimbare de cadru - frameshift sugerează faptul că EZH2 funcţionează ca supresor tumoral în tulburările sanguine, cum ar fi sindroamele mielodisplazice (MDS) şi afecţiunile maligne mieloide (Ernst şi colab., Nat Genet. august 2010; 42(8):722-6; Nikoloski şi colab., Nat Genet. august 2010; 42(8):665-7). În unele realizări, compuşii şi compoziţiile descrise în conţinut sunt utili în tratarea bolilor şi/sau a tulburărilor asociate cu prezenţa EZH2 având o mutaţie Y641N, Y641C, Y641F, Y641H, Y641S, A677G sau A687. Într-un aspect particular al acestei realizări, EZH2 are o mutaţie Y641N.
În unele variante de realizare, prezenta dezvăluire furnizează un compus, sau o sare acceptabilă farmaceutic sau o compoziţie a acestuia, pentru utilizare în tratamentul unui subiect care suferă de o boală şi/sau tulburare asociată cu supraexprimarea EZH1 sau EZH2 şi/sau exprimarea unei forme mutante a EZH2. În unele variante de realizare, utilizarea de mai sus cuprinde suplimentar etapa preliminară de a determina dacă subiectul supraexprimă EZH2 sau exprimă o formă mutantă a EZH2. Utilizările descrise ale compuşilor în metodele de tratament terapeutic al corpului uman sau animal în următoarele paragrafe nu fac obiectul revendicărilor şi trebuie interpretate ca însemnând compusul(i) pentru utilizare într-o astfel de metodă/utilizare terapeutică. Sfera de întindere este definită în revendicările anexate.
În unele variante de realizare, boala sau tulburarea asociată cu prezenţa unei forme mutant a EZH2 este un limfom cu celule B umane. În unele variante de realizare, boala şi/sau tulburarea asociată cu prezenţa Y641N EZH2 este limfom folicular sau limfom difuz cu celule B mari. În unele variante de realizare, compuşii sau compoziţiile descrise în conţinut sunt utili în tratarea tulburărilor sanguine, cum ar fi sindroamele mielodisplazice, leucemia, anemia şi citopenia. Sneeringer şi colab., "Coordinated activities of wild-type plus mutant EZH2 drive tumor-associated hypertrimethylation of lysine 27 on histone H3 (H3K27) in human B-cell lymphomas", Sneeringer şi colab., Proc. Natl Acad. Sci. 2010 Dec; 109(48):20980-20985
În unele variante de realizare, compuşii şi compoziţiile descrise în conţinut sunt utili în tratarea bolilor şi/sau tulburărilor asociate cu proliferarea celulară. În unele variante de realizare, compuşii şi compoziţiile descrise în conţinut sunt utili în tratarea bolilor şi/sau tulburărilor asociate cu reglarea aberantă a ciclului celular sau reglare ADN-ului. În unele variante de realizare, compuşii şi compoziţiile descrise în conţinut sunt utili în tratarea cancerului.
Într-un aspect, cancerele care pot fi tratate prin compuşii, compoziţiile şi metodele descrise în conţinut includ, dar nu sunt limitate la: cancer Cardiac: sarcom (angiosarcom, fibrosarcom, rabdomiosarcom, liposarcom), mixom, rabdomiom, fibrom, lipom şi teratom; Plămân: carcinom bronhogen (celule scuamoase, celule mici nediferenţiate, celule mari nediferenţiate, adenocarcinom), carcinom alveolar (bronşiolar), adenom bronşic, sarcom, limfom, hamartom condromatos, mezoteliom; Gastrointestinale: esofag (carcinom cu celule scuamoase, adenocarcinom, leiomiosarcom, limfom), stomac (carcinom, limfom, leiomiosarcom), pancreas (adenocarcinom ductal, insulinom, glucagonom, gastrinom, tumori carcinoide, vipoame, carcinom cu celule mici, limfom, tumori carcinoide), sarcom Kaposi, leiomiom, hemangiom, lipom, neurofibrom, fibrom), intestin gros (adenocarcinom, adenom tubular, adenom vilos, hamartom, leiomiom); Tract genito-urinar: rinichi (adenocarcinom, tumora Wilm (nefroblastom), limfom, leucemie), vezică urinară şi uretră (carcinom cu celule scuamoase, carcinom cu celule tranziţionale, adenocarcinom), prostata (adenocarcinom, sarcom), testicul (seminom, teratom, carcinom embrionar, teratom, coriocarcinom, sarcom, carcinom cu celule interstiţiale, fibrom, fibroadenom, tumori adenomatoide, lipom); Ficat: hepatom (carcinom hepatocelular), colangiocarcinom, hepatoblastom, angiosarcom, adenom hepatocelular, hemangiom; Os: sarcom osteogenic (osteosarcom), fibrosarcom, histiocitom fibros malign, condrosarcom, sarcom Ewing, limfom malign (sarcom cu celule reticulate), mielom multiplu, cordom tumoral malign cu celule gigantice, osteocrom (osteocartilaginos), condromiom benigno condromatos, condrom benign osteom şi tumori cu celule gigantice; Sistem nervos: craniu (osteom, hemangiom, granulom, xantom, osteită deformantă), meninge (meningiom, meningiosarcom, gliomatoză), creier (astrocitom, meduloblastom, gliom, ependimom, germinom (pinealom), glioblastom multiform, oligodevandrom multiform, oligoscovandrogliom, gliomatom tumori congenitale), neurofibrom al măduvei spinării, meningiom, gliom, sarcom); Ginecologic: uter (carcinom endometrial), col uterin (carcinom cervical, displazie cervicală pretumorală), ovare (carcinom ovarian (cistadenocarcinom seros, chistadenocarcinom mucinos, carcinom cu celule clare, carcinom neclasificat), tumori cu celule granulo-tecale, celule tumorale Sertoli-Leydig, disgerminom, teratom malign), vulva (carcinom cu celule scuamoase, carcinom intraepitelial, adenocarcinom, fibrosarcom, melanom), vagin (carcinom cu celule clare, carcinom cu celule scuamoase, sarcom botryoid (rabdomiosarcom embrionar), trompe (carcinom); Hematologic; (leucemie mieloidă (acută şi cronică), leucemie limfoblastică acută, leucemie limfocitară cronică, boli mieloproliferative, mielom multiplu, sindrom mielodisplazic), boala Hodgkin, limfom non-Hodgkin malign Cutanat: melanom malign, carcinom cu celule bazale); Sarcom Kaposi, aluniţe nevi displazici, lipom, angiom, dermatofibrom, cheloizi, psoriazis şi cancer de Glande suprarenale: neuroblastom;
Într-un aspect, cancerul tratat prin compuşii, compoziţiile şi metodele descrise în conţinut este selectat dintre cancer suprarenal, carcinom cu celule acinice, neurom acustic, melanom lentiginos acral, acrospirom, leucemie acută eozinofilă, leucemie acută eritroidă, leucemie limfoblastică acută, leucemie acută megacarioblastică. leucemie, leucemie acută monocitară, leucemie acută promielocitară, adenocarcinom, carcinom chistic adenoid, adenom, tumoră odontogenă adenomatoidă, carcinom adenoscuos, neoplasm de ţesut adipos, carcinom suprarenocortical, leucemie/limfom cu celule T la adulţi, leucemie cu celule NK-agresivă, limfom asociat AIDS, rabdomiosarcom alveolar, sarcom alveolar al părţii moi, fibrom ameloblastic, limfom anaplazic cu celule mari, cancer tiroidian anaplazic, limfom angioimunoblastic cu celule T, angiomiolipom, angiosarcom, astrocitom, tumoare rabdoidă teratoidă atipică, leucemie limfocitică cronică cu celule B, leucemie prolimfocitică cu celule B,limfom cu celule B, carcinom bazocelular, cancer de tract biliar, cancer de vezica urinară, blastom, cancer osos, tumora Brenner, tumora Brown, limfom Burkitt, cancer mamar, cancer cerebral, carcinom, carcinom in situ, carcinosarcom, tumora cartilajului, cementom, sarcom mieloid, condrom, cordom, coriocarcinom, papilom plex coroid, sarcom renal cu celule clare, craniofaringiom, limfom cutanat cu celule T, cancer de col uterin, cancer colorectal, boala Degos, tumoare desmoplazica cu celule mici rotunde, limfom difuz cu celule B mari, tumoră neuroepitelială disembrioplazică, disgerminom, carcinom embrionar, neoplasm al glandei endocrine, tumoră sinusală endodermică, limfom cu celule T asociat enteropatiei, cancer esofagian, fetus la făt, fibrom, fibrosarcom, limfom folicular, cancer folicular tiroidian, ganglioneurom, cancer gastrointestinal, cancer cu celule germinale coriocarcinom gestaţional, fibroblastom cu celule gigantice, tumoră cu celule gigantice a osului, tumoră glială, glioblastom multiform, gliom, gliomatoză cerebrală, glucagonom, gonadoblastom, tumoră cu celule granuloase, ginandroblastom, cancer de vezică biliară, cancer gastric, leucemie cu celule păroase, hemangioblastom, cancer de cap şi gât, hemangiopericitom, malignitate hematologică, hepatoblastom, limfom hepatosplenic cu celule T, limfom Hodgkin, limfom non-Hodgkin, carcinom lobular invaziv, cancer intestinal, cancer de rinichi, cancer laringian, lentigo maligna, carcinom cu linie mediană letală, tumoare cu celule leydig, liposarcom, cancer pulmonar, limfangiom, limfangiosarcom, limfoepiteliom, limfom, leucemie limfocitară acută, leucemie mielogenă acută, leucemie limfocitară cronică, cancer hepatic, cancer pulmonar cu celule mici, cancer pulmonar cu celule non-mici, limfom MALT, histiocitom malign fibros, tumoră, tumoră celule de manta a nervilor periferici, limfom cu celule B din zona marginală, leucemie mastocitară, tumoră cu celule germinale mediastinale, carcinom medular al sânului, cancer medular tiroidian, meduloblastom, melanom, meningiom, cancer cu celule Merkel, mezoteliom, carcinom urotelial metastatic, tumoră mixtă Mulleriană, tumoră mucinoasă, mielom multiplu, neoplasm al ţesutului muscular, liposarcom mixoid, mixom, mixosarcom, carcinom nazofaringian, neurinom, neuroblastom, neurofibrom, neurom, melanom nodular, cancer ocular, oligoastrocitom, oligodendrogliom, oncocitom, meningiom de teaca nervoasă optică, tumora nervului optic, cancer oral, osteosarcom, cancer ovarian, tumora Pancoast, cancer tiroidian papilar, paragangliom, pinealoblastom, pineocitom, pituicitom, adenom hipofizar, tumora hipofizara, plasmacitom, poliembriom, limfom sistem nervos central primar, limfom primar de efuziune, cancer peritoneal primar, cancer de prostată, cancer pancreatic, cancer faringian, pseudomixom peritonei, carcinom cu celule renale, carcinom medular renal, retinoblastom, rabdomiom, rabdomiosarcom, transformare Richter, cancer rectal, Schwannomatoză, tumoare celule Sertoli, tumoră stromală a cordonului sexual-gonadal, carcinom cu celule cu inel, cancer de piele, tumori celule cu mici rotunde albastre, carcinom cu celule mici, sarcom de ţesut moale, somatostatinom, negi, tumoră spinală, limfom splenic din zona marginală, carcinom cu celule scuamoase, sarcom sinovial, boala Sezary, cancer de intestin subţire, carcinom scuamos, cancer de stomac, limfom cu celule T, cancer testicular, tecom, cancer tiroidian, carcinom cu celule tranziţionale, cancer de gât, cancer urachal, cancer urogenital, carcinom urotelial, melanom uveal, cancer uterin, carcinom verrucos, gliom al căii vizuale, cancer vulvar, cancer vaginal, macroglobulinemie Waldenstrom, tumoră Warthin şi tumoră Wilms.
Într-un aspect, cancerul tratat prin compuşii, compoziţiile şi metodele descrise în conţinut este selectat dintre adenocarcinom, leucemie/limfom cu celule T pentru adulţi, cancer de vezică urinară, blastom, cancer osos, cancer de sân, cancer de creier, carcinom, sarcom mieloid, cancer cervical, cancer colorectal, cancer esofagian, cancer gastrointestinal, glioblastom multiform, gliom, cancer vezicii biliare, cancer gastric, cancer la cap si gat, limfom Hodgkin, limfom non-Hodgkin, cancer intestinal, cancer renal, cancer laringian, leucemie, cancer pulmonar, limfom, cancer hepatic, cancer pulmonar cu celule mici, cancer pulmonar cu celule non-mici, mezoteliom, mielom multiplu, leucemie mieloidă acută (AML), limfom difuz cu celule B mari (DLBCL), cancer ocular, tumoră a nervului optic, cancer oral, cancer ovarian, tumoră pituitară, limfom primar al sistemului nervos central, cancer de prostată, cancer pancreatic, cancer faringian, carcinom cu celule renale, cancer rectal, sarcom, cancer de piele, tumoră spinală, cancer de intestin subţire, cancer de stomac, limfom cu celule T, cancer testicular, cancer de tiroidă, cancer de gât, cancer urogenital, carcinom urotelial, cancer uterin, cancer vaginal şi tumoră Wilms.
Într-un aspect, cancerul tratat de compuşii, compoziţiile şi utilizările descrise în conţinut sunt selectate dintre cancerul de sân, cancerul de prostată, cancerul de colon, carcinomul cu celule renale, cancer glioblastom multiform, cancerul vezicii urinare, melanomul, cancerul bronşic, limfom şi cancer hepatic.
De asemenea, este furnizată utilizarea unui compus descris în conţinut, sau a unei sări acceptabile farmaceutic a acestuia, sau a unei compoziţii care cuprinde un compus dezvăluit sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, pentru fabricarea unui medicament pentru tratarea unei afecţiuni descrise în conţinut. De asemenea, este furnizat un compus descris în conţinut, sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, sau o compoziţie care cuprinde un compus dezvăluit sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, pentru utilizare în tratarea unei stări descrise în conţinut.
