JPH10510982A - 自己消光性蛍光プローブと方法 - Google Patents

自己消光性蛍光プローブと方法

Info

Publication number
JPH10510982A
JPH10510982A JP8516321A JP51632196A JPH10510982A JP H10510982 A JPH10510982 A JP H10510982A JP 8516321 A JP8516321 A JP 8516321A JP 51632196 A JP51632196 A JP 51632196A JP H10510982 A JPH10510982 A JP H10510982A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
molecule
probe
oligonucleotide
quenching
notification
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
JP8516321A
Other languages
English (en)
Other versions
JP4131749B2 (ja
Inventor
ケニス ジェイ リーヴァック
スーザン ジェイ エイ フルード
ジェフリー マラマーロ
カイルザーマン バーシャー ムラー
Original Assignee
パーキン−エルマー コーポレイション
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=23333909&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=JPH10510982(A) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by パーキン−エルマー コーポレイション filed Critical パーキン−エルマー コーポレイション
Publication of JPH10510982A publication Critical patent/JPH10510982A/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP4131749B2 publication Critical patent/JP4131749B2/ja
Anticipated expiration legal-status Critical
Expired - Lifetime legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C12Q1/6818—Hybridisation assays characterised by the detection means involving interaction of two or more labels, e.g. resonant energy transfer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Analysing Materials By The Use Of Radiation (AREA)
  • Investigating Or Analysing Materials By The Use Of Chemical Reactions (AREA)
  • Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)

Abstract

(57)【要約】 蛍光報知分子および該報知分子の蛍光を消光できる消光分子を含むオリゴヌクレオチドプローブが提供される。該オリゴヌクレオチドプローブは、ハイブリダイズしていないときは少なくとも一本鎖構造で存在し、この一本鎖構造では消光分子は報知分子に十分接近しており該報知分子の蛍光を消光できるように構築される。該オリゴヌクレオチドプローブはまた、標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときは少なくとも１つの構造で存在し、この構造では、消光分子の位置は報知分子に十分に接近しておらず、報知分子の蛍光を消光することができない。これらのハイブリダイズ済み構造および未ハイブリダイズ構造を利用することによって、プローブ上の報知分子および消光分子は、プローブがハイブリダイズしまたはハイブリダイズしていないときに異なる蛍光シグナル強度を具現する。結果として、報知分子、消光分子またはそれを合体させたものの蛍光強度変化を基にプローブがハイブリダイズしたか、またはハイブリダイズしていないかを決定することができる。さらに、プローブがハイブリダイズしていないときは消光分子が報知分子を消光するようにプローブをデザインすることができるので、プローブがハイブリダイズまたは消化されるまで報知分子が限られた蛍光を示すように該プローブをデザインすることができる。

