ES2342665T3 - Secuenciacion desde dos extremos. - Google Patents

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John H. Leamon
Kenton Lohman
Michael T. Ronan
Maithreyan Srinivasan
Jonathan Rothberg
Michael Weiner
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Abstract

Método de secuenciación de una molécula de ácido nucleico, que comprende las etapas de: (a) hibridar dos o más cebadores de secuenciación con una o una pluralidad de cadenas individuales de la molécula de ácido nucleico, en la que todos los cebadores excepto uno son cebadores reversiblemente bloqueados, (b) incorporar por lo menos una base en la molécula de ácido nucleico mediante elongación de polimerasa a partir de un cebador no bloqueado, (c) bloquear la elongación adicional de dicho cebador no bloqueado, (d) desbloquear uno de los cebadores reversiblemente bloqueados, formando un cebador desbloqueado, (e) repetir las etapas (b) a (d) hasta que por lo menos uno de los cebadores reversiblemente bloqueados se haya desbloqueado y utilizado para determinar una secuencia mediante secuenciación pirofosfato.

Description

Secuenciación desde dos extremos.
Campo de la invención
La presente invención se refiere a métodos para secuenciar tanto la cadena sentido como la cadena antisentido de un ácido nucleico.
Antecedentes
La presente invención se refiere a un método para la secuenciación de las bases de ácido desoxirribonucleico (ADN). Más específicamente, la presente invención se refiere a métodos para secuenciar tanto la cadena sentido como la cadena antisentido de ADN mediante la utilización de cebadores de secuenciación bloqueados y no bloqueados.
La secuenciación del genoma ofrece la posibilidad de diagnóstico, terapia y prevención de enfermedades, así como la modificación dirigida del genoma humano. Resultan necesarios métodos de secuenciación rápida que permitan la utilización de este potencial. La secuenciación de bases del ácido desoxirribonucleico (ADN) y del ácido ribonucleico (ARN) es una de las técnicas analíticas más importantes de la biotecnología, la industria farmacéutica, la industria alimentaria, el diagnóstico médico y otros campos de aplicación.
Se encuentran disponibles muchos métodos de secuenciación del ADN, tales como la secuenciación de Sanger utilizando la terminación dideoxi y la electroforesis en gel desnaturalizante (Sanger F. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 75:5463-5467, 1977), la secuenciación de Maxam-Gilbert utilizando el corte químico y la electroforesis en gel desnaturalizante (Maxam A.M. y Gilbert W., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74:560-564, 1977), la pirosecuencación, mediante la detección del pirofosfato (PPi) liberado durante la reacción de la ADN polimerasa (Ronaghi M. et al., Science 281:363-365, 1998) y la secuenciación mediante hibridación (SBH) utilizando oligonucleótidos (Lysov I. et al., Dok1 Akad Nauk SSSR 303:1508-1511, 1988; Bains W. y Smith G.C., J. Theor. Biol. 135:303-307, 1988; Dmanac R. et al., Genomics 4:114-128, 1989; Khrapko K.R. et al., FEBS Lett. 256:118-122, 1989; Pevzner P.A., J. Biomol. Struct. Dyn. 7:63-73, 1989; Southern E.M. et al., Genomics 13:1008-1017, 1992).
Ronaghi et al. (Anal. Biochem. 267:65-71, 1999) se refieren a un método de secuenciación de ambas cadenas de un ácido nucleico. El método implica la amplificación por PCR de un ácido nucleico molde con un cebador biotinilado y un cebador no biotinilado. El producto amplificado, que comprende una cadena biotinilada y una cadena no biotinilada se separa en cadenas. Los autores se refieren a la utilización de perlas recubiertas con estreptavidina para la separación de cadenas. La cadena biotinilada queda unida a las perlas, mientras que la cadena no biotinilada se separa de la perla bajo condiciones desnaturalizantes. Las dos cadenas (biotinilada y no biotinilada) se secuencian separadamente. Al contrario que en la presente invención, que utiliza la secuenciación en fase sólida para ambas cadenas, dicho método utiliza la secuenciación en fase sólida para la cadena biotinilada y la secuenciación en fase solución para la secuencia de la cadena no biotinilada. Por lo tanto, el método de Ronaghi es similar al método tradicional de secuenciación del ADN que comprende la separación de las cadenas (por ejemplo utilizando un gel de urea) de un molde antes de la secuenciación. De esta manera, el método de Ronaghi adolece de la misma desventaja que los métodos tradicionales: el requisito de una etapa laboriosa de separación de cadenas y de aislamiento de las cadenas individuales antes de la secuenciación. Las desventajas del método de Ronaghi se incrementan geométricamente a medida que se incrementa el número de reacciones de secuenciación paralela. Por ejemplo, la secuenciación paralela de 1.000 moldes de doble cadena requeriría 1.000 separaciones y 2.000 aislamientos de cadenas individuales. Además, el método de Ronaghi, al igual que todos los métodos basados en la separación de cadenas, se limita a la determinación de secuencias a partir de dos cebadores (uno para cada cadena) por cada molde de doble cadena.
La secuenciación basada en el corte químico ha demostrado ser difícil de automatizar. Otros métodos de secuenciación son laboriosos debido a la necesidad de llevar a cabo una etapa de hibridación por cada esfuerzo de secuenciación. En muchas situaciones, la etapa de hibridación es la etapa limitante de la velocidad de una reacción de secuenciación.
Se han realizado intentos para llevar a cabo la secuenciación a partir de los dos extremos de un ácido nucleico, utilizando, por ejemplo, dos cebadores de secuenciación marcados diferentemente (por ejemplo Li-Cor, de Lincoln, Nebraska) en una reacción de secuenciación de Sanger (Sanger F. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 75:5463-5467, 1977). Estos métodos son variaciones de la secuenciación manual y requieren una etapa de fraccionamiento por tamaño (por ejemplo un gel) para determinar una secuencia. Aunque el fraccionamiento por tamaño puede resultar adecuado para tamaños de muestra reducidos, la secuenciación genómica que utilizase técnicas de fraccionamiento por tamaño requeriría 1.500.000 geles de fraccionamiento por tamaño (suponiendo una capacidad optimista de 2.000 pb por gel). Por estos motivos, los métodos de secuenciación que implican el fraccionamiento por tamaño no han sido adaptados para la secuenciación de genomas humanos.
Wiemarn et al., Analytical Biochemistry 234(2):166-174, 1996, páginas 166 a 174, describen una técnica "dúplex" de secuenciación del ADN que posibilita obtener simultáneamente dos secuencias independientes a partir de una reacción de secuenciación con la utilización de cebadores no marcados y el marcaje interno.
Descripción resumida de la invención
La presente invención proporciona un método de secuenciación de un ácido nucleico a partir de múltiples cebadores con una única etapa de hibridación de cebador. En este método, se hibridan dos o más cebadores de secuenciación al ADN molde que debe secuenciarse. El ADN molde puede ser de una cadena o de doble cadena desnaturalizado. A continuación, se bloquean todos los cebadores de secuenciación excepto uno. Se lleva a cabo nuevamente la secuenciación (por ejemplo la secuenciación a partir de pirofosfato) mediante elongación del cebador no bloqueado. Se deja que continúe la elongación hasta completarse (con polimerasa adicional y dNTPs, en caso necesario) o se termina (mediante polimerasa, ddNTPs y opcionalmente dNTPs); en cualquier caso impidiendo la elongación adicional del cebador no bloqueado. Se eliminan los reactivos de completado de cadena y/o de terminación. Seguidamente, se desbloquea uno de los cebadores bloqueados y se lleva a cabo la secuenciación pirofosfato mediante elongación del cebador nuevamente desbloqueado. Se continúa este procedimiento hasta desbloquear y secuenciar todos los cebadores de secuenciación. En una realización preferente, se utilizan dos cebadores (uno bloqueado y uno no bloqueado) para secuenciar ambos extremos de un ácido nucleico de doble cadena.
Breve descripción de los dibujos
Figura 1 ilustra un procedimiento ejemplar de secuenciación desde dos extremos;
Figura 2 ilustra los resultados de la demostración de la secuenciación desde los dos extremos en un aparato de pirosecuenciación de 454 Corp.;
Figura 3 ilustra los resultados del análisis de secuenciación desde los dos extremos, mostrando que se determina la secuencia de ambos extremos de un molde de ADN. SEC ID nº 6: atgcacatggttgacacagtggt; SEC ID nº 7: atgcacatggtt
gacacagtgg; SEC ID nº 8: atgccaccgacctagtctcaaactt;
Figura 4 ilustra una perla ejemplar de captura de ADN;
Figura 5 ilustra la encapsulación de una perla que comprende dos secuencias oligonucleótidas para la secuenciación de una doble cadena.
Figura 6 ilustra la PCR en fase solución y el procedimiento de direccionamiento a perla - una etapa en una realización preferente de la secuenciación desde dos extremos;
Figura 7 ilustra la rotura de emulsión y la recuperación de ADN molde amplificado en una perla - una etapa en una realización preferente de secuenciación desde dos extremos;
Figura 8 es una representación esquemática de un método preferente de secuenciación desde los dos extremos;
Figura 9 ilustra los resultados de la secuenciación de un genoma de Staphylococcus aureus;
Figura 10 ilustra las longitudes de lectura medias en un experimento que implicaba la secuenciación desde los dos extremos;
Figura 11 ilustra el número de pocillos para cada tramo del genoma en un experimento de secuenciación desde los dos extremos; y
Figura 12 ilustra un resultado y cadena de alineación típicos de un procedimiento de secuenciación desde los dos extremos. Las secuencias, mostradas en orden, de arriba a abajo, son: SEC ID nº 9 a SEC ID nº 22.
Descripción detallada de la invención y exposición
Tradicionalmente, la secuenciación de dos extremos de una molécula de ADN de doble cadena requeriría como mínimo la hibridación de cebador, la secuenciación de un extremo, la hibridación de un segundo cebador y la secuenciación del otro extremo. El método alternativo es separar las cadenas individuales del ácido nucleico de doble cadena y secuenciar individualmente cada cadena. La presente invención proporciona una tercera alternativa que es más rápida y menos laboriosa que los primeros dos métodos.
La presente invención proporciona un método de secuenciación de una molécula de ácidos nucleicos según se define posteriormente en las reivindicaciones. La presente invención también proporciona un método para determinar un haplotipo molecular de una muestra de ADN en múltiples locus, según se define posteriormente en las reivindicaciones. La invención según se define posteriormente en las reivindicaciones se describe, así como otros métodos que forman parte de la exposición.
La presente invención y la presente exposición proporcionan un método de secuenciación secuencial de ácidos nucleicos a partir de múltiples cebadores. Las referencias a la secuenciación del ADN en la presente solicitud se refieren a la secuenciación utilizando una polimerasa en la que la secuencia se determina a medida que se incorporan nucleótidos trifosfato (NTPs) en la cadena en crecimiento de un cebador de secuenciación. Un ejemplo de este tipo de secuenciación es el método de pirosecuenciación de detección de pirofosfatos (ver, por ejemplo, las patentes US nº 6.274.320, nº 6.258.568 y nº 6.210.891).
En una realización, se proporciona un método de secuenciación de dos extremos de un ácido nucleico molde de doble cadena. El ADN de doble cadena comprende dos ADNs de una cadena, denominados en la presente memoria primer ADN de una cadena y segundo ADN de una cadena. Se hibrida un primer cebador con el primer ADN de una cadena y se hibrida un segundo cebador con el segundo ADN de una cadena. El primer cebador no se encuentra bloqueado, mientras que el segundo cebador se encuentra bloqueado.
Las expresiones "bloqueado" o "cebador bloqueado" se definen en la presente exposición como cualquier cebador en el que se ha impedido la elongación que realizaría una polimerasa. El bloqueo puede ser con un grupo de bloqueo químico que impida que un cebador sea polimerizado por la ADN polimerasa. Además, el bloqueo con un grupo químico debería ser reversible, de manera que, tras la reversión, el oligonucleótido nuevamente pueda servir como cebador de secuenciación. De esta manera, "bloqueo" significa lo mismo que "bloqueado", "bloqueado" significa lo mismo que "protegido", y "desbloqueado" significa lo mismo que "desbloqueo".
Los términos "protección", "protegido", "bloqueo" y "bloqueado" se definen en la presente exposición como la adición de un grupo químico a sitios reactivos en el cebador que evitan la polimerización de un cebador por parte de la ADN polimerasa. Además, la adición de dichos grupos químicos protectores debería ser reversible, de manera que, tras la reversión, el cebador ahora desprotegido nuevamente es capaz de servir como cebador de secuenciación. La secuencia de ácidos nucleicos se determina en una dirección (por ejemplo desde un extremo del molde) mediante elongación del primer cebador con ADN polimerasa utilizando métodos convencionales, tales como la secuenciación de pirofosfato. A continuación, se desprotege el segundo cebador y se determina la secuencia mediante elongación del segundo cebador en la otra dirección (por ejemplo desde el otro extremo del molde) utilizando ADN polimerasa y métodos convencionales, tales como la secuenciación de pirofosfato. Las secuencias del primer y segundo cebadores están diseñadas específicamente para hibridarse con los dos extremos del ADN de doble cadena o en cualquier localización a lo largo del molde en este método.
Además de la definición anterior, la protección y el bloqueo también pueden ser extrínsecos al cebador. Por ejemplo, puede unirse un anticuerpo u otra proteína a un sitio cadena abajo (por ejemplo una proteína de unión a ADN específica de una secuencia) para crear un cebador bloqueado, aunque el cebador no sea químicamente diferente a un cebador no bloqueado. Por ejemplo, el bloqueo y la protección pueden estar mediados por una proteína de unión a ADN que se una cadena abajo de un ácido nucleico cebador e impida la elongación. En este caso, el cebador se considera bloqueado o protegido. Además, en el caso de que la proteína de unión a ADN pueda ser desplazada, el cebador se considera que se encuentra bloqueado o protegido reversiblemente. Una proteína de unión a ADN es cualquier proteína de unión a ADN sintética o natural o equivalente funcional de la misma.
En otra realización se proporciona un método de secuenciación de un ácido nucleico a partir de múltiples cebadores. En este método, se hibridan varios cebadores de secuenciación con el ácido nucleico molde que debe secuenciarse. Todos los cebadores de secuenciación se encuentran reversiblemente bloqueados excepto uno. Un cebador bloqueado es un cebador oligonucleótido que no puede extenderse con una polimerasa y dNTPs utilizados comúnmente en las reacciones de secuenciación de ADN. Un cebador reversiblemente bloqueado es un cebador bloqueado que puede desbloquearse. Todos los cebadores bloqueados a los que se hace referencia en la presente invención se encuentran reversiblemente bloqueados. Tras el desbloqueo, un cebador reversiblemente bloqueado funciona como un cebador de secuenciación normal y es capaz de participar en una reacción de secuenciación normal.
Se proporciona un método de secuenciación secuencial de un ácido nucleico a partir de múltiples cebadores. El método comprende las etapas siguientes: en primer lugar, se proporciona uno o más ácidos nucleicos de molde que deben secuenciarse. En segundo lugar, se hibrida una pluralidad de cebadores de secuenciación con el ácido o ácidos nucleicos de molde. El número de cebadores de secuenciación puede representarse con el número n, en donde n puede ser cualquier número positivo superior a 1. Ese número puede ser, por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ó superior. De entre los cebadores un número n-1 puede encontrarse bloqueado con un grupo bloqueante. Por lo tanto, por ejemplo, en el caso de que n sea 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ó 10, n-1 sería 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 y 9, respectivamente. El cebador remanente (por ejemplo un número n de cebadores - un número (n-1) de cebadores bloqueados= un cebador remanente) no se encuentra bloqueado. En tercer lugar, el cebador no bloqueado se extiende y se determina la secuencia del ADN molde mediante métodos convencionales, tales como, por ejemplo, la secuenciación pirofosfato. En cuarto lugar, tras la secuenciación del primer cebador, se desbloquea uno de los cebadores bloqueados restantes. En quinto lugar, se extiende un cebador desbloqueado y se determina la secuencia del ADN molde mediante métodos convencionales, tales como, por ejemplo, la secuenciación pirofosfato. Opcionalmente puede repetirse el método hasta llevar a cabo la secuenciación a partir de todos los cebadores bloqueados.
En otro aspecto, se proporciona un método de secuenciación secuencial de un ácido nucleico, que comprende las etapas siguientes: (a) hibridar 2 ó más cebadores de secuenciación con el ácido nucleico, en el que todos los cebadores excepto uno se encuentran reversiblemente bloqueados, (b) determinar una secuencia de una cadena del ácido nucleico mediante elongación con polimerasa a partir del cebador no bloqueado, (c) desbloquear uno de los cebadores reversiblemente bloqueados formando un cebador desbloqueado, (d) repetir las etapas (b) y (c) hasta el desbloqueo de todos los cebadores reversiblemente bloqueados y su utilización para determinar una secuencia. En una realización, el presente método comprende una etapa adicional entre las etapas (b) y (c), es decir, la etapa de terminar la elongación del cebador desbloqueado mediante la puesta en contacto del cebador desbloqueado con ADN polimerasa y uno o más nucleótidos trifosfato o dideoxinucleótido trifosfatos. En todavía otra realización, el presente método comprende además una etapa adicional entre dichas etapas (b) y (c), es decir, terminar la elongación del cebador desbloqueado mediante la puesta en contacto del cebador desbloqueado con ADN polimerasa y un dideoxinucleótido trifosfato de entre ddATP, ddTTP, ddCTP, ddGTP o una combinación de los mismos.
En otro aspecto, se proporciona un método de secuenciación de un ácido nucleico, que comprende:
(a) hibridar un primer cebador no bloqueado con una primera cadena del ácido nucleico, (b) hibridar un segundo cebador bloqueado con una segunda cadena, (c) exponer la primera y segunda cadenas a polimerasa, de manera que el primer cebador no bloqueado se extienda a lo largo de la primera cadena, (d) bloquear la elongación adicional del primer cebador de secuenciación (a lo que también se hace referencia como completar la extensión del primer cebador de secuenciación), (e) desbloquear el segundo cebador de secuenciación, y (f) exponer la primera y segunda cadenas a polimerasa de manera que se extienda el segundo cebador de secuenciación a lo largo de la segunda cadena. Puede bloquearse la elongación adicional (es decir, puede completarse la elongación) mediante cualquier medio adecuado, incluyendo el permitir que caiga el cebador o la adición de una caperuza al cebador (por ejemplo con ddNTPs o por medios químicos). En una realización preferente, bloquear la elongación adicional o el completado comprende la adición de caperuza o la terminación de la elongación.
En otra realización, se proporciona un método de secuenciación de dos extremos de un ácido nucleico molde de doble cadena que comprende una primer y un segundo ADN de una cadena. En la presente realización, se hibrida un primer cebador con el primer ADN de una cadena y se hibrida un segundo cebador con el segundo ADN de una cadena en la misma etapa. El primer cebador no se encuentra bloqueado, mientras que el segundo cebador se encuentra bloqueado.
Tras la hibridación, se determina la secuencia del ácido nucleico en una dirección (por ejemplo desde un extremo del molde) mediante elongación del primer cebador con ADN polimerasa utilizando métodos convencionales, tales como la secuenciación pirofosfato. En una realización preferente, la polimerasa no presenta actividad exonucleasa 3' a 5'. Seguidamente se desbloquea el segundo cebador, y se determina su secuencia mediante elongación del segundo cebador en la otra dirección (por ejemplo desde el otro extremo del molde) con ADN polimerasa utilizando métodos convencionales, tales como la secuenciación pirofosfato. Tal como se ha indicado anteriormente, las secuencias del primer y segundo cebadores están diseñadas para hibridarse a los dos extremos del ADN de doble cadena o en cualquier localización a lo largo del molde. Esta técnica resulta especialmente útil para la secuenciación de muchos ADNs de molde que contienen sitios únicos de hibridación de cebador de secuenciación en los dos extremos. Por ejemplo, muchos vectores de clonación son provistos de sitios únicos de hibridación de cebador de secuenciación flanqueando el sitio de inserción para facilitar la posterior secuenciación de cualquier secuencia clonada (por ejemplo Bluescript, Stratagene, La Jolla, CA).
Un beneficio de dicho método es que ambos cebadores pueden hibridarse en una única etapa. Los beneficios de este método y de otros métodos resultan especialmente útiles en sistemas de secuenciación en paralelo, en los que las hibridaciones son más complicadas de lo normal. Se dan a conocer ejemplos de sistemas de secuenciación paralela en la solicitud copendiente de patente US nº de serie 10/104, 280, publicada como la solicitud de patente número 2003/0068629.
Los oligonucleótidos cebadores utilizados en los métodos descritos en la presente memoria pueden sintetizarse mediante tecnología convencional, por ejemplo con un sintetizador comercial de oligonucleótidos y/o mediante ligación entre sí de subfragmentos que han sido sintetizados de esta manera.
En otra realización, puede determinarse la longitud del ácido nucleico molde de doble cadena. Los métodos para determinar la longitud de un ácido nucleico de doble cadena son conocidos de la técnica. La determinación de la longitud puede llevarse a cabo antes o después de la secuenciación del ácido nucleico. Entre los métodos conocidos de determinación de la longitud de la molécula de ácido nucleico se incluyen la electroforesis en gel, la electroforesis en gel de campo pulsado, la espectrometría de masas y similares. Debido a que un ácido nucleico de doble cadena de extremos romos comprende dos cadenas individuales de longitud idéntica, la determinación de la longitud de una cadena de un ácido nucleico resulta suficiente para determinar la longitud de la doble cadena correspondiente.
La reacción de secuenciación según la presente invención también permite determinar la longitud del ácido nucleico molde. En primer lugar, una secuencia completa de un extremo del ácido nucleico hasta el otro extremo permitirá determinar la longitud. En segundo lugar, la determinación de la secuencia de los dos extremos puede solaparse en la parte intermedia, permitiendo unir las dos secuencias. La secuencia completa puede determinarse y obtenerse la longitud. Por ejemplo, en el caso de que el molde presente una longitud de 100 pb, la secuenciación desde un extremo puede determinar las bases 1 a 75; la secuenciación desde el otro extremo puede determinar las bases 25 a 100; de esta manera existe un solapamiento de 51 bases en la parte intermedia entre las bases 25 y 75, y a partir de esta información, puede determinarse la secuencia completa entre 1 y 100 y obtenerse la longitud, de 100 bases, a partir de la secuencia completa.
Otro método comprende las etapas siguientes. En primer lugar, una pluralidad de cebadores de secuenciación, presentando cada uno una secuencia diferente, se hibrida con un ADN que debe secuenciarse. El número de cebadores de secuenciación puede ser cualquier valor superior a uno, tal como, por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ó más. Todos estos cebadores se encuentran reversiblemente bloqueados excepto uno. Este cebador no bloqueado se elonga en una reacción posterior y se determina la secuencia. Habitualmente, tras elongarse por completo un cebador, no puede extenderse y no afectará a la secuenciación posterior a partir de otro cebador. Si se desea, el cebador secuenciado puede terminarse utilizando un exceso de polimerasa y dNTPs, o utilizando ddNTPs. En el caso de que se realiza una etapa de terminación, los reactivos de terminación (dNTPs y ddNTPs) deben eliminarse tras la etapa. A continuación, se desbloquea uno de los cebadores reversiblemente bloqueados y se produce la secuenciación a partir del segundo cebador. Las etapas de desbloqueo de un cebador, la secuenciación a partir del cebador desbloqueado y, opcionalmente, la terminación de la secuenciación a partir del cebador se repiten hasta el desbloqueo de todos los cebadores bloqueados y su utilización en la secuenciación.
Los cebadores reversiblemente bloqueados deberían bloquearse con diferentes grupos químicos. Mediante la elección del método apropiado de desbloqueo, puede desbloquearse un cebador sin afectar a los grupos bloqueantes de los demás cebadores. En una realización preferente, el grupo bloqueante es PO_{4}. Es decir, el segundo cebador se bloquea con PO_{4} y el desbloqueo se lleva a cabo con la polinucleótido quinasa de T4 (utilizando su actividad de 3'-fosfatasa) o fosfatasa alcalina intestinal bovina (CLAP) o cualquier fosfatasa adecuada. En otra realización preferente, el bloqueante es un grupo tiol o un grupo fosforotiol.
El ácido nucleico molde puede ser un ADN, ARN o ácido nucleico péptido (APN). Aunque el ADN es el molde preferente, puede convertirse el ARN y el APN en ADN mediante técnicas conocidas, tales como la PCR con cebadores aleatorios, la transcripción inversa, la RT-PCR o cualquier combinación de estas técnicas. Además, los métodos de la invención resultan útiles para secuenciar ácidos nucleicos de secuencia desconocida y conocida. La secuenciación de un ácido nucleico de secuencia conocida resultaría útil, por ejemplo, para confirmar la secuencia del ADN sintetizado o para confirmar la identidad del patógeno sospechado con una secuencia de ácidos nucleicos conocida. Los ácidos nucleicos pueden ser una mezcla de más de una población de ácidos nucleicos. Es conocido que un cebador de secuenciación con suficiente especificidad (por ejemplo 20 bases, 25 bases, 30 bases, 35 bases, 40 bases, 45 bases o 50 bases) puede utilizarse para secuenciar un subconjunto de secuencias en un ácido nucleico largo o en una población de ácidos nucleicos no relacionados. De esta manera, por ejemplo, el molde puede ser una secuencia de 10 Kb o diez secuencias de 1 Kb cada una. En una realización preferente, el ADN molde presenta una longitud de entre 50 pb y 700 pb. El ADN puede ser de una cadena o de doble cadena.
En el caso de que el ácido nucleico molde sea de una cadena, pueden hibridarse varios cebadores con el ácido nucleico molde, tal como se muestra a continuación:
1
En el presente caso, resulta preferente que el cebador no bloqueado inicial sea el cebador que se hibrida en el extremo más 5' del molde. Ver el cebador 1 en la ilustración anterior. En esta orientación, la elongación del cebador 1 no desplazaría (mediante desplazamiento de cadena) el cebador 2, 3 ó 4. Tras finalizar la secuenciación desde el cebador 1, puede desbloquearse el cebador 2 e iniciarse la secuenciación del ácido nucleico. La secuenciación a partir del cebador 2 puede desplazar el cebador 1 o la versión elongada del cebador uno, pero no presentará ningún efecto sobre los cebadores bloqueados restantes (cebadores 3 y 4). Utilizando este orden, puede utilizarse cada cebador secuencialmente y una reacción de secuenciación a partir de un cebador que no afectaría a la secuenciación a partir de un cebador posterior.
Una característica de la invención es la capacidad de utilizar múltiples cebadores de secuenciación en uno o más ácidos nucleicos y la capacidad de secuenciar a partir de múltiples cebadores utilizando únicamente una etapa de hibridación. En la etapa de hibridación, pueden hibridarse todos los cebadores de secuenciación (por ejemplo el número n de cebadores de secuenciación) con el ácido o ácidos nucleicos molde simultáneamente. En la secuenciación convencional, habitualmente resulta necesaria una etapa de hibridación para la secuenciación a partir de un cebador. Una característica de la invención es que la secuenciación a partir de n cebadores (tal como se ha definido anteriormente) puede llevarse a cabo mediante una única etapa de hibridación. Esto elimina efectivamente n-1 etapas de hibridación.
En una realización preferente, las secuencias de los n cebadores son suficientemente diferentes para que los cebadores no se hibriden cruzadamente o se autohibriden. La hibridación cruzada se refiere a la hibridación de un cebador con otro cebador debido a la complementariedad de secuencias. Una forma de hibridación cruzada se denomina comúnmente "cebador dímero". En el caso de un cebador dímero, los extremos 3' de los dos cebadores son complementarios y forman una estructura que, al elongarse, es aproximadamente la suma de la longitud de los dos cebadores. La autohibridación se refiere a la situación en la que el extremo 5' de un cebador es complementario al extremo 3' del cebador. En este caso, el cebador presenta una tendencia a autohibridarse para formar una estructura similar a una horquilla.
Un cebador puede interaccionar o asociarse específicamente con la molécula de molde. Los términos "interaccionar" o "asociarse" se refieren en la presente memoria a que dos sustancias o compuestos (por ejemplo cebador y molde, grupo químico y nucleótido) se unen (por ejemplo se enlazan, se unen, se hibridan, se juntan, se unen covalentemente o se asocian de otra manera) entre sí suficientemente para que el ensayo pretendido pueda llevarse a cabo. Los términos "específico" o "específicamente" se refieren en la presente memoria a que dos componentes se unen selectivamente entre sí. Los parámetros requeridos para conseguir interacciones específicas pueden determinarse rutinariamente, por ejemplo utilizando métodos convencionales de la técnica.
Para obtener más sensibilidad o para ayudar en el análisis de mezclas complejas, los cebadores bloqueados pueden modificarse (por ejemplo derivatizarse) con grupos químicos diseñados para proporcionar señales únicas claras. Por ejemplo, cada cebador bloqueado puede derivatizarse con un aminoácido natural o sintético diferente unido mediante un enlace amida a la cadena oligonucleótida en una o más posiciones a lo largo de la parte hibridante de la cadena. La modificación química puede detectarse, evidentemente, después de escindirse del ácido nucleico diana, o mientras se encuentra asociada al ácido nucleico diana. Permitiendo que cada ácido nucleico diana bloqueado se identifique de una manera distinguible resulta posible someter a ensayo (por ejemplo para el cribado) un gran número de diferentes ácidos nucleicos diana en un único ensayo. Pueden llevarse a cabo muchos ensayos de este tipo de manera rápida y fácil. Este tipo de ensayo o conjunto de ensayos puede llevarse a cabo, por lo tanto, con eficiencia de alto rendimiento según se define en la presente invención.
En los métodos de la exposición, tras elongarse un primer cebador y determinarse la secuencia del ADN molde, se desbloquea y se secuencia un segundo cebador. No se produce interferencia entre la reacción de secuenciación del primer cebador y la reacción de secuenciación del segundo, ahora desbloqueado, cebador, debido a que el primer cebador se ha elongado completamente o se ha terminado. Debido a que el primer cebador se ha elongado por completo, la secuenciación a partir del segundo cebador, utilizando métodos convencionales tales como la secuenciación pirofosfato, no resultará afectada por la presencia del primer cebador elongado. La exposición también proporciona un método para reducir cualquier posible señal contaminante del primer cebador. La contaminación de las señales se refiere a las incidencias en las que el primer cebador no se ha elongado por completo. En este caso, el primer cebador continuará elongándose al desbloquear y elongar un cebador posterior. La elongación de tanto el primer como segundo cebadores podría interferir con la determinación de la secuencia del ADN.
En una realización preferente, la reacción de secuenciación (por ejemplo la reacción de elongación de cadena) a partir de un cebador en primer lugar se termina o se completa antes de iniciar una reacción de secuenciación en un segundo cebador. Una reacción de elongación de cadena de ADN puede terminarse mediante la puesta en contacto del ADN molde con ADN polimerasa y dideoxinucleótidos trifosfato (ddNTPs), tales como ddATP, ddTTP, ddGTP y ddCTP. Tras la terminación, los dideoxinucleótidos trifosfato pueden eliminarse mediante lavado de la reacción con una solución sin ddNTPs. Un segundo método para bloquear la elongación adicional de un cebador es añadir nucleótidos trifosfato (dNTPs, tales como dATP, dTTP, dGTP y dCTP) y ADN polimerasa a una reacción para extender por completo cualquier cebador no completamente extendido. Tras completarse la extensión, los dNTPs y las polimerasas se eliminan antes de desbloquear el siguiente cebador. Mediante el completado o terminación de un cebador antes de desbloquear otro cebador, puede mejorarse la relación señal-ruido de la reacción de secuenciación (por ejemplo la secuenciación pirofosfato). Un tercer método puede implicar enzimas, proteínas u otros agentes que puedan reconocer una región de doble cadena >25 bases y cortar en la parte no extendida de la región de una cadena.
Las etapas de: (a) opcionalmente terminar o completar la secuenciación, (b) desbloquear un nuevo cebador, y (c) secuenciar a partir del cebador desbloqueado pueden repetirse hasta determinar una secuencia a partir de la elongación de cada cebador. En este método, la etapa de hibridación comprende "n" cebadores y un cebador no bloqueado. El cebador no bloqueado se secuencia en primer lugar y las etapas (a), (b) y (c) anteriormente indicadas pueden repetirse.
En una realización preferente, se utiliza la secuenciación pirofosfato para todas las secuenciaciones realizadas de acuerdo con el método de la presente exposición.
En otra realización preferente, la secuenciación desde los dos extremos se lleva a cabo según el procedimiento descrito de manera general en la figura 1. Este procedimiento puede dividirse en seis etapas: (1) creación de una perla de captura (figuras 1A y B), (2) amplificación mediante PCR en emulsión (figura 1C), (3) hibridación de cebadores bloqueados y desbloqueados (figura 1D), (4) secuenciación de la primera cadena mediante extensión del cebador desbloqueado (por ejemplo mediante secuenciación pirofosfato) (figura 1E), (4A) terminación/completado opcional de la secuenciación a partir de la primera cadena (figura 1E), seguido de la extracción de los reactivos de terminación/completado (figura 1F), (5) preparación de la segunda cadena mediante desbloqueo de un cebador previamente bloqueado (figuras 1H), (6) secuenciación de la segunda cadena mediante la adición de polimerasa (figuras 11) y secuenciación mediante elongación del cebador desbloqueado (figura 1J). Los datos recogidos de la secuenciación de ambas cadenas se muestran en la figura 2. Estos datos se analizaron adicionalmente para proporcionar los datos de secuencia en la figura 3.
En la etapa 1, se acopló una perla de captura activada con N-hidroxisuccinimida (NHS) (por ejemplo Amersham Biosciences, Piscataway, NJ) (figura 1A, figura 4) a dos cebadores diferentes mediante un grupo marcado con 5'-amina. Los dos cebadores corresponden al extremo 5' de la cadena sentido (cebador de captura directo) y antisentido (cebador de captura inverso) del molde que debe amplificarse (figura 1B). Lo anterior resultaría en una perla con ambos cebadores de captura en la orientación 5' a 3'. Estos cebadores son 40-meros y consisten de dos partes: un cebador de PCR de 20 bases unido a un cebador de secuenciación de 20 bases. Los cebadores de PCR 20-meros se utilizan para la amplificación mediante PCR y los cebadores de secuenciación 20-meros se utilizan para derivar información de secuencia de moléculas de ADN extendidas a partir de los cebadores de captura de ADN. El acoplamiento a NHS forma un enlace amida químicamente estable con ligandos que contienen grupos de amina primaria. Además, puede acoplarse biotina a la perla de captura además de utilizar biotina marcada en la amina. El grupo biotina proporciona un mecanismo útil para la unión de reactivos de secuenciación adicionales (por ejemplo reactivos de secuenciación pirofosfato) a la perla. Las perlas (es decir, los soportes sólidos de captura de ácidos nucleicos) utilizados en la presente invención pueden ser de cualquier tamaño conveniente y fabricarse a partir de cualquier número de materiales conocidos.
Entre los ejemplos de dichos materiales se incluyen: compuestos inorgánicos, polímeros naturales y polímeros sintéticos. Entre los ejemplos específicos de estos materiales se incluyen: celulosa, derivados de celulosa, resinas acrílicas, vidrio, geles de sílice, poliestireno, gelatina, polivinilpirrolidona, copolímeros de vinilo y acrilamida, poliestireno entrecruzado con divinilbenceno o similar (ver Merrifield, Biochemistry 3:1385-1390, 1964), poliacrilamidas, geles de látex, poliestireno, dextrano, caucho, silicona, plásticos, nitrocelulosa, celulosas, esponjas naturales, geles de sílice, vidrio, metales plásticos, celulosa, dextranos entrecruzados (por ejemplo Sephadex^{TM}) y gel de agarosa (Sepharose^{TM}) y soportes de fase sólida conocidos por el experto en la materia. En una realización preferente, las perlas de captura son perlas de sefarosa de diámetro comprendido entre aproximadamente 25 y 30 \mum.
El ácido nucleico molde puede unirse a la perla de captura de cualquier manera conocida de la técnica. Existen numerosos métodos en la técnica para unir el ADN a una perla microscópica. La unión química covalente del ADN a la perla puede conseguirse mediante la utilización de agentes acoplantes estándares, tales como carbodiimida soluble en agua, para unir el fosfato 5' en el ADN a microesferas recubiertas de amina mediante un enlace fosfoamidato. Otra alternativa es acoplar en primer lugar línkers oligonucleótidos específicos a la perla utilizando una reacción química similar, y después utilizar ADN ligasa para unir el ADN al línker en la perla. Entre otras químicas de unión se incluyen la utilización de N-hidroxisuccinamida (NHS) y derivados de la misma, para unir el oligonucleótido a las perlas. En este método, un extremo del oligonucleótido puede contener un grupo reactivo (tal como un grupo amida) que forma un enlace covalente con el soporte sólido, mientras que el otro extremo del línker contiene otro grupo reactivo que puede unirse con el oligonucleótido que debe inmovilizarse. En una realización preferente, el oligonucleótido se une a la perla de captura de ADN mediante enlace covalente. Sin embargo, los enlaces no covalentes, tales como la quelación o los complejos de antígeno-anticuerpo, pueden utilizarse para unir el oligonucleótido a la perla.
Pueden utilizarse línkers oligonucleótidos que se hibridan específicamente a secuencias únicas en el extremo del fragmento de ADN, tal como el extremo solapante de un sitio de enzima de restricción o los "extremos cohesivos" de los vectores de clonación basados en el bacteriófago lambda, aunque las ligaciones de extremos romos también pueden utilizarse beneficiosamente. Estos métodos se describen en detalle en la patente US nº 5.674.743. Resulta preferente que en cualquier método utilizado para inmovilizar las perlas se continúe uniendo el oligonucleótido inmovilizado durante todas las etapas en los métodos de la invención. En una realización preferente, el oligonucleótido se une a la perla de captura de ADN mediante enlace covalente. Sin embargo, los enlaces no covalentes, tales como la quelación o los complejos de antígeno-anticuerpo, pueden utilizarse para unir el oligonucleótido a la perla.