EXEMPLIFICARE
Exemplele reprezentative care urmează sunt destinate să ajute la ilustrarea invenţiei.
PREPARARE INTERMEDIARI
Intermediar 1: 3-(aminometil)-6-metil-4-(metiltio)piridin-2(1H)-onă (sare clorhidrat)
Etapa 1: Sinteza 3-oxobut-1-en-1,1-bis(tiolat) de sodiu
Un amestec de terţ-butoxid de sodiu (16,6 g, 172 mmoli) în toluen (30 ml) a fost degazat sub vid şi purjat cu azot (3 cicluri). S-a adăugat apoi acetonă (5,0 g, 6,4 mL, 86 mmol) la 0 °C urmată de adăugarea lentă de disulfură de carbon (6,6 g, 5,24 mL, 86 mmol). Amestecul rezultat a fost agitat la 0°C timp de 4 ore, apoi filtrat. Turta de filtrare a fost uscată sub vid pentru a da compusul din titlu (15,4 g, brut) ca un solid galben, care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară.
Etapa 2: Sinteza 4,4-bis(metiltio)but-3-en-2-onă
La o soluţie de 3-oxobut-1-en-1,1-bis(tiolat) de sodiu (15,4 g, 86,4 mmol) în metanol (90 mL) s-a adăugat lent iodmetan (24,5 g, 10,7 mL, 173 mmol). Amestecul a fost agitat la 70°C timp de 1 oră, apoi concentrat la sec. S-a adăugat apă (30 mL) şi produsul dorit a fost extras cu acetat de etil (60 mL x 3). Straturile organice combinate au fost uscate pe sulfat de sodiu şi concentrate sub presiune redusă pentru a da compusul din titlu (6,8 g, randament 42%) sub formă de ulei maron, care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 163,0; găsit 163,0. 1H RMN (400 MHz, Cloroform-d) δ 6,02 (s, 1 H), 2,45 (s, 3H), 2,43 (s, 3H), 2,15 (s, 3H).
Etapa 3: Sinteza 6-metil-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-carbonitril
La o soluţie de 4,4-bis(metiltio)but-3-en-2-onă (2,9 g, 18 mmoli) şi 2-cianoacetamidă (1,5 g, 18 mmoli) în terţ-butanol (50 ml) s-a adăugat terţ-butoxid de sodiu (1,9 g, 20 mmol). Amestecul a fost agitat la 80 °C timp de 12 ore (două loturi de reacţie au fost efectuate şi combinate în această etapă). S-a adăugat apă (20 ml) şi pH-ul a fost ajustat la 5-6 cu acid clorhidric 10%. Amestecul rezultat a fost filtrat, iar turta de filtrare a fost spălată cu eter de petrol (20 ml × 2), apoi turta a fost uscată sub vid pentru a da compusul din titlu (4,8 g, randament 74%) sub formă de solid alb mat, care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 181,0; găsit 181,0. 1H RMN (400 MHz, Dimetilsulfoxid-d6) δ 6,27 (s, 1 H), 2,56 (s, 3H), 2,25 (s, 3H).
Etapa 4: Sinteza 3-(aminometil)-6-metil-4-(metiltio)piridin-2(1H)-onă
Un amestec de 6-metil-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-carbonitril (3,6 g, 20 mmoli) în tetrahidrofuran (50 ml) a fost degazat sub vid şi purjat cu azot (3 cicluri). Complexul dimetilsulfură de boran (10 M, 8,0 mL, 80 mmol) a fost apoi adăugat lent la 0 °C înainte ca amestecul de reacţie să fie încălzit la 70 °C şi agitat timp de 2 ore. S-a adăugat lent metanol (15 ml) la 0 °C pentru a stinge reacţia înainte ca amestecul să fie concentrat sub presiune redusă pentru a da compusul din titlu (3,8 g, brut), sub formă de solid galben deschis, care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare ulterioară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 185,1; găsit 185,0.
Etapa 5: Sinteza terţ-butil ((6-metil-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)carbamat
La o soluţie de 3-(aminometil)-6-metil-4-(metiltio)piridin-2(1H)-onă (3,6 g, 20 mmol) în tetrahidrofuran (80 mL) s-a adăugat trietilamină (5,9 g, 8,1 mL, 59 mmol). Amestecul a fost agitat timp de 30 de minute înainte de a fi adăugat dicarbonat de di-terţ-butil (6,4 g, 29 mmoli) şi reacţia a fost agitată la 25°C timp de 12 ore. Amestecul de reacţie a fost apoi concentrat la sec sub presiune redusă, înainte de a fi adăugată apă (35 mL) şi produsul dorit a fost extras cu un amestec 5:1 de eter de petrol/acetat de etil (30 mL x 3). Straturile organice combinate au fost uscate pe sulfat de sodiu şi concentrate pentru a da compusul din titlu (5,8 g, brut) ca un solid alb, care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 285,12; găsit 284,9. 1H RMN (400 MHz, Dimetilsulfoxid-d6) δ 6,05 (s, 1 H), 4,03 - 4,00 (m, 2H), 2,42 (s, 3H), 2,15 (s, 3H), 1,39 (s, 9H).
Etapa 6: Sinteza 3-(aminometil)-6-metil-4-(metiltio)piridin-2(1H)-onă (sare clorhidrat)
La o soluţie de acid clorhidric în 1,4-dioxan (4 M, 100 mL, 400 mmol) la 25 °C s-a adăugat terţ-butil ((6-metil-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)carbamat (5,0 g, 17,6 mmol). Amestecul de reacţie a fost agitat la 25 °C timp de 2 ore apoi concentrat la sec sub presiune redusă. Reziduul a fost spălat cu diclormetan (30 mL x 2) şi acetat de etil (30 mL) pentru a da compusul din titlu (4,5 g, brut, sare HCI) ca un solid galben, care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 185,1; găsit 185,0. 1H RMN (400 MHz, D2O) δ 6,31 (s, 1 H), 4,03 (s, 2H), 2,41 (s, 3H), 2,18 (s, 3H).
Intermediarul 2: 5-(aminometil)-2-metil-6-(metiltio)pirimidin-4(3H)-onă (sare clorhidrat)
Etapa 1: Sinteza metil 2-ciano-3,3-bis(metiltio)acrilat
O suspensie de hidrură de sodiu (60% dispersie în ulei mineral) (4,23 g, 106 mmol) în tetrahidrofuran (400 mL) a fost răcită la 0°C înainte de a fi adăugat prin picurare cianoacetat de metil (8,90 mL, 101 mmol). Amestecul de reacţie a fost agitat energic timp de 15 minute înainte să fie adăugată prin picurare disulfură de carbon (6,1 ml, 101 mmoli), menţinând temperatura de reacţie sub 20°C (produsul semisolid alb a devenit galben). Apoi s-a adăugat iodmetan (15,7 mL, 252 mmol) prin picurare şi amestecul de reacţie s-a agitat la temperatura camerei timp de 15 minute. Reacţia a fost apoi concentrată sub presiune redusă şi reziduul a fost turnat în apă cu gheaţă. Precipitatul rezultat a fost filtrat şi uscat sub vid pentru a da compusul din titlu (11,9 g, randament 58%) sub formă de solid galben/maron, care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. 1H RMN (400 MHz, Cloroform-d) δ 3,83 (s, 3H), 2,76 (s, 3H), 2,61 (s, 3H).
Etapa 2: Sinteza 2-metil-4-(metiltio)-6-oxo-1,6-dihidropirimidin-5-carbonitril
2-ciano-3,3-bis(metiltio)acrilat (11,9 g, 58,5 mmol) a fost dizolvat în etanol (1000 mL). Clorhidrat de acetamidină (5,53 g, 58,5 mmoli) şi trietilamină (36,7 ml, 263 mmoli) au fost adăugate la amestec şi agitate la reflux peste noapte. Apoi reacţia a fost concentrată sub presiune redusă şi reziduul a fost spălat cu acid clorhidric 10%. Precipitatul a fost filtrat, iar turta de filtrare a fost spălată cu apă şi dietil eter înainte de a fi uscată sub vid pentru a da compusul din titlu (5 g, randament 47%) ca solid, care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 182,03; găsit 182,10. 1H RMN (400 MHz, Dimetilsulfoxid -d6) δ 2,57 (s, 3H), 2,37 (s, 3H).
Etapa 3: Sinteza terţ butil ((2-metil-4-(metiltio)-6-oxo-1,6-dihidropirimidin-5-il)metil)carbamat
La o suspensie de 2-metil-4-(metiltio)-6-oxo-1,6-dihidropirimidin-5-carbonitril (1,5 g, 8,27 mmol) în tetrahidrofuran (50 mL) la 0°C s-a adăugat o soluţie hidrură de aluminiu litiu în tetrahidrofuran (2 M, 6,2 mL, 12,4 mmol). Reacţia a fost încălzită lent la temperatura camerei şi odată terminată s-a stins cu o soluţie apoasă de hidroxid de sodiu (1 M, 33 mL, 33,1 mmol). La acest amestec s-au adăugat secvenţial 1,4-dioxan (50 mL) şi di-terţ-butildicarbonat (3,61 g, 16,6 mmol). Amestecul bifazic a fost agitat energic până la protejarea completă a aminei. Amestecul bifazic a fost acidulat la pH neutru cu acid acetic, separat şi stratul apos a fost extras cu diclormetan. Straturile organice combinate au fost uscate pe sulfat de magneziu, filtrate şi concentrate la sec sub presiune redusă. Reziduul a fost triturat cu diclormetan şi filtratul (conţinând produsul dorit) concentrat la sec sub presiune redusă. Solidul rezultat a fost purificat prin cromatografie rapidă în fază inversă (coloană C18, gradient 5% până la 95% acetonitril în apă tamponată cu acid trifluoracetic 0,1%) apoi prin cromatografie rapidă în fază normală (silicagel, gradient 30% până la 90% acetat de etil în diclormetan) pentru a da compusul din titlu (2,57 g, randament 26%, puritate >99%) ca un solid alb. LCMS [M-(C4H8)+H]+ m/z: calculat 230,1; găsit 230,0. 1H RMN (400 MHz, Cloroform-d) δ 13,20 (s, 1 H), 5,37 (t, J= 5,5 Hz, 1 H), 4,26 (d, J= 5,6 Hz, 2H), 2,51 (s, 3H), 2,44 (s, 3H), 1,44 (s, 9H).
Etapa 4. Sinteza 5-(aminometil)-2-metil-6-(metiltio)pirimidin-4(3H)-onă (sare clorhidrat)
La o suspendare a terţ-butil ((2-metil-4-(metiltio)-6-oxo-1,6-dihidropirimidin-5-il)metil)carbamat de (300 mg, 1,05 mmol) în 1,4-dioxan (7,2 mL) la 23°C s-a adăugat o soluţie de acid clorhidric în 1,4-dioxan (4 M, 2,10 mL, 8,40 mmol). Reacţia s-a agitat la 23°C timp de 3 ore, apoi s-a adăugat mai multă soluţie de acid clorhidric în 1,4-dioxan (4 M, 2,10 mL, 8,40 mmol). După 14 ore, reacţia a fost apoi concentrată la sec sub presiune redusă pentru a da compusul din titlu (254 mg, randament 94%) ca un solid alb, care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+Na]+ (bază liberă) m/z: calculat 208,1; găsit 208.1.
Intermediarul 3: 3-(aminometil)-6-clor-4-(metiltio)piridin-2(1H)-onă (sare clorhidrat)
Etapa 1: Sinteza acidului 2-(benziloxi)-6-cloronicotinic
La o suspensie de hidrură de sodiu (60% dispersie în ulei mineral) (11,5 g, 286 mmol) în tetrahidrofuran (500 mL) s-a adăugat alcool benzilic (14 mL, 143 mmol) la 0°C. Amestecul de reacţie a fost agitat timp de 20 de minute, apoi a fost adăugată o soluţie de acid 2,6-diclorpiridin-3-carboxilic (25 g, 130 mmoli) în tetrahidrofuran (500 ml) şi amestecul de reacţie a fost agitat timp de 4 ore la 23 °C. Reacţia a fost apoi stinsă cu acid clorhidric 10% (300 ml), tratată cu NaHCO3 solid până la pH ~8, acidulat cu acid acetic (50% în apă) şi în final extras cu acetat de etil (200 ml × 3). Straturile organice combinate au fost spălate cu saramură (200 ml), uscate pe sulfat de magneziu, filtrate şi concentrate la sec. Reziduul a fost purificat prin cromatografie rapidă (silicagel, gradient 5% până la 50% acetat de etil în diclormetan) pentru a da compusul din titlu (33,68 g, randament 98%).
Etapa 2: Sinteza 2-(benziloxi)-6-cloronicotinamidă
La o soluţie de acid 2-(benziloxi)-6-cloronicotinic (33,68 g, 128,2 mmol) în diclormetan (500 mL) la 0 °C s-a adăugat N,N-dimetilformamidă (1 mL) urmată de clorură de oxalil (11,9 mL, 141 mmol). Reacţia a fost agitată la 23°C timp de 2 ore apoi concentrată la sec. Reziduul a fost dizolvat în diclormetan (200 ml) şi adăugat lent la o soluţie concentrată de hidroxid de amoniu (50 ml) la 0 °C. După 1 oră, stratul organic a fost colectat şi faza apoasă a fost extrasă cu diclormetan (50 ml x 3). Straturile organice combinate au fost uscate pe sulfat de magneziu, filtrate şi concentrate la sec sub presiune redusă. Reziduul a fost purificat prin cromatografie rapidă (silicagel, gradient 0% până la 50% acetat de etil în diclormetan) pentru a da compusul din titlu ca solid (randament cantitativ).