Description

【発明の詳細な説明】 自己消光性蛍光プローブと方法 発明の分野 本発明は、一般に、蛍光報知分子と蛍光消光分子とを含む蛍光プローブに関す る。より具体的には、本発明は、ハイブリダイゼーションアッセーおよび核酸増 幅反応（特にポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ））で用いることができる蛍光報知 分子と蛍光消光分子とを含む蛍光プローブに関する。関連分野の説明 生物学的事象をモニターするために、互いに分離されているか、または互いに 最小の消光距離に配置された蛍光報知分子と消光分子を基本とする蛍光報知分子 −消光分子対がオリゴヌクレオチドプローブに組み込まれた。例えば、報知分子 の蛍光強度が該報知分子と該消光分子とを切り離すことによって高められるプロ ーブが開発された。また、消光分子が報知分子の近傍に配置されることによって 蛍光が消失するプローブも開発された。これらの報知−消光分子対プローブは、 該報知分子が発生する蛍光シグナルの出現または消失のいずれかをモニターする ことによって、ハイブリダイゼーションアッセーおよび核酸増幅反応（特にポリ メラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ））の追跡に使用された。 本明細書で用いられるように、報知分子は蛍光シグナルを発生させることがで きる分子である。消光分子は、励起した報知分子の蛍光エネルギーを吸収し、そ れによって本来ならば励起した報知分子から遊離されるはずであった蛍光シグナ ルを消光させることができる分子である。消光分子が励起した発蛍光団を消光さ せるためには該消光分子は、蓄積された蛍光エネルギーを報知分子が遊離する前 のある時期に励起報知分子について最小消光距離内に存在しなければならない。 報知分子−消光分子対を含むプローブがハイブリダイゼーションアッセー用に 開発されたが、この場合該プローブはヘアピン構造を形成する。すなわちこの場 合には、該プローブは、ヘアピン構造の形成を妨げる相補的核酸配列が存在しな いときそれ自身とハイブリダイズし、該報知分子の近傍に消光分子が配置される ようなループを形成する（WO90/03446；欧州特許出願公開公報第0601889A2号） 。相補的な標的配列が存在する場合、該相補的標的配列へのプローブのハイブリ ダイゼーションによってヘアピン構造が破壊され、該消光分子が該報知分子にも はや十分に接近できず該報知分子を消光することができない構造をこのプローブ に受容させる。結果として、該プローブは、標的配列とハイブリダイズした場合 はハイブリダイズしない場合よりも強い蛍光シグナルをもたらす。ヘアピン構造 を含むプローブは、そのようなプローブはデザインが困難であるということ、さ らに標的配列とプローブとのハイブリダイゼーションに干渉する可能性があると いう欠点をもつ。 ２つの別々のプローブ(１つは報知分子を含み、他方は消光分子を含む)を用い てヘアピン構造の存在を見分けるアッセーもまた開発された(Mergneyら、Nuclei c Acids Research，22:6 920-928(1994))。これらのアッセーでは、報知分子の 蛍光シグナルは、消光分子が報知分子の近傍に配置されるために標的配列にハイ ブリダイズしたとき減少する。 報知分子−消光分子対を含むプローブの特に重要な応用の１つは、核酸増幅反 応（例えばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ））で標的核酸配列の存在および増幅 を検出するためにそれらを使用することである。一般に、核酸増幅技術は遺伝学 的検査およびＤＮＡ分析に通じる幅広い新規な研究方法を提供した（Arnheim & Erlich，Ann．Rev．Biochem.，61:131-156(1992)）。特にＰＣＲは、例えばクロ ーニング、遺伝的発現の分析、ＤＮＡ配列決定、遺伝学地図の作製および薬剤の 発見の分野で応用される極めて重要な研究手段となった(Arnheim & Erlich，Ann ．Rev．Biochem.，61:131-156(1992);Gillilandら、Proc．Natl．Acad．Sci.，8 7:2725-2729(1990);Bevanら、PCR Methods and Applications，1:222-228(1992) ;Green ら、PCR Methods and Applications，1:77-90(1991); Blackwellら、Sci ence，250:1104-1110(1990))。 核酸増幅技術の利用の広がりによって、様々な環境下で増幅反応を実施するた めの手段の開発が促進された。そのような機器の開発で重要なデザイン目標には 、精密な温度制御、多サンプル用温度循環におけるサンプル間変動の最小化、反 応 前および反応後処理工程の自動化、高速温度循環、サンプル量の最小化、増幅生 成物のリアタイム測定および交差夾雑の最小化（例えば“サンプルの持ち越し” のために生じる）が含まれる。特に、閉鎖反応チャンバーでの増幅の実施および リアルタイムモニターを可能にする機器のデザインは、交差夾雑を防ぐために大 いに望まれるところである(Higuchiら、Biotechnology，10:413-417(1992)およ び11:1026-1030(1993);Hollandら、Proc．Natl．Acad．Sci.，88:7276-7280(199 1))。明らかに、そのようなデザイン目標の達成は、例えば“サンプル持ち越し ”のために生じる高頻度の偽陽性および偽陰性が増幅処理の意義を大きく減退さ せる診断用サンプルの分析で特に望まれる。のみならず、増幅反応をリアルタイ ムでモニターすることによって多重標的増幅反応における出発標的ＤＮＡ濃度の はるかに正確な定量が可能になる。なぜならば、反応時の相対濃度値の流れを考 慮することによって近似濃度の相対値を解析することができるからである。リア ルタイムモニタリングはまた増幅反応効率の評価を可能にするが、これによって 反応抑制物がサンプル中に存在するか否かが示される。 ホーランド(Holland)らの上掲書、米国特許第５２１００１５号(Gelfandら)お よび他の研究者らは、ＰＣＲ時の増幅生成物のリアルタイム測定を提供するため に蛍光による手段を提唱した。そのような手段は、存在する二重鎖ＤＮＡ量の表 示のために挿入染料（例えば臭化エチジウム）を用いるか、または蛍光−消光分 子対を含むプローブ（また“Ｔａｑ−Ｍａｎ”アプローチと呼ぶ）を用いた。後 者の場合、プローブは増幅時に切断され、その濃度が存在する二重鎖ＤＮＡ量に 比例する蛍光分子を遊離する。増幅時に、このプローブは、標的配列にハイブリ ダイズするときポリメラーゼのヌクレアーゼ活性によって消化され、消光分子か ら蛍光分子を遊離させて、それによって報知分子に由来する蛍光が出現する。 図１に示すＴａｑ−Ｍａｎアプローチは、標的ポリヌクレオチドの“下流領域 ”（すなわちプライマー結合部位の伸長方向）に特異的にやきもどし（アニール ）される報知分子−消光分子対を含むオリゴヌクレオチドプローブを用いる。こ の報知分子および消光分子は互いに十分接近して配置され、それによって報知分 子が励起されると常にこの励起状態エネルギーは消光分子に非放射性に伝えられ 、該エネルギーは非放射性に消失するか、または報知分子の発光周波数と異なる 周 波数で放出される。ＤＮＡポリメラーゼによって鎖が伸長している間プローブは 鋳型とアニールし、このプローブはポリメラーゼの５’→３’エクソヌクレアー ゼ活性によって消化される。プローブが消化される結果、この報知分子は効果的 に消光分子から分離され、それによって消光分子はもはや報知分子の蛍光を消光 できるほど十分に報知分子に接近することができない。したがって、増幅時にプ ローブが消化されればされるほど、溶液中の報知分子数は増加し、結果として非 消光報知分子数が増す結果となり蛍光シグナルはますます強くなる。 ハイブリダイゼーションアッセーおよび増幅アッセーでは３つの主要な要因が 報知分子−消光分子対プローブの有用性に影響を与える。第一の要因は、報知分 子を消光するプローブ上の消光分子の有効性である。本明細書で“ＲＱ-”と称 するこの第一の要因は、プローブが相補的ポリヌクレオチドとハイブリダイズし ないときの消光分子に対する報知分子の蛍光放出比によって表すことができる。 すなわち、ＲＱ-は、オリゴヌクレオチドプローブが一本鎖状態の場合の消光分 子の蛍光に対する報知分子の蛍光放出の比である。ＲＱ-値に対する影響は、例 えば、用いられる特定の報知分子および消光分子、報知分子と消光分子との間の 間隔の取り方、ヌクレオチド配列特異的効果、報知分子と消光分子が結合してい る構造物（例えばリンカー）の可撓性の度合い、および不純物の存在を含む（Wo ら、Anal．Biochem.，218:1-13(1994); Clegg，Meth．Enzymol.，211:353-388(1 992)）。相対量ＲＱ+は、オリゴヌクレオチドプローブが相補的ポリヌクレオチ ドとハイブリダイズしたときの消光分子に対する報知分子の蛍光放出比を指す。 第二の要因はプローブが相補的ポリヌクレオチドとハイブリダイズする効率で ある。この第二の要因は、プローブの融解温度（Ｔm）、プローブまたは標的ポ リヌクレオチドの二次構造の有無、アニーリングの温度および他の反応条件に左 右される。 第三の要因は、ＤＮＡポリメラーゼの５’→３’エクソヌクレアーゼ活性が結 合プローブを報知分子と消光分子との間で切断する効率である。この効率は、報 知分子または消光分子のプローブの５’末端との近さ、報知分子または消光分子 の“かさ(bulkiness)”およびプローブと標的ポリヌクレオチドとの相補性の度 合いに左右される(Leeら、Nucleic Acids Research，21:3761-3766(1993))。 消光は報知分子と消光分子との物理的近さに左右されるので、以前は、該消光 分子が報知分子を消光できる最大の距離（これは一般には約６−１６ヌクレオチ ド）を越えずに常に消光分子が存在するように、消光分子と報知分子がプローブ に結合している必要があると考えられていた(Leeら、Nucleic Acids Research， 22:920-928(1994); Cardulloら、Proc．Natl．Acad．Sci.，85:8790-8794(1988) ;Cleggら、Proc．Natl．Acad．Sci.，90:2994-2998(1993);Ozakiら、Nucleic Ac ids Research，20:5250-5214(1992))。報知分子と消光分子との間のこの短い分 離は、典型的には、１組の報知分子−消光分子対をプローブの３’または５’末 端に結合させ、さらに他の組を６−１６ヌクレオチド離れた内部塩基に結合させ ることによって達成できる。 内部塩基に報知分子または消光分子を結合させることに付随する少なくとも２ つの重大な短所が存在する。報知分子または消光分子を内部ヌクレオチドに結合 させることは、末端ヌクレオチドに分子を結合させる場合に必要とされるよりも もっと困難な化学操作を必要とする。さらに、報知分子または消光分子の内部ヌ クレオチドとの結合はプローブのハイブリダイゼーション効率に悪影響を及ぼす であろう（Wardら、米国特許第5328824号;Ozakiら、Nucleic Acids Research，2 0:5250-5214(1992)）。 現時点で、ハイブリダイゼーションアッセーおよび核酸増幅アッセーで使用で きる蛍光報知分子と消光分子を含む有効なオリゴヌクレオチドプローブが希求さ れる。したがって、標的核酸配列にハイブリダイズしたか、またはハイブリダイ ズしていない場合に識別可能な蛍光特性を表示するプローブが希求される。さら に、消光分子が報知分子の蛍光を効果的に消光できるように報知分子と消光分子 がプローブ上に配置されたプローブもまた希求される。さらに、効率よく合成で きるプローブもまた希求される。さらにまた、報知分子と消光分子がプローブの ハイブリダイゼーション効率に悪影響を与えないようにプローブ上に配置させる ことが可能な報知分子および消光分子が希求される。上記の目的および更なる目 的は本発明のプローブおよび方法によって提供される。 発明の要旨 本発明は、蛍光報知分子および該報知分子の蛍光を消光することができる消光 分子を含むオリゴヌクレオチドプローブに関する。本発明にしたがえば、このオ リゴヌクレオチドプローブは、ハイブリダイズしていない場合は該オリゴヌクレ オチドが少なくとも一本鎖の形状で存在するように構築され、この場合該消光分 子は報知分子の蛍光を消光することができるように該報知分子に十分近接して存 在する。該オリゴヌクレオチドプローブはまた、標的ポリヌクレオチドとハイブ リダイズした場合は少なくとも１つの構造で存在し、この構造では該消光分子の 位置は報知分子の蛍光を消光することができるほど十分近接していない。これら のハイブリダイズ済み構造および未ハイブリダイズ構造をとることによって、プ ローブ上の報知分子および消光分子は、プローブがハイブリダイズした場合およ びハイブリダイズしていない場合に異なる蛍光シグナル強度を示す。結果として 、報知分子、消光分子またはその合体したものがもつ蛍光強度の変化を基にして プローブがハイブリダイズしたか、またはハイブリダイズしていないかを決定す ることができる。さらに、プローブがハイブリダイズしていない場合、消光分子 が報知分子を消光するようにプローブをデザインすることができるので、プロー ブがハイブリダイズするかまたは消化されるまで限定された蛍光を報知分子が表 示するようにプローブをデザインすることが可能である。 本発明にしたがえば、プローブが標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズする とき、報知分子の蛍光強度は好ましくは消光分子の蛍光強度よりも大きい。より 好ましくは、プローブが標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズするとき、報知 分子の蛍光強度は消光分子の蛍光強度よりも少なくとも約３．５倍大きい。 好ましくはまた、標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしたオリゴヌクレオ チドプローブの蛍光強度は、標的とハイブリダイズしないときのオリゴヌクレオ チドプローブの蛍光強度より係数で少なくとも約６倍強い。 報知分子は、消光分子から好ましくは少なくとも約１５ヌクレオチド、より好 ましくは少なくとも約１８ヌクレオチド離れている。報知分子は、好ましくは約 １５から６０ヌクレオチド、より好ましくは約１８から３０ヌクレオチド消光分 子から離れている。 報知分子は好ましくはプローブの３’または５’末端ヌクレオチドのいずれか と結合している。消光分子はまた好ましくはプローブの３’または５’末端ヌク レオチドのいずれかと結合している。より好ましくは、報知分子および消光分子 は、プローブの３’および５末端または５’および３’末端ヌクレオチドにそれ ぞれ結合している。 報知分子は好ましくはフルオレセイン染料であり、消光分子は好ましくはロー ダミン染料である。 ある実施態様では、本発明のオリゴヌクレオチドプローブは固形支持体に固定 されている。このオリゴヌクレオチドプローブは固形支持体に、例えば該固形支 持体へのプローブの３’または５’末端ヌクレオチドの結合によって直接結合さ せてもよい。しかしながら、より好ましくは、プローブはリンカーによって固形 支持体に結合される。このリンカーは固形支持体からプローブを遠ざけるために 役立つ。最も好ましくは、リンカーは長さが少なくとも３０原子、より好ましく は長さが少なくとも５０原子である。 オリゴヌクレオチドプローブを固形支持体に結合させるために用いられる多様 なリンカーが当該技術分野で知られている。最も好ましくは、該リンカーは官能 基付加ポリエチレングリコールを含むが、その理由は、標的オリゴヌクレオチド とプローブとのハイブリダイゼーションに著しい干渉を示さないこと、市販され ていること、有機および水性媒体の両方に可溶であること、官能基の付加が容易 なこと、さらにオリゴヌクレオチド合成条件と合成後条件の下で全く安定である ことである。 好ましくは、固形支持体、リンカーおよびプローブ間の連結は、高温の塩基性 条件下での塩基保護基の除去時に切断されない。好ましい連結の例にはカルバメ ートおよびアミド連結が含まれる。 本発明はまた、標的ポリヌクレオチドを検出するためにハイブリダイゼーショ ンプローブとしてオリゴヌクレオチドプローブを使用することに関する。したが って、本発明は、サンプル中の標的ポリヌクレオチドの有無を検出するハイブリ ダイゼーションアッセーに関する。本方法のある実施態様では、該ハイブリダイ ゼーションプローブは固形支持体に固定される。 本方法にしたがえば、本発明のオリゴヌクレオチドプローブは、ハイブリダイ ゼーションに都合のよい条件下でポリヌクレオチドサンプルと接触させられる。 サンプルと接触させる前および後での報知分子の蛍光シグナルが比較される。プ ローブ上の報知分子は標的配列とハイブリダイズしたときにより強い蛍光シグナ ルを示すので、サンプルとプローブが接触した後蛍光シグナルの増加があれば、 サンプル中の標的配列とプローブとのハイブリダイゼーションが示唆され、した がってサンプル中に標的配列が存在することが示唆される。サンプルとプローブ との接触の結果として、蛍光強度の変化の定量がサンプルに存在する標的配列の 量を定量するために用いられる。 本発明はまた、核酸増幅をモニターするために該オリゴヌクレオチドプローブ を使用することに関する。したがって、本発明は、５’→３’ヌクレアーゼ活性 をもつ核酸ポリメラーゼ、標的配列とハイブリダイズすることができるプライマ ー、およびプライマーに対して３’側で標的配列とハイブリダイズすることがで きる本発明のオリゴヌクレオチドプローブを用いて標的配列で核酸増幅を実施す ることによって核酸増幅をモニターする方法に関する。本発明にしたがえば、こ の核酸ポリメラーゼは、オリゴヌクレオチドプローブが標的配列とハイブリダイ ズするとき、増幅時に該オリゴヌクレオチドプローブを消化し、それによって報 知分子を消光分子から分離させる。増幅が進行している時に報知分子の蛍光がモ ニターされ、蛍光の発生は核酸増幅に対応する。したがって、実際の増幅量は観 察された蛍光の変化によって定量できる。消光分子の蛍光もまた、別個にまたは 報知分子と合わせて増幅検出のためにモニターできることを特記する。 図面の簡単な説明 図１は、核酸ポリメラーゼの５’→３’エクソヌクレアーゼ活性によって消化 されるプローブを用いた核酸増幅をリアルタイムでモニターする方法を示す。 図２は、固形支持体に固定された本発明のプローブのハイブリダイズ済み構造 および未ハイブリダイズ構造を示す。 発明の詳細な説明 本発明は、蛍光報知分子および該報知分子の蛍光を消光できる消光分子を含む オリゴヌクレオチドプローブに関する。本発明にしたがえば、該オリゴヌクレオ チドプローブは、ハイブリダイズしていないときはプローブが少なくとも一本鎖 構造で存在できるように構築され、この場合、消光分子は該報知分子の蛍光を消 光するように報知分子に十分近接している。オリゴヌクレオチドプローブはまた 、標的ヌクレオチドとハイブリダイズしたときは、該消光分子の位置が該報知分 子の蛍光を消光するために該報知分子に十分に近くない少なくとも１つの構造で 存在する。これらのハイブリダイズ済み構造および未ハイブリダイズ構造をとる ことによって、プローブ上の報知分子および消光分子は、プローブがハイブリダ イズした場合およびハイブリダイズしていない場合に異なる蛍光シグナルを示す 。結果として、報知分子、消光分子またはそれらの蛍光強度の変化によってプロ ーブがハイブリダイズしたか否かを決定することが可能である。さらに、プロー ブがハイブリダイズしていないときは消光分子は報知分子を消光することができ るようにプローブをデザインすることができるので、プローブがハイブリダイズ しない限りまたは消化されない限り報知分子が限定的蛍光を示すようにプローブ をデザインすることができる。 本発明にしたがえば、プローブが標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズする ときは、好ましくは報知分子の蛍光強度は消光分子の蛍光強度よりも強い。より 好ましくは、プローブが標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズするときは、報 知分子の蛍光強度は消光分子の蛍光強度より係数で少なくとも約３.５倍強い。 標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドプローブの蛍 光強度はまた、標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていないときのオリゴ ヌクレオチドプローブの蛍光強度より係数で好ましくは少なくとも約６倍強い。 報知分子は、消光分子から好ましくは少なくとも約１５ヌクレオチド、より好 ましくは少なくとも約１８ヌクレオチド離れている。報知分子は、好ましくは約 １５から６０ヌクレオチド、より好ましくは約１８から３０ヌクレオチド消光分 子から離れている。 報知分子は、好ましくは該プローブの３’または５’末端ヌクレオチドのどち らかに結合される。消光分子はまた、好ましくは該プローブの３’または５’末 端ヌクレオチドのどちらかに結合される。より好ましくは、報知分子と消光分子 は、プローブの３’および５’または５’および３’末端ヌクレオチドにそれぞ れ結合される。 報知分子は好ましくはフルオレセイン染料で、消光分子は好ましくはローダミ ン染料である。 ある実施態様では、オリゴヌクレオチドプローブは固形支持体に結合される。 図２に示すように、プローブがハイブリダイズしていないときは、報知分子の蛍 光を消光するために該消光分子は報知分子に十分近接できるように少なくとも１ つの一本鎖構造をとることができる。さらに図２に示すように、プローブが標的 配列とハイブリダイズしたときは、プローブは、報知分子の蛍光を消光するため に消光分子が報知分子に十分近接した位置に存在しない少なくとも１つの構造を とる。結果として、プローブが標的配列とハイブリダイズするときは報知分子の 蛍光強度は増加する。 図２に示すように、異なるプローブを固形支持体に結合させ、サンプル中の異 なる標的配列を同時に検出するために用いることができる。異なる蛍光波長をも つ報知分子を異なるプローブ上で用いることができ、したがって異なるプローブ とのハイブリダイゼーションを別々に検出することができる。 オリゴヌクレオチド固定用の好ましい固形支持体の種類の例には、孔制御ガラ ス、ガラス板、ポリスチレン、アビジン被覆ポリスチレンビーズ、セルロース、 ナイロン、アクリルアミドゲルおよび活性化デキストラン、ＣＰＧ、ガラス板お よび高架橋ポリスチレンが含まれる。これらの固形支持体は、その化学的安定性 、官能基付加が容易なことおよび輪郭の明瞭な表面領域のためにハイブリダイゼ ーション実験および診断実験に好ましい。孔制御ガラス(controlled pore glass (CPG)、５００Å、１０００Å)および非膨潤性高架橋ポリスチレン（１０００Å ）のような固形支持体は、オリゴヌクレオチド合成との適合性という観点から特 に好ましい。 このオリゴヌクレオチドプローブは種々の態様で固形支持体に結合させること ができる。例えば、プローブは、固形支持体にその３’または５’末端ヌクレオ チドを結合させることによって固形支持体に結合させることができる。しかしな がら、より好ましくはこのプローブは、固形支持体からプローブを話す役割をは たすリンカーによって固形支持体と結合させる。このリンカーは、最も好ましく は長さが少なくとも３０原子、より好ましくは長さが少なくとも５０原子である 。 固形支持体とオリゴヌクレオチドの最初の３’ユニットとの間のリンカーの長 さおよび化学的安定性は、効率の良い合成と支持体に結合したオリゴヌクレオチ ドのハイブリダイゼーションに重要な役割を果たす。リンカーアームは、自動合 成時に高収量（＞９７％）を達成できるように十分に長くあるべきである。リン カーに必要な長さは用いられる個々の固形支持体によって異なる。例えば、固形 支持体として高架橋ポリスチレンを用いる場合は、自動合成時に＞９７％の収量 を達成するために一般に６原子のリンカーで十分である。ＣＰＧが固形支持体と して用いられる場合、自動合成時に高収量（＞９７％）を達成するためにはリン カーアームは少なくとも長さが２０原子であることが好ましい。 固形支持体に固定されたプローブのハイブリダイゼーションは、一般に、プロ ーブが少なくとも３０原子、より好ましくは少なくとも５０原子固形支持体から 離れていることを必要とする。この分離を達成するために、一般にリンカーは３ ’ヌクレオシドとリンカーとの間に配置されたスペーサーを含む。オリゴヌクレ オチド合成のためには、リンカーアームは通常エステル結合によって３’ヌクレ オシドの３’−ＯＨに結合される。このエステル結合は塩基性試薬で切断され、 固形支持体からオリゴヌクレオチドを遊離させることができる。 固形支持体にオリゴヌクレオチドプローブを結合させるために用いることがで きる種々のリンカーが当該分野で知られている。リンカーは、固形支持体に結合 させたプローブと標的配列とのハイブリダイゼーションを顕著に干渉しないいず れの物質からも生成することができる。リンカーは、自動合成によってリンカー に容易に付加できるホモポリマーオリゴヌクレオチドから生成できる。また別に 、官能基付加ポリエチレングリコールのようなポリマーもリンカーとして用いる ことができる。そのようなポリマーは、標的オリゴヌクレオチドとプローブとの ハイブリダイゼーションに顕著に干渉しないのでホモポリマーオリゴヌクレオチ ドよりも好ましい。ポリエチレングリコールは、市販されていること、有機媒体 および水性媒体の両方に可溶であること、官能基付加が容易であること、並びに オリゴヌクレオチド合成および合成後条件下で完全に安定であることから特に好 ましい。 好ましくは固形支持体、リンカーおよびプローブとの間の連結は、高温の塩基 性条件下で塩基保護基の除去時に切断されない。好ましい連結の例にはカルバメ ート結合およびアミド結合が含まれる。 本発明のオリゴヌクレオチドプローブは、標的ポリヌクレオチドを検出するハ イブリダイゼーションプローブとして用いることができる。したがって、本発明 は、サンプル中の標的ポリヌクレオチドの存在を検出するハイブリダイゼーショ ンアッセーに関する。本方法にしたがえば、本発明のオリゴヌクレオチドプロー ブは、ハイブリダイゼーションに都合のよい条件下で核酸サンプルと接触させら れる。報知分子の蛍光シグナルはサンプルに接触させる前と後に測定される。プ ローブ上の報知分子は、標的配列とハイブリダイズしたときはより強い蛍光シグ ナルを示すので、サンプルとプローブを接触させた後の蛍光シグナルの増加は、 サンプル中の標的配列とプローブとのハイブリダイゼーションを示唆し、したが ってサンプル中の標的配列の存在が示される。さらに、プローブをサンプルと接 触させた結果としての蛍光強度の変化を定量することによってサンプル中の標的 配列の量を定量することができる。 本方法の一実施態様にしたがえば、ハイブリダイゼーションプローブは固形支 持体に固定される。オリゴヌクレオチドプローブは、ハイブリダイゼーションに 適した条件下で核酸サンプルと接触させられる。報知分子の蛍光シグナルはサン プルに接触させる前と後に測定される。プローブ上の報知分子は、標的配列とハ イブリダイズしたときはより強い蛍光シグナルを示すので、サンプルとプローブ を接触させた後の蛍光シグナルの増加は、サンプル中の標的配列とプローブとの ハイブリダイゼーションを示唆する。固形支持体へのハイブリダイゼーションプ ローブの固定によって、プローブとハイブリダイズした標的配列を容易にサンプ ルから分離できる。以後の工程で、分離された標的配列を固形支持体から分離し 、研究者の個々のニーズにしたがって当該分野で周知の方法によってさらに処理 （例えば精製、増幅）することができる。 本発明のオリゴヌクレオチドプローブはまた、核酸増幅をモニターするプロー ブとして用いることができる。したがって、本発明は、増幅プライマーに対して ３’側で標的配列とハイブリダイズできる本発明のオリゴヌクレオチドプローブ を用いて核酸増幅をモニターする方法に関する。本方法にしたがえば、核酸増幅 は、５’→３’ヌクレアーゼ活性をもつ核酸ポリメラーゼ、標的ポリヌクレオチ ドとハイブリダイズできるプライマー、およびプライマーに対して３’側で標的 ポリヌクレオチドとハイブリダイズできる本発明のオリゴヌクレオチドプローブ を用いて標的ポリヌクレオチドについて実施される。増幅中に、この核酸ポリメ ラーゼは、オリゴヌクレオチドプローブが標的配列とハイブリダイズしたとき該 オリゴヌクレオチドプローブを消化し、したがって消光分子から報知分子を分離 する。増幅が進行しているとき報知分子の蛍光がモニターされ、蛍光の発生は核 酸の増幅に対応する。 一般に標的ポリヌクレオチドの増幅（例えばＰＣＲによって）と組み合わせた 報知分子−消光分子対の使用は多くの文献に記載されている(例えば、Innisら編 、ＰＣＲプロトコル(PCR Protocols)、アカデミックプレス刊、ニューヨーク、( 1989)：Sambrookら、分子クローニング、第２版、コールドスプリングハーバー 研究所刊、ニューヨーク(1989)、これらは各々参照により本明細書に含まれる) 。オリゴヌクレオチドプローブの結合部位は、標的ポリヌクレオチドを増幅する ために用いられるＰＣＲプライマー間に位置する。好ましくは、ＰＣＲはＴａｑ ＤＮＡポリメラーゼ(例えばAmplitaqTM(Perkin-Elmer製、Norwalk,コネチカット ))または同様な耐熱性ＤＮＡポリメラーゼを用いて実施され、ＰＣＲのアニーリ ング温度は用いたオリゴヌクレオチドプローブの融解温度より約５−１０℃低い 。 核酸増幅をモニターする本発明のオリゴヌクレオチドプローブの使用によって 従来の報知分子−消光分子対プローブの使用を越えるいくつかの利点が提供され る。例えば、従来のプローブは、消光分子が報知分子の最小消光距離内に維持さ れるように報知分子と消光分子がプローブ上に配置される必要があった。しかし ながら、消光分子が報知分子の最小消光距離内に存在するような構造をプローブ がとることができるようにプローブをデザインしさえすればよいということが分 かったので、はるかに様々なプローブが可能である。例えば、その５’および３ ’末端に報知分子と消光分子をもつ二重標識プローブをデザインすることができ る。そのようなプローブは、報知分子または消光分子を内部ヌクレオチドに結合 させ たプローブよりもはるかに合成が容易である。末端ヌクレオチドに報知分子と消 光分子を配置することによって、プローブのハイブリダイゼーション効率もまた 強化される。 本出願で用いるように、“オリゴヌクレオチド”という用語は、天然または修 飾モノマーまたは連合体（デオキシリボヌクレオシド、リボヌクレオシドなどを 含む）の直線状オリゴマーで、モノマー対モノマー相互作用の規則的なパターン （例えばワトソン−クリック型塩基対形成など）によって標的ポリヌクレオチド と結合できるものを含む。通常モノマーはホスホジエステル結合またはその類似 体によって連結され、サイズが数モノマー単位（例えば３−４）から数十モノマ ー単位のオリゴヌクレオチドを形成する。オリゴヌクレオチドが文字の配列（例 えば“ＡＴＧＣＣＴＧ”）で表現される場合は、ヌクレオチドは左から右に５’ →３’の方向であり、さらに特に記載がなければ“Ａ”はデオキシアデノシン、 “Ｃ”はデオキシシチジン、“Ｇ”はデオキシグアノシン、“Ｔ”はデオキシチ ミジンを表すことは理解されよう。ホスホジエステル連結の類似体には、ホスホ ロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホルアニリデート、ホスホルアミデ ートなどが含まれる。一般に、本発明のオリゴヌクレオチドプローブはその５’ 末端に隣接して十分な数のホスホジエステル結合を有し、それによって用いられ た５’→３’エクソヌクレアーゼ活性が効果的に結合したプローブを分解して報 知分子と消光分子を分離させることができる。 二本鎖体（デュープレックス）を指して“完全に適合”という場合は、二本鎖 体を形成するポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド鎖が、各鎖の各ヌクレ オチドが他方の鎖のヌクレオチドとワトソン−クリック塩基対形成を経て互いに 二本鎖構造を形成することを意味する。この用語はまた、ヌクレオシド類似体（ 例えばデオキシイノシン、２−アミノプリンをもつヌクレオシドなど利用可能な もの）による対形成も含む。逆に、標的ポリヌクレオチドとオリゴヌクレオチド プローブまたはプライマーとの二本鎖体についての“ミスマッチ（不適合）”は 、二本鎖体のヌクレオチド対がワトソン−クリック結合を経ることができないこ とを意味する。 本出願で用いられるように、“ヌクレオシド”には、コーンバーグとベーカー 著の「ＤＮＡ複製」(Kornberg & Baker，DNA Replication，第２版 Freeman刊、 サンフランシスコ、1992)に記載されているように２’−デオキシおよび２’− ヒドロキシル型を含む天然のヌクレオシドが含まれる。ヌクレオシドに関して“ 類似体”という場合は、例えば文献(Scheit，ヌクレオチド類似体(Nucleotide A nalogs)、John Wiley刊、ニューヨーク、(1980);Uhlman & Peyman，Chemical Re views，90:543-584(1990)など)に記載された修飾塩基部分および／または修飾糖 部分をもつ合成ヌクレオシドを含むが、ただしそれらが特異的なハイブリダイゼ ーションが可能であることを条件とする。そのような類似体には、結合特性を強 化させ、縮退を減少させ、特性を強化させるようにデザインした合成ヌクレオシ ドが含まれる。 本発明のオリゴヌクレオチドプローブは多数の手段（例えば、Ozakiら、Nucle ic Acids Research，20:5205-5214(1992);Agrawalら、Nucleic Acids Research ，18:5419-5423(1990)など）によって合成できる。本発明のオリゴヌクレオチド プローブは、自動ＤＮＡ合成装置(例えばApplied Biosystems，Inc.製、モデル ３９２または３９４ＤＮＡ／ＲＮＡ合成装置(Foster City，カリフォルニア))で 通常の化学操作（例えばホスホルアミダイト化学）を用いて例えば以下の文献に 開示されたように都合よく合成できる（Beaucage & Iyer，Tetrahedron，48:222 3-2311(1992);Molkoら、米国特許第4980460 号; Kosterら、米国特許第4725677 号;Caruthersら、米国特許第4415732号;4458066号;4973679号など）。また別の 化学操作（例えば非天然のバックボーン基（例えばホスホロチオエート、ホスホ ルアミデート）を生じるもの）もまた用いることができるが、生成されたオリゴ ヌクレオチドのハイブリダイゼーション効率および／または用いるエクソヌクレ アーゼの切段効率に悪影響を及ぼさないことを条件とする。 好ましくはオリゴヌクレオチドプローブは長さが１５−６０ヌクレオチドの範 囲にある。より好ましくはオリゴヌクレオチドプローブは長さが１８−３０ヌク レオチドの範囲にある。本発明のオリゴヌクレオチドプローブの正確な配列およ び長さは、部分的には該プローブが結合する標的ポリヌクレオチドの性質に左右 される。結合する場所および長さは、個々の実施態様で適切なアニーリング特性 および融解特性を達成するために変動するであろう。そのようなデザインの選択 を実施するための手引は“Ｔａｑ−ｍａｎ”型アッセーについて述べている上記 の参考文献の多くで見出されるであろう。 好ましくは、オリゴヌクレオチドプローブの３’末端ヌクレオチドは封鎖する か、または核酸ポリメラーゼによる伸長を不可能にさせる。そのような封鎖は、 連結部分によってオリゴヌクレオチドプローブの末端３’炭素に報知分子または 消光分子を結合させることによって都合よく実施できる。 好ましくは、報知分子は、プローブの末端３’炭素または末端５’炭素に連結 部分を介して結合させるために誘導した蛍光有機染料である。好ましくは、消光 分子もまた有機染料であるが、これは、本発明の実施態様にしたがって蛍光性で あってもなくてもよい。例えば、本発明の好ましい実施態様では消光分子は蛍光 性である。一般に、消光分子が蛍光性であるにせよ、または非放射性衰退によっ て報知分子の転移エネルギーを単に遊離させるにせよ、消光分子の吸収バンドは 実質的に報知分子の蛍光放出バンドと重なるべきである。励起した報知分子（し かし放射性エネルギーを遊離しない）のエネルギーを吸収する非蛍光性消光分子 を本出願では色原体分子と呼ぶ。 個々のプローブについて適切な報知分子−消光分子対を選択するために極めて 多くの手引が文献から入手できる。例を挙げれば以下の通りである：Clegg(上記 に引用);Wuら(上記に引用);Pesceら編、蛍光分光学(Fluorescence Spectroscopy )(Marcel Dekker刊、ニューヨーク(1971));Whiteら、蛍光分析：実技(Fluoresce nce Analysis:APractical Approach)(Marcel Dekker刊、ニューヨーク(1970))な ど。文献はまた、蛍光分子および色原体分子、並びに報知分子−消光分子対を選 択するための関連するそれらの光学的特性の膨大なリストを提供する参考文献を 含むが、これらは例えば以下のものである:Berlman，芳香族分子の蛍光スペクト ルハンドブック(Handbook of Fluorescent Spectra of Aromatic Molecules)、 第２版(Academic Press刊、ニューヨーク(1971)); Griffiths，有機分子の色と 組成(colour & Constitution of Organic Molecules)(Academic Press刊、ニュ ーヨーク(1971));Bishop編、インジケーター(Indicators)(Pergamon Press刊、 オックスフォード(1972); Haugland，蛍光プローブと研究用化学物質ハンドブッ ク(Handbook of Fluorescent Probes and Research Chemicals)(Molecular Probes刊、ユージーン(1992)); Pringsheim，蛍光と燐光(Fluorescence and Pho sphorescence)(Interscience Publishers刊、ニューヨーク(1949))など。さらに 、オリゴヌクレオチドに付加することができる一般的な反応基を介して共有結合 によって結合させることができる報知分子および消光分子を誘導する様々な手引 が文献にある。例を挙げれば以下のとおりである：Ullmanら、米国特許第399634 5号; Khannaら、米国特許第4351760号など。 代表的な報知分子−消光分子対はザンセン染料（フルオレセインを含む）およ びローダミン染料から選ぶことができる。これら化合物で多くの適切な型が広く 市販されているが、それらは、オリゴヌクレオチドとの結合用部位としてまたは オリゴヌクレオチドとの結合のための結合官能性として用いることができる置換 基をそれらフェニール部分にもつ。蛍光化合物の別の基はナフチルアミンであり 、これはアルファまたはベータ位にアミノ基をもつ。そのようなナフチルアミン 化合物に含まれるものはとりわけ、１−ジメチルアミノナフチル−５−スルフォ ネート、１−アニリノ−８−ナフタレンスルフォネートおよびトルイジニル−６ −ナフタレンスルフォネートである。他の染料には３−フェニル−７−イソシア ナトクマリン、アクリジン（例えば９−イソチオシアナトアクリジンおよびアク リジンオレンジ）、Ｎ−（ｐ−（２−ベンゾキサゾリル）フェニル）マレイミド 、ベンゾオキサジアゾール、スチルベン、ピレンなどが含まれる。 好ましくは、報知分子および消光分子はフルオレセインおよびローダミン染料 から選ばれる。これらの染料およびオリゴヌクレオチドに結合させる適切な連結 方法は多くの文献に記載されている。例えば以下の通りである：Khannaら(上記 に引用);Marshall，Histochemical J.，7:299-303(1975); Menchenら、米国特許 第5188934号;Menchenら、欧州特許出願公開公報第87310256.0号;Bergotら、国際 特許出願PCT/US90/05565号。後者の４つの文献は参照により本明細書に含まれる 。 多くの連結用部分並びに報知分子および消光分子をオリゴヌクレオチドの５’ または３’末端に結合させる方法があるが、例を挙げれば以下の通りである：Ec kstein編、オリゴヌクレオチドと類似体：実際的手技(Oligonucleotides and An alogues:A Practical Approach)(IRL Press 刊、オックスフォード(1991)); Zuc kerman ら、Nucleic Acids Research，15:5305-5321(1987)(オリゴヌクレオ チドの３’チオール基);Sharmaら、Nucleic Acids Research，19:3019(1991)(３ ’スルフヒドリル)；Giustiら、PCR Methods and Applications，2:223-227(199 3);Fungら、米国特許第4757141号(AminolinkTMII(Applied Biosystems(Foster C ity，CA)より市販)を介した５’ホスホアミノ基);Stabinsky，米国特許第473904 4号(３’アミノアルキルホスホリル基); Agrawalら、Tetrahedron Letters，31: 1543-1546(1990)(ホスホルアミデート連結による結合);Sproatら、Nucleic Acid s Research，15:4837(1987)(５’メルカプト基);Nelsonら、Nucleic Acids Rese arch，17:7187-7194(1989)（３’アミノ基）など。 好ましくは、合成中にオリゴヌクレオチドに結合させることができる市販の連 結部分（例えばClontech Laboratories(パロアルト、カリフォルニア)から入手 できる）が用いられる。 ローダミンおよびフルオレセイン染料はまた、ホスホルアミダイト部分ととも に誘導した染料を用いて固相合成の終了時にオリゴヌクレオチドの５’ヒドロキ シルに都合よく結合させられる（例えば、Hobbs，Jr.，米国特許第4997928 号; Wooら、米国特許第5231191号）。 以下の実施例は本発明のプローブおよび該プローブを用いる方法を説明する。 これらの実施例で詳述する固有のプローブ、プローブ構築物および方法の工程は 限定を意図するものではない。上記以外の本発明のさらなる目的および利点は、 本発明の範囲を限定することを目的としない実施例から明らかになろう。 実施例 １．オリゴヌクレオチドプローブの合成 この実施例では表１に示すオリゴヌクレオチドの合成を説明する。リンカーア ームヌクレオチド（“ＬＡＮ”）のホスホルアミダイトはグレンリサーチ(Glen Research)から入手した。標準ＤＮＡホスホルアミダイト、６−カルボキシフル オレセイン（“６−ＦＡＭ”）ホスホルアミダイト、６−カルボキシテトラメチ ルローダミンスクシンイミジルエステル（“ＴＡＭＲＡＮＨＳエステル”）、お よび３’封鎖ホスフェートを結合させるためのホスファリンク(PhosphalinkTM) はパーキン・エルマーのアプライドバイオシステムズ部門(Perkin-Elmer，Appli ed Biosystems Division)から入手した。オリゴヌクレオチド合成はモデル ３９４ＤＮＡ合成装置（Applied Biosystems）で実施した。プライマーおよび相 補性オリゴヌクレオチドはオリゴピューリフィケーションカートリッジ(Oligo P urification Cartridges，Applied Biosystems)を用いて精製した。二重標識プ ローブは、５’末端の６−ＦＡＭ−標識ホスホルアミダイト、オリゴヌクレオチ ド配列内のＴの１つを置換したＬＡＮおよび３’末端のホスファリンクを用いて 合成した。脱保護とエタノール沈澱に続いて、２５０ｍＭの重曹緩衝液（ｐＨ9. 0）で室温でＬＡＮ−含有オリゴヌクレオチドとＴＡＭＲＡＮＨＳエステルを共 役させた。未反応染料をＰＤ−１０セファデックスカラムに通して除去した。最 後に、二重標識プローブを標準的プロトコルによって調製用ＨＰＬＣで精製した 。下記に表１の配列とＬＡＮ−ＴＡＭＲＡ部分の位置を示すことによってプロー ブの名称を表示する。例えば、プローブＡ１−７は、５’末端から７位のヌクレ オシドにＬＡＮ−ＴＡＭＲＡを有するＡ１配列をもつ。 ２．固形支持体に結合させたオリゴヌクレオチドプローブの合成 高架橋ポリスチレン（１０００Å）および孔制御ガラス(ＣＰＧ)(５００Å)の 両方を固形支持体マトリックスとして用いる。スペーサー（化合物５）の官能基 付加は表２に示す。スペーサーのポリスチレンおよびＣＰＧ支持体への結合、お よび該固形支持体のＴＡＭＲＡ染料による標識は表３および表４にそれぞれ示す 。 表２は、ＣＰＧおよびポリスチレン支持体を誘導するために用いられるスペー サー（化合物５）の合成の反応模式図を示す。表２に示すように、ＤＭＦ中のＨ ＯＢＴ／ＨＢＴＵ／ＤＩＰＥＡの存在下でＮ−Ｆｍｏｃ−ε−アミノカプロン酸 をＤＬ−ホモセリンと反応させ(Knorrら、Tetrahedron Lett.,30:1927(1989))、 ６５％の収量で化合物２を生じた。ピリジン中のＤＭＡＰの存在下で化合物２を 塩化ジメトキシトリチルと反応させ、クロマトグラフィー後に７２％の収量で化 合物３を得た。ＤＭＦ中のＨＯＢＴ／ＨＢＴＵ／ＤＩＰＥＡの存在下で化合物３ を極めて過剰のＰＥＧ−ジアミンで処理し（Buckmannら、Biotech．Appl．Bioch em.，9:258(1987)）、６０％の収量でアミン４を得た。続いてアミン４をＣＨ2 Ｃｌ2中の無水コハク酸／Ｅｔ3Ｎ／ＤＭＡＰで処理してアミン４を９０％収量で スクシネート５に変換した。さらに、このスクシネート５をさらに精製すること なくポリスチレンおよびＣＰＧ支持体に表３および表４にそれぞれ示したように 結合させた。 表３および表４に示したように、ＤＭＦ中のＨＯＢＴ／ＨＢＴＵ／ＤＩＰＥＡ の存在下でスクシネート５をポリスチレンおよびＣＰＧ支持体と別々に反応させ 、それぞれ官能基付加支持体６（５μｍｏｌ／ｇローディング）および官能基付 加支持体８（１５μｍｏｌ／ｇローディング）を提供した。支持体６および８を ＤＭＦに２０％のピペリジンで処理することによって支持体結合スペーサーから Ｆｍｏｃを除去した（Fieldsら、J．Peptide Res．35:161(1990)）アミンを得、 これをＴＡＭＲＡＮＨＳエステルで処理してそれぞれＴＡＭＲＡ標識支持体７お よび９を得た。トリチル陽イオン分析でポリスチレンおよびＣＰＧ支持体は最終 ローディングがそれぞれ４.８μｍｏｌ／ｇおよび１４μｍｏｌ／ｇであること が分かった。 二重標識ＴａｑｍａｎプローブをＴＡＭＲＡ標識支持体７および９の両方、Fa stPhoramidite(ユーザーブリテン85号、Perkin Elmer Corporation 1994)並びに ＦＡＭホスホルアミダイト(ユーザーブリテン78号、Perkin Elmer Corporation 1994)を４０ナノモルの規模で用いて合成した。６５℃で３時間、ＭｅＯＨ：ｔ −ＢｕＮＨ2：Ｈ2Ｏ（１：１：２）で処理して支持体結合オリゴヌクレオチドを 脱保護した(Wooら、米国特許5231191号)。液体を除去し、プローブを含む支持体 をＨ2Ｏ：ＭｅＯＨ(３：１)およびＭｅＯＨで洗浄した。続いて支持体を真空下 で乾燥させハイブリダイゼーションアッセーに用いた。 実験例： 化合物２：Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン(１.１ｇ、１.４８ｍｌ、８. ５２mmol)、１−ヒドロキシベンゾトリアゾル（４２０ｍｇ、３.１mmol）および （２−（１Ｈ−ベンゾトリアゾル−１−イル）１，１，３，３−テトラメチルウ ロニウムヘキサフルオロホスフェート(１.１７ｇ、３.１mmol)をＤＭＦ(３０ｍ ｌ)中のＮｆｍｏｃ−ε−アミノカプロン酸（１ｇ、２.８４mmol）の攪拌溶液に 室温で添加した。１５分後、ＤＬ−ホモセリン（１.３５ｇ、１１.３６mmol）を 反応混合物に加えた。３時間後、減圧下でＤＭＦを除去した。残留物をＣＨＣｌ3 （１００ｍｌ）に溶解し、５％塩酸（２×５０ｍｌ）で洗浄した。有機層をＭ ｇＳＯ4上で乾燥させ、蒸発させて濃厚な油を得てエーテルで粉末化し無色の固 形物を得た（８４０ｍｇ、６５％）。生成物を高圧下に２４時間放置し、さらに 精製することなく次の工程に用いた。 化合物３：塩化４，４’−ジメトキシトリチル（４８４ｍｇ、１.４３mmol） および４−ジメチアミノピリジン（２５ｍｇ、０.２mmol）をピリジン（１５ｍ ｌ）中の化合物２（５００ｍｇ、１.１mmol）の攪拌溶液に窒素雰囲気下で室温 で加えた。１４時間後、ピリジンを除去し、残留物をＣＨＣｌ3(７０ｍｌ)に溶 解した。有機層を５％クエン酸（１×５０ｍｌ）、Ｈ2Ｏ(１×５０ｍｌ)および 飽和ブライン(１×５０ｍｌ)で抽出した。有機層をＭｇＳＯ4上で乾燥させ、蒸 発させて黄色の泡沫を得た。生成物をＣＨＣｌ3−ＭｅＯＨ勾配(０−１０％Ｍｅ ＯＨ)で溶出させながらシリカゲルカラムで精製した。適切な分画を合わせて、 蒸発させ無色泡沫として化合物３を得た（６００ｍｇ、７２％）。 化合物４：ポリ（エチレングリコール）ビス（２−アミノエチルエーテル）（ ３.１６ｇ、５.３mmol）、Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチレンアミン(２０５ｍｇ 、０.２７ｍｌ、１.５９mmol)、１−ヒドロキシベンゾトリアゾル(７８ｍｇ、０ .５８mmol)および（２−（１Ｈ−ベンゾトリアゾル−１−イル）−１，１，３， ３，−テトラメチルウノニウムヘキサフルオロホスフェート（２２０ｍｇ、０. ５８mmol）を、ＤＭＦ（１０ｍｌ）中の化合物３（４００ｍｇ、０.５３mmol） の攪拌溶液に室温で添加した。減圧下でＤＭＦを除去し、残留物をＣＨＣｌ3(７ ０ｍｌ)に溶解し、有機層をＨ2Ｏ（１×５０ｍｌ）および飽和ブライン（２×５ ０ｍｌ）で洗浄した。有機層をＭｇＳＯ4上で乾燥させ、蒸発させて濃厚な油を 得た。化合物４をＣＨＣｌ3−ＭｅＯＨ勾配(５−１５％ＭｅＯＨ)で溶出させな がらシリカゲルカラムで精製し無色ガラス（４２３ｍｇ、６０％）とした。 化合物５：無水コハク酸（２２ｍｇ、０.２２mmol）、Ｅｔ3Ｎ（２３ｍｇ、０ .３μｌ、０.２２mmol）、４−ジメチルアミノピリジン(１４ｍｇ、０.１１mmol )をＣＨ2Ｃｌ2（１５ｍｌ）中の化合物４（３００ｍｇ、０.２２mmol）の溶液に 添加した。反応混合物を室温で３時間攪拌した。この反応混合物をＣＨＣｌ3（ ３０ｍｌ）で希釈し、５％クエン酸（１×５０ｍｌ）および飽和ブライン（２× ５０ｍｌ）で洗浄した。有機層をＭｇＳＯ4上で乾燥させ、蒸発させて無色の泡 沫（２８４ｍｇ、９０％）を得た。これをさらに精製することなく固形支持体の 誘導に用いた。 ＴＡＭＲＡ染料によるポリスチレン支持体の誘導体形成：ＤＭＦ（１０ｍｌ） 中の化合物５（１７ｍｇ、１２μｍｏｌ）、１−ヒドロキシベンゾトリアゾル（ １.８ｍｇ、１２μｍｏｌ）、（２−（１Ｈ−ベンゾトリアゾル−１−イル）− １，１，３，３−テトラメチルウオニウムヘキサフルオロホスフェート（４.８ ｍｇ、１２μｍｏｌ）、Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（６μｌ、３０μ ｍｏｌ）で高架橋ポリスチレン（１０００Å、１０μｍｏｌ／ｇアミンローディ ング、１ｇ、１０μｍｏｌ）を室温で４時間リストアクションシェーカーで処理 した。この支持体をＤＭＦ（３×１０ｍｌ）、ＣＨ3ＣＮ(２×１０ｍｌ)および ＣＨ2Ｃｌ2（１×１０ｍｌ）で洗浄し、強真空下で一晩乾燥させた。ニンヒドリ ンアッセーによって１μｍｏｌ／ｇのアミンが残っているのが分かった。トリ チル陽イオンアッセーは化合物５の５μｍｏｌ／ｇローディングを示した。この 支持体をＴＨＦ中の無水酢酸／ルチジン（１０％溶液、５ｍｌ）およびＴＨＦ中 の１−メチルイミダゾル（１６％溶液、５ｍｌ）で２時間室温で処理した。支持 体をＣＨ3ＣＮ（３×１０ｍｌ）およびＣＨ2Ｃｌ2（１×１０ｍｌ）で洗浄した 。支持体をＤＭＦ中の２０％ピペリジン（３×１０ｍｌ）で処理しＦｍｏｃ保護 基を除去した。Ｆｍｏｃ基の除去は３０２ｎｍで溶液のＵＶを測定することによ ってモニターした。支持体をＤＭＦ（３×１０ｍｌ）で洗浄し、続いてＴＡＭＲ ＡＮＨＳエステル(１５ｍｇ、２７μｍｏｌ)およびＤＭＦ(１０ｍｌ)中のＥｔ3 Ｎ(５０μｍｏｌ)で４２時間シェーカー上で処理した。支持体をＤＭＦ（３×１ ０ｍｌ）、ＣＨ3ＣＮ（２×１０ｍｌ）およびＣＨ2Ｃｌ2(１×１０ｍｌ)で洗浄 し、強真空下で２４時間乾燥させた。ニンヒドリンテストによって０.５μｍｏ ｌ／ｇ未満のアミンが残っているのが分かった。支持体をＴＨＦ中の無水酢酸／ ルチジン（１０％溶液、５ｍｌ）およびＴＨＦ中の１−メチルイミダゾル（１６ ％溶液、５ｍｌ）で１時間室温で処理し、続いてＣＨ3ＣＮ（３×１０ｍｌ）お よびＣＨ2Ｃｌ2（２×１０ｍｌ）で洗浄して強真空下で２４時間乾燥させた。ト リチル陽イオンアッセーは４.８μｍｏｌ／ｇの最終ローディングを示した。 ＴＡＭＲＡ染料によるＣＰＧ支持体の誘導体形成：ＣＰＧ(５００Å、４０μ ｍｏｌ／ｇアミンローディング、５００ｍｇ、２０μｍｏｌ)、化合物５(３１ｍ ｇ、２２μｍｏｌ)、１−ヒドロキシベンゾトリアゾル（５.９ｍｇ、２２μｍｏ ｌ）、（２−（１Ｈ−ベンゾトリアゾル−１−イル）−１，１，３，３−テトラ メチルウオニウムヘキサフルオロホスフェート(８.４ｍｇ、２２μｍｏｌ)、Ｎ ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（１０.４μｌ、６０μｍｏｌ）のＤＭＦ（ １０ｍｌ）中の混合物をリストアクションシェーカーで４時間室温で震盪した。 この支持体をＤＭＦ（３×１０ｍｌ）、ＣＨ3ＣＮ（２×１０ｍｌ）およびＣＨ2 Ｃｌ2（１×１０ｍｌ）で洗浄し、強真空下で一晩乾燥させた。ニンヒドリンア ッセーによって４μｍｏｌ／ｇのアミンが残っているのが分かった。トリチル陽 イオンアッセーは。ＣＰＧ上に化合物５の１５μｍｏｌ／ｇのローディングを示 した。この支持体をＴＨＦ中の無水酢酸／ルチジン（１０％溶液、５ｍｌ）およ びＴＨＦ中の１−メチルイミダゾル（１６％溶液、５ｍｌ）で２時間室温で 処理した。支持体をＣＨ3ＣＮ(３×１０ｍｌ)およびＣＨ2Ｃｌ2（１×１０ｍｌ ）で洗浄した。支持体をＤＭＦ中の２０％ピペリジン（３×１０ｍｌ）で処理し Ｆｍｏｃ保護基を除去した。Ｆｍｏｃ基の除去は３０２ｎｍで溶液のＵＶを測定 することによってモニターした。支持体をＤＭＦ（３×１０ｍｌ）で洗浄した。 支持体を続いてＴＡＭＲＡＮＨＳエステル（２５ｍｇ、４５μｍｏｌ）およびＤ ＭＦ（５ｍｌ）中のＥｔ3Ｎ(９０μｍｏｌ)で４２時間シェーカー上で処理した 。支持体をＤＭＦ（３×１０ｍｌ）、ＣＨ3ＣＮ（２×１０ｍｌ）およびＣＨ2Ｃ ｌ2（１×１０ｍｌ）で洗浄し、強真空下で２４時間乾燥させた。ニンヒドリン テストによって１μｍｏｌ／ｇ未満のアミンが残っているのが分かった。支持体 をＴＨＦ中の無水酢酸／ルチジン（１０％溶液、５ｍｌ）およびＴＨＦ中の１− メチルイミダゾル（１６％溶液、５ｍｌ）で１時間室温で処理し、続いてＣＨ3 ＣＮ(３×１０ｍｌ)およびＣＨ2Ｃｌ2(２×１０ｍｌ)で洗浄して強真空下で２４ 時間乾燥させた。トリチル陽イオンアッセーは１４μｍｏｌ／ｇの最終ローディ ングを示した。 ＦＡＭおよびＴＡＭＲＡ二重標識プローブの合成：ＴＡＭＲＡ標識支持体７お よび９、ＤＮＡFastPhosphoramidite およびＦＡＭを４０ｎｍｏｌ規模で用いて 二重染料標識プローブを合成した。合成終了後、プローブを含む支持体を４ｍｌ のガラスバイアルに移し、ＭｅＯＨ：ｔ−ＢｕＮＨ2：Ｈ2Ｏ（１：１：２）の混 合物で３時間６５℃で処理した。注射筒で液体を除去し、支持体をＨ2Ｏ：Ｍｅ ＯＨ（３：１）およびＭｅＯＨで洗浄した。真空下で支持体を乾燥させハイブリ ダイゼーションアッセーに用いた。 ３．オリゴヌクレオチドプローブを用いたハイブリダイゼーションアッセー ヒトβ−アクチン遺伝子のエクソン３の２９５塩基対セグメント(S．Nakajima -Iijima(Proc．Natl．Acad．Sci．USA 82:6133-6137(1985))が開示したヌクレオ チド２１４１−２４３５)は、１０ｍＭトリス−ＨＣｌ（ｐＨ８.３）、５０ｍＭ ＫＣｌ、４ｍＭＭｇＣｌ2、３００ｍＭのプライマーＡＦＰ(配列番号：７)、３ ００ｎＭのプライマービオチン−ＡＲＰ（５’末端にビオチンを結合させた配列 番号：８）、２００μＭｄＡＴＰ、２００μＭｄＣＴＰ、２００μＭｄＧＴＰ、 ２００μＭｄＴＴＰおよび１.２５単位のＡｍｐｌｉＴａｑ（Perkin-Elmer）を 含 む５０μｌの反応物を用いて増幅できる。反応は２０ｎｇのヒトゲノムＤＮＡの 存在下（＋鋳型）または非存在下（−鋳型）で実施される。 ５０℃（２分）；９５℃（１０分）；さらに９５℃（２０秒）続いて６０℃（ １分）の４０サイクルという温度循環の後、各サンプルに２００μｌのハイブリ ダイゼーション緩衝液（５×ＳＳＣ、８％（ｖ／ｖ）ギ酸アミド、８％（ｖ／ｖ ）トリトンＸ−１００）を添加して希釈する。生じたサンプルをストレプトアビ ジン被覆９６穴（ウェル）のマイクロタイタープレート（Xenopore Corp.，サッ ドルブルック、ニュージャージー）に移し、増幅β−アクチンＤＮＡセグメント を捕捉するために３７℃で３０分保温した。続いて各ウェルを３５０μｌの燐酸 緩衝食塩水／０.０５％トゥイーン−２０で洗浄した。一切の非ビオチン化ＤＮ Ａを１００μｌの０.１ＭＮａＯＨ／１ｍＭＥＤＴＡを添加することによって除 去し、室温で５分保温し、３５０μｌの燐酸緩衝食塩水／０.０５％トゥイーン −２０で洗浄する。続いて、プローブＡ１−２６（配列番号：９、ヌクレオチド １−２６（Ａ１−２６）、報知分子ＦＡＭおよび消光分子ＴＡＭＲＡで標識）を １００ｎＭ含むハイブリダイゼーション緩衝液の５０μｌを加え、３７℃で３０ 分保温する。 続いて、パーキン・エルマータックマン(Perkin-Elmer TaqMan)ＬＳ−５０Ｂ システムを用いて５１８ｎｍおよび５８２ｎｍで蛍光を測定する。続いて実施例 ５で述べるようにΔＲＱを算出する。ΔＲＱの大きさはＡ１−２６プローブのハ イブリダイゼーションのレベルを示し、したがって各ウェルに捕捉された増幅β −アクチンＤＮＡセグメント量の大きさである。 ４．固形支持体に結合させたオリゴヌクレオチドプローブを用いるハイブリダ イゼーションアッセー ３通りのプローブ／固形支持体組み合わせを調べた：Ａ１−ＰＳ：ポリスチレ ン支持体に結合させたＡ１（配列番号：９）；Ａ１−ＣＰＧ：ガラス支持体に結 合させたＡ１（配列番号：９）；およびＧ１−ＰＳ：ポリスチレン支持体に結合 させたＧ１（配列番号：１３）。 ３つのプローブは全て当該配列の５’末端にＦＡＭが結合され、ＴＡＭＲＡは ３’末端に結合されている。５０μｌの１×ＰＣＲ緩衝液（１０ｍＭトリス− ＨＣｌ(ｐＨ８.３)、５０ｍＭＫＣｌ、３.５ｍＭＭｇＣｌ2）中に各プローブ／ 固形支持体を懸濁させることによって鋳型無し反応を調製した。鋳型＋反応のた めには、Ａ１−ＰＳおよびＡ１−ＣＰＧを５０μｌの１×ＰＣＲ緩衝液＋１μＭ のＡ１Ｃに懸濁し、Ｇ１−ＰＳを５０μｌの１×ＰＣＲ緩衝液＋１μＭのＧ１Ｃ に懸濁した。 反応物を９５℃で１分保温し、続いて室温まで徐冷した。各懸濁物の一部を顕 微鏡スライドに載せた。各サンプルを４８８ｎｍ光で励起し、５１８ｎｍまたは ５８３干渉フィルターのいずれかを用いて蛍光像をＣＣＤアレー上で捕捉した。 この像の分析は、５１８ｎｍ像の最大ピクセル値を見つけ、続いて同じピクセル についての５８３ｎｍ値を見つけることによって実施した。緩衝液で得られたバ ックグラウンドの読みを差し引くことによってピクセル値を修正した。表５は表 示したプローブの蛍光測定値の結果を示す。 ５．オリゴヌクレオチドプローブを用いたＰＣＲ増幅をモニターする方法 全てのＰＣＲ増幅はパーキン・エルマーサーモサイクラー９６００で実施し、 １０ｍＭトリス−ＨＣｌ（ｐＨ８.３）、５０ｍＭＫＣｌ、２００μＭｄＡＴＰ 、２００μＭｄＣＴＰ、２００μＭｄＧＴＰ、４００μＭｄＵＴＰ、０.５単位 のAmpEraseTMウラシルＮ−グリコリアーゼ（Perkin-Elmer）および１.２５単位 のAmpliTaqTM（Perkin-Elmer）を含む５０μｌ反応物を用いた。ヒトβ−アクチ ン遺伝子のエクソン３の２９５塩基対セグメント(S．Nakajima-Iijima(Proc．Na tl．Acad．Sci．USA 82:6133-6137(1985))が開示したヌクレオチド２１４１− ２４３５）を以下に挙げたＡＦＰおよびＡＲＰプライマーを用いて増幅した。増 幅反応物は、４ｍＭＭｇＣｌ2、２０ｎｇヒトゲノムＤＮＡ、５０ｎＭＡ１また はＡ３プローブおよび各プライマー３００ｎＭを含んでいた。温度処理は以下の 通りであった：５０℃（２分）；９５℃（１０分）；９５℃（２０秒）、６０℃ （１分）の４０サイクルおよび７２℃での保持。５１５塩基対セグメントは、ベ クターｐＵＣ１１９のＳｍａＩ部位に挿入されたλＤＮＡのセグメント（ヌクレ オチド３２、２２０−３２、７４７）から成るプラスミドで増幅した。これらの 反応物は３.５ｍＭＭｇＣｌ2、１ｎｇのプラスミドＤＮＡ、５０ｎＭのＰ２また はＰ５プローブ、２００ｎＭのプライマーＦ１１９および２００ｎＭのプライマ ーＲ１１９を含んでいた。温度処理は以下の通り：５℃（２分）；９５℃（１０ 分）：９５℃（２０秒）、５７℃（１分）の２５サイクル；および７２℃での保 持。 各増幅反応物について、４０μｌを９６ウェルの白色マイクロタイタープレー ト（Perkin-Elmer）の個々のウェルに移した。蛍光はパーキン・エルマータック マン（登録商標）ＬＳ−５０Ｂシステムで測定したが、このシステムは、プレー ト読み取り装置部、４８５ｎｍ励起フィルターおよび５１５ｎｍ発光フィルター をもつルミネッセンス分光計から成る。励起は、５ｎｍのスリット幅を用いて４ ８８ｎｍで実施した。発光は、６−ＦＡＭ（報知分子、またはＲバルブ）につい ては５１８ｎｍで、ＴＡＭＲＡ（消光分子またはＱバルブ）については５８２ｎ ｍで１０ｎｍのスリット幅を用いて測定した。ＰＣＲ中の切断による報知分子発 光の増加を求めるために、３つの標準化を未処理発光データに用いた。第一に、 緩衝液ブランクの発光強度を各波長について差し引いた。第二に、報知分子の発 光強度を消光分子の発光強度で割って、各反応試験管についてＲＱ比を出した。 これによって、個々のウェルについてのプローブ濃度の変動と蛍光測定値の変動 が標準化される。最後に、鋳型を含まないコントロールのＲＱ値(ＲＱ-)を鋳型 を含む完全な反応物のＲＱ値（ＲＱ+）から差し引いてΔＲＱを算出する。 ３組のプローブ対をＰＣＲアッセーでテストした。各対について、１方のプロ ーブは内部ヌクレオチドに結合したＴＡＭＲＡをもち、他方は３’末端ヌクレオ チドに結合したＴＡＭＲＡをもつ。結果は表６に示す。３組全てについて、３’ 消光分子をもつプローブは、内部消光分子をもつものよりも顕著に高いΔＲＱ値 を示す。 表７は、一本鎖および二本鎖状態における表示プローブの蛍光測定の結果を示 す。オリゴヌクレオチドの対立する末端に報知分子および消光分子をもつプロー ブでは、ハイブリダイゼーションはＲＱの劇的な増加をもたらす。 前述した本発明の好ましい実施態様は実例と説明のために提供し、開示した厳 密な形態に限定することを目的とするものではない。当業者には多くの修飾およ び変形が明らかであろう。本発明の範囲は以下の請求の範囲およびその同等物に よって範囲が定まる。
【手続補正書】 【提出日】１９９８年３月４日 【補正内容】 請求の範囲 １．自分自身とハイブリダイズしてヘアピン構造を形成しないオリゴヌクレオチ ド配列、当該オリゴヌクレオチド配列に結合された蛍光報知分子、および当該蛍 光報知分子の蛍光を消光できる当該オリゴヌクレオチド配列に結合された消光分 子を含むオリゴヌクレオチドプローブであって、当該オリゴヌクレオチド配列は ハイブリダイズしていないときは少なくとも一本鎖構造で存在し、この場合、当 該消光分子は当該報知分子の蛍光を消去し、当該オリゴヌクレオチド配列は標的 ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときは少なくとも１つの構造で存在 し、この場合、当該報知分子の蛍光は消光されず、当該オリゴヌクレオチド配列 が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときに最大発光の当該報 知分子の蛍光強度は、当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌクレオチド とハイブリダイズしていないときに最大発光の当該報知分子の蛍光強度よりも少 なくとも６倍強い 、上記のオリゴヌクレオチドプローブ。 ２．当該報知分子が当該消光分子から少なくとも１５ヌクレオチド離れている、 請求の範囲第１項のオリゴヌクレオチドプローブ。 ３．当該報知分子が当該消光分子から１５ヌクレオチドから６０ヌクレオチド離 れている、請求の範囲第３項のオリゴヌクレオチドプローブ。 ４．当該報知分子が当該消光分子から少なくとも１８ヌクレオチド離れている、 請求の範囲第１項のオリゴヌクレオチドプローブ。 ５．当該報知分子が当該消光分子から１８ヌクレオチドから３０ヌクレオチド離 れている、請求の範囲第２項のオリゴヌクレオチドプローブ。 ６．当該報知分子が当該オリゴヌクレオチド配列の３’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第１項のオリゴヌクレオチドプローブ。 ７．当該消光分子が当該オリゴヌクレオチド配列の５’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第６項のオリゴヌクレオチドプローブ。 ８．当該報知分子が当該オリゴヌクレオチド配列の５’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第１項のオリゴヌクレオチドプローブ。 ９．当該消光分子が当該オリゴヌクレオチド配列の３’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第８項のオリゴヌクレオチドプローブ。 10．当該消光分子が当該オリゴヌクレオチド配列の３’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第１項のオリゴヌクレオチドプローブ。 11．当該消光分子が当該オリゴヌクレオチド配列の５’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第１項のオリゴヌクレオチドプローブ。 12．当該報知分子がフルオレセイン染料で、さらに当該消光分子がローダミン染 料である、請求の範囲第１項のオリゴヌクレオチドプローブ。 13．当該消光分子が蛍光性で、当該報知分子の最大発光時の蛍光強度が、当該オ リゴヌクレオチド配列 が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていると きの当該消光分子の最大発光時の蛍光強度より強い、請求の範囲第１項のオリゴ ヌクレオチドプローブ。 14．当該報知分子の最大発光時の蛍光強度が、当該オリゴヌクレオチド配列が当 該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの当該消光分子の最大発 光時 の蛍光強度よりも係数で少なくとも３.５倍強い、請求の範囲第１３項のオ リゴヌクレオチドプローブ。 15．自分自身とハイブリダイズしてヘアピン構造を形成しないオリゴヌクレオチ ド配列、当該オリゴヌクレオチド配列に結合された蛍光報知分子、および当該オ リゴヌクレオチド配列に結合された当該蛍光報知分子の蛍光を消光できる消光分 子を含むオリゴヌクレオチドプローブであって、当該オリゴヌクレオチド配列は ハイブリダイズしていないときは少なくとも一本鎖構造で存在し、この場合、当 該消光分子は当該報知分子の蛍光を消光し、当該オリゴヌクレオチド配列 は標的 ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときは少なくとも１つの構造で存在 し、この場合、当該報知分子の蛍光は消光されず、当該プローブが当該標的ポリ ヌクレオチドとハイブリダイズしているときの最大発光の当該消光分子に対する 当該報知分子の蛍光強度の比は、当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌ クレオチドとハイブリダイズしていないときの最大発光 の当該消光分子に対する 当該報知分子の蛍光強度の比よりも少なくとも６倍強い、上記のオリゴヌクレオ チドプローブ。 16．固形支持体、当該固形支持体に結合されたヘアピン構造を形成しないオリゴ ヌクレオチド配列、当該オリゴヌクレオチド配列に結合された蛍光報知分子、お よび当該オリゴヌクレオチド配列に結合された当該報知分子の蛍光を消光できる 消光分子を含むオリゴヌクレオチドプローブであって、当該オリゴヌクレオチド 配列 はハイブリダイズしていないときは少なくとも一本鎖構造で存在し、この場 合、当該消光分子は当該報知分子の蛍光を消光し、当該オリゴヌクレオチド配列 は標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときは少なくとも１つの構造 で存在し、この場合、当該報知分子の蛍光は消光されず、当該オリゴヌクレオチ ド配列が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの最大発光の 当該報知分子の蛍光強度は、当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌクレ オチドとハイブリダイズしていないときの最大発光の当該報知分子の蛍光強度よ りも少なくとも６倍強い、上記のオリゴヌクレオチドプローブ。 17．当該オリゴヌクレオチド配列が当該固形支持体にリンカーで結合される請求 の範囲第１６項のプローブ。 18．当該リンカーが当該固形支持体から当該オリゴヌクレオチド配列を少なくと も３０原子分離させる、請求の範囲第１７項のプローブ。 19．当該リンカーが当該固形支持体から当該オリゴヌクレオチド配列を少なくと も５０原子分離させる、請求の範囲第１８項のプローブ。 20．該リンカーが、官能基付加ポリエチレングリコールである請求の範囲第１７ 項のプローブ。 21．該リンカーが、ポリヌクレオチドである請求の範囲第２０項のプローブ。 22．当該リンカーが、当該オリゴヌクレオチド配列を当該固形支持体から遊離さ せることができる分離可能な連結を含む請求の範囲第１７項のプローブ。 23．当該消光分子が蛍光性で、当該報知分子の最大発光時の蛍光強度が、当該オ リゴヌクレオチド配列 が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていると きの当該消光分子の蛍光強度よりも強い請求の範囲第１６項のプローブ。 24．当該報知分子の最大発光時の蛍光強度が、当該オリゴヌクレオチド配列が当 該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの当該消光分子の最大発 光時の蛍光強度よりも係数で少なくとも３.５強い請求の範囲第２３項のプロ ーブ。 25．固形支持体、当該固形支持体に結合されたヘアピン構造を形成しないオリゴ ヌクレオチド配列、当該オリゴヌクレオチド配列に結合された蛍光報知分子、お よび当該オリゴヌクレオチド配列に結合された当該報知分子の蛍光を消光できる 蛍光消光分子を含むオリゴヌクレオチドプローブであって、当該オリゴヌクレオ チドプローブはハイブリダイズしていないときは少なくとも一本鎖構造で存在し 、この場合、当該消光分子は当該報知分子の蛍光を消光し、標的ポリヌクレオチ ドとハイブリダイズしているときは当該オリゴヌクレオチドプローブは少なくと も１つの構造で存在し、この場合、当該報知分子の蛍光は消光されず、当該プロ ーブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの最大発光の当 該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比は、当該オリゴヌクレオチド配 列 が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていないときの最大発光の当 該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比よりも少なくとも６倍強い、上 記のオリゴヌクレオチドプローブ。 26．核酸増幅をモニターする方法であって、 ５’→３’のヌクレアーゼ活性をもつ核酸ポリメラーゼ、当該標的ポリヌク レオチドとハイブリダイズすることができるプライマー、および当該プライマー に対して３’側で当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズすることができる オリゴヌクレオチドプローブを用いて標的ポリヌクレオチドについて核酸増幅を 実施する工程、および 報知分子の蛍光、核酸増幅の発生を示す報知分子の蛍光の増加をモニターす る工程を含む方法において、当該オリゴヌクレオチドプローブが、自分自身とハ イブリダイズしてヘアピン構造を形成しない オリゴヌクレオチド配列、蛍光報知 分子および当該報知分子の蛍光を消光できる消光分子を有し、当該オリゴヌクレ オチド配列 はハイブリダイズしていないときは少なくとも一本鎖構造で存在し、 この場合、当該消光分子は当該報知分子の蛍光を消光し、当該標的ポリヌクレオ チドとハイブリダイズしているときは当該オリゴヌクレオチド配列は少なくとも １つの構造で存在し、この場合、当該報知分子の蛍光は消光されず、当該配列が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの 当 該報知分子の最大発光時の蛍光強度は、当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的 ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていないときの当該報知分子の蛍光強度よ りも強く 、当該核酸ポリメラーゼは増幅時に当該オリゴヌクレオチドプローブを 消化して当該報知分子を当該消光分子から分離させることを特徴とする方法。 27．当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズ しているときの最大発光の 当該報知分子の蛍光強度が、当該オリゴヌクレオチド 配列が当該標的ポリヌクレオチドハイブリダイズしていないときに最大発光の当 該報知分子の蛍光強度 より少なくとも６倍強い、請求の範囲第２６項の方法。 28．当該報知分子が当該消光分子から少なくとも１５ヌクレオチド離れている、 請求の範囲第２６項の方法。 29．当該報知分子が当該消光分子から１５ヌクレオチドから６０ヌクレオチド離 れている、請求の範囲第２８項の方法。 30．当該報知分子が当該消光分子から少なくとも１８ヌクレオチド離れている、 請求の範囲第２６項の方法。 31．当該報知分子が当該消光分子から１８ヌクレオチドから３０ヌクレオチド離 れている、請求の範囲第３０項の方法。 32．当該報知分子が当該オリゴヌクレオチド配列の３’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第２６項の方法。 33．当該消光分子が当該オリゴヌクレオチド配列の５’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第３２項の方法。 34．当該報知分子が当該オリゴヌクレオチド配列の５’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第２６項の方法。 35．当該消光分子が当該オリゴヌクレオチド配列の３’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第３４項の方法。 36．当該消光分子が当該オリゴヌクレオチド配列の３’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第２６項の方法。 37．当該消光分子が当該オリゴヌクレオチド配列の５’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第２６項の方法。 38．当該核酸ポリメラーゼが耐熱性核酸ポリメラーゼである請求の範囲第２６項 の方法。 39．当該報知分子がフルオレセイン染料で、さらに当該消光分子がローダミン染 料である、請求の範囲第２６項の方法。 40．核酸増幅をモニターする方法であって、 ５’→３’のヌクレアーゼ活性をもつ核酸ポリメラーゼ、標的ポリヌクレオ チドとハイブリダイズすることができるプライマー、および当該プライマーに対 して３’側で当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズすることができるオリ ゴヌクレオチドプローブを用いて標的ポリヌクレオチドについて核酸増幅を実施 する工程、および 当該報知分子の蛍光と当該消光分子の蛍光との間の比、核酸増幅の発生を示 す当該比の増加をモニターする工程を含む方法において、当該オリゴヌクレオチ ドプローブが、自分自身とハイブリダイズしてヘアピン構造を形成しないオリゴ ヌクレオチド配列、蛍光報知分子および当該報知分子の蛍光を消光できる消光分 子を有し、当該オリゴヌクレオチド配列はハイブリダイズしていないときは少な くとも一本鎖構造で存在し、この場合、当該消光分子は当該報知分子の蛍光を消 光し、当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときは当該オリゴヌ クレオチド配列 は少なくとも１つの構造で存在し、この場合、当該報知分子の蛍 光は消光されず、当該プローブが標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしてい るときの最大発光の当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比は、当該 オリゴヌクレオチド配列 が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていな いときの最大発光の当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比よりも大 きく、当該核酸ポリメラーゼは増幅時に当該オリゴヌクレオチドプローブを消化 して当該報知分子を当該消光分子から分離させることを特徴とする方法。 41．サンプル中の標的ポリヌクレオチドを検出する方法であって、 ハイブリダイゼーションに適した条件下で核酸サンプルをオリゴヌクレオチ ドプローブと接触させる工程、および 報知分子の蛍光、標的配列の存在を示す当該報知分子の蛍光強度の増加をモ ニターする工程を含む方法において、当該オリゴヌクレオチドプローブは、検出 されるべき当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズすることができかつそれ 自身でヘアピン構造を形成しないオリゴヌクレオチド配列 、蛍光報知分子および 当該報知分子の蛍光を消光できる消光分子を含み、当該オリゴヌクレオチド配列 はハイブリダイズしていないときは少なくとも一本鎖構造で存在し、この場合、 当該消光分子は当該報知分子の蛍光を消光し、当該標的ポリヌクレオチドとハイ ブリダイズしているときは当該オリゴヌクレオチド配列は少なくとも１つの構造 で存在し、この場合、当該報知分子の蛍光は消光されず、当該オリゴヌクレオチ ドプローブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの最大発 光 の当該報知分子の蛍光強度は、当該オリゴヌクレオチドプローブが当該標的ポ リヌクレオチドとハイブリダイズしていないときの最大発光の当該報知分子の蛍 光強度よりも強いことを特徴とする方法。 42．当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズ しているときの最大発光の当該報知分子の蛍光強度が、当該オリゴヌクレオチド配列 が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていないときの最大発光の 当該報知分子の蛍光強度よりも少なくとも約６倍強い、請求の範囲第４１項の方 法。 43．当該報知分子が、当該消光分子から少なくとも１５ヌクレオチド離れている 請求の範囲第４１項の方法。 44．当該報知分子が、当該消光分子から１５ヌクレオチドから６０ヌクレオチド 離れている請求の範囲第４３項の方法。 45．当該報知分子が、当該消光分子から少なくとも１８ヌクレオチド離れている 請求の範囲第４１項の方法。 46．当該報知分子が、当該消光分子から１８ヌクレオチドから３０ヌクレオチド 離れている請求の範囲第４５項の方法。 47．当該報知分子が当該オリゴヌクレオチド配列の３’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第４１項の方法。 48．当該消光分子が当該オリゴヌクレオチド配列の５’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第４６項の方法。 49．当該報知分子が当該オリゴヌクレオチド配列の５’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第４１項の方法。 50．当該消光分子が当該オリゴヌクレオチド配列の３’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第４９項の方法。 51．当該消光分子が当該オリゴヌクレオチド配列の３’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第４１項の方法。 52．当該消光分子が当該オリゴヌクレオチド配列の５’末端ヌクレオチドに結合 される、請求の範囲第４１項の方法。 53．当該核酸ポリメラーゼが耐熱性核酸ポリメラーゼである請求の範囲第４１項 の方法。 54．当該報知分子がフルオレセイン染料で、さらに当該消光分子がローダミン染 料である、請求の範囲第４１項の方法。 55．当該消光分子が蛍光性で、さらに最大発光時の当該報知分子の蛍光強度が、 当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズして いるときの当該消光分子の蛍光強度よりも強い、請求の範囲第４１項の方法。 56．当該報知分子の最大発光時の蛍光強度が、当該オリゴヌクレオチド配列が当 該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの最大発光の当該消光分 子の蛍光強度より少なくとも３.５倍強い、請求の範囲第５５項の方法。 57．サンプル中の標的ポリヌクレオチドを検出する方法であって、 ハイブリダイゼーションに適した条件下で核酸サンプルをオリゴヌクレオチ ドプローブと接触させる工程、および 当該報知分子の蛍光と当該消光分子の蛍光との間の比、標的ポリヌクレオチ ドの存在を示す当該比の増加をモニターする工程を含む方法において、当該オリ ゴヌクレオチドプローブは、検出されるべき当該標的ポリヌクレオチドとハイブ リダイズすることができ、かつ自分自身でハイブリダイズしてヘアピン構造を形 成しない オリゴヌクレオチド配列、蛍光報知分子および当該報知分子の蛍光を消 光できる消光分子を含み、当該オリゴヌクレオチド配列はハイブリダイズしてい ないときは少なくとも一本鎖構造で存在し、この場合、当該消光分 子は当該報知分子の蛍光を消光し、当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズ しているときは当該オリゴヌクレオチド配列は少なくとも１つの構造で存在し、 この場合、当該報知分子の蛍光は消光されず、当該オリゴヌクレオチド配列が当 該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの最大発光の当該消光分 子に対する当該報知分子の蛍光強度の比は、当該オリゴヌクレオチド配列が当該 標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていないときの最大発光 の当該消光分 子に対する当該報知分子の蛍光強度比よりも大きいことを特徴とする方法。 58．当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズ しているときの最大発光の当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比が 、当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズし ていないときの最大発光 の当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比よ りも少なくとも６倍大きい、請求の範囲第５７項の方法。 59．サンプル中の標的ポリヌクレオチドを検出する方法であって、 ハイブリダイゼーションに適した条件下で核酸サンプルを固形支持体に結合 されたオリゴヌクレオチドプローブと接触させる工程、および 報知分子の蛍光、標的ポリヌクレオチドの存在を示す報知分子の蛍光強度の 増加をモニターする工程を含む方法において、当該オリゴヌクレオチドプローブ が、検出されるべき当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズすることができ 、かつ自分自身でハイブリダイズしてヘアピン構造を形成しない オリゴヌクレオ チド配列、蛍光報知分子および当該報知分子の蛍光を消光できる消光分子を含み 、当該オリゴヌクレオチド配列はハイブリダイズしていないときは少なくとも一 本鎖構造で存在し、この場合、当該消光分子は当該報知分子の蛍光を消光し、当 該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときは当該オリゴヌクレオチ ド配列 は少なくとも１つの構造で存在し、この場合、当該報知分子の蛍光は消光 されず、当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダ イズしているときの最大発光の当該報知分子の蛍光強度は、当該オリゴヌクレオ チド配列 が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていないときの最大発 光 の当該報知分子の蛍光強度よりも強いことを特徴とす る方法。 60．当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズ しているときの最大発光の当該報知分子の蛍光強度が、当該オリゴヌクレオチド 配列 が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていないときの最大発光の 当該報知分子の蛍光強度よりも少なくとも６倍強い、請求の範囲第５９項の方法 。 61．当該配列がリンカーによって当該固形支持体に結合される請求の範囲第５９ 項の方法。 62．該リンカーが当該固形支持体から当該配列を少なくとも３０原子分離させる 、請求の範囲第６１項の方法。 63．当該リンカーが当該固形支持体から当該配列を少なくとも５０原子分離させ る、請求の範囲第６１項の方法。 64．当該リンカーが、官能基付加ポリエチレングリコールである請求の範囲第６ １項の方法。 65．当該リンカーがポリヌクレオチドである請求の範囲第６４項の方法。 66．当該消光分子が蛍光性で、さらに当該報知分子の最大発光の蛍光強度が、当 該オリゴヌクレオチド配列 が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしてい るときの最大発光の当該消光分子の蛍光強度より強い、請求の範囲第５９項の方 法。 67．当該報知分子の最大発光の蛍光強度が、当該オリゴヌクレオチド配列が当該 標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの最大発光の当該消光分子 の蛍光強度より少なくとも３.５倍強い、請求の範囲第６６項の方法。 68．サンプル中の標的ポリヌクレオチドを検出する方法であって、 ハイブリダイゼーションに適した条件下で核酸サンプルを固形支持体に結合 されたオリゴヌクレオチドプローブと接触させる工程、および 報知分子の蛍光と消光分子の蛍光との間の比、標的ポリヌクレオチドの存在 を示す当該比の増加をモニターする工程を含む方法において、当該オリゴヌクレ オチドプローブは、検出されるべき当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズ すことができ、かつ自分自身とハイブリダイズしてヘアピン構造を形成し ない オリゴヌクレオチド配列、蛍光報知分子および当該報知分子の蛍光を消光で きる消光分子を含み、当該オリゴヌクレオチド配列はハイブリダイズしていない ときは少なくとも一本鎖構造で存在し、この場合、当該消光分子は当該報知分子 の蛍光を消光し、当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときは当 該オリゴヌクレオチド配列 は少なくとも１つの構造で存在し、この場合、当該報 知分子の蛍光は消光されず、当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌクレ オチドとハイブリダイズしているときの最大発光の当該消光分子に対する当該報 知分子の蛍光強度の比は、当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌクレオ チドとハイブリダイズしていないときの最大発光の当該消光分子に対する当該報 知分子の蛍光強度比よりも大きいことを特徴とする方法。 69．当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズ しているときの最大発光の当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比が 、当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズし ていないときの最大発光 の当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比よ りも少なくとも６倍大きい、請求の範囲第６８項の方法。 70．自分自身でハイブリダイズしてヘアピン構造を形成しないオリゴヌクレオチ ド配列、当該オリゴヌクレオチド配列に結合された蛍光報知分子、および当該報 知分子から少なくとも１５ヌクレオチド離れて当該オリゴヌクレオチド配列に結 合されている当該報知分子の蛍光を消光できる消光分子を含むオリゴヌクレオチ ドプローブであって、当該オリゴヌクレオチド配列はハイブリダイズしていない ときは少なくとも一本鎖構造で存在し、この場合、当該消光分子は当該報知分子 の蛍光を消光し、当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときは当 該オリゴヌクレオチド配列は少なくとも１つの構造で存在し、この場合、当該報 知分子の蛍光は消光されず、当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌクレ オチドとハイブリダイズしているときの最大発光の当該報知分子の蛍光強度は、 当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズして いないときの最大発光の当該報知分子の蛍光強度よりも強いことを特徴とするオ リゴヌクレオチドプローブ。 71．当該報知分子が当該消光分子から少なくとも１８ヌクレオチド離れている、 請求の範囲第７０項のオリゴヌクレオチドプローブ。 72．当該報知分子が当該消光分子から１５から６０ヌクレオチド離れている、請 求の範囲第７０項のオリゴヌクレオチドプローブ。 73．当該報知分子が当該消光分子から少なくとも１８から６０ヌクレオチド離れ ている、請求の範囲第７０項のオリゴヌクレオチドプローブ。 74．当該報知分子が当該消光分子から１８から３０ヌクレオチド離れている、請 求の範囲第７０項のオリゴヌクレオチドプローブ。 75．固形支持体、該固形支持体に結合させた自分自身でハイブリダイズしてヘア ピン構造を形成しないオリゴヌクレオチド配列、当該オリゴヌクレオチド配列に 結合された蛍光報知分子、および当該報知分子から少なくとも１５ヌクレオチド 離れて当該オリゴヌクレオチド配列に結合されている当該報知分子の蛍光を消光 できる消光分子を含むプローブであって、当該オリゴヌクレオチド配列はハイブ リダイズしていないときは少なくとも一本鎖構造で存在し、この場合当該消光分 子は当該報知分子の蛍光を消光し、当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズ しているときは当該オリゴヌクレオチド配列は少なくとも１つの構造で存在し、 この場合、当該報知分子の蛍光は消光されず、当該オリゴヌクレオチド配列が当 該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの最大発光の当該報知分 子の蛍光強度は、当該オリゴヌクレオチド配列が当該標的ポリヌクレオチドとハ イブリダイズしていないときの最大発光の当該報知分子の蛍光強度よりも強いこ とを特徴とするプローブ。 76．当該報知分子が当該消光分子から少なくとも１８ヌクレオチド離れている、 請求の範囲第７５項のプローブ。 77．当該報知分子が当該消光分子から１５から６０ヌクレオチド離れている、請 求の範囲第７５項のプローブ。 78．当該報知分子が当該消光分子から少なくとも１８から６０ヌクレオチド離れ ている、請求の範囲第７５項のプローブ。 79．当該報知分子が当該消光分子から１８から３０ヌクレオチド離れている、請 求の範囲第７５項のプローブ。 80．該配列がリンカーによって当該固形支持体に結合される、請求の範囲第７５ 項のプローブ。 81．当該リンカーが当該固形支持体から当該配列を少なくとも３０原子分離させ る、請求の範囲第８０項のプローブ。 82．当該リンカーが該固形支持体から当該配列を少なくとも５０原子分離させる 、請求の範囲第８０項のプローブ。 83．当該リンカーが、官能基付加ポリエチレングリコールである請求の範囲第８ ０項のプローブ。 84．当該リンカーがポリヌクレオチドである請求の範囲第８３項のプローブ。 85．当該リンカーが、当該オリゴヌクレオチド配列を当該固形支持体から遊離さ せることができる分離可能な連結を含む請求の範囲第８０項のプローブ。 86．当該プローブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの 最大発光の当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比が、当該オリゴヌ クレオチド配列が当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていないときの 最大発光の当該消光分子に対する当該報知分子の発光強度の比よりも少なくとも ６倍大きい、請求の範囲第４０項の方法。 87．５’→３’のヌクレアーゼ活性をもつ核酸ポリメラーゼ、標的ポリヌクレオ チドとハイブリダイズすることができるプライマー、および当該プライマーに対 して３’側で当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズすることができるオリ ゴヌクレオチドプローブを用いて当該標的ポリヌクレオチドについて核酸増幅を 実施する工程、および報知分子の蛍光と消光分子の蛍光との間の比、核酸増幅の 発生を示す当該比の増加をモニターする工程を含む核酸増幅をモニターする方法 であって、当該オリゴヌクレオチドプローブが、自分自身でハイブリダイズして ヘアピン構造を形成しないオリゴヌクレオチド配列、蛍光報知分子および当該報 知分子の蛍光を消光することができる消光分子を有し、ここで当該報知分子は当 該消光分子から少なくとも１５ヌクレオチド離れていて、さらに当該核酸ポリメ ラーゼは増幅中に当該オリゴヌクレオチドプローブを消化して、当該消光分子か ら当該報知分子を遊離させることを特徴とする方法。 88．当該報知分子が当該消光分子から１５から６０ヌクレオチド離れている、請 求の範囲第８７項の方法。 89．当該報知分子が当該消光分子から少なくとも１８ヌクレオチド離れている、 請求の範囲第８７項の方法。 90．当該報知分子が当該消光分子から１８から３０ヌクレオチド離れている、請 求の範囲第８９項の方法。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (72)発明者 フルード スーザン ジェイ エイ アメリカ合衆国 カリフォルニア州 94538 フリーモント ピーチウッド ス トリート 42931 (72)発明者 マラマーロ ジェフリー アメリカ合衆国 コロラド州 80014 オ ーロラ イースト ウェスリー アベニュ ー 15154 (72)発明者 ムラー カイルザーマン バーシャー アメリカ合衆国 カリフォルニア州 94587 ユニオン シティー リージェン ツ ブールヴァード 32804 【要約の続き】 分子を消光するようにプローブをデザインすることがで きるので、プローブがハイブリダイズまたは消化される まで報知分子が限られた蛍光を示すように該プローブを デザインすることができる。