En la etapa 2, se añade el ADN molde que presenta los cebadores directos e inversos como adaptadores y el ADN se amplifica mediante una estrategia de amplificación mediante PCR (figura 1C). En una realización, el ADN molde presenta un ADN adaptador ligado tanto en el extremo 5' como en el extremo 3'. Los adaptadores son 40-meros que contienen en tándem en una sola unidad las secuencias para la amplificación por PCR y la secuenciación. Se unen dos adaptadores diferentes a los extremos del ADN molde como parte del procedimiento de preparación de las muestras. En una realización, el ADN se amplifica mediante reacción en cadena de la polimerasa en emulsión, reacción en cadena de polimerasa dirigida a perlas, amplificación por círculo rodante o amplificación isotérmica mediante bucles. En una realización preferente, el ADN molde con adaptadores se añade de manera que una cadena de la molécula de ADN se hibride con uno de los cebadores en la perla de captura de ADN (contiene millones de cebadores de captura directos e inversos en la orientación 5' a 3'). Las perlas de captura de ADN seguidamente se resuspenden en una mezcla de reacción de PCR, que contiene los cebadores directos e inversos, se emulsiona y después se amplifica. La reacción de amplificación también consiste de dos etapas: a) cebadores de amplificación por PCR en fase solución que ayudan a amplificar el ADN molde a partir de una única molécula, y b) etapa de dirección a perla para capturar las moléculas de ADN amplificadas en la perla. En todas las situaciones, la cadena capturada sirve como molde para la extensión del cebador de captura. Debido a que los cebadores de captura se encuentran unidos covalentemente a las perlas, la cadena extendida a partir del cebador de captura también se encuentra covalentemente unida a las perlas. Un aspecto importante de este procedimiento es la orientación de las dos cadenas. Los dos cebadores de captura contienen secuencias que corresponden a los cebadores directos e inversos. Debido a que los dos cebadores de captura pueden hibridarse con dos cadenas separadas aunque complementarias del ADN, las perlas de captura contienen ambas cadenas del ADN molde. Además, debido a que los cebadores de captura se encuentran inmovilizados en el extremo 5', las dos cadenas se inmovilizan en la dirección 5' a 3'. Tras la amplificación, cada cebador de captura contiene una cadena inmovilizada y una cadena complementaria. A continuación, se agrupan las perlas y se tratan con álcali para liberar la cadena no inmovilizada. Las perlas ahora contienen un molde monocatenario que se encuentra listo para la secuenciación.
En la etapa 3, se añaden enzimas y reactivos de secuenciación a la reacción para facilitar la secuenciación mediante elongación del cebador (figura 1E). En una realización preferente, se suministran sulfurilasa y luciferasa (enzimas de secuenciación pirofosfato) en forma inmovilizada en una perla separada o acopladas a la perla de ADN mediante interacción biotina-estreptavidina. La adición de enzimas auxiliares durante un método de secuenciación ha sido dada a conocer en U.S.S.N. nº 10/104.280, publicada como la solicitud de patente US nº 2003/0068629.
En la etapa 4, se secuencia la primera cadena del ADN mediante elongación de un cebador no bloqueado. El método de secuenciación puede ser cualquier método conocido por el experto ordinario en la materia (por ejemplo la secuenciación pirofosfato) (figura 1E). En una realización preferente, las perlas de captura se cargan en una placa PicoTiter (PTP) y se secuencian automáticamente mediante secuenciación pirofosfato. En algunos casos, la secuencia de ácidos nucleicos que debe determinarse se encuentra próxima al extremo de un ADN molde. En este caso, la elongación del cebador de secuenciación se terminará naturalmente al alcanzar la polimerasa el final del ADN. En la mayoría de casos, el cebador de secuenciación no se encuentra próximo al extremo del ADN molde y tras determinar suficiente información a partir de la reacción de secuenciación, se termina la secuenciación mediante completado o terminación de la reacción de secuenciación.
La figura 1F muestra un método preferente para terminar la reacción de secuenciación mediante la adición de ddNTPs a la reacción. En la etapa 5, se prepara la segunda cadena del ácido nucleico mediante la adición de apirasa para eliminar los ddNTPs (figura 1G) y la polinucleótido quinasa (PNK), o fosfatasa alcalina intestinal bovina u otros enzimas capaces de eliminar el grupo 3' fosfato de la cadena del cebador bloqueado (figura 1H).
En la etapa 6, seguidamente se añade polimerasa para cebar la segunda cadena (figura 1I), seguido de la secuenciación de la segunda cadena según un método estándar conocido por el experto ordinario en la materia (fig. 1J). En la etapa 7, la secuencia tanto de la primera como de la segunda cadenas se analizan de manera que se determina una secuencia de ADN contiguo (figura 2).
Los métodos de la invención pueden llevarse a cabo a cualquier escala. Por ejemplo, puede utilizarse una única perla para la secuenciación en una probeta. En una realización preferente, se llevan a cabo los métodos de secuenciación en paralelo mediante la carga de las perlas sobre obleas. Se define una oblea como un sustrato con sitios posicionalmente definidos sobre la que puede inmovilizarse una pluralidad de perlas durante un periodo de tiempo suficientemente prolongado para que pueda llevarse a cabo una reacción de secuenciación en un ácido nucleico unido a la perla. Una oblea permite la secuenciación de dobles cadenas en paralelo a partir de una pluralidad de perlas. El diseño de las obleas (también denominadas placas PicoTiter y FORA) ha sido dado a conocer en los documentos USSN nº 10/104.280 y nº 09/14.338 (publicados como solicitudes de patente US nº 2003/0068629 y nº 7.244.559, respectivamente) y la patente US nº 6.274.320, publicada el 14 de agosto de 2001.
En un aspecto, la invención comprende un método de secuenciación de una molécula de ácido nucleico, que comprende las etapas de: a) hibridar dos o más cebadores de secuenciación a una cadena o a una pluralidad de cadenas de la molécula de ácido nucleico, en la que todos los cebadores excepto uno son cebadores reversiblemente bloqueados, b) incorporar por lo menos una base en la molécula de ácido nucleico mediante elongación por la polimerasa a partir de un cebador no bloqueado, c) bloquear la elongación adicional del cebador no bloqueado, d) desbloquear uno de los cebadores reversiblemente bloqueados para formar un cebador desbloqueado, y e) repetir las etapas (b) a (d) hasta que por lo menos uno de los cebadores reversiblemente bloqueados haya sido desbloqueado y utilizado para determinar una secuencia mediante secuenciación pirofosfato.
Para la utilización con dicho método, la etapa (c) de bloquear la elongación adicional puede comprender: i) completar la elongación a partir del cebador no bloqueado con polimerasa y dNTPs, o ii) terminar la elongación con polimerasa en un tampón que contenga manganeso, dNTPs y por lo menos un ddNTP, o iii) terminar la elongación químicamente. El método puede comprender además la etapa de eliminar la polimerasa, los dNTPs y ddNTPs antes de la etapa (d).
En dicho método, puede bloquearse por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado con un grupo químico seleccionado de entre el grupo que consiste de un grupo PO_{4}, un grupo tio y un grupo fosforotiol. Además, por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado puede incluir un extremo 3' desapareado que puede desbloquearse mediante la puesta en contacto del cebador con una exonucleasa. Por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado puede incluir una o más bases no complementarias que forman un bucle y no se hibridan con la molécula de ácido nucleico, en la que la base o bases no se encuentran en el extremo 5' o 3' del cebador reversiblemente bloqueado, y en el que el cebador reversiblemente bloqueado comprende un dideoxinucleótido en su extremo 3'. Además, por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado se desbloquea mediante digestión de endonucleasas de la base o bases no complementarias que forman una muesca en la base o bases no complementarias.
Según dicho método, la etapa (b) puede incluir la elongación por la polimerasa desde el corte mediante una polimerasa con capacidad de desplazamiento de cadena. Además, por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado puede comprender una secuencia de 5'-NUX-3', en la que N representa una secuencia oligonucleótida de cualquier longitud, U es uracilo y X es un dideoxinucleótido. El cebador reversiblemente bloqueado puede desbloquearse con uracilo ADN glucosilasa y AP endonucleasa, generando un cebador desbloqueado con un extremo 3' extensible. Alternativamente, por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado puede comprender una secuencia de 5'-NYZ-3', en la que N representa una secuencia oligonucleótida de cualquier longitud, es un nucleótido modificado y representa una única base de nucleótido, y en la que el nucleótido modificado puede desbloquearse con formamidopirimidina (fapy)-ADN glucosilasa.
Esta base modificada puede ser, por ejemplo, 8-oxoguanina, 8-oxoadenina, fapy-guanina, metil-fapyguanina, fapy-adenina, aflatoxina B_{1}-fapy-guanina, 5-hidroxicitosina y 5-hidroxiuracilo.
A título de ejemplos, la molécula de ácido nucleico utilizada con dicho método puede ser ADN genómico, ADNc o ADN episómico y puede presentar una longitud de entre 100 y 1.000 pb. Además, por lo menos una cadena de la molécula de ácido nucleico o de los cebadores puede unirse a un soporte sólido.
Preferentemente se inmoviliza por lo menos un cebador en un soporte sólido, formando un cebador inmovilizado, y se une por lo menos una cadena a un soporte sólido mediante hibridación con el cebador inmovilizado. El soporte sólido puede ser un soporte sólido móvil esférico. En algunos casos por lo menos un cebador comprende un marcaje detectable. Además, por lo menos un cebador de secuenciación puede hibridarse con una cadena sentido del ácido nucleico y por lo menos un cebador de secuenciación se hibrida con una cadena antisentido de la molécula de ácido nucleico en la etapa (a).
Según dicho método, la elongación por la polimerasa puede ser de entre 1 y 250 bases. El método puede llevarse a cabo, por ejemplo, en un recipiente de reacción tal como una probeta, una cámara de reacción de una placa PicoTiter, una cámara de reacción de una matriz, o una cámara de reacción microencapsulada de una emulsión de agua en aceite. La secuenciación puede llevarse a cabo mediante secuenciación pirofosfato o secuenciación de Sanger. Preferentemente la polimerasa no presenta actividad de exonucleasa 3' a 5'. La etapa de desbloqueo puede implicar poner en contacto un cebador reversiblemente bloqueado con un agente para eliminar un grupo PO_{4} en el cebador reversiblemente bloqueado. Este agente puede ser, por ejemplo, polinucleótido quinasa o fosfatasa alcalina. En una aplicación, el método puede utilizarse para determinar una primera secuencia de ácido nucleico próxima a un extremo de la molécula de ácido nucleico y una segunda secuencia de ácido nucleico próxima al segundo extremo de la molécula de ácido nucleico.
En otro aspecto, la invención comprende un método de secuenciación de una molécula de ácido nucleico según la reivindicación 1, en donde el método comprende: a) hibridar un primer cebador de secuenciación no bloqueado con una primera cadena de la molécula de ácido nucleico, b) hibridar un segundo cebador de secuenciación bloqueado con una segunda cadena de la molécula de ácido nucleico, c) incorporar por lo menos una base en la primera cadena mediante extensión del primer cebador no bloqueado con una polimerasa, d) bloquear la elongación adicional del cebador no bloqueado, e) desbloquear el segundo cebador de secuenciación, y f) incorporar por lo menos una base a la segunda cadena mediante extensión del segundo cebador con una polimerasa, en donde las etapas (a) y (b) se llevan a cabo en cualquier orden o simultáneamente.
Con dicho método, la etapa (d) puede incluir: i) completar la elongación a partir del cebador no bloqueado con una polimerasa y dNTPs, o b) terminar la elongación con polimerasa en un tampón que contenga manganeso, dNTPs y por lo menos un ddNTP, o c) terminar la elongación químicamente. El método puede comprender además una etapa de eliminación de la polimerasa, dNTPs y ddNTPs tras la etapa de bloqueo. En diversos aspectos el segundo cebador puede bloquearse con un grupo químico, tal como un grupo PO_{4}, un grupo tio y un grupo fosforotiol. El método puede utilizarse, por ejemplo, para determinar por lo menos una primera secuencia de ácido nucleico próxima a un primer extremo de la molécula de ácido nucleico y para determinar una segunda secuencia de ácido nucleico próxima a un segundo extremo de la molécula de ácido nucleico.
La invención también comprende un método para determinar un haplotipo molecular de una muestra de ADN en múltiples locus, que comprende las etapas de: a) hibridar 2 ó más cebadores de secuenciación contiguos a una pluralidad de locus en una muestra de ADN, en la que todos los cebadores excepto uno son cebadores reversiblemente bloqueados y en el que cada locus contiene una secuencia de ácido nucleico que determina un haplotipo, b) determinar un haplotipo en un locus mediante elongación por la polimerasa a partir de un cebador no bloqueado, c) bloquear la elongación adicional del cebador no bloqueado, d) desbloquear uno de los cebadores reversiblemente bloqueados, formando un cebador no bloqueado, e) repetir las etapas (b) a (d) hasta que todos los cebadores reversiblemente bloqueados han sido desbloqueados y utilizados para determinar un haplotipo molecular, y en donde la secuenciación se lleva a cabo mediante secuenciación pirofosfato.
En dicho método, la etapa (c) de bloquear la elongación adicional puede comprender: i) completar la elongación a partir del cebador no bloqueado con la polimerasa y dNTPs, o ii) terminar la elongación con polimerasa en un tampón que contenga manganeso, dNTPs y por lo menos un ddNTP, o iii) terminar la elongación químicamente. El método puede comprender además la etapa de eliminar la polimerasa, los dNTPs y los ddNTPs tras la etapa de bloqueo.
Además, la exposición comprende un método de secuenciación de una molécula de ácido nucleico que comprende las etapas de: a) hibridar un cebador de secuenciación con una cadena de la molécula de ácido nucleico, b) incorporar por lo menos una base en una cadena del ácido nucleico mediante elongación por la polimerasa a partir del cebador de secuenciación, c) bloquear la elongación adicional del cebador, y d) repetir las etapas (a) a (c) en la misma cadena de ácido nucleico o en una cadena diferente de ácido nucleico hasta determinar una cantidad deseada de secuencia.
Para determinados aspectos, la etapa (c) de dicho método comprende: i) completar la elongación a partir del cebador no bloqueado con polimerasa y dNTPs, o ii) terminar la elongación con polimerasa en un tampón que contenga manganeso, dNTPs y por lo menos un ddNTP, o iii) terminar la elongación químicamente. Además, el método puede comprender además la etapa de eliminar la polimerasa, los dNTPs y los ddNTPs después de la etapa de bloqueo.
La exposición comprende además un método de secuenciación de una pluralidad de moléculas de ácido nucleico de doble cadena, que comprende las etapas de: a) para cada una de las moléculas de doble cadena, separar dos cadenas de cada ácido nucleico de doble cadena y unir cada una de las dos cadenas complementarias a una única perla, generando una pluralidad de perlas en un único reactor, cada perla con ambas cadenas de la molécula de ácido nucleico unidas a la misma, b) determinar la identidad de por lo menos una base de una de las cadenas, y c) determinar la identidad de por lo menos una base de la cadena complementaria de la molécula de ácido nucleico.
Ejemplos Ejemplo 1 Control de calidad del molde
El éxito de la reacción de PCR en emulsión, una primera etapa en los métodos de la presente exposición, se encontró que se relacionaba con la calidad de la especie de molde monocatenario. De acuerdo con lo anterior, se evaluó la calidad del material de molde con dos controles de calidad separados antes de iniciar el protocolo de PCR en emulsión. En primer lugar, se corrió una alícuota del molde monocatenario en el analizador 2100 BioAnalyzer (Agilent). Se utilizó un chip RNA Pico para verificar que la muestra incluía una población heterogénea de fragmentos, de tamaño comprendido entre aproximadamente 200 y 500 bases. En segundo lugar, se cuantificó la biblioteca utilizando el ensayo de fluorescencia RiboGreen en un fluorímetro de placas Bio-Tek FL600. Las muestras en las que se determinó que las concentraciones de ADN eran inferiores a 5 ng/\mul se consideraron excesivamente diluidas para ser utilizadas.
Ejemplo 2 Síntesis de perlas de captura de ADN
Se extrajeron de la columna perlas empaquetadas de una columna de afinidad HP de sefarosa activada con 1 ml de éster de N-hidroxisuccinimida (NHS) (Amersham Biosciences, Piscataway, NJ). Las perlas de tamaño comprendido entre 25 y 30 \mum se seleccionaron mediante pase en serie a través de secciones de malla de filtro de poro de 30 \mum y 25 \mum (Sefar America, Depew, NY, USA). Las perlas que pasaron a través del primer filtro pero que resultaron retenidas por el segundo se recogieron y se activaron tal como se describe en la literatura del producto (protocolo de Amersham Pharmacia nº 71700600AP). Se obtuvieron dos cebadores de captura largos diferentes marcados en la amina con HEG (hexaetilenglicol), correspondientes al extremo 5' de las cadenas sentido y antisentido del molde que debía amplificarse (5'-amina-3-espaciadores HEG gcttacctgaccgacctctgcctatcccetgttgcgtgtc-3', SEC ID nº 23, y 5'-amina-3 espaciadores HEG ccattccccagctcgtcttgccatctgttccctccctgtc-3', SEC ID nº 24) (IDT Technologies, Coralville, IA, USA). Los cebadores se diseñaron para capturar ambas cadenas de los productos de amplificación, permitiendo la secuenciación desde los dos extremos, es decir, la secuenciación de la primera y segunda cadenas de los productos de amplificación. Los cebadores de captura se disolvieron en tampón fosfato 20 mM, pH 8,0, obteniendo una concentración final de 1 mM. Se unieron tres microlitros de cada cebador a las perlas tamizadas a través de 30-25 \mum (ver la figura 5). A continuación, las perlas se almacenaron en un tampón de almacenamiento de perlas (Tris 50 mM, Tween al 0,02% y azida sódica al 0,02%, pH 8).
Las perlas se cuantificaron utilizando un hemocitómetro (Hausser Scientific, Horsham, PA, USA) y se almacenaron a 4ºC hasta que se necesitaron.
Ejemplo 3 Preparación y formulación de mezcla de reacción de PCR
Al igual que en cualquier técnica de amplificación de moléculas individuales, la contaminación de las reacciones con amplicón foráneo o residual de otros experimentos podría interferir con un análisis de secuenciación. Para reducir la probabilidad de contaminación, la mezcla de reacción PCR se preparó en una campana de flujo laminar tratada con UV situada en una sala para PCR limpia. Por cada 600.000 reacciones de PCR en emulsión de perlas, se mezclaron los reactivos siguientes en un tubo de 1,5 ml: 225 \mul de mezcla de reacción (tampón HiFi Platinum 1X (Invitrogen), dNTPs 1 mM, MgSO_{4} 2,5 mM (Invitrogen), BSA al 0,1%, Tween al 0,01%, PPi-asa termoestable 0,003 U/\mul (NEB), cebador directo 0,125 \muM (5'-gcttacctgaccgacctctg-3', SEC ID nº 1) y cebador inverso 0,125 \muM (5'-ccattcccagctcgtcttg-3', SEC ID nº 2) (IDT Technologies, Coralville, IA, USA) y polimerasa Taq Hi-Fi Platinum 0,2 U/\mul (Invitrogen). Se extrajeron veinticinco microlitros de la mezcla de reacción y se almacenaron en un tubo para PCR individual de 200 \mul para la utilización como control negativo. Se almacenó tanto la mezcla de reacción como los controles negativos en hielo hasta que se necesitaron.
Ejemplo 4 Unión de especies de molde a perlas de captura de ADN
La amplificación de ADN clonal exitosa para la secuenciación se refiere al direccionamiento de un número controlado de especies de molde a cada perla. Para los experimentos descritos en la presente memoria, la concentración típica de molde diana se determinó que era de 0,5 copias de molde por cada perla de captura. A esta concentración, la distribución de Poisson dicta que 61% de las perlas no presentan asociado ningún molde, 30% presenta una especie de molde y 9% presentan dos o más especies de molde. La administración de un exceso de especies puede resultar en la unión y posterior amplificación de una población mixta (2 ó más especies) en una única perla, impidiendo la generación de datos de secuencia significativos. Sin embargo, la administración de un número excesivamente reducido de especies resultará en un menor número de pocillos que contengan molde (una especie por perla), reduciendo el grado de cobertura de la secuenciación. En consecuencia se consideró que la concentración de molde en la biblioteca de cadenas individuales era importante.
Se hibridaron moléculas de molde a cebadores complementarios en las perlas de captura de ADN mediante el método siguiente, llevado a cabo en una campana de flujo laminar tratada con UV. Se transfirieron seiscientas mil perlas de captura de ADN suspendidas en tampón de almacenamiento de perlas (ver el Ejemplo 9, posteriormente) a un tubo para PCR de 200 \mul. El tubo se centrifugó en una minicentrífuga de laboratorio durante 10 segundos, se hizo girar 180º y se centrifugó durante 10 segundos adicionales para asegurarse de que el pellet se formaba de manera uniforme. Se extrajo el sobrenadante y las perlas se lavaron con 200 \mul de tampón de hibridación (Tris 20 mM, pH 7,5 y acetato de magnesio 5 mM). El tubo se agitó con vórtex durante 5 segundos para resuspender las perlas y éstas se peletizaron tal como anteriormente. La totalidad excepto aproximadamente 10 \mul del sobrenadante presente sobre las perlas fue extraído y se añadieron 200 \mul adicionales de tampón de hibridación. Las perlas se agitaron con vórtex nuevamente durante 5 segundos, se dejaron reposar durante 1 minuto y después se peletizaron tal como anteriormente. Se descartó la totalidad excepto 10 \mul de sobrenadante.
A continuación, se añadieron a las perlas 1,5 \mul de 300.000 moléculas/\mul de biblioteca de molde. El tubo se agitó con vórtex durante 5 segundos para mezclar el contenido y los moldes se hibridaron con las perlas en un programa de desnaturalización/hibridación controlados preformado en un termociclador MJ. El programa permitió la incubación durante 5 minutos a 80ºC, seguido de una reducción de 0,1ºC/s hasta 70ºC, la incubación durante 1 minuto a 70ºC, la reducción en 0,1ºC/s hasta 60ºC, el mantenimiento a 60ºC durante 1 minuto, la reducción en 0,1ºC/s hasta 50ºC, el mantenimiento a 50ºC durante 1 minuto, la reducción en 0,1ºC/s hasta 20ºC, el mantenimiento a 20ºC. Tras completar el procedimiento de hibridación, se extrajeron las perlas del termociclador, se centrifugaron tal como se ha indicado anteriormente y se decantó cuidadosamente el tampón de hibridación. Las perlas de captura incluían, de promedio, 0,5 copias de ADN molde monocatenario unido a cada perla, y se almacenaron en hielo hasta que se necesitaron.
Ejemplo 5 Emulsificación
El procedimiento de emulsificación crea una emulsión de agua en aceite termoestable que contiene 10.000 microrreactores de PCR discretos por microlitro. Esto sirve como matriz para la amplificación clonal de cada molécula individual de las moléculas individuales de la biblioteca de diana. La mezcla de reacción y las perlas de captura de ADN para una sola reacción se emulsionaron de la manera siguiente. En una campana de flujo laminar tratada con UV se añadieron 200 \mul de solución para PCR (del Ejemplo 3) a un tubo que contenía 600.000 perlas de captura de ADN (del Ejemplo 4). Las perlas se resuspendieron mediante pipeteado repetido. A continuación, la mezcla de perlas para PCR se incubó a temperatura ambiente durante por lo menos 2 minutos, dejando que las perlas se equilibrasen con la solución para PCR. Simultáneamente, se añadió una alícuota de 450 \mul de aceite de emulsión (Span 80 al 4,5% (p/p), Atlox 4912 al 1% (p/p) (Uniqema, Delaware) en aceite mineral ligero (Sigma)) a un tubo de centrífuga de 2 ml de tapa plana (Dot Scientific) que contenía una barra de agitación magnética estéril de 1/4 de pulgada (Fischer). Este tubo seguidamente se introdujo en un soporte de plástico para tubos construido al efecto, que seguidamente se centró en una placa calefactora digital con agitación Fisher Isotemp (Fisher Scientific) funcionando a 450 rpm.
La solución de perlas para PCR se agitó con vórtex durante 15 segundos para resuspender las perlas. A continuación, se extrajo la solución con una jeringa de plástico desechable de 1 ml (Benton-Dickenson) en la que se había fijado una aguja de jeringa de seguridad de plástico (Henry Schein). La jeringa se introdujo en una bomba de jeringa (Cole-Parmer) modificada con una unidad de base de aluminio que orientaba la bomba verticalmente y no horizontalmente. El tubo con el aceite de emulsión se alineó en la placa de agitación de manera que se encontrase centrada en la parte inferior de la aguja de jeringa de plástico y la barra de agitación magnética girase correctamente. La bomba de jeringa se ajustó para dispensar 0,6 ml a un caudal de 5,5 ml/hora. La solución de perlas para PCR se añadió al aceite de emulsión gota a gota. Se procuró que las gotas no entrasen en contacto con las paredes del tubo al caer en el aceite bajo agitación.
Tras formarse la emulsión, se tuvo gran cuidado en minimizar la agitación de la emulsión durante el procedimiento de emulsificación y durante las etapas de distribución de alícuotas posteriores a la emulsificación. Se encontró que la agitación con vórtex, el pipeteado rápido o la mezcla excesiva podían provocar la rotura de la emulsión, destruyendo los microrreactores discretos. Al formar la emulsión, las dos soluciones se convirtieron en una mezcla blanca lechosa homogénea con la viscosidad de la mayonesa. Se vació el contenido de la jeringa en el aceite bajo agitación. A continuación, se sacó el tubo de emulsión del soporte y se golpeó suavemente con los dedos hasta que desaparecer cualquier capa residual de aceite presente en la parte superior de la emulsión. Se devolvió el tubo al dispositivo de soporte y se agitó con la barra de agitación magnética durante un minuto adicional. Se extrajo la barra de agitación de la emulsión haciendo correr una herramienta magnética de extracción a lo largo del exterior del tubo y se descartó la barra magnética.
Se extrajeron veinte microlitros de la emulsión de la parte intermedia del tubo utilizando una pipeta P100 y se vertieron sobre un portaobjetos de microscopía. Se utilizaron las puntas de pipeta más grandes, para minimizar las fuerzas de cizalla. Se observó la emulsión a una magnificación de 50X para garantizar que comprendía predominantemente perlas individuales en solución para PCR de microrreactores de 30 a 150 micrómetros de diámetro en aceite (figura esquemática mostrada en la figura 5). Tras el examen visual, se amplificaron inmediatamente las emulsiones.
Ejemplo 6 Amplificación
Se distribuyeron alícuotas de la emulsión en 7 ó 8 tubos para PCR separados. Cada tubo incluía aproximadamente 75 \mul de la emulsión. Se sellaron los tubos y se introdujeron en un termociclador MJ conjuntamente con los 25 \mul de control negativo indicados anteriormente. Se utilizaron los tiempos de ciclado siguientes: 1 ciclo de incubación durante 4 minutos a 94ºC (inicio en caliente), 30 ciclos de incubación durante 30 segundos a 94ºC y 150 segundos a 68ºC (amplificación) y 40 ciclos de incubación durante 30 segundos a 94ºC y 360 segundos a 68ºC (hibridación y extensión). Tras completar el programa de PCR, se sacaron los tubos y se rompieron las emulsiones inmediatamente o se
almacenaron las reacciones a 10ºC durante, como máximo, 16 horas para iniciar el proceso de rotura (ver la figura 6).
Ejemplo 7 Rotura de la emulsión y recuperación de las perlas
Tras la amplificación, se examinaron las emulsiones para rotura (separación de las fases aceitosa y acuosa). Las emulsiones no rotas se agruparon en un único tubo de microcentrífuga de 1,5 ml, mientras que la ocasional emulsión rota se descartó. Debido a que las muestras de emulsión eran bastante viscosas, quedaron cantidades significativas en cada tubo para PCR. La emulsión restante en los tubos se recuperó mediante la adición de 75 \mul de aceite mineral en cada tubo para PCR y pipeteando la mezcla. Esta mezcla se añadió al tubo de 1,5 ml que contenía la parte principal de material emulsionado. A continuación, se agitó con vórtex el tubo de 1,5 ml durante 30 segundos. Seguidamente, el tubo se centrifugó durante 20 minutos en la microcentrífuga de laboratorio a 13,2 Krpm (velocidad máxima).
Tras la centrifugación, la emulsión se separó en dos fases, con una gran interfase blanca. La fase aceite superior transparente se descartó, mientras que el material turbio de la interfase se dejó en el tubo. En una campana de humos químicos, se añadió 1 ml de hexanos a la fase inferior y capa de interfase. La mezcla se agitó con vórtex durante 1 minuto y se centrifugó a velocidad máxima durante 1 minuto en una microcentrífuga de laboratorio. La fase superior de aceite/hexano se separó y se descartó. A continuación, se añadió 1 ml de etanol al 80%/tampón de hibridación 1X a la fase acuosa, interfase y perlas restantes. Esta mezcla se agitó con vórtex durante 1 minuto o hasta disolver el material blanco de la interfase. Seguidamente se centrifugó la muestra en una microcentrífuga de laboratorio durante 1 minuto a velocidad máxima. El tubo se hizo girar 180 grados y se centrifugó nuevamente durante un minuto adicional. A continuación, se separó cuidadosamente el sobrenadante sin perturbar el pellet de perlas.
El pellet blanco de perlas se lavó dos veces con 1 ml de tampón de hibridación que contenía Tween 20 al 0,1%. Se descartó la solución de lavado y las perlas se peletizaron tras cada lavado, tal como se ha indicado anteriormente. El pellet se lavó con 1 ml de agua picopura. Las perlas se peletizaron mediante el método de centrifugación-giro-centrifugación utilizado anteriormente. Se separó cuidadosamente la fase acuosa. A continuación, las perlas se lavaron con 1 ml de EDTA 1 mM tal como anteriormente, excepto en que las perlas se agitaron con vórtex brevemente a un ajuste intermedio durante 2 segundos antes de la peletización y eliminación del sobrenadante.
El ADN amplificado, inmovilizado sobre las perlas de captura, se trató para obtener ADN monocatenario. La segunda cadena se separó mediante incubación en una solución básica de disociación. Posteriormente se añadió un ml de solución de disociación (NaOH 0,125 M, NaCl 0,2 M) a las perlas. El pellet se resuspendió mediante agitación con vórtex a un ajuste intermedio durante 2 segundos, y el tubo se introdujo en un agitador orbital para tubos Thermolyne LabQuake durante 3 minutos. A continuación, las perlas se peletizaron tal como anteriormente, y el sobrenadante se separó cuidadosamente y se descartó. La solución residual de disociación se neutralizó mediante la adición de 1 ml de tampón de hibridación. Seguidamente, las perlas se agitaron con vórtex a velocidad intermedia durante 2 segundos. Las perlas se peletizaron y el sobrenadante se eliminó tal como anteriormente. Se repitió el lavado con tampón de hibridación, excepto en que únicamente se separaron 800 \mul del tampón de hibridación tras la centrifugación. Las perlas y el tampón de hibridación restante se transfirieron a un tubo para PCR de 0,2 ml. Las perlas se utilizaron inmediatamente o se almacenaron a 4ºC durante, como máximo, 48 horas antes de continuar con el procedimiento de enriquecimiento.
El procedimiento en esta etapa se muestra esquemáticamente en la figura 7.
Ejemplo 8 Enriquecimiento de perlas
La masa de perlas incluía perlas con cadenas de ADN inmovilizadas amplificadas y perlas vacías o nulas. Tal como se ha indicado anteriormente, se calculó que 61% de las perlas no presentaba ADN molde durante el procedimiento de amplificación. Se utilizó el enriquecimiento para aislar selectivamente las perlas con ADN molde, maximizando de esta manera la eficiencia de la secuenciación. El procedimiento de enriquecimiento se describe en detalle posteriormente.
Las perlas con cadenas individuales del ejemplo anterior se peletizaron mediante el método de centrifugación-giro-centrifugación, y se eliminó la máxima cantidad posible de sobrenadante sin perturbar las perlas. Se añadieron quince microlitros de tampón de hibridación a las perlas, seguido de 2 \mul de cebador de enriquecimiento de 40 bases biotinilado 100 \muM (5'-biotina-espaciadores tetraetilenglicol ccattccccagctcgtcttgccatctgttccctccctgtctcag-3', SEC ID nº 3). El cebador era complementario a los sitios agrupados de amplificación y secuenciación (cada uno de 20 bases de longitud) en el extremo 3' de la perla-molde inmovilizado. La solución se mezcló mediante vórtex a un ajuste intermedio durante 2 segundos, y se hibridaron los cebadores de enriquecimiento con las cadenas de ADN inmovilizadas utilizando un programa de desnaturalización/hibridación controlada en un termociclador MJ. El programa consistía de los tiempos de ciclado y temperaturas siguientes: incubación durante 30 segundos a 65ºC, reducción de 0,1ºC/s hasta 58ºC, incubación durante 90 segundos a 58ºC y mantenimiento a 10ºC.
Aunque los cebadores se hibridaban, se resuspendieron perlas recubiertas de estreptavidina MyOne^{TM} de Dynal mediante movimientos circulares suaves. A continuación, se añadieron 20 \mul de las perlas MyOne^{TM} a un tubo de microcentrífuga de 1,5 ml que contenía 1 ml de líquido Potenciador (NaCl 2 M, Tris-HCl 10 mM, EDTA 1 mM, pH 7,5). La mezcla de perlas MyOne se agitó con vórtex durante 5 segundos y el tubo se introdujo en un imán MPC-S de Dynal. Las perlas paramagnéticas se peletizaron contra las paredes del tubo de microcentrífuga. Se eliminó cuidadosamente el sobrenadante y se descartó sin perturbar las perlas MyOne^{TM}. Se sacó el tubo del imán y se añadieron 100 \mul de líquido potenciador. El tubo se agitó con vórtex durante 3 segundos para resuspender las perlas y se almacenó en hielo hasta que se necesitó.
Tras completar el programa de hibridación, se añadieron 100 \mul de tampón de hibridación al tubo para PCR que contenía las perlas de captura de ADN y cebador de enriquecimiento. El tubo se agitó con vórtex durante 5 segundos y el contenido se transfirió a un tubo de microcentrífuga nuevo de 1,5 ml. El tubo para PCR en el que se había hibridado el cebador de enriquecimiento a las perlas de captura se lavó una vez con 200 \mul de tampón de hibridación y se añadió la solución de lavado al tubo de 1,5 ml. Las perlas se lavaron tres veces con 1 ml de tampón de hibridación, se agitaron con vórtex durante 2 segundos y se peletizaron tal como anteriormente. Se eliminó cuidadosamente el sobrenadante. Tras el tercer lavado, las perlas se lavaron dos veces con 1 ml de líquido potenciador helado. Las perlas se agitaron con vórtex, se peletizaron y el sobrenadante se eliminó tal como anteriormente. Las perlas se resuspendieron en 150 \mul de líquido potenciador helado y la solución de perlas se añadió a las perlas MyOne^{TM} lavadas.
La mezcla de perlas se agitó con vórtex durante 3 segundos y se incubó a temperatura ambiente durante 3 minutos en un agitador orbital para tubos LabQuake. Las perlas MyOne^{TM} recubiertas de estreptavidina se unieron a los cebadores de enriquecimiento biotinilados hibridados a los moldes inmovilizados en las perlas de captura de ADN. A continuación, las perlas se centrifugaron a 2.000 rpm durante 3 minutos, después de los cuales las perlas se agitaron con vórtex con pulsos de 2 segundos hasta su resuspensión. Las perlas resuspendidas se dejaron sobre hielo durante 5 minutos. Seguidamente, se añadieron 500 \mul de líquido potenciador frío a las perlas y el tubo se insertó en un imán MPC-S de Dynal. Las perlas se dejaron en reposo durante 60 segundos para permitir la peletización contra el imán. A continuación, el sobrenadante con exceso de MyOne^{TM} y de perlas de captura de ADN nulas se separó cuidadosamente y se descartó.
El tubo se sacó del imán MPC-S y se añadió 1 ml de líquido potenciador frío a las perlas. Las perlas se resuspendieron con ligeros toques de los dedos. Era importante no agitar con vórtex las perlas en este momento, debido a que la mezcla vigorosa podría romper el enlace entre las perlas de captura MyOne^{TM} y las de captura de ADN. Las perlas se devolvieron al imán y se eliminó el sobrenadante. Este lavado se repitió tres veces adicionales para asegurarse de que se habían eliminado todas las perlas de captura nulas. Para separar los cebadores de enriquecimiento hibridados y las perlas MyOne^{TM}, se resuspendieron las perlas de captura de ADN en 400 \mul de solución de disociación, se agitaron con vórtex durante 5 segundos y se peletizaron con el imán. El sobrenadante con las perlas enriquecidas se transfirió a un tubo de microcentrífuga de 1,5 ml separado. Para una recuperación máxima de las perlas enriquecidas, se añadió una segunda alícuota de 400 \mul de solución de disociación al tubo que contenía las perlas MyOne^{TM}. Las perlas se agitaron con vórtex y se peletizaron tal como anteriormente. El sobrenadante del segundo lavado se separó y se agrupó con el primer bolo de perlas enriquecidas. El tubo de perlas MyOne^{TM} utilizadas se descartó.
El tubo de microcentrífuga de perlas de captura de ADN enriquecido se introdujo en el imán MPC-S de Dynal para peletizar cualquier perla MyOne^{TM} residual. Las perlas enriquecidas en el sobrenadante se transfirieron a un segundo tubo de microcentrífuga de 1,5 ml y se centrifugaron. Se separó el sobrenadante y las perlas se lavaron 3 veces con 1 ml de tampón de hibridación para neutralizar la solución de disociación residual. Tras el tercer lavado, se separaron 800 \mul del sobrenadante, y las perlas y solución restantes se transfirieron a un tubo para PCR de 0,2 ml. Las perlas enriquecidas se centrifugaron a 2.000 rpm durante 3 minutos y se decantó el sobrenadante. A continuación, se añadieron 20 \mul de tampón de hibridación y 3 \mul de dos cebadores de secuenciación 100 \muM diferentes (5'-ccatctgttccctccctgtc-3', SEC ID nº 4, y 5'-cctatcccctgttgcgtgtc-3' fosfato, SEC ID nº 5). El tubo se agitó con vórtex durante 5 segundos y se introdujo en un termociclador MJ para el programa de hibridación en 4 etapas siguiente: incubación durante 5 minutos a 65ºC, reducción a 0,1ºC/s hasta 50ºC, incubación durante 1 minuto a 50ºC, reducción a 0,1ºC/s hasta 40ºC, mantenimiento a 40ºC durante 1 minuto, reducción a 0,1ºC/s hasta 15ºC y mantenimiento a 15ºC.