Etapa 3: Sinteza 2-(benziloxi)-6-clor-4-(metiltio)nicotinamidă
La o soluţie de 2,2,6,6-tetrametilpiperidină (29,45 mL, 175,1 mmol) în tetrahidrofuran (300 mL) la -78 °C s-a adăugat o soluţie de n-butillitiu în hexan (2,5 M, 70 mL, 175,1 mmol). Amestecul de reacţie a fost încălzit la 0 °C timp de 30 de minute, apoi a fost răcit înapoi la -78 °C. S-a adăugat apoi o soluţie de 2-(benziloxi)-6-cloronicotinamidă (11,5 g, 43,8 mmol) în tetrahidrofuran (100 mL) menţinând temperatura internă sub -60 °C. Amestecul de reacţie s-a agitat timp de 1 oră la -78 °C apoi s-a adăugat dimetildisulfură (15,77 mL, 175,1 mmol). Reacţia a fost agitată la -78 °C timp de încă 2 ore, apoi stinsă la -78 °C cu o soluţie de acid acetic în apă (50% v/v). Produsul dorit a fost extras cu acetat de etil (100 ml x 3) şi straturile organice combinate au fost spălate cu apă (20 ml), o soluţie apoasă saturată de bicarbonat de sodiu (20 ml), saramură (20 ml), uscate pe sulfat de magneziu, filtrate şi concentrate la sec sub presiune redusă. Reziduul a fost purificat prin cromatografie rapidă (silicagel, gradient 0% până la 20% acetat de etil în diclormetan) pentru a se obţine compusul din titlu (4,86 g, randament 36%).
Etapa 4: Sinteza (2-(benziloxi)-6-clor-4-(metiltio)piridin-3-il)metanamină
La o soluţie de 2-(benziloxi)-6-clor-4-(metiltio)nicotinamidă (4,86 g, 15,7 mmol) în tetrahidrofuran (100 mL) la 23 °C s-a adăugat o soluţie de boran în tetrahidrofuran (1 M, 63 ml, 63 mmol). Amestecul de reacţie a fost agitat la reflux timp de 15 ore apoi stins prin adăugare lentă de metanol la temperatura camerei. Amestecul de reacţie a fost concentrat la sec sub presiune redusă şi reziduul a fost purificat prin cromatografie rapidă (silicagel, gradient 0% până la 30% metanol în diclormetan) pentru a da compusul din titlu (710 mg, randament 15%) ca un solid alb.
Etapa 5: Sinteza 3-(aminometil)-6-clor-4-(metiltio)piridin-2(1H)-onă (sare clorhidrat)
Într-un balon care conţine (2-(benziloxi)-6-clor-4-(metiltio)piridin-3-il)metanamină (710 mg, 2,41 mmol) s-a adăugat acid clorhidric concentrat (12 M, 5,0 mL, 60 mmol). Amestecul de reacţie a fost agitat la 23°C timp de 2 ore apoi concentrat la sec sub presiune redusă. Reziduul a fost recristalizat dintr-un amestec de metanol şi dietil eter pentru a da compusul din titlu (400 mg, randament 69%) ca un solid alb.
Etapa 6: Sinteza terţ-butil ((6-clor-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)carbamat
La o suspensie de 3-(aminometil)-6-clor-4-(metiltio)piridin-2(1H)-onă sare clorhidrat (1,575 g, 6,53 mmol) în diclormetan (50 mL) s-a adăugat di-terţ-butildicarbonat (2,85 g, 13,1 mmoli) urmat de N,N-diizopropiletilamină (3,4 ml, 19,6 mmoli) la temperatura camerei. Reacţia a fost agitată la temperatura camerei timp de 3 ore (până la dizolvare completă) apoi s-a stins cu apă. Stratul organic a fost separat, uscat pe sulfat de magneziu, filtrat şi concentrat la sec sub presiune redusă. Reziduul a fost purificat prin cromatografie rapidă (silicagel, gradient 0 până la 10% metanol în diclormetan) pentru a da compusul din titlu sub formă de solid alb (1,5 g, randament 75%). LCMS [M+H]+ m/z: calculat 305,1; găsit 305,1.
Etapa 7: Sinteza 3-(aminometil)-6-clor-4-(metiltio)piridin-2(1H)-onă (sare clorhidrat)
La o suspensie de terţ-butil ((6-clor-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)carbamat (300 mg, 984 µmol) în 1,4-dioxan ( 4,9 mL) sa adăugat o soluţie de acid clorhidric în 1,4-dioxan (4 M, 1,96 mL, 7,87 mmol) la temperatura camerei. Reacţia a fost agitată la temperatura camerei timp de 3 ore, apoi a fost adăugată mai multă soluţie de acid clorhidric în 1,4-dioxan (4 M, 1,96 mL, 7,87 mmol). După 14 ore, reacţia a fost concentrată la sec sub presiune redusă pentru a da compusul din titlu (253 mg, randament cantitativ) ca un solid alb, care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+Na]+ (bază liberă) m/z: calculat 227,0; găsit 227,0.
Intermediarul 4: metil 7-clor-2,4-dimetil-2-(4-oxociclohexil)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat
Etapa 1: Sinteza metil 5-clor-3,4-dihidroxi-2-metilbenzoat
La o soluţie de metil 3,4-dihidroxi-2-metilbenzoat (5,11 g, 27,9 mmol) în tetrahidrofuran (199 mL) la -20°C s-a adăugat prin picurare clorură de sulfuril (2,45 mL, 30,6 mmol). Amestecul de reacţie a fost agitat la -20 °C timp de 3 ore apoi stins cu o soluţie apoasă saturată de clorură de amoniu (50 ml). Produsul dorit a fost extras cu acetat de etil (25 ml x 3). Straturile organice combinate au fost spălate cu saramură (25 ml), uscate pe sulfat de sodiu, filtrate şi concentrate la sec sub presiune redusă. Reziduul a fost purificat prin cromatografie rapidă (silicagel, gradient 0% până la 60% acetat de etil în heptan) pentru a da compusul din titlu (4,117 g, randament 68%) sub forma unui solid bej. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 217,0; găsit 217,1 (model izotop C1).
Etapa 2: Sinteza metil 7-clor-2,4-dimetil-2-(4-oxociclohexil)-2H-1,3-benzodioxol-5-carboxilat
Un amestec de metil 5-clor-3,4-dihidroxi-2-metilbenzoat (1,2 g, 5,53 mmol), triruteniu dodecacarbonil (176 mg, 276 µmol) şi trifenilfosfină (145 mg, 553 µmol) a fost degazat sub vid şi purjat. cu azot (3 cicluri). S-a adăugat toluen (8,1 mL) şi amestecul de reacţie a fost încălzit la reflux timp de 30 de minute. O soluţie de 4-etinilciclohexan-1-onă (1,34 g, 11,0 mmol) în toluen (17 mL) a fost apoi adăugată prin picurare şi reacţia a fost agitată timp de 23 ore la reflux. În final, amestecul de reacţie a fost răcit la temperatura camerei şi concentrat la sec sub presiune redusă. Reziduul a fost purificat prin cromatografie rapidă (silicagel, gradient de la 0 la 60% acetat de etil în heptan) pentru a da compusul din titlu (1,327 g, randament 70%) sub formă de ulei galben. LCMS [M+Na]+ m/z: calculat 361,1; găsit 361,1 (model izotop C1).
Etapa 3: Separare metil (R)-7-clor-2,4-dimetil-2-(4-oxociclohexil)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat şi (S)-7-clor de metil-2,4-dimetil-2-(4-oxociclohexil)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat
Amestecul racemic de metil-7-clor-2,4-dimetil-2-(4-oxociclohexil)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat (4,4 g, 13 mmol) a fost dizolvat prin SFC preparativă [Coloana: ChiralPak AY de la industria chimică Daicel (250 mm × 50 mm I.D., 10 µm). Faza mobilă A: CO2/Faza mobilă B: 0,1% NH4OH în metanol. Izocratic (85% faza mobilă A şi 15% faza mobilă B). Debit: 80 ml/min. Temperatura coloanei: 40 °C]. Intermediarul 4 (Vârful 1) (enantiomer/distomer nedorit): Timp de retenţie = 6,2 min. Recuperare = 1,4 g, 4,05 mmol, randament 31%, ee 90%, puritate 98% (solid galben). 1H RMN (400 MHz, Cloroform-d) δ 7,48 (s, 1 H), 3,78 (s, 3H), 2,44 - 2,36 (m, 2H), 2,35 - 2,25 (m, 6H), 2,19 (tdd, J= 2,8, 5,6, 13,1 Hz, 2H), 1,70 - 1,57 (m, 5H). Intermediarul 4 (Vârful 2) (enantiomer/eutomer dorit): Timp de retenţie = 7,0 min. Recuperare = 1,1 g, 3,08 mmol, 23,75% randament, 99% ee, 95% puritate (solid galben). 1H RMN (400 MHz, Cloroform-d) δ 7,49 (s, 1 H), 3,78 (s, 3H), 2,44 - 2,36 (m, 2H), 2,36 - 2,25 (m, 6H), 2,19 (tdd, J= 2,8, 5,6, 13,1 Hz, 2H), 1,72 - 1,59 (m, 5H). Metoda analitică SFC: [Coloană: ChiralPak AY-3 (150×4,6 mm I.D., 3 µm). Faza mobilă A: CO2/Faza mobilă B: 0,05% Et2NH în iPrOH. Gradient: de la 5 la 40% din faza mobilă B (peste 5,5 min). Debit: 2,5 ml/min. Temperatura coloanei: 40 °C]. Intermediarul 4 (Vârful 1 - enantiomer/distomer nedorit): Timp de retenţie = 2,853 min. Intermediarul 4 (Vârful 2 - enantiomer/eutomer dorit): Timp de retenţie = 2,979 min.
Intermediarul 5: metil 7-clor-2,4-dimetil-2-(trans-4-((3-(trifluormetil)oxetan-3-il)amino)ciclohexil)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat
Un amestec de 1-clor-N-[3-(trifluormetil)oxetan-3-il]hidrogenamină (678 mg, 3,82 mmol) şi N,N-diizopropiletilamină (698 µL, 4,01 mmol) în dicloroetan (9,54 mL) a fost agitat la temperatura camerei timp de 30 de minute înainte să se adauge la acest amestec de reacţie acid acetic (218 µL, 3,82 mmol) urmat de metil-7-clor-2,4-dimetil-2-(4-oxociclohexil)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat (650 mg, 1,91 mmol). După 5 minute la temperatura camerei, amestecul a devenit limpede (galben/maron) şi s-a adăugat triacetoxiborohidrură de sodiu (404 mg, 1,91 mmol). Reacţia a fost agitată timp de 3 ore la temperatura camerei apoi stinsă cu o soluţie apoasă saturată de bicarbonat de sodiu (30 mL). Produsul dorit a fost extras cu diclormetan (30 ml x 3) şi straturile organice combinate au fost uscate pe sulfat de sodiu, filtrate şi concentrate la sec sub presiune redusă. Reziduul a fost purificat prin cromatografie rapidă cu fază inversă (coloană C18, acetonitril/apă 1:1 cu acid trifluoracetic 0,1%) pentru a da doi izomeri geometrici (cis şi trans). Primul vârf de eluare corespunde izomerului geometric 1.
Metoda analitică LCMS (pentru izomeri geometrici)
[Coloană: Zorbax SB-C8 (75 × 4,6 mm I.D., 3,5 µm). Faza mobilă A: acid trifluoracetic 0,1% în acetonitril/Faza mobilă B: acid trifluoracetic în apă. Gradient: de la 5 la 100 % din faza mobilă B (peste 3,0 min) urmată de 100 % din faza mobilă B (4,5 min). Debit: 1,5 ml/min. Temperatura coloanei: 20 °C.] Izomer geometric 1 (dorit): Timp de retenţie = 4,073 min (278 mg, 31 %). Izomer geometric 2 (nedorit): Timp de retenţie = 4,277 min (253 mg 29 %).
Enantiomerii izomerului geometric 1 (dorit pe baza metodei LCMS) au fost separaţi prin SFC preparativă [Coloană: Chiralcel OX-H (250 × 21 mm I.D.). Faza mobilă A: CO2/Faza mobilă B: 0,25% izopropilamină într-un amestec izopropanol/hexan 1:1. Izocratic (85% faza mobilă A şi 15% faza mobilă B). Debit: 80 g/min. Temperatura coloanei: 25 °C]. Intermediar 5 (Vârf 1): Timp de retenţie = 1,84 min. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 464,15; găsit 464. Intermediar 5 (Vârf 2): Timp de retenţie = 2,1 min. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 464,15; găsit 464,2.
Intermediar 6: 3-(aminometil)-4-clor-6-metilpiridin-2(1H)-onă
Etapa 1: Sinteza 2,4-diclor-6-metilnicotinonitril
O soluţie de 2,4-dihidroxi-6-metilnicotinonitril (80 g, 533,3 mmol) în oxiclorură de fosfor (150 mL) a fost agitată la 120 °C timp de 2 ore, apoi stinsă cu o soluţie apoasă saturată de bicarbonat de sodiu (până la pH = 8). Aceasta a fost împărţită între apă (2000 ml) şi acetat de etil (1000 ml), stratul organic a fost uscat pe sulfat de sodiu, filtrat şi concentrat la sec sub presiune redusă pentru a da compusul din titlu (85 g, randament 86%) sub formă de solid de culoare maron, care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 186,98; găsit 186,6.
Etapa 2: Sinteza 2-clor-4-hidroxi-6-metilnicotinonitril
La o soluţie de 2,4-diclor-6-metilnicotinonitril (10 g, 53 mmol) în N,N-dimetilformamidă (50 mL) s-a adăugat acetat de cesiu (30,8 g, 160 mmol) la temperatura camerei. Reacţia a fost agitată la 80 °C peste noapte apoi stinsă cu apă (800 mL). Produsul dorit a fost extras cu acetat de etil (800 ml) şi stratul organic a fost uscat pe sulfat de sodiu, filtrat şi concentrat la sec sub presiune redusă. Compusul din titlu (8,8 g, randament 98%) a fost obţinut ca un solid maron şi utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 169,01; găsit 168,8.
Etapa 3: Sinteza 4-hidroxi-2-metoxi-6-metilnicotinonitril
Un amestec de 2-clor-4-hidroxi-6-metilnicotinonitril (8,8 g, 52,2 mmoli) şi metoxid de sodiu (14,1 g, 261 mmoli) în metanol (50 ml) a fost agitat la 60°C peste noapte. Amestecul a fost stins cu o soluţie 1 M de acid clorhidric până la pH = 5. Acesta a fost împărţit între apă (500 ml) şi acetat de etil (500 ml), stratul organic a fost uscat pe sulfat de sodiu şi concentrat pentru a da compusul din titlu (8,0). g, randament 93%) ca solid maron, care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 165,1; găsit 164,8.