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 １．オリゴヌクレオチド配列、当該オリゴヌクレオチド配列に結合された蛍光報 知分子、および当該オリゴヌクレオチド配列に結合された当該蛍光報知分子の蛍 光を消光できる消光分子を含むオリゴヌクレオチドプローブであって、当該オリ ゴヌクレオチドプローブがハイブリダイズしていないときは少なくとも一本鎖構 造で存在し、その場合、当該消光分子は当該報知分子の蛍光を消光し、当該オリ ゴヌクレオチドプローブが標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているとき は少なくとも１つの構造で存在し、この場合、当該オリゴヌクレオチドプローブ は当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの当該報知分子の蛍 光強度は、当該オリゴヌクレオチドプローブが当該標的ポリヌクレオチドとハイ ブリダイズしていないときの当該報知分子の蛍光強度よりも強い、上記のオリゴ ヌクレオチドプローブ。 ２．当該オリゴヌクレオチドプローブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダ イズしているときの当該報知分子の蛍光強度が、当該オリゴヌクレオチドプロー ブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていないときの当該報知分子 の蛍光強度より少なくとも約６倍強い、請求の範囲第１項のオリゴヌクレオチド プローブ。 ３．当該報知分子が当該消光分子から少なくとも約１５ヌクレオチド離れている 、請求の範囲第１項のオリゴヌクレオチドプローブ。 ４．当該報知分子が当該消光分子から約１５ヌクレオチドから６０ヌクレオチド 離れている、請求の範囲第３項のオリゴヌクレオチドプローブ。 ５．当該報知分子が当該消光分子から少なくとも約１８ヌクレオチド離れている 、請求の範囲第１項のオリゴヌクレオチドプローブ。 ６．当該報知分子が当該消光分子から約１８ヌクレオチドから３０ヌクレオチド 離れている、請求の範囲第３項のオリゴヌクレオチドプローブ。 ７．該報知分子が該プローブの３’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第１項のオリゴヌクレオチドプローブ。 ８．該消光分子が該プローブの５’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第７項のオリゴヌクレオチドプローブ。 ９．該報知分子が該プローブの５’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第１項のオリゴヌクレオチドプローブ。 10．該消光分子が該プローブの３’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第９項のオリゴヌクレオチドプローブ。 11．該消光分子が該プローブの３’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第１項のオリゴヌクレオチドプローブ。 12．該消光分子が該プローブの５’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第１項のオリゴヌクレオチドプローブ。 13．当該報知分子がフルオレセイン染料で、さらに当該消光分子がローダミン染 料である、請求の範囲第１項のオリゴヌクレオチドプローブ。 14．オリゴヌクレオチド配列、当該オリゴヌクレオチド配列に結合された蛍光報 知分子、および当該オリゴヌクレオチド配列に結合された当該蛍光報知分子の蛍 光を消光できる蛍光消光分子を含むオリゴヌクレオチドプローブであって、当該 オリゴヌクレオチドプローブはハイブリダイズしていないときは少なくとも一本 鎖構造で存在し、この場合、当該消光分子は当該報知分子の蛍光を消光し、標的 ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときは当該オリゴヌクレオチドプロ ーブは少なくとも１つの構造で存在し、この場合、当該報知分子の蛍光は消光さ れず、当該報知分子の蛍光強度は、当該プローブが当該標的ポリヌクレオチドと ハイブリダイズしているときの当該消光分子の蛍光強度よりも強い、上記のオリ ゴヌクレオチドプローブ。 15．当該報知分子の蛍光強度が、当該プローブが当該標的ポリヌクレオチドとハ イブリダイズしているときの当該消光分子の蛍光強度より少なくとも約３.５倍 強い、請求の範囲第１４項のオリゴヌクレオチドプローブ。 16．オリゴヌクレオチド配列、当該オリゴヌクレオチド配列に結合された蛍光報 知分子、および当該オリゴヌクレオチド配列に結合された当該蛍光報知分子の蛍 光を消光できる蛍光消光分子を含むオリゴヌクレオチドプローブであって、当該 オリゴヌクレオチドプローブはハイブリダイズしていないときは少なくとも一本 鎖構造で存在し、この場合、当該報知分子の蛍光は消光されず、当該プ ローブが標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの当該消光分子に 対する当該報知分子の蛍光強度の比は、当該プローブが一本鎖のときの当該消光 分子に対する当該報知分子の蛍光強度比よりも大きい、上記のオリゴヌクレオチ ドプローブ。 17．当該プローブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの 当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比が、当該プローブが一本鎖の ときの当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比よりも少なくとも約６ 倍大きい、請求の範囲第１６項のオリゴヌクレオチドプローブ。 18．固形支持体、当該固形支持体に結合されたオリゴヌクレオチド配列、当該オ リゴヌクレオチド配列に結合された蛍光報知分子、および当該オリゴヌクレオチ ド配列に結合された当該報知分子の蛍光を消光できる消光分子を含むオリゴヌク レオチドプローブであって、当該オリゴヌクレオチドプローブはハイブリダイズ していないときは少なくとも一本鎖構造で存在し、この場合、当該消光分子は当 該報知分子の蛍光を消光し、当該オリゴヌクレオチドプローブは標的ポリヌクレ オチドとハイブリダイズしているときは少なくとも１つの構造で存在し、この場 合、当該オリゴヌクレオチドプローブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダ イズしているときの当該報知分子の蛍光強度は、当該オリゴヌクレオチドプロー ブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていないときの当該報知分子 の蛍光強度よりも強い上記のオリゴヌクレオチドプローブ。 19．当該オリゴヌクレオチドプローブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダ イズしているときの当該報知分子の蛍光強度が、当該オリゴヌクレオチドプロー ブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていないときの当該報知分子 の蛍光強度より少なくとも約６倍強い、請求の範囲第１８項のオリゴヌクレオチ ドプローブ。 20．該プローブが該固形支持体にリンカーで結合される請求の範囲第１８項のプ ローブ。 21．該リンカーが固形支持体から該プローブを少なくとも３０原子分離させる、 請求の範囲第２０項のプローブ。 22．該リンカーが固形支持体から該プローブを少なくとも５０原子分離している 、 請求の範囲第２１項のプローブ。 23．該リンカーが、官能基付加ポリエチレングリコールである請求の範囲第２０ 項のプローブ。 24．該リンカーが、ポリヌクレオチドである請求の範囲第２３項のプローブ。 25．該リンカーが、該プローブの固形支持体からの離脱を可能にする分離可能な 連結を含む請求の範囲第２０項のプローブ。 26．固形支持体、当該固形支持体に結合されたオリゴヌクレオチド配列、当該オ リゴヌクレオチド配列に結合された蛍光報知分子、および当該オリゴヌクレオチ ド配列に結合された当該報知分子の蛍光を消光できる蛍光消光分子を含むオリゴ ヌクレオチドプローブであって、当該オリゴヌクレオチドプローブはハイブリダ イズしていないときは少なくとも一本鎖構造で存在し、この一本鎖構造では当該 消光分子は当該報知分子の蛍光を消光し、標的ポリヌクレオチドとハイブリダイ ズしているときは当該オリゴヌクレオチドプローブは少なくとも１つの構造で存 在し、この場合、当該報知分子の蛍光は消光されず、当該報知分子の蛍光強度は 、当該プローブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの当 該消光分子の蛍光強度よりも強い、上記のオリゴヌクレオチドプローブ。 27．当該報知分子の蛍光強度が、当該プローブが当該標的ポリヌクレオチドとハ イブリダイズしているときの当該消光分子の蛍光強度より少なくとも約３.５倍 強い、請求の範囲第２６項のプローブ。 28．固形支持体、当該固形支持体に結合されたオリゴヌクレオチド配列、当該オ リゴヌクレオチド配列に結合された蛍光報知分子、および当該オリゴヌクレオチ ド配列に結合された当該報知分子の蛍光を消光できる蛍光消光分子を含むオリゴ ヌクレオチドプローブであって、当該オリゴヌクレオチドプローブはハイブリダ イズしていないときは少なくとも一本鎖構造で存在し、この場合、当該消光分子 は当該報知分子の蛍光を消光し、当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズし ているときは当該オリゴヌクレオチドプローブは少なくとも１つの構造で存在し 、この場合、当該報知分子の蛍光は消光されず、当該プローブが標的ポリヌクレ オチドとハイブリダイズしているときの当該消光分子に対する 当該報知分子の蛍光強度の比は、当該プローブが一本鎖のときの当該消光分子に 対する当該報知分子の蛍光強度比よりも大きい、上記のオリゴヌクレオチドプロ ーブ。 29．当該プローブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの 当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比が、当該プローブが一本鎖の ときの当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比よりも少なくとも約６ 倍大きい、請求の範囲第２８項のプローブ。 30．拡散増幅をモニターする方法であって、 ５’→３’のヌクレアーゼ活性をもつ核酸ポリメラーゼ、標的ポリヌクレオ チドとハイブリダイズすることができるプライマー、および当該プライマーに対 して３’側で当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズすることができるオリ ゴヌクレオチドプローブを用いて標的ポリヌクレオチドについて核酸増幅を実施 する工程、および 報知分子の蛍光、核酸増幅の発生に対応する蛍光の生成をモニターする工程 を含む核酸増幅をモニターする工程からなり、当該オリゴヌクレオチドプローブ が蛍光報知分子と当該報知分子の蛍光を消光できる消光分子を有し、当該オリゴ ヌクレオチドプローブはハイブリダイズしていないときは少なくとも一本鎖構造 で存在し、この場合、当該消光分子は当該報知分子の蛍光を消光し、当該標的ポ リヌクレオチドとハイブリダイズしているときは当該オリゴヌクレオチドプロー ブは少なくとも１つの構造で存在し、この場合、当該報知分子の蛍光は消光され ず、当該報知分子の蛍光強度は、当該プローブが当該標的ポリヌクレオチドとハ イブリダイズしているときの当該消光分子の蛍光強度よりも強く、当該核酸ポリ メラーゼは増幅時に当該オリゴヌクレオチドプローブを消化して当該報知分子を 当該消光分子から分離させることを特徴とする方法。 31．当該報知分子の蛍光強度が、当該プローブが当該標的ポリヌクレオチドとハ イブリダイズしているときの当該消光分子の蛍光強度より少なくとも約３.５倍 強い、請求の範囲第３０項の方法。 32．当該報知分子が当該消光分子から少なくとも約１５ヌクレオチド離れている 、請求の範囲第３０項の方法。 33．当該報知分子が当該消光分子から約１５ヌクレオチドから６０ヌクレオチド 離れている、請求の範囲第３２項の方法。 34．当該報知分子が当該消光分子から少なくとも約１８ヌクレオチド離れている 、請求の範囲第３０項の方法。 35．当該報知分子が当該消光分子から約１８ヌクレオチドから３０ヌクレオチド 離れている、請求の範囲第３４項の方法。 36．該報知分子が該プローブの３’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第３０項の方法。 37．該消光分子が該プローブの５’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第３６項の方法。 38．該報知分子が該プローブの５’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第３０項の方法。 39．該消光分子が該プローブの３’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第３８項の方法。 40．該消光分子が該プローブの３’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第３０項の方法。 41．該消光分子が該プローブの５’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第３０項の方法。 42．当該核酸ポリメラーゼが耐熱性核酸ポリメラーゼである請求の範囲第３０項 の方法。 43．当該報知分子がフルオレセイン染料で、さらに当該消光分子がローダミン染 料である、請求の範囲第３０項の方法。 44．拡散増幅をモニターする方法であって、 ５’→３’のヌクレアーゼ活性をもつ核酸ポリメラーゼ、標的ポリヌクレオ チドとハイブリダイズすることができるプライマー、および当該プライマーに対 して３’側で当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズすることができるオリ ゴヌクレオチドプローブを用いて標的ポリヌクレオチドについて核酸増幅を実施 する工程、および 報知分子の蛍光、核酸増幅の発生に対応する蛍光の生成をモニターする工程 からなる方法であって、 当該オリゴヌクレオチドプローブが蛍光報知分子と当該報知分子の蛍光を消 光できる消光分子を有し、当該オリゴヌクレオチドプローブはハイブリダイズし ていないときは少なくとも一本鎖構造で存在し、この場合、当該消光分子は当該 報知分子の蛍光を消光し、当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしている ときは当該オリゴヌクレオチドプローブは少なくとも１つの構造で存在し、この 場合、当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズした当該オリゴヌクレオチド プローブの蛍光強度は、当該標的ポリペプチドとハイブリダイズしていないとき の当該オリゴヌクレオチドプローブの蛍光強度よりも少なくとも約６倍強く、当 該核酸ポリメラーゼは増幅時に当該オリゴヌクレオチドプローブを消化して当該 報知分子を当該消光分子から分離させることを特徴とする方法。 45．核酸増幅をモニターする方法であって、 ５’→３’のヌクレアーゼ活性をもつ核酸ポリメラーゼ、標的ポリヌクレオ チドとハイブリダイズすることができるプライマー、および当該プライマーに対 して３’側で当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズすることができるオリ ゴヌクレオチドプローブを用いて標的ポリヌクレオチドについて核酸増幅を実施 する工程、および、 報知分子の蛍光、核酸増幅の発生に対応する蛍光の生成をモニターする工程 を含む方法にして、当該オリゴヌクレオチドプローブが蛍光報知分子と当該報知 分子の蛍光を消光できる消光分子を有し、当該オリゴヌクレオチドプローブはハ イブリダイズしていないときは少なくとも一本鎖構造で存在し、この場合、当該 消光分子は当該報知分子の蛍光を消光し、当該標的ポリヌクレオチドとハイブリ ダイズしているときは当該オリゴヌクレオチドプローブは少なくとも１つの構造 で存在し、この場合、当該報知分子の蛍光は消光されず、当該プローブが標的ポ リヌクレオチドとハイブリダイズしているときの当該消光分子に対する当該報知 分子の蛍光強度の比は、当該プローブが一本鎖のときの当該消光分子に対する当 該報知分子の蛍光強度比よりも少なくとも約６倍大きく、当該核酸ポリメラーゼ は増幅時に当該オリゴヌクレオチドプローブを消化して当該 報知分子を当該消光分子から分離させることを特徴とする方法。 46．サンプル中の核酸標的配列を検出する方法であって、 ハイブリダイゼーションに適した条件下で核酸サンプルをオリゴヌクレオチ ドプローブと接触させる工程、および、 報知分子の蛍光、標的配列の存在を示す報知分子の蛍光強度の増加をモニタ ーする工程からなる方法において、該オリゴヌクレオチドプローブは、検出され るべき標的核酸配列と少なくとも部分的に相補的な配列を有し、該オリゴヌクレ オチドプローブは蛍光報知分子および当該報知分子の蛍光を消光できる消光分子 を含み、当該オリゴヌクレオチドプローブはハイブリダイズしていないときは少 なくとも一本鎖構造で存在し、この場合、当該消光分子は当該報知分子の蛍光を 消光し、当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときは当該オリゴ ヌクレオチドプローブは少なくとも１つの構造で存在し、この場合、、当該オリ ゴヌクレオチドプローブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしている ときの当該報知分子の蛍光強度は、当該オリゴヌクレオチドプローブが当該標的 ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていないときの当該報知分子の蛍光強度よ りも強いことを特徴とする方法。 47．当該オリゴヌクレオチドプローブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダ イズしているときの当該報知分子の蛍光強度が、当該オリゴヌクレオチドプロー ブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていないときの当該報知分子 の蛍光強度よりも少なくとも約６倍強い、請求の範囲第４６項の方法。 48．当該報知分子が当該消光分子から少なくとも約１５ヌクレオチド離れている 、請求の範囲第４６項の方法。 49．当該報知分子が当該消光分子から約１５ヌクレオチドから６０ヌクレオチド 離れている、請求の範囲第４８項の方法。 50．当該報知分子が当該消光分子から少なくとも約１８ヌクレオチド離れている 、請求の範囲第４６項の方法。 51．当該報知分子が当該消光分子から約１８ヌクレオチドから３０ヌクレオチド 離れている、請求の範囲第５０項の方法。 52．該報知分子が該プローブの３’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第４６項の方法。 53．該消光分子が該プローブの５’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第５２項の方法。 54．該報知分子が該プローブの５’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第５４項の方法。 55．該消光分子が該プローブの３’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第５４項の方法。 56．該消光分子が該プローブの３’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第４６項の方法。 57．該消光分子が該プローブの５’末端ヌクレオチドに結合される、請求の範囲 第４６項の方法。 58．当該核酸ポリメラーゼが耐熱性核酸ポリメラーゼである請求の範囲第４６項 の方法。 59．当該報知分子がフルオレセイン染料で、さらに当該消光分子がローダミン染 料である、請求の範囲第４６項の方法。 60．サンプル中の核酸標的配列を検出する方法であって、 ハイブリダイゼーションに適した条件下で核酸サンプルをオリゴヌクレオチ ドプローブと接触させる工程、および、 報知分子の蛍光、標的配列の存在を示唆する報知分子の蛍光強度の増加をモ ニターする工程を含む方法において、該オリゴヌクレオチドプローブは、検出さ れるべき標的核酸配列と少なくとも部分的に相補的な配列を有し、該オリゴヌク レオチドプローブは蛍光報知分子および当該報知分子の蛍光を消光できる消光分 子を含み、当該オリゴヌクレオチドプローブはハイブリダイズしていないときは 少なくとも一本鎖構造で存在し、この一場合、当該消光分子は当該報知分子の蛍 光を消光し、当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときは当該オ リゴヌクレオチドプローブは少なくとも１つの構造で存在し、この場合、当該報 知分子の蛍光は消光されず、当該報知分子の蛍光強度は、当該プローブが当該標 的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの当該消光分子の蛍光強度よ りも強いことを特徴とする方法。 61．当該報知分子の蛍光強度が、当該プローブが当該標的ポリヌクレオチドとハ イブリダイズしているときの当該消光分子の蛍光強度より少なくとも約３.５倍 強い、請求の範囲第６０項の方法。 62．サンプル中の核酸標的配列を検出する方法であって、 ハイブリダイゼーションに適した条件下で核酸サンプルをオリゴヌクレオチ ドプローブと接触させる工程、および、 報知分子の蛍光、標的配列の存在を示す報知分子の蛍光強度の増加をモニタ ーする工程を含む方法において、該オリゴヌクレオチドプローブは、検出される べき標的核酸配列と少なくとも部分的に相補的な配列を有し、該オリゴヌクレオ チドプローブは蛍光報知分子および当該報知分子の蛍光を消光できる消光分子を 含み、当該オリゴヌクレオチドプローブはハイブリダイズしていないときは少な くとも一本鎖構造で存在し、この場合、当該消光分子は当該報知分子の蛍光を消 光し、当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときは当該オリゴヌ クレオチドプローブは少なくとも１つの構造で存在し、この場合、当該報知分子 の蛍光は消光されず、当該プローブが標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズし ているときの当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比は、当該プロー ブが一本鎖のときの当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度比よりも大き いことを特徴とする方法。 63．当該プローブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの 当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比が、当該プローブが一本鎖の ときの当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比よりも少なくとも約６ 倍大きい、請求の範囲第６２項の方法。 64．サンプル中の核酸標的配列を検出する方法であって、 ハイブリダイゼーションに適した条件下で核酸サンプルを固形支持体に結合 させたオリゴヌクレオチドプローブと接触させる工程、および、 報知分子の蛍光、標的配列の存在を示す報知分子の蛍光強度の増加をモニタ ーする工程を含む方法において、該オリゴヌクレオチドプローブは、検出される べき標的核酸配列と少なくとも部分的に相補的な配列を有し、該オリゴヌクレオ チドプローブは蛍光報知分子および当該報知分子の蛍光を消光できる消光 分子を含み、当該オリゴヌクレオチドプローブはハイブリダイズしていないとき は少なくとも一本鎖構造で存在し、この場合、当該消光分子は当該報知分子の蛍 光を消光し、当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときは当該オ リゴヌクレオチドプローブは少なくとも１つの構造で存在し、この場合、当該オ リゴヌクレオチドプローブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしてい るときの当該報知分子の蛍光強度は、当該オリゴヌクレオチドプローブが当該標 的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていないときの当該報知分子の蛍光強度 よりも強いことを特徴とする方法。 65．当該オリゴヌクレオチドプローブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダ イズしているときの当該報知分子の蛍光強度が、当該オリゴヌクレオチドプロー ブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしていないときの当該報知分子 の蛍光強度よりも少なくとも約６倍強い、請求の範囲第６４項の方法。 66．該プローブがリンカーによって該固形支持体に結合される請求の範囲第６４ 項の方法。 67．該リンカーが固形支持体から該プローブを少なくとも３０原子分離させる、 請求の範囲第６６項の方法。 68．該リンカーが固形支持体から該プローブを少なくとも５０原子分離させる、 請求の範囲第６６項の方法。 69．該リンカーが、官能基付加ポリエチレングリコールである請求の範囲第６６ 項の方法。 70．該リンカーが、ポリヌクレオチドである請求の範囲第６９項の方法。 71．サンプル中の核酸標的配列を検出する方法であって、 ハイブリダイゼーションに適した条件下で核酸サンプルを固形支持体に結合 させたオリゴヌクレオチドプローブと接触させる工程、および、 報知分子の蛍光、標的配列の存在を示す報知分子の蛍光強度の増加をモニタ ーする工程を含む方法において、該オリゴヌクレオチドプローブは、検出される べき標的核酸配列と少なくとも部分的に相補的な配列を有し、該オリゴヌクレオ チドプローブは蛍光報知分子および当該報知分子の蛍光を消光できる消光分子を 含み、当該オリゴヌクレオチドプローブはハイブリダイズしていないと きは少なくとも一本鎖構造で存在し、この場合、当該消光分子は当該報知分子の 蛍光を消光し、当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときは当該 オリゴヌクレオチドプローブは少なくとも１つの構造で存在し、この場合、当該 報知分子の蛍光は消光されず、当該報知分子の蛍光強度は、当該プローブが当該 標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの当該消光分子の蛍光強度 よりも強いことを特徴とする方法。 72．当該報知分子の蛍光強度が、当該プローブが当該標的ポリヌクレオチドとハ イブリダイズしているときの当該消光分子の蛍光強度より少なくとも約３.５倍 強い、請求の範囲第７１項の方法。 73．サンプル中の核酸標的配列を検出する方法であって、 ハイブリダイゼーションに適した条件下で核酸サンプルを固形支持体に結合 させたオリゴヌクレオチドプローブと接触させる工程、および、 報知分子の蛍光、標的配列の存在を示す報知分子の蛍光強度の増加をモニタ ーする工程を含む方法において、該オリゴヌクレオチドプローブは、検出される べき標的核酸配列と少なくとも部分的に相補的な配列を有し、該オリゴヌクレオ チドプローブは蛍光報知分子および当該報知分子の蛍光を消光できる消光分子を 含み、当該オリゴヌクレオチドプローブはハイブリダイズしていないときは少な くとも一本鎖構造で存在し、この場合、当該消光分子は当該報知分子の蛍光を消 光し、当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときは当該オリゴヌ クレオチドプローブは少なくとも１つの構造で存在し、この場合、当該報知分子 の蛍光は消光されず、当該プローブが標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズし ているときの当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比は、当該プロー ブが一本鎖のときの当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度比よりも大き いことを特徴とする方法。 74．当該プローブが当該標的ポリヌクレオチドとハイブリダイズしているときの 当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比が、当該プローブが一本鎖の ときの当該消光分子に対する当該報知分子の蛍光強度の比よりも少なくとも約６ 倍大きい、請求の範囲第７３項の方法。
JP51632196A 1994-11-16 1995-11-15 自己消光性蛍光プローブと方法 Expired - Lifetime JP4131749B2 (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US08/340,558 1994-11-16
US08/340,558 US5538848A (en) 1994-11-16 1994-11-16 Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe
PCT/US1995/014882 WO1996015270A1 (en) 1994-11-16 1995-11-15 Self-quenching fluorescence probe and method