Tras completar el programa de hibridación, las perlas se extrajeron del termociclador y se peletizaron mediante centrifugación durante 10 sgundos. El tubo se hizo girar 180º y se centrifugó durante 10 segundos adicionales. Se decantó el sobrenadante y se descartó y se añadieron 200 \mul de tampón de hibridación al tubo. Las perlas se resuspendieron con una segunda agitación con vórtex de 5 segundos y se peletizaron tal como anteriormente. Se separó el sobrenadante y las perlas se resuspendieron en 100 \mul de tampón de hibridación. En este punto las perlas se cuantificaron con un contador Coulter Multisizer 3 (Beckman Coulter). Las perlas se almacenaron a 4ºC y se mantuvieron estables durante por lo menos 1 semana.
Ejemplo 9 Secuenciación de doble cadena
Para la secuenciación de dobles cadenas, se utilizaron dos cebadores de secuenciación diferentes: un cebador MMP7A no modificado y un cebador MMP2Bp 3' fosforilado. En el procedimiento se siguen múltiples etapas. Este procedimiento se muestra esquemáticamente en la figura 8.
1)
Secuenciación de la primera cadena. La secuenciación de la primera cadena implica la extensión del cebador no modificado mediante una ADN polimerasa mediante la adición secuencial de nucleótidos durante un número predeterminado de ciclos.
2)
Adición de caperuza: la secuenciación de la primera cadena se terminó haciendo fluir un tampón de adición de caperuza que contenía tricina 25 mM, acetato de magnesio 5 mM, DTT 1 mM, PVP 0,4 mg/ml, BSA 0,1 mg/ml, Tween al 0,01% y 2 \muM de cada dideoxinucleótido y 2 \muM de cada desoxinucleótido.
3)
Lavado: los desoxinucleótidos y dideoxinucleótidos residuales se eliminaron haciendo fluir tampón apirasa que contenía tricina 25 mM, acetato de magnesio 5 mM, DTT 1 mM, PVP 0,4 mg/ml, BSA 0,1 mg/ml, Tween al 0,01% y 8,5 unidades/l de apirasa.
4)
Corte: el segundo cebador bloqueado se desbloqueó eliminando el grupo fosfato del extremo 3' del cebador 3' fosforilado modificado haciendo fluir un tampón de corte que contenía 5 unidades/ml de fosfatasas intestinales bovinas.
5)
Continuación: el segundo cebador desbloqueado se activó mediante la adición de polimerasa haciendo fluir 1.000 unidades/ml de ADN polimerasas para capturar todos los sitios de cebador disponibles.
6)
Secuenciación de la segunda cadena: la secuenciación de la segunda cadena mediante una ADN polimerasa mediante la adición secuencial de nucleótidos durante un número predeterminado de ciclos.
Mediante la utilización de los métodos descritos anteriormente, se secuenció el ADN genómico de Staphylococcus aureus. Los resultados se presentan en la figura 9. Se obtuvo un total de 31.785 lecturas basadas en 15.770 lecturas de la primera cadena y 16.015 lecturas de la segunda cadena. De entre éstas, un total de 11.799 lecturas se encontraban apareadas y 8.187 lecturas se encontraban desapareadas, obteniendo una cobertura total de 38%.
Las longitudes de lectura se encontraban comprendidas entre 60 y 130, con una media de 95 +/- 9 bases (figura 10).
La distribución del tramo genómico y el número de pocillos de cada tramo genómico se muestran en la figura 11. En la figura 12 se muestran series de alineación representativas de dicha secuenciación genómica.
Aunque en la presente memoria se han dado a conocer realizaciones particulares en detalle, ello se ha llevado a cabo a título de ejemplo con fines únicamente ilustrativos, y no se pretende que sean limitativas del alcance de la invención según las reivindicaciones adjuntas, proporcionadas posteriormente.
<110> Chen, Yi-Ju
\hskip1cm
Leamon, John H. 
\hskip1cm
Lohman, Ken 
\hskip1cm
Ronan, Michael T. 
\hskip1cm
Srinivasan, Maithreyan 
\hskip1cm
Rothberg, Jonathan 
\hskip1cm
Weiner, Michael 
\vskip0.400000\baselineskip
<120> Secuenciación desde los dos extremos
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<130> 21465-509 UTIL
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/443,471
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 2003-01-29
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/465,071
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 2003-04-23
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/476,592
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 2003-06-06
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/476,504
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 2003-06-06
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/476,592
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 2003-06-06
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/476,602
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 2003-06-06
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/497,985
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 2003-08-25
\vskip0.400000\baselineskip
<160> 24
\vskip0.400000\baselineskip
<170> PatentIn versión 3.2
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 1
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> oligonucleótido
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<400> 1
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gcttacctga ccgacctctg 
\hfill
20 
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<210> 2
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> oligonucleótido
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<400> 2
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ccattcccca gctcgtcttg 
\hfill
20 
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<210> 3
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<211> 44
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> oligonucleótido
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<400> 3
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ccattcccca gctcgtcttg ccatctgttc cctccctgtc tcag 
\hfill
44 
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<210> 4
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<223> oligonucleótido
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ccatctgttc cctccctgtc 
\hfill
20 
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> oligonucleótido
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<400> 5
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cctatcccct gttgcgtgtc 
\hfill
20 
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<210> 6
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<211> 23
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> oligonucleótido
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<400> 6
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atgcacatgg ttgacacagt ggt 
\hfill
23 
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<210> 7
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<211> 22
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> oligonucleótido
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<400> 7
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atgcacatgg ttgacacagt gg 
\hfill
22 
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<210> 8
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<211> 25
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> oligonucleótido
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<400> 8
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atgccaccga cctagtctca aactt 
\hfill
25 
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<210> 9
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<211> 51
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
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tattgttgat gctgtaaaaa gaagctactg gtgtagtatt tttatgaagt t 
\hfill
51 
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<210> 10
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<211> 47
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
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tgctcaaaga attcatttaa aatatgacca tatttcattg tatcttt 
\hfill
47 
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<210> 11
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<211> 48
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
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<400> 11
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aagcgaacag tcaagtacca cagtcagttg acttttacac aagcggat 
\hfill
48 
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<210> 12
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<211> 47
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
\newpage
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<400> 12
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tacaggtgtt ggtatgccat ttgcgatttg ttgcgcttgg ttagccg 
\hfill
47 
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<210> 13
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<211> 52
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<212> ADN
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<213> Artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Resultado de secuenciación
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 13
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
aacatataaa catcccctat ctcaatttcc gcttccatgt aacaaaaaaa gc 
\hfill
52 
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 14
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 38
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<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Resultado de secuenciación
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 14
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
tagatatcac ttgcgtgtta ctggtaagca ggcatgag 
\hfill
38 
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 15
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 41
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 15
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
attcaactct ggaaatgctt tcttgatacg cctcgatgat g 
\hfill
41 
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 16
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<211> 40
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
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<400> 16
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
gatgaggagc tgcaatggca atgggttaaa ggcatcatcg 
\hfill
40 
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 17
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<211> 45
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
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<400> 17
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
tgtatctcga tttggattag ttgctttttg catcttcatt agacc 
\hfill
45 
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 18
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<211> 40
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
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<400> 18
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
cattaacatc tgcaccagaa atagcttcta atacgattgc 
\hfill
40 
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 46
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 19
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
gcgacgacgt ccagctaata acgctgcacc taaggctaat gataat 
\hfill
46 
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 20
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<211> 43
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Resultado de secuenciación
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 20
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
aaaccatgca gatgctaaca aagctcaagc attaccagaa act 
\hfill
43 
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 21
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 44
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 21
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
tgttgctgca tcataattta atactacatc atttaattct ttgg 
\hfill
44 
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 22
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<211> 51
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Resultado de secuenciación
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 22
\vskip1.000000\baselineskip
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\hskip-.1em\dddseqskip
gcagatggtg tgactaacca agttggtcaa aatgccctaa atacaaaaga t 
\hfill
51 
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 23
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 39
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
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<213> Artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 23
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
gcttacctga ccgacctctg cctatcccct gttgcgtgt 
\hfill
39 
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 24
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<211> 40
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
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<400> 24
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
ccattcccca gctcgtcttg ccatctgttc cctccctgtc 
\hfill
40

Claims (34)

1. Método de secuenciación de una molécula de ácido nucleico, que comprende las etapas de:
(a) hibridar dos o más cebadores de secuenciación con una o una pluralidad de cadenas individuales de la molécula de ácido nucleico, en la que todos los cebadores excepto uno son cebadores reversiblemente bloqueados,
(b) incorporar por lo menos una base en la molécula de ácido nucleico mediante elongación de polimerasa a partir de un cebador no bloqueado,
(c) bloquear la elongación adicional de dicho cebador no bloqueado,
(d) desbloquear uno de los cebadores reversiblemente bloqueados, formando un cebador desbloqueado,
(e) repetir las etapas (b) a (d) hasta que por lo menos uno de los cebadores reversiblemente bloqueados se haya desbloqueado y utilizado para determinar una secuencia mediante secuenciación pirofosfato.
\vskip1.000000\baselineskip
2. Método según la reivindicación 1, en el que dicha etapa (c) de bloquear la elongación adicional comprende:
(a) completar la elongación a partir del cebador no bloqueado con polimerasa y dNTPS, o
(b) terminar la elongación con polimerasa en un tampón que contiene manganeso, dNTPs y por lo menos un ddNTP, o
(c) terminar la elongación químicamente.
\vskip1.000000\baselineskip
3. Método según la reivindicación 1, que comprende además la etapa de eliminar dicha polimerasa, dNTPs y ddNTPs antes de dicha etapa (d).
4. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado se bloquea con un grupo químico seleccionado de entre el grupo que consiste de un grupo PO_{4}, un grupo tio y un grupo fosforotiol.
5. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado presenta un extremo 3' desapareado que puede desbloquearse mediante la puesta en contacto de dicho cebador con una exonucleasa.
6. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado presenta una o más bases no complementarias que forman un bucle y que no se hibridan con la molécula de ácido nucleico, en la que dicha base o bases no se encuentran en el extremo 5' ó 3' de dicho cebador reversiblemente bloqueado, y en el que dicho cebador reversiblemente bloqueado comprende un nucleótido dideoxi en su extremo 3'.
7. Método según la reivindicación 6, en el que dicho por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado resulta desbloqueado mediante digestión de endonucleasa de dicha base o bases no complementarias, formando una muesca en dicha base o bases no complementarias.
8. Método según la reivindicación 7, en el que la etapa (b) comprende la elongación por polimerasa en dicha muesca por parte de una polimerasa con capacidad de desplazamiento de cadena.
9. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado presenta una secuencia de 5'-NUX-3', en la que N representa una secuencia oligonucleótida de cualquier longitud, U es uracilo y X es un dideoxinucleótido.
10. Método según la reivindicación 9, en el que dicho cebador reversiblemente bloqueado resulta desbloqueado por la uracilo-ADN glucosilasa y AP endonucleasa, generando un cebador desbloqueado con un extremo 3' extensible.
11. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado presenta una secuencia de 5'-NYZ-3', en la que N representa una secuencia oligonucleótida de cualquier longitud, Y es un nucleótido modificado, y Z representa una única base nucleótida, y en el que dicho nucleótido modificado puede ser desbloqueado por la formamidopirimidina (fapy)-ADN glucosilasa.
12. Método según la reivindicación 11, en el que dicha base modificada se selecciona de entre el grupo que consiste de 8-oxoguanina, 8-oxoadenina, fapy-guanina, metil-fapy-guanina, fapy-adenina, aflatoxina-B_{1}-fapy-guanina, 5-hidroxicitosina y 5-hidroxiuracilo.
13. Método según la reivindicación 1, en el que la molécula de ácido nucleico es un ADN genómico, ADNc o ADN episómico.
14. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos un cebador de secuenciación se hibrida con una cadena sentido del ácido nucleico y por lo menos un cebador de secuenciación se hibrida con una cadena antisentido de la molécula de ácido nucleico en la etapa (a).
15. Método según la reivindicación 1, en el que la elongación por polimerasa es de entre 1 y 250 bases.
16. Método según la reivindicación 1, en el que dicho método se lleva a cabo en un recipiente de reacción seleccionado de entre el grupo que consiste de una probeta, una cámara de reacción de una placa PicoTiter, una cámara de reacción de una matriz, y una cámara de reacción microencapsulada de una emulsión de agua en aceite.
17. Método según la reivindicación 1, en el que la molécula de ácido nucleico presenta una longitud de entre 100 y 1.000 pb.
18. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos una de dichas cadenas de molécula de ácido nucleico o por lo menos uno de dichos cebadores se une a un soporte sólido.
19. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos una cadena de dicha molécula de ácido nucleico se une a un soporte sólido.
20. Método según la reivindicación 18, en el que por lo menos uno de dichos cebadores se inmoviliza en un soporte sólido para formar un cebador inmovilizado y una de dichas cadenas se une a un soporte sólido mediante hibridación con dicho cebador inmovilizado.
21. Método según la reivindicación 20, en el que el soporte sólido es un soporte sólido móvil esférico.
22. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos un cebador comprende un marcaje detectable.
23. Método según la reivindicación 1, en el que la etapa de desbloqueo comprende poner en contacto un cebador reversiblemente bloqueado con un agente para eliminar un grupo PO_{4} de dicho cebador reversiblemente bloqueado.
24. Método según la reivindicación 23, en el que dicho agente se selecciona de entre el grupo que consiste de polinucleótido quinasa y fosfatasa alcalina.
25. Método según la reivindicación 1, en el que dicha polimerasa no presenta actividad exonucleasa 3' a 5'.
26. Método según la reivindicación 1, en el que dicho método determina una primera secuencia de ácido nucleico próxima a un extremo de dicha molécula de ácido nucleico y una segunda secuencia de ácido nucleico próxima a un segundo extremo de dicha molécula de ácido nucleico.
27. Método de secuenciación de una molécula de ácido nucleico según la reivindicación 1, que comprende:
(a) hibridar un primer cebador de secuenciación no bloqueado con una primera cadena de la molécula de ácido nucleico,
(b) hibridar un segundo cebador de secuenciación bloqueado con una segunda cadena de la molécula de ácido nucleico,
(c) incorporar por lo menos una base en dicha primera cadena mediante extensión de dicho primer cebador no bloqueado con una polimerasa,
(d) bloquear la elongación adicional de dicho cebador no bloqueado,
(e) desbloquear el segundo cebador de secuenciación, y
(f) incorporar por lo menos una base en dicha segunda cadena mediante extensión de dicho segundo cebador con una polimerasa,
en donde las etapas (a) y (b) se llevan a cabo en cualquier orden o simultáneamente.
\vskip1.000000\baselineskip
28. Método según la reivindicación 27, en el que dicha etapa (d) de bloquear la elongación adicional comprende:
(a) completar la elongación a partir del cebador no bloqueado con polimerasa y dNTPS, o
(b) terminar la elongación con polimerasa en un tampón que contiene manganeso, dNTPs y por lo menos un ddNTP, o
(c) terminar la elongación químicamente.
\vskip1.000000\baselineskip
29. Método según la reivindicación 28, que comprende además la eliminación de dichos polimerasa, dNTPs y ddNTPs después de dicha etapa de bloqueo.
30. Método según la reivindicación 27, en el que dicho segundo cebador se bloquea con un grupo químico seleccionado de entre el grupo que consiste de un grupo PO_{4}, un grupo tio y un grupo fosforotiol.
31. Método según la reivindicación 27, en el que dicho método determina por lo menos una primera secuencia de ácido nucleico próxima a un primer extremo de dicha molécula de ácido nucleico y determina una segunda secuencia de ácido nucleico próxima a un segundo extremo de dicha molécula de ácido nucleico.
32. Método para determinar un haplotipo molecular de una muestra de ADN en múltiples locus, que comprende las etapas de:
(a) hibridar 2 ó más cebadores de secuenciación contiguos a una pluralidad de locus en una muestra de ADN, en la que todos los cebadores excepto uno son cebadores reversiblemente bloqueados y en la que cada locus contiene una secuencia de ácido nucleico que determina un haplotipo,
(b) determinar un haplotipo en un locus mediante elongación de polimerasa a partir de un cebador no bloqueado,
(c) bloquear la elongación adicional de dicho cebador no bloqueado,
(d) desbloquear uno de los cebadores reversiblemente bloqueados, formando un cebador desbloqueado,
(e) repetir las etapas (b) a (d) hasta que la totalidad de los cebadores reversiblemente bloqueados ha sido desbloqueada y utilizada para determinar un haplotipo molecular,
y en el que la secuenciación se lleva a cabo mediante secuenciación pirofosfato.
\vskip1.000000\baselineskip
33. Método según la reivindicación 32, en el que dicha etapa (c) de bloquear la elongación adicional comprende:
(a) completar la elongación a partir del cebador no bloqueado con polimerasa y dNTPs, o
(b) terminar la elongación con polimerasa en un tampón que contiene manganeso, dNTPs y por lo menos un ddNTP, o
(c) terminar la elongación químicamente.
\vskip1.000000\baselineskip
34. Método según la reivindicación 33, que comprende además la etapa de eliminar dichos polimerasa, dNTPs y ddNTPs después de dicha etapa de bloqueo.
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Families Citing this family (1300)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20030027126A1 (en) 1997-03-14 2003-02-06 Walt David R. Methods for detecting target analytes and enzymatic reactions
US7622294B2 (en) * 1997-03-14 2009-11-24 Trustees Of Tufts College Methods for detecting target analytes and enzymatic reactions
ES2283936T3 (es) 1997-07-07 2007-11-01 Medical Research Council Procedimiento de clasificacion in vitro.
GB9900298D0 (en) * 1999-01-07 1999-02-24 Medical Res Council Optical sorting method
CA2290731A1 (en) * 1999-11-26 2001-05-26 D. Jed Harrison Apparatus and method for trapping bead based reagents within microfluidic analysis system
US6432290B1 (en) 1999-11-26 2002-08-13 The Governors Of The University Of Alberta Apparatus and method for trapping bead based reagents within microfluidic analysis systems
US7846733B2 (en) 2000-06-26 2010-12-07 Nugen Technologies, Inc. Methods and compositions for transcription-based nucleic acid amplification
ATE455186T1 (de) * 2000-06-26 2010-01-15 Nugen Technologies Inc Methoden und zusammensetzungen zur auf transkription basierenden vervielfältigung von nukleinsäuren
WO2002048402A2 (en) 2000-12-13 2002-06-20 Nugen Technologies, Inc. Methods and compositions for generation of multiple copies of nucleic acid sequences and methods of detection thereof
KR20030082535A (ko) 2001-03-09 2003-10-22 뉴젠 테크놀로지스 인코포레이티드 Ｒｎａ 서열의 증폭을 위한 방법 및 조성물
EP1401850A1 (en) * 2001-06-20 2004-03-31 Nuevolution A/S Nucleoside derivatives for library preparation
US20050009022A1 (en) * 2001-07-06 2005-01-13 Weiner Michael P. Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter
DE10147074A1 (de) * 2001-09-25 2003-05-08 Beru Ag Verfahren zum Betreiben einer aus mehreren Heizelementen bestehenden mehrstufigen elektrischen Heizung
US20030108664A1 (en) * 2001-10-05 2003-06-12 Kodas Toivo T. Methods and compositions for the formation of recessed electrical features on a substrate
EP2332651A3 (en) * 2001-10-25 2011-08-31 Bar Ilan University Interactive transparent individual cells biochip processor
GB0127564D0 (en) 2001-11-16 2002-01-09 Medical Res Council Emulsion compositions
DE60324778D1 (de) * 2002-03-15 2009-01-02 Nuevolution As Eine verbesserte methode zur synthese von matritzenabhängigen molekülen
US10731151B2 (en) 2002-03-15 2020-08-04 Nuevolution A/S Method for synthesising templated molecules
US20030217923A1 (en) * 2002-05-24 2003-11-27 Harrison D. Jed Apparatus and method for trapping bead based reagents within microfluidic analysis systems
WO2004013070A2 (en) * 2002-08-01 2004-02-12 Nuevolution A/S Multi-step synthesis of templated molecules
US7595883B1 (en) 2002-09-16 2009-09-29 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Biological analysis arrangement and approach therefor
WO2004028682A2 (en) * 2002-09-27 2004-04-08 Carlsberg A/S Spatially encoded polymer matrix
DK3299463T3 (da) 2002-10-30 2020-12-07 Nuevolution As Enzymatisk kodning
ATE450609T1 (de) 2002-12-19 2009-12-15 Nuevolution As Durch quasizufallsstrukturen und funktionen geführte synthesemethode
WO2004061085A2 (en) 2002-12-30 2004-07-22 The Regents Of The University Of California Methods and apparatus for pathogen detection and analysis
CA2513889A1 (en) 2003-01-29 2004-08-19 454 Corporation Double ended sequencing
US7575865B2 (en) * 2003-01-29 2009-08-18 454 Life Sciences Corporation Methods of amplifying and sequencing nucleic acids
US20070026397A1 (en) 2003-02-21 2007-02-01 Nuevolution A/S Method for producing second-generation library
CA2897376A1 (en) 2003-02-26 2004-09-10 Radoje T. Drmanac Modular system and probes for dna analysis
IL154677A0 (en) * 2003-02-27 2003-09-17 Univ Bar Ilan A method and apparatus for manipulating an individual cell
US7041481B2 (en) 2003-03-14 2006-05-09 The Regents Of The University Of California Chemical amplification based on fluid partitioning
US20060078893A1 (en) 2004-10-12 2006-04-13 Medical Research Council Compartmentalised combinatorial chemistry by microfluidic control
GB0307403D0 (en) 2003-03-31 2003-05-07 Medical Res Council Selection by compartmentalised screening
GB0307428D0 (en) 2003-03-31 2003-05-07 Medical Res Council Compartmentalised combinatorial chemistry
JP2006523465A (ja) * 2003-04-14 2006-10-19 ニューゲン テクノロジーズ， インコーポレイテッド ランダムにプライミングされる複合プライマーを用いる大規模増幅
FR2856498B1 (fr) * 2003-06-19 2005-09-30 Goulven Jean Alain Vernois Distribution sous atmosphere controlee
US7888110B2 (en) * 2003-06-26 2011-02-15 Seng Enterprises Ltd. Pico liter well holding device and method of making the same
US9200245B2 (en) 2003-06-26 2015-12-01 Seng Enterprises Ltd. Multiwell plate
US8597597B2 (en) * 2003-06-26 2013-12-03 Seng Enterprises Ltd. Picoliter well holding device and method of making the same
CA2531105C (en) 2003-07-05 2015-03-17 The Johns Hopkins University Method and compositions for detection and enumeration of genetic variations
WO2005026387A1 (en) 2003-09-18 2005-03-24 Nuevolution A/S A method for obtaining structural information concerning an encoded molecule and method for selecting compounds
WO2005028110A2 (en) * 2003-09-19 2005-03-31 Applera Corporation Microplates useful for conducting thermocycled nucleotide amplification
US20060019264A1 (en) * 2003-12-01 2006-01-26 Said Attiya Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter
US7972994B2 (en) 2003-12-17 2011-07-05 Glaxosmithkline Llc Methods for synthesis of encoded libraries
US20110059865A1 (en) 2004-01-07 2011-03-10 Mark Edward Brennan Smith Modified Molecular Arrays
ES2432040T3 (es) 2004-01-28 2013-11-29 454 Life Sciences Corporation Amplificación de ácido nucleico con emulsión de flujo continuo
EP1723255B1 (en) * 2004-02-17 2010-12-29 Nuevolution A/S Method for enrichment involving elimination by mismatch hybridisation
WO2005090607A1 (en) * 2004-03-08 2005-09-29 Rubicon Genomics, Inc. Methods and compositions for generating and amplifying dna libraries for sensitive detection and analysis of dna methylation
US20050221339A1 (en) 2004-03-31 2005-10-06 Medical Research Council Harvard University Compartmentalised screening by microfluidic control
US7622281B2 (en) * 2004-05-20 2009-11-24 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods and compositions for clonal amplification of nucleic acid
US7622296B2 (en) 2004-05-28 2009-11-24 Wafergen, Inc. Apparatus and method for multiplex analysis
US7799553B2 (en) * 2004-06-01 2010-09-21 The Regents Of The University Of California Microfabricated integrated DNA analysis system
US7264934B2 (en) * 2004-06-10 2007-09-04 Ge Healthcare Bio-Sciences Corp. Rapid parallel nucleic acid analysis
US7692219B1 (en) 2004-06-25 2010-04-06 University Of Hawaii Ultrasensitive biosensors
US20080063251A1 (en) * 2004-07-07 2008-03-13 Mordechai Deutsch Method and Device for Identifying an Image of a Well in an Image of a Well-Bearing
WO2006021959A2 (en) * 2004-08-25 2006-03-02 Seng Enterprises Ltd. Method and device for isolating cells
CN102759466A (zh) 2004-09-15 2012-10-31 英特基因有限公司 微流体装置
US7968287B2 (en) * 2004-10-08 2011-06-28 Medical Research Council Harvard University In vitro evolution in microfluidic systems
US20060110764A1 (en) * 2004-10-25 2006-05-25 Tom Tang Large-scale parallelized DNA sequencing
US7785785B2 (en) 2004-11-12 2010-08-31 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Charge perturbation detection system for DNA and other molecules
US7485451B2 (en) * 2004-11-18 2009-02-03 Regents Of The University Of California Storage stable compositions of biological materials
WO2006063355A2 (en) * 2004-12-11 2006-06-15 Cytogenix , Inc. Cell free biosynthesis of high-quality nucleic acid and uses thereof
DE602005023534D1 (de) * 2005-01-25 2010-10-21 Seng Entpr Ltd Mikrofluidische vorrichtung zur untersuchung zellen
EP2272983A1 (en) * 2005-02-01 2011-01-12 AB Advanced Genetic Analysis Corporation Reagents, methods and libraries for bead-based sequencing
JP2006211984A (ja) * 2005-02-04 2006-08-17 Univ Nagoya エマルジョンを利用した核酸増幅方法、及び核酸増幅反応用キット
US8374887B1 (en) 2005-02-11 2013-02-12 Emily H. Alexander System and method for remotely supervising and verifying pharmacy functions
WO2006086846A1 (en) * 2005-02-16 2006-08-24 Genetic Technologies Limited Methods of genetic analysis involving the amplification of complementary duplicons
CA2842402C (en) * 2005-03-10 2016-02-23 Gen-Probe Incorporated Systems and methods to perform assays for detecting or quantifying analytes within samples
US7604940B1 (en) 2005-03-16 2009-10-20 Applied Biosystems, Llc Compositions and methods for analyzing isolated polynucleotides
US20060269934A1 (en) * 2005-03-16 2006-11-30 Applera Corporation Compositions and methods for clonal amplification and analysis of polynucleotides
US20060228721A1 (en) * 2005-04-12 2006-10-12 Leamon John H Methods for determining sequence variants using ultra-deep sequencing
EP1877576B1 (en) * 2005-04-12 2013-01-23 454 Life Sciences Corporation Methods for determining sequence variants using ultra-deep sequencing
ATE474937T1 (de) * 2005-04-29 2010-08-15 Synthetic Genomics Inc Amplifikation und klonierung einzelner dna- moleküle mittels rolling-circle-amplifikation
DK1885882T3 (da) * 2005-05-10 2011-04-11 State Of Oregon Acting By & Through The State Board Of Higher Eduction On Behalf Of The University O Fremgangsmåder til kortlægning af polymorfier og polymorfi-mikroarray
CA2615323A1 (en) * 2005-06-06 2007-12-21 454 Life Sciences Corporation Paired end sequencing
US20090233291A1 (en) * 2005-06-06 2009-09-17 454 Life Sciences Corporation Paired end sequencing
NZ564545A (en) 2005-06-09 2011-03-31 Praecis Pharm Inc Methods for synthesis of encoded libraries
AU2006259565B2 (en) 2005-06-15 2011-01-06 Complete Genomics, Inc. Single molecule arrays for genetic and chemical analysis
CN105039313B (zh) 2005-06-23 2018-10-23 科因股份有限公司 用于多态性的高通量鉴定和检测的策略
DE602006013831D1 (de) * 2005-06-23 2010-06-02 Keygene Nv Verbesserte strategien zur sequenzierung komplexer genome unter verwendung von sequenziertechniken mit hohem durchsatz
US20070031865A1 (en) * 2005-07-07 2007-02-08 David Willoughby Novel Process for Construction of a DNA Library
GB0514935D0 (en) * 2005-07-20 2005-08-24 Solexa Ltd Methods for sequencing a polynucleotide template
GB0514910D0 (en) 2005-07-20 2005-08-24 Solexa Ltd Method for sequencing a polynucleotide template
US11111544B2 (en) 2005-07-29 2021-09-07 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
US9424392B2 (en) 2005-11-26 2016-08-23 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data from target individuals using genetic data from genetically related individuals
US10081839B2 (en) * 2005-07-29 2018-09-25 Natera, Inc System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
US11111543B2 (en) 2005-07-29 2021-09-07 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
US10083273B2 (en) * 2005-07-29 2018-09-25 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
US8227572B2 (en) * 2005-08-19 2012-07-24 Commonwealth Scientific And Industrial Research Organisation Arachnocampa luciferases
US7955864B2 (en) 2005-08-22 2011-06-07 Life Technologies Corporation Device and method for making discrete volumes of a first fluid in contact with a second fluid, which are immiscible with each other
US7939258B2 (en) 2005-09-07 2011-05-10 Nugen Technologies, Inc. Nucleic acid amplification procedure using RNA and DNA composite primers
JP2009508495A (ja) * 2005-09-16 2009-03-05 ４５４ ライフ サイエンシーズ コーポレイション ｃＤＮＡライブラリー調製
CA2910861C (en) 2005-09-29 2018-08-07 Michael Josephus Theresia Van Eijk High throughput screening of mutagenized populations
US10316364B2 (en) 2005-09-29 2019-06-11 Keygene N.V. Method for identifying the source of an amplicon
WO2007133831A2 (en) * 2006-02-24 2007-11-22 Callida Genomics, Inc. High throughput genome sequencing on dna arrays
EP1951900B1 (en) 2005-10-07 2016-06-15 Callida Genomics, Inc. Self-assembled single molecule arrays and uses thereof
US20070141555A1 (en) * 2005-10-11 2007-06-21 Mordechai Deutsch Current damper for the study of cells
EP1948816B1 (en) 2005-10-24 2011-12-07 The Johns Hopkins University Improved methods for beaming
KR100828714B1 (ko) 2005-10-25 2008-05-09 주식회사 엘지화학 리보핵산을 이용한 멀티플렉스 증폭방법
EP1940755A2 (en) 2005-10-28 2008-07-09 Praecis Pharmaceuticals Inc. Methods for identifying compounds of interest using encoded libraries
GB0522310D0 (en) 2005-11-01 2005-12-07 Solexa Ltd Methods of preparing libraries of template polynucleotides
WO2007052245A1 (en) * 2005-11-03 2007-05-10 Seng Enterprises Ltd. Method and device for studying floating, living cells
WO2007056490A2 (en) * 2005-11-08 2007-05-18 Incom, Inc. Fiber optic interrogated microslide, microslide kits and uses thereof
CN101310024B (zh) * 2005-11-14 2012-10-03 科因股份有限公司 高通量筛选转座子标记群体和大量平行的插入位点的序列鉴定方法
GB0524069D0 (en) 2005-11-25 2006-01-04 Solexa Ltd Preparation of templates for solid phase amplification