Etapa 4: 4-clor-2-metoxi-6-metilnicotinonitril
Un amestec de 4-hidroxi-2-metoxi-6-metilnicotinonitril (8,0 g, 48,7 mmol), pentaclorură de fosfor (20,3 g, 97,5 mmol), oxiclorură de fosfor (14,9 g, 9,09 mL, 97,5 mmol) şi N,N-dimetilformamidă (5 mL) în cloroform (100 mL) a fost agitat la 60 °C timp de 30 min. Reacţia a fost stinsă cu soluţie apoasă saturată de bicarbonat de sodiu (până la pH = 8). Amestecul a fost împărţit între apă (1000 ml) şi acetat de etil (1000 ml), stratul organic a fost uscat pe sulfat de sodiu şi concentrat până la sec pentru a da compusul din titlu (8,0 g, randament 90%) ca un solid maron, care a fost utilizat în etapa următoare direct fără purificare ulterioară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 183,0; găsit 182,8.
Etapa 5: Sinteza (4-clor-2-metoxi-6-metilpiridin-3-il)metanamină
La o soluţie de 4-clor-2-metoxi-6-metilnicotinonitril (8,0 g, 43,8 mmol) în tetrahidrofuran (50 mL) s-a adăugat complex de boran dimetilsulfură (10 M, 5,3 mL, 53 mmol). Amestecul a fost agitat la 60 °C timp de 2 ore, apoi stins cu metanol (10 ml) la 0 °C. Amestecul a fost concentrat la sec sub presiune redusă pentru a da titlul (7,0 g, randament 93%) ca un solid maron, care a fost utilizat în etapa următoare direct fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 187,1; găsit 187,1.
Etapa 6: terţ-butil ((4-clor-2-metoxi-6-metilpiridin-3-il)metil)carbamat
Un amestec de (4-clor-2-metoxi-6-metilpiridin-3-il)metanamină (7,0 g, 37,5 mmol), dicarbonat de di-terţ-butil (15,2 g, 75,0 mmol) şi trietilamină (11,4 g, 15,7 mL, 113 mmol) în tetrahidrofuran (50 mL) a fost agitat la 20 °C timp de 16 ore apoi stins cu apă (500 mL). Produsul dorit a fost extras cu acetat de etil (500 ml) şi stratul organic a fost uscat pe sulfat de sodiu, filtrat şi concentrat la sec sub presiune redusă. Reziduul a fost purificat prin coloană rapidă (coloană cu silicagel, eter de petrol: acetat de etil 40:1) pentru a da compusul din titlu (3,0 g, randament 28%) sub formă de ulei incolor. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 287,1; găsit 286,9.
Etapa 7: 3-(aminometil)-4-clor-6-metilpiridin-2(1H)-onă
La o soluţie de acid clorhidric în apă (4 M, 10 ml, 10 mmoli) s-a adăugat terţ-butil ((4-clor-2-metoxi-6-metilpiridin-3-il)metil)carbamat (3,0 g, 10,5 mmoli) la temperatura camerei. Reacţia a fost încălzită la 100 °C timp de 2 ore, apoi concentrată la sec sub presiune redusă pentru a da compusul din titlu (1,7 g, randament 94%) ca un solid galben. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 173,04; găsit 173,1. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4): δ 6,38 (s, 1 H), 4,15 (s, 2H), 2,32 (s, 3H).
Intermediar 7: metil 7-clor-2-(4-(3,3-difluoroazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat
Etapa 1: Sinteza metil 7-clor-2-(4-(3,3-difluoroazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat
O soluţie de metil 7-clor-2,4-dimetil-2-(4-oxociclohexil)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat (Intermediar 4 - amestec racemic) 550 mg, 1,62 mmol), 3,3-difluorazetidină sare clorhidrat (839 mg, 6,48 mmoli) şi trietilamină (895 µL, 6,64 mmoli) în metanol (5 ml) şi tetrahidrofuran (5 ml) au fost agitate peste noapte la temperatura camerei. A doua zi, reacţia a fost răcită la -78 °C şi s-a adăugat prin picurare o soluţie de borohidrură de litiu (2 M în tetrahidrofuran, 1,21 mL, 2,43 mmol). Amestecul vâscos de culoare galbenă a fost încălzit treptat la temperatura camerei, apoi stins cu o soluţie apoasă saturată de carbonat de sodiu la 0 °C. Produsul dorit a fost extras cu diclormetan (de trei ori) şi straturile organice combinate au fost uscate pe sulfat de sodiu, filtrate şi concentrate la sec sub presiune redusă. Reziduul a fost purificat de două ori prin cromatografie rapidă (coloană cu silicagel KP-NH, gradient 0 până la 20% acetat de etil în heptan) pentru a da compusul din titlu (354 mg, randament 53%) ca un amestec racemic dintr-un izomer geometric unic (cis sau trans). LCMS [M+H]+ m/z: calculat 416,9; găsit 416,2.
Etapa 2: Separare metil (2R)-7-clor-2-(4-(3,3-difluoroazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat şi metil (2S)-7-clor-2-(4-(3,3-difluorazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat
Amestecul racemic de metil 7-clor-2-(4-(3,3-difluoroazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat (560 mg) a fost separat prin SFC preparativă [Coloană: Chiralpak AD-H de la industria chimică Daicel. Faza mobilă A: CO2/Faza mobilă B: 0,25% izopropilamină într-un amestec de hexan şi etanol (1:1). Izocratic (90% faza mobilă A şi 10% faza mobilă B). Debit: 80 g/min. Temperatura coloanei: 25 °C]. Metoda analitică SFC: Coloană: Chiralpak AD-H de la industria chimică Daicel (100 mm × 4,6 mm. Faza mobilă A: CO2/Faza mobilă B: 0,1% izopropilamină într-un amestec de hexan şi etanol (3:1). Izocratic ( 85% faza mobilă A şi 15% faza mobilă: 4 mL/min, 15% randament, 96% ee. 1H RMN (400 MHz, Cloroform-d) δ 7,48 (s, 1 H), 3,78 (s, 3H), 2,44 - 2,36 (m, 2H), 2,35 - 2,25 (m, 6H), 2,19 (tdd, J = 2,8, 5,6, 13,1 Hz, 2H), 1,70 - 1,57 (m, 5H). Intermediar 7 (Vârf 2): Timp de retenţie = 1,16 min (metoda analitică SFC). Recuperare = 150 mg, 13% randament, 97% ee. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 416,86; găsit 416,2.
Intermediarul 8: perfluorfenil 7-clor-2,4-dimetil-2-(1-(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat
Etapa 1: Sinteza terţ-butil 4-(7-clor-5-(metoxicarbonil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-2-il)piperidin-1-carboxilat
Într-un balon profil pară de 100 ml echipat cu un condensator, un amestec de metil 5-clor-3,4-dihidroxi-2-metilbenzoat (1,219 g, 5,58 mmol), trifenilfosfină (146 mg, 0,558 mmol) şi triruteniu dodecacarbonil (178 mg, 0,279 mmol) s-a purjat cu cicluri de azot/vid (4 cicluri), apoi s-a adăugat toluen (12 mL), s-a purjat cu cicluri de azot/vid apoi s-a agitat la 120°C timp de 30 min. La amestecul de culoare închisă a fost adăugat un amestec de terţ-butil 4-etinilpiperidin-1-carboxilat (2,32 g, 11,1 mmol) în toluen (10 mL). Soluţia portocalie rezultată a fost agitată timp de încă 2 ore la 120 °C. Amestecul de reacţie a fost concentrat sub presiune redusă apoi purificat prin cromatografie rapidă (silicagel, gradient de la 0 la 100% acetat de etil în heptan) pentru a da compusul din titlu (2,33 g, 98%) sub formă de ulei galben. LCMS [M+Na]+ m/z: calculat 448,2; găsit 448,2.
Etapa 2: Sinteza metil 7-clor-2,4-dimetil-2-(piperidin-4-il)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat (sarea acidului trifluoracetic)
La o soluţie galbenă de terţ-butil 4-[7-clor-5-(metoxicarbonil)-2,4-dimetil-2H-1,3-benzodioxol-2-il]piperidin-1-carboxilat (2,33 g, 5,47 mmol) în diclormetan (2 mL) s-a adăugat TFA (1 mL). După 30 de minute, amestecul de reacţie a fost concentrat sub presiune redusă pentru a da compusul din titlu (2,40 g, cantitativ) ca o gumă care a fost utilizată în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 326,79; găsit 326,2.
Etapa 3: Sinteza metil 7-clor-2,4-dimetil-2-(1-(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat
La o soluţie de metil 7-clor-2,4-dimetil-2-(piperidin-4-il)-2H-1,3-benzodioxol-5-carboxilat, sare a acidului trifluoracetic (2,40 g, 5,45 mmol) în toluen ( 20 ml) şi acetonitril (10 ml) s-au adăugat trietilamină (8 ml, 57,6 mmoli) şi trifluormetansulfonat de 2,2,2-trifluoretil (3,0 g, 12,9 mmoli). După 3 ore, amestecul de reacţie a fost concentrat sub presiune redusă. S-a adăugat apă (50 ml) şi amestecul a fost extras cu EtOAc (30 ml x 3). Straturile organice combinate au fost spălate cu saramură (50 ml x 2), uscate pe sulfat de sodiu, filtrate şi concentrate sub presiune redusă apoi purificate prin cromatografie rapidă (silicagel, gradient de la 0 la 50% acetat de etil în heptan) pentru a da compusul din titlu (2,04 g, 92%) sub formă de ulei gălbui. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 408,81; găsit 408,2.
Etapa 4: Sinteza acidului 7-clor-2,4-dimetil-2-(1-(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilic
La o soluţie de metil 7-clor-2,4-dimetil-2-[1-(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il]-2H-1,3-benzodioxol-5-carboxilat (691 mg, 1,69 mmol) în metanol (3 mL) s-a adăugat hidroxid de sodiu 6 M în apă (1 mL, 6,00 mmol) şi s-a încălzit la 60°C. După 25 de minute, amestecul de reacţie a fost concentrat sub presiune redusă pentru a îndepărta cea mai mare parte a metanolului. Amestecul a fost apoi diluat cu apă, răcit la 0°C apoi neutralizat la pH = 7 cu acid clorhidric 1 M. Amestecul a fost extras cu diclormetan (3 ori) şi straturile organice combinate au fost uscate pe sulfat de sodiu, filtrate şi concentrate sub presiune redusă pentru a da compusul din titlu ca un solid alb care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 394,79; găsit 394,2.
Etapa 5: Sinteza perfluorfenil 7-clor-2,4-dimetil-2-(1-(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat
La o soluţie agitată de acid 7-clor-2,4-dimetil-2-[1-(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il]-2H-1,3-benzodioxol-5-carboxilic (665 mg, 1,68 mmol) în diclormetan (5 mL) s-a adăugat piridină (1 mL, 12,4 mmol) urmată de adăugarea de 2,3,4,5,6-pentafluorfenil 2,2,2-trifluoracetat (500 µL, 2,90 mmol). După 20 de minute, amestecul de reacţie a fost concentrat sub presiune redusă pentru a da compusul din titlu care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 560,84; găsit 560,2.
Intermediarul 9: acid 7-clor-2-(4-(3-metoxiazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilic
Etapa 1: Sinteza metil 7-clor-2-(4-(3-metoxiazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat
O soluţie de 3-metoxiazetidină sare clorhidrat (8 g, 64,75 mmoli) şi N,N-diizopropiletilamină (12 ml, 68,9 mmoli) în metanol (30 ml) a fost agitată la temperatura camerei timp de 30 de minute înainte de a se adăuga o altă soluţie de metil 7-clor-2,4-dimetil-2-(4-oxociclohexil)-1,3-benzodioxol-5-carboxilat (Intermediarul 4 - Vârful 2) (4,1 g, 12,10 mmol) în tetrahidrofuran (30 mL). Amestecul de reacţie a fost agitat la temperatura camerei timp de 1 oră apoi răcit la -70 °C. S-a adăugat borohidrură de litiu (500 mg, 22,96 mmol) şi reacţia a fost agitată la -70 °C timp de 30 de minute [sau până când s-a observat consumul complet al materiei prime prin TLC, acetat de etil/metanol 5:1]. Apoi, două loturi de reacţie au fost combinate şi stinse cu o soluţie apoasă saturată de clorură de amoniu (120 ml) la 0 °C şi produsul dorit a fost extras cu diclormetan (200 ml x 3). Straturile organice combinate au fost uscate pe sulfat de sodiu, filtrate şi concentrate la sec sub presiune redusă. Reziduul a fost purificat prin cromatografie rapidă (silicagel, gradient 0 până la 14% metanol în diclormetan) pentru a da compusul din titlu (8,05 g, randament 67%, puritate 83%) sub formă de ulei galben deschis. O probă (50 mg) a fost purificată în continuare prin cromatografie preparativă în strat subţire (silicagel, acetat de etil:metanol 15:1). LCMS [M+H]+ m/z: calculat. 410,2; găsit 410,1. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 7,39 (s, 1 H), 3,95 - 3,91 (m, 1 H), 3,73 (s, 3H), 3,59 - 3,51 (m, 2H), 3,16 (s, 3H), 2,97 (br dd, J= 6,4, 8,0 Hz, 2H), 2,26 (s, 3H), 2,11 - 2,02 (m, 1 H), 1,91 - 1,73 (m, 5H), 1,54 (s, 3H), 1,22 - 1,12 (m, 2H), 0,98 - 0,86 (m, 2H).