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2002260129A Division JP2003144198A (ja) 1994-11-16 2002-09-05 自己消光性蛍光プローブと方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JPH10510982A true JPH10510982A (ja) 1998-10-27
JP4131749B2 JP4131749B2 (ja) 2008-08-13

Family

ID=23333909

Family Applications (3)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP51632196A Expired - Lifetime JP4131749B2 (ja) 1994-11-16 1995-11-15 自己消光性蛍光プローブと方法
JP2002260129A Pending JP2003144198A (ja) 1994-11-16 2002-09-05 自己消光性蛍光プローブと方法
JP2005075576A Pending JP2005176858A (ja) 1994-11-16 2005-03-16 自己消光性蛍光プローブと方法

Family Applications After (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2002260129A Pending JP2003144198A (ja) 1994-11-16 2002-09-05 自己消光性蛍光プローブと方法
JP2005075576A Pending JP2005176858A (ja) 1994-11-16 2005-03-16 自己消光性蛍光プローブと方法

Country Status (7)

Country Link
US (5) US5538848A (ja)
EP (2) EP0972848A3 (ja)
JP (3) JP4131749B2 (ja)
AT (1) ATE198775T1 (ja)
CA (1) CA2201756C (ja)
DE (1) DE69519940T2 (ja)
WO (1) WO1996015270A1 (ja)

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2005052143A (ja) * 2003-08-01 2005-03-03 F Hoffmann La Roche Ag ホットスタートリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応のための新しい検出形式
JP2007105041A (ja) * 2005-10-13 2007-04-26 F Hoffmann La Roche Ag 多重固相核酸増幅アッセイ
JP2016536018A (ja) * 2013-10-28 2016-11-24 ドッツ テクノロジー コーポレイションＤＯＴＳ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｒｐ． アレルゲン検出