LT2336315T (lt) 2005-12-01 2017-11-10 Nuevolution A/S Fermentiniai kodavimo būdai, skirti efektyviai didelių bibliotekų sintezei
US20070128610A1 (en) * 2005-12-02 2007-06-07 Buzby Philip R Sample preparation method and apparatus for nucleic acid sequencing
ES2394633T3 (es) * 2005-12-22 2013-02-04 Keygene N.V. Estrategias mejoradas para elaboración de perfiles de transcritos usando tecnologías de secuenciación de alto rendimiento
JP5452021B2 (ja) 2005-12-22 2014-03-26 キージーン ナムローゼ フェンノートシャップ ハイスループットａｆｌｐ系多型検出法
EP2363205A3 (en) * 2006-01-11 2014-06-04 Raindance Technologies, Inc. Microfluidic Devices And Methods Of Use In The Formation And Control Of Nanoreactors
RU2487169C2 (ru) * 2006-01-19 2013-07-10 Зе Рисерч Фаундейшн Оф Стейт Юниверсити Оф Нью Йорк Способы и приборы для обнаружения и идентификации закодированных гранул и биологических молекул
JP4891928B2 (ja) * 2006-01-20 2012-03-07 凸版印刷株式会社 反応容器及びｄｎａの増幅反応方法
US20070172839A1 (en) * 2006-01-24 2007-07-26 Smith Douglas R Asymmetrical adapters and methods of use thereof
US7749365B2 (en) 2006-02-01 2010-07-06 IntegenX, Inc. Optimized sample injection structures in microfluidic separations
WO2008030631A2 (en) 2006-02-03 2008-03-13 Microchip Biotechnologies, Inc. Microfluidic devices
DE102006005287B4 (de) * 2006-02-06 2012-12-27 Siemens Ag Verfahren zum Nachweis von Zielnukleinsäuren
US9012184B2 (en) * 2006-02-08 2015-04-21 Illumina Cambridge Limited End modification to prevent over-representation of fragments
EP1987159B2 (en) 2006-02-08 2020-08-12 Illumina Cambridge Limited Method for sequencing a polynucleotide template
US8364417B2 (en) * 2007-02-15 2013-01-29 454 Life Sciences Corporation System and method to correct out of phase errors in DNA sequencing data by use of a recursive algorithm
EP2002367B1 (en) 2006-02-16 2017-03-29 454 Life Sciences Corporation System and method for correcting primer extension errors in nucleic acid sequence data
US11237171B2 (en) 2006-02-21 2022-02-01 Trustees Of Tufts College Methods and arrays for target analyte detection and determination of target analyte concentration in solution
US8492098B2 (en) * 2006-02-21 2013-07-23 The Trustees Of Tufts College Methods and arrays for target analyte detection and determination of reaction components that affect a reaction
SG170028A1 (en) * 2006-02-24 2011-04-29 Callida Genomics Inc High throughput genome sequencing on dna arrays
US7766033B2 (en) * 2006-03-22 2010-08-03 The Regents Of The University Of California Multiplexed latching valves for microfluidic devices and processors
US20070231823A1 (en) * 2006-03-23 2007-10-04 Mckernan Kevin J Directed enrichment of genomic DNA for high-throughput sequencing
WO2007123744A2 (en) 2006-03-31 2007-11-01 Solexa, Inc. Systems and devices for sequence by synthesis analysis
US20090253581A1 (en) 2006-04-04 2009-10-08 Keygene N.V. High Throughput Detection of Molecular Markers Based on AFLP and High Throughput Sequencing
US7439014B2 (en) 2006-04-18 2008-10-21 Advanced Liquid Logic, Inc. Droplet-based surface modification and washing
US8809068B2 (en) 2006-04-18 2014-08-19 Advanced Liquid Logic, Inc. Manipulation of beads in droplets and methods for manipulating droplets
JP2009538123A (ja) * 2006-04-19 2009-11-05 アプライド バイオシステムズ， エルエルシー ゲル非含有ビーズベースの配列決定のための試薬、方法およびライブラリー
US7702468B2 (en) * 2006-05-03 2010-04-20 Population Diagnostics, Inc. Evaluating genetic disorders
US10522240B2 (en) 2006-05-03 2019-12-31 Population Bio, Inc. Evaluating genetic disorders
US9562837B2 (en) 2006-05-11 2017-02-07 Raindance Technologies, Inc. Systems for handling microfludic droplets
EP2530168B1 (en) 2006-05-11 2015-09-16 Raindance Technologies, Inc. Microfluidic Devices
WO2007136736A2 (en) * 2006-05-19 2007-11-29 Codon Devices, Inc. Methods for nucleic acid sorting and synthesis
WO2007140015A2 (en) * 2006-05-26 2007-12-06 Althea Technologies, Inc Biochemical analysis of partitioned cells
US11001881B2 (en) 2006-08-24 2021-05-11 California Institute Of Technology Methods for detecting analytes
US8569416B2 (en) 2006-06-06 2013-10-29 Dow Corning Corporation Single phase silicone acrylate formulation
KR101432698B1 (ko) * 2006-06-06 2014-08-22 다우 코닝 코포레이션 실리콘 아크릴레이트 하이브리드 조성물
US8614278B2 (en) 2006-06-06 2013-12-24 Dow Corning Corporation Silicone acrylate hybrid composition and method of making same
US20080124707A1 (en) * 2006-06-09 2008-05-29 Agency For Science, Technology And Research Nucleic acid concatenation
EP2548972A1 (en) 2006-06-14 2013-01-23 Verinata Health, Inc Methods for the diagnosis of fetal abnormalities
US20080009007A1 (en) * 2006-06-16 2008-01-10 Pacific Biosciences Of California, Inc. Controlled initiation of primer extension
DE602007009233D1 (de) 2006-07-12 2010-10-28 Keygene Nv Genomische kartierung mit hohem durchsatz unter verwendung von aflp
US8048626B2 (en) 2006-07-28 2011-11-01 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
US11525156B2 (en) 2006-07-28 2022-12-13 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
EP2049682A2 (en) 2006-07-31 2009-04-22 Illumina Cambridge Limited Method of library preparation avoiding the formation of adaptor dimers
EP2077912B1 (en) 2006-08-07 2019-03-27 The President and Fellows of Harvard College Fluorocarbon emulsion stabilizing surfactants
US11560588B2 (en) 2006-08-24 2023-01-24 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
US8053191B2 (en) 2006-08-31 2011-11-08 Westend Asset Clearinghouse Company, Llc Iterative nucleic acid assembly using activation of vector-encoded traits
WO2008039998A2 (en) * 2006-09-28 2008-04-03 President And Fellows Of Harvard College Methods for sequencing dna
US8399188B2 (en) 2006-09-28 2013-03-19 Illumina, Inc. Compositions and methods for nucleotide sequencing
US7754429B2 (en) 2006-10-06 2010-07-13 Illumina Cambridge Limited Method for pair-wise sequencing a plurity of target polynucleotides
WO2008045575A2 (en) * 2006-10-13 2008-04-17 J. Craig Venter Institute, Inc. Sequencing method
US8841116B2 (en) * 2006-10-25 2014-09-23 The Regents Of The University Of California Inline-injection microdevice and microfabricated integrated DNA analysis system using same
WO2008070352A2 (en) 2006-10-27 2008-06-12 Complete Genomics, Inc. Efficient arrays of amplified polynucleotides
US8338109B2 (en) 2006-11-02 2012-12-25 Mayo Foundation For Medical Education And Research Predicting cancer outcome
WO2008055915A2 (en) * 2006-11-06 2008-05-15 Clondiag Gmbh Device and process for assays using binding members
US20090111706A1 (en) 2006-11-09 2009-04-30 Complete Genomics, Inc. Selection of dna adaptor orientation by amplification
EP2518162B1 (en) * 2006-11-15 2018-03-07 Biospherex LLC Multitag sequencing and ecogenomics analysis
US20080242560A1 (en) * 2006-11-21 2008-10-02 Gunderson Kevin L Methods for generating amplified nucleic acid arrays
US7902345B2 (en) 2006-12-05 2011-03-08 Sequenom, Inc. Detection and quantification of biomolecules using mass spectrometry
US8349167B2 (en) * 2006-12-14 2013-01-08 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for detecting molecular interactions using FET arrays
US11339430B2 (en) 2007-07-10 2022-05-24 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays
EP2639578B1 (en) 2006-12-14 2016-09-14 Life Technologies Corporation Apparatus for measuring analytes using large scale fet arrays
WO2008076842A2 (en) * 2006-12-14 2008-06-26 Applied Biosystems Inc. Sequencing methods
US8262900B2 (en) 2006-12-14 2012-09-11 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays
US7932034B2 (en) 2006-12-20 2011-04-26 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Heat and pH measurement for sequencing of DNA
WO2008093098A2 (en) 2007-02-02 2008-08-07 Illumina Cambridge Limited Methods for indexing samples and sequencing multiple nucleotide templates
KR20100028526A (ko) 2007-02-05 2010-03-12 마이크로칩 바이오테크놀로지스, 인크. 마이크로유체 및 나노유체 장치, 시스템 및 응용
US8772046B2 (en) 2007-02-06 2014-07-08 Brandeis University Manipulation of fluids and reactions in microfluidic systems
US9152150B1 (en) 2007-02-22 2015-10-06 Applied Biosystems, Llc Compositions, systems, and methods for immiscible fluid discrete volume manipulation
US9029085B2 (en) 2007-03-07 2015-05-12 President And Fellows Of Harvard College Assays and other reactions involving droplets
WO2008115427A2 (en) 2007-03-16 2008-09-25 454 Life Sciences Corporation System and method for detection of hiv drug resistant variants
US20100151465A1 (en) 2008-03-27 2010-06-17 Jingyue Ju Selective Capture and Release of Analytes
US20080243865A1 (en) * 2007-03-28 2008-10-02 Oracle International Corporation Maintaining global state of distributed transaction managed by an external transaction manager for clustered database systems
US20080239867A1 (en) * 2007-03-28 2008-10-02 Gilbert Donna J Adjustable stir
JP2008245612A (ja) * 2007-03-30 2008-10-16 Hitachi Ltd 試料調製法および装置
WO2008130623A1 (en) 2007-04-19 2008-10-30 Brandeis University Manipulation of fluids, fluid components and reactions in microfluidic systems
WO2008150432A1 (en) * 2007-06-01 2008-12-11 454 Life Sciences Corporation System and meth0d for identification of individual samples from a multiplex mixture
US7883265B2 (en) * 2007-06-01 2011-02-08 Applied Biosystems, Llc Devices, systems, and methods for preparing emulsions
US20090053724A1 (en) * 2007-06-28 2009-02-26 454 Life Sciences Corporation System and method for adaptive reagent control in nucleic acid sequencing
EP2171097A2 (en) * 2007-06-29 2010-04-07 Population Genetics Technologies LTD. Methods and compositions for isolating nucleic acid sequence variants
US8454906B2 (en) * 2007-07-24 2013-06-04 The Regents Of The University Of California Microfabricated droplet generator for single molecule/cell genetic analysis in engineered monodispersed emulsions
WO2009012984A1 (en) * 2007-07-26 2009-01-29 Roche Diagnostics Gmbh Target preparation for parallel sequencing of complex genomes
JP5020734B2 (ja) * 2007-07-31 2012-09-05 株式会社日立ハイテクノロジーズ 核酸解析方法及び装置
US20090093378A1 (en) * 2007-08-29 2009-04-09 Helen Bignell Method for sequencing a polynucleotide template
WO2009029728A1 (en) 2007-08-29 2009-03-05 Applied Biosystems Inc. Alternative nucleic acid sequencing methods
US9404150B2 (en) 2007-08-29 2016-08-02 Sequenom, Inc. Methods and compositions for universal size-specific PCR
US20110195852A1 (en) * 2007-08-30 2011-08-11 Trustees Of Tufts College Methods for determining the concentration of an analyte in solution
CN101795744A (zh) * 2007-09-11 2010-08-04 阿尔利克斯公司 用于分选物体的结合方法和仪器
US20090109416A1 (en) * 2007-09-13 2009-04-30 Applied Precision, Inc. Dispersing immersion liquid for high resolution imaging and lithography
WO2009035621A1 (en) * 2007-09-13 2009-03-19 Arryx, Inc. Methods and apparatuses for sorting objects in forensic dna analysis and medical diagnostics
US9388457B2 (en) 2007-09-14 2016-07-12 Affymetrix, Inc. Locus specific amplification using array probes
US8716190B2 (en) 2007-09-14 2014-05-06 Affymetrix, Inc. Amplification and analysis of selected targets on solid supports
EP2188386A2 (en) * 2007-09-17 2010-05-26 Universite De Strasbourg Method for detecting or quantifying a truncating mutation
US20090118129A1 (en) * 2007-09-28 2009-05-07 Pacific Biosciences Of California, Inc. Virtual reads for readlength enhancement
WO2009046149A1 (en) * 2007-10-01 2009-04-09 Applied Biosystems Inc. Chase ligation sequencing
US20100086914A1 (en) * 2008-10-03 2010-04-08 Roche Molecular Systems, Inc. High resolution, high throughput hla genotyping by clonal sequencing
EP2053132A1 (en) 2007-10-23 2009-04-29 Roche Diagnostics GmbH Enrichment and sequence analysis of geomic regions
US20110015084A1 (en) * 2007-10-25 2011-01-20 Monsanto Technology Llc Methods for Identifying Genetic Linkage
US9145540B1 (en) 2007-11-15 2015-09-29 Seng Enterprises Ltd. Device for the study of living cells
US9975118B2 (en) * 2007-11-15 2018-05-22 Seng Enterprises Ltd. Device for the study of living cells
US8592150B2 (en) 2007-12-05 2013-11-26 Complete Genomics, Inc. Methods and compositions for long fragment read sequencing
EP2235210B1 (en) 2007-12-21 2015-03-25 President and Fellows of Harvard College Methods for nucleic acid sequencing
US8189186B2 (en) * 2007-12-27 2012-05-29 Lawrence Livermore National Security, Llc. Signal enhancement using a switchable magnetic trap
US20090181390A1 (en) * 2008-01-11 2009-07-16 Signosis, Inc. A California Corporation High throughput detection of micrornas and use for disease diagnosis
WO2009091934A1 (en) 2008-01-17 2009-07-23 Sequenom, Inc. Single molecule nucleic acid sequence analysis processes and compositions
WO2009108260A2 (en) * 2008-01-22 2009-09-03 Microchip Biotechnologies, Inc. Universal sample preparation system and use in an integrated analysis system
US7767400B2 (en) * 2008-02-03 2010-08-03 Helicos Biosciences Corporation Paired-end reads in sequencing by synthesis
US20090203086A1 (en) * 2008-02-06 2009-08-13 454 Life Sciences Corporation System and method for improved signal detection in nucleic acid sequencing
WO2009102896A2 (en) * 2008-02-12 2009-08-20 Nugen Technologies, Inc. Isothermal nucleic acid amplification methods and compositions
US8034568B2 (en) * 2008-02-12 2011-10-11 Nugen Technologies, Inc. Isothermal nucleic acid amplification methods and compositions
US12060554B2 (en) 2008-03-10 2024-08-13 Illumina, Inc. Method for selecting and amplifying polynucleotides
WO2009114543A2 (en) * 2008-03-11 2009-09-17 Sequenom, Inc. Nucleic acid-based tests for prenatal gender determination
CA2718905A1 (en) 2008-03-17 2009-09-24 Expressive Research B.V. Expression-linked gene discovery
US10745740B2 (en) 2008-03-19 2020-08-18 Qiagen Sciences, Llc Sample preparation
GB2470672B (en) 2008-03-21 2012-09-12 Nugen Technologies Inc Methods of RNA amplification in the presence of DNA
EP3269824A1 (en) * 2008-03-28 2018-01-17 Pacific Biosciences Of California, Inc. Compositions and methods for nucleic acid sequencing
EP2260130B1 (en) * 2008-04-04 2013-10-23 Allopartis Biotechnologies, Inc. Method of enhancing enzyme activity
JP5227062B2 (ja) 2008-04-08 2013-07-03 株式会社日立製作所 Ｄｎａ分析装置
TWI460602B (zh) * 2008-05-16 2014-11-11 Counsyl Inc 廣用的懷孕前篩檢裝置
CA2725978A1 (en) 2008-05-28 2009-12-03 Genomedx Biosciences, Inc. Systems and methods for expression-based discrimination of distinct clinical disease states in prostate cancer
US10407731B2 (en) 2008-05-30 2019-09-10 Mayo Foundation For Medical Education And Research Biomarker panels for predicting prostate cancer outcomes
CN102203282B (zh) 2008-06-25 2014-04-30 生命技术公司 使用大规模fet阵列测量分析物的方法和装置
US7888034B2 (en) 2008-07-01 2011-02-15 454 Life Sciences Corporation System and method for detection of HIV tropism variants
WO2010003132A1 (en) 2008-07-02 2010-01-07 Illumina Cambridge Ltd. Using populations of beads for the fabrication of arrays on surfaces
WO2010009426A2 (en) * 2008-07-17 2010-01-21 Life Technologies Corporation Devices and methods for reagent delivery
US12038438B2 (en) 2008-07-18 2024-07-16 Bio-Rad Laboratories, Inc. Enzyme quantification
EP2853601B1 (en) 2008-07-18 2016-09-21 TrovaGene, Inc. Methods for PCR-based detection of "ultra short" nucleic acid sequences
WO2010009365A1 (en) 2008-07-18 2010-01-21 Raindance Technologies, Inc. Droplet libraries
US20100035252A1 (en) * 2008-08-08 2010-02-11 Ion Torrent Systems Incorporated Methods for sequencing individual nucleic acids under tension
US8808986B2 (en) 2008-08-27 2014-08-19 Gen9, Inc. Methods and devices for high fidelity polynucleotide synthesis
US8583380B2 (en) 2008-09-05 2013-11-12 Aueon, Inc. Methods for stratifying and annotating cancer drug treatment options
WO2010027497A2 (en) 2008-09-05 2010-03-11 Pacific Biosciences Of California, Inc Preparations, compositions, and methods for nucleic acid sequencing
US8476013B2 (en) 2008-09-16 2013-07-02 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based acid enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses
US8962247B2 (en) 2008-09-16 2015-02-24 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non invasive prenatal diagnoses
US20110218123A1 (en) 2008-09-19 2011-09-08 President And Fellows Of Harvard College Creation of libraries of droplets and related species
US10512910B2 (en) 2008-09-23 2019-12-24 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet-based analysis method
WO2010039189A2 (en) * 2008-09-23 2010-04-08 Helicos Biosciences Corporation Methods for sequencing degraded or modified nucleic acids
CA2738578C (en) 2008-09-23 2021-05-04 Quantalife, Inc. Droplet-based assay system
US20100075862A1 (en) * 2008-09-23 2010-03-25 Quanterix Corporation High sensitivity determination of the concentration of analyte molecules or particles in a fluid sample
US9156010B2 (en) 2008-09-23 2015-10-13 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet-based assay system
US8222047B2 (en) * 2008-09-23 2012-07-17 Quanterix Corporation Ultra-sensitive detection of molecules on single molecule arrays
US8633015B2 (en) 2008-09-23 2014-01-21 Bio-Rad Laboratories, Inc. Flow-based thermocycling system with thermoelectric cooler
US20100075439A1 (en) * 2008-09-23 2010-03-25 Quanterix Corporation Ultra-sensitive detection of molecules by capture-and-release using reducing agents followed by quantification
US8709762B2 (en) 2010-03-02 2014-04-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for hot-start amplification via a multiple emulsion
US9764322B2 (en) 2008-09-23 2017-09-19 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for generating droplets with pressure monitoring
US9492797B2 (en) 2008-09-23 2016-11-15 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for detection of spaced droplets
US9417190B2 (en) 2008-09-23 2016-08-16 Bio-Rad Laboratories, Inc. Calibrations and controls for droplet-based assays
US9132394B2 (en) 2008-09-23 2015-09-15 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for detection of spaced droplets
US11130128B2 (en) 2008-09-23 2021-09-28 Bio-Rad Laboratories, Inc. Detection method for a target nucleic acid
US12090480B2 (en) 2008-09-23 2024-09-17 Bio-Rad Laboratories, Inc. Partition-based method of analysis
US8951939B2 (en) 2011-07-12 2015-02-10 Bio-Rad Laboratories, Inc. Digital assays with multiplexed detection of two or more targets in the same optical channel
US12162008B2 (en) 2008-09-23 2024-12-10 Bio-Rad Laboratories, Inc. Partition-based method of analysis
US9598725B2 (en) 2010-03-02 2017-03-21 Bio-Rad Laboratories, Inc. Emulsion chemistry for encapsulated droplets
US20100261189A1 (en) * 2008-10-03 2010-10-14 Roche Molecular Systems, Inc. System and method for detection of HLA Variants
US20100087325A1 (en) * 2008-10-07 2010-04-08 Illumina, Inc. Biological sample temperature control system and method
US20100301398A1 (en) 2009-05-29 2010-12-02 Ion Torrent Systems Incorporated Methods and apparatus for measuring analytes
US8541207B2 (en) 2008-10-22 2013-09-24 Illumina, Inc. Preservation of information related to genomic DNA methylation
US20100137143A1 (en) 2008-10-22 2010-06-03 Ion Torrent Systems Incorporated Methods and apparatus for measuring analytes
US9080211B2 (en) 2008-10-24 2015-07-14 Epicentre Technologies Corporation Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids
ES2743029T3 (es) 2008-10-24 2020-02-18 Epicentre Tech Corporation Composiciones de extremo del transposón y métodos para modificar ácidos nucleicos
TWI417389B (zh) * 2008-10-27 2013-12-01 Qiagen Gaithersburg Inc 於自動平台上之快速結果雜交捕捉法
WO2010062775A2 (en) 2008-11-03 2010-06-03 The Regents Of The University Of California Methods for detecting modification resistant nucleic acids
JP2010110262A (ja) * 2008-11-06 2010-05-20 Hitachi Maxell Ltd ウェルプレートを用いた核酸増幅法
US8628927B2 (en) 2008-11-07 2014-01-14 Sequenta, Inc. Monitoring health and disease status using clonotype profiles
US8748103B2 (en) 2008-11-07 2014-06-10 Sequenta, Inc. Monitoring health and disease status using clonotype profiles
US9506119B2 (en) 2008-11-07 2016-11-29 Adaptive Biotechnologies Corp. Method of sequence determination using sequence tags
US8691510B2 (en) 2008-11-07 2014-04-08 Sequenta, Inc. Sequence analysis of complex amplicons
EP2364368B1 (en) 2008-11-07 2014-01-15 Sequenta, Inc. Methods of monitoring conditions by sequence analysis
US9365901B2 (en) 2008-11-07 2016-06-14 Adaptive Biotechnologies Corp. Monitoring immunoglobulin heavy chain evolution in B-cell acute lymphoblastic leukemia
US9528160B2 (en) 2008-11-07 2016-12-27 Adaptive Biotechnolgies Corp. Rare clonotypes and uses thereof
US9394567B2 (en) 2008-11-07 2016-07-19 Adaptive Biotechnologies Corporation Detection and quantification of sample contamination in immune repertoire analysis
US9495515B1 (en) 2009-12-09 2016-11-15 Veracyte, Inc. Algorithms for disease diagnostics
GB2512153B (en) * 2008-11-17 2014-11-12 Veracyte Inc Methods and compositions of molecular profiling for disease diagnostics
US10236078B2 (en) 2008-11-17 2019-03-19 Veracyte, Inc. Methods for processing or analyzing a sample of thyroid tissue
CA2745853A1 (en) 2008-12-05 2010-06-10 Keygene N.V. Farnesene synthase
EP3587594B1 (en) 2008-12-19 2022-04-13 President and Fellows of Harvard College Particle-assisted nucleic acid sequencing
EP2607496B1 (en) 2008-12-23 2014-07-16 Illumina, Inc. Methods useful in nucleic acid sequencing protocols
EP2384429A1 (en) 2008-12-31 2011-11-09 Integenx Inc. Instrument with microfluidic chip
ES2403312T3 (es) 2009-01-13 2013-05-17 Keygene N.V. Nuevas estrategias para la secuenciación del genoma
US20100179074A1 (en) * 2009-01-15 2010-07-15 Honeywell International Inc. Methods and apparatus for fluid delivery and removal of micron scale structures
DK3059337T3 (da) 2009-01-15 2019-07-22 Adaptive Biotechnologies Corp Adaptive immunity profiling og metoder til frembringelse af monoklonale antibodier
ES2560209T3 (es) * 2009-01-20 2016-02-17 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Expresión genética en células individuales para el diagnóstico, pronóstico e identificación de dianas farmacológicas
US20100331204A1 (en) 2009-02-13 2010-12-30 Jeff Jeddeloh Methods and systems for enrichment of target genomic sequences
JP5457222B2 (ja) 2009-02-25 2014-04-02 エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲー 小型化ハイスループット核酸分析
US9347092B2 (en) 2009-02-25 2016-05-24 Roche Molecular System, Inc. Solid support for high-throughput nucleic acid analysis
US9074258B2 (en) 2009-03-04 2015-07-07 Genomedx Biosciences Inc. Compositions and methods for classifying thyroid nodule disease
JP5909095B2 (ja) 2009-03-13 2016-04-26 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ マイクロ流体デバイスのスケールアップ
US20100279295A1 (en) * 2009-03-18 2010-11-04 Sequenom, Inc. Use of thermostable endonucleases for generating reporter molecules
GB0904934D0 (en) 2009-03-23 2009-05-06 Geneseqe As Method and apparatus for detecting molecules
GB0904957D0 (en) 2009-03-23 2009-05-06 Univ Erasmus Medical Ct Tumour gene profile
US8528589B2 (en) 2009-03-23 2013-09-10 Raindance Technologies, Inc. Manipulation of microfluidic droplets
CN104404134B (zh) 2009-04-03 2017-05-10 莱弗斯基因股份有限公司 多重核酸检测方法和系统
WO2010117461A2 (en) * 2009-04-08 2010-10-14 Applied Biosystems, Llc System and method for preparing and using bulk emulsion
US9090663B2 (en) * 2009-04-21 2015-07-28 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Systems and methods for the capture and separation of microparticles
EP2425240A4 (en) 2009-04-30 2012-12-12 Good Start Genetics Inc METHOD AND COMPOSITION FOR EVALUATING GENETIC MARKERS
US12129514B2 (en) 2009-04-30 2024-10-29 Molecular Loop Biosolutions, Llc Methods and compositions for evaluating genetic markers
EP2248914A1 (en) 2009-05-05 2010-11-10 Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. The use of class IIB restriction endonucleases in 2nd generation sequencing applications
US8669057B2 (en) 2009-05-07 2014-03-11 Veracyte, Inc. Methods and compositions for diagnosis of thyroid conditions
US8003329B2 (en) * 2009-05-12 2011-08-23 Becton Dickinson & Company Molecular counting by color-coded micelles
US20120261274A1 (en) 2009-05-29 2012-10-18 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes
US8673627B2 (en) 2009-05-29 2014-03-18 Life Technologies Corporation Apparatus and methods for performing electrochemical reactions
US8574835B2 (en) 2009-05-29 2013-11-05 Life Technologies Corporation Scaffolded nucleic acid polymer particles and methods of making and using
EP3663750B1 (en) 2009-05-29 2021-11-03 Life Technologies Corporation Scaffolded nucleic acid polymer particles and methods of making and using
US8776573B2 (en) 2009-05-29 2014-07-15 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes
EP2438154A1 (en) 2009-06-02 2012-04-11 Integenx Inc. Fluidic devices with diaphragm valves
AU2010256429B2 (en) 2009-06-05 2015-09-17 Integenx Inc. Universal sample preparation system and use in an integrated analysis system
US9524369B2 (en) 2009-06-15 2016-12-20 Complete Genomics, Inc. Processing and analysis of complex nucleic acid sequence data
RU2014144463A (ru) 2009-06-25 2015-06-20 Фред Хатчинсон Кансэр Рисёч Сентер Способ измерения адаптивного иммунитета
JP2012531907A (ja) * 2009-07-02 2012-12-13 ザイジェム コーポレイション リミテッド 単一の反応槽において組合せられた、核酸ブロッキング、抽出、及び検出
JP5099455B2 (ja) * 2009-07-16 2012-12-19 独立行政法人科学技術振興機構 エマルジョンを用いたｒｎａの選択的増幅法
US10036063B2 (en) 2009-07-24 2018-07-31 Illumina, Inc. Method for sequencing a polynucleotide template
NZ598226A (en) * 2009-07-29 2013-09-27 Pyrobett Pte Ltd Method and apparatus for conducting an assay
WO2011014811A1 (en) 2009-07-31 2011-02-03 Ibis Biosciences, Inc. Capture primers and capture sequence linked solid supports for molecular diagnostic tests
ES2595055T3 (es) 2009-08-25 2016-12-27 Illumina, Inc. Métodos para seleccionar y amplificar polinucleótidos
CA2767056C (en) 2009-09-02 2018-12-04 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for mixing fluids by coalescence of multiple emulsions
WO2011028764A2 (en) 2009-09-02 2011-03-10 President And Fellows Of Harvard College Multiple emulsions created using jetting and other techniques
US10072287B2 (en) 2009-09-10 2018-09-11 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods of targeted sequencing
US10174368B2 (en) 2009-09-10 2019-01-08 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods and systems for sequencing long nucleic acids
EP2480883B1 (en) 2009-09-23 2020-04-01 Celmatix, Inc. Methods for assessing infertility and/or egg quality
EP2473638B1 (en) 2009-09-30 2017-08-09 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US8609339B2 (en) * 2009-10-09 2013-12-17 454 Life Sciences Corporation System and method for emulsion breaking and recovery of biological elements
US10520500B2 (en) 2009-10-09 2019-12-31 Abdeslam El Harrak Labelled silica-based nanomaterial with enhanced properties and uses thereof
EP3842150A1 (en) 2009-10-27 2021-06-30 President and Fellows of Harvard College Droplet creation techniques
US8524450B2 (en) 2009-10-30 2013-09-03 Illumina, Inc. Microvessels, microparticles, and methods of manufacturing and using the same
WO2011050981A2 (en) * 2009-10-30 2011-05-05 Roche Diagnostics Gmbh Method for detecting balanced chromosomal aberrations in a genome
US10207240B2 (en) 2009-11-03 2019-02-19 Gen9, Inc. Methods and microfluidic devices for the manipulation of droplets in high fidelity polynucleotide assembly
HUE052213T2 (hu) 2009-11-06 2021-04-28 Univ Leland Stanford Junior Grafitkilökõdés nem invazív diagnosztizálása szervátültetett betegekben
CN104611423B (zh) 2009-11-16 2018-03-20 基因特力株式会社 基因分型的方法
EP2504448B1 (en) * 2009-11-25 2016-10-19 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for detecting genetic material
WO2011066186A1 (en) 2009-11-25 2011-06-03 Gen9, Inc. Methods and apparatuses for chip-based dna error reduction
US9216414B2 (en) 2009-11-25 2015-12-22 Gen9, Inc. Microfluidic devices and methods for gene synthesis
US8584703B2 (en) * 2009-12-01 2013-11-19 Integenx Inc. Device with diaphragm valve
US10446272B2 (en) 2009-12-09 2019-10-15 Veracyte, Inc. Methods and compositions for classification of samples
WO2011071382A1 (en) 2009-12-10 2011-06-16 Keygene N.V. Polymorfphic whole genome profiling
US8932812B2 (en) 2009-12-17 2015-01-13 Keygene N.V. Restriction enzyme based whole genome sequencing
US20130004951A1 (en) 2009-12-18 2013-01-03 Keygene N.V. Bulked mutant analysis
DK2516680T3 (en) 2009-12-22 2016-05-02 Sequenom Inc Method and kits to identify aneuploidy
EP2517025B1 (en) 2009-12-23 2019-11-27 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods for reducing the exchange of molecules between droplets
US9217144B2 (en) 2010-01-07 2015-12-22 Gen9, Inc. Assembly of high fidelity polynucleotides
US20120100548A1 (en) 2010-10-26 2012-04-26 Verinata Health, Inc. Method for determining copy number variations
AU2010343277B2 (en) 2010-01-19 2015-05-28 Verinata Health, Inc. Method for determining copy number variations
WO2011093939A1 (en) 2010-02-01 2011-08-04 Illumina, Inc. Focusing methods and optical systems and assemblies using the same
US20110195457A1 (en) * 2010-02-09 2011-08-11 General Electric Company Isothermal amplification of nucleic acid using primers comprising a randomized sequence and specific primers and uses thereof
US9366632B2 (en) 2010-02-12 2016-06-14 Raindance Technologies, Inc. Digital analyte analysis
US10351905B2 (en) 2010-02-12 2019-07-16 Bio-Rad Laboratories, Inc. Digital analyte analysis
JP5934657B2 (ja) 2010-02-12 2016-06-15 レインダンス テクノロジーズ， インコーポレイテッド デジタル検体分析
US9399797B2 (en) 2010-02-12 2016-07-26 Raindance Technologies, Inc. Digital analyte analysis
US8575124B2 (en) 2010-02-18 2013-11-05 Anthony P. Shuber Compositions and methods for treating cancer
DK2539450T3 (da) * 2010-02-25 2016-05-30 Advanced Liquid Logic Inc Fremgangsmåde til fremstilling af nukleinsyrebiblioteker
AU2011220536B2 (en) 2010-02-26 2012-05-24 Life Technologies Corporation Modified proteins and methods of making and using same
US8236574B2 (en) 2010-03-01 2012-08-07 Quanterix Corporation Ultra-sensitive detection of molecules or particles using beads or other capture objects
US9678068B2 (en) * 2010-03-01 2017-06-13 Quanterix Corporation Ultra-sensitive detection of molecules using dual detection methods
WO2011109379A1 (en) 2010-03-01 2011-09-09 Quanterix Corporation Methods and systems for extending dynamic range in assays for the detection of molecules or particles
US8415171B2 (en) * 2010-03-01 2013-04-09 Quanterix Corporation Methods and systems for extending dynamic range in assays for the detection of molecules or particles
US8716467B2 (en) * 2010-03-03 2014-05-06 Gen9, Inc. Methods and devices for nucleic acid synthesis
DE202011003570U1 (de) 2010-03-06 2012-01-30 Illumina, Inc. Systeme und Vorrichtungen zum Detektieren optischer Signale aus einer Probe
WO2011116120A2 (en) * 2010-03-16 2011-09-22 Life Technologies Corporation Method and apparatus for addressable flow cells in single molecule sequencing
CA2767113A1 (en) 2010-03-25 2011-09-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. Detection system for droplet-based assays
EP2556170A4 (en) 2010-03-25 2014-01-01 Quantalife Inc TRAPPING TRANSPORT AND DETECTION SYSTEM
CA2767182C (en) 2010-03-25 2020-03-24 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet generation for droplet-based assays
US8951940B2 (en) 2010-04-01 2015-02-10 Illumina, Inc. Solid-phase clonal amplification and related methods
US20190300945A1 (en) 2010-04-05 2019-10-03 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially Encoded Biological Assays
AU2011237729B2 (en) 2010-04-05 2014-04-03 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
US10787701B2 (en) 2010-04-05 2020-09-29 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
CA2832672A1 (en) 2010-04-16 2011-10-20 Nuevolution A/S Bi-functional complexes and methods for making and using such complexes
WO2011133695A2 (en) * 2010-04-20 2011-10-27 Swift Biosciences, Inc. Materials and methods for nucleic acid fractionation by solid phase entrapment and enzyme-mediated detachment
CA2793970A1 (en) 2010-04-30 2011-11-03 F. Hoffmann-La Roche Ag System and method for purification and use of inorganic pyrophosphatase from aquifex aeolicus
US9930297B2 (en) 2010-04-30 2018-03-27 Becton, Dickinson And Company System and method for acquiring images of medication preparations
EP2388337B1 (en) 2010-04-30 2014-07-02 Nxp B.V. Sensing device and manufacturing method thereof
WO2011139372A1 (en) 2010-05-06 2011-11-10 Sequenta, Inc. Sequence analysis of complex amplicons
SG10201503540QA (en) * 2010-05-06 2015-06-29 Ibis Biosciences Inc Integrated sample preparation systems and stabilized enzyme mixtures
WO2011140433A2 (en) 2010-05-07 2011-11-10 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Measurement and comparison of immune diversity by high-throughput sequencing
US8530158B2 (en) 2010-05-10 2013-09-10 Life Technologies Corporation System and method for processing a biological sample
CN103038635B (zh) 2010-05-11 2016-12-28 威拉赛特公司 用于诊断病状的方法和组合物
US10316362B2 (en) 2010-05-18 2019-06-11 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US12545960B2 (en) 2010-05-18 2026-02-10 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US12221653B2 (en) 2010-05-18 2025-02-11 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US11322224B2 (en) 2010-05-18 2022-05-03 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US20190010543A1 (en) 2010-05-18 2019-01-10 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US12152275B2 (en) 2010-05-18 2024-11-26 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US11332793B2 (en) 2010-05-18 2022-05-17 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US11339429B2 (en) 2010-05-18 2022-05-24 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US9677118B2 (en) 2014-04-21 2017-06-13 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US11408031B2 (en) 2010-05-18 2022-08-09 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal paternity testing
US11326208B2 (en) 2010-05-18 2022-05-10 Natera, Inc. Methods for nested PCR amplification of cell-free DNA
US11939634B2 (en) 2010-05-18 2024-03-26 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US11332785B2 (en) 2010-05-18 2022-05-17 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US8825412B2 (en) 2010-05-18 2014-09-02 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US20110287432A1 (en) 2010-05-21 2011-11-24 454 Life Science Corporation System and method for tailoring nucleotide concentration to enzymatic efficiencies in dna sequencing technologies
US8512538B2 (en) 2010-05-28 2013-08-20 Integenx Inc. Capillary electrophoresis device
EP2952590B1 (en) 2010-06-11 2017-07-26 Life Technologies Corporation Alternative nucleotide flows in sequencing-by-synthesis methods
US9353412B2 (en) 2010-06-18 2016-05-31 Illumina, Inc. Conformational probes and methods for sequencing nucleic acids
EP2598804B1 (en) 2010-06-30 2021-10-20 Life Technologies Corporation Method to generate an output signal in an isfet-array
TW201716791A (zh) 2010-06-30 2017-05-16 生命技術公司 用於測試離子感測場效電晶體（ｉｓｆｅｔ）陣列之裝置及方法
WO2012000445A1 (zh) * 2010-06-30 2012-01-05 深圳华大基因科技有限公司 新的的pcr测序方法及其在hla基因分型中的应用
WO2012003363A1 (en) 2010-06-30 2012-01-05 Life Technologies Corporation Ion-sensing charge-accumulation circuits and methods
US11307166B2 (en) 2010-07-01 2022-04-19 Life Technologies Corporation Column ADC
TWI527245B (zh) 2010-07-03 2016-03-21 生命技術公司 具有微摻雜汲極之化學感測器
US9650629B2 (en) * 2010-07-07 2017-05-16 Roche Molecular Systems, Inc. Clonal pre-amplification in emulsion