Etapa 2: Sinteza acidului 7-clor-2-(4-(3-metoxiazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilic
La o soluţie de metil 7-clor-2-(4-(3-metoxiazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat (4 g, 9,75 mmol) în metanol (48 mL) s-a adăugat o soluţie de hidroxid de litiu hidrat (4,03 g, 96,06 mmol) în apă (12 mL). Reacţia a fost agitată la 70 °C timp de 2 ore, apoi două şarje au fost combinate şi concentrate sub presiune redusă. S-a adăugat apă (50 mL) şi pH-ul a fost ajustat la 6 cu o soluţie apoasă saturată de acid citric la 0°C. Produsul dorit a fost extras cu un amestec 3:1 de diclormetan şi izopropanol (300 ml x 5). Straturile organice combinate au fost uscate pe sulfat de sodiu, filtrate şi concentrate la sec sub presiune redusă pentru a da compusul din titlu (6,1 g, brut) sub forma unui solid alb mat, care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat. 396,2; găsit 396,1. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 7,07 (s, 1 H), 4,05 - 4,10 (m, 2H), 3,76 - 3,88 (m, 1 H), 3,67 (br dd, J= 10, 3,6 Hz, 2H), 3,22 (s, 3H), 2,71 - 2,81 (m, 1 H), 2,19 (s, 3H), 1,91 - 1,99 (m, 4H), 1,75 - 1,85 (m, 1H), 1,52 (s, 3H), 1,18 - 1,28 (m, 2H), 1,06 - 1,14 (m, 2H).
Exemplul #1: 7-clor-2-(4-(3-(difluormetoxi)azetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetil-N-((6-metil-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă
Etapa 1: Sinteza metil 7-clor-2-(4-(3-(difluormetoxi)azetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat
O soluţie de metil 7-clor-2,4-dimetil-2-(4-oxociclohexil)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat (Intermediar 4 - Vârful 2) (224 mg, 0,661 mmol), 3-(difluorometoxi)azetidină (336 mg, 2,72 mmoli) şi trietilamină sare clorhidrat (373 mg, 2,71 mmoli) într-un amestec de metanol (2 ml) şi tetrahidrofuran (2 ml) au fost agitate la temperatura camerei timp de 1,5 ore, apoi răcite până la -78 °C. O soluţie de borohidrură de litiu în tetrahidrofuran (2 M, 500 µL, 1 mmol) a fost adăugată prin picurare la -78 °C înainte ca reacţia să fie lăsată să se încălzească la temperatura camerei timp de 15 min. Apoi, amestecul a fost răcit la 0°C apoi stins cu o soluţie apoasă saturată de bicarbonat de sodiu, diluat cu diclormetan şi încălzit la temperatura camerei. Produsul dorit a fost extras din stratul apos cu diclormetan (de trei ori) iar straturile organice combinate au fost uscate folosind un filtru hidrofob şi concentrate la sec sub presiune redusă. Reziduul a fost purificat prin cromatografie rapidă (silicagel, gradient 10 până la 100% acetat de etil în heptan apoi 0 până la 100% etanol în acetat de etil) pentru a da un singur izomer geometric (cis sau trans) al compusului din titlu (205 mg, 70 % Randament). LCMS [M+H]+ m/z: calculat 445,9; găsit 446,2.
Etapa 2: Sinteza acidului 7-clor-2-(4-(3-(difluormetoxi)azetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilic
La o soluţie de metil 7-clor-2-(4-(3-(difluormetoxi)azetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat (205 mg, 0,460 mmol) în metanol (3 mL) s-a adăugat o soluţie de hidroxid de sodiu în apă (6 M, 1 mL, 6,00 mmol). Reacţia a fost încălzită la 60 °C timp de 20 de minute, apoi diluată cu apă, răcită la 0 °C, acidulată la pH = 2 cu acid clorhidric 1 M şi apoi neutralizată la pH = 7 cu o soluţie apoasă de hidroxid de sodiu 1 M. Produsul dorit a fost extras cu diclormetan (de trei ori), uscat folosind un filtru hidrofob şi concentrat la sec sub presiune redusă pentru a da compusul din titlu (176 mg, randament 89 %) ca un solid alb care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 431,9; găsit 432,2.
Etapa 3: Sinteza perfluorfenil 7-clor-2-((1r,4R)-4-(3-(difluormetoxi)azetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat
La o soluţie de acid 7-clor-2-(4-(3-(difluormetoxi)azetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilic (176 mg, 0,408 mmol) în diclormetan (0,5 mL) s-a adăugat piridină (1,0 mL, 12,4 mmol) urmată de adăugarea de 2,3,4,5,6-pentafluorofenil 2,2,2-trifluoracetat (150 µL, 0,871 mmol) la temperatura camerei. După 20 de minute, amestecul de reacţie a fost concentrat la sec sub presiune redusă pentru a da un amestec de compus din titlu (randament teoretic 100% = 243 mg) şi produse secundare. Amestecul brut a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 597,91; găsit 598,2.
Etapa 4: Sinteza 7-clor-2-(4-(3-(difluormetoxi)azetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetil-N-((6-metil-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă
La o soluţie de perfluorfenil 7-clor-2-(4-(3-(difluormetoxi)azetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat (≤243) mg, ≤0,406 mmol) în dimetilsulfoxid (1 mL) s-au adăugat 3-(aminometil)-6-metil-4-(metiltio)piridin-2(1H)-onă (sare clorhidrat) (Intermediar 1) (222 mg, 1,20 mmol) şi N,N-diizopropiletilamină (0,30 mL, 1,71 mmol). Amestecul de reacţie a fost agitat la 60°C timp de 1 oră, apoi concentrat la sec sub un flux puternic de azot peste noapte. Reziduul a fost purificat de două ori prin cromatografie rapidă cu fază inversă (coloană C18, gradient de la 0 la 100% acetonitril în apă cu 0,1% acid trifluoracetic). Reziduul a fost diluat cu diclormetan şi o soluţie saturată de bicarbonat de sodiu. Stratul apos a fost spălat cu diclormetan. Straturile organice combinate au fost uscate pe sulfat de sodiu şi concentrate sub presiune redusă pentru a da compusul din titlu (166 mg, randament 68 % în două etape) ca un singur izomer geometric (cis sau trans). LCMS [M+H]+ m/z: calculat 598,1; găsit 598,3. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 6,88 (s, 1 H), 6,26 (s, 1 H), 6,38 (t, J= 74,3 Hz, 2 H), 4,71 (cvin., J= 6,0 Hz, 1 H), 4,48 (s, 2 H), 3,69 - 3,60 (m, 2 H), 3,18 - 3,11 (m, 2 H), 2,52 (s, 3 H), 2,29 (s, 3 H). ), 2,18 (s, 3 H), 2,10 (tt, J= 3,5, 11,2 Hz, 1 H), 1,98 - 1,86 (m, 4 H), 1,85 - 1,78 (m, 1 H), 1,60 (s, 3 H), 1,32 - 1,21 (m, 2 H), 1,06 - 0,92 (m, 2 H).
Tabelul 1. Următorul compus a fost preparat într-o manieră similară cu exemplul 1 utilizând materia primă adecvată.
Exemplu Structură Date analitice 2 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) LCMS [M+H]+ m/z: calculat 618,1; găsit 618,1. 1H RMN (400 MHz, Cloroform-d) δ 6,91 - 6,88 (m, 1 H), 6,58 (t, J = 5,4 Hz, 1 H), 6,53 (s, 1 H), 6,39 - 5,97 (m, 2H), 3,80 (d, J = 7,3 Hz, 2H), 3,14 (d, J = 6,4 Hz, 2H), 2,53 - 2,49 (m, 3H), 2,26 (s, 3H), 2,13 (s l., 1H), 1,99 - 1,78 (m, 5H), 1,60 (s, 3H), 1,45 (d, J = 3,4 Hz, 1 H), 1,28 - 1,18 (m, 2H), 1,15 - 1,01 (m, 2H). Preparat din intermediarul 3 şi intermediarul 4 (Vârful 2)
Exemplul #3: (R)-7-clor-N-((6-clor-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-Z-(trans-4-(dimetilamino)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă
La o soluţie de acid (R)-7-clor-2-(trans-4-(dimetilamino)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilic (preparat conform procedeului descris în cererea de brevet US2017/0073335 A1) (48 mg, 0,1356 mmol) în Dimetilsulfoxid (0,5 mL) s-au adăugat trietilamină (56,6 µL, 0,407 mmol) şi O-(7-azabenzotriazol-1-il)-N,N,N',N'-hexafluorofosfat de tetrametiluroniu (41,2 mg, 0,108 mmol) la temperatura camerei. Deoarece formarea esterului activat a fost incompletă prin LCMS ([M+H]+ m/z: 368,2) după 5 min, a fost adăugat de două ori suplimentar O-(7-azabenzotriazol-1-il)-N,N,N',N'-hexafluorofosfat de tetrametiluroniu (16 mg, 0,042 mmol) în dimetilsulfoxid (1 mL). După finalizarea activării acidului, o suspensie de sare clorhidrat de 3-(aminometil)-6-clor-4-(metilsulfanil)-1,2-dihidropiridin-2-onă (65,3 mg, 0,271 mmol) şi trietilamină (56,6 µL, 0,407 mmol) s-a adăugat în dimetilsulfoxid (0,5 mL) la temperatura camerei. Amestecul de reacţie a fost încălzit la 60 °C timp de 45 de minute, apoi diluat cu diclormetan şi apă. Stratul organic a fost uscat folosind un filtru hidrofob şi concentrat la sec sub presiune redusă. Reziduul a fost purificat prin cromatografie rapidă [coloană cu silicagel KP-NH, gradient 0 până la 100% acetat de etil în heptan, apoi 0 până la 100% etanol în diclormetan, apoi 0 până la 100% metanol (cu 20% hidroxid de amoniu) în acetat de etil] pentru a da compusul din titlu (30 mg, randament 41%) ca un solid alb. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 540,5; găsit 540,2. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 6,89 (s, 1 H), 6,68 (s, 1 H), 4,50 (s, 2 H), 3,20 (tt, J= 3,2, 11,9 Hz, 1 H), 2,83 (s, 6H), 2,53 (s, 3H), 2,18 (s, 3H), 2,16 - 2,08 (m, 4H), 2,02 - 1,94 (m, 1H), 1,62 (s, 3H), 1,54 (dq, J= 3,4, 12,4 Hz, 2H), 1,47 - 1,37 (m, 2H).
Tabelul 2. Următorii compuşi au fost preparaţi într-un mod similar cu Exemplul 3 utilizând materialul de pornire adecvat.
Exemplu Structură Date analitice 4 (enantiomer R; izomer geometric trans) LCMS [M+H]+ m/z: calculat 520,2; găsit 520,3. 1H RMN (400 MHz, Dimetilsulfoxid-d6) δ 11,52 (s l., 1 H), 8,00 (t, J = 4,4 Hz, 1 H), 6,85 (s, 1 H), 6,08 (s, 1 H), 4,27 (d, J = 4,4 Hz, 2H), 3,57 (s, 1 H), 2,45 (s, 3H), 2,17 (s, 3H), 2,14 (s, 9H), 1,92 - 1,77 (m, 5H), 1,60 (s, 3H), 1,15 (t, J = 9,0 Hz, 4H) Preparat din intermediarul 1 5 (enantiomer R; izomer geometric trans) LCMS [M+H]+ m/z: calculat 521,2; găsit 521,2. RMN (400 MHz, Dimetilsulfoxid -d6) δ 12,60 - 12,19 (m, 2H), 8,05 (t, J = 4,4 Hz, 1 H), 6,87 (s, 1 H), 4,21 (d, J = 4,4 Hz, 2H), 2,47 (s, 3H), 2,29 (s, 2H), 2,19 - 2,12 (m, 9H), 2,09 (s, 1H), 1,94 - 1,76 (m, 5H), 1,60 (s, 3H), 1,15 (t, J = 9,5 Hz, 4H) Preparat din intermediarul 2
Exemplul #6 (Enantiomer 1): 7-clor-N-((6-clor-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2-(4-(dimetilamino))ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă
Etapa 1: Sinteza acid 7-clor-2,4-dimetil-2-(4-((3-(trifluormetil)oxetan-3-il)amino)ciclohexil)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilic
La o soluţie de metil 7-clor-2,4-dimetil-2-[4-{[3-(trifluormetil)oxetan-3-il]amino}ciclohexil]-2H-1,3-benzodioxol-5-carboxilat (Intermediarul 5 - Vârful 1) (81 mg, 0,174 mmol) în metanol (1 mL) s-a adăugat hidroxid de sodiu (72 mg, 1,79 mmol). Amestecul de reacţie s-a încălzit la 60 °C timp de 20 de minute, s-a răcit la 0 °C şi apoi s-a acidulat la pH = 2 cu acid clorhidric 1 M. Produsul dorit a fost apoi extras cu diclormetan (de trei ori) iar straturile organice combinate au fost uscate folosind un filtru hidrofob. Filtratul a fost concentrat la sec sub presiune redusă pentru a da compusul din titlu (70 mg, randament 89%) ca un solid alb, care a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 450,1; găsit 450,2.
Etapa 2: Sinteza perfluorfenil 7-clor-2,4-dimetil-2-(4-((3-(trifluormetil)oxetan-3-il)amino)ciclohexil)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat
La o soluţie de acid 7-clor-2,4-dimetil-2-(4-((3-(trifluormetil)oxetan-3-il)amino)ciclohexil)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilic (70 mg, 155 µmol) în diclormetan (0,5 mL) s-au adăugat piridină (24,9 µL, 310 µmol) şi 2,3,4,5,6-pentafluorofenil 2,2,2-trifluoracetat (39,8 µL, 232 µmol) la temperatura camerei. După 15 min, reacţia a fost concentrată sub presiune redusă pentru a da un amestec de compus din titlu şi produse secundare (68 mg, brut). Amestecul brut a fost utilizat în etapa următoare fără purificare suplimentară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 616,1; găsit 616,2.