Families Citing this family (1159)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5837453A (en) * 1992-05-13 1998-11-17 Geron Corporation Telomerase activity assays
US6576419B1 (en) * 1993-07-23 2003-06-10 University Of Utah Research Foundation Assay procedure using fluorogenic tracers
US5863726A (en) * 1993-11-12 1999-01-26 Geron Corporation Telomerase activity assays
US5804380A (en) * 1993-11-12 1998-09-08 Geron Corporation Telomerase activity assays
US5925517A (en) * 1993-11-12 1999-07-20 The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits
US5538848A (en) 1994-11-16 1996-07-23 Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe
US6821727B1 (en) 1993-11-15 2004-11-23 Applera Corporation Hybridization assay using self-quenching fluorescence probe
US6028190A (en) * 1994-02-01 2000-02-22 The Regents Of The University Of California Probes labeled with energy transfer coupled dyes
US5547861A (en) 1994-04-18 1996-08-20 Becton, Dickinson And Company Detection of nucleic acid amplification
ATE198511T1 (de) * 1994-04-29 2001-01-15 Perkin Elmer Corp Verfahren und vorrichtung zur echtzeiterfassung der produkte von nukleinsäureamplifikation
US20070269799A9 (en) * 1994-06-22 2007-11-22 Zhang David Y Nucleic acid amplification methods
US6787304B1 (en) 1994-12-28 2004-09-07 Georgetown University Fluorometric assay for detecting nucleic acid cleavage
US20030165908A1 (en) * 1994-12-30 2003-09-04 Georgetown University Fluorometric assay for detecting nucleic acid cleavage
US5801155A (en) * 1995-04-03 1998-09-01 Epoch Pharmaceuticals, Inc. Covalently linked oligonucleotide minor grove binder conjugates
US6312894B1 (en) * 1995-04-03 2001-11-06 Epoch Pharmaceuticals, Inc. Hybridization and mismatch discrimination using oligonucleotides conjugated to minor groove binders
ATE196322T1 (de) 1995-05-05 2000-09-15 Perkin Elmer Corp Methoden and reagentien fuer die kombination einer pcr-amplifizierung mit einem hybridisierungs-assay
JPH11507839A (ja) * 1995-06-07 1999-07-13 ジェロン コーポレイション テロメラーゼ活性検定
KR100463475B1 (ko) * 1995-06-08 2005-06-22 로셰 디아그노스틱스 게엠베하 자기성피그먼트
US5994063A (en) * 1995-06-23 1999-11-30 Metzker; Michael L. Substituted 4,4-difluoro-4-bora-3A,4A-diaza-s-indacene compounds for homogenous amplification/detection assays
WO1997000967A1 (en) * 1995-06-23 1997-01-09 Baylor College Of Medicine Alternative dye-labeled primers, ribonucleotides, deoxyribonucleotides, and dideoxyribonucleotides for automated dna analysis and homogeneous amplification/detection assays
US20020022261A1 (en) * 1995-06-29 2002-02-21 Anderson Rolfe C. Miniaturized genetic analysis systems and methods
WO1997022719A1 (en) * 1995-12-18 1997-06-26 Washington University Method for nucleic acid analysis using fluorescence resonance energy transfer
US5721123A (en) * 1996-01-05 1998-02-24 Microfab Technology, Inc. Methods and apparatus for direct heating of biological material
WO1998010096A1 (en) * 1996-04-12 1998-03-12 The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. Detection probes, kits and assays
WO1997039008A1 (en) * 1996-04-12 1997-10-23 The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. Detection probes, kits and assays
US5955268A (en) * 1996-04-26 1999-09-21 Abbott Laboratories Method and reagent for detecting multiple nucleic acid sequences in a test sample
ATE335843T1 (de) * 1996-05-02 2006-09-15 Applera Corp Quantifizierung von rna-transkripten mittels genomischer dna als internen standard der amplifizierungsreaktion
US5736333A (en) * 1996-06-04 1998-04-07 The Perkin-Elmer Corporation Passive internal references for the detection of nucleic acid amplification products
ATE339514T1 (de) * 1996-07-16 2006-10-15 Gen Probe Inc Verfahren zum nachweis und amplifikation von nukleinsäuresequenzen unter verbrauch von modifizierten oligonukleotiden mit erhöhter zielschmelztemperatur (tm)
US7070925B1 (en) * 1996-07-16 2006-07-04 Gen-Probe Incorporated Method for determining the presence of an RNA analyte in a sample using a modified oligonucleotide probe
US5853990A (en) * 1996-07-26 1998-12-29 Edward E. Winger Real time homogeneous nucleotide assay
US5691145A (en) * 1996-08-27 1997-11-25 Becton, Dickinson And Company Detection of nucleic acids using G-quartets
US5853992A (en) * 1996-10-04 1998-12-29 The Regents Of The University Of California Cyanine dyes with high-absorbance cross section as donor chromophores in energy transfer labels
GB2333597B (en) 1996-10-29 2001-04-18 Univ Nebraska At Lincoln Method for detecting point mutations in dna utilizing fluorescence energy transfer
US6017702A (en) * 1996-12-05 2000-01-25 The Perkin-Elmer Corporation Chain-termination type nucleic acid sequencing method including 2'-deoxyuridine-5'-triphosphate
US6312886B1 (en) 1996-12-06 2001-11-06 The Secretary Of State For Defence In Her Brittanic Majesty's Government Of The United Kingdom Of Great Britain And Northern Ireland Reaction vessels
GB9716052D0 (en) 1996-12-06 1997-10-01 Secr Defence Reaction vessels
DE69825601T2 (de) 1997-02-12 2005-04-28 Chan, Eugene Y, Brookline Verfahren zur analyse von polymeren
US6403311B1 (en) 1997-02-12 2002-06-11 Us Genomics Methods of analyzing polymers using ordered label strategies
AU6822598A (en) * 1997-02-24 1998-09-09 Georgia Tech Research Corporation Method for determining a nucleic acid
US6117973A (en) * 1997-02-24 2000-09-12 Georgia Tech Research Corp. PNA monomers with electron donor or acceptor
US6060242A (en) * 1997-02-27 2000-05-09 Lorne Park Research, Inc. PNA diagnostic methods
US5846729A (en) * 1997-02-27 1998-12-08 Lorne Park Research, Inc. Assaying nucleotides in solution using a fluorescent intensity quenching effect
US6046004A (en) * 1997-02-27 2000-04-04 Lorne Park Research, Inc. Solution hybridization of nucleic acids with antisense probes having modified backbones
US6251591B1 (en) 1997-02-27 2001-06-26 Lorne Park Research, Inc. Quantitative method for detecting nucleotide concentration
EP1666609B1 (en) * 1997-02-28 2012-09-26 Quest Diagnostics Investments Incorporated Fluorescence energy transfer by competitive hybridization
US7803528B1 (en) 1997-02-28 2010-09-28 Quest Diagnostics Incorporated Fluorescence energy transfer by competitive hybridization
JP3016759B2 (ja) * 1997-02-28 2000-03-06 スミスクライン・ビーチャム・コーポレイション 競争的ハイブリダイゼーションによる蛍光エネルギー転移
US6143496A (en) * 1997-04-17 2000-11-07 Cytonix Corporation Method of sampling, amplifying and quantifying segment of nucleic acid, polymerase chain reaction assembly having nanoliter-sized sample chambers, and method of filling assembly
US5846726A (en) * 1997-05-13 1998-12-08 Becton, Dickinson And Company Detection of nucleic acids by fluorescence quenching
WO1999011813A2 (en) * 1997-09-04 1999-03-11 Bayer Corporation Oligonucleotide probes bearing quenchable fluorescent labels, and methods of use thereof
US6342350B1 (en) * 1997-09-05 2002-01-29 The General Hospital Corporation Alpha-2-macroglobulin diagnostic test
EP1012344A4 (en) 1997-09-12 2004-08-11 Public Health Res Instituteof NON-COMPETITIVE CO-AMPLIFICATION METHODS
WO1999014366A2 (en) * 1997-09-18 1999-03-25 Erasmus Universiteit Rotterdam Detection of minimal residual disease in lymphoid malignancies
US5935791A (en) * 1997-09-23 1999-08-10 Becton, Dickinson And Company Detection of nucleic acids by fluorescence quenching
DE19743518A1 (de) * 1997-10-01 1999-04-15 Roche Diagnostics Gmbh Automatisierbare universell anwendbare Probenvorbereitungsmethode
US6485901B1 (en) 1997-10-27 2002-11-26 Boston Probes, Inc. Methods, kits and compositions pertaining to linear beacons
EP1025120B1 (en) * 1997-10-27 2010-08-18 Boston Probes, Inc. Methods, kits and compositions pertaining to pna molecular beacons
WO1999023249A2 (de) * 1997-11-04 1999-05-14 Roche Diagnostics Gmbh Spezifisches und empfindliches nukleinsäurenachweisverfahren
US6294326B1 (en) 1997-11-07 2001-09-25 Abbott Laboratories Analyte detection process using dual labeled probes
US6583168B1 (en) 1997-11-25 2003-06-24 Applera Corporation Sulfonated diarylrhodamine dyes
DE19752898A1 (de) * 1997-11-28 1999-08-05 Centeon Pharma Gmbh Verfahren zum Nachweis hoher Vierenkonzentrationen im Blutplasma und/oder Blutserum mittels der Polymerasekettenreaktion
US6893877B2 (en) 1998-01-12 2005-05-17 Massachusetts Institute Of Technology Methods for screening substances in a microwell array
US6289229B1 (en) 1998-01-20 2001-09-11 Scimed Life Systems, Inc. Readable probe array for in vivo use
US6080868A (en) * 1998-01-23 2000-06-27 The Perkin-Elmer Corporation Nitro-substituted non-fluorescent asymmetric cyanine dye compounds
WO1999040226A2 (en) * 1998-02-04 1999-08-12 Perkin-Elmer Corporation Determination of a genotype of an amplification product at multiple allelic sites
WO1999044045A1 (en) * 1998-02-27 1999-09-02 Massachusetts Institute Of Technology Single molecule detection with surface-enhanced raman scattering and applications in dna or rna sequencing
US6703211B1 (en) 1998-03-13 2004-03-09 Promega Corporation Cellular detection by providing high energy phosphate donor other than ADP to produce ATP
US6391551B1 (en) 1998-03-13 2002-05-21 Promega Corporation Detection of nucleic acid hybrids
US6270973B1 (en) 1998-03-13 2001-08-07 Promega Corporation Multiplex method for nucleic acid detection
US6277578B1 (en) 1998-03-13 2001-08-21 Promega Corporation Deploymerization method for nucleic acid detection of an amplified nucleic acid target
US6235480B1 (en) 1998-03-13 2001-05-22 Promega Corporation Detection of nucleic acid hybrids
US6268146B1 (en) 1998-03-13 2001-07-31 Promega Corporation Analytical methods and materials for nucleic acid detection
US6312902B1 (en) 1998-03-13 2001-11-06 Promega Corporation Nucleic acid detection
US7090975B2 (en) 1998-03-13 2006-08-15 Promega Corporation Pyrophosphorolysis and incorporation of nucleotide method for nucleic acid detection
US6270974B1 (en) 1998-03-13 2001-08-07 Promega Corporation Exogenous nucleic acid detection
DE19811731A1 (de) * 1998-03-18 1999-09-23 November Ag Molekulare Medizin Verfahren zum Nachweis einer Nukleotidsequenz
DE19811729C2 (de) * 1998-03-18 2000-05-18 November Ag Molekulare Medizin Verfahren und Vorrichtung zum Nachweis einer Nukleotidsequenz
DE19811730A1 (de) * 1998-03-18 1999-09-23 November Ag Molekulare Medizin Verfahren und Vorrichtung zum Identifizieren einer Markierung
WO1999049293A2 (en) 1998-03-24 1999-09-30 Boston Probes, Inc. Methods, kits and compositions pertaining to detection complexes
US5952202A (en) * 1998-03-26 1999-09-14 The Perkin Elmer Corporation Methods using exogenous, internal controls and analogue blocks during nucleic acid amplification
US6387652B1 (en) 1998-04-15 2002-05-14 U.S. Environmental Protection Agency Method of identifying and quantifying specific fungi and bacteria
US6287772B1 (en) * 1998-04-29 2001-09-11 Boston Probes, Inc. Methods, kits and compositions for detecting and quantitating target sequences
JP4511034B2 (ja) * 1998-05-01 2010-07-28 ジェン−プロウブ インコーポレイテッド 自動化診断用分析器および方法
WO1999058640A2 (en) 1998-05-11 1999-11-18 Philadelphia Health And Education Corporation Mct-1, a human oncogene
US6255050B1 (en) 1998-05-22 2001-07-03 Lorne Park Research, Inc. Dynamic hybridization system
US20020061522A1 (en) 2000-02-29 2002-05-23 Glucksmann Maria Alexandra 1983, 52881, 2398, 45449, 50289, and 52872 novel G protein-coupled receptors and uses therefor
GB9812768D0 (en) * 1998-06-13 1998-08-12 Zeneca Ltd Methods
CA2333253C (en) * 1998-07-02 2010-09-07 Gen-Probe Incorporated Molecular torches
GB9815933D0 (en) * 1998-07-23 1998-09-23 Secr Defence Detection method
US6037130A (en) * 1998-07-28 2000-03-14 The Public Health Institute Of The City Of New York, Inc. Wavelength-shifting probes and primers and their use in assays and kits
US6210896B1 (en) 1998-08-13 2001-04-03 Us Genomics Molecular motors
US6500650B1 (en) * 1998-10-01 2002-12-31 Variagenics, Inc. Method for identifying polymorphisms
US6153411A (en) 1998-10-30 2000-11-28 American Water Works Company, Inc. Methods and kits for detection of Cryptosporidium parvum using immunomagnetic separation and amplification
US6245518B1 (en) 1998-12-11 2001-06-12 Hyseq, Inc. Polynucleotide arrays and methods of making and using the same
EP1141409B2 (en) 1998-12-14 2009-05-27 Pacific Biosciences of California, Inc. A kit and methods for nucleic acid sequencing of single molecules by polymerase synthesis
US6420115B1 (en) 1999-12-21 2002-07-16 Ingeneus Corporation Cation mediated triplex hybridization assay
US6656692B2 (en) 1999-12-21 2003-12-02 Ingeneus Corporation Parallel or antiparallel, homologous or complementary binding of nucleic acids or analogues thereof to form duplex, triplex or quadruplex complexes
US6858390B2 (en) 1998-12-31 2005-02-22 Ingeneus Corporation Aptamers containing sequences of nucleic acid or nucleic acid analogues bound homologously, or in novel complexes
US6403313B1 (en) 1999-12-21 2002-06-11 Ingeneus Corporation Fluorescent intensity assay for duplex and triplex nucleic acid hybridization solution utilizing fluorescent intercalators
US6432642B1 (en) * 1999-01-15 2002-08-13 Pe Corporation (Ny) Binary probe and clamp composition and methods for a target hybridization detection
ATE526580T1 (de) 1999-03-19 2011-10-15 Life Technologies Corp Methode zum sichten von mutierten zellen
US6951722B2 (en) * 1999-03-19 2005-10-04 Takara Bio Inc. Method for amplifying nucleic acid sequence
US6627400B1 (en) 1999-04-30 2003-09-30 Aclara Biosciences, Inc. Multiplexed measurement of membrane protein populations
US20040248150A1 (en) * 1999-04-02 2004-12-09 Sharat Singh Methods employing oligonucleotide-binding e-tag probes
US6322980B1 (en) 1999-04-30 2001-11-27 Aclara Biosciences, Inc. Single nucleotide detection using degradation of a fluorescent sequence
US6573047B1 (en) 1999-04-13 2003-06-03 Dna Sciences, Inc. Detection of nucleotide sequence variation through fluorescence resonance energy transfer label generation
US6699661B1 (en) * 1999-04-20 2004-03-02 Kankyo Engineering Co., Ltd. Method for determining a concentration of target nucleic acid molecules, nucleic acid probes for the method, and method for analyzing data obtained by the method
US7037654B2 (en) 1999-04-30 2006-05-02 Aclara Biosciences, Inc. Methods and compositions for enhancing detection in determinations employing cleavable electrophoretic tag reagents
US7001725B2 (en) 1999-04-30 2006-02-21 Aclara Biosciences, Inc. Kits employing generalized target-binding e-tag probes
US20030235832A1 (en) * 2000-06-21 2003-12-25 Ahmed Chenna Multiplexed analysis by chromatographic separation of molecular tags
US6673550B2 (en) 1999-04-30 2004-01-06 Aclara Biosciences, Inc. Electrophoretic tag reagents comprising fluorescent compounds
US6331393B1 (en) * 1999-05-14 2001-12-18 University Of Southern California Process for high-throughput DNA methylation analysis
US6180349B1 (en) 1999-05-18 2001-01-30 The Regents Of The University Of California Quantitative PCR method to enumerate DNA copy number
EP1681357A3 (en) * 1999-05-19 2006-07-26 Cornell Research Foundation, Inc. Method for sequencing nucleic acid molecules
US7056661B2 (en) * 1999-05-19 2006-06-06 Cornell Research Foundation, Inc. Method for sequencing nucleic acid molecules
US6277607B1 (en) 1999-05-24 2001-08-21 Sanjay Tyagi High specificity primers, amplification methods and kits
US7097973B1 (en) 1999-06-14 2006-08-29 Alpha Mos Method for monitoring molecular species within a medium
ATE266739T1 (de) * 1999-06-15 2004-05-15 November Ag Molekulare Medizin Vorrichtung und verfahren zum speichern von informationen
WO2000079009A2 (en) * 1999-06-22 2000-12-28 Invitrogen Corporation Improved primers and methods for the detection and discrimination of nucleic acids
US6645733B1 (en) 1999-06-25 2003-11-11 Ingeneus Corporation Fluorescent intensity method for assaying binding between proteins or peptides
US6258593B1 (en) * 1999-06-30 2001-07-10 Agilent Technologies Inc. Apparatus for conducting chemical or biochemical reactions on a solid surface within an enclosed chamber
US6830902B1 (en) 1999-07-02 2004-12-14 Invitrogen Corporation Compositions and methods for enhanced sensitivity and specificity of nucleic acid synthesis
EP1210358A4 (en) * 1999-08-13 2005-01-05 Univ Brandeis PROOF OF NUCLEIC ACIDS
AU7410600A (en) † 1999-08-20 2001-03-19 Leuze Electronic Gmbh Method for the determination of substances using the evanescence field method
WO2001022089A1 (en) * 1999-09-22 2001-03-29 Wakunaga Pharmaceutical Co., Ltd. HYBRIDIZATION SELF-REcOGNITION TYPE PROBE
EP1088590B1 (de) 1999-09-29 2003-04-16 Tecan Trading AG Thermocycler sowie Hebeelement für Mikrotiterplatte
US6272939B1 (en) 1999-10-15 2001-08-14 Applera Corporation System and method for filling a substrate with a liquid sample
US7838225B2 (en) * 1999-10-29 2010-11-23 Hologic, Inc. Methods for detection of a target nucleic acid by forming a cleavage structure using a reverse transcriptase
US6893819B1 (en) * 2000-11-21 2005-05-17 Stratagene California Methods for detection of a nucleic acid by sequential amplification
US7534568B2 (en) 1999-10-29 2009-05-19 Hologic Inc. Methods for detection of a target nucleic acid by forming a cleavage structure with a cleavage resistant probe
US7824859B2 (en) * 1999-10-29 2010-11-02 Cytyc Corporation Methods for detection of a target nucleic acid by forming a cleavage structure using an RNA polymerase
US7118860B2 (en) * 1999-10-29 2006-10-10 Stratagene California Methods for detection of a target nucleic acid by capture
US7585632B2 (en) * 1999-10-29 2009-09-08 Hologic, Inc. Compositions and methods for the detection of a nucleic acid using a cleavage reaction
US7381532B2 (en) * 1999-10-29 2008-06-03 Stratagene California Compositions and methods for the detection of a nucleic acid using a cleavage reaction
DK1232502T3 (da) * 1999-11-17 2006-05-22 Roche Diagnostics Gmbh Magnetiske glaspartikler, fremgangsmåde til deres fremstilling samt anvendelser deraf
WO2001038585A2 (en) 1999-11-24 2001-05-31 The Regents Of The University Of California Polymer arrays and methods of using labeled probe molecules to identify and quantify target molecule expression
US6458544B1 (en) 1999-12-02 2002-10-01 Dna Sciences, Inc. Methods for determining single nucleotide variations and genotyping
US6274321B1 (en) * 1999-12-03 2001-08-14 The Regents Of The University Of California High throughput functional screening of cDNAs
US20040081959A9 (en) * 1999-12-08 2004-04-29 Epoch Biosciences, Inc. Fluorescent quenching detection reagents and methods
US6727356B1 (en) 1999-12-08 2004-04-27 Epoch Pharmaceuticals, Inc. Fluorescent quenching detection reagents and methods
GB2359625B (en) 1999-12-10 2004-10-20 Molecular Light Tech Res Ltd Monitoring oligonucleotide binding process using chemiluminescence quenching
US20030181412A1 (en) * 1999-12-21 2003-09-25 Ingeneus Corporation Method for modifying transcription and/or translation in an organism for therapeutic, prophylactic and/or analytic uses
US6927027B2 (en) 1999-12-21 2005-08-09 Ingeneus Corporation Nucleic acid multiplex formation
US6924108B2 (en) 1999-12-21 2005-08-02 Ingeneus Corporation Nucleic acid binding enhancement by conjugation with nucleotides, nucleosides, bases and/or their analogues
US7309569B2 (en) 1999-12-21 2007-12-18 Ingeneus, Inc. Parallel or antiparallel, homologous or complementary binding of nucleic acids or analogues thereof to form duplex, triplex or quadruplex complexes
US7052844B2 (en) * 1999-12-21 2006-05-30 Ingeneus, Inc. Purification of DS-DNA using heteropolymeric capture probes and a triplex, quadruplex or homologous duplex binding mechanism
US6911536B1 (en) 1999-12-21 2005-06-28 Ingeneus Corporation Triplex and quadruplex catalytic hybridization
US6265170B1 (en) 2000-01-24 2001-07-24 Ingeneus Corporation Homogenous assay of duplex of triplex hybridization by means of multiple measurements under varied conditions
US7220541B2 (en) * 2000-01-24 2007-05-22 Ingeneus, Inc. Homogeneous assay of biopolymer binding by means of multiple measurements under varied conditions
US6982147B2 (en) * 2000-01-24 2006-01-03 Ingeneus Corporation Apparatus for assaying biopolymer binding by means of multiple measurements under varied conditions
US20030170659A1 (en) * 2000-01-24 2003-09-11 Ingeneus Corporation Electrical treatment of binding media to encourage, discourage and/or study biopolymer binding
US6613524B1 (en) 2000-01-24 2003-09-02 Ingeneus Corporation Amperometric affinity assay and electrically stimulated complexes of nucleic acids
US7169355B1 (en) 2000-02-02 2007-01-30 Applera Corporation Apparatus and method for ejecting sample well trays
US6221604B1 (en) 2000-02-07 2001-04-24 Pe Corporation Electron-deficient nitrogen heterocycle-substituted fluorescein dyes
US6418383B1 (en) * 2000-02-11 2002-07-09 Perkinelmer Instruments Llc Method and apparatus for iterative spectral compensation
FI20000333A0 (fi) * 2000-02-16 2000-02-16 Jussi Nurmi Homogeeninen menetelmä polynukleotidin havaitsemiseksi
US20020151040A1 (en) 2000-02-18 2002-10-17 Matthew O' Keefe Apparatus and methods for parallel processing of microvolume liquid reactions
FR2805348B1 (fr) * 2000-02-23 2002-07-12 Commissariat Energie Atomique Analyse de cibles biologiques utilisant une biopuce comportant un marqueur fluorescent
GB0005281D0 (en) * 2000-03-07 2000-04-26 Secr Defence Analytical method
US7875442B2 (en) * 2000-03-24 2011-01-25 Eppendorf Array Technologies Identification and quantification of a plurality of biological (micro)organisms or their components
US7205104B2 (en) * 2000-03-24 2007-04-17 Eppendorf Array Technologies Sa (Eat) Identification of biological (micro) organisms by detection of their homologous nucleotide sequences on arrays
US7202026B2 (en) * 2000-03-24 2007-04-10 Eppendorf Array Technologies Sa (Eat) Identification of a large number of biological (micro)organisms groups at different levels by their detection on a same array
US7829313B2 (en) * 2000-03-24 2010-11-09 Eppendorf Array Technologies Identification and quantification of a plurality of biological (micro)organisms or their components
US20080085515A1 (en) * 2000-03-24 2008-04-10 Eppendorf Array Technologies Sa (Eat) Identification of multiple biological (micro) organisms by detection of their nucleotide sequences on arrays
AU4777401A (en) 2000-03-27 2001-10-08 Applera Corp Improved invasion assay
US7998673B2 (en) * 2000-03-29 2011-08-16 Lgc Limited Hybridisation beacon and method of rapid sequence detection and discrimination
JP5112592B2 (ja) * 2000-03-29 2013-01-09 エルジーシー・リミテッド ハイブリダイゼーション・ビーコン、並びに迅速に配列を検出および判別する方法
US7160735B2 (en) * 2000-04-28 2007-01-09 Monogram Biosciences, Inc. Tagged microparticle compositions and methods
US7537938B2 (en) * 2000-04-28 2009-05-26 Monogram Biosciences, Inc. Biomarker detection in circulating cells
US7771929B2 (en) * 2000-04-28 2010-08-10 Monogram Biosciences, Inc. Tag library compounds, compositions, kits and methods of use
US20030207300A1 (en) * 2000-04-28 2003-11-06 Matray Tracy J. Multiplex analytical platform using molecular tags
US7019129B1 (en) 2000-05-09 2006-03-28 Biosearch Technologies, Inc. Dark quenchers for donor-acceptor energy transfer
US6656700B2 (en) 2000-05-26 2003-12-02 Amersham Plc Isoforms of human pregnancy-associated protein-E
US6686188B2 (en) * 2000-05-26 2004-02-03 Amersham Plc Polynucleotide encoding a human myosin-like polypeptide expressed predominantly in heart and muscle
US6355433B1 (en) 2000-06-02 2002-03-12 Dna Sciences, Inc. Determination of nucleotide sequence variations through limited primer extension
EP2351853A1 (en) 2000-06-06 2011-08-03 Life Technologies Corporation Method and devices for multiplexing amplification reactions
US6887664B2 (en) 2000-06-06 2005-05-03 Applera Corporation Asynchronous primed PCR
US6605451B1 (en) 2000-06-06 2003-08-12 Xtrana, Inc. Methods and devices for multiplexing amplification reactions
US7087414B2 (en) 2000-06-06 2006-08-08 Applera Corporation Methods and devices for multiplexing amplification reactions
US6936702B2 (en) * 2000-06-07 2005-08-30 Li-Cor, Inc. Charge-switch nucleotides
US6869764B2 (en) 2000-06-07 2005-03-22 L--Cor, Inc. Nucleic acid sequencing using charge-switch nucleotides
EP1164201A1 (en) * 2000-06-14 2001-12-19 Facultés Universitaires Notre-Dame de la Paix Reverse detection for identification and/or quantification of nucleotide target sequences on biochips
US6719949B1 (en) * 2000-06-29 2004-04-13 Applera Corporation Apparatus and method for transporting sample well trays
DE60125596T2 (de) * 2000-07-11 2007-10-04 Kirk Madison Hogan Verfahren und zusammensetzungen zur bestimmung von perioperativen genomprofile
US20080194022A1 (en) * 2000-08-03 2008-08-14 Clarke Michael F Isolation and use of solid tumor stem cells
US6984522B2 (en) 2000-08-03 2006-01-10 Regents Of The University Of Michigan Isolation and use of solid tumor stem cells
US8044259B2 (en) 2000-08-03 2011-10-25 The Regents Of The University Of Michigan Determining the capability of a test compound to affect solid tumor stem cells
ATE332398T1 (de) 2000-08-11 2006-07-15 Univ Utah Res Found Einfach markierte oligonukleotidsonden
US7198924B2 (en) 2000-12-11 2007-04-03 Invitrogen Corporation Methods and compositions for synthesis of nucleic acid molecules using multiple recognition sites
AU7878301A (en) * 2000-08-23 2002-03-04 Takara Shuzo Co Method of amplifying nucleic acid
US6358679B1 (en) * 2000-08-24 2002-03-19 Pe Corporation (Ny) Methods for external controls for nucleic acid amplification
US20020123474A1 (en) * 2000-10-04 2002-09-05 Shannon Mark E. Human GTP-Rho binding protein2
CA2426540A1 (en) * 2000-10-20 2002-07-25 Biocardia, Inc. Leukocyte expression profiling
US7060442B2 (en) * 2000-10-30 2006-06-13 Regents Of The University Of Michigan Modulators on Nod2 signaling
WO2002042497A2 (en) * 2000-11-27 2002-05-30 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Methods using fluorescens energy transfer probes for detecting cleavage of nucleic acids
WO2002044418A2 (en) 2000-11-28 2002-06-06 Wyeth Expression analysis of fkbp nucleic acids and polypeptides useful in the diagnosis and treatment of prostate cancer
BR0115728A (pt) 2000-11-28 2003-09-23 Wyeth Corp Análise da expressão de ácidos nucléicos kiaa e polipeptìdeos úteis no diagnóstico e tratamento de cáncer de próstata
US20080261220A1 (en) * 2000-11-30 2008-10-23 Third Wave Technologies, Inc. Nucleic Acid Detection Assays
AU2002227156A1 (en) 2000-12-01 2002-06-11 Visigen Biotechnologies, Inc. Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity
EP1364063B1 (en) * 2001-01-31 2010-04-21 Mayo Foundation For Medical Education And Research Detection of herpes simplex virus
GB0105789D0 (en) * 2001-03-08 2001-04-25 Expresson Biosystems Ltd Detecting interactions between oligonucleotides and RNA using fluorescence resonance energy transfer (FRET)
US7267945B2 (en) * 2001-03-26 2007-09-11 Applera Corporation Methods of determining the presence of polynucleotides employing amplification
WO2002077282A1 (en) * 2001-03-27 2002-10-03 International Reagents Corporation Method of detecting gene
PL373962A1 (en) * 2001-05-21 2005-09-19 Aclara Biosciences, Inc. Methods and compositions for analyzing proteins
AU2002305658A1 (en) 2001-05-21 2002-12-03 Aclara Biosciences, Inc. Analyzing phosphorylated proteins
WO2002097112A2 (en) * 2001-05-26 2002-12-05 Aclara Biosciences, Inc. Catalytic amplification of multiplexed assay signals
US20050261486A1 (en) * 2001-05-31 2005-11-24 Q-Rna Compositions and methods for binding agglomeration proteins
US20040005543A1 (en) 2002-01-18 2004-01-08 Abraham Grossman Compositions and methods for binding agglomeration proteins
US6770440B1 (en) * 2001-05-31 2004-08-03 The United States Of America As Represented By The Secretary Of Agriculture Polymerase chain reaction assay for the detection of Toxoplasma gondii
US6534646B2 (en) 2001-06-04 2003-03-18 Barrskogen, Inc. Oligonucleotide labeling reagents
US7026121B1 (en) 2001-06-08 2006-04-11 Expression Diagnostics, Inc. Methods and compositions for diagnosing and monitoring transplant rejection
US7235358B2 (en) 2001-06-08 2007-06-26 Expression Diagnostics, Inc. Methods and compositions for diagnosing and monitoring transplant rejection
US6905827B2 (en) * 2001-06-08 2005-06-14 Expression Diagnostics, Inc. Methods and compositions for diagnosing or monitoring auto immune and chronic inflammatory diseases
US7297494B2 (en) * 2001-06-25 2007-11-20 Georgia Tech Research Corporation Activatable probes and methods for in vivo gene detection
EP1409735A4 (en) * 2001-06-25 2005-10-05 Georgia Tech Res Inst DOUBLE-RESONANCE ENERGY TRANSFER NUCLEIC PROBES
EP1537235B1 (en) * 2001-06-28 2015-04-01 Grifols Worldwide Operations Limited Diagnostic assays for parvovirus b19
KR100439168B1 (ko) * 2001-07-02 2004-07-05 (주)넥스젠 유전자 변형 식물체의 정량적 검출용 ｄｎａ 증폭 키트 및이를 이용한 유전자 변형 식물체의 정량적 검출방법
US6514750B2 (en) 2001-07-03 2003-02-04 Pe Corporation (Ny) PCR sample handling device
GB0118758D0 (en) * 2001-08-01 2001-09-26 Sybesma Wilbert F H Chimeric primed based real time rt-pcr for qualification of rna or dna templates in a crude sample
US7229774B2 (en) 2001-08-02 2007-06-12 Regents Of The University Of Michigan Expression profile of prostate cancer
US20040078837A1 (en) * 2001-08-02 2004-04-22 Shannon Mark E. Four human zinc-finger-containing proteins: MDZ3, MDZ4, MDZ7 and MDZ12
PT1421200E (pt) * 2001-08-23 2007-02-28 Merck & Co Inc Ensaios de pcr multiplex fluorescente para hpv usando múltiplos fluoróforos
EP1425581A4 (en) * 2001-08-23 2005-03-09 Qtl Biosystems Llc PLATFORMS FOR BIO-DETECTION AND QUANTITATIVE ANALYSIS OF BIOLOGICAL MOLECULES
US20030082547A1 (en) * 2001-08-27 2003-05-01 Ewing Gregory J. Non-fluorescent quencher compounds and biomolecular assays
US20030108972A1 (en) * 2001-12-06 2003-06-12 Zweig Stephen Eliot Tethered receptor-ligand reagent and assay
US20050042629A1 (en) * 2002-09-13 2005-02-24 Applera Corporation Thermus scotoductus nucleic acid polymerases
US7108975B2 (en) * 2001-09-21 2006-09-19 Regents Of The University Of Michigan Atlastin
US7582425B2 (en) * 2001-09-21 2009-09-01 The Regents Of The University Of Michigan Atlastin
US6593091B2 (en) 2001-09-24 2003-07-15 Beckman Coulter, Inc. Oligonucleotide probes for detecting nucleic acids through changes in flourescence resonance energy transfer
US6744502B2 (en) * 2001-09-28 2004-06-01 Pe Corporation (Ny) Shaped illumination geometry and intensity using a diffractive optical element
US20040014067A1 (en) * 2001-10-12 2004-01-22 Third Wave Technologies, Inc. Amplification methods and compositions
US6942836B2 (en) * 2001-10-16 2005-09-13 Applera Corporation System for filling substrate chambers with liquid
AU2002366046A1 (en) * 2001-10-19 2003-06-10 Proligo Llc Nucleic acid probes and methods to detect and/or quantify nucleic acid analytes
US20030165859A1 (en) * 2001-10-23 2003-09-04 Invitrogen Corporation Primers and methods for the detection and discrimination of nucleic acids
ATE328119T1 (de) * 2001-11-02 2006-06-15 Roche Diagnostics Gmbh Nachweis von variola virus
DE10153829A1 (de) * 2001-11-05 2003-05-28 Bayer Ag Assay basierend auf dotierten Nanoteilchen
JP2005517900A (ja) 2001-11-21 2005-06-16 アプレラ コーポレイション デジタルアッセイ
CA2467587A1 (en) 2001-11-30 2003-06-12 Fluidigm Corporation Microfluidic device and methods of using same
EP1485399A4 (en) 2001-11-30 2008-01-02 Univ Johns Hopkins METHODS OF ANALYZING CPG ILOTS AND REGIONS RICH IN CG METHYLAS
AU2002346498A1 (en) 2001-11-30 2003-06-17 Applera Corporation Thermus brockianus nucleic acid polymerases
US6946245B2 (en) 2001-12-04 2005-09-20 Quest Diagnostics Investments Incorporated Oligonucleotides and methods for detecting hepatitis C viral nucleic acids
US6635428B2 (en) 2001-12-04 2003-10-21 Quest Diagnostics Investments Incorporated Oligonucleotides and methods for detecting hepatitis B viral nucleic acids
US6686162B2 (en) 2001-12-04 2004-02-03 Quest Diagnostics Investments, Incorporated Oligonucleotides and methods for detecting Borrelia burgdorferi
US7198897B2 (en) * 2001-12-19 2007-04-03 Brandeis University Late-PCR
EP2436393A1 (en) 2001-12-19 2012-04-04 Millennium Pharmaceuticals, Inc. Human diacylglycerol acyltransferase 2 (DGAT2) family members and uses therefor
EP1466016A2 (en) 2002-01-09 2004-10-13 Riken Institute Of Physical And Chemical Research Cancer profiles
US7255986B2 (en) * 2002-01-31 2007-08-14 The Board Of Trustees Operating Michigan State University Compositions for the diagnosis and treatment of epizootic catarrhal enteritis in ferrets
US20040166492A1 (en) * 2002-02-05 2004-08-26 Engel Stacia R. Quantitative detection of dekkera and saccharomyces
JP2006505832A (ja) * 2002-02-26 2006-02-16 フアルマシア・コーポレーシヨン 配列決定システム計算機
US6818420B2 (en) 2002-02-27 2004-11-16 Biosource International, Inc. Methods of using FET labeled oligonucleotides that include a 3′-5′ exonuclease resistant quencher domain and compositions for practicing the same
JP4481656B2 (ja) * 2002-02-27 2010-06-16 ライフ テクノロジーズ コーポレーション ３’→５’エキソヌクレアーゼ耐性クエンチャードメインを含むｆｅｔ標識オリゴヌクレオチドを使用する方法およびそれを実施するための組成物
US6977162B2 (en) * 2002-03-01 2005-12-20 Ravgen, Inc. Rapid analysis of variations in a genome
JP2006523082A (ja) * 2002-03-01 2006-10-12 ラブジェン， インコーポレイテッド ゲノム内の変異の迅速分析
US7052848B2 (en) * 2002-03-04 2006-05-30 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Army Internal positive control for probe-based nucleic acid molecule assays and methods of making and using thereof
EP1485502B1 (en) * 2002-03-04 2008-10-29 U.S. Army Medical Research and Materiel Command Internal positive control for probe-based nucleic acid molecule assays and methods of making and using therof
EP1342794B1 (en) * 2002-03-05 2005-12-14 Epigenomics AG Method and device for determination of tissue specificity of free floating DNA in bodily fluids
GB0205455D0 (en) * 2002-03-07 2002-04-24 Molecular Sensing Plc Nucleic acid probes, their synthesis and use
US20040115688A1 (en) * 2002-04-19 2004-06-17 Cheung Irene Y. Detection of gd2 synthase mrna and uses thereof
WO2003089670A2 (en) * 2002-04-22 2003-10-30 Lawler Joseph F Jr Reagents for monitoring nuclei acid amplification and methods of using same
US7727720B2 (en) * 2002-05-08 2010-06-01 Ravgen, Inc. Methods for detection of genetic disorders
US7442506B2 (en) * 2002-05-08 2008-10-28 Ravgen, Inc. Methods for detection of genetic disorders
US20070178478A1 (en) * 2002-05-08 2007-08-02 Dhallan Ravinder S Methods for detection of genetic disorders
US20030215814A1 (en) * 2002-05-17 2003-11-20 Cockerill Franklin R. Detection of Shiga toxin- or Shiga-like toxin-producing organisms
WO2003100101A1 (en) * 2002-05-28 2003-12-04 U.S. Genomics, Inc. Methods and apparati using single polymer analysis
CN102660539A (zh) * 2002-06-12 2012-09-12 诺华疫苗和诊断公司 用于甲型肝炎病毒核酸捕捉、检测和定量的寡核苷酸的鉴定
CN100427863C (zh) * 2002-06-21 2008-10-22 有限会社日乃出 伞的沥水装置
DE60335116D1 (de) * 2002-06-28 2011-01-05 Primeradx Inc Verfahren zum nachweis von sequenzunterschieden
US7462448B2 (en) * 2002-08-02 2008-12-09 Stratatech Corporation Species specific DNA detection
EP2311978A1 (en) 2002-08-20 2011-04-20 Millennium Pharmaceuticals, Inc. Compositions, kits, and methods for identification, assessment, prevention, and therapy of cervical cancer
US8277753B2 (en) 2002-08-23 2012-10-02 Life Technologies Corporation Microfluidic transfer pin
EP1556325A4 (en) * 2002-09-20 2007-09-19 Integrated Dna Tech Inc ANTHRAQUINONE-BASED FLUORESCENCE EXTINGUISHING DYES AND METHODS OF MAKING AND USING SAME
US7074598B2 (en) * 2002-09-25 2006-07-11 Mayo Foundation For Medical Education And Research Detection of vancomycin-resistant enterococcus spp.
US20070184453A1 (en) * 2002-10-02 2007-08-09 Roche Molecular Systems, Inc Fret process
US20040067492A1 (en) * 2002-10-04 2004-04-08 Allan Peng Reverse transcription on microarrays
US7384743B2 (en) * 2002-10-16 2008-06-10 University Of Miami BRCA1/BCRA2 screening panel
US6863731B2 (en) * 2002-10-18 2005-03-08 Controls Corporation Of America System for deposition of inert barrier coating to increase corrosion resistance
JP4898119B2 (ja) * 2002-11-22 2012-03-14 エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲー 検出できるラベルされたヌクレオシド類似体及びその使用方法
EP2112229A3 (en) 2002-11-25 2009-12-02 Sequenom, Inc. Methods for identifying risk of breast cancer and treatments thereof
JP2006508662A (ja) 2002-12-04 2006-03-16 アプレラ コーポレイション ポリヌクレオチドの多重増幅
JP5717937B2 (ja) 2002-12-06 2015-05-13 ミレニアム ファーマシューティカルズ， インコーポレイテッドＭｉｌｌｅｎｎｉｕｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｉｎｃ． プロテアソーム阻害療法を用いた患者の同定、判定および治療方法
CN1506471A (zh) * 2002-12-09 2004-06-23 核酸检测方法
US7291459B2 (en) * 2002-12-10 2007-11-06 University Of Alabama At Huntsville Nucleic acid detector and method of detecting targets within a sample
US7132233B2 (en) * 2002-12-12 2006-11-07 Novartis Vaccines And Diagnostics, Inc. Identification of oligonucleotides for the capture, detection and quantitation of West Nile virus
AU2003297541A1 (en) 2002-12-18 2004-07-14 Third Wave Technologies, Inc. Detection of small nucleic acids
US8206904B2 (en) * 2002-12-18 2012-06-26 Third Wave Technologies, Inc. Detection of nucleic acids
US7682565B2 (en) 2002-12-20 2010-03-23 Biotrove, Inc. Assay apparatus and method using microfluidic arrays
CA2936612C (en) 2002-12-20 2017-11-21 Celera Corporation Atf6 polymorphisms associated with myocardial infarction, method of detection and uses thereof
CA2511381A1 (en) * 2002-12-20 2004-07-22 Stratagene California Compositions and methods for polynucleotide detection
DE10261468A1 (de) * 2002-12-31 2004-07-15 Bundesrepublik Deutschland, vertreten durch das Bundesministerium der Verteidigung, dieses vertreten durch das Bundesamt für Wehrtechnik und Beschaffung Testkit zum Nachweis von Brucella melitensis und Brucella abortus
US7297780B2 (en) 2003-01-06 2007-11-20 Third Wave Technologies, Inc. Reactive functional groups for preparation of modified nucleic acid
US7355010B2 (en) * 2003-01-30 2008-04-08 Bellbrook Labs, Llc Assay method for group transfer reactions
JP2006519013A (ja) * 2003-01-30 2006-08-24 ベル ブルック ラブズ リミテッド ライアビリティ カンパニー 基転移反応のアッセイ方法
US8088897B2 (en) * 2003-01-30 2012-01-03 BellBrook Labs, Inc. Assay method for group transfer reactions
EP1601955B1 (en) * 2003-03-07 2013-01-09 Luxcel Biosciences Limited An oxygen sensitive probe and method for measuring oxygen uptake
WO2004092412A2 (en) 2003-03-31 2004-10-28 Roche Diagnostics Gmbh Compositions and methods for detecting certain flaviviruses, including members of the japanese encephalitis virus serogroup
US7666361B2 (en) 2003-04-03 2010-02-23 Fluidigm Corporation Microfluidic devices and methods of using same
ES2384170T3 (es) 2003-04-04 2012-07-02 F. Hoffmann-La Roche Ag Sistema mejorado de PCR multicolor a tiempo real
US20040241732A1 (en) * 2003-04-11 2004-12-02 Chu-An Chang Method of generating long nucleic acid molecules of defined sequence
WO2004092327A2 (en) * 2003-04-11 2004-10-28 Applera Corporation Method of generating size standard nucleic acids
US7820030B2 (en) * 2003-04-16 2010-10-26 Handylab, Inc. System and method for electrochemical detection of biological compounds
CN1537954A (zh) * 2003-04-18 2004-10-20 ������������ʽ���� 表达基因分析方法以及用于表达基因分析的探针试剂盒
US20040214176A1 (en) * 2003-04-22 2004-10-28 Osborne James C. Multiplexed DNA assays using structure-specific endonucleases
US7892745B2 (en) * 2003-04-24 2011-02-22 Xdx, Inc. Methods and compositions for diagnosing and monitoring transplant rejection
WO2004098386A2 (en) * 2003-05-01 2004-11-18 Gen-Probe Incorporated Oligonucleotides comprising a molecular switch
JP4836795B2 (ja) * 2003-05-19 2011-12-14 ブランデイズ ユニバーシティー 核酸プロセシング方法、キット、及び装置
DK1626714T3 (da) 2003-05-20 2007-10-15 Bayer Pharmaceuticals Corp Dirarylurinstoffer mod sygdomme medieret af PDGFR
EP2481814A3 (en) 2003-06-09 2012-10-10 The Regents of the University of Michigan Compositions and methods for treating and diagnosing cancer
WO2005003373A2 (en) * 2003-06-26 2005-01-13 Proligo, Llc Fluorogenic nucleic acid probes including lna for methods to detect and/or quantify nucleic acid analytes
US20050233314A1 (en) * 2003-06-30 2005-10-20 National Health Research Institutes Sensitive and quantitative detection of pathogens by real-time nested PCR
EP1502961B1 (en) * 2003-08-01 2010-09-08 Roche Diagnostics GmbH New detection format for hot start real time polymerase chain reaction
US20060029948A1 (en) * 2003-09-19 2006-02-09 Gary Lim Sealing cover and dye compatibility selection
US7417726B2 (en) * 2003-09-19 2008-08-26 Applied Biosystems Inc. Normalization of data using controls
WO2005029041A2 (en) * 2003-09-19 2005-03-31 Applera Corporation High density sequence detection methods and apparatus
CN102517381A (zh) 2003-10-07 2012-06-27 千年药品公司 用于鉴定、评价、预防和治疗卵巢癌的核酸分子和蛋白质
US20050186588A1 (en) * 2003-10-16 2005-08-25 Third Wave Technologies, Inc. Direct nucleic acid detection in bodily fluids
WO2005045058A2 (en) * 2003-10-27 2005-05-19 Monogram Biosciences, Inc. Detecting human anti-therapeutic antibodies
WO2005045061A2 (en) * 2003-10-27 2005-05-19 Hybridon, Inc. Hybridization-based fluorescence assay
ES2529256T3 (es) 2003-10-28 2015-02-18 Epoch Biosciences, Inc. Sondas fluorescentes para la detección de ADN mediante hibridación con una sensibilidad mejorada y baja señal de fondo
US20080293580A1 (en) * 2003-11-06 2008-11-27 Suk-Wah Tam-Chang Methods for Detecting and Measuring Specific Nucleic Acid Sequences
US7439341B2 (en) * 2003-11-14 2008-10-21 Integrated Dna Technologies, Inc. Fluorescence quenching azo dyes, their methods of preparation and use
US7427475B2 (en) * 2003-11-18 2008-09-23 Mayo Foundation For Medical Education And Research Detection of group B streptococcus
CN101076537B (zh) * 2003-11-19 2012-07-04 阿莱洛吉克生物科学公司 标记有多个荧光团的寡核苷酸
WO2005056837A2 (en) 2003-11-26 2005-06-23 Applera Corporation Genetic polymorphisms associated with cardiovascular disorders and drug response, methods of detection and uses thereof
JP2007512838A (ja) 2003-12-01 2007-05-24 インヴィトロジェン コーポレーション 組換え部位を含む核酸分子およびその使用方法
CA2494571C (en) * 2003-12-02 2010-02-09 F.Hoffmann-La Roche Ag Oligonucleotides containing molecular rods
EP1709200B1 (en) * 2003-12-03 2012-05-09 Abbott Laboratories Double stranded linear nucleic acid probe and uses thereof
CA2547998A1 (en) * 2003-12-06 2005-07-07 Abbott Laboratories Method and system for analyzing reactions using an information system
US8697433B2 (en) * 2003-12-10 2014-04-15 Samsung Electronics Co., Ltd. Polymerase chain reaction (PCR) module and multiple PCR system using the same
US20050147976A1 (en) * 2003-12-29 2005-07-07 Xing Su Methods for determining nucleotide sequence information
EP1704256A4 (en) 2004-01-13 2008-01-16 Us Genomics Inc Detection and quantification of analytes in solution using polymers
US7432057B2 (en) * 2004-01-30 2008-10-07 Michigan State University Genetic test for PSE-susceptible turkeys
US7344701B2 (en) * 2004-02-03 2008-03-18 Biosearch Technologies, Inc. Xanthene dyes
US20050232927A1 (en) * 2004-02-03 2005-10-20 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for characterizing, regulating, diagnosing, and treating cancer
WO2005077125A2 (en) * 2004-02-11 2005-08-25 Applera Corporation Methods and compositions for detecting nucleic acids
EP1716252A1 (en) * 2004-02-19 2006-11-02 University College Cork-National University of Ireland, Cork Detection of biologically active compounds
EP1730518B1 (en) * 2004-02-26 2009-07-08 Thomsen Bioscience A/S Method, chip, device and integrated system for detection biological particles
EP1730276B8 (en) * 2004-02-26 2010-07-21 DELTA Dansk Elektronik, Lys og Akustik Method, chip, device and system for extraction of biological materials
DK1730519T3 (da) * 2004-02-26 2010-11-01 Delta Dansk Elektronik Lys Og Fremgangsmåde, chip og system til opsamling af biologiske partikler
WO2005085475A1 (en) 2004-03-01 2005-09-15 Applera Corporation Methods, compositions and kits for use in polynucleotide amplification
CA2559171A1 (en) 2004-03-12 2005-09-29 Biotrove, Inc. Nanoliter array loading
GB0406015D0 (en) * 2004-03-17 2004-04-21 Dynal Biotech Asa Improvements in magnetic polymer particles
KR100906749B1 (ko) * 2004-03-25 2009-07-09 (주)바이오니아 인터컬레이팅 형광염료가 표지된 프로브를 이용한 핵산 증폭 측정 방법
JP4972541B2 (ja) * 2004-04-01 2012-07-11 バイオ−ラッド ラボラトリーズ インコーポレーティッド 標識されたプローブおよび３’→５’エキソヌクレアーゼ活性を用いた定量的増幅方法
ES2527528T3 (es) * 2004-04-08 2015-01-26 Sangamo Biosciences, Inc. Métodos y composiciones para modular la contractilidad cardiaca
ES2315859T3 (es) * 2004-04-08 2009-04-01 Sangamo Biosciences, Inc. Metodos y composiciones para tratar afecciones neuropaticas y neurodegenerativas.
US7462451B2 (en) * 2004-04-26 2008-12-09 Third Wave Technologies, Inc. Compositions for modifying nucleic acids
ES2560433T3 (es) 2004-04-26 2016-02-19 Wako Pure Chemical Industries, Ltd. Cebadores para la detección del bacilo de la tuberculosis y procedimiento de detección del bacilo de la tuberculosis humana con los mismos
EP2423326B1 (en) 2004-05-07 2014-01-08 Celera Corporation Genetic polymorphism associated with liver fibrosis methods of detection and uses thereof
US20080268476A1 (en) * 2004-05-12 2008-10-30 Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale (Inserm) Nectin 4 (N4) as a Marker for Cancer Prognosis
US20050255485A1 (en) * 2004-05-14 2005-11-17 Livak Kenneth J Detection of gene duplications
US7618780B2 (en) * 2004-05-20 2009-11-17 Trillion Genomics Limited Use of mass labelled probes to detect target nucleic acids using mass spectrometry
WO2005113773A1 (en) * 2004-05-20 2005-12-01 Warnex Research Inc. Polynucleotides for the detection of escherichia coli 0157:h7 and escherichia coli 0157:nm verotoxin producers
US7575863B2 (en) 2004-05-28 2009-08-18 Applied Biosystems, Llc Methods, compositions, and kits comprising linker probes for quantifying polynucleotides
EP2290076B1 (en) 2004-05-28 2015-03-25 Asuragen, Inc. Methods and compositions involving microRNA
US7279281B2 (en) * 2004-06-01 2007-10-09 The Regents Of The University Of Michigan Methods and kits for diagnosing or monitoring autoimmune and chronic inflammatory diseases
US20050287667A1 (en) 2004-06-01 2005-12-29 Pronai Therapeutics, Inc. Methods and compositions for the inhibition of gene expression
US7338763B2 (en) * 2004-06-02 2008-03-04 Eppendorf Array Technologies S.A. Method and kit for the detection and/or quantification of homologous nucleotide sequences on arrays
CN100583434C (zh) * 2004-06-07 2010-01-20 先锋生物科技股份有限公司 用于微流体器件的光学透镜系统和方法
US20060003337A1 (en) * 2004-06-30 2006-01-05 John Brandis Detection of small RNAS
WO2006007567A2 (en) 2004-07-01 2006-01-19 Gen-Probe Incorporated Methods and compositions to detect nucleic acids in a biological sample
BRPI0513706A (pt) * 2004-07-20 2008-05-13 Symphogen As anticorpo policlonal recombinante anti-rhesus d e métodos de produção
KR101319848B1 (ko) * 2004-07-20 2013-10-18 심포젠 에이/에스 재조합 폴리클로날 단백질 또는 폴리클로날 세포주의구조적 특성화 방법
US7361469B2 (en) * 2004-08-13 2008-04-22 Stratagene California Dual labeled fluorescent probes
JP2008512099A (ja) 2004-09-07 2008-04-24 テレソン インスティテュート フォー チャイルド ヘルス リサーチ アレルギー性疾患の処置または予防のための物質
WO2006029184A2 (en) * 2004-09-08 2006-03-16 Expression Diagnostics, Inc. Genes useful for diagnosing and monitoring inflammation related disorders
US20060051796A1 (en) * 2004-09-09 2006-03-09 Inga Boell Real time PCR with the addition of pyrophosphatase
EP1634965B1 (en) 2004-09-09 2010-01-20 Roche Diagnostics GmbH Real time PCR with the addition of pyrophosphatase
US7910753B2 (en) 2004-09-10 2011-03-22 Anaspec Incorporated Cyanine dyes and their applications as luminescence quenching compounds
EP1791982B1 (en) * 2004-09-21 2011-01-05 Life Technologies Corporation TWO-COLOR REAL-TIME/END-POINT QUANTITATION OF MICRORNAS (MIRNAs)
US7851152B2 (en) * 2004-09-25 2010-12-14 Yaodong Chen Fluorescent base analogues' usage in the characterization of nucleic acid molecules and their interactions
US20060078894A1 (en) * 2004-10-12 2006-04-13 Winkler Matthew M Methods and compositions for analyzing nucleic acids
CA2584569C (en) 2004-10-18 2014-09-30 Brandeis University Primers, probes and methods for nucleic acid amplification
US20060115838A1 (en) * 2004-10-19 2006-06-01 Trevigen Inc. Real-time detection of amplicons using nucleic acid repair enzymes
US20060147954A1 (en) * 2004-10-19 2006-07-06 Wallac Oy Novel probe and its use in bioaffinity assays
WO2006045009A2 (en) * 2004-10-20 2006-04-27 Stratagene California Triplex probe compositions and methods for polynucleotide detection
EP1815016B1 (en) 2004-11-01 2012-06-27 George Mason University Compositions and methods for diagnosing colon disorders
EP1812604A4 (en) * 2004-11-03 2011-02-23 Third Wave Tech Inc DETECTION ASSAY IN ONE STEP
AU2005333165B2 (en) * 2004-11-12 2012-07-19 Asuragen, Inc. Methods and compositions involving miRNA and miRNA inhibitor molecules
US20060105348A1 (en) * 2004-11-15 2006-05-18 Lee Jun E Compositions and methods for the detection and discrimination of nucleic acids
US20060275792A1 (en) * 2004-11-15 2006-12-07 Lee Jun E Enhancement of nucleic acid amplification using double-stranded DNA binding proteins
JP4190562B2 (ja) * 2004-12-08 2008-12-03 健 山本 遺伝子配列検査法
EP1836319B1 (en) * 2005-01-06 2012-09-19 Life Technologies Corporation Polypeptides having nucleic acid binding activity and methods for nucleic acid amplification
US7315376B2 (en) * 2005-01-07 2008-01-01 Advanced Molecular Systems, Llc Fluorescence detection system
ATE359500T1 (de) * 2005-01-18 2007-05-15 Hoffmann La Roche Fluoreszenzabbildung mittels telezentrizität
DK1681555T3 (da) * 2005-01-18 2007-07-02 Hoffmann La Roche Billeddannelse af fluorscenssignaler under anvendelse af telecentrisk excitation og billeddannende optikker
US20070020644A1 (en) * 2005-01-26 2007-01-25 Kolykhalov Alexander A Method for detection and characterization of short nucleic acids
AU2006213907A1 (en) * 2005-02-09 2006-08-17 Stratagene California Key probe compositions and methods for polynucleotide detection
CA2599013A1 (en) * 2005-02-28 2006-09-08 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods of detecting an analyte by using a nucleic acid hybridization switch probe
CA2599004C (en) 2005-02-28 2015-05-26 Sangamo Biosciences, Inc. Anti-angiogenic methods and compositions
JP4398886B2 (ja) * 2005-03-07 2010-01-13 ソニー株式会社 通信端末装置、通信システム、通信方法、およびプログラム
US8263330B1 (en) 2005-03-08 2012-09-11 Quest Diagnostics Investments Incorporated Detection of Mycobacterium tuberculosis complex nucleic acids
US7759469B2 (en) 2005-03-10 2010-07-20 Roche Diagnostics Operations, Inc. Labeling reagent
CA2842232C (en) 2005-03-10 2015-01-27 Gen-Probe Incorporated Systems and methods to perform assays for detecting or quantifying analytes within samples
EP1700922B1 (en) 2005-03-10 2016-08-24 Roche Diagnostics GmbH 3-Substituted 5-Nitroindole derivatives and labeled oligonucleotide probes containing them
EP1856296A2 (en) 2005-03-11 2007-11-21 Applera Corporation Genetic polymorphisms associated with coronary heart disease, methods of detection and uses thereof
US7776567B2 (en) 2005-03-17 2010-08-17 Biotium, Inc. Dimeric and trimeric nucleic acid dyes, and associated systems and methods
US7601498B2 (en) * 2005-03-17 2009-10-13 Biotium, Inc. Methods of using dyes in association with nucleic acid staining or detection and associated technology
EP2371453A1 (en) 2005-03-18 2011-10-05 Fluidigm Corporation Microfluidic device
US20060246493A1 (en) 2005-04-04 2006-11-02 Caliper Life Sciences, Inc. Method and apparatus for use in temperature controlled processing of microfluidic samples
US20060275798A1 (en) * 2005-04-04 2006-12-07 Steichen John C Detection of organisms using a media sachet and primer directed nucleic acid amplification
US20070213293A1 (en) * 2005-04-08 2007-09-13 Nastech Pharmaceutical Company Inc. Rnai therapeutic for respiratory virus infection
CA2603842A1 (en) * 2005-04-08 2006-10-19 Nastech Pharmaceutical Company Inc. Rnai therapeutic for respiratory virus infection
WO2006116303A2 (en) * 2005-04-28 2006-11-02 Merck & Co., Inc. Fluorescent multiplex hpv pcr assays
CA2604761A1 (en) * 2005-04-28 2006-11-02 Merck & Co., Inc. Real-time hpv pcr assays
CA2607369A1 (en) * 2005-05-02 2006-11-09 Stratagene California Oligonucleotide probe/primer compositions and methods for polynucleotide detection
EP2312317A3 (en) 2005-05-03 2011-06-08 Life Technologies Corporation Fluorescent detection system and dye set for use therewith
CN102539734B (zh) 2005-05-12 2016-02-03 清华大学 核仁素辅助的癌症诊断与治疗方法
EP1880024A4 (en) * 2005-05-12 2009-12-09 Third Wave Tech Inc GHSR POLYMORPHIC NUCLEIC ACIDS AND USES THEREOF
DE602006019850D1 (de) 2005-05-13 2011-03-10 Wako Pure Chem Ind Ltd Primer, sonden, verfahren und verwendungen davon zum nachweis von mycobacterium kansasii
EP1907560B1 (en) * 2005-05-20 2013-01-23 Integrated DNA Technologies, Inc. Compounds and methods for labeling oligonucleotides
US7569695B2 (en) * 2005-05-24 2009-08-04 Enzo Life Sciences, Inc. Dyes for the detection or quantification of desirable target molecules
US7737281B2 (en) * 2005-05-24 2010-06-15 Enzo Life Sciences, Inc. C/O Enzo Biochem, Inc. Purine based fluorescent dyes
US8357801B2 (en) 2005-05-24 2013-01-22 Enzo Life Sciences, Inc. Labeling of target molecules, identification of organelles and other applications, novel compositions, methods and kits
US8362250B2 (en) 2005-05-24 2013-01-29 Enzo Biochem, Inc. Fluorescent dyes and compounds, methods and kits useful for identifying specific organelles and regions in cells of interest
GB0510979D0 (en) 2005-05-28 2005-07-06 Kbiosciences Ltd Detection system for PCR assay
US7439024B2 (en) * 2005-06-01 2008-10-21 The United States Of America As Represented By The Department Of Veterans Affairs Methods and kits for diagnosing or monitoring autoimmune and chronic inflammatory diseases
WO2007044091A2 (en) 2005-06-02 2007-04-19 Fluidigm Corporation Analysis using microfluidic partitioning devices
WO2006135886A2 (en) * 2005-06-13 2006-12-21 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for treating and diagnosing cancer
JP2008546387A (ja) * 2005-06-13 2008-12-25 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ ミシガン 癌を処置および診断するための組成物および方法
WO2006136621A1 (es) 2005-06-16 2006-12-28 Biotools Biotechnological & Medical Laboratories, S.A. Método de detección de ácidos nucleicos mediante generación directa de una señal medible
WO2007045998A2 (en) 2005-07-01 2007-04-26 Dako Denmark A/S New nucleic acid base pairs
US7977108B2 (en) * 2005-07-25 2011-07-12 Roche Molecular Systems, Inc. Method for detecting a mutation in a repetitive nucleic acid sequence
WO2007014305A2 (en) 2005-07-26 2007-02-01 University Of Medicine And Dentistry Of New Jersey Assays for resistance to echinocandin-class drugs
US7892795B2 (en) 2005-08-02 2011-02-22 Focus Diagnostics, Inc. Methods and compositions for detecting BK virus
WO2007019410A2 (en) * 2005-08-05 2007-02-15 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Mammalian obestatin receptors
KR101515821B1 (ko) * 2005-09-01 2015-04-30 오스다이어그나스틱스 피티와이 엘티디. 핵산의 증폭, 정량분석 및 동정 방법
US20070059713A1 (en) 2005-09-09 2007-03-15 Lee Jun E SSB-DNA polymerase fusion proteins
US7799530B2 (en) 2005-09-23 2010-09-21 Celera Corporation Genetic polymorphisms associated with cardiovascular disorders and drug response, methods of detection and uses thereof
US8831887B2 (en) * 2005-10-12 2014-09-09 The Research Foundation For The State University Of New York Absolute PCR quantification
US8652467B2 (en) * 2005-10-14 2014-02-18 The Regents Of The University Of Michigan Dek protein compositions and methods of using the same
US7781165B2 (en) 2005-10-19 2010-08-24 Roche Diagnostics Operations, Inc. Benzimidazolium compounds and salts of benzimidazolium compounds for nucleic acid amplification
WO2007045890A1 (en) * 2005-10-21 2007-04-26 Primerdesign Ltd Probe
US9850311B2 (en) 2005-10-31 2017-12-26 Oncomed Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for diagnosing and treating cancer
AU2006308847C1 (en) * 2005-10-31 2012-05-10 Oncomed Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for treating and diagnosing cancer
US7723477B2 (en) 2005-10-31 2010-05-25 Oncomed Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting Wnt-dependent solid tumor cell growth
WO2007056250A2 (en) * 2005-11-04 2007-05-18 U.S. Genomics, Inc. Heterogeneous assay of analytes in solution using polymers
US20090068643A1 (en) * 2005-11-23 2009-03-12 Integrated Dna Technologies, Inc. Dual Function Primers for Amplifying DNA and Methods of Use
DE502005008153D1 (de) 2005-11-23 2009-10-29 Roche Diagnostics Gmbh Polynukleotid mit Phosphatmimetikum
US7824858B2 (en) 2006-01-23 2010-11-02 Quest Diagnostics Investments Incorporated Assay for mycobacterium avium/intracellulare nucleic acid
WO2008121102A2 (en) * 2006-02-21 2008-10-09 The Regents Of The University Of Michigan Hedgehog signaling pathway antagonist cancer treatment
ATE510027T1 (de) * 2006-02-27 2011-06-15 Hoffmann La Roche Pcr-heissstart durch magnesium-sequestrierung
WO2007103738A2 (en) 2006-03-01 2007-09-13 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Compositions related to the quantitative trait locus 6 (qtl6) in maize and methods of use
CN101400806A (zh) 2006-03-13 2009-04-01 和光纯药工业株式会社 突变基因的检测方法
RU2394915C2 (ru) * 2006-03-24 2010-07-20 Александр Борисович Четверин Бесконтактные способы обнаружения молекулярных колоний, наборы реагентов и устройство для их осуществления
EP2007909A4 (en) * 2006-04-07 2011-01-26 Xdx Inc EXPRESSION OF NUCLEIC ACID IN RESPONSE TO STEROIDS AND PREDICTION OF DISEASE ACTIVITY
US20070238093A1 (en) * 2006-04-11 2007-10-11 Espy Mark J Detection of influenza A virus
US20070238095A1 (en) * 2006-04-11 2007-10-11 Mayo Foundation For Medical Education And Research , A Minnesota Corporation Detection of Influenza A Virus
US8828661B2 (en) 2006-04-24 2014-09-09 Fluidigm Corporation Methods for detection and quantification of nucleic acid or protein targets in a sample
ES2700606T3 (es) 2006-04-28 2019-02-18 Igor Kutyavin Uso de trifosfatos de desoxinucleósidos modificados en sus bases para mejorar la detección de ácidos nucleicos
WO2007127999A2 (en) * 2006-04-28 2007-11-08 Igor Kutyavin Use of products of pcr amplification carrying elements of secondary structure to improve pcr-based nucleic acid detection
WO2007129628A1 (ja) 2006-05-02 2007-11-15 Wako Pure Chemical Industries, Ltd. マイコバクテリウム・イントラセルラーレ検出用プライマー及びプローブ、並びにこれを用いたマイコバクテリウム・イントラセルラーレの検出方法
US8232091B2 (en) 2006-05-17 2012-07-31 California Institute Of Technology Thermal cycling system
KR101105564B1 (ko) 2006-06-01 2012-01-17 써드 웨이브 테크놀로지스, 아이앤씨. 핵산의 검출
AU2007257162A1 (en) 2006-06-05 2007-12-13 Cancer Care Ontario Assessment of risk for colorectal cancer
US11001881B2 (en) 2006-08-24 2021-05-11 California Institute Of Technology Methods for detecting analytes
US7759062B2 (en) * 2006-06-09 2010-07-20 Third Wave Technologies, Inc. T-structure invasive cleavage assays, consistent nucleic acid dispensing, and low level target nucleic acid detection
US7951995B2 (en) 2006-06-28 2011-05-31 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Soybean event 3560.4.3.5 and compositions and methods for the identification and detection thereof
JP2009543862A (ja) 2006-07-14 2009-12-10 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア ガンのバイオマーカーおよびその使用方法
US7915014B2 (en) 2006-07-17 2011-03-29 Brandeis University Specialized oligonucleotides and their use in nucleic acid amplification and detection
US8048626B2 (en) 2006-07-28 2011-11-01 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
US11525156B2 (en) 2006-07-28 2022-12-13 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
BRPI0715346A2 (pt) 2006-08-01 2013-11-26 Applera Corp Detecção de analitos e ácidos nucléicos
JP5088034B2 (ja) * 2006-08-14 2012-12-05 ソニー株式会社 物質の検出等に有用な核酸鎖とその方法
WO2008021431A2 (en) * 2006-08-14 2008-02-21 Xdx, Inc. Methods and compositions for diagnosing and monitoring the status of transplant rejection and immune disorders
WO2008021446A2 (en) * 2006-08-15 2008-02-21 Genetag Technology, Inc. Probe-antiprobe compositions and methods for dna or rna detection
US11560588B2 (en) 2006-08-24 2023-01-24 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
US20080261216A1 (en) * 2006-09-08 2008-10-23 The Regents Of The University Of Michigan HERV Group II Viruses In Lymphoma And Cancer
US8050516B2 (en) * 2006-09-13 2011-11-01 Fluidigm Corporation Methods and systems for determining a baseline during image processing
US8055034B2 (en) 2006-09-13 2011-11-08 Fluidigm Corporation Methods and systems for image processing of microfluidic devices
AU2007299748A1 (en) * 2006-09-19 2008-03-27 Asuragen, Inc. miR-15, miR-26, miR -31,miR -145, miR-147, miR-188, miR-215, miR-216 miR-331, mmu-miR-292-3p regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
WO2008045251A2 (en) 2006-10-04 2008-04-17 Third Wave Technologies, Inc. Snap-back primers and detectable hairpin structures
US20100136537A1 (en) * 2006-10-10 2010-06-03 The Regents Of The University Of Michigan Photoreceptor precursor cells
CA2915679C (en) 2006-10-20 2017-12-12 Celera Corporation Genetic polymorphisms associated with venous thrombosis, methods of detection and uses thereof
EP2078089B1 (en) 2006-10-31 2016-05-04 E. I. du Pont de Nemours and Company Soybean event dp-305423-1 and compositions and methods for the identification and/or detection thereof
JP5350257B2 (ja) * 2006-11-02 2013-11-27 ベリデックス・エルエルシー 免疫磁気ｍｒｉ造影剤を用いた活性化された血管内皮の画像化
US8338109B2 (en) 2006-11-02 2012-12-25 Mayo Foundation For Medical Education And Research Predicting cancer outcome
EP2102367A2 (en) 2006-11-09 2009-09-23 XDX, Inc. Methods for diagnosing and monitoring the status of systemic lupus erythematosus
WO2008067552A2 (en) * 2006-11-30 2008-06-05 Fluidigm Corporation Method and apparatus for biological sample analysis
US20080131878A1 (en) * 2006-12-05 2008-06-05 Asuragen, Inc. Compositions and Methods for the Detection of Small RNA
CN101675165A (zh) * 2006-12-08 2010-03-17 奥斯瑞根公司 Let-7微小rna的功能和靶标
CN101622349A (zh) * 2006-12-08 2010-01-06 奥斯瑞根公司 作为治疗性干预靶标的miR-21调节的基因和途径
EP2104735A2 (en) * 2006-12-08 2009-09-30 Asuragen, INC. Mir-21 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
WO2008073919A2 (en) * 2006-12-08 2008-06-19 Asuragen, Inc. Mir-20 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
CA2672034C (en) * 2006-12-13 2014-02-18 Luminex Corporation Systems and methods for multiplex analysis of pcr in real time
US9938641B2 (en) * 2006-12-18 2018-04-10 Fluidigm Corporation Selection of aptamers based on geometry
EP2479273A3 (en) 2006-12-18 2012-10-10 Wako Pure Chemical Industries, Ltd. Primer and probe for detection of mycobacterium avium and method for detection of mycobacterium avium using the same
US20100150863A1 (en) 2006-12-20 2010-06-17 Bayer Pharmaceuticals Corporation Hydroxy methyl phenyl pyrazolyl urea compound useful in treatment of cancer
EP2118310B1 (en) * 2006-12-29 2013-03-06 Applied Biosystems, LLC Systems and methods for detecting nucleic acids
CA2671270A1 (en) * 2006-12-29 2008-07-17 Asuragen, Inc. Mir-16 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
EP2069525A1 (en) * 2006-12-29 2009-06-17 Applied Biosystems, LLC Systems and methods for detecting nucleic acids
US8148147B2 (en) * 2007-01-24 2012-04-03 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for treating and diagnosing pancreatic cancer
CA2674907C (en) 2007-01-31 2017-04-04 Celera Corporation A molecular prognostic signature for predicting breast cancer distant metastasis, and uses thereof
US20100129792A1 (en) * 2007-02-06 2010-05-27 Gerassimos Makrigiorgos Direct monitoring and pcr amplification of the dosage and dosage difference between target genetic regions
GB0703997D0 (en) * 2007-03-01 2007-04-11 Oxitec Ltd Methods for detecting nucleic sequences
GB0703996D0 (en) * 2007-03-01 2007-04-11 Oxitec Ltd Nucleic acid detection
WO2008106785A1 (en) 2007-03-05 2008-09-12 Cancer Care Ontario Assessment of risk for colorectal cancer
WO2008119081A1 (en) 2007-03-28 2008-10-02 Signal Diagnostics System and method for high resolution analysis of nucleic acids to detect sequence variations
JP5191041B2 (ja) 2007-04-05 2013-04-24 エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲー 急速ワンステップｒｔ−ｐｃｒ
US9290803B2 (en) * 2007-04-12 2016-03-22 University Of Southern California DNA methylation analysis by digital bisulfite genomic sequencing and digital methylight
US20080274458A1 (en) * 2007-05-01 2008-11-06 Latham Gary J Nucleic acid quantitation methods
US20110091377A1 (en) 2007-05-11 2011-04-21 The Johns Hopkins University Biomarkers for melanoma
US20090232893A1 (en) * 2007-05-22 2009-09-17 Bader Andreas G miR-143 REGULATED GENES AND PATHWAYS AS TARGETS FOR THERAPEUTIC INTERVENTION
WO2008153804A2 (en) * 2007-05-31 2008-12-18 Monsanto Technology Llc Soybean polymorphisms and methods of genotyping
EP2527472B1 (en) 2007-05-31 2016-09-28 Yale University A genetic lesion associated with cancer
JP2010529966A (ja) * 2007-06-08 2010-09-02 アシュラジェン インコーポレイテッド 治療的介入の標的としてｍｉＲ−３４によって調節される遺伝子および経路
EP2016821A1 (en) 2007-06-13 2009-01-21 Syngeta Participations AG New hybrid system for Brassica napus
DE102007029772B4 (de) 2007-06-22 2011-12-08 Aj Innuscreen Gmbh Verfahren und Schnelltest zum Nachweis spezifischer Nukleinsäuresequenzen
US8008010B1 (en) * 2007-06-27 2011-08-30 Applied Biosystems, Llc Chimeric oligonucleotides for ligation-enhanced nucleic acid detection, methods and compositions therefor
US20090324596A1 (en) * 2008-06-30 2009-12-31 The Trustees Of Princeton University Methods of identifying and treating poor-prognosis cancers
US10745701B2 (en) 2007-06-28 2020-08-18 The Trustees Of Princeton University Methods of identifying and treating poor-prognosis cancers
DK2173379T3 (en) 2007-07-02 2015-12-07 Oncomed Pharm Inc Compositions and methods for treatment and diagnosis of cancer
IL184478A (en) * 2007-07-08 2017-07-31 Hadasit Medical Res Services & Development Ltd Preparations, methods and kits for identifying carriers of mutations in genes 1brca and 2brca and for the early detection of cancers associated with mutations in these genes
CN101821409B (zh) 2007-08-29 2014-08-27 孟山都技术公司 用于优选性状育种的方法和组合物
US8148078B2 (en) 2007-09-07 2012-04-03 Fluidigm Corporation Copy number variation determination, methods and systems
US20100173294A1 (en) * 2007-09-11 2010-07-08 Roche Molecular Systems, Inc. Diagnostic test for susceptibility to b-raf kinase inhibitors
WO2009036332A1 (en) 2007-09-14 2009-03-19 Asuragen, Inc. Micrornas differentially expressed in cervical cancer and uses thereof
WO2009052386A1 (en) * 2007-10-18 2009-04-23 Asuragen, Inc. Micrornas differentially expressed in lung diseases and uses thereof
US8039212B2 (en) 2007-11-05 2011-10-18 Celera Corporation Genetic polymorphisms associated with liver fibrosis, methods of detection and uses thereof
AU2008321063B2 (en) 2007-11-16 2015-04-23 E. I. Du Pont De Nemours And Company Method for detection and/or analysis of yeast and mold in filterable liquids
US8071562B2 (en) 2007-12-01 2011-12-06 Mirna Therapeutics, Inc. MiR-124 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
WO2009086156A2 (en) * 2007-12-21 2009-07-09 Asuragen, Inc. Mir-10 regulated genes and pathways as targets for therapeutic intervention
US20110183434A1 (en) * 2008-01-17 2011-07-28 Myles Wolf Diagnostic methods and kits using fibroblast growth factor-23
WO2009092564A2 (en) * 2008-01-23 2009-07-30 Roche Diagnostics Gmbh Integrated instrument performing synthesis and amplification
US20090203022A1 (en) * 2008-02-07 2009-08-13 Arizona Board Of Regents For And On Behalf Of Arizona State University Analysis
EP2252702B1 (en) 2008-02-08 2014-01-29 Mayo Foundation for Medical Education and Research Detection of clostridium difficile
WO2009099037A1 (ja) 2008-02-08 2009-08-13 Wako Pure Chemical Industries, Ltd. クラミドフィラ・キャビエ検出用プライマー及びプローブ、並びにこれを用いたクラミドフィラ・キャビエの検出方法
WO2009100430A2 (en) * 2008-02-08 2009-08-13 Asuragen, Inc miRNAs DIFFERENTIALLY EXPRESSED IN LYMPH NODES FROM CANCER PATIENTS
WO2009100449A1 (en) 2008-02-08 2009-08-13 Fluidigm Corporation Dynamic array assay methods
US20090221620A1 (en) 2008-02-20 2009-09-03 Celera Corporation Gentic polymorphisms associated with stroke, methods of detection and uses thereof
MX2010010161A (es) * 2008-03-15 2011-03-21 Hologic Inc Star Composiciones y metodos para el analisis de moleculas de acido nucleico durante reacciones de amplificacion.
WO2009154835A2 (en) * 2008-03-26 2009-12-23 Asuragen, Inc. Compositions and methods related to mir-16 and therapy of prostate cancer
PT2757091T (pt) * 2008-04-01 2017-07-24 Biosearch Tech Inc Sondas de fluoróforo e supressor de fluorescência de ácido nucleico estabilizadas
US20090253121A1 (en) * 2008-04-04 2009-10-08 Micah Halpern Method for amt-rflp dna fingerprinting
US20090258928A1 (en) * 2008-04-08 2009-10-15 Asuragen, Inc. Methods and compositions for diagnosing and modulating human papillomavirus (hpv)
GB0806676D0 (en) 2008-04-12 2008-05-14 Environment Agency The Environmental monitoring
CN104388568B (zh) 2008-04-24 2017-04-12 孟山都技术有限公司 鉴定大豆中亚洲大豆锈病抗性数量性状基因座的方法和其组合物
US8258111B2 (en) * 2008-05-08 2012-09-04 The Johns Hopkins University Compositions and methods related to miRNA modulation of neovascularization or angiogenesis
EP2806037B1 (en) * 2008-05-13 2016-09-21 Gen-Probe Incorporated Inactivatable target capture oligomers for use in the selective hybridization and capture of target nucleic acid sequences
EP2291553A4 (en) 2008-05-28 2011-12-14 Genomedx Biosciences Inc SYSTEMS AND METHODS FOR THE EXPRESSION-BASED DISTINCTION OF DIFFERENT CLINICAL ILLICIT STADIAS IN PROSTATE CANCER
CN102046788B (zh) 2008-05-28 2013-07-10 和光纯药工业株式会社 胞内分枝杆菌检测用引物和探针、以及使用该引物和探针检测胞内分枝杆菌的方法
US10407731B2 (en) 2008-05-30 2019-09-10 Mayo Foundation For Medical Education And Research Biomarker panels for predicting prostate cancer outcomes
US20090305251A1 (en) * 2008-06-09 2009-12-10 University Of Miami Brca1/brca2 screening panel
EP2310525B1 (en) 2008-07-09 2014-02-26 Celera Corporation Genetic polymorphisms associated with cardiovascular diseases, methods of detection and uses thereof
EP2148187A1 (de) 2008-07-25 2010-01-27 Roche Diagnostics GmbH Anregungs- und Abbildungsoptik für die Fluoreszenzdetektion
US20100092960A1 (en) * 2008-07-25 2010-04-15 Pacific Biosciences Of California, Inc. Helicase-assisted sequencing with molecular beacons
CA2730761C (en) * 2008-08-01 2016-04-19 F. Hoffmann-La Roche Ag Improved lysis and reverse transcription for mrna quantification
US9182406B2 (en) * 2008-08-04 2015-11-10 Biodesy, Inc. Nonlinear optical detection of molecules comprising an unnatural amino acid possessing a hyperpolarizability
PL3663411T3 (pl) 2008-08-12 2022-02-07 Stokes Bio Limited Sposoby do cyfrowego pcr
US20100069250A1 (en) * 2008-08-16 2010-03-18 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Digital PCR Calibration for High Throughput Sequencing
WO2010028014A1 (en) * 2008-09-03 2010-03-11 Abbott Laboratories Assays and kits for determining hiv-1 tropism
EP3216874A1 (en) 2008-09-05 2017-09-13 TOMA Biosciences, Inc. Methods for stratifying and annotating cancer drug treatment options
US9334281B2 (en) * 2008-09-08 2016-05-10 Enzo Life Sciences, Inc. Fluorochromes for organelle tracing and multi-color imaging
US9250249B2 (en) 2008-09-08 2016-02-02 Enzo Biochem, Inc. Autophagy and phospholipidosis pathway assays
EP2353008A2 (en) 2008-09-22 2011-08-10 Oregon Health and Science University Methods for detecting a mycobacterium tuberculosis infection
US8633015B2 (en) 2008-09-23 2014-01-21 Bio-Rad Laboratories, Inc. Flow-based thermocycling system with thermoelectric cooler
US9132394B2 (en) 2008-09-23 2015-09-15 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for detection of spaced droplets
US9764322B2 (en) 2008-09-23 2017-09-19 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for generating droplets with pressure monitoring
US11130128B2 (en) 2008-09-23 2021-09-28 Bio-Rad Laboratories, Inc. Detection method for a target nucleic acid
US10512910B2 (en) 2008-09-23 2019-12-24 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet-based analysis method
CA3149293C (en) 2008-09-23 2023-09-12 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet-based assay system
US9492797B2 (en) 2008-09-23 2016-11-15 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for detection of spaced droplets
US9417190B2 (en) 2008-09-23 2016-08-16 Bio-Rad Laboratories, Inc. Calibrations and controls for droplet-based assays
US9156010B2 (en) 2008-09-23 2015-10-13 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet-based assay system
WO2011120024A1 (en) 2010-03-25 2011-09-29 Quantalife, Inc. Droplet generation for droplet-based assays
US8709762B2 (en) 2010-03-02 2014-04-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for hot-start amplification via a multiple emulsion
US12090480B2 (en) 2008-09-23 2024-09-17 Bio-Rad Laboratories, Inc. Partition-based method of analysis
US12162008B2 (en) 2008-09-23 2024-12-10 Bio-Rad Laboratories, Inc. Partition-based method of analysis
US8951939B2 (en) 2011-07-12 2015-02-10 Bio-Rad Laboratories, Inc. Digital assays with multiplexed detection of two or more targets in the same optical channel
DK2331136T3 (en) 2008-09-26 2018-03-05 Oncomed Pharm Inc FRIZZLED BINDING AGENTS AND APPLICATIONS THEREOF
CA2682439A1 (en) 2008-10-17 2010-04-17 F. Hoffmann-La Roche Ag Cell monitoring and molecular analysis
US8735082B2 (en) 2008-11-10 2014-05-27 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Gene signature for predicting prognosis of patients with solid tumors
CA2743305C (en) 2008-11-11 2017-04-04 The Regents Of The University Of Michigan Anti-cxcr1 compositions and methods
WO2010056737A2 (en) * 2008-11-11 2010-05-20 Mirna Therapeutics, Inc. Methods and compositions involving mirnas in cancer stem cells
CA2743211A1 (en) 2008-11-12 2010-05-20 Caris Life Sciences Luxembourg Holdings, S.A.R.L. Methods and systems of using exosomes for determining phenotypes
US10236078B2 (en) 2008-11-17 2019-03-19 Veracyte, Inc. Methods for processing or analyzing a sample of thyroid tissue
US9495515B1 (en) 2009-12-09 2016-11-15 Veracyte, Inc. Algorithms for disease diagnostics
US10669574B2 (en) 2008-11-18 2020-06-02 XCR Diagnostics, Inc. DNA amplification technology