WO2012008831A1 (en) 2010-07-13 2012-01-19 Keygene N.V. Simplified de novo physical map generation from clone libraries
EP2595754B1 (en) 2010-07-22 2018-04-04 Gencell Biosystems Limited Composite liquid cells
CN103392182B (zh) 2010-08-02 2017-07-04 众有生物有限公司 用于发现遗传疾病中致病突变的系统和方法
US20120034603A1 (en) * 2010-08-06 2012-02-09 Tandem Diagnostics, Inc. Ligation-based detection of genetic variants
US20130040375A1 (en) 2011-08-08 2013-02-14 Tandem Diagnotics, Inc. Assay systems for genetic analysis
US10167508B2 (en) 2010-08-06 2019-01-01 Ariosa Diagnostics, Inc. Detection of genetic abnormalities
US8700338B2 (en) 2011-01-25 2014-04-15 Ariosa Diagnosis, Inc. Risk calculation for evaluation of fetal aneuploidy
US11031095B2 (en) 2010-08-06 2021-06-08 Ariosa Diagnostics, Inc. Assay systems for determination of fetal copy number variation
US20140342940A1 (en) 2011-01-25 2014-11-20 Ariosa Diagnostics, Inc. Detection of Target Nucleic Acids using Hybridization
US11203786B2 (en) 2010-08-06 2021-12-21 Ariosa Diagnostics, Inc. Detection of target nucleic acids using hybridization
US20130261003A1 (en) 2010-08-06 2013-10-03 Ariosa Diagnostics, In. Ligation-based detection of genetic variants
US10533223B2 (en) 2010-08-06 2020-01-14 Ariosa Diagnostics, Inc. Detection of target nucleic acids using hybridization
EP2606154B1 (en) 2010-08-20 2019-09-25 Integenx Inc. Integrated analysis system
EP2606242B1 (en) 2010-08-20 2026-04-01 Integenx Inc. Microfluidic devices with mechanically-sealed diaphragm valves
JP5917519B2 (ja) 2010-09-10 2016-05-18 バイオ−ラッド ラボラトリーズ インコーポレーティッド クロマチン分析のためのｄｎａのサイズ選択
EP2617061B1 (en) 2010-09-15 2021-06-30 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes
EP2619564B1 (en) 2010-09-24 2016-03-16 Life Technologies Corporation Matched pair transistor circuits
RU2565550C2 (ru) 2010-09-24 2015-10-20 Те Борд Оф Трастиз Оф Те Лилэнд Стэнфорд Джуниор Юниверсити Прямой захват, амплификация и секвенирование днк-мишени с использованием иммобилизированных праймеров
US8759038B2 (en) 2010-09-29 2014-06-24 Illumina Cambridge Limited Compositions and methods for sequencing nucleic acids
US20120077716A1 (en) 2010-09-29 2012-03-29 454 Life Sciences Corporation System and method for producing functionally distinct nucleic acid library ends through use of deoxyinosine
GB201016484D0 (en) 2010-09-30 2010-11-17 Geneseque As Method
WO2012045012A2 (en) 2010-09-30 2012-04-05 Raindance Technologies, Inc. Sandwich assays in droplets
NZ610129A (en) 2010-10-04 2014-08-29 Genapsys Inc Systems and methods for automated reusable parallel biological reactions
US9399217B2 (en) 2010-10-04 2016-07-26 Genapsys, Inc. Chamber free nanoreactor system
US9184099B2 (en) 2010-10-04 2015-11-10 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Biosensor devices, systems and methods therefor
US20120322665A1 (en) 2010-10-08 2012-12-20 454 Life Sciences Corporation System and method for detection of hiv-1 clades and recombinants of the reverse transcriptase and protease regions
EP2625320B1 (en) 2010-10-08 2019-03-27 President and Fellows of Harvard College High-throughput single cell barcoding
WO2012051327A2 (en) * 2010-10-12 2012-04-19 Cornell University Method of dual-adapter recombination for efficient concatenation of multiple dna fragments in shuffled or specified arrangements
US20150225792A1 (en) 2014-01-17 2015-08-13 Northwestern University Compositions and methods for identifying depressive disorders
US10233501B2 (en) 2010-10-19 2019-03-19 Northwestern University Biomarkers predictive of predisposition to depression and response to treatment
US10093981B2 (en) 2010-10-19 2018-10-09 Northwestern University Compositions and methods for identifying depressive disorders
US20150218639A1 (en) 2014-01-17 2015-08-06 Northwestern University Biomarkers predictive of predisposition to depression and response to treatment
WO2012055929A1 (en) 2010-10-26 2012-05-03 Illumina, Inc. Sequencing methods
US10273540B2 (en) 2010-10-27 2019-04-30 Life Technologies Corporation Methods and apparatuses for estimating parameters in a predictive model for use in sequencing-by-synthesis
US9387476B2 (en) 2010-10-27 2016-07-12 Illumina, Inc. Flow cells for biological or chemical analysis
EP2632593B1 (en) * 2010-10-27 2021-09-29 Illumina, Inc. Flow cells for biological or chemical analysis
EP3141614B1 (en) 2010-10-27 2018-11-28 Life Technologies Corporation Predictive model for use in sequencing-by-synthesis
SG190074A1 (en) 2010-11-01 2013-06-28 Bio Rad Laboratories System for forming emulsions
US9295965B2 (en) 2010-11-12 2016-03-29 Gen9, Inc. Methods and devices for nucleic acid synthesis
US10457935B2 (en) 2010-11-12 2019-10-29 Gen9, Inc. Protein arrays and methods of using and making the same
US20130267443A1 (en) 2010-11-19 2013-10-10 The Regents Of The University Of Michigan ncRNA AND USES THEREOF
EP2643484A4 (en) 2010-11-22 2014-04-16 Univ California METHOD OF IDENTIFYING AN RNA TRANSCRIPTION OF CELLULAR ORIGIN
JP2013545472A (ja) 2010-12-01 2013-12-26 モルフォシス・アー・ゲー 単一細胞内の生体分子の同時検出
US9727032B2 (en) 2010-12-14 2017-08-08 Life Technologies Corporation Systems and methods for run-time sequencing run quality monitoring
EP2656263B1 (en) 2010-12-22 2019-11-06 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal paternity testing
US9163281B2 (en) 2010-12-23 2015-10-20 Good Start Genetics, Inc. Methods for maintaining the integrity and identification of a nucleic acid template in a multiplex sequencing reaction
US9594870B2 (en) 2010-12-29 2017-03-14 Life Technologies Corporation Time-warped background signal for sequencing-by-synthesis operations
KR20140024270A (ko) 2010-12-30 2014-02-28 파운데이션 메디신 인코포레이티드 종양 샘플의 다유전자 분석의 최적화
WO2013025998A1 (en) 2011-08-18 2013-02-21 Life Technologies Corporation Methods, systems, and computer readable media for making base calls in nucleic acid sequencing
US10241075B2 (en) 2010-12-30 2019-03-26 Life Technologies Corporation Methods, systems, and computer readable media for nucleic acid sequencing
US20130060482A1 (en) 2010-12-30 2013-03-07 Life Technologies Corporation Methods, systems, and computer readable media for making base calls in nucleic acid sequencing
EP3582224B1 (en) 2010-12-30 2026-04-29 Life Technologies Corporation Models for analyzing data from sequencing-by-synthesis operations
US8951781B2 (en) 2011-01-10 2015-02-10 Illumina, Inc. Systems, methods, and apparatuses to image a sample for biological or chemical analysis
US20130005591A1 (en) * 2011-01-13 2013-01-03 Halgen Corporation Method for parallel amplification of nucleic acids
JP2014502513A (ja) 2011-01-14 2014-02-03 キージーン・エン・フェー ペアエンドランダムシーケンスに基づく遺伝子型解析
WO2012100194A1 (en) 2011-01-20 2012-07-26 Ibis Biosciences, Inc. Microfluidic transducer
US8756020B2 (en) 2011-01-25 2014-06-17 Ariosa Diagnostics, Inc. Enhanced risk probabilities using biomolecule estimations
US10131947B2 (en) 2011-01-25 2018-11-20 Ariosa Diagnostics, Inc. Noninvasive detection of fetal aneuploidy in egg donor pregnancies
US11270781B2 (en) 2011-01-25 2022-03-08 Ariosa Diagnostics, Inc. Statistical analysis for non-invasive sex chromosome aneuploidy determination
US9994897B2 (en) 2013-03-08 2018-06-12 Ariosa Diagnostics, Inc. Non-invasive fetal sex determination
US9952237B2 (en) 2011-01-28 2018-04-24 Quanterix Corporation Systems, devices, and methods for ultra-sensitive detection of molecules or particles
WO2012104851A1 (en) 2011-01-31 2012-08-09 Yeda Research And Development Co. Ltd. Methods of diagnosing disease using overlap extension pcr
JP6069224B2 (ja) 2011-01-31 2017-02-01 アプライズ バイオ， インコーポレイテッド 細胞において複数のエピトープを同定する方法
JP6153874B2 (ja) 2011-02-09 2017-06-28 ナテラ， インコーポレイテッド 非侵襲的出生前倍数性呼び出しのための方法
EP3859011A1 (en) 2011-02-11 2021-08-04 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods for forming mixed droplets
EP2675819B1 (en) 2011-02-18 2020-04-08 Bio-Rad Laboratories, Inc. Compositions and methods for molecular labeling
US12097495B2 (en) 2011-02-18 2024-09-24 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for detecting genetic material
AU2012231098B2 (en) 2011-03-18 2016-09-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. Multiplexed digital assays with combinatorial use of signals
US20120244523A1 (en) 2011-03-25 2012-09-27 454 Life Sciences Corporation System and Method for Detection of HIV Integrase Variants
US20120252682A1 (en) 2011-04-01 2012-10-04 Maples Corporate Services Limited Methods and systems for sequencing nucleic acids
WO2012139125A2 (en) 2011-04-07 2012-10-11 Life Technologies Corporation System and methods for making and processing emulsions
US9121047B2 (en) * 2011-04-07 2015-09-01 Life Technologies Corporation System and methods for making and processing emulsions
EP3366782B1 (en) 2011-04-08 2021-03-10 Life Technologies Corporation Phase-protecting reagent flow orderings for use in sequencing-by-synthesis
WO2012142301A2 (en) 2011-04-12 2012-10-18 Quanterix Corporation Methods of determining a treatment protocol for and/or a prognosis of a patients recovery from a brain injury
GB201106254D0 (en) 2011-04-13 2011-05-25 Frisen Jonas Method and product
AU2012242847B2 (en) 2011-04-15 2017-01-19 The Johns Hopkins University Safe sequencing system
WO2012149042A2 (en) 2011-04-25 2012-11-01 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for nucleic acid analysis
EP2702168B1 (en) 2011-04-29 2018-01-17 Sequenom, Inc. Quantification of a minority nucleic acid species
WO2012158603A2 (en) 2011-05-13 2012-11-22 Bioo Scientific Corporation Pooled adapter strategy for reducing bias in small rna characterization
US9074204B2 (en) 2011-05-20 2015-07-07 Fluidigm Corporation Nucleic acid encoding reactions
JP6122843B2 (ja) 2011-05-23 2017-04-26 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ 多重エマルジョンを含むエマルジョンの制御
CN103827318B (zh) * 2011-05-27 2018-05-08 生命技术公司 用于操作生物分子的方法
US9926596B2 (en) 2011-05-27 2018-03-27 Genapsys, Inc. Systems and methods for genetic and biological analysis
US8585973B2 (en) 2011-05-27 2013-11-19 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Nano-sensor array
DE202012013668U1 (de) 2011-06-02 2019-04-18 Raindance Technologies, Inc. Enzymquantifizierung
US8841071B2 (en) 2011-06-02 2014-09-23 Raindance Technologies, Inc. Sample multiplexing
US9598473B2 (en) 2011-06-10 2017-03-21 Keygene N.V. Trichome-specific transcription factor modulating terpene biosynthesis
US9752176B2 (en) 2011-06-15 2017-09-05 Ginkgo Bioworks, Inc. Methods for preparative in vitro cloning
WO2012174337A1 (en) 2011-06-15 2012-12-20 Gen9, Inc. Methods for preparative in vitro cloning
WO2013009654A1 (en) 2011-07-08 2013-01-17 Life Technologies Corporation Method and apparatus for automated sample manipulation
AU2012281242B2 (en) 2011-07-08 2016-12-22 Keygene N.V. Sequence based genotyping based on oligonucleotide ligation assays
WO2013009927A2 (en) 2011-07-11 2013-01-17 Advanced Liquid Logic, Inc. Droplet actuators and techniques for droplet-based assays
US8658430B2 (en) 2011-07-20 2014-02-25 Raindance Technologies, Inc. Manipulating droplet size
WO2013019714A1 (en) 2011-07-29 2013-02-07 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Mems affinity sensor for continuous monitoring of analytes
WO2013019751A1 (en) 2011-07-29 2013-02-07 Bio-Rad Laboratories, Inc., Library characterization by digital assay
WO2013022778A1 (en) 2011-08-05 2013-02-14 Ibis Biosciences, Inc. Nucleic acid sequencing by electrochemical detection
ES2704126T3 (es) 2011-08-23 2019-03-14 Found Medicine Inc Moléculas de fusión KIF5B-RET y usos de las mismas
ES2737957T3 (es) 2011-08-26 2020-01-17 Gen9 Inc Composiciones y métodos para el ensamblaje de alta fidelidad de ácidos nucleicos
US10704164B2 (en) 2011-08-31 2020-07-07 Life Technologies Corporation Methods, systems, computer readable media, and kits for sample identification
US20150087537A1 (en) 2011-08-31 2015-03-26 Life Technologies Corporation Methods, Systems, Computer Readable Media, and Kits for Sample Identification
US8712697B2 (en) 2011-09-07 2014-04-29 Ariosa Diagnostics, Inc. Determination of copy number variations using binomial probability calculations
EP2753715A4 (en) 2011-09-09 2015-05-20 Univ Leland Stanford Junior METHOD FOR OBTAINING A SEQUENCE
US10385475B2 (en) 2011-09-12 2019-08-20 Adaptive Biotechnologies Corp. Random array sequencing of low-complexity libraries
WO2013044217A1 (en) * 2011-09-23 2013-03-28 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Isolation and enrichment of nucleic acids on microchip
EP3623481B1 (en) 2011-09-23 2021-08-25 Illumina, Inc. Compositions for nucleic acid sequencing
US10152569B2 (en) 2011-09-26 2018-12-11 Gen-Probe Incorporated Algorithms for sequence determinations
US10378051B2 (en) 2011-09-29 2019-08-13 Illumina Cambridge Limited Continuous extension and deblocking in reactions for nucleic acids synthesis and sequencing
DE102011054101A1 (de) 2011-09-30 2013-04-04 Albert-Ludwigs-Universität Freiburg Verfahren zur räumlichen Anordnung von Probenfragmenten zur Amplifikation und Immobilisierung für weitere Derivatisierungen
US11008611B2 (en) 2011-09-30 2021-05-18 Unm Rainforest Innovations Double gate ion sensitive field effect transistor
DK2766483T3 (da) 2011-10-10 2022-04-19 Hospital For Sick Children Fremgangsmåder og sammensætninger til screening for og behandling af udviklingsforstyrrelser
WO2013056178A2 (en) 2011-10-14 2013-04-18 Foundation Medicine, Inc. Novel estrogen receptor mutations and uses thereof
CN102329876B (zh) * 2011-10-14 2014-04-02 深圳华大基因科技有限公司 一种测定待检测样本中疾病相关核酸分子的核苷酸序列的方法
EP3604555B1 (en) 2011-10-14 2024-12-25 President and Fellows of Harvard College Sequencing by structure assembly
EP2768983A4 (en) 2011-10-17 2015-06-03 Good Start Genetics Inc METHODS OF IDENTIFYING MUTATIONS ASSOCIATED WITH DISEASES
SG10201510189WA (en) 2011-10-19 2016-01-28 Nugen Technologies Inc Compositions And Methods For Directional Nucleic Acid Amplification And Sequencing
US9279159B2 (en) 2011-10-21 2016-03-08 Adaptive Biotechnologies Corporation Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells
US10865440B2 (en) 2011-10-21 2020-12-15 IntegenX, Inc. Sample preparation, processing and analysis systems
WO2013059740A1 (en) 2011-10-21 2013-04-25 Foundation Medicine, Inc. Novel alk and ntrk1 fusion molecules and uses thereof
US20150136604A1 (en) 2011-10-21 2015-05-21 Integenx Inc. Sample preparation, processing and analysis systems
DE102011085473A1 (de) 2011-10-28 2013-05-02 Albert-Ludwigs-Universität Freiburg Verfahren zur Identifikation von Aptameren
US11180807B2 (en) 2011-11-04 2021-11-23 Population Bio, Inc. Methods for detecting a genetic variation in attractin-like 1 (ATRNL1) gene in subject with Parkinson's disease
CA2854832C (en) 2011-11-07 2023-05-23 Ingenuity Systems, Inc. Methods and systems for identification of causal genomic variants
CA2854023A1 (en) 2011-11-07 2013-05-16 Illumina, Inc. Integrated sequencing apparatuses and methods of use
GB201120711D0 (en) 2011-12-01 2012-01-11 Univ Erasmus Medical Ct Method for classifying tumour cells
US9970984B2 (en) 2011-12-01 2018-05-15 Life Technologies Corporation Method and apparatus for identifying defects in a chemical sensor array
JP6193252B2 (ja) 2011-12-01 2017-09-06 ジナプシス インコーポレイテッド 高効率電子配列決定及び検出のためのシステム並びに方法
US20130143774A1 (en) * 2011-12-05 2013-06-06 The Regents Of The University Of California Methods and compositions for generating polynucleic acid fragments
EP3388535B1 (en) 2011-12-09 2021-03-24 Adaptive Biotechnologies Corporation Diagnosis of lymphoid malignancies and minimal residual disease detection
KR101830778B1 (ko) 2011-12-09 2018-02-22 삼성전자주식회사 발열 입자를 포함하는 오일 층을 이용하는 핵산 증폭 장치 및 방법
DK2788499T3 (en) 2011-12-09 2016-03-21 Illumina Inc Enhanced root for polymer tags
US9499865B2 (en) 2011-12-13 2016-11-22 Adaptive Biotechnologies Corp. Detection and measurement of tissue-infiltrating lymphocytes
US10513737B2 (en) 2011-12-13 2019-12-24 Decipher Biosciences, Inc. Cancer diagnostics using non-coding transcripts
US20130189679A1 (en) 2011-12-20 2013-07-25 The Regents Of The University Of Michigan Pseudogenes and uses thereof
WO2014163886A1 (en) 2013-03-12 2014-10-09 President And Fellows Of Harvard College Method of generating a three-dimensional nucleic acid containing matrix
US9334491B2 (en) 2011-12-22 2016-05-10 Ibis Biosciences, Inc. Systems and methods for isolating nucleic acids from cellular samples
EP4491741B1 (en) 2011-12-22 2025-10-15 President And Fellows Of Harvard College Compositions and methods for analyte detection
WO2013096819A2 (en) 2011-12-22 2013-06-27 Ibis Biosciences, Inc. Macromolecule positioning by electrical potential
WO2013096838A2 (en) 2011-12-22 2013-06-27 Ibis Biosciences, Inc. Systems and methods for isolating nucleic acids
ES2991004T3 (es) 2011-12-22 2024-12-02 Harvard College Métodos para la detección de analitos
WO2013102091A1 (en) 2011-12-28 2013-07-04 Ibis Biosciences, Inc. Nucleic acid ligation systems and methods
US9823246B2 (en) 2011-12-28 2017-11-21 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Fluorescence enhancing plasmonic nanoscopic gold films and assays based thereon
WO2013102081A2 (en) 2011-12-29 2013-07-04 Ibis Biosciences, Inc. Macromolecule delivery to nanowells
WO2013101741A1 (en) 2011-12-30 2013-07-04 Abbott Molecular, Inc. Channels with cross-sectional thermal gradients
EP2802673B1 (en) 2012-01-09 2019-07-03 Oslo Universitetssykehus HF Methods and biomarkers for analysis of colorectal cancer
CN108611398A (zh) 2012-01-13 2018-10-02 Data生物有限公司 通过新一代测序进行基因分型
US8821798B2 (en) 2012-01-19 2014-09-02 Life Technologies Corporation Titanium nitride as sensing layer for microwell structure
US8747748B2 (en) 2012-01-19 2014-06-10 Life Technologies Corporation Chemical sensor with conductive cup-shaped sensor surface
AU2013213349B2 (en) 2012-01-25 2018-02-01 Gencell Biosystems Limited Biomolecule isolation
SG11201404243WA (en) * 2012-01-26 2014-08-28 Nugen Technologies Inc Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence enrichment and high efficiency library generation
US9701959B2 (en) 2012-02-02 2017-07-11 Invenra Inc. High throughput screen for biologically active polypeptides
US8597882B2 (en) 2012-02-03 2013-12-03 Pyrobett Pte. Ltd. Method and apparatus for conducting an assay
WO2013117595A2 (en) * 2012-02-07 2013-08-15 Illumina Cambridge Limited Targeted enrichment and amplification of nucleic acids on a support
CA2863887C (en) 2012-02-09 2023-01-03 Population Diagnostics, Inc. Methods of screening low frequency gdna variation biomarkers for pervasive developmental disorder (pdd) or pervasive developmental disorder - not otherwise specified (pdd_nos)
US9506117B2 (en) 2012-02-21 2016-11-29 Oslo Universitetssykehus Hf Methods and biomarkers for detection and prognosis of cervical cancer
US20130217023A1 (en) 2012-02-22 2013-08-22 454 Life Sciences Corporation System And Method For Generation And Use Of Compact Clonally Amplified Products
US9605313B2 (en) 2012-03-02 2017-03-28 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
DK2823060T3 (en) 2012-03-05 2018-05-28 Adaptive Biotechnologies Corp Determination of associated immune receptor chains from frequency-matched subunits
AU2013229151A1 (en) 2012-03-06 2014-09-25 Aarhus University Gene signatures associated with efficacy of postmastectomy radiotherapy in breast cancer
NO2694769T3 (es) 2012-03-06 2018-03-03
US9150853B2 (en) 2012-03-21 2015-10-06 Gen9, Inc. Methods for screening proteins using DNA encoded chemical libraries as templates for enzyme catalysis
US20130261984A1 (en) 2012-03-30 2013-10-03 Illumina, Inc. Methods and systems for determining fetal chromosomal abnormalities
WO2013152114A1 (en) 2012-04-03 2013-10-10 The Regents Of The University Of Michigan Biomarker associated with irritable bowel syndrome and crohn's disease
CA3138752C (en) 2012-04-03 2024-02-06 Illumina, Inc. Integrated optoelectronic read head and fluidic cartridge useful for nucleic acid sequencing
US8209130B1 (en) 2012-04-04 2012-06-26 Good Start Genetics, Inc. Sequence assembly
US8812422B2 (en) 2012-04-09 2014-08-19 Good Start Genetics, Inc. Variant database
US20130274148A1 (en) 2012-04-11 2013-10-17 Illumina, Inc. Portable genetic detection and analysis system and method
CN108485940B (zh) * 2012-04-12 2022-01-28 维里纳塔健康公司 拷贝数变异的检测和分类
WO2013155531A2 (en) 2012-04-13 2013-10-17 Bio-Rad Laboratories, Inc. Sample holder with a well having a wicking promoter
US10227635B2 (en) 2012-04-16 2019-03-12 Molecular Loop Biosolutions, Llc Capture reactions
EP3095879B1 (en) 2012-04-19 2018-09-19 Life Technologies Corporation Nucleic acid amplification
CN104471075B (zh) 2012-04-19 2018-06-22 生命技术公司 核酸扩增
WO2013163210A1 (en) * 2012-04-23 2013-10-31 Philip Alexander Rolfe Method and system for detection of an organism
EP2841601B1 (en) 2012-04-24 2019-03-06 Gen9, Inc. Methods for sorting nucleic acids and multiplexed preparative in vitro cloning
WO2013165594A1 (en) * 2012-04-30 2013-11-07 Life Technologies Corporation Modules and calibration method for a robotic polynucleotide sample preparation system
US20150133310A1 (en) 2012-05-02 2015-05-14 Ibis Biosciences, Inc. Nucleic acid sequencing systems and methods
EP3091089B1 (en) 2012-05-08 2019-01-23 Adaptive Biotechnologies Corporation Method for measuring and calibrating amplification bias in multiplexed pcr reactions
US9646132B2 (en) 2012-05-11 2017-05-09 Life Technologies Corporation Models for analyzing data from sequencing-by-synthesis operations
US10192024B2 (en) 2012-05-18 2019-01-29 454 Life Sciences Corporation System and method for generation and use of optimal nucleotide flow orders
US10289800B2 (en) 2012-05-21 2019-05-14 Ariosa Diagnostics, Inc. Processes for calculating phased fetal genomic sequences
US10504613B2 (en) 2012-12-20 2019-12-10 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US9968901B2 (en) * 2012-05-21 2018-05-15 The Scripps Research Institute Methods of sample preparation
US9920361B2 (en) 2012-05-21 2018-03-20 Sequenom, Inc. Methods and compositions for analyzing nucleic acid
CN102766574B (zh) * 2012-05-24 2013-12-25 中国科学院北京基因组研究所 用于dna测序仪的反应仓
EP2856177B1 (en) * 2012-05-25 2020-11-18 The University of North Carolina At Chapel Hill Microfluidic devices, solid supports for reagents and related methods
US8786331B2 (en) 2012-05-29 2014-07-22 Life Technologies Corporation System for reducing noise in a chemical sensor array
US9914967B2 (en) 2012-06-05 2018-03-13 President And Fellows Of Harvard College Spatial sequencing of nucleic acids using DNA origami probes
US9012022B2 (en) 2012-06-08 2015-04-21 Illumina, Inc. Polymer coatings
US8895249B2 (en) 2012-06-15 2014-11-25 Illumina, Inc. Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries
JP6181751B2 (ja) 2012-06-18 2017-08-16 ニューゲン テクノロジーズ， インコーポレイテッド 望まれない核酸配列のネガティブ選択のための組成物および方法
CA2877823A1 (en) 2012-06-25 2014-01-03 Gen9, Inc. Methods for nucleic acid assembly and high throughput sequencing
WO2014005076A2 (en) 2012-06-29 2014-01-03 The Regents Of The University Of Michigan Methods and biomarkers for detection of kidney disorders
WO2014008448A1 (en) 2012-07-03 2014-01-09 Sloan Kettering Institute For Cancer Research Quantitative assessment of human t-cell repertoire recovery after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation
US20150011396A1 (en) 2012-07-09 2015-01-08 Benjamin G. Schroeder Methods for creating directional bisulfite-converted nucleic acid libraries for next generation sequencing
EP2872648B1 (en) 2012-07-13 2019-09-04 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses
US9092401B2 (en) 2012-10-31 2015-07-28 Counsyl, Inc. System and methods for detecting genetic variation
US9977861B2 (en) 2012-07-18 2018-05-22 Illumina Cambridge Limited Methods and systems for determining haplotypes and phasing of haplotypes
GB201212775D0 (en) * 2012-07-18 2012-08-29 Dna Electronics Ltd Sensing apparatus and method
AU2013292287A1 (en) 2012-07-19 2015-02-19 Ariosa Diagnostics, Inc. Multiplexed sequential ligation-based detection of genetic variants
AU2012385961B9 (en) * 2012-07-24 2017-05-18 Natera, Inc. Highly multiplex PCR methods and compositions
CA2880764C (en) 2012-08-03 2022-08-30 Foundation Medicine, Inc. Human papilloma virus as predictor of cancer prognosis
EP2882868B1 (en) 2012-08-08 2019-07-31 H. Hoffnabb-La Roche Ag Increasing dynamic range for identifying multiple epitopes in cells
GB2539836B (en) 2012-08-13 2017-03-29 Univ California Methods for detecting target nucleic acids in sample lysate droplets
US10752949B2 (en) 2012-08-14 2020-08-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US20150005199A1 (en) * 2012-08-14 2015-01-01 10X Technologies, Inc. Compositions and methods for sample processing
US11591637B2 (en) 2012-08-14 2023-02-28 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for sample processing
JP6367196B2 (ja) 2012-08-14 2018-08-01 テンエックス・ジェノミクス・インコーポレイテッド マイクロカプセル組成物および方法
US9701998B2 (en) 2012-12-14 2017-07-11 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10273541B2 (en) 2012-08-14 2019-04-30 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10323279B2 (en) 2012-08-14 2019-06-18 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US9951386B2 (en) 2014-06-26 2018-04-24 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10221442B2 (en) 2012-08-14 2019-03-05 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for sample processing
US20140378345A1 (en) * 2012-08-14 2014-12-25 10X Technologies, Inc. Compositions and methods for sample processing
US20150005200A1 (en) * 2012-08-14 2015-01-01 10X Technologies, Inc. Compositions and methods for sample processing
US10584381B2 (en) 2012-08-14 2020-03-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US20140378322A1 (en) * 2012-08-14 2014-12-25 10X Technologies, Inc. Compositions and methods for sample processing
NL2017959B1 (en) 2016-12-08 2018-06-19 Illumina Inc Cartridge assembly
ES3015226T3 (en) 2012-08-16 2025-04-30 Veracyte Sd Inc Prostate cancer prognosis using biomarkers
US20140100126A1 (en) 2012-08-17 2014-04-10 Natera, Inc. Method for Non-Invasive Prenatal Testing Using Parental Mosaicism Data
US10876152B2 (en) 2012-09-04 2020-12-29 Guardant Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
US11913065B2 (en) 2012-09-04 2024-02-27 Guardent Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
EP3257952B1 (en) 2012-09-11 2020-02-12 Life Technologies Corporation Nucleic acid amplification
WO2014043143A1 (en) 2012-09-11 2014-03-20 Life Technologies Corporation Nucleic acid amplification
US10752945B2 (en) 2012-09-12 2020-08-25 The Regents Of The University Of California Accurate genome sequencing of single cells by single-stranded amplification and sequencing
US9976180B2 (en) 2012-09-14 2018-05-22 Population Bio, Inc. Methods for detecting a genetic variation in subjects with parkinsonism
WO2014052855A1 (en) 2012-09-27 2014-04-03 Population Diagnostics, Inc. Methods and compositions for screening and treating developmental disorders
US20160002731A1 (en) 2012-10-01 2016-01-07 Adaptive Biotechnologies Corporation Immunocompetence assessment by adaptive immune receptor diversity and clonality characterization
US10329608B2 (en) 2012-10-10 2019-06-25 Life Technologies Corporation Methods, systems, and computer readable media for repeat sequencing
US9593365B2 (en) 2012-10-17 2017-03-14 Spatial Transcriptions Ab Methods and product for optimising localised or spatial detection of gene expression in a tissue sample
US10162800B2 (en) 2012-10-17 2018-12-25 Celmatix Inc. Systems and methods for determining the probability of a pregnancy at a selected point in time
US9177098B2 (en) 2012-10-17 2015-11-03 Celmatix Inc. Systems and methods for determining the probability of a pregnancy at a selected point in time
US10150996B2 (en) 2012-10-19 2018-12-11 Adaptive Biotechnologies Corp. Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells
EP2912196B1 (en) 2012-10-26 2018-08-08 Sysmex Corporation Emulsion systems for emulsion-based amplification of nucleic acid
US9651539B2 (en) 2012-10-28 2017-05-16 Quantapore, Inc. Reducing background fluorescence in MEMS materials by low energy ion beam treatment
ES2701742T3 (es) 2012-10-29 2019-02-25 Univ Johns Hopkins Prueba de Papanicolaou para cánceres de ovario y de endometrio
AU2013337277B2 (en) 2012-11-05 2018-03-08 Foundation Medicine, Inc. Novel NTRK1 fusion molecules and uses thereof
WO2014071419A2 (en) 2012-11-05 2014-05-08 Foundation Medicine, Inc. Novel fusion molecules and uses thereof
CA2888042A1 (en) 2012-11-27 2014-06-05 Gencell Biosystems Ltd. Handling liquid samples
EP2925893A4 (en) * 2012-12-03 2016-09-07 Elim Biopharmaceuticals Inc COMPOSITIONS AND METHODS FOR THE PREPARATION OF NUCLEIC ACID AND ANALYZES
US10533221B2 (en) 2012-12-14 2020-01-14 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US9836577B2 (en) 2012-12-14 2017-12-05 Celmatix, Inc. Methods and devices for assessing risk of female infertility
EP3567116A1 (en) 2012-12-14 2019-11-13 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
EP2746405B1 (en) 2012-12-23 2015-11-04 HS Diagnomics GmbH Methods and primer sets for high throughput PCR sequencing
US9080968B2 (en) 2013-01-04 2015-07-14 Life Technologies Corporation Methods and systems for point of use removal of sacrificial material
US9841398B2 (en) 2013-01-08 2017-12-12 Life Technologies Corporation Methods for manufacturing well structures for low-noise chemical sensors
US9932626B2 (en) 2013-01-15 2018-04-03 Quanterix Corporation Detection of DNA or RNA using single molecule arrays and other techniques
WO2014113204A1 (en) 2013-01-17 2014-07-24 Personalis, Inc. Methods and systems for genetic analysis
WO2014113729A2 (en) 2013-01-18 2014-07-24 Foundation Mecicine, Inc. Methods of treating cholangiocarcinoma
WO2014116729A2 (en) 2013-01-22 2014-07-31 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Haplotying of hla loci with ultra-deep shotgun sequencing
US8962366B2 (en) 2013-01-28 2015-02-24 Life Technologies Corporation Self-aligned well structures for low-noise chemical sensors
CA2899020C (en) 2013-02-01 2023-10-03 The Regents Of The University Of California Methods for genome assembly and haplotype phasing
US9411930B2 (en) 2013-02-01 2016-08-09 The Regents Of The University Of California Methods for genome assembly and haplotype phasing
KR102190198B1 (ko) 2013-02-08 2020-12-14 10엑스 제노믹스, 인크. 폴리뉴클레오티드 바코드 생성
US9512422B2 (en) 2013-02-26 2016-12-06 Illumina, Inc. Gel patterned surfaces
US9873913B2 (en) 2013-03-08 2018-01-23 Roche Molecular Systems, Inc. Mutation testing
US8841217B1 (en) 2013-03-13 2014-09-23 Life Technologies Corporation Chemical sensor with protruded sensor surface
WO2014168711A1 (en) 2013-03-13 2014-10-16 Sequenom, Inc. Primers for dna methylation analysis
WO2014164716A1 (en) * 2013-03-13 2014-10-09 President And Fellows Of Harvard College Methods of elongating dna
WO2014160233A1 (en) 2013-03-13 2014-10-02 Abbott Molecular Inc. Systems and methods for isolating nucleic acids
US8963216B2 (en) 2013-03-13 2015-02-24 Life Technologies Corporation Chemical sensor with sidewall spacer sensor surface
US8778609B1 (en) 2013-03-14 2014-07-15 Good Start Genetics, Inc. Methods for analyzing nucleic acids
US20140296080A1 (en) 2013-03-14 2014-10-02 Life Technologies Corporation Methods, Systems, and Computer Readable Media for Evaluating Variant Likelihood
JP2016512437A (ja) 2013-03-14 2016-04-28 アボツト・モレキユラー・インコーポレイテツド 多重メチル化特異的増幅システムおよび方法
EP2971154A4 (en) 2013-03-14 2017-03-01 Ibis Biosciences, Inc. Nucleic acid control panels
US9146248B2 (en) 2013-03-14 2015-09-29 Intelligent Bio-Systems, Inc. Apparatus and methods for purging flow cells in nucleic acid sequencing instruments
US9809852B2 (en) 2013-03-15 2017-11-07 Genapsys, Inc. Systems and methods for biological analysis
US9591268B2 (en) 2013-03-15 2017-03-07 Qiagen Waltham, Inc. Flow cell alignment methods and systems
US9116117B2 (en) 2013-03-15 2015-08-25 Life Technologies Corporation Chemical sensor with sidewall sensor surface
CN114574581A (zh) 2013-03-15 2022-06-03 夸登特健康公司 检测稀有突变和拷贝数变异的系统和方法
CN105358709B (zh) 2013-03-15 2018-12-07 雅培分子公司 用于检测基因组拷贝数变化的系统和方法
EP2971071B1 (en) 2013-03-15 2018-02-28 Illumina, Inc. Enzyme-linked nucleotides
CN113337604A (zh) 2013-03-15 2021-09-03 莱兰斯坦福初级大学评议会 循环核酸肿瘤标志物的鉴别和用途
US20160153029A1 (en) 2013-03-15 2016-06-02 Ibis Biosciences, Inc. Dna sequences to assess contamination in dna sequencing
US11976329B2 (en) 2013-03-15 2024-05-07 Veracyte, Inc. Methods and systems for detecting usual interstitial pneumonia
WO2014149778A1 (en) 2013-03-15 2014-09-25 Life Technologies Corporation Chemical sensors with consistent sensor surface areas
US20140264472A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Life Technologies Corporation Chemical sensor with consistent sensor surface areas
BR112015022490A2 (pt) 2013-03-15 2017-07-18 Veracyte Inc métodos e composições para classificação de amostras
WO2014144495A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Abvitro, Inc. Single cell bar-coding for antibody discovery
EP3611262B1 (en) 2013-03-15 2020-11-11 Lineage Biosciences, Inc. Methods of sequencing the immune repertoire
EP2972281B1 (en) 2013-03-15 2023-07-26 Life Technologies Corporation Chemical device with thin conductive element
WO2014144092A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Nugen Technologies, Inc. Sequential sequencing
US9835585B2 (en) 2013-03-15 2017-12-05 Life Technologies Corporation Chemical sensor with protruded sensor surface
JP6441893B2 (ja) * 2013-03-19 2018-12-19 ディレクティド・ジェノミクス・エル・エル・シー 標的配列の濃縮
SG11201508193TA (en) 2013-04-17 2015-11-27 Agency Science Tech & Res Method for generating extended sequence reads
JP6433982B2 (ja) * 2013-04-19 2018-12-05 シーメンス・ヘルスケア・ダイアグノスティックス・インコーポレーテッドＳｉｅｍｅｎｓ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｉｎｃ． 無接触微小滴ディスペンサおよび方法
RU2578009C2 (ru) * 2013-05-08 2016-03-20 Закрытое акционерное общество "ЕВРОГЕН" Способ идентификации нативных пар фрагментов днк или рнк, присутствующих в одних и тех же живых клетках
US20140336063A1 (en) 2013-05-09 2014-11-13 Life Technologies Corporation Windowed Sequencing
US10160995B2 (en) 2013-05-13 2018-12-25 Qiagen Waltham, Inc. Analyte enrichment methods and compositions
EP3004385B1 (en) 2013-05-24 2018-11-28 Quantapore Inc. Nanopore-based nucleic acid analysis with mixed fret detection
EP3005200A2 (en) 2013-06-03 2016-04-13 Good Start Genetics, Inc. Methods and systems for storing sequence read data
SG10201710030QA (en) 2013-06-04 2018-01-30 Harvard College Rna-guided transcriptional regulation
US10458942B2 (en) 2013-06-10 2019-10-29 Life Technologies Corporation Chemical sensor array having multiple sensors per well
US10526640B2 (en) 2013-06-19 2020-01-07 Industry-Academic Cooperation Foundation, Yonsei University Methods for retrieving sequence-verified nucleic acid fragments and apparatuses for amplifying sequence verified nucleic acid fragments
KR101648252B1 (ko) * 2014-01-28 2016-08-16 연세대학교 산학협력단 염기서열 확인 과정에서 분리된 핵산 단편들을 회수하는 방법
DK3013983T3 (da) 2013-06-25 2023-03-06 Prognosys Biosciences Inc Spatialt kodede biologiske assays ved brug af en mikrofluidisk anordning
US9708657B2 (en) 2013-07-01 2017-07-18 Adaptive Biotechnologies Corp. Method for generating clonotype profiles using sequence tags
MX363806B (es) 2013-07-01 2019-04-03 Illumina Inc Funcionalización de superficies sin catalizador e injerto de polímeros..