Etapa 3: Sinteza 7-clor-2,4-dimetil-N-((6-metil-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2-(4)-((3-(trifluormetil)oxetan-3-il)amino)ciclohexil)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă
La o soluţie de 2,3,4,5,6-pentafluorfenil 7-clor-2,4-dimetil-2-[4-{[3-(trifluormetil)oxetan-3-il]amino}ciclohexil]-2H-1,3-benzodioxol-5-carboxilat (≤68 mg, ≤110 µmol) în N,N-dimetilformamidă (1 ml) s-a adăugat 3-(aminometil)-6-metil-4-(metilsulfanil)-1,2-dihidropiridin-2-onă (bază liberă) (30,4 mg, 0,165 mmol) şi N,N-diizopropiletilamină (0,1 mL, 574 µmol) la temperatura camerei. Reacţia a fost agitată la 50 °C timp de 30 de minute, apoi adăugată direct pe o coloană C18 pentru purificare prin cromatografie rapidă cu fază inversă (coloană C18, gradient 5 până la 50 % acetonitril în apă cu acid trifluoracetic 0,1%) pentru a da sarea acidului trifluoracetic a compusului din titlu. Sarea a fost dizolvată în diclormetan şi stratul organic a fost spălat cu o soluţie apoasă saturată de bicarbonat de sodiu. În cele din urmă, stratul organic a fost concentrat la sec sub presiune redusă pentru a da compusul din titlu (bază liberă) (42 mg, randament 62 %) sub formă de solid alb. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 616,19; găsit 616,3. 1H RMN (400 MHz, Cloroform-d) δ 12,62 - 12,44 (m, 1 H), 7,16 (t, J = 5,1 Hz, 1 H), 6,91 (s, 1 H), 6,04 (s, 1 H), 4,76 (s, 3H), 4,62 - 4,46 (m, 4H), 2,72 - 2,63 (m, 1 H), 2,49 (s, 3H), 2,32 (s, 3H), 2,27 (s, 3H), 1,92 (d, J= 5,9 Hz, 4H), 1,80 (s, 3H), 1,92 (d, J= 5,9 Hz, 4H), 1,80 (s, 3H), 1,60 (s, 3H), 1,36 - 1,10 (m, 6H).
Tabelul 3. Următorii compuşi au fost preparaţi într-un mod similar cu Exemplul 6 folosind materialul de pornire adecvat.
Exemplu Structură Date analitice 6 (Enantiomer 2) (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) LCMS [M+H]+ m/z: calculat 616,19; găsit 616,3. 1H RMN (400 MHz, Cloroform-d) δ 12,45 - 12,30 (m, 1 H), 7,14 (t, J = 5,4 Hz, 1 H), 6,91 (s, 1 H), 6,04 (s, 1 H), 4,75 (d, J = 7,3 Hz, 2H), 4,61 (s, 2H), 4,55 - 4,51 (m, 2H), 2,68 (t, J = 9,5 Hz, 1 H), 2,49 (s, 3H), 2,32 (s, 3H), 2,27 (s, 3H), 1,92 (d, J = 6,4 Hz, 4H), 1,83 (t, J = 11,7 Hz, 1 H), 1,61 (s, 3H), 1,35 - 1,12 (m, 6H). Preparat din intermediarul 1 şi intermediarul 5 (Vârful 2) 7 (Enantiomer 1) (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) LCMS [M+H]+ m/z: calculat 568,2; găsit 568,3. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 6,93 - 6,84 (m, 1 H), 6,27 (s, 1 H), 4,48 (s, 2H), 3,67 (br t, J = 12,0 Hz, 4H), 2,52 (s, 3H), 2,29 (s, 3H), 2,26 - 2,19 (m, 1H), 2,18 (s, 3H), 2,02 - 1,81 (m, 5H), 1,61 (s, 3H), 1,34 - 1,21 (m, 2H), 1,13 - 1,00 (m, 2H). Preparat din intermediarul 1 şi intermediarul 7 (Vârful 1) 7 (Enantiomer 2) (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) LCMS [M+H]+ m/z: calculat 568,2; găsit 568,3. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 6,89 (s, 1 H), 6,27 (s, 1 H), 4,49 (s, 2H), 3,61 (t, J = 12,0 Hz, 4H), 2,53 (s, 3H), 2,29 (s, 3H), 2,23 - 2,08 (m, 4H), 2,03 - 1,78 (m, 5H), 1,61 (s, 3H), 1,35 - 1,22 (m, 2H), 1,12-0,99 (m, 2H). Notă: Preparat din intermediarul 1 şi intermediarul 7 (Vârful 2)
Exemplul 8: 7-clor-N-((4-clor-6-metil-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2-(4-(3-ciclopropoxiazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă
Etapa 1: Sinteza metil 7-clor-2-(4-(3-ciclopropoxiazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat
O soluţie de 3-(ciclopropoxi)azetidină sare clorhidrat (1,9 g, 12,7 mmol) şi N,N-diizopropiletilamină (2,7 mL, 15,5 mmol) în metanol (10 mL) a fost agitată la temperatura camerei timp de 1 oră înainte de a se adăuga o altă soluţie de metil 7-clor-2,4-dimetil-2-(4-oxociclohexil)-1,3-benzodioxol-5-carboxilat (Intermediar 4 - Vârful 2) (860 mg, 2,54 mmol) în tetrahidrofuran (30 mL). Amestecul de reacţie a fost agitat la temperatura camerei timp de 1,5 ore apoi răcit la -70 °C. S-a adăugat borohidrură de litiu (120 mg, 5,51 mmol) şi reacţia a fost agitată la -70 °C timp de 30 de minute [sau până când s-a observat consumul complet al materiei prime prin TLC, acetat de etil/metanol 5:1]. Apoi, reacţia a fost stinsă cu o soluţie apoasă saturată de clorură de amoniu (100 ml) şi produsul dorit a fost extras cu acetat de etil (50 ml x 2). Straturile organice combinate au fost spălate cu saramură (30 mL), uscate pe sulfat de sodiu, filtrate şi concentrate la sec sub presiune redusă. Reziduul a fost purificat prin cromatografie rapidă (silicagel, gradient 50 până la 100% acetat de etil în eter de petrol) pentru a da compusul din titlu (760 mg, randament 65%, puritate 95%) sub formă de ulei galben. LCMS [M+H]+ m/z: calculat. 436,1; găsit 436,0.
Etapa 2: Sinteza acidului 7-clor-2-(4-(3-ciclopropoxiazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilic
La o soluţie de metil 7-clor-2-(4-(3-ciclopropoxiazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilat (760 mg, 1,74 mmol) în metanol (15 mL) şi apă (3 mL) s-a adăugat hidroxid de litiu hidrat (962 mg, 22,93 mmol). Reacţia a fost agitată la 70 °C timp de 15 ore. apoi concentrat sub presiune redusă. S-a adăugat apă (15 ml) şi pH-ul a fost ajustat la 6 cu o soluţie apoasă saturată de acid citric la 0°C. Produsul dorit a fost extras cu un amestec 10:1 de diclormetan şi izopropanol (30 ml x 3). Straturile organice combinate au fost spălate cu saramură (150 ml x 2), uscate pe sulfat de sodiu, filtrate şi concentrate la sec sub presiune redusă pentru a da compusul din titlu (720 mg, brut) ca un solid galben, care a fost utilizat în următorul pas fără purificare ulterioară. LCMS [M+H]+ m/z: calculat. 422,1; găsit 422,0.
Etapa 3: Sinteza 7-clor-N-((4-clor-6-metil-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2-(4-(3-ciclopropoxiazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă
La o soluţie de acid 7-clor-2-[4-[3-(ciclopropoxi)azetidin-1-il]ciclohexil]-2,4-dimetil-1,3-benzodioxol-5-carboxilic (360 mg, 0,853 mmol) în N,N-dimetilformamidă (4 mL) s-au adăugat O-(7-azabenzotriazol-1-il)-N,N,N',N'-hexafluorofosfat de tetrametiluroniu (500 mg, 1,31 mmol) şi N,N-diizopropiletilamină (1 ml, 5,74 mmol). Amestecul a fost agitat la 15°C timp de 30 min înainte de a fi adăugată 3-(aminometil)-4-clor-6-metil-1H-piridin-2-onă sare clorhidrat (Intermediarul 6) (250 mg, 1,2 mmol). Amestecul de reacţie a fost agitat la 15 °C timp de încă 4 ore apoi filtrat. Filtratul a fost purificat prin HPLC preparativă [Coloană: Waters Xbridge (150 mm x 25 mm, 5 µm). Faza mobilă A: apă (0,05% hidroxid de amoniac v/v/Faza mobilă B: acetonitril. Gradient (65 până la 55% faza mobilă A/35 până la 65% faza mobilă B, timp de 9,5 min). Temperatura coloanei: 30 °C] pentru a da compusul din titlu (209 mg, randament 42%) ca un solid alb [M+H].+ m/z: calculat, 576,2; găsit 576,2. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 6,90 (s, 1 H), 6,30 (s, 1 H), 4,52 (s, 2H), 4,22 (cvin., J= 6,0 Hz, 1 H), 3,61 (dd, J = 6,4, 8,6 Hz, 2H), 3,31 - 3,25 (m, 1 H), 2,99 (dd, J= 6,3, 8,4 Hz, 2H), 2,28 (s, 3H), 2,20 (s, 3H), 2,12 - 2,04 (m, 1 H), 1,99 - 1,85 (m, 5H), 1,62 (s, 3H), 1,33 - 1,24 (m, 5H), 2H), 1,06 - 0,95 (m, 2H), 0,56 - 0,51 (m, 2H), 0,51 - 0,44 (m, 2H).
Tabelul 4. Următorii compuşi au fost preparaţi într-un mod similar cu Exemplul 8 utilizând materialul de pornire adecvat
Exemplu Structură Date analitice 9 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) LCMS [M+H]+ m/z: calculat 588,2; găsit 588,2. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 6,91 (s, 1 H), 6,29 (s, 1 H), 4,53 (s, 2 H), 4,26 - 4,17 (m, 1 H), 3,69 - 3,59 (m, 2H), 3,30 - 3,24 (m, 1 H), 3,06 - 2,94 (m, 2H), 2,54 (s, 3H), 2,31 (s, 3H), 2,21 (s, 3H), 2,10 - 2,02 (m, 1H), 1,99 - 1,80 (m, 5H), 1,62 ( s, 3H), 1,35 - 1,18 (m, 2H), 1,08 - 0,93 (m, 2H), 0,58 - 0,50 (m, 2H), 0,50 - 0,42 (m, 2H). Preparat din intermediarul 1 şi intermediarul 4 (Vârful 2) 10 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) LCMS [M+H]+ m/z: calculat 599,2; găsit 599,1. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 6,92 (s, 1 H), 6,40 (t, J = 76 Hz, 1 H), 4,73 (t, J = 8 Hz, 1 H), 4,43 (s, 2H), 3,68 - 3,64 (m, 2H), 3,18 - 3,14 (m, 2H), 2,57 (s, 3H), 2,40 (s, 3H), 2,21 (s, 3H), 2,14 - 2,09 (m, 1 H), 1,97 - 1,83 (m, 5H), 1,62 (s, 3H), 1,32 - 1,23 (m, 2H), 1,05 - 0,95 (m, 2H). Preparat din intermediarul 2 şi intermediarul 4 (Vârful 2) 11 (izomer geometric 1) LCMS [M+H]+ m/z: calculat 580,2; găsit 580,2. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 6,91 (s, 1 H), 6,29 (s, 1 H), 4,82 - 4,79 (m, 1 H), 4,68 (s, 1 H), 4,55 (dd, J = 4,0, 6,4 Hz, 2H), 4,52 - 4,46 (m, 4H), 2,63 (br t, J = 10,8 Hz, 1 H), 2,55 (s, 3H), 2,31 (s, 3H), 2,21 (s, 3H), 1,94 (br d, J = 13,2 Hz, 2H), 1,89 - 1,80 (m, 3H), 1,62 (s, 3H), 1,31 (q, J = 12,0 Hz, 2H), 1,25 - 1,15 (m, 2H). Preparat din intermediarul 1 şi intermediarul 4 (Vârful 2) 11 (izomer geometric 2) LCMS [M+H]+ m/z: calculat 580,2; găsit 580,1. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 6,91 (s, 1 H), 6,30 (s, 1 H), 4,75 (s, 1 H), 4,63 (s, 1 H), 4,62 - 4,59 (m, 2H), 4,52 - 4,47 (m, 4H), 3,06 ( s l, 1 H), 2,55 (s, 3H), 2,31 (s, 3H), 2,22 (s, 3H), 1,91 (br d, J = 10,4 Hz, 1 H), 1,68 (br d, J = 8,4 Hz, 4H), 1,65 (s, 5H), 1,61 (s l, 1 H), 1,57 (s l, 1 H). Preparat din intermediarul 1 şi intermediarul 4 (Vârful 2) 12 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) LCMS [M+H]+ m/z: calculat 572,2; găsit 571,9. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 6,89 (s, 1 H), 6,27 (s, 1 H), 4,96 - 5,23 (m, 1 H), 4,48 (s, 2H), 3,54 - 3,69 (m, 2H), 3,18 - 3,30 (m, 2H), 2,52 (s, 3H), 2,29 (s, 3H), 2,19 (s, 3H), 2,06 - 2,15 (m, 1 H), 1,80 - 1,98 (m, 5H), 1,61 (s, 3H), 1,19 - 1,32 ( m, 2H), 0,93 - 1,05 (m, 2H). Preparat din intermediarul 1 şi intermediarul 4 (Vârful 2) 13 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) LCMS [M+H]+ m/z: calculat 586,2; găsit 586,1. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 6,90 (s, 1 H), 6,40 (t, J = 76 Hz, 1 H), 6,30 (s, 1 H), 4,73 (t, J = 8 Hz, 1 H), 4,53 (s, 2H), 3,68 - 3,64 (m, 2H), 3,18 - 3,14 (m, 2H), 2,28 (s, 3H), 2,20 (s, 3H), 2,15 - 2,08 ( m, 1 H), 1,97 - 1,83 (m, 5H), 1,63 (s, 3H), 1,35 - 1,23 (m, 2H), 1,05 - 0,90 (m, 2H). Preparat din intermediarul 6 şi intermediarul 4 (Vârful 2)
Exemplul 14: (R)-7-clor-2,4-dimetil-N-((6-metil-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2-(1-(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă şi (S)-7-clor-2,4-dimetil-N-((6-metil-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2-(1-(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă
Etapa 1: Sinteza 7-clor-2,4-dimetil-N-((6-metil-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2-(1-(2),2,2-trifluoretil)piperidin-4-il)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă
La o soluţie de 2,3,4,5,6-pentafluorfenil 7-clor-2,4-dimetil-2-[1-(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il]-2H-1,3-benzodioxol-5-carboxilat (Intermediar 8) (752 mg, 1,34 mmol) în dimetilsulfoxid (4 mL) s-au adăugat 3-(aminometil)-6-metil-4-(metilsulfanil)-1,2-dihidropiridin-2-onă (Intermediar 1) (740 mg, 4,02 mmol) şi N,N-diizopropiletilamină (932 µL, 5,36 mmol). Amestecul de reacţie a fost încălzit la 60 °C şi după 1 oră adăugat pe o coloană C18 pentru purificare. Produsul dorit a fost purificat de două ori prin cromatografie rapidă cu fază inversă (coloană C18, gradient de la 0 la 100% acetonitril în apă cu 0,1% acid trifluoracetic) pentru a da compusul din titlu (289 mg, randament 38%) ca un amestec racemic sub formă de gumă.