AU2009324884B2 (en) * 2008-11-25 2013-10-03 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting small RNAs, and uses thereof
US20100150949A1 (en) * 2008-12-16 2010-06-17 Oncopharmacologics, Inc. Methods and compositions for modulating proline levels
US9534255B2 (en) 2008-12-17 2017-01-03 Life Technologies Corporation Methods, compositions, and kits for detecting allelic variants
US8362318B2 (en) * 2008-12-18 2013-01-29 Board Of Trustees Of Michigan State University Enzyme directed oil biosynthesis in microalgae
CN102325900A (zh) 2008-12-19 2012-01-18 安莎种子控股有限公司 Cysdv抗性黄瓜植物的育种方法
CA2688174C (en) 2008-12-19 2018-08-07 F. Hoffmann-La Roche Ag Dry composition of reaction compounds with stabilized polymerase
US20100159452A1 (en) * 2008-12-22 2010-06-24 Roche Molecular Systems, Inc. Method For Detecting a Target Nucleic Acid in a Sample
US8628923B2 (en) 2009-01-13 2014-01-14 Fluidigm Corporation Single cell nucleic acid analysis
EP2381965B1 (en) 2009-01-14 2020-05-06 Drexel University Modulation of pre-mrna using splice modulating oligonucleotides as therapeutic agents in the treatment of disease
WO2010101696A1 (en) 2009-02-06 2010-09-10 Yale University A snp marker of breast and ovarian cancer risk
WO2010091410A2 (en) * 2009-02-09 2010-08-12 Forensic Science Service Limited Improvements in and relating to performance
US8715928B2 (en) 2009-02-13 2014-05-06 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Molecular-based method of cancer diagnosis and prognosis
WO2010096713A2 (en) 2009-02-20 2010-08-26 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Method for the diagnosis of age-associated vascular disorders
US9074258B2 (en) 2009-03-04 2015-07-07 Genomedx Biosciences Inc. Compositions and methods for classifying thyroid nodule disease
US8039215B2 (en) 2009-03-10 2011-10-18 Roche Molecular Systems, Inc. Multiplex quantitative nucleic acid amplification and melting assay
US9598739B1 (en) 2009-03-13 2017-03-21 Grifols Therapeutics Inc. Human erythrovirus
US8481698B2 (en) * 2009-03-19 2013-07-09 The President And Fellows Of Harvard College Parallel proximity ligation event analysis
JP5805064B2 (ja) 2009-03-27 2015-11-04 ライフ テクノロジーズ コーポレーション 対立遺伝子変種を検出するための方法、組成物、およびキット
JP5985390B2 (ja) 2009-04-02 2016-09-06 フリューダイム・コーポレイション 標的核酸にバーコードを付加するためのマルチプライマー増幅方法
US20100279299A1 (en) * 2009-04-03 2010-11-04 Helixis, Inc. Devices and Methods for Heating Biological Samples
US20100272824A1 (en) * 2009-04-16 2010-10-28 The Texas A&M University System Compositions and methods for preventing and monitoring disease
US20110091931A1 (en) * 2009-04-24 2011-04-21 Colby Pharmaceutical Company Methods and Kits for Determining Oxygen Free Radical (OFR) Levels in Animal and Human Tissues as a Prognostic Marker for Cancer and Other Pathophysiologies
WO2010124372A1 (en) 2009-04-29 2010-11-04 Genomedx Biosciences, Inc. Systems and methods for expression-based classification of thyroid tissue
EP2256215A1 (en) * 2009-04-30 2010-12-01 Steffen Mergemeier Assay system using a nuclease activity of a nucleic acid polymerase
JP6078339B2 (ja) 2009-05-07 2017-02-08 ベラサイト インコーポレイテッド 甲状腺状態の診断のための方法および組成物
US20100299773A1 (en) * 2009-05-20 2010-11-25 Monsanto Technology Llc Methods and compositions for selecting an improved plant
WO2010135692A2 (en) 2009-05-22 2010-11-25 Asuragen, Inc. Mirna biomarkers of prostate disease
US20120141472A1 (en) 2009-05-29 2012-06-07 Shalini Singh Methods of scoring gene copy number in a biological sample using in situ hybridization
WO2010138908A1 (en) 2009-05-29 2010-12-02 Ventana Medical Systems, Inc. Igfir gene copy number as a prognostic marker in a non-small cell lung cancer
JP2012531210A (ja) 2009-06-25 2012-12-10 イェール ユニバ−シティ− Ｂｒｃａ１における一塩基多型および癌のリスク
US9752191B2 (en) 2009-07-09 2017-09-05 The Scripps Research Institute Gene expression profiles associated with chronic allograft nephropathy
WO2011006161A2 (en) 2009-07-10 2011-01-13 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for diagnosing and treating macular degeneration
CA2805033A1 (en) 2009-07-14 2011-01-20 Beth Israel Deaconess Medical Center, Inc. Methods of increasing liver proliferation
MX2012000969A (es) 2009-07-22 2012-02-28 Du Pont Secuencias y su uso para deteccion y caracterizacion de o157:h7 de e.coli.
EP2462515A4 (en) 2009-08-05 2015-08-12 Life Technologies Corp METHODS OF ANALYZING FIXING TEST DATA NEARBY
WO2011022589A2 (en) * 2009-08-20 2011-02-24 Mayo Foundation For Medical Education And Research Detection of enterovirus
WO2011025919A1 (en) 2009-08-28 2011-03-03 Asuragen, Inc. Mirna biomarkers of lung disease
EP2470184B1 (en) 2009-08-28 2018-08-01 Bellweather Farms Chemical induction of lactation
JP6155418B2 (ja) 2009-09-02 2017-07-05 バイオ−ラッド・ラボラトリーズ・インコーポレーテッド 多重エマルジョンの合体による、流体を混合するためのシステム
GB0915664D0 (en) 2009-09-08 2009-10-07 Enigma Diagnostics Ltd Reaction method
WO2011031377A1 (en) * 2009-09-09 2011-03-17 Helixis, Inc. Optical system for multiple reactions
US20110070590A1 (en) * 2009-09-22 2011-03-24 Jan Rohozinski Primers and Methods for Determining RhD Zygosity
US8815515B1 (en) 2009-09-24 2014-08-26 University Of Utah Research Foundation Methods, compositions, and kits for rare allele detection
US9914963B2 (en) 2009-09-28 2018-03-13 Igor Kutyavin Methods and compositions for detection of nucleic acids based on stabilized oligonucleotide probe complexes
US8975019B2 (en) * 2009-10-19 2015-03-10 University Of Massachusetts Deducing exon connectivity by RNA-templated DNA ligation/sequencing
WO2011050938A1 (de) 2009-10-26 2011-05-05 Genovoxx Gmbh Konjugate von nukleotiden und methoden zu deren anwendung
WO2011059686A2 (en) 2009-10-29 2011-05-19 Wisconsin Alumni Research Foundation Detection of b-cell activating factor as a biomaker for antibody mediated rejection in transplant recipients
WO2011053845A2 (en) 2009-10-30 2011-05-05 Illumina, Inc. Microvessels, microparticles, and methods of manufacturing and using the same
US20110117546A1 (en) * 2009-11-18 2011-05-19 Microfluidic Systems, Inc. Increase of signal sensitivity using dual probes in pcr reactions
EP3263124A1 (en) 2009-11-20 2018-01-03 Oregon Health & Science University Methods for producing an immune response to tuberculosis
WO2011063388A2 (en) 2009-11-23 2011-05-26 Becton, Dickinson And Company Assay method for target nucleic acid by signal amplification using probe hybridization and restriction
WO2011066589A1 (en) 2009-11-30 2011-06-03 Caris Life Sciences Luxembourg Holdings Methods and systems for isolating, storing, and analyzing vesicles
US9133343B2 (en) 2009-11-30 2015-09-15 Enzo Biochem, Inc. Dyes and compositions, and processes for using same in analysis of protein aggregation and other applications
CA2782692C (en) 2009-12-03 2021-11-09 Quest Diagnostics Investments Incorporated Methods for the diagnosis of bacterial vaginosis
KR101372876B1 (ko) * 2009-12-07 2014-03-10 아크레이 가부시키가이샤 질환 관련 유전자의 다형 검출용 프로브 및 그 용도
US10446272B2 (en) 2009-12-09 2019-10-15 Veracyte, Inc. Methods and compositions for classification of samples
US8614071B2 (en) 2009-12-11 2013-12-24 Roche Molecular Systems, Inc. Preferential amplification of mRNA over DNA using chemically modified primers
AU2010336137B2 (en) 2009-12-21 2015-08-06 Seegene, Inc. TSG primer target detection
US8877437B1 (en) 2009-12-23 2014-11-04 Biotium, Inc. Methods of using dyes in association with nucleic acid staining or detection
US9328335B2 (en) 2009-12-30 2016-05-03 Board Of Trustees Of Michigan State University Method to produce acetyldiacylglycerols (ac-TAGs) by expression of an acetyltransferase gene isolated from Euonymus alatus (burning bush)
CA3256492A1 (en) 2010-01-11 2025-11-29 Genomic Health, Inc. Method to use gene expression to determine likelihood of clinical outcome of renal cancer
TWI535445B (zh) 2010-01-12 2016-06-01 安可美德藥物股份有限公司 Ｗｎｔ拮抗劑及治療和篩選方法
US20140148348A1 (en) 2010-01-13 2014-05-29 Christine Kuslich Dectection of gastrointestinal disorders
US8574832B2 (en) 2010-02-03 2013-11-05 Massachusetts Institute Of Technology Methods for preparing sequencing libraries
TWI518325B (zh) 2010-02-04 2016-01-21 自治醫科大學 對ａｌｋ抑制劑具有先抗性或後抗性癌症的識別、判斷和治療
WO2011097519A2 (en) * 2010-02-05 2011-08-11 The Translational Genomics Research Institute Methods and kits used in classifying adrenocortical carcinoma
WO2011100057A2 (en) * 2010-02-09 2011-08-18 Eugene Spier Methods and compositions for universal detection of nucleic acids
RU2558236C2 (ru) 2010-02-16 2015-07-27 Бектон, Дикинсон энд Кампани Система анализа для обнаружения близкородственных серотипов вируса папилломы человека (впч)
EP2542696B1 (en) 2010-03-01 2016-09-28 Caris Life Sciences Switzerland Holdings GmbH Biomarkers for theranostics
US8399198B2 (en) 2010-03-02 2013-03-19 Bio-Rad Laboratories, Inc. Assays with droplets transformed into capsules
CN102918155B (zh) 2010-03-23 2015-12-16 和光纯药工业株式会社 沙眼衣原体检测用引物和探针、以及使用该引物和探针的沙眼衣原体的检测方法
JP2013524169A (ja) 2010-03-25 2013-06-17 クァンタライフ・インコーポレーテッド 液滴によるアッセイ用の検出システム
EP2556170A4 (en) 2010-03-25 2014-01-01 Quantalife Inc TRAPPING TRANSPORT AND DETECTION SYSTEM
AU2011230496B2 (en) 2010-03-26 2015-09-17 Integrated Dna Technologies, Inc. Methods for enhancing nucleic acid hybridization
US9506057B2 (en) 2010-03-26 2016-11-29 Integrated Dna Technologies, Inc. Modifications for antisense compounds
CA2794674A1 (en) 2010-04-01 2011-10-06 Oncomed Pharmaceuticals, Inc. Frizzled-binding agents and uses thereof
CA2795554C (en) 2010-04-06 2021-07-13 Massachusetts Institute Of Technology Gene-expression profiling with reduced numbers of transcript measurements
US9125931B2 (en) 2010-04-06 2015-09-08 Massachusetts Institute Of Technology Post-transcriptional regulation of RNA-related processes using encoded protein-binding RNA aptamers
BR112012025593A2 (pt) 2010-04-06 2019-06-25 Caris Life Sciences Luxembourg Holdings biomarcadores em circulação para doença
DE102010003782B4 (de) 2010-04-08 2023-09-28 Ist Innuscreen Gmbh Vorrichtung zum Nachweis von Nukleinsäuren
DE102010003781B4 (de) 2010-04-08 2012-08-16 Aj Innuscreen Gmbh Verfahren zum Nachweis spezifischer Nukleinsäuresequenzen
WO2011130184A2 (en) 2010-04-11 2011-10-20 Life Technologies Corporation SYSTEMS AND METHODS FOR MODEL-BASED qPCR
US20110250598A1 (en) 2010-04-12 2011-10-13 Ulrike Fischer Detergent free polymerases
CA2796744A1 (en) 2010-04-17 2011-10-20 Bayer Healthcare Llc Synthetic metabolites of fluoro substituted omega-carboxyaryl diphenyl urea for the treatment and prevention of diseases and conditions
US20110269735A1 (en) 2010-04-19 2011-11-03 Celera Corporation Genetic polymorphisms associated with statin response and cardiovascular diseases, methods of detection and uses thereof
WO2011139721A1 (en) 2010-04-27 2011-11-10 The Regents Of The University Of California Cancer biomarkers and methods of use thereof
US9309565B2 (en) 2010-05-14 2016-04-12 Life Technologies Corporation Karyotyping assay
WO2011150277A2 (en) 2010-05-28 2011-12-01 Life Technologies Corporation Synthesis of 2', 3'-dideoxynucleosides for automated dna synthesis and pyrophosphorolysis activated polymerization
US9005895B2 (en) 2010-06-21 2015-04-14 Life Technologies Corporation Compositions, methods and kits for nucleic acid synthesis and amplification
EP3150723B1 (en) 2010-06-21 2019-01-30 Life Technologies Corporation Compositions, kits, and methods for synthesis and/or detection of nucleic acids
US9650629B2 (en) 2010-07-07 2017-05-16 Roche Molecular Systems, Inc. Clonal pre-amplification in emulsion
EP3301195B1 (en) 2010-07-12 2022-11-02 Gen-Probe Incorporated Compositions and assays to detect 2009 swine h1n1 influenza a virus nucleic acid
EP2407242A1 (en) 2010-07-13 2012-01-18 Dublin City University Direct clone analysis and selection technology
JP2013535193A (ja) 2010-07-23 2013-09-12 ベックマン コールター， インコーポレイテッド 分析装置を含むシステムおよび方法
US9046507B2 (en) 2010-07-29 2015-06-02 Gen-Probe Incorporated Method, system and apparatus for incorporating capacitive proximity sensing in an automated fluid transfer procedure
WO2012016936A1 (de) 2010-07-31 2012-02-09 Aj Innuscreen Gmbh Nachweis spezifischer nukleinsäuresequenzen mittels fluoreszenz - quenching
DE102010033107A1 (de) 2010-08-02 2012-02-02 Aj Innuscreen Gmbh Nachweis spezifischer Nukleinsäuresequenzen mittels Fluoreszenzlöschung
WO2012018741A2 (en) 2010-08-02 2012-02-09 Weight Brent L Pressurizable cartridge for polymerase chain reactions
WO2012026316A1 (ja) * 2010-08-23 2012-03-01 株式会社 島津製作所 スイッチング型蛍光ナノ粒子プローブ及びそれを用いた蛍光分子イメージング法
WO2012030856A2 (en) 2010-08-30 2012-03-08 Gen-Probe Incorporated Compositions, methods and reaction mixtures for the detection of xenotropic murine leukemia virus-related virus
US8557532B2 (en) 2010-08-30 2013-10-15 The University Of Utah Research Foundation Diagnosis and treatment of drug-resistant Ewing'S sarcoma
AU2011299233B2 (en) 2010-09-07 2016-09-15 Integrated Dna Technologies, Inc. Modifications for antisense compounds
US9051606B2 (en) 2010-09-10 2015-06-09 Qiagen Gaithersburg, Inc. Methods and compositions for nucleic acid detection
WO2012038049A2 (en) 2010-09-22 2012-03-29 Roche Diagnostics Gmbh Amplification of distant nucleic acid targets using engineered primers
EP3572528A1 (en) 2010-09-24 2019-11-27 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Direct capture, amplification and sequencing of target dna using immobilized primers
CA2812512A1 (en) 2010-09-29 2012-04-05 Mor Research Applications Ltd. Prognostic methods, compositions and kits for prediction of acute lymphoblastic leukemia (all) relapse
WO2012045669A1 (en) 2010-10-04 2012-04-12 Roche Diagnostics Gmbh Method for cell lysis and pcr within the same reaction vessel
CA2810317A1 (en) 2010-10-04 2012-04-12 F. Hoffmann-La Roche Ag Method for cell lysis in a pcr reaction buffer
CA2810291C (en) 2010-10-04 2016-09-27 F. Hoffmann-La Roche Ag Method for cell lysis and amplification of rna in a rt-pcr reaction buffer
US10233501B2 (en) 2010-10-19 2019-03-19 Northwestern University Biomarkers predictive of predisposition to depression and response to treatment
US20150225792A1 (en) 2014-01-17 2015-08-13 Northwestern University Compositions and methods for identifying depressive disorders
US10093981B2 (en) 2010-10-19 2018-10-09 Northwestern University Compositions and methods for identifying depressive disorders
US20150218639A1 (en) 2014-01-17 2015-08-06 Northwestern University Biomarkers predictive of predisposition to depression and response to treatment
KR20120042100A (ko) 2010-10-22 2012-05-03 주식회사 씨젠 이중표지 고정화 프로브를 이용한 고상에서의 타겟 핵산서열 검출
WO2012054639A2 (en) 2010-10-22 2012-04-26 T2 Biosystems, Inc. Nmr systems and methods for the rapid detection of analytes
US8563298B2 (en) 2010-10-22 2013-10-22 T2 Biosystems, Inc. NMR systems and methods for the rapid detection of analytes
SG190074A1 (en) 2010-11-01 2013-06-28 Bio Rad Laboratories System for forming emulsions
US20120108651A1 (en) 2010-11-02 2012-05-03 Leiden University Medical Center (LUMC) Acting on Behalf of Academic Hospital Leiden (AZL) Genetic polymorphisms associated with venous thrombosis and statin response, methods of detection and uses thereof
WO2012068106A2 (en) 2010-11-15 2012-05-24 Exelixis, Inc. Benzoxazepines as inhibitors of pi3k/mtor and methods of their use and manufacture
US20140080810A1 (en) 2010-11-15 2014-03-20 Exelixis, Inc. Benzoxazepines as Inhibitors of PI3K/mTOR and Methods of Their Use and Manufacture
WO2012068276A2 (en) 2010-11-16 2012-05-24 Life Technologies Corporation Systems and methods for the analysis of proximity binding assay data
US20130267443A1 (en) 2010-11-19 2013-10-10 The Regents Of The University Of Michigan ncRNA AND USES THEREOF
DE102010052524A1 (de) 2010-11-22 2012-05-24 Aj Innuscreen Gmbh Verfahren zum qualitativen und quantitativen Nachweis von spezifischen Nukleinsäuresequenzen in Echtzeit
CA2810180C (en) 2010-11-24 2015-07-28 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Brassica gat event dp-073496-4 and compositions and methods for the identification and/or detection thereof
CA2759290A1 (en) 2010-11-24 2012-05-24 Alina Cywinska Qualitative/quantitative detection of fungal species
WO2012071509A2 (en) 2010-11-24 2012-05-31 Exelixis, Inc. Benzoxazepines as inhibitors of p13k/mtor and methods of their use and manufacture
WO2012071039A1 (en) 2010-11-24 2012-05-31 Pioner Hi-Bred International, Inc. Brassica gat event dp-061061-7 and compositions and methods for the identification and/or detection thereof
WO2012073053A1 (en) 2010-11-30 2012-06-07 Diagon Kft. Procedure for nucleic acid-based molecular diagnostic determination of bacterial germ counts and kit for this purpose
CN103348017B (zh) 2010-12-07 2016-01-20 努拜欧有限公司 使用检测剂、探针和抑制剂检测核酸靶标
US9173897B2 (en) 2010-12-07 2015-11-03 Northwestern University Molecular targets for ALS and related disorders
TWI667347B (zh) 2010-12-15 2019-08-01 瑞士商先正達合夥公司 大豆品種ｓｙｈｔ０ｈ２及偵測其之組合物及方法
CA2965074A1 (en) 2010-12-27 2012-07-05 Abbott Molecular Inc. Quantitating high titer samples by digital pcr
US20120171684A1 (en) 2010-12-29 2012-07-05 Life Technologies Corporation Ddao compounds as fluorescent reference standards
US20120174246A1 (en) 2010-12-30 2012-07-05 Chaky Julian M Methods of identifying aphid resistant soybeans
WO2012096430A1 (en) 2011-01-11 2012-07-19 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences by pto cleavage and extension assay
US20120208189A1 (en) 2011-01-14 2012-08-16 Life Technologies Corporation Methods for isolation, identification, and quantification of mirnas
US20120196294A1 (en) 2011-01-17 2012-08-02 Life Technologies Corporation Workflow for detection of ligands using nucleic acids
CN103403543B9 (zh) 2011-01-25 2017-05-17 阿尔玛克诊断有限公司 结肠癌基因表达签名及使用方法
EP2670865A4 (en) * 2011-01-31 2014-09-10 Primeradx Inc PROCESS FOR NUCLEIC ACID QUANTIFICATION AND DETECTION THROUGH ANOMAL MIGRATION
US20140024590A1 (en) 2011-02-18 2014-01-23 Yale University KRAS-Variant And Endometriosis
US12097495B2 (en) 2011-02-18 2024-09-24 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for detecting genetic material
WO2012116308A1 (en) 2011-02-24 2012-08-30 Gen-Probe Incorporated Systems and methods for distinguishing optical signals of different modulation frequencies in an optical signal detector
MY164530A (en) 2011-03-02 2017-12-29 Berg Llc Interrogatory cell-based assays and uses thereof
JP2014509865A (ja) 2011-03-18 2014-04-24 バイオ−ラッド・ラボラトリーズ・インコーポレーテッド シグナルの組合せ使用による多重化デジタルアッセイ
GB2503604B (en) 2011-03-21 2020-04-22 Biodesy Llc Classification of kinase inhibitors using second harmonic optical techniques
WO2012129352A1 (en) 2011-03-21 2012-09-27 Yale University The kras variant and tumor biology
KR101569479B1 (ko) 2011-03-29 2015-11-16 주식회사 씨젠 Ｐｔｏ 절단 및 연장-의존적 절단에 의한 타겟 핵산서열의 검출
EP2694975A1 (en) 2011-04-08 2014-02-12 Biogen Idec MA Inc. Biomarkers predictive of therapeutic responsiveness to ifnbeta and uses thereof
US20140170653A1 (en) 2011-04-15 2014-06-19 Life Technologies Corporation Chemical ligation
ES2769028T3 (es) 2011-04-15 2020-06-24 Becton Dickinson Co Termociclador microfluídico de barrido en tiempo real
AU2012249759A1 (en) 2011-04-25 2013-11-07 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for nucleic acid analysis
EP2702171A1 (de) 2011-04-27 2014-03-05 Cherkasov, Dmitry Methoden und komponenten zur detektion von nukleinsäureketten
WO2012149193A2 (en) 2011-04-29 2012-11-01 Monsanto Technology Llc Diagnostic molecular markers for seed lot purity traits in soybeans
CN103796508B (zh) 2011-05-02 2017-05-03 内布拉斯加大学评议会 具有有用性状的植物和相关方法
WO2012150749A1 (en) 2011-05-04 2012-11-08 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences by po cleavage and hybridization
US9850524B2 (en) 2011-05-04 2017-12-26 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences by PO cleavage and hybridization
CA2834788C (en) 2011-05-05 2020-11-17 Coordinated Program Development, Llc Cochleate compositions and methods of making and using same
EP2707496A1 (en) 2011-05-11 2014-03-19 Diagon Kft. Procedure for rapid determination of viruses using nucleic acid-based molecular diagnostics, and a kit for this purpose
WO2012170907A2 (en) 2011-06-08 2012-12-13 Life Technologies Corporation Polymerization of nucleic acids using proteins having low isoelectric points
EP4249603A3 (en) 2011-06-08 2024-01-03 Life Technologies Corporation Design and development of novel detergents for use in pcr systems
WO2012174289A2 (en) * 2011-06-14 2012-12-20 University Of Southern California A novel fluorescence-based assay for the rapid detection and quantification of deoxyribonucleoside triphosphates
US20140186845A1 (en) 2011-06-14 2014-07-03 Universite Paul Sabatier - Toulouse Iii Methods for determining the expression level of a gene of interest including correction of rt-qpcr data for genomic dna-derived signals
ES2580379T3 (es) 2011-06-27 2016-08-23 Eisai R&D Management Co., Ltd. Biomarcadores de microARN indicativos de la enfermedad de Alzheimer
WO2013003630A2 (en) 2011-06-28 2013-01-03 Igor Kutyavin Methods and compositions for enrichment of nucleic acids in mixtures of highly homologous sequences
US9040244B2 (en) 2011-07-05 2015-05-26 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services, Centers For Disease Control And Prevention HIV-1 genotyping assay for global surveillance of HIV-1 drug resistance
WO2013019751A1 (en) 2011-07-29 2013-02-07 Bio-Rad Laboratories, Inc., Library characterization by digital assay
US9758837B2 (en) 2011-08-02 2017-09-12 The United States Of America, As Represented By The Secretary Of Agriculture Sensitive and rapid method for Candidatus Liberibacter species detection
US8759618B2 (en) 2011-08-17 2014-06-24 Stine Seed Farm, Inc. Maize event HCEM485, compositions and methods for detecting and use thereof
WO2013026027A1 (en) 2011-08-18 2013-02-21 Nestec S.A. Compositions and methods for detecting allelic variants
ES2704126T3 (es) 2011-08-23 2019-03-14 Found Medicine Inc Moléculas de fusión KIF5B-RET y usos de las mismas
ES2727672T3 (es) 2011-08-31 2019-10-17 Seminis Vegetable Seeds Inc Procedimientos y composiciones para la firmeza de la sandía
WO2013030841A1 (en) 2011-09-04 2013-03-07 Yissum Research Development Company Of The Hebrew Universitiy Of Jerusalem Ltd. Prognostic methods and compositions for predicting interferon treatment eficacy in a subject
WO2013040251A2 (en) 2011-09-13 2013-03-21 Asurgen, Inc. Methods and compositions involving mir-135b for distinguishing pancreatic cancer from benign pancreatic disease
EP2756101B1 (en) 2011-09-15 2018-05-23 David A. Shafer Probe: antiprobe compositions for high specificity dna or rna detection
MD4589C1 (ro) 2011-09-16 2019-03-31 Gilead Pharmasset Llc Compoziţie farmaceutică cu conţinut de sofosbuvir şi utilizarea acesteia în tratamentul hepatitei virale C
WO2013041577A1 (en) 2011-09-20 2013-03-28 Vib Vzw Methods for the diagnosis of amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal lobar degeneration
EP3964285A1 (en) 2011-09-26 2022-03-09 Thermo Fisher Scientific Geneart GmbH High efficiency, small volume nucleic acid synthesis
BR112014007394A2 (pt) 2011-09-28 2018-08-28 Du Pont método para detectar a presença de bactérias, polinucleotídeo isolado, kit e comprimido reagente
WO2013049613A1 (en) 2011-09-29 2013-04-04 Luminex Corporation Hydrolysis probes
US9416153B2 (en) 2011-10-11 2016-08-16 Enzo Life Sciences, Inc. Fluorescent dyes
WO2013056178A2 (en) 2011-10-14 2013-04-18 Foundation Medicine, Inc. Novel estrogen receptor mutations and uses thereof
WO2013059740A1 (en) 2011-10-21 2013-04-25 Foundation Medicine, Inc. Novel alk and ntrk1 fusion molecules and uses thereof
WO2013067202A1 (en) 2011-11-04 2013-05-10 Handylab, Inc. Polynucleotide sample preparation device
BR112014011044A2 (pt) 2011-11-07 2017-04-25 Beckman Coulter Inc amortecimento magnético para sistema de transporte de espécime
WO2013070756A2 (en) 2011-11-07 2013-05-16 Beckman Coulter, Inc. System and method for processing samples
JP6165755B2 (ja) 2011-11-07 2017-07-19 ベックマン コールター， インコーポレイテッド ロボットアーム
US9046506B2 (en) 2011-11-07 2015-06-02 Beckman Coulter, Inc. Specimen container detection
EP2776843B1 (en) 2011-11-07 2019-03-27 Beckman Coulter, Inc. Centrifuge system and workflow
WO2013070740A1 (en) 2011-11-07 2013-05-16 Beckman Coulter, Inc. Aliquotter system and workflow
TWI485253B (zh) * 2011-11-08 2015-05-21 國立成功大學 用以偵測循環性癌幹細胞的方法與套組
CN103917665B (zh) 2011-11-09 2016-11-16 纳幕尔杜邦公司 用于沙门氏菌检测的序列和它们的用法
US20130179086A1 (en) 2011-11-29 2013-07-11 Life Technologies Corporation Systems and methods for the determination of a copy number of a genomic sequence
US8889159B2 (en) 2011-11-29 2014-11-18 Gilead Pharmasset Llc Compositions and methods for treating hepatitis C virus
US8663924B2 (en) 2011-11-30 2014-03-04 Agilent Technologies, Inc. Quantitative PCR-based method to predict the efficiency of target enrichment for next-generation sequencing using repetitive DNA elements (lines/sines) as negative controls
US10513737B2 (en) 2011-12-13 2019-12-24 Decipher Biosciences, Inc. Cancer diagnostics using non-coding transcripts
EP2794904B1 (en) 2011-12-22 2017-09-06 Ibis Biosciences, Inc. Amplification of a sequence from a ribonucleic acid
US9284574B2 (en) 2011-12-29 2016-03-15 Pioneer Hi Bred International Inc Rag-based selection methods for improving aphid resistance in soybeans
EP2872523B1 (en) 2011-12-30 2018-01-17 Abbott Molecular Inc. Microorganism nucleic acid purification from host samples
US20150126438A1 (en) 2012-01-24 2015-05-07 Beth Israel Deaconess Medical Center, Inc. Novel ChREBP Isoforms and Methods Using the Same
KR20130101952A (ko) 2012-02-02 2013-09-16 주식회사 씨젠 Ｐｔｏ 절단과 연장-의존적 혼성화를 이용한 타겟 핵산서열의 검출
CN114717296B (zh) 2012-02-03 2025-04-04 加州理工学院 多路生化测定中信号的编码和解码
US11098375B2 (en) 2012-02-24 2021-08-24 Gen-Probe Prodesse, Inc. Detection of Shiga toxin genes in bacteria
US9045803B2 (en) 2012-02-29 2015-06-02 Abbott Molecular Inc. Hepatitis B virus typing and resistance assay
BR112014021993B8 (pt) 2012-03-05 2022-03-03 Seegene Inc "métodos para detecção de uma variação de nucleotídeo em uma sequência de ácido nucleico alvo através de um ensaio de ptoce"
US9932633B2 (en) 2012-03-21 2018-04-03 Roche Molecular Systems, Inc. Methods for assessing RNA quality
US9133509B2 (en) 2012-03-22 2015-09-15 Lgc Genomics Limited Polymerase chain reaction detection system
WO2013149258A2 (en) 2012-03-30 2013-10-03 Charles Drew University of Medicine and Science Compositions and methods for treating or preventing metabolic syndrome disorders
SG10201608234UA (en) 2012-04-02 2016-11-29 Berg Llc Interrogatory cell-based assays and uses thereof
CN104379563B (zh) 2012-04-10 2018-12-21 加利福尼亚大学董事会 用于治疗癌症的组合物和方法
WO2013155531A2 (en) 2012-04-13 2013-10-17 Bio-Rad Laboratories, Inc. Sample holder with a well having a wicking promoter
US20150119447A1 (en) 2012-05-09 2015-04-30 Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem Ltd. Clustered single nucleotide polymorphisms in the human acetylcholinesterase gene and uses thereof in diagnosis and therapy
RU2654484C1 (ru) 2012-05-11 2018-05-21 Ресет Терапьютикс, Инк. Карбазолсодержащие сульфонамиды в качестве модуляторов криптохрома
CA2874343C (en) 2012-05-21 2021-11-09 Fluidigm Corporation Single-particle analysis of particle populations
KR102264617B1 (ko) 2012-06-14 2021-06-14 라이프 테크놀로지스 코포레이션 폴리머라제 연쇄 반응 (pcr)을 위한 신규 조성물, 방법 및 키트
US9347105B2 (en) 2012-06-15 2016-05-24 Pioneer Hi Bred International Inc Genetic loci associated with resistance of soybean to cyst nematode and methods of use
JP6366580B2 (ja) 2012-06-22 2018-08-01 エイチティージー モレキュラー ダイアグノスティクス， インコーポレイテッド メラニン細胞性病変における分子悪性度
US9657290B2 (en) 2012-07-03 2017-05-23 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Scalable bio-element analysis
WO2014022827A1 (en) 2012-08-03 2014-02-06 California Institute Of Technology Multiplexing and quantification in pcr with reduced hardware and requirements
EP4219765B1 (en) 2012-08-16 2024-12-18 Veracyte SD, Inc. Prostate cancer prognosis using biomarkers
BR112015005429A2 (pt) 2012-09-11 2017-07-04 Theranos Inc sistemas de gestão de informação e métodos usando uma assinatura biológica
US10253360B2 (en) 2012-09-28 2019-04-09 Bna Inc. BNA clamp method
SG11201502618PA (en) 2012-10-04 2015-05-28 Univ Leland Stanford Junior Methods and reagents for detection, quantitation, and serotyping of dengue viruses
US20160046997A1 (en) 2012-10-18 2016-02-18 Oslo Universitetssykehus Hf Biomarkers for cervical cancer
WO2014066328A1 (en) 2012-10-23 2014-05-01 Oncomed Pharmaceuticals, Inc. Methods of treating neuroendocrine tumors using wnt pathway-binding agents
WO2014071322A1 (en) 2012-11-02 2014-05-08 Life Technologies Corporation Small RNA Capture, Detection and Quantification
ES2949394T3 (es) 2012-11-05 2023-09-28 Found Medicine Inc Moléculas de fusión novedosas y usos de las mismas
WO2014071358A2 (en) 2012-11-05 2014-05-08 Foundation Medicine, Inc. Novel ntrk1 fusion molecules and uses thereof
US10314253B2 (en) 2012-12-04 2019-06-11 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Methods and compositions for watermelon sex expression
WO2014087055A1 (en) 2012-12-05 2014-06-12 Amplidiag Oy Method for detecting helicobacter pylori dna in a stool sample
AU2013205090B2 (en) 2012-12-07 2016-07-28 Gen-Probe Incorporated Compositions and Methods for Detecting Gastrointestinal Pathogen Nucleic Acid
US9783845B2 (en) 2012-12-27 2017-10-10 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequence by PTO cleavage and extension-dependent non-hybridization assay
WO2014113540A1 (en) 2013-01-16 2014-07-24 Iowa State University Research Foundation, Inc. A deep intronic target for splicing correction on spinal muscular atrophy gene
CA3150658A1 (en) 2013-01-18 2014-07-24 Foundation Medicine, Inc. Methods of treating cholangiocarcinoma
MX351816B (es) 2013-01-31 2017-10-30 Gilead Pharmasset Llc Formulacion de combinacion de dos compuestos antivirales.
US9359444B2 (en) 2013-02-04 2016-06-07 Oncomed Pharmaceuticals Inc. Methods and monitoring of treatment with a Wnt pathway inhibitor
US10000819B2 (en) 2013-02-21 2018-06-19 Qualicon Diagnostics Llc Sequences and their use for detection and characterization of E. coli O157:H7
EP2770065B1 (en) 2013-02-25 2017-12-13 Seegene, Inc. Detection of nucleotide variation on target nucleic acid sequence
US9914979B2 (en) 2013-03-04 2018-03-13 Fry Laboratories, LLC Method and kit for characterizing microorganisms
US11254977B2 (en) 2013-03-12 2022-02-22 Life Technologies Corporation Universal reporter-based genotyping methods and materials
US10106840B2 (en) 2013-03-13 2018-10-23 Seegene, Inc. Quantification of target nucleic acid using melting peak analysis
US9168300B2 (en) 2013-03-14 2015-10-27 Oncomed Pharmaceuticals, Inc. MET-binding agents and uses thereof
AU2013202805B2 (en) 2013-03-14 2015-07-16 Gen-Probe Incorporated System and method for extending the capabilities of a diagnostic analyzer
WO2014153188A2 (en) 2013-03-14 2014-09-25 Life Technologies Corporation High efficiency, small volume nucleic acid synthesis
US10294489B2 (en) 2013-03-15 2019-05-21 Board Of Trustees Of Southern Illinois University Soybean resistant to cyst nematodes
WO2014144121A2 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Life Technologies Corporation Classification and actionability indices for lung cancer
UY35464A (es) 2013-03-15 2014-10-31 Araxes Pharma Llc Inhibidores covalentes de kras g12c.
US11976329B2 (en) 2013-03-15 2024-05-07 Veracyte, Inc. Methods and systems for detecting usual interstitial pneumonia
US20150080239A1 (en) 2013-09-13 2015-03-19 Life Technologies Corporation Classification and Actionability Indices for Cancer
CA2907866A1 (en) 2013-03-26 2014-10-02 Genetag Technology, Inc. Dual probe:antiprobe compositions for dna and rna detection
EP2981621B1 (en) 2013-04-05 2019-05-22 Life Technologies Corporation Gene fusions
WO2014176259A1 (en) 2013-04-22 2014-10-30 Icahn School Of Medicine At Mount Sinai Mutations in pdgfrb and notch3 as causes of autosomal dominant infantile myofibromatosis
EP2994559B1 (en) 2013-05-09 2020-07-08 Bio-rad Laboratories, Inc. Magnetic immuno digital pcr assay
EP3567123B1 (en) 2013-05-20 2021-11-10 BioVentures, LLC Gep5 model for multiple myeloma
CN105431853B (zh) 2013-05-23 2018-12-28 艾弗诺泰普有限责任公司 表型整合的社会研究数据库和方法
US10059999B2 (en) 2013-06-10 2018-08-28 Monsanto Technology Llc Molecular markers associated with soybean tolerance to low iron growth conditions
WO2014205083A1 (en) 2013-06-19 2014-12-24 Luminex Corporation Real-time multiplexed hydrolysis probe assay using spectrally identifiable microspheres
JP6050555B2 (ja) 2013-07-15 2016-12-21 シージーン アイエヌシー Ｐｔｏの切断及び延長−依存的固定化オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションを用いたターゲット核酸配列の検出
JP2016525359A (ja) 2013-07-25 2016-08-25 ディーシーエイチ モレキュラー ダイアグノスティクス， インコーポレイテッド 細菌汚染を検出するための方法および組成物
CN107435067B (zh) 2013-08-09 2021-07-09 卢米耐克斯公司 用于在核酸测定中改善熔链分辨和多重性的探针
WO2015026757A2 (en) 2013-08-20 2015-02-26 E. I. Du Pont De Nemours And Company Sequences and their use for detection of salmonella enteritidis and/or salmonella typhimurium
US20150132743A1 (en) 2013-09-04 2015-05-14 Fluidigm Corporation Proximity assays for detecting nucleic acids and proteins in a single cell
US10767188B2 (en) 2013-09-25 2020-09-08 Nutech Ventures Methods and compositions for obtaining useful plant traits
NZ630628A (en) 2013-10-08 2015-04-24 Seminis Vegetable Seeds Inc Methods and compositions for peronospora resistance in spinach
ES2925313T3 (es) 2013-10-09 2022-10-14 Fluoresentric Inc Método para la detección de secuencias de ácido nucleico diana
WO2015054451A1 (en) 2013-10-09 2015-04-16 The United States Of America As Represented By The Secretary Department Of Health And Human Services Detection of hepatitis delta virus (hdv) for the diagnosis and treatment of sjögren's syndrome and lymphoma
TWI659021B (zh) 2013-10-10 2019-05-11 亞瑞克西斯製藥公司 Ｋｒａｓ ｇ１２ｃ之抑制劑
US11447814B2 (en) 2013-10-18 2022-09-20 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequence on solid phase by PTO cleavage and extension using HCTO assay
WO2015061548A1 (en) 2013-10-25 2015-04-30 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Stem canker tolerant soybeans and methods of use
US9914964B2 (en) 2013-10-25 2018-03-13 Life Technologies Corporation Compounds for use in PCR systems and applications thereof
EP3063297A1 (en) 2013-11-01 2016-09-07 Yissum Research Development Company of The Hebrew University of Jerusalem Ltd. Diagnostic methods and kits for determining a personalized treatment regimen for a subject suffering from a pathologic disorder
US10072288B2 (en) 2013-11-11 2018-09-11 Roche Molecular Systems, Inc. Detecting single nucleotide polymorphism using overlapped primer and melting probe
WO2015073709A2 (en) 2013-11-14 2015-05-21 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health & Human Services Detection of atherosclerotic cardiovascular disease risk and heart failure risk
NZ718164A (en) 2013-11-27 2017-04-28 Seminis Vegetable Seeds Inc Disease resistance loci in onion
UA129990C2 (uk) 2013-12-04 2025-10-08 Ньюліф Сімбіотікс, Інк. Композиція та виділена methylobacterium для поліпшення продуктивності рослин, їхнє застосування та рослина, покрита вказаною композицією
US9909181B2 (en) 2013-12-13 2018-03-06 Northwestern University Biomarkers for post-traumatic stress states
JP6706208B2 (ja) 2014-01-05 2020-06-03 バイオマーナ ホールディングス リミテッド Ｍｉｒｎａ比率を使用する肺がん決定
US10398772B2 (en) 2014-01-08 2019-09-03 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Ras pathways as markers of protection against HIV and methods to improve vaccine efficacy
US10392629B2 (en) 2014-01-17 2019-08-27 Board Of Trustees Of Michigan State University Increased caloric and nutritional content of plant biomass
WO2015120382A1 (en) 2014-02-07 2015-08-13 The Johns Hopkins University Predicting response to epigenetic drug therapy
EP3680348B1 (en) 2014-02-07 2023-04-12 University of Iowa Research Foundation Oligonucleotide-based probes and methods for detection of microbes
CN105531408B (zh) 2014-02-13 2019-09-10 生物辐射实验室股份有限公司 染色体构象划分产物捕获
GB201403076D0 (en) * 2014-02-21 2014-04-09 ALERE TECHNOLOGIES GmbH Methods for detecting multiple nucleic acids in a sample
MX369780B (es) 2014-02-21 2019-11-21 Syngenta Participations Ag Loci geneticos asociados con una mayor fertilidad en el maiz.
NZ630710A (en) 2014-02-27 2016-03-31 Seminis Vegetable Seeds Inc Compositions and methods for peronospora resistance in spinach
WO2015131078A1 (en) 2014-02-27 2015-09-03 Biogen Ma Inc. Method of assessing risk of pml
LT3119204T (lt) 2014-03-17 2020-09-10 Newleaf Symbiotics, Inc. Kompozicijos ir būdai, pagerinantys pomidorų augimą
WO2015149034A2 (en) 2014-03-27 2015-10-01 Life Technologies Corporation Gene fusions and gene variants associated with cancer
WO2015147370A1 (en) 2014-03-28 2015-10-01 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences using different detection temperatures
US10844436B2 (en) 2014-04-01 2020-11-24 Cornell University Use of double-stranded DNA in exosomes: a novel biomarker in cancer detection
TWI690521B (zh) 2014-04-07 2020-04-11 美商同步製藥公司 作為隱花色素調節劑之含有咔唑之醯胺類、胺基甲酸酯類及脲類
CA2887840C (en) 2014-04-18 2020-04-14 Schweitzer Biotech Company Ltd. Methods for detecting pathogen in coldwater fish
WO2015172083A1 (en) 2014-05-08 2015-11-12 Biogen Ma Inc. Dimethylfumarate and prodrugs for treatment of multiple sclerosis
EP2942400A1 (en) 2014-05-09 2015-11-11 Lifecodexx AG Multiplex detection of DNA that originates from a specific cell-type
MA39951A (fr) 2014-05-09 2017-03-15 Lifecodexx Ag Détection de l'adn provenant d'un type spécifique de cellule et méthodes associées
EP2942401A1 (en) 2014-05-09 2015-11-11 Lifecodexx AG Detection of DNA that originates from a specific cell-type
EP3146455A4 (en) 2014-05-22 2018-05-02 The Scripps Research Institute Molecular signatures for distinguishing liver transplant rejections or injuries
US11104951B2 (en) 2014-05-22 2021-08-31 The Scripps Research Institute Molecular signatures for distinguishing liver transplant rejections or injuries
EP3146076A4 (en) 2014-05-22 2018-05-09 The Scripps Research Institute Gene expression profiles associated with sub-clinical kidney transplant rejection
EP3146077A4 (en) 2014-05-22 2018-05-02 The Scripps Research Institute Tissue molecular signatures of kidney transplant rejections
US10443100B2 (en) 2014-05-22 2019-10-15 The Scripps Research Institute Gene expression profiles associated with sub-clinical kidney transplant rejection
BR112016030008A2 (pt) 2014-06-27 2017-10-24 Abbott Lab método para a detecção de infecção por pegivirus humano 2 em um indivíduo, para a detecção de ácido nucleico de pegivirus humano 2 e para a detecção de pegivirus humano 2 em uma amostra, e, composição
US10316369B2 (en) 2014-06-27 2019-06-11 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Methods and assays for male sterile watermelon
EP3167060B1 (en) 2014-07-10 2021-11-24 Fluoresentric, Inc. Dna amplification technology
US12297505B2 (en) 2014-07-14 2025-05-13 Veracyte, Inc. Algorithms for disease diagnostics
EP3175001B1 (en) 2014-07-30 2021-02-10 Mor Research Applications Ltd. Prognostic methods and systems of treatment for acute lymphoblastic leukemia
EP4613872A3 (en) 2014-08-11 2025-11-12 Luminex Corporation Probes for improved melt discrimination and multiplexing in nucleic acid assays
US11421268B2 (en) 2014-08-19 2022-08-23 Roche Molecular Systems, Inc. Methods and compositions for nucleic acid detection
WO2016027168A2 (en) 2014-08-20 2016-02-25 Lifesplice Pharma Llc Splice modulating oligonucleotides and methods of use thereof
JO3556B1 (ar) 2014-09-18 2020-07-05 Araxes Pharma Llc علاجات مدمجة لمعالجة السرطان
JP2017528498A (ja) 2014-09-25 2017-09-28 アラクセス ファーマ エルエルシー Ｋｒａｓ ｇ１２ｃ変異体タンパク質のインヒビター
US10011600B2 (en) 2014-09-25 2018-07-03 Araxes Pharma Llc Methods and compositions for inhibition of Ras
US10370673B2 (en) 2014-09-26 2019-08-06 Purecircle Sdn Bhd Single nucleotide polymorphism (SNP) markers for stevia
GB201417500D0 (en) 2014-10-03 2014-11-19 Convergence Pharmaceuticals Novel use
GB201417499D0 (en) 2014-10-03 2014-11-19 Convergence Pharmaceuticals Novel use
GB201417497D0 (en) 2014-10-03 2014-11-19 Convergence Pharmaceuticals Novel use
EP3005862A1 (en) 2014-10-10 2016-04-13 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Melon plants with improved disease tolerance
US20170253921A1 (en) 2014-10-13 2017-09-07 Life Technologies Corporation Methods, kits & compositions for determining gene copy numbers
EP3207472B1 (en) 2014-10-16 2024-11-27 Cepheid Biosecurity screening system and method
GB2555995B (en) 2014-10-20 2019-06-26 Gen Probe Inc Red blood cell lysis solution
EP3770274A1 (en) 2014-11-05 2021-01-27 Veracyte, Inc. Systems and methods of diagnosing idiopathic pulmonary fibrosis on transbronchial biopsies using machine learning and high dimensional transcriptional data
EP3227687A4 (en) 2014-12-05 2018-10-24 Prelude, Inc. Dcis recurrence and invasive breast cancer
EP3230314B1 (en) 2014-12-08 2023-05-03 Berg LLC Use of markers including filamin a in the diagnosis and treatment of prostate cancer
WO2016094330A2 (en) 2014-12-08 2016-06-16 20/20 Genesystems, Inc Methods and machine learning systems for predicting the liklihood or risk of having cancer
CN107208139B (zh) 2014-12-09 2020-11-10 Seegene株式会社 与靶核酸序列有关的信号的分辨
US10407676B2 (en) 2014-12-09 2019-09-10 Life Technologies Corporation High efficiency, small volume nucleic acid synthesis
WO2016092045A1 (en) 2014-12-11 2016-06-16 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and kits for predicting medically refractory acute severe colitis
US9988670B2 (en) 2014-12-12 2018-06-05 Elitechgroup B.V. Methods and compositions for detecting antibiotic resistant bacteria
US10266903B2 (en) 2014-12-12 2019-04-23 Elitechgroup, Inc. Methods and compositions for detecting antibiotic resistant bacteria
EP3237906B8 (en) 2014-12-23 2020-10-28 Bluelight Therapeutics, Inc. Attachment of proteins to interfaces for use in nonlinear optical detection
EP3037545A1 (en) 2014-12-23 2016-06-29 The Provost, Fellows, Foundation Scholars, & the other members of Board, of the College of the Holy & Undiv. Trinity of Queen Elizabeth near Dublin A DNA-methylation test for prostate cancer
WO2016118766A2 (en) 2015-01-21 2016-07-28 T2 Biosystems, Inc. Nmr methods and systems for the rapid detection of tick-borne pathogens
WO2016134370A1 (en) 2015-02-22 2016-08-25 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Micro-screening apparatus, process, and products
EP3929291A1 (en) 2015-03-17 2021-12-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. Detection of genome editing
US9708647B2 (en) 2015-03-23 2017-07-18 Insilixa, Inc. Multiplexed analysis of nucleic acid hybridization thermodynamics using integrated arrays
US9957393B2 (en) 2015-03-30 2018-05-01 Enzo Biochem, Inc. Monoazo dyes with cyclic amine as fluorescence quenchers
US10246424B2 (en) 2015-04-10 2019-04-02 Araxes Pharma Llc Substituted quinazoline compounds and methods of use thereof
ES2856880T3 (es) 2015-04-15 2021-09-28 Araxes Pharma Llc Inhibidores tricíclicos condensados de KRAS y métodos de uso de los mismos
CN104845967B (zh) 2015-04-15 2020-12-11 苏州新海生物科技股份有限公司 寡聚核苷酸片段及使用其的选择性扩增目标核酸序列变异体的方法及应用
EP3286338B1 (en) 2015-04-24 2023-11-01 Atila Biosystems Incorporated Amplification with primers of limited nucleotide composition
MX387423B (es) 2015-04-28 2025-03-18 Monsanto Technology Llc Métodos y composiciones para producir plantas de maíz braquíticas.
US10415101B2 (en) 2015-04-30 2019-09-17 Monsanto Technology Llc Methods for producing canola plants with clubroot resistance and compositions thereof
WO2016177774A1 (en) 2015-05-04 2016-11-10 Academisch Medisch Centrum Method of quantifying mirnas using normalization
BR122019028108B1 (pt) 2015-06-10 2023-04-11 Newleaf Symbiotics, Inc Composições de methylobacterium antifúngicas e métodos de utilização
CN107922941A (zh) 2015-06-15 2018-04-17 塞弗德公司 在自动化反应盒中DNA甲基化的整合的纯化和测量以及突变和/或mRNA表达水平的共同测量
US10144724B2 (en) 2015-07-22 2018-12-04 Araxes Pharma Llc Substituted quinazoline compounds and methods of use thereof
US10767189B2 (en) 2015-08-18 2020-09-08 Monsanto Technology Llc Methods for producing cotton plants with enhanced drought tolerance and compositions thereof
US10448595B2 (en) 2015-09-03 2019-10-22 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Downy mildew resistant lettuce plants
US9499861B1 (en) 2015-09-10 2016-11-22 Insilixa, Inc. Methods and systems for multiplex quantitative nucleic acid amplification
WO2017044651A2 (en) 2015-09-10 2017-03-16 Beckman Coulter, Inc. Short oligonucleotide quenchers for reduction of taqman probe baseline fluorescence
US10858709B2 (en) 2015-09-10 2020-12-08 Monsanto Technology Llc Methods for producing corn plants with downy mildew resistance and compositions thereof
EP3356349A1 (en) 2015-09-28 2018-08-08 Araxes Pharma LLC Inhibitors of kras g12c mutant proteins
EP3356339A1 (en) 2015-09-28 2018-08-08 Araxes Pharma LLC Inhibitors of kras g12c mutant proteins
WO2017058807A1 (en) 2015-09-28 2017-04-06 Araxes Pharma Llc Inhibitors of kras g12c mutant proteins
EP3356354A1 (en) 2015-09-28 2018-08-08 Araxes Pharma LLC Inhibitors of kras g12c mutant proteins
EP3356359B1 (en) 2015-09-28 2021-10-20 Araxes Pharma LLC Inhibitors of kras g12c mutant proteins
US10647703B2 (en) 2015-09-28 2020-05-12 Araxes Pharma Llc Inhibitors of KRAS G12C mutant proteins
US10858343B2 (en) 2015-09-28 2020-12-08 Araxes Pharma Llc Inhibitors of KRAS G12C mutant proteins
US11266730B2 (en) 2015-09-29 2022-03-08 The General Hospital Corporation Methods of treating and diagnosing disease using biomarkers for BCG therapy
WO2017059549A1 (en) 2015-10-08 2017-04-13 Genomedx Biosciences, Inc. Use of a genetic signature diagnostically to evaluate treatment strategies for prostate cancer
CN115418401A (zh) 2015-10-08 2022-12-02 会聚基因学有限公司 用于膀胱癌的尿监测的诊断测定
WO2017060912A1 (en) 2015-10-09 2017-04-13 Genefron Ltd. METHODS AND KITS FOR PREDICTION AND DIAGNOSIS OF HUMAN CYTOMEGALOVIRUS CONGENITAL (hCMV) TRANSMISSION
EP3364977A4 (en) 2015-10-19 2019-09-04 Araxes Pharma LLC PROCESS FOR SCREENING INHIBITORS OF RAS
US20180312920A1 (en) 2015-10-20 2018-11-01 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Dept. Of Health And Human Services Biodosimetry analysis
WO2017079442A1 (en) 2015-11-04 2017-05-11 Icahn School Of Medicine At Mount Sinai Methods of treating tumors and cancer, and identifying candidate subjects for such treatment
DK3168309T3 (da) 2015-11-10 2020-06-22 Eurofins Lifecodexx Gmbh Detektion af føtale kromosomale aneuploidier under anvendelse af dna-regioner med forskellig metylering mellem fosteret og det gravide hunkøn
KR20180081596A (ko) 2015-11-16 2018-07-16 아락세스 파마 엘엘씨 치환된 헤테로사이클릭 그룹을 포함하는 2-치환된 퀴나졸린 화합물 및 이의 사용 방법
WO2017086762A1 (en) 2015-11-20 2017-05-26 Seegene, Inc. Method for calibrating a data set of a target analyte
US9988357B2 (en) 2015-12-09 2018-06-05 Araxes Pharma Llc Methods for preparation of quinazoline derivatives
US11485998B2 (en) 2015-12-15 2022-11-01 Seegene, Inc. Signal extraction for a target nucleic acid sequence
CA3006080A1 (en) 2015-12-18 2017-06-22 Monsanto Technology Llc Methods for producing corn plants with northern leaf blight resistance and compositions thereof
CA3002670A1 (en) 2015-12-18 2017-06-22 Donald Earl Kyle Genetic loci associated with reproductive growth phenotypes in soybean and methods of use
WO2017123696A1 (en) 2016-01-12 2017-07-20 Interleukin Genetics, Inc. Methods for predicting response to treatment
CA3011991A1 (en) 2016-01-21 2017-07-27 T2 Biosystems, Inc. Rapid antimicrobial susceptibility testing using high-sensitivity direct detection methods
WO2017130059A1 (en) 2016-01-25 2017-08-03 Bio-Rad Innovations Digital microbiology
JP6685138B2 (ja) 2016-01-27 2020-04-22 シスメックス株式会社 核酸増幅の精度管理方法、精度管理用試薬およびその試薬キット
US10978173B2 (en) 2016-02-05 2021-04-13 Seegene, Inc. Method for reducing noise level of data set for a target analyte
US11096344B2 (en) 2016-02-05 2021-08-24 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Genetic loci associated with brown stem rot resistance in soybean and methods of use
US11306362B2 (en) 2016-02-08 2022-04-19 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Gene signature predictive of hepatocellular carcinoma response to transcatheter arterial chemoembolization (TACE)
WO2017155858A1 (en) 2016-03-07 2017-09-14 Insilixa, Inc. Nucleic acid sequence identification using solid-phase cyclic single base extension
US10822312B2 (en) 2016-03-30 2020-11-03 Araxes Pharma Llc Substituted quinazoline compounds and methods of use
WO2017173035A1 (en) 2016-04-01 2017-10-05 Chromacode Inc. Competitive probes for engineering signal generation
CN109072291A (zh) 2016-04-06 2018-12-21 生命技术公司 用于合成和检测核酸的组合物、方法和试剂盒
AU2017250205A1 (en) 2016-04-14 2018-11-22 T2 Biosystems, Inc. Methods and systems for amplification in complex samples
WO2017189730A1 (en) 2016-04-26 2017-11-02 Icahn School Of Medicine At Mount Sinai Treatment of hippo pathway mutant tumors and methods of identifying subjects as candidates for treatment
CA3021914C (en) 2016-04-27 2024-04-30 Gen-Probe Incorporated Blood cell lysis reagent
EP3449015A1 (en) 2016-04-27 2019-03-06 Mira DX, Inc. Immune-based treatment of kras-variant cancer patients
CA3022377A1 (en) 2016-04-29 2017-11-02 Board Of Regents, The University Of Texas System Targeted measure of transcriptional activity related to hormone receptors
EP3978625A1 (en) 2016-05-12 2022-04-06 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Methods for simultaneous pooled genotyping of plants
WO2017201302A1 (en) 2016-05-18 2017-11-23 The University Of Chicago Btk mutation and ibrutinib resistance
WO2017213458A1 (en) 2016-06-10 2017-12-14 Seegene, Inc. Methods for preparing tagging oligonucleotides
US20170362640A1 (en) 2016-06-16 2017-12-21 Life Technologies Corporation Novel compositions, methods and kits for microorganism detection
WO2017216635A1 (en) 2016-06-16 2017-12-21 Bio-Rad Laboratories, Inc. Method of detecting salmonella typhimurium
CN109642252A (zh) 2016-06-17 2019-04-16 加州理工学院 核酸反应及相关方法和组合物
EP3479101B1 (en) 2016-06-30 2023-12-13 Seegene, Inc. Apparatus and method for amplificating nucleic acid
US10646488B2 (en) 2016-07-13 2020-05-12 Araxes Pharma Llc Conjugates of cereblon binding compounds and G12C mutant KRAS, HRAS or NRAS protein modulating compounds and methods of use thereof
CN109804089A (zh) 2016-07-29 2019-05-24 朱诺治疗学股份有限公司 用于评估复制型病毒存在或不存在的方法
WO2018031874A1 (en) 2016-08-11 2018-02-15 Monsanto Technology Llc Methods and compositions for producing corn plants with resistance to late wilt
US11414708B2 (en) 2016-08-24 2022-08-16 Decipher Biosciences, Inc. Use of genomic signatures to predict responsiveness of patients with prostate cancer to post-operative radiation therapy
US11613777B2 (en) 2016-08-26 2023-03-28 Life Technologies Corporation Nucleic acid extraction and amplification controls and methods of use thereof
WO2018045162A1 (en) 2016-09-01 2018-03-08 Biogen Ma Inc. Biomarkers predictive of primary progressive multiple sclerosis and uses thereof
CN109689884A (zh) 2016-09-15 2019-04-26 豪夫迈·罗氏有限公司 用于进行多重实时pcr的方法
US10280172B2 (en) 2016-09-29 2019-05-07 Araxes Pharma Llc Inhibitors of KRAS G12C mutant proteins
AU2017232187B2 (en) 2016-09-30 2023-11-09 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Xanthomonas resistant brassica oleracea plants
KR102239375B1 (ko) 2016-10-06 2021-04-13 주식회사 씨젠 시료 내 타겟 핵산분자의 검출에 이용되는 올리고뉴클레오타이드의 제공방법
CN110312711A (zh) 2016-10-07 2019-10-08 亚瑞克西斯制药公司 作为ras抑制剂的杂环化合物及其使用方法
WO2018089953A1 (en) 2016-11-14 2018-05-17 Orca Biosystems, Inc. Methods and apparatuses for sorting target particles
WO2018111782A1 (en) 2016-12-12 2018-06-21 Cepheid Integrated immuno-pcr and nucleic acid analysis in an automated reaction cartridge
EP3551332B1 (en) 2016-12-12 2024-01-10 Cepheid Integrated purification and measurement of dna methylation and co-measurement of mutations and/or mrna expression levels in an automated reaction cartridge
AU2017378487B2 (en) 2016-12-15 2022-03-31 The Regents Of The University Of California Compositions and methods for treating cancer
US10427162B2 (en) 2016-12-21 2019-10-01 Quandx Inc. Systems and methods for molecular diagnostics
EP4293127A3 (en) 2016-12-29 2024-03-13 Seegene, Inc. Method for reducing primer dimer formation and increasing amplification efficiency
US10329620B2 (en) 2017-01-12 2019-06-25 Cardioforecast Ltd. Methods and kits for treating cardiovascular disease
US11208697B2 (en) 2017-01-20 2021-12-28 Decipher Biosciences, Inc. Molecular subtyping, prognosis, and treatment of bladder cancer
WO2018140513A1 (en) 2017-01-26 2018-08-02 Araxes Pharma Llc 1-(3-(6-(3-hydroxynaphthalen-1-yl)benzofuran-2-yl)azetidin-1yl)prop-2-en-1-one derivatives and similar compounds as kras g12c modulators for treating cancer
WO2018140600A1 (en) 2017-01-26 2018-08-02 Araxes Pharma Llc Fused hetero-hetero bicyclic compounds and methods of use thereof
WO2018140512A1 (en) 2017-01-26 2018-08-02 Araxes Pharma Llc Fused bicyclic benzoheteroaromatic compounds and methods of use thereof
EP3573964A1 (en) 2017-01-26 2019-12-04 Araxes Pharma LLC Benzothiophene and benzothiazole compounds and methods of use thereof
EP3573970A1 (en) 2017-01-26 2019-12-04 Araxes Pharma LLC 1-(6-(3-hydroxynaphthalen-1-yl)quinazolin-2-yl)azetidin-1-yl)prop-2-en-1-one derivatives and similar compounds as kras g12c inhibitors for the treatment of cancer
US11248261B2 (en) 2017-03-08 2022-02-15 Etablissement Francais Du Sang RhD gene allele associated with a weak D phenotype and its uses
AU2018230784A1 (en) 2017-03-09 2019-10-10 Decipher Biosciences, Inc. Subtyping prostate cancer to predict response to hormone therapy
US20180265887A1 (en) 2017-03-16 2018-09-20 Jacobs Farm Del Cabo Basil Plants With High Tolerance to Downy Mildew
EP4212634A1 (en) 2017-03-24 2023-07-19 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detection of flu b in samples
WO2018182281A1 (en) 2017-03-28 2018-10-04 Seegene, Inc. . Analytical signal for determination of the presence of a target nucleic acid sequence
WO2018205035A1 (en) 2017-05-12 2018-11-15 Genomedx Biosciences, Inc Genetic signatures to predict prostate cancer metastasis and identify tumor agressiveness
CN110831933A (zh) 2017-05-25 2020-02-21 亚瑞克西斯制药公司 喹唑啉衍生物作为突变kras、hras或nras的调节剂
US20190093155A1 (en) 2017-05-25 2019-03-28 Roche Molecular Systems, Inc. Multiplex Nucleic Acid Amplification Assay
MX2019013954A (es) 2017-05-25 2020-08-31 Araxes Pharma Llc Inhibidores covalentes de kras.
TW201906832A (zh) 2017-05-25 2019-02-16 美商亞瑞克西斯製藥公司 用於癌症治療之化合物及其使用方法
US11217329B1 (en) 2017-06-23 2022-01-04 Veracyte, Inc. Methods and systems for determining biological sample integrity
MX2019015155A (es) 2017-06-29 2020-08-03 Juno Therapeutics Inc Modelo de raton para valorar toxicidades asociadas con inmunoterapias.
JP6997287B2 (ja) 2017-07-10 2022-02-03 ジェン－プローブ・インコーポレーテッド 試料割り当てパラメータを使用した核酸増幅のための分析システムおよび方法
MX2020000900A (es) 2017-07-29 2021-01-08 Juno Therapeutics Inc Reactivos para expandir celulas que expresan receptores recombinantes.
US12497660B2 (en) 2017-08-04 2025-12-16 Veracyte SD, Inc. Use of immune cell-specific gene expression for prognosis of prostate cancer and prediction of responsiveness to radiation therapy
US11591645B2 (en) 2017-08-31 2023-02-28 Seegene, Inc. Evaluation of performance of components using a pair of dimer-forming primers
US20210071258A1 (en) 2017-09-01 2021-03-11 Juno Therapeutics, Inc. Gene expression and assessment of risk of developing toxicity following cell therapy
WO2019066572A2 (en) 2017-09-28 2019-04-04 Seegene, Inc. . METHOD AND DEVICE FOR TARGET ANALYTE ANALYSIS IN A SAMPLE
WO2019067711A1 (en) 2017-09-29 2019-04-04 University Of Iowa Research Foundation DIGITAL NUCLEASE DETECTION COMPOSITIONS AND METHODS
US11401546B2 (en) 2017-09-29 2022-08-02 Seegene, Inc. Detection of target nucleic acid sequences by PTO cleavage and extension-dependent extension assay
US11060133B2 (en) 2017-10-26 2021-07-13 Arizona Board Of Regents On Behalf Of Arizona State University Methods for detection and quantification of infectious carbapenem resistant Enterobacteriaceae (CRE)
BR112020008565A2 (pt) 2017-11-01 2020-10-20 Juno Therapeutics Inc processo para a produção de uma composição de célula t
JP2021502825A (ja) 2017-11-13 2021-02-04 ライフ テクノロジーズ コーポレイション 尿路微生物検出のための組成物、方法、およびキット
WO2019103967A1 (en) 2017-11-22 2019-05-31 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for treating cancer
US12391997B2 (en) 2018-01-05 2025-08-19 Seegene, Inc. Method for determining the presence or absence of M. tuberculosis, M. bovis and M. bovis BCG in a sample
EP3746225B1 (en) 2018-01-29 2024-10-30 Gen-Probe Incorporated Analytical systems and methods
JP2021511802A (ja) 2018-01-31 2021-05-13 ジュノー セラピューティクス インコーポレイテッド 複製可能ウイルスの存在または非存在を評価するための方法および試薬
KR102828396B1 (ko) 2018-03-02 2025-07-02 퀀텀사이트, 인크. 조직으로부터 관심 영역의 단리 및 발현 분석을 위한 방법, 조성물, 및 장치
US12163136B2 (en) 2018-03-16 2024-12-10 BASF Agricultural Solutions Seed US LLC Brassica plant resistant to Plasmodiophora brassicae (clubroot)
WO2019204357A1 (en) 2018-04-17 2019-10-24 ChromaCode, Inc. Methods and systems for multiplex analysis
JP7170062B2 (ja) 2018-04-20 2022-11-11 シージーン アイエヌシー サンプル内複数のターゲット核酸配列の検出のための方法及び装置
US12235273B2 (en) 2018-05-04 2025-02-25 Abbott Laboratories HBV diagnostic, prognostic, and therapeutic methods and products
US11268102B2 (en) 2018-05-16 2022-03-08 University Of Florida Research Foundation, Incorporated Compositions and methods for identifying and selecting brachytic locus in solanaceae
US12203129B2 (en) 2018-07-03 2025-01-21 ChromaCode, Inc. Formulations and signal encoding and decoding methods for massively multiplexed biochemical assays
US20210317515A1 (en) 2018-07-10 2021-10-14 Gen-Probe Incorporated Methods and systems for detecting and quantifying nucleic acids
EP3820610A1 (en) 2018-07-12 2021-05-19 Luminex Corporation Systems and methods for performing variable sample preparation and analysis processes
GB201812192D0 (en) 2018-07-26 2018-09-12 Ttp Plc Variable temperature reactor, heater and control circuit for the same
EP3829580A1 (en) 2018-08-01 2021-06-09 Araxes Pharma LLC Heterocyclic spiro compounds and methods of use thereof for the treatment of cancer
EP3833715B1 (en) 2018-08-10 2026-01-07 Life Technologies Corporation Silicon-substituted rhodamine dyes and dye conjugates
US20200075129A1 (en) 2018-08-30 2020-03-05 Life Technologies Corporation Machine learning system for genotyping pcr assays
EP3844677A1 (en) 2018-08-31 2021-07-07 Life Technologies Corporation Image driven quality control for array based pcr
EP3847277B1 (en) 2018-09-06 2024-12-11 Hygiena, LLC Sequences and their use for detection and characterization of escherichia coli serotype o157:h7
CA3112792A1 (en) 2018-09-14 2020-03-19 Prelude Corporation Method of selection for treatment of subjects at risk of invasive breast cancer
EP3861141B1 (en) 2018-10-01 2026-03-11 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for amplifying or detecting varicella-zoster virus
WO2020069656A1 (zh) 2018-10-05 2020-04-09 福又达生物科技股份有限公司 鱼病原体检测方法
MX2021005021A (es) 2018-11-06 2021-08-11 Juno Therapeutics Inc Proceso para producir celulas t geneticamente modificadas.
WO2020102513A1 (en) 2018-11-14 2020-05-22 Arizona Board Of Regents On Behalf Of The University Of Arizona Systems and methods for characterizing and treating cancer
WO2020122679A1 (en) 2018-12-14 2020-06-18 Seegene, Inc. Method for detecting a target analyte in a sample using an s-shaped function for a slope data set
WO2020127620A1 (en) 2018-12-20 2020-06-25 F. Hoffmann-La Roche Ag Detection of target nucleic acid by solid-phase molography
LU101073B1 (en) * 2018-12-21 2020-06-24 Luxembourg Inst Science & Tech List Dna aptamers specific of adenovirus types
CA3126761C (en) 2019-01-15 2023-01-10 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Green bean plants with improved disease resistance
KR102097721B1 (ko) 2019-01-24 2020-04-06 주식회사 시선바이오머티리얼스 태그서열 snp를 이용한 단일 검출 프로브 기반 다중 표적 검출방법
CN113924041B (zh) 2019-03-14 2024-12-03 因斯利克萨公司 基于时间门控的荧光检测的方法和系统
US11634782B2 (en) 2019-03-20 2023-04-25 Hygiena, Llc Quantification of microorganisms in samples and methods of determining quantification conditions thereof
CA3132338A1 (en) 2019-04-05 2020-10-08 David Suhy Improved methods and compositions for synthetic biomarkers
EP3719144A1 (en) 2019-04-05 2020-10-07 Fundación para la Investigación Biomédica del Hospital Universitario de la Paz (FIBHULP) Mir-151a-3p as an universal endogenous control for exosome cargo normalization
WO2020205491A1 (en) 2019-04-05 2020-10-08 Hygiena, Llc Sequences and their use for detection and characterization of genus cronobacter
BR112021020447A2 (pt) 2019-04-17 2022-05-17 Alpine Immune Sciences Inc Métodos e usos de proteínas de fusão de ligante icos variante (icosl)
CA3137749C (en) 2019-05-03 2023-12-05 Gen-Probe Incorporated Receptacle transport system for an analytical system
US20220249660A1 (en) 2019-06-06 2022-08-11 Sitokine Limited Compositions and methods for treating lung, colorectal and breast cancer
KR20220034782A (ko) 2019-06-12 2022-03-18 주노 쎄러퓨티크스 인코퍼레이티드 세포 매개 세포 독성 요법 및 친생존 ｂｃｌ2 패밀리 단백질 억제제의 병용 요법
WO2020251306A1 (en) 2019-06-14 2020-12-17 Seegene, Inc. Computer-implemented method for collaborative development of reagents for detection of target nucleic acids
RU2723390C1 (ru) * 2019-07-04 2020-06-11 Объединенный Институт Ядерных Исследований (Оияи) СПОСОБ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ РИСКА РАЗВИТИЯ ЗАБОЛЕВАНИЙ, СВЯЗАННЫХ С УРОВНЕМ ИММУНОГЛОБУЛИНА E(IgE) В СЫВОРОТКЕ КРОВИ ЧЕЛОВЕКА
US20220267857A1 (en) 2019-07-19 2022-08-25 Fundación Para La Investigación Biomédikca Del Hospital Universitario La Paz (Fibhulp) Method for determining the response to treatment of a patient affected by non-small cell lung carcinoma (nsclc)
US12496305B2 (en) 2019-07-30 2025-12-16 The Cleveland Clinic Foundation Detection for determining corticosteroid responsiveness
EP4010486A4 (en) 2019-08-07 2023-11-01 Arizona Board of Regents on behalf of the University of Arizona MONONUCLEOTIDE POLYMORPHISMS AND THEIR USES
WO2021028469A1 (en) 2019-08-12 2021-02-18 Sitokine Limited Compositions and methods for treating cytokine release syndrome and neurotoxicity
CN114555112A (zh) 2019-08-22 2022-05-27 朱诺治疗学股份有限公司 T细胞疗法和zeste增强子同源物2(ezh2)抑制剂的组合疗法及相关方法
US11542513B2 (en) 2019-09-26 2023-01-03 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Lettuce plants having resistance to Nasonovia ribisnigri biotype Nr:1
WO2021140173A1 (en) 2020-01-10 2021-07-15 Biouniversa S.R.L. Methods and uses for treating fibrotic solid tumors with bags inhibitors
CA3167713A1 (en) 2020-01-13 2021-07-22 Aspen Neuroscience, Inc. Method of differentiating neural cells and related compositions and methods of use
FI130554B (en) 2020-01-20 2023-11-16 Oy Arctic Partners Ab LUMINESCENCE HYBRIDIZATION DETERMINATION METHOD
KR20220155998A (ko) 2020-02-18 2022-11-24 라이프 테크놀로지스 코포레이션 바이러스 서열의 검출을 위한 조성물, 키트 및 방법
WO2021205013A1 (en) 2020-04-09 2021-10-14 Sitokine Limited Compositions and methods for treating covid-19
EP4150057A2 (en) 2020-05-13 2023-03-22 Juno Therapeutics, Inc. Process for producing donor-batched cells expressing a recombinant receptor
US20240141412A1 (en) * 2020-05-19 2024-05-02 The Regents Of The University Of California Compositions and methods of a nuclease chain reaction for nucleic acid detection
WO2021246820A1 (ko) 2020-06-05 2021-12-09 주식회사 씨젠 호흡기 병원체 검출을 위한 검체수송 키트 및 이를 이용한 호흡기 병원체 검출방법
KR20230042283A (ko) 2020-06-26 2023-03-28 주노 테라퓨틱스 게엠베하 재조합 수용체를 조건부로 발현하는 조작된 ｔ 세포, 관련된 폴리뉴클레오티드 및 방법
AU2021204717A1 (en) 2020-07-15 2022-02-03 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Green Bean Plants with Improved Disease Resistance
CN116075597A (zh) 2020-07-23 2023-05-05 生命技术公司 在生物测定中使用的能量转移染料缀合物
US20230304932A1 (en) 2020-07-23 2023-09-28 Life Technologies Corporation Compositions, systems and methods for biological analysis involving energy transfer dye conjugates and analytes comprising the same
WO2022020359A1 (en) 2020-07-24 2022-01-27 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for detecting and treating high grade subtypes of uterine cancer
RU2741838C1 (ru) * 2020-08-19 2021-01-29 Объединенный Институт Ядерных Исследований (Оияи) Способ определения наличия генетической предрасположенности к долголетию человека
US11649441B2 (en) 2020-10-07 2023-05-16 Abclonal Science, Inc. Taq DNA polymerase mutants for probe qPCR
WO2022087257A2 (en) 2020-10-21 2022-04-28 Gen-Probe Incorporated Fluid container management system
GB2616359B (en) 2020-11-20 2026-03-18 Univ Northwestern Methods and genomic classifiers for identifying homologous recombination deficiency prostate cancer
CA3203308A1 (en) 2020-11-30 2022-06-02 Enigma Biointelligence, Inc. Non-invasive assessment of alzheimer's disease
JP7209980B2 (ja) 2020-12-11 2023-01-23 東洋紡株式会社 Ｄｎａポリメラーゼの５’→３’エキソヌクレアーゼ活性ドメインに特異的に結合する抗体
WO2022140762A1 (en) 2020-12-21 2022-06-30 BASF Agricultural Solutions Seed US LLC Brassica napus plants comprising an improved fertility restorer
JP2024500169A (ja) 2020-12-22 2024-01-04 エフ． ホフマン－ラ ロシュ アーゲー 大ストークスシフト蛍光色素を使用して多重化リアルタイムｐｃｒを行うための方法
EP4278002A2 (en) 2021-01-18 2023-11-22 Life Technologies Corporation Compositions, kits and methods for direct amplification from crude biological samples
WO2022159874A1 (en) 2021-01-25 2022-07-28 Life Technologies Corporation Compositions, kits and methods for detection of viral variant sequences
US20240123054A1 (en) 2021-02-22 2024-04-18 Joseph COTROPIA Coronavirus antigens and epitopes and proteins that bind thereto
WO2022197882A1 (en) 2021-03-18 2022-09-22 Cotropia Joseph Human immunodeficiency virus (hiv) antigens and epitopes and proteins that bind thereto
WO2022203748A1 (en) 2021-03-23 2022-09-29 Life Technologies Corporation Compositions, kits, and methods for variant-resistant detection of target viral sequences
EP4320441A1 (en) 2021-04-06 2024-02-14 BPGbio, Inc. Protein markers for estrogen receptor (er)-positive-like and estrogen receptor (er)-negative-like breast cancer
CA3214819A1 (en) 2021-04-06 2022-10-13 Guisong WANG Protein markers for estrogen receptor (er)-positive luminal a(la)-like and luminal b1 (lb1)-like breast cancer
WO2022216798A1 (en) 2021-04-06 2022-10-13 Berg Llc Protein markers for the prognosis of breast cancer progression
CA3217862A1 (en) 2021-05-05 2022-11-10 Radius Pharmaceuticals, Inc. Animal model having homologous recombination of mouse pth1 receptor
CN117795093A (zh) 2021-06-25 2024-03-29 豪夫迈·罗氏有限公司 具有增加的灵敏度的用于进行温度多重pcr的方法
EP4373891A2 (en) 2021-07-21 2024-05-29 Life Technologies Corporation Azaindole cyanine dyes, uses, and methods of preparation
CN117897454A (zh) 2021-07-21 2024-04-16 生命技术公司 二苯并呫吨猝灭剂、用途和制备方法
US20240329032A1 (en) 2021-07-21 2024-10-03 Aspen Neuroscience, Inc. Methods of differentiating neural cells and predicting engraftment thereof and related compositions
CA3225922A1 (en) 2021-07-23 2023-01-26 BASF Agricultural Solutions Seed US LLC Blackleg resistant plants and methods for the identification of blackleg resistant plants
WO2023006642A1 (en) 2021-07-26 2023-02-02 Glaxosmithkline Intellectual Property Development Limited Assay methods for titration of retrovirus and retroviral vectors
FR3125824B1 (fr) 2021-07-30 2025-07-11 Bforcure Dispositif et procédé de détection multiplexée de séquences d’acides nucléiques
EP4381098A1 (en) 2021-08-02 2024-06-12 Life Technologies Corporation Compositions, kits, and methods for detection of nucleic acid sequence loads
JP2024535715A (ja) 2021-08-30 2024-10-02 ガルデルマ ホールディング エスエー アトピー性皮膚炎のための治療
WO2023039525A1 (en) 2021-09-10 2023-03-16 Life Technologies Corporation Master mix compositions, kits, and methods
WO2023043280A1 (ko) 2021-09-17 2023-03-23 주식회사 씨젠 합성 비자연 염기를 포함하는 태그 올리고뉴클레오타이드를 이용한 타겟 핵산 서열의 검출
WO2023054848A1 (ko) 2021-09-30 2023-04-06 주식회사 씨젠 분자진단 시스템의 샘플 처리 및 분석 방법
CN118414438A (zh) 2021-10-20 2024-07-30 生命科技公司 使用内部定量标准物定量核酸序列的组合物、试剂盒和方法
KR20240093623A (ko) 2021-10-21 2024-06-24 주식회사 씨젠 시료 내 표적 분석물질에 대한 양음성 판독 장치 및 방법
KR20240099319A (ko) 2021-10-26 2024-06-28 카리부 바이오사이언시스 인코포레이티드 엑소뉴클레아제-커플링된 실시간 엔도뉴클레아제 활성 검정
EP4424242A4 (en) 2021-10-29 2025-10-15 Seegene Inc SAMPLE COLLECTION SWAB TOOL AND METHOD FOR DETECTING A RESPIRATORY PATHOGEN
US20250019752A1 (en) 2021-11-02 2025-01-16 Life Technologies Corporation Compositions and methods for reducing master mix contamination
WO2023102459A1 (en) 2021-12-03 2023-06-08 Medicinal Genomics Corporation Psilocybe assay
US20230193310A1 (en) 2021-12-10 2023-06-22 Seminis Vegetabe Seeds, Inc. Lettuce plants having resistance to downy mildew
EP4471162A4 (en) 2022-01-26 2025-12-17 Seegene Inc METHOD FOR THE DETECTION OF TARGET NUCLEAN ACIDS IN A SAMPLE
WO2023201361A1 (en) 2022-04-15 2023-10-19 Aspen Neuroscience, Inc. Methods of classifying the differentiation state of cells and related compositions of differentiated cells
WO2023214843A1 (ko) 2022-05-06 2023-11-09 주식회사 씨젠 핵산 검출 카트리지
WO2023230581A1 (en) 2022-05-25 2023-11-30 Celgene Corporation Methods of manufacturing t cell therapies
WO2023243922A1 (ko) 2022-06-15 2023-12-21 주식회사 씨젠 기술 문서를 생성하는 방법 및 장치
WO2023250288A2 (en) 2022-06-21 2023-12-28 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Novel qtls conferring resistance to cucumber mosaic virus
CN119487130A (zh) 2022-06-28 2025-02-18 豪夫迈·罗氏有限公司 具有大斯托克斯位移的荧光染料
EP4547861A1 (en) 2022-06-29 2025-05-07 Life Technologies Corporation Compositions, kits, and methods for detecting nucleic acids using intra-channel multiplexing
KR20250028452A (ko) 2022-06-29 2025-02-28 라이프 테크놀로지스 코포레이션 멀티플렉싱된 분석으로부터 분석물 검출을 위한 시스템 및 방법
WO2024010351A1 (ko) 2022-07-05 2024-01-11 주식회사 씨젠 복수의 표적 분석물 각각에 대한 근사 신호의 획득 방법 및 이를 수행하는 컴퓨터 장치
KR20250037769A (ko) 2022-07-29 2025-03-18 주식회사 씨젠 파라미터의 임계값 설정용 인터페이스 제공 장치 및 방법
WO2024044352A1 (en) 2022-08-26 2024-02-29 The General Hospital Corporation Methods and compositions for prognosis and treatment of dilated cardiomyopathy and heart failure
WO2024054925A1 (en) 2022-09-09 2024-03-14 Life Technologies Corporation Compositions, kits and methods for detection of viral variant sequences
US20260085366A1 (en) 2022-09-13 2026-03-26 Medicinal Genomics Corporation Psilocybe assay
WO2024080818A1 (ko) 2022-10-14 2024-04-18 주식회사 씨젠 상이한 tm 값을 가지는 2개의 프로브를 이용하여 샘플 내 타겟 핵산을 검출하는 방법
IL320357A (en) 2022-10-20 2025-06-01 Seegene Inc Method of guiding multiple detailed performance experiments required for developing reagent for detecting target nucleic acid molecule, and organizing experiment result record sheets
WO2024102839A1 (en) 2022-11-10 2024-05-16 Life Technologies Corporation Compositions, kits, and methods for detection of viral sequences
KR20250110818A (ko) 2022-11-16 2025-07-21 주식회사 씨젠 퀀칭-pto 절단 및 연장(quenching-pto cleavage and extension；q-ptoce) 어세이에 의한 타겟 핵산의 검출
EP4636771A1 (en) 2022-12-15 2025-10-22 Seegene, Inc. Device and method for displaying performance comparison result with respect to fluorescence data analysis algorithm
EP4389887A1 (en) 2022-12-21 2024-06-26 Mobidiag Oy Isolating and lysing cells
EP4389911A1 (en) 2022-12-21 2024-06-26 Mobidiag Oy Methods and systems for isolating an analyte
EP4646495A1 (en) 2023-01-02 2025-11-12 Life Technologies Corporation Compositions, kits and methods for detection of viral sequences
US20240254568A1 (en) 2023-01-27 2024-08-01 Life Technologies Corporation Compositions, kits, and methods for detecting sti pathogen sequences
WO2024161179A1 (en) 2023-01-31 2024-08-08 Mobidiag Oy Compositions and methods for detecting stx nucleic acids
AU2024202284B2 (en) 2023-04-14 2025-08-14 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Methods and compositions for Peronospora resistance in spinach
EP4455303A1 (en) 2023-04-28 2024-10-30 Mobidiag Oy Nucleic acid amplification process controls
EP4454758A1 (en) 2023-04-28 2024-10-30 Mobidiag Oy Nucleic acid amplification process controls
EP4455304A1 (en) 2023-04-28 2024-10-30 Mobidiag Oy Nucleic acid amplification process controls
WO2024238460A2 (en) 2023-05-12 2024-11-21 Life Technologies Corporation Systems and methods for multiplexed polymerase chain reaction processes and data analysis
FI20235652A1 (en) 2023-06-12 2024-12-13 Mobidiag Oy Methods for isolating microbial analyte
WO2025007089A1 (en) 2023-06-30 2025-01-02 Life Technologies Corporation Compositions, methods and kits for nucleic acids synthesis and amplification
WO2025151807A1 (en) 2024-01-11 2025-07-17 Life Technologies Corporation Crude lysate sample extraction for digital pcr
WO2025175212A1 (en) 2024-02-15 2025-08-21 Life Technologies Corporation Methods for rapid extraction-free genotyping
WO2025175243A1 (en) 2024-02-15 2025-08-21 Life Technologies Corporation Amplification and data collection protocol for rapid genotyping
WO2025184318A1 (en) 2024-02-28 2025-09-04 The General Hospital Corporation Methods and compositions for prognosis and treatment of peripartum cardiomyopathy
WO2025184324A1 (en) 2024-02-28 2025-09-04 The General Hospital Corporation Methods and compositions for prognosis and treatment of cancer therapy-related cardiac dysfunction
WO2025188713A1 (en) 2024-03-05 2025-09-12 Cotropia Joseph Feline leukemia virus antigens and epitopes and proteins that bind thereto
WO2025245399A1 (en) 2024-05-23 2025-11-27 Indapta Therapeutics, Inc. Method of treating cancer with natural killer cells
WO2026024668A1 (en) 2024-07-22 2026-01-29 Abbott Laboratories Method of determining a volume of a liquid in a sample
WO2026024666A1 (en) 2024-07-22 2026-01-29 Abbott Laboratories Systems and methods for digital detection assays
WO2026024677A1 (en) 2024-07-22 2026-01-29 Abbott Laboratories Method for determining the plasma volume of a blood sample and method for determining the dilution of plasma
WO2026044153A1 (en) 2024-08-21 2026-02-26 Bpgbio, Inc. Use of biomarkers in the diagnosis of pancreatic cancer
WO2026050087A1 (en) 2024-08-27 2026-03-05 Caribou Biosciences, Inc. Real-time crispr endonuclease activity assay
WO2026052826A1 (en) 2024-09-09 2026-03-12 Roche Diagnostics Gmbh Methods for producing fluorescent dyes
US20260071285A1 (en) 2024-09-11 2026-03-12 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Novel qtls conferring resistance to cucurbit aphid-borne yellow virus