EP3241913B1 (en) 2013-07-03 2019-02-20 Illumina, Inc. System for sequencing by orthogonal synthesis
US9926597B2 (en) 2013-07-26 2018-03-27 Life Technologies Corporation Control nucleic acid sequences for use in sequencing-by-synthesis and methods for designing the same
TWI707038B (zh) 2013-08-05 2020-10-11 美商扭轉生物科技有限公司 重新合成之基因庫
FI3030645T3 (fi) 2013-08-08 2023-02-10 Fluidijärjestelmä reagenssien toimittamiseen virtauskennoon
US20150051117A1 (en) * 2013-08-16 2015-02-19 President And Fellows Of Harvard College Assembly of Nucleic Acid Sequences in Emulsions
EP2840148B1 (en) 2013-08-23 2019-04-03 F. Hoffmann-La Roche AG Methods for nucleic acid amplification
EP2848698A1 (en) 2013-08-26 2015-03-18 F. Hoffmann-La Roche AG System and method for automated nucleic acid amplification
US9567645B2 (en) * 2013-08-28 2017-02-14 Cellular Research, Inc. Massively parallel single cell analysis
US10395758B2 (en) 2013-08-30 2019-08-27 10X Genomics, Inc. Sequencing methods
JP2016539343A (ja) 2013-08-30 2016-12-15 イルミナ インコーポレイテッド 親水性または斑状親水性表面上の液滴の操作
EP3039161B1 (en) 2013-08-30 2021-10-06 Personalis, Inc. Methods and systems for genomic analysis
JP6700173B2 (ja) * 2013-09-24 2020-05-27 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア ターゲット検出方法及びシステム
US10577655B2 (en) 2013-09-27 2020-03-03 Natera, Inc. Cell free DNA diagnostic testing standards
US10262755B2 (en) 2014-04-21 2019-04-16 Natera, Inc. Detecting cancer mutations and aneuploidy in chromosomal segments
GB2535066A (en) 2013-10-03 2016-08-10 Personalis Inc Methods for analyzing genotypes
US11901041B2 (en) 2013-10-04 2024-02-13 Bio-Rad Laboratories, Inc. Digital analysis of nucleic acid modification
EP3053072B1 (en) 2013-10-04 2024-02-21 Life Technologies Corporation Methods and systems for modeling phasing effects in sequencing using termination chemistry
EP3572527B1 (en) 2013-10-17 2021-05-26 Illumina, Inc. Methods and compositions for preparing nucleic acid libraries
US10851414B2 (en) 2013-10-18 2020-12-01 Good Start Genetics, Inc. Methods for determining carrier status
WO2015057565A1 (en) 2013-10-18 2015-04-23 Good Start Genetics, Inc. Methods for assessing a genomic region of a subject
US9897986B2 (en) 2013-10-29 2018-02-20 Regal Beloit America, Inc. System and method for enabling a motor controller to communicate using multiple different communication protocols
CN103540672B (zh) * 2013-10-29 2015-04-08 中国科学技术大学 一种亲和核酸分子的快速鉴定和分离方法
WO2015069798A1 (en) * 2013-11-05 2015-05-14 The Regents Of The University Of California Single-cell forensic short tandem repeat typing within microfluidic droplets
CA2929557C (en) 2013-11-07 2023-09-26 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Cell-free nucleic acids for the analysis of the human microbiome and components thereof
WO2015069634A1 (en) 2013-11-08 2015-05-14 President And Fellows Of Harvard College Microparticles, methods for their preparation and use
EP2891722B1 (en) 2013-11-12 2018-10-10 Population Bio, Inc. Methods and compositions for diagnosing, prognosing, and treating endometriosis
CN106103737B (zh) 2013-11-12 2020-04-07 生命科技公司 用于乳状液分解的系统和方法
CA2929596C (en) 2013-11-13 2022-07-05 Nugen Technologies, Inc. Compositions and methods for identification of a duplicate sequencing read
CN104630202A (zh) * 2013-11-13 2015-05-20 北京大学 一种能够减小微量核酸物质整体扩增时产生偏倚的扩增方法
CN105873681B (zh) 2013-11-18 2019-10-11 尹特根埃克斯有限公司 用于样本分析的卡盒和仪器
CN105940024B (zh) 2013-12-05 2019-03-15 生捷科技控股公司 修饰的表面
EP3077543B1 (en) 2013-12-05 2019-09-25 Centrillion Technology Holdings Corporation Fabrication of patterned arrays
WO2015085274A1 (en) 2013-12-05 2015-06-11 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods for sequencing nucleic acids
EP3080268A1 (en) 2013-12-09 2016-10-19 Illumina, Inc. Methods and compositions for targeted nucleic acid sequencing
AU2014362322B2 (en) 2013-12-11 2021-05-27 The Regents For Of The University Of California Methods for labeling DNA fragments to recontruct physical linkage and phase
EP3792921A1 (en) 2013-12-11 2021-03-17 Genapsys, Inc. Systems and methods for biological analysis and computation
US9944977B2 (en) 2013-12-12 2018-04-17 Raindance Technologies, Inc. Distinguishing rare variations in a nucleic acid sequence from a sample
WO2015089438A1 (en) 2013-12-13 2015-06-18 Northwestern University Biomarkers for post-traumatic stress states
US9824068B2 (en) 2013-12-16 2017-11-21 10X Genomics, Inc. Methods and apparatus for sorting data
EP3083700B1 (en) 2013-12-17 2023-10-11 The Brigham and Women's Hospital, Inc. Detection of an antibody against a pathogen
ES2660989T3 (es) 2013-12-28 2018-03-27 Guardant Health, Inc. Métodos y sistemas para detectar variantes genéticas
US10537889B2 (en) 2013-12-31 2020-01-21 Illumina, Inc. Addressable flow cell using patterned electrodes
US11193176B2 (en) 2013-12-31 2021-12-07 Bio-Rad Laboratories, Inc. Method for detecting and quantifying latent retroviral RNA species
WO2015107430A2 (en) 2014-01-16 2015-07-23 Oslo Universitetssykehus Hf Methods and biomarkers for detection and prognosis of cervical cancer
JP7016215B2 (ja) 2014-01-27 2022-02-04 ザ ジェネラル ホスピタル コーポレイション 配列決定のために核酸を調製する方法
US9587268B2 (en) 2014-01-29 2017-03-07 Agilent Technologies Inc. Fast hybridization for next generation sequencing target enrichment
US9387451B2 (en) 2014-02-03 2016-07-12 International Business Machines Corporation Flow cell array and uses thereof
CN106029885A (zh) 2014-02-10 2016-10-12 基因细胞生物系统有限公司 复合液体池(clc)介导的核酸文库制备装置及其使用方法
US9745614B2 (en) 2014-02-28 2017-08-29 Nugen Technologies, Inc. Reduced representation bisulfite sequencing with diversity adaptors
WO2015134787A2 (en) 2014-03-05 2015-09-11 Adaptive Biotechnologies Corporation Methods using randomer-containing synthetic molecules
US11365447B2 (en) 2014-03-13 2022-06-21 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
JP6607846B2 (ja) * 2014-03-20 2019-11-20 ユニバーサル・バイオ・リサーチ株式会社 核酸増幅自動化装置、及び核酸増幅分析自動化装置
US11060139B2 (en) 2014-03-28 2021-07-13 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods for sequencing nucleic acids
US10066265B2 (en) 2014-04-01 2018-09-04 Adaptive Biotechnologies Corp. Determining antigen-specific t-cells
US11390921B2 (en) 2014-04-01 2022-07-19 Adaptive Biotechnologies Corporation Determining WT-1 specific T cells and WT-1 specific T cell receptors (TCRs)
US20150284715A1 (en) * 2014-04-07 2015-10-08 Qiagen Gmbh Enrichment Methods
CA2943624A1 (en) 2014-04-10 2015-10-15 10X Genomics, Inc. Fluidic devices, systems, and methods for encapsulating and partitioning reagents, and applications of same
WO2015161054A2 (en) 2014-04-18 2015-10-22 Genapsys, Inc. Methods and systems for nucleic acid amplification
US12492429B2 (en) 2014-04-21 2025-12-09 Natera, Inc. Detecting mutations and ploidy in chromosomal segments
CN113774132A (zh) 2014-04-21 2021-12-10 纳特拉公司 检测染色体片段中的突变和倍性
WO2015175530A1 (en) 2014-05-12 2015-11-19 Gore Athurva Methods for detecting aneuploidy
US10208332B2 (en) 2014-05-21 2019-02-19 Integenx Inc. Fluidic cartridge with valve mechanism
US20180173846A1 (en) 2014-06-05 2018-06-21 Natera, Inc. Systems and Methods for Detection of Aneuploidy
US10760109B2 (en) 2014-06-06 2020-09-01 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for characterizing and diagnosing periodontal disease
US9534215B2 (en) * 2014-06-11 2017-01-03 Life Technologies Corporation Systems and methods for substrate enrichment
US20150361481A1 (en) * 2014-06-13 2015-12-17 Life Technologies Corporation Multiplex nucleic acid amplification
WO2015200541A1 (en) 2014-06-24 2015-12-30 Bio-Rad Laboratories, Inc. Digital pcr barcoding
JP2017526046A (ja) 2014-06-26 2017-09-07 １０エックス ゲノミクス，インコーポレイテッド 核酸配列アセンブルのプロセス及びシステム
WO2015200869A1 (en) 2014-06-26 2015-12-30 10X Genomics, Inc. Analysis of nucleic acid sequences
EP4574974A3 (en) 2014-06-26 2025-10-08 10x Genomics, Inc. Methods of analyzing nucleic acids from individual cells or cell populations
US12312640B2 (en) 2014-06-26 2025-05-27 10X Genomics, Inc. Analysis of nucleic acid sequences
WO2015200717A2 (en) 2014-06-27 2015-12-30 The Regents Of The University Of California Pcr-activated sorting (pas)
WO2015200833A2 (en) 2014-06-27 2015-12-30 Abbott Laboratories COMPOSITIONS AND METHODS FOR DETECTING HUMAN PEGIVIRUS 2 (HPgV-2)
US10179932B2 (en) 2014-07-11 2019-01-15 President And Fellows Of Harvard College Methods for high-throughput labelling and detection of biological features in situ using microscopy
US12297505B2 (en) 2014-07-14 2025-05-13 Veracyte, Inc. Algorithms for disease diagnostics
SG11201700303UA (en) 2014-07-17 2017-02-27 Celmatix Inc Methods and systems for assessing infertility and related pathologies
RU2697502C2 (ru) 2014-07-24 2019-08-14 Эбботт Молекьюлар Инк. Композиции и способы обнаружения и анализа микобактерии туберкулеза (mycobacterium tuberculosis)
EP4219710A3 (en) 2014-08-01 2023-08-16 Dovetail Genomics, LLC Tagging nucleic acids for sequence assembly
WO2016022696A1 (en) 2014-08-05 2016-02-11 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Method of isolating aptamers for minimal residual disease detection
GB201413929D0 (en) 2014-08-06 2014-09-17 Geneseque As Method
CN107075581B (zh) 2014-08-06 2022-03-18 纽亘技术公司 由靶向测序进行数字测量
EP4613872A3 (en) 2014-08-11 2025-11-12 Luminex Corporation Probes for improved melt discrimination and multiplexing in nucleic acid assays
CA2956723C (en) 2014-08-12 2023-04-11 Nextgen Jane, Inc. System and method for monitoring health based on collected bodily fluid
WO2016025818A1 (en) 2014-08-15 2016-02-18 Good Start Genetics, Inc. Systems and methods for genetic analysis
US10435685B2 (en) 2014-08-19 2019-10-08 Pacific Biosciences Of California, Inc. Compositions and methods for enrichment of nucleic acids
EP3183577B1 (en) 2014-08-21 2020-08-19 Illumina Cambridge Limited Reversible surface functionalization
WO2016036403A1 (en) 2014-09-05 2016-03-10 Population Diagnostics Inc. Methods and compositions for inhibiting and treating neurological conditions
SG10202109116YA (en) 2014-09-08 2021-09-29 Becton Dickinson Co System and method for preparing a pharmaceutical compound
US11408024B2 (en) 2014-09-10 2022-08-09 Molecular Loop Biosciences, Inc. Methods for selectively suppressing non-target sequences
CN106715713B (zh) * 2014-09-12 2020-11-03 深圳华大智造科技有限公司 试剂盒及其在核酸测序中的用途
CN107075513B (zh) * 2014-09-12 2020-11-03 深圳华大智造科技有限公司 分离的寡核苷酸及其在核酸测序中的用途
CN105400864B (zh) * 2014-09-12 2020-04-14 深圳华大基因股份有限公司 用于基于血液样品构建测序文库的方法及其在确定胎儿遗传异常中的用途
KR102541849B1 (ko) 2014-09-15 2023-06-09 에이비비트로, 엘엘씨 고-처리량 뉴클레오티드 라이브러리 서열결정
WO2016044391A1 (en) 2014-09-17 2016-03-24 Ibis Biosciences, Inc. Sequencing by synthesis using pulse read optics
JP6802154B2 (ja) 2014-09-18 2020-12-16 イラミーナ インコーポレーテッド 核酸シーケンシングデータを解析するための方法およびシステム
JP2017536087A (ja) 2014-09-24 2017-12-07 グッド スタート ジェネティクス， インコーポレイテッド 遺伝子アッセイのロバストネスを増大させるためのプロセス制御
ES2789000T3 (es) 2014-10-10 2020-10-23 Quantapore Inc Análisis de polinucleótidos basado en nanoporos con marcadores fluorescentes que se inactivan mutuamente
WO2016058121A1 (zh) 2014-10-13 2016-04-21 深圳华大基因科技有限公司 一种核酸片段化方法和序列组合
WO2016060974A1 (en) 2014-10-13 2016-04-21 Life Technologies Corporation Methods, systems, and computer-readable media for accelerated base calling
WO2016065073A1 (en) 2014-10-22 2016-04-28 Integenx Inc. Systems and methods for sample preparation, processing and analysis
WO2016065056A1 (en) 2014-10-22 2016-04-28 The Regents Of The University Of California High definition microdroplet printer
CA2964790C (en) * 2014-10-24 2023-02-21 Quantapore, Inc. Efficient optical analysis of polymers using arrays of nanostructures
WO2016069939A1 (en) 2014-10-29 2016-05-06 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for targeted nucleic acid sequencing
CA2966201A1 (en) 2014-10-29 2016-05-06 Adaptive Biotechnologies Corp. Highly-multiplexed simultaneous detection of nucleic acids encoding paired adaptive immune receptor heterodimers from many samples
US10125399B2 (en) 2014-10-30 2018-11-13 Personalis, Inc. Methods for using mosaicism in nucleic acids sampled distal to their origin
CN114805710B (zh) 2014-10-31 2023-11-17 伊鲁米纳剑桥有限公司 聚合物以及dna共聚物涂层
US10000799B2 (en) 2014-11-04 2018-06-19 Boreal Genomics, Inc. Methods of sequencing with linked fragments
EP4421494A3 (en) * 2014-11-04 2025-01-01 Toppan Printing Co., Ltd. Nucleic acid introduction method, nucleic acid detection method, biomolecule analysis method, array device for biomolecule quantification, and biomolecule analysis kit
US9975122B2 (en) 2014-11-05 2018-05-22 10X Genomics, Inc. Instrument systems for integrated sample processing
CN114606309A (zh) 2014-11-05 2022-06-10 威拉赛特公司 使用机器学习和高维转录数据的诊断系统和方法
WO2016073778A2 (en) 2014-11-05 2016-05-12 Nirmidas Biotech, Inc. Metal composites for enhanced imaging
ES2768762T3 (es) 2014-11-05 2020-06-23 Illumina Cambridge Ltd Reducción del daño al ADN durante la preparación de muestras y secuenciación usando agentes quelantes sideróforos
US10246701B2 (en) 2014-11-14 2019-04-02 Adaptive Biotechnologies Corp. Multiplexed digital quantitation of rearranged lymphoid receptors in a complex mixture
US11789906B2 (en) 2014-11-19 2023-10-17 Arc Bio, Llc Systems and methods for genomic manipulations and analysis
CN114507715B (zh) 2014-11-20 2025-01-07 杭州智灵龙生物科技有限公司 用于核酸扩增的组合物和方法
US10233490B2 (en) 2014-11-21 2019-03-19 Metabiotech Corporation Methods for assembling and reading nucleic acid sequences from mixed populations
EP3224384A4 (en) 2014-11-25 2018-04-18 Adaptive Biotechnologies Corp. Characterization of adaptive immune response to vaccination or infection using immune repertoire sequencing
CA2967447C (en) 2014-12-05 2025-07-08 Foundation Medicine, Inc. MULTIGEN ANALYSIS OF TUMOR SAMPLES
EP3234576B1 (en) 2014-12-18 2023-11-22 Life Technologies Corporation High data rate integrated circuit with transmitter configuration
US10077472B2 (en) 2014-12-18 2018-09-18 Life Technologies Corporation High data rate integrated circuit with power management
WO2016100895A1 (en) 2014-12-18 2016-06-23 Life Technologies Corporation Calibration panels and methods for designing the same
US10379079B2 (en) 2014-12-18 2019-08-13 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays
US20180016631A1 (en) 2014-12-24 2018-01-18 Keygene N.V. Backbone mediated mate pair sequencing
US10066259B2 (en) 2015-01-06 2018-09-04 Good Start Genetics, Inc. Screening for structural variants
CN107427808B (zh) 2015-01-12 2020-10-23 10X基因组学有限公司 用于制备核酸测序文库的方法和系统以及用其制备的文库
WO2016115273A1 (en) 2015-01-13 2016-07-21 10X Genomics, Inc. Systems and methods for visualizing structural variation and phasing information
GB201501012D0 (en) * 2015-01-21 2015-03-04 Base4 Innovation Ltd Improved droplet sequencing apparatus and method
EP3251054A4 (en) * 2015-01-30 2018-09-12 Ent. Services Development Corporation LP Relationship preserving projection of digital objects
WO2016125236A1 (ja) 2015-02-02 2016-08-11 株式会社日立ハイテクノロジーズ 多色蛍光分析装置
JP6307179B2 (ja) * 2015-02-03 2018-04-04 株式会社日立製作所 単一細胞解析用フローセルデバイス及び単一細胞解析装置
WO2016126882A1 (en) 2015-02-04 2016-08-11 Twist Bioscience Corporation Methods and devices for de novo oligonucleic acid assembly
WO2016126987A1 (en) 2015-02-04 2016-08-11 Twist Bioscience Corporation Compositions and methods for synthetic gene assembly
AU2016215304B2 (en) 2015-02-04 2022-01-27 The Regents Of The University Of California Sequencing of nucleic acids via barcoding in discrete entities
CN107208156B (zh) 2015-02-09 2021-10-08 10X基因组学有限公司 用于使用变异识别数据来确定结构变异和定相的系统和方法
WO2016130746A1 (en) * 2015-02-11 2016-08-18 Paragon Genomics, Inc. Method and compositions for reducing non-specific amplification products
US10421993B2 (en) 2015-02-11 2019-09-24 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for reducing non-specific amplification products
EP4030437A1 (en) 2015-02-17 2022-07-20 Dovetail Genomics, LLC Nucleic acid sequence assembly
CN107250383B (zh) 2015-02-17 2022-09-06 深圳华大智造科技股份有限公司 使用受控的链置换的dna序列测定
WO2016134342A1 (en) 2015-02-20 2016-08-25 Wafergen, Inc. Method for rapid accurate dispensing, visualization and analysis of single cells
US11047008B2 (en) 2015-02-24 2021-06-29 Adaptive Biotechnologies Corporation Methods for diagnosing infectious disease and determining HLA status using immune repertoire sequencing
EP3262407B1 (en) 2015-02-24 2023-08-30 10X Genomics, Inc. Partition processing methods and systems
CN107532202A (zh) 2015-02-24 2018-01-02 10X 基因组学有限公司 用于靶向核酸序列覆盖的方法
WO2016149096A1 (en) 2015-03-13 2016-09-22 President And Fellows Of Harvard College Determination of cells using amplification
US9976174B2 (en) 2015-03-24 2018-05-22 Illumina Cambridge Limited Methods, carrier assemblies, and systems for imaging samples for biological or chemical analysis
WO2016154540A1 (en) 2015-03-26 2016-09-29 Dovetail Genomics Llc Physical linkage preservation in dna storage
US10301660B2 (en) 2015-03-30 2019-05-28 Takara Bio Usa, Inc. Methods and compositions for repair of DNA ends by multiple enzymatic activities
WO2016160822A1 (en) * 2015-03-30 2016-10-06 Verily Life Sciences Llc Functionalized nanoparticles, methods and in vivo diagnostic system
WO2016161273A1 (en) 2015-04-01 2016-10-06 Adaptive Biotechnologies Corp. Method of identifying human compatible t cell receptors specific for an antigenic target
KR20170133420A (ko) 2015-04-02 2017-12-05 더 잭슨 래보라토리 원형화된 메이트-쌍 라이브러리와 샷건 시퀀싱을 이용한 게놈 변이 검출 방법
CN120425026A (zh) 2015-04-10 2025-08-05 十程基因技术瑞典公司 生物样本的空间区别、多重核酸分析
US9981239B2 (en) 2015-04-21 2018-05-29 Twist Bioscience Corporation Devices and methods for oligonucleic acid library synthesis
CN106117288B (zh) 2015-05-08 2019-10-15 生捷科技控股公司 二硫键连接的可逆终止子
JP2018518157A (ja) 2015-05-11 2018-07-12 イラミーナ インコーポレーテッド 治療薬剤の発見および分析のためのプラットフォーム
DK3294906T3 (en) 2015-05-11 2024-08-05 Natera Inc Methods for determining ploidy
EP4220645A3 (en) 2015-05-14 2023-11-08 Life Technologies Corporation Barcode sequences, and related systems and methods
WO2016196358A1 (en) 2015-05-29 2016-12-08 Epicentre Technologies Corporation Methods of analyzing nucleic acids
JP6698708B2 (ja) 2015-06-09 2020-05-27 ライフ テクノロジーズ コーポレーション 分子タグ付けのための方法、システム、組成物、キット、装置、及びコンピュータ可読媒体
WO2016201111A1 (en) 2015-06-09 2016-12-15 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods for sequencing nucleic acids
CN107922966B (zh) * 2015-07-06 2022-06-28 伊卢米纳剑桥有限公司 用于核酸扩增的样品制备
CN107924121B (zh) 2015-07-07 2021-06-08 亿明达股份有限公司 经由纳米压印的选择性表面图案化
EP3322483A4 (en) 2015-07-14 2019-01-02 Abbott Molecular Inc. Compositions and methods for identifying drug resistant tuberculosis
CA2992449A1 (en) 2015-07-14 2017-01-19 Abbott Molecular Inc. Purification of nucleic acids using copper-titanium oxides
WO2017015018A1 (en) 2015-07-17 2017-01-26 Illumina, Inc. Polymer sheets for sequencing applications
US10150994B2 (en) 2015-07-22 2018-12-11 Qiagen Waltham, Inc. Modular flow cells and methods of sequencing
AU2016298541B2 (en) * 2015-07-30 2019-10-31 Illumina, Inc. Orthogonal deblocking of nucleotides
AU2016301354B2 (en) 2015-08-06 2022-06-30 Arc Bio, Llc Systems and methods for genomic analysis
WO2017027653A1 (en) 2015-08-11 2017-02-16 The Johns Hopkins University Assaying ovarian cyst fluid
CN108474805A (zh) 2015-08-24 2018-08-31 亿明达股份有限公司 用于生物和化学测定的线路内蓄压器和流量控制系统
CN107921432A (zh) 2015-09-02 2018-04-17 伊卢米纳剑桥有限公司 改善流控系统中的液滴操作的系统和方法
US9938572B1 (en) 2015-09-08 2018-04-10 Raindance Technologies, Inc. System and method for forming an emulsion
US10647981B1 (en) 2015-09-08 2020-05-12 Bio-Rad Laboratories, Inc. Nucleic acid library generation methods and compositions
KR20180050411A (ko) 2015-09-18 2018-05-14 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 올리고핵산 변이체 라이브러리 및 그의 합성
CN108698012A (zh) 2015-09-22 2018-10-23 特韦斯特生物科学公司 用于核酸合成的柔性基底
US10465232B1 (en) 2015-10-08 2019-11-05 Trace Genomics, Inc. Methods for quantifying efficiency of nucleic acid extraction and detection
EP3362032A4 (en) 2015-10-13 2019-05-01 President and Fellows of Harvard College SYSTEMS AND METHOD FOR THE PRODUCTION AND USE OF GEL MICROBALLETS
AU2016341198B2 (en) 2015-10-19 2023-03-09 Dovetail Genomics, Llc Methods for genome assembly, haplotype phasing, and target independent nucleic acid detection
WO2017079406A1 (en) 2015-11-03 2017-05-11 President And Fellows Of Harvard College Method and apparatus for volumetric imaging of a three-dimensional nucleic acid containing matrix
US11371094B2 (en) 2015-11-19 2022-06-28 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid processing using degenerate nucleotides
WO2017095958A1 (en) 2015-12-01 2017-06-08 Twist Bioscience Corporation Functionalized surfaces and preparation thereof
WO2017096110A1 (en) * 2015-12-04 2017-06-08 Siemens Healthcare Diagnostics Inc. Method and device for optimizing the process of identification of pathogens
SG10202108763UA (en) 2015-12-04 2021-09-29 10X Genomics Inc Methods and compositions for nucleic acid analysis
EP3400298B1 (en) 2016-01-08 2024-03-06 Bio-Rad Laboratories, Inc. Multiple beads per droplet resolution
WO2017123533A1 (en) 2016-01-11 2017-07-20 Illumina, Inc. Detection apparatus having a microfluorometer, a fluidic system, and a flow cell latch clamp module
EP3402904B1 (en) * 2016-01-12 2025-07-23 Bio-Rad Laboratories, Inc. Synthesizing barcoding sequences utilizing phase-shift blocks and uses thereof
EP3402883A4 (en) 2016-01-12 2019-09-18 Seqwell, Inc. COMPOSITIONS AND METHODS FOR THE SEQUENCING OF NUCLEIC ACIDS
EP4012416A1 (en) 2016-01-22 2022-06-15 Purdue Research Foundation Use of a charged mass labeling system for the detection of target analytes
JP6685138B2 (ja) 2016-01-27 2020-04-22 シスメックス株式会社 核酸増幅の精度管理方法、精度管理用試薬およびその試薬キット
EP3848457B1 (en) 2016-02-08 2025-08-13 Rgene, Inc. Multiple ligase compositions, systems, and methods
SG11201806757XA (en) 2016-02-11 2018-09-27 10X Genomics Inc Systems, methods, and media for de novo assembly of whole genome sequence data
JP2017143783A (ja) * 2016-02-17 2017-08-24 国立大学法人 筑波大学 並列反応用懸濁液、並列反応方法、スクリーニング方法および検査方法
CA3014911A1 (en) 2016-02-23 2017-08-31 Dovetail Genomics, Llc Generation of phased read-sets for genome assembly and haplotype phasing
WO2017155858A1 (en) 2016-03-07 2017-09-14 Insilixa, Inc. Nucleic acid sequence identification using solid-phase cyclic single base extension
CN109477127A (zh) 2016-03-14 2019-03-15 R基因股份有限公司 超热稳定的赖氨酸-突变型ssDNA/RNA连接酶
EP3433373B1 (en) 2016-03-22 2022-01-12 Myriad Women's Health, Inc. Combinatorial dna screening
EP3433382B1 (en) 2016-03-25 2021-09-01 Karius, Inc. Synthetic nucleic acid spike-ins
PL3377226T3 (pl) 2016-03-28 2021-07-26 Illumina, Inc. Wielopłaszczyznowe mikromacierze
US10961573B2 (en) 2016-03-28 2021-03-30 Boreal Genomics, Inc. Linked duplex target capture
EP3442706B1 (en) 2016-04-13 2025-07-23 NextGen Jane, Inc. Sample collection and preservation methods
WO2017180871A1 (en) 2016-04-13 2017-10-19 Purdue Research Foundation Systems and methods for isolating a target in an ion trap
DK3443119T3 (da) 2016-04-15 2022-05-23 Natera Inc Fremgangsmåde til bestemmelse af lunge cancer
ITUA20162640A1 (it) * 2016-04-15 2017-10-15 Menarini Silicon Biosystems Spa Metodo e kit per la generazione di librerie di dna per sequenziamento massivo parallelo
WO2017184707A1 (en) 2016-04-19 2017-10-26 President And Fellows Of Harvard College Immobilization-based systems and methods for genetic analysis and other applications
AU2017257624B2 (en) 2016-04-25 2023-05-25 President And Fellows Of Harvard College Hybridization chain reaction methods for in situ molecular detection
CN105821482B (zh) * 2016-04-29 2018-04-10 李星军 一种生化微反应体系、高通量测序的建库仪及应用
US10077459B2 (en) 2016-05-04 2018-09-18 General Electric Company Cell-free protein expression using rolling circle amplification product
US10619205B2 (en) 2016-05-06 2020-04-14 Life Technologies Corporation Combinatorial barcode sequences, and related systems and methods
WO2017197343A2 (en) 2016-05-12 2017-11-16 10X Genomics, Inc. Microfluidic on-chip filters
WO2017197338A1 (en) 2016-05-13 2017-11-16 10X Genomics, Inc. Microfluidic systems and methods of use
JP7497976B2 (ja) 2016-05-13 2024-06-11 ダブテイル ゲノミクス エルエルシー 保存されたサンプルからの長距離連鎖情報の回復
SG11201809376WA (en) 2016-05-18 2018-12-28 Illumina Inc Self assembled patterning using patterned hydrophobic surfaces
US11299783B2 (en) 2016-05-27 2022-04-12 Personalis, Inc. Methods and systems for genetic analysis
US11371087B2 (en) * 2016-06-10 2022-06-28 Takara Bio Usa, Inc. Methods and compositions employing blocked primers
WO2017214561A1 (en) 2016-06-10 2017-12-14 Life Technologies Corporation Methods and compositions for nucleic acid amplification
JP2019528675A (ja) * 2016-06-14 2019-10-17 ベース４ イノベーション リミテッド ポリヌクレオチド分離法
WO2018013509A1 (en) 2016-07-11 2018-01-18 Arizona Board Of Regents On Behalf Of The University Of Arizona Compositions and methods for diagnosing and treating arrhythmias
US10544456B2 (en) 2016-07-20 2020-01-28 Genapsys, Inc. Systems and methods for nucleic acid sequencing
US11460405B2 (en) 2016-07-21 2022-10-04 Takara Bio Usa, Inc. Multi-Z imaging and dispensing with multi-well devices
US11142791B2 (en) 2016-08-10 2021-10-12 The Regents Of The University Of California Combined multiple-displacement amplification and PCR in an emulsion microdroplet
AU2017315252B2 (en) 2016-08-22 2023-03-16 Biolumic Limited System, device and methods of seed treatment
KR102212257B1 (ko) 2016-08-22 2021-02-04 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 드 노보 합성된 핵산 라이브러리
US11414708B2 (en) 2016-08-24 2022-08-16 Decipher Biosciences, Inc. Use of genomic signatures to predict responsiveness of patients with prostate cancer to post-operative radiation therapy
JP7239465B2 (ja) 2016-08-31 2023-03-14 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ 蛍光ｉｎ ｓｉｔｕ配列決定による検出のための核酸配列ライブラリの作製法
GB2569252A (en) 2016-08-31 2019-06-12 Harvard College Methods of combining the detection of biomolecules into a single assay using fluorescent in situ sequencing
EP3507379A4 (en) * 2016-08-31 2020-05-13 President and Fellows of Harvard College METHOD FOR DIGITAL TOTAL GENOM AMPLIFICATION
WO2018045162A1 (en) 2016-09-01 2018-03-08 Biogen Ma Inc. Biomarkers predictive of primary progressive multiple sclerosis and uses thereof
WO2018049260A1 (en) * 2016-09-09 2018-03-15 Tl Biolabs Corp . Reusable microarray compositions and methods
WO2018057526A2 (en) 2016-09-21 2018-03-29 Twist Bioscience Corporation Nucleic acid based data storage
US10428325B1 (en) 2016-09-21 2019-10-01 Adaptive Biotechnologies Corporation Identification of antigen-specific B cell receptors
CN109790576A (zh) 2016-09-27 2019-05-21 优比欧迈公司 基于crispr的文库制备和测序的方法和系统
WO2018064116A1 (en) 2016-09-28 2018-04-05 Illumina, Inc. Methods and systems for data compression
WO2018067517A1 (en) 2016-10-04 2018-04-12 Natera, Inc. Methods for characterizing copy number variation using proximity-litigation sequencing
EP4439045A3 (en) 2016-10-14 2024-11-27 Illumina, Inc. Cartridge assembly
US10190155B2 (en) 2016-10-14 2019-01-29 Nugen Technologies, Inc. Molecular tag attachment and transfer
US11725232B2 (en) 2016-10-31 2023-08-15 The Hong Kong University Of Science And Technology Compositions, methods and kits for detection of genetic variants for alzheimer's disease
GB201618485D0 (en) 2016-11-02 2016-12-14 Ucl Business Plc Method of detecting tumour recurrence
US10255990B2 (en) 2016-11-11 2019-04-09 uBiome, Inc. Method and system for fragment assembly and sequence identification
US10011870B2 (en) 2016-12-07 2018-07-03 Natera, Inc. Compositions and methods for identifying nucleic acid molecules
US20210008559A1 (en) * 2016-12-12 2021-01-14 Talis Biomedical Corporation Capsule containment of dried reagents
EP3554514A4 (en) 2016-12-16 2020-08-05 Twist Bioscience Corporation BANKS OF VARIANTS OF IMMUNOLOGICAL SYNAPSE AND THEIR SYNTHESIS
WO2018118971A1 (en) 2016-12-19 2018-06-28 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet tagging contiguity preserved tagmented dna
EP3559269B1 (en) 2016-12-20 2020-09-16 F. Hoffmann-La Roche AG Single stranded circular dna libraries for circular consensus sequencing
CN110462053A (zh) 2016-12-21 2019-11-15 加利福尼亚大学董事会 使用基于水凝胶的液滴进行单细胞基因组测序
US10011872B1 (en) 2016-12-22 2018-07-03 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10815525B2 (en) 2016-12-22 2020-10-27 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10550429B2 (en) 2016-12-22 2020-02-04 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
WO2018121587A1 (zh) * 2016-12-27 2018-07-05 深圳华大生命科学研究院 一种基于单荧光染料的测序方法
CA3048486A1 (en) * 2017-01-04 2018-07-12 Complete Genomics, Inc. Stepwise sequencing by non-labeled reversible terminators or natural nucleotides
GB201704754D0 (en) 2017-01-05 2017-05-10 Illumina Inc Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries
WO2018132459A1 (en) 2017-01-10 2018-07-19 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for reducing redundant molecular barcodes created in primer extension reactions
AU2018210695B2 (en) 2017-01-20 2024-07-18 The University Of British Columbia Molecular subtyping, prognosis, and treatment of bladder cancer
US12264411B2 (en) 2017-01-30 2025-04-01 10X Genomics, Inc. Methods and systems for analysis
EP4310183B1 (en) 2017-01-30 2025-07-09 10X Genomics, Inc. Methods and systems for droplet-based single cell barcoding
GB201701688D0 (en) 2017-02-01 2017-03-15 Illumia Inc System and method with fiducials in non-recliner layouts
GB201701689D0 (en) 2017-02-01 2017-03-15 Illumia Inc System and method with fiducials of non-closed shapes
GB201701686D0 (en) 2017-02-01 2017-03-15 Illunina Inc System & method with fiducials having offset layouts
US11896944B2 (en) 2017-02-01 2024-02-13 Illumina, Inc. System and method with fiducials responding to multiple excitation frequencies
US10240205B2 (en) 2017-02-03 2019-03-26 Population Bio, Inc. Methods for assessing risk of developing a viral disease using a genetic test
US10995333B2 (en) 2017-02-06 2021-05-04 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid preparation
WO2018156418A1 (en) 2017-02-21 2018-08-30 Natera, Inc. Compositions, methods, and kits for isolating nucleic acids
CN110892485B (zh) 2017-02-22 2024-03-22 特韦斯特生物科学公司 基于核酸的数据存储
GB201703049D0 (en) * 2017-02-24 2017-04-12 Univ I Tromsø - Norges Arktiske Univ Single-strand binding protein
EP3838268B1 (en) 2017-02-24 2023-05-10 The Regents of the University of California Particle-drop structures and methods for making and using the same
JP6931540B2 (ja) * 2017-02-27 2021-09-08 シスメックス株式会社 検体処理チップを用いた送液方法、検体処理チップの送液装置
WO2018165600A1 (en) 2017-03-09 2018-09-13 Genomedx Biosciences, Inc. Subtyping prostate cancer to predict response to hormone therapy
AU2018234629A1 (en) 2017-03-15 2019-10-17 Twist Bioscience Corporation Variant libraries of the immunological synapse and synthesis thereof
EP3601593B1 (en) 2017-03-24 2021-12-22 Bio-Rad Laboratories, Inc. Universal hairpin primers
US10737267B2 (en) 2017-04-04 2020-08-11 Omniome, Inc. Fluidic apparatus and methods useful for chemical and biological reactions
FI3607065T3 (fi) * 2017-04-06 2023-06-16 Qing Wang Menetelmä ja tarvikesarja nukleiinihappokirjaston rakentamista varten
US12492430B2 (en) 2017-04-11 2025-12-09 Tecan Genomics, Inc. Library quantitation and qualification
CA3059370C (en) 2017-04-12 2022-05-10 Karius, Inc. Methods for concurrent analysis of dna and rna in mixed samples
US11185568B2 (en) 2017-04-14 2021-11-30 President And Fellows Of Harvard College Methods for generation of cell-derived microfilament network
CA3060539A1 (en) 2017-04-18 2018-10-25 Dovetail Genomics, Llc Nucleic acid characteristics as guides for sequence assembly
US10161003B2 (en) 2017-04-25 2018-12-25 Omniome, Inc. Methods and apparatus that increase sequencing-by-binding efficiency
JP2018183097A (ja) * 2017-04-26 2018-11-22 株式会社エンプラス 細胞由来の解析用液滴の単離方法、および細胞の解析方法
US11078542B2 (en) 2017-05-12 2021-08-03 Decipher Biosciences, Inc. Genetic signatures to predict prostate cancer metastasis and identify tumor aggressiveness
CN106957842B (zh) * 2017-05-15 2020-05-22 青岛安德贝生命科技有限公司 Bac克隆dna的提取方法
CN110870018B (zh) 2017-05-19 2024-11-22 10X基因组学有限公司 用于分析数据集的系统和方法
CN109526228B (zh) 2017-05-26 2022-11-25 10X基因组学有限公司 转座酶可接近性染色质的单细胞分析
US10844372B2 (en) 2017-05-26 2020-11-24 10X Genomics, Inc. Single cell analysis of transposase accessible chromatin
US12209274B2 (en) * 2017-05-31 2025-01-28 Centrillion Technology Holdings Corporation Oligonucleotide probe array with electronic detection system
EP3634992B1 (en) 2017-06-08 2024-03-27 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Methods and compositions for identifying epitopes
WO2018231864A1 (en) 2017-06-12 2018-12-20 Twist Bioscience Corporation Methods for seamless nucleic acid assembly
JP7169999B2 (ja) 2017-06-12 2022-11-11 ツイスト バイオサイエンス コーポレーション シームレス核酸アセンブリのための方法
US11001885B2 (en) * 2017-06-13 2021-05-11 Personal Genomics Taiwan, Inc. Apparatus for single molecular sequencing and method of sequencing nucleic acid molecules
US11186862B2 (en) 2017-06-20 2021-11-30 Bio-Rad Laboratories, Inc. MDA using bead oligonucleotide
US12040053B2 (en) 2017-06-21 2024-07-16 Bluedot, Llc Methods for generating sequencer-specific nucleic acid barcodes that reduce demultiplexing errors
US11217329B1 (en) 2017-06-23 2022-01-04 Veracyte, Inc. Methods and systems for determining biological sample integrity
JP2020525002A (ja) 2017-06-29 2020-08-27 バイオルミック リミテッド 作物の収量および／あるいは品質を改善する方法
EP3655572A4 (en) * 2017-07-17 2021-03-24 Seqonce Biosciences, Inc. FAST LIBRARY DESIGN FOR HIGH-THROUGHPUT SEQUENCING
AU2018310987A1 (en) 2017-08-04 2020-02-27 Decipher Biosciences, Inc. Use of immune cell-specific gene expression for prognosis of prostate cancer and prediction of responsiveness to radiation therapy
CN120400338A (zh) 2017-08-07 2025-08-01 约翰斯霍普金斯大学 用于评估和治疗癌症的方法和材料
SG11202000964UA (en) 2017-08-15 2020-02-27 Omniome Inc Scanning apparatus and methods useful for detection of chemical and biological analytes
WO2019038594A2 (en) 2017-08-21 2019-02-28 Biolumic Limited TRANSGENIC PLANTS WITH HIGH GROWTH AND HIGH RUSTICITY
US11667952B2 (en) 2017-08-24 2023-06-06 Takara Bio Usa, Inc. Methods of producing nucleic acids using oligonucleotides modified by a stimulus
JP2020532999A (ja) * 2017-09-07 2020-11-19 クーパーゲノミクス， インコーポレイテッド 非侵襲性の移植前遺伝子診断のためのシステムおよび方法
AU2018328847A1 (en) 2017-09-11 2020-04-23 Twist Bioscience Corporation GPCR binding proteins and synthesis thereof
KR20200059243A (ko) 2017-09-20 2020-05-28 리제너론 파마슈티칼스 인코포레이티드 패신저 유전자 돌연변이 부담이 높은 종양을 가진 환자에 대한 면역 치료요법
CA3076378A1 (en) 2017-09-21 2019-03-28 Genapsys, Inc. Systems and methods for nucleic acid sequencing
WO2019060716A1 (en) 2017-09-25 2019-03-28 Freenome Holdings, Inc. SAMPLE EXTRACTION METHODS AND SYSTEMS
CN116785253A (zh) * 2017-09-29 2023-09-22 加利福尼亚大学董事会 单分散乳液的制备方法
US10837047B2 (en) 2017-10-04 2020-11-17 10X Genomics, Inc. Compositions, methods, and systems for bead formation using improved polymers
US11598780B2 (en) 2017-10-06 2023-03-07 The University Of Chicago Engineering lymphocytes with specific alpha and beta chains on their t-cell receptor
US10501739B2 (en) 2017-10-18 2019-12-10 Mission Bio, Inc. Method, systems and apparatus for single cell analysis
CA3079411C (en) 2017-10-19 2023-12-05 Omniome, Inc. Simultaneous background reduction and complex stabilization in binding assay workflows
US11099202B2 (en) 2017-10-20 2021-08-24 Tecan Genomics, Inc. Reagent delivery system
WO2019079769A1 (en) 2017-10-20 2019-04-25 Twist Bioscience Corporation HEATED NANOWELLS FOR THE SYNTHESIS OF POLYNUCLEOTIDES
WO2019084043A1 (en) 2017-10-26 2019-05-02 10X Genomics, Inc. METHODS AND SYSTEMS FOR NUCLEIC ACID PREPARATION AND CHROMATIN ANALYSIS
CN111479631B (zh) 2017-10-27 2022-02-22 10X基因组学有限公司 用于样品制备和分析的方法和系统
US10907205B2 (en) 2017-11-02 2021-02-02 Bio-Rad Laboratories, Inc. Transposase-based genomic analysis
CN111051523B (zh) 2017-11-15 2024-03-19 10X基因组学有限公司 功能化凝胶珠
US10829815B2 (en) 2017-11-17 2020-11-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for associating physical and genetic properties of biological particles
US10815484B2 (en) 2017-11-22 2020-10-27 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for treating cancer
US11254980B1 (en) 2017-11-29 2022-02-22 Adaptive Biotechnologies Corporation Methods of profiling targeted polynucleotides while mitigating sequencing depth requirements
EP3717645A4 (en) 2017-11-29 2021-09-01 XGenomes Corp. NUCLEIC ACID SEQUENCING BY EMERGENCE
US11427867B2 (en) 2017-11-29 2022-08-30 Xgenomes Corp. Sequencing by emergence
WO2019108851A1 (en) 2017-11-30 2019-06-06 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid preparation and analysis
CN111699388B (zh) 2017-12-12 2024-08-02 10X基因组学有限公司 用于单细胞处理的系统和方法
WO2019118926A1 (en) 2017-12-14 2019-06-20 Tai Diagnostics, Inc. Assessing graft suitability for transplantation
CN111712579B (zh) 2017-12-22 2024-10-15 10X基因组学有限公司 用于处理来自一个或多个细胞的核酸分子的系统和方法
US11701656B2 (en) 2018-01-02 2023-07-18 The Regents Of The University Of Michigan Multi-droplet capture
EP4715681A2 (en) 2018-01-04 2026-03-25 Atlas Data Storage, Inc. Dna-based digital information storage
US20190237163A1 (en) 2018-01-12 2019-08-01 Life Technologies Corporation Methods for flow space quality score prediction by neural networks