Etapa 2: Separarea (R)-7-clor-2,4-dimetil-N-((6-metil-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2-(1-(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă şi (S)-7-clor-2,4-dimetil-N-((6-metil-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2-(1-(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il)benzo[d] [1,3]dioxol-5-carboxamidă
Amestecul racemic 7-clor-2,4-dimetil-N-((6-metil-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2-(1-(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă (289 mg) a fost separat prin SFC preparativă [Coloană: ChromegaChiral CC4 de la ES Industries (250 mm × 20 mm ID). Faza mobilă A: CO2/Faza mobilă B: 0,25% izopropilamină în metanol. Izocratic (55% faza mobilă A şi 45% faza mobilă B). Debit: 80 g/min. Temperatura coloanei: 25 °C]. Metoda analitică SFC: Coloană: Chiralcel OX-H de la Chiral Technologies (100 mm × 4,6 mm I.D.). Faza mobilă A: CO2/Faza mobilă B: 0,1% izopropilamină în metanol. Izocratic (75% faza mobilă A şi 25% faza mobilă B). Debit: 4 ml/min. Temperatura coloanei: 40 °C. Exemplul 16 (Enantiomer 1) (enantiomer/eutomer dorit): Timp de retenţie = 3,74 min (metoda analitică SFC). Recuperare = 90 mg, 12% randament, 99% ee (solid galben). LCMS [M+H]+ m/z: calculat 560,2; găsit 560,2. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 6,89 (s, 1 H), 6,27 (s, 1 H), 4,49 (s, 2H), 3,08 - 2,98 (m, 4H), 2,52 (s, 3H), 2,34 (larg, J= 11,0 Hz, 2H), 2,29 (s, 3H), 2,20 (s, 3H), 1,93 - 1,84 (m, 1 H), 1,83 - 1,76 (m, 2H), 1,62 (s, 3H), 1,60 - 1,47 (m, 2H,). Exemplul 16 (Enantiomer 2) (enantiomer/distomer nedorit): Timp de retenţie = 4,25 min (metoda analitică SFC). Recuperare = 101 mg g, 13% randament, 98% ee, (solid galben). LCMS [M+H]+ m/z: calculat 560,2; găsit 560,2. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 6,89 (s, 1 H), 6,27 (s, 1 H), 4,49 (s, 2H), 3,08 - 2,98 (m, 4H), 2,52 (s, 3H), 2,34 (larg, J= 11,0 Hz, 2H), 2,29 (s, 3H), 2,20 (s, 3H), 1,93 - 1,84 (m, 1 H), 1,83 - 1,76 (m, 2H), 1,62 (s, 3H), 1,60 - 1,47 (m, 2H).
Exemplul 15: 7-clor-N-((4-clor-6-metil-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2-(4-(3-metoxiazetidin-1-il) ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă
La o soluţie de acid 7-clor-2-(4-(3-metoxiazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilic (900 mg, 2,27 mmol) în N,N-dimetilformamidă (5 mL) s-au adăugat O-(7-azabenzotriazol-1-il)-N,N,N',N'-hexafluorofosfat de tetrametiluroniu (1,04 g, 2,73 mmol) şi N,N-diizopropiletilamină (2,38 mL, 13,6 mmol). Amestecul a fost agitat la 25°C timp de 30 de minute înainte de a fi adăugată 3-(aminometil)-4-clor-6-metil-1H-piridin-2-onă sare clorhidrat (Intermediarul 6) (710 mg, 3,4 mmoli). Amestecul de reacţie a fost agitat la temperatura camerei timp de încă 1,5 ore apoi filtrat. Filtratul a fost purificat prin HPLC preparativă de două ori [Coloană: YMC-Actus Triart C18 (100 mm x 30 mm, 5 µm). Faza mobilă A: apă (0,05% acid clorhidric)/Faza mobilă B: acetonitril. Gradient (85 până la 55% faza mobilă A/15 până la 45% faza mobilă B, timp de 10 min). Temperatura coloanei: 30 °C şi Coloana: Xtimate C18 (150 mm × 25 mm, 5 µm). Faza mobilă A: apă (0,05% hidroxid de amoniac v/v)/Faza mobilă B: acetonitril. Gradient (69 până la 39% faza mobilă A/31 până la 61% faza mobilă B, timp de 7 min). Temperatura coloanei: 30°C] pentru a da compusul din titlu (533 mg, randament 43%, puritate >99%) ca un solid alb. LCMS [M+H]+ m/z: calculat 550,2; găsit 550,1. 1H RMN (400 MHz, Cloroform-d) δ 11,97 (br, 1 H), 7,06 - 7,03 (m, 1 H), 6,88 (s, 1 H), 6,19 (s, 1 H), 4,65 (d, J= 6,0 Hz, 2 H), 4,05 - 4,01 (m, 1 H), 3,66 - 3,62 (m, 2H), 3,25 (s, 3H), 2,93 - 2,90 (m, 2H), 2,28 (s, 3H), 2,25 (s, 3H), 1,93 - 1,81 (m, 6H), 1,60 (s, 3H), 1,25 - 1,02 (m, 4H).
Exemplul 16: (R)-7-clor-N-((4-clor-6-metil-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2,4-dimetil-2-(l -(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă şi (S)-7-clor-N-((4-clor-6-metil-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2,4-dimetil-2-(1-(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă
Etapa 1: Sinteza 7-clor-N-((4-clor-6-metil-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2,4-dimetil-2-(1-( 2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il)benzo[d][1,3] dioxol-5-carboxamidă
La o soluţie de 2,3,4,5,6-pentafluorfenil 7-clor-2,4-dimetil-2-[1-(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il]-2H-1,3-benzodioxol-5-carboxilat (Intermediar 8) (188 mg, 0,3358 mmol) în dimetilsulfoxid (1 mL) s-au adăugat 3-(aminometil)-4-clor-6-metil-1,2-dihidropiridin-2-onă sare clorhidrat (Intermediar 6) (70,2 mg, 0,336 mmol) şi N,N-diizopropiletilamină (233 µL, 1,34 mmol). Amestecul de reacţie a fost încălzit la 60 °C şi după 1 oră s-a adăugat pe o coloană C18 pentru purificare. Produsul dorit a fost purificat de două ori prin cromatografie rapidă în fază inversă (coloană C18, gradient 0 până la 100% acetonitril în apă cu 0,1% acid trifluoracetic) pentru a da compusul din titlu (180 mg, randament 98%) ca un amestec racemic sub formă de gumă.
Etapa 2: Separare (R)-7-clor-N-((4-clor-6-metil-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2,4-dimetil-2-(1-(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă şi (S)-7-clor-N-((4-clor-6)-metil-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2,4-dimetil-2-(1-(2,2,2-trifluoretil)piperidin-4-il)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă
Amestecul racemic 7-clor-N-((4-clor-6-metil-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)-2,4-dimetil-2-(1-(2),2,2-trifluoretil)piperidin-4-il)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă (180 mg) a fost dizolvată prin SFC preparativă [Coloană: ChromegaChiral CC4 de la ES Industries (250 mm×20 mm I.D.). Faza mobilă A: CO2/Faza mobilă B: 0,25% izopropilamină în metanol. Izocratic (65% faza mobilă A şi 35% faza mobilă B). Debit: 80 g/min. Temperatura coloanei: 25 °C]. Metoda analitică SFC: Coloană: Chiralcel OZ-H de la Chiral Technologies (100 mm×4,6 mm I.D., xxµm). Faza mobilă A: CO2/Faza mobilă B: 0,1% izopropilamină în metanol. Izocratic (65% faza mobilă A şi 35% faza mobilă B). Debit: 4 ml/min. Temperatura coloanei: 40 °C. Exemplul 17 (Enantiomer 1) (enantiomer/eutomer dorit): Timp de retenţie = 0,73 min (metoda analitică SFC). Recuperare = 61 mg, 33% randament, 100% ee (solid galben). Exemplul 17 (Enantiomer 2) (enantiomer/distomer nedorit): Timp de retenţie = 0,98 min (metoda analitică SFC). Recuperare = 63 mg, randament 34%, 97 ee, (solid galben). LCMS [M+H]+ m/z: calculat 548,1; găsit 548,2. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 6,89 (s, 1 H), 6,29 (s, 1 H), 4,52 (s, 2H), 3,04 (q, J= 9,8 Hz, 4H), 2,35 (br t, J = 11,0 Hz, H), 2,27 (s, 3H), 2,19 (s, 3H), 1,95 - 1,85 (m, 1 H), 1,85 - 1,75 (m, 2H), 1,63 (s, 3H), 1,62 - 1,50 ( m, 2H).
Exemplul 17: 7-clor-2-(4-(3-metoxiazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetil-N-((6-metil-4-(metiltio)-2-oxo-1,2-dihidropiridin-3-il)metil)benzo[d][1,3]dioxol-5-carboxamidă
La o soluţie de acid 7-clor-2-(4-(3-metoxiazetidin-1-il)ciclohexil)-2,4-dimetilbenzo[d][1,3]dioxol-5-carboxilic (Intermediarul 9 - un singur enantiomer şi izomer geometric) (5 g, 12,63 mmoli) în N,N-dimetilformamidă (50 ml) s-au adăugat O-(7-azabenzotriazol-1-il)-N,N,N',N'-hexafluorofosfat de tetrametiluroniu (5,7 g), 14,99 mmol) şi N,N-diizopropiletilamină (11 mL, 63,15 mmol). Amestecul a fost agitat la 20 °C timp de 30 de minute înainte de a fi adăugată 3-(aminometil)-6-metil-4-(metiltio)piridin-2(1H)-onă sare clorhidrat (Intermediarul 1) (4,2 g, 19,03 mmoli). Amestecul de reacţie a fost agitat la temperatura camerei timp de încă 1,5 ore apoi filtrat. Filtratul a fost purificat prin HPLC preparativă [Coloană: Phenomenex Gemini C18 (250 mm x 50 mm, 10 µm). Faza mobilă A: apă (hidroxid de amoniu 0,04% v/v şi bicarbonat de amoniu 10 mM)/Faza mobilă B: acetonitril. Gradient (75 până la 44% faza mobilă A/25 până la 56% faza mobilă B, timp de 23 min). Temperatura coloanei: 30 °C] pentru a da compusul din titlu (4,4 g, randament 60%, puritate 96% ca solid alb. LCMS [M+H]+ m/z: calculat, 562,2; găsit 562,2. 1H RMN (400 MHz, Metanol-d4) δ 6,91 (s, 1 H), 6,29 (s, 1 H), 4,50 (s, 2 H), 4,01 (cvin., J= 6 Hz, 1 H), 3,58 (dd, J = 8,8, 6,4 Hz, 2H), 3,26 (s, 3H), 2,92 - 3,02 (m, 2H), 2,54 (s, 3H), 2,31 (s, 3H), 2,21 (s, 3H), 2,01 - 2,11 ( m, 1 H), 1,79 - 2,00 (m, 5H), 1,62 (s, 3H), 1,19 - 1,34 (m, 2H), 0,91 - 1,08 (m, 2H).
Teste EZH2
Măsurători IC50 pentru Inhibitori care Utilizează EZH2
Test biochimic EZH2 (IC50): Activităţile compusului au fost evaluate prin încorporarea 3H-SAM într-o peptidă H3 biotinilată. În mod specific, 30 pM PRC2 care conţine EZH2 în greutate (complex pentameric preparat intern) a fost pre-incubat cu 450 nM SAM, 450 nM 3H-SAM, µM peptidă activator H3K27me3 2 (H2N-RKQLATKAAR(Kme3)SAPATGGVKKP-amidă) şi compuşi (ca titrări de răspuns la doză duplicat în 10 puncte în DMSO, test final 0,8% DMSO (v/v)) timp de 3-5 ore în 50 mM Tris (pH 8,5), 1 mM DTT, 0,07 mM Brij-35, 0,1% BSA şi 0,8% DMSO într-un volum total de 12,5 µl. Reacţia a fost iniţiată cu peptida substrat H3 biotinilat (H2N-RKQLATKAAR(Kmel)SAPATGGVKKP-NTPEGBiot) ca stoc de 2 µM în 12,5 µl tampon şi lăsată să reacţioneze la temperatura camerei timp de 18-22 ore. Stingerea a fost realizată prin adăugarea a 20 µl de soluţie STOP (50 mM Tris (pH 8,5), 200 mM EDTA, 2 mM SAH). 35 µl de soluţie stinsă au fost transferaţi pe FlashPlates acoperite cu streptavidină (PerkinElmer), incubate 1-2 ore, spălate şi citite într-un cititor TopCount (PerkinElmer). Valorile IC50 au fost calculate în Genedata Screener folosind corelări neliniare cu cel puţin patru parametri, unde cei patru parametri au fost IC50, panta ascendentă, linia de bază pre-tranziţională (0% INH) şi linia de bază post-tranziţională (100% INH).