Family Cites Families (24)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4220450A (en) * 1978-04-05 1980-09-02 Syva Company Chemically induced fluorescence immunoassay
JPS613063A (ja) * 1984-06-18 1986-01-09 Fujirebio Inc 発光物質を利用したポリヌクレオチドの測定方法
CA1273552A (en) * 1985-12-23 1990-09-04 Michael J. Heller Fluorescent stokes shift probes for polynucleotide hybridization assays
US4996143A (en) 1985-12-23 1991-02-26 Syngene, Inc. Fluorescent stokes shift probes for polynucleotide hybridization
EP0232967B1 (en) * 1986-01-10 1993-04-28 Amoco Corporation Competitive homogeneous assay
EP0343955A3 (en) * 1988-05-27 1990-04-18 Bioventures, Inc. Process for complex binding of targeted molecular species
US5118801A (en) * 1988-09-30 1992-06-02 The Public Health Research Institute Nucleic acid process containing improved molecular switch
AU6309690A (en) 1989-09-28 1991-04-11 Abbott Laboratories Stabilization of monoclonal antibody for use in fluorescent polarization techniques
DE69126915T2 (de) 1990-05-16 1998-02-19 Abbott Lab Test für Barbiturate, Tracer, Immunogene, Antikörper und Testsatz dafür
US5210015A (en) 1990-08-06 1993-05-11 Hoffman-La Roche Inc. Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase
DE4123540A1 (de) * 1991-07-16 1993-01-21 Boehringer Mannheim Gmbh Immobilisierung von nukleinsaeuren
JP3085756B2 (ja) * 1991-10-30 2000-09-11 株式会社日立製作所 核酸の検出方法
US5747244A (en) * 1991-12-23 1998-05-05 Chiron Corporation Nucleic acid probes immobilized on polystyrene surfaces
US5332659A (en) * 1992-04-09 1994-07-26 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy Light emission-or absorbance-based binding assays for polynucleic acids
EP0601889A2 (en) 1992-12-10 1994-06-15 Maine Medical Center Research Institute Nucleic acid probes
US6482655B1 (en) * 1993-07-23 2002-11-19 University Of Utah Research Foundation Immunoassay procedure utilizing fluorogenic tracer antigens
US5925517A (en) 1993-11-12 1999-07-20 The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits
US5538848A (en) 1994-11-16 1996-07-23 Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe
DE4442011C2 (de) * 1993-11-29 1997-09-11 Gerhard Ing Grad Hiesl Verfahren und Vorrichtung zum Füllen der Ausnehmungen eines Gegenstandes mit einem in der Wärme flüssigen Material, insbesondere der Ausnehmungen von Gleitlagerbuchsen mit Wachs
US5654419A (en) 1994-02-01 1997-08-05 The Regents Of The University Of California Fluorescent labels and their use in separations
US5565554A (en) 1994-07-29 1996-10-15 The Regents Of The University Of California Dimeric fluorescent energy transfer dyes comprising asymmetric cyanine azole-indolenine chromophores
US5491063A (en) * 1994-09-01 1996-02-13 Hoffmann-La Roche Inc. Methods for in-solution quenching of fluorescently labeled oligonucleotide probes
US5741657A (en) 1995-03-20 1998-04-21 The Regents Of The University Of California Fluorogenic substrates for β-lactamase and methods of use
US6008373A (en) 1995-06-07 1999-12-28 Carnegie Mellon University Fluorescent labeling complexes with large stokes shift formed by coupling together cyanine and other fluorochromes capable of resonance energy transfer