CN119614672A (zh) 2018-01-31 2025-03-14 生物辐射实验室股份有限公司 用于解卷积分区条码的方法和组合物
CA3090102A1 (en) 2018-01-31 2019-08-08 Dovetail Genomics, Llc Sample prep for dna linkage recovery
SG11202007686VA (en) 2018-02-12 2020-09-29 10X Genomics Inc Methods characterizing multiple analytes from individual cells or cell populations
WO2019161244A1 (en) 2018-02-15 2019-08-22 Natera, Inc. Methods for isolating nucleic acids with size selection
CN110184325A (zh) 2018-02-22 2019-08-30 张家港万众一芯生物科技有限公司 基于微孔阵列芯片的单分子文库pcr扩增的基因测序方法
US11639928B2 (en) 2018-02-22 2023-05-02 10X Genomics, Inc. Methods and systems for characterizing analytes from individual cells or cell populations
WO2019169028A1 (en) 2018-02-28 2019-09-06 10X Genomics, Inc. Transcriptome sequencing through random ligation
EP3765632A4 (en) * 2018-03-13 2021-12-08 Sarmal, Inc. SINGLE MOLECULE SEQUENCING PROCESSES
JP7348603B2 (ja) 2018-04-02 2023-09-21 エニュメラ・モレキュラー・インコーポレイテッド 核酸分子を計数するための方法、システム、および組成物
WO2019195166A1 (en) 2018-04-06 2019-10-10 10X Genomics, Inc. Systems and methods for quality control in single cell processing
EP3553182A1 (en) 2018-04-11 2019-10-16 Université de Bourgogne Detection method of somatic genetic anomalies, combination of capture probes and kit of detection
US11746151B2 (en) 2018-04-13 2023-09-05 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for treating cancer
DK3781714T3 (da) 2018-04-14 2026-03-30 Natera Inc Fremgangsmåder til cancerpåvisning og -overvågning ved personlig påvisning af cirkulerende tumor-dna
CA3097583A1 (en) 2018-04-19 2019-10-24 Omniome, Inc. Improving accuracy of base calls in nucleic acid sequencing methods
WO2019209426A1 (en) 2018-04-26 2019-10-31 Omniome, Inc. Methods and compositions for stabilizing nucleic acid-nucleotide-polymerase complexes
US12235273B2 (en) 2018-05-04 2025-02-25 Abbott Laboratories HBV diagnostic, prognostic, and therapeutic methods and products
CN108588200A (zh) * 2018-05-06 2018-09-28 湖南大地同年生物科技有限公司 一种R-Loop高通量测序文库构建方法
WO2019217758A1 (en) 2018-05-10 2019-11-14 10X Genomics, Inc. Methods and systems for molecular library generation
JP7556790B2 (ja) 2018-05-18 2024-09-26 ザ ユニバーシティ オブ ノース カロライナ アット チャペル ヒル 基板の表面特性を改善する為の組成物、デバイス、及び方法
IL278771B2 (en) 2018-05-18 2025-09-01 Twist Bioscience Corp Polynucleotides, reagents and methods for nucleic acid hybridization
US11814750B2 (en) 2018-05-31 2023-11-14 Personalis, Inc. Compositions, methods and systems for processing or analyzing multi-species nucleic acid samples
AU2019276719B2 (en) 2018-05-31 2025-11-13 Pacific Biosciences Of California, Inc. Increased signal to noise in nucleic acid sequencing
US10801064B2 (en) 2018-05-31 2020-10-13 Personalis, Inc. Compositions, methods and systems for processing or analyzing multi-species nucleic acid samples
US11180794B2 (en) 2018-05-31 2021-11-23 Omniome, Inc. Methods and compositions for capping nucleic acids
US11932899B2 (en) 2018-06-07 2024-03-19 10X Genomics, Inc. Methods and systems for characterizing nucleic acid molecules
US12584163B2 (en) 2018-06-11 2026-03-24 Foundation Medicine, Inc. Compositions and methods for evaluating genomic alterations
US11703427B2 (en) 2018-06-25 2023-07-18 10X Genomics, Inc. Methods and systems for cell and bead processing
US12234509B2 (en) 2018-07-03 2025-02-25 Natera, Inc. Methods for detection of donor-derived cell-free DNA
WO2020023362A1 (en) 2018-07-24 2020-01-30 Omniome, Inc. Serial formation of ternary complex species
US12188014B1 (en) 2018-07-25 2025-01-07 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for nucleic acid processing using blocking agents
US20200032335A1 (en) 2018-07-27 2020-01-30 10X Genomics, Inc. Systems and methods for metabolome analysis
EP3836967A4 (en) 2018-07-30 2022-06-15 ReadCoor, LLC METHODS AND SYSTEMS FOR SAMPLE PROCESSING OR ANALYSIS
SG11202101164TA (en) 2018-08-03 2021-03-30 10X Genomics Inc Methods and systems to minimize barcode exchange
FI3625368T3 (fi) 2018-08-08 2023-01-13 Menetelmiä john cunningham -viruksen aiheuttaman progressiivin multifokaalin leukoenkefalopatian kehittymisen riskin arviointiin geneettisellä testauksella
CN113166807B (zh) 2018-08-20 2024-06-04 生物辐射实验室股份有限公司 通过分区中条码珠共定位生成核苷酸序列
US12065688B2 (en) 2018-08-20 2024-08-20 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for cellular processing
WO2020041148A1 (en) 2018-08-20 2020-02-27 10X Genomics, Inc. Methods and systems for detection of protein-dna interactions using proximity ligation
US11519033B2 (en) 2018-08-28 2022-12-06 10X Genomics, Inc. Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample
US12258368B2 (en) 2018-09-28 2025-03-25 Centrillion Technology Holdings Corporation Disulfide-linked reversible terminators
WO2020076976A1 (en) 2018-10-10 2020-04-16 Readcoor, Inc. Three-dimensional spatial molecular indexing
AU2019364418B2 (en) 2018-10-25 2025-11-13 Illumina, Inc. Methods and compositions for identifying ligands on arrays using indexes and barcodes
US12139764B2 (en) 2018-11-14 2024-11-12 Arizona Board Of Regents On Behalf Of The University Of Arizona Systems and methods for characterizing and treating breast cancer
WO2020101795A1 (en) 2018-11-15 2020-05-22 Omniome, Inc. Electronic detection of nucleic acid structure
EP3887545A4 (en) * 2018-11-29 2022-08-24 XGenomes Corp. COALESCENCE SEQUENCING
CN211311438U (zh) 2018-12-04 2020-08-21 欧姆尼欧美公司 流动池
EP3891279A1 (en) 2018-12-07 2021-10-13 Octant, Inc. Systems for protein-protein interaction screening
US11459607B1 (en) 2018-12-10 2022-10-04 10X Genomics, Inc. Systems and methods for processing-nucleic acid molecules from a single cell using sequential co-partitioning and composite barcodes
US20220290217A1 (en) 2018-12-10 2022-09-15 10X Genomics, Inc. Resolving spatial arrays using deconvolution
US11268091B2 (en) 2018-12-13 2022-03-08 Dna Script Sas Direct oligonucleotide synthesis on cells and biomolecules
BR112020026667A2 (pt) * 2018-12-19 2021-07-27 Illumina, Inc. métodos para melhorar a prioridade de clonalidade do agrupamento de polinucleotídeo
WO2020132350A2 (en) 2018-12-20 2020-06-25 Omniome, Inc. Temperature control for analysis of nucleic acids and other analytes
WO2020139871A1 (en) 2018-12-26 2020-07-02 Twist Bioscience Corporation Highly accurate de novo polynucleotide synthesis
US11358137B2 (en) 2018-12-26 2022-06-14 Industrial Technology Research Institute Tubular structure for producing droplets and method for producing droplets
CN109738469A (zh) * 2018-12-29 2019-05-10 赛纳生物科技(北京)有限公司 一种fop表面微坑镀膜的致密性检测方法
US20220081714A1 (en) 2019-01-04 2022-03-17 Northwestern University Storing temporal data into dna
US11649485B2 (en) 2019-01-06 2023-05-16 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
US11926867B2 (en) 2019-01-06 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
US12169198B2 (en) 2019-01-08 2024-12-17 10X Genomics, Inc. Systems and methods for sample analysis
US11845983B1 (en) 2019-01-09 2023-12-19 10X Genomics, Inc. Methods and systems for multiplexing of droplet based assays
EP3908678A1 (en) 2019-01-10 2021-11-17 Iovance Biotherapeutics, Inc. System and methods for monitoring adoptive cell therapy clonality and persistence
EP3924515A4 (en) * 2019-02-11 2022-08-24 Ultima Genomics, Inc. PROCEDURE FOR NUCLEIC ACID ANALYSIS
US11851683B1 (en) 2019-02-12 2023-12-26 10X Genomics, Inc. Methods and systems for selective analysis of cellular samples
WO2020167866A1 (en) 2019-02-12 2020-08-20 10X Genomics, Inc. Systems and methods for transposon loading
US11467153B2 (en) 2019-02-12 2022-10-11 10X Genomics, Inc. Methods for processing nucleic acid molecules
EP3924505B1 (en) 2019-02-12 2025-12-17 10X Genomics, Inc. Methods for processing nucleic acid molecules
WO2020167862A1 (en) 2019-02-12 2020-08-20 10X Genomics, Inc. Systems and methods for transfer of reagents between droplets
US12275993B2 (en) 2019-02-12 2025-04-15 10X Genomics, Inc. Analysis of nucleic acid sequences
US12305239B2 (en) 2019-02-12 2025-05-20 10X Genomics, Inc. Analysis of nucleic acid sequences
WO2020167574A1 (en) 2019-02-14 2020-08-20 Omniome, Inc. Mitigating adverse impacts of detection systems on nucleic acids and other biological analytes
CN113613787B (zh) 2019-02-20 2023-06-13 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司 用于检测化学和生物分析物的扫描装置和方法
US11655499B1 (en) 2019-02-25 2023-05-23 10X Genomics, Inc. Detection of sequence elements in nucleic acid molecules
AU2020227802A1 (en) 2019-02-26 2021-10-14 Twist Bioscience Corporation Variant nucleic acid libraries for antibody optimization
WO2020176678A1 (en) 2019-02-26 2020-09-03 Twist Bioscience Corporation Variant nucleic acid libraries for glp1 receptor
US11920183B2 (en) 2019-03-11 2024-03-05 10X Genomics, Inc. Systems and methods for processing optically tagged beads
JP7687957B2 (ja) 2019-03-14 2025-06-03 インシリクサ， インコーポレイテッド 時間ゲート蛍光ベースの検出のための方法およびシステム
NL2023314B1 (en) 2019-03-21 2020-09-28 Illumina Inc Artificial intelligence-based quality scoring
NL2023316B1 (en) 2019-03-21 2020-09-28 Illumina Inc Artificial intelligence-based sequencing
NL2023311B9 (en) 2019-03-21 2021-03-12 Illumina Inc Artificial intelligence-based generation of sequencing metadata
NL2023312B1 (en) 2019-03-21 2020-09-28 Illumina Inc Artificial intelligence-based base calling
US11210554B2 (en) 2019-03-21 2021-12-28 Illumina, Inc. Artificial intelligence-based generation of sequencing metadata
NL2023310B1 (en) 2019-03-21 2020-09-28 Illumina Inc Training data generation for artificial intelligence-based sequencing
WO2020191389A1 (en) 2019-03-21 2020-09-24 Illumina, Inc. Training data generation for artificial intelligence-based sequencing
EP3947722A1 (en) 2019-03-27 2022-02-09 10X Genomics, Inc. Systems and methods for processing rna from cells
EP3947718A4 (en) 2019-04-02 2022-12-21 Enumera Molecular, Inc. METHODS, SYSTEMS AND COMPOSITIONS FOR COUNTING NUCLEIC ACID MOLECULES
WO2020210544A1 (en) * 2019-04-09 2020-10-15 University Of Washington Systems and methods for providing similarity based retrieval of information stored in dna
CN109853047A (zh) * 2019-04-10 2019-06-07 翌圣生物科技（上海）有限公司 一种基因组dna测序文库快速构建方法及配套试剂盒
CN112888791A (zh) 2019-04-29 2021-06-01 伊鲁米那股份有限公司 通过快速温育和核酸富集来鉴定和分析微生物样本
US20210017596A1 (en) * 2019-05-08 2021-01-21 Qiagen Sciences, Llc Sequential sequencing methods and compositions
US11593649B2 (en) 2019-05-16 2023-02-28 Illumina, Inc. Base calling using convolutions
CN113853440A (zh) * 2019-05-22 2021-12-28 牛津纳米孔科技公开有限公司 用于检测细胞内一个或多个dna分子内相互作用的方案
EP3973074A4 (en) 2019-05-22 2023-09-06 Mission Bio, Inc. METHOD AND DEVICE FOR SIMULTANEOUS TARGETED SEQUENCING OF DNA, RNA AND PROTEIN
JP7545999B2 (ja) 2019-05-28 2024-09-05 オクタント，インク． 転写リレー系
EP3976820A1 (en) 2019-05-30 2022-04-06 10X Genomics, Inc. Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample
EP3980559A1 (en) 2019-06-06 2022-04-13 Natera, Inc. Methods for detecting immune cell dna and monitoring immune system
WO2020252186A1 (en) 2019-06-11 2020-12-17 Omniome, Inc. Calibrated focus sensing
US12595501B2 (en) 2019-06-13 2026-04-07 Global Life Sciences Solutions Usa Llc Expression of products from nucleic acid concatemers
CA3144644A1 (en) 2019-06-21 2020-12-24 Twist Bioscience Corporation Barcode-based nucleic acid sequence assembly
CN114341638A (zh) 2019-06-27 2022-04-12 多弗泰尔基因组学有限责任公司 用于邻近连接的方法和组合物
US11667954B2 (en) 2019-07-01 2023-06-06 Mission Bio, Inc. Method and apparatus to normalize quantitative readouts in single-cell experiments
US11377655B2 (en) 2019-07-16 2022-07-05 Pacific Biosciences Of California, Inc. Synthetic nucleic acids having non-natural structures
US10656368B1 (en) 2019-07-24 2020-05-19 Omniome, Inc. Method and system for biological imaging using a wide field objective lens
US12496305B2 (en) 2019-07-30 2025-12-16 The Cleveland Clinic Foundation Detection for determining corticosteroid responsiveness
CN110499361B (zh) * 2019-07-31 2022-11-25 齐鲁工业大学 一种末端碱基流式荧光测序微球的制备方法及应用
WO2021034034A1 (ko) 2019-08-19 2021-02-25 주식회사 녹십자지놈 핵산 단편간 거리 정보를 이용한 염색체 이상 검출 방법
EP4407043A3 (en) * 2019-08-21 2024-10-09 Life Technologies Corporation System and method for sequencing
US12235262B1 (en) 2019-09-09 2025-02-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for single cell protein analysis
TW202124406A (zh) 2019-09-10 2021-07-01 美商歐姆尼歐美公司 核苷酸之可逆修飾
EP4031682A1 (en) 2019-09-20 2022-07-27 Illumina, Inc. Methods and compositions for identifying ligands on arrays using indexes and barcodes
US12091777B2 (en) 2019-09-23 2024-09-17 Twist Bioscience Corporation Variant nucleic acid libraries for CRTH2
EP4034564A4 (en) 2019-09-23 2023-12-13 Twist Bioscience Corporation VARIANT NUCLEIC ACID LIBRARIES FOR SINGLE-DOMAIN ANTIBODIES
AU2020361681A1 (en) 2019-10-10 2022-05-05 1859, Inc. Methods and systems for microfluidic screening
WO2021076152A1 (en) 2019-10-18 2021-04-22 Omniome, Inc. Methods and compositions for capping nucleic acids
WO2021092066A1 (en) 2019-11-05 2021-05-14 Personalis, Inc. Estimating tumor purity from single samples
MX2022004501A (es) 2019-11-07 2022-05-06 Oncxerna Therapeutics Inc Clasificacion de microambientes tumorales.
WO2021092433A2 (en) 2019-11-08 2021-05-14 10X Genomics, Inc. Enhancing specificity of analyte binding
EP4055185A1 (en) 2019-11-08 2022-09-14 10X Genomics, Inc. Spatially-tagged analyte capture agents for analyte multiplexing
CN110951852B (zh) * 2019-11-25 2022-11-25 齐鲁工业大学 单碱基连续延伸流式靶向测序法
KR102586651B1 (ko) 2019-11-29 2023-10-11 주식회사 지씨지놈 인공지능 기반 염색체 이상 검출 방법
BR112022011235A2 (pt) 2019-12-09 2022-12-13 Twist Bioscience Corp Bibliotecas de variantes de ácido nucleico para receptores de adenosina
EP3839509A1 (en) * 2019-12-16 2021-06-23 Blink AG A library of prefabricated microparticles and precursors thereof
EP4081777B1 (en) 2019-12-23 2026-02-18 10X Genomics, Inc. Reversible fixing reagents and methods of use thereof
EP4081656A1 (en) 2019-12-23 2022-11-02 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for using fixed biological samples in partition-based assays
CN121022991A (zh) 2019-12-23 2025-11-28 10X基因组学有限公司 使用rna模板化连接进行空间分析的方法
CN115698282A (zh) 2020-01-13 2023-02-03 福路伦特生物科学公司 单细胞测序
US11827936B2 (en) 2020-01-13 2023-11-28 Fluent Biosciences Inc. Methods and systems for single cell gene profiling
US12365942B2 (en) 2020-01-13 2025-07-22 10X Genomics, Inc. Methods of decreasing background on a spatial array
EP4090328A4 (en) 2020-01-13 2024-02-14 Fluent Biosciences Inc. EMULSION-BASED ACTIVE SCREENING
US12405264B2 (en) 2020-01-17 2025-09-02 10X Genomics, Inc. Electrophoretic system and method for analyte capture
EP3851542A1 (en) 2020-01-20 2021-07-21 Tecan Genomics, Inc. Depletion of abundant uninformative sequences
US11702693B2 (en) 2020-01-21 2023-07-18 10X Genomics, Inc. Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells
US11732299B2 (en) 2020-01-21 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Spatial assays with perturbed cells
US20210230681A1 (en) 2020-01-24 2021-07-29 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using proximity ligation
CN115362264A (zh) 2020-01-29 2022-11-18 10X基因组学有限公司 用于分析物检测的组合物和方法
US11821035B1 (en) 2020-01-29 2023-11-21 10X Genomics, Inc. Compositions and methods of making gene expression libraries
WO2021152586A1 (en) 2020-01-30 2021-08-05 Yeda Research And Development Co. Ltd. Methods of analyzing microbiome, immunoglobulin profile and physiological state
US12076701B2 (en) 2020-01-31 2024-09-03 10X Genomics, Inc. Capturing oligonucleotides in spatial transcriptomics
US11898205B2 (en) 2020-02-03 2024-02-13 10X Genomics, Inc. Increasing capture efficiency of spatial assays
CN113275053A (zh) 2020-02-03 2021-08-20 帝肯基因组学公司 试剂存储系统
US12110541B2 (en) 2020-02-03 2024-10-08 10X Genomics, Inc. Methods for preparing high-resolution spatial arrays
WO2021158511A1 (en) 2020-02-04 2021-08-12 Omniome, Inc. Flow cells and methods for their manufacture and use
US11732300B2 (en) 2020-02-05 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample
WO2021158925A1 (en) 2020-02-07 2021-08-12 10X Genomics, Inc. Quantitative and automated permeabilization performance evaluation for spatial transcriptomics
US11835462B2 (en) 2020-02-11 2023-12-05 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for partitioning a biological sample
US12449419B1 (en) 2020-02-12 2025-10-21 10X Genomics, Inc. Methods for detecting binding of peptide-MHC monomers to T cells
EP4103580A4 (en) 2020-02-13 2024-03-06 Zymergen Inc. METAGENOMIC LIBRARY AND NATURAL PRODUCT DISCOVERY PLATFORM
US12421558B2 (en) 2020-02-13 2025-09-23 10X Genomics, Inc. Systems and methods for joint interactive visualization of gene expression and DNA chromatin accessibility
US12399123B1 (en) 2020-02-14 2025-08-26 10X Genomics, Inc. Spatial targeting of analytes
IL295297A (en) 2020-02-14 2022-10-01 Univ Johns Hopkins Methods and materials for assessing nucleic acids
US12281357B1 (en) 2020-02-14 2025-04-22 10X Genomics, Inc. In situ spatial barcoding
US12354008B2 (en) 2020-02-20 2025-07-08 Illumina, Inc. Knowledge distillation and gradient pruning-based compression of artificial intelligence-based base caller
US11891654B2 (en) 2020-02-24 2024-02-06 10X Genomics, Inc. Methods of making gene expression libraries
US11926863B1 (en) 2020-02-27 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Solid state single cell method for analyzing fixed biological cells
US11768175B1 (en) 2020-03-04 2023-09-26 10X Genomics, Inc. Electrophoretic methods for spatial analysis
CA3175931A1 (en) 2020-03-16 2021-09-23 Fluent Biosciences Inc. Multi-omic analysis in monodisperse droplets
CA3176859A1 (en) 2020-03-24 2021-09-30 Fluent Biosciences Inc. Viral detection using template emulsification
CN111455469B (zh) * 2020-04-07 2023-08-18 深圳易倍科华生物科技有限公司 一种单链快速建库方法及建库仪器
WO2021214766A1 (en) 2020-04-21 2021-10-28 Yeda Research And Development Co. Ltd. Methods of diagnosing viral infections and vaccines thereto
WO2021216708A1 (en) 2020-04-22 2021-10-28 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using targeted rna depletion
CN115836135A (zh) 2020-05-05 2023-03-21 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司 用于修饰聚合酶-核酸复合物的组合物和方法
US11188778B1 (en) 2020-05-05 2021-11-30 Illumina, Inc. Equalization-based image processing and spatial crosstalk attenuator
US20230203592A1 (en) 2020-05-05 2023-06-29 Akershus Universitetssykehus Hf Compositions and methods for characterizing bowel cancer
US11851700B1 (en) 2020-05-13 2023-12-26 10X Genomics, Inc. Methods, kits, and compositions for processing extracellular molecules
CN116134308B (zh) 2020-05-19 2025-05-27 10X基因组学有限公司 电泳盒和仪器
US10941453B1 (en) 2020-05-20 2021-03-09 Paragon Genomics, Inc. High throughput detection of pathogen RNA in clinical specimens
EP4414459B1 (en) 2020-05-22 2025-09-03 10X Genomics, Inc. Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity
WO2021237087A1 (en) 2020-05-22 2021-11-25 10X Genomics, Inc. Spatial analysis to detect sequence variants
WO2021242834A1 (en) 2020-05-26 2021-12-02 10X Genomics, Inc. Method for resetting an array
CN116134152A (zh) 2020-05-27 2023-05-16 基因技术有限公司 评估对冠状病毒感染产生严重反应的风险的方法
EP4158054B1 (en) 2020-06-02 2025-04-16 10X Genomics, Inc. Spatial transcriptomics for antigen-receptors
US12265079B1 (en) 2020-06-02 2025-04-01 10X Genomics, Inc. Systems and methods for detecting analytes from captured single biological particles
WO2021247543A2 (en) 2020-06-02 2021-12-09 10X Genomics, Inc. Nucleic acid library methods
US12031177B1 (en) 2020-06-04 2024-07-09 10X Genomics, Inc. Methods of enhancing spatial resolution of transcripts
WO2021252499A1 (en) 2020-06-08 2021-12-16 10X Genomics, Inc. Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof
US20230193356A1 (en) 2020-06-08 2023-06-22 The Broad Institute, Inc. Single cell combinatorial indexing from amplified nucleic acids
EP4446430A3 (en) 2020-06-10 2024-12-18 10X Genomics, Inc. Methods for determining a location of an analyte in a biological sample
WO2021252747A1 (en) 2020-06-10 2021-12-16 1Ox Genomics, Inc. Fluid delivery methods
US12435363B1 (en) 2020-06-10 2025-10-07 10X Genomics, Inc. Materials and methods for spatial transcriptomics
WO2021263111A1 (en) 2020-06-25 2021-12-30 10X Genomics, Inc. Spatial analysis of dna methylation
US11761038B1 (en) 2020-07-06 2023-09-19 10X Genomics, Inc. Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample
US12209280B1 (en) 2020-07-06 2025-01-28 10X Genomics, Inc. Methods of identifying abundance and location of an analyte in a biological sample using second strand synthesis
US11981960B1 (en) 2020-07-06 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Spatial analysis utilizing degradable hydrogels
US12590328B2 (en) 2020-07-08 2026-03-31 Roche Sequencing Solutions, Inc. Targeted depletion of non-target library molecules using poison primers during target capture of next-generation sequencing libraries
WO2022015970A1 (en) 2020-07-15 2022-01-20 Fluent Biosciences Inc. Tiered ligation oligos
US12116637B2 (en) 2020-07-24 2024-10-15 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for detecting and treating high grade subtypes of uterine cancer
EP4121561A4 (en) 2020-08-06 2024-04-17 Singular Genomics Systems, Inc. Methods for in situ transcriptomics and proteomics
EP4121557A4 (en) 2020-08-06 2024-05-01 Singular Genomics Systems, Inc. SPATIAL SEQUENCING
US12553898B1 (en) 2020-08-10 2026-02-17 10X Genomics, Inc. Fluorescent hybridization of antibody-oligonucleotide for multiplexing and signal amplification
US20220049303A1 (en) 2020-08-17 2022-02-17 Readcoor, Llc Methods and systems for spatial mapping of genetic variants
US11981958B1 (en) 2020-08-20 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using DNA capture
WO2022061150A2 (en) 2020-09-18 2022-03-24 10X Geonomics, Inc. Sample handling apparatus and image registration methods
US11926822B1 (en) 2020-09-23 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Three-dimensional spatial analysis
EP4229216B1 (en) 2020-10-15 2026-04-22 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Detection and analysis of structural variations in genomes
EP4240868A4 (en) * 2020-11-03 2024-11-13 Illumina, Inc. METHODS AND SYSTEMS FOR DETECTING PATHOGENIC MICROBES IN A PATIENT
US12480158B1 (en) 2020-11-05 2025-11-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US12084715B1 (en) 2020-11-05 2024-09-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for reducing artifactual antisense products
WO2022104138A1 (en) * 2020-11-14 2022-05-19 Life Technologies Corporation System and method for automated repeat sequencing
US11827935B1 (en) 2020-11-19 2023-11-28 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes
KR102795708B1 (ko) 2020-11-27 2025-04-16 주식회사 지씨지놈 인공지능 기반 암 진단 및 암 종 예측방법
WO2022118487A1 (ja) * 2020-12-04 2022-06-09 国立大学法人山口大学 核酸の増幅方法及びサーマルサイクラー
EP4121555B1 (en) 2020-12-21 2026-02-25 10X Genomics, Inc. Methods for capturing probes and/or barcodes
WO2022155331A1 (en) 2021-01-13 2022-07-21 Pacific Biosciences Of California, Inc. Surface structuring with colloidal assembly
US12398262B1 (en) 2021-01-22 2025-08-26 10X Genomics, Inc. Triblock copolymer-based cell stabilization and fixation system and methods of use thereof
US20240230643A9 (en) 2021-02-02 2024-07-11 Octant, Inc. Systems and methods for measuring cell signaling protein activity
WO2022174054A1 (en) 2021-02-13 2022-08-18 The General Hospital Corporation Methods and compositions for in situ macromolecule detection and uses thereof
EP4421491A3 (en) 2021-02-19 2024-11-27 10X Genomics, Inc. Method of using a modular assay support device
CN120158497A (zh) 2021-02-23 2025-06-17 10X基因组学有限公司 基于探针的核酸和蛋白质分析
AU2022238446A1 (en) 2021-03-18 2023-09-07 10X Genomics, Inc. Multiplex capture of gene and protein expression from a biological sample
CA3210451A1 (en) 2021-03-22 2022-09-29 Illumina Cambridge Limited Methods for improving nucleic acid cluster clonality
WO2022208171A1 (en) 2021-03-31 2022-10-06 UCL Business Ltd. Methods for analyte detection
EP4428246B1 (en) 2021-04-14 2025-12-24 10X Genomics, Inc. Methods of measuring mislocalization of an analyte
EP4323542A4 (en) 2021-04-14 2025-03-05 Partillion Bioscience Corporation NANOSCALE REACTION CHAMBERS AND METHODS OF USE THEREOF
US12176070B2 (en) * 2021-04-19 2024-12-24 University Of Utah Research Foundation Systems and methods for facilitating rapid genome sequence analysis
EP4320271B1 (en) 2021-05-06 2025-03-19 10X Genomics, Inc. Methods for increasing resolution of spatial analysis
JP2024521658A (ja) 2021-05-14 2024-06-04 プルトン・バイオサイエンシズ・インコーポレイテッド クリセオバクテリウム属昆虫阻害性微生物組成物並びに作製及び使用方法
KR20220160806A (ko) 2021-05-28 2022-12-06 주식회사 지씨지놈 세포유리 핵산단편 말단 서열 모티프 빈도 및 크기를 이용한 암 진단 및 암 종 예측방법
WO2022256503A1 (en) 2021-06-03 2022-12-08 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, kits, and systems for enhancing analyte capture for spatial analysis
US12570831B2 (en) 2021-06-15 2026-03-10 Illumina, Inc. Hydrogel-free surface functionalization for sequencing
US11535892B1 (en) 2021-06-17 2022-12-27 Element Biosciences, Inc. Compositions and methods for pairwise sequencing
US11859241B2 (en) 2021-06-17 2024-01-02 Element Biosciences, Inc. Compositions and methods for pairwise sequencing
CN113174388B (zh) * 2021-06-28 2021-09-10 中国农业大学 一种功能核酸纳米杆与功能核酸纳米花的制备及形貌转换方法
US11455487B1 (en) 2021-10-26 2022-09-27 Illumina Software, Inc. Intensity extraction and crosstalk attenuation using interpolation and adaptation for base calling
WO2023003757A1 (en) 2021-07-19 2023-01-26 Illumina Software, Inc. Intensity extraction with interpolation and adaptation for base calling
GB202110479D0 (en) 2021-07-21 2021-09-01 Dnae Diagnostics Ltd Compositions, kits and methods for sequencing target polynucleotides
EP4373965A1 (en) 2021-07-21 2024-05-29 DNAe Diagnostics Limited Method and system comprising a cartridge for sequencing target polynucleotides
GB202110485D0 (en) 2021-07-21 2021-09-01 Dnae Diagnostics Ltd Compositions, kits and methods for sequencing target polynucleotides
WO2023004357A1 (en) 2021-07-23 2023-01-26 Illumina, Inc. Methods for preparing substrate surface for dna sequencing
US12553805B2 (en) 2021-08-02 2026-02-17 10X Genomics, Inc. Methods of preserving a biological sample
CN118176305A (zh) * 2021-08-20 2024-06-11 阿尔缇玛基因组学公司 用于测序的样品制备的系统和方法
CN118103750A (zh) 2021-08-31 2024-05-28 伊鲁米纳公司 具有增强的孔成像分辨率的流动池
EP4196605B1 (en) 2021-09-01 2024-12-04 10X Genomics, Inc. Methods for blocking a capture probe on a spatial array
WO2023049215A1 (en) 2021-09-22 2023-03-30 Illumina, Inc. Compressed state-based base calling
EP4413580A4 (en) 2021-10-05 2025-08-13 Personalis Inc PERSONALIZED TESTS FOR PERSONALIZED CANCER MONITORING
CA3234961A1 (en) 2021-10-20 2023-04-27 Illumina, Inc. Methods for capturing library dna for sequencing
US20240226879A1 (en) * 2021-10-29 2024-07-11 Beijing Boe Technology Development Co., Ltd. Detection chip and preparation method thereof
EP4426489A2 (en) * 2021-11-03 2024-09-11 Abbott Laboratories Systems and methods for sample analysis
WO2023086880A1 (en) 2021-11-10 2023-05-19 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and kits for determining the location of an analyte in a biological sample
WO2023102118A2 (en) 2021-12-01 2023-06-08 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and systems for improved in situ detection of analytes and spatial analysis
EP4444903A1 (en) 2021-12-07 2024-10-16 Luminex Corporation Methods and compositions for nucleic acid analysis
US20250051834A1 (en) * 2021-12-13 2025-02-13 Cz Biohub Sf, Llc Single-Cell Epigenomic Profiling Using Droplet Fluidics and Hydrogels
EP4441711A1 (en) 2021-12-20 2024-10-09 10X Genomics, Inc. Self-test for pathology/histology slide imaging device
US20230215515A1 (en) 2021-12-23 2023-07-06 Illumina Software, Inc. Facilitating secure execution of external workflows for genomic sequencing diagnostics
WO2023122363A1 (en) 2021-12-23 2023-06-29 Illumina Software, Inc. Dynamic graphical status summaries for nucelotide sequencing
EP4457814A1 (en) 2021-12-29 2024-11-06 Illumina, Inc. Automatically switching variant analysis model versions for genomic analysis applications
US20250109442A1 (en) 2022-01-13 2025-04-03 Oslo Universitetssykehus Hf Prostate cancer markers and uses thereof
US12584107B2 (en) 2022-01-20 2026-03-24 3T Biosciences, Inc. T cell receptor (TCR) compositions and methods for optimizing antigen reactive T-cells
AU2023208743A1 (en) 2022-01-20 2024-01-04 Illumina, Inc. Methods of detecting methylcytosine and hydroxymethylcytosine by sequencing
WO2023152568A2 (en) 2022-02-10 2023-08-17 Oslo Universitetssykehus Hf Compositions and methods for characterizing lung cancer
WO2023175037A2 (en) * 2022-03-15 2023-09-21 Illumina, Inc. Concurrent sequencing of forward and reverse complement strands on separate polynucleotides for methylation detection
US20230343414A1 (en) 2022-03-25 2023-10-26 Illumina, Inc. Sequence-to-sequence base calling
CN114592023B (zh) * 2022-03-31 2023-03-24 杭州优玛达生物科技有限公司 一种细胞裂解自组装多肽复合物、自组装方法、自组装多肽制剂及应用
EP4253550A1 (en) 2022-04-01 2023-10-04 GenCC GmbH 6 Co. KG Method for the manufacture of a viral system, a vector system or any transport system for cancer-specific crispr complexes
US12091715B2 (en) 2022-04-21 2024-09-17 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for reducing base errors of massive parallel sequencing using triseq sequencing
US11680293B1 (en) 2022-04-21 2023-06-20 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for amplifying DNA and generating DNA sequencing results from target-enriched DNA molecules
US20230340592A1 (en) * 2022-04-22 2023-10-26 Singular Genomics Systems, Inc. Targeted sequencing
WO2023240093A1 (en) 2022-06-06 2023-12-14 Element Biosciences, Inc. Methods for assembling and reading nucleic acid sequences from mixed populations
JP2025526537A (ja) 2022-06-09 2025-08-15 イルミナ インコーポレイテッド フローセル傾斜に対する塩基コーリングの依存性
AU2023325064A1 (en) 2022-08-15 2025-03-06 Element Biosciences, Inc. Spatially resolved surface capture of nucleic acids
WO2024050450A1 (en) 2022-08-31 2024-03-07 Gigamune, Inc. Engineered enveloped vectors and methods of use thereof
EP4594519A1 (en) 2022-09-27 2025-08-06 Nautilus Subsidiary, Inc. Polypeptide capture, in situ fragmentation and identification
US12534721B2 (en) 2022-10-06 2026-01-27 Illumina, Inc. Quantitative detection and analysis of moleculesip
WO2024102809A1 (en) 2022-11-09 2024-05-16 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and kits for determining the location of multiple analytes in a biological sample
US12373579B2 (en) 2022-11-09 2025-07-29 Bank Of America Corporation Data processing and storage using quantum and DNA computing
EP4630539A1 (en) 2022-12-05 2025-10-15 Twist Bioscience Corporation Enzymes for library preparation
WO2024129672A1 (en) 2022-12-12 2024-06-20 The Broad Institute, Inc. Trafficked rnas for assessment of cell-cell connectivity and neuroanatomy
WO2024129969A1 (en) 2022-12-14 2024-06-20 Illumina, Inc. Systems and methods for capture and enrichment of clustered beads on flow cell substrates
CN121219408A (zh) 2023-04-21 2025-12-26 特韦斯特生物科学公司 聚合酶变体
WO2024249961A1 (en) 2023-06-01 2024-12-05 Singular Genomics Systems, Inc. Methods and probes for detecting polynucleotide sequences in cells and tissues
WO2025096466A2 (en) 2023-10-30 2025-05-08 Myriad Women's Health, Inc. Methods for improving minimal residual disease assays
US20250137064A1 (en) 2023-10-30 2025-05-01 Myriad Women's Health, Inc. Use of multi-nucleotide and structural variants for improved sensitivity and specificity of circulating tumor dna assays
US20250137038A1 (en) 2023-10-30 2025-05-01 Myriad Women's Health, Inc. Sensitivity and estimation of tumor-informed minimal residual disease panels
WO2025096423A1 (en) 2023-10-30 2025-05-08 Myriad Women's Health, Inc. Improved sensitivity of tumor-informed minimal residual disease panels
US20250137061A1 (en) 2023-10-30 2025-05-01 Myriad Women's Health, Inc. Methods for detection and quantitation of circulating tumor dna
WO2025104619A1 (en) 2023-11-13 2025-05-22 Oslo Universitetssykehus Hf Breast cancer markers and uses thereof
CN118086457B (zh) * 2024-02-22 2025-03-11 纳昂达(南京)生物科技有限公司 Dna文库的构建方法及应用
US20250320550A1 (en) 2024-04-12 2025-10-16 Robert Bosch Gmbh Sequencing by synthesis using electroactively labeled 3-oh-modified nucleotides
WO2025240460A2 (en) 2024-05-14 2025-11-20 Roche Molecular Systems, Inc. Assay for detection of mutations conferring resistance to treatment with an immunotherapeutic agent
WO2025240905A1 (en) 2024-05-17 2025-11-20 The Broad Institute, Inc. Imaging-free high-resolution spatial macromolecule abundance reconstruction
WO2026019737A1 (en) 2024-07-16 2026-01-22 Myriad Women's Health, Inc. Targeted depletion sequencing for use in minimum residual disease assays
EP4711456A1 (en) 2024-09-11 2026-03-18 GenCC GmbH & Co. KG Method for the manufacture of individualized crispr/cas complexes and individualized crispr/cas complexes
WO2026090042A1 (en) 2024-10-21 2026-04-30 The Broad Institute, Inc. Single-cell and spatial dna methylation measurements

Family Cites Families (274)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4175054A (en) 1976-11-11 1979-11-20 Petrolite Corporation Use of hydrocarbon polymers in demulsification
US5821058A (en) 1984-01-16 1998-10-13 California Institute Of Technology Automated DNA sequencing technique
US5171534A (en) 1984-01-16 1992-12-15 California Institute Of Technology Automated DNA sequencing technique
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4965188A (en) 1986-08-22 1990-10-23 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US4801529A (en) 1985-06-18 1989-01-31 Brandeis University Methods for isolating mutant microoganisms using microcapsules coated with indicator material
US4863849A (en) 1985-07-18 1989-09-05 New York Medical College Automatable process for sequencing nucleotide
US4811218A (en) 1986-06-02 1989-03-07 Applied Biosystems, Inc. Real time scanning electrophoresis apparatus for DNA sequencing
US4822746A (en) 1986-06-25 1989-04-18 Trustees Of Tufts College Radiative and non-radiative energy transfer and absorbance modulated fluorescence detection methods and sensors
US5254477A (en) 1986-06-25 1993-10-19 Trustees Of Tufts College Flourescence intramolecular energy transfer conjugate compositions and detection methods
US5143853A (en) 1986-06-25 1992-09-01 Trustees Of Tufts College Absorbance modulated fluorescence detection methods and sensors
US5252494A (en) 1986-06-25 1993-10-12 Trustees Of Tufts College Fiber optic sensors, apparatus, and detection methods using controlled release polymers and reagent formulations held within a polymeric reaction matrix
US4994372A (en) * 1987-01-14 1991-02-19 President And Fellows Of Harvard College DNA sequencing
US5525464A (en) 1987-04-01 1996-06-11 Hyseq, Inc. Method of sequencing by hybridization of oligonucleotide probes
IL86724A (en) 1987-06-19 1995-01-24 Siska Diagnostics Inc Methods and kits for amplification and testing of nucleic acid sequences
JP2846018B2 (ja) 1988-01-21 1999-01-13 ジェネンテク，インコーポレイテッド 核酸配列の増幅および検出
CA1340807C (en) 1988-02-24 1999-11-02 Lawrence T. Malek Nucleic acid amplification process
GB8810400D0 (en) 1988-05-03 1988-06-08 Southern E Analysing polynucleotide sequences
SE8801070D0 (sv) * 1988-03-23 1988-03-23 Pharmacia Ab Method for immobilizing a dna sequence on a solid support
US4971903A (en) 1988-03-25 1990-11-20 Edward Hyman Pyrophosphate-based method and apparatus for sequencing nucleic acids
JPH03503845A (ja) 1988-04-22 1991-08-29 マサチユセツツ・インスチチユート・オブ・テクノロジー 微小滴を形成しそして使用する方法
US5225332A (en) * 1988-04-22 1993-07-06 Massachusetts Institute Of Technology Process for manipulation of non-aqueous surrounded microdroplets
US5700637A (en) 1988-05-03 1997-12-23 Isis Innovation Limited Apparatus and method for analyzing polynucleotide sequences and method of generating oligonucleotide arrays
US6054270A (en) 1988-05-03 2000-04-25 Oxford Gene Technology Limited Analying polynucleotide sequences
GB8822228D0 (en) 1988-09-21 1988-10-26 Southern E M Support-bound oligonucleotides
US5512439A (en) 1988-11-21 1996-04-30 Dynal As Oligonucleotide-linked magnetic particles and uses thereof
US4938876A (en) 1989-03-02 1990-07-03 Ohsol Ernest O Method for separating oil and water emulsions
US5629158A (en) * 1989-03-22 1997-05-13 Cemu Bitecknik Ab Solid phase diagnosis of medical conditions
JPH02299598A (ja) 1989-04-14 1990-12-11 Ro Inst For Molecular Genetics & Geneteic Res 微視的サイズの別個の粒子と結合している核酸試料中のごく短い配列の全部または一部のオリゴヌクレチドプローブとのハイブリダイゼーションによる決定法
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5871928A (en) 1989-06-07 1999-02-16 Fodor; Stephen P. A. Methods for nucleic acid analysis
US5744101A (en) 1989-06-07 1998-04-28 Affymax Technologies N.V. Photolabile nucleoside protecting groups
US5800992A (en) 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
US5302509A (en) * 1989-08-14 1994-04-12 Beckman Instruments, Inc. Method for sequencing polynucleotides
US5545522A (en) 1989-09-22 1996-08-13 Van Gelder; Russell N. Process for amplifying a target polynucleotide sequence using a single primer-promoter complex
ES2118066T3 (es) 1989-10-05 1998-09-16 Optein Inc Sintesis y aislamiento, exentos de celulas, de nuevos genes y polipeptidos.