Măsurători EC50 pentru Inhibitori în Teste cu Celule HeLa
Testul H3K27me3 Alpha Hela (AlphaLISA). Zece doze diferite din fiecare compus de testat (într-o serie de diluţii de trei ori) au fost placate în plăci duplicat cu 384 de godeuri tratate cu cultură de ţesut (Catalog # 6007680; Perkin Elmer, Waltham, MA). Celulele HeLa crescute în cultură au fost tripsinizate şi numărate folosind un contor de celule Contess® (Catalog # C10281; Life Technologies, Grand Island, NY). Celulele au fost diluate la 67.000 de celule per ml în 10% DMEM (nr. catalog 10569-010 Life Technologies, Grand Island, NY) şi 15 µL (1.000 de celule) au fost placate în fiecare godeu folosind Selectorul Dozator Biotek MicroFlo™ (BioTek Instruments, Inc. Vermont, SUA) din placa cu 384 de godeuri. Plăcile au fost incubate la 37°C/5% CO2 timp de 72 de ore. Una dintre plăcile duplicat a fost procesată pentru testarea HeLa, iar cealaltă pentru viabilitate. S-au adăugat 5 µL de tampon de liză Cell-Histone Liyis Buffer (1 X) (Catalog # AL009F1 Perkin Elmer; Waltham, MA) per godeu la placa procesată pentru AlphaLISA şi placa a fost incubată la temperatura camerei timp de 30 de minute pe un agitator de plăci cu viteză mică (Model # 4625-Q Thermo Scientific, Waltham, MA). Apoi, s-au adăugat 10 µl per godeu tampon de Extraction Histone Buffer (număr de catalog AL009F2; Perkin Elmer; Waltham, MA) şi placa a fost incubată în continuare la temperatura camerei timp de 20 de minute pe un agitator cu plăci cu viteză mică. Apoi, în fiecare godeu s-au adăugat 10 µl amestec 5 X de granule acceptor anti-K27me3 plus anticorp - Biotinylated anti-Histone (C-ter) Anticorp (diluat până la 3 nM final) (Catalog #AL118 Perkin Elmer; Waltham, MA). Diluarea granulelor acceptor şi a H3 anti-Histonă a fost realizată în tampon de detectare a histonelor - Histone Detector 1 X (Catalog # AL009F3 Perkin Elmer; Waltham, MA) care a fost produs prin diluarea stocului de 10 X furnizat. Placa a fost sigilată cu un dispozitiv de etanşare a plăcilor de aluminiu şi incubată la 23°C timp de 60 de minute. Apoi, s-au adăugat 10 µL soluţie 5 X de granule donor de streptavidină - Streptavidin Donor (Catalog #6760002 Perkin Elmer; Waltham, MA) (20 µg/mL final în tampon Hisone Detection Buffer 1 X), = placa a fost sigilată cu dispozitiv de etanşare cu plăci de aluminiu şi incubată la 23°C timp de 30 °C. min. Plăcile au fost apoi citite folosind un cititor EnVision-Alpha Reader (model # 2104 Perkin Elmer; Waltham, MA).
Viabilitatea celulară a fost testată prin adăugarea a 15 µL de Cell Titer Glo ((Catalog #G9241 Promega Madison, WI) în fiecare godeu cu celule cu mediu. Plăcile au fost incubate la temperatura camerei timp de 15 - 20 minute pe un agitator de plăci la viteză mică. plăcile au fost apoi citite folosind un cititor EnVision-Alpha (modelul # 2104 Perkin Elmer; Waltham, MA).
Măsurători GI50 pentru Inhibitori în Teste de Viabilitate Karpas-422
Liniile celulare Karpas-422 au fost obţinute de la DSMZ (Braunschweig, Germania) şi au fost crescute în mediu RPMI-1640. Toate mediile au conţinut 10% ser fetal bovin (FBS) şi 1% penicilină/streptomicină (Invitrogen). 20K celule per godeu au fost placate pe plăci cu 96 de godeuri acoperite cu compus. Celulele au fost împărţite şi însămânţate la densitatea iniţială de placare (pe baza numărului de godeuri DMSO) la fiecare 4 zile în plăci care conţineau inhibitori proaspeţi de EZH2. Numerele relative de celule au fost evaluate prin testul de viabilitate a celulelor luminiscente Cell Titer-Glo (Promega) în ziua 8. GraphPad Prism 5 a fost utilizat pentru ajustarea curbei şi valorile GI50 au fost raportate. Datele sunt prezentate în Tabelul 5.
Tabelul 5.
Exemplu IC50 EZH2 (pM) EC50 HeLa (nM) GI50 Karpas-422 (nM) Exemplul 1 (un singur enantiomer, un singur izomer geometric) 91 0,52 3,9 Exemplul 2 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) 1,500 15 250 Exemplul 3 370 2,4 29 Exemplul 4 (enantiomer R; izomer geometric trans) 38 0,51 4,0 Exemplul 5 (enantiomer R; izomer geometric trans) 54 3,6 22 Exemplul 6 - Enantiomerul 1 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) 1,800 39 720 Exemplul 6 - Enantiomerul 2 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) 140 4,2 53 Exemplul 7 - Enantiomerul 1 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) 8,600 Exemplul 7 - Enantiomerul 2 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) 120 12 Exemplul 8 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) 39 0,52 5,0 Exemplul 9 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) 54 0,61 3,7 Exemplul 10 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) 202 1,9 20 Exemplul 11 (un singur enantiomer; izomer geometric 1) 140 1,3 8,6 Exemplul 11 (un singur enantiomer; izomer geometric 2) 180 1,7 Exemplul 12 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) 92 0,59 4,4 Exemplul 13 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) 84 0,81 9,7 Exemplul 14 - Enantiomer 1 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) 37 1,4 Exemplul 14 - Enantiomerul 2 (un singur enantiomer) 7,000 210 Exemplul 16 - Enantiomer 1 (un singur enantiomer) 310 22 (un singur enantiomer) > 10,000 >300 Exemplul 17 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) 43 0,33 3,5
Măsurătorile Timpului de Retenţie
Testul timpului de retenţie EZH2: Timpii de retenţie ai compusului au fost evaluaţi prin monitorizarea recuperării activităţii enzimatice după o diluţie de 100 de ori a complexului preformat de enzimă-inhibitor (reacţie de diluare) şi comparându-l cu activitatea unui control nediluat cu aceleaşi concentraţii finale ale tuturor reactivilor (reacţie de control). Activitatea enzimatică a fost măsurată prin încorporarea 3H-SAM într-o peptidă H3 biotinilată. Pentru reacţia de diluare, PRC2 20 nM care conţine EZH2 în greutate (complex pentameric preparat intern) a fost pre-incubat cu peptidă activator 1 µM (H2N-RKQLATKAAR(Kme3)SAPATGGVKKP-amidă) şi compus la 600 de ori valoarea sa Ki timp de 2 ore în 40 µL tampon (50 mM Tris pH 8,5, 4 mM DTT, 1 mM MgCl2, 0,07 mM Brij-35 şi 0,1 mg/mL BSA), apoi s-a diluat de 100 de ori şi reacţia a fost iniţiată prin transferul a 1,4 µL la un volum de 138,6 µL de tampon care conţine 1 µM peptidă activator, 5,05 µM peptidă substrat (H2N-RKQLATKAARKSAPATGGVKKP-NTPEGbiot), 1,01 µM SAM şi 1,01 µM 3H-SAM. Pentru reacţia de control, 0,202 nM PRC2 a fost pre-incubat cu 1 pM peptidă activator, 1,01 pM SAM, 1,01 µM 3H-SAM şi compus la 6,06 ori Ki-ul său timp de 2 ore în 138,6 µL de tampon, apoi reacţia a fost iniţiată prin adăugarea a 1,4 µE 500 µM peptidă substrat în apă. Reacţiile au fost stinse la diferite momente de timp care se întind până la 10 ore, prin transferarea alicotelor de 8 µL din vasul de reacţie pe o placă care conţine 8 µL per godeu de soluţie STOP (50 mM Tris pH 8,5, 200 mM EDTA, 2 mM SAH). După ultimul moment de timp, 12 µL soluţii stinse au fost transferaţi pe o placă FlashPlate acoperită cu streptavidină (PerkinElmer) care conţine 40 µL per godeu de soluţie STOP, incubate 1-8 ore, spălate şi citite într-un cititor de plăci TopCount (PerkinElmer).
A fost folosit un script personalizat pentru a corela datele de control privind progresul reacţiei la o linie dreaptă şi datele de progres al reacţiei de diluare:
Unde y este produsul format, t este timpul de reacţie, vi este viteza iniţială, vs este viteza în regim de echilibru şi kobs este constanta de viteză pentru trecerea de la faza de viteză iniţială a curbei la faza de viteză în regim de echilibru a curbei. În ajustarea datelor de progres a reacţiei de diluare, vs a fost constrâns la panta liniei adaptate la datele de progres a reacţiei de control. Valoarea corelată a kobs a fost apoi transformată în timp de retenţie:
Unde τ este timpul de retenţie, Ki este constanta de inhibiţie, [EI] este concentraţia de echilibru calculată a complexului enzimă-inhibitor, [E] este concentraţia de echilibru calculată a enzimei libere şi [I] este concentraţia de echilibru calculată a inhibitorului liber.
Măsurători de Permeabilitate Celulară pentru Inhibitori în Testul MDCK
Cultură de celule: Celulele MDCK II (obţinute de la Piet Borst de la Netherlands Cancer Institute) au fost însămânţate pe membrane de polietilenă (PET) în sisteme de inserţie BD cu 96 de godeuri la 2,5 × 105 celule/mL până la 4-7 zile pentru formarea monostratului de celule confluente.
Procedura experimentala: Compuşii de testare şi de referinţă (nadolol, metoprolol şi digoxină) au fost diluaţi cu tampon de transport (HBSS cu 10 mM Hepes, pH 7,4) din soluţia stoc la o concentraţie de 2 µM (<1% DMSO) şi aplicaţi pe partea apicală (A) sau partea bazolaterală (B) a monostratului celular. Permeabilitatea compuşilor de testat din direcţia A la B sau B la A a fost determinată în duplicat cu inhibitor P-gp (GF120918, 10 µM). Digoxina a fost testată şi la 10 µM din direcţia A la B sau B la A cu/fără inhibitor P-gp (GF120918, 10 µM), în timp ce nadolol şi metoprolol au fost testate la 2 µM în direcţia A la B fără inhibitor P-gp (GF120918, 10 µM) în duplicat. Placa a fost incubată timp de 2,5 ore în incubator CO2 la 37±1°C, cu 5% CO2 la umiditate saturată fără agitare. În plus, a fost determinat şi raportul de eflux al fiecărui compus. Compuşii de testare şi de referinţă au fost cuantificaţi prin analiză LC/MS/MS pe baza raportului aria de vârf analit/IS. După testul de transport, testul de respingere a Galbenului Lucifer este aplicat pentru a determina integritatea monostratului celular. Tampoanele sunt îndepărtate din ambele camere apicale şi bazolaterale, urmate de adăugarea a 75 µl Galben Lucifer 100 µM în tampon de transport şi a 250 µl tampon de transport în camerele apicale şi, respectiv, bazolaterale. Placa este incubată timp de 30 de minute la 37°C cu 5% CO2 şi 95% umiditate relativă fără agitare. După 30 de minute de incubare, se prelevează 20 µL probe de Galben Lucifer din părţile apicale, urmate de adăugarea a 60 µL de tampon de transport. Şi apoi se prelevează 80 µL probe de Galben Lucifer din părţile bazolaterale. Unitatea de fluorescenţă relativă (RFU) a Galbenului Lucifer este măsurată la 425/528 nm (excitaţie/emisie) cu un cititor de plăci Molecular Device M2e.
Analiza datelor: Coeficientul de permeabilitate aparent Pap (cm/s) a fost calculat folosind ecuaţia:
Unde dCr/dt este concentraţia cumulativă de compus în camera receptorului în funcţie de timp (µM/s); Vr este volumul soluţiei din camera receptor (0,075 mL pe partea apicală, 0,25 mL pe partea bazolaterală); A este suprafaţa pentru transport, adică 0,0804 cm2 pentru suprafaţa monostratului; C0 este concentraţia iniţială în camera donor (µM).
Raportul de eflux a fost calculat folosind ecuaţia:
Recuperarea procentuală a fost calculată folosind ecuaţia:
Unde Vd este volumul din camerele donor (0,075 mL pe partea apicală, 0,25 mL pe partea bazolaterală); Cd şi Cr sunt concentraţiile finale ale compusului de transport în camerele donor şi, respectiv, receptor.
Procentul de Galben Lucifer din godeul bazolateral este calculat folosind ecuaţia:
unde RFUApical şi RFUBazolateral sunt valorile relative ale unităţii de fluorescenţă ale Galbenului Lucifer în godeurile apicale şi, respectiv, bazolaterale; VApical şi VBazolateral sunt volumul godeurilor apicale şi bazolaterale (0,075 mL şi, respectiv, 0,25 mL). Procentul de Galben Lucifer ar trebui să fie mai mic de 2. Datele sunt prezentate în Tabelul 6.
Tabelul 6
Exemplu Timp de retenţie EZH2 (ore) Permeabilitate celulară (10-6 cm/s)/ Raport de Eflux Exemplul 1 (un singur enantiomer, un singur izomer geometric) >100 5,6/0,79 Exemplul 3 3,7/1,2 Exemplul 4 (enantiomer R; izomer geometric trans) 0,62/2,3 Exemplul 5 (enantiomer R; izomer geometric trans) 1,1/3,6 Exemplul 7 - Enantiomer 2 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) 33 12/0,71 Exemplul 8 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) >100 6,1/0,9 Exemplul 9 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) >100 3,8/1,4 Exemplul 10 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) 37 6,5/0,69 Exemplul 11 (un singur enantiomer; izomer geometric 1) 5,3/1,3 Exemplul 12 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) >100 6,3/1,2 Exemplul 13 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) 48 8,9/0,64 Exemplul 14 - Enantiomer 2 (un singur enantiomer) 13/0,56 Exemplul 17 (un singur enantiomer; un singur izomer geometric) >100 2,5/1,8