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2005052143A (ja) * 2003-08-01 2005-03-03 F Hoffmann La Roche Ag ホットスタートリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応のための新しい検出形式
JP2007105041A (ja) * 2005-10-13 2007-04-26 F Hoffmann La Roche Ag 多重固相核酸増幅アッセイ
JP2016536018A (ja) * 2013-10-28 2016-11-24 ドッツ テクノロジー コーポレイションＤＯＴＳ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｒｐ． アレルゲン検出
JP2019053088A (ja) * 2013-10-28 2019-04-04 ドッツ テクノロジー コーポレイションＤＯＴＳ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｒｐ． アレルゲン検出方法
US11268136B2 (en) 2013-10-28 2022-03-08 Dots Technology Corp. Allergen detection

Also Published As

Publication number Publication date
EP0972848A2 (en) 2000-01-19
WO1996015270A1 (en) 1996-05-23
EP0792374A1 (en) 1997-09-03
US5538848A (en) 1996-07-23
AU695561B2 (en) 1998-08-13
US6030787A (en) 2000-02-29
EP0792374B1 (en) 2001-01-17
DE69519940D1 (de) 2001-02-22
US6258569B1 (en) 2001-07-10
US5723591A (en) 1998-03-03
DE69519940T2 (de) 2001-05-23
CA2201756C (en) 2005-02-08
CA2201756A1 (en) 1996-05-23
JP4131749B2 (ja) 2008-08-13
JP2003144198A (ja) 2003-05-20
ATE198775T1 (de) 2001-02-15
US5876930A (en) 1999-03-02
EP0972848A3 (en) 2000-10-04
AU4283696A (en) 1996-06-06
JP2005176858A (ja) 2005-07-07

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP4131749B2 (ja) 自己消光性蛍光プローブと方法
US6821727B1 (en) Hybridization assay using self-quenching fluorescence probe
JP4644370B2 (ja) 標的ハイブリダイゼーション検出のための、プローブおよびクランプのバイナリー組成物ならびに方法
US6117973A (en) PNA monomers with electron donor or acceptor
JP4942484B2 (ja) 改良された感度および低バックグラウンドを備えるハイブリダイゼーションによるｄｎａ検出のための蛍光プローブ
CN101076537B (zh) 标记有多个荧光团的寡核苷酸
JP4040087B2 (ja) Ｐｃｒ増幅とハイブリダイゼーションプロービングアッセイとを組み合わせた方法およびそのための試薬
JP2012175975A (ja) 蛍光消光検出試薬及び方法
EP0968309B1 (en) Method for determining a nucleic acid
EP1086245B1 (en) Multi-fluorescent hairpin energy transfer oligonucleotides
AU695561C (en) Self-quenching fluorescence probe and method

Legal Events

Date Code Title Description
A02 Decision of refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02

Effective date: 20040316

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20040714

A911 Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911

Effective date: 20040805

A912 Re-examination (zenchi) completed and case transferred to appeal board

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A912

Effective date: 20041125

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20070307

A602 Written permission of extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602

Effective date: 20070319

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20071225

A602 Written permission of extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602

Effective date: 20071228

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20080325

A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

A61 First payment of annual fees (during grant procedure)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61

Effective date: 20080528

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20110606

Year of fee payment: 3

R150 Certificate of patent or registration of utility model

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20110606

Year of fee payment: 3

S111 Request for change of ownership or part of ownership

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313111

S531 Written request for registration of change of domicile

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313531

S533 Written request for registration of change of name

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313533

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20110606

Year of fee payment: 3

R350 Written notification of registration of transfer

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20120606

Year of fee payment: 4

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20120606

Year of fee payment: 4

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20130606

Year of fee payment: 5

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

EXPY Cancellation because of completion of term