WO1991012342A1 (en) * 1990-02-16 1991-08-22 F. Hoffmann-La Roche Ag Improvements in the specificity and convenience of the polymerase chain reaction
CA2036946C (en) 1990-04-06 2001-10-16 Kenneth V. Deugau Indexing linkers
JPH04223A (ja) * 1990-04-16 1992-01-06 Toshiba Corp 無線電話装置、その充電方法および無線電話充電システム
WO1992007091A1 (en) * 1990-10-11 1992-04-30 Indiana University Foundation Process and apparatus for fragmenting biomaterials
US5506100A (en) * 1990-10-11 1996-04-09 Indiana University Foundation Process and apparatus for fragmenting biomaterials
US5244636A (en) 1991-01-25 1993-09-14 Trustees Of Tufts College Imaging fiber optic array sensors, apparatus, and methods for concurrently detecting multiple analytes of interest in a fluid sample
US5250264A (en) 1991-01-25 1993-10-05 Trustees Of Tufts College Method of making imaging fiber optic sensors to concurrently detect multiple analytes of interest in a fluid sample
US5320814A (en) 1991-01-25 1994-06-14 Trustees Of Tufts College Fiber optic array sensors, apparatus, and methods for concurrently visualizing and chemically detecting multiple analytes of interest in a fluid sample
US5114984A (en) 1991-04-26 1992-05-19 Olin Corporation Process for producing an antimicrobially effective polyurethane
ES2130177T3 (es) † 1991-08-10 1999-07-01 Medical Res Council Tratamiento de poblaciones de celulas.
US5474796A (en) 1991-09-04 1995-12-12 Protogene Laboratories, Inc. Method and apparatus for conducting an array of chemical reactions on a support surface
WO1993005183A1 (en) * 1991-09-09 1993-03-18 Baylor College Of Medicine Method and device for rapid dna or rna sequencing determination by a base addition sequencing scheme
HU223760B1 (hu) * 1991-09-24 2005-01-28 Keygene N.V. Szelektív restrikciós fragmentumsokszorosítás, általános módszer DNS-fingerprint analízisére
US5270170A (en) 1991-10-16 1993-12-14 Affymax Technologies N.V. Peptide library and screening method
US5677195A (en) 1991-11-22 1997-10-14 Affymax Technologies N.V. Combinatorial strategies for polymer synthesis
US5445971A (en) 1992-03-20 1995-08-29 Abbott Laboratories Magnetically assisted binding assays using magnetically labeled binding members
GB9208733D0 (en) 1992-04-22 1992-06-10 Medical Res Council Dna sequencing method
GB9210176D0 (en) 1992-05-12 1992-06-24 Cemu Bioteknik Ab Chemical method
DE4223169C1 (de) 1992-07-10 1993-11-25 Ferring Arzneimittel Gmbh Verfahren zur Mikroverkapselung wasserlöslicher Wirkstoffe
GB9214873D0 (en) * 1992-07-13 1992-08-26 Medical Res Council Process for categorising nucleotide sequence populations
US6114114A (en) 1992-07-17 2000-09-05 Incyte Pharmaceuticals, Inc. Comparative gene transcript analysis
RU2048522C1 (ru) 1992-10-14 1995-11-20 Институт белка РАН Способ размножения нуклеиновых кислот, способ их экспрессии и среда для их осуществления
US5436143A (en) * 1992-12-23 1995-07-25 Hyman; Edward D. Method for enzymatic synthesis of oligonucleotides
IL104384A (en) 1993-01-13 1996-11-14 Yeda Res & Dev Method for screening catalytic non-enzyme polypeptides and proteins
US5298741A (en) 1993-01-13 1994-03-29 Trustees Of Tufts College Thin film fiber optic sensor array and apparatus for concurrent viewing and chemical sensing of a sample
EP0682671A4 (en) 1993-02-01 1998-01-14 Seq Ltd METHOD AND DEVICES FOR SEQUENCING DNA.
US5436149A (en) 1993-02-19 1995-07-25 Barnes; Wayne M. Thermostable DNA polymerase with enhanced thermostability and enhanced length and efficiency of primer extension
US5714320A (en) 1993-04-15 1998-02-03 University Of Rochester Rolling circle synthesis of oligonucleotides and amplification of select randomized circular oligonucleotides
JPH09500007A (ja) 1993-04-19 1997-01-07 スチュアート エイ コーフマン 新規化合物生成に関するランダム化学
WO1994023738A1 (en) 1993-04-19 1994-10-27 Medisorb Technologies International L.P. Encapsulation of nucleic acids with conjugates that facilitate and target cellular uptake and gene expression
GB9315847D0 (en) 1993-07-30 1993-09-15 Isis Innovation Tag reagent and assay method
US5482845A (en) 1993-09-24 1996-01-09 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Method for construction of normalized cDNA libraries
US5429807A (en) 1993-10-28 1995-07-04 Beckman Instruments, Inc. Method and apparatus for creating biopolymer arrays on a solid support surface
DK1157743T3 (da) * 1993-10-28 2009-07-06 Houston Advanced Res Ct Mikrofremstillet poröst gennemströmningsapparat til diskret påvisning af bindingsreaktioner
WO1995011922A1 (en) 1993-10-29 1995-05-04 Affymax Technologies N.V. In vitro peptide and antibody display libraries
GB9401833D0 (en) 1994-02-01 1994-03-30 Isis Innovation Method for discovering ligands
US5928905A (en) 1995-04-18 1999-07-27 Glaxo Group Limited End-complementary polymerase reaction
US5834252A (en) 1995-04-18 1998-11-10 Glaxo Group Limited End-complementary polymerase reaction
WO1995024929A2 (en) 1994-03-15 1995-09-21 Brown University Research Foundation Polymeric gene delivery system
WO1995025538A1 (en) * 1994-03-18 1995-09-28 The General Hospital Corporation Cleaved amplified rflp detection methods
JP2556293B2 (ja) 1994-06-09 1996-11-20 日本電気株式会社 Ｍｏｓ ｏｔａ
US5512490A (en) 1994-08-11 1996-04-30 Trustees Of Tufts College Optical sensor, optical sensing apparatus, and methods for detecting an analyte of interest using spectral recognition patterns
US5695934A (en) 1994-10-13 1997-12-09 Lynx Therapeutics, Inc. Massively parallel sequencing of sorted polynucleotides
US6013445A (en) 1996-06-06 2000-01-11 Lynx Therapeutics, Inc. Massively parallel signature sequencing by ligation of encoded adaptors
US5604097A (en) * 1994-10-13 1997-02-18 Spectragen, Inc. Methods for sorting polynucleotides using oligonucleotide tags
US5795716A (en) 1994-10-21 1998-08-18 Chee; Mark S. Computer-aided visualization and analysis system for sequence evaluation
FR2726286B1 (fr) 1994-10-28 1997-01-17 Genset Sa Procede d'amplification d'acides nucleiques en phase solide et trousse de reactifs utile pour la mise en oeuvre de ce procede
US5919673A (en) 1995-03-22 1999-07-06 The Scripps Research Institute One-pot enzymatic sulfation process using 3'-phosphoadenosine-5'-phosphosulfate and recycled phosphorylated adenosine intermediates
DE69621507T2 (de) * 1995-03-28 2003-01-09 Japan Science And Technology Corp., Kawaguchi Verfahren zur molekularen Indexierung von Genen unter Verwendung von Restriktionsenzymen
GB9507238D0 (en) 1995-04-07 1995-05-31 Isis Innovation Detecting dna sequence variations
US5750341A (en) 1995-04-17 1998-05-12 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
WO1996034112A1 (en) 1995-04-24 1996-10-31 Chromaxome Corp. Methods for generating and screening novel metabolic pathways
US5648245A (en) 1995-05-09 1997-07-15 Carnegie Institution Of Washington Method for constructing an oligonucleotide concatamer library by rolling circle replication
DE19518505A1 (de) * 1995-05-19 1996-11-21 Max Planck Gesellschaft Verfahren zur Genexpressionsanalyse
US5690894A (en) 1995-05-23 1997-11-25 The Regents Of The University Of California High density array fabrication and readout method for a fiber optic biosensor
US5910408A (en) 1995-06-07 1999-06-08 The General Hospital Corporation Catalytic DNA having ligase activity
US5814444A (en) * 1995-06-07 1998-09-29 University Of Washington Methods for making and using single-chromosome amplfication libraries
DE69614768T2 (de) 1995-06-14 2002-06-20 Tonen Corp., Tokio/Tokyo Emulsionsspaltung durch Mikroorganismen
US5728529A (en) 1995-06-23 1998-03-17 Baylor College Of Medicine Alternative dye-labeled ribonucleotides, deoxyribonucleotides, and dideoxyribonucleotides for automated DNA analysis
US6200737B1 (en) 1995-08-24 2001-03-13 Trustees Of Tufts College Photodeposition method for fabricating a three-dimensional, patterned polymer microstructure
US5843655A (en) 1995-09-18 1998-12-01 Affymetrix, Inc. Methods for testing oligonucleotide arrays
US5871697A (en) 1995-10-24 1999-02-16 Curagen Corporation Method and apparatus for identifying, classifying, or quantifying DNA sequences in a sample without sequencing
DE19646372C1 (de) 1995-11-11 1997-06-19 Evotec Biosystems Gmbh Genotyp und Phänotyp koppelnde Verbindung
US5780231A (en) 1995-11-17 1998-07-14 Lynx Therapeutics, Inc. DNA extension and analysis with rolling primers
US5962228A (en) 1995-11-17 1999-10-05 Lynx Therapeutics, Inc. DNA extension and analysis with rolling primers
US6143495A (en) 1995-11-21 2000-11-07 Yale University Unimolecular segment amplification and sequencing
US5854033A (en) 1995-11-21 1998-12-29 Yale University Rolling circle replication reporter systems
US5633972A (en) 1995-11-29 1997-05-27 Trustees Of Tufts College Superresolution imaging fiber for subwavelength light energy generation and near-field optical microscopy
US5814524A (en) 1995-12-14 1998-09-29 Trustees Of Tufts College Optical sensor apparatus for far-field viewing and making optical analytical measurements at remote locations
US5837196A (en) 1996-01-26 1998-11-17 The Regents Of The University Of California High density array fabrication and readout method for a fiber optic biosensor
US5851772A (en) 1996-01-29 1998-12-22 University Of Chicago Microchip method for the enrichment of specific DNA sequences
AU2264197A (en) * 1996-02-09 1997-08-28 Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services, The Restriction display (rd-pcr) of differentially expressed mrnas
AU2069597A (en) 1996-03-04 1997-09-22 Genetrace Systems, Inc. Methods of screening nucleic acids using mass spectrometry
GB9608540D0 (en) 1996-04-25 1996-07-03 Medical Res Council Isolation of enzymes
US5712127A (en) 1996-04-29 1998-01-27 Genescape Inc. Subtractive amplification
US5770637A (en) * 1996-05-01 1998-06-23 Johnson & Johnson Vision Products, Inc. Anti-bacterial, UV absorbable, tinted, metal-chelating polymers
US6022688A (en) * 1996-05-13 2000-02-08 Sequenom, Inc. Method for dissociating biotin complexes
HUP0003944A3 (en) * 1996-06-06 2003-08-28 Lynx Therapeutics Inc Hayward Sequencing by ligation of encoded adaptors
US5846727A (en) 1996-06-06 1998-12-08 Board Of Supervisors Of Louisiana State University And Agricultural & Mechanical College Microsystem for rapid DNA sequencing
US6083693A (en) 1996-06-14 2000-07-04 Curagen Corporation Identification and comparison of protein-protein interactions that occur in populations
US5916524A (en) * 1997-07-23 1999-06-29 Bio-Dot, Inc. Dispensing apparatus having improved dynamic range
GB9618050D0 (en) 1996-08-29 1996-10-09 Cancer Res Campaign Tech Global amplification of nucleic acids
US5846721A (en) 1996-09-19 1998-12-08 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Efficient and simpler method to construct normalized cDNA libraries with improved representations of full-length cDNAs
GB9620209D0 (en) 1996-09-27 1996-11-13 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
CA2236867A1 (en) 1996-09-27 1998-04-02 Icos Corporation Method to identify compounds for disrupting protein/protein interactions
US6124092A (en) 1996-10-04 2000-09-26 The Perkin-Elmer Corporation Multiplex polynucleotide capture methods and compositions
ATE204290T1 (de) 1996-11-06 2001-09-15 Sequenom Inc Zusammensetzungen und verfahren zur immobilisierung von nukleinsäure auf festträgern
US6133436A (en) 1996-11-06 2000-10-17 Sequenom, Inc. Beads bound to a solid support and to nucleic acids
US5900481A (en) 1996-11-06 1999-05-04 Sequenom, Inc. Bead linkers for immobilizing nucleic acids to solid supports
US6887665B2 (en) 1996-11-14 2005-05-03 Affymetrix, Inc. Methods of array synthesis
DE19648372A1 (de) 1996-11-22 1998-05-28 Serck Como Gmbh Verfahren und Vorrichtung zum Eindampfen von Abwässern
WO1998023733A2 (en) 1996-11-27 1998-06-04 University Of Washington Thermostable polymerases having altered fidelity
US6310354B1 (en) 1996-12-03 2001-10-30 Erkki Soini Method and a device for monitoring nucleic acid amplification reactions
US6060245A (en) * 1996-12-13 2000-05-09 Stratagene Methods and adaptors for generating specific nucleic acid populations
US20020172965A1 (en) * 1996-12-13 2002-11-21 Arcaris, Inc. Methods for measuring relative amounts of nucleic acids in a complex mixture and retrieval of specific sequences therefrom
GB9626815D0 (en) 1996-12-23 1997-02-12 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
DK0971946T3 (da) 1997-01-21 2006-10-30 Gen Hospital Corp Selektion af proteiner ved anvendelse af RNA-protein-fusioner
CA2196496A1 (en) 1997-01-31 1998-07-31 Stephen William Watson Michnick Protein fragment complementation assay for the detection of protein-protein interactions
US6136543A (en) 1997-01-31 2000-10-24 Hitachi, Ltd. Method for determining nucleic acids base sequence and apparatus therefor
EP1009802B1 (en) 1997-02-12 2004-08-11 Eugene Y. Chan Methods for analyzimg polymers
GB9703369D0 (en) 1997-02-18 1997-04-09 Lindqvist Bjorn H Process
US5994068A (en) * 1997-03-11 1999-11-30 Wisconsin Alumni Research Foundation Nucleic acid indexing
US6023540A (en) * 1997-03-14 2000-02-08 Trustees Of Tufts College Fiber optic sensor with encoded microspheres
EP0975969A4 (en) 1997-03-18 2002-07-31 Chromaxome Corp METHODS OF SORTING COMPOUNDS USING ENCAPSULATED CELLS
US5891477A (en) 1997-03-28 1999-04-06 Biohybrid Technologies, Inc. Non-steroidal anti-inflammatory agents inhibition of fibrotic response to an implanted device
EP1498494A3 (en) * 1997-04-01 2007-06-20 Solexa Ltd. Method of nucleic acid sequencing
EP1591541B1 (en) * 1997-04-01 2012-02-15 Illumina Cambridge Limited Method of nucleic acid sequencing
US6143496A (en) 1997-04-17 2000-11-07 Cytonix Corporation Method of sampling, amplifying and quantifying segment of nucleic acid, polymerase chain reaction assembly having nanoliter-sized sample chambers, and method of filling assembly
US6406845B1 (en) 1997-05-05 2002-06-18 Trustees Of Tuft College Fiber optic biosensor for selectively detecting oligonucleotide species in a mixed fluid sample
ES2163271T3 (es) * 1997-05-13 2002-01-16 Azign Bioscience As Procedimiento para clonar arnm y visualizar transcriptores diferencialmente expresados (dodets).
EP0985142A4 (en) 1997-05-23 2006-09-13 Lynx Therapeutics Inc SYSTEM AND APPARATUS FOR THE SEQUENTIAL TREATMENT OF ANALYTES
ES2283936T3 (es) * 1997-07-07 2007-11-01 Medical Research Council Procedimiento de clasificacion in vitro.
DK1017848T3 (da) 1997-07-28 2003-02-10 Medical Biosystems Ltd Nucleinsyresekvensanalyse
DE69841171D1 (de) 1997-08-01 2009-11-05 Canon Kk Reaktionsstellenarray, Verfahren zu seiner Herstellung, Reaktionsverfahren unter seiner Verwendung und quantitatives Bestimmungsverfahren für eine Substanz in einer Probelösung unter seiner Verwendung
JP3610231B2 (ja) * 1997-08-01 2005-01-12 キヤノン株式会社 反応場アレー、反応場アレーの製造方法、反応場アレーを用いた反応方法及び反応場アレーを用いた試料溶液中の物質の定量方法
EP0990049A1 (en) 1997-08-07 2000-04-05 Curagen Corporation Detection and confirmation of nucleic acid sequences by use of oligonucleotides comprising a subsequence hybridizing exactly to a known terminal sequence and a subsequence hybridizing to an unidentified sequence
US5961228A (en) * 1997-08-22 1999-10-05 Paxar Corporation Modular printer
US20010006630A1 (en) 1997-09-02 2001-07-05 Oron Yacoby-Zeevi Introducing a biological material into a patient
US6087099A (en) * 1997-09-08 2000-07-11 Myriad Genetics, Inc. Method for sequencing both strands of a double stranded DNA in a single sequencing reaction
US6399334B1 (en) 1997-09-24 2002-06-04 Invitrogen Corporation Normalized nucleic acid libraries and methods of production thereof
US6475722B1 (en) 1997-12-03 2002-11-05 Curagen Corporation Surface treatments for DNA processing devices
AU1623899A (en) 1997-12-04 1999-06-16 Packard Bioscience Company Methods of using probes for analyzing polynucleotide sequence
NL1007781C2 (nl) 1997-12-12 1999-06-15 Packard Instr Bv Microtiterplaat.
ATE260989T1 (de) 1997-12-19 2004-03-15 Affymetrix Inc Erkenntnisse der genomforschung für die suche nach neuartigen wirkstoffen
ATE506449T1 (de) 1997-12-22 2011-05-15 Hitachi Chemical Co Ltd Direkte rt-pcr auf oligonukleotid-immobilisierten pcr-mikroplatten
AU2460399A (en) 1998-01-20 1999-08-02 Packard Bioscience Company Gel pad arrays and methods and systems for making them
KR100280219B1 (ko) * 1998-02-26 2001-04-02 이수빈 삼핵산 반복 서열을 이용한 신경정신 질환의 진단 방법 및 진단 시약
US5882874A (en) 1998-02-27 1999-03-16 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Reciprocal subtraction differential display
US6210910B1 (en) 1998-03-02 2001-04-03 Trustees Of Tufts College Optical fiber biosensor array comprising cell populations confined to microcavities
US6378527B1 (en) 1998-04-08 2002-04-30 Chondros, Inc. Cell-culture and polymer constructs
WO1999053102A1 (en) 1998-04-16 1999-10-21 Packard Bioscience Company Analysis of polynucleotide sequence
WO1999055886A1 (en) * 1998-04-24 1999-11-04 Genova Pharmaceuticals Corporation Function-based gene discovery
EP1068216B1 (en) 1998-05-15 2003-12-10 Isis Innovation Limited Libraries of oligomers labelled with different tags
GB9811403D0 (en) 1998-05-27 1998-07-22 Isis Innovation Polynucleotide multimers and their use in hybridisation assays
GB9813216D0 (en) 1998-06-18 1998-08-19 Pyrosequencing Ab Reaction monitoring systems
US7060431B2 (en) 1998-06-24 2006-06-13 Illumina, Inc. Method of making and decoding of array sensors with microspheres
JP2981547B1 (ja) 1998-07-02 1999-11-22 農林水産省食品総合研究所長 クロスフロー型マイクロチャネル装置及び同装置を用いたエマルションの生成または分離方法
EP1100889A4 (en) 1998-07-17 2002-03-06 Mirus Corp SURFACTANT SOLUTIONS
WO2000006770A1 (en) 1998-07-30 2000-02-10 Solexa Ltd. Arrayed biomolecules and their use in sequencing
US6263286B1 (en) 1998-08-13 2001-07-17 U.S. Genomics, Inc. Methods of analyzing polymers using a spatial network of fluorophores and fluorescence resonance energy transfer
US6210896B1 (en) 1998-08-13 2001-04-03 Us Genomics Molecular motors
CA2247545C (en) 1998-09-15 2008-12-30 Dynal As Method of isolation of primer extension products with modular oligonucleotides
US6287825B1 (en) * 1998-09-18 2001-09-11 Molecular Staging Inc. Methods for reducing the complexity of DNA sequences
US6203989B1 (en) 1998-09-30 2001-03-20 Affymetrix, Inc. Methods and compositions for amplifying detectable signals in specific binding assays
AR021833A1 (es) 1998-09-30 2002-08-07 Applied Research Systems Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico
IL142651A0 (en) 1998-11-06 2002-03-10 Solexa Ltd A method for reproducing molecular arrays
US6429027B1 (en) 1998-12-28 2002-08-06 Illumina, Inc. Composite arrays utilizing microspheres
WO2000039343A1 (en) * 1998-12-31 2000-07-06 City Of Hope Method for detecting mutations in nucleic acids
GB9900298D0 (en) * 1999-01-07 1999-02-24 Medical Res Council Optical sorting method
GB9901475D0 (en) 1999-01-22 1999-03-17 Pyrosequencing Ab A method of DNA sequencing
EP1154848B1 (en) 1999-01-29 2014-05-14 Illumina, Inc. Apparatus and method for removal of liquid from vessels in chemical synthesis and biological screening
US20020150909A1 (en) * 1999-02-09 2002-10-17 Stuelpnagel John R. Automated information processing in randomly ordered arrays
WO2000047996A2 (en) 1999-02-09 2000-08-17 Illumina, Inc. Arrays comprising a fiducial and automated information processing in randomly ordered arrays
WO2000048000A1 (en) 1999-02-09 2000-08-17 Illumina, Inc. Intrabead screening methods and compositions
EP1157131A2 (en) * 1999-02-22 2001-11-28 Lynx Therapeutics, Inc. Polymorphic dna fragments and uses thereof
US6255476B1 (en) 1999-02-22 2001-07-03 Pe Corporation (Ny) Methods and compositions for synthesis of labelled oligonucleotides and analogs on solid-supports
EP1159453B1 (en) * 1999-03-10 2008-05-28 ASM Scientific, Inc. A method for direct nucleic acid sequencing
US6225061B1 (en) 1999-03-10 2001-05-01 Sequenom, Inc. Systems and methods for performing reactions in an unsealed environment
JP2004512807A (ja) * 1999-03-18 2004-04-30 コンプリート　ゲノミックス　エイエス 可読情報を有するフラグメント鎖のクローニングおよび生成方法
GB9906477D0 (en) 1999-03-19 1999-05-12 Pyrosequencing Ab Liquid dispensing apparatus
US6506594B1 (en) 1999-03-19 2003-01-14 Cornell Res Foundation Inc Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays
AU3567900A (en) 1999-03-30 2000-10-16 Solexa Ltd. Polynucleotide sequencing
GB9907812D0 (en) 1999-04-06 1999-06-02 Medical Biosystems Ltd Sequencing
GB9907813D0 (en) 1999-04-06 1999-06-02 Medical Biosystems Ltd Synthesis
US6284465B1 (en) 1999-04-15 2001-09-04 Agilent Technologies, Inc. Apparatus, systems and method for locating nucleic acids bound to surfaces
US6355431B1 (en) 1999-04-20 2002-03-12 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays
CA2370976C (en) 1999-04-20 2009-10-20 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
US20030108867A1 (en) 1999-04-20 2003-06-12 Chee Mark S Nucleic acid sequencing using microsphere arrays
US6221653B1 (en) 1999-04-27 2001-04-24 Agilent Technologies, Inc. Method of performing array-based hybridization assays using thermal inkjet deposition of sample fluids
WO2000071992A1 (en) 1999-05-20 2000-11-30 Illumina, Inc. Method and apparatus for retaining and presenting at least one microsphere array to solutions and/or to optical imaging systems
US6544732B1 (en) 1999-05-20 2003-04-08 Illumina, Inc. Encoding and decoding of array sensors utilizing nanocrystals
EP2360270B1 (en) 1999-05-20 2016-11-09 Illumina, Inc. Combinatorial decoding of random nucleic acid arrays
US20020051971A1 (en) 1999-05-21 2002-05-02 John R. Stuelpnagel Use of microfluidic systems in the detection of target analytes using microsphere arrays
US6300070B1 (en) * 1999-06-04 2001-10-09 Mosaic Technologies, Inc. Solid phase methods for amplifying multiple nucleic acids
US6340589B1 (en) 1999-07-23 2002-01-22 Mj Research, Inc. Thin-well microplate and methods of making same
EP1212599A2 (en) 1999-08-30 2002-06-12 Illumina, Inc. Methods for improving signal detection from an array
GB9921155D0 (en) 1999-09-08 1999-11-10 Medical Res Council Selection system
US7211390B2 (en) 1999-09-16 2007-05-01 454 Life Sciences Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US6274320B1 (en) * 1999-09-16 2001-08-14 Curagen Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US7244559B2 (en) 1999-09-16 2007-07-17 454 Life Sciences Corporation Method of sequencing a nucleic acid
GB9923324D0 (en) 1999-10-01 1999-12-08 Pyrosequencing Ab Separation apparatus and method
GB9923644D0 (en) 1999-10-06 1999-12-08 Medical Biosystems Ltd DNA sequencing
GB9929381D0 (en) 1999-12-10 2000-02-09 Pyrosequencing Ab A method of assessing the amount of nucleic acid in a sample
WO2001046471A1 (en) 1999-12-21 2001-06-28 The Government Of The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy Expression of proteins from amplified, immobilized nucleic acids
WO2001046675A2 (en) 1999-12-23 2001-06-28 Illumina, Inc. Decoding of array sensors with microspheres
US6500620B2 (en) * 1999-12-29 2002-12-31 Mergen Ltd. Methods for amplifying and detecting multiple polynucleotides on a solid phase support
JP2003535576A (ja) 2000-01-20 2003-12-02 ロゼッタ・インファーマティクス・インコーポレーテッド 薬物標的を同定するためのバーコード化された合成的致死スクリーニング
AU2001238068A1 (en) 2000-02-07 2001-08-14 Illumina, Inc. Nucleic acid detection methods using universal priming
US7582420B2 (en) 2001-07-12 2009-09-01 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
AU3806701A (en) 2000-02-07 2001-08-14 Illumina Inc Nucleic acid detection methods using universal priming
AU2001239760B2 (en) 2000-02-10 2005-11-24 Illumina, Inc. Array of individual arrays as substrate for bead-based simultaneous processing of samples and manufacturing method therefor
ATE412774T1 (de) 2000-02-16 2008-11-15 Illumina Inc Parallele genotypisierung mehrerer patientenproben
US6714874B1 (en) * 2000-03-15 2004-03-30 Applera Corporation Method and system for the assembly of a whole genome using a shot-gun data set
JP3442338B2 (ja) 2000-03-17 2003-09-02 株式会社日立製作所 Ｄｎａ分析装置、ｄｎａ塩基配列決定装置、ｄｎａ塩基配列決定方法、および反応モジュール
CN1189159C (zh) 2000-05-05 2005-02-16 欧莱雅 含水溶性美容活性组分水性核的微胶囊及含其的组合物
SE0001768D0 (sv) 2000-05-12 2000-05-12 Helen Andersson Mikrofluidisk flödescell för manipulering av partiklar
US6475736B1 (en) * 2000-05-23 2002-11-05 Variagenics, Inc. Methods for genetic analysis of DNA using biased amplification of polymorphic sites
US6808874B2 (en) 2000-06-13 2004-10-26 Cyclacel Ltd. Methods of monitoring enzyme activity
WO2002000336A2 (en) 2000-06-28 2002-01-03 Illumina, Inc. Composite arrays utilizing microspheres with a hybridization chamber
WO2002012897A2 (en) 2000-08-09 2002-02-14 Illumina, Inc. Automated information processing in randomly ordered arrays
AU2001288393A1 (en) 2000-08-25 2002-03-04 Illumina, Inc. Probes and decoder oligonucleotides
US20050158702A1 (en) 2000-09-05 2005-07-21 Stuelpnagel John R. Cellular arrays comprising encoded cells
GB0021977D0 (en) 2000-09-07 2000-10-25 Pyrosequencing Ab Method of sequencing DNA
GB0022069D0 (en) 2000-09-08 2000-10-25 Pyrosequencing Ab Method
GB0022458D0 (en) * 2000-09-13 2000-11-01 Medical Res Council Directed evolution method
WO2002027029A2 (en) * 2000-09-27 2002-04-04 Lynx Therapeutics, Inc. Method for determining relative abundance of nucleic acid sequences
US6632610B2 (en) * 2000-10-12 2003-10-14 Gensat S.A. Methods of identification and isolation of polynucleotides containing nucleic acid differences
US20020172980A1 (en) * 2000-11-27 2002-11-21 Phan Brigitte Chau Methods for decreasing non-specific binding of beads in dual bead assays including related optical biodiscs and disc drive systems
JP2002257070A (ja) * 2001-02-28 2002-09-11 Toyota Industries Corp 真空ポンプにおける軸封構造
US6936264B2 (en) 2001-03-05 2005-08-30 The Procter & Gamble Company Delivery of reactive agents via multiple emulsions for use in shelf stable products
US6996287B1 (en) 2001-04-20 2006-02-07 Adobe Systems, Inc. Method and apparatus for texture cloning
GB0114856D0 (en) 2001-06-18 2001-08-08 Medical Res Council Selection by avidity capture
GB0114854D0 (en) 2001-06-18 2001-08-08 Medical Res Council Selective gene amplification
US20050009022A1 (en) 2001-07-06 2005-01-13 Weiner Michael P. Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter
US20030064400A1 (en) * 2001-08-24 2003-04-03 Li-Cor, Inc. Microfluidics system for single molecule DNA sequencing
US6956114B2 (en) 2001-10-30 2005-10-18 '454 Corporation Sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase
US6902921B2 (en) * 2001-10-30 2005-06-07 454 Corporation Sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase
GB0127564D0 (en) 2001-11-16 2002-01-09 Medical Res Council Emulsion compositions
AU2002362013B2 (en) 2001-11-21 2008-04-24 Applied Biosystems, Llc. Digital assay
US7198897B2 (en) * 2001-12-19 2007-04-03 Brandeis University Late-PCR
AU2003214765B2 (en) * 2002-04-04 2007-07-26 Qiagen Gmbh New method
EP1587940A4 (en) 2002-12-20 2006-06-07 Caliper Life Sciences Inc SINGLE MOLECULAR AMPLIFICATION AND DNA PROOF
EP1583831A2 (en) * 2003-01-15 2005-10-12 Wyeth Novel high throughput method of generating and purifying labeled crna targets for gene expression analysis
US7575865B2 (en) * 2003-01-29 2009-08-18 454 Life Sciences Corporation Methods of amplifying and sequencing nucleic acids
CA2513889A1 (en) * 2003-01-29 2004-08-19 454 Corporation Double ended sequencing
US8150627B2 (en) * 2003-05-15 2012-04-03 Illumina, Inc. Methods and compositions for diagnosing lung cancer with specific DNA methylation patterns
CA2531105C (en) * 2003-07-05 2015-03-17 The Johns Hopkins University Method and compositions for detection and enumeration of genetic variations
ES2432040T3 (es) * 2004-01-28 2013-11-29 454 Life Sciences Corporation Amplificación de ácido nucleico con emulsión de flujo continuo
US7785862B2 (en) 2005-04-07 2010-08-31 454 Life Sciences Corporation Thin film coated microwell arrays
US7682816B2 (en) 2005-04-07 2010-03-23 454 Life Sciences Corporation Thin film coated microwell arrays and methods of using same
CA2615323A1 (en) 2005-06-06 2007-12-21 454 Life Sciences Corporation Paired end sequencing
US8364417B2 (en) 2007-02-15 2013-01-29 454 Life Sciences Corporation System and method to correct out of phase errors in DNA sequencing data by use of a recursive algorithm
EP2002367B1 (en) 2006-02-16 2017-03-29 454 Life Sciences Corporation System and method for correcting primer extension errors in nucleic acid sequence data
CA2656022C (en) 2006-06-19 2017-10-17 The Johns Hopkins University Single-molecule pcr on microparticles in water-in-oil emulsions
US7585865B2 (en) 2006-07-21 2009-09-08 The Penn State Research Foundation Protein kinase C zeta inhibition to treat vascular permeability
WO2008115427A2 (en) 2007-03-16 2008-09-25 454 Life Sciences Corporation System and method for detection of hiv drug resistant variants
ES2774725T3 (es) 2017-05-16 2020-07-22 Arkema France Método de fabricación de 1,4-bis(4-fenoxibenzoil)benceno en condiciones de sobresaturación

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